專(zhuān)利名稱(chēng)：作為用于膀胱癌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、診斷、預(yù)后和治療的標(biāo)志的遺傳變型的制作方法
作為用于膀胱癌風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、診斷、預(yù)后和治療的標(biāo)志的遺傳
變型引言癌癥(惡性細(xì)胞的不受控制的生長(zhǎng))是現(xiàn)代醫(yī)學(xué)時(shí)代的主要健康問(wèn)題并且是發(fā)達(dá) 國(guó)家中最主要的死因之一。在美國(guó)，四分之一的死亡由癌癥引起。膀胱癌是美國(guó)的第6大常見(jiàn)癌癥類(lèi)型，在2007年有約67，000例新病例和14，000
例死亡來(lái)自該疾病。膀胱癌(UBC)傾向于最常見(jiàn)地在60歲以上的個(gè)體中發(fā)生。暴露于某些工業(yè)上使 用的化學(xué)品(稱(chēng)為芳香胺的化合物的衍生物)是發(fā)生膀胱癌的強(qiáng)風(fēng)險(xiǎn)因素。煙草使用(特 別是吸香煙)據(jù)認(rèn)為引發(fā)了 50%的在男性患者中發(fā)現(xiàn)的膀胱癌和30%的在女性患者中發(fā) 現(xiàn)的膀胱癌。30%的膀胱腫瘤可能由工作場(chǎng)所中對(duì)致癌物例如聯(lián)苯胺的職業(yè)暴露引起。有 風(fēng)險(xiǎn)的職業(yè)是金屬工業(yè)工人、橡膠工業(yè)工人、紡織工業(yè)的工人和從事印刷工作的人。已知某 些藥物例如環(huán)磷酰胺和非那西丁誘發(fā)膀胱癌。慢性膀胱刺激(感染、膀胱結(jié)石、導(dǎo)尿管和住 血吸蟲(chóng))誘發(fā)膀胱的鱗狀上皮細(xì)胞癌。UBC病例的家族性聚集(Familial clustering)暗示著存在針對(duì)該疾病風(fēng)險(xiǎn)性的 遺傳成分(genetic component) (Aben, K. K.等人"Familial aggregation of urothelial cell carcinoma" . Int JCancer 98, 274-8 (2002) ；Amundadottir, L. Τ.等入 “Cancer as aComplex Phenotype :Pattern of Cancer Distribution within andbeyond the Nuclear Family. ”P(pán)LoSMedl，e65 Epub 2004 Dec 28(2004) ；Murta-Nascimento, C.等人“Risk of bladder cancer associated withfamily history of cancer :do low-penetrance polymorphisms accountfor the increase in risk ？ " Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 16，1595-600(2007)).遺傳分離分析已表明該是多因素的，其具有許多賦予小的風(fēng)險(xiǎn) 性的基因(Aben,K. K.等人"Segregation analysis ofurothelial cell carcinoma. "Eur J Cancer 42，1似8_33 (2006))。許多流行病學(xué)研究已評(píng)估候選基因的序列變體與膀胱 癌之間的潛在關(guān)聯(lián)性，但與該疾病的最相符的風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)性發(fā)現(xiàn)在NAT2基因中的變異。 (Sanderson, S.等入，“Joint effects of the N-acetyltransferasel and 2 (NAT1 and NAT2) genes and smoking on bladder carcinogenesis -.a literature-based systematic HuGE review and evidence synthesis. ”Am J Epidemiol 166,741-51(2007))。大部分(>90% )膀胱癌是移行細(xì)胞癌(transitional cell carcinoma) (TCC) 并且產(chǎn)生于尿路上皮。其它膀胱癌類(lèi)型包括鱗狀上皮細(xì)胞癌、腺癌、肉瘤、小細(xì)胞癌和來(lái)自 身體中其它部位的癌癥的次生沉著物(secondaryd印osit)。TCC通常是多病灶的，30-40%的患者在診斷時(shí)具有以1個(gè)以上的腫瘤。TCC的生長(zhǎng) 模式可以是乳頭狀突起癌、無(wú)腹柄(sessile)(扁平)癌癥或原位癌(carcinoma-in-situ) (CIS)。淺表性腫瘤定義為不侵入或侵入膀胱的深部肌肉壁但停留在淺表的腫瘤。在初次 診斷時(shí)，70%的膀胱癌患者具有淺表疾病。為臨床上淺表的腫瘤由3種不同的病理類(lèi)型組 成。大部分淺表膀胱上皮癌表現(xiàn)為非侵襲性乳頭狀瘤(病理分期pTa)。70%的此類(lèi)淺表乳 頭狀瘤將在長(zhǎng)期臨床過(guò)程中復(fù)發(fā)，從而引起顯著的發(fā)病率。此外，5-10%的此類(lèi)乳頭狀突起損傷將最終進(jìn)展至浸潤(rùn)癌。這些腫瘤在病理上被分級(jí)為低度惡性潛能、低度或高度。高度 腫瘤具有更高的進(jìn)展風(fēng)險(xiǎn)。扁平膀胱尿路上皮原位癌(CIS)是高度侵襲性損傷并且進(jìn)展比 乳頭狀瘤更快。少數(shù)腫瘤只淺表地侵入粘膜固有層(lamina propria)。這些腫瘤在80% 的情況下復(fù)發(fā)，并且最后在30%的病例中侵入逼尿肌。目前約30%的膀胱上皮癌侵入逼尿 肌。這些癌癥具有高度侵襲性。那些浸潤(rùn)癌可通過(guò)淋巴和血液系統(tǒng)擴(kuò)散侵襲骨、肝和肺并 且具有高發(fā)病率(Kaufman, D. S. Ann Oncol 17, vl06-112 (2006)) 移行細(xì)胞癌或膀胱上皮癌的治療與淺表腫瘤和肌層浸潤(rùn)癌的治療不同。淺表膀胱 癌可無(wú)需膀胱切除術(shù)(去除膀胱)地處治。淺表瘤的標(biāo)準(zhǔn)初治包括帶有經(jīng)尿道腫瘤切除 術(shù)(TUR)的腫瘤的膀胱鏡檢查。膀胱鏡允許顯現(xiàn)和完全去除膀胱腫瘤。在TUR后給具有大 的、多個(gè)、高度或淺表浸潤(rùn)的腫瘤的患者通常開(kāi)具輔助膀胱內(nèi)藥物治療的處方。膀胱內(nèi)治療 由通過(guò)尿?qū)Ч苤苯臃湃氚螂?以試圖使腫瘤復(fù)發(fā)和進(jìn)展的風(fēng)險(xiǎn)降至最低)的藥物組成。約 50-70%的具有淺表膀胱癌的患者對(duì)膀胱內(nèi)治療具有非常良好的反應(yīng)。目前的護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)由 在前兩年中每3至4個(gè)月進(jìn)行一次的尿道-膀胱鏡和尿細(xì)胞學(xué)檢查和在隨后的年中以較長(zhǎng) 的間隔進(jìn)行的所述檢查組成。當(dāng)膀胱癌侵入膀胱的肌肉壁或當(dāng)具有淺表腫瘤的患者具有頻繁的對(duì)膀胱內(nèi)治療 不起反應(yīng)的復(fù)發(fā)時(shí)，有必要進(jìn)行膀胱切除術(shù)。手術(shù)去除膀胱的益處是疾病控制、與膀胱癌相 關(guān)的癥狀的根除和長(zhǎng)期存活。對(duì)于已擴(kuò)展超出膀胱壁的晚期膀胱癌，放射和化學(xué)療法是治 療選擇。作為治療可能已擴(kuò)散至結(jié)淋巴結(jié)的微小癌細(xì)胞的療法的一部分，頻繁地輻射局部 淋巴結(jié)。目前晚期膀胱癌的治療可包括放射療法和化學(xué)療法的聯(lián)合。早期檢測(cè)可改善患者的預(yù)后、治療選擇以及生活質(zhì)量。如果篩查方法可檢測(cè)注定 要成為肌層浸潤(rùn)性但仍然是淺表的膀胱癌，那么可能導(dǎo)致發(fā)病率和死亡率的顯著降低。膀胱鏡檢查費(fèi)用很高并且使患者極不舒服。尿細(xì)胞學(xué)在檢測(cè)低度疾病中靈敏 度不高并且其準(zhǔn)確性在不同病理學(xué)驗(yàn)室之間可變化。已開(kāi)發(fā)了用于疾病的檢測(cè)和監(jiān)視 (surveillance)的許多基于尿的腫瘤標(biāo)志并且此類(lèi)標(biāo)志中的一些被用于常規(guī)患者醫(yī)療護(hù) 理(Lokeshwar、V. B.等人 Urology 66,35-63(2005) ；Friedrich, M. G.等人 BJU Int 92、 389-92(2003) ；Ramakumar, S.等人 J Urol 161,388-94(1999) ；Sozen, S.等人 Eur Urol 36,225-9(1999) ；Heicappell, R.等人 Urol Int 65，181-4 (2000))。然而，迄今為止報(bào)導(dǎo)的生物標(biāo)志對(duì)于在臨床上檢測(cè)所有類(lèi)型的膀胱癌未曾顯示充 分的靈敏性和特異性。應(yīng)當(dāng)記住，篩查的效力隨著被篩查的人群中疾病的流行而增加。因 此，可通過(guò)將篩查程序限定于處于高度風(fēng)險(xiǎn)的人來(lái)增加測(cè)試的功效。對(duì)于膀胱癌，這可意味 著將參與限定于具有對(duì)已知的膀胱致癌物的職業(yè)暴露的人或具有已知的癌癥易感性變體 的個(gè)體。明確地存在對(duì)可有助于早期膀胱癌檢測(cè)和預(yù)后以及有助于疾病的預(yù)防性治療和 祛病治療的改進(jìn)的診斷方法的需要。此外，存在對(duì)開(kāi)發(fā)更好地從經(jīng)診斷患有淺表疾病的患 者鑒定更可能具有膀胱癌的侵襲性形式的患者的工具的需要。這可幫助使未處于明顯風(fēng)險(xiǎn) 中的患者避免侵入性且花費(fèi)高昂的方法。遺傳風(fēng)險(xiǎn)由人群中個(gè)體間基因組中的細(xì)微差異賦予。人基因組中的變異最頻繁地 由單核苷酸多態(tài)型(SNP)引起，雖然其它變異也是非常重要的。在人基因組中平均每1000 個(gè)堿基對(duì)存在一個(gè)SNP。因此，包含250，000個(gè)堿基對(duì)的典型人基因可包含250個(gè)不同的
6SNP。只有少數(shù)SNP位于外顯子中并且改變由該基因編碼的蛋白質(zhì)的氨基酸序列。大多數(shù) SNP對(duì)基因功能可能幾乎沒(méi)有影響或沒(méi)有影響，然而其它SNP可改變由基因編碼的mRNA的 轉(zhuǎn)錄、剪接、翻譯或穩(wěn)定性。人基因組中的另外的遺傳多態(tài)型是由DNA的短區(qū)段或長(zhǎng)區(qū)段的 插入、缺失、易位或倒位引起的。賦予患疾病風(fēng)險(xiǎn)的遺傳多態(tài)型可直接改變蛋白質(zhì)的氨基酸 序列，可增加從基因產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的量，或可減少由基因產(chǎn)生的蛋白質(zhì)的量。隨著賦予患常見(jiàn)疾病風(fēng)險(xiǎn)的遺傳多態(tài)型被發(fā)現(xiàn)，此類(lèi)風(fēng)險(xiǎn)因素的遺傳檢測(cè)對(duì)于臨 床醫(yī)學(xué)變得日益重要。實(shí)例是鑒定癡呆患者中apoE4多態(tài)型的基因攜帶者以進(jìn)行阿爾茨 海默病的鑒別診斷的載脂蛋白E測(cè)試、和對(duì)深部靜脈血栓形成的易感性的因子V的Leiden 測(cè)試。更重要地，在癌癥的治療中，腫瘤細(xì)胞的遺傳變型的診斷對(duì)于個(gè)體患者的最適當(dāng)治療 方案的選擇是有用的。在乳腺癌中，雌激素受體表達(dá)或神經(jīng)生長(zhǎng)因子2型(Herf)受體酪氨 酸激酶表達(dá)的遺傳變異決定是否要將抗雌激素藥(他莫昔芬)或抗Her2抗體(赫賽汀) 整合入治療方案。在慢性髓樣白血病(CML)中，融合編碼Bcr和Abl受體酪氨酸激酶的基 因的費(fèi)城染色體基因易位(genetic translocation)的診斷表明應(yīng)當(dāng)將Gleevec (STI571) (Bcr-Abl激酶的特異性抑制劑)用于治療癌癥。對(duì)于具有這樣的遺傳改變的CML患者， Bcr-Abl激酶的抑制導(dǎo)致腫瘤細(xì)胞的快速消除和白血病緩解。此外，遺傳檢測(cè)服務(wù)現(xiàn)今是可 獲得的，從而為個(gè)體提供關(guān)于他們的患疾病風(fēng)險(xiǎn)的信息(基于特定SNP已與患許多常見(jiàn)疾 病的風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)的發(fā)現(xiàn))。與膀胱癌關(guān)聯(lián)的基因座已發(fā)現(xiàn)許多代謝酶和其它基因中的遺傳多態(tài)型是患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的調(diào)節(jié)因子 (modulators)。研究得最多的與患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的多態(tài)型是一些重要酶(特別是N-乙 ?；D(zhuǎn)移酶(NAT)、谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶(GST)、DNA修復(fù)酶和許多其它酶)的基因的多態(tài) 型。對(duì)尿道上皮惡性腫瘤的分子生物學(xué)的深入理解有助于更明確地確定新型預(yù)后指數(shù)和多 學(xué)科治療對(duì)于該疾病的作用。有人提出一些NAT變體改變個(gè)體對(duì)癌癥的易感性。已有人提出緩慢的NAT2乙酰 化能力產(chǎn)生增加的患膀胱癌、乳腺癌、肝癌和肺癌的風(fēng)險(xiǎn)，和減少結(jié)腸癌的風(fēng)險(xiǎn)，然而已有 人提出NATl基因的顯著改變(假定與增加的NATl活性相關(guān))增加了患膀胱癌和結(jié)腸癌的 風(fēng)險(xiǎn)，并且減少了患肺癌的風(fēng)險(xiǎn)(A. Hirvonen，IARC Sci Publ 148 (1999)，pp. 251-270)。 NATl多態(tài)型可通過(guò)與環(huán)境因素相互作用和與NAT2基因相互作用來(lái)影響個(gè)體患膀胱癌的風(fēng) 險(xiǎn)(Cascorbi I，等人 Cancer Res 61 :5051-6)。谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶(GST)包括在致癌化合物的解毒中起著至關(guān)重要作用的一大 組酶。已鑒定了至少5個(gè)GST家族，并且已研究了此類(lèi)基因的多態(tài)型在膀胱癌中的效應(yīng)。 這些研究的結(jié)果是矛盾的但GSTMl空白基因型和膀胱癌之間的關(guān)聯(lián)性是相當(dāng)一致的(Wu， X.等人 Front Biosci 12,192-213 (2007)) 還已在一些研究中發(fā)現(xiàn)編碼其它代謝酶例如NQ01，MPO或CYP酶超家族的基因中 的多態(tài)型與膀胱癌關(guān)聯(lián)，但結(jié)果是有爭(zhēng)議的(Wu，X.等人，同上)。因?yàn)榘螂装┚哂袕?qiáng)環(huán)境 風(fēng)險(xiǎn)因素，所以已在膀胱癌患者中研究了 DNA修復(fù)基因的多態(tài)型。此類(lèi)基因包括著色性干 皮病(XP)的基因和X射線修復(fù)交叉互補(bǔ)(X-ray repair cross-complementing) (XRCC)基 因。已測(cè)試了許多不同的多態(tài)型，但需要更大的樣本容量和病例與對(duì)照之間的更好匹配來(lái) 推斷此類(lèi)變體對(duì)患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的效應(yīng)。
簡(jiǎn)而言之，盡管世界上許多研究小組做了大量努力，但仍然未鑒定出解釋大部分 膀胱癌風(fēng)險(xiǎn)性的基因。雖然研究已暗示遺傳因素可能在膀胱癌中起主導(dǎo)作用，但只有少數(shù) 基因被鑒定為與增加的患疾病的風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)聯(lián)。因此，很明顯大部分膀胱癌的遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素 尚待被發(fā)現(xiàn)。此類(lèi)遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素可能包括相對(duì)大量的中低風(fēng)險(xiǎn)度遺傳變型。然而，此類(lèi)中 低風(fēng)險(xiǎn)度遺傳變型可能是形成大部分膀胱癌的原因，從而它們的鑒定對(duì)于公共衛(wèi)生具有重 大有益性。很明顯，鑒定特定癌癥形式(例如前列腺癌、乳腺癌、肺癌、黑素瘤、結(jié)腸癌、睪丸 癌)的易感性的促成原因的標(biāo)志和基因是當(dāng)今腫瘤學(xué)面臨的主要挑戰(zhàn)之一。一些癌癥相關(guān) 途徑為不同形式的癌癥所共有。結(jié)果，就一個(gè)特定的癌癥形式鑒定的遺傳風(fēng)險(xiǎn)因素也可代 表患其它癌癥類(lèi)型的風(fēng)險(xiǎn)因素。利用此類(lèi)風(fēng)險(xiǎn)因素的診斷和治療性方法從而可具有共同的 效用。因此，被開(kāi)發(fā)來(lái)靶向此類(lèi)風(fēng)險(xiǎn)因素的治療性測(cè)量可具有對(duì)癌癥的一般性暗示，而不一 定只對(duì)最初針對(duì)其鑒定了所述風(fēng)險(xiǎn)因素的癌癥具有暗示。存在對(duì)用于早期檢測(cè)針對(duì)癌癥具 有遺傳易感性的個(gè)體(以使得能夠建立用于癌癥的早期檢測(cè)和治療的更激進(jìn)的篩查和干 擾方案)的鑒定方法的需要。癌癥基因還可顯示可被操控的至關(guān)重要的分子途徑(例如， 通過(guò)使用小或大分子量的藥物)和可導(dǎo)致更有效的治療而無(wú)論當(dāng)特定癌癥被初次診斷時(shí) 癌癥的分期如何。發(fā)明概述進(jìn)行膀胱癌(UBC)的全基因組SNP關(guān)聯(lián)性分析。本發(fā)明者能夠鑒定歐洲人祖先人 群中與UBC關(guān)聯(lián)的共同序列變體。本發(fā)明涉及患膀胱癌(UCB)的風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估方法。其包括 通過(guò)評(píng)估已被發(fā)現(xiàn)與UBC關(guān)聯(lián)的標(biāo)志或單倍型測(cè)定個(gè)體增加的對(duì)UBC的易感性的方法以及 測(cè)定個(gè)體的對(duì)UBC減少的易感性或診斷針對(duì)UBC的保護(hù)作用的方法，如在本文中進(jìn)一步描 述的。在第一大方面，本發(fā)明提供了測(cè)定人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的方法，該方法包 括測(cè)定獲自個(gè)體的核酸樣品中或來(lái)源于個(gè)體的基因型數(shù)據(jù)集中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至 少一個(gè)等位基因是否存在，其中至少一個(gè)等位基因的存在的確定標(biāo)示著個(gè)體中對(duì)膀胱癌的 易感性。這意味著所述至少一個(gè)等位基因的不存在的確定表示由所述等位基因引起的易 感性不存在于個(gè)體中。所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志適當(dāng)?shù)剡x自表1、表4和表5中所示的多 態(tài)型標(biāo)志和與它們處于連續(xù)不平衡中的標(biāo)志，并且優(yōu)選所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志是SEQ ID NO 1-10的任一個(gè)中顯示的多態(tài)型標(biāo)志或與所述標(biāo)志中的任何標(biāo)志處于連鎖不平衡中的 標(biāo)志。至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志還可選自下組rs96^880、rs710521、rsl29^672、rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡中 的標(biāo)志。更優(yōu)選，至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組SEQ ID NO :1中所示的rs9642880、SEQ ID NO 2中所示的rs710521和與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志。另外的有用的多態(tài)型標(biāo)志包 括 rsl2547643(SEQ ID NO :11)和 rsl7186926 (SEQ ID N0:12)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，至 少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自rs710521 (SEQ ID NO 2)和與其處于連鎖不平衡中的標(biāo)志。在一個(gè) 實(shí)施方案中，與rs710521處于連鎖不平穩(wěn)中的標(biāo)志選自表3 (SEQ ID NO 13-52)中所列的 標(biāo)志。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs4733677和與其處于連 鎖不平衡中的標(biāo)志。在某些實(shí)施方案中，與患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)的標(biāo)志位于連鎖不平衡(LD)區(qū)段(block)內(nèi)。在某些實(shí)施方案中，染色體8明4上的預(yù)測(cè)患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的標(biāo)志(例如， rs9642880和與它們處于連續(xù)不平衡中的標(biāo)志)位于LD區(qū)段C08中，如SEQ ID NO 54中所 示。在某些其它實(shí)施方案中，染色體3明8上預(yù)測(cè)患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的標(biāo)志(例如，rs710521 和與其處于連鎖不平衡中的標(biāo)志)位于LD區(qū)段C03內(nèi)，如本文SEQ ID NO 53中所示。在另一個(gè)方面，本發(fā)明提供了測(cè)定人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的方法，該方法 包括獲得關(guān)于人個(gè)體的核酸序列數(shù)據(jù)，所述核酸序列數(shù)據(jù)鑒定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至 少一個(gè)等位基因，所述標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡 中的標(biāo)志，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的不同等位基因與人的對(duì)膀胱癌的不同易感性關(guān) 聯(lián)，以及由核酸序列數(shù)據(jù)測(cè)定對(duì)膀胱癌的易感性。在一般意義上，遺傳標(biāo)志在核酸水平上導(dǎo)致替代序列(alternatesequence)。如果 核酸標(biāo)志改變由核酸編碼的多肽的密碼子，那么該標(biāo)志也將在氨基酸水平上導(dǎo)致所編碼的 多肽(多肽標(biāo)志)的替代序列。核酸中的多態(tài)型標(biāo)志上的特定等位基因或多肽標(biāo)志上的特定等位基因的本體的 測(cè)定包括特定等位基因是否存在于序列的特定位置上。鑒定標(biāo)志上的特定等位基因的序列 數(shù)據(jù)包括足以檢測(cè)所述特定等位基因的序列。對(duì)于本文中描述的單核苷酸多態(tài)型(SNP)或 氨基酸多態(tài)型，序列數(shù)據(jù)可包括單個(gè)位置上的序列，即，序列內(nèi)單個(gè)位置上的核苷酸或氨基 酸的本體。在某些實(shí)施方案中，可有用地就至少2個(gè)多態(tài)型標(biāo)志測(cè)定核酸序列。在其它實(shí)施 方案中，測(cè)定至少3個(gè)、至少4個(gè)或至少5個(gè)或更多個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的核酸序列。單倍型信息 可來(lái)源于2個(gè)或更多個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的分析。因此，在某些實(shí)施方案中，進(jìn)行另外的步驟，通 過(guò)該步驟基于至少2個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的序列數(shù)據(jù)產(chǎn)生單倍型信息。在一些實(shí)施方案中，通過(guò) 所述方法測(cè)定的由至少一個(gè)等位基因或單倍型的存在賦予的易感性是增加的易感性。本發(fā)明還提供了測(cè)定人個(gè)體中對(duì)膀胱癌(UBC)的易感性的方法，該方法包括獲得 關(guān)于人個(gè)體的核酸序列數(shù)據(jù)，所述核酸序列數(shù)據(jù)鑒定與UBC關(guān)聯(lián)的至少2個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的 這兩個(gè)等位基因，基于序列數(shù)據(jù)測(cè)定至少一個(gè)單倍型的本體，和由單倍型數(shù)據(jù)測(cè)定對(duì)UBC 的易感性。在某些實(shí)施方案中，易感性的測(cè)定包括將核酸序列數(shù)據(jù)與數(shù)據(jù)庫(kù)相比較，所述數(shù) 據(jù)庫(kù)包含來(lái)自本文中描述的標(biāo)志(例如表1、4和5中顯示的標(biāo)志)和/或與它們處于連鎖 不平衡中的標(biāo)志的多態(tài)型標(biāo)志與對(duì)UBC的易感性之間的對(duì)比數(shù)據(jù)?？梢岳缫圆檎冶淼姆?式提供序列數(shù)據(jù)庫(kù)，所述查找表包含表示針對(duì)任何一個(gè)或多個(gè)特定多態(tài)型的對(duì)UBC的易感 性的數(shù)據(jù)。所述數(shù)據(jù)庫(kù)還可包括表示針對(duì)包含至少2個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的特定單倍型的易感性 的數(shù)據(jù)。在本方法的一些實(shí)施方案中，rs96^880中的等位基因T、rs710521中的等位基 因A、rsl2982672中的等位基因G、rsl2584999中的等位基因A、rs233716中的等位基因 A、rs233722中的等位基因T、rsl0240737中的等位基因A、rsl7418689中的等位基因G和 rs4733677中的等位基因T的存在標(biāo)示對(duì)膀胱癌增加的易感性。如在本文中更詳細(xì)地描述的，所述至少一個(gè)等位基因或單倍型的存在在一些實(shí)施 方案中表示對(duì)膀胱癌增加的易感性，相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)度(RR)或比值比(OR)為至少1.20。
在一些其它實(shí)施方案中，由所述至少一個(gè)等位基因或單倍型的存在賦予的易感性 是減少的易感性。將要理解，在一些實(shí)施方案中，所述方法還可包括分析非基因信息以進(jìn)行個(gè)體的 風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、診斷或預(yù)后。這樣的非基因信息可包括但不限于受試者的年齡、性別、種族、社會(huì) 經(jīng)濟(jì)地位、以前的疾病診斷、受試者的醫(yī)藥史、膀胱癌的家族史、對(duì)化學(xué)品的職業(yè)暴露史、生 物化學(xué)測(cè)量和臨床測(cè)定中的一個(gè)或多個(gè)信息。如在本文中進(jìn)一步論述的，關(guān)于所述個(gè)體的 吸煙習(xí)慣和/或吸煙史的信息在本發(fā)明的遺傳評(píng)估方面可特別有用。在另外的方面，提供用于評(píng)估人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的試劑盒。該試劑盒可 包括用于選擇性檢測(cè)個(gè)體基因組中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因的試劑，其 中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡中 的標(biāo)志，以及包含至少一個(gè)多態(tài)型與對(duì)膀胱癌的易感性之間的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)集。優(yōu)選，所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志是一個(gè)或多個(gè)上述標(biāo)志，包括但不限于 rs9642880(SEQ ID NO 1)或 rs710521 (SEQ ID NO :2)。在試劑盒的一些實(shí)施方案中，試劑包括至少一種與包含所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志 的個(gè)體基因組的片段雜交的連續(xù)寡核苷酸、緩沖液和可檢測(cè)標(biāo)記。在某些實(shí)施方案中，所述試劑盒中的試劑包括至少一對(duì)與獲自受試者的基因組核 酸區(qū)段的相反鏈雜交的寡核苷酸，其中各寡核苷酸引物對(duì)被設(shè)計(jì)用以選擇性擴(kuò)增個(gè)體基因 組的片段，所述片段包含一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志，其中所述片段的大小優(yōu)選為至少30個(gè)堿基對(duì)。在本發(fā)明的試劑盒的某些實(shí)施方案中，所述至少一個(gè)寡核苷酸與個(gè)體的基因組完 全互補(bǔ)。試劑盒可在一些實(shí)施方案中包括長(zhǎng)度為5至100個(gè)核苷酸的檢測(cè)寡核苷酸探 針；長(zhǎng)度為5至100個(gè)核苷酸的增強(qiáng)子寡核苷酸探針；和內(nèi)切核酸酶；其中所述檢測(cè)寡核苷 酸探針與其核苷酸序列示于表1 (SEQ IDNO :1-10)、表4 (SEQ ID NO :11-12)或表5 (SEQ ID NO 13-52)的核酸的第一區(qū)段特異性雜交，并且其中所述檢測(cè)寡核苷酸探針在其3'末端 包含可檢測(cè)標(biāo)記和在其5'末端包含猝滅部分；其中所述增強(qiáng)子寡核苷酸在長(zhǎng)度上為5至 100個(gè)核苷酸并且與相對(duì)于寡核苷酸探針為5'的核酸序列的第二區(qū)段互補(bǔ)，以便當(dāng)這兩 個(gè)寡核苷酸都與核酸雜交時(shí)增強(qiáng)子寡核苷酸相對(duì)于檢測(cè)寡核苷酸探針位于3'；其中單個(gè) 堿基缺口存在于第一區(qū)段與第二區(qū)段之間，以便當(dāng)寡核苷酸探針和增強(qiáng)子寡核苷酸探針都 與核酸雜交時(shí)，單個(gè)堿基缺口存在于寡核苷酸之間；以及其中當(dāng)檢測(cè)探針與核酸雜交時(shí)，用 內(nèi)切核酸酶處理核酸將從檢測(cè)探針的3'末端切割可檢測(cè)標(biāo)記以釋放游離可檢測(cè)標(biāo)記。獲取核酸序列數(shù)據(jù)可以在某些實(shí)施方案中包括獲取人個(gè)體的生物樣品和分析樣 品的核酸中的至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的序列。分析序列可包括確定所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志 的至少一個(gè)等位基因是否存在。特定易感性等位基因(例如，有風(fēng)險(xiǎn)的等位基因)的存在 的確定標(biāo)示著人個(gè)體中對(duì)病癥的易感性。特定易感性等位基因的不存在的確定標(biāo)示著所述 特定易感性不存在于個(gè)體。在一些實(shí)施方案中，獲取核酸序列數(shù)據(jù)包括從既存記錄獲得核酸序列信息。所述 既存記錄可以例如是包含序列數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)文件或數(shù)據(jù)庫(kù)，所述序列數(shù)據(jù)例如人個(gè)體的、 至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的基因型數(shù)據(jù)。
可將通過(guò)本發(fā)明的診斷方法測(cè)定的易感性報(bào)告給特定的實(shí)體。在一些實(shí)施方案 中，至少一個(gè)實(shí)體選自個(gè)體、個(gè)體的監(jiān)護(hù)人、基因服務(wù)提供商、醫(yī)生、醫(yī)療機(jī)構(gòu)和醫(yī)療保險(xiǎn)公 司。在另一個(gè)方面，本發(fā)明涉及診斷人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的方法，該方法包括確定至 少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中是否存在，其中所述至少 一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志與UBC關(guān)聯(lián)，并且所述至少一個(gè)等位基因的存在標(biāo)示著對(duì)UBC的易感性。特 別地，所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志來(lái)自表1、4和5中的標(biāo)志和與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo) 志的組。該方法還可包括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在個(gè)體的基因型數(shù) 據(jù)集中是否存在。在另外的方面，提供了用于對(duì)獲自處于發(fā)生膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)中或經(jīng)診斷患有所述 疾病的人個(gè)體的核酸樣品基因分型的方法，其包括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè) 等位基因在樣品中是否存在，其中所述至少一個(gè)標(biāo)志選自下組rs9642880、rs71052U rsl2982672、rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以 及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因是 否存在標(biāo)示對(duì)膀胱癌的易感性。所述至少一個(gè)標(biāo)志優(yōu)選選自rs9642880(SEQ ID NO 1)和 rs710521 (SEQ ID NO 2)。在一些實(shí)施方案中，基因分型法包括使用核苷酸引物對(duì)通過(guò)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) (PCR)擴(kuò)增包含至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的核酸的區(qū)段，所述核苷酸引物對(duì)側(cè)翼連接所述至少 一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志?？蛇M(jìn)行基因分型，但不限于使用方法例如等位基因特異性探針雜交、等位基因特 異性引物延伸、等位基因特異性擴(kuò)增、核酸測(cè)序、5'-外切核酸酶降解、分子信標(biāo)測(cè)定、 寡核苷酸連接測(cè)定、大小分析和單鏈構(gòu)象多態(tài)型分析(single-stranded conformation analysis)。在一些實(shí)施方案中，基因分型法包括-將核酸的拷貝在用于寡核苷酸探針與所述核酸的特異性雜交的條件下與檢測(cè)寡 核苷酸探針和增強(qiáng)子寡核苷酸探針接觸；其中-檢測(cè)寡核苷酸探針在長(zhǎng)度上為5至100個(gè)核苷酸并且與核酸的第一區(qū)段特異 性雜交，所述核酸的第一區(qū)段的核苷酸序列包含在SEQID NO=U SEQ ID NO 2或SEQ ID 11-52的任一個(gè)中；-檢測(cè)寡核苷酸探針在其3'末端包含可檢測(cè)標(biāo)記并且在其5'末端包含猝滅部 分；-增強(qiáng)子寡核苷酸在長(zhǎng)度上為5至100個(gè)核苷酸并且與核酸序列的第二區(qū)段互補(bǔ)， 所述核酸的第二區(qū)段的核苷酸序列相對(duì)于寡核苷酸探針為5'，以便當(dāng)兩個(gè)寡核苷酸探針 都與核酸雜交時(shí)增強(qiáng)子寡核苷酸探針相對(duì)于檢測(cè)寡核苷酸探針位于3'；和-在第一區(qū)段與第二區(qū)段之間存在單個(gè)堿基缺口，以便當(dāng)寡核苷酸探針和增強(qiáng)子 寡核苷酸探針都與核酸雜交時(shí)，單個(gè)堿基缺口存在于寡核苷酸之間；-用內(nèi)切核酸酶處理核酸，當(dāng)檢測(cè)探針與核酸雜交時(shí)，所述內(nèi)切核酸酶將從檢測(cè)探 針的3'末端切割可檢測(cè)的標(biāo)記以釋放游離的可檢測(cè)標(biāo)記；和-測(cè)量游離的可檢測(cè)標(biāo)記，其中游離的可檢測(cè)標(biāo)記的存在表明所述檢測(cè)探針與核 酸的第一區(qū)段特異性雜交，以及表明多態(tài)型位點(diǎn)的序列為檢測(cè)探針的互補(bǔ)序列。
在本發(fā)明的另一個(gè)方面，提供了選擇進(jìn)行膀胱癌篩查程序的候選者的方法，該方 法包括使用本文中描述的方法評(píng)估一組個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性，其中將經(jīng)測(cè)定具有對(duì) 膀胱癌增加的易感性的個(gè)體選擇為進(jìn)行膀胱癌篩查程序的候選者。所述篩查程序優(yōu)選可選 自用于血尿、細(xì)胞檢查和尿細(xì)胞學(xué)的尿浸漬檢查法。本發(fā)明的另外方面提供了就針對(duì)膀胱癌治療劑的反應(yīng)的可能性評(píng)估個(gè)體的方法， 該方法包括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中是否 存在，其中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs96^880、rs710521、rsl29^672、rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡中 的標(biāo)志，其中所述至少一個(gè)標(biāo)志的所述至少一個(gè)等位基因的存在標(biāo)示對(duì)治療劑陽(yáng)性反應(yīng)的 可能性。本發(fā)明在另一方面提供了預(yù)測(cè)經(jīng)診斷患有膀胱癌的個(gè)體的預(yù)后的方法，該方法包 括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中是否存在，其 中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡中 的標(biāo)志，其中至少一個(gè)等位基因的存在標(biāo)示著個(gè)體的膀胱癌的惡化預(yù)后。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了監(jiān)控正在經(jīng)歷膀胱癌治療的個(gè)體的治療進(jìn)展的方 法，該方法包括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中 是否存在，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志適當(dāng)?shù)剡x自rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于 連鎖不平衡中的標(biāo)志，其中所述至少一個(gè)等位基因的存在標(biāo)示著個(gè)體的治療結(jié)果。在某些 實(shí)施方案中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志可選自rs9642880(SEQ IDNO 1)、rs710521 (SEQ ID NO 2) 和與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志。本發(fā)明的另一個(gè)方面提供了寡核苷酸探針在制備用于診斷和/或評(píng)估人個(gè)體對(duì) 膀胱癌的易感性的試劑中的用途，其中將探針與其核苷酸序列示于SEQ ID NO=U SEQ ID NO :2或SEQ ID NO :11-52中的核酸的區(qū)段雜交，其中所述探針在長(zhǎng)度上可以為15至500 個(gè)核苷酸。本發(fā)明在另外方面提供了具有用于測(cè)定個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的計(jì)算機(jī)可執(zhí) 行指令的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)(computer readable medium)，該計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括-標(biāo)示著至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的數(shù)據(jù)；和-存儲(chǔ)在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上并且適合于用處理器執(zhí)行以確定所述至少一個(gè)多態(tài)型 標(biāo)志的患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的例程，其中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs96^880、rs710521、 rsl2982672、rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以 及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志。在一些實(shí)施方案中所述代表至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的數(shù)據(jù)包括標(biāo)示對(duì)與所述至少 一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志相關(guān)聯(lián)的膀胱癌的易感性的參數(shù)。在某些實(shí)施方案中，所述數(shù)據(jù)可包括標(biāo) 示著在所述個(gè)體中所述至少一個(gè)等位基因標(biāo)志的等位基因狀態(tài)的數(shù)據(jù)。所述例程在一些實(shí)施方案中可適合于接受標(biāo)示著所述至少一個(gè)等位基因標(biāo)志在 所述個(gè)體中的等位基因狀態(tài)的輸入數(shù)據(jù)。如可被理解的，所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志優(yōu)選選自本文中描述的標(biāo)志，包括表KSEQ ID NO :1-10)、表 4 (SEQ ID NO :11-12)和表 5 (SEQID NO 13-52)中所列的標(biāo)志以及 與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志。在相關(guān)方面，提供了用于測(cè)定人個(gè)體中針對(duì)膀胱癌的遺傳指標(biāo)(indicator)的裝 置，其包括-處理器，-計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器，其具有適合在處理器上執(zhí)行用以就至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志分 析至少一個(gè)人個(gè)體的標(biāo)志和/或單倍型信息的計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，所述多態(tài)型標(biāo)志選自 下組rs9642880、rs710521、rsl2982672、rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、 rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，和產(chǎn)生基于標(biāo)志或單倍型 信息的輸出，其中所述輸出包括至少一個(gè)標(biāo)志或單倍型的風(fēng)險(xiǎn)度測(cè)量作為人個(gè)體的膀胱癌 的遺傳指標(biāo)。所述裝置的計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器在一些實(shí)施方案中包括標(biāo)示著至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo) 志的至少一個(gè)等位基因或至少一個(gè)單倍型在多個(gè)經(jīng)診斷患有膀胱癌或呈現(xiàn)膀胱癌相關(guān)癥 狀的個(gè)體中的頻率的數(shù)據(jù)，和標(biāo)示著至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因或至少一個(gè) 單倍型在多個(gè)參照個(gè)體中的頻率的數(shù)據(jù)，其中風(fēng)險(xiǎn)度測(cè)量基于人個(gè)體的至少一個(gè)標(biāo)志和/ 或單倍型狀態(tài)與標(biāo)示著多個(gè)經(jīng)診斷患有膀胱癌的個(gè)體的至少一個(gè)標(biāo)志和/或單倍型頻率 的信息的數(shù)據(jù)的比較。在一個(gè)實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器還包括標(biāo)示著至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少 一個(gè)等位基因或至少一個(gè)單倍型在多個(gè)經(jīng)診斷患有病癥的個(gè)體中的頻率的數(shù)據(jù)，以及標(biāo)示 著至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因或至少一個(gè)單倍型在多個(gè)參照個(gè)體中的頻率 的數(shù)據(jù)，并且其中發(fā)生病癥的風(fēng)險(xiǎn)度測(cè)量基于至少一個(gè)等位基因或單倍型在經(jīng)診斷患有病 癥的個(gè)體中的頻率與參照個(gè)體中的頻率的比較。等位基因是否存在的確定意味著特定等位基因或備選地多個(gè)等位基因是否存在 的確定。二等位基因標(biāo)志(對(duì)于所述標(biāo)志只可能存在2個(gè)等位基因)的一個(gè)特定等位基因 是否存在的確定間接提供了關(guān)于交互等位基因是否存在的信息。例如，對(duì)于C/T SNP多態(tài) 型，特定基因組中SNP上C的不存在的確定意味著該基因組包含2個(gè)拷貝的交互等位基因 (T等位基因)。一個(gè)拷貝的C等位基因的存在的確定同樣地表明一個(gè)拷貝的交互T等位基 因的存在。對(duì)于具有超過(guò)2個(gè)可能的等位基因的多態(tài)型例如微衛(wèi)星，等位基因是否存在的 確定本身不提供關(guān)于標(biāo)志的其它等位基因是否存在的信息。在某些實(shí)施方案中，鑒定特定 等位基因的本體，即測(cè)定特定等位基因位點(diǎn)上的核苷酸序列。此類(lèi)實(shí)施方案直接表明特定 等位基因是否存在。在本發(fā)明的某些實(shí)施方案中，連鎖不平衡以連鎖不平衡測(cè)量r2和ID' I的特定數(shù) 值表征。在某些實(shí)施方案中，遺傳元素(例如標(biāo)志)之間的連鎖不平衡定義為r2 > 0. 1 (r2 大于0. 1)。換句話說(shuō)，具有大于0. 1的相關(guān)系數(shù)r2的遺傳標(biāo)志被認(rèn)為處于連鎖不平衡中。 在一些實(shí)施方案中，連鎖不平衡被定義為r2 > 0. 2。其它實(shí)施方案可包括連鎖不平衡的其 它定義，例如 r2 > 0. 25、r2 > 0. 3、r2 > 0. 35、r2 > 0. 4、r2 > 0. 45、r2 > 0. 5、r2 > 0. 55、 r2 > 0. 6、r2 > 0. 65、r2 > 0. 7、r2 > 0. 75、r2 > 0. 8、r2 > 0. 85、r2 > 0. 9、r2 > 0. 95、r2 > 0.96、1~2>0.97、1~2>0.98或1~2>0.99。在某些實(shí)施方案中連鎖不平衡還可定義為|D' >0.2 或定義為 |D' |>0.3、|D' |>0.4、|D' |>0.5、|D' |>0.6、|D' |>0.7、D' I >0.8、|D' I >0.9、ID' |>0.95、|D' |>0.98或|0' | >0.99。在某些實(shí) 施方案中，連鎖不平衡被定義為滿足r2和ID' ι兩個(gè)標(biāo)準(zhǔn)，例如r2> 0.2并且ID' > 0.8。r2和ID' I的值的其它組合也是可能的并且在本發(fā)明的范圍內(nèi)，包括但不限于上文 所示的這些參數(shù)的值。附圖概述本發(fā)明的上述和其它目的、特征和有利方面由以下本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方案的更具 體的描述將變得透徹。

圖1 染色體8q24. 21上的癌癥相關(guān)區(qū)域的結(jié)構(gòu)和關(guān)聯(lián)性結(jié)果的圖解視圖A)染色體8q24上800kb間隔(128. 1-128. 9Mb、NCBI B35)中成對(duì)相關(guān)結(jié)構(gòu)。上 方曲線顯示來(lái)自HapMap (v21) CEU數(shù)據(jù)集的959個(gè)常見(jiàn)SNP (MAF > 5% )的成對(duì)D'。下方 曲線顯示相應(yīng)的r2值。B)來(lái)自HapMap (v21) Phase II數(shù)據(jù)的以cM/Mb表示的評(píng)估的重組率(saRR)。C)已知基因在區(qū)域中的定位D)在進(jìn)行初次掃描的地區(qū)(冰島和荷蘭)測(cè)試的全部SNP的與膀胱癌的關(guān)聯(lián)性的 圖解視圖。還標(biāo)示(紅色箭頭)有之前鑒定的與前列腺癌O^rCa)、乳腺癌(BrCa)和結(jié)直腸 癌(CoCa)的關(guān)聯(lián)性的位置。圖2 用于實(shí)現(xiàn)本發(fā)明的示例性計(jì)算機(jī)系統(tǒng)的圖解視圖。發(fā)明詳述定義除非另外指出，否則核酸序列以5'至3'方向從左向右書(shū)寫(xiě)。說(shuō)明書(shū)中引用的數(shù) 值范圍包括界定范圍的數(shù)字并且包括界定的范圍內(nèi)的每一個(gè)整數(shù)或任意非整數(shù)分?jǐn)?shù)。除非 另外定義，否則本文中使用的全部技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域的技術(shù)人員的通 常理解相同的意義。在本說(shuō)明書(shū)中下列術(shù)語(yǔ)將具有所指出的意義如本文中所描述的“多態(tài)型標(biāo)志”，有時(shí)稱(chēng)為“標(biāo)志”意指基因組多態(tài)型位點(diǎn)。各多 態(tài)型標(biāo)志在多態(tài)型位點(diǎn)上具有特定等位基因的至少2個(gè)序列差異特征。因此，多態(tài)型標(biāo)志 的遺傳關(guān)聯(lián)性(genetic association)意指存在與該特定多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)特定等位 基因的關(guān)聯(lián)性。標(biāo)志可包括基因組中發(fā)現(xiàn)的任何變型的任何等位基因，包括SNP、小衛(wèi)星或 微衛(wèi)星、易位和拷貝數(shù)變化(插入、缺失、重復(fù))。多態(tài)型標(biāo)志在群體中可具有任何可測(cè)量的 頻率。為了定位疾病基因，具有高于5-10%的群體頻率的多態(tài)型標(biāo)志通常最為有用。然而， 多態(tài)型標(biāo)志還可具有更低的頻率，例如1-5%的頻率或甚至更低的頻率，特別是拷貝數(shù)變異 (CNV)。在本發(fā)明書(shū)中，術(shù)語(yǔ)將被用來(lái)包括具有任何群體頻率的多態(tài)型標(biāo)志?！暗任换颉币庵溉旧w上給定的基因座(位置)的核苷酸序列。因此多態(tài)型標(biāo) 志等位基因意指染色體上標(biāo)志的組成(即，序列)。個(gè)體的基因組DNA對(duì)于任何給定的多 態(tài)型標(biāo)志包含2個(gè)等位基因(例如，等位基因特異性序列)，代表各染色體上標(biāo)志的每一個(gè) 拷貝。本文中使用的核苷酸的序列碼是:A = 1、C = 2、G = 3、T = 4。對(duì)于微衛(wèi)星等位基 因，將 CEPH 樣品(Centre d' Etudes du Polymorphisme Humain、基因組數(shù)據(jù)庫(kù)、CEPH 樣 品1347-02)用作參照，將該樣品中各微衛(wèi)星的較短等位基因設(shè)置為0并且根據(jù)該參照給其 它樣品中所有其它等位基因編號(hào)。因此，例如等位基因1比CEPH樣品中的所述較短等位基因長(zhǎng)lbp，等位基因2比CEPH樣品中的所述較短等位基因長(zhǎng)2bp，等位基因3比CEPH樣品 中的所述較短等位基因長(zhǎng)3bp等，以及等位基因-1比CEPH樣品中的所述較短等位基因短 lbp，等位基因-2比CEPH樣品中的所述較短等位基因短2bp等。本文中所述的序列共核苷酸錯(cuò)讀(Sequence conucleotideambiguity)是如 IUPAC-IUB所提出的。此類(lèi)代碼與由EMBL、GenBank和MR數(shù)據(jù)庫(kù)使用的代碼兼容。
權(quán)利要求
1.測(cè)定人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的方法，其包括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一 個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中或在來(lái)源于個(gè)體的基因型數(shù)據(jù)集中是否存在，其中至 少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、rs233716、 rs233722、rsl0240737、rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，并 且其中至少一個(gè)等位基因的存在的確定標(biāo)示著個(gè)體對(duì)膀胱癌的易感性。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、 rsl2547643 和 rsl7186926。
3.權(quán)利要求1或權(quán)利要求2的方法，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志是rs9642880。
4.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rS710521、rs6780M0、 rs981798U rs9818301、rs2056124、rs2378526、rsl913720、rsl7448036、rsl913721、 rsll924151、rs3773928、rs6783043、rsl399773、rsl399774、rs6790167、rs9865857、 rs9882348、rs9812089、rs7610966、rsl515490、rs7613791、rsl543969、rsl2107036、 rsl554132、 rs6790068、 rs4687100、 rs9681004、 rs4687102、 rsl7514925、 rs7628595、 rs7642848、rsl2493699、rsl2490406、rsl447931、rs4479569、rs4687103、rs4687104、 rsl2491886、rsll706540、rs837776 和 rs710555。
5.權(quán)利要求4的方法，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志是rs710521。
6.前述權(quán)利要求的任一項(xiàng)的方法，其還包括評(píng)估個(gè)體中至少一個(gè)包含至少2個(gè)多態(tài)型 標(biāo)志的單倍型頻率。
7.前述權(quán)利要求的任一項(xiàng)的方法，其中由至少一個(gè)等位基因或單倍型的存在賦予的易 感性是增加的易感性。
8.權(quán)利要求7的方法，其中rs96^880中的等位基因T、rs710521中的等位基因A、 rsl2982672中的等位基因G、rsl2584999中的等位基因A、rs233716中的等位基因A、 rs233722中的等位基因T、rsl0240737中的等位基因A、rsl7418689中的等位基因G和 rs4733677中的等位基因T的存在標(biāo)示著對(duì)膀胱癌增加的易感性。
9.權(quán)利要求7或8的方法，其中至少一個(gè)等位基因或單倍型的存在標(biāo)示著對(duì)膀胱癌增 加的易感性，相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)度(RR)或比值比(OR)為至少1.20。
10.權(quán)利要求1至6的任一項(xiàng)的方法，其中通過(guò)至少一個(gè)等位基因或單倍型的存在賦予 的易感性是減少的易感性。
11.前述權(quán)利要求的任一項(xiàng)的方法，其還包括分析非遺傳信息以進(jìn)行個(gè)體的風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估、 診斷或預(yù)后。
12.權(quán)利要求11的方法，其中所述非遺傳信息選自受試者的年齡、性別、種族、社會(huì)經(jīng) 濟(jì)地位、以前的疾病診斷、醫(yī)療史、膀胱癌的家族史、對(duì)化學(xué)品的職業(yè)暴露史、生物化學(xué)測(cè)量 和臨床測(cè)量。
13.權(quán)利要求11的方法，其中非遺傳信息包括關(guān)于所述個(gè)體的吸煙習(xí)慣和/或吸煙史 的信息。
14.測(cè)定人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的方法，該方法包括獲得關(guān)于人個(gè)體的核酸序列數(shù)據(jù)用于鑒定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因， 所述標(biāo)志選自下組rs9642880、rs71052U rsl2982672, rsl2584999、rs233716、rs233722、 rsl0240737, rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的不同等位基因與對(duì)人膀胱癌的不同易感性關(guān)聯(lián)，和根據(jù)核酸序列數(shù)據(jù)測(cè)定對(duì)膀胱癌的易感性。
15.權(quán)利要求14的方法，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs96^880(SEQ ID NO 1)和rs710521 (SEQ ID NO 2)以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志。
16.權(quán)利要求15的方法，其中與rs964^80處于連鎖不平衡中的標(biāo)志選自下組 rsl2547643 和 rsl7186926。
17.用于評(píng)估人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的試劑盒，所述試劑盒包括用于選擇性檢測(cè)個(gè)體基因組中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因的試劑，其 中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡中 的標(biāo)志，和包括至少一個(gè)多態(tài)型與對(duì)膀胱癌的易感性之間的關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)的數(shù)據(jù)集。
18.權(quán)利要求17的試劑盒，其中所述數(shù)據(jù)集存在于計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上。
19.權(quán)利要求17或18的試劑盒，其中所述試劑盒包括用于檢測(cè)個(gè)體的基因組中不超過(guò) 20個(gè)等位基因的試劑。
20.用于選擇進(jìn)行膀胱癌篩查程序的候選者的方法，該方法包括使用權(quán)利要求1或權(quán)利要求14的方法評(píng)估一組個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性，其中將經(jīng)測(cè) 定具有對(duì)膀胱癌增加的易感性的個(gè)體被選擇為進(jìn)行膀胱癌篩查程序的候選者。
21.權(quán)利要求20的方法，其中所述篩查程序選自用于血尿、細(xì)胞檢查和尿細(xì)胞學(xué)的尿 浸漬檢查法。
22.就針對(duì)膀胱癌治療劑的反應(yīng)的可能性進(jìn)行個(gè)體評(píng)估的方法，該方法包括確定 至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中是否存在，其中至少 一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、rs233716、 rs233722、rsl0240737、rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，其 中所述至少一個(gè)標(biāo)志的所述至少一個(gè)等位基因的存在標(biāo)示著對(duì)所述治療劑的陽(yáng)性反應(yīng)的 可能性。
23.預(yù)測(cè)經(jīng)診斷患有膀胱癌的個(gè)體的預(yù)后的方法，該方法包括確定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo) 志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中是否存在，其中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自 下組rs9642880、rs710521、rsl2982672、rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、 rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，其中至少一個(gè)等位基因的 存在標(biāo)示個(gè)體的膀胱癌的惡化預(yù)后。
24.監(jiān)控正在經(jīng)歷膀胱癌治療的個(gè)體的治療進(jìn)展的方法，該方法包括確定至少一個(gè)多 態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因在獲自個(gè)體的核酸樣品中是否存在，其中所述至少一個(gè)多態(tài) 型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672、rsl2584999、rs233716、rs233722、 rsl0240737, rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，其中所述至 少一個(gè)等位基因的存在標(biāo)示著個(gè)體的治療結(jié)果。
25.權(quán)利要求22至M的任一項(xiàng)的方法，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組 rs9642880、rsl2547643 和 rsl7186926。
26.寡核苷酸探針在制造用于診斷和/或評(píng)估人個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的診斷試劑中的用途，其中所述探針能夠與其核苷酸序列示于SEQID NO=USEQ ID NO :2或SEQ ID NO 11-52的任一個(gè)中的核酸區(qū)段雜交，并且其中所述探針的長(zhǎng)度為15至500個(gè)核苷酸。
27.具有用于測(cè)定個(gè)體中對(duì)膀胱癌的易感性的計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)， 所述計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)包括標(biāo)識(shí)至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的數(shù)據(jù)；存儲(chǔ)在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)上并且適合于由處理器執(zhí)行以確定所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志 的患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的例程，其中所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志選自下組rs9642880、rs710521、rsl2982672, rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于 連鎖不平衡中的標(biāo)志。
28.權(quán)利要求27的計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)，其中標(biāo)示著至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的所述數(shù)據(jù)包括 標(biāo)示與所述至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志關(guān)聯(lián)的患膀胱的風(fēng)險(xiǎn)的參數(shù)。
29.用于測(cè)定人個(gè)體中膀胱癌的遺傳指標(biāo)的裝置，其包括處理器，計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器，其具有適合在處理器上執(zhí)行用以就至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志分析 至少一個(gè)人個(gè)體的標(biāo)志和/或單倍型信息的計(jì)算機(jī)可執(zhí)行指令，所述多態(tài)型標(biāo)志選自下 組rs9642880、rs710521、rsl2982672、rsl2584999、rs233716、rs233722、rsl0240737、 rsl7418689和rs4733677以及與它們處于連鎖不平衡中的標(biāo)志，和產(chǎn)生基于所述標(biāo)志或單 倍型信息的輸出，其中所述輸出包括至少一個(gè)標(biāo)志或單倍型的風(fēng)險(xiǎn)度測(cè)量作為人個(gè)體的膀 胱癌的遺傳指標(biāo)。
30.權(quán)利要求四的裝置，其中計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)器還包括標(biāo)示著多個(gè)經(jīng)診斷患有病癥的 個(gè)體中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因或至少一個(gè)單倍型頻率的數(shù)據(jù)，和標(biāo)示著 多個(gè)參照個(gè)體中至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志的至少一個(gè)等位基因或至少一個(gè)單倍型頻率的數(shù)據(jù)， 并且發(fā)生病癥的風(fēng)險(xiǎn)度測(cè)量基于經(jīng)診斷患有病癥的個(gè)體與參照個(gè)體中至少一個(gè)等位基因 或單倍型頻率的比較。
31.評(píng)估受試者患膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)的方法，該方法包括a)在受試者的基因組中獲取關(guān)于人受試者的序列信息用于鑒定至少一個(gè)多態(tài)型標(biāo)志 的至少一個(gè)等位基因，所述標(biāo)志選自下組rs96^880、rs710521、rsl29^672、rsl2584999、 rs233716、rs233722、rsl0240737、rsl7418689 和 rs4733677 以及與它們處于連鎖不平衡中 的標(biāo)志；b)將所述序列信息表示為數(shù)字遺傳特征數(shù)據(jù)；c)電子處理數(shù)字遺傳特征數(shù)據(jù)以產(chǎn)生針對(duì)個(gè)體的患膀胱癌風(fēng)險(xiǎn)的評(píng)估報(bào)告；和d)將所述風(fēng)險(xiǎn)性評(píng)估報(bào)告展示在輸出設(shè)備上。
全文摘要
已發(fā)現(xiàn)某些遺傳變型與人的膀胱癌的風(fēng)險(xiǎn)關(guān)聯(lián)。本發(fā)明涉及此類(lèi)變型在膀胱癌的疾病處治方法包括各種診斷方法中的用途。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102137937SQ200980133354
公開(kāi)日2011年7月27日 申請(qǐng)日期2009年7月3日 優(yōu)先權(quán)日2008年7月9日
發(fā)明者P·蘇勒姆, S·斯羅拉瑟斯 申請(qǐng)人:解碼遺傳學(xué)私營(yíng)有限責(zé)任公司