專利名稱:用于穩(wěn)定p53突變體的化合物的制作方法
技術領域:
本發(fā)明涉及具有結合至p53蛋白分子的能力的化合物,以及這樣的化合物的用途。
背景技術:
腫瘤抑制蛋白p53是一種393個氨基酸的轉錄因子,其調節(jié)細胞周期并在癌癥發(fā) 展中起關鍵作用。響應于細胞應力,如UV照射、缺氧和DNA損傷,P53誘導與Gl和 G2細胞周期停滯和凋亡相關的許多基因的轉錄(參考文獻1 3)。在約50%的人類癌 癥中,p53由于p53基因中的錯義突變而被失活(參考文獻4,5)。p53的多功能性在其結構復雜性中反映。在p53四聚體中的每一個鏈由若干結構 域構成。存在良好限定的DNA-結合和四聚合結構域以及高度活動的、很大程度上未形 成結構的區(qū)域(參考文獻6 11)。大多數p53癌癥突變定位于該蛋白的DNA-結合核心 結構域(DNA-binding core domain)(參考文獻4)。這個結構域在結構上的特征在于,通 過X-射線晶體學與其同族DNA復合(參考文獻6)以及通過NMR在溶液中的其游離形 式(參考文獻12)。它由兩個反平行β -折疊的中央β -夾心結構(β -sandwich)構成用 作用于DNA-結合表面的基本支架。DNA-結合表面由兩個通過鋅離子穩(wěn)定的β-轉角環(huán) (β-turn loop) (L2和L3)和一個環(huán)-折疊-螺旋基序構成。這些結構元件一起形成富含帶 正電荷的氨基酸并與各種p53響應元件形成特異性接觸的延伸DNA-結合表面。在人體 癌癥中最經常突變的6個氨基酸殘基位于或靠近該DNA-結合表面(參見,在WWW_p53. iarc.fr上的p53突變數據庫的釋放R10)(參考文獻4)。這些殘基已被分類為“接觸”殘 基(Arg248,Arg273)或“結構”殘基(Argl75,Gly245,Arg249,Arg282),取決于它 們是否直接接觸DNA或在維持該DNA-結合表面的結構完整性方面起的作用(參考文獻 6)。然而,癌癥相關的突變并不限于DNA-結合表面,而也發(fā)現于該蛋白的β-夾心 區(qū)域。在DNA-結合表面外,最常見的突變是Y220C。它位于連接β-鏈S7和S8的 轉角起始處的β "夾心的遠端。Tyr220的苯部分形成該β -夾心的疏水核心的一部分, 而羥基基團指向溶劑。越來越多的證據表明,在體溫下僅邊界地穩(wěn)定的ρ53,已經演化為高度動態(tài)的和 本質上不穩(wěn)定的(參考文獻12)。已經使用ρ53的功能熱穩(wěn)定性合成變體,稱之為“T_p53C”。這種變體具有取 代M133L、V203A、N239Y和N268D。這種變體,其在其他方面具有基本上野生型的 特性,已經用作載體以在形式上允許通過X-射線晶體學確定它們的結構的p53的各種已 知的致癌突變。具有Y220C突變的T_p53C的結構已經描述過(參考文獻13)。在位置220處 具有酪氨酸,Tyr220的苯部分形成β-夾心的疏水核心的一部分,而羥基指向溶劑。在 突變體中,當存在半胱氨酸時,突變產生溶劑進入裂縫(cleft),其在指定位置處用水分子填充,而使核心結構域的整個結構保持完整。突變后的結構變化連接兩個相當淺的表 面裂縫(預先存在于野生型中),從而在T-p53C_Y220C中形成長的延長裂縫,其在突變 位點具有最深的點。位于夾心的核心中的相鄰疏水側鏈的位置并未顯著移動。然 而,突變導致疏水相互作用喪失以及這些疏水核心殘基的次最佳包裝。然而,在整個結 構中,不存在大于0.9 A的C α位移。
發(fā)明內容
本發(fā)明的發(fā)明人已經發(fā)現,許多含有吲哚、咔唑或相關支架的化合物結合至 T-p53C-Y220C并穩(wěn)定該蛋白,從而提高其熔化溫度。因此,在一個方面,本發(fā)明提供了一種用于穩(wěn)定攜帶Y220C突變的p53蛋白的 方法,該方法包括使該p53與式⑴的化合物(及其異構體、鹽、溶劑化物、受保護形式 和前藥)接觸
權利要求
(51) Int. Cl.A01N 43/00 {2Q>Q)&. 01)
1. 一種用于治療具有其中p53攜帶Y220C突變的病變或腫瘤的主體的方法中的式⑴
2.根據權利要求1所述的方法,其中Rni選自H、乙基、丙基和環(huán)丙基。
3.根據權利要求1或權利要求2所述的方法,其中Rei是H。
4.根據權利要求1 3任一項所述的方法,其中Re2是H。
5.根據權利要求1 3任一項所述的方法,其中Re2是可選取代的CV7烷基,其中的 可選取代基選自CV7烷基、C3_7雜環(huán)基、C5_7芳基、鹵素、羥基、醚基、硝基、氰基、酰 基、幾基、 酯基、酰胺基、氨基、?;0坊?、脲基、酰氧基和硫羥基。
6.根據權利要求1 5任一項所述的方法,其中Re3是H。
7.根據權利要求1 5任一項所述的方法,其中Re3是可選取代的CV7烷基,其中 的可選取代基可以選自CV7烷基、C3_7雜環(huán)基、C5_7芳基、鹵素、羥基、醚基、硝基、氰 基、?;?、羧基、酯基、酰胺基、氨基、?;0坊?、脲基、酰氧基和硫羥基。
8.根據權利要求1 7任一項所述的方法,其中Rx是H。
9.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4是可選取代的C3_12含N雜環(huán)基, 而Re5是H。
10.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4是C(= 0)NRN5RN6,而滬是H。
11.根據權利要求10所述的方法,其中Rn5選自H和CV4烷基,而#6選自H,可 選取代的CV4烷基,其中的可選取代基選自羥基、氨基和C5_9芳基;和可選取代的C5_6雜 環(huán)基,其中的可選取代基是CV4烷基。
12.根據權利要求10所述的方法,其中Rn5和Rn6與它們連接的氮原子形成可選取代 的哌啶基或哌嗪基,其中的可選取代基選自CV7烷基、羥基、C5_7雜環(huán)基、C5_7芳基、氨 基和酰基。
13.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4是C(ZO)OR01,而Re5是H。
14.根據權利要求13所述的方法,其中R01是可選取代的CV4烷基,其中的可選取代 基選自醚基、氧脲基、C5_6芳基和酰胺基。
15.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4是C(= O)NHNHSO2Rsi,而Rc5 是 H。
16.根據權利要求15所述的方法,其中Rsi是可選取代的C5_6芳基基團,其中的可選 取代基選自烷氧基、醚基和CV7烷基。
17.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4是0C(= 0)NRN7RN8,而Re5是H。
18.根據權利要求17所述的方法,其中Rw是H,而#8是可選取代的C5_6芳基,其中的可選取代基選自鹵素。
19.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中#4是0((= 0)]^8,而Re5是H。
20.根據權利要求19所述的方法,其中Rc8是可選取代的C5_7雜環(huán)基。
21.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4選自C(= 0)CH2NH2、C(= O) NHNH2、CHC (CN) 2> CHC (CN) C ( = O) NH2 和羧基,而 Rc5 是 H。
22.根據權利要求1 8任一項所述的方法,其中Re4和Re5與它們鍵接的碳原子一起 形成下式的含5個或6個環(huán)原子的可選取代芳環(huán)
23.根據權利要求22所述的方法,其中Re6是H。
24.根據權利要求22或權利要求23所述的方法,其中Rct是可選取代的C3_12含N雜 環(huán)基。
25.根據權利要求22或權利要求23所述的方法,其中Re7是NHC(= 0)Re9,其中 Rc9選自可選取代的CV7烷基,和可選取代的C5_2(1芳基。
26.根據權利要求25所述的方法,其中Re9是可選取代的CV4烷基基團,其中的可選 取代基選自酰氧基、C5_7芳基、氨基、硫代酸酯和C3_7雜環(huán)基。
27.根據權利要求25所述的方法,其中Re9是可選取代的C5_6芳基基團,其中的可選 取代基可以選自CV7烷基、C3_7雜環(huán)基、C5_7芳基、鹵素、羥基、醚基、硝基、氰基、酰 基、幾基、 酯基、酰胺基、氨基、?;0坊?、脲基、酰氧基和硫羥基。
28.根據權利要求22或權利要求23所述的方法,其中Rct是CH2NRn2Rn3,其中Rn2 和Rn3獨立地選自H、可選取代的CV7烷基、可選取代的CV2tl雜環(huán)基和可選取代的C5_2Q 芳基,或者Rn2和Rn3與它們連接的氮原子形成可選取代的含N的C5_7雜環(huán)基。
29.根據權利要求22或權利要求23所述的方法,其中Re7是NHC(= S)NHRN4,其 中Rn4選自可選取代的CV7烷基、可選取代的C3_2(1雜環(huán)基和可選取代的C5_2(1芳基。
30.一種用于處理其中p35攜帶Y220C突變的細胞的方法,所述方法包括使所述細胞 與根據權利要求1 29任一項所述的式⑴的化合物接觸。
31.一種用于治療具有其中p35攜帶Y220C突變的病變或腫瘤的主體的方法,所述方 法包括向所述主體給予根據權利要求1 29任一項所述的式⑴的化合物。
32.一種用于穩(wěn)定攜帶Y220C突變的p53蛋白的方法,所述方法包括使所述p35與根 據權利要求1 29任一項所述的式⑴的化合物接觸。
33.一種確定一個分子與攜帶Y220C突變的p53的結合的方法,所述方法包括在與根 據權利要求1 29任一項所述的式⑴的化合物競爭下,使所述分子與所述p53接觸,
全文摘要
本發(fā)明提供了用于穩(wěn)定攜帶Y220C突變的p53蛋白的式(I)的化合物其中X選自CRX和N;RN1選自H和C1-4烷基,其可以被SH或鹵素取代;RC1選自H和SH;RC2選自H和可選取代的C1-7烷基;RC3選自H和可選取代的C1-7烷基;RX選自H,OH和NH2;RC4選自(i)可選取代的C3-12含N雜環(huán)基;(ii)C(=O)NRN5RN6,其中RN5和RN6獨立地選自H,可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基,或RN5和RN6與它們連接的氮原子形成可選取代的含N的C5-7雜環(huán)基;(iii)C(=O)ORO1,其中RO1選自H,可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基;(iv)C(=O)NHNHSO2RS1,其中RS1選自H,可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基;(v)OC(=O)RC8,其中RC8選自H,可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基;(vi)OC(=O)NRN7RN8,其中RN7和RN8獨立地選自H,可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基,或RN7和RN8與它們連接的氮原子形成可選取代的含N的C5-7雜環(huán)基;和(vii)C(=O)CH2NH2,C(=O)NHNH2,CHC(CN)2,CHC(CN)C(=O)NH2和羧基;RC5選自H,OH和NH2;或RC4和RC5與它們鍵接的碳原子一起形成式(II)的含5個或6個環(huán)原子的可選取代芳環(huán)其中Q表示O,N或CRQ1=CRQ2,其中RQ1和RQ2獨立地選自H,OH和NH2;RC6選自H,OH和NH2;而RC7選自可選取代的C3-12含N雜環(huán)基,NHC(=O)RC9,CH2NRN2RN3和NHC(=S)NHRN4,其中RC9選自可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基,RN2和RN3獨立地選自H,可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基,或RN2和RN3與它們連接的氮原子形成可選取代的含N的C5-7雜環(huán)基,而RN4選自可選取代的C1-7烷基,可選取代的C3-20雜環(huán)基和可選取代的C5-20芳基,并當RC4和RC5沒有鍵接在一起時,RC3可以另外地選自ORO2,其中RO2是C1-4烷基基團,和C(=O)ORO3,其中RO3是C1-4烷基基團,而RC2可以另外地選自鹵素。
文檔編號C07D407/14GK102015639SQ200980115964
公開日2011年4月13日 申請日期2009年5月7日 優(yōu)先權日2008年5月7日
發(fā)明者安德烈亞斯·約爾格爾, 弗蘭克·伯克勒, 艾倫·費爾斯特 申請人:醫(yī)學研究委員會