專利名稱：用于hcv治療應(yīng)答的生物標(biāo)志物的制作方法
用于HCV治療應(yīng)答的生物標(biāo)志物本發(fā)明涉及用于預(yù)測(cè)丙型肝炎病毒感染的患者對(duì)藥物治療的應(yīng)答的方法。在全世界，丙型肝炎病毒(HCV)是主要的健康問題并且是慢性肝病的主要原因 (Boyer，N.等人，J. Hepatol. 2000 32 :98-112)。感染了 HCV的患者有惡化為肝硬化以及隨后的肝細(xì)胞癌的風(fēng)險(xiǎn)，因此，HCV是肝移植的主要指征。根據(jù)世界衛(wèi)生組織，世界范圍存在超過2億感染個(gè)體，每年至少3百萬至4百萬人感染。一旦被感染，約20%的人清除該病毒，但其余人可以余生攜帶HCV。10%至20%的慢性感染個(gè)體最終發(fā)展為破壞肝臟的肝硬化癥或癌癥。這種病毒病以腸胃外方式由污染的血液和血液制品傳播、由污染的針頭傳播、或者以性方式傳播或者從感染母親或攜帶母親垂直地傳播至后代。由于抗性發(fā)展迅速，針對(duì)HCV感染的現(xiàn)有療法具有有限的臨床益處，其中所述的現(xiàn)有療法限于用重組干擾素-α單獨(dú)或與核苷類似物利巴韋林聯(lián)合的免疫治療。迫切需要有效戰(zhàn)勝慢性HCV感染的改進(jìn)的治療劑。已經(jīng)將HCV分類為黃病毒科(flaviviridae)的成員，其中所述黃病毒科包括黃病毒屬(flaviviruses)、癌疫病毒屬(pestiviruses)禾口月干炎病毒屬(hapaceiviruses)，其中所述肝炎病毒屬包括丙型肝炎病毒(Rice, C. Μ.，F(xiàn)laviviridae :The viruses and their replication.在 Fields Virology—書中，編輯Fields，B. N.，Knipe, D. Μ.，禾口 Howley， P.M.，Lippincott-Raven 出版社，Philadelphia, Pa.，第 30 章，931-959，1996)。HCV 為包含有大約9. 4kb正義單鏈RNA基因組的包膜病毒。病毒基因組由5’非翻譯區(qū)(UTR)、編碼大約3011個(gè)氨基酸的多蛋白前體的長(zhǎng)可讀框(ORF)和短的3’ UTR組成。5’ UTR是HCV基因組最高度保守的部分，并且對(duì)多蛋白翻譯的起始和控制很重要。HCV的遺傳分析鑒定出六個(gè)DNA序列趨異超過30%的主要基因型。每一種基因型含有一系列更密切相關(guān)的顯示出20-25%的核苷酸序列差異的亞型(Simmonds，P. 2004 J. Gen. Virol. 85 :3173-88)。已經(jīng)區(qū)分了 30個(gè)以上的亞型。在美國(guó)，大約70%的感染個(gè)體具有Ia和Ib型感染。在亞洲，Ib型是最普遍的亞型(X. Forns和J.Bukh，Clinics in Liver Disease 1999 3 :693-716 ; J. Bukh 等人，Semin. Liv. Dis. 1995 15:41-63)。不幸地是，1 型感染比2型或3型基因型感染更加耐受治療(N. N. Zein, Clin. Microbiol. Rev.，200013 223-235)。瘟病毒和肝炎病毒的ORF的非結(jié)構(gòu)蛋白部分的基因組織和多聚蛋白加工是非常相似的。這些正鏈RNA病毒具有單一的大可讀框(ORF)，編碼病毒復(fù)制必需的全部病毒蛋白。這些蛋白質(zhì)作為多聚蛋白表達(dá)，其中所述的多聚蛋白經(jīng)細(xì)胞蛋白酶和病毒編碼的蛋白酶共翻譯和翻譯后地加工以產(chǎn)生成熟的病毒蛋白。負(fù)責(zé)病毒基因組RNA復(fù)制的病毒蛋白大約定位于羧基端。ORF的三分之二稱為非結(jié)構(gòu)(NS)蛋白。對(duì)于瘟病毒和肝炎病毒而言，成熟的非結(jié)構(gòu)(NS)蛋白從非結(jié)構(gòu)蛋白編碼區(qū)的氨基端至該ORF羧基端的依次順序由p7、NS2、 NS3、NS4A、NS4B、NS5A 和 NS5B 組成。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白共有以特定蛋白質(zhì)功能為特征的序列結(jié)構(gòu)域。例如， 這兩組病毒中的病毒NS3蛋白具有屬于絲氨酸蛋白酶特征的氨基酸序列基序和屬于解旋酶特征的氨基酸序列基序(Gorbalenya 等人，Nature 1988 333 :22 ;Bazan 和 Fletterick，Virology 1989，171 :637-639 ;Gorbalenya等人，Nucleic Acid Res. 1989，17，3889-3897)。 類似地，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白具有屬于RNA指導(dǎo)的RNA聚合酶特征的基序 (Koonin, Ε. V.和 Dolja, V. V.，Crit. Rev. Biochem. Molec. Biol. 1993，28 :375-430)。瘟病毒和肝炎病毒的NS蛋白在病毒生活周期中的實(shí)際作用和功能是直接類似的。在這兩種情況下，NS3絲氨酸蛋白酶負(fù)責(zé)ORF中其位置下游的多聚蛋白前體的所有蛋白酶解加工(Wiskerchen 和 Collett, Virology, 1991，184 :341-350 ；Bartenschlager 等人，J. Virol. 1993,67 :3835-3844 ；Eckart 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1993,192 399-406 ；Grakoui 等人，J. Virol. 1993,67 :2832-2843 ；Grakoui 等人，Proc. Natl. Acad. Sci.USA 1993,90 :10583-10587 ；Ilijikata 等人，J. Virol. 1993,67 :4665-4675；Tome 等人，J.Virol. 1993，67 :4017-4026)。在這兩種情況下，NS4A蛋白均作為輔因子與NS3絲氨酸蛋白酶作用(Bartenschlager 等人，J. Virol. 1994,68 :5045-5055 ；Failla 等人， J. Virol. 1994,68 :3753-3760 ；Xu 等人，J Virol. 1997,71 :5312-5322)。這兩組病毒的 NS3 蛋白均也發(fā)揮解旋酶的作用(Kim 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1995,215 :160-166 ； Jin 禾口 Peterson, Arch.Biochem. Biophys. 1995,323 :47-53 ；Warrener 禾口 Collett, J.Virol. 1995 69 :1720-1726) 0最后，瘟病毒和肝炎病毒的NS5B蛋白均具有預(yù)測(cè)的RNA指導(dǎo)的 RNA 聚合酶活性(Behrens 等人，EMBO 1996，15 :12-22 ；Lechmann 等人，J. Virol. 1997， 71 :8416-8428 ；Yuan 等人，Biochem. Biophys. Res. Comm. 1997,232 :231-235 ；Hagedorn,PCT WO 97/12033 ；Zhong 等人，J. Virol. 1998，72 :9365-9369)。目前，僅有有限數(shù)量經(jīng)批準(zhǔn)的療法可以用來治療HCV感染。下列文獻(xiàn)綜述了用來治療HCV和抑制HCV NS5B聚合酶的新的以及現(xiàn)有的治療方法R. G. Gish, Sem. Liver. Dis.,1999 19 5 ；Di Besceglie, A.M.禾口 Bacon，B. R.，Scientific American,1999 年 10 月，80-85 ;G. Lake-Bakaar, Current and Future Therapy for Chronic Hepatitis C Virus Liver Disease, Curr. Drug Targ. Infect Dis. 2003 3(3) :247-253 ；P. Hoffmann 等人，Recent patents on experimental therapy for hepatitis C virus infection (1999-2002), Exp. Opin. Ther. Patents 2003 13 (11) :1707-1723 ;F. F. Poordad 等人， Developments in Hepatitis C therapy during 2000-2002, Exp. Opin. Emerging Drugs 2003 8(1) :9-25 ；M. P.Walker 等 K, Promising Candidates for the treatment of chronic hepatitis C, Exp.Opin. investing. Drugs 2003 12 (8) :1269-1280 ；S. -L. Tan 等人，Hepatitis C Therapeutics :Current Status and Emerging Strategies, Nature Rev. Drug Discov. 2002 1 :867-881 ；R. De Francesco 等人，Approaching a new era for hepatitis C virus therapy :inhibitors of the NS3—4A serine protease and the NS5B RNA-dependent RNA polymerase, Antiviral Res. 2003 58 :1-16 ；Q. M. Wang ^A, Hepatitis C virus encoded proteins :targets for antiviral therapy, Drugs of the Future 2000 25(9) :933-8-944 ;J.A. Wu 禾口 Z. Hong，Targeting NS5B—D印endent RNA Polymerase for Anti-HCV Chemotherapy Cur. Drug Targ. -Inf. Dis. 2003 3:207-219。弓|
用了目前處于研發(fā)不同階段的化合物的文獻(xiàn)綜述在此以其整體引入作為參考。
權(quán)利要求
1.用于預(yù)測(cè)感染了丙型肝炎病毒基因型I(HCV-I)或丙型肝炎病毒基因型4(HCV-4)的人受試者對(duì)用干擾素、利巴韋林和HCV NS5B聚合酶抑制劑治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括(a)在所述治療的第2周左右時(shí)，提供來自所述受試者的樣品和(b)確定所述樣品中HCV-I或HCV-4RNA的水平，其中所述樣品中HCV-I或HCV-4RNA的不可檢測(cè)到的水平表明所述受試者對(duì)所述治療實(shí)現(xiàn)了持續(xù)病毒應(yīng)答的可能性。
2.權(quán)利要求1的方法，所述方法用于選擇用干擾素、利巴韋林和HCVNS5B聚合酶抑制劑治療的持續(xù)時(shí)間以在感染了 HCV-I或HCV-4的人受試者中實(shí)現(xiàn)持續(xù)的病毒應(yīng)答，其中在步驟(b)中檢測(cè)的HCV-I或HCV-4RNA的沒檢測(cè)到的水平表明所述治療的8周到12周之間的持續(xù)時(shí)間以在所述受試者中實(shí)現(xiàn)持續(xù)的病毒應(yīng)答。
3.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述治療包括每周180微克的干擾素、每日1000毫克或1200毫克的利巴韋林、和每日1500毫克的HCV NS5B聚合酶抑制劑的劑量。
4.權(quán)利要求1或3的方法，其中所述干擾素選自Pegasys (聚乙二醇干擾素a-2a)、 Peg-Intron (聚乙二醇干擾素 α -2b) >R0feron-A (干擾素 α _2a)和 htron a (干擾素α-2b)，并且所述HCV NS5B聚合酶抑制劑選自異丁酸(2R，3S，4R，5R) _5_ (4_氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-2-疊氮基-3，4- 二-異丁酰氧基-四氫呋喃-2-基甲酯、異丁酸QR，3R，4R，5R) -5- (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-4-氟代-3-異丁酰氧基_4_甲基-四氫呋喃-2-基甲酯、NM283和MK-0608。
5.權(quán)利要求1至4中任一項(xiàng)所述的方法，其中所述HCVNS5B聚合酶抑制劑選自異丁酸 QR，3S，4R，5R) -5- (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)~2~ 疊氮基 _3，4- 二 -異丁酰氧基-四氫呋喃-2-基甲酯或者異丁酸OR，3R，4R，5R) -5- (4-氨基-2-氧代-2H-嘧啶-1-基)-4-氟代-3-異丁酰氧基-4-甲基-四氫呋喃-2-基甲酯。
全文摘要
本發(fā)明基于在感染了丙型肝炎病毒基因型1(HCV-1)或基因型4(HCV-4)患者中的發(fā)現(xiàn)，如果患者的HCV RNA水平在包括干擾素α、利巴韋林和HCV聚合酶抑制劑的治療后短至兩周內(nèi)變得不可檢測(cè)到，則可以預(yù)測(cè)對(duì)所述治療的有益應(yīng)答。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102257159SQ200980150873
公開日2011年11月23日 申請(qǐng)日期2009年12月8日 優(yōu)先權(quán)日2008年12月18日
發(fā)明者Y·朱 申請(qǐng)人:弗·哈夫曼-拉羅切有限公司