專利名稱：關(guān)于對聚乙二醇干擾素和利巴韋林應(yīng)答的與預(yù)治療血清ip-10定量結(jié)合的il28b基因多態(tài) ...的制作方法
關(guān)于對聚乙二醇干擾素和利巴韋林應(yīng)答的與預(yù)治療血清IP-10定量結(jié)合的IL28B基因多態(tài)性的預(yù)測值相比這些生物標(biāo)記中任何單獨(dú)一種增強(qiáng)本發(fā)明涉及一種方法，所述方法將7ZJ 部基因型測定與IP- ο的預(yù)治療血清水平測量結(jié)合，以預(yù)測感染HCV的個體患者對聚乙二醇干擾素和利巴韋林持續(xù)病毒應(yīng)答(SVR)或不應(yīng)答的結(jié)果。作為黃病毒科的成員的丙型肝炎病毒(HCV)是一種能導(dǎo)致慢性肝炎的血源性病毒，并可導(dǎo)致肝纖維化、肝硬變和癌癥。世界范圍內(nèi)約I億7000萬人感染HCV，但治療選擇有限。治療慢性丙型肝炎目前的護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)由每周注射一次聚乙二醇化干擾素a (IFN-a)和每日口服兩次利巴韋林構(gòu)成(Fried和Hadziyannis, 2004, Semin Liver Dis 24 Suppl2，47-54)。然而，接受48周療程后，僅40-50%的感染基因型I或4的患者達(dá)到持續(xù)的病 毒應(yīng)答(SVR)，相比之下感染基因型2或3的患者為80%。由此可見，顯然病毒基因型部分決定IFN-α /利巴韋林治療應(yīng)答。此外，當(dāng)前的護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)通常伴隨副作用，例如抑郁和貧血(Fried和Hadziyannis，2004)。因此對HCV患者而言，存在對新型更有效更安全治療的選擇的未滿足醫(yī)學(xué)需要。因而對治療HCV基因型I的護(hù)理標(biāo)準(zhǔn)目前包括服用48周的聚乙二醇IFN- α和利巴韋林，24周的隨訪以確定是否達(dá)到持續(xù)病毒應(yīng)答。持續(xù)病毒應(yīng)答(SVR)定義為治療停止后至少24周檢測不到HCV RNA。關(guān)于利用這些藥劑治療的持續(xù)時間、費(fèi)用和死亡率已在本領(lǐng)域構(gòu)成以下需求更好地理解應(yīng)答和提前識別可從修改治療策略中受益的患者。近期已產(chǎn)生的資料顯示對IFN-α應(yīng)答的遺傳貢獻(xiàn)(genetic contribution),其中在來自不同種族背景的HCV感染個體中IL28B多態(tài)性與臨床測定的病毒清除率之間有很強(qiáng)的關(guān)聯(lián)。該資料支持宿主部分決定先前與細(xì)胞因子血清標(biāo)記相關(guān)的治療失敗，其中最相關(guān)的是在開始治療前測定的ip- ο血清水平。顯示抗HCV活性的IFN- λ蛋白質(zhì)由沒和TZ匆基因編碼(Kotenko,等，2003,Nature Immunol. 4:69; Sheppard 等，2003，Nature Tmmunol. 4:63),而部基因編碼干擾素-λ 3 (IFN-A3)。近期研究已識別了一種單核苷酸多態(tài)性(SNP) (rsl2979860,SEQ ID NO: I)，其位于7ZJ 部基因上游3千堿基(3kb)處，可作為治療應(yīng)答的潛在預(yù)測標(biāo)記(Ge等，2009，Nature 461:399)。該發(fā)現(xiàn)由其他使用其他臨近IL28B基因的SNP標(biāo)記(rsl2980275, SEQ ID NO: 2 和 rs8099917, SEQ ID NO: 3)的獨(dú)立研究所證實(shí)(Suppiah等，2009， Nature Genetics 41:1100; Tanaka 等，2009，Nature Genetics 41:1105)。有利的突體顯示與多于應(yīng)答HCV藥物治療的兩倍差異緊密關(guān)聯(lián)。在多種族群體中，約80%具有兩個有利變體拷貝的患者在IFN-α治療期間清除了病毒，并且在治療后24周時間中仍不存在病毒。該遺傳關(guān)聯(lián)似乎在包括歐洲、非洲和亞洲患者在內(nèi)的所研究的所有族群中的應(yīng)答預(yù)測都是重要的。這些研究也提供了以下初步證據(jù)在外周血單核細(xì)胞(PBMC)中7ZJ 部mRNA表達(dá)受與對IFN-a治療的增強(qiáng)應(yīng)答相關(guān)的7ZJ 部基因型影響。在后期的研究中，該基因型也顯示大大地增強(qiáng)了在歐洲和非洲裔個體中HCV感染的自然分辨率(naturalresolution) (Thomas等,2009，Nature 461:798)。這些研究還為在個性化醫(yī)學(xué)設(shè)定中預(yù)測對的IFN-α的應(yīng)答提供了一定希望。在將IFN-Y誘導(dǎo)蛋白10(IP-10或CXCL10)識別為非應(yīng)答的標(biāo)記之前，腫瘤壞死因子a (TNF- α )、白介素(IL) 1B、IL_10和IL_8被識別為對IFN- α治療不應(yīng)答的血清標(biāo)記。ΙΡ-10在HCV患者肝臟和血清中顯示提升，并且發(fā)現(xiàn)其水平在對IFN- α不應(yīng)答的HCV患者中相比應(yīng)答者中提高更多。該發(fā)現(xiàn)也在包括歐洲高加索裔DITTO-研究在內(nèi)的更大數(shù)據(jù)集中被證實(shí)，其中基線水平為對治療應(yīng)答預(yù)測的最重要的決定因子(Romeix)等，2006，JID 194:895; Lagging 等，2006，Hepatology 44:1617)。后來，關(guān)于 IP-10 的發(fā)現(xiàn)延伸到HCV/HIV共感染的患者(Zeremski等，2007，JAIDS 45:262)，其隨后在二次研究中證實(shí)并且還與這些患者中肝炎和纖維化相關(guān)(Reiberger等,2008，Antivir Ther 13:969)。所述IP-10關(guān)聯(lián)性也在不同的種族群體中顯示(Fried等，AASLD 2008, poster 1223)。本領(lǐng)域出現(xiàn)了這樣的一種普遍性的觀點(diǎn)，即在RNA、細(xì)胞或蛋白水平顯示的免疫應(yīng)答的提升可表明對IFN-α /利巴韋林療法的應(yīng)答不強(qiáng)，盡管這沒有達(dá)到在臨床使用的分析或先進(jìn)技術(shù)水平。盡管標(biāo)記是已知的，但關(guān)于不應(yīng)答的機(jī)制仍然未知。此外，盡管有前景， 但I(xiàn)L28B基因型沒有解釋干擾素應(yīng)答的所有方面，并且該發(fā)現(xiàn)與其他已知生物標(biāo)記(如病毒基因型、病毒載量、重量、纖維化和IP-10)如何聯(lián)系起來還不清楚。在IL28B基因產(chǎn)物IFN-λ 3的活性和免疫基因表達(dá)之間的分子聯(lián)系表明IL28B和下游細(xì)胞因子和趨化因子水平應(yīng)為獨(dú)立的，因而下游血清標(biāo)記例如IP-10可有效描述同樣的基因型現(xiàn)象。最近報導(dǎo)的IL28B遺傳多態(tài)性極其令人振奮，其可以產(chǎn)生關(guān)于對聚乙二醇干擾素和利巴韋林治療實(shí)現(xiàn)持續(xù)病毒應(yīng)答的重要預(yù)后信息。然而，其作為獨(dú)立試驗(yàn)的臨床實(shí)用性仍為有限的。對于CC基因型，SVR的似然率(likelihood)估計為約80%。相比之下，對于TC雜合子，應(yīng)答的似然率降低到約50%。因而，該基因分型試驗(yàn)的陽性或陰性預(yù)測值相對低，這可弱化其在抗病毒治療決策中的應(yīng)用。建立于其預(yù)測能力的方法(遺傳試驗(yàn)與抗病毒應(yīng)答的其他易得標(biāo)記聯(lián)用)可改進(jìn)陽性或陰性預(yù)測值并改善臨床實(shí)用性。本發(fā)明的一部分為高加索人和非裔美國人的HCV樣品分析，其中意想不到地確定，IP- ο血清水平和IL28B基因型互為補(bǔ)充且為獨(dú)立的應(yīng)答預(yù)測物，特別地對于IL28B基因型雜合的或?qū)Σ粦?yīng)答者基因型純合的感染HCV的患者中測量的IP-10水平為在測定對IFN-a治療的應(yīng)答方面提供了另外的價值。對來自VIRAHEP-C (NIH資助的臨床試驗(yàn))的80名參與者使用ABI TaqMan等位區(qū)分試劑盒測試IL28B多態(tài)性標(biāo)記rsl2979860?；蚍中偷幕颊邽樽友芯康囊徊糠?，為其在歸檔血清中測定一組血清因子(Fried等，EASL 2008)。本群體包括40名SVR和40名不應(yīng)答者，其中39名為高加索人，41名為非裔美國人。CC、CT或TT基因型分別以19%、61%和20%存在，其相應(yīng)的SVR率分別為87%、47%和25%(x 2=13. 4，p=0. 0012)，其與Ge等的初始報告一致(2009，Nature 461:399)。平均血清IP-10水平是相似的，且似乎與7ZJ 部基因型不相關(guān)(p=0. 28)。在IP-10水平低 600 pg/ml)的患者中發(fā)現(xiàn)78%的SVR率，相比之下IP-10水平高(>600 pg/ml)的患者的 SVR 率為 36% ( X 2=17· I, ρ〈0· 0001)。在7ZJ 部基因型群體中血清ΙΡ-10水平提供關(guān)于SVR似然率的另外和獨(dú)立的信息(x2=27. 5, ρ〈0. 0001)。更具體而言，IP-IO水平低的CT攜帶者SVR為79%，相比之下高IP-10水平為34%。在TT攜帶者其中，確定到相似的關(guān)系(低IP-10的50%對比高IP-10的 10%)。
權(quán)利要求
1.一種方法，其將兩個或更多個選自以下的參數(shù)結(jié)合以預(yù)測感染HCV的個體患者對聚乙二醇干擾素和利巴韋林持續(xù)病毒應(yīng)答(SVR)或不應(yīng)答的結(jié)果IP-10的預(yù)治療血清水平測量值、基因型測定結(jié)果、種族或丙型肝炎病毒載量測定結(jié)果。
2.權(quán)利要求I的方法，其中將所述7ZJ 部基因型測定結(jié)果和所述IP-IO的預(yù)治療血清水平測量值結(jié)合，以預(yù)測感染HCV的個體患者對聚乙二醇干擾素和利巴韋林持續(xù)病毒應(yīng)答(SVR)或不應(yīng)答的結(jié)果。
3.權(quán)利要求2的方法，其中加入種族參數(shù)。
4.權(quán)利要求2的方法，其中加入丙型肝炎病毒載量測定結(jié)果。
5.權(quán)利要求2的方法，其中加入種族參數(shù)和丙型肝炎病毒載量測定結(jié)果。
6.根據(jù)權(quán)利要求1-5中任一項(xiàng)的方法，其中所述7ZJ 部基因型包括如下多態(tài)性標(biāo)記rsl2979860、rsl2980275和/或rs8099917，或任何其它與這些標(biāo)記連鎖不平衡的基因標(biāo)記。
7.權(quán)利要求6的方法，其中相比7ZJ 部基因型和血清IP-10水平兩種單獨(dú)標(biāo)記中任一種，結(jié)合測量結(jié)果進(jìn)一步區(qū)分感染HCV的個體患者對聚乙二醇干擾素和利巴韋林的SVR和不應(yīng)答。
8.用于權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的方法的診斷測定產(chǎn)品，其包括用于至少測定或測量HCV感染患者血清中IL28B多態(tài)性和IP-10水平的工具。
9.包括建模軟件的計算機(jī)系統(tǒng)，所述建模軟件使用由權(quán)利要求1-7中任一項(xiàng)的方法獲得的結(jié)果信息，用于預(yù)測對感染HCV的個體患者對聚乙二醇干擾素和利巴韋林的持續(xù)病毒應(yīng)答(SVR)或不應(yīng)答。
全文摘要
本發(fā)明涉及一種方法，所述方法將IL28B基因型測定與IP-10的預(yù)治療血清水平測量結(jié)合，以預(yù)測感染HCV的個體患者對聚乙二醇干擾素和利巴韋林持續(xù)病毒應(yīng)答(SVR)或不應(yīng)答的結(jié)果。
文檔編號C12Q1/68GK102770557SQ201080058772
公開日2012年11月7日 申請日期2010年12月21日 優(yōu)先權(quán)日2009年12月22日
發(fā)明者G.C.范寧, J.阿爾森斯, M.W.弗里德 申請人:愛爾蘭詹森研發(fā)公司