專利名稱：乳腺癌預(yù)后的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及根據(jù)患者生物樣品的基因表達(dá)分布型的乳腺癌患者預(yù)后。
背景技術(shù)：
約60-70％的淋巴結(jié)陰性(LNN)乳腺癌患者通過(guò)單獨(dú)的局部或區(qū)域治療被治愈。Lancet(1998a)；以及Lancet(1998b)。已經(jīng)發(fā)展出指導(dǎo)原則來(lái)幫助臨床醫(yī)師選擇應(yīng)接受輔助治療的患者。最廣泛使用的建議是St.Gallen指標(biāo)(Goldhirsch et al.(2003))和國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)的公認(rèn)指標(biāo)。Eifel et al.(2001)。這些指導(dǎo)原則指出85％-90％的LNN患者是輔助性全身治療的候選者。
需要具體地鑒定患者疾病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)以確保她接受合適的治療。當(dāng)前，只有少數(shù)診斷工具能鑒定有風(fēng)險(xiǎn)(at-risk)患者。已經(jīng)使用基因表達(dá)模式來(lái)將乳腺腫瘤分成不同的臨床上的相關(guān)亞型。Perou et al.(2000)；Srlie et al.(2001)；Srlie et al.(2003)；Gruvberger et al.(2001)；van′t Veer et al.(2002)；van de Vijver et al.(2002)；Ahr etal.(2002)；Huang et al.(2003)；Sotiriou et al.(2003)；Woelfle et al.(2003)；Ma et al.(2003)；Ramaswamy et al.(2003)；Chang et al.(2003)；Sotiriou et al.(2003)；和Hedenfalk et al.(2001)。
當(dāng)前在LNN患者中，在外科手術(shù)切除原發(fā)腫瘤之后應(yīng)用輔助治療、以及應(yīng)用何種類型(內(nèi)分泌的和/或化療)的決定，主要取決于患者的年齡、絕經(jīng)狀態(tài)、腫瘤大小、腫瘤級(jí)別和甾類激素受體狀態(tài)。在指導(dǎo)原則例如St.Gallen指標(biāo)和國(guó)立衛(wèi)生研究院(NIH)公認(rèn)指標(biāo)中這些因素都被考慮了。根據(jù)這些指標(biāo)，超過(guò)85％-90％的LNN患者將成為接受輔助性全身治療的候選者。為了指導(dǎo)治療選項(xiàng)的選擇，明顯地需要鑒定更好的預(yù)后因素。
發(fā)明概述認(rèn)識(shí)到疾病發(fā)展的復(fù)雜性，我們?cè)诖藞?bào)道了基因表達(dá)的全面的基因組規(guī)模的評(píng)定來(lái)鑒定可廣泛應(yīng)用的預(yù)后標(biāo)記物。Ntzani et al.(2003)；和Wang et al.(2004)。
本發(fā)明包括評(píng)定乳腺癌狀態(tài)的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid構(gòu)成的組，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨绞侨橄侔顟B(tài)的指示。
本發(fā)明包括為乳腺癌分期(staging breast cancer)的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQID NO1-111的psid構(gòu)成的組，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨绞侨橄侔┓制?stage)的指示。
本發(fā)明包括確定乳腺癌患者治療方案的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨绞菑?fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的充分指示，以允許醫(yī)師確定推薦的治療的程度和類型以防止復(fù)發(fā)。
本發(fā)明包括治療乳腺癌患者的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨绞潜砻鲝?fù)發(fā)的高風(fēng)險(xiǎn)；如果她們是高風(fēng)險(xiǎn)患者則用輔助治療來(lái)治療患者。
本發(fā)明包括交叉驗(yàn)證乳腺癌患者的預(yù)后基因表達(dá)分布型的方法，通過(guò)從統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著數(shù)量的患者生物樣品獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)；使樣品順序隨機(jī)化；撇開約10％-50％的樣品的數(shù)據(jù)；對(duì)余下的樣品，對(duì)所有變量計(jì)算感興趣的因數(shù)并選擇滿足p值截?cái)?p)的變量；使用前向搜索來(lái)選擇符合預(yù)測(cè)模型的變量，評(píng)估訓(xùn)練誤差(training error)直到它命中預(yù)定的誤差率；對(duì)留出的10-50％的樣品測(cè)試預(yù)測(cè)模型；除去一套新的樣品重復(fù)步驟c-g；繼續(xù)步驟c)-g)直到已經(jīng)測(cè)試了100％的樣品并記錄了分類表現(xiàn)。
本發(fā)明包括獨(dú)立驗(yàn)證乳腺患者的預(yù)后基因表達(dá)分布型的方法，通過(guò)以下方式進(jìn)行從統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著數(shù)量的患者生物樣品獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)；使基因表達(dá)數(shù)據(jù)中的來(lái)源變異性標(biāo)準(zhǔn)化；對(duì)預(yù)先選擇的所有變量計(jì)算感興趣的因數(shù)；對(duì)樣品測(cè)試預(yù)測(cè)模型并記錄分類表現(xiàn)。
本發(fā)明包括產(chǎn)生復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值(Relapse Hazard Score)以允許進(jìn)行乳腺癌患者預(yù)后的方法，通過(guò)從統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著數(shù)量的患者生物樣品獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)；對(duì)該數(shù)據(jù)應(yīng)用單變量Cox’s回歸分析來(lái)獲得選定的基因；對(duì)具有標(biāo)準(zhǔn)Cox’s系數(shù)的選定基因應(yīng)用加權(quán)表達(dá)水平來(lái)獲得可以用作復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值的預(yù)測(cè)模型來(lái)進(jìn)行。
本發(fā)明包括產(chǎn)生乳腺癌預(yù)后患者報(bào)告的方法，通過(guò)以下來(lái)進(jìn)行從患者獲得生物樣品；測(cè)量樣品的基因表達(dá)；對(duì)步驟b的結(jié)果應(yīng)用復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值；使用步驟c中獲得的結(jié)果來(lái)產(chǎn)生報(bào)告，從而產(chǎn)生患者報(bào)告。
本發(fā)明包括至少一個(gè)探針集的組合物；所述探針集選自SEQ IDNO1-111；或表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid。
本發(fā)明包括用于進(jìn)行分析以確定生物樣品中的乳腺癌預(yù)后的試劑盒，含有用于檢測(cè)基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分的材料，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid。
本發(fā)明包括用于評(píng)定乳腺癌狀態(tài)的物品，含有用于檢測(cè)基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分的材料，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid。
本發(fā)明包括診斷/預(yù)后檔案(portfolio)，含有基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述組合足以表征生物樣品中的乳腺癌狀態(tài)或復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。
附圖的簡(jiǎn)要說(shuō)明附
圖1描述了樣品選擇的分布型(profile)，用于患有淋巴結(jié)陰性的(LNN)乳腺癌的286患者的基因表達(dá)數(shù)據(jù)的分析和無(wú)監(jiān)督聚類分析。(A).選擇用于分析的患者樣品的流程圖。ER狀態(tài)被用于確定患者亞組。為了選擇標(biāo)記物然后對(duì)每個(gè)亞組單獨(dú)地分析。亞組中的患者被分配成訓(xùn)練集或測(cè)試集。將從每個(gè)亞組選出的標(biāo)記物組合以形成單個(gè)標(biāo)志，來(lái)預(yù)測(cè)測(cè)試集中所有患者總體上的腫瘤復(fù)發(fā)。(B)286位LNN乳腺癌患者的基因表達(dá)數(shù)據(jù)的無(wú)監(jiān)督聚類分析。左邊的畫面是17,819個(gè)信息基因的視圖。紅色表示高的相對(duì)表達(dá)；綠色表示相對(duì)低的表達(dá)。每一列是一種樣品，每一行是一種基因。右邊的畫面是從左側(cè)視圖鑒定的、在兩個(gè)患者亞組之間具有強(qiáng)烈差異表達(dá)的兩個(gè)顯性基因簇的放大的視圖。在ER陽(yáng)性亞組中上部的基因簇具有一組282個(gè)減量調(diào)節(jié)的基因。在ER陽(yáng)性亞組中底部基因簇被表示為一組339個(gè)增量調(diào)節(jié)的基因。每個(gè)樹狀圖底部的標(biāo)記條表示由常規(guī)分析測(cè)量的患者ER狀態(tài)。
附圖2.對(duì)無(wú)遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移(distant-metastasis-free，DMFS)和總體存活率(OS)建立76基因分布型和Kaplan-Meier分析。A.選擇用于預(yù)后標(biāo)志的基因。使用ROC分析從兩個(gè)訓(xùn)練集選擇ER陽(yáng)性和ER陰性組的基因標(biāo)記物。60個(gè)基因來(lái)自ER陽(yáng)性組，16個(gè)基因來(lái)自ER陰性組(左)，來(lái)自測(cè)試集中171位患者的分析的、76-基因標(biāo)志的ROC曲線(右)。B.171位LNN患者的驗(yàn)證集中的DMFS分析(左)和OS分析(右)。根據(jù)76-基因標(biāo)志評(píng)定每個(gè)患者的失敗風(fēng)險(xiǎn)，通過(guò)訓(xùn)練集確定閾值。log rank test被用于測(cè)試差異。
附圖3.LNN患者的亞組中的DMFS和OS分析。84位絕經(jīng)前患者(A)、87位絕經(jīng)后患者(B)和79位具有10-20mm大小范圍的腫瘤的患者(C)中的DMFS(左)和OS(右)。結(jié)果來(lái)自驗(yàn)證集中的獨(dú)立的患者。根據(jù)76-基因標(biāo)志評(píng)定每個(gè)患者的復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)，通過(guò)訓(xùn)練集確定閾值。Log rank檢驗(yàn)被用于測(cè)試差異。
附圖4描述了根據(jù)5121個(gè)基因的分級(jí)聚類。
附圖5是描述21個(gè)對(duì)照基因的表達(dá)水平的柱形圖(表7)。
附圖6描述了數(shù)據(jù)分析工作流程。
附圖7描述了用過(guò)濾的基因集的PCA分析。
附圖8是描述用于分配患者亞組的ER狀態(tài)的餅分圖。通過(guò)StudentT-測(cè)驗(yàn)來(lái)定義LCM和大塊組織(bulk tissue)樣品中ER陽(yáng)性和ER陰性的子聚類之間差異表達(dá)的基因。
附圖9是一系列柱形圖，描述了通過(guò)Gene Ontology對(duì)LCM樣品中、僅在大塊組織中，和對(duì)于LCM和大塊組織是相同的那些樣品中僅與ER相關(guān)的基因的途徑分析的結(jié)果。
附圖10顯示了獨(dú)立的驗(yàn)證的結(jié)果。附圖10中的流程圖顯示了132位患者是在四個(gè)不同的來(lái)源收集的。根據(jù)76-基因標(biāo)志的表達(dá)水平對(duì)每個(gè)患者計(jì)算復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值。將患者分成良好和不良結(jié)局組。
附圖11描述了A.用于驗(yàn)證研究的患者和它們的腫瘤的臨床和病理特征和B.驗(yàn)證研究中76-基因標(biāo)志的ROC曲線。
附圖12描述了在驗(yàn)證研究中132位患者的分類結(jié)果。預(yù)測(cè)良好和不良結(jié)局組的Kaplan-Meier存活曲線和log rnak檢驗(yàn)在圖表中顯示。
附圖13描述了途徑分析的結(jié)果。附圖13中的流程圖顯示了用來(lái)選擇用于統(tǒng)計(jì)分析的樣品的方法。A.將286位患者隨機(jī)分成115位患者的訓(xùn)練集以及測(cè)試集。B.將286位患者隨機(jī)分成80％患者的訓(xùn)練集和20％患者的測(cè)試集。訓(xùn)練集被用于選擇基因標(biāo)記物和構(gòu)建預(yù)后標(biāo)志。測(cè)試集用于進(jìn)行驗(yàn)證。兩個(gè)過(guò)程都重復(fù)10次。
附圖14描述了GO本體論分析的概要。每個(gè)柱形代表76-基因標(biāo)志中顯著地過(guò)度呈現(xiàn)的途徑(p＜0.05)。根據(jù)可選擇標(biāo)志的結(jié)果計(jì)算標(biāo)準(zhǔn)偏差。A.使用115位患者的訓(xùn)練集的10個(gè)標(biāo)志的結(jié)果。B.使用80％患者的訓(xùn)練集的10個(gè)標(biāo)志的結(jié)果。
詳細(xì)說(shuō)明本發(fā)明包括評(píng)定乳腺癌狀態(tài)的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid構(gòu)成的組，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨?cut-offlevel)指示乳腺癌狀態(tài)。
本發(fā)明包括為乳腺癌分期的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid構(gòu)成的組，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨街甘救橄侔┓制凇Ｔ摲椒ɡ昧巳魏伪绢I(lǐng)域已知的分類法，包括TNM系統(tǒng)美國(guó)癌癥聯(lián)合委員會(huì)(American Joint Committee on Cancerwww.cancerstaging.org)，以及與相應(yīng)于具有類似基因表達(dá)分布型的患者的階段的比較。
本發(fā)明包括確定乳腺癌患者治療方案的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨绞菑?fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)的充分指示，以允許醫(yī)師確定推薦的治療的程度和類型以防止復(fù)發(fā)。
本發(fā)明包括治療乳腺癌患者的方法，通過(guò)從乳腺癌患者獲取生物樣品；和測(cè)量樣品中基因的表達(dá)水平來(lái)進(jìn)行，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述基因表達(dá)水平高于或低于預(yù)定的截?cái)嗨绞潜砻鲝?fù)發(fā)的高風(fēng)險(xiǎn)；如果她們是高風(fēng)險(xiǎn)患者則用輔助治療來(lái)治療患者。
在任何上述方法中，SEQ ID NO可以是1-35、36-95、96-111或36-111。優(yōu)選的，SEQ ID NO對(duì)于雌激素受體(ER)患者是36-95，對(duì)于ER陰性患者是96-111。
樣品可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法來(lái)制備，包括大塊組織制備和激光俘獲顯微解剖。大塊組織制備物可以從活組織檢查或外科樣本獲得。
上述的方法可以進(jìn)一步包括測(cè)量至少一個(gè)編碼mRNA的基因的表達(dá)水平，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO112-132；或被探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO112-132的psid。它們還可以包括測(cè)量在樣品中組成性表達(dá)的至少一個(gè)基因的表達(dá)水平。
上述的方法可以進(jìn)一步包括確定樣品的雌激素受體(ER)狀態(tài)。ER狀態(tài)可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法來(lái)測(cè)量，包括測(cè)量指示ER狀態(tài)的至少一個(gè)基因的表達(dá)水平，測(cè)量樣品中ER的存在和免疫組織化學(xué)測(cè)量。
上述的方法可以用于來(lái)自任何生物學(xué)來(lái)源的樣品。優(yōu)選的，所述樣品是從原發(fā)腫瘤獲得。
上述方法優(yōu)選的具有至少40％的特異性和至少90％的靈敏度。
當(dāng)基因的表達(dá)模式與指示復(fù)發(fā)患者的表達(dá)模式相比較時(shí)可以使用上述方法。所述比較可以通過(guò)本領(lǐng)域已知的任何方法，包括表達(dá)模式的比較通過(guò)模式識(shí)別方法來(lái)進(jìn)行。模式識(shí)別方法可以是本領(lǐng)域已知的任何方法，包括Cox’s比例危害分析。
相對(duì)于良性細(xì)胞或正常組織，當(dāng)預(yù)定的截?cái)嗨皆跇悠分惺侵辽?.5倍過(guò)量或減量表達(dá)時(shí)，可以使用上述方法。優(yōu)選的，相對(duì)于良性細(xì)胞或正常組織，在具有轉(zhuǎn)移性細(xì)胞的樣品中預(yù)定的截?cái)嗨街辽倬哂薪y(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的p值過(guò)量表達(dá)。更優(yōu)選的，所述p值低于0.05。
當(dāng)在微陣列或基因芯片上測(cè)量基因表達(dá)時(shí)可以使用上述方法。適合于在此使用的基因芯片和微陣列也包括在本發(fā)明中。所述微陣列可以是cDNA陣列或寡核苷酸陣列，可以進(jìn)一步含有一種或多種內(nèi)部對(duì)照試劑。
當(dāng)對(duì)從樣品提取的RNA通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)進(jìn)行核酸擴(kuò)增來(lái)測(cè)定基因表達(dá)時(shí)，可以使用上述方法。所述PCR可以是逆轉(zhuǎn)錄聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)。所述RT-PCR可以進(jìn)一步含有一種或多種內(nèi)部對(duì)照試劑。
當(dāng)通過(guò)測(cè)量或檢測(cè)由基因編碼的蛋白來(lái)檢測(cè)基因表達(dá)時(shí)，可以使用上述方法?？梢允褂帽绢I(lǐng)域已知的任何方法，包括通過(guò)特異于所述蛋白的抗體來(lái)檢測(cè)和測(cè)量所述基因的特征。適合的特征非限制性地包括DNA擴(kuò)增、甲基化、突變和等位變異。
本發(fā)明包括交叉驗(yàn)證乳腺癌患者的預(yù)后基因表達(dá)分布型的方法，通過(guò)下述方式來(lái)進(jìn)行從統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著數(shù)量的患者生物樣品獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)；使樣品順序隨機(jī)化；撇開約10％-50％的樣品的數(shù)據(jù)；對(duì)余下的樣品，對(duì)所有變量計(jì)算感興趣的因數(shù)并選擇滿足p值截?cái)?p)的變量；使用前向搜索來(lái)選擇符合預(yù)測(cè)模型的變量，評(píng)估訓(xùn)練誤差直到它命中預(yù)定的誤差率；對(duì)留出的10-50％的樣品測(cè)試預(yù)測(cè)模型；除去一套新的樣品重復(fù)步驟c-g；繼續(xù)步驟c)-g)直到已經(jīng)測(cè)試了100％的樣品并記錄了分類結(jié)果。
可以使用所述交叉驗(yàn)證方法，其中步驟h中獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)由選自編碼mRNA的那些基因的基因來(lái)表示，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID No3、4、10、18、37、40、42、43、45、55、58、64、67、72-74、76、81、85-86、89、97、100-101、110-111、125和132-442，或2、3、5、12、20、25、36、37、39、40、41、42、43、45、46、51、52、53、54、55、57、58、59、60、61、62、63、64、66、67、69、70、72、73、74、76、80、81、83、84、85、86、87、88、89、90、94、97、98、101、102、104、107、110、111、132、139、142、150、151、153、154、158、161、163、167、170、171、173、175、181、182、183、186、188、190、192、204、206、207、212、215、218、221、223、225、228、231、232、236、238、239、240、241、242、243、246、248、249、255、257、267、269、270、271、273、280、281、282、288、290、291、299、301、304、306、311、314、315、318、327、328、338、342、346、348、354、366、368、371、375、385、388、391、395、397、402、405、409、422、424、428、429、435、436、440、651和443-650；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO3、4、10、18、37、40、42、43、45、55、58、64、67、72-74、76、81、85-86、89、97、100-101、110-111、125和32-442，或2、3、5、12、20、25、36、37、39、40、41、42、43、45、46、51、52、53、54、55、57、58、59、60、61、62、63、64、66、67、69、70、72、73、74、76、80、81、83、84、85、86、87、88、89、90、94、97、98、101、102、104、107、110、111、132、139、142、150、151、153、154、158、161、163、167、170、171、173、175、181、182、183、186、188、190、192、204、206、207、212、215、218、221、223、225、228、231、232、236、238、239、240、241、242、243、246、248、249、255、257、267、269、270、271、273、280、281、282、288、290、291、299、301、304、306、311、314、315、318、327、328、338、342、346、348、354、366、368、371、375、385、388、391、395、397、402、405、409、422、424、428、429、435、436、440、651和443-650的psid構(gòu)成的組。
本發(fā)明包括獨(dú)立驗(yàn)證乳腺患者的預(yù)后基因表達(dá)分布型(geneexpression profile)的方法，通過(guò)從統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著數(shù)量的患者生物樣品獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)；使基因表達(dá)數(shù)據(jù)中的來(lái)源變異性標(biāo)準(zhǔn)化；對(duì)預(yù)先選擇的所有變量計(jì)算感興趣的因數(shù)；對(duì)樣品測(cè)試預(yù)測(cè)模型并記錄分類表現(xiàn)來(lái)進(jìn)行。
可以使用所述獨(dú)立驗(yàn)證方法，其中步驟d.中獲得的基因表達(dá)數(shù)據(jù)由選自編碼mRNA的那些基因的基因來(lái)表示，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO3、4、10、18、37、40、42、43、45、55、58、64、67、72-74、76、81、85-86、89、97、100-101、110-111、125和132-442，或2、3、5、12、20、25、36、37、39、40、41、42、43、45、46、51、52、53、54、55、57、58、59、60、61、62、63、64、66、67、69、70、72、73、74、76、80、81、83、84、85、86、87、88、89、90、94、97、98、101、102、104、107、110、111、132、139、142、150、151、153、154、158、161、163、167、170、171、173、175、181、182、183、186、188、190、192、204、206、207、212、215、218、221、223、225、228、231、232、236、238、239、240、241、242、243、246、248、249、255、257、267、269、270、271、273、280、281、282、288、290、291、299、301、304、306、311、314、315、318、327、328、338、342、346、348、354、366、368、371、375、385、388、391、395、397、402、405、409、422、424、428、429、435、436、440、651和443-650；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO3、4、10、18、37、40、42、43、45、55、58、64、67、72-74、76、81、85-86、89、97、100-101、110-111、125和132-442，或2、3、5、12、20、25、36、37、39、40、41、42、43、45、46、51、52、53、54、55、57、58、59、60、61、62、63、64、66、67、69、70、72、73、74、76、80、81、83、84、85、86、87、88、89、90、94、97、98、101、102、104、107、110、111、132、139、142、150、151、153、154、158、161、163、167、170、171、173、175、181、182、183、186、188、190、192、204、206、207、212、215、218、221、223、225、228、231、232、236、238、239、240、241、242、243、246、248、249、255、257、267、269、270、271、273、280、281、282、288、290、291、299、301、304、306、311、314、315、318、327、328、338、342、346、348、354、366、368、371、375、385、388、391、395、397、402、405、409、422、424、428、429、435、436、440、651和443-650的psid構(gòu)成的組。
本發(fā)明包括產(chǎn)生復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值(Relapse Hazard Score)以允許乳腺癌患者預(yù)后的方法，通過(guò)從統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著數(shù)量的患者生物樣品獲得基因表達(dá)數(shù)據(jù)；對(duì)該數(shù)據(jù)應(yīng)用單變量Cox’s回歸分析來(lái)獲得選定的基因；對(duì)具有標(biāo)準(zhǔn)Cox’s系數(shù)的選定基因應(yīng)用加權(quán)表達(dá)水平來(lái)獲得可以用作復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值的預(yù)測(cè)模型來(lái)進(jìn)行。
復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值可以通過(guò)以下公式獲得 其中 A和B是常數(shù)wi是X基因+標(biāo)記物的標(biāo)準(zhǔn)化的Cox’s回歸系數(shù)xi是按log2尺度的ER+標(biāo)記物的表達(dá)值wj是X基因-標(biāo)記物的標(biāo)準(zhǔn)化的Cox’s回歸系數(shù)xj是按log2尺度的ER-標(biāo)記物的表達(dá)值X基因選自由編碼mRNA的那些構(gòu)成的組，所述mRNAi.相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或ii.由探針集識(shí)別，所述探針集選自由表10中描述的相應(yīng)于SEQ IDNO1-111的psid構(gòu)成的組。
本發(fā)明包括產(chǎn)生乳腺癌預(yù)后患者報(bào)告的方法，通過(guò)以下方式進(jìn)行從患者獲得生物樣品；測(cè)量樣品的基因表達(dá)；對(duì)步驟b的結(jié)果應(yīng)用復(fù)發(fā)危險(xiǎn)分值；使用步驟c中獲得的結(jié)果來(lái)產(chǎn)生報(bào)告，從而產(chǎn)生患者報(bào)告。所述報(bào)告可以含有相對(duì)于患者群體而言的患者結(jié)局和/或風(fēng)險(xiǎn)概率的評(píng)定。
本發(fā)明包括至少一個(gè)探針集的組合物，所述探針集選自SEQ IDNO1-111；或表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid。所述組合物可以含有至少一個(gè)選自SEQ ID NO36-95；96-111；或36-111的探針集。所述組合物可以進(jìn)一步含有用于進(jìn)行微陣列分析的試劑，和介質(zhì)，通過(guò)所述介質(zhì)分析所述核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分。
本發(fā)明包括用于進(jìn)行分析以確定生物樣品中的乳腺癌預(yù)后的試劑盒，含有用于檢測(cè)基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分的材料，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid。所述試劑盒可以進(jìn)一步含有用于進(jìn)行微陣列分析的試劑，和介質(zhì)，通過(guò)所述介質(zhì)分析所述核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分。
本發(fā)明包括用于評(píng)定乳腺癌狀態(tài)的物品，含有用于檢測(cè)基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分的材料，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid。所述物品可以進(jìn)一步含有用于進(jìn)行微陣列分析的試劑，和介質(zhì)，通過(guò)所述介質(zhì)分析所述核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分。
在此提供的微陣列可以含有基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述組合足以表征生物樣品中的乳腺癌狀態(tài)或復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。
所述微陣列測(cè)量或表征優(yōu)選的是至少1.5倍過(guò)量或減量表達(dá)。所述微陣列可以檢測(cè)預(yù)定的截?cái)嗨?，相?duì)于良性細(xì)胞或正常組織，所述預(yù)定的截?cái)嗨绞窃跇悠分兄辽?.5倍過(guò)量或減量表達(dá)。優(yōu)選的，相對(duì)于良性細(xì)胞或正常組織，在具有轉(zhuǎn)移性細(xì)胞的樣品中預(yù)定的截?cái)嗨街辽倬哂薪y(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的p值過(guò)量表達(dá)。更優(yōu)選的，所述p值低于0.05。
本發(fā)明包括診斷/預(yù)后檔案(portfolio)，含有基因組合的分離的核酸序列、它們的互補(bǔ)物或其部分，所述基因選自編碼mRNA的那些，所述mRNA相應(yīng)于SEQ ID NO1-111；或由探針集識(shí)別，所述探針集選自表10中描述的相應(yīng)于SEQ ID NO1-111的psid，其中所述組合足以表征生物樣品中的乳腺癌狀態(tài)或復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。所述檔案可以檢測(cè)預(yù)定的截?cái)嗨?，相?duì)于良性細(xì)胞或正常組織，所述預(yù)定的截?cái)嗨绞窃跇悠分兄辽?.5倍過(guò)量或減量表達(dá)。優(yōu)選的，相對(duì)于良性細(xì)胞或正常組織，在具有轉(zhuǎn)移性細(xì)胞的樣品中預(yù)定的截?cái)嗨街辽倬哂薪y(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的p值過(guò)量表達(dá)。更優(yōu)選的，所述p值低于0.05。
SEQ ID NO1-650在表10中概述。在SEQ ID NO1-650的每一個(gè)中，標(biāo)記物通過(guò)psid或Affymetrix基因芯片名稱來(lái)標(biāo)識(shí)，代表相應(yīng)于給定SEQ ID NO、編碼任何變體、等位基因等的基因。標(biāo)記物還被定義為編碼mRNA的基因，所述mRNA由相應(yīng)于給定psid的探針識(shí)別。以下更詳細(xì)地描述一些標(biāo)記物。
M83，SEQ ID NO45被美國(guó)專利申請(qǐng)
發(fā)明者Y·王 申請(qǐng)人:維里德克斯有限責(zé)任公司