專利名稱：一組用于禾谷絲核菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及一組對小麥紋枯病菌禾谷絲核菌進(jìn)行多樣性分析的微衛(wèi)星引物，可應(yīng)用于禾谷絲核菌群體遺傳多樣性的分析，屬植物保護(hù)領(lǐng)域。
背景技術(shù)：
由絲核菌侵染小麥引起的小麥紋枯病(sharp eyespot ofwheat)，是一種世界性小麥病害，幾乎遍布世界各溫帶小麥種植區(qū)。該病在我國冬麥區(qū)普遍發(fā)生，并已成為黃淮平原及長江流域麥區(qū)的主要病害之一。國內(nèi)許多學(xué)者對小麥紋枯病病原進(jìn)行了較深入的研究，表明在我國小麥紋枯病的病原主要是禾谷絲核菌(Miizoctonia cerealis Van der Hoeven)，屬雙核絲核菌的AG-D融合群，其有性型為擔(dān)子菌門的禾谷角擔(dān)菌 (Ceratobasidium cereale Murray and Burpee)。絲核菌是以菌絲融合群來進(jìn)行分類的， 其中弓丨起小麥紋枯病的禾谷絲核菌是一種土傳植物病原真菌，在自然界中也可能存在菌絲融合現(xiàn)象，為其遺傳物質(zhì)的交換提供了條件。禾谷絲核菌具有豐富的遺傳多樣性，不同群體間可能存在遺傳結(jié)構(gòu)的差異。微衛(wèi)星(Microsatelite)或稱簡單重復(fù)序列(Simplesequence repea, SSR)，是由1-6個核苷酸重復(fù)串聯(lián)構(gòu)成的DNA序列。SSR在真核生物基因組中分布廣泛、數(shù)量豐富， 并具有較高的突變頻率，因此作為一種基于PCR的共顯性遺傳標(biāo)記，具有相對較高的多態(tài)性并且經(jīng)濟(jì)易行，適于大規(guī)模樣品的群體遺傳多樣性分析。目前，SSR已經(jīng)成為分子生態(tài)學(xué)研究應(yīng)用最廣泛的分子標(biāo)記，在遺傳多樣性分析、遺傳圖譜構(gòu)建、物種分類和系統(tǒng)發(fā)育，以及植物病害流行學(xué)、病原菌的進(jìn)化和遷移規(guī)律方面有著重要的應(yīng)用價值。到目前為止國際上還沒有一套用以分析禾谷絲核菌群體遺傳結(jié)構(gòu)的微衛(wèi)星引物，本發(fā)明提供了一組用于禾谷絲核菌群體遺傳多樣性分析的微衛(wèi)星引物，具有多態(tài)性高、結(jié)果穩(wěn)定等優(yōu)點(diǎn)，有很好的應(yīng)用價值。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明目的在于提供用于小麥紋枯病菌禾谷絲核菌群體遺傳多樣性分析的微衛(wèi)星引物，并進(jìn)一步給出了應(yīng)用該引物的PCR檢測方法。1、引物設(shè)計(jì)根據(jù)小麥紋枯病菌禾谷絲核菌菌株R0301的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫相關(guān)序列設(shè)計(jì)多態(tài)性豐富的微衛(wèi)星引物，引物序列如下表1禾谷絲核菌微衛(wèi)星引物及對應(yīng)的指標(biāo)參數(shù)
權(quán)利要求
1. 一組用于小麥紋枯病菌禾谷絲核菌群體遺傳結(jié)構(gòu)分析的微衛(wèi)星引物，其核苷酸序列為R4-uAGTAGAGGTGATGGAGGAAGR4-dCTGATGACGCTGTATGGTATR5-uAGCAGCAGATGCAGATGCAGR5-dGTCCCAACAACGCTCCTCATRll-uCTGCCTCGATCCTAAGATCGRll-dATCAACATCTGCGTAAAGCGR14-uCATCCCGTTGTGTGCCATTGR14-dGTCTCTCTCACCACCGCAGTR15-uTTGTTGAGCGCTTGAGCCAGR15-dCTCGCCGTCCTTCGCATAACR16-uGAATGCAACTTCCATCTCAGR16-dAACATCTTGCTCCCACGTTG
2.根據(jù)權(quán)力要求1所述的一組用于小麥紋枯病菌禾谷絲核菌群體遺傳結(jié)構(gòu)分析的微衛(wèi)星引物，其特征在于所述微衛(wèi)星引物的指標(biāo)參數(shù)如下表所示引物重復(fù)基序上下游引物序列Tm 值 (°C)擴(kuò)增片段大小(bp)等位基因數(shù)R4(AAG)8R4-u R4-dAGTAGAGGTGATGGAGGAAG CTGATGACGCTGTATGGTAT58276-2846R5(C)5A(CAG)5R5-u R5-dAGCAGCAGATGCAGATGCAG GTCCCAACAACGCTCCTCAT62420-4243Rll(G)7(T)15Rll-u Rll-dCTGCCTCGATCCTAAGATCG ATCAACATCTGCGTAAAGCG60248-26311R14(TGG) 12R14-u R14-dCATCCCGTTGTGTGCCATTG GTCTCTCTCACCACCGCAGT62319-3477R15(GGAAAC)8R15-U R15-dTTGTTGAGCGCTTGAGCCAG CTCGCCGTCCTTCGCATAAC62214-25010R16(T)5A(T)5A(T)5R16-U R16-dGAATGCAACTTCCATCTCAG AACATCTTGCTCCCACGTTG58263-29213
3.權(quán)力要求1所述引物在禾谷絲核菌群體遺傳結(jié)構(gòu)分析中的應(yīng)用。
全文摘要
本發(fā)明公開了一組用于小麥紋枯病菌禾谷絲核菌多樣性分析的微衛(wèi)星引物，并進(jìn)一步提供了利用該組引物進(jìn)行菌株多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)分析的方法，屬植物保護(hù)領(lǐng)域。本發(fā)明所提供的用于禾谷絲核菌多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)分析的微衛(wèi)星引物，是根據(jù)禾谷絲核菌的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫開發(fā)設(shè)計(jì)的。該組引物擴(kuò)增產(chǎn)物清晰、穩(wěn)定、多態(tài)性好，可用于禾谷絲核菌菌株的多樣性及群體遺傳結(jié)構(gòu)的分析，該方法具有快速、經(jīng)濟(jì)、穩(wěn)定、操作簡便等特點(diǎn)。
文檔編號C12N15/11GK102220425SQ20111011968
公開日2011年10月19日 申請日期2011年5月10日 優(yōu)先權(quán)日2011年5月10日
發(fā)明者孫海燕, 張愛香, 李偉, 王寧, 陳懷谷 申請人:江蘇省農(nóng)業(yè)科學(xué)院