專利名稱：用于診斷和治療卵巢癌的基于microRNA 的方法和組合物的制作方法
用于診斷和治療卵巢癌的基于microRNA的方法和組合物發(fā)明人David Ε· Cohn, Kimberly Ε. Resnick, Hansjuerg Alder, Carlo Μ. Croce交叉引用相關(guān)申請(qǐng)本申請(qǐng)要求2008年12月28日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)案61/120，123的權(quán)益，其全部公開內(nèi)容明確地通過引用合并入本文。關(guān)于聯(lián)邦政府支助的研究的聲明本發(fā)明是在無政府支助的情況下進(jìn)行的，因此政府在本發(fā)明中不具有權(quán)利。本發(fā)明的技術(shù)領(lǐng)域和工業(yè)適用性本發(fā)明總地說來涉及分子生物學(xué)領(lǐng)域。本發(fā)明的某些方面包括在卵巢癌相關(guān)病癥的診斷、治療和預(yù)后中的應(yīng)用。背景不承認(rèn)本部分中公開的背景技術(shù)在法律上構(gòu)成現(xiàn)有技術(shù)。在2008年，預(yù)期20，180個(gè)婦女被診斷為患有卵巢癌并且15，310個(gè)將死于該疾病 [1]。卵巢癌是其中只有20%的患者被診斷為患有I期疾病的毀滅性疾病[2]。與卵巢相關(guān)的不良預(yù)后是多因素導(dǎo)致的缺乏最低限度地侵襲性早期檢測(cè)測(cè)試，微妙的癥狀發(fā)展和腫瘤的化學(xué)抗性。即使出現(xiàn)了化學(xué)抗性測(cè)定，仍然難以預(yù)測(cè)藥物抗性并且只有10-15%的患者將在初步細(xì)胞毒性療法后保持緩解期延長(zhǎng)。雖然已廣泛實(shí)行每年一次的骨盆檢查，但其缺乏用作卵巢癌的篩查策略所需的靈敏度[3]。處于患卵巢癌的高風(fēng)險(xiǎn)中的婦女通?？衫媒?jīng)陰道超聲和血清CA-125進(jìn)行篩查。然而，CA-125仍然是用于早期疾病的較差標(biāo)志物，具有40%的記錄的靈敏度W，5]。此外，已顯示即使在高風(fēng)險(xiǎn)的經(jīng)篩查的群體中，新發(fā)病例(incident case)仍然更可能是晚期 [6]0可幫助確定治療計(jì)劃和預(yù)測(cè)化療結(jié)果的生物標(biāo)志物(biomarker)的鑒定在該患者群體中是高度期望的。存在關(guān)于microRNA在各種病理狀況中的作用的新出現(xiàn)的研究，所述病理狀況包括實(shí)體惡性腫瘤和惡性血液病。MicroRNA(miRNA)是小的22-25個(gè)核苷酸的非編碼RNA序列。此類序列通過在靶向3' UTR后對(duì)信使RNA轉(zhuǎn)錄物的翻譯抑制或降解來控制基因表達(dá)。 利用漂亮新小桿線蟲(Caenorhabditis elegans)的早期研究顯示，大量的此類序列在所有物種中是高度保守的，這證明miRNA在細(xì)胞分化、增殖和細(xì)胞周期控制中起重要作用[7]。 現(xiàn)已公認(rèn)，miRNA在惡性腫瘤中頻繁地失調(diào)。表達(dá)不足的miRNA例如肺癌中的let_7和白血病中的mir-15/16是分別抑制Ras和BCL2的腫瘤抑制基因[8，9]。過表達(dá)的miRNA例如 mir-21和簇mir-17-92是分別靶向?qū)嶓w惡性腫瘤和惡性血液病中的腫瘤抑制基因PTEN和 E2F1的癌基因(oncomirs) [10，11]。雖然婦科惡性腫瘤的miRNA研究處于初級(jí)階段，但最近已公布了卵巢癌的miRNA特征譜[12-14]。最近已揭示循環(huán)RNA在良性和惡性狀況中的診斷和預(yù)后效用。胎盤相關(guān)循環(huán) miRNA與妊娠進(jìn)展(pregnancy progression)相關(guān)[15]。在惡性狀態(tài)中，已顯示腎細(xì)胞癌患者的循環(huán)mRNA[16]以及來自患有彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤的患者的血清的miRNA[17]穩(wěn)定并且高效地預(yù)測(cè)惡性腫瘤以及存活。最近已顯示，卵巢癌患者的循環(huán)腫瘤外來體(exosome)的miRNA特征顯示與原發(fā)性腫瘤的miRNA表達(dá)的高度關(guān)聯(lián)性[18]。卵巢癌仍然是高度期望具有針對(duì)其的改進(jìn)的非侵襲性血清篩查測(cè)試的疾病。盡管對(duì)治療此類疾病的療法進(jìn)行了相當(dāng)多的研究，但它們?nèi)匀浑y以有效地診斷和治療，并且在患者中觀察到的死亡率表明，卵巢癌的診斷、治療和預(yù)防需要改進(jìn)。概述在第一廣泛的方面，本文中提供了方法，其診斷受試者是否患有卵巢相關(guān)病癥或處于發(fā)生卵巢相關(guān)病癥的風(fēng)險(xiǎn)中，確定患卵巢相關(guān)病癥的受試者的預(yù)后和/或治療患有卵巢相關(guān)病癥的受試者的卵巢相關(guān)病癥，其包括測(cè)量來自受試者的血清測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平，測(cè)試樣品中的生物標(biāo)志物的水平的改變表示受試者患有所述病癥，或處于發(fā)生所述病癥的風(fēng)險(xiǎn)中。在某些實(shí)施方案中，所述至少一種生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，測(cè)試樣品中生物標(biāo)志物的水平高于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平。在某些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為 miR-2U miR92, miR-93, miR-126和miRj9a或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為 miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，測(cè)試樣品中所述至少一種生物標(biāo)志物的水平低于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平。在某些實(shí)施方案中，生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了篩選受試者的卵巢癌的一種或多種生物標(biāo)志物的方法，其包括獲得受試者的血清樣品，進(jìn)行定量實(shí)時(shí)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)，以及定量在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)的一種或多種生物標(biāo)志物，其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，樣品包括血液樣品。在某些實(shí)施方案中，樣品包括血清或血漿血液樣品中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢癌的方法生物標(biāo)志物，其包括在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)的至少一種生物標(biāo)志物，其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、 miR92,miR-93,miR-126,miR-29a,miR-155,miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢腫瘤的獨(dú)特的microRNA表達(dá)特征，其包括調(diào)節(jié)腫瘤microRNA加工的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)的改變，其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR_29a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于影響有些需要的受試者的卵巢中靶mRNA 的轉(zhuǎn)錄物豐度和/或蛋白質(zhì)表達(dá)的方法，其包括使選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a, miR-155, miR-127和miR_99b或其功能變體的一種或多種microRNA失調(diào)。
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在某些實(shí)施方案中，所述方法還包括抑制癌癥相關(guān)基因的蛋白質(zhì)表達(dá)。在某些實(shí)施方案中，所述方法包括改變miR-21、miR_92、mir_93、miR-126和 miR-129a中的一種或多種的表達(dá)以抑制癌癥相關(guān)基因的蛋白質(zhì)表達(dá)。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了 microRNA和/或編碼蛋白質(zhì)的RNA的大規(guī)?；虮磉_(dá)表征用于鑒定人卵巢腫瘤中發(fā)生的microRNA功能的改變的用途。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于篩查有此需要的受試者的卵巢的方法， 其包括對(duì)受試者的血清樣品進(jìn)行實(shí)時(shí)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)的步驟。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢相關(guān)病癥的腫瘤基因特征，其包括 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢相關(guān)病癥的腫瘤基因特征，其包括如下的一種或多種被上調(diào)的miR-21、miR92、miR-93、miR-126和miR_29a或其功能變體；和被下調(diào)的miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢相關(guān)病癥的腫瘤基因特征，其包括 miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，所述生物標(biāo)志物包括卵巢腫瘤中的在卵巢腫瘤中增加的宿主基因表達(dá)。在某些實(shí)施方案中，所述生物標(biāo)志物包括miR-21、miR92、miR-93、miR_U6和 miR-29a或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了 miR-21、miR92和/或miR_93，或其功能變體的用途，其用作卵巢癌細(xì)胞中的至少一個(gè)基因的靶和/或用于抑制此類基因的蛋白質(zhì)表達(dá)。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了調(diào)節(jié)卵巢癌細(xì)胞表達(dá)的一種或多種基因的方法，其包括改變miR-21、miR92和/或miR-93在卵巢癌細(xì)胞中的表達(dá)的步驟。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了將microRNA與3' UTR序列結(jié)合以導(dǎo)致哺乳動(dòng)物卵巢癌細(xì)胞中被靶向的mRNA的降解和/或積累的用途。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了人組織中microRNA與mRNA之間的負(fù)相關(guān)和 /或正相關(guān)用于預(yù)測(cè)卵巢癌的microRNA靶基因的用途。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了 miR-表達(dá)抑制劑，其包含miR-21、miR92、 miR-93, miR-126和miR49a或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了包含miR-21、miR92和/或miR-93或其功能變體中的一種或多種的HliR-表達(dá)抑制劑。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了包含miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種的HliR-表達(dá)反義抑制劑。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢病癥或疾病的oncomiR生物標(biāo)志物，其包括 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了卵巢病癥或疾病的oncomiR生物標(biāo)志物，其包括miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于調(diào)節(jié)卵巢癌細(xì)胞中蛋白質(zhì)表達(dá)的方法，
10其包括調(diào)節(jié) miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種在卵巢癌細(xì)胞中的表達(dá)。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于調(diào)節(jié)卵巢癌細(xì)胞中蛋白質(zhì)表達(dá)的方法， 其包括調(diào)節(jié)miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種在卵巢癌細(xì)胞中的表達(dá)。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于抑制卵巢癌細(xì)胞中一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)的組合物，所述組合物包含 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR49a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于抑制卵巢癌細(xì)胞中一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)的組合物，所述組合物包含miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于調(diào)節(jié)患有卵巢癌的受試者中一種或多種蛋白質(zhì)水平的方法，其包括使用 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR_29a、miR-155、 miR-127和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于調(diào)節(jié)患有卵巢癌的受試者中一種或多種蛋白質(zhì)水平的方法，其包括使用miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于確定患有卵巢癌的受試者的預(yù)后的方法，其包括測(cè)量受試者的血清測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種，并且其中i)所述生物標(biāo)志物與卵巢癌的不利預(yù)后相關(guān)；以及ii)相對(duì)于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平，測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平的改變表示不利的預(yù)后。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了診斷受試者是否患有卵巢癌或處于發(fā)生卵巢癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，其包括從獲自受試者的血清測(cè)試樣品逆轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡脫氧核苷酸；將所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供測(cè)試樣品的雜交特征譜；以及將測(cè)試樣品雜交特征譜與從對(duì)照樣品產(chǎn)生的雜交特征譜相比較，其中至少一種miRNA的信號(hào)的改變表示受試者患有卵巢癌或處于發(fā)生卵巢癌的風(fēng)險(xiǎn)中。在某些實(shí)施方案中，至少一種miRNA的信號(hào)相對(duì)于從對(duì)照樣品產(chǎn)生的信號(hào)被下調(diào)，和/或其中至少一種miRNA的信號(hào)相對(duì)于從對(duì)照樣品產(chǎn)生的信號(hào)被上調(diào)。在某些實(shí)施方案中，至少一種生物標(biāo)志物miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a,miR-155,miR-127和miR_99b或其功能變體的信號(hào)的改變表示受試者患有具有不利預(yù)后的卵巢癌或處于發(fā)生該疾病的風(fēng)險(xiǎn)中。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了治療患有卵巢癌的受試者的卵巢癌的方法， 其中相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，至少一種生物標(biāo)志物在受試者的癌細(xì)胞中被下調(diào)或上調(diào)，其包括當(dāng)至少一種生物標(biāo)志物在癌細(xì)胞中下調(diào)時(shí)，給受試者施用有效量的至少一種分離的生物標(biāo)志物，或其分離的變體或生物學(xué)活性片段，以便在受試者中抑制癌細(xì)胞的增殖；或當(dāng)至少一種生物標(biāo)志物在癌細(xì)胞中被上調(diào)時(shí)，給受試者施用有效量的至少一種抑制至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)的化合物，以便在受試者中抑制癌細(xì)胞的增殖；其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了治療受試者的卵巢癌的方法，其包括測(cè)定相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，卵巢癌細(xì)胞中至少一種生物標(biāo)志物的量；和通過如下步驟改變卵巢癌細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量如果癌細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量少于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量，那么給受試者施用有效量的至少一種分離的生物標(biāo)志物；或者如果癌細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量多于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量，那么給受試者施用有效量的至少一種抑制至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)的化合物；其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于治療卵巢癌的藥物組合物，其包含至少一種分離的生物標(biāo)志物和藥學(xué)上可接受的載體，其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、 miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。 在某些實(shí)施方案中，所述生物標(biāo)志物相應(yīng)于相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞在卵巢癌細(xì)胞中被上調(diào)的生物標(biāo)志物。在某些實(shí)施方案中，藥物組合物包含至少一種miR表達(dá)抑制劑化合物和藥學(xué)上可接受的載體。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了鑒定抗卵巢癌試劑的方法，其包括給細(xì)胞提供測(cè)試試劑和測(cè)量與卵巢癌細(xì)胞中增加的表達(dá)水平關(guān)聯(lián)的至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，細(xì)胞中生物標(biāo)志物的水平的降低表示所述測(cè)試試劑是抗卵巢癌試劑； 并且其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126和miR_29a或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了鑒定抗卵巢癌試劑的方法，其包括給細(xì)胞提供測(cè)試試劑并且測(cè)量與卵巢癌細(xì)胞中下降的表達(dá)水平關(guān)聯(lián)的至少一種生物標(biāo)志物的水平， 其中相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，細(xì)胞中生物標(biāo)志物的水平的增加表示所述測(cè)試試劑是抗卵巢癌試劑；并且其中所述生物標(biāo)志物選自miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了評(píng)估療法預(yù)防、診斷和/或治療卵巢癌相關(guān)疾病的功效的方法，其包括使動(dòng)物經(jīng)歷其功效有待評(píng)估的療法，然后通過評(píng)估至少一種生物標(biāo)志物來測(cè)定待測(cè)試的療法在治療或預(yù)防疾病中的功效的水平，所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，候選治療劑包括如下的一種或多種藥物組合物、營(yíng)養(yǎng)食品組合物和順勢(shì)療法組合物。 在某些實(shí)施方案中，待評(píng)估的療法是用于人受試者的。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了制品，其包含至少一種結(jié)合卵巢癌相關(guān)疾病的標(biāo)志物的捕獲試劑，所述標(biāo)志物包括至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、 miR92, miR-93, miR-126, miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于篩選治療卵巢癌相關(guān)疾病的治療劑的候選化合物的試劑盒，其中所述試劑盒包括至少一種生物標(biāo)志物的一種或多種試劑，所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種，和表達(dá)至少一種生物標(biāo)志物的細(xì)胞。在某些實(shí)施方案中，使用包含特異性結(jié)合至少一種生物標(biāo)志物的抗體或抗體片段的試劑檢測(cè)所述生物標(biāo)志物的存在。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了干擾卵巢癌相關(guān)疾病應(yīng)答信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的試劑用于制造藥劑的用途，所述藥劑用于治療、預(yù)防、逆轉(zhuǎn)或限制個(gè)體的疾病并發(fā)癥的嚴(yán)重性，其中所述試劑包含至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、 miR-126, miR-29a, miR-155, miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了治療、預(yù)防、逆轉(zhuǎn)或限制有此需要的個(gè)體的卵巢癌相關(guān)疾病并發(fā)癥的嚴(yán)重性的方法，其包括給個(gè)體施用干擾至少卵巢癌相關(guān)疾病應(yīng)答級(jí)聯(lián)的試劑，其中所述試劑包含至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、 miR-93, miR-126, miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了干擾至少卵巢癌相關(guān)疾病應(yīng)答級(jí)聯(lián)的試劑用于制造藥劑的用途，所述藥劑用于治療、預(yù)防、逆轉(zhuǎn)或限制個(gè)體的卵巢癌相關(guān)疾病并發(fā)癥的嚴(yán)重性，其中所述試劑包含至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、 miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了包含miR-21、miR-92和miR-93中的一種或多種的抑制劑的組合物。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了治療有此需要的受試者的卵巢病癥的方法， 其包括給受試者施用治療有效量的所述組合物。在某些實(shí)施方案中，預(yù)防性施用所述組合物。在某些實(shí)施方案中，所述組合物的施用延遲病癥的一種或多種癥狀的發(fā)作。在某些實(shí)施方案中，肽的施用抑制卵巢癌的發(fā)展。在某些實(shí)施方案中，肽的施用抑制腫瘤生長(zhǎng)。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于檢測(cè)卵巢癌在生物學(xué)樣品中的存在的方法，所述方法包括將懷疑包含卵巢癌的生物學(xué)樣品暴露于用于此的標(biāo)志物；然后檢測(cè)所述標(biāo)志物(如果有的話)在樣品中的存在或不存在；其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、 miR92,miR-93,miR-126, miR-29a, miR-155, miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。在某些實(shí)施方案中，所述標(biāo)志物包括可檢測(cè)的標(biāo)記。在某些實(shí)施方案中，所述方法還包括將受試者的生物學(xué)樣品中標(biāo)志物的量與正常受試者的相應(yīng)生物學(xué)樣品中標(biāo)志物的量相比較。在某些實(shí)施方案中，所述方法還包括在不同的時(shí)間點(diǎn)從受試者收集多個(gè)生物學(xué)樣品并且比較每一個(gè)生物學(xué)樣品中標(biāo)志物的量以確定標(biāo)志物的量在一段時(shí)間內(nèi)在受試者中是增加還是減少。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于治療受試者的卵巢癌的方法，所述方法包括給有此需要的受試者施用治療有效量的卵巢受體激動(dòng)劑，所述激動(dòng)劑包括miR-21、 miR92, miR-93, miR-126和miR_29a或其功能變體中的一種或多種的抑制劑。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于治療受試者的卵巢癌的方法，所述方法包括給有此需要的受試者施用治療有效量的卵巢受體激動(dòng)劑，所述激動(dòng)劑包括 miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種的反義抑制劑。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了制造用于治療卵巢癌的藥物的用途，包含選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR-99b 或其功能變體中的一種或多種的核酸分子。在某些實(shí)施方案中，藥物包含顯示選自miR-21、miR92、miR-93、 miR-126,miR-29a,miR-155,miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種的序列的核
酸分子。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了鑒定誘導(dǎo)卵巢癌細(xì)胞分化的有效治療劑或治療劑的組合的體外方法，所述方法包括如下階段i)培養(yǎng)來源于卵巢腫瘤的細(xì)胞，ii)向細(xì)胞系的培養(yǎng)基中加入至少一種化合物，iii)分析階段(i)與(ii)之間至少一種miR的表達(dá)水平的變化，和iv)鑒定誘導(dǎo)階段(i)與(ii)之間的miR表達(dá)水平的變化的化合物或化合物的組合。在某些實(shí)施方案中，階段(iii)包括分析至少一種miR的表達(dá)水平。在某些實(shí)施方案中，階段(iv)包括鑒定調(diào)節(jié)至少一種miR的表達(dá)水平的化合物或化合物的組合。 在某些實(shí)施方案中，階段(iv)包括鑒定降低至少一種miR的表達(dá)水平的化合物或化合物的組合。在某些實(shí)施方案中，所述化合物是用于治療癌癥的治療劑。在另一個(gè)廣泛的方面，本文中提供了用于分類受試者的卵巢組織的方法，其包括 測(cè)量測(cè)試細(xì)胞群體中 miR 之中 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種的表達(dá)，其中測(cè)試細(xì)胞群體中至少一種細(xì)胞能夠表達(dá) miR 之中 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種；將miR的表達(dá)與參照細(xì)胞群體中miR的表達(dá)相比較，所述參照細(xì)胞群體包含至少一種對(duì)于其的卵巢癌分類是已知的細(xì)胞；以及鑒定測(cè)試細(xì)胞群體與參照細(xì)胞群體中一種或多種miR的表達(dá)水平的差異(如果存在的話)，從而分類受試者的卵巢癌。在某些實(shí)施方案中，與參照細(xì)胞群體相比較，測(cè)試細(xì)胞群體中表達(dá)的差異表示測(cè)試細(xì)胞群體具有與來自參照細(xì)胞群體的細(xì)胞不同的分類。在某些實(shí)施方案中，與參照細(xì)胞群體相比較，測(cè)試細(xì)胞群體中相似的表達(dá)模式表示測(cè)試細(xì)胞群體具有與來自參照細(xì)胞群體的細(xì)胞相同的分類。在某些實(shí)施方案中，參照細(xì)胞群體是多個(gè)細(xì)胞或數(shù)據(jù)庫。在某些實(shí)施方案中，參照細(xì)胞群體選自分類為來自正常卵巢組織的細(xì)胞群體的參照細(xì)胞群體、分類為來自良性卵巢組織的細(xì)胞群體的參照細(xì)胞群體和分類為來自惡性卵巢組織的細(xì)胞群體的參照細(xì)胞群體。當(dāng)根據(jù)附圖進(jìn)行閱讀時(shí)，根據(jù)下列優(yōu)選實(shí)施方案的詳細(xì)描述，本發(fā)明的各種目的和有利方面對(duì)于本領(lǐng)域技術(shù)人員將變得顯然。附圖概述本專利或申請(qǐng)文件包含至少一個(gè)以彩色制成的圖。具有彩色附圖的本專利或?qū)＠暾?qǐng)公開案的拷貝將應(yīng)請(qǐng)求且支付必要的費(fèi)用后由專利局提供。

圖1 公布的miRNA特征譜與來自卵巢癌患者血清的差異表達(dá)的miRNA的比較。圖2 患者與對(duì)照血清之間差異表達(dá)的miRNA的中位倍數(shù)變化差異。發(fā)明詳述在整個(gè)本公開內(nèi)容中，通過標(biāo)識(shí)引用來引用各種公開物、專利和公開的專利說明書。這些公開物、專利和公開的專利說明書的公開內(nèi)容通過引用合并入本文以更全面地描述本發(fā)明涉及的現(xiàn)有技術(shù)。
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在詳細(xì)描述本發(fā)明之前，應(yīng)理解本發(fā)明不限于特定制劑或過程參數(shù)，因?yàn)檫@些當(dāng)然可以變化。還應(yīng)理解，本文中所使用的術(shù)語僅為了描述本發(fā)明的特定實(shí)施方案，而不意欲是限定性的。雖然與本文中描述的方法和材料相似或等同的許多方法和材料可用于實(shí)踐本發(fā)明，但優(yōu)選的材料和方法描述于下文中。MicroRNA是調(diào)節(jié)編碼蛋白質(zhì)的基因的表達(dá)的小的非編碼RNA。MicroRNA表達(dá)隨卵巢癌的發(fā)展和進(jìn)展而開始改變。此類microRNA中的一些調(diào)節(jié)卵巢癌細(xì)胞中癌癥相關(guān)基因的表達(dá)。如在本文中可互換使用的，“miR基因產(chǎn)物”、“micr0RNA”、“miR”或“miRNA”是指來自miR基因的未加工的或經(jīng)加工的RNA轉(zhuǎn)錄物。如本文中所使用的，“生物標(biāo)志物”可包括“miR基因產(chǎn)物”、“microRNA"、“ miR"或‘‘miRNA”或編碼蛋白質(zhì)的RNA中的一種或多種。有活性的19-25個(gè)核苷酸的RNA分子可通過天然加工途徑(例如，使用完整細(xì)胞或細(xì)胞裂解物)或通過合成加工途徑(例如，使用分離的加工酶例如分離的Dicer、 Argonaut或RNA酶III)從miR前體獲得。要理解，還可通過生物或化學(xué)合成直接產(chǎn)生有活性的19-25個(gè)核苷酸的RNA分子，而不必從miR前體加工獲得。當(dāng)在本文中通過名稱提及 microRNA時(shí)，除非另外指出，否則名稱相應(yīng)于前體和成熟形式。本發(fā)明包括診斷受試者是否患有卵巢相關(guān)病癥或處于發(fā)生該病癥的風(fēng)險(xiǎn)中的方法。如本文中所使用的，“受試者”可以是患有或懷疑患有卵巢癌的任意哺乳動(dòng)物。我們提供了關(guān)于下列的描述從卵巢癌患者的血清提取miRNA，患者與健康對(duì)照之間許多此類miRNA的差異表達(dá)，以及新型實(shí)時(shí)PCR微陣列檢測(cè)方法。在下列實(shí)施例中進(jìn)一步闡釋本發(fā)明，其中，除非另有說明，所有部分和百分比以重量計(jì)并且溫度是攝氏度。應(yīng)理解，雖然這些實(shí)施例表示本發(fā)明的優(yōu)選實(shí)施方案，但它們僅通過舉例說明的方式給出。根據(jù)上述討論和這些實(shí)施例，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以確定本發(fā)明的本質(zhì)特征，并且無需背離本發(fā)明的精神和范圍，可以對(duì)本發(fā)明進(jìn)行多種變化和改進(jìn)，以使其適應(yīng)不同的用法和條件。本說明書中涉及的所有公開物，包括專利和非專利文獻(xiàn)明確地通過引用并入本文。實(shí)施例I方法在獲得The Ohio State University College of Medicine 的倫理審查委員會(huì) (Institutional Review Boards)的批準(zhǔn)后，我們分析來自觀個(gè)具有新近確診的卵巢癌的患者和15個(gè)正常對(duì)照的血清樣品。在確定的手術(shù)治療和/或輔助療法之前，在最初會(huì)診時(shí)收集這些血清樣品。獲得血清作為前瞻性組織和血清獲得研究(procurement study)的一部分，并且將其貯存于_80°C下。從志愿充當(dāng)對(duì)照的15個(gè)健康婦女獲得新鮮血清。解凍冷凍的血清，同時(shí)從患者和對(duì)照群體提取RNA。沒有一個(gè)健康對(duì)照之前被診斷為患有惡性腫瘤。如制造商所說明的，使用 iTri-Reagent BD (Molecular Research Center, Inc., Cincinnati, OH)從 250 μ 1 血清提取 RNA。利用 ThermoScientific NanoDroplOOO (Thermo Fisher Scientific，he.，Waltham，MA)評(píng)估 RNA質(zhì)量。利用 iTaciMan Array Human MicroRNA Panel (v. !,Applied Biosystems,Foster City，CA)，使用 50ng RNA/端口(總共400ng)，用
15來自4個(gè)對(duì)照和9個(gè)癌癥患者的RNA進(jìn)行MicroRNA表達(dá)表征。該陣列包含365個(gè)miRNA靶以及內(nèi)源對(duì)照。利用小核RNA (snRNA) U44和U48進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化。此類snRNA是適合在TaqMan 測(cè)定中用作標(biāo)準(zhǔn)化物的穩(wěn)定表達(dá)的參照基因。除了在微陣列板(microarray panel)上鑒定差異表達(dá)的miRNA外，第二目的是鑒定在缺乏關(guān)于受試者的公開數(shù)據(jù)的情況下可用作標(biāo)準(zhǔn)化物的miRNA。憑經(jīng)驗(yàn)從表達(dá)特征譜選擇21個(gè)miRNA，用于對(duì)照和患者血清(11個(gè)對(duì)照和19個(gè)患者)的進(jìn)一步檢查?；趯?duì)照與患者之間4個(gè)循環(huán)或更多循環(huán)的表觀Ct差異選擇此類miRNA。鑒于在全部患者和對(duì)照樣品之間的一致表達(dá)，兩種miRNA(142-3p和16)被鑒定為潛在的標(biāo)準(zhǔn)化物。對(duì)于目的miRNA， 使用單管TaqMan MicroRNA測(cè)定。全部試劑、引物和探針獲自Applied Biosystems (Applied Biosystems, Foster City，CA)。將 Ing RNA/樣品用于測(cè)定。MiRNA_142_3p 用作標(biāo)準(zhǔn)化物。在GeneAmp PCR 9700熱循環(huán)儀(Applied Biosystems)中進(jìn)行全部RT反應(yīng)，包括無模板(無cDNA)對(duì)照和負(fù)對(duì)照(無逆轉(zhuǎn)錄酶)。使用ABI Prism7900HT kquence檢測(cè)系統(tǒng) (Applied Biosystems)定量基因表達(dá)水平。以一式三份進(jìn)行比較實(shí)時(shí)PCR，包括無模板對(duì)照。利用比較Ct.法計(jì)算 microRNA 的表達(dá)。利用 STATA v. 10 (College Station, TX) 進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。使用曼-懷二氏檢驗(yàn)(Marm-Whitney test)比較表達(dá)。P值大于0. 05被認(rèn)為是統(tǒng)計(jì)學(xué)上顯著的。結(jié)果本研究包括觀個(gè)患上皮卵巢癌的患者。分期細(xì)目(Stage breakdown)如下I 期-8 08.5% )、11 期-2(7. 1% ),111 期 _8 5% )、IV 期-10 (35. 7% )。組織學(xué)細(xì)目如下血清(60%)、透明細(xì)胞01.2%)、子宮內(nèi)膜樣(12%)、粘蛋白(6%)。年齡中位數(shù)為 57歲(年齡范圍34-79)。與大多數(shù)患有卵巢癌的組相似，大部分(66%)具有III期或IV 期疾病，并且主要(60% )是血清組織學(xué)。使用微陣列的初步miRNA表達(dá)表征鑒定了 23種目的miRNA (包括2種標(biāo)準(zhǔn)化物)。 我們產(chǎn)生了維恩圖以將來自我們的初始測(cè)試組的23種目的miRNA與已知的miRNA特征譜相比較。在所述組中存在10種目的miRNA，其與已在文獻(xiàn)公開的、作為卵巢癌miRNA特征的一部分的miRNA相同(圖1)。在繼續(xù)進(jìn)行21種miRNA的定量RT-PCR后，與對(duì)照相比較，卵巢癌患者的血清中 5 禾中 miRNA 過表達(dá)(miRNA-21、29a、92、93 和 126，ρ = · 0002、ρ = · 003、ρ = · 0001、ρ =· 0003,ρ = · 007)以及 3 種 miRNA 表達(dá)不足(mir-127、155 和 99b，ρ = · OOOUp = · 0003、 P = . 0001)。患者相對(duì)于對(duì)照的miRNA中位表達(dá)的倍數(shù)差異示于圖2中。3個(gè)患者被鑒定為手術(shù)前CA-125 < 35U/ml。然后我們檢查具有最高血清表達(dá)的三種miRNA，miR-21、92和93在具有正常CA-125的患者中的表達(dá)模式，以確定miRNA模式是否模擬CA-125模式。當(dāng)將患者群體中的中位表達(dá)與對(duì)照相比較時(shí)，發(fā)現(xiàn)這三種miRNA在這些患者中顯著過表達(dá)(表1)。
1權(quán)利要求
1.診斷受試者是否患有卵巢相關(guān)病癥或處于發(fā)生所述病癥的風(fēng)險(xiǎn)中，確定患卵巢相關(guān)病癥的受試者的預(yù)后和/或治療患卵巢相關(guān)病癥的受試者的卵巢相關(guān)病癥的方法，其包括，測(cè)量來自受試者的血清測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平，所述測(cè)試樣品中生物標(biāo)志物的水平的改變表示受試者患有卵巢相關(guān)病癥，或處于發(fā)生所述病癥的風(fēng)險(xiǎn)中。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述至少一種生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。
3.權(quán)利要求1的方法，其中測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平高于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述至少一種生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為miR-21、miR92、miR-93、miR-126和miR_29a或其功能變體中的一種或多種。
5.權(quán)利要求3的方法，其中所述至少一種生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。
6.權(quán)利要求1的方法，其中測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平低于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平。
7.權(quán)利要求5的方法，其中所述至少一種生物標(biāo)志物在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)，并且為miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
8.篩選受試者的卵巢癌的一種或多種生物標(biāo)志物的方法，其包括獲得受試者的血清樣品，進(jìn)行定量實(shí)時(shí)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)，以及定量在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)的一種或更多種的生物標(biāo)志物，其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR_29a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。
9.權(quán)利要求1的方法，其中所述樣品包括血液樣品。
10.權(quán)利要求10的方法，其中所述樣品包括血清或血漿血液樣品中的一種或多種。
11.卵巢癌的生物標(biāo)志物，其包括在腫瘤組織與非腫瘤組織之間差異表達(dá)的至少一種生物標(biāo)志物，其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a、miR-155、 miR-127和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
12.卵巢腫瘤的獨(dú)特的microRNA表達(dá)特征，其包括調(diào)節(jié)腫瘤microRNA加工的一種或多種生物標(biāo)志物的表達(dá)的改變，其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a、miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
13.用于影響有此需要的受試者的卵巢中靶mRNA的轉(zhuǎn)錄物豐度和/或蛋白質(zhì)表達(dá)的方法，其包括使選自下列的一種或多種microRNA失調(diào)miR_21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a、miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
14.前述權(quán)利要求的方法，其包括抑制癌癥相關(guān)基因的蛋白質(zhì)表達(dá)。
15.前述權(quán)利要求的方法，其包括改變miR-21、miR-92、miR-93、miR-126和miR_129a 中的一種或多種的表達(dá)以抑制癌癥相關(guān)基因的蛋白質(zhì)表達(dá)。
16.microRNA和/或編碼蛋白質(zhì)的RNA的大規(guī)?；虮磉_(dá)表征用以鑒定人卵巢腫瘤中發(fā)生的microRNA功能的改變的用途。
17.用于篩查有此需要的受試者的卵巢的方法，其包括對(duì)受試者的血清樣品進(jìn)行實(shí)時(shí)聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR)的步驟。
18.卵巢相關(guān)病癥的腫瘤基因特征，其包括:miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a、miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
19.卵巢相關(guān)病癥的腫瘤基因特征，其包括如下的一種或多種被上調(diào)的miR-21、 miR92、miR-93、miR-126 和 miR_29a 或其功能變體；和被下調(diào)的 miR-155、miR-127 和 miR-99b或其功能變體。
20.卵巢相關(guān)病癥的腫瘤基因特征，其包括miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。
21.權(quán)利要求1的方法，其中所述生物標(biāo)志物包括卵巢腫瘤中的宿主基因表達(dá)，所述宿主基因表達(dá)在卵巢腫瘤中增加。
22.前述權(quán)利要求的方法，其中所述生物標(biāo)志物包括miR-21、miR92、miR-93、miR-126 和miR-29a或其功能變體中的一種或多種。
23.miR-21、miR92和/或miR-93或其功能變體的用途，其用作卵巢癌細(xì)胞中的至少一個(gè)基因的靶和/或用于抑制所述基因的蛋白質(zhì)表達(dá)。
24.調(diào)節(jié)由卵巢癌細(xì)胞表達(dá)的一種或多種基因的方法，其包括改變miR-21、miR92和/ 或miR-93在卵巢癌細(xì)胞中的表達(dá)的步驟。
25.將microRNA與3'UTR序列結(jié)合以導(dǎo)致哺乳動(dòng)物卵巢癌細(xì)胞中被靶向的mRNA的降解和/或積累的用途。
26.人組織中microRNA與mRNA之間的負(fù)相關(guān)和/或正相關(guān)用于預(yù)測(cè)卵巢癌的 microRNA靶基因的用途。
27.包含miR-21、miR92、miR-93、miR-126和miR_29a或其功能變體中的一種或多種的 miR-表達(dá)抑制劑。
28.包含miR-21、miR92和/或miR-93或其功能變體中的一種或多種的miR-表達(dá)抑制劑。
29.包含miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種的miR-表達(dá)反義抑制劑。
30.卵巢病癥或疾病的oncomiR生物標(biāo)志物，其包括miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a、miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
31.卵巢病癥或疾病的oncomiR生物標(biāo)志物，其包括miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。
32.用于調(diào)節(jié)卵巢癌細(xì)胞中的蛋白質(zhì)表達(dá)的方法，其包括調(diào)節(jié)miR-21、miR92、miR-93、 miR-126,miR-29a,miR-155,miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種在卵巢癌細(xì)胞中的表達(dá)。
33.用于調(diào)節(jié)卵巢癌細(xì)胞中的蛋白質(zhì)表達(dá)的方法，其包括調(diào)節(jié)miR-21、miR92和miR-93 或其功能變體中的一種或多種在卵巢癌細(xì)胞中的表達(dá)。
34.用于抑制卵巢癌細(xì)胞中一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)的組合物，所述組合物包含miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。
35.用于抑制卵巢癌細(xì)胞中一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)的組合物，所述組合物包含 miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。
36.用于調(diào)節(jié)患有卵巢癌的受試者中一種或多種蛋白質(zhì)水平的方法，其包括使用 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。
37.用于調(diào)節(jié)患有卵巢癌的受試者中一種或多種蛋白質(zhì)水平的方法，其包括使用 miR-21、miR92和miR-93或其功能變體中的一種或多種。
38.用于確定患有卵巢癌的受試者的預(yù)后的方法，其包括測(cè)量來自受試者的血清測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種，并且其中i)所述生物標(biāo)志物與卵巢癌的不利預(yù)后相關(guān)；以及ii)相對(duì)于對(duì)照樣品中相應(yīng)生物標(biāo)志物的水平，測(cè)試樣品中至少一種生物標(biāo)志物的水平的改變表示不利的預(yù)后。
39.診斷受試者是否患有卵巢癌或處于發(fā)生卵巢癌的風(fēng)險(xiǎn)中的方法，其包括a)從獲自受試者的血清測(cè)試樣品逆轉(zhuǎn)錄RNA以提供一組靶寡脫氧核苷酸；b)將所述靶寡脫氧核苷酸與包含miRNA特異性探針寡核苷酸的微陣列雜交以提供測(cè)試樣品的雜交特征譜；以及c)將測(cè)試樣品的雜交特征譜與從對(duì)照樣品產(chǎn)生的雜交特征譜相比較，其中至少一種 miRNA的信號(hào)的改變表示受試者患有卵巢癌或處于發(fā)生卵巢癌的風(fēng)險(xiǎn)中。
40.前述權(quán)利要求的方法，其中至少一種miRNA的信號(hào)相對(duì)于從對(duì)照樣品產(chǎn)生的信號(hào)被下調(diào)，和/或其中至少一種miRNA的信號(hào)相對(duì)于從對(duì)照樣品產(chǎn)生的信號(hào)被上調(diào)。
41.前述權(quán)利要求的方法，其中至少一種生物標(biāo)志物miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a,miR-155,miR-127和miR_99b或其功能變體的信號(hào)的改變表示受試者患有具有不利預(yù)后的卵巢癌或處于發(fā)生該疾病的風(fēng)險(xiǎn)中。
42.治療患有卵巢癌的受試者的卵巢癌的方法，其中至少一種生物標(biāo)志物在受試者的癌細(xì)胞中相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞被下調(diào)或上調(diào)，所述方法包括a)當(dāng)所述至少一種生物標(biāo)志物在癌細(xì)胞中下調(diào)時(shí)，給受試者施用有效量的至少一種分離的生物標(biāo)志物，或其分離的變體或生物學(xué)活性片段，以便在受試者中抑制癌細(xì)胞的增殖； 或b)當(dāng)所述至少一種生物標(biāo)志物在癌細(xì)胞中上調(diào)時(shí)，給受試者施用有效量的至少一種抑制至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)的化合物，以便在受試者中抑制癌細(xì)胞的增殖；其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
43.治療受試者的卵巢癌的方法，其包括a)測(cè)定相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，卵巢癌細(xì)胞中至少一種生物標(biāo)志物的量；和b)通過如下步驟改變卵巢癌細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量(i)如果癌細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量少于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量，那么給受試者施用有效量的至少一種分離的生物標(biāo)志物；或者(ii)如果癌細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量多于對(duì)照細(xì)胞中表達(dá)的生物標(biāo)志物的量，那么給受試者施用有效量的至少一種抑制至少一種生物標(biāo)志物的表達(dá)的化合物；其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
44.用于治療卵巢癌的藥物組合物，其包含至少一種分離的生物標(biāo)志物和藥學(xué)上可接受的載體，其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、 miR-127和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
45.前述權(quán)利要求的藥物組合物，其中所述至少一種分離的生物標(biāo)志物相應(yīng)于與對(duì)照細(xì)胞相比在卵巢癌細(xì)胞中被上調(diào)的生物標(biāo)志物。
46.前述權(quán)利要求的藥物組合物，其包含至少一種miR表達(dá)抑制劑化合物和藥學(xué)上可接受的載體。
47.鑒定抗卵巢癌試劑的方法，其包括給細(xì)胞提供測(cè)試試劑和測(cè)量卵巢癌細(xì)胞中與增加的表達(dá)水平關(guān)聯(lián)的至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，細(xì)胞中生物標(biāo)志物的水平的降低表示所述測(cè)試試劑是抗卵巢癌試劑；并且其中所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126和miR_29a或其功能變體中的一種或多種。
48.鑒定抗卵巢癌試劑的方法，其包括給細(xì)胞提供測(cè)試試劑并且測(cè)量卵巢癌細(xì)胞中與下降的表達(dá)水平關(guān)聯(lián)的至少一種生物標(biāo)志物的水平，其中相對(duì)于對(duì)照細(xì)胞，細(xì)胞中生物標(biāo)志物的水平的增加表示所述測(cè)試試劑是抗卵巢癌試劑；并且其中所述生物標(biāo)志物選自miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
49.評(píng)估療法預(yù)防、診斷和/或治療卵巢癌相關(guān)疾病的功效的方法，其包括a)使動(dòng)物經(jīng)歷其功效有待評(píng)估的療法，然后b)通過評(píng)估至少一種生物標(biāo)志物來測(cè)定被測(cè)試的療法在治療或預(yù)防疾病中的功效的水平，所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
50.前述權(quán)利要求的方法，其中候選治療劑包括如下的一種或多種藥物組合物、營(yíng)養(yǎng)食品組合物和順勢(shì)療法組合物。
51.前述權(quán)利要求的方法，其中所述被評(píng)估的療法是用于人受試者的。
52.一種制品，其包含至少一種結(jié)合卵巢癌相關(guān)疾病的標(biāo)志物的捕獲試劑，所述標(biāo)志物包括至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126、 miR-29a, miR-155, miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種。
53.用于篩選治療卵巢癌相關(guān)疾病的治療劑的候選化合物的試劑盒，其中所述試劑盒包括至少一種生物標(biāo)志物的一種或多種試劑和表達(dá)至少一種生物標(biāo)志物的細(xì)胞，所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。
54.前述權(quán)利要求的試劑盒，其中使用包含特異性結(jié)合至少一種生物標(biāo)志物的抗體或抗體片段的試劑檢測(cè)所述生物標(biāo)志物的存在。
55.干擾卵巢癌相關(guān)疾病的應(yīng)答信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)途徑的試劑用于制造藥劑的用途，所述藥劑用于治療、預(yù)防、逆轉(zhuǎn)或限制個(gè)體的疾病并發(fā)癥的嚴(yán)重性，其中所述試劑包含至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
56.治療、預(yù)防、逆轉(zhuǎn)或限制有此需要的個(gè)體的卵巢癌相關(guān)疾病并發(fā)癥的嚴(yán)重性的方法，其包括給個(gè)體施用干擾至少卵巢癌相關(guān)疾病應(yīng)答級(jí)聯(lián)的試劑，其中所述試劑包括至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、 miR-126, miR-29a, miR-155, miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種。
57.干擾至少卵巢癌相關(guān)疾病應(yīng)答級(jí)聯(lián)的試劑用于制造藥劑的用途，所述藥劑用于治療、預(yù)防、逆轉(zhuǎn)或限制個(gè)體的卵巢癌相關(guān)疾病并發(fā)癥的嚴(yán)重性，其中所述試劑包含至少一種生物標(biāo)志物，所述生物標(biāo)志物選自miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、 miR-127和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
58.包含miR-21、miR-92和miR-93中的一種或多種的抑制劑的組合物。
59.治療有此需要的受試者的卵巢病癥的方法，其包括給受試者施用治療有效量的前述權(quán)利要求的組合物。
60.前述權(quán)利要求的方法，其中預(yù)防性施用所述組合物。
61.前述權(quán)利要求的方法，其中所述組合物的施用延遲病癥的一種或多種癥狀的發(fā)作。
62.前述權(quán)利要求的方法，其中肽的施用抑制卵巢癌的發(fā)展。
63.前述權(quán)利要求的方法，其中肽的施用抑制腫瘤生長(zhǎng)。
64.用于檢測(cè)卵巢癌在生物學(xué)樣品中的存在的方法，所述方法包括a)將懷疑包含卵巢癌的生物學(xué)樣品暴露于用于此的標(biāo)志物；以及b)如果有的話，檢測(cè)所述標(biāo)志物在樣品中的存在或不存在；其中所述生物標(biāo)志物選自 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127 和miR-99b或其功能變體中的一種或多種。
65.前述權(quán)利要求的方法，其中所述標(biāo)志物包括可檢測(cè)的標(biāo)記。
66.前述權(quán)利要求的方法，其還包括將受試者的生物學(xué)樣品中標(biāo)志物的量與正常受試者的相應(yīng)生物學(xué)樣品中標(biāo)志物的量相比較。
67.前述權(quán)利要求的方法，其還包括在不同的時(shí)間點(diǎn)從受試者收集多個(gè)生物學(xué)樣品并且比較每一個(gè)生物學(xué)樣品中標(biāo)志物的量，以測(cè)定標(biāo)志物的量在一段時(shí)間內(nèi)在受試者中是增加還是減少。
68.用于治療受試者的卵巢癌的方法，所述方法包括給有此需要的受試者施用治療有效量的卵巢受體激動(dòng)劑，所述激動(dòng)劑包括miR-2U miR92, miR-93, miR-126和miR_29a或其功能變體中的一種或多種的抑制劑。
69.用于治療受試者的卵巢癌的方法，所述方法包括給有此需要的受試者施用治療有效量的卵巢受體激動(dòng)劑，所述激動(dòng)劑包括miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種的反義抑制劑。
70.制造用于治療卵巢癌的藥物的用途，包含選自miR中的miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR-29a, miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種的核酸分子。
71.前述權(quán)利要求的用途，其中所述藥物包含顯示選自miR中的miR-21、miR92、 miR-93,miR-126,miR-29a,miR-155、miR-127 和 miR_99b 或其功能變體中的一種或多種的序列的核酸分子。
72.鑒定誘導(dǎo)卵巢癌細(xì)胞分化的有效治療劑或治療劑的組合的體外方法，所述方法包括如下階段i)培養(yǎng)來源于卵巢腫瘤的細(xì)胞， )向細(xì)胞系的培養(yǎng)基中加入至少一種化合物，iii)分析階段(i)與(ii)之間至少一種miR的表達(dá)水平的變化，和iv)鑒定誘導(dǎo)階段(i)與(ii)之間所述miR的表達(dá)水平的變化的化合物或化合物的組 合
73.前述權(quán)利要求的方法，其中階段(iii)包括分析至少一種miR的表達(dá)水平。
74.前述權(quán)利要求的方法，其中階段(iv)包括鑒定調(diào)節(jié)至少一種miR的表達(dá)水平的化合物或化合物的組合。
75.前述權(quán)利要求的方法，其中階段(iv)包括鑒定降低至少一種miR的表達(dá)水平的化合物或化合物的組合。
76.前述權(quán)利要求的方法，其中所述化合物是用于治療癌癥的治療劑。
77.用于分類受試者的卵巢組織的方法，其包括a)測(cè)量miR 中的 miR-21、miR92、miR-93、miR-126、miR_29a、miR-155、miR-127 和 miR-99b或其功能變體中的一種或多種在測(cè)試細(xì)胞群體中的表達(dá)，其中測(cè)試細(xì)胞群體中至少一種細(xì)胞能夠表達(dá)miR中的miR-21、miR92、miR-93、 miR-126、miRj9a、miR-155、miR-127和miR_99b或其功能變體中的一種或多種；b)將miR的表達(dá)與參照細(xì)胞群體中miR的表達(dá)相比較，所述參照細(xì)胞群體包含至少一種其卵巢癌分類是已知的細(xì)胞；以及c)如果存在的話，鑒定測(cè)試細(xì)胞群體與參照細(xì)胞群體中一種或多種miR的表達(dá)水平的差異，從而分類受試者的卵巢癌。
78.權(quán)利要求77的方法，其中與參照細(xì)胞群體相比較，測(cè)試細(xì)胞群體中表達(dá)的差異表示，測(cè)試細(xì)胞群體具有與來自參照細(xì)胞群體的細(xì)胞不同的分類。
79.權(quán)利要求77的方法，其中與參照細(xì)胞群體相比較，測(cè)試細(xì)胞群體中相似的表達(dá)模式表示，測(cè)試細(xì)胞群體具有與來自參照細(xì)胞群體的細(xì)胞相同的分類。
80.權(quán)利要求77的方法，其中所述參照細(xì)胞群體是多個(gè)細(xì)胞或數(shù)據(jù)庫。
81.權(quán)利要求80的方法，其中所述參照細(xì)胞群體選自分類為來自正常卵巢組織的細(xì)胞群體的參照細(xì)胞群體、分類為來自良性卵巢組織的細(xì)胞群體的參照細(xì)胞群體和分類為來自惡性卵巢組織的細(xì)胞群體的參照細(xì)胞群體。
全文摘要
公開了用于診斷、預(yù)后和/或治療卵巢癌的方法和組合物。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102292456SQ200980155340
公開日2011年12月21日 申請(qǐng)日期2009年3月25日 優(yōu)先權(quán)日2008年12月5日
發(fā)明者C·M·克羅斯, D·E·科恩, H·阿德爾, K·瑞斯尼克 申請(qǐng)人:俄亥俄州立大學(xué)研究基金會(huì)