專利名稱：篩選豬的生長特異性基因的表達模式和以其制備的功能性cDNA芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及篩選豬的生長特異性基因的表達模式和使用這些基因的功能性cDNA芯片。更為具體的，本發(fā)明涉及篩選生長特異性基因的表達模式，這些基因在生長階段的豬的肌肉和脂肪組織中特異性地表達，本發(fā)明同時涉及一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片，所述的cDNA芯片通過僅將由所述篩選得到的特異性基因整合于其中而制備。
背景技術(shù)：
分子生物學(xué)的發(fā)展對家畜的遺傳育種領(lǐng)域產(chǎn)生了巨大的影響，并由此在豬的基因連鎖圖譜(genetic linkage map)和數(shù)量性狀基因座圖譜(quantitative trait loci(QTL)map)研究上取得了極大的進展。特別是已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了與具有經(jīng)濟價值的性狀相關(guān)的QTL的定位以及一些預(yù)期能夠影響各種性狀的候選基因，并已經(jīng)將其直接應(yīng)用于養(yǎng)豬業(yè)。目前，國際間正式的合作工作組例如PiGMaP(國際豬基因組圖譜計劃)協(xié)定圖譜(Archibald等，1995)和USDA(美國農(nóng)業(yè)部)基因圖譜(Rohrer等，1994)已經(jīng)在進行豬基因組的定位工作，基于1800個結(jié)合了基因的標(biāo)記物，以構(gòu)建基因連鎖圖譜(Archibald，1994；Marklund等，1996；Rohrer等，1996)。同時，最近已經(jīng)開始進行積極的研究以鑒定與具有重要經(jīng)濟學(xué)價值的性狀有關(guān)的DNA標(biāo)記物(Nielsen等，1996)。
構(gòu)建豬的基因圖譜是鑒定與定量的性狀有關(guān)的特異性標(biāo)記物的一個重要過程(Andersson等，1994；Archibald，1994；Schook等，1994)?；谪i的第6號染色體上的標(biāo)記物與具有重要經(jīng)濟學(xué)價值的生長性狀或畜體性狀之間的關(guān)系，構(gòu)建了一種基因連鎖圖譜(Clamp等，1992；Louis等，1994；Chevaletn等，1996)。
需要改進的豬的性狀包括每窩產(chǎn)子的數(shù)目、生長期的豬的生長速度、飼料的效率、畜體率的增加以及與背部脂肪厚度相關(guān)的精肉率。通常，每日體重的增加與飼料效率之間的遺傳學(xué)相關(guān)系數(shù)很高，豬的生長率的提高可同時引起飼料效率的提高。例如，當(dāng)飼料供應(yīng)有限時，每日體重的增加的遺傳率(heritability)為0.14至0.76，平均為0.30，而每日體重的增加與飼料效率之間的遺傳學(xué)相關(guān)系數(shù)為-1.07至-0.93，平均為-1.0。因此注意到每日體重的增加與飼料效率之間存在很高的相關(guān)性。因此，每日體重的增加是反映成品豬(finishing pig)的體重增加性能的一個重要性狀。
迄今為止，對豬的遺傳差異的檢測采用了一些在mRNA水平對基因表達進行分析的技術(shù)，例如northern印跡、差異展示、基因表達的序列分析以及斑點雜交分析。不過，這些方法的缺點是不適于同時對多種表達產(chǎn)物進行分析。最近，開發(fā)出了能夠克服此類缺陷的新技術(shù)如cDNA微陣列。cDNA微陣列成為了在各種活體進行基因表達研究的最有效的一種方法。該技術(shù)已經(jīng)用于同時研究眾多基因的表達和發(fā)現(xiàn)大量的基因，以及用于多態(tài)性的篩選和遺傳性DNA克隆的定位。其同樣是對由已知或未知基因轉(zhuǎn)錄產(chǎn)生的RNA進行定量分析的高度完善的RNA表達分析技術(shù)。
目前正在使用的DNA芯片的類型包括通過設(shè)計基于數(shù)據(jù)庫信息的引物并結(jié)合基于數(shù)據(jù)庫信息的cDNA文庫中的基因而構(gòu)建的復(fù)合DNA芯片和通過結(jié)合基于現(xiàn)有文獻的相關(guān)基因而構(gòu)建的功能性DNA芯片。由于非相關(guān)基因的作用，當(dāng)將復(fù)合DNA芯片轉(zhuǎn)化為試劑用途時會遇到困難，且需要花費大量的工作才能最終解讀基因的生物學(xué)作用。同時，由于其是基于數(shù)據(jù)庫信息，其困難還在于缺乏新基因的信息或可能在一定程度上缺乏相關(guān)的基因。而功能性DNA芯片很容易轉(zhuǎn)化為實際用途，但其需要收集基因以便鑒定那些在現(xiàn)有文獻中尚未被描述或其功能尚未被了解的基因。因此，芯片上的DNA的構(gòu)建對于其有效的實際應(yīng)用是非常重要的。
有鑒于此，本發(fā)明人將cDNA微陣列技術(shù)應(yīng)用于篩選在豬的特定組織中與生長相關(guān)的基因的表達模式，并通過僅將由所述的篩而鑒定的特異性基因整合于其中而制備了一種功能性cDNA芯片，其可用于改良豬的品質(zhì)，使其具有優(yōu)良的生長特性，并用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析。

發(fā)明內(nèi)容
因此，本發(fā)明的一個目的是通過將來自豬的肌肉和脂肪組織的靶DNA與一種整合了一種探針的底物進行雜交對生長相關(guān)性基因的表達模式進行篩選，所述探針由分離自豬的肌肉和脂肪組織的總RNA制備得到。
本發(fā)明的另一個目的是提供一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片，該芯片通過僅將由篩選得到的特異性基因整合于其中而制備。
根據(jù)本發(fā)明，上述目的可以通過以下步驟實現(xiàn)，通過PCR由分離自豬的肌肉和脂肪組織總RNA中制備得到的數(shù)千個EST，將其克隆以便在數(shù)據(jù)庫中分析并篩選其核苷酸序列，通過PCR擴增這些EST，繼而分離并純化，用DNA芯片陣列將產(chǎn)物與對照組排列于玻片上，由分離自豬的肌肉和脂肪組織的總RNA中制備靶DNA以便對一種生長相關(guān)性基因表達模式進行篩選，將該靶DNA與玻片(探針DNA)繼續(xù)雜交，對產(chǎn)物進行掃描以得到圖象資料，基于該圖象資料對豬的生長相關(guān)性基因的表達進行研究，并對該基因進行測序以確定該基因的核苷酸序列。并通過僅將豬的生長特異性基因整合于其中而制備一種功能性cDNA芯片。
本發(fā)明包括以下步驟自豬的肌肉和脂肪組織制備EST并鑒定其序列信息；用所述的EST制備探針DNA；將一種熒光標(biāo)記的、來自豬的肌肉和脂肪組織的靶DNA(EST)與該探針DNA雜交，繼而對圖象資料進行掃描和分析；研究一種生長相關(guān)性基因的表達模式；并通過僅將生長特異性基因整合于其中而制備一種功能性cDNA芯片。
所述的根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片通過如下步驟而制備通過PCR由分離自豬的肌肉和脂肪組織的總RNA中制備4434個EST；將這些EST與一種酶對照物排列于DNA芯片陣列的玻片上；由分離自豬的肌肉和脂肪組織的總RNA中制備得到結(jié)合了3-dCTP或5-dCTP的靶DNA；將該玻片(探針DNA)與該靶DNA進行雜交，對產(chǎn)物進行掃描并分析圖象資料以研究豬的生長相關(guān)性基因的表達；并通過僅將篩選得到的豬的生長特異性基因整合于其中而制備一種功能性cDNA芯片。
本發(fā)明的根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片包含一種探針和所述探針固定于其上的基質(zhì)，所述探針包含特異性表達于豬的肌肉和脂肪組織中的生長特異性基因。
本發(fā)明的根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片的DNA微陣列上所固定的生長特異性基因包含如SEQ ID NO1至5所示的新的生長因子I、II、III、IV和V的核苷酸序列。
本發(fā)明的功能性cDNA芯片的基質(zhì)優(yōu)選地是一種聚合物膜，例如硅氧烷晶片(silicone wafer)、玻璃、聚碳酸酯、膜、聚苯乙烯或聚亞安酯。本發(fā)明的DNA微陣列可通過采用制備DNA微陣列的常規(guī)方法將探針固定于基質(zhì)上而制備，所述方法包括照相平版印刷(photolithography)、壓電印刷(piezoelectric printing)、微量加樣(micro pipetting)、點樣等等。本發(fā)明采用的是點樣方法。
根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的試劑盒包括所述的整合了豬生長特異性基因的功能性cDNA芯片，結(jié)合了Cy5-dCTP或Cy3-dCTP的、來自于待篩選的組織的RNA的cDNA，一個熒光掃描系統(tǒng)和一個計算機分析系統(tǒng)。
具體實施例方式
現(xiàn)通過以下實施例具體闡述本發(fā)明的內(nèi)容，但本發(fā)明并非局限于此。
實施例實施例1篩選豬的生長相關(guān)特異性基因的表達模式為篩選與豬的生長相關(guān)的特異性基因的表達模式，由分離自鹿兒島黑豬(Kagoshima Berkshire)的肌肉和脂肪組織的總RNA中制備探針DNA，并對這些組織中的總RNA進行熒光標(biāo)記以制備一種靶DNA。用這些DNA進行能雜交并對其進行掃描。對得到的圖象資料進行分析以篩選豬的生長相關(guān)特異性基因，然后將其克隆以確定核苷酸序列。
制備實施例1探針DNA的制備和排列首先，制備探針DNA并將其附著于玻片上，該探針DNA為PCR擴增得到的cDNA。以RNA提取試劑盒(Qiagen，Germany)，根據(jù)其說明，自鹿兒島黑豬(體重為30kg及90kg)的背最長肌的肌肉和脂肪組織中提取總RNA，并以寡(dT)柱提取mRNA。將提取的mRNA樣品進行RT-PCR以合成cDNA，使用的是SP6，T3正向引物，T7反向引物(Amersham Pharmacia Biotech，England)。每種PCR反應(yīng)物的總體積為100μl。將100pM的正向引物和反向引物分別轉(zhuǎn)移至96-孔PCR板上(Genetics，England)。每孔含2.5mM dNTP、10×PCR緩沖液、25mM MgCl2、0.2μg的DNA模板、2.5單位的Taq聚合酶。以GeneAmp PCR系統(tǒng)5700(AB Applied BioSystem，Canada)進行PCR，條件如下94℃，30秒；58℃，45秒；72℃，1分鐘，總共30個循環(huán)。
通過瓊脂糖凝膠電泳鑒定擴增的DNA的大小。用乙醇將PCR產(chǎn)物在96-孔板中進行沉淀，干燥并存放于-20℃。
將如上制備的總共4434個cDNA(EST)進行克隆以分析豬的基因的核苷酸序列，并自NCBI的數(shù)據(jù)庫中對其遺傳信息進行鑒定。對具有信息的基因以PCR進行分離并純化。構(gòu)建此總共4434個cDNA(EST)的基因座的圖譜。將此總共4434個cDNA(EST)和300個酵母對照排列于1.7cm2的面積上。然后，將探針DNA點到顯微鏡的玻片上(Corning產(chǎn)品)，所述的玻片已經(jīng)用Microgrid II(Biorobotics)在其上覆蓋了CMT-GAPSTM氨基硅烷(aminosilane)。用分離針(split pin)將探針DNA印在Microgrid II上。將該針裝置接近微孔板的孔以便將溶液注射至玻片(1至2nL)。然后將印有該探針DNA的玻片進行干燥，并用StratalinkerTM(Stratagene，USA)使點上的DNA與該玻片在90mJ的UV下發(fā)生交聯(lián)，以0.2％SDS在室溫下洗滌2次，每次2分鐘，并以三蒸水在室溫洗滌1次，共2分。洗滌后，將該玻片在95℃的水浴中浸沒2分鐘，并加入封閉液(1.0g NaBH4溶解于300mL的pH7.4的磷酸緩沖液中，再與100mL無水乙醇混合)進行封閉15分鐘。然后，以0.2％SDS在室溫下洗滌該玻片3次，每次1分鐘，并以三蒸水在室溫洗滌1次2分鐘，并在空氣中干燥。
制備實施例2靶DNA的制備與雜交為制備用于在豬的肌肉和脂肪組織中篩選生長相關(guān)性基因的靶DNA，肌肉組織取自體重為30kg和90kg的鹿兒島黑豬的背最長肌部位，脂肪組織取自體重為30kg的鹿兒島黑豬。將肌肉和脂肪組織切成5～8mm長，用液氮冷凍存放于-70℃。
按照TrizolTM試劑盒(Life Technologies，Inc.)的說明，自0.2至1.0g的實驗組和對照組的組織分離總RNA以制備靶DNA。將TrizolTM加至組織上，TrizolTM的量為每50～100mg組織加1mL的TrizolTM，用玻璃-Teflon或Polytron勻漿器使得組織碎裂，然后在4℃以12,000g的速度離心10分鐘，取1mL的上清液的樣品進行測試。在每份樣品至加入200μl的氯仿，震蕩15秒，置冰上15分鐘，然后在4℃以12,000g的速度離心10分鐘。再次加入相同量的氯仿，震蕩15秒，置冰上15分鐘，然后在4℃以12,000g的速度離心10分鐘。將上清液移至新的試管中，加入500μl的異丙醇，震蕩并置冰上15分鐘，然后在4℃以12,000g的速度離心5分鐘。棄上清，與1mL的75％冷乙醇混合并在4℃以12,000g的速度離心5分鐘。棄上清，在清潔工作臺上凍干30分鐘，加20μl的無Rnase水或DEPC水以溶解RNA。調(diào)整總RNA濃度至40μg/17μl進行電泳。
按照標(biāo)準(zhǔn)的第一鏈cDNA合成法制備靶DNA。簡言之，按照Schuler(1996)的方法，將40μg的總RNA與寡dT-18聚體引物(Invitrogen Life Technologies)混合，在65℃加熱10分鐘，4℃冷卻5分鐘。然后在其中加入1μl的25mM dATP、dGTP和dTTP的混合物，1μl的1mM dCTP(Promega)和2μl的1mM花菁3-dCTP或2μl的1mM花菁5-dCTP，20單位的Rnase抑制劑(Invitrogen LifeTechnology)，100單位的M-MLV Rtase，2μl的10×第一鏈緩沖液，并以加樣器混合。將該反應(yīng)混合物在38℃孵育2小時，通過乙醇沉淀將未結(jié)合的核苷酸去除。在此使用經(jīng)DEPC處理的無菌水。
使用雜交溶液(5×SSC，0.2％SDS，1mg/mL鯡精DNA)在65℃對如上制備的玻片進行預(yù)雜交1小時。將花菁3(Cy-3)和花菁5(Cy-5)標(biāo)記的靶DNA重懸于20μl的所述雜交溶液中，在95℃進行變性2分鐘。然后將玻片與該溶液在65℃雜交過夜。雜交在具有玻璃遮蓋物(Grace Bio-Lab)的濕盒中進行。
雜交后將玻片以2×SSC、0.1％SDS在室溫洗滌4次，每次5分鐘，同時在搖床上充分?jǐn)噭印Ｈ缓髮⒉Ｆ?.2×SSC洗滌2次，5分鐘，并以0.1×SSC洗滌2次，5分鐘，室溫進行。
將玻片在ScanArray 5000(GSI Lumonics Version 3.1)上進行掃描，像素尺寸為50μm。以花菁3-dCTP標(biāo)記的靶DNA在565nm進行掃描，而以花菁5-dCTP標(biāo)記的靶DNA在670nm進行掃描。通過花菁3-dCTP-和花菁5-dCTP-標(biāo)記的點的線形掃描對兩種熒光的強度進行標(biāo)準(zhǔn)化。將玻片在Scanarray 4000XL上再次掃描，像素尺寸為10μm。得到的TIFF圖象資料通過Quantarray software version 2.1進行分析，背景進行自動消減。將各點的強度由Quantarray輸入Microsoft Excel。
結(jié)果，鑒定出以下5種新的生長相關(guān)性基因。
1.GF(生長因子)I基因SEQ ID NO1gagaccagca aatactatgt gaccatcatt gatgccccag gacacagaga cttcatcaaa 60aacatgatta caggcacatc ccaggctgac tgtgctgtcc tgattgttgc tgctggtgtt 120ggtgaatttg aagctggtat ctccaagaac gggcagaccc gcgagcatgc tcttctggct 180tacaccctgg gtgtgaaaca gctgattgtt ggtgtcaaca aaatggattc caccgagcca 240
ccatacagtc agaagagata cgaggaaatc gttaaggaag tcagcaccta cattaagaaa 300attggctaca accctgacac agtagcattt gtgccaattt ctggttggaa tggtgacaac 360atgctggagc caagtgctaa tatgccttgg ttcaagggat ggaaagtcac ccgcaaagat 420ggcagtgcca gtggcaccac gctgctggaa gctttggatt gtatcctacc accaactcgt 480ccaactgaca agcctctgcg actgcccctc caggatgtct ataaaattgg aggcattggc 540actgtccctg tgggccgagt ggagactggt gttctcaaac ctggcatggt ggttaccttt 600gctccagtca atgtaacaac tgaagtcaag tctgttgaaa tgcaccatga agctttgagt2.GF(生長因子)II基因SEQ ID NO2gctgactgat cgggagaatc agtctatctt aatcaccgga gaatccgggg caggaaagac 60tgtgaacacg aagcgtgtca tccagtactt tgccacaatc gccgtcactg gggagaagaa 120gaaggaggaa cctactcctg gcaaaatgca ggggactctg gaagatcaga tcatcagtgc 180caaccccctg ctcgaggcct ttggcaacgc caagaccgtg aggaacgaca actcctctcg 240ctttggtaaa ttcatcagga tccacttcgg taccactggg aagctggctt ctgctgacat 300cgaaacatat cttctagaga agtctagagt cactttccag ctaaaggcag aaagaagcta 360ccacattttt tatcagatca tgtctaacaa gaagccagag ctcattgaaa tgctcctgat 420caccaccaac ccatatgact acgccttcgt cagtcaaggg gagatcactg tccccagcat 480tgatgaccaa gaggagctga tggccacaga tagtgccatt gaaatcctgg3.GF(生長因子)III基因SEQ ID NO3gttgttcctt taaatatgat gttgccacaa gctgcattgg agactcattg cagtaatatt 60tccaatgtgc cacctacaag agagatactt caagtctttc ttactgatgt acacatgaag 120gaagtaattc agcagttcat tgatgtcctg agtgtagcag tcaagaaacg tgtcttgtgt 180ttacctaggg atgaaaacct gacagcaaat gaagttttga aaacgtgtga taggaaagca 240aatgttgcaa tcctgttttc tgggggcatt gattccatgg ttattgcaac ccttgctgac 300cgtcatattc ctttagatga accaattgat cttcttaatg tagctttcat agctgaagaa 360
aagaccatgc caactacctt taacagagaa gggaataaac agaaaaataa atgtgaaata 420ccttcagaag aattctctaa agatgttgct gctgctgctg ctgacagtcc taataaacat 480tcagtgtacc agatcgaatc acaggaaggg cgggactaaa ggaactacaa gctgttagc4.GF(生長因子)IV基因SEQ ID NO4catttatgag ggctacgcgc tgccgcacgc catcatgcgc ctggacctgg cgggccgcga 60tctcaccgac tacctgatga agatcctcac tgagcgtggc tactccttct gaccacagct 120gagcgcgaga tcgtgcgcga catcaaggag aagctgtgct acgtggccct ggacttcgag 180aacgagatgg cgacggccgc ctcctcctcc tccctggaaa agagctacga gctgccagac 240gggcaggtca tcaccatcgg caacgagcgc ttccgctgcc cggagacgct cttccagccc 300tccttcatcg gtatggagtc ggcgggcatt cacgagacca cctacaacag catcatgaag 360tgtgacatcg acatcaggaa ggacctgtat gccaacaacg tcatgtcggg gggcaccac5.GF(生長因子)V基因SEQ ID NO5tatatagaac cgaatcacgt acactgggcc tgaccaagca gggccaaaac aaggcaacct 60aggaggttat aaaataggta tacgcgcgct gacacataca tactcactac ccgaacgcgg 120ggacaactag ggctccgcca taagccatcc tttcctggtc gtcgatgttg cgggctgcag 180ttatagggct gccaaccgcc atacacacct taccagccac ttattaagtt acatccacga 240gggctctgta ccacccctaa gcagtggcag tggtagccgc tgcccgctta ccctgcgcag 300tgttggtgct agctccgtcc taagcttccc cgatagccgc cgctttttac acaccatcgg 360cggactagac accgttggtt gcagcgtaag cgtctatggt agcagctgcg gcgaccgccg 420tgtagccagc ttactacatg ttagtttcag caaccaccct gccaataccc gtgttcccta 480ctccaactct gtcggtttca gccgcag實施例2制備用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的本發(fā)明的功能性cDNA芯片采用制備實施例1的方法，將如SEQ ID NO1至5所示的生長因子I、II、III、IV和V(即實施例1篩選得到的豬的生長階段的生長特異性基因)的核苷酸序列固定于DNA微陣列上，并制備用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片。
實施例3制備用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的本發(fā)明的試劑盒制備了一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的試劑盒，其包括實施例2制備的功能性cDNA芯片，結(jié)合了Cy5-dCTP或Cy3-dCTP的、來自于待篩選的組織的RNA的cDNA，一個熒光掃描系統(tǒng)和一個計算機分析系統(tǒng)。
工業(yè)實用性如以上實施例所述，本發(fā)明涉及篩選豬的生長特異性基因的表達模式和使用這些基因的功能性cDNA芯片，并提供了豬的肌肉和脂肪組織中與生長相關(guān)的新的生長因子的核苷酸序列。同時，本發(fā)明提供了一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片，所述的cDNA芯片通過僅將由如上所述而得到的特異性基因整合于其中而制備。因此，所述的用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片可用于改良豬的品質(zhì)并培育新的品種，因此對于養(yǎng)豬業(yè)具有十分重要的用途。
序列表<110>慶尚南道<120>篩選豬的生長特異性基因的表達模式和以其制備的功能性cDNA芯片<130>YLOP040111CN<150>KR 2003-83653<151>2003-11-24<160>5<170>PatentIn version 3.2<210>1<211>660<212>DNA<213>鹿兒島黑豬<400>1gagaccagca aatactatgt gaccatcatt gatgccccag gacacagaga cttcatcaaa60aacatgatta caggcacatc ccaggctgac tgtgctgtcc tgattgttgc tgctggtgtt 120ggtgaatttg aagctggtat ctccaagaac gggcagaccc gcgagcatgc tcttctggct 180tacaccctgg gtgtgaaaca gctgattgtt ggtgtcaaca aaatggattc caccgagcca 240ccatacagtc agaagagata cgaggaaatc gttaaggaag tcagcaccta cattaagaaa 300attggctaca accctgacac agtagcattt gtgccaattt ctggttggaa tggtgacaac 360atgctggagc caagtgctaa tatgccttgg ttcaagggat ggaaagtcac ccgcaaagat 420ggcagtgcca gtggcaccac gctgctggaa gctttggatt gtatcctacc accaactcgt 480ccaactgaca agcctctgcg actgcccctc caggatgtct ataaaattgg aggcattggc 540actgtccctg tgggccgagt ggagactggt gttctcaaac ctggcatggt ggttaccttt 600gctccagtca atgtaacaac tgaagtcaag tctgttgaaa tgcaccatga agctttgagt 660<210>2<211>530<212>DNA<213>鹿兒島黑豬<400>2gctgactgat cgggagaatc agtctatctt aatcaccgga gaatccgggg caggaaagac60tgtgaacacg aagcgtgtca tccagtactt tgccacaatc gccgtcactg gggagaagaa 120gaaggaggaa cctactcctg gcaaaatgca ggggactctg gaagatcaga tcatcagtgc 180caaccccctg ctcgaggcct ttggcaacgc caagaccgtg aggaacgaca actcctctcg 240ctttggtaaa ttcatcagga tccacttcgg taccactggg aagctggctt ctgctgacat 300cgaaacatat cttctagaga agtctagagt cactttccag ctaaaggcag aaagaagcta 360ccacattttt tatcagatca tgtctaacaa gaagccagag ctcattgaaa tgctcctgat 420caccaccaac ccatatgact acgccttcgt cagtcaaggg gagatcactg tccccagcat 480
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1.一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片，其包括一種探針和所述探針固定于其上的基質(zhì)，所述探針包含豬的肌肉和脂肪組織中的生長特異性基因。
2.權(quán)利要求1的功能性cDNA芯片，其中所述的探針DNA包含如SEQ ID NO1至5所示的核苷酸序列。
3.一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的試劑盒，其包括權(quán)利要求1的、其上整合了豬的生長特異性基因的功能性cDNA芯片，結(jié)合了Cy5-dCTP或Cy3-dCTP的、來自于待篩選的組織的RNA的cDNA，一個熒光掃描系統(tǒng)和一個計算機分析系統(tǒng)。
全文摘要
本發(fā)明涉及篩選豬的生長特異性基因的表達模式和使用這些基因的功能性cDNA芯片，并提供了豬的肌肉和脂肪組織中與生長相關(guān)的新的生長因子的核苷酸序列。同時，本發(fā)明提供了一種用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片，所述的cDNA芯片通過僅將由如上所述而得到的特異性基因整合于其中而制備。因此，所述的用于根據(jù)豬的品種和組織對生長特異性基因進行篩選和功能性分析的功能性cDNA芯片可用于改良豬的品質(zhì)并培育新的品種。
文檔編號C12Q1/68GK1621533SQ200410007659
公開日2005年6月1日 申請日期2004年2月27日 優(yōu)先權(quán)日2003年11月24日
發(fā)明者金哲旭, 呂政秀, 李正圭, 宋瑛敏, 曹光根, 鄭起和, 金一錫, 陳祥根, 樸修賢, 鄭智媛, 李旼晶, 權(quán)銀貞, 趙恩錫, 趙碻來, 慎詵敏, 南喜善, 洪娟喜, 洪星光, 姜陽守, 河永主, 盧正晚, 郭石俊, 崔仁灝, 金炳宇 申請人:慶尚南道, 金哲旭