專利名稱：表面上帶有pna和/或dna寡聚物的寡聚物陣列的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及表面上帶有PNA(肽核酸)和/或DNA寡聚物的寡聚物陣列。
根據(jù)過去幾年里方法進(jìn)展的在分子生物學(xué)領(lǐng)域里仔細(xì)研究的觀察層面是基因本身，這些基因向RNA的翻譯，以及由此而產(chǎn)生的蛋白質(zhì)。在個(gè)體的發(fā)育過程中，它的基因何時(shí)啟動(dòng)，某些基因在一定的細(xì)胞和組織中的活化和抑制如何控制，是同基因或基因組的甲基化和特性相關(guān)聯(lián)的。在這一方面明顯地假定為病原的狀態(tài)在單個(gè)基因或者基因組的一個(gè)改變的甲基化模型中表現(xiàn)出來。
5-甲基胞嘧啶在DNA真核細(xì)胞中是經(jīng)常發(fā)生共價(jià)修飾的堿基。比如說，它在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、基因組印記、腫瘤基因方面起作用。5-甲基胞嘧啶識(shí)別作為基因信息的組成部分因此有著極大的意義。5-甲基胞嘧啶的位置但是卻不能通過測(cè)序而被確定，因?yàn)?-甲基胞嘧啶表現(xiàn)出了和胞嘧啶同樣的堿基配對(duì)特性。除此之外，在PCR的擴(kuò)增過程中，5-甲基胞嘧啶所攜帶的后生信息會(huì)完全丟失。
把基因組堿基胞嘧啶修飾為5′-甲基胞嘧啶，直到今天仍是最重要研究最詳細(xì)的后生參數(shù)。盡管如此今天有方法查出大量的細(xì)胞和個(gè)體的基因類型，但是還沒有可比的附件(Anstze)可以大量產(chǎn)生和分析后生信息。
一個(gè)相對(duì)新的，在此期間經(jīng)常為人們所使用的研究5-甲基胞嘧啶上的DNA的方法是以亞硫酸氫鹽與胞嘧啶的特殊反應(yīng)為基礎(chǔ)，在隨后發(fā)生的堿性水解反應(yīng)中轉(zhuǎn)化成尿嘧啶，它在堿基配對(duì)特性中是與胸苷相對(duì)應(yīng)的。相反5-甲基胞嘧啶在這些條件下未被修飾。在這種情況下，初始的DNA會(huì)發(fā)生變化，原來通過它的雜交不能同胞嘧啶區(qū)分開來的甲基胞嘧啶，現(xiàn)在應(yīng)用普通的分子生物學(xué)技術(shù)比如通過擴(kuò)增、雜交或者測(cè)序分析可以證實(shí)是特有殘留胞嘧啶。所有這些技術(shù)都以堿基配對(duì)為根據(jù)，現(xiàn)在仍被完全利用。所涉及的現(xiàn)有技術(shù)水平，可以通過一個(gè)方法來闡明，該方法將被研究的DNA包括在瓊脂基質(zhì)里，從而阻礙DNA的擴(kuò)散和復(fù)性(亞硫酸氫鹽只對(duì)單股的DNA起反應(yīng))，所有沉淀和凈化步驟可以通過快速滲析代替(Olek，A..et al.，NuCl.Acids.Res.24，5064-5066)。用這種方法可以研究單一細(xì)胞，表明了這種方法的潛能。但是直到如今只研究了個(gè)別的地區(qū)直到約3000個(gè)堿基對(duì)的長(zhǎng)度，全球性的對(duì)細(xì)胞中上千甲基化的發(fā)生的研究是不可能的。此外，這種方法也不能用于微量樣品中非常小的片段的可靠分析。盡管有擴(kuò)散保護(hù)，但這些物質(zhì)還會(huì)通過基質(zhì)流失。
檢測(cè)5-甲基胞嘧啶的其它已知可能方法的概況，可以參考下面的概述文章Rein，T.，DePamphilis，M.L.，Zorbas，H.，NucleicAcids Res.26，2255(1998)。
從理論上講，有很多可能性可制備在不同表面上的寡聚物陣列。
1.所有的寡聚物可以以傳統(tǒng)的方法單個(gè)或較大量地在試管里或者是在特殊的自動(dòng)人工合成裝置里制造，然后單獨(dú)移吸到載體上。對(duì)此，人們通常使用自動(dòng)的高精度的微量加樣器。這一方法的好處在于，更加以已經(jīng)優(yōu)化了的標(biāo)準(zhǔn)方法和工具為根據(jù)。這樣，人們可以制造出質(zhì)量高的有非常純凈的寡聚物的DNA陣列，這樣會(huì)對(duì)陣列的檢測(cè)敏感性和可靠性起到一個(gè)極大正面影響。這一方法的缺點(diǎn)是花費(fèi)很多。它特別地用于單個(gè)寡聚物的合成。
2.寡聚物可以通過吸移以最小量直接在底物上合成。在每一個(gè)光柵(raster)點(diǎn)處，預(yù)定的寡聚物鏈會(huì)一個(gè)核堿基一個(gè)核堿基地建立起來。加樣的方法類似于方法1)，用一個(gè)特殊的微型加樣儀器或者例如一個(gè)設(shè)備，通過它的管道輸送各個(gè)合成構(gòu)成單元到陣列的各個(gè)點(diǎn)(EP-A 0915897)?；瘜W(xué)合成方法同傳統(tǒng)的寡聚物在自動(dòng)合成器里的合成方法是基本上一樣的。區(qū)別在于，所有的寡聚物不依靠數(shù)量的多少同時(shí)由一個(gè)單獨(dú)的自動(dòng)儀器直接在預(yù)定的地點(diǎn)生產(chǎn)出來。在方法1)分開的操作步驟寡聚物的合成和微型加樣，現(xiàn)在都合為一個(gè)操作程序。在儀器和手工勞動(dòng)上的花費(fèi)同方法1)相比明顯減少。
3.寡聚物如方法2)中的那樣直接在底物上合成，但是正確的核堿基在正確的光柵點(diǎn)處有目的的連接起來，可通過一個(gè)完全平行的，源于半導(dǎo)體準(zhǔn)備的光刻術(shù)取代順序的、目的明確的、加樣過程。這一方法是基于人們可以利用一定波長(zhǎng)的光，把5′-OH保護(hù)基團(tuán)從寡核苷酸有目的地除去。通過恰當(dāng)?shù)木植空丈淠Ｐ腿藗兛梢允沟霉押塑账崮┒饲∏≡谀切┕鈻劈c(diǎn)上有反應(yīng)活性，人們會(huì)在下一個(gè)步驟里把一個(gè)新的核苷酸構(gòu)成單元連接在這些光柵點(diǎn)上。在陣列表面被核苷酸構(gòu)成單元溶液完全潤(rùn)濕的情況下，只有在以前照射的位置會(huì)有核堿基連接起來，所有未照射區(qū)域保持不變。局部照射模型通過在底物和光源之間安放一個(gè)微型光刻術(shù)黑白掩模形成，這個(gè)光板能遮住所有的光柵位，使光柵位無反應(yīng)活性。在所有的光柵點(diǎn)處，寡聚物鏈延長(zhǎng)一個(gè)核堿基，這一反應(yīng)的發(fā)生如下在第一個(gè)掩模的幫助下，必須延長(zhǎng)4種可能類型核堿基中的第一種(比如C)的光柵點(diǎn)被準(zhǔn)確照射。以后陣列被相應(yīng)的核苷酸構(gòu)成單元溶液潤(rùn)濕，只有被照射點(diǎn)能被延長(zhǎng)這一堿基。因?yàn)樾逻B接的核苷酸構(gòu)成單元還擁有保護(hù)基，所以這些核苷酸構(gòu)成單元不會(huì)在下面的步驟里再發(fā)生反應(yīng)了，直到它們的保護(hù)基通過另外的照射裂解掉。在這步反應(yīng)后，清洗陣列?，F(xiàn)在在第二個(gè)掩模的幫助下精確地照射必須延長(zhǎng)四種可能核堿基中的第二種(比如T)的光柵位。陣列又一次用相應(yīng)的核苷酸構(gòu)成單元溶液潤(rùn)濕，因而照射區(qū)域延長(zhǎng)了這個(gè)堿基。同樣對(duì)剩下的兩個(gè)核堿基(G和A)進(jìn)行操作。為了讓所有的寡聚物都延長(zhǎng)一個(gè)核堿基，需要四個(gè)照射步驟和四個(gè)掩模。
這種方法由于在加工處理過程中的高平行性而快速、有效。此外，由于高精確性(可以由光刻術(shù)實(shí)現(xiàn))也非常適合達(dá)到高光柵密度。
關(guān)于在寡聚物陣列的制造現(xiàn)有技術(shù)水平的概況是從1999年1月出版的自然界遺傳學(xué)增刊(自然界遺傳學(xué)增刊，21冊(cè)1999年1月)以及節(jié)選的參考文獻(xiàn)中獲悉的。
通常涉及到寡聚物陣列和光刻術(shù)掩模設(shè)計(jì)的專利有比如，US-A5,837,832，US-A 5,856,174，WO-A 98/27430和US-A 5,856,101。此外還有幾個(gè)材料和方法專利。這些限制了在核苷酸上對(duì)光不穩(wěn)定的保護(hù)基的使用，比如WO-A 98/39348以及US-A 5,763,599。
為了固定DNA，有各種不同的方法。最著名的方法是把用生物素官能化的DNA固定結(jié)合在涂有鏈酶抗生物素的表面上。這個(gè)系統(tǒng)的連接強(qiáng)度相當(dāng)于一個(gè)沒有連接的共價(jià)化學(xué)鍵。為了把一個(gè)目標(biāo)DNA共價(jià)地連接到一個(gè)化學(xué)準(zhǔn)備好的表面，需要目標(biāo)DNA有相應(yīng)的官能度，DNA本身沒有恰當(dāng)?shù)墓倌芑鶊F(tuán)。有各種不同的方法可以在目標(biāo)DNA中引入恰當(dāng)?shù)墓倌芑鶊F(tuán)兩個(gè)容易處理的官能基團(tuán)是伯脂肪胺和硫醇。這些胺同N-羥基-琥珀酰亞胺酯發(fā)生了完全反應(yīng)，而硫醇在適當(dāng)?shù)臈l件下同烷基碘化物發(fā)生完全反應(yīng)。困難在于，把這樣的一個(gè)官能基團(tuán)引入DNA中。最簡(jiǎn)單的方法是通過一個(gè)PCR的引物來引入。上述的方法需要5′-修飾的引物(NH2和SH)以及一個(gè)雙官能的連接體。
在表面上固定的一個(gè)主要因素是它們的特性。直到今天，被描述的系統(tǒng)主要是來自硅或者金屬(磁性珠子)。連接目標(biāo)DNA的另外一個(gè)方法是基于，運(yùn)用一個(gè)短的識(shí)別序列(比如20個(gè)堿基)在目標(biāo)DNA中用于在一個(gè)表面穩(wěn)固的寡核苷酸上進(jìn)行雜交。
作為在寡聚物陣列中在一個(gè)表面上固定的探針，寡核苷酸是適合的。但是也出現(xiàn)對(duì)核苷酸的修飾，比如PNA(肽核酸)(Nielsen，P.E.，Buchardt，O.，Egholm，M.and Berg，R.H.1993.Peptide nucleicacids.US專利。5,539,082；Buchardt，O.，Egholm，M.，Berg，R.H.和Nielsen，P.E.1993.Peptide nucleic acids and their potentialapplication in biotechnology.Trends in Biotechnology 11384-386)、硫代磷酸寡核苷酸或者甲基硫代磷酸寡核苷酸。這個(gè)探針的特異性十分重要。PNA有一個(gè)未裝載的主鏈，同時(shí)這個(gè)主鏈在化學(xué)上與核酸中主鏈的常見糖-磷酸酯結(jié)構(gòu)有很大不同。PNA的主鏈有一個(gè)酰胺序列來取代常見的DNA主鏈的糖-磷酸酯。PNA同互補(bǔ)序列的DNA很好地雜交。PNA/DNA雜交物的熔化溫度比相應(yīng)的DNA/DNA雜交物高，雜交受緩沖鹽的影響非常小。
基質(zhì)輔助激光解吸/電離質(zhì)譜法(MALDI)是一個(gè)在分析生物分子領(lǐng)域上的新的很有成效的發(fā)展(Karas，M.and Hillenkamp，F(xiàn).1988.Laser desorption ionization of proteins with molecular massesexceeding 10.000daltons.Anal.Chem.602299-2301)。分析分子被加入在UV吸收的基質(zhì)內(nèi)。借助一個(gè)短的激光器脈搏，基質(zhì)在真空中被蒸發(fā)，分析物無碎片地進(jìn)入氣相。一個(gè)外加的電壓加速離子進(jìn)入無電場(chǎng)的飛行管中。根據(jù)質(zhì)量的不同，離子加速的程度也不同。小的離子要比大的離子早些到達(dá)檢測(cè)器，飛行時(shí)間也被折算成離子質(zhì)量。
本發(fā)明的任務(wù)在于，提供出寡聚物陣列，這個(gè)陣列特別適合于對(duì)胞嘧啶甲基化的檢測(cè)。
這項(xiàng)任務(wù)按本發(fā)明通過下面的方法得以解決，即創(chuàng)造出一種表面上帶有PNA(肽核酸)和/或DNA-寡聚物的寡聚物陣列，包含各由6-20個(gè)單體或核堿基組成的寡聚物，其中所述單體或核堿基至少包含通式DDCGDD，或通式DDTGDD，或通式HHCGHH，或通式HHCAHH的一種序列，其中H代表腺嘌呤A、胞嘧啶C或胸腺嘧啶T堿基中的一種堿基，D代表腺嘌呤A、鳥嘌呤G或胸腺嘧啶T堿基中的一種堿基，其中寡聚物在表面上的位置與寡聚物的序列相關(guān)。
本發(fā)明優(yōu)選的是，至少10％的寡核苷酸包含通式DDCGDD，或通式DDTGDD，或通式HHCGHH，或通式HHCAHH的一種序列。
本發(fā)明還優(yōu)選的是，至少25％的寡核苷酸包含通式DDCGDD，或通式DDTGDD，或通式HHCGHH，或通式HHCAHH的一種序列。
另外本發(fā)明優(yōu)選的是，至少50％的寡核苷酸包含通式DDCGDD，或通式DDTGDD，或通式HHCGHH，或通式HHCAHH的一種序列。
同時(shí)，本發(fā)明優(yōu)選的是，至少75％的寡核苷酸包含通式DDCGDD，或通式DDTGDD，或通式HHCGHH，或通式HHCAHH的一種序列。
本發(fā)明優(yōu)選的是，表面是平滑的，寡聚物在一個(gè)直角或者是六邊形的光柵里安裝在上面，這個(gè)光柵會(huì)協(xié)調(diào)歸類。但也可以選擇其它合適幾何方式的裝置，這樣有助于改善自動(dòng)化的可能性，比如圓形的裝置。
一個(gè)優(yōu)選的寡聚物陣列包含通式DDCGDD和通式DDTGDD和通式HHCGHH和通式HHCAHH的序列。
特別優(yōu)選的寡聚物陣列包含通式DDCGDD和通式DDTGDD的序列或通式HHCGHH和通式HHCAHH的序列。
優(yōu)選的是，至少包括100個(gè)不同的寡聚物。
本發(fā)明優(yōu)選的是一個(gè)按本發(fā)明的寡聚物陣列，其特征是，適合于每一個(gè)包括一個(gè)CG序列的寡聚物，固定一個(gè)類似的寡聚物，它與上述提到的寡聚物的區(qū)別僅在于，前者寡聚物不是含有CG序列而是含有一個(gè)TG序列或者CA序列。
此外優(yōu)選的是，表面是玻璃的。
優(yōu)選的還有，表面是金屬的或者其它導(dǎo)電的材料。這里特別優(yōu)選的是，表面是一個(gè)MALDI質(zhì)譜儀的靶。
本發(fā)明所描述的寡聚物陣列，可以用于檢測(cè)基因組DNA試樣的甲基化狀態(tài)。
本發(fā)明所研究的另一個(gè)主題就是，本發(fā)明的寡聚物陣列用于在先前擴(kuò)增后DNA片段的雜交的用途。
這里特別優(yōu)選的是，在擴(kuò)增DNA之前用亞硫酸氫鹽溶液處理DNA。
本發(fā)明所研究的另一個(gè)主題就是，本發(fā)明的寡聚物陣列用于檢測(cè)基因組DNA中胞嘧啶甲基化的用途。
本發(fā)明所研究的主題是一個(gè)表面上帶有PNA或者DNA-寡聚物的裝置，優(yōu)選寡聚物陣列的形式，包含各由6-20個(gè)單體(或者核堿基)組成的寡聚物，單體(或核堿基)又包含通式DDCGDD和/或通式DDTGDD和/或通式HHCGHH和/或通式HHCAHH的序列，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列。這種類型的寡聚物陣列特別適合于檢測(cè)基因組DNA中的胞嘧啶甲基化。上面展示過的序列根據(jù)DNA的甲基化情況，在用亞硫酸氫鹽化學(xué)預(yù)處理后進(jìn)行不同程度的雜交。
為了能把由這些雜交出來的信號(hào)更好地歸類到所用的寡聚物序列，這里特別優(yōu)選的是，表面是光滑的，寡聚物在直角或六邊形的光柵上安裝在上面，光柵會(huì)協(xié)調(diào)歸類。
特別優(yōu)選的是，表面上帶有PNA(肽核酸)或DNA-寡聚物的裝置，包含各由6-20個(gè)單體(或核堿基)組成的寡聚物，包含通式DDCGDD和通式DDTGDD和通式HHCGHH和通式HHCAHH的序列，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列。
特別優(yōu)選的是，表面上帶有PNA(肽核酸)或DNA寡聚物的裝置，包含各由6-20個(gè)通式DDCGDD和通式DDTGDD的單體(或核堿基)組成的寡聚物，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列。
特別優(yōu)選的是，表面上帶有PNA或DNA-寡聚物的裝置，包含各由6-20個(gè)通式HHCGHH和通式HHCAHH的單體(或核堿基)的寡聚物，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列。
特別優(yōu)選的是，這個(gè)裝置至少包括100個(gè)不同的寡聚物，每一個(gè)都包括序列DDCGDD，DDTGDD，HHCGHH或者HHCAHH中的至少一種。
在一個(gè)特別優(yōu)選的實(shí)施形式中，裝置表面由玻璃制成。另外一個(gè)優(yōu)選的實(shí)施形式中，裝置表面由金屬或者其它導(dǎo)電材料制成。另外一個(gè)同樣特別優(yōu)選的實(shí)施形式中，裝置的特點(diǎn)在于，表面是MALDI質(zhì)譜儀的靶。
本發(fā)明的主題是表面上帶有PNA或DNA-寡聚物的裝置的用途，該裝置包含各由6-20個(gè)單體(或核堿基)組成的寡聚物，而單體(或核堿基)又包括通式DDCGDD和/或DDTGDD和/或HHCGHH和/或HHCAHH的序列，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列，用于事先擴(kuò)增過的DNA片段的雜交。
這里特別優(yōu)選的是DNA片段的應(yīng)用，這些片段可以借助于聚合酶鏈反應(yīng)生成。
特別優(yōu)選的是表面上帶有PNA或/DNA-寡聚物的裝置的用途，該裝置包含各由6-20個(gè)單體(或核堿基)組成的寡聚物，而單體(或核堿基)又包括通式DDCGDD和/或DDTGDD和/或HHCGHH和/或HHCAHH的序列，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列，用于事先用亞硫酸氫鹽溶液處理過的DNA的雜交，特別優(yōu)選的是DNA被擴(kuò)增。
特別優(yōu)選的是表面上帶有PNA或/DNA-寡聚物的裝置的用途，該裝置包含各由6-20個(gè)單體(或核堿基)組成的寡聚物，而單體(或核堿基)又包括通式DDCGDD和/或DDTGDD和/或HHCGHH和/或HHCAHH的序列，其中寡聚物在表面上的位置使得可以推出它們的序列，用于檢測(cè)基因組DNA中的胞嘧啶甲基化。


圖1表示了本發(fā)明的寡聚物陣列檢測(cè)基因組DNA中的胞嘧啶甲基化模型的用途。
圖1中，字母H、D、N有下面的含義H代表腺嘌呤A、胞嘧啶C或胸腺嘧啶T堿基中的一種，D代表腺嘌呤A、鳥嘌呤G或胸腺嘧啶T堿基中的一種，N代表腺嘌呤A、鳥嘌呤G、胞嘧啶C或胸腺嘧啶T堿基中的一種堿基。
只是在胞嘧啶甲基化上不同的DNA序列，在用亞硫酸氫鹽處理后得到一個(gè)改變了的核堿基序列。甲基化的胞嘧啶用亞硫酸氫鹽處理后沒有改變，而沒有甲基化的胞嘧啶變成了胸腺嘧啶。在擴(kuò)增后產(chǎn)生了不同的序列，然后它們就會(huì)連接在寡聚物陣列的不同的位置，在這些位置上有互補(bǔ)的序列。因?yàn)樵诠丫畚锷系男蛄惺侵赖模梢酝瞥鲈谠嫉腄NA中存在的胞嘧啶的甲基化。
權(quán)利要求
1.表面上帶有PNA(肽核酸)或/DNA-寡聚物的寡聚物陣列，包含各由6-20個(gè)單體或核堿基組成的寡聚物，單體或核堿基包含通式DDCGDD或通式DDTGDD或通式HHCGHH或通式HHCAHH的序列中的至少一種，其中H代表腺嘌呤A、胞嘧啶C或胸腺嘧啶T堿基中的一種堿基，D代表腺嘌呤A、鳥嘌呤G或胸腺嘧啶T堿基中的一種堿基，其中寡聚物在表面上的位置與寡聚物的序列相關(guān)。
2.根據(jù)權(quán)利要求1的寡聚物陣列，其特征是，至少10％的寡核苷酸包含通式DDCGDD或通式DDTGDD或通式HHCGHH或通式HHCAHH的一種序列。
3.根據(jù)權(quán)利要求1的寡聚物陣列，其特征是，至少25％的寡核苷酸包含通式DDCGDD或通式DDTGDD或通式HHCGHH或通式HHCAHH的一種序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1的寡聚物陣列，其特征是，至少50％的寡核苷酸包含通式DDCGDD或通式DDTGDD或通式HHCGHH或通式HHCAHH的一種序列。
5.根據(jù)權(quán)利要求1的寡聚物陣列，其特征是，至少75％的寡核苷酸包含通式DDCGDD或通式DDTGDD或通式HHCGHH或通式HHCAHH的一種序列。
6.根據(jù)權(quán)利要求1-5之一的寡聚物陣列，其特征是，表面是平滑的，寡聚物在直角或六邊形的光柵上安裝在上面，光柵會(huì)協(xié)調(diào)歸類。
7.根據(jù)前述權(quán)利要求之一的寡聚物陣列，包含了通式DDCGDD和通式DDTGDD和通式HHCGHH和通式HHCAHH的序列。
8.根據(jù)權(quán)利要求1-6之一的寡聚物陣列，包含了通式DDCGDD和通式DDTGDD的序列或通式HHCGHH或通式HHCAHH的序列。
9.根據(jù)前述權(quán)利要求之一的寡聚物陣列，其特征是，至少包含了100個(gè)不同的寡聚物。
10.按照前述權(quán)利要求之一的寡聚物序列，其特征是，符合每一個(gè)包含一個(gè)CG序列的寡聚物，固定一個(gè)類似的寡聚物，與前述寡聚物區(qū)別在于含有的不是CG序列而是TG序列或CA序列。
11.按照前述權(quán)利要求之一的寡聚物序列，其特征是，表面是由玻璃做的。
12.按照權(quán)利要求1-10之一的寡聚物序列，其特征是，表面是由金屬或者導(dǎo)電材料組成的。
13.按照權(quán)利要求11的寡聚物序列，其特征是，表面是MALDI質(zhì)譜儀的靶。
14.按照權(quán)利要求1的寡聚物陣列在事先擴(kuò)增后用于DNA片段雜交的用途。
15.按照權(quán)利要求14的用途，其特征是，在擴(kuò)增之前用亞硫酸氫鹽溶液處理DNA。
16.按照權(quán)利要求1的寡聚物陣列用于檢測(cè)基因組DNA甲基化的用途。
全文摘要
本文描述了在表面上帶有PNA(肽核酸)和/或DNA－寡聚物的寡聚物陣列，所述寡聚物包含各由6－20個(gè)單體或核堿基組成的寡聚物，所述單體或核堿基包含至少一個(gè)通式為DDCGDD或通式為DDTGDD或通式為HHCGHH或通式為HHCAHH的序列。其中H代表腺嘌呤A、胞嘧啶C或胸腺嘧啶T堿基中的一種，D代表腺嘌呤A、鳥嘌呤G或胸腺嘧啶T堿基中的任一種。寡聚物在該表面上的陣列位置與寡聚物的序列相關(guān)。利用發(fā)明的寡聚物陣列，可以檢測(cè)基因組DNA的胞嘧啶甲基化。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK1413263SQ0081619
公開日2003年4月23日 申請(qǐng)日期2000年11月24日 優(yōu)先權(quán)日1999年11月25日
發(fā)明者K·柏林 申請(qǐng)人:Epi基因組股份公司