序列表包含在創(chuàng)建于2015年5月15日的37,831字節(jié)(在MS-Windows中測(cè)量)名為“60233_PROV_SeqList.txt”的文件中，所述序列表包含76個(gè)核苷酸序列，同時(shí)通過USPTO的EFS系統(tǒng)提供并且以引用的方式整體并入本文。背景大豆(soybean；Glycinemax(L.)Merril)(大豆(Glycinemax)或大豆(soybean))作為植物油和蛋白質(zhì)的主要來(lái)源是世界上種植的主要經(jīng)濟(jì)作物之一(Sinclair和Backman,CompendiumofSoybeanDiseases,第3版.APSPress,St.Paul,MN,p.106(1989))。不斷增長(zhǎng)的對(duì)低膽固醇和高纖維飲食的需求也增加了大豆作為保健食品的重要性。在美國(guó)，大豆產(chǎn)量由于疾病每年都在降低。每公頃的高產(chǎn)量是農(nóng)民利潤(rùn)率的關(guān)鍵，特別是在大豆低價(jià)格時(shí)期。由大豆疾病引起的經(jīng)濟(jì)損失對(duì)農(nóng)村經(jīng)濟(jì)和城市地區(qū)相關(guān)工業(yè)的經(jīng)濟(jì)都很重要。最終全世界的大豆市場(chǎng)都會(huì)感受到這些損失的影響。在美國(guó)，由于疾病的損失的估計(jì)值每年都有所變化，且隨著疾病不同而變化。在美國(guó)，1999年至2002年，大豆產(chǎn)量損失估計(jì)值在8百萬(wàn)公噸至1千萬(wàn)公噸范圍內(nèi)(Wrather等,Online.PlantHealthProgressdoi:10:1094/PHP-2003-0325-01-RV)。最近在美國(guó)完成的一項(xiàng)三年研究估計(jì)，大豆孢囊線蟲(cystnematode)(大豆異皮線蟲(Heteroderaglycine))造成12.86億美元(1.286億蒲式耳)的年損失。大豆孢囊線蟲(SCN)，大豆異皮線蟲(HeteroderaglycinesIchinohe)是1954年在美國(guó)CastleHayne,N.C.在大豆上鑒定出的專性寄生蟲(Winstead等,PlantDis.Rep.,39:9-11(1955))。自發(fā)現(xiàn)以來(lái)，SCN已被公認(rèn)為大豆中最具破壞性的害蟲之一。據(jù)報(bào)道，在種植大豆的幾乎所有的州中，它在若干個(gè)州造成了主要的生產(chǎn)問題，在中西部州中尤其具有破壞性。一般參見：Caldwell等Agron.J.,52:635-636(1960)；Rao-Arelli和Anand,Crop.Sci.,28:650-652(1988)；Baltazar和Mansur,SoybeanGenet.Newsl.,19:120-122(1992)；Concibido等,CropSci.34:240-246(1993)。例如，在艾奧瓦州SCN品種3滋生的地點(diǎn)，敏感的大豆栽培種具有比抗性栽培種低5.7-35.8％的種子產(chǎn)量(Niblack和Norton,PlantDis.,76:943-948(1992))。目前用于管理SCN的方法包括與非宿主作物(通常是玉米)輪作以降低SCN種群密度，使用SCN抗性栽培種使產(chǎn)量最大化，以及最近的SCN抗性栽培種輪作以最小化SCN種群的適應(yīng)性。SCN占大豆總病害的大約40％，并且可導(dǎo)致顯著的產(chǎn)量損失(高達(dá)90％)。目前，最具成本效益的控制措施是作物輪作以及使用宿主植物抗性。雖然育種者已經(jīng)成功地開發(fā)了SCN抗性的大豆品系，但由于抗性的復(fù)雜和多基因性質(zhì)，育種既困難又耗時(shí)?？剐猿３Ｊ瞧贩N特異性的，并且由于本領(lǐng)域中SCN種群的改變不能提供隨時(shí)間的穩(wěn)定性。此外，當(dāng)在不存在SCN的情況下種植時(shí)，許多抗性大豆變種帶來(lái)顯著的產(chǎn)量損失。在美國(guó)發(fā)現(xiàn)SCN后不久，就鑒定出了SCN抗性的來(lái)源(Ross和Brim,PlantDis.Rep.,41:923-924(1957))。一些品系(諸如Peking和植物引種(PI)PI88788)被迅速納入了育種計(jì)劃。由于Peking缺乏農(nóng)學(xué)上不希望的性狀而被廣泛用作抗性來(lái)源，且Pickett是發(fā)布的第一個(gè)SCN抗性栽培種(Brim和Ross,CropSci.,6:305(1966))。SCN的野生種群是遺傳變異的。在20世紀(jì)60年代初，研究人員發(fā)現(xiàn)地理上不同的SCN種群在抗性大豆栽培種或植物引種(PI)上的繁殖能力各不相同。這些PI是來(lái)自大豆起源的東方(中國(guó)、日本和俄羅斯)的大豆近緣種。某些SCN抗性種群可以克服抗性栽培種的認(rèn)識(shí)導(dǎo)致了SCN抗性的另外來(lái)源的廣泛篩選。目前，已知超過130個(gè)PI具有SCN抗性。線蟲學(xué)家和大豆育種者基于對(duì)栽培種Peking和Pickett以及亞洲PI88788和90763的兩個(gè)大豆植物引種的鑒別宿主試驗(yàn)建議將這些變異的種群稱為“品種”(Golden等“Terminologyandidentityofinfraspecificformsofthesoybeancystnematode(Heteroderaglycines)”PlantDiseaseReporter.1970；54:544–546)。栽培種Lee被推薦為易于進(jìn)行品種測(cè)定試驗(yàn)的標(biāo)準(zhǔn)。經(jīng)典的分類包括基于四個(gè)鑒別上的所有可能組合的16個(gè)品種(Riggs和Schmitt,“CompleteCharacterizationoftheRaceSchemeforHeteroderaglycines”JNematol.1988年7月；20(3):392-5)(參見表1)。表1：SCN品種分類SCN抗性或部分抗性根據(jù)Schmitt,J.Nematol.20:392-395(1988)中所闡述的方法通過比較所討論的植物與已知的SCN敏感的宿主Lee74來(lái)確定。在美國(guó)，SCN品種3被認(rèn)為是中西部大豆生產(chǎn)州的突出品種，同時(shí)SCN品種1的流行正在增加。在東部海岸和沿密西西比接壤的地區(qū)，SCN品種2盛行。SCN品種流行率的類似轉(zhuǎn)變也發(fā)生在其他大豆生產(chǎn)地區(qū)，包括例如巴西。因此，開發(fā)賦予廣譜SCN品種抗性的大豆變種是很重要的。最近，引入了一種替代方案，大豆異皮線蟲(HG)型分類方案來(lái)表征SCN的野生種群(“ARevisedClassificationSchemeforGeneticallyDiversePopulationsofHeteroderaglycines.”Niblack等JNematol.2002年12月；34(4):279-88)。HG型分類利用七種植物引種(PI)作為“指示品系”(表2)(Niblack,“SoybeanCystNematodeManagementReconsidered,”PlantDiseases,89(10):1020-1026(2005))，這意味著它們是給定SCN種群的合適的宿主。然后基于觀察到的宿主“指示品系”的感染，將一系列指示編號(hào)分配給種群。例如，SCN品種1種群對(duì)應(yīng)于HG2.5.7型種群(克服PI88788、PI209332和Cloud)。SCN品種2種群對(duì)應(yīng)于HG1.2.5.7型(克服Peking、PI88788、PI209332和Cloud)，而SCN品種3種群對(duì)應(yīng)于HG0型(有時(shí)為HG7型，意味著它不能克服(雌性指數(shù)大于10％)指示品系中的任一個(gè)或者僅克服Cloud)。表2：SCN種群的HG型分類概述本公開提供了用于產(chǎn)生具有增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性的大豆植物種群的方法，其包括：a.提供大豆植物的第一種群；b.在所述第一種群中檢測(cè)以20cM或更少與連鎖群B1上的大豆孢囊線蟲抗性基因座遺傳連鎖的遺傳標(biāo)記的存在；c.從大豆植物的所述第一種群中選擇含有所述標(biāo)記的一個(gè)或多個(gè)大豆植物；和d.由至少一種所述選擇的大豆植物生產(chǎn)后代種群。本公開還提供方法，其中所檢測(cè)的遺傳標(biāo)記以小于15cM、更優(yōu)選小于10cM與連鎖群B1上的大豆孢囊線蟲抗性基因座遺傳連鎖。在另一實(shí)施方案中，本公開提供檢測(cè)位于包含并側(cè)接Glyma11g33160和BARCSOYSSR_11_1442的染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本公開提供檢測(cè)位于包含并側(cè)接Glyma11g33490和Glyma11g36970的染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本公開提供檢測(cè)位于包含并側(cè)接Glyma11g33910和Glyma11g37440的染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本公開提供檢測(cè)位于包含并側(cè)接Glyma11g34850和Glyma11g38050的染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本公開提供檢測(cè)位于包含并側(cè)接SEQIDNO.1和SEQIDNO.44的染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳標(biāo)記。在另一個(gè)實(shí)施方案中，本公開提供檢測(cè)位于包含并側(cè)接SEQIDNO.11和SEQIDNO.39的染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳標(biāo)記。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，所述遺傳標(biāo)記選自由SEQIDNO.1-44組成的組中的至少一個(gè)。根據(jù)本發(fā)明，大豆孢囊線蟲抗性基因座源自Peking栽培種。在本發(fā)明的另一實(shí)施方案中，大豆孢囊線蟲的一部分為大豆異皮線蟲品種1、2或3。具體而言，在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，大豆孢囊線蟲的一部分為大豆異皮線蟲HG0型、HG7型、HG2.5.7型或HG1.2.5.7型。本公開也提供了產(chǎn)生包含與增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性相關(guān)的至少一個(gè)等位基因的大豆植物種群的方法，所述等位基因包含選自由SEQIDNO:1至44組成的組的至少一個(gè)序列，所述方法包括以下步驟：a.對(duì)大豆植物的第一種群進(jìn)行基因分型，所述種群含有與增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性相關(guān)的至少一個(gè)等位基因，所述與增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性相關(guān)的至少一個(gè)等位基因包含選自由SEQIDNO:1至44組成的組的至少一個(gè)序列；b.從所述第一種群中選擇含有與增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性相關(guān)的所述至少一個(gè)等位基因的一個(gè)或多個(gè)鑒定的大豆植物，所述等位基因包含選自由SEQIDNO:1至44組成的組的至少一個(gè)序列；和c.由所述選擇的大豆植物生產(chǎn)第二種群，從而產(chǎn)生包含與增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性相關(guān)的至少一個(gè)等位基因的大豆植物種群，所述基因包含選自由SEQIDNO:1至44組成的組的至少一個(gè)序列。在一個(gè)實(shí)施方案中，Peking栽培種中也存在與增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性相關(guān)的等位基因。本公開還提供了用于產(chǎn)生具有增強(qiáng)的大豆孢囊線蟲抗性的大豆植物種群的方法，其包括：a.提供大豆植物的第一種群；b.同時(shí)在所述第一種群中檢測(cè)以20cM或更少與rhg1、Rhg4和rhg1d中每一個(gè)遺傳連鎖的至少一個(gè)遺傳標(biāo)記的存在；c.從大豆植物的所述第一種群中選擇含有所述至少一個(gè)標(biāo)記的一個(gè)或多個(gè)大豆植物；和d.由至少一種所述選擇的大豆植物生產(chǎn)后代種群。在一個(gè)實(shí)施方案中，檢測(cè)的至少一個(gè)遺傳標(biāo)記以小于15cM與rhg1、Rhg4和rhg1d中的至少一個(gè)遺傳連鎖。在另一實(shí)施方案中，檢測(cè)的至少一個(gè)遺傳標(biāo)記以小于10cM與rhg1、Rhg4和rhg1d中的至少一個(gè)遺傳連鎖。附圖簡(jiǎn)述圖1示出了根據(jù)本公開的一方面rhg1dSCN抗性等位基因?qū)Υ蠖箤?duì)SCN品種1的抗性的影響的結(jié)果。圖2示出了根據(jù)本公開的一方面rhg1dSCN抗性等位基因?qū)Υ蠖箤?duì)SCN品種1的抗性的影響與對(duì)SCN品種3的抗性相比的結(jié)果。圖3示出了根據(jù)本公開的一個(gè)方面在用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑處理的種子的溫室研究中大豆根上的SCN孢囊的數(shù)量，其中用品種2SCN攻擊兩個(gè)SCN品種2易感性大豆品系和SCN抗性大豆品系。圖4示出了根據(jù)本公開的一個(gè)方面在使用單獨(dú)或與3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑結(jié)合處理的種子的溫室研究中大豆根上的SCN孢囊的數(shù)量，其中用SCN攻擊SCN易感性大豆品系和SCN抗性大豆品系。圖5示出了根據(jù)本公開的一個(gè)方面在低品種1SCN壓力(即，約536SCN卵/100cc土壤)下使用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑在現(xiàn)場(chǎng)試驗(yàn)中獲得的產(chǎn)量的增加。圖6示出了根據(jù)本公開的一個(gè)方面在高品種1SCN壓力(即，約1645SCN卵/100cc土壤)下使用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑在現(xiàn)場(chǎng)試驗(yàn)中獲得的產(chǎn)量的增加。詳述除非另外定義，否則本文所用的技術(shù)性和科學(xué)性術(shù)語(yǔ)具有與本領(lǐng)域中技術(shù)人員通常所理解的相同含義。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將了解很多方法可以在本公開的實(shí)踐中使用。實(shí)際上，本公開決不限于所述方法和材料。本文中引用的任何參考文獻(xiàn)均以引用的方式整體并入本文。Concibido等報(bào)道了Peking提供對(duì)SCN品種1的抗性(CropSci.37:258-264)。然而，在某些背景下的育種實(shí)驗(yàn)期間，發(fā)現(xiàn)正如所料由Peking來(lái)源賦予的品種1抗性不受2基因模型調(diào)節(jié)。本公開已經(jīng)發(fā)現(xiàn)對(duì)于品種1抗性，需要來(lái)自Peking的第三基因座。如本文所提供，此第三基因座可認(rèn)為是涉及Peking型抗性的兩個(gè)先前已知的基因座中的一個(gè)的復(fù)制。本公開提供了具有Peking型抗性的變種。本公開包括并提供了將抗性引入現(xiàn)有原種品系中以提供廣譜SCN品種抗性品系的方法作為SCN管理策略的一部分。本公開鑒定了來(lái)自Peking的rhg1d基因座和rhg1d等位基因，提供了緊密連鎖的單核苷酸多態(tài)性(SNP)，并且證明了rhg1dSCN抗性等位基因?qū)τ谄贩N1和可能的品種2抗性是很重要的。如本文所提供，Peking型抗性可以使用標(biāo)記rhg1d的Peking等位基因的標(biāo)記獲得。此類標(biāo)記可以在早期世代中使用以選擇具有抗性的種群，或在后代中用于表征和優(yōu)先考慮哪種材料以進(jìn)行產(chǎn)量測(cè)試試驗(yàn)。本文提供的標(biāo)記也提供將并入所有已知的SCN抗性等位基因的植物育種成單一品系。本公開提供了用于育種程序的Peking型抗性材料的擴(kuò)展基礎(chǔ)，并且這種更大的基礎(chǔ)允許具有Peking型抗性的農(nóng)學(xué)上可接受的和高產(chǎn)量的變種。染色體區(qū)間術(shù)語(yǔ)“染色體區(qū)間”是指駐留在植物中單條染色體上的基因組DNA的連續(xù)線性跨度。所述術(shù)語(yǔ)也指由本發(fā)明闡述的標(biāo)記中的任一個(gè)限定的任何以及所有基因組區(qū)間。位于單條染色體區(qū)間上的遺傳因子是物理連鎖的，并且染色體區(qū)間的大小沒有特別限制。在一些方面，位于單條染色體區(qū)間內(nèi)的遺傳因子是遺傳連鎖的，通常具有例如小于或等于20cM、或可選地小于或等于10cM的遺傳重組距離。也就是說，單條染色體區(qū)間內(nèi)的兩個(gè)遺傳元件分別以小于或等于20％或10％的頻率進(jìn)行減數(shù)分裂重組。染色體區(qū)間的邊界可以由遺傳重組距離或由標(biāo)記進(jìn)行限定。在一個(gè)實(shí)施方案中，染色體區(qū)間的邊界包含標(biāo)記。在另一實(shí)施方案中，染色體區(qū)間的邊界包含將被連鎖到控制感興趣的性狀的基因的標(biāo)記，即位于給定區(qū)間內(nèi)的任何標(biāo)記，包括限定區(qū)間的邊界的末端標(biāo)記以及可用作標(biāo)記疾病耐受性存在或不存在的標(biāo)記。在一個(gè)實(shí)施方案中，本文所述的區(qū)間涵蓋與疾病耐受性共分離的標(biāo)記簇。標(biāo)記的簇集發(fā)生在染色體上相對(duì)較小的結(jié)構(gòu)域中，表明在那些染色體區(qū)域中存在控制感興趣的性狀的遺傳基因座。所述區(qū)間涵蓋映射在區(qū)間內(nèi)的標(biāo)記以及限定末端的標(biāo)記。由限定區(qū)間端點(diǎn)的末端標(biāo)記描述的區(qū)間將包括所述末端標(biāo)記和定位于所述染色體結(jié)構(gòu)域內(nèi)的任何標(biāo)記，無(wú)論那些標(biāo)記是目前已知的還是未知的。盡管預(yù)期的是本領(lǐng)域技術(shù)人員可以在本文鑒定的標(biāo)記內(nèi)部和周圍的標(biāo)記基因座處描述另外的多態(tài)性位點(diǎn)，但是本文所述的與疾病耐受性相關(guān)的染色體區(qū)間內(nèi)的任何標(biāo)記都在本發(fā)明的范圍內(nèi)。“數(shù)量性狀基因座(Quantitativetraitloci)”或“數(shù)量性狀基因座(quantitativetraitlocus)”(QTL)是影響可以以定量術(shù)語(yǔ)描述的表型的遺傳結(jié)構(gòu)域，并且可以指定對(duì)應(yīng)于表型性狀的數(shù)量值的“表型值”。QTL可以通過單基因機(jī)制或通過多基因機(jī)制起作用。在一些方面，本發(fā)明提供QTL染色體區(qū)間，其中那些區(qū)間中包含與疾病耐受性分離的QTL(或多個(gè)QTL)。在本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案中，染色體區(qū)間的邊界被繪制為涵蓋將被連鎖到一個(gè)或多個(gè)QTL的標(biāo)記。換句話說，染色體區(qū)間被繪制使得位于所述區(qū)間內(nèi)的任何標(biāo)記(包括限定區(qū)間邊界的末端標(biāo)記)與QTL遺傳連鎖。每個(gè)區(qū)間包含至少一個(gè)QTL，并且此外，確實(shí)可以包含多于一個(gè)QTL。在相同區(qū)間中多個(gè)QTL的緊密接近可以模糊特定標(biāo)記與特定QTL的相關(guān)性，因?yàn)橐粋€(gè)標(biāo)記可以證明與多于一個(gè)QTL的連鎖。相反，例如，如果兩個(gè)非常接近的標(biāo)記顯示與所需的表型性狀的共分離，那么有時(shí)則不清楚這些標(biāo)記中的每一個(gè)是否識(shí)別相同的QTL或兩個(gè)不同的QTL。無(wú)論如何，知道在特定區(qū)間中有多少Q(mào)TL對(duì)于實(shí)現(xiàn)或?qū)嵤┍景l(fā)明是不必要的。在一個(gè)實(shí)施方案中，本公開提供包含選自由SEQIDNO:1-44和其片段以及兩者的互補(bǔ)序列組成的組的核酸分子的植物。在另一實(shí)施方案中，本公開也提供了包含rhg1d染色體區(qū)間或其片段和互補(bǔ)序列的等位基因的植物。本公開也提供了包含與選自由SEQIDNO:1-44組成的組的至少一個(gè)標(biāo)記連鎖的一個(gè)或多個(gè)疾病抗性基因座的任何組合的任何植物。rhg1d基因座和包含與rhg1d基因座緊密連鎖的標(biāo)記的染色體區(qū)間在大豆基因組中的位置在表3中公開。遺傳圖譜位點(diǎn)以cM表示，位置零是Monsanto內(nèi)部一致性圖譜(MON圖譜)和GmConsensus4.0大豆基因組圖譜上的染色體開始處的已知的第一個(gè)(最遠(yuǎn)端)標(biāo)記，其可從Soybase.org網(wǎng)站自由公開獲得并且通常由本領(lǐng)域技術(shù)人員使用。表3中也公開了由美國(guó)能源部聯(lián)合基因組研究所(DOE-JGI)生物群落測(cè)序項(xiàng)目(CSP)在Glyma1.0公共組件上報(bào)道的基因座的物理位置，其可在phytozome.net網(wǎng)站上獲得(SchmutzJ,等(2010).“Genomesequenceofthepalaeopolyploidsoybean.”Nature463,178-183)。表3：與rhg1d相關(guān)的標(biāo)記和染色體區(qū)間的遺傳圖譜位置和物理圖譜位置cM＝厘摩；**精確坐標(biāo)未知?？梢曰诰哂幸阎鴺?biāo)的最近的側(cè)翼基因座來(lái)估計(jì)坐標(biāo)。在表3中，“cM”是指厘摩的經(jīng)典定義(Haldane1919JGenet8:299-309)，其中1cM等于一個(gè)遺傳基因座處的性狀將與另一基因座處的性狀由于單個(gè)減數(shù)分裂中的交叉而分離的1％的機(jī)會(huì)(意味著性狀99％的時(shí)間共分離)，并且這種限定在本文中用于描繪涉及本發(fā)明的圖譜位置。例如，位于LGB1上的rhg1d染色體區(qū)間含有SEQIDNO.1-44，并且側(cè)接標(biāo)記Glyma11g34850和Glyma11g38050，其在內(nèi)部來(lái)源的遺傳圖譜上分開約15cM。此染色體區(qū)間涵蓋在所研究的群體中以-Log10(P值)≥3.0與SCN抗性共分離的標(biāo)記簇。rhg1d染色體區(qū)間的子區(qū)間的實(shí)例是側(cè)接在內(nèi)部來(lái)源的遺傳圖譜上分開約15cM的SEQIDNO.1和SEQIDNO.44的子區(qū)間，其定義了涵蓋在所研究的群體中以-Log10(P值)≥3.0研究與SCN抗性共分離的標(biāo)記簇的染色體區(qū)間。因此，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以使用本發(fā)明通過將疾病耐受表型與大豆基因組中先前未知的疾病耐受基因座處的基因型相關(guān)聯(lián)來(lái)提高育種效率以改進(jìn)大豆的疾病耐受性。本文公開了包含負(fù)責(zé)疾病耐受的和疾病易感的大豆品系之間的表型差異的等位基因的染色體區(qū)間。染色體區(qū)間實(shí)例的特征在于在染色體B1上包括并側(cè)接并包括標(biāo)記Glyma11g34850和Glyma11g38050的基因組區(qū)域，并且包含rhg1d基因座內(nèi)的或與rhg1d基因座緊密連鎖(20cM內(nèi))的標(biāo)記。本發(fā)明也包含其邊界在Glyma11g33160和BARCSOYSSR_11_1442之間并包括Glyma11g33160和BARCSOYSSR_11_1442的其他區(qū)間，或與那些區(qū)間緊密連鎖的任何區(qū)間?？捎糜诖四康牡臉?biāo)記的實(shí)例包括表3中所列的SNP標(biāo)記或映射在本文所述的染色體區(qū)間(包括區(qū)間的末端)內(nèi)的任何標(biāo)記，或與那些標(biāo)記連鎖的任何標(biāo)記。此類標(biāo)記可以在單個(gè)樣品或樣品群中同時(shí)或依次測(cè)定。因此，本公開的標(biāo)記和方法可以用于指導(dǎo)MAS或培育具有與優(yōu)異的農(nóng)藝性能(耐受性，以及用于產(chǎn)量、疾病抗性等的任何其他可獲得的標(biāo)記)相關(guān)的染色體區(qū)間的等位基因形式的所需互補(bǔ)序列(組)的大豆變種。公開的標(biāo)記等位基因的任一個(gè)都可以經(jīng)由基因滲入通過傳統(tǒng)育種被引入大豆品系中(或經(jīng)由轉(zhuǎn)化或兩者引入)以產(chǎn)生具有優(yōu)異的農(nóng)藝性能的大豆植物?？梢员灰牖虼嬖谟诒竟_的大豆植物中的與耐受性相關(guān)的等位基因的數(shù)目在一至本文公開的等位基因的數(shù)目范圍內(nèi)，其每個(gè)整數(shù)如同明確敘述并入本文。使用位于DNA基因座任一側(cè)側(cè)翼的另外的標(biāo)記的標(biāo)記輔助選擇(MAS)提供了進(jìn)一步的效率，因?yàn)閷?huì)需要不太可能的雙重組事件來(lái)同時(shí)斷開基因座與兩個(gè)標(biāo)記之間的連鎖。而且，MAS領(lǐng)域的技術(shù)人員使用緊密位于基因座側(cè)翼的標(biāo)記可以通過更精確地選擇具有較少潛在有害的供體親本DNA的個(gè)體來(lái)減少連鎖阻力。連接到本文所述的染色體區(qū)間或位于其中的任何標(biāo)記都可以是有用的并且在本發(fā)明的范圍內(nèi)。類似地，通過鑒定缺乏所需標(biāo)記基因座的植物，可以鑒定并且(例如)從隨后的雜交中消除易感的或低耐受的植物。類似地，這些標(biāo)記基因座可以作為旨在增強(qiáng)產(chǎn)量的整體MAS育種程序的一部分被滲入到任何所需的基因組背景、種質(zhì)、植物、品系、變種等中。本發(fā)明也提供了染色體QTL區(qū)間，其在MAS中等同地用于選擇顯示出疾病耐受性或改進(jìn)的耐受性的植物。類似地，QTL區(qū)間也可以用于反選擇對(duì)疾病易感或具有降低的耐受性的植物。在一些實(shí)施方案中，本公開提供了用于選擇具有增強(qiáng)的SCN抗性的大豆植物的方法。這些方法包括在側(cè)接了表3中所列的標(biāo)記基因座中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中的多態(tài)性基因座處檢測(cè)SCN抗性等位基因。在其他實(shí)施方案中，這些方法包括在側(cè)接了標(biāo)記基因座SEQIDNO.1-44中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中的多態(tài)性基因座處檢測(cè)SCN抗性等位基因。在其他實(shí)施方案中，這些方法包括在側(cè)接了標(biāo)記基因座SEQIDNO.1-44中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中檢測(cè)SCN抗性單倍型。在其他實(shí)施方案中，這些方法包括在側(cè)接了標(biāo)記基因座SEQIDNO.11-44中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中的多態(tài)性基因座處檢測(cè)SCN抗性等位基因。在其他實(shí)施方案中，這些方法包括在側(cè)接了標(biāo)記基因座SEQIDNO.11-44中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中檢測(cè)SCN抗性單倍型。在其他實(shí)施方案中，這些方法包括在側(cè)接了標(biāo)記基因座SEQIDNO.11-39中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中的多態(tài)性基因座處檢測(cè)SCN抗性等位基因。在其他實(shí)施方案中，這些方法包括在側(cè)接了標(biāo)記基因座SEQIDNO.11-39中的任何兩個(gè)的染色體區(qū)段中檢測(cè)SCN抗性單倍型。本公開也擴(kuò)展到制備子代大豆植物的方法。所述方法包括使第一親本大豆植物與第二大豆植物雜交，以及在植物生長(zhǎng)條件下培養(yǎng)雌性大豆植物以產(chǎn)生大豆植物子代。雜交和培養(yǎng)大豆植物的方法完全在本領(lǐng)域普通技術(shù)人員的能力范圍內(nèi)。此種大豆植物子代可以測(cè)定與耐受性相關(guān)的等位基因，從而測(cè)定所選擇的所需后代。此種子代植物或種子可以商業(yè)出售用于大豆生產(chǎn)，用于食品，加工以獲得大豆的所需成分，或進(jìn)一步用于隨后的育種輪次。第一大豆植物或第二大豆植物中的至少一個(gè)是本公開的大豆植物，因?yàn)槠浒竟_的標(biāo)記的至少一種等位基因形式，使得子代能夠繼承所述等位基因。通常，將本公開的方法應(yīng)用于至少一種相關(guān)的大豆植物，諸如來(lái)自目標(biāo)大豆植物系譜中的祖先品系或后代品系，使得可以追蹤所需耐受性等位基因的遺傳。分離接受本公開的方法的大豆植物的代數(shù)一般為1至20、常為1至5、并且通常為1、2或3代分離，并且常常是直接后代或親代的大豆植物將經(jīng)受所述方法(即，一代分離)。因此，利用本發(fā)明，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以在大豆植物的基因組中檢測(cè)疾病耐受性基因型是否存在，作為標(biāo)記輔助選擇程序的一部分。在一個(gè)實(shí)施方案中，育種者在針對(duì)含有疾病耐受性等位基因的疾病耐受的親本的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記處確定了所述基因型，并且在針對(duì)缺乏耐受性等位基因的易感的親本的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記處確定了所述基因型。例如，本公開的標(biāo)記可以在涉及原種大豆品系x外來(lái)大豆品系的雜交中用于MAS，所述標(biāo)記通過使分離的子代經(jīng)受MAS以維持疾病耐受性等位基因或在疾病狀況下與產(chǎn)量相關(guān)的等位基因。然后，育種者可以通過隨后源自兩個(gè)親本之間雜交的種群通過用親本上使用的標(biāo)記對(duì)后代進(jìn)行基因分型并將那些標(biāo)記的基因型與親本的基因型進(jìn)行比較來(lái)可靠地追蹤耐受性等位基因的遺傳。根據(jù)標(biāo)記等位基因與性狀如何緊密連鎖，可以可靠地預(yù)測(cè)與疾病耐受的親本共享基因型的子代表達(dá)耐受的表型；與疾病易感的親本共享基因型的子代表達(dá)易感的表型。因此，避免了針對(duì)疾病抗性手工對(duì)子代進(jìn)行表型分型的費(fèi)力和低效的過程。通過提供大豆基因組中的區(qū)間和其中的疾病耐受性相關(guān)標(biāo)記的位置，本發(fā)明也允許本領(lǐng)域技術(shù)人員鑒定本文公開的區(qū)間內(nèi)的其他標(biāo)記或與本文公開的染色體區(qū)間連鎖的其他標(biāo)記。在感興趣基因座側(cè)翼緊密連鎖的具有與所述基因座處的抗性等位基因處于連鎖不平衡中的等位基因的的標(biāo)記可以有效地用于選擇對(duì)疾病狀況具有增強(qiáng)的耐受性的子代植物。因此，本文所述的標(biāo)記，諸如表3所列的那些以及遺傳映射或物理映射到相同染色體區(qū)間的其他標(biāo)記，可用于選擇對(duì)疾病狀況具有增強(qiáng)耐受性的大豆植物。通常，將在基因上方的側(cè)翼區(qū)域中使用一組這些標(biāo)記(例如2個(gè)或更多個(gè)、3個(gè)或更多個(gè)、4個(gè)或更多個(gè)、5個(gè)或更多個(gè))，并且在基因下方的側(cè)翼區(qū)域中使用類似的一組。任選地，如上所述，也可以使用實(shí)際的基因和/或基因座內(nèi)的標(biāo)記。針對(duì)這些標(biāo)記組篩選親本及它們的子代，并且使用在兩個(gè)親本之間多態(tài)的標(biāo)記進(jìn)行選擇。在基因滲入程序中，這使得在更近端多態(tài)性標(biāo)記處選擇基因或基因座基因型，并在更遠(yuǎn)端多態(tài)性標(biāo)記處選擇輪回親本基因型。實(shí)際用于實(shí)施本發(fā)明的標(biāo)記的選擇沒有特別限制，并且可以是映射在本文所述的rhg1d染色體區(qū)間內(nèi)的任何標(biāo)記，與rhg1d染色體區(qū)間中的標(biāo)記緊密連鎖(在20cM內(nèi))的任何標(biāo)記，或選自SEQIDNO:1-44或表3中所列的標(biāo)記中的任何標(biāo)記。此外，由于存在本領(lǐng)域已知的許多不同類型的標(biāo)記檢測(cè)測(cè)定法，因此不旨在以任何方式限制用于實(shí)施本發(fā)明的標(biāo)記檢測(cè)測(cè)定法的類型(例如RAPD、RFLP、SNP、AFLP等)。另外的遺傳標(biāo)記可以與表3中提供的標(biāo)記結(jié)合使用，或者獨(dú)立于表3中提供的標(biāo)記使用來(lái)實(shí)施本發(fā)明的方法?？梢詮钠渲蝎@得有用標(biāo)記的可公開獲得的標(biāo)記數(shù)據(jù)庫(kù)包括但不限于由美國(guó)農(nóng)業(yè)研究局(UnitedStatesAgriculturalResearchService)、美國(guó)農(nóng)業(yè)部(UnitedStatesDepartmentofAgriculture)和艾奧瓦州立大學(xué)(IowaStateUniversity)管理的互聯(lián)網(wǎng)(WorldWideWeb)上的soybase.org網(wǎng)站?？梢允褂貌⑶乙呀?jīng)在文獻(xiàn)中描述的另外的大豆標(biāo)記包括但不限于Hyten等,BMCGenomics.11:38,2010；Choi等,Genetics.176(1):685-96,2007；Yoon等,TheorApplGenet.2007年3月；114(5):885-99；和Hyten等CropSci.201050:960-968。表3中的SEQIDNO.1-44的序列可以從序列表中獲得。表3中公開的可公開獲得的標(biāo)記的序列可以使用來(lái)自以下互聯(lián)網(wǎng)位置的第1列(標(biāo)記/基因座名稱)中提供的標(biāo)識(shí)符在萬(wàn)維網(wǎng)(或因特網(wǎng))上獲得：a.“soybase.org”(在Grant等,NucleicAcidsResearch,2010,卷38,DatabaseissueD843-D846中描述)或soybase.org/gbrowse/cgi-bin/gbrowse/gmax1.01/(參見HytenDL,ChoiI-Y,SongQ,SpechtJE,CarterTE等(2010)Ahighdensityintegratedgeneticlinkagemapofsoybeanandthedevelopmentofa1,536UniversalSoyLinkagePanelforQTLmapping.CropScience50:960-968以及HytenDL,CannonSB,SongQ,WeeksN,FickusEW等(2010).High-throughputSNPdiscoverythroughdeepresequencingofareducedrepresentationlibrarytoanchorandorientscaffoldsinthesoybeanwholegenomesequence.BMCGenomics11(1):38)。b.“phytozome.net”或“phytozome.net/cgi-bin/gbrowse/soybean/”；c.“www.plantgdb.org”或“plantgdb.org/GmGDB/(AssemblyversionGlyrna1.170(2009年4月)”；以及d.“ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez”和子網(wǎng)站“ncbi.nlm.nih.gov/nucest”、“ncbi.nlm.nih.gov/dbEST”、“ncbi.nlm.nih.gov/genbank/”、“.ncbi.nlm.nih.gov/sites/genome”、“ncbi.nlm.nih.gov/unigene”和“ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/UGOrg.cgi？TAXID＝3847”。分子遺傳標(biāo)記如本文所用，“標(biāo)記”、“遺傳標(biāo)記”、“分子標(biāo)記”、“標(biāo)記核酸”和“標(biāo)記基因座”是指當(dāng)鑒定連鎖基因座時(shí)用作參考點(diǎn)的核苷酸序列或其編碼產(chǎn)物(例如蛋白質(zhì))。標(biāo)記可以源自基因組核苷酸序列或表達(dá)的核苷酸序列(例如，剪接的RNA、cDNA等)或編碼的多肽，并且可以由一個(gè)或多個(gè)特定變體序列或共有序列表示。在另一個(gè)意義上，標(biāo)記是此種序列的分離變體或共有序列。所述術(shù)語(yǔ)還指與標(biāo)記序列互補(bǔ)或側(cè)接的核酸序列，諸如用作探針或能夠擴(kuò)增標(biāo)記序列的引物對(duì)的核酸?！皹?biāo)記探針”是可用于鑒定標(biāo)記基因座的存在的核酸序列或分子，例如與標(biāo)記基因座序列互補(bǔ)的核酸探針。另選地，在一些方面，標(biāo)記探針是指能夠區(qū)分(即，基因分型)存在于標(biāo)記基因座處的特定等位基因的任何類型的探針?！皹?biāo)記基因座”是可用于追蹤第二連鎖基因座的存在的基因座，例如編碼或促成表型性狀表達(dá)的連鎖基因座。例如，標(biāo)記基因座可以用于監(jiān)測(cè)等位基因在遺傳或物理連鎖到標(biāo)記基因座的基因座(諸如QTL)處的分離。因此，“標(biāo)記等位基因”，另選地“標(biāo)記基因座的等位基因”是在標(biāo)記基因座多態(tài)性的種群中的標(biāo)記基因座處發(fā)現(xiàn)的多個(gè)多態(tài)性核苷酸序列之一。如本文所用，“標(biāo)記”也是指與基因組序列互補(bǔ)的核酸序列，諸如用作探針的核酸?？梢酝ㄟ^本領(lǐng)域完善的方法檢測(cè)對(duì)應(yīng)于種群成員之間的遺傳多態(tài)性的標(biāo)記。這些包括，例如，基于PCR的序列特異性擴(kuò)增方法、限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)的檢測(cè)、同工酶標(biāo)記的檢測(cè)、通過等位基因特異性雜交(ASH)的多核苷酸多態(tài)性檢測(cè)、植物基因組擴(kuò)增可變序列的檢測(cè)、自我維持序列復(fù)制的檢測(cè)、簡(jiǎn)單序列重復(fù)(SSR)的檢測(cè)、單核苷酸多態(tài)性(SNP)的檢測(cè)或擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性(AFLP)的檢測(cè)。完善的方法也已知用于檢測(cè)表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)以及源自EST序列和隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA(RAPD)的SSR標(biāo)記。標(biāo)記的有利等位基因是與所需表型(例如，疾病耐受性)共分離的標(biāo)記的等位基因。如本文所用，盡管所述標(biāo)記可能具有在種群中發(fā)現(xiàn)的兩個(gè)或更多個(gè)有利的等位基因，QTL標(biāo)記具有最少一個(gè)有利的等位基因。所述標(biāo)記的任何有利的等位基因可以有利地用于鑒定和構(gòu)建疾病耐受的植物品系。任選地，不同標(biāo)記的一個(gè)、兩個(gè)、三個(gè)或更多個(gè)有利的等位基因在植物中進(jìn)行鑒定或滲入進(jìn)植物中，并且可以在MAS期間進(jìn)行選擇或?qū)埂Ｋ璧氖?，鑒定具有至少一個(gè)與疾病耐受性或改進(jìn)的疾病耐受性正相關(guān)的這種有利等位基因的植物或種質(zhì)。另選地，與疾病易感性共分離的標(biāo)記等位基因也可用于本發(fā)明，因?yàn)樗龅任换蚩捎糜阼b定和對(duì)抗選擇疾病易感的植物。此種等位基因可以在育種期間用于排除目的，來(lái)鑒定與耐受性負(fù)相關(guān)的等位基因，從后續(xù)育種輪次中消除易感的植物或種質(zhì)。在本公開中，有利的等位基因賦予SCN抗性。賦予SCN抗性的有利的等位基因可被稱為“抗性等位基因”。標(biāo)記與影響表型的DNA基因座的連接越緊密，標(biāo)記在MAS中越可靠，因?yàn)椴痖_標(biāo)記和基因座的重組事件的可能性降低。含有性狀的因果突變或者在致病基因的編碼序列內(nèi)的標(biāo)記是理想的，因?yàn)樵谒鼈兒拓?fù)責(zé)表型的DNA序列之間預(yù)計(jì)沒有重組。遺傳標(biāo)記在多核苷酸長(zhǎng)度和/或序列的基礎(chǔ)上可以彼此區(qū)分(以及與任何特定標(biāo)記的多個(gè)等位基因區(qū)分)。大量的大豆分子標(biāo)記是本領(lǐng)域已知的，并且可以從各種來(lái)源(諸如soybase.org網(wǎng)絡(luò)資源)公開或獲得?？偟膩?lái)說，在子代中分離的任何差異遺傳的多態(tài)性性狀(包括核酸多態(tài)性)都是潛在的遺傳標(biāo)記。在本公開的一些實(shí)施方案中，選擇一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記等位基因用于單個(gè)植物或植物種群中。在這些方法中，選擇含有來(lái)自多于一個(gè)耐受性標(biāo)記的有利等位基因的植物，或者另選地，使來(lái)自多于一個(gè)耐受性標(biāo)記的有利等位基因滲入到所需種質(zhì)中。技術(shù)人員認(rèn)識(shí)到，有利的標(biāo)記等位基因的鑒定是種質(zhì)特異性的。對(duì)于研究中的特定種質(zhì)，確定哪些標(biāo)記等位基因與耐受性(或易感性)相關(guān)。技術(shù)人員認(rèn)識(shí)到用于鑒定有利的等位基因的方法是本領(lǐng)域已知的。此類有利的等位基因的鑒定和使用在本發(fā)明的范圍內(nèi)。此外，在除了本文使用或描述的種群之外的植物種群中的有利的標(biāo)記等位基因的鑒定也在本發(fā)明的范圍內(nèi)。標(biāo)記檢測(cè)在一些方面，本公開的方法利用擴(kuò)增步驟來(lái)檢測(cè)/基因分析標(biāo)記基因座，但是擴(kuò)增并不總是標(biāo)記檢測(cè)(例如Southern印跡和RFLP檢測(cè))的要求。在擴(kuò)增/檢測(cè)方法中也可以省略單獨(dú)的檢測(cè)探針，例如通過執(zhí)行實(shí)時(shí)擴(kuò)增反應(yīng)，所述實(shí)時(shí)擴(kuò)增反應(yīng)通過在將相關(guān)擴(kuò)增引物摻入產(chǎn)物中時(shí)修飾相關(guān)擴(kuò)增引物，將標(biāo)記的核苷酸摻入擴(kuò)增子來(lái)檢測(cè)產(chǎn)物形成，或通過監(jiān)測(cè)與未擴(kuò)增的前體相比擴(kuò)增子的分子旋轉(zhuǎn)屬性的變化(例如，通過熒光偏振)。“擴(kuò)增”在核酸擴(kuò)增的上下文中是指由此產(chǎn)生所選核酸(或其轉(zhuǎn)錄形式)的額外拷貝的任何過程。在一些實(shí)施方案中，使用基于擴(kuò)增的標(biāo)記技術(shù)，其中引物或擴(kuò)增引物對(duì)與從第一植物或種質(zhì)中分離的基因組核酸混合，并且其中所述引物或引物對(duì)與標(biāo)記基因座的至少一部分互補(bǔ)或部分互補(bǔ)，并且能夠使用植物基因組核酸作為模板通過DNA聚合酶引發(fā)DNA聚合。引物或引物對(duì)在具有DNA聚合酶和模板基因組核酸的DNA聚合反應(yīng)中延伸以產(chǎn)生至少一個(gè)擴(kuò)增子。在其他實(shí)施方案中，植物RNA是擴(kuò)增反應(yīng)的模板。在一些實(shí)施方案中，QTL標(biāo)記是SNP型標(biāo)記，且檢測(cè)的等位基因是SNP等位基因，并且檢測(cè)方法為等位基因特異性雜交(ASH)?？偟膩?lái)說，對(duì)于它們的檢測(cè)，大多數(shù)遺傳標(biāo)記依賴于的核酸的一種或多種屬性。典型的擴(kuò)增方法包括基于聚合酶的各種復(fù)制方法(包括聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR))，連接酶介導(dǎo)的方法(諸如連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(LCR))和基于RNA聚合酶的擴(kuò)增(例如通過轉(zhuǎn)錄)方法。“擴(kuò)增子”是擴(kuò)增的核酸，例如通過任何可用的擴(kuò)增方法(例如PCR、LCR、轉(zhuǎn)錄等)擴(kuò)增模板核酸產(chǎn)生的核酸?！盎蚪M核酸”是細(xì)胞中在序列上對(duì)應(yīng)于可遺傳核酸的核酸。常見的實(shí)例包括核基因組DNA和其擴(kuò)增子。在一些情況下，基因組核酸不同于剪接的RNA或相應(yīng)的cDNA，因?yàn)榧艚拥腞NA或cDNA(例如通過剪接機(jī)械)進(jìn)行加工以除去內(nèi)含子?；蚪M核酸任選地包含非轉(zhuǎn)錄序列(例如染色體結(jié)構(gòu)序列、啟動(dòng)子區(qū)、增強(qiáng)子區(qū)等)和/或非翻譯序列(例如內(nèi)含子)，而剪接的RNA/cDNA通常不具有非轉(zhuǎn)錄序列或內(nèi)含子。“模板核酸”是在擴(kuò)增反應(yīng)(例如，基于聚合酶的擴(kuò)增反應(yīng)諸如PCR，連接酶介導(dǎo)的擴(kuò)增反應(yīng)諸如LCR，轉(zhuǎn)錄反應(yīng)等)中充當(dāng)模板的核酸。模板核酸可以是來(lái)源于基因組，或者另選地可以源自表達(dá)的序列，例如cDNA或EST。關(guān)于這些和其他擴(kuò)增方法的使用細(xì)節(jié)可以在多種標(biāo)準(zhǔn)文本中的任何一篇中找到。許多可用的生物學(xué)文本也具有關(guān)于PCR和相關(guān)擴(kuò)增方法的擴(kuò)展討論，并且技術(shù)人員將理解，基本上任何RNA都可以轉(zhuǎn)化為適合于限制性消化、PCR擴(kuò)增和使用逆轉(zhuǎn)錄酶和聚合酶測(cè)序的雙鏈DNA。也可以根據(jù)本公開執(zhí)行使用通常稱為“TaqManTM”探針的雙標(biāo)記熒光寡核苷酸探針的PCR檢測(cè)和定量。這些探針由用兩種不同熒光染料標(biāo)記的短(例如，20-25個(gè)堿基)寡脫氧核苷酸組成。在每個(gè)探針的5'末端是報(bào)告染料，并且在每個(gè)探針的3'末端發(fā)現(xiàn)淬滅染料。寡核苷酸探針序列與存在于PCR擴(kuò)增子中的內(nèi)部靶序列互補(bǔ)。當(dāng)探針完整時(shí)，在兩個(gè)熒光基團(tuán)之間發(fā)生能量轉(zhuǎn)移，并且報(bào)告基團(tuán)的發(fā)射被淬滅基團(tuán)通過FRET淬滅。在PCR的延伸期期間，探針被反應(yīng)中使用的聚合酶的5'核酸酶活性切割，從而從寡核苷酸-淬滅基團(tuán)中釋放報(bào)告基團(tuán)并產(chǎn)生報(bào)告基團(tuán)發(fā)射強(qiáng)度的增加。TaqManTM探針是具有標(biāo)簽和淬滅基團(tuán)的寡核苷酸，其中所述標(biāo)簽在擴(kuò)增期間通過用于擴(kuò)增的聚合酶的核酸外切酶作用釋放，提供合成期間擴(kuò)增的實(shí)時(shí)測(cè)量。多種TaqManTM試劑可商購(gòu)獲得，例如，來(lái)自AppliedBiosystems以及來(lái)自多個(gè)專業(yè)供應(yīng)商諸如BiosearchTechnologies。在一個(gè)實(shí)施方案中，簡(jiǎn)單地通過多多態(tài)性標(biāo)記區(qū)域的核苷酸測(cè)序來(lái)確定分子標(biāo)記的是否存在。如上述其他方法，此方法容易適應(yīng)高通量分析，例如使用可用的高通量測(cè)序方法諸如雜交測(cè)序。在另選的實(shí)施方案中，可以使用計(jì)算機(jī)模擬方法來(lái)檢測(cè)感興趣的標(biāo)記基因座。例如，包含感興趣的標(biāo)記基因座的核酸序列可以存儲(chǔ)在計(jì)算機(jī)中。所需的標(biāo)記基因座序列或其同源序列可以使用由例如容易獲得的程序(諸如BLAST)或甚至簡(jiǎn)單的字處理程序所提供的合適的核酸搜索算法來(lái)鑒定。雖然在本文的圖和表中提供的示例性標(biāo)記是任一SNP標(biāo)記，但是在本公開的上下文中可以采用上述標(biāo)記類型的任一種來(lái)鑒定涵蓋有助于優(yōu)異的農(nóng)藝性能(例如疾病耐受性或改進(jìn)的疾病耐受性)的遺傳元件的染色體區(qū)間。引物和探針總的來(lái)說，用于制備寡核苷酸(包括探針、引物、分子信標(biāo)、PNA、LNA(鎖核酸)等)的合成方法是已知的。例如，寡核苷酸可根據(jù)所述的固相亞磷酰胺三酯法進(jìn)行化學(xué)合成。寡核苷酸，包括修飾的寡核苷酸，也可以從多種商業(yè)來(lái)源訂購(gòu)。可以克隆和/或合成針對(duì)標(biāo)記基因座的核酸探針。任何合適的標(biāo)簽都可以與本公開的探針一起使用。適合與核酸探針一起使用的可檢測(cè)標(biāo)簽包括，例如，可通過光譜、放射性同位素、光化學(xué)、生物化學(xué)、免疫化學(xué)、電學(xué)、光學(xué)或化學(xué)方式檢測(cè)的任何組合物。有用的標(biāo)簽包括，用于標(biāo)記的鏈霉親和素綴合物染色的生物素、磁珠、熒光染料、放射性標(biāo)簽、酶和比色標(biāo)簽。其他標(biāo)簽包括與用熒光基團(tuán)標(biāo)記的抗體結(jié)合的配體、化學(xué)發(fā)光試劑和酶。探針也可以構(gòu)成用于產(chǎn)生放射性標(biāo)記的擴(kuò)增子的放射性標(biāo)記的PCR引物。不旨在將本公開的核酸探針限于任何特定大小。在一些優(yōu)選的實(shí)施方案中，使用合適的基于PCR的檢測(cè)方法檢測(cè)本公開的分子標(biāo)記，其中PCR擴(kuò)增子的大小或序列指示標(biāo)記(例如，特定標(biāo)記等位基因)是否存在。在這些類型的方法中，PCR引物與多態(tài)性標(biāo)記區(qū)域側(cè)翼的保守區(qū)雜交。如本領(lǐng)域所用，用于擴(kuò)增分子標(biāo)記的PCR引物有時(shí)被稱為“PCR標(biāo)記”或簡(jiǎn)稱為“標(biāo)記”。應(yīng)當(dāng)理解，盡管本文提供了引物的許多具體實(shí)例，但是可以使用任何合適的方法設(shè)計(jì)用于本發(fā)明的合適的引物。不旨在將本發(fā)明限于任何特定的引物或引物對(duì)。在一些實(shí)施方案中，本公開的引物通過任何合適的方式(例如，使用非放射性熒光標(biāo)簽)進(jìn)行放射性標(biāo)記或標(biāo)記，以使得在擴(kuò)增反應(yīng)之后不需要任何另外的標(biāo)記步驟或可視化步驟就能夠快速可視化不同大小擴(kuò)增子。在一些實(shí)施方案中，引物不進(jìn)行標(biāo)記，并且擴(kuò)增子根據(jù)其大小分辨率，例如在瓊脂糖凝膠電泳之后可視化。在一些實(shí)施方案中，根據(jù)大小分辨率的PCR擴(kuò)增子的溴化乙錠染色使得不同大小的擴(kuò)增子可視化。不旨在將本公開的引物限于產(chǎn)生任何特定大小的擴(kuò)增子。例如，本文中用于擴(kuò)增標(biāo)記基因座和等位基因的引物不限于擴(kuò)增相關(guān)基因座的全部區(qū)域。引物可以產(chǎn)生比本文公開的那些更長(zhǎng)或更短的任何合適長(zhǎng)度的擴(kuò)增子。在一些實(shí)施方案中，標(biāo)記擴(kuò)增產(chǎn)生長(zhǎng)度為至少20個(gè)核苷酸、或者另選地長(zhǎng)度為至少50個(gè)核苷酸、或者另選地長(zhǎng)度為至少100個(gè)核苷酸、或者另選地長(zhǎng)度為至少200個(gè)核苷酸的擴(kuò)增子。除本文所述的那些之外的標(biāo)記等位基因也可用于本公開。連鎖分析和QTL連鎖分析“連鎖”或“遺傳連鎖”用于描述一個(gè)標(biāo)記基因座與另一個(gè)標(biāo)記基因座或一些其他基因座(例如，耐受基因座)“相關(guān)”的程度。例如，如果基因座A具有基因“A”或“a”，而基因座B具有基因“B”或“b”，并且具有AABB的親本1和具有aabb的親本2之間的交叉將產(chǎn)生四個(gè)可能的配子，基因在其中被分離為AB、Ab、aB和ab。未預(yù)期的是，將存在獨(dú)立的等同分離為四種可能的基因型中的每一種，即每種基因型的1/4的配子都沒有連鎖。將配子分離成不同于1/4的基因型歸因于連鎖。如本文所用，連鎖可以早兩個(gè)標(biāo)記之間，或者另選地在標(biāo)記和表型之間。標(biāo)記基因座可以與性狀相關(guān)(連鎖)，例如，當(dāng)標(biāo)記基因座與耐受性性狀處于連鎖不平衡(LD)時(shí)，標(biāo)記基因座可以與對(duì)植物病原體的耐受性或改進(jìn)的耐受性相關(guān)。測(cè)量分子標(biāo)記與表型性狀(例如QTL)的連鎖程度，例如，作為所述分子標(biāo)記與表型的共分離的統(tǒng)計(jì)概率。如本文所用，給出分子標(biāo)記與表型之間的連鎖關(guān)系是表型與特定標(biāo)記等位基因是否存在的特定組合是隨機(jī)的統(tǒng)計(jì)可能性。因此，概率分?jǐn)?shù)越低，表型和特定標(biāo)記將會(huì)共分離的可能性越大。在一些實(shí)施方案中，隨機(jī)分配的概率分?jǐn)?shù)為0.05(p＝0.05或5％的概率)被認(rèn)為是共分離的顯著性指標(biāo)。然而，本公開不限于此特定標(biāo)準(zhǔn)，并且可接受的概率可以是小于50％(p<0.5)的任何概率。例如，顯著性概率可以小于0.25、小于0.20、小于0.15或小于0.1。在本申請(qǐng)中短語(yǔ)“緊密連鎖”意指兩個(gè)連鎖基因座之間的重組以等于或小于約10％的頻率發(fā)生(即在遺傳圖譜上分開不超過10cM)。在一個(gè)方面，本公開的任何標(biāo)記物與距離等于或小于50cM的任何其他標(biāo)記物連鎖(遺傳上和物理上)。在另一方面，本公開的任何標(biāo)記物與距離非常接近、例如等于或小于10cM的任何其他標(biāo)記物緊密連鎖(遺傳上和物理上)。在相同染色體上的兩個(gè)緊密連鎖的標(biāo)記可以定位于距離彼此20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1、0.75、0.5或0.25cM或更小。經(jīng)典連鎖分析可以被認(rèn)為是不同性狀的共分離的相對(duì)頻率的統(tǒng)計(jì)描述。連鎖分析是性狀如何基于它們一起分離的頻率分組在一起的良好表征的描述性框架。也就是說，如果兩個(gè)非等位基因性狀以大于隨機(jī)頻率一起遺傳，則稱它們?yōu)椤斑B鎖的”。性狀一起遺傳的頻率是性狀連鎖緊密程度的主要量度，即，以較高頻率一起遺傳的性狀比以較低(但仍高于隨機(jī))頻率遺傳的性狀連鎖更緊密?；蛭挥谌旧w上越遠(yuǎn)，它們一起分離的可能越小，因?yàn)橥慈旧w在減數(shù)分裂期間重組。因此，基因位于染色體上越遠(yuǎn)，在減數(shù)分裂期間將存在交叉事件的可能越大，這將導(dǎo)致標(biāo)記和負(fù)責(zé)性狀的DNA序列，所述標(biāo)記被設(shè)計(jì)為在子代中分別追蹤分離。連鎖的常用度量是性狀共分離的頻率。這可以表示為共分離的百分比(重組頻率)，或者也常以厘摩(cM)表示。連鎖分析用來(lái)確定哪個(gè)多態(tài)標(biāo)記等位基因表現(xiàn)了與耐受性表型(例如，“耐受性標(biāo)記等位基因”)共分離的統(tǒng)計(jì)學(xué)可能性。在鑒定與耐受性表型共分離的標(biāo)記等位基因后，可以使用所述標(biāo)記快速、準(zhǔn)確地篩選耐受性等位基因的植物品系，而不需要通過其生命周期培養(yǎng)植物并等待表型評(píng)價(jià)，并且此外，即使當(dāng)實(shí)際的耐受性QTL的分子身份是未知的時(shí)，也允許針對(duì)特定耐受性等位基因的遺傳選擇。組織樣品可以例如從胚乳、胚胎或成熟/發(fā)育植物中獲取，并用適當(dāng)?shù)姆肿訕?biāo)記篩選，以快速確定哪些后代含有所需的遺傳特征。連鎖標(biāo)記也消除了可以經(jīng)常影響表型表達(dá)的環(huán)境因素的影響。因?yàn)槿旧w距離與性狀之間的交叉事件的頻率近似成比例，所以存在與重組頻率相關(guān)的近似物理距離。標(biāo)記基因座本身是性狀，并且可以根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)連鎖分析通過在分離期間追蹤標(biāo)記基因座來(lái)評(píng)估。因此，在本公開的上下文中，由于在單個(gè)世代中交叉，1cM等于標(biāo)記基因座將與另一個(gè)基因座(其可以是任何其他性狀，例如另一個(gè)標(biāo)記基因座或編碼QTL的另一個(gè)性狀基因座)分離的1％的機(jī)會(huì)。當(dāng)提及兩個(gè)遺傳元件(諸如有助于耐受性的遺傳元件和近端標(biāo)記物)之間的關(guān)系時(shí)，“相引”相連鎖指示在所述耐受性基因座處的“有利”等位基因在相同染色體鏈上作為各自連鎖的標(biāo)記基因座的“有利”等位基因物理締合的狀態(tài)。在相引相中，兩個(gè)有利的等位基因由遺傳所述染色體鏈的后代遺傳在一起。在“相斥”相連鎖中，感興趣基因座處(例如，用于耐受性的QTL)的“有利”等位基因與近端標(biāo)記基因座處的“不利”等位基因物理連鎖，并且兩個(gè)“有利”等位基因不是一起遺傳的(即，兩個(gè)基因座彼此“異相”)。數(shù)量性狀基因座QTL的等位基因可以包含甚至在連續(xù)的基因組區(qū)域或連鎖群(例如單倍型)內(nèi)的多個(gè)基因或其他遺傳因素。如本文所用，疾病抗性基因座的等位基因可以涵蓋多于一個(gè)基因或核苷酸序列，其中每個(gè)個(gè)體基因或核苷酸序列也能夠表現(xiàn)等位基因變異，并且其中每個(gè)基因或核苷酸序列也能夠引發(fā)所討論的數(shù)量性狀的表型效應(yīng)。在本公開的一個(gè)方面，QTL的等位基因包含也能夠表現(xiàn)等位基因變異的一個(gè)或多個(gè)基因或核酸序列。因此，術(shù)語(yǔ)“QTL的等位基因”的使用不旨在排除包含多于一個(gè)基因或其他遺傳因素的QTL。具體地，本發(fā)明中的“QTL的等位基因”可以表示單倍型窗(haplotypewindow)內(nèi)的單倍型，而表型可以是疾病抗性。單倍型窗是可以用一組一個(gè)或多個(gè)多態(tài)性標(biāo)記定義和追蹤的連續(xù)基因組區(qū)域，其中所述多態(tài)性指示血緣一致性(identitybydescent)。所述窗內(nèi)的單倍型可以通過每個(gè)標(biāo)記處的等位基因的獨(dú)特指紋來(lái)定義。當(dāng)存在于染色體上給定基因座處的所有等位基因都相同時(shí)，所述植物在所述基因座處是純合的。如果存在于染色體上給定基因座處的等位基因不同，那么所述植物在所述基因座處是雜合的。本公開的植物在任何特定疾病基因座或?qū)τ谔囟ǘ鄳B(tài)性標(biāo)記可以是純合的或雜合的。用于計(jì)算標(biāo)記和有用QTL之間或基因組中任何基因座之間的連鎖的QTL分析和統(tǒng)計(jì)方法的原理在本領(lǐng)域是熟知的。示例性方法包括懲罰回歸分析、嶺回歸、單點(diǎn)標(biāo)記分析、復(fù)雜譜系分析、貝葉斯MCMC、血緣一致性分析、區(qū)間映射、復(fù)合區(qū)間映射和Haseman-Elston回歸。QTL分析常常借助于可從本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的多種公共和商業(yè)來(lái)源獲得的計(jì)算機(jī)和專用軟件來(lái)執(zhí)行。在本公開的一些實(shí)施方案中，“LOD分?jǐn)?shù)”用于指示標(biāo)記與QTL相關(guān)的可能性。LOD分?jǐn)?shù)基本上表示假設(shè)QTL存在出現(xiàn)的數(shù)據(jù)比不存在QTL的數(shù)據(jù)的可能性大多少。用于避免具有給定置信度(例如95％)的假陽(yáng)性的LOD閾值取決于標(biāo)記的數(shù)量和基因組的長(zhǎng)度。指示LOD閾值的圖表在Lander和Botstein,Genetics,121:185-199(1989)中闡述，并且由Arús和Moreno-González,PlantBreeding,Hayward,Bosemark,Romagosa(編)Chapman&Hall,London,pp.314-331(1993)進(jìn)一步描述。優(yōu)勢(shì)比(LOD)的log10計(jì)算如下：LOD＝log10(對(duì)于QTL的存在的MLE(給定沒有連鎖QTL的MLE))，其中MLE是最大似然估計(jì)。如本文所用，核酸標(biāo)記與QTL遺傳連鎖，其中如通過區(qū)間作圖所判斷的，對(duì)于SCN抗性或部分抗性，所述標(biāo)記核酸分子表現(xiàn)大于2.0的LOD分?jǐn)?shù)，優(yōu)選其中如通過區(qū)間作圖所判斷的，對(duì)于SCN抗性或部分抗性，所述標(biāo)記核酸分子表現(xiàn)大于3.0的LOD分?jǐn)?shù)，更優(yōu)選其中如通過區(qū)間作圖所判斷的，對(duì)于SCN抗性或部分抗性，所述標(biāo)記核酸分子表現(xiàn)大于3.5的LOD分?jǐn)?shù)，并且甚至更優(yōu)選地，其中如通過區(qū)間作圖所判斷的，對(duì)于基于最大似然法的SCN抗性或部分抗性，所述標(biāo)記核酸分子表現(xiàn)約4.0的LOD分?jǐn)?shù)，所述最大似然法由Lander和Botstein,Genetics,121:185-199(1989)描述并且在軟件包MAPMAKER/QTL(缺省參數(shù))(Lincoln和Lander,MappingGenesControllingQuantitativeTraitsUsingMAPMAKER/QTL,WhiteheadInstituteforBiomedicalResearch,Massachusetts(1990))中實(shí)施。遺傳作圖“遺傳圖譜”是給定物種中一個(gè)或多個(gè)染色體(或連鎖群)上的基因座之間遺傳連鎖的關(guān)系，通常以圖解或表格形式描繪?！斑z傳作圖”是通過使用遺傳標(biāo)記，分離標(biāo)記的種群以及重組頻率的標(biāo)準(zhǔn)遺傳原理來(lái)定義基因座的連鎖關(guān)系的過程?！斑z傳圖譜位置”是遺傳圖譜上相對(duì)于相同連鎖群上的周圍遺傳標(biāo)記的位置，其中可在給定物種中發(fā)現(xiàn)特定標(biāo)記。相比之下，基因組的物理圖譜是指絕對(duì)距離(例如，以堿基對(duì)或分離和重疊的連續(xù)遺傳片段(例如重疊群)測(cè)量)?；蚪M的物理圖譜不考慮物理圖譜上不同點(diǎn)之間的遺傳行為(例如，重組頻率)?！斑z傳重組頻率”是兩個(gè)遺傳基因座之間交叉事件(重組)的頻率?？梢酝ㄟ^追蹤減數(shù)分裂后的標(biāo)記和/或性狀的分離來(lái)觀察重組頻率?；蛑亟M頻率可以以厘摩(cM)表示。在一些情況下，兩個(gè)不同的標(biāo)記可以具有相同的遺傳圖譜坐標(biāo)。在這種情況下，兩個(gè)標(biāo)記彼此非常接近，使得在它們之間發(fā)生的重組具有非常低的頻率以致于檢測(cè)不到?；驁D譜是基因組(或基因組的一部分，諸如單個(gè)染色體)的圖形表示，其中標(biāo)記之間的距離通過它們之間的重組頻率測(cè)量。植物育種者使用分子標(biāo)記的遺傳圖譜通過標(biāo)記輔助選擇(MAS)來(lái)增加育種效率，所述標(biāo)記輔助選擇過程中感興趣的性狀的選擇不基于性狀本身，而是基于與所示性狀連鎖的標(biāo)記的基因型。證明與表型性狀可靠連鎖的分子標(biāo)記為植物種群中的間接選擇性狀提供了有用的工具，特別是當(dāng)準(zhǔn)確的表型分型困難、緩慢或昂貴時(shí)。總的來(lái)說，在遺傳圖譜上更接近的兩個(gè)標(biāo)記或基因組基因座，它們?cè)谖锢韴D上也彼此更靠近。由于基因重組的可能性在整個(gè)基因組中不均勻的事實(shí)，cM距離和物理距離之間精確的比例的缺乏可以存在；一些染色體區(qū)域是交叉“熱點(diǎn)”，而其他區(qū)域僅顯示罕見的重組事件(如果有的話)。也可以在相同作物物種的不同種群之間觀察到遺傳作圖變異性。盡管在種群之間可能發(fā)生遺傳圖譜的這種變異性，但是從一個(gè)群體來(lái)源的遺傳圖譜和標(biāo)記信息在鑒定具有所需性狀的植物、反選擇具有不需要的性狀的植物以及指導(dǎo)MAS方面通常在多個(gè)種群中依然有用。如本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到的，在任何特定種群中的重組頻率(并且其結(jié)果是遺傳圖譜位置)都不是靜態(tài)的。分開兩個(gè)標(biāo)記(或標(biāo)記和QTL)的遺傳距離可以根據(jù)圖譜位置如何確定而變化。例如，變量諸如所使用的親本作圖種群、在標(biāo)記物作圖或QTL作圖中使用的軟件以及由作圖軟件的用戶輸入的參數(shù)可以有助于QTL標(biāo)記遺傳圖譜關(guān)系。然而，本發(fā)明不旨在限于任何特定的作圖種群、使用任何特定的軟件或任何特定的軟件參數(shù)組來(lái)確定特定標(biāo)記或染色體區(qū)間與疾病耐受表型的連鎖。將本文所述的新特征外推至任何基因庫(kù)或感興趣的種群并使用任何特定軟件和軟件參數(shù)，完全在本領(lǐng)域普通技術(shù)人員能力之內(nèi)。實(shí)際上，除了本文所述的那些種群之外，關(guān)于種群中的遺傳標(biāo)記和染色體區(qū)間的觀察結(jié)果可以使用本公開的教導(dǎo)很容易地完成。關(guān)聯(lián)作圖在一個(gè)方面，本公開提供了用于進(jìn)行SCN抗性的全基因組關(guān)聯(lián)作圖的染色體區(qū)間、標(biāo)記基因座、種質(zhì)。示例性染色體區(qū)間和標(biāo)記基因座在表3中提供。也考慮由表中公開的任何兩個(gè)標(biāo)記基因座限定的較小的區(qū)間。關(guān)聯(lián)作圖或LD作圖技術(shù)目的在于鑒定顯著的基因型-表型關(guān)聯(lián)。它對(duì)于異型雜交物種中的精細(xì)作圖是有效的，其中雜合子中的頻率重組可以導(dǎo)致快速LD衰變。LD是個(gè)體集合中等位基因的非隨機(jī)關(guān)聯(lián)，反映所述區(qū)域的重組歷史。因此，LD衰變平均值可以幫助確定全基因組關(guān)聯(lián)研究產(chǎn)生具有所需水平的分辨率的遺傳圖譜所必需的標(biāo)記的數(shù)量。大種群更適合于檢測(cè)重組，而較老齡種群通常與更高水平的多態(tài)性相關(guān)，這兩者都有助于加速LD衰變。然而，較小的有效種群大小往往顯示出較慢的LD衰變，這可以導(dǎo)致更廣泛的單倍型保守。理解多態(tài)性和重組之間的關(guān)系在開發(fā)用于從這些資源有效地提取信息的策略中是有用的。關(guān)聯(lián)分析對(duì)比了植物的表型分?jǐn)?shù)與不同基因座的基因型。隨后，可以使用任何合適的大豆遺傳圖譜(例如，復(fù)合圖譜)來(lái)幫助使用先前確定的標(biāo)記物的圖譜位置觀察所鑒定的QTL標(biāo)記和/或QTL標(biāo)記簇的分布。標(biāo)記輔助選擇、植物育種和基因組基因滲入標(biāo)記輔助選擇“基因滲入”是指所需的遺傳基因座的等位基因從一種遺傳背景到另一種遺傳背景的傳遞。例如，在指定基因座處所需的等位基因的基因滲入可以經(jīng)由相同物種的兩個(gè)親本之間的有性雜交傳遞給至少一個(gè)子代，其中至少一個(gè)所述親本在其基因組中具有所需的等位基因。另選地，例如，等位基因的傳遞可以通過兩個(gè)供體基因組之間的重組發(fā)生，例如在融合的原生質(zhì)體中，其中至少一個(gè)供體原生質(zhì)體在其基因組中具有所需的等位基因。所需的等位基因可以是，例如所選擇的標(biāo)記的等位基因、QTL、轉(zhuǎn)基因等。在任何情況下，包含所需等位基因的后代可以重復(fù)回交至具有所需遺傳背景的品系，并且選擇所需等位基因以使等位基因在所選擇的遺傳背景中固定。作物物種中分子標(biāo)記開發(fā)的主要?jiǎng)訖C(jī)是通過標(biāo)記輔助選擇(MAS)提高植物育種效率的潛力。遺傳標(biāo)記被用于鑒定在一個(gè)或多個(gè)基因座處含有所需基因型的植物，并且預(yù)期將所需的基因型連同所需的表型一起轉(zhuǎn)移到它們的后代。遺傳標(biāo)記被用于鑒定在一個(gè)基因座處或在幾個(gè)不連鎖或連鎖的基因座(例如單倍型)處含有所需基因型的植物，并且將預(yù)期將所需的基因型連同所需的表型一起轉(zhuǎn)移到它們的后代。本公開提供了通過鑒定具有與rhg1d連鎖的指定等位基因的植物來(lái)鑒定耐受的植物、表現(xiàn)出改進(jìn)的耐受性的植物或?qū)CN感染易感的植物的方式?？偟膩?lái)說，MAS使用已經(jīng)鑒定為具有與耐受性性狀共分離的顯著可能性的多態(tài)性標(biāo)記。此類標(biāo)記被假定為在給予植物耐受性表型的一個(gè)或多個(gè)基因附近作圖，并且被認(rèn)為是所需性狀的指示，并且被稱為QTL標(biāo)記。測(cè)試植物在QTL標(biāo)記中是否存在所需等位基因。包括與一個(gè)或多個(gè)耐受性性狀連鎖的一個(gè)或多個(gè)標(biāo)記基因座的植物或種質(zhì)的鑒定提供了執(zhí)行標(biāo)記輔助選擇的基礎(chǔ)。選擇包含有利標(biāo)記或有利等位基因的植物，同時(shí)可以反向選擇包含與耐受性負(fù)相關(guān)的標(biāo)記或等位基因的植物。所需的標(biāo)記和/或等位基因可以滲入具有所需(例如，原種的或外來(lái)的)遺傳背景的植物中以產(chǎn)生滲入耐受的植物或種質(zhì)。在一些方面，考慮多個(gè)耐受性標(biāo)記被依次或同時(shí)地選擇和/或滲入。在單個(gè)植物中選擇的耐受性標(biāo)記的組合不受限制，并且可以包括本文公開的標(biāo)記、或與本文公開的標(biāo)記連鎖的任何標(biāo)記、或位于本文限定的QTL區(qū)間內(nèi)的任何標(biāo)記的任何組合。在一些實(shí)施方案中，所檢測(cè)的等位基因是與疾病耐受性或改進(jìn)的疾病耐受性正相關(guān)的有利等位基因。在選擇了多于一種標(biāo)記的情況下，為每個(gè)標(biāo)記選擇等位基因；因此，選擇兩個(gè)或更多個(gè)等位基因。在一些實(shí)施方案中，可以是標(biāo)記基因座將具有多于一個(gè)有利的等位基因的情況，并且在這種情況下，可以選擇任一等位基因。應(yīng)當(dāng)理解，鑒定與大豆植物對(duì)疾病狀況的耐受性、改進(jìn)的耐受性或易感性相關(guān)的QTL標(biāo)記基因座等位基因的能力同樣提供了用于選擇具有有利的標(biāo)記基因座的植物的方法。也就是說，可以選擇被鑒定為包含所需標(biāo)記基因座(例如，與耐受性正相關(guān)的標(biāo)記等位基因)的任何植物，同時(shí)可以反向選擇缺乏基因座或具有與耐受性負(fù)相關(guān)的基因座的植物。在一些實(shí)施方案中，可以將疾病耐受的第一大豆植物或種質(zhì)(供體)與第二大豆植物或種質(zhì)(受體，例如原種的或外來(lái)的大豆，取決于子代中所需的性狀)雜交以產(chǎn)生作為設(shè)計(jì)用于改進(jìn)受體大豆植物或種質(zhì)的疾病耐受性的育種程序的一部分的基因滲入的大豆植物或種質(zhì)。在一些方面，受體植物也可以含有一個(gè)或多個(gè)疾病耐受基因座，其可以是質(zhì)量性狀基因座或數(shù)量性狀基因座。在另一方面中，受體植物可以含有轉(zhuǎn)基因。在一些實(shí)施方案中，與第一大豆植物或種質(zhì)相比，受體大豆植物或種質(zhì)通常表現(xiàn)出對(duì)疾病狀況的降低的耐受性，而與第二植物或種質(zhì)相比，基因滲入的大豆植物或種質(zhì)將顯示對(duì)疾病狀況的增加的耐受性。通過這些方法產(chǎn)生的基因滲入的大豆植物或種質(zhì)也是本發(fā)明的特征。MAS是選擇所需的表型以及將所需的性狀滲入到栽培種中(例如，將所需的性狀滲入原種品系中)的有力捷徑。MAS容易適應(yīng)于高通量分子分析方法，其可以快速地在植物或種質(zhì)遺傳材料中篩選大量感興趣的標(biāo)記，并且比提高和觀察植物的可見性狀更有成本效益。當(dāng)種群分離影響一個(gè)或多個(gè)性狀的多個(gè)基因座(例如，涉及耐受性的多個(gè)基因座、或分別涉及對(duì)不同疾病的耐受性或抗性的多個(gè)基因座)時(shí)，MAS的效率與表型篩選相比變得更大，因?yàn)樗械幕蜃伎梢栽趯?shí)驗(yàn)室中從單個(gè)DNA樣品中一起評(píng)估。標(biāo)記輔助回交MAS的一個(gè)應(yīng)用是使用耐受性或改進(jìn)的耐受性標(biāo)記以增加目的在于將耐受性QTL引入所需的(通常是高產(chǎn)量)背景的基因滲入工作的效率。如果來(lái)自植物的核酸對(duì)于所需的遺傳標(biāo)記等位基因是陽(yáng)性的，則植物可以進(jìn)行自花受精以產(chǎn)生具有相同基因型的純種品系，或者其可以與具有相同標(biāo)記或具有其他性狀的植物雜交以產(chǎn)生有性雜交的雜種世代。植物育種中MAS的另一個(gè)用途是通過回交育種來(lái)協(xié)助輪回親本基因型的回復(fù)?；亟挥N是將后代與其親本或親本品系之一雜交的過程?；亟煌ǔＪ浅鲇趯?lái)自供體親本(例如，包含所需的耐受性標(biāo)記基因座的親本)的一個(gè)或一些基因座滲入來(lái)自輪回親本另外所需的遺傳背景(例如，另外的高產(chǎn)量品系)中的目的完成。所完成的回交的循環(huán)越多，輪回親本對(duì)所得滲入變種的遺傳貢獻(xiàn)越大。這常常是必要的，因?yàn)槟褪艿闹参锟赡苁瞧渌矫娌恍枰模?，由于低產(chǎn)量、低繁殖力等。相比之下，作為密集育種程序的結(jié)果的植株可以具有優(yōu)異的產(chǎn)量、繁殖力等，僅僅缺乏一種所需的性狀，諸如對(duì)SCN感染的耐受性。而且，在另一方面，在保持引入的標(biāo)記與抗性相關(guān)的同時(shí)，可以通過回交或其他合適的方法降低提供疾病抗性的植物的遺傳貢獻(xiàn)。在一個(gè)方面，源自植物中的供體材料的核遺傳材料可以是來(lái)自植物中的供體材料的核基因材料可以小于或約50％、小于或約25％、小于或約13％、小于或約5％、3％、2％或1％，但是受體仍然對(duì)疾病抗性。遺傳多樣性對(duì)于任何育種程序中的長(zhǎng)期遺傳獲得量都是重要的。由于有限的多樣性，當(dāng)所有有利的等位基因已經(jīng)在原種種群中固定時(shí)，遺傳獲得量將最終穩(wěn)定。一個(gè)目標(biāo)是將多樣性納入原種庫(kù)，而不喪失已經(jīng)得到的遺傳獲得量，并且盡可能少的投入。MAS提供了來(lái)自原始祖先的哪些基因組區(qū)域和哪些有利等位基因已經(jīng)被選擇并隨時(shí)間保守的指示，這有助于懷著找到目前原種基因庫(kù)中不存在的有利等位基因的希望從外來(lái)的種質(zhì)資源(與原種基因庫(kù)無(wú)關(guān)的親本)引入有利的變種。SCN抗性的三基因模型(Tri-genicModel)如Concibido等在2004的年綜述文章(CropSci.44:1121-1131)中所指出的，針對(duì)SCN抗性性狀的大多數(shù)QTL作圖研究已經(jīng)鑒定了連鎖群G和A2的rhg1和Rhg4區(qū)域分別對(duì)SCN抗性表型做出最顯著的貢獻(xiàn)。這兩個(gè)基因座據(jù)報(bào)道解釋了超過98％的SCN抗性(Meksem等(2001)TAG103(5):710-717)。認(rèn)識(shí)到這一點(diǎn)，兩個(gè)連鎖群已經(jīng)在兩個(gè)區(qū)域內(nèi)克隆了候選基因(Hauge等2001；LightfootandMeksem,2002)。Concibido等2004年引用的大多數(shù)研究使用SCN品種3完成，但是同樣的已經(jīng)發(fā)現(xiàn)對(duì)于SCN品種1也是正確的(Guo等2006)。在這里，我們第一次報(bào)道了對(duì)于SCN品種1抗性，需要三個(gè)基因座：rhg1、Rhg4和rhg1d(圖1和圖2)。rhg1d基因座位于連鎖群B1上?；谄贩N1抗性的大豆系與品種1易感的品系的基因組區(qū)域之間的指紋數(shù)據(jù)的比較，在rhg1d基因座處出現(xiàn)匹配的共分離模式。進(jìn)一步的分析顯示所述區(qū)域包括rhg1等位基因的區(qū)域的重復(fù)。因此，我們將所述新基因座稱為rhg1d。雖然先前使用rhg1和Rhg4基因座產(chǎn)生了SCN品種1抗性品系，但是育種者不能維持SCN品種1抗性。本公開使育種者能夠通過跟蹤與先前描述的rhg1和Rhg4基因座結(jié)合的rhg1d基因座的存在來(lái)維持品種1抗性。本公開包括并提供了使用分子標(biāo)記產(chǎn)生SCN抗性的大豆植物的方法以選擇含有來(lái)自rhg1、Rhg4和rhg1d中每一種的至少一種標(biāo)記的一種或多種大豆植物。遺傳連鎖的并且可用于選擇rhg1和Rhg4基因座的標(biāo)記是本領(lǐng)域熟知的。本文描述了與rhg1d基因座遺傳連鎖的標(biāo)記(表3)。在一些實(shí)施方案中，本公開提供了用于產(chǎn)生對(duì)SCN品種1至16中的至少一種具有抗性或中等抗性的大豆植物種群的方法，所述方法包括：(a)在大豆植物或種子的第一種群中檢測(cè)至少一個(gè)標(biāo)記等位基因的存在，所述至少一個(gè)標(biāo)記等位基因與rhg1、Rhg4和rhg1dSCN抗性基因座遺傳連鎖并且在約20、15、10、5、2.5、1、0.5、0.25cM內(nèi)；(b)選擇含有遺傳連鎖的標(biāo)記等位基因的大豆植物或種子；和(c)從所選擇的大豆植物或種子產(chǎn)生后代種群。在一些實(shí)施方案中，與rhg1、Rhg4和rhg1dSCN抗性基因座中的每一個(gè)遺傳連鎖的標(biāo)記等位基因的檢測(cè)同時(shí)進(jìn)行，例如在多重反應(yīng)中進(jìn)行。在其他實(shí)施方案中，與rhg1、Rhg4和rhg1dSCN抗性基因座中的每一個(gè)遺傳連鎖的標(biāo)記等位基因的檢測(cè)分開進(jìn)行，例如在獨(dú)立反應(yīng)中進(jìn)行。在本公開的一些實(shí)施方案中，所述方法能夠產(chǎn)生對(duì)SCN品種1抗性的植物。在本公開的一些實(shí)施方案中，所述方法能夠產(chǎn)生對(duì)SCN品種3抗性的植物。在本公開的一些實(shí)施方案中，所述方法能夠產(chǎn)生對(duì)SCN品種2抗性的植物。在本公開的一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，SCN抗性的來(lái)源是Peking來(lái)源的。使用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑增強(qiáng)中等抗性大豆種質(zhì)中的SCN抗性如通過與SCN抗性相關(guān)的許多QTL及其對(duì)SCN品種的特異性的綜合評(píng)價(jià)所示，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解與控制SCN感染相關(guān)的復(fù)雜性。雖然育種者已經(jīng)成功地開發(fā)了SCN抗性的大豆品系，但由于抗性的復(fù)雜和多基因性質(zhì)，育種既困難又耗時(shí)?？剐猿３Ｊ瞧贩N特異性的，并且由于本領(lǐng)域中SCN種群的改變不能提供隨時(shí)間的穩(wěn)定性。此外，當(dāng)在不存在SCN的情況下培養(yǎng)時(shí)，許多抗性大豆變種帶來(lái)顯著的產(chǎn)量損失。因此需要其中改進(jìn)給定大豆種質(zhì)的SCN抗性的方法。本文提供了進(jìn)一步改進(jìn)某些大豆種質(zhì)的產(chǎn)量和/或?qū)CN的抗性的方法。具體而言，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，表現(xiàn)出一定水平的SCN抗性的某些轉(zhuǎn)基因和非轉(zhuǎn)基因大豆種質(zhì)的產(chǎn)量和/或SCN抗性可以通過使用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物進(jìn)一步增強(qiáng)。在一些實(shí)施方案中，這樣的改進(jìn)可以包括對(duì)SCN品種易感的大豆種質(zhì)中的SCN品種的抗性水平的增加。在一些實(shí)施方案中，表現(xiàn)出品種3SCN抗性但僅表現(xiàn)出可忽略的中等品種1SCN抗性的源自PI88788的大豆種質(zhì)在用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物處理時(shí)可以表現(xiàn)出對(duì)品種1SCN抗性的出乎意料的增加，其超過由單獨(dú)的化合物賦予的品種1SCN抗性。如本文所用，短語(yǔ)“3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物”是指下式的化合物：其中A和C為芳基，其可以各自獨(dú)立地被一個(gè)或多個(gè)取代基和其鹽取代。如本文所用，短語(yǔ)“大豆孢囊線蟲抗性種質(zhì)”和“SCN抗性種質(zhì)”是指包含賦予對(duì)至少一種SCN品種的至少中等SCN抗性的轉(zhuǎn)基因或賦予對(duì)至少一種SCN品種的至少中等SCN抗性的內(nèi)源染色體基因座的大豆植物。在一些實(shí)施方案中，本文提供的方法中使用的SCN抗性種質(zhì)包含與SCN抗性相關(guān)的單倍型。此類單倍型在大豆種質(zhì)中發(fā)現(xiàn)，其包括但不限于Peking、PI88788、PI437654和其衍生物。此類大豆種質(zhì)通過使種質(zhì)經(jīng)受各種SCN品種的感染并對(duì)所觀察到的SCN抗性的水平進(jìn)行評(píng)分可以很容易地鑒定。通常，本文所用的方法包括用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物處理大豆植物、大豆種子或用于培養(yǎng)大豆的土壤?？梢允褂玫氖纠允?Ia)或(Ib)的3,5-二取代-1,2,4-噁二唑和其鹽包括下式的化合物其中Ar1為苯基、吡啶基、吡嗪基、噁唑基或異惡唑基，它們可以各自任選地獨(dú)立地被一個(gè)或多個(gè)取代基取代。在一個(gè)實(shí)施方案中，Ar1任選地獨(dú)立地被選自由烷基、鹵代烷基、烷氧基、鹵代烷氧基、鹵素、酰基、酯和腈組成的組的一個(gè)或多個(gè)取代基取代，其可以各自任選地獨(dú)立地被取代。在一個(gè)實(shí)施方案中，Ar1任選地獨(dú)立地被選自由鹵素、CF3、CH3、OCF3、OCH3、CN和C(H)O組成的組的一個(gè)或多個(gè)取代基取代。在某些實(shí)施方案中，Ar2是噻吩基、呋喃基、噁唑基、異噁唑基或苯基，其可以各自任選地獨(dú)立地被取代。在一個(gè)實(shí)施方案中，Ar2任選地獨(dú)立地被選自由氟、氯、CH3和OCF3組成的組的一個(gè)或多個(gè)取代基取代。在一些實(shí)施方案中，Ar1是未取代的苯基。在其他實(shí)施方案中，Ar1是單取代的苯基，其中取代基為鹵素。在其他實(shí)施方案中，Ar1是二取代的氯烷基苯基。在一些實(shí)施方案中，Ar2是取代的噻吩基或取代的呋喃基。在一些實(shí)施方案中，Ar2是未取代的噻吩基或未取代的呋喃基。在一些實(shí)施方案中，3,5-二取代-1,2,4-噁二唑是式(III)的化合物或其鹽，其中R1和R5獨(dú)立地選自氫、CH3、F、Cl、Br、CF3和OCF3；R2和R4獨(dú)立地選自氫、F、Cl、Br和CF3；R3選自氫、CH3、CF3、F、Cl、Br、OCF3、OCH3、CN和C(H)O；R7和R8獨(dú)立地選自氫和氟；R9選自氫、F、Cl、CH3和OCF3；并且E為O、N或S。用于制備3,5-二取代-1,2,4-噁二唑的方法公開于美國(guó)專利申請(qǐng)US20090048311和共同轉(zhuǎn)讓的美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/933,616中，所述申請(qǐng)各自以引用的方式整體明確地并入本文。可用于本文提供的方法中的包含3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物的組合物也包括但不限于，各種水性懸浮濃縮物，其中3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物以懸浮固體顆粒的形式提供。包含固體顆粒形式的3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物的水性懸浮濃縮物以及在共同轉(zhuǎn)讓的美國(guó)專利申請(qǐng)?zhí)?3/933,616中公開的所述化合物的制備方法以引用的方式整體明確地并入本文。包含3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物的組合物可以改進(jìn)對(duì)至少一種SCN品種表現(xiàn)出至少中等抗性的大豆種質(zhì)中的SCN抗性。當(dāng)用約500至約1,000個(gè)SCN卵每100立方厘米土壤或約1,000至約2,000個(gè)SCN卵每100立方厘米土壤的SCN攻擊化合物處理的大豆種質(zhì)時(shí)，可以獲得此類SCN抗性的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，當(dāng)對(duì)至少一種SCN品種表型出至少中等抗性的大豆種質(zhì)用另一種大豆種質(zhì)易感的SCN品種進(jìn)行攻擊時(shí)，獲得了SCN抗性的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，通過3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物與SCN抗性大豆種質(zhì)結(jié)合使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)超過通過大豆種質(zhì)單獨(dú)使用或所述化合物單獨(dú)使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，通過3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物與SCN抗性大豆種質(zhì)結(jié)合使用所獲得的SCN復(fù)制的降低是通過大豆種質(zhì)單獨(dú)使用以及所述化合物單獨(dú)使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)的累加總和。在一些實(shí)施方案中，通過3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物與SCN抗性大豆種質(zhì)結(jié)合使用所獲得的SCN復(fù)制的降低大于通過大豆種質(zhì)單獨(dú)使用以及所述化合物單獨(dú)使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)的累加總和。在一些實(shí)施方案中，通過使用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物所獲得的SCN種質(zhì)中SCN抗性的改進(jìn)，與未用所述化合物處理的SCN抗性種質(zhì)相比，在用所述化合物處理的SCN抗性種質(zhì)中包含至少約5％、10％、20％、30％、或更大的SCN復(fù)制的降低。在一些實(shí)施方案中，通過使用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物所獲得的SCN種質(zhì)中SCN抗性的改進(jìn)，與已經(jīng)用所述化合物處理的SCN易感種質(zhì)相比，在用所述化合物處理的SCN抗性種質(zhì)中包含至少約5％、10％、20％、30％、或更大的SCN復(fù)制的降低。在一些實(shí)施方案中，對(duì)SCN的第一品種具有中等抗性但對(duì)SCN的第二品種敏感的SCN抗性種質(zhì)在用所述化合物處理時(shí)對(duì)SCN的第二品種可以表現(xiàn)出中等抗性。在一個(gè)具體實(shí)施方案中，對(duì)品種1SCN易感的源自PI18788的大豆種質(zhì)在用所述化合物處理時(shí)對(duì)品種1SCN可以表現(xiàn)出中等抗性，其超過種質(zhì)單獨(dú)或化合物單獨(dú)賦予的對(duì)品種1SCN的抗性。包含3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物的組合物也可以改進(jìn)對(duì)至少一種SCN品種表現(xiàn)出至少中等抗性的大豆種質(zhì)的產(chǎn)量。當(dāng)用約500至約1,000個(gè)SCN卵每100立方厘米土壤、或約1,000至約2,000個(gè)SCN卵每100立方厘米土壤、或約2,000個(gè)SCN卵或更多每100立方厘米土壤的SCN攻擊化合物處理的大豆種質(zhì)時(shí)，可以獲得此類產(chǎn)量的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，當(dāng)對(duì)至少一種SCN品種表型出至少中等抗性的大豆種質(zhì)用另一種大豆種質(zhì)易感的SCN品種進(jìn)行攻擊時(shí)，獲得了產(chǎn)量的改進(jìn)。在某些實(shí)施方案中，通過3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物與SCN抗性大豆種質(zhì)結(jié)合使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)超過通過大豆種質(zhì)單獨(dú)使用或所述化合物單獨(dú)使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，通過3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物與SCN抗性大豆種質(zhì)結(jié)合使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)是通過大豆種質(zhì)單獨(dú)使用以及所述化合物單獨(dú)使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)的累加總和。在某些實(shí)施方案中，通過3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物與SCN抗性大豆種質(zhì)結(jié)合使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)大于通過大豆種質(zhì)單獨(dú)使用以及所述化合物單獨(dú)使用所獲得的產(chǎn)量的改進(jìn)的累加總和。在某些實(shí)施方案中，通過使用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物所獲得的SCN種質(zhì)的產(chǎn)量的改進(jìn)，與未用所述化合物處理的SCN抗性種質(zhì)相比，在用所述化合物處理的SCN抗性種質(zhì)中包含至少約5％、10％、20％、30％、或更大的產(chǎn)量的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，通過使用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物所獲得的SCN種質(zhì)的產(chǎn)量的改進(jìn)，與用所述化合物處理的SCN易感種質(zhì)相比，在用所述化合物處理的SCN抗性種質(zhì)中包含至少約5％、10％、20％、30％、或更大的產(chǎn)量的改進(jìn)。在一些實(shí)施方案中，對(duì)SCN的第一品種具有中等抗性但對(duì)SCN的第二品種敏感的SCN抗性種質(zhì)在用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物處理時(shí)對(duì)SCN的第二品種可以表現(xiàn)出中等抗性。在另一實(shí)施方案中，對(duì)品種1SCN易感的源自PI18788的大豆種質(zhì)在用3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物處理時(shí)對(duì)品種1SCN可以表現(xiàn)出中等抗性，其超過種質(zhì)單獨(dú)或3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物單獨(dú)賦予的對(duì)品種1SCN的抗性。在其他實(shí)施方案中，包含3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物和SCN抗性種子的組合物可以進(jìn)一步包含另外的殺蟲活性劑，其包括但不限于殺真菌劑和殺蟲劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，殺真菌劑和殺蟲劑選自由嗜球果傘素類(例如唑菌胺酯、嘧菌酯和氟嘧菌酯)、三唑類(例如種菌唑和丙硫菌唑)、新煙堿類(例如噻蟲胺、噻蟲嗪和吡蟲啉)、苯酰胺類(例如甲霜靈和精甲霜靈)、二酰胺類(例如溴氰蟲酰胺和氯蟲苯甲酰胺)、甲酰胺類(例如氟唑菌酰胺、氟吡菌酰胺和環(huán)丙吡菌胺)、苯基吡咯(例如咯菌腈)和苯并咪唑(例如噻苯達(dá)唑噻菌)組成的組。在一些實(shí)施方案中，本公開提供了包含賦予對(duì)選自由品種1至16組成的組的一個(gè)或多個(gè)SCN品種的低等或中等抗性的SCN抗性基因座組合的大豆種子，其中所述大豆種子用包含3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物的組合物包被。在其他實(shí)施方案中，本文提供的大豆種子用選自約0.005、0.01、0.05、0.1、0.2、0.3、0.4、0.5、0.6、0.7、0.8、1.0、1.5和2.0mg/種子組成的組中的劑量的3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物包被。在一些實(shí)施方案中，本公開進(jìn)一步提供了在具有中等或高等SCN壓力的田地中培養(yǎng)大豆植物的方法，所述方法包括：(a)在具有中等或高等SCN壓力的田地中種植包含賦予對(duì)選自由品種1至16組成的組的一個(gè)或多個(gè)SCN品種的低等或中等抗性的SCN抗性基因座組合的大豆種子，其中所述大豆種子用包含3,5-二取代-1,2,4-噁二唑化合物的組合物包被；以及(b)從所述大豆種子中培養(yǎng)大豆植物。田地中的SCN壓力的水平可以根據(jù)表8中的比例進(jìn)行評(píng)估。SCN壓力可以選自由250和500之間、350和600之間、450和700之間、550和800之間、650和900之間、750和1000之間、850和1100之間、950和1200之間、1050和1300之間、1150和1400之間、1250和1500之間、1350和1600之間、1450和1700之間、1550和1800之間、1650和1900之間、1750和2000之間的SCN卵每100立方厘米土壤組成的組。包括用于選擇包含感興趣的標(biāo)記的植物和/或用于將標(biāo)記的存在與耐受性相關(guān)聯(lián)的自動(dòng)化系統(tǒng)的系統(tǒng)也是本公開的特征。這些系統(tǒng)可以包括與標(biāo)記基因座檢測(cè)相關(guān)的探針、用于檢測(cè)探針上的標(biāo)簽的檢測(cè)器、適當(dāng)?shù)牧黧w處理元件以及混合探針和模板和/或擴(kuò)增模板和系統(tǒng)指令的溫度控制器，所述系統(tǒng)指令將標(biāo)簽檢測(cè)與特定標(biāo)記基因座或等位基因相關(guān)聯(lián)。在一方面，本發(fā)明可以用于選自大豆屬(GlycineWilld)的任何植物上。在另一方面，所述植物選自物種大豆(Glycinemax)(馴化的大豆)或野大豆(Glycinesoja)(野生大豆)。在一個(gè)優(yōu)選的方面，本公開提供了通過任何方法測(cè)定對(duì)疾病的抗性或易感性的植物，以確定植物是否具有抗性、易感性或者是否表現(xiàn)出一定程度的抗性或易感性。植物種群可以以這種方式類似地表征，或隨著對(duì)疾病耐受性性狀的分離進(jìn)一步表征。還應(yīng)理解，本公開的植物可以表現(xiàn)出任何相對(duì)成熟期組的特征。在一個(gè)方面，成熟組選自由早熟變種、中季成熟變種和全季變種組成的組。本公開還提供了本公開的植物部分。植物部分包括但不限于種子、胚乳、胚珠和花粉。在本公開的一個(gè)特別優(yōu)選的方面，所述植物部分是種子。在另一方面，大豆種子可以經(jīng)受各種處理。例如，可以通過引發(fā)種子或通過消毒處理種子以防止種子攜帶的病原體來(lái)改進(jìn)萌發(fā)。在另一方面，種子可以用任何可用的包衣進(jìn)行包被以改進(jìn)例如適種性、種子出苗以及防止種子攜帶的病原體。種子包衣可以是任何形式的種子包衣，其包括但不限于造粒、膜包衣和結(jié)殼。在另一方面，與非抗性對(duì)照大豆植物相比，大豆植物可以顯示出比較抗性。在這方面，除了所討論的疾病抗性等位基因之外，對(duì)照大豆植物將優(yōu)選為遺傳上相似的。此類植物可以在與等同或接近等同暴露于病原體的類似條件下生長(zhǎng)。在另一方面，本公開提供由所公開的大豆植物制備的加工產(chǎn)物。此類產(chǎn)物包括但不限于粕、油、植物提取物、淀粉或者發(fā)酵或消化產(chǎn)物。本文引用了各種專利和非專利出版物，其公開分別以引用的方式整體并入本文。因?yàn)榭稍诓幻撾x本公開的范圍的情況下對(duì)本文描述和說明的結(jié)構(gòu)和方法做出各種修改，所以意圖在前面描述中含有的以及在附圖中顯示的所有事項(xiàng)都應(yīng)解釋為說明性的而不具有限制性意義。本公開的廣度和范圍不應(yīng)受任何上述示例性實(shí)施方案限制，而應(yīng)僅根據(jù)以下所附權(quán)利要求和其等效物定義。用于描述本公開的用于雜交和生產(chǎn)變種的常用育種術(shù)語(yǔ)和方法的描述可以在若干參考書之一中找到(Allard,“PrinciplesofPlantBreeding,”JohnWiley&Sons,NY,U.ofCA,Davis,CA,50-98,1960；Simmonds,“Principlesofcropimprovement,”Longman,Inc.,NY,369-399,1979；Sneep和Hendriksen,“Plantbreedingperspectives,”Wageningen(編),CenterforAgriculturalPublishingandDocumentation,1979；Fehr,于:Soybeans:Improvement,ProductionandUses,第2版,Monograph.,16:249,1987；Fehr,“Principlesofvarietydevelopment,”TheoryandTechnique,(卷1)和CropSpeciesSoybean(卷2),IowaStateUniv.,MacmillanPub.Co.,NY,360-376,1987)。所提供的定義和方法限定本公開并且在本公開的實(shí)踐中指導(dǎo)那些本領(lǐng)域的普通技術(shù)人員。除非另外指出，否則術(shù)語(yǔ)應(yīng)按照相關(guān)
技術(shù)領(lǐng)域：
的普通技術(shù)人員的常規(guī)用法來(lái)理解。描述與本文所用的分子生物學(xué)相關(guān)的許多術(shù)語(yǔ)的資源的實(shí)例可見于：Alberts等,MolecularBiologyofTheCell,第5版,GarlandSciencePublishing,Inc.:NewYork,2007；Rieger等,GlossaryofGenetics:ClassicalandMolecular,第5版,Springer-Verlag:NewYork,1991；King等,ADictionaryofGenetics,第6版,OxfordUniversityPress:NewYork,2002；以及Lewin,GenesIcorn,OxfordUniversityPress:NewYork,2007中。使用如37CFR§1.822所闡述的DNA堿基的命名法。定義本文定義的術(shù)語(yǔ)具有與本公開相關(guān)領(lǐng)域的普通技術(shù)人員通常理解的含義。諸如“一個(gè)(a)”、“一種(an)”和“所述/該(the)”的術(shù)語(yǔ)不旨在僅指單數(shù)實(shí)體，而是包括可以用于說明的具體實(shí)例的一般類別。本文中的術(shù)語(yǔ)用于描述本公開的具體實(shí)施例，但是它們的使用不限制本發(fā)明，除非在權(quán)利要求中概述?！暗任换颉蓖ǔＪ侵冈谔囟ɑ蜃幍牧磉x的核酸序列；等位基因的長(zhǎng)度可以小至1個(gè)核苷酸堿基，但通常更大。例如，第一等位基因可以出現(xiàn)在一條染色體上，而第二等位基因出現(xiàn)在另一個(gè)同源染色體上，例如在雜合個(gè)體的不同染色體中出現(xiàn)，或者在種群中不同的純合或雜合個(gè)體之間出現(xiàn)。有利的等位基因是賦予或有助于農(nóng)學(xué)上所需的表型的特定基因座處的等位基因，或者另選地，是允許鑒定可以從育種程序或種植中移除的易感植物的等位基因。標(biāo)記的有利等位基因是與有利表型分離、或者另選地與易感植物表型分離從而提供鑒定易患疾病的植物的益處的標(biāo)記等位基因。染色體區(qū)間的有利等位基因形式是包括在物理上位于染色體區(qū)間上的一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座處的有助于優(yōu)異的農(nóng)學(xué)性能的核苷酸序列地染色體區(qū)間?！暗任换蝾l率”是指等位基因存在于個(gè)體內(nèi)、品系內(nèi)或品系種群內(nèi)的基因座處的頻率(比例或百分比)。例如，對(duì)于等位基因“A”，基因型“AA”、“Aa”或“aa”的二倍體個(gè)體分別具有1.0、0.5或0.0的等位基因頻率?？梢酝ㄟ^平均來(lái)自所述品系的個(gè)體樣本的等位基因頻率來(lái)估計(jì)品系內(nèi)的等位基因頻率。類似地，可以通過平均組成群體的品系的等位基因頻率來(lái)計(jì)算品系種群內(nèi)的等位基因頻率。對(duì)于具有有限數(shù)目的個(gè)體或品系的種群，等位基因頻率可以表示為含有等位基因的個(gè)體或品系(或任何其他指定分組)的計(jì)數(shù)。當(dāng)?shù)任换蚺c性狀連鎖并且當(dāng)?shù)任换虻拇嬖谑窃诎任换虻闹参镏袑⒊霈F(xiàn)所需性狀或性狀形式的指示時(shí)，等位基因與所述性狀正相關(guān)。當(dāng)?shù)任换蚺c性狀連鎖并且當(dāng)?shù)任换虻拇嬖谑窃诎任换虻闹参镏袑⒉粫?huì)出現(xiàn)所需性狀或性狀形式的指示時(shí)，等位基因與所述性狀負(fù)相關(guān)?！半s交(Crossed)”或“雜交(cross)”意指通過受精(例如細(xì)胞、種子或植物)產(chǎn)生子代，并且包括植物之間的雜交(有性的)和自體受精(自交)。“原種品系”是指由優(yōu)良農(nóng)學(xué)性能的育種和選擇產(chǎn)生的任何品系。許多原種品系是可獲得的并且是大豆育種領(lǐng)域技術(shù)人員已知的?！霸N種群”是在給定作物物種(諸如大豆)的農(nóng)學(xué)上優(yōu)異的基因型方面可以用于代表現(xiàn)有技術(shù)水平的原種個(gè)體或品系的分類。類似地，“原種種質(zhì)”或種質(zhì)的原種株系是農(nóng)學(xué)上優(yōu)異的種質(zhì)，其通常源自和/或能夠產(chǎn)生具有優(yōu)異的農(nóng)學(xué)性能的植物，諸如現(xiàn)有的或新開發(fā)的大豆原種品系。相比之下，“外來(lái)品系”或“外來(lái)種質(zhì)”是源自不屬于可獲得的原種品系或種質(zhì)株系的植物的品系或種質(zhì)。在兩個(gè)植物或種質(zhì)品系之間的雜交的上下文中，外來(lái)種質(zhì)在血緣上不與與其雜交的原種種質(zhì)密切相關(guān)。最常見地，外來(lái)種質(zhì)不源自作物的任何已知的原種品系，而是選擇將遺傳元件(通常是所需的等位基因)引入育種程序中?！盎颉笔侵妇哂泄δ茱@著性的DNA可遺傳的序列，即基因組序列。術(shù)語(yǔ)“基因”也可以用于指例如由基因組序列編碼的cDNA和/或mRNA，以及所述基因組序列?！盎蛐汀笔桥c可觀察到的性狀(表型)形成對(duì)比的一個(gè)或多個(gè)遺傳基因座處的個(gè)體(或個(gè)體群)的遺傳構(gòu)成?；蛐陀蓚€(gè)體從其親本遺傳的一個(gè)或多個(gè)已知基因座的等位基因定義。術(shù)語(yǔ)基因型可用于指在單個(gè)基因座、多個(gè)基因座處的個(gè)體遺傳構(gòu)成，或者更通常地，術(shù)語(yǔ)基因型可用于指?jìng)€(gè)體對(duì)其基因組中所有基因的遺傳組成?！皢伪缎汀笔窃诙鄠€(gè)遺傳基因座處個(gè)體的基因型。通常，由單倍型描述的遺傳基因座在物理上和遺傳上是連鎖的，即在相同的染色體區(qū)間上。術(shù)語(yǔ)“表型”或“表型性狀”或“性狀”是指生物體的一種或多種性狀。表型可以通過肉眼或通過本領(lǐng)域已知的任何其他評(píng)價(jià)方式例如顯微鏡、生物化學(xué)分析、基因組分析、特定疾病抗性的測(cè)定等觀察到。在一些情況下，表型由單個(gè)基因或遺傳基因座直接控制，即“單基因性狀”。在其他情況下，表型是若干個(gè)基因的結(jié)果?！胺N質(zhì)”是指?jìng)€(gè)體(例如植物)，一群個(gè)體(例如植物品系、變種或家族)，或源自品系、變種、物種或培養(yǎng)物的克隆的或者來(lái)自其中的遺傳物質(zhì)。種質(zhì)可以是生物體或細(xì)胞的一部分，或者可以自生物體或細(xì)胞中分離?？偟膩?lái)說，種質(zhì)為遺傳物質(zhì)提供特定的分子組成，其為生物體或細(xì)胞培養(yǎng)物的一些或所有遺傳性質(zhì)提供物理基礎(chǔ)。如本文所用，種質(zhì)包括可以培養(yǎng)新植物的細(xì)胞、種子或組織，或者可以培養(yǎng)成整株植物的植物部分諸如葉、莖、花粉或細(xì)胞?！氨硇汀币庵缚梢允芑蛐陀绊懙募?xì)胞或生物體的可檢測(cè)形狀?！爸参铩笔侵刚麄€(gè)植物的任何部分或源自植物的細(xì)胞或組織培養(yǎng)物，其包含以下任一種：完整植物、植物部件或器官(例如葉、莖、根等)、植物組織、種子、植物細(xì)胞和/或其子代。植物細(xì)胞是取自植物或通過培養(yǎng)取自植物的細(xì)胞來(lái)源的植物的生物細(xì)胞。“多態(tài)性”意指種群中存在一種或多種變異。多態(tài)性可表現(xiàn)為核酸的核苷酸序列的變異或蛋白質(zhì)的氨基酸序列的變異。多態(tài)性包括在一個(gè)或多個(gè)個(gè)體的種群中一個(gè)或多個(gè)基因座處的核酸序列或核酸特征的一個(gè)或多個(gè)變異的存在。所述變異可以包括但不限于一個(gè)或多個(gè)核苷酸堿基變化、一個(gè)或多個(gè)核苷酸的插入或一個(gè)或多個(gè)核苷酸的缺失。多態(tài)性可以從核酸復(fù)制中的隨機(jī)過程、通過誘變、因?yàn)橐苿?dòng)的基因組元件、從拷貝數(shù)變異以及在減數(shù)分裂過程期間(例如不等交叉、基因組復(fù)制以及染色體斷裂和融合)出現(xiàn)。變異可以是常見的或可以以低頻率存在于種群內(nèi)，前者在一般植物育種中具有更大的效用，而后者可能與罕見但重要的表型變異相關(guān)。有用的多態(tài)性可以包括單核苷酸多態(tài)性(SNP)、DNA序列中的插入或缺失(Indel)、DNA序列的簡(jiǎn)單序列重復(fù)(SSR)、限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性和標(biāo)簽SNP。遺傳標(biāo)記、基因、DNA衍生序列、RNA衍生序列、啟動(dòng)子、基因的5'非翻譯區(qū)、基因的3'非翻譯區(qū)、微小RNA、siRNA、耐受基因座、衛(wèi)星標(biāo)記、轉(zhuǎn)基因、mRNA、dsmRNA、轉(zhuǎn)錄譜和甲基化模式也可以包含多態(tài)性。此外，前述的拷貝數(shù)的存在、不存在或變異可以包含多態(tài)性?！爸参锓N群(populationofplants)”或“植物種群(plantpopulation)”意指包括任何數(shù)目(包括一個(gè))的個(gè)體、物體或數(shù)據(jù)的集合，從其中獲取樣本用于評(píng)價(jià)，例如估計(jì)QTL效應(yīng)。最常見地，所述術(shù)語(yǔ)涉及植物育種種群，從其中選擇成員并在育種程序中雜交以產(chǎn)生子代。植物種群可以包括單個(gè)育種雜交或多個(gè)雜交雜交的子代，并且可以是實(shí)際植物或植物衍生物質(zhì)，或者是植物的計(jì)算機(jī)表示形式。種群成員不需要與選擇用于隨后的分析循環(huán)中的種群成員或最終選擇用于獲得最終的子代植物的那些種群成員一致。通常，植物種群源自單個(gè)雙親交叉，但也可以源自相同或不同親本之間的兩個(gè)或更多個(gè)雜交。盡管植物種群可以包含任何數(shù)量的個(gè)體，但是本領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，植物育種者常使用一個(gè)或兩百個(gè)個(gè)體至數(shù)千個(gè)體范圍的種群大小，并且最高性能的5-20％的種群常選擇用于隨后的雜交以便改進(jìn)種群后續(xù)世代的性能?！翱剐缘任换颉币庵概c對(duì)疾病的抗性或耐受性相關(guān)的核酸序列。關(guān)于核酸或多肽的“重組”指示已經(jīng)被人為干預(yù)改變的物質(zhì)(例如重組核酸、基因、多核苷酸、多肽等)。術(shù)語(yǔ)重組也可以指攜帶重組物質(zhì)的生物體，例如，包含重組核酸的植物被認(rèn)為是重組植物。植物對(duì)疾病狀況的“耐受性”或“改進(jìn)的耐受性”指示與較低耐受的更“易感”的植物相比，植物就產(chǎn)量、存活力和/或其他相關(guān)農(nóng)學(xué)量度而言受疾病狀況的影響較小。耐受性是相對(duì)術(shù)語(yǔ)，其指示與在相似疾病狀況下生長(zhǎng)的不同(較低耐受的)植物(例如，不同的大豆品系植株)相比，“耐受的”植物在疾病狀況下存活和/或產(chǎn)生更好的產(chǎn)量。如本領(lǐng)域所用，疾病“耐受性”有時(shí)可與疾病“抗性”互換使用。技術(shù)人員將理解植物對(duì)疾病狀況的耐受性變化很大，并且可以代表更高耐受或更低耐受的表型的譜。然而，通過簡(jiǎn)單觀察，技術(shù)人員通?？梢源_定不同植物、植物品系或植物科在疾病狀況下的相對(duì)耐受性或易感性，此外，還將識(shí)別“耐受的”表型等級(jí)。實(shí)施例現(xiàn)在提及以下實(shí)施例，其連同上文描述一起以非限制性方式說明本公開。實(shí)施例1：接種和SCN抗性表型的評(píng)估大豆植物在種植后1周通過從莖的基部注射含有每英寸2000個(gè)大豆異皮線蟲卵的溶液進(jìn)行接種。接種后二十八(28)天，通過使用篩提取器計(jì)數(shù)從根球提取的孢囊的數(shù)目，目測(cè)評(píng)估每株植物中大豆孢囊線蟲侵襲的嚴(yán)重性。將每株植物上的雌性孢囊的數(shù)量與易感檢查的雌性孢囊的數(shù)量進(jìn)行對(duì)比。標(biāo)準(zhǔn)易感檢查(常為L(zhǎng)ee74)中的雌性孢囊的平均數(shù)量應(yīng)≥100。雌性指數(shù)(FI)通過將每個(gè)樣本植物的孢囊數(shù)除以易感檢查植物上的孢囊數(shù)來(lái)計(jì)算(Schmitt和Shannon,CropScience,32:275-277(1992))?；诒?中的閾值分配疾病抗性的等級(jí)。表4：相對(duì)SCN耐受性表型的評(píng)定量表實(shí)施例2：用于檢測(cè)rhg1d介導(dǎo)的SCN抗性基因型的測(cè)定通過同時(shí)選擇rhg1、Rhg4和rhg1d抗性等位基因可以獲得Peking來(lái)源的品種1SCN的抗性。使用先前在美國(guó)專利號(hào)7,485,770和學(xué)術(shù)文獻(xiàn)中描述的方法可以實(shí)現(xiàn)rhg1和Rhg4SCN抗性等位基因的檢測(cè)。為了方便起見，在表5中提供了用于擴(kuò)增與rhg1d抗性等位基因連鎖的SNP標(biāo)記基因座的引物序列以及用于對(duì)相應(yīng)的SNP序列進(jìn)行基因分型的探針?？梢援a(chǎn)生其他引物和探針序列，其在本領(lǐng)域技術(shù)范圍內(nèi)，例如使用表3的序列。本領(lǐng)域技術(shù)人員也將立即認(rèn)識(shí)到，可以使用給定引物任一側(cè)的其他序列代替給定引物，只要所述引物可以擴(kuò)增與待檢測(cè)的等位基因物理連鎖的區(qū)域。另外，應(yīng)當(dāng)理解，用于檢測(cè)的精確探針可以變化，例如，可以鑒定待檢測(cè)的標(biāo)志物擴(kuò)增子區(qū)域的任何探針可以替代本文提供的那些實(shí)例。而且，擴(kuò)增引物和檢測(cè)探針的構(gòu)型當(dāng)然可以變化。因此，本公開不限于本文具體敘述的引物、探針或標(biāo)記序列。說明性的rhg1d介導(dǎo)的SCN抗性標(biāo)記DNA序列SEQNO：25、26、27、28、30、33、38或40可以分別使用表6中所示的引物使用SEQIDNO：45和46、61和62、65和66、69和70、73和74、49和50、53和54或57和58進(jìn)行擴(kuò)增，并且分別使用表6所示的如SEQIDNO：47和48、63和64、67和68、71和72、75和76、51和52、55和56或59和60的探針進(jìn)行檢測(cè)。實(shí)施例3：標(biāo)記-性狀相關(guān)性研究觀察到如基于二個(gè)基因模型所預(yù)期SCN品種1抗性不傳遞給子代植物，分析400個(gè)預(yù)先商用的品系的遺傳單倍型與SCN品種1抗性表型的共分離模式。為了比較，分析中包括Peking、Forest、PI88788、Williams和Essex品系。來(lái)自超過400個(gè)預(yù)先商用的品系的遺傳指紋和SCN品種1抗性數(shù)據(jù)的分析顯示了在LGB1上的33cM區(qū)域中的rhg1、Rhg4和單倍型與來(lái)自Peking來(lái)源的品系中的抗性和易感表型的共分離。進(jìn)一步的分析顯示了LGB1上的共分離區(qū)域包括rhg1的重復(fù)。此重復(fù)的基因座命名為rhg1d。對(duì)SCN品種1的抗性，至少在Peking來(lái)源的品系中需要存在所有三個(gè)區(qū)域：rhg1、Rhg4和rhg1d。單倍型和表型呈現(xiàn)于表5中。標(biāo)記-性狀相關(guān)性研究的結(jié)果也在源自Peking背景的近300個(gè)預(yù)先商用的品系的表型研究中得到了證實(shí)。運(yùn)行一組標(biāo)記以選擇所有品系中Peking來(lái)源的rhg1和Rhg4的存在。也運(yùn)行標(biāo)記以選擇rhg1d抗性等位基因的存在和不存在。然后如實(shí)施例1所述的篩選品系的品種1SCN抗性。與僅rhg1和Rhg4的同時(shí)選擇相比，rhg1、Rhg4和rhg1d抗性等位基因的同時(shí)選擇導(dǎo)致了FI的5倍的減少(圖1)。當(dāng)用品種3SCN接種時(shí)，含有rhg1、Rhg4和rhg1d抗性等位基因的品系與僅含有rhg1和Rhg4的品系反應(yīng)出相似水平的抗性(圖2)。表5：與rhg1d抗性等位基因相關(guān)的單倍型和用于預(yù)測(cè)Peking來(lái)源的品種1SCN抗性的示例性標(biāo)記表6：用于檢測(cè)rhg1d介導(dǎo)的SCN抗性的引物和探針遺傳單倍型和SCN表型的共分離在來(lái)自橫跨4個(gè)生長(zhǎng)季節(jié)的900個(gè)預(yù)先商用的品系的歷史數(shù)據(jù)的研究中被進(jìn)一步證實(shí)。這些品系被包括在相關(guān)性研究中以映射SCN抗性因子。標(biāo)記-性狀相關(guān)性研究證實(shí)了LGB1上的rhg1d以及分別在LGsG和A2上的已知的SCN抗性基因座rhg1和Rhg4的重要性(表7)。表7：從歷史數(shù)據(jù)中鑒定的品種1SCN抗性基因座LG抗性基因座Pos(峰值)cM區(qū)間-Log10(P)var％Grhg113.712.5-20.98.70.24A2Rhg466.763.0-68.25.60.00B1rhg1d160.3144.0-177.612.00.29實(shí)施例4：3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑在溫室研究中的轉(zhuǎn)基因品種2抗性品系中提供了對(duì)SCN的增強(qiáng)的控制根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)工業(yè)方案，用化合物3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑處理各種大豆品系。3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑的結(jié)構(gòu)為：未處理的種子或僅用著色劑處理的種子用作標(biāo)準(zhǔn)對(duì)照。將單個(gè)大豆種子種植在裝有與沙子混合并經(jīng)蒸汽滅菌的田間土壤的3”X3”的盆中。萌發(fā)10天后，用保持在適當(dāng)?shù)拇蠖狗N質(zhì)上以保持指定的品種的培養(yǎng)物中分離的2000-3000個(gè)SCN卵接種幼苗。接種后，將土壤溫度保持在28℃，16小時(shí)日長(zhǎng)，持續(xù)28-30天。在孵育期的最后一天，將個(gè)體植物連根拔起。通過用加壓水噴射根部并洗滌土壤，同時(shí)將釋放的孢囊截留在篩子上收集來(lái)自每株植物的孢囊。將從個(gè)體植物中收集的孢囊轉(zhuǎn)移到計(jì)數(shù)皿中。在解剖顯微鏡下計(jì)數(shù)來(lái)自個(gè)體植物的孢囊的總數(shù)。數(shù)據(jù)報(bào)告為從個(gè)體盆收集的孢囊的數(shù)目，并且代表6-8次重復(fù)的平均值。圖3中提供的溫室評(píng)價(jià)的結(jié)果表明，用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑的處理增強(qiáng)了對(duì)品種2SCN的抗性。在存在和不存在3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑的情況下用SCN攻擊易感大豆品系的試驗(yàn)也表明3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑處理提供了較低的SCN孢囊計(jì)數(shù)。所有植物用(MonsantoCompany,St.Louis,MO,USA)處理以減少真菌疾病。實(shí)施例5：田間測(cè)試中SCN的改進(jìn)的控制在種植前，根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)工業(yè)方案用化學(xué)劑處理種子。將六個(gè)不同的未處理和處理的品系種植在八個(gè)地塊中。基于對(duì)品種1和品種3SCN的抗性反應(yīng)選擇所述的六個(gè)品系。三個(gè)品系來(lái)自Peking源種質(zhì)，并且顯示對(duì)SCN敏感性、中等抗性或抗性。三個(gè)品系來(lái)自PI88788源種質(zhì)，并且顯示對(duì)SCN敏感性、中等抗性或抗性?；旧先鏢chmitt,D.P.和Shannon,G.,CropSci.,32:275-277(1992)所述根據(jù)表4測(cè)定抗性水平。在出苗時(shí)收集植物根部區(qū)域附近的土芯。取多個(gè)土壤樣品，合并，并壓碎成小的均勻尺寸的顆粒。將樣品等分試樣與允許靜置的水合并，然后攪拌。然后將樣品倒入漏斗中并在土壤淘析器中加工。計(jì)數(shù)所述樣品，給出的最終數(shù)目作為每100cc土壤的卵數(shù)?；诿?00cc土壤的卵數(shù)，將田地分類為低至高壓，其中每100cc土壤約0至約180個(gè)卵被認(rèn)為是低壓，每100cc土壤約180個(gè)卵至約1100個(gè)卵被認(rèn)為是中壓，并且每100cc土壤大于約1100個(gè)卵被認(rèn)為是高壓。用于評(píng)估SCN壓力的比例在表8中提供。表8：SCN田地壓力比例將品系種植在含有品種1大豆孢囊線蟲的四個(gè)中壓田地和四個(gè)高壓田地中。中壓田地每100cc土壤含有536個(gè)卵，而高壓田地每100cc土壤含有1645個(gè)卵。在收獲時(shí)測(cè)定產(chǎn)量。源自Peking種質(zhì)的品系提供了針對(duì)品種1SCN的保護(hù)，而源自PI88788種質(zhì)的品系提供了針對(duì)品種3SCN的保護(hù)。在中壓田地中，沒有觀察到Peking或PI88788敏感性、中等抗性和抗性品系的3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑未處理組和處理組之間在產(chǎn)量上的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(圖5)。在高壓田地中，用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑處理的Peking敏感品系(品系1)比未處理的具有統(tǒng)計(jì)學(xué)上更高的產(chǎn)量。在高壓田地中，Peking抗性(品系3)、PI88788敏感(品系4)和PI88788抗性(品系6)品系在3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑處理和未處理之間沒有表現(xiàn)出統(tǒng)計(jì)學(xué)差異。在高SCN品種1壓力的田地中，用3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑處理的Peking中等抗性(品系2)和PI88788中等抗性(品系5)比未處理的Peking中等抗性(品系2)和PI88788中等抗性(品系5)具有出乎意料的統(tǒng)計(jì)學(xué)上更高的產(chǎn)量(圖6)。品系的描述在表9中提供。在高壓田地中，與未處理的相比，處理的兩個(gè)中等抗性品系顯示出平均每英畝5.8蒲式耳的優(yōu)勢(shì)。表9：在田間測(cè)試中使用的大豆品系名稱來(lái)源SCN等級(jí)品系1PekingR品系2PekingMR品系3PekingS品系4PI88788R品系5PI88788MR品系6PI88788S實(shí)施例6：在田間測(cè)試中增加的產(chǎn)量將11個(gè)不同的未處理和處理的品系種植在總共43個(gè)單獨(dú)的田間試驗(yàn)中，每個(gè)位置單一變種。基于它們對(duì)品種3SCN的抗性反應(yīng)選擇11個(gè)品系。11個(gè)品系開發(fā)自PI88788源種質(zhì)，并且對(duì)品種3SCN顯示中等抗性或抗性。將3-苯基-5-(噻吩-2-基)-1,2,4-噁二唑與商業(yè)殺真菌劑和殺蟲劑在混合有著色劑、聚合物和水的罐勻漿中以推薦的速率合并，并使其充分混合。使用Gustafson連續(xù)批量種子包衣機(jī)裝載種子批料，注入處理勻漿，并且允許混合物翻滾35-40秒，然后排出到紙儲(chǔ)存袋中。在田間試驗(yàn)實(shí)施之前進(jìn)行預(yù)測(cè)線蟲取樣以確保線蟲壓力的適當(dāng)水平。在所使用的試驗(yàn)區(qū)域中，線蟲壓力為中至高(參見表8)?；谕寥李愋?、作物歷史、耕作、排水、受精和其他農(nóng)學(xué)因素，將試驗(yàn)區(qū)分為2英畝的區(qū)段。在每個(gè)田地區(qū)段內(nèi)，使用Z字形圖案收集10至15個(gè)6至8英寸的總深度的土芯。將每個(gè)處理區(qū)域的土芯置于桶中，并且在不破碎的情況下溫和充分地混合以產(chǎn)生每個(gè)地塊的復(fù)合土壤樣品。從每個(gè)復(fù)合樣品中取出亞樣品(～1品脫的土壤)并置于塑料袋中，進(jìn)行適當(dāng)處理以確保線蟲的活力，并送至實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行線蟲定量。用于田間試驗(yàn)的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)由帶狀地塊(8行×250英尺)組成，其中每個(gè)帶代表一個(gè)復(fù)制。將如上所述處理的種子以代表標(biāo)準(zhǔn)農(nóng)學(xué)實(shí)踐的密度種植。葉面除草劑、殺真菌劑和/或殺蟲劑按照標(biāo)準(zhǔn)農(nóng)學(xué)實(shí)踐的需要施用。在種植后8周，使用根和土壤樣品進(jìn)行定量季節(jié)線蟲采樣用于試驗(yàn)。對(duì)于根部取樣，使用Z字形圖案，從土壤中提取來(lái)自每個(gè)處理的5個(gè)活的植物，確保根部保持完整并用足夠的土壤封閉以維持根部干燥。在土壤線處切下植物的頂部，并將包被有土壤的根置于塑料袋中。如上所述進(jìn)行土壤取樣用于預(yù)測(cè)線蟲取樣。將樣品送至實(shí)驗(yàn)室進(jìn)行線蟲定量。使用可商購(gòu)獲得的的收獲設(shè)備收獲每個(gè)地塊來(lái)收集產(chǎn)量數(shù)據(jù)。通過取每個(gè)地塊的平方英尺上的谷粒重量并調(diào)節(jié)到13％的水分，計(jì)算數(shù)據(jù)以表示每英畝蒲式耳。表10：平均產(chǎn)量數(shù)據(jù)序列表<110>Chen,Jiunn-RenConcibido,VergelCooper,SusannahHancock,FloydHusic,IvanLeDeaux,JohnYates,JenniferYe,Xianghai<120>用于改進(jìn)植物對(duì)大豆孢囊線蟲的抗性的方法及其組合物<130>P34128WO00/0016517.00531<140>PCT/US15/31547<141>2015-05-19<150>US62/000,604<151>2014-05-20<160>76<170>PatentIn3.5版<210>1<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<400>1aatttgagagacttttttttttattttaaagaaaagagtgatatgtaaggtctttcaatc60aacatgtatgatttttttttttgctttaagaaactaataggaaatattggtagacctaaa120attcaaattttagttactttactcttggaccgatcctcattttgagtttagtgactagtg180atgttgcagtccaaattaagnttccagagtgttttttaaaaggtgtttttttcgtaaata240catctcctatctttttttttccaatttatattactttacaatttaattctcaatatacat300t301<210>2<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<400>2aaaaaaatatttcaccaatttctcaaaaacatcttaaaaataaaaatacaaaattaaagg60aacatcttgtagctagaaataaaaaatatttcaaccaaaaaatcaaattaaaaacaaatc120agcatacggttcaatgcttgagttttctctgtcgcaatttgcctgatacggaccgtcaaa180aataaaaaattgcccgatacngacatacttttgaatttggtgaacttggcttggaaaacc240aaaaataaaaaaatgaaatgcccacagtttcaaagtggaagacatgacttttctggatga300g301<210>3<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<400>3aatgggcccatttggtttacaacaataatcaatttcccatgcagtggctcatgtttcaag60gtaaaatttatggctgagattaatttggacacacatctcaatcactttcaacggtttaaa120attaattctatcaaagtcaattgtaccaaaatctaaaacaagcatgcatggagtctatta180gccaataattatatcagatanttgaagaagtaattagtttttccttgtctatactatgaa240gcctctatacaattaaactgattctttgacaatagaaaaatgctaacaacacactctttc300a301<210>4<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(24)..(24)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(215)..(215)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(260)..(260)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(298)..(298)<223>n為a、c、g或t<400>4gtgacctttaatgtggaggaaccntttcgcgagagaatcttcagcttcagccgcgaatca60attcagaaactgaaagctactgtgaacaaaagcttgacattgtttcctccgccagagaac120ggtgacgcggttgagttgatggcgaagatgagcagcgacacgcaactgagaacggttaca180gagatttcgtcgtttcagtcnctgtgcgcgctggngtggcgctgcgtgacgaaggcgcga240aatctcgaggggtcgaaaangacgacgtttcgaatggcagttaatgttcgccaacgcntg300g301<210>5<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(217)..(217)<223>n為a、c、g或t<400>5gctttgtagatagtaaaagaaaaaaaattatataaaataacaaatatttctaagttgttt60tttctttatacataaaaaaggatacatttaacacaatggtttttaaatgtgggccacgtg120gtttttttttcatcctcctcattttacaagaaagcaaacagtggaagagatggtccgctt180cacttattccgtgaaaacganatgtgagtataatttntccattttatatagaaaattata240tatatttatcattctattaacatatcaataaaaccatcccaaaaatcaataaaatggaaa300g301<210>6<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(83)..(83)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<400>6caatgacctcgtgcatttaacaccctaaacttaaaaagctggttaatttaagggtagtaa60tagtactaatagtagtgtagtanatttaagcctctgccaaatgagttaaaagaagctgct120tgcaattatgaaactttacctgagtgagtggtaaagccgcaagaactgccccataaggtg180gctctattctgctgtttttancttttttccctcgtttcagaagaaaaacgagataagcac240gctgctttaatttggaaggagttacaaggaaccttcccttatttgctgcccctttaagct300c301<210>7<211>301<212>DNA<213>大豆<220><221>misc_feature<222>(22)..(22)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(81)..(81)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(129)..(129)<223>n為a、c、g或t<220><221>misc_feature<222>(201)..(201)<223>n為a、c、g或t<400>7cctataaatatttatgaaaaanttatttaaataatatagtataatttaggctatcagaaa60agtcatattagttttatatgntttgagccgaacaatgcacatgcatatcacttgaaagaa120atgagggancaagtataaaagtgattataaggatattatgtagctgcatatttttctttc180ccctctttcggtaaaatactngtcggtaattgcaatccataatctatggactacaggcat240cacatggtcagctacacattaattttgactcctattt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