Mlh1基因的應(yīng)用及檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了一種MLH1基因的應(yīng)用及檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒。其中，該試劑盒包括：MLH1基因的測序引物。本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)胃腸道間質(zhì)瘤除了由常見的KIT和PDGFRA基因突變引起之外，MLH1（V384D）基因突變也是引起胃腸道間質(zhì)瘤的原因之一?；诖?，應(yīng)用本發(fā)明的用于檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒可以快速準(zhǔn)確地檢測胃腸道間質(zhì)瘤的MLH1突變位點，輔助胃腸道間質(zhì)瘤的診斷，從而輔助胃腸道間質(zhì)瘤的治療。而且，利用本發(fā)明的試劑盒檢測到MLH1（V384D）基因突變就可以有針對性的對患者采用基因靶向藥物進(jìn)行治療，使靶向藥物的使用更具針對性。
【專利說明】MLH1基因的應(yīng)用及檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及醫(yī)藥領(lǐng)域，具體而言，涉及一種MLHl基因的應(yīng)用及檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒。
【背景技術(shù)】
[0002]胃腸道間質(zhì)瘤(gastrointestinal stromal tumor,GIST)是消化道最常見的間葉源性腫瘤，以往多被誤診為平滑肌瘤或平滑肌肉瘤。1983年Mazur和Clark首先提出GIST概念，認(rèn)為其起源與胃腸道肌層的Cajal細(xì)胞有關(guān)。近年來對該病認(rèn)識逐漸深入，普遍認(rèn)為GIST是表達(dá)具有酪氨酸激酶活性的生長因子受體KIT蛋白的間質(zhì)性腫瘤。
[0003]胃腸道間質(zhì)瘤占胃腸道惡性腫瘤的I~3%，估計年發(fā)病率約為10-20/100萬，多發(fā)于中老年患者，40歲以下患者少見，男女發(fā)病率無明顯差異。GIST大部分發(fā)生于胃(50~70%)和小腸(20~30%)，結(jié)直腸約占10~20%，食道占O~6%，腸系膜、網(wǎng)膜及腹腔后罕見。GIST病人20-30%是惡性的，第一次就診時約有11~47%已有轉(zhuǎn)移，轉(zhuǎn)移主要在肝和腹腔。
[0004]胃腸道間質(zhì)瘤無特異性臨床表現(xiàn)，病程可短至數(shù)天長至20年，惡性GIST病程較短，多在數(shù)月以內(nèi)，良性或早期者無癥狀。GIST的主要癥狀依賴于腫瘤的大小和位置，通常無特異性。胃腸道出血是最常見癥狀。賁門部GIST吞咽不適、吞咽困難癥狀也很常見。部分病人因潰瘍穿孔就診，可增加腹腔種植和局部復(fù)發(fā)的風(fēng)險。常見癥狀有腹痛、包塊及消化道出血及胃腸道梗阻等。腹腔播散可出現(xiàn)腹水，惡性GIST可有體重減輕、發(fā)熱等癥狀。
[0005]目前，胃腸道間質(zhì)瘤的診斷可通過胃鏡、超聲胃鏡檢查、CT、X線鋇餐示邊緣整齊、園形充盈缺損、基因突變 診斷等檢測手段進(jìn)行檢查。其中，基因突變診斷主要包括:
[0006]5^7%的胃腸道間質(zhì)腫瘤中⑶117表達(dá)是陰性的，此時胃腸道間質(zhì)腫瘤的診斷要依靠基因突變類型檢測，80%以上的胃腸道間質(zhì)腫瘤的基因突變類型是KIT或者TOGFRA的突變，這些突變在腫瘤形成的早期就能檢測到，已經(jīng)發(fā)現(xiàn)的KIT的突變類型有4種，外顯子9(10.3%)，外顯子11 (87.2%)，外顯子13 (2.1%)，外顯子17 (0.4%),PDGFR的突變發(fā)生在沒有KIT突變的腫瘤中，有三種突變類型外顯子12 (3%)，外顯子14 (<1%)，外顯子18 (97%)，基因突變的檢測可以進(jìn)一步的明確診斷CD117陰性的患者，診斷家族性胃腸道間質(zhì)腫瘤，評價小兒胃腸道間質(zhì)腫瘤、指導(dǎo)化療、預(yù)測化療的效果。所以，基因突變的監(jiān)測在胃腸道間質(zhì)腫瘤的診治過程中都是勢在必行。
[0007]DOGl (Discovered on GIST-1)是最近發(fā)現(xiàn)的一種在GIST中特異表達(dá)的一種細(xì)胞膜表面蛋白，由DOGl基因編碼，是一種功能尚不明確的蛋白，A.P.Dei Tos等發(fā)現(xiàn)在139例胃腸道間質(zhì)腫瘤腫瘤組織中有136例有表達(dá)(敏感度97.8%)，并且CD117陰性的胃腸道間質(zhì)腫瘤中DOGl都有較強(qiáng)的表達(dá)，并且在438例非胃腸道間質(zhì)腫瘤中僅有4例有DOGl的表達(dá)，這提示DOGl是一個特異的胃腸道間質(zhì)腫瘤的診斷標(biāo)準(zhǔn)，尤其適用于⑶117以及KIT和PDGFRA突變基因檢測陰性的胃腸道間質(zhì)腫瘤的診斷。
[0008]目前，人們?nèi)栽诶^續(xù)尋找檢測胃腸道間質(zhì)瘤的新手段。
【發(fā)明內(nèi)容】

[0009]本發(fā)明旨在提供一種MLHl基因的應(yīng)用及檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒，以提供一種新的檢測胃腸道間質(zhì)瘤的方法。
[0010]為了實現(xiàn)上述目的，根據(jù)本發(fā)明的一個方面，提供了一種檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒。該試劑盒包括:MLH1基因的測序引物。
[0011]進(jìn)一步地，MLHl基因的測序引物包括檢測MLHl基因位于3號染色體第37067240位序列的引物。
[0012]進(jìn)一步地，測序引物包括引物I和/或引物2，引物I具有如SEQ NO:1的序列；弓丨物2具有如SEQ NO:2的序列。
[0013]進(jìn)一步地，該試劑盒包括:DNA提取試劑，DNA測序試劑。
[0014]根據(jù)本發(fā)明的另一個方面，提供MLHl基因在檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒中的應(yīng)用。
[0015]根據(jù)本發(fā)明的再一個方面，提供MLHl基因在篩選胃腸道間質(zhì)瘤靶向藥物中的應(yīng)用。
[0016]根據(jù)本發(fā)明的又一個方面，提供MLHl基因在檢測胃腸道間質(zhì)瘤中的應(yīng)用。
[0017]根據(jù)本發(fā)明的又一個方面，提供一種檢測胃腸道間質(zhì)瘤的方法。該方法包括以下步驟:提取待測樣本的基因組DNA，對基因組DNA中的MLHl基因進(jìn)行測序；判斷MLHl基因是否存在基因突變。`
[0018]進(jìn)一步地，判斷MLHl基因是否存在3號染色體第37067240位T到A的基因突變。
[0019]進(jìn)一步地,采用1n Torrent PGM測序儀或PCR聯(lián)合sanger法對MLHl基因進(jìn)行測序。
[0020]本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)胃腸道間質(zhì)瘤除了由常見的KIT和TOGFRA基因突變引起之外，MLHl (V384D)基因突變也是引起胃腸道間質(zhì)瘤的原因之一?；诖?，應(yīng)用本發(fā)明的用于檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒可以快速準(zhǔn)確地檢測胃腸道間質(zhì)瘤的MLHl突變位點，輔助胃腸道間質(zhì)瘤的診斷，從而輔助胃腸道間質(zhì)瘤的治療。而且，利用本發(fā)明的試劑盒檢測到MLHl (V384D)基因突變就可以有針對性的對患者采用基因靶向藥物進(jìn)行治療，使靶向藥物的使用更優(yōu)針對性。
【專利附圖】

【附圖說明】
[0021]構(gòu)成本申請的一部分的說明書附圖用來提供對本發(fā)明的進(jìn)一步理解，本發(fā)明的示意性實施例及其說明用于解釋本發(fā)明，并不構(gòu)成對本發(fā)明的不當(dāng)限定。在附圖中:
[0022]圖1示出了本發(fā)明具體實例中23-NJ比對結(jié)果；
[0023]圖2示出了本發(fā)明具體實例中23-NJ信號峰圖；
[0024]圖3示出了本發(fā)明具體實例中27-NJ比對結(jié)果；
[0025]圖4示出了本發(fā)明具體實例中27-NJ信號峰圖；
[0026]圖5示出了本發(fā)明具體實例中70-NJ比對結(jié)果；
[0027]圖6示出了本發(fā)明具體實例中70-NJ信號峰圖；
[0028]圖7示出了本發(fā)明具體實例中89-NJ比對結(jié)果；
[0029]圖8示出了本發(fā)明具體實例中89-NJ信號峰圖?！揪唧w實施方式】
[0030]需要說明的是，在不沖突的情況下，本申請中的實施例及實施例中的特征可以相互組合。下面將參考附圖并結(jié)合實施例來詳細(xì)說明本發(fā)明。
[0031]通過測序，本發(fā)明的發(fā)明人發(fā)現(xiàn)在125例胃腸道間質(zhì)瘤患者中有15例發(fā)生了 MLHl基因錯義突變(chr7:37067240，T->A, V384D)，這在以前的報道中是未曾提到的，隨后發(fā)明人又采用了不同的測序法對MLHl突變位點進(jìn)行驗證，證明此突變確實存在。樣本信息統(tǒng)計如表1所示:
[0032]表1
[0033]
【權(quán)利要求】
1.一種檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒，其特征在于，包括=MLHl基因的測序引物。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述MLHl基因的測序引物包括擴(kuò)增MLHl基因位于3號染色體第37067240位序列的引物。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，所述測序引物包括引物I和/或引物2，所述引物I具有如SEQNO:1的序列；所述引物2具有如SEQNO:2的序列。
4.根據(jù)權(quán)利要求1所述的試劑盒，其特征在于，進(jìn)一步包括:DNA提取試劑，DNA測序試劑。
5.MLHl基因在檢測胃腸道間質(zhì)瘤的試劑盒中的應(yīng)用。
6.MLHl基因在篩選胃腸道間質(zhì)瘤靶向藥物中的應(yīng)用。
7.MLHl基因在檢測胃腸道間質(zhì)瘤中的應(yīng)用。
8.—種檢測胃腸道間質(zhì)瘤的方法，其特征在于，包括以下步驟: 提取待測樣本的基因組DNA，對所述基因組DNA中的MLHl基因進(jìn)行測序； 判斷所述MLHl基因是否存在基因突變。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，判斷所述MLHl基因是否存在3號染色體第37067240位T到A的基因突變。
10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的方法，其特征在于，對所述基因組DNA中的MLHl基因進(jìn)行測序的引物包括引物I和/或引物`2，所述引物I具有如SEQNO: I的序列；所述引物2具有如SEQ NO:2白勺序列。
【文檔編號】C12Q1/68GK103865981SQ201210530720
【公開日】2014年6月18日 申請日期:2012年12月10日 優(yōu)先權(quán)日:2012年12月10日
【發(fā)明者】葉樺, 樓峰, 唐川寧, 陳思毅 申請人:北京圣谷同創(chuàng)科技發(fā)展有限公司