專利名稱：檢測獲得性免疫的方法
技術(shù)領(lǐng)域：
描述了通過利用從獲得性免疫系統(tǒng)細(xì)胞提取的核酸的大規(guī)模測序分析T細(xì)胞受體基因或抗體基因的多樣性來檢測患者的獲得性免疫的方法。
背景技術(shù)：
免疫能力是機(jī)體在暴露于病原體之后產(chǎn)生正常免疫應(yīng)答(即抗體產(chǎn)生和/或細(xì)胞介導(dǎo)的免疫)的能力，所述病原體可能是活的有機(jī)體(例如細(xì)菌或真菌)、病毒或是分離自病原體并引入疫苗中的特異性抗原性組分。免疫能力是免疫缺陷或無免疫力或免疫減弱的反義詞。以下為幾個實(shí)例還沒有功能健全的免疫系統(tǒng)，但是可能具有母傳抗體的新生兒 (免疫缺陷)；喪失或正在喪失免疫系統(tǒng)的晚期AIDS患者(無免疫力)；服用藥物，以便他們的身體不會排斥捐贈器官的移植接受者(免疫減弱)；老年人中T細(xì)胞功能的年齡相關(guān)的減弱；或者暴露于輻射或化療藥物的個體?？赡軙兄丿B的情況，但是這些術(shù)語都是表示異常的免疫系統(tǒng)。就淋巴細(xì)胞來說，免疫能力表示B細(xì)胞或T細(xì)胞是成熟的，能夠識別抗原并且允許人體啟動免疫應(yīng)答。免疫能力依賴獲得性免疫系統(tǒng)利用B細(xì)胞(免疫球蛋白，Igs)和T細(xì)胞(T細(xì)胞受體，TCR)所編碼的高度多態(tài)性受體來啟動對任何潛在外來抗原具有特異性的免疫應(yīng)答的能力。B細(xì)胞表達(dá)的Ig是由4條多肽鏈構(gòu)成的蛋白，即兩條重鏈(H鏈)和兩條輕鏈(L 鏈)形成的H2L2結(jié)構(gòu)。每對H鏈和L鏈都含有高變結(jié)構(gòu)域(由\和Vh區(qū)構(gòu)成)和恒定結(jié)構(gòu)域。Ig的H鏈有數(shù)種類型，即μ、δ、γ、α和β。個體中Ig的多樣性主要由高變結(jié)構(gòu)域決定。H鏈的V結(jié)構(gòu)域由三類種系基因區(qū)段，即乂… 和Jh區(qū)段組合連接而產(chǎn)生。高變結(jié)構(gòu)域序列多樣性通過在Ig基因重排過程中在Vh-Dh、Dh-Jh和Vh-Jh連接處獨(dú)立地添加或缺失核苷酸而進(jìn)一步提高。就這點(diǎn)而言，Ig的多樣性了反映免疫能力。α βΤ細(xì)胞表達(dá)的TCR是由2個跨膜多肽鏈(α和β )組成的蛋白，α和β鏈分別由TCRA和TCRB基因表達(dá)。Γ δΤ細(xì)胞中TCRD和TCRG基因座表達(dá)相似的TCR蛋白。每個TCR肽都含有可變互補(bǔ)性決定區(qū)(CDR)以及框架區(qū)(FR)和恒定區(qū)。α β T細(xì)胞的序列多樣性主要由α和β鏈可變結(jié)構(gòu)域的第三個可變互補(bǔ)性決定區(qū)(CDR3)環(huán)的氨基酸序列決定，這種多樣性分別是β鏈基因座中可變基因區(qū)段(V0)、多樣性基因區(qū)段(D0)和連接基因區(qū)段(Je)之間的重組以及α鏈基因座中類似Va和Ja基因區(qū)段之間的重組的結(jié)果。 TCRa和β鏈基因座中多種這樣的基因區(qū)段的存在允許編碼大量不同的⑶R3序列。⑶R3 序列多樣性通過在TCR基因重排過程中在Ve-De、De-Ji3連接處獨(dú)立地添加或缺失核苷酸而進(jìn)一步提高。就這點(diǎn)而言，TCR的多樣性反映了免疫能力。長期以來需要評價或檢測處于各種環(huán)境中的患者的獲得性免疫系統(tǒng)的方法，無論是免疫減弱的免疫能力還是自身免疫性疾病中調(diào)節(jié)異常的獲得性免疫。存在對于通過評價患者的免疫能力來診斷疾病狀態(tài)或老化影響的方法的需要。同樣，需要通過評價經(jīng)過治療的患者的免疫能力來監(jiān)測改善免疫系統(tǒng)的治療的結(jié)果。反之，存在對于用來監(jiān)測自身免疫性疾病侵襲和緩解情況下的獲得性免疫系統(tǒng)的方法的需要，以便監(jiān)測對治療的應(yīng)答或者需要在出現(xiàn)癥狀之間啟動預(yù)防性治療。發(fā)明概述本發(fā)明的一方面是組合物，其包含多種V-區(qū)段引物，其中每種引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及多種J-區(qū)段引物，其中每種引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J-區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCR CDR3區(qū)，從而產(chǎn)生足以對TCR基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。本發(fā)明的一個實(shí)施方案是組合物，其中每種V-區(qū)段引物都包含與單個νβ區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J 區(qū)段引物都包含與J β區(qū)段互補(bǔ)的序列，并且其中所述V區(qū)段引物與J-區(qū)段引物允許擴(kuò)增 TCRii⑶R3區(qū)。另一個實(shí)施方案是組合物，其中每種V-區(qū)段引物都包含與單個功能性Va 區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與J α區(qū)段互補(bǔ)的序列，并且其中所述V區(qū)段引物與J-區(qū)段引物允許擴(kuò)增TCRa CDR3區(qū)。本發(fā)明的另一實(shí)施方案是組合物，其中所述V區(qū)段引物與保守區(qū)段雜交，并且具有相似的退火強(qiáng)度。另一實(shí)施方案是其中所述V區(qū)段引物錨定在Vβ區(qū)段中相對于重組信號序列(RSS)的第-43位。另一實(shí)施方案是其中所述多種V區(qū)段引物由至少45種對45種不同的νβ基因具有特異性的引物組成。另一實(shí)施方案是其中所述V區(qū)段引物具有選自SEQ ID NOS 1-45的序列。另一實(shí)施方案是其中所述V區(qū)段引物具有選自SEQ ID NOS :58-102 的序列。另一實(shí)施方案是其中每個νβ區(qū)段都具有V區(qū)段引物。本發(fā)明的另一實(shí)施方案是組合物，其中所述J區(qū)段引物與Ji3區(qū)段的保守框架區(qū)元件雜交，并且具有相似的退火強(qiáng)度。權(quán)利要求2所述的組合物，其中所述多種J區(qū)段引物由至少13種對13種不同的Ji3基因具有特異性的引物組成。另一實(shí)施方案是權(quán)利要求2 所述的組合物，其中所述J區(qū)段引物具有選自SEQ ID NOS :46-57的序列。另一實(shí)施方案是其中所述J區(qū)段引物具有選自SEQ ID NOS :102-113的序列。另一實(shí)施方案是其中每個 J^區(qū)段都具有J區(qū)段引物。另一實(shí)施方案是其中所有的J區(qū)段引物均與相同的保守基序退火。本發(fā)明的另一實(shí)施方案是組合物，其中所擴(kuò)增的DNA分子從所述保守基序開始， 擴(kuò)增出足以在診斷上鑒定J區(qū)段的序列，并且包括⑶R3連接并延伸入V區(qū)段。另一實(shí)施方案是其中所擴(kuò)增的J β基因區(qū)段各自具有位于RSS位點(diǎn)下游第+11位至第+14位的獨(dú)特的 4堿基標(biāo)簽。本發(fā)明的另一方面是組合物，其還包含一組測序寡核苷酸，其中所述測序寡核苷酸與所擴(kuò)增的DNA分子內(nèi)的區(qū)域雜交。一個實(shí)施方案是其中所述測序寡核苷酸在所擴(kuò)增的 J^基因區(qū)段的RSS位點(diǎn)下游第+11位至第+14位的4堿基標(biāo)簽附近雜交。另一實(shí)施方案是其中所述測序寡核苷酸選自SEG ID NOS 58-700另一實(shí)施方案是其中V-區(qū)段或J-區(qū)段經(jīng)選擇含有利用密切相關(guān)序列的合并的序列錯誤校正。另一實(shí)施方案是組合物，其還包含用于從mRNA產(chǎn)生cDNA的通用C區(qū)段引物。本發(fā)明的另一方面是組合物，其包含多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCRG CDR3區(qū)，從而產(chǎn)生足以對抗體重鏈基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。本發(fā)明的另一方面是組合物，其包含多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增抗體重鏈(IGH) CDR3區(qū)，從而產(chǎn)生足以對抗體重鏈基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。本發(fā)明的另一方面是組合物，其包含多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增抗體輕鏈(IGL)\區(qū)，從而產(chǎn)生足以對抗體輕鏈基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。本發(fā)明的另一方面是方法，其包括選擇多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族 V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及選擇多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，以允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增CDR3區(qū)，從而產(chǎn)生足以對TCR基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的 DNA分子。本發(fā)明的一個實(shí)施方案是方法，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性νβ區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與J0區(qū)段互補(bǔ)的序列；并且其中將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，從而允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCR CDR3區(qū)并產(chǎn)生多種擴(kuò)增的DNA分子。另一實(shí)施方案是其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性Va區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與J α區(qū)段互補(bǔ)的序列；并且其中將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，從而允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng) (PCR)擴(kuò)增TCR⑶R3區(qū)并產(chǎn)生多種擴(kuò)增的DNA分子。本發(fā)明的另一實(shí)施方案是方法，其還包括對所擴(kuò)增的DNA分子進(jìn)行測序的步驟。 另一實(shí)施方案是其中所述測序步驟利用一組與所擴(kuò)增的DNA分子內(nèi)的區(qū)域雜交的測序寡核苷酸。另一實(shí)施方案是方法，其還包括計(jì)算所擴(kuò)增的DNA分子中TCRi3 CDR3序列的總多樣性的步驟。另一實(shí)施方案是其中所述方法顯示，正常人類個體的總多樣性大于1*106個序列，大于2*106個序列或大于3*106個序列。
本發(fā)明的另一方面是診斷人類患者免疫缺陷的方法，包括檢測所述患者的TCR CDR3序列的多樣性，并將所述患者的多樣性與獲自正常個體的多樣性進(jìn)行比較。本發(fā)明的實(shí)施方案是其中檢測TCR序列多樣性的方法，其包括以下步驟選擇多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族 V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及選擇多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，以允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCR⑶R3區(qū)，從而產(chǎn)生多種擴(kuò)增的DNA分子； 對所述擴(kuò)增的DNA分子進(jìn)行測序；計(jì)算所述擴(kuò)增的DNA分子中TCR⑶R3序列的總多樣性。本發(fā)明的實(shí)施方案是方法，其中比較所述多樣性通過利用以下方程來計(jì)算確定
權(quán)利要求
1.組合物，其包含(a)多種V-區(qū)段引物，其中每種引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及(b)多種J-區(qū)段引物，其中每種引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J-區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCR或 IG⑶R3區(qū)，從而產(chǎn)生足以對TCR或IG基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。
2.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中每種V-區(qū)段引物都包含與單個Vy區(qū)段或一族相似VY區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與JY區(qū)段互補(bǔ)的序列，并且其中V區(qū)段弓丨物與J-區(qū)段引物允許擴(kuò)增TCRYOTR3區(qū)。
3.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中每種V-區(qū)段引物都包含與單個νδ區(qū)段或一族相似V δ區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與J δ區(qū)段互補(bǔ)的序列，并且其中V區(qū)段弓丨物與J-區(qū)段引物允許擴(kuò)增TCR δ⑶R3區(qū)。
4.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中每種V-區(qū)段引物都包含與單個Va區(qū)段或一族相似Va區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與Ja區(qū)段互補(bǔ)的序列，并且其中V區(qū)段弓丨物與J-區(qū)段引物允許擴(kuò)增TCRa⑶R3區(qū)。
5.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中每種V-區(qū)段引物都包含與單個νβ區(qū)段或一族相似νβ區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與區(qū)段互補(bǔ)的序列，并且其中V區(qū)段弓丨物與J-區(qū)段引物允許擴(kuò)增TCRi3 CDR3區(qū)。
6.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中所述V區(qū)段具有相似的退火強(qiáng)度。
7.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中所有J區(qū)段引物均與相同的保守框架區(qū)基序退火。
8.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中所述擴(kuò)增的DNA分子從所述保守基序開始，在診斷上鑒定所述J區(qū)段，并且包含連接并延伸入所述V區(qū)段。
9.如權(quán)利要求1所述的組合物，還包含一組測序寡核苷酸，其中所述測序寡核苷酸與所述擴(kuò)增的DNA分子內(nèi)的區(qū)域雜交。
10.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中所述擴(kuò)增的DNA跨越V-D-J連接。
11.如權(quán)利要求1所述的組合物，其中所述V-區(qū)段或J-區(qū)段經(jīng)選擇含有利用密切相關(guān)序列的合并的序列錯誤校正。
12.如權(quán)利要求1所述的組合物，還包含用于從mRNA產(chǎn)生cDNA的通用C區(qū)段引物。
13.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述V區(qū)段引物錨定在νβ區(qū)段中相對于重組信號序列(RSS)的第-43位。
14.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述多種V區(qū)段引物由至少14種對14種不同的 νβ基因具有特異性的引物組成。
15.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述V區(qū)段引物具有選自SEQID NOS :1-45的序列。
16.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述V區(qū)段引物具有選自SEQID NOS :58-102的序列。
17.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中每個νβ區(qū)段或一族νβ區(qū)段都具有V區(qū)段引物。
18.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述引物不跨越內(nèi)含子/外顯子邊界。
19.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述J區(qū)段引物與所述Ji3區(qū)段的保守元件雜交，并且具有相似的退火強(qiáng)度。
20.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述多種J區(qū)段引物由至少5種對5種不同的 J^基因具有特異性的引物組成。
21.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述J區(qū)段引物具有選自SEQID NOS :46-57和 483的序列。
22.如權(quán)利要求5所述的組合物，所述J區(qū)段引物具有選自SEQID NOS :103-113,468 和484的序列。
23.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中每個Jβ區(qū)段都具有J區(qū)段引物。
24.如權(quán)利要求5所述的組合物，其中所述擴(kuò)增的Jβ基因區(qū)段各自具有位于RSS位點(diǎn)下游第+11位至第+14位的獨(dú)特的4堿基標(biāo)簽。
25.如權(quán)利要求M所述的組合物，其中所述測序寡核苷酸在所述擴(kuò)增的Jβ基因區(qū)段的RSS位點(diǎn)下游第+11位至第+14位的4堿基標(biāo)簽附近雜交。
26.如權(quán)利要求M所述的組合物，其中所述測序寡核苷酸選自SEGID NOS =470-4820
27.組合物，其包含(a)多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及(b)多種J-區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J-區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增抗體重鏈(IGH)Vh區(qū)，從而產(chǎn)生足以對抗體重鏈基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。
28.組合物，其包含(a)多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及(b)多種J-區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；其中所述V區(qū)段引物和J-區(qū)段引物允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增抗體輕鏈(IGL)\區(qū)，從而產(chǎn)生足以對抗體輕鏈基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的DNA分子。
29.方法，其包括(a)選擇多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V 區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及(b)選擇多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；(c)將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，以允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCR CDR3區(qū)，從而產(chǎn)生足以對TCR基因的多樣性進(jìn)行定量的多種擴(kuò)增的 DNA分子。
30.如權(quán)利要求四所述的方法，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個νβ區(qū)段或一族νβ 區(qū)段互補(bǔ)的序列，且每種J區(qū)段引物都包含與J0區(qū)段互補(bǔ)的序列；并且其中將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCRB ⑶R3區(qū)并產(chǎn)生多種擴(kuò)增的DNA分子。
31.如權(quán)利要求30所述的方法，還包括對所述擴(kuò)增的DNA分子進(jìn)行測序的步驟。
32.如權(quán)利要求31所述的方法，其中所述測序步驟利用一組與所述擴(kuò)增的DNA分子內(nèi)確定的區(qū)域雜交的測序寡核苷酸。
33.如權(quán)利要求32所述的方法，還包括計(jì)算所述擴(kuò)增的DNA分子中TCRi^⑶R3序列的總多樣性的步驟。
34.如權(quán)利要求33所述的方法，其中所述方法顯示出正常人類個體的總多樣性大于 1*106個序列。
35.如權(quán)利要求33所述的方法，其中所述方法顯示出正常人類個體的總多樣性大于 2*106個序列。
36.如權(quán)利要求33所述的方法，其中所述方法顯示出正常人類個體的總多樣性大于 3*106個序列。
37.診斷人類患者免疫缺陷的方法，包括檢測所述患者的TCR CDR3序列的多樣性，并將所述患者的多樣性與獲自正常個體的多樣性進(jìn)行比較。
38.如權(quán)利要求37所述的方法，其中檢測所述TCR序列的多樣性包括以下步驟(a)選擇多種V區(qū)段引物，其中每種V區(qū)段引物都包含與單個功能性V區(qū)段或一小族V 區(qū)段互補(bǔ)的序列；以及(b)選擇多種J區(qū)段引物，其中每種J區(qū)段引物都包含與J區(qū)段互補(bǔ)的序列；(c)將所述V區(qū)段引物和J區(qū)段引物與基因組DNA樣品混合，以允許通過多重聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增TCR⑶R3區(qū)，從而產(chǎn)生多種擴(kuò)增的DNA分子；(d)對所述擴(kuò)增的DNA分子進(jìn)行測序；(e)計(jì)算所述擴(kuò)增的DNA分子中TCRCDR3序列的總多樣性。
39.如權(quán)利要求38所述的方法，其中比較所述多樣性通過利用以下方程來計(jì)算確定
40.如權(quán)利要求38所述的方法，其中比較至少兩個基因組DNA樣品的多樣性。
41.如權(quán)利要求40所述的方法，其中一個基因組DNA樣品來自患者，且另一個樣品來自正常個體。
42.如權(quán)利要求40所述的方法，其中一個基因組DNA樣品來自治療處理之前的患者，且另一個樣品來自治療之后的所述患者。
43.如權(quán)利要求40所述的方法，其中所述兩個基因組DNA樣品來自治療期間不同時間的同一患者。
44.如權(quán)利要求40所述的方法，其中基于所述基因組DNA樣品中多樣性的比較來診斷疾病。
45.如權(quán)利要求40所述的方法，其中通過所述比較來評價人類患者的免疫能力。
全文摘要
描述了檢測免疫能力的方法。該方法提供了評價危害免疫系統(tǒng)的疾病或疾病狀態(tài)的影響和旨在重建免疫系統(tǒng)的治療的效果的方法。該方法基于通過計(jì)算來自血細(xì)胞的不同的T細(xì)胞受體(TCR)β鏈可變區(qū)的數(shù)量來對T細(xì)胞多樣性進(jìn)行定量。
文檔編號C12Q1/68GK102459643SQ201080028875
公開日2012年5月16日 申請日期2010年6月4日 優(yōu)先權(quán)日2009年6月25日
發(fā)明者克里斯多佛·斯科特·卡爾森, 哈蘭·S·羅賓斯, 艾杜斯·H·沃倫 申請人:弗雷德哈欽森癌癥研究中心