專(zhuān)利名稱(chēng)：用于評(píng)估b細(xì)胞淋巴瘤對(duì)抗cd40抗體治療的響應(yīng)性的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
一般而言，本發(fā)明涉及預(yù)測(cè)、評(píng)估、幫助評(píng)估具有B細(xì)胞淋巴瘤的或者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的領(lǐng)域，及用于治療鑒定為抗CD40抗體治療候選者的個(gè)體的方法。
背景技術(shù)：
⑶40是腫瘤壞死受體超家族的I型跨膜蛋白質(zhì)。⑶40是涉及B細(xì)胞增殖和分化、 免疫球蛋白同種型轉(zhuǎn)換、及細(xì)胞存活力的重要分子。受體信號(hào)傳導(dǎo)由CD40結(jié)合CD40配體 (⑶40L或⑶154)來(lái)啟動(dòng)，⑶40配體主要在活化的⑶4+T細(xì)胞上表達(dá)。在正常細(xì)胞上，⑶40在具有高度增殖潛力的細(xì)胞上表達(dá)，包括造血祖細(xì)胞、上皮和內(nèi)皮細(xì)胞，及所有抗原呈遞細(xì)胞(樹(shù)突細(xì)胞、活化的B淋巴細(xì)胞、和活化的單核細(xì)胞)。CD40 在數(shù)種類(lèi)型的B細(xì)胞血液學(xué)惡性腫瘤上高度表達(dá)，包括多發(fā)性骨髓瘤、非何杰金氏淋巴瘤 (NHL)、和慢性淋巴細(xì)胞性白血病(CLL)。CD40在B細(xì)胞惡性腫瘤上的高表達(dá)使之成為基于抗體的癌癥療法的誘人的潛在靶物。CD40還在大多數(shù)膀胱癌、顯著比例的其它實(shí)體瘤(包括頭頸癌、腎細(xì)胞癌、卵巢和肺癌)上表達(dá)。抗⑶40抗體及其用于治療B細(xì)胞血液學(xué)惡性腫瘤的用途已有記載。參見(jiàn)例如美國(guó)專(zhuān)利 6，946，129 ；6，843，989 ；6，838，261 ；WO 2000/075348 ；US-2002-0197256 ；WO 2006/U8103 ；和WO 2007/075326。已經(jīng)顯示了人源化抗CD40抗體經(jīng)由直接信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)在血液學(xué)腫瘤細(xì)胞的一個(gè)子集中誘導(dǎo)⑶40陽(yáng)性細(xì)胞的生長(zhǎng)抑制和凋亡。WO 2006/128103 ； WO 2007/075326。另外，人源化抗⑶40抗體經(jīng)免疫效應(yīng)器功能殺死腫瘤細(xì)胞，包括抗體依賴(lài)性細(xì)胞的細(xì)胞毒性(ADCC)和抗體依賴(lài)性細(xì)胞的吞噬(ADCP)。在體內(nèi)，使用多發(fā)性骨髓瘤(MM)和非何杰金氏淋巴瘤(NHL)的異種移植物模型，抗⑶40抗體在重度聯(lián)合免疫缺陷 (SCID)小鼠中遏制腫瘤生長(zhǎng)并改善存活。在數(shù)種模型中比較抗CD40抗體與利妥昔單抗 (Genentech,Inc.)揭示了抗⑶40抗體的抗腫瘤活性至少像利妥昔單抗一樣有效。啟動(dòng)了臨床試驗(yàn)在具有復(fù)發(fā)性和頑固性多發(fā)性骨髓瘤(MM)、復(fù)發(fā)性非何杰金氏淋巴瘤(NHL)Jg 性淋巴細(xì)胞性淋巴瘤(CLL)、或復(fù)發(fā)性彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤(DLBCL)的患者中測(cè)試人源化抗⑶40抗體。雖然已經(jīng)顯示了抗⑶40抗體能誘導(dǎo)⑶40陽(yáng)性細(xì)胞的生長(zhǎng)抑制和凋亡，而且在多種類(lèi)型的B細(xì)胞淋巴瘤患者中可具有抗腫瘤活性，但是并非所有B淋巴瘤細(xì)胞都對(duì)由抗 CD40抗體介導(dǎo)的細(xì)胞死亡敏感。仍然需要為B細(xì)胞淋巴瘤患者對(duì)抗CD40抗體療法的響應(yīng)性鑒定一種或多種預(yù)測(cè)標(biāo)志物。通過(guò)述及完整收錄本文中所引用的所有參考文獻(xiàn)(包括專(zhuān)利申請(qǐng)和出版物)。發(fā)明概述本發(fā)明提供了用于預(yù)測(cè)、評(píng)估或幫助評(píng)估具有某種類(lèi)型的B細(xì)胞淋巴瘤的受試者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的方法和組合物。一方面，本發(fā)明提供了用于評(píng)估或幫助評(píng)估具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者對(duì)抗CD40 抗體治療的響應(yīng)性的方法，包括與參照水平比較來(lái)自所述受試者的B細(xì)胞淋巴瘤樣品中選自下組的至少一種標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平UAP1、BTG2、⑶40、VNN2、RGS13、⑶22、LM02、 IFITMl、CTSC、CD44、PUS7、BCL6、EPDRl、IGFlR 和 CD79B。另一方面，本發(fā)明提供了用于在具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者中預(yù)測(cè)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性或監(jiān)測(cè)治療/對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的方法，包括與參照水平比較來(lái)自所述受試者的B細(xì)胞淋巴瘤樣品中選自下組的至少一種標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平 UAP1、BTG2、CD40、VNN2、RGS13、CD22、LM02、IFITMl、CTSC、CD44、PUS7、BCL6、EPDRl、IGFlR 和 CD79B。另一方面，本發(fā)明提供了用于預(yù)測(cè)、評(píng)估或幫助評(píng)估具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的方法，包括下述步驟(a)測(cè)量自所述受試者獲得的包含B 淋巴瘤細(xì)胞的樣品中選自下組的一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平IFITM1、⑶40、RGS13、 VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRU UAPU PUS7、和 BCL6 ；并(b)基于來(lái)自步驟(a)的一種或多種標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平預(yù)測(cè)所述受試者是否有可能響應(yīng)抗CD40抗體治療。在一些實(shí)施方案中，測(cè)量來(lái)自該組的至少兩種、至少三種、至少四種、 至少五種、至少六種、至少七種、至少八種、至少九種、至少十種、至少i^一種、至少十二種、 至少十三種、至少十四種、或十五種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平并用于預(yù)測(cè)、評(píng)估、或幫助評(píng)估。 在一些實(shí)施方案中，所述預(yù)測(cè)、評(píng)估、或幫助評(píng)估是通過(guò)與參照水平比較一種或多種標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平來(lái)確定的。在一些實(shí)施方案中，參照水平是基于如下樣品中相應(yīng)標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平而確定的值或范圍，所述樣品包含B淋巴瘤細(xì)胞且來(lái)自在抗CD40抗體治療后腫瘤體積增大或縮小的受試者。在一些實(shí)施方案中，來(lái)自用于確定參照水平的受試者的樣品與來(lái)自對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性預(yù)測(cè)的受試者的樣品包含相同類(lèi)型的B淋巴瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，使用基于一種或多種標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平確定的敏感指數(shù)值來(lái)預(yù)測(cè)或評(píng)估響應(yīng)性。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)使用本文所述K-最近鄰居分析 (nearest neighbors analysis)對(duì)受試者歸類(lèi)來(lái)預(yù)測(cè)或評(píng)估響應(yīng)性。另一方面，本發(fā)明提供了用于為具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者制備個(gè)性化基因型序型(personalized genomics profile)的方法，包括下述步驟(a)測(cè)定自所述受試者獲得的包含B淋巴瘤細(xì)胞的樣品中選自下組的一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平IFITM1、 CD40、RGS13、VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRl、UAP1、PUS7、和 BCL6 ； 并(b)生成總結(jié)步驟(a)中獲得的一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的報(bào)告。在一些實(shí)施方案中，測(cè)量來(lái)自該組的至少兩種、至少三種、至少四種、至少五種、至少六種、至少七種、 至少八種、至少九種、至少十種、至少i^一種、至少十二種、至少十三種、至少十四種、或至少十五種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平并用于生成個(gè)性化基因組序型的報(bào)告。在一些實(shí)施方案中， 所述報(bào)告包括對(duì)所述受試者推薦抗CD40抗體治療。在一些實(shí)施方案中，所述推薦是通過(guò)與參照水平比較標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平而確定的。在一些實(shí)施方案中，參照水平是基于如下樣品中相應(yīng)標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平而確定的值或范圍，所述樣品來(lái)自在抗CD40 抗體治療后腫瘤體積增大或縮小的受試者且包含B淋巴瘤細(xì)胞。在一些實(shí)施方案中，由基于標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平確定的敏感指數(shù)值來(lái)確定所述推薦。在一些實(shí)施方案中，通過(guò)使用本文所述K-最近鄰居分析對(duì)受試者歸類(lèi)來(lái)確定所述推薦。另一方面，本發(fā)明提供了用于預(yù)測(cè)、評(píng)估或幫助評(píng)估具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的方法，包括下述步驟(a)測(cè)量自所述受試者獲得的包含B 淋巴瘤細(xì)胞的樣品中選自下組的至少兩種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平IFITM1、⑶40、RGS13、 VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、CD44、CTSC、EPDRl、UAPl、PUS7、和 BCL6 ； (b)基于步驟(a)中的標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平通過(guò)下述方程計(jì)算敏感指數(shù)值(Si)

權(quán)利要求
1.一種用于預(yù)測(cè)具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的方法，包括下述步驟(a)測(cè)量自所述受試者獲得的包含B細(xì)胞淋巴瘤細(xì)胞的樣品中選自下組的一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平BCL6、IFITMl、CD40、RGS13、VNN2、LM02、CD79B、CD22、BTG2、IGF1R、 CD44、CTSC、EPDRl、UAPUP PUS7 ；并(b)使用K-最近鄰居分析基于來(lái)自受試者的樣品和類(lèi)別已知的參照樣品中一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平將受試者歸為響應(yīng)或不響應(yīng)受試者。
2.權(quán)利要求1的方法，其中所述測(cè)量表達(dá)水平是標(biāo)準(zhǔn)化的。
3.權(quán)利要求1的方法，其中所述參照樣品是自已經(jīng)測(cè)試了對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的受試者獲得的包含B淋巴瘤細(xì)胞的樣品。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述參照樣品與所述來(lái)自預(yù)測(cè)對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的受試者的樣品包含相同類(lèi)型的B淋巴瘤細(xì)胞。
5.權(quán)利要求1-4任一項(xiàng)的方法，其中在對(duì)受試者歸類(lèi)時(shí)測(cè)量并使用至少兩種、至少三種、至少四種、至少五種、至少六種、至少七種、至少八種、至少九種、至少十種、至少i^一種、 至少十二種、至少十三種、至少十四種、或所有十五種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平。
6.權(quán)利要求5的方法，其中在對(duì)受試者歸類(lèi)時(shí)測(cè)量并使用BCL6、IFITM1、CD22、IGF1R、 CD44、EPDRUP UAPl 的表達(dá)水平。
7.權(quán)利要求1的方法，其中步驟(b)中對(duì)受試者歸類(lèi)如下進(jìn)行(1)確定參數(shù)K； (2)計(jì)算來(lái)自受試者的樣品中標(biāo)志物基因的測(cè)量表達(dá)水平與每一參照樣品中相應(yīng)標(biāo)志物基因的表達(dá)水平之間的差異；C3)通過(guò)選擇那些來(lái)自受試者的樣品和參照樣品之間絕對(duì)差異加權(quán)平均值(WAAD)最小的樣品來(lái)確定最近參照樣品；(4)基于K最近參照樣品的已知類(lèi)別來(lái)確定受試者的類(lèi)別。
8.權(quán)利要求7的方法，其中K-最近鄰居分析中的參數(shù)K為4、5、6、7、8、9、10、11、12、或13。
9.權(quán)利要求1-8任一項(xiàng)的方法，其中所述抗CD40抗體治療是用激動(dòng)性抗CD40抗體進(jìn)行的治療。
10.權(quán)利要求9的方法，其中所述激動(dòng)性抗⑶40抗體刺激⑶40且增強(qiáng)⑶40和⑶40配體之間的相互作用。
11.權(quán)利要求9的方法，其中所述激動(dòng)性抗⑶40抗體包含SEQID NO :1所示重鏈氨基酸序列和SEQ ID NO 2所示輕鏈氨基酸序列。
12.權(quán)利要求9的方法，其中所述激動(dòng)性抗CD40抗體刺激CD40且不增強(qiáng)或抑制CD40 和⑶40配體之間的相互作用。
13.權(quán)利要求1-12任一項(xiàng)的方法，其中所述B細(xì)胞淋巴瘤是彌漫性大B細(xì)胞淋巴瘤 (DLBCL)。
14.權(quán)利要求1-12任一項(xiàng)的方法，其中所述B細(xì)胞淋巴瘤是非何杰金氏淋巴瘤。
15.權(quán)利要求14的方法，其中所述非何杰金氏淋巴瘤是濾泡性淋巴瘤、套細(xì)胞性淋巴瘤、邊緣區(qū)淋巴瘤、或小淋巴細(xì)胞性淋巴瘤。
16.權(quán)利要求1-15任一項(xiàng)的方法，其中所述樣品是福爾馬林固定、石蠟包埋的活檢樣品。
17.權(quán)利要求1-16任一項(xiàng)的方法，其中所述一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平是通過(guò)所述一種或多種標(biāo)志物基因的RNA轉(zhuǎn)錄物水平測(cè)量的。
18.權(quán)利要求17的方法，其中所述RNA轉(zhuǎn)錄物是通過(guò)qRT-PCR測(cè)量的。
19.權(quán)利要求17的方法，其中所述RNA轉(zhuǎn)錄物是通過(guò)微陣列測(cè)量的。
20.權(quán)利要求1-16任一項(xiàng)的方法，其中所述一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平是通過(guò)所述一種或多種標(biāo)志物基因的蛋白質(zhì)表達(dá)水平測(cè)量的。
21.一種用于預(yù)測(cè)具有B細(xì)胞淋巴瘤的受試者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性的試劑盒， 包括用于測(cè)量來(lái)自受試者的包含B淋巴瘤細(xì)胞的樣品中選自下組的一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的試劑BCL6，IFITMl，CD40, RGS13, VNN2, LM02, CD79B, CD22, BTG2, IGF1R, ⑶44，CTSC，EPDRl，UAPl和PUS7，及關(guān)于使用K-最近鄰居分析基于來(lái)自受試者的樣品和類(lèi)別已知的參照樣品中所述一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平將受試者歸為響應(yīng)或不響應(yīng)受試者的說(shuō)明書(shū)。
22.權(quán)利要求21的試劑盒，其中所述試劑包括用于通過(guò)qRT-PCR檢測(cè)所述一種或多種標(biāo)志物基因的表達(dá)水平的至少一對(duì)引物和至少一種探針。
23.權(quán)利要求22的試劑盒，其中所述引物對(duì)和探針選自下組SEQID N0:102、103和 104 ；SEQ ID NO :108、109 和 110 ;SEQ ID NO :27、28 和 29 ;SEQ ID NO :60、61、和 62 ;SEQ ID NO :93、94、和 95 ;SEQ ID NO :24、25、和 26 ;SEQ ID NO :57、58、和 59 ;SEQ ID NO :90、91 禾口 92 ；SEQID NO :114、115、禾口 116 ；SEQ ID NO :126、127、禾口 128 ；SEQ ID NO :30、31、禾口 32 ；SEQ ID NO :63、64、禾口 65 ；SEQ ID NO :96、97、禾口 98 ；SEQID NO :12、13、禾口 14 ；SEQ ID NO :45、46、 和 47 ；SEQ ID NO :78、79、禾口 80 ；SEQ ID NO :141、142、禾口 143 ；SEQ ID NO :150、151、和 152 ； SEQ ID NO :159、160、禾口161 ;SEQ ID NO 15、16、和17 ;SEQ ID NO :48、49、和50 ;SEQ ID NO: 81、82、和 83 ;SEQ ID NO :9、10、和 11 ;SEQ ID NO :42、43、和 44 ;SEQ ID NO :75、76、和 77 ； SEQ ID NO :6、7、和 8 ;SEQ ID NO :39、40、和 41 ;SEQ ID NO :72、73、和 74 ;SEQ IDNO :174、 175、和176;SEQ ID NO :180、181、和182 ;SEQ ID NO 186、187、和188 ;SEQ ID NO :165,166, ^P 167 ；SEQ ID NO 168、169、和 170 ;SEQ ID NO :171、172、和 173 ;SEQ ID NO :21、22、和23 ； SEQID NO:54、55、和56 ;SEQ ID NO :87、88、和89 ;SEQ ID NO 129、130、和131 ;SEQ ID NO: 132、133、和 134 ;SEQ ID NO 135、136、禾口 137 ;SEQ ID NO :138、139、禾口 140 ;SEQ ID NO :147、 148、和 149;SEQ ID NO 156、157、和158 ;SEQ ID NO 177、178、和179 ;SEQ IDNO :183、184、 和 185 ；及 SEQ ID NO 189、190、和 191。
全文摘要
本發(fā)明提供了對(duì)于預(yù)測(cè)或評(píng)估具有B細(xì)胞淋巴瘤的患者對(duì)抗CD40抗體治療的響應(yīng)性有用的方法和試劑盒。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102459639SQ201080027267
公開(kāi)日2012年5月16日 申請(qǐng)日期2010年4月17日 優(yōu)先權(quán)日2009年4月18日
發(fā)明者B.伯林頓, D.多南 申請(qǐng)人:健泰科生物技術(shù)公司