專利名稱：一種cyp2a6基因多態(tài)性檢測(cè)特異性引物和液相芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明屬于分子生物學(xué)領(lǐng)域，涉及醫(yī)學(xué)和生物技術(shù)，具體的是涉及一種CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)特異性引物和液相芯片。
背景技術(shù)：
近年來(lái)，有關(guān)代謝酶基因多態(tài)性與腫瘤易感性關(guān)系的研究已成為腫瘤研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)課題。CYP II家族是目前已知的CYP同功酶中數(shù)量最多，結(jié)構(gòu)最復(fù)雜的家族，其中CYP2A基因家族位于人體19號(hào)染色體長(zhǎng)臂19ql2和19ql3. 2之間，約350kb大小。它包括3個(gè)完整基因CYP2A6、CYP2A13和CYP2A7，以及兩個(gè)CYP2A7假基因。這些基因都具有含 9個(gè)外顯子的典型CYP2A基因亞族結(jié)構(gòu)。其中CYP2A6是最重要的成員，編碼香豆素7-羥 化酶(eoumarin7-hydroxide),在許多外源性化學(xué)物質(zhì)的代謝中起重要作用，并參與許多前致癌物的代謝活化內(nèi)經(jīng)C-氧化(C-oxidation)生成可鐵寧(cotinine)過(guò)程,主要是通過(guò)CYP2A6酶催化的，因而CYP2A6基因與吸煙所致肺癌密切相關(guān)。本發(fā)明目標(biāo)檢測(cè)的CYP2A6基因突變位點(diǎn)(多態(tài)性位點(diǎn))，如表所示
權(quán)利要求
1.一種CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，包括有 (A).針對(duì)CYP2A6基因不同多態(tài)性位點(diǎn)分別設(shè)計(jì)的野生型和突變型的ASPE引物對(duì)每條ASPE引物由5’端的tag序列和3’端針對(duì)目的基因多態(tài)性位點(diǎn)的特異性引物序列組成，所述特異性引物序列為針對(duì)G84T位點(diǎn)的SEQ ID NO. 17及SEQ ID NO. 18 ;針對(duì)G133A位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 19 及 SEQ ID NO. 20 ;針對(duì) T229A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ；針對(duì) T106C 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24 ;針對(duì) G148T 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 25 及SEQ ID NO. 26 ;針對(duì) T149G 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28 ;針對(duì) T53C 位點(diǎn)的 SEQID NO. 29 及 SEQ IDNO. 30 ;和 / 或針對(duì) G108A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32 ;所述tag 序列選自 SEQ IDNO. I SEQ ID NO. 16 (B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID NO. 33 SEQ ID NO. 48，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對(duì)； (C).用于擴(kuò)增出需要檢測(cè)的、具有相應(yīng)多態(tài)性位點(diǎn)的目標(biāo)序列的引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求I所述CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述擴(kuò)增引物為針對(duì) G84T 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 49 及 SEQ ID NO. 50 ;針對(duì) G133A、T229A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 51及 SEQ ID NO. 52 ;針對(duì) T106C、G148T 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 53 及 SEQ ID NO. 54 ;針對(duì) T149G位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 55 及 SEQ ID NO. 56 ;針對(duì) T53C 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 57 及 SEQ ID NO. 58 ;和/ 或針對(duì) G108A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 59 及 SEQ ID NO. 60
3.根據(jù)權(quán)利要求I所述CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述ASPE引物為針對(duì)G84T位點(diǎn)的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 17組成的序列及由SEQ ID NO. 2和SEQ IDNO. 18組成的序列；針對(duì)G133A位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 3和SEQ ID NO. 19組成的序列及由SEQ IDNO. 4和SEQ ID NO. 20組成的序列；針對(duì)T229A位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 5和SEQID NO. 21組成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 22組成的序列；針對(duì)T106C位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 7和SEQID NO. 23組成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQ ID NO. 24組成的序列；針對(duì)G148T位點(diǎn)的由SEQID NO. 9和SEQ ID NO. 25組成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQID NO. 26組成的序列；針對(duì)T149G位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 11和SEQ ID NO. 27組成的序列及由SEQ ID NO. 12和SEQ IDNO. 28組成的序列；針對(duì)T53C位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 13和SEQ IDNO. 29組成的序列及由SEQ IDNO. 14和SEQ ID NO. 30組成的序列；和/或針對(duì)G108A位點(diǎn)的由 SEQ ID NO. 15 和 SEQ ID NO. 31 組成的序列及由 SEQ ID NO. 16 和 SEQ ID NO. 32 組成的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求I所述CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是， (A). ASPE引物為針對(duì)G84T位點(diǎn)的由SEQ ID NO. I和SEQ ID NO. 17組成的序列及由SEQID NO. 2和SEQ ID NO. 18組成的序列；針對(duì)G133A位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 3和SEQ IDNO. 19組成的序列及由SEQ ID NO. 4和SEQ ID NO. 20組成的序列；針對(duì)T229A位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 5和SEQ ID NO. 21組成的序列及由SEQ ID NO. 6和SEQ ID NO. 22組成的序列；針對(duì)T106C位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 7和SEQ ID NO. 23組成的序列及由SEQ ID NO. 8和SEQID NO. 24組成的序列；針對(duì)G148T位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 9和SEQ ID NO. 25組成的序列及由SEQ ID NO. 10和SEQ ID NO. 26組成的序列；針對(duì)T149G位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 11和SEQID NO. 27組成的序列及由SEQ IDNO. 12和SEQ ID NO. 28組成的序列；針對(duì)T53C位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 13 和 SEQ ID NO. 29 組成的序列及由 SEQ ID NO. 14 和 SEQ ID NO. 30 組成的序列；和針對(duì)G108A位點(diǎn)的由SEQ ID NO. 15和SEQ ID NO. 31組成的序列及由SEQ ID NO. 16和SEQ ID NO. 32組成的序列； (B).有anti-tag序列包被的、具有不同顏色編碼的微球,所述anti-tag序列與微球連接中間還設(shè)有間隔臂序列；所述anti-tag序列選自SEQ ID NO. 33 SEQ ID NO. 48，且所述anti-tag序列能相應(yīng)地與(A)中所選的tag序列互補(bǔ)配對(duì)； (C).所述擴(kuò)增引物為:針對(duì)G84T位點(diǎn)的SEQID NO. 49及SEQ ID NO. 50 ;針對(duì)G133A、T229A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 51 及 SEQ ID NO. 52 ;針對(duì) T106C、G148T 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 53 及SEQID NO. 54 ;針對(duì) T149G 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 55 及 SEQ ID NO. 56 ;針對(duì) T53C 位點(diǎn)的 SEQ IDNO. 57 及 SEQ ID NO. 58 ;和針對(duì) G108A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 59 及 SEQ ID NO. 60。
5.根據(jù)權(quán)利要求1-4任一項(xiàng)所述的CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)液相芯片，其特征是，所述 間隔臂為5-10個(gè)T。
6.一種用于CYP2A6基因多態(tài)性檢測(cè)的特異性引物，其特征是，所述特異性引物序列為針對(duì) G84T 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 17 及 SEQ ID NO. 18 ;針對(duì) G133A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 19 及SEQ IDNO. 20 ;針對(duì) T229A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 21 及 SEQ ID NO. 22 ;針對(duì) T106C 位點(diǎn)的 SEQID NO. 23 及 SEQ ID NO. 24 ;針對(duì) G148T 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 25 及 SEQ ID NO. 26 ;針對(duì) T149G位點(diǎn)的 SEQID NO. 27 及 SEQ ID NO. 28 ;針對(duì) T53C 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 29 及 SEQ ID NO. 30 ；和 / 或針對(duì) G108A 位點(diǎn)的 SEQ ID NO. 31 及 SEQ ID NO. 32。
全文摘要
本發(fā)明公開(kāi)了一種CYP2A6基因檢測(cè)液相芯片和特異性引物，該液相芯片主要包括有每種由5’端的tag序列和3’端針對(duì)目的基因突變位點(diǎn)的特異性引物序列組成的ASPE引物，所述特異性引物序列為針對(duì)G84T位點(diǎn)的SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.18；針對(duì)G133A位點(diǎn)的SEQ IDNO.19及SEQ ID NO.20；針對(duì)T229A位點(diǎn)的SEQ ID NO.21及SEQ ID NO.22；針對(duì)T106C位點(diǎn)的SEQ ID NO.23及SEQ ID NO.24；針對(duì)G148T位點(diǎn)的SEQ ID NO.25及SEQ ID NO.26；針對(duì)T149G位點(diǎn)的SEQ ID NO.27及SEQ ID NO.28；針對(duì)T53C位點(diǎn)的SEQ ID NO.29及SEQ IDNO.30；和/或針對(duì)G108A位點(diǎn)的SEQ ID NO.31及SEQ ID NO.32；有anti-tag序列包被的微球；擴(kuò)增引物。本發(fā)明所提供的檢測(cè)液相芯片的檢測(cè)結(jié)果與測(cè)序法的吻合率高達(dá)100％，實(shí)現(xiàn)多個(gè)突變位點(diǎn)的野生型和突變型并行檢測(cè)。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK102912006SQ20111021924
公開(kāi)日2013年2月6日 申請(qǐng)日期2011年8月2日 優(yōu)先權(quán)日2011年8月2日
發(fā)明者許嘉森, 楊惠夷 申請(qǐng)人:廣州益善生物技術(shù)有限公司