專利名稱：評價和治療白血病的方法
評價和治療白血病的方法
背景
本申請聲明要求以下美國臨時申請的權益 60/340，938;60/338.997;60/340，081 ;和60/341,012。本發(fā)明涉及根據白
血病細胞的基因表達圖進行白血病的診斷、預后和治療。
某些與癌癥有關的分子，如Ras,必須被法尼基轉移酶法尼基化， 以便和細胞質膜的內側小葉相互作用并且參與各種信號傳遞途徑。Ras 并非是唯一具有異戊二烯化的CAAX盒的與癌癥有關的蛋白。法尼基 轉移酶抑制劑(FTIs )是抑制碳法尼基部分和各種蛋白質羧基端CAAX 基序共價連接的治療劑。它們用于癌癥和諸如白血病的增殖性疾病的 治療中。急性髓細胞白血病(AML)是應用FTIs可能最受益的疾病之
某些患者對FTEs治療有反應而另一些患者卻沒有，這在許多治 療方案中是事實。對不可能對其有反應的患者進行該治療是不合適 的。因此，在藥物應用前了解如何能預測一個患者對該治療有反應以 便對無反應者不進行沒必要的治療和對那些對藥物有最佳受益機會者 進行適當治療和監(jiān)測是有用的。另外，那些對治療有反應者，可能有 不同程度的反應。用除FTIs之外的治療劑進行治療或治療劑聯(lián)合FTI 一起治療可能對那些不會對FTIs起反應的或對單獨FTIs的反應不盡 人意的患者有益。
發(fā)明概述
本發(fā)明是用FTI治療白血病患者的一種方法。在一種這樣的方法 中，分析患者的基因表達圖以確定患者是否可能對FTI起反應并且如 果可能有反應則用FTI治療患者。
在本發(fā)明的另一方面，對用FTI治療的白血病患者進行監(jiān)測，分 析患者的基固表達圖以確定患者是否對FTI有反應，并且如果它們可 能以合乎要求的方式進行反應，則用FTI治療患者。
在本發(fā)明的另一方面，如果基因表達圖顯示一種或多種提示FTI反應者的特別基因上調，治療該患者。
在本發(fā)明的另一方面，提示FTI反應者的基因表達圖是那些相對 FTI非反應者而言顯示至少1.5、 1.7或2倍差別的基因表達圖。
在本發(fā)明的另 一方面，如果基因表達圖顯示一種或更多種提示FTI 反應者的特別基因下調，治療患者。
在本發(fā)明的另一方面，如果基因表達圖顯示調節(jié)選自下文中表1 -3鑒別的基因組中的基因，則治療患者。
在本發(fā)明的另一方面，F(xiàn)TI是喹啉或喹啉衍生物。
在本發(fā)明的另一方面，F(xiàn)TI是(B) -6-[氨基(4-氯苯基)(1 一甲基一1H —咪喳一5 —基)甲基]一4— (3-氯苯基)—1—甲基一 2 (1H)-喹啉酮)。
用于實施這些方法的制品也是本發(fā)明的 一 個方面。該制品包括基 因表達圖或固定于計算機可讀介質上的它們的圖像(representation )。 符合本發(fā)明的其他制品包括用于確定本發(fā)明基因表達圖的核酸陣列。
在本發(fā)明的另一方面，治療白血病患者的方法包括給予FTI和 調節(jié)MAPK/ERK信號傳遞途徑、TGFP、 WNT或凋亡途徑的治療 組合物。
在本發(fā)明的另一方面，使用FTI和選自酪氨酸激酶抑制劑、MEK 激酶抑制劑、PI3K激酶抑制劑、MAP激酶抑制劑、凋亡調節(jié)劑及其 組合的治療組合物治療患者。
在本發(fā)明的另一方面，分析白血病患者的基因表達圖以確定患者 是否可能對FTI有反應和患者是否可能從FTI和另一種藥物的組合受 益。然后用該組合治療患者，或者如果患者不可能對FTI有反應，用 選自酪氨酸激酶抑制劑、MEK激酶抑制劑、PDK激酶抑制劑、MAP 激酶抑制劑、凋亡調節(jié)劑及其組合的藥物治療患者。
附圖簡述
圖l是用于分析本發(fā)明基因表達圖的基因表達方式的圖示。 圖2是MAPK/ERK途徑的示意圖。 圖3是TGFp和Wnt途徑的示意圖' 圖4是凋亡途徑的示意圖。詳細說明
本說明所指的治療劑是FTIs。它們具有多種形式但共同具有阻礙 或減少與癌癥和增殖性疾病有關的蛋白法尼基化的基本抑制功能。優(yōu) 選是用于治療諸如急性髓細胞白血病(AML)的白血病的FTIs。對 FTI起反應的患者是指用FTI治療后骨髓中母細胞減少50%以上的患者。
許多FTIs包括在本發(fā)明范疇內，并且包括那些描述于美國專利 Brown 等的 5976851 ;Anthony 等的 5972984;deSolms 的 5972966;Dinsmore等的5968965; Venet等的5968952; Venet等的 6187786; Venet等的6169096; Venet等的6037350;Angibaud等的 6177432;Graham等的5968578;Sebti等的5965539;Afonso等的 5958939; Anthony等的5939557;Commercon等的5936097; Anthony 等的5891889;Baudin等的5889053; Anthony等的5880140; deSolms 等的5872135; deSolms等的5869682;Baudoin等的5861529;Graham 等的5859015; Clerc等的5856439; Anthony等的5856326; Graham 等的5852010; Marsters等的5843941; Doll等的5807852; Dinsmore 等的5780492; Dong等的5773455; Kim等的5767274; Anthony等 的5756528; Baudoin等的5750567; Bishop等的5721236; Doll等的 5700806; Anthony等的5661161; Sebti等的5602098; Breslin等的 5585359; Ciccar酮等的5578629; Ciccar酮等的5534537; Marsters 等的5532359; Patel等的5523430; de Solms等的5504212; deSolms 等的5491164; Brown等的5420245; Graham等的5238922中的FTI。 以上每個專利被引入此文作為參考。優(yōu)選非肽的、所謂的"小分子" 治療劑。更優(yōu)選的FTIs是喹啉或喹啉衍生物，諸如
7_ (3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪峻-1-基甲基
-2， 3-二氮-1H， 5H-苯并[ij喹嗪-5-酮，
7- (3-氯苯基)-9-(4-氯苯基)-1H-咪峻-l-基甲基] —1，2-二氫-4H-p比咯并[3， 2， l-ij會啉-4-酮，
8— [氨基(4—氯苯基)(1—甲基—1H-咪哇—5-基)，曱基-6 - (3-氯苯基)-1,2-二氫-4H-吡咯并[3， 2， 1-ij]喹啉-4-酮，和
8 —[氨基(4 —氯苯基)(1 —甲基—1H —咪哇—5 —基)甲基]一 6 -(3-氯苯基)-2， 3-二氫-1H，5H-苯并[iJl喹嗪-5-酮。最優(yōu)選的FTI是(B) -6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-邁 —咪哇-5-基)甲基—4- (3 —氯苯基)-l-甲基-2 (1H) -全 啉酮)。
本發(fā)明的一方面包括用FTI和其他治療劑治療白血病，本說明書 所指的治療劑是那些對接受基于喹啉的FTIs治療的白血病細胞的基 因表達分析過程中被闡明的生物學途徑有影響的治療劑。
具有表達蛋白或肽的能力的核酸序列("基因")僅僅在基因組中 存在并不能決定蛋白或肽在指定細胞中是否表達。能夠表達蛋白或肽 的指定基因是否表達并且能表達到何種程度，如果有的話，是由多種 復雜因素決定的。不考慮理解和測定這些因素的困難，測定基因表達 可以提供有關細胞對諸如加入藥物或其它治療劑的給定刺激的反應的 有用資料?？梢栽诨虮磉_圖中找到基因活化或滅活程度的相關指 標。使用本發(fā)明的基因表達圖鑒定和治療那些可能得益于給定治療的 患者或將那種對藥物或治療產生很少或沒有有益反應的患者從指定治 療中剔除出來。
建立基因表達圖的優(yōu)選方法(包括那些用于說明相關生物學途徑 的方法)包括確定編碼蛋白或肽的基因產生的RNA數(shù)量。這由逆轉 錄PCR( RT-PCR)，竟爭RT-PCR，實時RT-PCR，差別顯示(differential display) RT-PCR，RNA印跡分析和其他相關的檢測完成。盡管可以 使用各個PCR反應進行這些技術，最好擴增來自mRNA的拷貝DNA (cDNA)或拷貝RNA(cRNA)并通過微陣列進行分析。許多不同的陣
列構型和生產方法是本領域技術人員知道的，并描述于美國專利如 5445934;5532128;5556752;5242974;5384261;5405783;5412087;5424186;
5429807;5436327;5472672;5527681;5529756;5545531;5554501;5561071;
5571639;5593839;5599695;5624711;5658734和5700637，將其/>開內
容引入此處作為參考。
微陣列技術允許同時測定數(shù)千種基因的穩(wěn)定狀態(tài)的mRNA水平，
因此提供了一種鑒定FTIs對細胞生物學的效應和基于這些效應分析 的可能的治療效果的有力工具。目前廣泛應用兩種微陣列技術。第一 種是cDNA陣列，第二種是寡核苷酸陣列。盡管這些芯片構建存在差 別，基本的所有下游數(shù)據分析和結果是一樣的。這些分析的產物典型 地是接收自標記探針的信號強度的測定結果，標記探針用于檢測與微陣列已知位點的核酸序列雜交的樣品中的cDNA序列。典型地，信號 強度與cDNA，并且因此是與表達于樣品細胞中的mRNA數(shù)量成比 例。大量的這些技術是可得到的和有用的。檢測基因表達的優(yōu)選方法 可以在美國專利Linsley的6271002;Friend等的6218122; Peek等 的6218114; Wang等的6004755中找到，將每個專利的公開內容引 入此處作為參考。
通過比較這些強度進行表達水平的分析。通過形成檢測樣品相對 于對照樣品的基因表達強度比率矩陣可以最好地做到這一點。例如， 可以將用藥物處理過的組織的基因表達強度和未用藥物處理的同樣組 織的基因表達強度進行比較。這些表達強度的比率提示檢測和對照樣 品之間的基因表達倍數(shù)改變。
基因表達圖可以用許多方式顯示。最常見的方法是將比率矩陣排 列成直方圖(graphical dendogram )，其中列代表檢驗樣品，行代表 基因。排列數(shù)據以便具有相似表達圖的基因相互靠近(例如，

圖1)。 每種基因的表達比率用一種顏色表示。例如，小于1的比值(提示下 調)可以出現(xiàn)在圖譜的藍色部分，而大于1的比值(提示上調)可以以 一種顏色出現(xiàn)在圖鐠的紅色部分?？梢杂蒙虡I(yè)可獲得的計算機軟件程 序顯示這些數(shù)據，包括來自Batelle的"OMNIVIZ PRO"軟件和來自 Stanford的"TREE VIEW"軟件。
差別表達的基因在用FTI治療后的病變細胞中或者上調或者下 調。上調和下調是相對的概念，指相對某種基線的基因表達數(shù)量存在 可檢測出的差別(在檢測系統(tǒng)的噪量之上的)。本文中，基線是未治 療的病變細胞的基因表達檢測值。使用同樣的檢測方法，在受治療的 病變細胞中基因表達相對于基線水平或者上調或者下調。優(yōu)選地，根 據雜交微陣列探針測量強度的倍數(shù)改變鑒別上調或下調水平。優(yōu)選1.5 倍的差別造成如此區(qū)別。即在稱一種基因在接受治療的病變細胞中相 對于未治療的病變細胞為差別表達前，發(fā)現(xiàn)接受治療的細胞比未治療 細胞至少產生多1.5倍，或產生少1.5倍強度。1.7倍的差別更優(yōu)選， 2倍或更多倍數(shù)的基因表達測量差別更優(yōu)選。表3列出了在所有細胞 系和反應者樣品中普遍受調節(jié)的基因。
基因夾(a portfolio of genes )是一組基因，組合在一起以4更得到關 于它們的信息，為制定諸如診斷、預后，或治療選擇的臨床相關判斷提供基礎。本文中，被基因夾支持的判斷包括用FTIs治療白血病。 基因夾表達圖可以由表1-3顯示的基因組合構成。
本發(fā)明的一種方法包括比較各種基因的基因表達圖以確定某個人 是否可能對治療劑的應用起反應。已經建立了鑒別反應者和非反應者 的基因表達圖之后，將每個基因表達圖固定在介質上，例如下文所述 的計算機可讀介質。然后獲取含病變細胞的患者樣品(例如AML情
況下的造血母細胞)。從有病患者細胞獲取和擴增樣品RNA并獲取適 當基因夾中的基因的基因表達圖，優(yōu)選通過微陣列。然后將樣品的表 達圖與以前確定為反應者與非反應者的表達圖進行比較。如果樣品表 達模式與FTI反應者的表達模式一致，那么用FTI治療就有指征(在 沒有相反的醫(yī)學指征時)。如果樣品表達模式與FTI非反應者表達模 式一致，那么沒有指征用FTI治療。優(yōu)選地，根據上文所述的用微陣 列讀數(shù)進行強度測量確定表達模式的一致性。
以相似方式，可以進行基因表達圖分析以監(jiān)測治療反應。在本方 法的一個方面，對用FTI治療的患者在全治療過程的各個階段進行上 文所述的基因表達分析。如果基因表達模式與反應者的一致，那么繼 續(xù)治療。如果不一致，那么將患者的治療改變?yōu)樵黾又T如酪氨酸激酶 抑制劑的其他治療，改變劑量，或取消FTI治療。這樣的分析允許在 可檢測的臨床指標(indicia)之前或面臨其他模棱兩可的臨床指標時 進行干預和治療調整。
可能得到模棱兩可的結果，在這種情況下記錄到一些在某些方面 提示反應者而在其他方面提示非反應者的基因表達圖。例如，圖型可 能顯示與反應者一致的三種基因上調，但另一種通常在反應者的情況 下應上調的基因不上調。在這種情況下，可以應用統(tǒng)計運算確定患者 對藥物反應或不反應的可能性。適合此目的的統(tǒng)計運算是熟知和可獲 得的。
本發(fā)明的制品是對治療、診斷、預后評價、分期和其他評價疾病 有用的基因表達圖的表示，被制作成可以被自動讀取的介質，諸如計 算機可讀介質(磁學、光學等)。制品也可以包含在該介質中評價基 因表達圖的說明書。例如，制品可以包含具有計算機說明書用于比較 上文所述的基因夾的基因表達圖的CD ROM。制品也可以具有數(shù)字化 記錄于此的基因表達圖以便它們可以與來自患者樣品的基因表達數(shù)據比較。另外，可以用不同的表示格式(representational format)記錄 分布圖。圖畫記錄是這樣的一種格式。圖1顯示了用圖表示這樣一種 記錄的例子。諸如包含于上文提到的"OMNIVIZ，，和"TREE VIEW" 計算機程序的聚簇運算(clustering algorithm)可以最好地幫助顯現(xiàn) 該數(shù)據。
符合本發(fā)明的其他制品是如上文所述的核酸陣列(例如，cDNA 或寡核香酸陣列)，被構造用于鑒別本發(fā)明的基因表達圖。
使用聚簇分析(clustering analysis)(包括上文提到的運算)可以 比較患者樣品的表達水平以在一定的統(tǒng)計置信度上建立基因間的調節(jié) 關系。根據這樣的表達數(shù)據構建動態(tài)圖譜。該基因網絡圖對藥物發(fā)現(xiàn) 有用。例如， 一旦感興趣的基礎基因被識別，使用該基因網絡圖可以 發(fā)現(xiàn)一系列可能的上游調節(jié)基因。然后可以分析如此鑒別的基因或它 們的表達產物作為藥物靶的作用。在某些實施方案中，使用鑒別的特
殊基因的調節(jié)功能以鑒別治療白血病的治療方法。
轉錄調節(jié)、RNA加工和RNA編輯都通過由它們自己的基因編碼 的蛋白完成。另外，通過位置效應DNA序列可以對其他基因的表達 施加長距離控制。因此，基因表達常常受其他基因的表達調控。相對 于被調節(jié)的或下游基因，這些調控基因被稱作上游基因。在一個簡單 的調控途徑中
A++〉B—〉C++>D 其中A、 B、 C、 D是基因 + +上調 —下調
基因A是基因B的上游基因，B是C的上游基因。本領域的技術 人員可以理解網絡經常連接成環(huán)和內部連接。在某些情況下，基因表 達受自己的表達產物正或者負反饋調控。
對表達水平相關的成組基因應用聚簇分析方法。聚簇分析的方法詳細描述于Harfigan(1975) Clustering Algorithms,NY，John Wile and Sons， Inc， and Everritt，(1980)Cluster Analysis 2nd.Ed丄ondon Heineman Educational books，Ltd.，引入此處作為參考。使用途徑分析 以解析變量之間的關系并檢驗基因網絡的原因模型。識別白血病細胞 中藥物的多個主要靶，以及對治療該細胞有效的藥物/藥物類別。根據 本發(fā)明，藥物是擾亂生物學系統(tǒng)的具有任意復雜程度的任何化合物。
藥物的生物學效應可能是藥物介導的一種或多種RNA轉錄或降 解的速率、 一種或多種多肽的翻譯或翻譯后加工的速率或程度、 一種 或多種蛋白降解的速率或程度、 一種或多種蛋白作用或活性受抑制或 刺激等等的改變的結果。除了優(yōu)選的FTIs，本發(fā)明的優(yōu)選藥物是那些 調節(jié)MAPK/ERK信號傳遞途徑、TGFP 、 WNT或凋亡途徑的藥物。 這些無限制條件地包括酪氨酸激酶抑制劑、MEK激酶抑制劑、P13K 激酶抑制劑、MAP激酶抑制劑、凋亡調節(jié)劑及其組合。其中最優(yōu)選 的示例藥物是Novartis的"GLEEVEC"酪氨酸激酶抑制劑，U-0126 MAP激酶抑制劑、PD-098059 MAP激酶抑制劑、SB-203580 MAP激 酶抑制劑和反義、核酶和DNA酶:Bcl-XL抗凋亡劑。其他有用藥物的 例子無限制條件地包括美國專利6306897的calanolides;美國專利 6284764的取代雙環(huán)物；美國專利6133305的indolines和美國專利 6271210的反義寡核苷酸。
正如注意到的，本發(fā)明的藥物可以是定位于基因治療或反義治療 的治療劑。可以將含有與mRNA序列互補的序列的寡核苷酸導入細 胞以阻斷mRNA的翻譯，因此阻斷編碼mRNA的基因的功能。使用 寡核香酸阻斷基因表達描述于，例如，Strachan and Read ，Human Molecular Genetics，1996,引入此處作為參考。
這些反義分子可以是DNA、 DNA穩(wěn)定衍生物如硫代磷酸酯或甲 基膦酸酯、RNA、 RNA穩(wěn)定衍生物如2， - O -烷基RNA，或其他 反義寡核苷酸模擬物。可以通過微量注射、脂質體包嚢或通過包含反 義序列的載體的表達將反義分子導入細胞。
對于基因治療，可以將感興趣的基因連接到通過感染受體宿主細 胞介導治療DNA轉移的病毒栽體。合適的病毒載體包括逆轉錄病毒、 腺病毒、腺伴隨病毒、皰滲病毒、牛痘病毒、脊髓灰質炎病毒等。另 外，可以通過非病毒技術將治療DNA轉移進細胞用于基因治療，非病毒技術包括使用配體-DNA偶聯(lián)物或腺病毒-配體-DNA偶聯(lián)物 的受體介導的靶向DNA轉移、脂質轉染膜融合或直接微量注射。這 些程序及其變化既適于體內的也適于離體的基因治療。適于使用的基 因治療的分子方法學流程描述于Gene Therapy Protocols,edited by Paul D. Robbins，Human press，Totawa NJ,1996.
可以根據已知方法，諸如通過與藥物學可接受的載體混合，對包 含發(fā)明藥物的藥物學有用組合物進行制劑化。該載體的例子和制劑化 方'法可以在Remington's Pharmaceutical Sciences中找麥J。 為帝J作適 合有效給藥的藥物學可接受的組合物，該組合物應含有有效量的藥 物。藥物的有效量可以根據諸如個體狀況、重量、性別和年齡的多種 因素變化。其他因素包括給藥模式?？梢酝ㄟ^多種途徑，例如皮下、 局部、口服和肌內方式將藥物組合物提供給個體。
本發(fā)明的藥物包括藥物的基本分子的化學衍生物。即它們可以包 含不是正?；痉肿右徊糠值钠渌瘜W部分。該部分可以改善基本分 子的溶解度、半衰期、吸收性等。另外該部分可以減輕基本分子不想 要的副作用或降低基本分子的毒性。該部分的例子描述于多種文章 中,例如Remington's Pharmaceutical Sciences。
可以給予通過常規(guī)檢測確定的合適的劑量，單獨應用根據此處公 開的方法鑒定的化合物以獲得最佳抑制或活性而使任何可能的毒性最 小化。另外，共同給藥或序貫給藥其他制劑也是可行的。
本發(fā)明的藥物可以使用傳統(tǒng)給藥載體以大范圍變化的治療劑量形 式給藥。例如，可以通過諸如片劑、膠嚢(每種包括定時釋放和延遲 釋放制劑)、丸劑、粉劑、小顆粒、酏劑、酊劑、溶液、懸浮液、糖 漿和乳劑的口服劑量形式或通過注射給藥。相似地，它們可以通過靜 脈內(丸劑注射(bolus)和輸液)、腹膜內、皮下、用或不用栓塞的 局部，或肌內注射形式，所有這些使用方式對于藥物學領域的普通技 術人員是熟悉的。可以將希望的有效但無毒性數(shù)量的化合物作為調節(jié) 劑。
產品的每日劑量可以在0.01到lOOOmg每人每日的很大范圍內變
動。對于口服給藥，優(yōu)選組合物以有刻痕的或無刻痕的含o.oi、 0.05、
0.5、 1.0、 2.5、 5.0、 10.0、 15.0、 25.0和50.0亳克活性成分的片劑形 式提供，用于作受治療患者劑量的癥狀調整。通常以每天約0,0001mg/kg體重到約100mg/kg體重提供有效量的藥物。更具體的范 圍是每天約0.001mg/kg體重到約10mg/kg體重。當結合使用時調整 劑量以達到需要的效果。另一方面，這些多種制劑的劑量可以獨立優(yōu) 化并結合以達到協(xié)同結果，而與任何一種制劑單獨使用相比，病理被 改善的程度更多。
有利的是，本發(fā)明所用的化合物或調節(jié)劑可以以每日單次劑量給 予，或將每日總劑量分成每日兩次、三次或四次給予。另外，本發(fā)明
予，或通過經皮途徑，使用本領域一般技術人員熟知的經皮皮膚貼劑 形式給予。以經皮遞送系統(tǒng)形式給藥，在劑量方案全過程中劑量給予 當然將是持續(xù)性的而非間斷性的。
對于使用 一 種以上的活性制劑進行的聯(lián)合治療，其中活性制劑在 單獨的劑量制劑中，可以將活性制劑同時給予，或者將每種制劑在分 開的不同時間給予。
根據各種因子選擇使用本發(fā)明化合物或調節(jié)劑的劑量方案，這些 因子包括類型、物種、年齡、體重、性別和患者的醫(yī)學狀況；受治療 狀況的嚴重程度；給藥途徑；患者的肝功能和腎功能；以及使用的特 殊藥物。 一般技能的內科醫(yī)生和獸醫(yī)可以很容易地決定和開出有效劑 量的用于預防、對抗或阻止情況進展的藥物。達到有效而沒有毒性的 藥物濃度范圍的最佳精確度需要一個根據藥物到達靶位點的動力學確 定的方案。這包括考慮藥物的分布、平衡和消除。
本發(fā)明的藥物可以作為活性成分，并且典型地是與經過適當選擇 的合適的藥用稀釋劑、賦形劑和載體(此處統(tǒng)稱"載體"材料)混合 給予，它們是根據想要的給藥形式，即口服片劑、膠嚢、酏劑、糖漿 等選擇的并與傳統(tǒng)的制藥學實踐一致。
例如，對片劑或膠嚢形式的口服給藥，活性藥物成分可以與一種 口服的、無毒性的藥物學可接受的惰性栽體結合，如乙醇、甘油、水 等。另外，當需要或必要時，合適的粘合劑、潤滑劑、崩解劑和著色 劑也可以摻入混合物。合適的粘合劑無限制條件地包括淀粉、明膠、 諸如葡萄糖或P -乳糖的天然糖類、合成甜味劑、天然或合成的樹膠 如阿拉伯樹膠、西黃蓍膠或藻酸鈉、羧甲基纖維素、聚乙二醇、蠟等。 用于這些劑量形式的潤滑劑無限制條件地包括油酸鈉、硬脂酸鈉、硬脂酸鎂、苯甲酸鈉、醋酸鈉、氯化鈉等。崩解劑無限制條件地包括淀 粉、甲基纖維素、瓊脂、皂土、黃原膠等。
對于液體形式活性藥物成分可以結合在合適的調味懸浮劑或分散 劑中，諸如合成的或天然的樹膠，例如，西黃蓍膠、阿拉伯樹膠、甲 基纖維素等。其他可以應用的分散劑包括甘油等。對胃腸外給藥，需 要無菌懸浮液和溶液。當需要靜脈給藥時使用有一般含適當防腐劑的 等張制備物。
本發(fā)明藥物也可以以脂質體遞送系統(tǒng)形式給藥，諸如小羊層泡， 大單層泡和多層泡?？梢杂酶鞣N磷脂，諸如膽固醇、硬脂酰胺或磷脂 酰膽堿生成脂質體。
也可以通過使用化合物分子偶聯(lián)的單克隆抗體作為各個載體遞送 本發(fā)明藥物。本發(fā)明藥物可以與作為可靶向藥物載體的可溶性聚合物 偶聯(lián)。該聚合物可以包括聚乙烯-吡咯烷酮、吡喃共聚物、聚羥基丙 基甲基丙烯基-酰胺酚、聚羥基-乙基天冬酰胺酚，或用棕櫚酰取代 的聚環(huán)氧乙烷聚賴氨酸。另外，本發(fā)明藥物可以偶聯(lián)到一類可用于實
現(xiàn)藥物控制釋放的生物可降解性聚合物，例如，聚乳酸、聚e己內酯、 聚羥基丁酸、聚原酸酯、聚縮醛、聚二氫-吡喃、聚氰丙烯酸鹽和水 凝膠的交聯(lián)或兩親性嵌段共聚物。
對口服給藥，可以采用膠嚢、片劑或丸劑形式給藥，或另外它們 可以和飼料混合起來使用。膠嚢、片劑和丸劑由結合適當栽體，諸如 淀粉、滑石、硬脂酸鎂或磷酸氫鈣的活性成分組成。通過將活性成分 和包括稀釋劑、填充劑、崩解劑和/或粘合劑的合適的細粉末惰性成分 緊密混合以便獲得均一混合物來制備這些單位劑量形式。惰性成分是 一種不和藥物起反應并且對受治療的動物無毒性的物質。合適的惰性 成分包括淀粉、乳糖、滑石、硬脂酸鎂、蔬菜膠和油等。這些制劑可 以包含數(shù)量可大幅度改變的活性和非活性成分，這取決于許多因素， 諸如受治療動物物種的大小和類型及感染的類型和嚴重程度?？梢院?單地將化合物和銅料混合或通過將化合物置于食品表面的方式給予活 性成分。
胃腸外給予化合物或調節(jié)劑。注射可以是肌內、腔內、氣管內或者皮 下?？勺⑸涞闹苿┯膳c合適惰性液體載體混合的活性成分組成?？山邮艿囊后w栽體包括諸如花生油、棉籽油、芝麻油等的植物油和諸如
solketal、 glycerol formal等的有機溶劑。作為替代品，也可以使用水 溶液的腸外制劑。植物油是優(yōu)選液體載體。通過將活性成分溶解或懸 浮在液體載體中來制備制劑，以便最終的制劑包括0.005至10重量％ 的活性成分。
進一步通過下文的非限制性實施例說明本發(fā)明。
實施例1:細胞培養(yǎng)
AML樣細胞系HL-60 (早幼粒細胞)和U-937(早單核細胞)來自 ATCC。 AML-193 (單核細胞)和THP-1(單核細胞)細胞來自RW Johnson Pharmaceutical Research Center,San Diego。細胞生長在含20
;。AML-193也用粒細胞-巨核細胞集落刺激因子、^M-CSF) (10ng/ml)、胰島素(0駕mg/ml)和轉鐵蛋白(0馬mg/ml)補加。 實施例2:毒性劑量測定
在六孔平板中接種實施例1的細胞，初始濃度為1X10s細胞/ml。 將3pl DMSO中濃度范圍為0.5至500nM的(B) -6-氨基(4-氯苯基)(l-甲基-Ifl-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-l-曱基-2 (1H )-全啉酮)直接加入培養(yǎng)基。實施例1的對照細胞在單獨的培 養(yǎng)基或者在補加了載體(0.1% DMSO)的培養(yǎng)基中生長。在第四天和 第七天用血細胞計數(shù)器進行細胞計數(shù)并通過臺盼蘭排除測定確定細胞 生存力。定義ICs。值為第七天治療樣品中存活細胞數(shù)量是對照組的50 %時的劑量。根據雙份試驗結杲進行計算。在用FTI治療7天后計算 四種細胞系的ICso值。AML-193的1(:50值為134nM， HL-60的IC50 值為24nM， THP-1的ICs。值為19nM， U-937的ICs。值為44nM。這 提示四種AML樣細胞系對FTI治療敏感。 實施例3:時孝呈測定
將實施例1的細胞的雙份培養(yǎng)物接種在六孔平板中，初始濃度為 1X105細胞/ml。將3pl DMSO中濃度為100nM的(B) - 6 -氨基 (4-氯苯基)(1-甲基-111-咪唑-5-基)甲基-4-(3-氯苯基)-l-甲 基-2 (1H )-喹啉酮)直接加入培養(yǎng)基。部分根據實施例2的結果， 選擇100nM的濃度進行下面的時程試驗以標準化治療方案。雙份對 照培養(yǎng)物生長在含0.1%DMSO的培養(yǎng)基中。在總共6天時間里每天收集雙份培養(yǎng)物。進行細胞計數(shù)，測定生存力和根據制造商的方案
(Qiagen RNeasy)分離總RNA。分析顯示來自不同細胞系的細胞在不 同時間受影響。用DNA酶1 (Qiagen DNasel試劑盒)處理RNA以 去除任何殘余的基因組DNA。根據Van Gelder等的美國專利5545522 描述的程序進行RNA的線性擴增。制備等份的5yg aRNA用于與 cDNA陣列雜交。 實施例4:骨髓加工
從已用FTI治療的兩位診斷AML的患者獲取骨髓抽吸物。在21 天內，將600mg(B) -6-氨基(4-氯苯基)(l-甲基-!H-咪唑-5-基)甲基I-4-(3-氯苯基)-l-甲基-2 (1H)-喹啉酮)，每日兩次給 予這些AML患者。在基線時和三周的治療中每周一次進行骨髓抽吸。 患者中的一位對FTI物無反應(RH)而另一位有反應(BS)。有反應 是指骨髓抽吸物中的母細胞下降50%以上。用PBS將抽吸物稀釋至 15ml并進行Ficoll密度離心。用PBS洗滌白細胞兩次，再懸浮在含10
%DMSO的FBS中，并立即冷凍在-80TC。低溫保存細胞以維持細 胞生存力。在37TC將樣品解凍，在5分鐘內將10X體積的含20。/。FBS 的RPMI逐滴加入。在1600rpm下離心10分鐘，再懸浮在含2mM EDTA和0.5%BSA的10ml PBS中。然后將樣品通過70pM過濾器 以去掉任何細胞團塊。通過臺盼蘭測定確定細胞生存力。如果樣品生 存力低于50%，使用Miltenyi死細胞去除試劑盒(Miltenyi Dead Cell Removal Kit)以富集活細胞比例。然后用CD33-FITC和CD34-PE 抗體(Pharminigen)雙重標記2X1()S存活細胞，并進行FACS分析。 通過使用CD33或CD34抗體(Miltenyi)進行磁珠細胞分離對(B)
-6-[氨基(4-氯苯基)(l-甲基-!H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯 苯基)-l-甲基-2 (1H)-喹啉酮)治療后的骨髓樣品進行白細胞富集。 按實施例3所述對提取的細胞進行RNA提取。 實施例5:探針制備
才艮據以下程序制備實施例3和4得到的RNA樣品用于與cDNA 微陣列雜交。根據開始的材料數(shù)量對總RNA進行一到兩輪的線性擴 增。首先，使用Superscript eDNA轉錄試劑盒(Gibco BRL)逆轉錄1
-10 y g的總RNA。首先將10 y 1總RNA與1 m 1 0.5mg/ml T7-寡脫 氧胸苷引物混合，在70t)孵育10分鐘，然后在冰上冷卻。接著，加入8pl5X第一鏈反應緩沖液、O.IMDTT、 10mMdNTPs和1 m 1RNA 酶阻斷物，將溶液在42C孵育5分鐘。然后加入1 nl Superscript II， 將反應在42'C孵育2小時。將反應在70"C加熱去活化IO分鐘，取出 lml用于PCR。接著，加入92m!無RNA酶的水、30 jli I 5X第二鏈 反應緩沖液、3nll0mM dNTP、 4 jn 1 DNA多聚酶1、 lpl大腸桿菌 RNA酶H、大腸桿菌DNA連接酶，將混合物在16。C孵育2小時。 使用Ampliscribe T7-轉錄試劑盒(Ampliscribe T7-transcription kit) (Epicenter)進行cDNA線性擴增。如果需要，通過隨機六聚體方法 進行第二輪RNA擴增。通過用隨機六聚體引發(fā)aRNA和在核苦酸混 合物中包括Cy3-dCTP合成熒光標記的cDNA探針。使用QIAquick PCR純化試劑盒(Qiagen)純化反應物，使用相關熒光素(Cytofluor ) 將探針體積標準化，并重新懸浮在50^il含5%甲酰胺和人Cotl DNA(Life Technologies)的第二種形式的雜交緩沖液(Amersham Pharmacia Biotech，Pistcataway,NJ)中。 實施例6:陣列雜交和分析
陣列含有來自IMAGE consortium (Integrated Molecular Analysis of Genome and their Expression:Research Genetics,Huntsville，AL)和 Incyte庫(Incyte libraries )的7452個cDNAs。按下文所述制備微陣 列，按實施例5所述進行探針雜交。通過第三代微陣列探測器 (Spotter)(Molecular Dynamics)將cDNAs印跡到氨基娃烷包4皮的栽玻 片上(Corning )。將cDNAs進行PCR擴增、純化(Qiagen PCR純 化試劑盒)并和10M NaSCN印跡緩沖液1:1混合。雜交之前將微陣 列在室溫下的異丙酚中孵育10分鐘。將探針在WC孵育2分鐘，室 溫下5分鐘，然后添加到三個復制載玻片。用DPX(Fluka)將蓋玻片 密封到載玻片上并在42'C孵育過夜。在GenIII陣列掃描儀(Molecular Dynsmics)掃描之前在55TC下用IX SSC/0.2% SDS和0.1X SSC/0.2% SDS洗滌載玻片5分鐘，浸入0.1X SSC并干燥。用AUTOGENE軟 件(Biodiscovery，Los Angeles )分沖斤每個點的熒光強度。
標準化每個微陣列的強度水平以便整個微陣列表達水平的笫75百 分位是相等的。將變異系數(shù)(CV)大于平均值50%的克隆自分析中 排除。因為對于所有試驗本底強度最高是32單位，將所有表達水平 比其低的克隆閾值定為32。根據治療和對照樣品的逐對分析產生比率矩陣(ratio matrix),并使用歐幾里得公制(euclidean metric)和平 均連鎖(average linkage) (OmnivizProTM)進行等級聚蔟(Hierarchial clustering )。
將每個樣品雜交到三個相同的陣列并通過散點圖分析比較平均信 號強度。當將來自同一天的對照樣品和治療樣品對照時也觀察到高的 相關系數(shù)。這意味著沒有因為用(B) - 6-[氨基(4-氯苯基)(l-甲 基- 1H -咪唑-5-基)甲基-4 - (3-氯苯基)-l-甲基-2 (m)-查啉 酮)治療在基因表達上產生顯著變化。另外，檢查不同天數(shù)的對照樣 品之間的差別。對細胞進行模擬處理，并在1、 2、 3、 4、 5和6天后 分離RNA。在標記和雜交之后，計算雙份樣品的平均強度和每個克 隆(每個克隆3點)的變異系數(shù)(CV)。將變異系數(shù)超過50%的數(shù)據 點從進一步的分析中去掉。
實施例7:受治療細胞系樣品中的差別基因表達
在時程數(shù)據系列中使用OmniViz Pn)TM軟件(Battdle)進行等級 聚簇。首先，在時程的每一天使用1.5、 1.7和2.0倍的改變作為治療 組相對對照組強度比率的過濾指標(filters )。分析超過這些閾值受調 節(jié)的基因的基因表達圖以檢查這些在三個數(shù)據系列之間共同受調節(jié)的 基因并鑒別擁有相似表達圖的基因簇。結杲顯示在下面的表1-3中。
下表參考基因ID號碼(內部產生)和該基因進入Genbank數(shù)據庫 的Genbank數(shù)據庫編號鑒定根據本發(fā)明分析的基因。將所附的序列 列表引入此處作為參考，顯示對應于基因ID號碼的序列并用這些基 因ID號碼命名。在某些情況下，所列的序列是編碼蛋白或肽的產物 的全長核酸序列。本領域的技術人員會認識到從分析的角度鑒別全長 序列是不必要的。即可以根據熟知的可以設計探針以評價相應基因的 基因表達的原則選擇序列的一部分或ESTs (表達的序列標記片段)。 另外，應該注意到列表中的一些序列含字母"N"，代替了核苷酸。本 領域的技術人員會知道"N"指在序列的該部分放置任何核苷酸。
實施例8:鑒別基因網絡
如上所述鑒別在2個或更多細胞系中的藥物治療細胞系中至少被 1.5倍調節(jié)的基因(表1)。應用這些基因列表來鑒別正被最優(yōu)選的FTI，(B) - 6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-1H-咪唑-5-基)甲基1-4-(3-氯苯基)-l-曱基-llml_-喹啉酮) 調節(jié)的主要基因途徑。 如果克隆 沒有很好地符合一種已知基因，使用克隆序列的最佳BLAST結果的 注釋。因為在細胞系治療的過程中這些基因的調節(jié)水平有變化，確定 對FTI有反應的原代AML組織的基因表達圖。
已發(fā)現(xiàn)MAPK/EPK (圖2 )信號傳遞途徑中的許多基因正被下調， TGFP(圖3)和WNT(圖3)信號傳遞途徑的基因通常上調，而凋亡途 徑也被激活(圖4)。這允許鑒別其他對已知或新的藥物復合物治療敏 感的基因靶。例如，F(xiàn)TIs與酪氨酸激酶、MEK激酶、PI3K和/或MAP 激酶抑制劑結合使用可以導致有益的治療以獲得更有效的結果。另 外，根據FTI治療細胞中凋亡途徑被激活的發(fā)現(xiàn)，可以預期當調節(jié)凋 亡的藥物與FO結合使用時可能產生有益效果。這些類型的化合物的 例子包括酪氨酸激酶抑制劑(例如Gleevec， Novartis )、 MAP激酶抑 制劑(例如U-0126、 PD-098059、 SB-203580 )，和諸如Bcl-XL的抗凋 亡基因的抑制劑(例如反義、核酶、DNA酶)。
表1:在6天時程中在兩個或更多細胞系中受調節(jié)至少l.5倍的基因 (根據Genbank編號)。
基因ID 編號
3434105F7
3881595H1
A舊39481
M961061
3918104H1
AI025519
5543360F8
M744682
M932129
AM 48008
Y00052
AB026的8 AC000134 AC005155 AC00567O AC00SO23 AC008427 AC0OS22O AC009289 AC009756 AC011473 AC013722R52476AG021078
M864819AC022087
AI815593AC022150
AM41943AC026448
AI300541AC073585
2515486H1AF161372
1731618H1AJ003147
BE2229"A細879
R13802AK022901
A舊56222AL021155
AI553823AL022313
M0簡1AL034397
AA237071AL035420
2445101F6AL049824
A舊38342AL122004
M779424AL136980
H81171AL137073
R77754AL137790
AI209040AL涵82
642娜H1AL139396
H61066AL16雷
R59209AL355136
AA486141AL355352
AI339252AP001630
AW023438BC009732
914979H1BC013834
AA455969D00015
T64335D00017
X02308D005S6
X67098D00596
X01023D10493
D簡3D10493
Y00396D10493
X69292D10667
AA736561D11094
S68252D11139
M25315D12592
AI186110D13118
H84153D13639
M598561D14043
D14695D1鵬5
2206642T6D16889
A舊78943D17004
U38846D170的
J03801D21235
AI762826D23660
D25215D25215
U4謂D26512
AA485961D30648
AA456408D38441
AI311090D38616
D42084
D43950D439S0
AW006368D44467
U29092D45050D45887
W68193
3633286H1
N76967
AA985407
AI962797
M59829
3107995H1
AA279906
AI016874
556963H1
細0687
AF045581
U41070
D90209
M312265
213S7的H1
1876511H1
J04088
AI590075
H30357
,558
L翻3
L0雷
AI02789B
圓39
U28936
M86400
M426915
AA464S27
M94859
R78541
L15189
L11284
T,8
T咖27
L08044
AI278029
M60278
'M60278
M65128
W49672
L22005
AI380522
M明8柳
L26336
AI07頓4
M63175
2470939H1
AA190648
AI243166
L39833
M97347
2005142H1
M11723
D45887
D494的
D63874
D66904
D82326
D83260
D85730
D86322
D86550
D86586
D86955
D86997
D874S2
D89078
D90209
D90767
J02763
J03072
J04咖
J04973
J0S451
K03460
L00634
LO雷
L02426
L06139
L07914
L07955
L08634
L09604
L10284
U0717
L灌6
L11284
L12387
L13802
L15203
L16862
L17032
L17032
L化980
L43615
1521663856354
023562556891EU04045
AA284067
M13142
W68291
5560880H1
3171275H1
M22鄰9
M070627
H39SS0
M25897
M27492
AA570304
205581R6
M84739
M84739
M35857
380化01H1
M63904
AI09化79
M69215
M74782
M80254
M80647
M84526
6805226H1
S93414
M91556
M95678
2017923F6
H73054
M488324
N73242
AF0136"
AW163686
A舊21879
AI652785
AW23528
3028719F6
AB010882
AF030424
AW194791
AF075599
AF031141
2676931T6
AF053304
AF119815
細6398
2185556H1
33575" H1
M047585
M448972
AW629084
AJ001015
AJ001O16
U85055
L47574
L76938
M13142
M15395
M19483
M20199
M22489
M22810
M24736
M25897
M27492
M29366
M29696
M32294
M32294
M32315
M33680
M63904
M63971
■215
M74782
M80254
M80647
M84526
M84526
M86553
M9化56
M95678
M96326
既000551
NM 001211
NM—001274
NM一0(H335
NlC001524
NM一002287
NM—002333
NM一003332
NM 003600
NM—003601
NMJKJ3642
NM—003668
NM 0咖S9
NM一004223
NM 004412
NM 004725
剛一004885
NM二004888
既004917
NM 004917
剛_005109
NM 005592
剛—005817
NM一005854
NMJ305856
NM 006480
22<formula>formula see original document page 23</formula>M984230S80071
R79935S81439
T71391T71391
M598776U05340
U11053U11053
T55353U12597
AA4566化U14970
U18300U18300
AF017306U20657
AA459663U25182
U276的U27699
A舊84916U29171
U29171U29171
1S71033FSU33429
M017042U40989
AI126520(J48405
U柳0TU4咖7
U49395U49395
AA186542U50078
U51586U515肪
AW150605U54558
M4S5800US5206
AF029777U57316
M9355U58913
319095H1y5.
AF0273641)59811
U60519U60519
AI371158U65378
U69883U卿83
H301鄰U73641
R80718U75283
U77180U77180
U78180U78180
U83115U83"5
M938905U86218
AI401546U88844
2526581H1U90904
AA773114U95740
AA176596U96781
X雷4V00543
116618V00595
R91899X00226
AW519155X00318
X87344X00369
X02910X01394
M15840X02532
AA401046X02592
X02812X02812
X87344X03066
X03084X03084
M10901X03225
X03225X03225
R81823X03742
X04O"X040"
K02400X04076X07036
X07036
Y00816
N20475
M11233
X02544
X52192
R33755
X06989
X07979
X14723
M20566
,566
X13197
M21304
XO0351
X60236
H57180
M33011
X14768
M31625
M31626
M30816
X52882
AA598758
X15606
K03515
M86歸
X51416
M2鄉(xiāng)9
AA455222
X51757
X52195
U06434
J03198
M32304
AA487812
X56134
隨985
N31660
H27379
X57522
X57830
M57765
X58528
M81182
SS0489
AI73咖5
R76314
M83665
X65921
WI37722
AA453816
AA187162
X,9
X04408
X04408
X05309
X05344
X05344
X05784
X06292
X06547
X06988
X0797S
X08004
X12830
X12830
X13197
X13709
X13839
X14008
X14034
X14758
X14768
X14768
X14768
X14768
X淮3
X15187
X1咖6
X16539
X17093
X51416
X51439
X5化75
X51757
X52195
X53682
X54048
X54533
X56134
X56134
X56257
X56257
X57198
X57522
XS7830
X58377
X58528
X58528
XS0111
X61157
X61587
X62534
XS5921
X66945
X69516
X63654
X69711
25X70070 X70697 S40706 T53775 X71877 X73458 X74801 M4545的 R43734 A1189206 2496221H1 H17504 R26434 X83688 U24231 3576337H1 X87212 T56477 M464034 X89576 M187458 M15887 X9棚 X96427 X97058 AA425120 3283686H1 AW027188 1525902F6 R48796 AKO00599 M044653 AWS65954 H86如7 R00285 X57447 778372H1 R82530 AI580830 國3097083H1 303的10H1 H53340 1654210F6 L42856 2707270F6 M23468 Y00649 Y00757 M17017 M28130 L02932 Y10256 M454813 M149850 704183H1
X7O07O X70697 X71427 X71874 X7W7 X73458 X74801 X75755 X76939 X77303 X77303 X80692 X8091O X83688 X84709 X85030 X87212 X87212 X,1 X89576 X92396 X94565
X96427
X97058
X98262
XM—005825
XM_005958
XM 006646
XM—008099
XM一027140
XM—03160$
XM 035574
XM一037453
XMJ)38化0
XM—039395
XM 040459
XM一041024
XM 042041
XM一044784
XM 0鄰6S1
XWf048213
XM一048530
XM一054964
XM 056259
Y0f062
Y00649
Y00757
Y00787
Y00787
Y07619
Y10256
Y12395
Y12670
Y13710059476H1Y13829
Y測4Y13834
U10化YW68
3141315H1Y17803
AI341167Y18391
AI707852Z12站2
U51278Z23115
A舊86S53Z26876
M043102Z35102
AA136533Z35481
U49083Z49148
R70234Z55852
257274R6
U62027273157
391237F1Z73157
510斷F1Z73157
A舊08621Z82214
M4,1Z98749
2673259F6Z98752
R22977Z98946
LO3380Z93995
M425422
M460392
AA508510
AA552028
AA576785
M663307
AI01S248
AI024468
AI086865
AI190605
AI203269
AI264420
AI333013
AW35052
AI67126B
網67化
AI990816
AW027164
AW167520
H24679
H66016
H91370
W07570
1274737F6
195337H1
23981D2H1
2531082H1
26鄰39H1
2794246F6
3290073H1
335737H1
453的42F8
63006S9H1
938765H1表2:在原代AML樣品中受調節(jié)至少l.7倍的基固(根據Genbank 編號)。
基因ID編號
T94331AB02卿8
3881595H1AC000134
1323021F6AG002073
28586"I5H1AC002325
AI791539AC002428
AI821217AC004258
AA774798AC004671
H2咖AC004845
T95173AC005071
AA814523AC005160
5905620T9AC005212
5986963H1AC005280
5825251H1AC005306
N38113AC005670
1700438H1AC005682
R48756AC005757
5538589F6AG005839
3918104H1AC006023
M443719AC007240
A舊67297AC007883
R63067AC008073
AW022174AC008382
5537789F6AC008525
H00249AC008733
鄉(xiāng)240H1AC0088SO
2明國F6AC008949
5543360F8AC009220
AA737674AG003892
S104S79H1AC009的2
3335217F6AC0103"
BE326380AC010521
3746214H1AC0濯8
AC0"500
HS0969AC012351
AA926944AC012377
3100088H1AG012454
Y00052AC013722
R52476AC02涵
N45149AC021106
AI742120AC022137
4177228F6AC022224
2676312H1AC022415
H73476AC022740
AA652121AC046170
AI308320AC046170
1956982H1AC046170
1428534F6AC0516192914934H1
AA621370
55"511R6
A舊98737
3406131H1
N20072
5911413H1
AI458182
2291436H1
W32067
6755801J1
2397317F6
R53190
1731618H1
2959801H1
3123232H1
2760110H1
X64073
3986782F7
AI366098
AI695386
BE222311
AI400473
AI299633
R13802
1483075H1
AI636222
W96144
2459540H1
3461693F6
4333034H1
3332309H1
R6怖1
U71321
M935151
AA010251
U43431
AA237071
AA609779
AA167461
422&729H2
6712339H1
A10S117S
1747028H1
5164454H1
7007735H1
M526337
AIS38342
站35576H1
W01596
U64205
4820983H1
55糾552H1
H12102
H81171
AC055707
AC064807
AC073333
AC074331
AC079118
AC096579
AC096667
AF042762
AF074333
AF13674S
AF157623
AF235100
AF384819
AJ003147
AJ003147
AJ003147
AJ006345
AJ239325
AJ249275
AJ276674
AJ289236
AJ鄰0879
AK017738
AK021499
AK022901
AK025775
AL021155
AL021155
AL031282
AL031588
AL咖726
AL031728
AL032821
AL033519
AL034374
AL034397
AL035367
AL03S420
AL049S10
AL049612
AL049742
AL0497郎
AL049872
AL078600
AL109840
AL117382
AL121601
AL122004
AL122035
AU33243
AU33367
AU35786
AL136381
AL13697S
AL137073
29M151374
M578089
AI209040
6421806H1
H60498
3721604H1
2798009H1
2225447F6
AI885557
29額7F6
M卿975
U77456
5375277T9
AI051860
4019605F6
U29607
M861429
M767859
1362587H1
R09122
R93094
AA954331
R10535
5327443H1
1569726H1
R92422
3422674H1
AI310451
3568042H1
AA455969
AF030S75
T64335
D12614
X67098
R27585
M465593
M80436
M80436
M80436
M80436
AA464600
AI147046
S68252
M25315
AI186"0
S57708
D13626
M682625
AA598561
D1卿5
D14825
855326R1
L20046
V00496
AL137790
AL138787
AL139082
AL139396
AL157776
AL160271
AL161787
AL1622S2
AL162430
AL162729
AL163279
AL355"I51
Al_355794
AL356266
AL356489
AL356489
AL356801
AL359512
AL35991S
AL391122
AL331194
AP000173
AP000432
AP000555
AP000936
AP001347
AP001672
AP002800
AP002812
AP003900
D00015
D00015
D00017
D0D1O2
D00596
D00759
D00762
D10202
D10202
D10202
D10202
D10493
D誦3
D11139
D12592
D13118
D13515
D13626
D13641
D14043
D146訴
D14825
D16234
D16305
D17206M629咖 D17554
M57285 D21214 D21235
AI700380 D21878
D25216 D25216
U41078 D26512
AF245447 D28468
AF2鄰447 D28鄉(xiāng)
AA070997 D29012
2134847H1 D30756
AI147295 D30756
AA455067 D31839
AI311090 D38616
AW629690 D42084
1869911H1 D42084
5122374H1 D43701
D43950 D43950
D45的7 D45887
WS8193 D494的
X72498 D5032S
L11667 D63861
DS3874 D63874
3633286H1 D63874
X61598 D83174
AA279906 D86550
AA729'988 D86550
D8的56 D86S56
L36719 D871化
D89078 D89078
U41070 D89078
A舊21的7 D83675
D90209 D90209
2135769H1 J02763
J03040 J03040
1876511H1 J03072
J03258 J03258
J03571 J03571
J04111 J04111
AI125073 J04132
額342H1 J04794
H30357 J05451
K02054 K02054
X02415 K02S69
K03000 K03000
H58873 K03195
AI791949 K03474
L湖3 L00S34
H22919 L03558
L04288 L04288
M405769 L05144
H62473 L07594
L08177 L08177
L08177 圓77
AA234抑7 L08的5
AA464627 L09604M94859 L10284
R78541 L簡7
L15189 L11066
M15400 L11910
L12168 L12168
L12350 1_12350
L12350 L12350
T37S08 L12387
L09800 L13974
M14221 L16510
M60278 L17032
■278 L簡2
M60278 L濯2
M60278 L17032
2745317H1 L17411
M65128 L1柳0
W49672 L20861 AI380522 AA988469 既00濯 R20939 2470939H1 M442810
L36148 L36148
M11723 L43615
M14745 M14745
W68291 廳395
M16038 M16038
339598H1 M16038
M17783 隨783
3171275H1 M20199
5189380H1 M21121
4130807F7 M22440
M22612 M22612
AA070627 M22810
1445982H1 M23254
M28638 M24306
R4SS2S M28215
AI051962 M2鵬3
736837R6 M29696
M2S870 M23870
AI284247 M30309
1512407F6 M30310
固471 M30471
M30704 M30703
AW467fe49 W31158
M84739 M32294
M84739 W132294
U52165 M32315
M3S857 M32315
5077322H1 M3231S
N72918 M34175
M63做 M58602
M59465 M59465
2294719H1 M60858
2 15 8 8 4
2 9 4 4 4
Co 5 2 8 ao o
3 5 6 1 5 R>
322992331H1
M0695S6
M咖04
婦1S79
隨782
AA410680
M80647
M84526
S93414
AI310138
M95678
2017923F6
R60624
AA488324
AA488341
AF006823
1322305T6
AI921879
AW129770
AJ004977
AI423526
4516963H1
3028719F6
AB010882
AF030424
AF023699
AF055993
AI22093S
AW665782
AI131341
M449579
1810447H1
AA047585
4181072F6
M448972
AA742351
340S436F6
AJ001015
3"8530H1
M906714
AI016020
AW770551
AW009940
翻64出
1467864F6
AF204944
W23427
3363678H2
A舊52076
346874T6
AI522316
AI338030
AI700673
4540025H1
M63005 M63582 M63904
M74782
W177016
M80647
M84526
M86553
,463
M站678
M96326
NM 000702
NM一001211
NM 001336
NM:002246
NM—002250
NM—002287
閥002349
NWl二002873
NM 003332
既003576
NM一003600
NM 003601
NM二003642
NM—003814
NM—003864
NM 004142
國004142
NM二004226
NM—004621
NM一004769
固004917
NM:005109
NM—005468
NM一005592
NM—O0S739
NM二005845
NM_005854
NM—005880
NM 006573
國—006672
剛—006770
NM一006871
NM 007194
NM一012089
NM一012105
NM一012"5
NM二012226
幽一0節(jié)3
剛013308
NM一013386
NM—013439 ,
NMJJ13439
NM 014322W00842
AW5濯8
AW630208
H63640
AI743175
2821685T6
W38474
AW243944
W07181
2997457H1
M63能
M527334
S543749FS
AW170305
M160974
M625433
M07鄉(xiāng)6
767295H1
M78706
AF245447
AF245447
4294821H1
2490994H1
35562化H1
2435705R6
3092423H1
W77977
AA429219
1001514R6
AI031531
M44簡
2感71H1
1390130H1
324簡H1
H96170
1540906H1
A形24146
卿0438
M430653
3495438F6
AA417237
AI740538
M57703
780099H1
M71483S
M777347
M521213
U39231
N77754
AA984230
U00672
U02478
M0t9459
3401107H1
NM一014331
NM一01435B
剛—014413
NM 014834
MM:0149S9
隨一014967
NM—015642
NM一0155S6
NM 015701
NM:015938
幽—016205
NM一016625
NM 0洲4
NM一017903
薩一018155
既0184M
NM一018834
NM 018983
NM 019020
剛二020126
NM一020126
NM_020344
NM 02化24
NMJ321634
NM—022048
NM—022054
NM—022336
NM 023930
NM 024022
閥024083
既024"6
NM一0245的
既024671
NM"02朋50
剛一030779
既030779
剛030811
剛:032127
NM—032177
NM一032294
NM 033050
剛-033225
NM—033280
.563^7
S63912
S67156
S76736
S77359
S79852
S79873
S80071
U00672
,78
U02680
U03019
34<formula>formula see original document page 35</formula>N87917 V01512
V01514 V01514
X87344 X00369
N53169 X00567
X029化 X01394
X01451 X01451
X01451 X01451
X01451 X01451
X01451 X01站1
M40篇 X02592
5537736F6 X02592
X87344 X03086
M10901 X03225
M5鄰94 X04403
M54894 X04403
M54的4 X04403
M54894 X04403
X07036 X04408
X07036 X04408
N75719 X04744
M19507 X0487S
Y00816 X05309
M11233 X05344
M479102 X05972
N24324 X06182
R33755 X08547
N41062 X06820
M86511 X06882
X07549 X07549
1686702H1 X07730
X07979 X07979
X14723 X08004
J03561 X12510
J03561 X12510
J03561 X12510
J03561 X12510
M20566 X12830
M20SS6 X12830
M20566 X12830
M20566 X12830
U76549 X12882
M21304 X13709
X00351 X13839
X14830 X14830
X52882 X/14983
M598758 X15187
H27564 X15729
W1S277 X15940
AA393214 X15949
M23502 X16166
K03515 X16539
M28880 X16609
2403512H1 X16674
AA868186 X17093
J03236 X51345X51416
M4"440
M058828
AA455222
X51804
T72877
X52195
X52947
U06434
3081284F6
M36821
M490256
細98
,761
M11025
M33294
M33294
M31627
X55544
M487812
X56134
X56777
H27379
M83652
X58528
M81182
SS0489
X60592
R76314
M83665
R11490
AI436567
X63465
M083577
X63547
2159360H1
X64074
X63926
X64083
2535659H1
AA節(jié)62
X69819
AI310990
T53775
3285272H1
U11087
X75299
AA454585
X75821
X75918
X76029
R43734
AH 89206
H17504
R26434
X51416 X51521 X51602 X51675 X51804 X52015 X52195 X52947 X53682 X53702 X537的 X54048 X54048 X54228 X55283 X55313 X55313 XSS543 X55544 X56134 X節(jié)134 X56777 X57柳 X57748 X58528 X58528 X,1 X60592 X61587 X62534 X62947 X63422 X63465 X63527 X63546 X63692 X63926 X63926 X63926 X69168 X69654 X69711 X71491 X71874 X73568 X75299 X75299 X75755 X75821 X75918 X76029 X76939 X77303 X80的2 X80910AI521155X81892
AA088861X83228
U10440X84849
407169H1X8柳9
3576337H1X咖30
T55802X85117
4407508H1X85337
AA025432X85373
T56477X87212
AA464034X翻1
X89576X89576
X89576X艦76
R83270X89750
9簡4H1X91249
X91809X9酒
X92106X92106
AA187458X92396
AJ000519X82犯2
X9柳1X94991
X96427X96427
R85213X98022
X982S6X98296
X99535X99585
R48796XM 0080S9
R50354XM一009915
W15172XM 016514
AK000599XM 027140
7157414H1XM 0312鄰
M044653XWI 031608
L16953XM 032556
1266202T6XM 033674
AA805631XM一033788
M861582XM 036492
H86407XM—037453
778372H1XM 040459
AA016239XM 041087
AI580830XM 042041
AI732875XM 042637
AA4634"XM 045320
AA648280XM一0464"
3038910H1XM 046691
HS3831XM 047328
1S54210reXM 048530
AA460131Xwf049228
553S620F6XM-049755
M682896XM 050250
L42856XM 054964
1483347H1XM 056259
AI307255Xwf。58135
H74265Y00062
YOO064Y00064
M17017Y00787
M28130Y00787
L02932Y07619
AA504415Y09781A舊09036 Y12336 M516206 Y12851 000527H1 Y13829 059476H1 Y13829 Y13834 Y13834 U1016 Y14768 3141315H1 Y17803 551234R6 Y17803 AA426103 Y18000 H97778 Z13009 AA402431 Z化005 L07555 Z22576 U51278 Z23115 M58525 Z26491 AW772610 Z26652 Z29090 229090 H19371 Z32684 M136533 Z35481 Z48310 Z43810 U49083 249148 R70234 Z鄉(xiāng)52 4902714H1 Z69918 150224T6 Z80147 M29871 Z82186 A舊08621 Z82214 AA699919 283821 5538394H1 Z83843 5020377F9 Z97832 AA鄰0801 Z98749 A舊25585 Z98750 2673259F6 Z987S2 R22977 Z鄉(xiāng)46 M007595 M188574 AA280754 M283874 M460392 M508510 M515469 AA&6772 AA576785 AA634241 AA663307 AA663482 M713864 M714520 M828809 AA868S02 AI061445 AI086865 AI264420 A1378131 AW40504 AI567491 A柳3066AI7O9066
AI766478
A舊21337
細,
AW439329
AW630054
H24679
H29257
HS18S6
H66015
H72339
N57580
N54592
W07570
T75463
R88730
R9簡
T56441
T77711
W92423
1274737F6
1338107F6
1508571F6
簡205H1
1594182F6
1594701F6
1879290H1
1902928H1
簡70H1
195337H1
198381H1
202化68H1
205203T6
2194064H1
224922R6
2398102H1
2531082H1
2630745F6
26463SH1
2704982H1
2716787H1
2798810F6
2832401H1
289409SF6
2919406F6
2937644F6
2950021H1
3010821F6
3123948H1
3253054R6
3290073H1
3330472H1
335737H1
3674358H1
37493鄰F63820429H1
3978404F6
4031124H1
4056384H1
4097060H1
4288779H1
4301823H1
4558488F6
4570377H1
5058893F9
5541621H1
5546249F6
5546336H1
5771839H1
5804485H1
5849807H1
6530555H1
656258H1
6S91535H1
859993H1
930273R6
938765H1
表3:在所有細胞系中受調節(jié)至少l'5倍和在患者反應者樣品中受調 節(jié)至少1.7倍的基因(根據Genbank編號)。
泉因ID 編號
5543360F8AC009220
AA237071AL035420
AA455969D00015
M253化D12592
U41078D265化
L10413L00S34
AA484627L09804
2470939H1L35848
MB4526M84526
AI921879NM 002287
AF204944NM 012105
VW7977NM二022336
AA449040NM 024116
AA521213
AA984230S80071
M456616U14970
A舊849化U29171
U60519
X00351X13839
AA868186X17093
H27379X57198
AA454585X75755
X89576X89576
A舊80咖XM 042041
U49083Z49148
4123濯2H1 2531082H1
權利要求
1. 一種通過分析FTI存在時被差別調節(jié)的基因的表達來確定患者是否會對FTI治療有反應的方法。
2. 權利要求1的方法，其中差別調節(jié)是至少1.5倍。
3. 權利要求1的方法，其中差別調節(jié)是至少1.7倍。
4. 權利要求1的方法，其中分析一種以上基因的表達。
5. 權利要求1的方法，其中基因與一種或更多表1-3鑒別的核酸序列相關。
6. 權利要求1的方法，用于監(jiān)測患者的治療。
7. 權利要求5的方法，其中FTI是(B) - 6-[氨基(4-氯苯基) (l-甲基-1H -咪唑-5-基)甲基I - 4 - (3-氯苯基)-l-甲基-2 (1H)-會啉酮)。
8. 權利要求1的方法，其中分析與表l-3鑒別的核酸序列相關的 一組基因的表達，并且其中FTI是(B) - 6-[氨基(4-氯苯基)(1-甲基-!H-咪唑-5-基)甲基]-4-(3-氯苯基)-l-甲基-2 (m)-夸 啉酮)。
9. 一種治療患者的方法，包括a) 分析所述患者的基因表達圖以確定患者是否會對FTI治 療有反應，和b) 如果分析顯示患者會有反應，用FTI治療患者。
10. 權利要求9的方法，其中分析一種以上基因的表達。
11. 權利要求9的方法，其中FTI選自喹啉或喹啉衍生物。
12. 權利要求ll的方法，其中FTI選自下組[7- (3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪喳-l-基甲基
-2， 3-二氫-lH， 5H-苯并[ij喹嗪-5-酮，[7- (3-氯苯基)-9-[(4-氯苯基)-1H-咪哇-1-基甲基
-1，2-二氳-4H-p比咯并3， 2， 1-ij]喹啉-4-酮，[8 —[氨基(4一氯苯基)(1 —甲基—1H-咪w上-5 —基)，甲基-6 - (3-氯苯基)-1，2-二氫-4H-吡咯并3， 2， l-ij喹啉-4-酮， [8 —[氨基(4 —氯苯基)(1 -甲基一 1H -咪伊主一 5 -基)甲基一 6 -(3-氯苯基)-2， 3-二氫-1H，5H-苯并[ij壹溱-5-酮，和(B) - 6-[氨基(4-氯苯基)(l-甲基-！H-咪哇-5-基)甲基]-4- (3-氯苯基)-l-甲基-2 (1H)喹啉酮)。
13. 權利要求12的方法，其中FTI是(B) -6-[氨基(4-氯 苯基)(l-甲基-沮-咪唑-5-基)甲基-4-(3-氯苯基)-l-甲基-2(1H)-全啉酮)。
14. 權利要求10的方法，其中基因與一種或更多表l-3中鑒別的核酸序列相關。
15. 權利要求9的方法，其中治療包括給予FTI和另一種治療組 合物。
16. 權利要求15的方法，其中所述另一種治療組合物調節(jié) MAPK/ERK信號傳遞途徑、TGFP、 WNT或凋亡途徑。
17. 權利要求16的方法，其中所述另一種組合物選自酪氨酸激 酶抑制劑、MEK激酶抑制劑、PI3激酶抑制劑、MAP激酶抑制劑、 凋亡調節(jié)劑及其組合。
18. 評價用FTI治療患者的有效性的制品，包含一種用于確定提 示FTI反應的患者基因表達圖的介質。
19. 權利要求1S的制品，其中基因表達圖來自于與表l-3中鑒 別的一種以上核酸序列相關的一組基因。
20. 權利要求19的制品，其中核酸序列見表3。
21. 權利要求18的制品，包含固定于介質的基因表達圖的圖像。
22. 權利要求18的制品，其中介質是計算機可讀取的。
23. 包括用于荻得基因表達圖以確定對FTI治療得反應性的制品 的試劑盒。
24. 權利要求23的試劑盒，進一步包括說明書。
全文摘要
治療白血病患者的方法，包括分析患者的基因表達圖以確定患者是否可能對法尼基轉移酶抑制劑(FTI)治療和可選擇的其他治療有反應。這些方法對監(jiān)測患者的治療和選擇療程也有用。提供對FTI治療有反應的受調節(jié)的基因并且用于作圖。
文檔編號C12Q1/68GK101426928SQ02805808
公開日2009年5月6日 申請日期2002年10月30日 優(yōu)先權日2001年10月30日
發(fā)明者M·拉波尼 申請人:奧索臨床診斷有限公司