專利名稱：肥胖基因檢測(cè)芯片的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本實(shí)用新型涉及一種基因檢測(cè)芯片，尤其涉及配置有適當(dāng)檢測(cè)部件而可供用于快速且精確的篩檢肥胖基因的基因檢測(cè)芯片。
背景技術(shù)：
隨著人類文明、生活形態(tài)的日趨靜態(tài)化、體力活動(dòng)減少、高卡/空卡食品的普及、人們攝入的熱能遠(yuǎn)超過身體所需、卡路里攝取的正向平衡，肥胖儼然成為世界上最受人矚目但卻又束手無策的全球性健康問題。根據(jù)世界衛(wèi)生組織的估計(jì)，世界上有超過10億人過重，其中三分之一，也就是3億人落在肥胖的范疇內(nèi)，這些人罹患高血壓、糖尿病、脂質(zhì)異常、高尿酸血癥/痛風(fēng)等代謝相關(guān)癥候及其他肥胖相關(guān)疾病的風(fēng)險(xiǎn)大幅增高。一般認(rèn)為，肥胖與先天性遺傳及飲食、生活習(xí)段等環(huán)境因素相關(guān)。根據(jù)研究指出，許多的基因會(huì)影響食欲、代謝、脂肪的分布等情況，而不同個(gè)體間基因型的差異會(huì)導(dǎo)致某些人具高度風(fēng)險(xiǎn)易傾向于肥胖，具家族遺傳性傾向。研究顯示肥胖的表現(xiàn)型與特定人類肥胖基因的單一核苷酸多型性(singlenucleotide polymorphism, SNP)有關(guān)。目前研究文獻(xiàn)關(guān)于肥胖基因的研究多針對(duì)歐美人士居多，而關(guān)于亞洲人種的肥胖基因，仍缺乏有系統(tǒng)的綜合性研究。然而，不同族群之間的人類于同一肥胖基因的SNP對(duì)于 其肥胖相關(guān)表現(xiàn)型并不盡然相同?；谀承?duì)于歐美人種的肥胖表現(xiàn)型具有高度相關(guān)性的SNP，在亞洲人種身上并未有同樣的相關(guān)性的事實(shí)，對(duì)于肥胖基因的SNP與肥胖表現(xiàn)型的關(guān)聯(lián)性顯然并未能廣泛地適用于所有人種。為了有效率的篩檢出適用于亞洲人種的肥胖基因的SNP檢測(cè)技術(shù)，此技術(shù)領(lǐng)域仍需要一種針對(duì)肥胖基因的SNP與肥胖表現(xiàn)型的關(guān)聯(lián)性的分析技術(shù)。為了檢測(cè)不同個(gè)體或者不同細(xì)胞的基因表現(xiàn)(gene expression)或者對(duì)偶基因型(allele genotype),過去已經(jīng)發(fā)展出多種檢測(cè)基因的方法,其中主要傳統(tǒng)方式為北方墨點(diǎn)分析或者南方墨點(diǎn)分析，其原理為令經(jīng)標(biāo)定的特定核苷酸探針(nucleotide probe)與經(jīng)電泳分離、轉(zhuǎn)染而得到的含有目標(biāo)RNA或DNA的薄膜雜交(hybridization),進(jìn)而透過經(jīng)標(biāo)定的探針的訊號(hào)以偵測(cè)目標(biāo)RNA或DNA存在。然而由于此類方法操作上的限制，并不利于應(yīng)用于大規(guī)模篩檢，且一般而言對(duì)于SNP的檢測(cè)，必須再透過核酸定序的程序予以重復(fù)確認(rèn)。綜言之，現(xiàn)有技術(shù)的基因檢測(cè)技術(shù)多半用于偵測(cè)特定單一或少數(shù)基因表現(xiàn)的有無或表現(xiàn)量高低，而缺乏一種有效、快速、大規(guī)模的區(qū)辨單一核苷酸變異的技術(shù)，亦即偵測(cè)SNP的技術(shù)；特別是缺乏用于偵測(cè)肥胖基因的SNP的技術(shù)。為此，本技術(shù)領(lǐng)域提供一種利用實(shí)時(shí)聚合酶鏈鎖反應(yīng)(real-time polymerase chain reaction)偵測(cè)基因SNP的技術(shù),然而此技術(shù)于單次流程通常僅能分析一個(gè)基因，無法一次檢測(cè)多數(shù)基因，且需要針對(duì)個(gè)別基因訂制的探針的制作成本昂貴，導(dǎo)致整體檢測(cè)技術(shù)的成本較高，不利用于大規(guī)模的基因檢測(cè)。由于肥胖成因是復(fù)雜且慢性，于基因檢測(cè)時(shí)，若僅針對(duì)少許基因進(jìn)行檢測(cè)，往往僅能得到片面的結(jié)果，倘若能于一次基因檢測(cè)便能檢測(cè)多數(shù)基因，將有助于對(duì)于亞洲人種的肥胖基因型的分布有更廣、更深入的了解。[0006]諸如以北方墨點(diǎn)分析或者南方墨點(diǎn)分析等利用探針與目標(biāo)基因片段雜交技術(shù)，具有應(yīng)用于同時(shí)偵測(cè)十個(gè)或更多不同基因的潛力，然而其應(yīng)用于同時(shí)偵測(cè)不同基因的不同SNP位點(diǎn)的困難點(diǎn)在于各探針之間與樣本內(nèi)的核苷酸的雜交條件往往不同，其中當(dāng)各探針于基因檢測(cè)芯片上的空間配置不佳時(shí)，雜交過程中一探針與目標(biāo)基因片段之間的結(jié)合效果可能會(huì)受到鄰近探針的影響，而產(chǎn)生假陽性結(jié)果(false positive result),進(jìn)而影響到檢測(cè)結(jié)果的準(zhǔn)確度。因此，現(xiàn)有技術(shù)利用探針與目標(biāo)基因片段雜交以檢測(cè)復(fù)數(shù)基因的技術(shù)，倘若要應(yīng)用于檢測(cè)多數(shù)基因的SNP時(shí)，仍存有許多困難及技術(shù)手段亟待克服與改善。再者，現(xiàn)有技術(shù)對(duì)于針對(duì)亞洲人種的肥胖基因多型性的偵測(cè)方法仍存有迫切需求。

實(shí)用新型內(nèi)容有鑒于現(xiàn)有技術(shù)缺乏一種同時(shí)檢測(cè)多數(shù)肥胖基因的基因型的技術(shù)手段，亦即現(xiàn)有技術(shù)仍有無法大規(guī)模有效準(zhǔn)確、快速檢測(cè)個(gè)體肥胖基因的缺失，本實(shí)用新型提供一種基因檢測(cè)芯片，其設(shè)有適當(dāng)配置的檢測(cè)結(jié)構(gòu)，而可供用于快速且精確的篩檢肥胖基因的基因型。為了達(dá)到上述目的，本實(shí)用新型的一種肥胖基因檢測(cè)芯片，其包含一基板以及一疊置于所述基板的偵測(cè)面的檢測(cè)層，其中所述檢測(cè)層包含有復(fù)數(shù)SNP鑒別組合。各SNP鑒別組合由至少二偵測(cè)區(qū)所構(gòu)成，其一偵測(cè)區(qū)具有一第一核苷酸探針，另一偵測(cè)區(qū)具有一第二核苷酸探針，其中第一核苷酸探針與第二核苷酸探針的序列有一個(gè)核苷酸不同。各個(gè)SNP鑒別組合的第一、二核苷酸探針的序列包含一肥胖基因的單一核苷酸多型性位點(diǎn)(single nucleotide polymorphism site, SNP site),所述單一核苷酸多型性位點(diǎn)位于選自于 PPARG、PPARGC1B、PPARG2、GNB3、LEP、SDC3、MC4R、UCP3、ADRB2、NR0B2、ΑΡ0Ε、GHRL, FT0, ESRl以及AGT所構(gòu)成的群組的對(duì)偶基因內(nèi)。所述PPARG為過氧化體增生劑活化受體-伽馬(peroxisomeproIiferator-activated receptor-gamma),其最具有脂肪組織特異性的基因，主要在脂肪組織中參與脂肪細(xì)胞的分化，并且在許多脂肪細(xì)胞基因轉(zhuǎn)錄啟動(dòng)前被誘導(dǎo)，是誘導(dǎo)脂肪細(xì)胞分化特異性轉(zhuǎn)錄因子，可影響脂肪細(xì)胞 分化與胰島素敏感性，其SNP位點(diǎn)為rsl822825。所述PPARGC1B為過氧化體增生劑活化受體_伽馬共活化子1_貝塔(peroxisomeproliferator-activated receptor-gamma coactivator 1，beta),其參與粒線體的代謝，此基因變異會(huì)造成代謝異常而肥胖，其SNP位點(diǎn)為rs7732671。所述PPARG2為氧化體增生劑活化受體-伽馬2 (peroxisomeproliferator-activated receptor gamma 2),其具有影響脂肪細(xì)胞分化及胰島素敏感的功能，其SNP位點(diǎn)為rsl801282。所述GNB3為鳥嘌呤核苷三磷酸結(jié)合蛋白貝塔-次元體第三亞型(guaninenucleotide binding protein beta-subunit 3),其具有參與促進(jìn)脂肪組織增生/分化與抑制脂肪分解(lipolysis)的訊息路徑的功能。此基因異常者，要控制脂質(zhì)攝取，避免高油脂飲食，其SNP位點(diǎn)為rs5443。所述LEP為瘦素(I印tin)，其具有抑制食欲及增加能量消耗以維持脂肪含量的功能，其 SNP 位點(diǎn)為 rsl04894023。所述SDC3為多配體蛋白聚糖3(syndecan 3)，攝食后此蛋白被活化，可抑制食欲，避免進(jìn)食過度；主要功能為調(diào)控體內(nèi)能量平衡，其SNP位點(diǎn)為rs2282440。[0016]所述MC4R為黑色素皮質(zhì)素受體4(melanocortin 4 receptor),其表現(xiàn)在腦部與食欲和能量消耗有關(guān)，具有調(diào)節(jié)飲食攝取的功能，MC4R基因在發(fā)生變異時(shí)，會(huì)引發(fā)慢性攝食過度以及體重增加而造成肥胖，其SNP位點(diǎn)為rsl21913561。所述UCP3為非偶蛋白3 (uncoupling protein 3),為粒線體穿膜攜帶蛋白，主要表現(xiàn)在骨骼肌，能加速新陳代謝，增加燃燒脂肪量，增加產(chǎn)熱作用及脂肪酸代謝，其SNP位點(diǎn)為 rsl7848368。所述ADRB2為腎上腺素接受器-貝塔2 (beta-2-adrenergic receptor),其與細(xì)胞脂肪代謝、全身性肥胖有關(guān)，帶有此基因變異的肥胖者應(yīng)減少碳水化合物攝取，其SNP位點(diǎn)為 rsl042714o所述NR0B2為細(xì)胞核受體次家族O群組B第2員(nuclear receptor subfamily
O,group B, member 2),其主要表現(xiàn)在肝臟，用以調(diào)控膽固醇的平衡，可作用于胰臟細(xì)胞調(diào)控胰島素分泌的轉(zhuǎn)錄活性，此基因失去活性會(huì)增加體重造成肥胖，其SNP位點(diǎn)為rs74315350。所述APOE為脂蛋白元E (apolipoprotein E),此基因變異與阿茲海默癥(Alzheimer disease, AD)及冠狀動(dòng)脈粥樣硬化有極度相關(guān)性，其SNP位點(diǎn)為rs429358。所述GHRL為類生長(zhǎng)激素(ghrelin)，其主要由胃底的上皮細(xì)胞分泌，在脂肪細(xì)胞上胃饑素藉由減少脂肪氧化而增加脂肪儲(chǔ)存，在人體中作用為增加能量攝取與食欲，當(dāng)空腹時(shí)胃饑素分泌刺激進(jìn)食，其SNP位點(diǎn)為rs696217。所述FTO為肥胖以及過食相關(guān)基因(fatmass and obesity associatedgene),其能抑制新陳代謝，使人行動(dòng)遲緩，抑制能量轉(zhuǎn)化成熱量釋放出來。FTO基因受到抑制的老鼠能量消耗較快，其SNP位點(diǎn)為rs6499640。
所述ESRl為雌激素受體I (estrogen receptor I),雌激素增加與體內(nèi)脂肪含量有關(guān)，當(dāng)雌激素過高時(shí)，體內(nèi)脂肪含量必然不低。臨床上，藥物雌激素的過量補(bǔ)充，不但具有使人發(fā)胖的副作用，藥物依賴性也很大，服用不當(dāng)，雌激素補(bǔ)充過量還容易誘發(fā)各種癌癥、增生以及囊腫等疾病的發(fā)生，其SNP位點(diǎn)為rs712221。所述AGT為血管收縮素原(angiotensinogen)。AGT基因被抑制的前驅(qū)脂肪細(xì)胞，則細(xì)胞分化能力可被回復(fù)，新生脂肪的生成率會(huì)提高，其SNP位點(diǎn)為rs699。更佳的，所述SNP鑒別組合的對(duì)偶基因的基因片段包含選自于PPARG-rsl822825(G/A)、 PPARGClB-rs773267I(G/C)、 PPARG2-rsl801282(C/G)、GNB3-rs5443(C/T)、LEP-rsl04894023(C/T)、SDC3-rs2282440(C/T)、MC4R_rsl21913561 (A/G)、UCP3-rsl7848368 (C/T)、ADRB2-rs1042714 (C/G)、NR0B2-rs74315350 (G/T)、AP0E-rs429358(T/C)、GHRL_rs696217(C/A)、FT0_rs6499640(A/G)、ESRl_rs712221(A/T)以及AGT-rs699 (T/C)所構(gòu)成的群組中的SNP位點(diǎn)。更佳的，各SNP鑒別組合由四偵測(cè)區(qū)所構(gòu)成，其中所述四偵測(cè)區(qū)包括第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)，其中第一偵測(cè)區(qū)具有一第一核苷酸探針，第二偵測(cè)區(qū)具有一第二核苷酸探針，第三偵測(cè)區(qū)具有一第三核苷酸探針，第四偵測(cè)區(qū)具有一第四核苷酸探針，其中第一核苷酸探針與第二核苷酸探針的序列有一個(gè)核苷酸不同，第一核苷酸探針與第三核苷酸探針序列上互補(bǔ)(complementary)，且第二核苷酸探針與第四核苷酸探針序列上互補(bǔ)，第三核苷酸探針與第四核苷酸探針的序列有一個(gè)核苷酸不同。[0027]所述第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)為任何幾何形狀且對(duì)稱間隔排列，在空間上平均分配于所述SNP鑒別組合內(nèi)。 較佳的，第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)為兩兩并排，并且位于一假想矩形的四個(gè)端角位置，且其中第一、第四偵測(cè)區(qū)位于對(duì)角，第二、第三偵測(cè)區(qū)位于對(duì)角。較佳的，所述肥胖基因檢測(cè)芯片的檢測(cè)層更包括有復(fù)數(shù)確認(rèn)區(qū)，各確認(rèn)區(qū)包含一預(yù)定序列的核酸片段，并且設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)的外側(cè)靠近基板的外緣處，以供作為確認(rèn)檢測(cè)效用之用。所述預(yù)定序列的核酸片段可為任何已知的特定序列的核酸片段，只要雜交反應(yīng)過程中加入一預(yù)定含量的經(jīng)標(biāo)示的對(duì)應(yīng)核酸片段可與所述預(yù)定序列互補(bǔ)而結(jié)合即可，其目的在于確認(rèn)雜交反應(yīng)的發(fā)生，所述核酸片段例如，但不限于家管基因(house keeping gene)、獨(dú)特的病毒蛋白基因等等，其具體的實(shí)施例包括肌動(dòng)蛋白以及病毒鞘蛋白VP1。所述肥胖基因檢測(cè)芯片為供應(yīng)用于肥胖癥檢測(cè)與預(yù)防、辨識(shí)肥胖癥基因?yàn)榛A(chǔ)的預(yù)防療法，及對(duì)其他因肥胖癥引發(fā)如糖尿病及高血壓的等疾病的預(yù)防等?；谏鲜隹梢?，本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片，其中所述SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)及確認(rèn)區(qū)為配置于肥胖基因檢測(cè)芯片，以致使涵蓋特定的肥胖基因的單一核苷酸多型性位點(diǎn)的探針能夠有效與檢測(cè)樣本中具有完全互補(bǔ)序列的核苷酸相結(jié)合，藉以本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片可快速且精確的評(píng)估肥胖風(fēng)險(xiǎn)以及抗肥胖藥物風(fēng)險(xiǎn)評(píng)估，并應(yīng)用于大量自動(dòng)化的或在宅的醫(yī)學(xué)篩檢。另外，所述檢測(cè)層包含有復(fù)數(shù)SNP鑒別組合，各SNP鑒別組合由至少二偵測(cè)區(qū)所構(gòu)成，其中第一對(duì)偶基因與第二對(duì)偶基因的基因片段之序列有一個(gè)核苷酸不同，而可辨別指定的肥胖基因的SNP。當(dāng)本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片用于檢測(cè)個(gè)體樣本時(shí)，可用以區(qū)辨所述個(gè)體的肥胖基因的基因型屬于第一對(duì)偶基因型或第二對(duì)偶基因型的同合子(homozygote),或者為第一、第二對(duì)偶基因型異合子(heterozygote),并且將分析結(jié)果與所述個(gè)體的肥胖的表現(xiàn)型相比較，進(jìn)而作為判定特定人種之肥胖基因SNP與肥胖的表現(xiàn)型相關(guān)性的基礎(chǔ)。另外，當(dāng)所述檢測(cè)層的SNP鑒別組合由四偵測(cè)區(qū)所構(gòu)成，透過第一、二、三及四偵測(cè)區(qū)的配置，并利用第一、二對(duì)偶基因的基因片段核苷酸探針分別與第三、四對(duì)偶基因的基因片段核苷酸探針序列上互補(bǔ)的特性，而可做為檢測(cè)效果的雙重確認(rèn)以增加檢測(cè)的準(zhǔn)確率。再者，所述確認(rèn)區(qū)設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)之外側(cè)靠近基板的外緣處，可避免干擾肥胖基因之檢測(cè)，而增加整體檢測(cè)的準(zhǔn)確度。
以下結(jié)合附圖和具體實(shí)施方式
對(duì)本實(shí)用新型進(jìn)行詳細(xì)說明


圖1為本實(shí)用新型的一較佳實(shí)施例的立體外觀圖。圖2A為
圖1的A-A剖線的側(cè)視剖面圖。圖2B為本實(shí)用新型的較佳實(shí)施例在使用狀態(tài)的示意圖。圖3A為本實(shí)用新型的SNP鑒別組合的一較佳實(shí)施例的示意圖。圖3B、3C以及3D為本實(shí)用新型的SNP鑒別組合的較佳實(shí)施例的實(shí)施狀態(tài)參考圖。圖4A為本實(shí)用新型的SNP鑒別組合的另一較佳實(shí)施例的示意圖。[0042]圖4B、4C、4D以及4E為本實(shí)用新型的SNP鑒別組合的另一較佳實(shí)施例的實(shí)施狀態(tài)參考圖。圖中10-基板11-偵測(cè)面20-檢測(cè)層30-SNP鑒別組合31-第一偵測(cè)區(qū)32-第二偵測(cè)區(qū)31A-第一偵測(cè)區(qū)32A-第二偵測(cè)區(qū)33A-第三偵測(cè)區(qū)34A-第四偵測(cè)區(qū)40-確認(rèn)區(qū)50-基因產(chǎn)物
具體實(shí)施方式
本實(shí)用新型通過下述的實(shí)施例作為例示說明，將使得本實(shí)用新型的技術(shù)方案更為清楚，但不應(yīng)視為局限本實(shí)用新型保護(hù)范圍的限制。本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片1，如
圖1及圖2A所示，包含有一基板10以及一疊置于所述基板10上的具有偵測(cè)面11的檢測(cè)層20，其中所述基板10為玻璃或者聚合物所制成的薄膜，所述檢測(cè)層20包含有復(fù)數(shù)SNP鑒別組合30以及確認(rèn)區(qū)40，各SNP鑒別組合30包括有至少二偵測(cè)區(qū)，即第一 偵測(cè)區(qū)31和第二偵測(cè)區(qū)32。第一偵測(cè)區(qū)31具有一第一核苷酸探針，所述第一核苷酸探針具有一第一對(duì)偶基因的基因片段序列；第二偵測(cè)區(qū)32具有一第二核苷酸探針，第二核苷酸探針具有一第二對(duì)偶基因的基因片段序列。其中第一核苷酸探針與第二核苷酸探針涵蓋一單一核苷酸多型性位點(diǎn)，而第一對(duì)偶基因與第二對(duì)偶基因的基因片段的序列有一個(gè)核苷酸不同，從而透過一經(jīng)標(biāo)定的核苷酸樣本與第一、二核苷酸探針的結(jié)合與否，區(qū)辨樣本內(nèi)的基因的單一核苷酸多型性。各確認(rèn)區(qū)40設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合30的偵測(cè)區(qū)31，32之外側(cè)靠近基板10的外緣處，并且包含一預(yù)定序列的核酸片段，以供作為確認(rèn)雜交反應(yīng)作用發(fā)生。所述預(yù)定序列的核酸片段為肌動(dòng)蛋白或病毒鞘蛋白VP1。本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片通過在所述基板上形成具有對(duì)偶基因的基因片段核苷酸探針的SNP鑒別組合30的偵測(cè)區(qū)以供檢測(cè)一對(duì)偶基因內(nèi)的單一核苷酸多型性的存在，其中所述對(duì)偶基因?yàn)镻PARG、PPARGC1B、PPARG2、GNB3、LEP、SDC3、MC4R、UCP3、ADRB2、NR0B2、APOE、GHRL, FTO, ESRl 或 AGT 的已知對(duì)偶基因型。前述偵測(cè)區(qū)31，32以及確認(rèn)區(qū)40通過所屬領(lǐng)域已知技術(shù)將指定的核苷酸探針與基板10結(jié)合固定，并通過適當(dāng)?shù)淖韪羰侄翁钛a(bǔ)基板10的所述(等)未與核苷酸探針結(jié)合的區(qū)域，形成所述檢測(cè)層20，從而避免芯片與待側(cè)樣本之間發(fā)生非專一性的結(jié)合。在本實(shí)用新型的第一較佳的實(shí)施例中，如
圖1以及圖3A所示，所述檢測(cè)層20包含有12個(gè)SNP鑒別組合30，各SNP鑒別組合30由二偵測(cè)區(qū)所構(gòu)成，這些偵測(cè)區(qū)包括第一偵測(cè)區(qū)31及第二偵測(cè)區(qū)32，其中第一偵測(cè)區(qū)31具有PPARG突變型正性核苷酸探針，第二偵測(cè)區(qū)32具有PPARG野生型正性核苷酸探針，其中PPARG突變型正性核苷酸探針與PPARG野生型正性核苷酸的序列存有一個(gè)核苷酸的差異，其中第一核苷酸探針與第二核苷酸探針涵蓋一PPARG單一核苷酸多型性位點(diǎn)。本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片在實(shí)施時(shí)，首先，自一自愿受試者獲取其含有核酸的檢體樣本，利用 PPARGC1B、PPARG2、GNB3、LEP、SDC3、MC4R、UCP3、ADRB2、NR0B2、APOE,GHRL, FT0, ESRl或AGT的涵蓋對(duì)應(yīng)的單一核苷酸多型性位點(diǎn)序列的旁側(cè)序列的引子對(duì)，進(jìn)行聚合酶鏈鎖反應(yīng)，以擴(kuò)增出大小約100至300堿基對(duì)，所述等堿基對(duì)對(duì)應(yīng)前述對(duì)偶基因基因片段的基因產(chǎn)物，所述聚合酶鏈鎖反應(yīng)使用5’端具有Biotin (生物素)標(biāo)示的引子進(jìn)行聚合酶鏈鎖反應(yīng)。其次，如圖2B所示，將所述受試者的基因產(chǎn)物50與本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片I在適當(dāng)?shù)碾s交條件下進(jìn)行雜交反應(yīng)，通過前述具有標(biāo)定作用的基因產(chǎn)物50與本實(shí)用新型的肥胖基因檢測(cè)芯片I的SNP鑒別組合30的偵測(cè)區(qū)31，32的探針完全互補(bǔ)時(shí)，基因產(chǎn)物50與探針結(jié)合而被捕捉固定于基板10上，通過偵測(cè)具所述標(biāo)示所產(chǎn)生的訊號(hào)，以判斷受試者的基因是否帶有特定的SNP。在本實(shí)用新型的一具體實(shí)施例中，檢測(cè)結(jié)果如圖3B所示，第一偵測(cè)區(qū)31具有PPARG突變型正性核苷酸探針，第二偵測(cè)區(qū)32具有PPARG野生型正性核苷酸探針，若第一偵測(cè)區(qū)31對(duì)應(yīng)位置并未產(chǎn)生訊號(hào)，第二偵測(cè)區(qū)32對(duì)應(yīng)位置產(chǎn)生訊號(hào)，代表受試者的基因產(chǎn)物具有與PPARG野生型核苷酸探針完全相同的互補(bǔ)序列，基于DNA雙股互補(bǔ)的原則，判定所述受試者具有PPARG野生型對(duì)偶基因SNP，而原則上不具PPARG突變型正性對(duì)偶基因SNP。在本實(shí)用新型的另一具體實(shí)施例中，檢測(cè)結(jié)果如圖3C所示，第一偵測(cè)區(qū)31對(duì)應(yīng)位置產(chǎn)生訊號(hào)，第二偵測(cè)區(qū)32對(duì)應(yīng)位置并未產(chǎn)生訊號(hào)，代表所述受試者具有PPARG突變型對(duì)偶基因SNP，而原則上不具PPARG野生型對(duì)偶基因SNP。在本實(shí)用新型的再一具體實(shí)施例中，檢測(cè)結(jié)果如圖3D所示，代表所述受試者同時(shí)具有PPARG突變型對(duì)偶基因SNP以及PPARG野生型對(duì)偶基因SNP。在本實(shí)用新型的第二較佳的實(shí)施例中，所述檢測(cè)層20包含有8個(gè)SNP鑒別組合30A，各SNP鑒別組合30A對(duì)應(yīng)于不同的肥胖基因，進(jìn)一步參考圖4A所示，各SNP鑒別組合30A由第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)31A，32A, 33A, 34A所構(gòu)成，其中第一偵測(cè)區(qū)31A具有PPARG突變型正性核苷酸探針，第二偵測(cè)區(qū)32A具有PPARG野生型正性核苷酸探針，第三偵測(cè)區(qū)33A為PPARG突變型 負(fù)性核苷酸探針，第四偵測(cè)區(qū)34A具有PPARG野生型負(fù)性核苷酸探針，其中PPARG突變型正性核苷酸探針與PPARG野生型正性核苷酸探針有一個(gè)核苷酸不同，PPARG突變型正性核苷酸探針與PPARG突變型負(fù)性核苷酸探針序列上互補(bǔ)(complementary), PPARG野生型正性核苷酸探針與PPARG野生型負(fù)性核苷酸探針序列上互補(bǔ)，PPARG突變型負(fù)性核苷酸探針與PPARG野生型負(fù)性核苷酸探針有一個(gè)核苷酸不同。第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)31A，32A, 33A, 34A為兩兩并排并且位于一假想矩形的四個(gè)端角位置，且其中第一、第四偵測(cè)區(qū)31A，34A位于一對(duì)角，第二、、第三偵測(cè)區(qū)32A, 33A位于另一對(duì)角。同理類推，SNP鑒別組合30A的這些偵測(cè)區(qū)的核苷酸探針可選擇針對(duì)PPARGC1B、PPARG2、GNB3、LEP、SDC3、MC4R、UCP3、ADRB2、NR0B2、APOE、GHRL、FTO, ESRl 或 AGT 的對(duì)偶基
因設(shè)計(jì)為突變型正性核苷酸探針、野生型正性核苷酸探針、突變型負(fù)性核苷酸探針以及野生型負(fù)性核苷酸探針。在本實(shí)用新型的一具體實(shí)施例中，檢測(cè)結(jié)果如圖4B所示，第一偵測(cè)區(qū)31具有PPARG突變型正性核苷酸探針，第二偵測(cè)區(qū)32具有PPARG野生型正性核苷酸探針，第一、三偵測(cè)區(qū)31A，33A對(duì)應(yīng)位置并未產(chǎn)生訊號(hào)，第二、四偵測(cè)區(qū)32A，34A對(duì)應(yīng)位置產(chǎn)生訊號(hào)，代表受試者額基因產(chǎn)物具有與PPARG野生型核苷酸探針完全相同的互補(bǔ)序列，基于DNA雙股互補(bǔ)的原則，判定所述受試者具有PPARG野生型對(duì)偶基因SNP，而原則上不具PPARG突變型正性對(duì)偶基因SNP。在本實(shí)用新型的另一具體實(shí)施例中，檢測(cè)結(jié)果如圖4C所示，第一、三偵測(cè)區(qū)31A, 33A對(duì)應(yīng)位置產(chǎn)生訊號(hào)，第二、四偵測(cè)區(qū)32A，34A對(duì)應(yīng)位置并未產(chǎn)生訊號(hào)，代表所述受試者具有PPARG突變型對(duì)偶基因SNP，而原則上不具PPARG野生型對(duì)偶基因SNP。在本實(shí)用新型的再一具體實(shí)施例中，檢測(cè)結(jié)果如圖4D以及4E所示，第一、三偵測(cè)區(qū)31A，33A對(duì)應(yīng)位置并未同時(shí)產(chǎn)生訊號(hào)；或者第二、四偵測(cè)區(qū)32A，34A對(duì)應(yīng)位置并未同時(shí)產(chǎn)生訊號(hào)，則代表此一檢測(cè)結(jié)果必須再做進(jìn)一步確認(rèn)，包括雜交條件是否符合標(biāo)準(zhǔn)以及探針的再確效，或者可取所述受測(cè)者的核酸樣本針對(duì)所述對(duì)偶基因進(jìn)行定序確認(rèn)?；谏鲜觯哂腥鐖D4A所示的SNP鑒別組合30A肥胖基因檢測(cè)芯片用于檢測(cè)受試者的各種對(duì)偶基因的單一核苷酸多型性時(shí)，可以增加一檢測(cè)流程的準(zhǔn)確度與可信度，并可供用于檢驗(yàn)未經(jīng)確效的基因檢測(cè)芯片的準(zhǔn)確度，并從而調(diào)整或者校正整體基因檢測(cè)流程。
權(quán)利要求1.一種肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于，包含一基板，其具有一偵測(cè)面；以及一疊置于所述基板的偵測(cè)面的檢測(cè)層，其中所述檢測(cè)層包含復(fù)數(shù)SNP鑒別組合，各SNP鑒別組合具有至少二偵測(cè)區(qū)，其一偵測(cè)區(qū)具有一第一核苷酸探針，另一偵測(cè)區(qū)具有一第二核苷酸探針。
2.如權(quán)利要求1所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于其中各個(gè)SNP鑒別組合的第一、二核苷酸探針的序列包含一肥胖基因的單一核苷酸多型性位點(diǎn)，第一核苷酸探針與第二核苷酸探針的序列之間有一個(gè)核苷酸不同。
3.如權(quán)利要求2所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于其中所述肥胖基因選自于過氧化體增生劑活化受體-伽馬、過氧化體增生劑活化受體-伽馬共活化子1-貝塔、過氧化體增生劑活化受體-伽馬2、鳥嘌呤核苷三磷酸結(jié)合蛋白貝塔-次元體第三亞型、瘦素、多配體蛋白聚糖3、黑色素皮質(zhì)素受體4、非偶蛋白3、腎上腺素接受器-貝塔2、細(xì)胞核受體次家族O群組B第2員、脂蛋白元E、肥胖以及過食相關(guān)基因、雌激素受體I以及血管收縮素原基因所構(gòu)成的群組。
4.如權(quán)利要求2或3所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于各SNP鑒別組合由四偵測(cè)區(qū)所構(gòu)成，其中所述四偵測(cè)區(qū)包括一第一偵測(cè)區(qū)、一第二偵測(cè)區(qū)、一第三偵測(cè)區(qū)及一第四偵測(cè)區(qū)，其中第一偵測(cè)區(qū)具有一第一核苷酸探針，第二偵測(cè)區(qū)具有一第二核苷酸探針，第三偵測(cè)區(qū)具有一第三核苷酸探針，第四偵測(cè)區(qū)具有一第四核苷酸探針，其中第一核苷酸探針與第二核苷酸探針之序列有一個(gè)核苷酸不同，第一核苷酸探針與第三核苷酸探針序列上互補(bǔ)，且第二核苷酸探針與第四核苷酸探針序列上互補(bǔ)。
5.如權(quán)利要求4所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于所述第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)為對(duì)稱間隔排列，在空間上平均分配于所述SNP鑒別組合內(nèi)。
6.如權(quán)利要求4所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于所述第一、第二、第三及第四偵測(cè)區(qū)為兩兩并排，并且位于一假想矩形的四個(gè)端角位置，且其中第一、第四偵測(cè)區(qū)位于其中一對(duì)角，第二、第三偵測(cè)區(qū)位于另一對(duì)角。
7.如權(quán)利要求2或3所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于所述肥胖基因檢測(cè)芯片的檢測(cè)層還包括有復(fù)數(shù)確認(rèn)區(qū)，各確認(rèn)區(qū)包含有一核酸片段，并且設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)之外側(cè)靠近基板的外緣處。
8.如權(quán)利要求4所述肥胖的基因檢測(cè)芯片，其特征在于所述肥胖基因檢測(cè)芯片的檢測(cè)層更包括有復(fù)數(shù)確認(rèn)區(qū)，各確認(rèn)區(qū)包含有一核酸片段，并且設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)之外側(cè)靠近基板的外緣處。
9.如權(quán)利要求5所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于所述肥胖基因檢測(cè)芯片的檢測(cè)層更包括有復(fù)數(shù)確認(rèn)區(qū)，各確認(rèn)區(qū)包含有一核酸片段，并且設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)之外側(cè)靠近基板的外緣處。
10.如權(quán)利要求6所述的肥胖基因檢測(cè)芯片，其特征在于所述肥胖基因檢測(cè)芯片之檢測(cè)層更包括有復(fù)數(shù)確認(rèn)區(qū)，各確認(rèn)區(qū)包含有一核酸片段，并且設(shè)于復(fù)數(shù)SNP鑒別組合的偵測(cè)區(qū)之外側(cè)靠近基板的外緣處。
專利摘要本實(shí)用新型公開了一種肥胖基因檢測(cè)芯片包含一基板，其具有一偵測(cè)面；以及一疊置于所述基板的偵測(cè)面的檢測(cè)層，其中所述檢測(cè)層包含復(fù)數(shù)SNP鑒別組合，各SNP鑒別組合具有至少二偵測(cè)區(qū)，其一偵測(cè)區(qū)具有一第一核苷酸探針，另一偵測(cè)區(qū)具有一第二核苷酸探針，其中各個(gè)SNP鑒別組合的第一、二核苷酸探針的序列包含一肥胖基因的單一核苷酸多型性位點(diǎn)，第一核苷酸探針與第二核苷酸探針的序列之間有一個(gè)核苷酸不同。本實(shí)用新型可快速且精確的檢測(cè)肥胖基因及評(píng)估抗肥胖藥物風(fēng)險(xiǎn)，并應(yīng)用于大量自動(dòng)化檢測(cè)或在宅的醫(yī)學(xué)篩檢。
文檔編號(hào)C12Q1/68GK202881284SQ201220511999
公開日2013年4月17日 申請(qǐng)日期2012年9月28日 優(yōu)先權(quán)日2012年9月28日
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