專利名稱：對(duì)干擾素治療腎細(xì)胞癌反應(yīng)的鑒定標(biāo)記的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本申請(qǐng)是2003年4月8日提交的申請(qǐng)?zhí)枮?3807838. 4，發(fā)明名稱為“具有改進(jìn)形態(tài)發(fā)生的植物及其制備方法”申請(qǐng)的分案申請(qǐng)。本發(fā)明涉及利用人基因多態(tài)性作為指示物 (標(biāo)記)，評(píng)估使用干擾素對(duì)腎細(xì)胞癌的腫瘤抑制效果的方法，在這種方法中使用的寡核苷酸，以及這種基因多態(tài)性的檢測(cè)試劑盒。
背景技術(shù)：
腎細(xì)胞癌是對(duì)目前實(shí)施的任何治療，例如，使用化學(xué)治療藥物、免疫治療藥物等的藥物治療、放射治療、外科手術(shù)和/或類似方法的反應(yīng)率都較低的難治性疾病。此外，據(jù)報(bào)道，到診斷出患有腎細(xì)胞癌時(shí)已經(jīng)發(fā)展為遠(yuǎn)程轉(zhuǎn)移的病例高達(dá)大約30%。除外科手術(shù)外， 上述藥物治療中使用干擾素(IFNs)的免疫治療被認(rèn)為特別有效；但是，單獨(dú)施用IFN-a 時(shí)，通過(guò)這種治療獲得的反應(yīng)率低到只有大約15%，單獨(dú)施用IFN-Y時(shí)，反應(yīng)率只達(dá)到 10-15%。即使與抗癌劑組合使用，也沒(méi)有獲得產(chǎn)生的效果比IFN-α單一療法更高的其他治療方法。目前實(shí)施的使用IFN的免疫療法主要是單獨(dú)使用IFN-α或聯(lián)合使用IFN-γ的長(zhǎng)期維持治療。與此同時(shí)，基因組科學(xué)的發(fā)展正在快速闡明與藥物反應(yīng)性有關(guān)的藥物動(dòng)力學(xué)、酶和蛋白質(zhì)的基因多態(tài)性等等。在人基因組分析中，因?yàn)樽罱?jīng)常發(fā)現(xiàn)基因多態(tài)性標(biāo)記，因此單核苷酸多態(tài)性(SNPs)已經(jīng)引起大家注意。已知這種SWs可用于分析與常見(jiàn)疾病、藥物反應(yīng)等等相關(guān)的人基因組(參見(jiàn)非專利文件1、2和3)。也已經(jīng)已知利用多種SNPs的單倍體分析可用于分析對(duì)疾病的易感性(參見(jiàn)非專利文獻(xiàn)4)。近來(lái)，為了建立所謂的個(gè)體病人定制醫(yī)學(xué)，已經(jīng)提議研究揭示給定的基因多態(tài)性和病人的藥物敏感性/藥物反應(yīng)性之間的關(guān)系。預(yù)測(cè)IFN治療效果的已知方法是分析HCV(人丙型肝炎病毒(人HCV))感染病人的基因組上的MxA-8/MxA123 MBL-221/MBL-CLD密碼子MSNPs與IFN-α應(yīng)答者(對(duì)該治療反應(yīng)性的病人)和非應(yīng)答者(對(duì)該治療沒(méi)反應(yīng)性的病人)之間的關(guān)系，從而預(yù)測(cè)和評(píng)估 HCV感染的病人對(duì)IFN治療的反應(yīng)程度(專利文獻(xiàn)1)。另一個(gè)已知方法利用IFN-α受體 2基因的啟動(dòng)子區(qū)域和位置134處的SNP作為基因多態(tài)性標(biāo)記來(lái)預(yù)測(cè)IFN治療反應(yīng)(專利文獻(xiàn)2)。該文件公開的靶疾病從由乙型肝炎、丙型肝炎、惡性膠質(zhì)瘤、成神經(jīng)管細(xì)胞瘤、星形細(xì)胞瘤、皮膚惡性黑色素瘤，類肝炎、腎癌、多發(fā)性骨髓瘤、毛細(xì)胞白血病、慢性髓細(xì)胞性性白血病、亞急性硬化性全腦炎、病毒性腦炎、免疫抑制病人的全身性帶狀皰疹和水痘、未分化鼻咽癌、伴隨聽(tīng)力減退的內(nèi)耳病毒感染性疾病、皰疹性角膜炎、扁平濕疣、尖銳濕疣、由腺病毒和/或皰疹病毒感染引起的結(jié)膜炎、生殖器皰疹、感冒瘡、子宮頸癌、癌性胸膜積水、角化棘皮瘤、基底細(xì)胞癌和δ型慢性活動(dòng)型肝炎。此外，評(píng)估IFN-α治療丙型肝炎的反應(yīng)的已知方法是測(cè)量IRF-1基因啟動(dòng)子區(qū)域位置196處的鳥嘌呤(G)被置換成腺嘌呤(A)(參見(jiàn)專利文獻(xiàn)3)。但是迄今為止，還沒(méi)有文件具體報(bào)告IFN對(duì)腎細(xì)胞癌的治療反應(yīng)與給定SNPs之間的關(guān)系。已經(jīng)報(bào)道IFN-α應(yīng)答者和非應(yīng)答者的幾百個(gè)基因表達(dá)圖譜(參見(jiàn)非專利文獻(xiàn)4 和專利文獻(xiàn)4)。這些圖譜是利用如DNA芯片(高密度寡核苷酸或微陣列)、差異顯示、差異 cDNA陣列、SAGE(基因表達(dá)系列分析)、表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)庫(kù)比較等技術(shù)產(chǎn)生的。這些方法可用來(lái)分析結(jié)腸癌、乳癌、卵巢癌、多發(fā)性硬化病變、白血病和腎細(xì)胞癌中的基因表達(dá)。此外非專利文獻(xiàn)4還包括了如IRF2、STAT1、STAT2、STAT4、STAT5、STAT6等的基因；但是，沒(méi)有公開用于本發(fā)明的具體基因的SNPs。[專利文獻(xiàn)1]未審查的日本專利出版物No.2003-88382[專利文獻(xiàn)2]未審查的日本專利出版物No.2003-339380[專利文獻(xiàn)3]未審查的日本專利出版物No.2001-136973[專利文獻(xiàn)4]未審查的日本專利出版物No.2004-507253[非專利文獻(xiàn) 1]Brookes，A. J.，“ The essence of SNPs" , Gene, USA, (1999), 234，177-186[非專利文獻(xiàn) 2]Cargill，M，等，“Characterization of single-nucleotide polymorphisms in coding regions of human genes" , Nature Genet. , USA, (1999),22, 231-238[3]Evans, W. E. ，&Relling，M. V. ，‘‘ Pharmacogenomics translating functional genomics into rational therapeutics " , Science, USA, (1999),286, 487-491[非專利文獻(xiàn) 4]Schlaak，J. F.，et. al.，“ Cell-type and Donor-specific Transcriptional Responses to Interferon-α " , J. Biol. Chem. , (2002)277,51, 49428-49437發(fā)明公開的內(nèi)容發(fā)明解決的問(wèn)題本發(fā)明的主要目標(biāo)是提供評(píng)估使用干擾素對(duì)腎細(xì)胞癌的治療反應(yīng)(腫瘤抑制效果)的方法。解決問(wèn)題的方法為了解決上述問(wèn)題，本發(fā)明的發(fā)明人任意挑選了 33個(gè)基因作為基因多態(tài)性分析的候選基因，這些基因包括IFN相關(guān)基因、據(jù)報(bào)道與IFN-Y信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)有關(guān)的基因，以及據(jù)報(bào)道添加/施用IFN時(shí)其表達(dá)發(fā)生改變的基因。發(fā)明人利用公共的多態(tài)性數(shù)據(jù)庫(kù)搜索了這些候選基因上的SNPs，最終選擇出了 463個(gè)候選SNPs。然后，利用來(lái)源于兩個(gè)病人組施用 IFN-α在腎細(xì)胞癌誘導(dǎo)出腫瘤抑制效果的IFN應(yīng)答者組(對(duì)該治療起反應(yīng)的病人)和IFN 非應(yīng)答者組(對(duì)該治療不起反應(yīng)的病人)的基因組DNA樣品，確定選擇的這些SNPs的頻率差異。結(jié)果，發(fā)明人發(fā)現(xiàn)下列8個(gè)基因上SNPs在上述兩個(gè)組之間存在統(tǒng)計(jì)學(xué)上有意義的差已升。(1)STAT3基因(轉(zhuǎn)錄的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)物和激活因子3 :STAT3 (GenBank登記入冊(cè)號(hào) NT_010755))(以下簡(jiǎn)稱〃 STAT3 基因〃)、(2)SSI3基因(細(xì)胞因子信號(hào)抑制劑3 :SSI3 (GenBank登記入冊(cè)號(hào)NT_010641)) (以下簡(jiǎn)稱"SSI3基因")、
(3)IL_4R基因(白細(xì)胞介素4受體(GenBank登記入冊(cè)號(hào)NT_010393))(以下簡(jiǎn)稱〃 IL-4R")、G)IRF2基因(干擾素調(diào)節(jié)因子2 :IRF2(GenBank登記入冊(cè)號(hào)NT_022792))(以下簡(jiǎn)稱〃 IRF2基因〃)、(5) ICSBP基因(干擾素共有序列結(jié)合蛋白ICSBPl (GenBank登記入冊(cè)號(hào) ΝΤ_019609)(以下簡(jiǎn)稱"ICSBPl 基因〃)、(6) PTGSl基因(前列腺素內(nèi)過(guò)氧化物合酶1 :PTGS1 (GenBank登記入冊(cè)號(hào) NT_008470)(以下簡(jiǎn)稱"PTGSl 基因〃)、(7) PTGS2基因(前列腺素內(nèi)過(guò)氧化物合酶2 :PTGS2 (GenBank登記入冊(cè)號(hào) NT_004487)(以下簡(jiǎn)稱〃 PTGS2 基因〃)、(8) TAP2基因(轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，ATP結(jié)合盒，主要組織相容性復(fù)合物2 :TAP2 (GenBank登記入冊(cè)號(hào)NT_007592)(以下簡(jiǎn)稱〃 TAP2基因")本發(fā)明的發(fā)明人更進(jìn)一步地研究了上述基因上存在的SNPs與IFN治療腎細(xì)胞癌的反應(yīng)之間的關(guān)系。結(jié)果，發(fā)明人已經(jīng)證實(shí)16個(gè)SM^s與施用IFN-α對(duì)腎細(xì)胞癌的腫瘤抑制效果密切相關(guān)，而且發(fā)明人也意識(shí)到這些SWs可以作為評(píng)估IFN治療后的腫瘤抑制效果的標(biāo)記。更具體地說(shuō)，發(fā)明人已經(jīng)發(fā)現(xiàn)檢測(cè)這些SWs能夠預(yù)測(cè)施用的IFN對(duì)腎細(xì)胞癌的腫瘤抑制效果(治療反應(yīng))(預(yù)測(cè)性診斷)。發(fā)明人以這些發(fā)現(xiàn)為基礎(chǔ)，通過(guò)更進(jìn)一步的研究完成了本發(fā)明。本發(fā)明提供了如下文1-11條所描述的評(píng)估對(duì)腎細(xì)胞癌病人進(jìn)行IFN治療后的腫瘤抑制效果的方法。條款1. 一種評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制效果的方法，該方法包括下列步驟⑴到(iv)；(i)獲取來(lái)源于腎細(xì)胞癌病人的基因樣品(基因組DNA樣品)的步驟、(ii)利用在上述步驟(i)中獲得的基因樣品，制備選自STAT3基因、SSI3基因、 IL-4R基因、IRF2基因、ICSBP基因、PTGSl基因、PTGS2基因和TAP2基因中的至少一個(gè)基因的基因組DNA或其互補(bǔ)鏈的步驟、(iii)分析基因組DNA或其互補(bǔ)鏈的DNA序列，并確定其基因多態(tài)性、和(iv)利用上述步驟(iii)中確定的至少一個(gè)基因多態(tài)性作為標(biāo)記，評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制效果。條款2. —種依照條款1的評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制效果的方法， 其中基因多態(tài)性是選自STAT3基因、IL-4R基因、IRF2基因和TAP2基因中的至少一個(gè)基因的多態(tài)性。條款3. —種依照條款1的評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制效果的方法， 其中基因多態(tài)性是選自下列(a)到(P)的至少一種多態(tài)性(a)在STAT3基因的位置4M3095處具有基因型C/T或T/T的基因多態(tài)性 (STAT3-2)，用參考的 SNP ID 編號(hào)rsl905341 表示、(b)在STAT3基因的位置4264擬6處具有基因型C/C的基因多態(tài)性(STAT3-3)，用參考的SNP ID編號(hào)rs4796793表示、(c)在STAT3基因的位置4204027處具有基因型G/G的基因多態(tài)性(STAT3-17)，用參考的SNP ID編號(hào)rs2^3152表示、(d)在STAT3 (KCNH4)基因的位置4050541處具有基因型C/T的基因多態(tài)性 (STAT3-18)，用參考的 SNP ID 編號(hào):rs2293153 表示、(e)在SSI3基因的位置10M6541處具有基因型A/C的基因多態(tài)性(SSI3-1)，用參考的SNP ID編號(hào):rs2280148表示、(f)在IL-4R基因的位置18686025處具有基因型A/A的基因多態(tài)性(IL-4R-22)， 用參考的SNP ID編號(hào)rsl805011表示、(g)在IRF2基因的位置17736877處具有基因型A/A的基因多態(tài)性(IRF2-67)，用參考的SNP ID編號(hào)rs2797507表示、(h)在IRF2基因的位置17744613處具有基因型C/C的基因多態(tài)性(IRF2-82)，用參考的SNP ID編號(hào):rs796988表示、(i)在ICSBP基因的位置390141處具有基因型A/A或A/C的基因多態(tài)性 (ICSBP-38)，用參考的 SNP ID 編號(hào):rs2292982 表示、(j)在PTGSl基因的位置沈793813處具有基因型C/T的基因多態(tài)性(PTGS1-3)， 用參考的SNP ID編號(hào)rsl213264表示、(k)在PTGSl基因的位置沈794182處具有基因型C/T的基因多態(tài)性(PTGS1-4)， 用參考的SNP ID編號(hào)rsl213265表示、(1)在PTGSl基因的位置沈794619處具有基因型A/G的基因多態(tài)性(PTGS1-5)， 用參考的SNP ID編號(hào)rsl213266表示、(m)在PTGS2基因的位置156973 處具有基因型G/G的基因多態(tài)性(PTGS2-12)， 用參考的SNP ID編號(hào):rs2745557表示、(η)在ΤΑΡ2基因的位置23602539處具有基因型G/G的基因多態(tài)性(ΤΑΡ2-5)，用參考的SNP ID編號(hào):rs2071466表示、(ο)在IL-4R基因的位置18686068處具有基因型C/C的基因多態(tài)性(IL-4R-14)， 用參考的SNP ID編號(hào)rs2234898表示、(ρ)在IL-4R基因的位置18686553處具有基因型T/T的基因多態(tài)性(IL_4Rj9)， 用參考的SNP ID編號(hào)rsl801275表示。條款4. 一種依照條款3的評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制效果的方法， 其中基因多態(tài)性是條款3的(a)、(f)、(h)、(η)、(ο)和(ρ)中的任何一種。條款5. —種依照條款1-4中任何一項(xiàng)的評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制效果的方法，其中IFN選自IFN- α、重組IFN- α和重組IFN- γ。條款6. —種依照條款1-5中任何一項(xiàng)的方法，其中基因多態(tài)性是通過(guò)選自直接測(cè)序、等位基因特異的寡核苷酸(ASO)-斑點(diǎn)印跡分析、單核苷酸引物延伸法、PCR單鏈構(gòu)象多態(tài)性(SSCP)分析、PCR限制性片斷長(zhǎng)度多態(tài)性(RFLP)分析、侵入方法、定量實(shí)時(shí)PCR和使用質(zhì)譜儀的質(zhì)譜陣列中的至少一種方法確定的。條款7.依照條款6的方法，其中通過(guò)侵入方法或直接測(cè)序確定基因多態(tài)性。條款8.依照條款6的方法，其中通過(guò)PCR-RFLP分析確定基因多態(tài)性。條款9.依照條款8的方法，其中利用限制性內(nèi)切酶Mspl，用PCR-RFLP分析檢測(cè)人 STAT3基因內(nèi)含子4204027處的G到C突變:rs2293152。
條款10.依照條款6的方法，其中利用選自下列(a)到(ρ)中的至少一種寡核苷酸作為基因多態(tài)性檢測(cè)探針或引物確定基因多態(tài)性(a)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在STAT3基因的位置4243095具有基因型C/T或T/T的由參考SNP ID 編號(hào)rsl905341表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(b)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在STAT3基因的位置4264擬6具有基因型C/C的由參考SNP ID編號(hào) rs4796793表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(c)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在STAT3基因的位置4204027具有基因型G/G的由參考SNP ID編號(hào) rs2293152表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(d)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在STAT3(KCNH4)基因的位置4050541具有基因型C/T的由參考SNP ID編號(hào)rs2^3153表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(e)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在SSI3基因的位置10M6541具有基因型A/C的由參考SNP ID編號(hào) rs2280148表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(f)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IL-4R基因的位置18686025具有基因型A/A的由參考SNP ID編號(hào) rsl805011表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(g)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IRF2基因的位置17736877具有基因型A/A的由參考SNP ID編號(hào) rs2797507表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(h)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IRF2基因的位置17744613具有基因型C/C的由參考SNP ID編號(hào) rs796988表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(i)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在ICSBP基因的位置390141具有基因型A/A或A/C的由參考SNP ID 編號(hào)表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(j)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在PTGSl基因的位置沈793813具有基因型C/T的由參考SNP ID編號(hào) rsl213264表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(k)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在PTGSl基因的位置沈794182具有基因型C/T的由參考SNP ID編號(hào) rsl213265表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(1)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在PTGSl基因的位置沈794619具有基因型A/G的由參考SNP ID編號(hào) rsl213266表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(m)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在PTGS2基因的位置156973 具有基因型G/G的由參考SNP ID編號(hào) rs2745557表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(η)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在ΤΑΡ2基因的位置23602539具有基因型G/G的由參考SNP ID編號(hào) rs2071466表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，(ο)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IL-4R基因的位置18686068具有基因型C/C的由參考SNP ID編號(hào) rs2234898表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)，和(ρ)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IL-4R基因的位置18686553具有基因型T/T的由參考SNP ID編號(hào) rsl801275表示的基因多態(tài)性位點(diǎn)。條款11.依照條款6的方法，其中基因多態(tài)性檢測(cè)引物對(duì)是下列(a)到(ρ)中的任何一個(gè)(a) E自SEQIDNos.1和17代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(b) E自SEQIDNos.2和18代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(c) E自SEQIDNos.3和19代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(d) E自SEQIDNos.4和20代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(e) E自SEQIDNos.5和21代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(f) E自SEQIDNos.6和22代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(g) E自SEQIDNos.7和23代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(h) E自SEQIDNos.8和M代表的序列組成的S核苷酸汚丨物對(duì)，
(i) E自SEQIDNos.9和25代表的序列組成的遽核苷酸汚丨物對(duì)，
(j) E自SEQIDNos.10和沈代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)，
(k) E自SEQIDNos.11和27代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)，
(1) E自SEQIDNos.12和觀代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)，
(m) E自SEQIDNos.13和四代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)，
(η) E自SEQIDNos.14和30代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)，
(ο) E自SEQIDNos.15和31代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)，以及
(P) E自SEQIDNos.16和30代表的序列組成的;寡核苷5脧引物對(duì)。
發(fā)明的效果本發(fā)明提供了檢測(cè)對(duì)IFN治療腎細(xì)胞癌反應(yīng)的鑒定標(biāo)記的方法，特別是包括檢測(cè)來(lái)自腎細(xì)胞癌病人標(biāo)本的特定的人基因多態(tài)性或基因型和評(píng)估所述病人的IFN治療反應(yīng) (腫瘤抑制效果)的方法，用于該方法的試劑盒、基因多態(tài)性、基因型和用于該方法和試劑盒的基因型檢測(cè)探針和引物。他們?cè)趯?shí)施個(gè)體病人定制醫(yī)學(xué)中可用于確定藥物選擇優(yōu)先級(jí)。實(shí)施本發(fā)明的最佳方式在本說(shuō)明書中使用的氨基酸、肽、堿基序列、核酸等等的縮寫與IUPAC-IUB規(guī)貝Ij (IUPAC-1UB communication on Biological Nomenclature，Eur. J. Biochem.，138 9(1984))， (〃 Enki-hairetsu mataha aminosan—hairetsu wo fukumu meisaisho nadono sakusei no tameno gaidorain"(準(zhǔn)備含有堿基序列或氨基酸序列的說(shuō)明書的指南 Guidelines for preparation of specifications containing base sequences or amino acid sequences"(由日本專利局匯編)和相關(guān)領(lǐng)域使用的標(biāo)準(zhǔn)符號(hào)一致。本說(shuō)明書中使用的"基因多態(tài)性"和"多態(tài)性"指占據(jù)一個(gè)位點(diǎn)的多種等位基因群或這種群中的個(gè)體等位基因。在這些多態(tài)性中，只有一個(gè)核苷酸不同的那些多態(tài)性被定義為單核苷酸多態(tài)性或SNP。單核苷酸多態(tài)性在本說(shuō)明書中縮寫為"SNP"。單倍體標(biāo)明了上述基因多態(tài)性(SNPs)的種類，以在連續(xù)的基因區(qū)域或基因群組中的多個(gè)SNP位點(diǎn)中的等位基因的種類和數(shù)量為基礎(chǔ)表示。在本說(shuō)明書中，基因型指給定基因多態(tài)性位點(diǎn)中的基因位點(diǎn)的等位基因狀況。例如，在STAT3基因的位置4243095處的SNP基因型(STAT3D表示為C/T雜合型或T/T純合型。這也可以表示為〃 STAT3-2C/T或T/T"。當(dāng)病人具有基因型STAT3-2C/T或T/T時(shí)， 預(yù)計(jì)病人可能對(duì)IFN治療腎細(xì)胞癌(腫瘤抑制效果)作出響應(yīng)(PR:部分響應(yīng))或作出很好的響應(yīng)(CR 完全響應(yīng))。因此，基因型STAT3-2C/T或T/T可用作鑒定對(duì)IFN治療腎細(xì)胞癌反應(yīng)的鑒定標(biāo)記。本說(shuō)明書中標(biāo)明的人基因的基因組序列與在核酸序列數(shù)據(jù)庫(kù)NCBI (國(guó)家生物技術(shù)信息中心)(National Center for Biotechnology Information)登記的 GenBank 登錄號(hào)(e.g. :NT_010641)下的核酸序列一致。同樣，在NCBI的SNP數(shù)據(jù)庫(kù)中的參考SNP ID編號(hào)(例如 rsl213265)(參見(jiàn)參考 SNP(refSNP)群報(bào)告，在 <http//www. ncbi. nlm. nih. gov/ SNP>中可找到)下也可以發(fā)現(xiàn)在本發(fā)明中被稱為人基因多態(tài)性的SNPs的位點(diǎn)信息和核酸突變信息。也可以依照參考SNP ID編號(hào)標(biāo)明本說(shuō)明書中使用的SNP信息。表1顯示從GenBank中獲得的關(guān)于基因序列、mRNA序列、SNP位點(diǎn)和核酸突變的基本fe息。表 權(quán)利要求
1.一種基因多態(tài)性檢測(cè)引物對(duì)，其是至少一種選自如下(e)，(g)和(h)的引物對(duì)(e)由SEQ ID Nos. 5和21代表的序列組成的寡核苷酸引物對(duì)，(g)由SEQID Nos. 7和23代表的序列組成的寡核苷酸引物對(duì)，以及(h)由SEQID Nos. 8和對(duì)代表的序列組成的寡核苷酸引物對(duì)。
2.寡核苷酸作為探針在制備用于評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌病人的腫瘤抑制的檢測(cè)試劑盒中的應(yīng)用，其中寡核苷酸是至少一種選自如下(e)，(g)和(h)的寡核苷酸(e)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在SSI3基因的位置10M6541處具有基因型A/C，并由參考SNP ID編號(hào) rs2280148 表示，(g)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IRF2基因的位置17736877處具有基因型A/A，并由參考SNP ID編號(hào) rs2797507表示，以及(h)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IRF2基因的位置17744613處具有基因型C/C，并由參考SNP ID編號(hào) rs796988 表示。
3.—種檢測(cè)試劑盒，其包括選自如下(e)，(g)和(h)的至少一個(gè)引物對(duì)(e)由SEQ ID Nos. 5和21代表的序列組成的寡核苷酸引物對(duì)，(g)由SEQID Nos. 7和23代表的序列組成的寡核苷酸引物對(duì)，(h)由SEQID Nos. 8和對(duì)代表的序列組成的寡核苷酸引物對(duì)，標(biāo)記試劑，以及實(shí)施PCR需要的試劑。
4.一種標(biāo)記物，其是至少一種選自如下(e), (g)和(h)的標(biāo)記物(e)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在SSI3基因的位置10M6541處具有基因型A/C，并由參考SNP ID編號(hào) rs2280148 表示，(g)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IRF2基因的位置17736877處具有基因型A/A，并由參考SNP ID編號(hào) rs2797507表示，以及(h)具有由包含基因多態(tài)性位點(diǎn)的至少10個(gè)連續(xù)堿基組成的序列的寡核苷酸，其中基因多態(tài)性位點(diǎn)是在IRF2基因的位置17744613處具有基因型C/C，并由參考SNP ID編號(hào) rs796988 表示。
全文摘要
本發(fā)明涉及對(duì)干擾素治療腎細(xì)胞癌反應(yīng)的鑒定標(biāo)記。本發(fā)明提供了對(duì)IFN治療腎細(xì)胞癌反應(yīng)的鑒定標(biāo)記，以及檢測(cè)該標(biāo)記的方法。即，該方法包括從腎細(xì)胞癌病人的標(biāo)本中制備人基因的基因組DNA或其互補(bǔ)鏈，分析基因組DNA或其互補(bǔ)鏈的DNA序列以確定人基因的基因多態(tài)性，以及利用該多態(tài)性作為指示物評(píng)估IFN治療對(duì)腎細(xì)胞癌的腫瘤抑制效果。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102242196SQ20111012849
公開日2011年11月16日 申請(qǐng)日期2005年10月24日 優(yōu)先權(quán)日2004年10月28日
發(fā)明者東間纮, 中村剛, 關(guān)豐和, 內(nèi)藤誠(chéng)二, 塚本泰司, 小川修, 平尾佳彥, 白土敬之, 野瀨善明, 香川征 申請(qǐng)人:大塚制藥株式會(huì)社