專利名稱：：與關(guān)節(jié)炎相關(guān)的b細(xì)胞基因表達(dá)的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及與關(guān)節(jié)炎相關(guān)的B細(xì)胞基因表達(dá)和使用其診斷和治療的方法。關(guān)于序列表本申請案涉及2006年8月25日申請的美國臨時(shí)專利申請案第60/840,380號，其包括兩張光盤作為最初申請的標(biāo)的物部分，標(biāo)記為"拷貝1"和"拷貝2"，每一光盤含有序列表。每張光盤的機(jī)器格式為IBM-PC，且每張光盤的操作系統(tǒng)為MS-Windows。每張光盤包括單一文本文件，名為"WYE-068PR.ST25.txt"(583KB,2006年8月25日生成)。標(biāo)記為"拷貝1"和"拷貝2"的光盤內(nèi)容以引用的方式全文并入本文中用于所有目的。
背景技術(shù)：
：越來越多的證據(jù)顯示B細(xì)胞通過分泌自體抗體和細(xì)胞激素(cytokines)和通過向T細(xì)胞呈遞抗原而在維持自體免疫炎癥中發(fā)揮重要作用。最近使用單克隆抗體的臨床研究已顯示B細(xì)胞去除(depletion)對于患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎(RA)、全身性紅斑性狼瘡癥(SLE)和其它自體免疫疾病的患者為有效的治療方法。類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎中的患病關(guān)節(jié)組織顯示活化B細(xì)胞的浸潤。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明涉及在諸如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的自體免疫疾病中B細(xì)胞中表達(dá)水平受調(diào)節(jié)的基因。因此，檢測這些基因(在本文中稱為"B細(xì)胞活化調(diào)節(jié)基因"或"BCARG")的表達(dá)水平可用于檢測或監(jiān)控自體免疫疾病。類似地，這些基因或基因產(chǎn)物可用作治療自體免疫疾病的標(biāo)耙。BCARG包括本文中所述在自體免疫疾病中差異表達(dá)于活化B細(xì)胞中的各基因，其包括例如表1中所列的各基因。一些基因在這些活化B細(xì)胞中較高度表達(dá)("上調(diào)"(upre-gulated)):所述基因包括例如PBEF/內(nèi)脂素(visfatin)、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體(exosome)組份10、鈣激活蛋白酶(calpain)3、類Src接頭(adaptor)蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、5Ro52和鋅指蛋白106的基因。其它基因是下調(diào)(downregulated)基因，其包括例如頂蓋蛋白(c叩ine)III、宿主細(xì)胞因子調(diào)節(jié)因子I、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體l、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白(choroideremia)、泛素(ubiquitin)B和STK10的基因。因此，在一方面中，本發(fā)明提供一種用于評估與關(guān)節(jié)炎相關(guān)的B細(xì)胞活化的方法。所述方法包括檢測B細(xì)胞的一種或多種基因的表達(dá)水平，且將所述表達(dá)水平與表示B細(xì)胞活化狀態(tài)的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較。所述一種或多種基因較佳包括以下基因中的至少一者PBEF/內(nèi)脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子C1調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。由于在B細(xì)胞中檢測到的基因表達(dá)為內(nèi)源性基因表達(dá)，因此如果B細(xì)胞是源自人類，那么將檢測到一種或多種人類基因的表達(dá)；如果B細(xì)胞是源自小鼠，那么將檢測到一種或多種小鼠基因的表達(dá)，等。在一個(gè)實(shí)施例中，所述一種或多種基因包括以下人類基因中的至少一者AHCYLl(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子Cl調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。類似地，本發(fā)明提供一種評估諸如人類的患者自體免疫反應(yīng)征象的方法。所述方法包括檢測所述患者的樣本中B細(xì)胞的一種或多種基因的表達(dá)水平，且將所述表達(dá)水平與表示患者免疫反應(yīng)的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較。所述免疫反應(yīng)可為自體免疫反應(yīng)，諸如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。樣本可為流體樣本，諸如血液、淋巴或滑膜組織，且可在檢測步驟之前任選從所述樣本純化B細(xì)胞，諸如通過熒光活化細(xì)胞分選(sorting)。所述一種或多種基因較佳包括以下基因中的至少一者PBEF/內(nèi)脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶62、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份IO、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子Cl調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。由于在B細(xì)胞中檢測到的基因表達(dá)為內(nèi)源性基因表達(dá)，因此如果B細(xì)胞是源自人類，那么將檢測到一種或多種人類基因的表達(dá)；如果B細(xì)胞是源自小鼠，那么將檢測到一種或多種小鼠基因的表達(dá)，等。在一個(gè)實(shí)施例中，所述一種或多種基因包括以下人類基因中的至少一者AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子C1調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B或鋅指蛋白106。本發(fā)明也提供處理B細(xì)胞以例如減少、預(yù)防、阻礙或遏制B細(xì)胞活化的方法，所述方法是通過活化在活化B細(xì)胞中下調(diào)的基因或基因產(chǎn)物來進(jìn)行諸如頂蓋蛋白III、宿主細(xì)胞因子調(diào)節(jié)因子I、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B或STK10;或通過抑制在活化B細(xì)胞中上調(diào)的基因或基因產(chǎn)物來進(jìn)行諸如AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52或鋅指蛋白106。所述方法可任選合并活化一種或多種下調(diào)的基因或基因產(chǎn)物和抑制一種或多種上調(diào)的基因或基因產(chǎn)物。所述方法可任選用于通過處理患者的B細(xì)胞來治療所述患者的類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。本發(fā)明也提供一種用于評估B細(xì)胞處理的方法。所述方法包括在施用處理之后檢測B細(xì)胞的一種或多種基因的表達(dá)水平，且將所述表達(dá)水平與表示B細(xì)胞活化狀態(tài)的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較，從而評估處理的功效。舉例來說，參考表達(dá)水平可對應(yīng)于施用處理前的表達(dá)水平。所述一種或多種基因較佳包括以下基因中的至少一者AHCYLl、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子C1調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B和鋅指蛋白106;如果患者為人類，那么所述基因?yàn)槿祟惢颉１景l(fā)明也提供抗體，諸如純化抗體和單克隆抗體，其與以下在活化B細(xì)胞中(例如在自體免疫疾病中的活化人類B細(xì)胞中)過度表達(dá)的基因產(chǎn)物特異性結(jié)合諸如PBEF/內(nèi)脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氮酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份IO、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。本文中所用的詞"抗體"包括具有可變域和恒定域的全長抗體、保留可變域或其能夠與抗原特異性結(jié)合的一部分的抗體片段、單鏈抗體等。如果抗原易于接近，那么抗體的投藥(例如投予細(xì)胞培養(yǎng)物或人類個(gè)體)可用于靶向活化B細(xì)胞(例如源自先前經(jīng)診斷患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的人類，其可通過使用所述抗體耙向活化B細(xì)胞來治療)。本發(fā)明的其它特征、目標(biāo)和優(yōu)點(diǎn)可在以下具體實(shí)施方式中顯而易見。然而應(yīng)了解，雖然具體實(shí)施方式指示本發(fā)明的較佳實(shí)施例，但其僅為舉例說明而非限制。所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員根據(jù)實(shí)施方式可清楚了解本發(fā)明的范疇內(nèi)的多種改變和修改。圖1描述在第0天膠原蛋白免疫后和第21天加強(qiáng)后小鼠關(guān)節(jié)炎癥狀的誘發(fā)情況。在第28、35、42、49、56、63和70天評估臨床計(jì)分，且如下對四只爪的炎癥計(jì)分0(無炎癥)；1(一或兩個(gè)腫脹足趾)；2(兩個(gè)以上腫脹足趾或輕度至中度爪腫脹)；3(整個(gè)爪大范圍腫脹)；4(腫脹消退，爪關(guān)節(jié)僵直)。所示計(jì)分為對于各動物的個(gè)別總計(jì)分。具有高臨床計(jì)分的動物在第56天后處死。因此，在第63和70天觀察到的計(jì)分表示繼續(xù)參與實(shí)驗(yàn)的部分動物在那些天中疾病的持續(xù)進(jìn)展情況，而非在第56天后疾病嚴(yán)重程度降低。具體實(shí)施例方式在疾病中差異表達(dá)的基因可用作疾病的標(biāo)記物和治療介入的標(biāo)靶。使用類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的小鼠標(biāo)記物，可識別在B細(xì)胞中差異表達(dá)的基因。這些基因在本文中稱為"B細(xì)胞活化調(diào)節(jié)基因"或"BCARG"。BCARG的識別為識別在類似于人類類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的自體免疫反應(yīng)過程中受調(diào)節(jié)的新穎B細(xì)胞標(biāo)靶，對小鼠膠原蛋白誘發(fā)的關(guān)節(jié)炎(CIA)模型中B細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄概況的臨時(shí)變化進(jìn)行評估。鼠科膠原蛋白誘發(fā)的關(guān)節(jié)炎(CIA)模型為一種具有RA的所有特點(diǎn)的慢性發(fā)炎性疾病，所述特點(diǎn)例如多發(fā)性關(guān)節(jié)炎、滑膜炎和繼發(fā)性軟骨/骨侵蝕。通過使用在完全弗氏(Freund's)佐劑(CFA)中乳化的異源II型膠原蛋白進(jìn)行免疫(第0天)和使用在不完全弗氏佐劑(IFA)中乳化的膠原蛋白II加強(qiáng)(boost)(第21天)而在易感品系的小鼠(例如DBA1/J)中誘發(fā)CIA。CIA的發(fā)展被認(rèn)為取決于T細(xì)胞，疾病的易感性是與MHC區(qū)相關(guān)聯(lián)。在T細(xì)胞活化后，激發(fā)涉及T細(xì)胞、B細(xì)胞、巨噬細(xì)胞/單核細(xì)胞、和活化滑膜細(xì)胞的發(fā)炎級聯(lián)(cascade)。在免疫和加強(qiáng)后的多個(gè)時(shí)間點(diǎn)由從引流(draining)淋巴結(jié)純化的B細(xì)胞中提取用于基因芯片雜交的RNA。將僅注射CFA(或IFA用于加強(qiáng))的動物作為對照組，因?yàn)樗鼈冿@示相似的總體免疫反應(yīng)，但關(guān)節(jié)中決不發(fā)生關(guān)節(jié)炎癥狀。如實(shí)例1中所述識別BCARG。在發(fā)生抗膠原蛋白免疫反應(yīng)的小鼠的B細(xì)胞中識別460種以上的基因具有差異表達(dá)。當(dāng)然，這些基因可單獨(dú)地或共同地用于評估小鼠B細(xì)胞的活化狀態(tài)且為治療介入的標(biāo)耙。由于CIA為廣泛公認(rèn)的人類類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的動物模型，因此也可如此使用相應(yīng)的人類基因。數(shù)種這些人類基因概括于下表中且在下文中論述。表1表l:B細(xì)胞活化調(diào)節(jié)基因<table>tableseeoriginaldocumentpage9</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage10</column></row><table>AHCYL1;類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1人類類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1(AHCYL1)基因也稱為腺苷高半胱氨酸酶2(S-腺苷-L-高半胱氨酸水解酶2)(AdoHcyase2)且已定位于人類染色體1上的lpl3.2。其蛋白質(zhì)和核酸序列為人熟知。代表性蛋白質(zhì)和核酸序列分別以SEQIDNO:l和SEQIDNO:2顯示于序列表中。德克(Dekker)等人(2002)免疫遺傳學(xué)(Immunogenetics)53(12):993-1001測定AHCYL1mRNA在血液和皮膚樹突狀細(xì)胞(DCs)活化期間顯著增加，但在末端分化的扁桃體DCs中減少。PKCS人類nPKCS基因已定位于染色體3上的3p21.31。對應(yīng)于所述人類基因的蛋白質(zhì)和核酸序列為人熟知，代表性核酸和蛋白質(zhì)序列分別以SEQIDNO:3和SEQIDNO:4提供。nPKCS與B細(xì)胞信號傳遞和多種細(xì)胞類型的生長、凋亡和分化的調(diào)節(jié)有關(guān)。nPKCS在正常小鼠的淋巴器官、大腦和腸的B淋巴細(xì)胞和T淋巴細(xì)胞中最為豐富。nPKCS使轉(zhuǎn)錄因子CREB在Ser-133磷酸化，促進(jìn)其活化。通過產(chǎn)生在Prkcd基因中具有破壞的小鼠，宮本(Miyamoto)等人(2002)自然(Nature)416(6883):865-9觀察到所述小鼠可存活至l年，但易患自體免疫疾病，伴有含有大量生長中心(germinalcenters)的增大淋巴結(jié)和脾臟。使用小鼠模型，梅克倫布勞克(Mecklenbrauker)等人(2004)自然(Nature)431:456-461報(bào)告一種以絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶C-S調(diào)節(jié)周邊B細(xì)胞存活的機(jī)制靜止B細(xì)胞的自發(fā)性死亡是通過Pkcd的核定位調(diào)節(jié)，其造成組蛋白H2B在絲氨酸-14磷酸化。GNG12;鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，Yl2G蛋白"2已定位于人類染色體1上的lp31.3。其蛋白質(zhì)和核酸序列為人熟知，SEQIDNO:5和SEQIDNO:6提供代表性核酸和蛋白質(zhì)序列。已報(bào)導(dǎo)所述蛋白質(zhì)為活化PKC的磷酸化標(biāo)靶(森下(Morishita)等人(1995)生物化學(xué)期刊(J.Biol.Chem.270(49):29469-29475)。PDE7A;磷酸二酯酶7A人類PDE7A基因已定位于染色體8上的8ql3。所述人類基因的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，SEQIDNO:7和SEQIDNO:8提供代表性序列。PDE7A表達(dá)于人類前發(fā)炎(pro-inflammatory)細(xì)胞和免疫細(xì)胞中，具有調(diào)節(jié)人類T細(xì)胞功能(包括細(xì)胞激素產(chǎn)生、增殖、和活化標(biāo)記物的表達(dá))的潛力。類STE-20激酶(SLK)已提出Ste20組激酶為MAP激酶級聯(lián)的調(diào)節(jié)因子。SLK已定位于人類染色體10上的10q25.1。SLK的核酸和蛋白質(zhì)序列是己知的，SEQIDNO:9和SEQIDNO:10提供示范性序列。MAP4K5人類MAP4K5基因已定位于染色體1上的14qll.2-q21，為高度類似于酵母SPSl/STE20激酶的絲氨酸/蘇氨酸蛋白激酶家族的成員。MAP4K5已展示活化哺乳動物細(xì)胞中的Jun激酶，表明其在應(yīng)力反應(yīng)中的作用。對于這個(gè)基因已描述兩種編碼相同蛋白質(zhì)的選擇性剪接轉(zhuǎn)錄變異體。SEQIDNO:ll和SEQIDNO:13展示示范性核酸序列，SEQIDNO:12和SEQIDNO:14展示兩蛋白質(zhì)翻譯。MAP4K5具有激酶活性，活化JNK但不活化ERKl。MKNK2;MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2;G蛋白偶合受體激酶7MKNK2基因已定位于人類染色體19上的19pl3.3。已報(bào)導(dǎo)此基因具有編碼C端不同的蛋白質(zhì)的選擇性剪接轉(zhuǎn)錄變異體，已報(bào)導(dǎo)所述蛋白質(zhì)的兩種形式可磷酸化真核細(xì)胞起始因子elF4E(謝佩爾(Scheper)等人(2003)分子和細(xì)胞生物學(xué)(Mol.Cell.Biol.)23(16):5692-705)。SEQIDNO:15和SEQIDNO:17展示示范性核酸序列，SEQIDNO:16和SEQIDNO:18分別展示相應(yīng)蛋白質(zhì)序列。FAM60A;具有序列相似性的智人家族60，成員AFAM60A已定位于人類染色體12上的12pll。人類FAM60A的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:19和SEQIDNO:20提供代表性序列。TCTE1L;DYNLT3;動力蛋白(Dynein)輕鏈Tctex-第3型11TCTE1L已定位于人類X染色體上的Xp21。人類TCTE1L的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:21和SEQIDNO:22提供代表性序列。PIK3R4;磷酸肌醇-3-激酶，調(diào)節(jié)亞單位4，p150PIK3R4在活體內(nèi)與磷酸肌醇-3-激酶締合，在活體外可增強(qiáng)其活性(帕拉利托(Panaretou)等人(1997)生物化學(xué)期刊(J.Biol.Chem.)272(4):2477-85)。PIK3R4已定位于人類染色體3上的3q22.1。人類PIK3R4的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:23和SEQIDNO:24提供代表性序列。STUB1/CHIP;STIP1同源且含U盒(box)的蛋白質(zhì)lCHIP已定位于人類染色體16上的16p33。人類CHIP的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:25和SEQIDNO:26提供代表性序列。使用以重組蛋白進(jìn)行的活體外泛素化分析，蔣(Jiang)等人(2001)生物化學(xué)期刊(J.Biol.Chem.)276(46):42938-42944證明CHIP具有固有E3泛素連接酶活性且促進(jìn)泛素化。這種活性視C端U盒(一個(gè)與酵母UFD2具有類似性的結(jié)構(gòu)域)而定。CHIP與應(yīng)力反應(yīng)性泛素共軛酶家族UBCH5在功能上和物理上相互作用。CHIP的泛素連接酶活性的一個(gè)主要標(biāo)靶為HSC70自身。CHIP泛素化HSC70,主要具有短的非典型多泛素鏈，但對于這種蛋白質(zhì)的穩(wěn)態(tài)水平或半衰期無顯著影響。作者推斷CHIP為真正的泛素連接酶，且提出含U盒的蛋白質(zhì)可能構(gòu)成新穎的E3s家族。SSAl/TRIM21/Ro52Ro/SSA為一種核糖核蛋白，在35%至50%患有全身性紅斑性狼瘡癥(SLE)的患者和多達(dá)97%的患有干燥綜合癥(Sjogrensyndrome)的患者體內(nèi)與自體抗體結(jié)合。由這種基因所編碼的蛋白質(zhì)為三聯(lián)(tripartite)基元(motif)(TRIM)家族的成員。TRIM基元包括3個(gè)鋅結(jié)合域，RING、第1型B盒與第2型B盒、和巻曲螺旋區(qū)。這種蛋白質(zhì)為RoSSA核糖核蛋白的一部分，所述核糖核蛋白包括單一多肽和四種小RNA分子之一。RoSSA顆粒定位于細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核。RoSSA與患有干燥綜合癥和全身性紅斑性狼瘡癥的患者體內(nèi)的自體抗原相互作用。TRIM21基因已定位于人類染色體11上的11P15.5。已描述這種基因的兩種選擇性剪接轉(zhuǎn)錄變異體。分別以SEQIDNO:27和SEQIDNO:28提供代表性核酸和蛋白質(zhì)序列。SMC5:智人染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5人類SMC5與人類SMC6相互作用(泰勒(Taylor)等人(2001)分子和細(xì)胞生物學(xué)(Mol.Cell.Biol.)12(6):1583-1594)且與人類MMS21相互作用(波茲(Potts)等人(2005)分子和細(xì)胞生物學(xué)(Mol.Cell.Biol,)25(16):7021-7032)且可能會參與DNA修復(fù)。SMC5已定位于人類染色體9上的9q21.ll。人類SMC5的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:29和SEQIDNO:30提供代表性序列。WDR12;WD重復(fù)域12這種基因編碼WD重復(fù)蛋白家族的一成員，且已報(bào)導(dǎo)在活體內(nèi)與Pesl和Bopl締合，為核糖體RNA處理所需(霍爾澤(H61zel)等人(2005)細(xì)胞生物學(xué)期刊(J.Cell.Biol.)170(3):367-378)。所述基因已定位于人類染色體2上的2q33.1。人類WDR12的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:31和SEQIDNO:32提供代表性序列。EXOSC10;外來體(exosome)組份10外來體是一種在多種細(xì)胞處理(均與RNA的處理或降解有關(guān))中發(fā)揮作用的3'-〉5'核糖核酸外切酶的復(fù)合體。人類EXOSC10基因已定位于染色體l上的lp36.22。EXOSC10的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的。SEQIDNO:33和SEQIDNO:35提供代表性核酸序列，SEQIDNO:34和SEQIDNO:36分別提供相應(yīng)的氨基酸翻譯。CAPN3;鈣激活蛋白酶(Calpain)3鈣激活蛋白酶3為優(yōu)先表達(dá)于B淋巴細(xì)胞和T細(xì)胞中但在自然殺手細(xì)胞中低表達(dá)且在多形核細(xì)胞中幾乎檢測不到的細(xì)胞內(nèi)蛋白酶。所述基因的突變與2A型肢帶(limb-girdle)肌營養(yǎng)不良相關(guān)。所述基因經(jīng)選擇性剪接形成數(shù)種已知的轉(zhuǎn)錄變異體和相關(guān)蛋白質(zhì)同功異型物(isoforms)。示范性核酸以SEQIDNO:37、SEQIDNO:39、SEQIDNO:4KSEQIDNO:43、SEQIDNO:45、SEQIDNO:47、SEQIDNO:49、SEQIDNO:51和SEQIDNO:53展示，相應(yīng)的多肽序列分別以SEQIDNO:38、SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:48、SEQIDNO:50、SEQIDNO:52和SEQIDNO:54展示。SLA;類Src接頭蛋白(adaptor);SLAP類Src接頭蛋白(SLAP)在選擇TCR基因譜時(shí)于胸腺細(xì)胞發(fā)育的特定階段期間下調(diào)T細(xì)胞受體(TCR)-CD3復(fù)合體的表達(dá)。重組SLAP已展示與活化的Eck受體酪氨酸激酶結(jié)合。所述人類基因已定位于人類染色體8上的8q22.3-qterl8q24。人類WDR12的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:55和SEQIDNO:56提供代表性序列。類CDC激酶1(CLK1)CLK1已定位于人類染色體2上的2q33。人類CLK1基因經(jīng)選擇性剪接，包括或省略外顯子(exon)4。所述基因的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的。SEQIDNO:57和SEQIDNO:59提供代表性核酸序列，SEQIDNO:58和SEQIDNO:60分別提供其翻譯產(chǎn)物。HCFC1R1;宿主細(xì)胞因子CI調(diào)節(jié)因子1(XPOl依賴性)13已報(bào)導(dǎo)HCFC1R1與HCF-1(—種細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子LZIP和GABP的共活化劑)結(jié)合，且可通過調(diào)整HCF-1的亞細(xì)胞定位來調(diào)節(jié)HCF-1(馬哈詹(Mahajan)等人(2002)生物化學(xué)期刊(J.Biol.Chem.)277(46):44292-44299)。所述基因己定位于人類染色體16上的16pl3.3。人類HCFC1R1的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的。SEQIDNO:61、SEQIDNO:63和SEQIDNO:65提供代表性核酸序列，SEQIDNO:62、SEQIDNO:64和SEQIDNO:66分別提供其翻譯產(chǎn)物。RAB3DRab3D為已知的囊泡運(yùn)輸調(diào)節(jié)因子。所述基因已定位于人類染色體19的19pl3.2。人類RAB3D的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:67和SEQIDNO:68提供代表性序列。BLOCISI;溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1，亞單位1BLOCISI為BLOC-1(溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1)復(fù)合體("一種核內(nèi)體(endosomal)-溶酶體系統(tǒng)的專門細(xì)胞器(諸如黑素體和血小板致密顆粒)正常生物發(fā)生所需的廣布表達(dá)的多亞單位蛋白復(fù)合體")的亞單位(史達(dá)斯域(Starcevic)等人(2004)生物化學(xué)期刊(J.Biol.Chem.)279(27):28393-401)。所述基因已定位于人類染色體12的12ql3-q14。人類BLOCISI的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:69和SEQIDNO:70提供代表性序列。頂蓋蛋白(C叩ine)III;CPNE3;鈣依賴性磷脂結(jié)合蛋白CPNE3盡管缺少典型激酶結(jié)構(gòu)域，但仍顯示出具有內(nèi)源性激酶活性(考戴爾(Caudell)等人(2000)生物化學(xué)(Biochem.)39(42):13034-43)。所述基因己定位于人類染色體8的8q21.3。人類CPNE3的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:71和SEQIDNO:72提供代表性序列。TMEM4;跨膜蛋白4MSAP/TMEM4為一種MIR相互作用蛋白質(zhì)，其增強(qiáng)神經(jīng)突外生長且提高肌球蛋白調(diào)節(jié)輕鏈含量(伯恩豪斯(Bornhauser)等人(2003)生物化學(xué)期刊(J,Biol.Chem.)278(37):35412-35420)。TMEM4基因已定位于人類染色體12的12ql5。人類TMEM4的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:73和SEQIDNO:74提供代表性序列。STK10STKlO為類polo激酶激酶家族的成員且高度表達(dá)于造血組織中(沃爾特(Walter)等人(2003)生物化學(xué)期刊(J.Biol.Chem.)278(20):18221-8)。所述基因已定位于人類染色體5的5q35.1。人類STK10的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:75和SEQIDNO:76提供代表性序列。酸性磷酸酶5;ACP5;抗酒石酸鹽酸性磷酸酶(TRACP)ACP5為一種含鐵糖蛋白，其催化正磷酸單酯轉(zhuǎn)化為醇和正磷酸酯。ACP5為最基本的酸性磷酸酶且是唯一不受L-酒石酸鹽抑制的形式。已在類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎中檢測到血清抗酒石酸鹽酸性磷酸酶同功異型物，其可能是由炎性巨噬細(xì)胞或樹突狀細(xì)胞分泌(Janckila等人(2002)臨床化學(xué)學(xué)報(bào)國際臨床化學(xué)期刊(CIin.Chem.Acta)320(1-2):49-58)。活化巨噬細(xì)胞和破骨細(xì)胞表達(dá)大量抗酒石酸鹽酸性磷酸酶。由ACP5生成的反應(yīng)性氧物質(zhì)可能會參與活化巨噬細(xì)胞中抗原呈遞期間外來化合物的降解。所述基因已定位于人類染色體19上的19pl3.3-pl3.2。人類ACP5的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:77和SEQIDNO:78提供代表性序列。CHM;脈絡(luò)膜缺損蛋白(choroideremia)(Rab護(hù)送蛋白l)脈絡(luò)膜缺損基因編碼一種與膜運(yùn)輸相關(guān)的蛋白質(zhì)，Rab護(hù)送蛋白1(REP1)。所述基因己定位于人類X染色體上的Xq21.2。所述人類基因的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:79和SEQIDNO:80提供代表性序列。PBEF前B細(xì)胞群落增強(qiáng)因子(PBEF)為早期B細(xì)胞的生長因子，且也稱為內(nèi)脂素(visfatin)和煙堿酰胺磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶(Nampt)。所述基因已定位于7q22.2且其蛋白質(zhì)和核酸序列為人熟知。代表性核酸和蛋白質(zhì)序列分別以SEQIDNO:81和SEQIDNO:82展示于序列表中。PBEF在嗜中性白血球中經(jīng)IL-lp上調(diào)，且為回應(yīng)多種炎癥刺激的細(xì)胞凋亡的新穎抑制劑。PBEF也為一種脂肪細(xì)胞激素(adipocytokine),其高度富含于人類和小鼠內(nèi)臟脂肪中，在肥胖發(fā)展期間在血漿中的表達(dá)水平升高。UBB;泛素(ubiquitin)B泛素B基因編碼泛素，其與待降解的蛋白質(zhì)共價(jià)結(jié)合。所述基因已定位于人類染色體17上的17pl2-pll.2。所述人類基因的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的。SEQIDNO:83提供代表性核酸序列。翻譯產(chǎn)物為聚泛素(polyubiquitin)前體，具有一個(gè)額外纈氨酸作為最終氨基酸，SEQIDNO:84提供聚泛素前體的代表性氨基酸序列。ZFP106:鋅指蛋白106;SH3BP3;SIRM(胰島素受體突變體的子代)ZFP106基因編碼一種鋅指蛋白，其與核仁共定位(格拉斯伯格(Gmsberger)等人(2005)國際生物化學(xué)和細(xì)胞生物學(xué)期刊(Int.J.Biochem.CellBiol.)37(7):1421-37)。所述基因已定位于人類染色體15上的15ql5.1。所述人類基因的蛋白質(zhì)和核酸序列是已知的，分別以SEQIDNO:85和SEQIDNO:86提供代表性序列。評估和治療本發(fā)明的BCARG可用于評估與關(guān)節(jié)炎相關(guān)的B細(xì)胞活化和用于關(guān)節(jié)炎或其它自體免疫疾病的預(yù)測、診斷或預(yù)后。舉例來說，所述基因可用于識別可能會發(fā)生類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者。所述基因也可用于評估對于所關(guān)注患者的自體免疫疾病治療的進(jìn)展或有效性。可將BCARG在所關(guān)注個(gè)體的B細(xì)胞樣本中的表達(dá)水平與相同基因的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較來預(yù)測、診斷或評估所關(guān)注個(gè)體的類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的進(jìn)展或治療?？墒褂门c所關(guān)注個(gè)體的樣本相同類型的B細(xì)胞樣本(例如源自相同來源組織，諸如血液、淋巴、脾臟或滑膜組織)來準(zhǔn)備參考表達(dá)水平?？墒褂孟嗤苽涑绦蚧蚍椒y定兩種表達(dá)水平?？深A(yù)先測定或預(yù)先記錄參考表達(dá)水平。也可在測定所關(guān)注個(gè)體的BCARG表達(dá)水平的同時(shí)或之后準(zhǔn)備。本發(fā)明中所采用的參考表達(dá)水平通常包括表明所述基因在無疾病人類或已知患有或發(fā)生類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者的B細(xì)胞樣本中的表達(dá)型式的值或范圍，或由所述值或范圍組成。在一個(gè)實(shí)施例中，參考表達(dá)水平包含所述基因在無疾病人類的B細(xì)胞樣本中的平均表達(dá)水平。在另一個(gè)實(shí)例中，參考表達(dá)水平包含所述基因在已知患有或發(fā)生類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的患者的B細(xì)胞樣本中的平均表達(dá)水平?？墒褂萌魏纹骄?，包括(但不限于)算術(shù)平均值、調(diào)和平均值、絕對值的平均值、對數(shù)轉(zhuǎn)換值的平均值、和加權(quán)(weighted)平均值。在本發(fā)明中也可使用其它類型的參考表達(dá)水平。舉例來說，數(shù)限(numericalthreshold)可用作參考。所關(guān)注患者的表達(dá)水平和參考表達(dá)水平可以任何形式建構(gòu)。表達(dá)水平可為絕對量、標(biāo)準(zhǔn)化量或相對量。合適的標(biāo)準(zhǔn)化程序包括(但不限于)核酸陣列(army)基因表達(dá)分析中所用的程序，或希爾(Hill等人)，(2001)基因生物學(xué)(GenomeBiol.)，2:研究0055.1-0055.13中描述的程序。在一個(gè)實(shí)例中，將表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化，使得平均值為0且標(biāo)準(zhǔn)偏差為1。在另一個(gè)實(shí)例中，如所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員所了解，根據(jù)內(nèi)對照或外對照將表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化。在另一個(gè)實(shí)例中，針對B細(xì)胞中具有已知豐度的一種或多種對照轉(zhuǎn)錄物，將表達(dá)水平標(biāo)準(zhǔn)化。B細(xì)胞可從個(gè)體的任何合適來源分離。來源可為流體樣本，諸如血液或淋巴樣本。例如，可從個(gè)體分離血液，諸如周邊血液，接著可使用細(xì)胞制備管(CPT)分離周邊血液單核細(xì)胞(PBMC)?？赏ㄟ^使PBMC經(jīng)過選擇性結(jié)合非B細(xì)胞的抗體管柱而使B細(xì)胞高度富集。16BCARG在所關(guān)注個(gè)體中的表達(dá)水平可通過測量個(gè)體的B細(xì)胞樣本中各基因的RNA轉(zhuǎn)錄水平來測定。適用于這個(gè)目的的方法包括(但不限于)定量RT-PCR、競爭性RT-PCR、實(shí)時(shí)(realtime)RT-PCR、差異顯示RT-PCR、北方墨點(diǎn)法、原位雜交、狹縫墨點(diǎn)法、核酸酶保護(hù)分析、和核酸陣列(包括微珠陣列)。BCARG的RNA轉(zhuǎn)錄水平的檢測可合并使用一種與RNA或與相應(yīng)cDNA互補(bǔ)的探針?？膳c所關(guān)注的轉(zhuǎn)錄物雜交的探針可經(jīng)標(biāo)記或不標(biāo)記。經(jīng)標(biāo)記的探針可通過光譜方法、光化學(xué)方法、生物化學(xué)方法、生物電子方法、免疫化學(xué)方法、電學(xué)方法、光學(xué)方法、化學(xué)方法或其它合適方法來檢測。探針的示范性標(biāo)記部分包括放射性同位素、化學(xué)發(fā)光化合物、經(jīng)標(biāo)記的結(jié)合蛋白、重金屬原子、光譜標(biāo)記物(諸如熒光標(biāo)記物和染料)、磁性標(biāo)記、連接酶、質(zhì)譜標(biāo)簽、自旋標(biāo)記、電子轉(zhuǎn)移供體和接受體等。在一個(gè)實(shí)施例中，使探針穩(wěn)定附著于一個(gè)或多個(gè)底物支撐物上?？稍诘孜镏挝锷现苯舆M(jìn)行核酸雜交或免疫分析。適用于這個(gè)目的的底物支撐物包括(但不限于)玻璃、二氧化硅、陶瓷、尼龍、石英晶片(wafers)、凝膠、金屬、紙、微珠、管、纖維、薄膜、膜、管柱基質(zhì)或微量滴定盤孔?；陔s交的方法(諸如北方墨點(diǎn)法)可包括在嚴(yán)格或高度嚴(yán)格條件下雜交和洗滌。如本文中所用，"嚴(yán)格條件"是至少如表2中的條件G至L般嚴(yán)格。"高度嚴(yán)格條件"是至少如表2中的條件A至F般嚴(yán)格。對于各條件，可在相應(yīng)雜交條件("雜交溫度和緩沖液")下進(jìn)行雜交約4小時(shí)，隨后在相應(yīng)洗滌條件("洗滌溫度和緩沖液")下進(jìn)行兩次20分鐘的洗滌。表2嚴(yán)格條件嚴(yán)格條件聚核苷酸雜交體雜交體長度(bp)1雜交溫度和緩沖液H洗滌溫度和緩沖液HADNA:DNA>5065。C;lxSSC或42。C;lxSSC，50%甲酰胺65°C;0.3xSSCBDNA:DNA<50TB*;lxSSCTB*;lxSSCCDNA:RNA>5067。C;lxSSC或45。C;lxSSC，50%甲酰胺67°C;0.3xSSCDDNA:RNA<50TD*;lxSSCTD*;lxSSCERNA:RNA>5070°C;lxSSC或50。C;lxSSC，50%甲酰胺7(TC;0.3xSSCFRNA:RNA<50TF*;lxSSCTF*;lxSSCGDNA:DNA>5065°C;4xSSC或42。C;4xSSC，50%甲酰胺65°C;lxSSC17<table>tableseeoriginaldocumentpage18</column></row><table>1:雜交體長度為雜交的聚核苷酸的雜交區(qū)域的預(yù)期長度。當(dāng)聚核苷酸與未知序列的靶聚核苷酸雜交時(shí)，雜交體長度假定為雜交的聚核苷酸的長度。當(dāng)已知序列的聚核苷酸雜交時(shí)，可通過比對聚核苷酸的序列和識別具有最佳序列互補(bǔ)性的區(qū)域來判定雜交體長度。H:在雜交和洗滌緩沖液中可用SSPE(lxSSPE為0.15MNaCl、10mMNaH2P04禾口1.25mMEDTA，pH7.4)替代SSC(lxSSC為0.15MNaCl和15mM檸檬酸鈉)。T^至T^:預(yù)期長度小于50個(gè)堿基對的雜交體的雜交溫度應(yīng)小于雜交體的熔融溫度(Tm)5至l(TC，其中Tm是根據(jù)以下方程確定。對于長度小于18個(gè)堿基對的雜交體，Tm(°C)=2(A+T堿基弁)+4(G+C堿基并)。對于長度為18與49個(gè)堿基對之間的雜交體，Tm(°C)=81.5+16.6(log10Na+)+0.41(%G+C)-(600/N),其中N為雜交體中的堿基數(shù)，Na+為雜交緩沖液中的鈉離子莫耳濃度(lxSSC的Na+=0.165M)。疾病基因的表達(dá)概況也可通過測量所關(guān)注個(gè)體的B細(xì)胞樣本中各基因的蛋白質(zhì)產(chǎn)物含量來測定。適用于這個(gè)目的的方法包括(但不限于)免疫分析(例如，ELISA(酶連免疫吸附分析)、RIA(放射性免疫分析))、FACS(熒光活化細(xì)胞分選器)、西方墨點(diǎn)法、點(diǎn)漬墨法、免疫組織化學(xué)、基于抗體的放射成像、蛋白質(zhì)陣列、高通量蛋白質(zhì)測序、二維SDS-聚丙烯酰胺凝膠電泳和質(zhì)譜。另外，由疾病基因編碼的蛋白質(zhì)產(chǎn)物的生物活性(例如酶活性或蛋白質(zhì)/DNA結(jié)合活性)也可用于測量所述基因在所關(guān)注B細(xì)胞樣本中的表達(dá)水平。所關(guān)注個(gè)體的表達(dá)水平與參考表達(dá)水平之間的差異或類似性可通過評估例如標(biāo)準(zhǔn)化后的倍數(shù)變化、絕對差或相對差來測定。在一個(gè)實(shí)例中，如果BCARG在所關(guān)注個(gè)體體內(nèi)的表達(dá)水平與相應(yīng)參考表達(dá)水平之間的差小于參考表達(dá)水平的50%、40%、30%、20%或10%，那么認(rèn)為兩種表達(dá)水平相似。在另一個(gè)實(shí)例中，如果BCARG在所關(guān)注個(gè)體體內(nèi)的表達(dá)水平在相應(yīng)參考表達(dá)水平的標(biāo)準(zhǔn)偏差(或倍數(shù)或分?jǐn)?shù))之內(nèi)，那么認(rèn)為兩種表達(dá)水平相似。在評估患者的多種BCARG表達(dá)水平的情況下，可產(chǎn)生BCARG在患者的B細(xì)胞中的表達(dá)概況，且將其與參考表達(dá)概況進(jìn)行比較?？蓪λP(guān)注個(gè)體的表達(dá)概況與參考表達(dá)概況之間的總體相似性的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行選擇以使得預(yù)測、診斷或評估的準(zhǔn)確度(正確預(yù)測與正確和不正確預(yù)測總和的比)相對較高。舉例來說，可對相似性標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行選擇以使得預(yù)測、診斷或評估的準(zhǔn)確度為至少50%、60%、70%、80%、90%或更高。在一個(gè)實(shí)例中，如果所關(guān)注個(gè)體的表達(dá)概況中至少50%、60%、70%、80%、90%或更多的組份被視為與參考表達(dá)概況中的相應(yīng)組份相似，那么作出總體相似性預(yù)測。表達(dá)概況中的不同組份在比較中可具有相同或不同的加權(quán)數(shù)(weights)。基于基因表達(dá)的方法也可與其它臨床測試組合以改良預(yù)測、診斷或評估的準(zhǔn)確度。加權(quán)表決算法能夠?qū)λP(guān)注個(gè)體分配類別成員。參看格拉伯(Golub)等人，(1999)科學(xué)(Science)286:531-537;斯洛尼姆(Slonim)等人，(2000)日本東京第四屆國際計(jì)算分子生物學(xué)年會學(xué)報(bào)(Procs.oftheFourthAnnualInternationalConferenceonComputationalMolecularBiology,Tokyo,Japan),4月8-11日，第263-272頁。適用于這個(gè)目的的軟件程序包括(但不限于)基因簇(GeneCluster)2軟件(馬薩諸塞州劍橋布勞德研究院(BroadInstitute,Cambridge,MA))。在一種形式的加權(quán)表決分析中，將所關(guān)注個(gè)體分為兩類中的一類(亦即O類和l類)，每一類表示不同的狀態(tài)(例如類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎或無疾病)。舉例來說，O類可包括無疾病人類，1類包括類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者?？蓮谋?中選擇一組BCARG形成分類器(classifier)(亦即類別預(yù)測器)。分類器中的各基因?qū)深愔械囊活?0類或1類)進(jìn)行加權(quán)表決。基因"g"的表決可定義為vg=ag(xg-bg)，其中ag=P(g，c)且反映基因"g"的表達(dá)水平與0類和l類之間類別差異之間的相互關(guān)系。bg=[x0(g)+xl(g)]/2，其為在0類和1類中基因"g"表達(dá)水平的平均對數(shù)的平均值。Xg表示基因"g"在所關(guān)注樣本中表達(dá)水平的標(biāo)準(zhǔn)化對數(shù)。正vg表示對0類的表決，而負(fù)vg表示對1類的表決。VO表示所有正表決的和，而VI表示所有負(fù)表決的和的絕對值。預(yù)測強(qiáng)度PS定義為PS=(V0-V1)/(V0+V1)。在本發(fā)明中可采用任何數(shù)目的BCARG。在一個(gè)實(shí)施例中，使用至少l、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20或更多種選自表1的基因用于對所關(guān)注個(gè)體的免疫反應(yīng)治療的有效性進(jìn)行預(yù)測、診斷或評估。本發(fā)明中所采用的疾病基因可經(jīng)選擇以包括與無疾病人類相比在類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者中上調(diào)的基因，以及與無疾病人類相比在類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者中下調(diào)的基因。本發(fā)明的BCARG也可用于識別或測試用于調(diào)整B細(xì)胞介導(dǎo)的免疫反應(yīng)的藥物。候19選藥物使BCARG表達(dá)水平返回更接近類似于無疾病人類體內(nèi)的表達(dá)水平的狀態(tài)的能力表明候選藥物在自體免疫疾病中的有效性。用于篩選或評估候選藥物的方法在此項(xiàng)技術(shù)中是熟知的。這些方法可在動物模型中或在人類臨床試驗(yàn)期間進(jìn)行。本發(fā)明也涵蓋編碼BCARG的表達(dá)載體，其中一些BCARG在自體免疫疾病患者的B細(xì)胞中表達(dá)不足。通過將表達(dá)載體引入有需要的患者體內(nèi)，可修正這些基因的異常表達(dá)。適用于這個(gè)目的的表達(dá)載體和基因輸送技術(shù)在此項(xiàng)技術(shù)中是熟知的。另外，本發(fā)明也涵蓋BCARG的反義序列或編碼所述序列的表達(dá)載體，其中一些BCARG在自體免疫疾病患者的B細(xì)胞中過度表達(dá)。通過引入反義序列或編碼所述序列的表達(dá)載體，可修正這些疾病基因的異常表達(dá)。也可通過RNA干擾("RNAi")抑制BCARG的表達(dá)。RNAi是一種用于轉(zhuǎn)錄后基因沉默(silencing)("PTGS")的技術(shù)，其中特異性消除靶基因活性。在一個(gè)實(shí)施例中，將至少約21個(gè)核苷酸的dsRNA引入細(xì)胞中以使靶基因的表達(dá)沉默。另外，本發(fā)明也涉及可特異性識別由BCARG編碼的多肽的抗體?？蓪⑦@些抗體投予有需要的患者。在一個(gè)實(shí)施例中，本發(fā)明的抗體可大體上降低或抑制疾病基因的活性。舉例來說，所述抗體可降低BCARG的活性至少約20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%或更多。適用于本發(fā)明的抗體包括(但不限于)多株抗體、單克隆抗體、嵌合抗體、人化抗體、單鏈抗體、Fab片段、或由Fab表達(dá)庫產(chǎn)生的片段。在許多實(shí)施例中，本發(fā)明的抗體可以至少106M"、107M"、108M"、109M"或更高的結(jié)合親和常數(shù)&與各別BCARG產(chǎn)物或其它所要抗原結(jié)合?？芍苽浒景l(fā)明的抗體或聚核苷酸的醫(yī)藥組合物?？蓪⑨t(yī)藥組合物調(diào)配成與其所需投藥途徑相容。投藥途徑的實(shí)例包括(但不限于)非經(jīng)腸、靜脈內(nèi)、皮內(nèi)、皮下、經(jīng)口、吸入、經(jīng)皮、局部、經(jīng)粘膜和直腸投藥。用于制備所需醫(yī)藥組合物的方法在此項(xiàng)技術(shù)中是熟知的。應(yīng)了解上述實(shí)施例和以下實(shí)例是以舉例說明而非限制的方式提供。所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員根據(jù)本說明書可清楚了解本發(fā)明的范疇內(nèi)的多種改變和修改。實(shí)例1在免疫和加強(qiáng)后的多個(gè)時(shí)間點(diǎn)由從引流(draining)淋巴結(jié)純化的B細(xì)胞中提取用于基因芯片雜交的RNA。將僅注射完全弗氏佐劑(CFA)(且在加強(qiáng)時(shí)使用不完全弗氏佐劑(IFA))的動物用作對照組，因?yàn)樗鼈冋故鞠嗨频目傮w免疫反應(yīng)，但其關(guān)節(jié)中不發(fā)生關(guān)節(jié)炎癥狀。關(guān)節(jié)炎誘發(fā)DBA/lLacJ雄性小鼠在尾基部經(jīng)皮內(nèi)僅使用CFA(對照組)或使用在CFA中乳化的100pg牛II型膠原蛋白(接受關(guān)節(jié)炎誘發(fā)的組)免疫。接著小鼠在第21天使用IFA(對照組)或使用在IFA中的100ng牛II型膠原蛋白(接受關(guān)節(jié)炎誘發(fā)的組)加強(qiáng)。在免疫(第O天)后第28、35、42、49、56、63和70天評估臨床計(jì)分，且如下對四只爪的炎癥計(jì)分0:無炎癥1:一個(gè)或兩個(gè)腫脹足趾2:兩個(gè)以上腫脹足趾或輕度至中度腫脹3:整個(gè)爪大范圍腫脹4:腫脹消退，爪僵直。圖1展示另一群動物的疾病進(jìn)展情況，其與用于轉(zhuǎn)錄概況實(shí)驗(yàn)的動物并行進(jìn)行實(shí)驗(yàn)。RNA分離、定量和雜交通過使用CD19抗體進(jìn)行FACS分選，從淋巴結(jié)樣本中分離B細(xì)胞。使用標(biāo)準(zhǔn)凱杰(Qiagen)RNeasy小型試劑盒程序，將B細(xì)胞中的總RNA純化至極高純度(88.5%至99.5%的范圍)。通過UV-Vis吸收光譜定量RNA，總RNA量通常約為1(ig(在500ng至3.5)ag的范圍內(nèi))。由于總RNA量低，因此采用兩輪線性擴(kuò)增方法。在RNA分離步驟后，先將樣本隨機(jī)分組以避免可能向樣本引入隨后影響分析的處理偏差。然后按照昂飛(Affymetrix)雙循環(huán)耙標(biāo)記試劑盒所提供的方案來制備生物素標(biāo)記的cRNA。使用標(biāo)準(zhǔn)方案進(jìn)行Affymetrix芯片MOE4302.0的芯片雜交。盡管所有樣本的標(biāo)靶生成需要兩輪擴(kuò)增，但必須自進(jìn)一步分析中排除極少的系統(tǒng)離群值(outliers)。一組樣本的復(fù)樣本之間的皮爾遜相關(guān)系數(shù)(Pearsoncorrelation)高(r-皮爾遜>96%且通常>98%)，表示在給定時(shí)間/處理點(diǎn)上穩(wěn)固和可重現(xiàn)B細(xì)胞反應(yīng)。無監(jiān)督(雙向)聚類歸類主要彼此靠近的復(fù)樣本，且將總樣本分為3個(gè)主要分支，可將其描述為未處理(nai've)(所有未處理樣本加上免疫后30和35天的樣本)反應(yīng)前(所有2天CFA或CFA+CI1)和早期反應(yīng)(6、8和20天樣本)加強(qiáng)后(加強(qiáng)后的大部分樣本，非常后期(30至35天)的樣本除外)。隨后的轉(zhuǎn)錄概況(profiling)分析集中于第21天加強(qiáng)前后的時(shí)間點(diǎn)，因?yàn)檫@個(gè)處理在經(jīng)CFA+CII處理的動物淋巴結(jié)來源B細(xì)胞中提供強(qiáng)健反應(yīng)強(qiáng)于僅注射CFA的動物的反應(yīng)。通過在第22天(加強(qiáng)后l天)搜尋經(jīng)CFA+CII處理動物的B細(xì)胞差異表達(dá)并扣除在任一下列條件下也有差異的基因來建立差異基因清單經(jīng)CFA處理動物在第22天的B細(xì)胞與第2天未處理動物的B細(xì)胞之間差異表達(dá)的基因(使所述差異基因清單集中于膠原蛋白反應(yīng)特異性基因)經(jīng)CFA或CFA+CII處理動物在第20天的B細(xì)胞與第2天未處理動物的B細(xì)胞之間差異表達(dá)的基因(以避免在早期反應(yīng)中誘發(fā)但未必為加強(qiáng)后B細(xì)胞活化所需的基因，B細(xì)胞活化是在這個(gè)模型中產(chǎn)生類RA癥狀所必需)。這個(gè)分析揭示470種在CFA+CII加強(qiáng)后在B細(xì)胞中差異表達(dá)且符合所有其它標(biāo)準(zhǔn)的基因。表3中展示這些基因。除基因名稱外，表3包括加強(qiáng)后B細(xì)胞與未處理B細(xì)胞相比較基因表達(dá)的倍數(shù)變化，其中正數(shù)表示與未處理B細(xì)胞相比表達(dá)增加，而負(fù)數(shù)表示表達(dá)減少；t檢驗(yàn)p值表示表達(dá)水平差異的顯著性；未處理樣本中的平均表達(dá)水平；和加強(qiáng)后樣本中的平均表達(dá)水平。表3膠原蛋白加強(qiáng)后在B細(xì)胞中差異表達(dá)的基因基因名稱倍數(shù)變化帶符號的量值(第2天未處理對第22天CFA+膠原蛋白)t試驗(yàn)p值(第2天未處理對第22天CFA+膠原蛋白)平均值(第2天未處理)平均值(第22天CFA+膠原蛋白)(神經(jīng)節(jié)苷脂誘導(dǎo)分化相關(guān)性蛋白IO，前B細(xì)胞群落增強(qiáng)因子l)1.774.24E-08170.76302,57RIKENcDNA2600011C06基因2.764.66E-0825.0669.11MAF1同系物(酵母)-1.391.16E-06984.12707.41全六聚體(per-hexamer)重復(fù)基因41.81.18E-06114.73206.59聚合酶(RNA)II(DNA引導(dǎo)的)多肽L-1.71.54E-06283.34166.75(RIKENcDNA231002801l基因，類似于類真菌后生動物起源的蛋白質(zhì)(11.1kD)(2C514))-1.641.94E-06929.06567.87(真核細(xì)胞翻譯起始因子4A2，表達(dá)序列AA408556)2.562.11E-0622.3357.23(RIKENcDNA5330401F18基因，自然殺手腫瘤識別序列)1.472.19E-06234.47345.69(核糖體蛋白L7，類似于60S核糖體蛋白L7)-1.332.61E-062699.192032.57RIKENcDNA201(X)03O02基因-2.193.82E-06116.6253,16微管蛋白，(35-1.414.66E-06762.95539.88(ESTAI225873，轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白3)2.115.05E-0633.7171.21(RIKENcDNA4930511P09基因，RIKENcDNA9130427A09基因)1.375.74E-06282.85387.0622<table>tableseeoriginaldocumentpage23</column></row><table>核糖體蛋白S28-1.394.34E-053934.92837.58N-乙基順丁烯二酰亞胺敏感性融合蛋白連接蛋白Y1.334.37E-05303.78405,37RIKENcDNA2310001H13基因1,434.41E-05104.46149.66鋅指蛋白361.314.53E-05387.61507.51類異質(zhì)細(xì)胞核核糖核蛋白D1.364.93E-05711.51964.59NADH脫氫酶(泛醌)黃素蛋白2-1,515.2犯-05436.12289.77白細(xì)胞介素7受體1,895.30E-0528.4653.84核糖體蛋白S15-1.415.31E-051547.711098.44(組蛋白3，H2a，組蛋白3，H2bb)-1.435.37E-05224.71157.18(DNA片段，ChrlO，百翰和女性遺傳學(xué)(Brigham&Women'sGenetics)1070表達(dá)，RIKENcDNA5730421K10基因，類似于異質(zhì)細(xì)胞核核糖核蛋白H3同功異型物a，類似于異質(zhì)細(xì)胞核核糖核蛋白H3，同功異型物a)1.535.43E-05258.1395,49(核糖體蛋白Sll，類似于40S核糖體蛋白Sll)-1.386.2犯-053091.632233.2轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子，SIN3B(酵母)-1.46J7E-05905.22644.55(RIKENcDNA2310033F14基因，前B細(xì)胞白血病轉(zhuǎn)錄因子相互作用蛋白l)1.426.44E-05453.38643.63RIKENcDNA5430405G24基因-1.396.48E-0584.360.78粒線體核糖體蛋白Sll1.496.50E-0534.3151.15NADH脫氫酶(泛醌)Fe-S蛋白8-1.516.73E-05545.4360.76肌營養(yǎng)素-1.477.52E-05624.31423.48(類似于血影蛋白(Spectrin)ot鏈，腦(血影蛋白，非紅血球系(non-erythroid)a鏈)(a-II血影蛋白)(胞襯蛋白(Fodrin)a鏈)，血影蛋白a2)-1,337.84E-05749.48562.39PRP4前mRNA處理因子4同系物B(酵母)1.558.44E-05159.16246.28STIP1同源且含U盒的蛋白質(zhì)11.328.74E-05411.61542.5H2A組蛋白家族，成員Z-1.418.78E-05838.92593.14(組織相容性2，II類，基因座DMa，組織相容性2,II類，基因座Mbl)-1.328.85E-051154.56873.62空泡蛋白分選蛋白54(酵母)1.318.87E-05304.91400.69小細(xì)胞核核糖核蛋白D1-1.399.08E-05105,1775.52(SET易位，類似于蛋白磷酸酶2A抑制因子-2I-2PP2A)-1.539.27E-05441.19288.05CDK2(細(xì)胞周期素依賴性激酶2)相關(guān)蛋白1-1.69.72E-05951.61596.38(RIKENcDNA5830412H02基因，與SWI/SNF相關(guān)，基質(zhì)結(jié)合，染色質(zhì)的肌動蛋白依賴性調(diào)節(jié)因子，亞族e(cuò)，成員l)-1.319,95E-05108.782.86(色素框(chromobox)同系物3(果蠅HP^)，沉默)-1,321.02E-04248.32187.94腺嘌呤磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶-1.451.03E-04459.58316.5224<table>tableseeoriginaldocumentpage25</column></row><table>cDNA1500011L16基因)后期促進(jìn)復(fù)合體亞單位5-1.331.98E-042026.041523,79(RIKENcDNAD930010H05基因，酪蛋白激酶l，s)1.341.98E-0499.87133.37肌凝蛋白，輕鏈多肽6，堿性，平滑肌和非肌肉-1.452.05E-043011.92080.09NADH脫氫酶(泛醌)1(3子復(fù)合體，9-1.342.12E-04233.93174.12絲氨酸/蘇氨酸激酶10-1.492.15E-04568.54380.97(活性BCR相關(guān)基因，表達(dá)序列AI853502，核糖體蛋白L18)-1.372.20E-042055.121502,36RIKENcDNA1110039B18基因1.472.33E-0454.8480.52溶質(zhì)載體家族37(丙三醇-3-磷酸酯轉(zhuǎn)運(yùn)體)，成員l1.622.33E-0445.3873.47含COMM結(jié)構(gòu)域4-1.442.39E-04529.79367,14類蘇氨酰基-tRNA合成酶l1.562.42E-04183.49285.72(RIKENcDNA2310040A13基因，RIKENcDNA4930597O21基因，鳥嘌呤核苷酸結(jié)合蛋白(G蛋白)，y12)1.72.46E-0430.551.82跨膜蛋白4-1.492.64E-04148.9999.76蛋白激酶抑制劑(3，cAMP依賴性，睪丸特異性1.592.66E-04153.75244.64RIKENcDNAC730025P13基因-1.442.82E-04145.94101.55帕金森氏癥(Parkinsondisease)(常染色體隱性基因，早期發(fā)作)7-1.42.85E-04748.64533.15(RIKENcDNA1110059E24基因，RIKENcDNA5730446C15基因，RIKENcDNA9030607L02基因)-1.332.91E-04327.73246.88磷脂酰肌醇多糖(glycan)，O類1.432.95E-0496,22138.03核糖體蛋白L221.392.95E-04296.4411.22NADH脫氫酶(泛醌)ip次復(fù)合體，2-2.152.96E-0468.5531,93(ESTX83328,表達(dá)序列AA408420)-1.352.98E-04115.0185.27(類ADP-核糖基化因子6，myc誘導(dǎo)細(xì)胞核抗原，嗅覺受體203)-1.363.02E-0496.1870.7類超級殺手因子殺病毒活性2(釀酒酵母)1.893.07E-0445,8386.49(肽基脯氨?；悩?gòu)酶A，類似于肽基-脯氨?；樂串悩?gòu)酶A(PPIase)(旋轉(zhuǎn)異構(gòu)酶)(Rotamase)(親環(huán)素(Cyclophilin)A)(環(huán)孢素A結(jié)合蛋白(SP18))-1.423.08E-043202,672250.98(RIKENcDNAA230103N10基因，核糖體蛋白L30)1.573.12E-0497.85154.07過食(surfeit)基因l-1.323.20E-04195.45147.64外來體組份IO1.363.23E-0450.7869.02蘇氨?；?tRNA合成酶1.373.34E-04200.54275.34角質(zhì)細(xì)胞相關(guān)蛋白2-1.433.37E-04593.9414.01組織相容性2，O區(qū)ot基因座-1.413.38E-041270.84903.6426<table>tableseeoriginaldocumentpage27</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage28</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage29</column></row><table>免疫球蛋白K鏈可變區(qū)28(V28)，免疫球蛋白K鏈可變區(qū)8(V8)，免疫球蛋白K鏈，恒定區(qū)，重組抗神經(jīng)氨酸酶單鏈IgVH和VL結(jié)構(gòu)域)蛋白激酶，AMP活化，(31非催化性亞單位-1.411.39E-03156.04111.03RIKENcDNA1810073N04基因1.511.39E-03180.09271,07(RIKENcDNA1110059H15基因，類似于CG1530-PA)1.531.40E-0349.4575.5含COMM結(jié)構(gòu)域l-1.771.41E-03110.0262.22(RIKENcDNA2310035P21基因，程序性(programmed)細(xì)胞死亡4)-1.441.41E-03542.69376.01過氧化物還原酶(peroxiredoxin)4-1.811.42E-03114.162,9RIKENcDNA1200002G13基因-1.351.43E-0387.6865.09溶質(zhì)載體家族37(丙三醇-3-磷酸酯轉(zhuǎn)運(yùn)體)，成員31.561.45E-0344.4769.2核糖體蛋白L6-1.361.48E-033785.232777,28蛋白激酶C，51.361.48E-03542.91736.76小核RNA活化復(fù)合體，多肽2-1.351.50E-03209.12154.59(轉(zhuǎn)移粘附蛋白(metadherin)，RIKENcDNA9930017N22基因)-1.31.58E-0398.4775,7半胱氨?；?tRNA合成酶1,571.61E-0363.4399.9RIKENcDNA2410018G20基因-1,311.65E-0372.2155.14鋅指，含DHHC結(jié)構(gòu)域161.31.66E-03142.44185.75環(huán)指蛋白1531.321.6犯-03445.8590.59(IL2-誘導(dǎo)性T細(xì)胞激酶，RIKENcDNA5830453J16基因)1.561.70E-0337.0257.61WD重復(fù)域333.061.71E-0317.7854.49(RIKENcDNA5730589L02基因，TCF3(E2A)融合搭配物，白血球受體簇(LRC)成員l，破骨細(xì)胞相關(guān)受體，類跨膜通道基因家族4)1.361.73E-0368.1292.87(表達(dá)序列T25620，溶質(zhì)載體家族25,成員28)1.391.73E-03289.58403.84鋅指RNA結(jié)合蛋白1.691.76E-0331.1752.6類Src接頭蛋白1.451.76E-03522.58757.15著色性干皮病，互補(bǔ)群c1.381.76E-0393.67129.46DnaJ(Hsp40)同系物，亞族B，成員61.391.76E-03159.27221.44過氧化物酶體生物發(fā)生因子261.341.82E-0390.79121.43cDNA序列BC023829-1,481.87E-03167.91113.6磷酸酰肌醇3激酶，調(diào)節(jié)亞單位，多肽4，p1501.781.91E-03121.1216.02類S-腺苷高半胱氨酸水解酶11.771.91E-0331.0555.11含START結(jié)構(gòu)域IO-1.41.93E-03152.18108.6(RIKENcDNA5430407F15基因，類異質(zhì)細(xì)胞核核糖核蛋白甲基轉(zhuǎn)移酶3(釀酒酵母))1,31.95E-03240.11312.69NADH脫氫酶(泛醌)1，未知次復(fù)合體，2-1.342.00E-03632.81473.7930SEC24相關(guān)基因家族，成員C(釀酒酵母)1.432.03E-03581.27831.66三聯(lián)基元蛋白343.112.03E-0319.6561.11TAF4ARNA聚合酶n，TATA盒結(jié)合蛋白1.822細(xì)墨0344.5181.16(TBP)相關(guān)因子cDNA序列BC004728-1.472.04E-036846.11(DNA片段，Chr2,ERATODoi554，表達(dá)，氯離子通道，核苷酸敏感性，1A)-1.422.05E-031085.79766.9DNA片段，ChrlO，ERATODoi641，表達(dá)-1.482.08E-0351.8934.98ATP-結(jié)合序列盒，亞族A(ABC1),成員l1.52.15E-0333.950.87RIKENcDNA0910001K20基因1.332.17E-03123.12164.16(RIKENcDNA2610510B01基因，類似于蛋1,412.20E-0386.82122.04白C21或f5)三肽基肽酶II1.632.23E-0330.9950.39(SH2結(jié)構(gòu)域結(jié)合蛋白1(含34肽重復(fù)序列)，表達(dá)序列AI785031)1.52.27E-0378.16117.3有絲分裂原活化蛋白激酶激酶激酶81,322.32E-03152.83201.68(切除修復(fù)交叉互補(bǔ)嚙齒動物修復(fù)缺陷，互補(bǔ)群l，假想蛋白1190028F09)-1.512.32E-0361.3140.48(RIKENcDNA1190002A23基因，TARDNA結(jié)合蛋白，甘露聚糖結(jié)合凝集素(lectin)1.462.3犯-03259.7379.6絲氨酸蛋白酶2)(DNA片段，Chr9,ERATODoi338，表達(dá)，酪蛋白水解蛋白酶X(大腸桿菌(E.coli)))1.82.44E-0370.31126,29(DNA片段，Chr6，ERATODoi365，表達(dá)，RIKENcDNA2610209C05基因)1.722.47E-0342.7473.72(RNA結(jié)合基元蛋白12,頂蓋蛋白I)1.342.48E-03142.79191.09(RIKENcDNA0610025L06基因，RIKENcDNAB930069K15基因，表達(dá)序列-1.532.51E-03913.2595.47AU022928)RAN結(jié)合蛋白IO1,372.51E-03116.11159,34前折疊素(prefoldin)5-2.382.53E-03165.4869.48(RIKENcDNA0610009L18基因，肌動蛋-1.362.53E-033558.712610.61白，Y，細(xì)胞質(zhì)l)非轉(zhuǎn)移性細(xì)胞中表達(dá)l，蛋白質(zhì)-1.332.5犯-03642.31481.29(F盒蛋白ll，mutS同系物6(大腸桿菌))1.332.59E-03152.86203.1(RIKENcDNA2310073E15基因，調(diào)節(jié)因子-1.662.61E-0371.4743.06X相關(guān)含錨蛋白的蛋白質(zhì))(鈣/轉(zhuǎn)調(diào)蛋白(calmodulin)依賴性蛋白激酶II,S，表達(dá)序列C78441)2.922.6犯-0318.8454.99ErbB-2.1轉(zhuǎn)導(dǎo)子(transducer)-1.512.64E-0359.6639.5泛素B-1.362.64E-035354.83930.89(矢車菊苷(centaurin),52，基因模型1094，(NCBI))1.612.68E-03169.29272.87RIKENcDNA1110025L05基因-1.312.68E-03139,6106.31類似于鋅指蛋白187-1.962.70E-03150.5676.9431表達(dá)序列AI3254642.332.71E-0321.4650.05RIKENcDNA2310003L22基因-1.42.74E-0385.0360.76類kelch9(果蠅)-1.422.77E-0375.7853.33B淋巴激酶1.322.80E-031001.11323.57接頭蛋白相關(guān)蛋白復(fù)合體AP-4，el-1.372.83E-0382.3760,09N-甲基嘌呤-DNA糖基化酶-1.342.艦-03172.32129.06核糖體蛋白S18-1.692.89E-032822.551674.5中心體蛋白(centrin)31.32.91E-03216,77282.13趨化激素(chemokine)(C-C基元)受體51.322.92E-0386.73114.19(假想LOC381225，核糖體蛋白L15)-1.412.94E-033590.142545.26粒線體核糖體蛋白L47-1.382.95E-0384.3361,23TAF4ARNA聚合酶n，TATA盒結(jié)合蛋白(TBP)相關(guān)因子1.732.99E-0330.3452,34干擾素(a和p)受體21.683.00E-0353.9290.39(RIKENcDNA2600001Mll基因，RIKENcDNAB930028Lll基因，Sec61，a亞單位21.513.03E-0349.2274.49(釀酒酵母))(RIKENcDNA5430410E06基因，組織相容性2,D區(qū)，組織相容性2，D區(qū)基因座l，組1.573.05E-031259.431982.41織相容性2，Q區(qū)基因座2，精子特異性抗原l)托辛蛋白(torsin)家族2，成員A-1.313.07E-0392.8270.85神經(jīng)病靶酯酶1.53.08E-0334.5251.92泛素B-1.433.09E-033296.322306.23RIKENcDNA1810020E01基因-1.693.15E-03317.96187.9ATP酶家族，含AAA結(jié)構(gòu)域3A1.513.17E-03130.76197.02甲硫氨酰基氨基肽酶l1.613.17E-0394.53151.77CD84抗原-1,353.19E-03112.9983.72(RIKENcDNAE430007M08基因，色素框-1.683.21E-03112.2366.88同系物l(果蠅HPip))(RIKENcDNA1110054H05基因，RIKEN1.543.26E-0357.75訓(xùn)4cDNA6230415M23基因)3-單加氧酶/色氨酸5-單加氧酶活化蛋白，Y多肽1.33.27E-03208.96272,13EL0VL家族成員6，長鏈脂肪酸延長(酵母)-1.443.31E-0364.144.37(DNA片段，Chrl5，MouseGenomeInformatics25,小細(xì)胞核核糖核蛋白多肽G)-2.213.32E-0370,6932.03類細(xì)胞核前核纖層蛋白(prelamin)A識別因子-1.363.32E-03217.54160.41過氧化物酶體生物發(fā)生因子121.343,3犯-0360.0380.22類SH3-域GRB2B1(內(nèi)啡啉蛋白-1.423.33E-0387.6361,59(endophilin))unc-119同系物(線蟲(C.elegans))-1,383.38E-03204.95148.52酸性(富含白氨酸)細(xì)胞核磷蛋白32家族，成員A-1.653.3犯-03224.34136,09RIKENcDNA4930470D19基因1.333.41E-03117.64156.7532<table>tableseeoriginaldocumentpage33</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage34</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage35</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage36</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage37</column></row><table>本發(fā)明的上述說明提供例示說明和描述，但并非意欲詳盡無遺或限制本發(fā)明于一種明確揭示。根據(jù)以上教示可進(jìn)行修改和變更，或可自本發(fā)明的實(shí)踐獲得修改和變更。因此，應(yīng)注意本發(fā)明的范疇是由權(quán)利要求書和其相等物界定。本申請案與2006年8月25日申請的美國臨時(shí)專利申請案第60/840,380號相關(guān)，其全文以引用的方式并入本文中用于所有目的。權(quán)利要求1.一種評估與關(guān)節(jié)炎相關(guān)的B細(xì)胞活化的方法，所述方法包含以下步驟(a)檢測B細(xì)胞的一種或多種基因的表達(dá)水平，和(b)將所述表達(dá)水平與表示B細(xì)胞活化狀態(tài)的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中所述一種或多種基因是選自由下列組成的群組的基因AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-δ、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白(copine)III、STK10、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(p150)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體(exosome)組份10、鈣激活蛋白酶(calpain)3、類Src接頭(adaptor)蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子C1調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白(choroideremia)、PBEF/內(nèi)脂素(visfatin)、泛素(ubiquitin)B和鋅指蛋白106。2.如權(quán)利要求1所述的方法，其中所述B細(xì)胞為人類B細(xì)胞且所述一種或多種基因?yàn)槿祟惢颉?.—種評估患者自體免疫反應(yīng)征象的方法，所述方法包含以下步驟(a)檢測所述患者的樣本中B細(xì)胞的一種或多種基因的表達(dá)水平，和(b)將所述表達(dá)水平與表示所述患者免疫反應(yīng)的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較，其中所述一種或多種基因是選自由下列組成的群組的基因AHCYL1、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子Cl調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、PBEF/內(nèi)脂素、泛素B和鋅指蛋白106。4.如權(quán)利要求3所述的方法，其中所述免疫反應(yīng)為自體免疫反應(yīng)。5.如權(quán)利要求4所述的方法，其中所述自體免疫反應(yīng)為類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎。6.如權(quán)利要求3至5中任一或多個(gè)權(quán)利要求所述的方法，其中所述樣本為選自由血液、淋巴和滑膜組織組成的群組的流體樣本。7.如權(quán)利要求1至6中任一或多個(gè)權(quán)利要求所述的方法，其進(jìn)一步包含在步驟(a)之前從所述樣本純化B細(xì)胞的步驟。8.如權(quán)利要求1至7中任一或多個(gè)權(quán)利要求所述的方法，其中所述患者為人類患者且所述一種或多種基因?yàn)槿祟惢颉?.一種處理B細(xì)胞的方法，所述方法包含活化選自由下列組成的群組的基因或基因產(chǎn)物的步驟頂蓋蛋白III、宿主細(xì)胞因子調(diào)節(jié)因子I、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B和/或STK10;或抑制選自由下列組成的群組的基因或基因產(chǎn)物的步驟AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶l)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。10.如權(quán)利要求9所述的方法，其中所述方法包含選自由下列組成的群組的基因或基因產(chǎn)物通過表達(dá)編碼所述基因產(chǎn)物的核酸來活化頂蓋蛋白III、宿主細(xì)胞因子調(diào)節(jié)因子I、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B和STKIO。11.如權(quán)利要求9所述的方法，其中所述方法包含選自由下列組成的群組的基因通過表達(dá)抑制所述基因表達(dá)的核酸來抑制AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-5、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份IO、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。12.—種治療患者的類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎的方法，所述方法包含根據(jù)權(quán)利要求9至11中任一或多個(gè)權(quán)利要求所述的方法來處理所述患者B細(xì)胞的步驟。13.—種評估B細(xì)胞處理的方法，所述方法包含以下步驟在施用所述處理后檢測B細(xì)胞的一種或多種基因的表達(dá)水平和將所述表達(dá)水平與表示B鄰胞活化狀態(tài)的參考表達(dá)水平進(jìn)行比較，從而評估所述處理的功效，其中所述一種或多種基因是選自由下列組成的群組的基因AHCYL1、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、頂蓋蛋白III、STKIO、類STE-20激酶、MAP4K5、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、Ro52、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、宿主細(xì)胞因子Cl調(diào)節(jié)因子1、Rab3D、溶酶體相關(guān)細(xì)胞器生物發(fā)生復(fù)合體1、跨膜蛋白4、酸性磷酸酶5、脈絡(luò)膜缺損蛋白、泛素B和鋅指蛋白106。14.如權(quán)利要求13所述的方法，其中所述參考表達(dá)水平對應(yīng)于施用所述處理前的表達(dá)水平。15.如權(quán)利要求13至14中任一或多個(gè)權(quán)利要求所述的方法，其中所述一種或多種基因?yàn)槿祟惢颉?6.—種純化抗體或單克隆抗體，其是與選自由下列組成的群組的基因產(chǎn)物特異性結(jié)合PBEF/內(nèi)脂素、AHCYL1(類S-腺苷高半胱氨酸水解酶1)、PKC-S、GNG12、磷酸二酯酶7A、類STE-20激酶、MAP激酶相互作用絲氨酸/蘇氨酸激酶2、磷酸肌醇-3-激酶調(diào)節(jié)亞單位4(pl50)、染色體結(jié)構(gòu)維持蛋白5、WD重復(fù)域12、外來體組份10、鈣激活蛋白酶3、類Src接頭蛋白、類CDC激酶1、FAM60A、TCTE1L、STUB1/CHIP、MAP4K5、Ro52和鋅指蛋白106。17.如權(quán)利要求16所述的抗體，其中所述基因產(chǎn)物為人類基因產(chǎn)物。18.—種靶向活化B細(xì)胞的方法，所述方法包含投予如權(quán)利要求16至17中任一或多個(gè)權(quán)利要求所述的抗體的步驟。19.如權(quán)利要求18所述的方法，其中所述抗體是投予給人類。20.如權(quán)利要求19所述的方法，其中所述人類先前已診斷出患有類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎，其可通過使用所述抗體靶向活化B細(xì)胞來治療。全文摘要本發(fā)明涉及從關(guān)節(jié)炎相關(guān)的B細(xì)胞中觀測到差異基因表達(dá)而獲益的方法和組合物。文檔編號C12Q1/68GK101535503SQ200780031590公開日2009年9月16日申請日期2007年8月22日優(yōu)先權(quán)日2006年8月25日發(fā)明者基里亞基·杜努西-約安諾普洛斯,尤金·布朗,戴維·馮沙克,瑪麗·柯林斯,馬修·惠特爾斯申請人:惠氏公司