Toll樣受體途徑的寡核苷酸調(diào)劑的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了雙鏈核酸分子和包含所述雙鏈核酸分子的藥物組合物，其可用于治療有此需要的受試者中的尤其以下疾?。杭毙院吐匝装Y、神經(jīng)性疼痛、肺移植后的原發(fā)性移植物功能障礙(PGD)。所述化合物優(yōu)選為下調(diào)或抑制Toll樣受體基因的表達(dá)的化學(xué)合成和修飾的dsRNA化合物。
【專利說明】Tol I樣受體途徑的寡核苷酸調(diào)劑
[0001]相關(guān)申請
[0002]本申請要求2011年 3 月 3 日提交的，題目為“TLR2, TLR4, MYD88, TICAMland TIRAPNUCLEOTIDE INHIBITORS AND METHODS OF USE THEREOF”的美國臨時(shí)申請第61/448，707 號的權(quán)益，該美國臨時(shí)申請的全文以引用的方式并入本文并用于所有目的。
[0003]序列表
[0004]本申請包含2012年2月28日創(chuàng)建的大小為3，908kb的命名為233_PCT1_ST25.txt的序列表，并且其全文據(jù)此以引用的方式并入。
發(fā)明領(lǐng)域
[0005]本文提供了核酸分子、包含所述核酸分子的藥物組合物及使用它們抑制Toll-樣受體(TLR)途徑中的哺乳動(dòng)物靶基因TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP的方法。具體化合物包括未經(jīng)修飾和化學(xué)修飾的dsRNA和siRNA寡核苷酸及包含它們的組合物。
[0006]發(fā)明背景
[0007]本公開的 申請人:已經(jīng)在，尤其，美國專利公布第US20080293655號、第US20090162365 號、第 US20100292301 號和第 US20110112168 號及 PCT 專利公布第W02011/066475 號、第 W02011/084193 號和第 W02011/085056 號中描述了可用于產(chǎn)生 dsRNA的寡核苷酸序列和核苷酸修飾，所述文獻(xiàn)的全文據(jù)此以引用的方式并入。
[0008]仍然需要表現(xiàn)出增強(qiáng)的敲低活性、增加的穩(wěn)定性和/或降低的脫靶效應(yīng)的可用于調(diào)節(jié)Toll樣受體途徑的有活性且有效的dsRNA治療劑。
發(fā)明概要`
[0009]本文提供了可用于調(diào)節(jié)Toll-樣受體途徑中的靶基因的表達(dá)的組合物、方法和試劑盒。在各個(gè)方面，提供了選自由具有SEQ ID NO: 1-12所示的mRNA多核苷酸序列的TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP組成的組的哺乳動(dòng)物基因的核酸分子抑制劑，所述的 SEQ ID NO: 1-12 包括 SEQ ID NO:1 (TLR2mRNA)、SEQ ID NO: 2-4 (TLR4mRNA)、SEQ IDNO:5-9(MYD88mRNA)、SEQ ID NO:10(TICAMlmRNA)或 SEQ ID NO:11-12(TIRAP mRNA)。
[0010]在具體實(shí)施方案中，本文提供了抑制、下調(diào)或降低選自由TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP組成的組的基因的表達(dá)的新型雙鏈核酸分子，具體地，雙鏈RNA (dsRNA)，及包含一種或多種此類寡核苷酸的藥物組合物或能夠表達(dá)所述寡核苷酸的載體。本文進(jìn)一步提供了用于治療炎癥和炎性疾病及與諸如肺移植的器官移植關(guān)聯(lián)的移植物排斥的方法，其中TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP基因中的一種或多種的表達(dá)與炎癥及和器官移植相關(guān)的移植物排斥的病因或進(jìn)展相關(guān)聯(lián)。
[0011]在一些方面和實(shí)施方案中，雙鏈寡核苷酸為化學(xué)修飾的dsRNA化合物。在一些實(shí)施方案中，dsRNA有義和反義寡核苷酸選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ IDNO: 5847-12144(靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332(靶向 MYD88)、SEQ ID NO: 16333-18242(靶向TICAMl)和SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向TIRAP)所示的有義寡核苷酸和相應(yīng)反義寡核苷酸。
[0012]因此，在一方面，本文提供了具有以下雙鏈結(jié)構(gòu)的核酸分子:
[0013](Al) 5，(N)x_Z3，(反義鏈)
[0014]3，V -(N，)y_z”5’ (有義鏈)
[0015]其中每個(gè)N和N’均為核苷酸或非常規(guī)部分，所述核苷酸可為未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核苷酸；
[0016]其中(N)X和(N’)y中的每一個(gè)均為寡核苷酸，其中每個(gè)連續(xù)N或N’均通過共價(jià)鍵接合至下一個(gè)N或N’ ；
[0017]其中Z和V中的每一個(gè)均獨(dú)立地存在或不存在，但是如果存在，則獨(dú)立地包含共價(jià)連接在其存在于其中的鏈的3’末端的1-5個(gè)連續(xù)核苷酸或非核苷酸部分或它們的組合；
[0018]其中z ”可以存在或不存在，但是如果存在，則為共價(jià)連接在(N’)y的5’末端的加帽部分；
[0019]其中X和y中的每一個(gè)均獨(dú)立地為介于18與25之間的整數(shù)；
[0020]其中(N’)y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)，并且(N)X包括SEQ ID NO: 1-12中的任一個(gè)所示的靶RNA的反義序列。
[0021]在一些實(shí)施方案中，使每個(gè)連續(xù)N或N’相接合的共價(jià)鍵為磷酸二酯鍵。
[0022]在一些實(shí)施方案中，x=y并且X和y中的每一個(gè)均獨(dú)立地為19、20、21、22或23。在各個(gè)實(shí)施方案中，x=y=19。
[0023]在一些實(shí)施方案中，有義鏈寡核苷酸和反義鏈寡核苷酸選自針對靶TLR2的SEQ ID NO: 13-3060、針對靶 TLR4 的 SEQ ID NO:5847-8612、針對靶 MYD88 的 SEQ IDNO: 12145-13924、針對靶 TICAMl 的 SEQ ID NO: 16333-16882 或針對靶 TIRAP 的 SEQ IDNO: 18243-19046所示的寡核苷酸對。
[0024]在某些優(yōu)選實(shí)施方案中，如本文所公開的雙鏈核酸分子(例如，SiNA分子)的有義鏈和反義鏈包括與SEQ ID NO: 13-1448或1449-3060 (靶向TLR2);或者SEQ IDNO: 5847-8320 或 8321-8612 (靶向 TLR4);或者 SEQ ID NO: 12145-13108 或 13109-13924(靶向 MYD88);或者 SEQ ID NO: 16333-16866 或 16867-16882 (靶向 TICAMl);或者 SEQ IDNO: 18243-19010或19011-19046 (靶向TIRAP)所示的有義序列和反義序列中的任一個(gè)相對應(yīng)的序列。
[0025]在一些實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子的有義鏈和反義鏈選自TLR2_25、TLR2_28、TLR2_42、TLR2_43和TLR2_47所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TLR2_25 (SEQ ID NO:20607 和 20614)、TLR2_28 (SEQ ID NO:20608 和 20615)、TLR2_42(SEQ ID NO:20609 和 20616)、TLR2_43 (SEQ ID NO:20610 和 20617)及 TLR2_47 (SEQ IDNO:20611和20618)所示的序列對。
[0026]在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_25(SEQ ID N0:20607和20614)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_28 (SEQ ID NO: 20608和20615)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_42 (SEQID NO:20609和20616)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_43 (SEQ ID NO:20610和20617)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_47 (SEQ IDNO:20611和20618)所示的序列對的有義和反義鏈。
[0027]在一些實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子的有義鏈和反義鏈選自TLR4_08、TLR4_10、TLR4_11、TLR4_14、TLR4_15、TLR4_28、TLR4_29、TLR4_31 和 TLR4_33 所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TLR4_08 (SEQ ID NO:20621和20630)、TLR4_10 (SEQ IDN0:20622 和 20631)、TLR4_11 (SEQ ID NO:20623 和 20632)、TLR4_14 (SEQ ID NO:20624和 20633)、TLR4_15 (SEQ ID NO:20625 和 20634)、TLR4_28 (SEQ ID NO:20626 和 20635)、TLR4_29 (SEQ ID NO:20627 和 20636)、TLR4_31 (SEQ ID NO:20628 和 20637)和 TLR4_33(SEQ ID NO:20629和20638)所示的序列對。
[0028]在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_08(SEQID NO: 20621和20630)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_10(SEQ ID N0:20622和20631)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_11(SEQ ID NO:20623和20632)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_14(SEQ ID NO:20624和20633)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_15 (SEQ ID NO: 20625和20634)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_28 (SEQ ID NO:20626和20635)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_29 (SEQ ID NO: 20627和20636)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_31 (SEQ ID NO:20628和20637)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR4_33 (SEQ ID NO: 20629和20638)所示的序列對的有義和反義鏈。
[0029]在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自MYD88_11所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，反義鏈和有義鏈選自MYD88_`11 (SEQ ID NO: 12178和12660)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括MYD88_11 (SEQ ID NO: 12178和12660)所不的序列對。
[0030]在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TICAM1_20所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈為TICAM1_20(SEQ ID NO:20644和20655)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_20(SEQ ID NO:20644和20655)所不的序列對。
[0031]在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TIRAP_16所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，反義鏈和有義鏈選自TIRAP_16 (SEQ ID NO: 20661和20673)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_16 (SEQ ID NO:20661和20673)所不的序列對。
[0032]在各個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈分子在引導(dǎo)鏈(反義鏈)的5 ’末端核苷酸上包含與靶mRNA的錯(cuò)配。
[0033]因此，提供了具有以下結(jié)構(gòu)的雙鏈核酸分子:
[0034](A2) 5 ’ N1-(N) x~Z3 ’ (反義鏈)[0035]3’ Z’ -N2-(N’)y_z”5’(有義鏈)
[0036]其中每個(gè)N2、N和N’均為未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核糖核苷酸，或非常規(guī)部分；
[0037]其中(N)X和(N’ )y中的每一個(gè)均為寡核苷酸，其中每個(gè)連續(xù)N或N’均通過共價(jià)鍵接合至相鄰的N或N’ ；
[0038]其中X和y中的每一個(gè)均獨(dú)立地為介于17與24之間的整數(shù)；
[0039]其中(N，)y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)，并且(N) x與選自TLR2、TLR4、MYD88、TICAM和TIRAP的靶RNA中的連續(xù)序列互補(bǔ)；
[0040]其中N1共價(jià)結(jié)合至(N) X并且與靶RNA錯(cuò)配或?yàn)榘蠷NA的互補(bǔ)DNA部分；
[0041]其中N1為選自由未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核苷酸組成的組的部分，所述未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核苷酸選自尿苷(rU)、脫氧核糖尿苷(dU)、核糖胸苷(rT)、脫氧核糖胸苷(dT)、腺苷(rA)和脫氧腺苷(dA)；
[0042]其中z”可以存在或不存在，但是如果存在，則為共價(jià)連接在N2-(N’ )y的5’末端的加帽部分；以及
[0043]其中Z和V中的每一個(gè)均獨(dú)立地存在或不存在，但是如果存在，則獨(dú)立地為共價(jià)連接在其存在于其中的鏈的3’末端的1-5個(gè)連續(xù)核苷酸、連續(xù)非核苷酸部分或它們的組合。
[0044]在一些實(shí)施方案中，(N’)y的序列與(N)X的序列完全互補(bǔ)。在各個(gè)實(shí)施方案中，N2-(N’)y的序列與N1-(N)X的序列互補(bǔ)。在一些實(shí)施方案中，(N) x包含與靶RNA中的約17至約24個(gè)連續(xù)核苷酸完全互補(bǔ)的反義序列。在其他實(shí)施方案中，(N)X包含與靶RNA中的約17至約39個(gè)連續(xù)核苷酸基本上互補(bǔ)的反義序列。
[0045]在一些實(shí)施方案中，N1和N2形成至少一個(gè)氫鍵。在一些實(shí)施方案中，N1和N2形成沃森-克里克(Watson-Crick)堿基對。在一些實(shí)施方案中，N1和N2形成非沃森-克里克堿基對。在一些實(shí)施方案中，在核糖核苷酸與脫氧核糖核苷酸之間形成堿基對。
[0046]在結(jié)構(gòu)A2的一些實(shí)施方案中，x=y=18，x=y=19或x=y=20。在優(yōu)選實(shí)施方案中，x=y=180
[0047]在一些實(shí)施方案中，N1共價(jià)結(jié)合至(N)X并且與靶RNA錯(cuò)配。在各個(gè)實(shí)施方案中，N1共價(jià)結(jié)合至(N) X并且為與靶RNA互補(bǔ)的DNA部分。
[0048]在一些實(shí)施方案中，N1共價(jià)結(jié)合至(N)X并且為與靶RNA互補(bǔ)的DNA部分。
[0049]在一些實(shí)施方案中，N1選自腺苷、脫氧腺苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且靶RNA中的配對核苷酸為腺苷。在優(yōu)選實(shí)施方案中，N1選自腺苷、脫氧腺苷或脫氧尿苷。
[0050]在一些實(shí)施方案中，N1選自腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且靶RNA中的配對核苷酸為胞苷。在優(yōu)選實(shí)施方案中，N1選自腺苷、脫氧腺苷、尿苷或脫氧尿苷。
[0051]在一些實(shí)施方案中，N1選自未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且靶RNA中的配對核苷酸為鳥苷。在一些實(shí)施方案中，N1包含2’ -OMe糖修飾的腺苷、尿苷或核糖胸苷。在一些實(shí)施方案中，N1包含2’氟或2’氨基糖修飾的腺苷、尿苷或核糖胸苷。
[0052]在優(yōu)選實(shí)施方案中，N1選自腺苷、脫氧腺苷、尿苷或脫氧尿苷。在一些實(shí)施方案中，N1選自腺苷和脫氧腺苷，并且N2為尿苷，并且N1和N2形成堿基對。在一些實(shí)施方案中，N1選自尿苷或脫氧尿苷，并且N2為腺苷，并且N1和N2形成堿基對。
[0053]在一些實(shí)施方案中，N1選自脫氧腺苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且其中革巴RNA中的配對核苷酸中的核苷酸為尿苷。在優(yōu)選實(shí)施方案中，N1選自脫氧腺苷或脫氧尿苷。[0054]在一些實(shí)施方案中，N1選自尿苷或脫氧尿苷，并且N2選自腺苷或脫氧腺苷，并且N1和N2形成堿基對。
[0055]在一些實(shí)施方案中，N1選自腺苷或脫氧腺苷，并且N2選自尿苷或脫氧尿苷，并且N1和N2形成堿基對。在其他實(shí)施方案中，N1為脫氧尿苷，并且N2為腺苷，并且N1和N2形成堿基對。在一些實(shí)施方案中，N1為腺苷，并且N2為尿苷，并且N1和N2形成堿基對。
[0056]在一些實(shí)施方案中，有義鏈寡核苷酸和反義鏈寡核苷酸選自針對祀TLR2的SEQID NO: 3061-5260 或 5261-5846、針對靶 TLR4 的 SEQ ID NO:8613-12040 或 12041-12144、針對靶 MYD88 的 SEQ ID NO: 13925-15910 或 15911-16332、針對靶 TICAMl 的 SEQ IDNO:16883-18236 或 18237-18242，或針對靶 TIRAP 的 SEQ ID NO:19047-20590 或20591-20606所示的寡核苷酸對。
[0057]在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TLR2_31和TLR2_34所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TLR2_31 (SEQ ID NO: 20612和20619)和TLR2_34(SEQ ID N0:20613和20620)所示的序列對。在各個(gè)實(shí)施方案中，反義鏈中的N1包括尿苷或化學(xué)修飾的尿苷，并且有義鏈中的N2包括核糖腺嘌呤或化學(xué)修飾的核糖腺嘌呤。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_31 (SEQ ID NO:20612和20619)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TLR2_34 (SEQ ID NO:20613和20620)所示的序列對的有義和反義鏈。
[0058]在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TICAM1_15、TICAM1_16、TICAM1_17、TICAM1_18、TICAM1_19、TICAM1_21、TICAM1_22、TICAM1_23、TICAM1_24 和 TICAM1_25 所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TICAM1_15(SEQ ID NO: 20639和20650)、TICAM1_16(SEQ ID NO: 20640和 20651 )、TICAM1_17(SEQ ID NO: 20641 和 20652)、TICAM1_18(SEQ ID N0:20642 和 20653);TICAM1_19 (SEQ ID NO:20643 和 20654);TICAM1_21 (SEQ IDN0:20645和20656)、TICAM1_22(SEQ ID NO: 20646 和 20657)、TICAM1_23(SEQ ID NO:20647和 20658)、TICAM1_24 (SEQ ID NO:20448 和 20659)和 TICAM1_25 (SEQ ID NO:2064920660)所示的序列對。
[0059]在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_15(SEQ ID NO:20639和20650)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_16 (SEQ ID NO:20640和20651)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_17(SEQID NO: 20641和20652)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_18 (SEQ ID NO:20642和20653)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_19 (SEQID NO:20643和20654)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_21 (SEQ ID NO:20645和20656)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_22 (SEQID NO: 20646和20657)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_23 (SEQ ID NO:20647和20658)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_24 (SEQID NO:20448和20659)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TICAM1_25 (SEQ ID NO:20649和20660)所示的序列對的有義和反義鏈。
[0060]在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TIRAP_17、TIRAP_18、TIRAP_19、TIRAP_20、TIRAP_2U TIRAP_22、TIRAP_23、TIRAP_24、TIRAP_25、TIRAP_26 和 TIRAP_27 所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，有義鏈和反義鏈選自TIRAP_17 (SEQ ID N0:20662和20674)、TIRAP_18 (SEQ ID NO:20663 和 20675)、TIRAP_19 (SEQ ID NO:20664 和 20676)、TIRAP_20 (SEQ ID NO:20665 和 20677)、TIRAP_21 (SEQ ID NO:20666 和 20678)、TIRAP_22(SEQ ID NO:20667 和 20679)、TIRAP_23 (SEQ ID NO:20668 和 20680)、TIRAP_24 (SEQ IDNO:20669 和 20681)、TIRAP_25 (SEQ ID NO:20670 和 20682)、TIRAP_26 (SEQ ID NO:20671和 20683)及 TIRAP_27 (SEQ ID NO:20672 和 20684)所示的序列對。
[0061]在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_17(SEQ ID NO: 20662和20674)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_18 (SEQ ID NO:20663和20675)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_19 (SEQID NO: 20664和20676)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_20 (SEQ ID NO:20665和20677)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_21 (SEQID NO: 20666和20678)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_22 (SEQ ID NO:20667和20679)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_23 (SEQID NO:20668和20680)所不的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_24 (SEQ ID NO:20669和20681)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_25 (SEQID NO:20670和20682)所示的序列對。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_26 (SEQ ID NO:20671和20683)所示的序列對的有義和反義鏈。在一些實(shí)施方案中，如本文所公開的核酸分子(例如，siNA分子)包括TIRAP_27 (SEQID NO:20672和20684)所示的序列對的有義和反義鏈。
[0062]在各個(gè)實(shí)施方案中，基于SEQ ID NO: 13-5846(靶向 TLR2)、SEQ ID NO: 5847-12144(靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332(靶向 MYD88)、SEQ ID NO: 16333-18242(靶向 TICAMl)和SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向TIRAP)或優(yōu)選下文表1_5中所示的寡核苷酸對產(chǎn)生雙鏈核酸分子，并且包括以下一種或多種根據(jù)結(jié)構(gòu)(Al)和結(jié)構(gòu)(A2)的修飾:
[0063]a.(N) x=19 或 N1-(N)X=Il 并且從(N) x 或 N1-(N) x 的 5’ 末端起的位置 5、6、7、8，或9中的至少一個(gè)位置處的選自蘇糖核酸(TNA)部分、2’ 5’核苷酸、鏡像核苷酸、UNA或脫喊基部分；
[0064]b.(N) x=19或N1-(N)X=H (N)X或N1-(N)X中的至少一個(gè)嘧啶核糖核苷酸包含2’糖修飾的核糖核苷酸；
[0065]c.在(N)X或N1-(N)X中，位置11、13、15、17和19處的N包含2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，并且位置10、12、14、16和18處的N包含未經(jīng)修飾的核糖核苷酸；
[0066]d.在(N)X 或 N1-(N)X 中，位置 1、3、5、9、11、13、15、17 和 19 處的 N 包含 2’_0Me 糖修飾的核糖核苷酸，并且位置2、4、6、8、10、12、14、16和18處的N包含未經(jīng)修飾的核糖核苷酸；
[0067]e.在(N)X 或 N1-(N)X 中，位置 2、4、6、8、11、13、15、17 和 19 處的 N 包含 2’_0Me 糖修飾的核糖核苷酸；
[0068]f.Z共價(jià)連接至(N)X或N1-(N)X的3’末端，并且包括選自由以下組成的組的非核苷酸部分:C30H、C3P1、C3P1-C30H 和 C3Pi_C3Pi ；
[0069]g.從(N’)y或N2-(N’)y的5’末端起的位置7、8、9或10中的至少一個(gè)位置處的N’選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸和假尿苷；
[0070]h.N’包含位于(N’)y或N2-(N’)y的3’末端或3’倒數(shù)第二位置處的4、5或6個(gè)連續(xù)位置中的蘇糖核酸(TNA)部分或2’ 5’核苷酸；
[0071]1.(N’)y或N2-(N’ )y中的至少一個(gè)嘧啶核糖核苷酸為2’糖修飾的核糖核苷酸；
[0072]j.z”為共價(jià)連接至(N’)y或N2-(N’)y的5’末端的帽部分，并且選自反向脫堿基脫氧核糖部分，及反向脫堿基核糖部分、脫堿基脫氧核糖部分、脫堿基核糖部分、如本文下面所定義的C3部分、L-DNA, L-RNA ；
[0073]k.V 共價(jià)連接至(N，)y 或 N2-(N’)y 的 3’ 末端，并且包括 C30H、C3P1、C3Pi_C30H或C3P1-C3Pi中的一種。
[0074]在優(yōu)選實(shí)施方案中，x=y=19。
[0075]在一些實(shí)施方案中，使每個(gè)連續(xù)N或N’相接合的共價(jià)鍵為磷酸二酯鍵。在各個(gè)實(shí)施方案中，所有共價(jià)鍵都為磷酸二酯鍵。
[0076]在結(jié)構(gòu)Al和結(jié)構(gòu)A2的雙鏈核酸分子的一些實(shí)施方案中，從反義鏈[(N)X或N1-(N)X]的5’末端起的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)位置處的N選自蘇糖核酸(TNA)部分、2’ 5’核苷酸、鏡像核苷酸、UNA或它們的組合。不希望受理論約束，在前述位置中的任一個(gè)或多個(gè)位置處具有蘇糖核酸(TNA)部分、2’ 5’核苷酸、鏡像核苷酸的雙鏈核酸分子賦予該雙鏈分子增加的中祀(on-target)活性和/或減小的脫祀(off-target)活性和或增加的對核酸酶的穩(wěn)定性。
[0077]在一些實(shí)施方案中，反義鏈[結(jié)構(gòu)Al的(吣乂或結(jié)構(gòu)42的N1-(N)X]在位置5處、在位置6處、在位置7處、在位置8處、在位置9處、在位置5-6處、在位置6-7處、在位置7-8處、在位置8-9處、在位置5-7處、在位置6-8處、在位置7_9處、在位置5_8處、在位置
6-9處或在位置5-9處包含TNA部分。
[0078]在一些實(shí)施方案中，反義鏈[結(jié)構(gòu)Al的(吣乂或結(jié)構(gòu)42的N1-(N)X]在位置5處、在位置6處、在位置7處、在位置8處、在位置9處、在位置5-6處、在位置6-7處、在位置
7-8處、在位置8-9處、在位置5-7處、在位置6-8處、在位置7_9處、在位置5_8處、在位置6-9處或在位置5-9處包含2’ -5’核苷酸。
[0079]在一些實(shí)施方案中，反義鏈[結(jié)構(gòu)Al的(吣乂或結(jié)構(gòu)42的N1-(N)X]在位置5處、在位置6處、在位置7處、在位置8處、在位置9處、在位置5-6處、在位置6-7處、在位置7_8處、在位置8-9處、在位置5-7處、在位置6-8處、在位置7-9處、在位置5_8處、在位置6_9處或在位置5-9處包含鏡像核苷酸。在一些實(shí)施方案中，鏡像核苷酸包含L-DNA或L-RNA。
[0080]在雙鏈核酸分子的一些實(shí)施方案中，從有義鏈[結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’ )y]的5’末端起的位置9或10中的至少一個(gè)位置處的N’選自蘇糖核酸(TNA)部分、2’ 5’核苷酸、假尿苷或它們的組合。不希望受理論束縛，在有義(過客)鏈中的位置9或10中的任一個(gè)或多個(gè)位置處具有蘇糖核酸(TNA)部分、2’ 5’核苷酸、假尿苷的雙鏈核酸分子賦予該雙鏈分子增加的中靶活性和/或增加的核酸酶穩(wěn)定性。
[0081]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)Al中的0’)7或結(jié)構(gòu)么2中的#_0’)7在位置9處和/或在位置10處包含蘇糖核酸(TNA)部分。
[0082]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)Al中的0’)7或結(jié)構(gòu)么2中的#_0’)7在位置9處和/或在位置10處包含2’ 5’核苷酸。
[0083]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)Al中的0’)7或結(jié)構(gòu)么2中的#_0’)7在位置9處和/或在位置10處包含假尿苷。
[0084]在雙鏈核酸分子的一些實(shí)施方案中，N’包含位于有義鏈[結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’)y]的3’末端或倒數(shù)第二位置處的4、5或6個(gè)連續(xù)的2’ 5’核苷酸。不希望受理論約束，在有義(過客)鏈的3’末端或倒數(shù)第二位置處具有4、5或6個(gè)連續(xù)2’ 5’核苷酸的雙鏈核酸分子賦予該雙鏈體增加的核酸酶穩(wěn)定性或減小的有義(過客)鏈脫靶效應(yīng)。在一些實(shí)施方案中，有義鏈進(jìn)一步包含Z’。在一些實(shí)施方案中，Z包含C3部分(例如C3P1、C3-0H)或3’末端磷酸酯(Pi)。
[0085]在結(jié)構(gòu)Al和A2的一些實(shí)施方案中，有義鏈在3’末端或倒數(shù)第二位置處包含四個(gè)連續(xù)的2’ 5’核苷酸。在結(jié)構(gòu)Al的一些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N’)y在位置15、16、17和18處或在位置16、17、18和19處包含2’ 5’核苷酸。在結(jié)構(gòu)A2的一些實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N’ )y在位置15、`16、17和18處或在位置16、17、18和19處包含2’ 5，核苷酸。
[0086]在結(jié)構(gòu)Al和A2的一些實(shí)施方案中，有義鏈在3’末端或倒數(shù)第二位置處包含五個(gè)連續(xù)的2’5’核苷酸。在結(jié)構(gòu)Al的一些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N’)y在位置14、15、16、17和18處或在位置15、16、17、18和19處包含2’ 5’核苷酸。在結(jié)構(gòu)A2的一些實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N，)y在位置14、15、16、17和18處或在位置15、16、17、18和N2處包含2’ 5’核苷酸。
[0087]在結(jié)構(gòu)Al和A2的一些實(shí)施方案中，有義鏈在3’末端或倒數(shù)第二位置處包含六個(gè)連續(xù)的2’5’核苷酸。在結(jié)構(gòu)Al的一些實(shí)施方案中，x=y=19并且(N’)y在位置13、14、15、
16、17和18處或在位置14、15、16、17、18和19處包含2’ 5’核苷酸。在結(jié)構(gòu)A2的一些實(shí)施方案中，x=y=18并且N2-(N，)y在位置13、14、15、16、17和18處或在位置14、15、16、17、18和N2處包含2’ 5’核苷酸。
[0088]在一些實(shí)施方案中，x=y=19并且雙鏈核酸分子包含
[0089]從反義鏈的5’末端起的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)位置處的N選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸或鏡像核苷酸；
[0090]從有義鏈的5’末端起的位置9或10中的至少一個(gè)位置處的N’選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸和假尿苷；以及[0091]反義鏈中的至少一個(gè)嘧啶核糖核苷酸為2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸。
[0092]在一些實(shí)施方案中，雙鏈分子在反義鏈的位置9處包含2’5’核苷酸并且在有義鏈的位置5或6處包含2’ 5’核苷酸。在另外的實(shí)施方案中，反義鏈進(jìn)一步包括2’ -OMe修飾的嘧啶核糖核苷酸。
[0093]在另一個(gè)實(shí)施方案中，x=y=19并且雙鏈核酸分子包含
[0094]從反義鏈的5’末端起的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)位置處的N選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸或鏡像核苷酸；以及
[0095]從有義鏈的3’末端或倒數(shù)第二位置開始的4、5或6個(gè)連續(xù)位置處的N’包含2’5’
核苷酸。
[0096]在一些實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子為包括dsRNA、siRNA、siNA或miRNA在內(nèi)的雙鏈寡核苷酸。在一些實(shí)施方案中，(N)X和(N’)y包含SEQ ID NO: 13-5846(靶向TLR2)、SEQ IDNO: 5847-12144(靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332(靶向 MYD88)、SEQ ID NO: 16333-18242(靶向TICAMl^P SEQ ID NO: 18243-20606(靶向TIRAP)所示的寡核苷酸對，并且優(yōu)選包括以下有義和反義鏈對之一:TLR2_25(SEQ ID NO: 20607 和 20614)、TLR2_28(SEQ ID NO:20608和 20615)、TLR2_42 (SEQ ID NO:20609 和 20616)、TLR2_43 (SEQ ID NO:20610 和 20617)、TLR2_47 (SEQ ID NO:20611 和 20618)、TLR2_31 (SEQ ID NO:20612 和 20619)、TLR2_34(SEQ ID N0:20613和20620)所示的有義和反義鏈對；或
[0097]TLR4_08 (SEQ ID NO:20621 和 20630)、TLR4_10 (SEQ ID NO:20622 和 20631 )、TLR4_11 (SEQ ID NO:20623 和 20632)、TLR4_14 (SEQ ID NO:20624 和 20633)、TLR4_15(SEQ ID NO:20625 和 20634)、TLR4_28 (SEQ ID NO:20626 和 20635)、TLR4_29 (SEQ IDN0:20627 和 20636)、TLR4_31 (SEQ ID NO:20628 和 20637)、TLR4_33 (SEQ ID NO:20629和20638)所示的有義和反義鏈對；或
[0098]MYD88_11 (SEQ ID NO: 12178和12660)所示的有義和反義鏈對；或
[0099]TICAM1_20(SEQ ID NO:20644和20655)、TICAM1_15(SEQ ID NO:20639和20650)、TICAM1」6(SEQ ID NO: 20640和 20651)、TICAM1_17(SEQ ID NO: 20641 和 20652)、TICAM1_18(SEQ ID NO: 20642 和 20653) ;TICAM1_19 (SEQ ID NO: 20643 和 20654) ;TICAM1_21 (SEQID NO:20645 和 20656)、TICAM1_22 (SEQ ID NO:20646 和 20657)、TICAM1_23 (SEQ IDNO:20647和20658)、TICAM1_24(SEQ ID NO:20448和 20659)、TICAM1_25(SEQ ID NO:20649和20660)所示的有義和反義鏈對；或
[0100]TIRAP_16 (SEQ ID NO:20661 和 20673)、TIRAP_17 (SEQ ID NO:20662 和 20674)、TIRAP_18 (SEQ ID NO:20663 和 20675);TIRAP_19 (SEQ ID NO:20664 和 20676);TIRAP_20(SEQ ID N0:20665 和 20677)、TIRAP_21 (SEQ ID NO:20666 和 20678)、TIRAP_22 (SEQ IDNO:20667 和 20679)、TIRAP_23 (SEQ ID NO:20668 和 20680)、TIRAP_24 (SEQ ID NO:20669和 20681)、TIRAP_25 (SEQ ID NO:20670 和 20682)、TIRAP_26 (SEQ ID NO:20671 和 20683)及TIRAP_27 (SEQ ID NO:20672和20684)所示的有義和反義鏈對；或
[0101]或
[0102]或
[0103]在一些實(shí)施方案中，雙鏈分子包含磷酸二酯鍵。在各個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈分子包含核糖核苷酸，其中x=y并且其中X為選自由19、20、21、22和23組成的組的整數(shù)。在一些實(shí)施方案中，x=y=19。
[0104]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)I的(N)X或結(jié)構(gòu)A2的Nl-(N)X包含未經(jīng)修飾的核糖核苷酸。
[0105]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)I的(吣1或結(jié)構(gòu)八2的N1-(N) X包含經(jīng)修飾和未經(jīng)修飾的核糖核苷酸，每種經(jīng)修飾的核糖核苷酸均為2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，其中(N)X的3’末端上的N為經(jīng)修飾的核糖核苷酸，(N)X包含從3’端開始的至少五個(gè)交替的經(jīng)修飾的核糖核苷酸并且總共包含至少九個(gè)經(jīng)修飾的核糖核苷酸，而每個(gè)剩余的N均為未經(jīng)修飾的核糖核苷酸。在另外的實(shí)施方案中，(N)X在交替的位置處包含經(jīng)修飾的核糖核苷酸，其中5’和3’末端上的每個(gè)N均為2’-0Me糖修飾的核糖核苷酸，而中間的核糖核苷酸未被修飾，例如，位于19-mer鏈中的位置10處的核糖核苷酸。
[0106]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)I的洲乂或結(jié)構(gòu)42的Nl-(N)X由單個(gè)交替的2’ -O甲基(2’-0Me)糖修飾的核糖核苷酸和未經(jīng)修飾的核糖核苷酸組成，例如，其中位于位置1、3、5、7、9、11、13、15、17和19處的核糖核苷酸為2’_0Me糖修飾的核糖核苷酸。在其他實(shí)施方案中，位于位置2、4、6、8、11、13、15、17和19處的核糖核苷酸為2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，而其余核糖核苷酸未被修飾。
[0107]在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2_(N’)y包含至少一個(gè)非常規(guī)部分，所述非常規(guī)部分選自鏡像核苷酸或通過2’ -5’核苷酸間磷酸酯鍵接合至相鄰核苷酸的核苷酸。
[0108]在以上結(jié)構(gòu)的一個(gè)實(shí)施方案中，所述化合物在結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N,)y的一個(gè)或兩個(gè)末端上包含至少一個(gè)鏡像核苷酸。在各個(gè)實(shí)施方案中，所述化合物包含兩個(gè)連續(xù)的鏡像核苷酸，一個(gè)位于結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2_(N’)y的3’倒數(shù)第二位置，并且一個(gè)位于結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’)y的3’末端。在一個(gè)優(yōu)選實(shí)施方案中，x=y=19，并且結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’)y在位置18處包含L-脫氧核糖核苷酸。`
[0109]在一些實(shí)施方案中，鏡像核苷酸選自L-核糖核苷酸和L-脫氧核糖核苷酸。在各個(gè)實(shí)施方案中，鏡像核苷酸為L-脫氧核糖核苷酸。在一些實(shí)施方案中，y=19,并且結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’ )y由位于位置1_17和19處的未經(jīng)修飾的核糖核苷酸及位于3’倒數(shù)第二位置(位置18)處的一個(gè)L-DNA組成。在其他實(shí)施方案中，y=19，并且(NOy由位于位置1-16和19處的未經(jīng)修飾的核糖核苷酸及位于3’倒數(shù)第二位置(位置17和18)處的兩個(gè)連續(xù)L-DNA組成。在一些實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’)y進(jìn)一步包括Z’，例如C30H和或z”，例如及反向脫堿基部分或氨基部分。
[0110]在以上結(jié)構(gòu)的另一個(gè)實(shí)施方案中，結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2_(N’)y在一個(gè)或兩個(gè)末端上包含通過2 ’ -5 ’磷酸二酯鍵與下一個(gè)核苷酸接合在一起的至少兩個(gè)連續(xù)核苷酸。在某些優(yōu)選實(shí)施方案中，在結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2-(N’)y中，3’倒數(shù)第二核苷酸經(jīng)由2’ -5’磷酸二酯橋與3’末端核苷酸相連接。
[0111]在某些優(yōu)選實(shí)施方案中，雙鏈RNA分子是平端的(即z”、Z和Z’不存在)雙鏈寡核苷酸結(jié)構(gòu)，x=y=19，其中結(jié)構(gòu)Al中的(N’)y或結(jié)構(gòu)A2中的N2_(N’)y包含其中3’末端上的三個(gè)連續(xù)核苷酸通過兩個(gè)2’ -5’磷酸二酯鍵接合在一起的未經(jīng)修飾的核糖核苷酸,及交替的未經(jīng)修飾和2’ -OMe糖-修飾的核糖核苷酸的反義鏈(AS)。[0112]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸，TNA、2’ -5’核糖核苷酸、鏡像核苷酸、UNA或位于位置1、
5、6或7 (5’>3’)中的至少一個(gè)位置處的脫堿基部分，及共價(jià)連接至3’末端的3’末端非核苷酸部分；并且所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ 5’核糖核苷酸或2’ -OMe修飾的核糖核苷酸、和共價(jià)連接在3’末端的非核苷酸部分及共價(jià)連接在5’末端的帽部分。
[0113]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置7處的TNA或2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分；并且所述有義鏈包括位于3’末端位置16-19或15-19(5’ >3’ )處的4-5個(gè)連續(xù)2’ 5’核糖核苷酸或TNA、共價(jià)連接在3’末端的非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分如反向脫堿基部分；并且任選地包括位于反義鏈的位置I處的2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸或位于反義鏈的位置I處的2’ 5’核糖核苷酸。
[0114]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置7處的2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或C3P1-C30H非核苷酸部分；并且所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置9處的TNA或2’ 5’核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的C30H或C3Pi非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分如反向脫堿基部分。
[0115]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，位于位置5、6或7中的至少一個(gè)位置處的TNA或2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分。
[0116]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO: 5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，位于位置7處的TNA或2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分。
[0117]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的C30H部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分如反向脫堿基脫氧核糖核苷酸部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置7 (5’ >3’ )處的TNA或2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或C3P1-C30H非核苷酸部分。
[0118]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括位于3’末端位置處的2’ -5’核糖核苷酸:共價(jià)連接在3’末端的非核苷酸部分及共價(jià)連接在5’末端的帽部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，位于位置5、6或7(5’ >3’)中的至少一個(gè)位置處的TNA或2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分。
[0119]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括位于位置(5’ >3’ ) 15-19或16-19處的4_5個(gè)連續(xù)TNA或2’ -5’核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的C3-0H3’部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分如反向脫堿基脫氧核糖核苷酸部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -O`Me糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置7處的TNA或2’ -5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或C3P1-C30H部分。
[0120]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置9或10之一處的任選的2’ -5’核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸、位于位置5、6或7中的至少一個(gè)位置處的TNA或2’ 5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或非核苷酸部分。
[0121]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置9處的2’ -5’核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的C30H非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分如反向脫堿基脫氧核糖核苷酸部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置6處的TNA或2’ 5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或C3P1-C30H部分。
[0122]在一個(gè)實(shí)施方案中，雙鏈核酸分子包含選自SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ IDNO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1-5中所示的寡核苷酸對的反義鏈和有義鏈，所述有義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、共價(jià)連接在3’末端的C30H或C3Pi非核苷酸部分，及共價(jià)連接在5’末端的帽部分如反向脫堿基脫氧核糖核苷酸部分；并且所述反義鏈包括至少一個(gè)2’ -OMe糖修飾的嘧啶核糖核苷酸、位于位置6處的2’ 5’核糖核苷酸，及共價(jià)連接在3’末端的核苷酸或C3P1-C30H部分。
[0123]在一些實(shí)施方案中，共價(jià)連接在3’末端的核苷酸部分包含二核苷酸dTdT。 [0124]根據(jù)一個(gè)方面，本發(fā)明提供了產(chǎn)生雙鏈RNA分子的方法，所述雙鏈RNA分子由具有針對靶 TLR2 的 SEQ ID NO: 13-3060、針對靶 TLR4 的 SEQ ID NO: 5847-8612、針對靶 MYD88的 SEQ ID NO: 12145-13924、針對靶 TICAMl 的 SEQ ID NO: 16333-16882 或針對靶 TIRAP 的SEQ ID NO: 18243-19046所示的寡核苷酸序列的有義鏈和反義鏈組成，所述方法包括以下步驟:
[0125]a)合成有義鏈；
[0126]b)合成反義鏈；
[0127]c)使有義鏈與反義鏈退火；
[0128]從而產(chǎn)生雙鏈RNA分子。在一些實(shí)施方案中，合成包括合成未經(jīng)化學(xué)修飾的dsRNA鏈。在一些實(shí)施方案中，合成包括摻入包括2’-OMe糖修飾的核糖核苷酸在內(nèi)的經(jīng)修飾核苷酸，或包括2’ 5’連接的核酸、脫堿基和反向脫堿基部分等在內(nèi)的非常規(guī)部分。
[0129]在一些實(shí)施方案中，(N)X和(N’)y都沒有在3’和5’末端磷酸化。在其他實(shí)施方案中，(N)X和(N’ )y中的任一者或兩者在3’末端磷酸化。
[0130]在第二方面，本文提供了藥物組合物，其包含有效抑制靶基因表達(dá)的量的一種或多種如本文所公開的雙鏈分子，及藥學(xué)上可接受的載體，其中靶基因選自具有SEQ IDNO: 1-12所示的mRNA的基因。
[0131]在另一方面，提供了細(xì)胞，其包含有效抑制靶基因表達(dá)的量的一種或多種如本文所公開的雙鏈分子。
[0132]在各個(gè)實(shí)施方案中，所述化合物包含反義寡核苷酸(N)X和相應(yīng)的有義寡核苷酸，即，SEQ ID NO: 13-5846 (革巴向 TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (革巴向 TLR4)、SEQID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ ID NO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ IDNO: 18243-20606(靶向TIRAP)所示的寡核苷酸對，或優(yōu)選下文表1_5中所示的寡核苷酸對。
[0133]在其他方面，公開了可用于預(yù)防或治療有此需要的受試者的以下疾病的寡核苷酸化合物:慢性或急性無菌性炎癥、神經(jīng)性疼痛、原發(fā)性移植物無功能(primarygraft failure)、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙(allograft dysfunction)、月市再植反應(yīng)(pulmonary reimplantation response)和 / 或諸如肺移植的器官移植中的原發(fā)性移植物功能障礙(PGD)。
[0134]在另一方面，提供了用于治療需要治療的受試者的與同靶基因表達(dá)相關(guān)的疾病或病癥相關(guān)聯(lián)的疾病或病癥或癥狀或病狀的方法，其包括向所述受試者施用一定量的降低或抑制靶基因表達(dá)的如本文所公開的雙鏈分子。在優(yōu)選實(shí)施方案中，所述雙鏈分子如本文所描述的那樣進(jìn)行化學(xué)修飾。
[0135]還提供了用于治療選自以下的疾病或損傷的如本文所描述的雙鏈分子:慢性或急性無菌性炎癥、神經(jīng)性疼痛、原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)和/或諸如肺移植的器官移植中的原發(fā)性移植物功能障礙(P⑶)。
[0136]進(jìn)一步提供了用于制備用于治療選自以下的疾病或損傷的藥物的如本文所描述的雙鏈分子:慢性或急性無菌性炎癥、神經(jīng)性疼痛、原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)和/或諸如肺移植的器官移植中的原發(fā)性移植物功能障礙(PGD)。
[0137]在其他方面，本公開涉及用于治療或預(yù)防有此需要的受試者中的移植后(例如，肺移植后)并發(fā)癥的發(fā)病率或嚴(yán)重性的方法，所述并發(fā)癥選自而不限于:原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)和/或原發(fā)性移植物功能障礙(PGD)，其中所述并發(fā)癥與選自表Al中所示基因的基因的表達(dá)相關(guān)聯(lián)。此類方法涉及向需要此種治療的哺乳動(dòng)物施用預(yù)防或治療有效量的一種或多種本文所公開的雙鏈分子來抑制或降低至少一種此種基因的表達(dá)或活性。在其他方面，本公開涉及用于減輕有此需要的受試者中的急性或慢性炎癥的方法，其中所述炎癥與選自表Al中所示基因的基因的表達(dá)相關(guān)聯(lián)。此類方法涉及向需要此種治療的哺乳動(dòng)物施用預(yù)防或治療有效量的一種或 多種本文所公開的雙鏈分子來抑制或降低至少一種此種基因的表達(dá)或活性。
[0138]在一些實(shí)施方案中，移植后并發(fā)癥存在于器官移植接受者(例如肺移植接受者)中，并且靶基因選自具有SEQ ID勵(lì):1-12所示的1^應(yīng)多核苷酸序列的1'1^2、1'1^4、1^)88、TICAMl和TIRAP?？捎糜谥苽溆糜谝种芓LR2、TLR4、MYD88、TICAM1和TIRAP的表達(dá)的dsRNA的有義和反義寡核苷酸對如SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (革巴向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ ID NO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向TIRAP)所示，或者優(yōu)選為下文表1_5中所示的寡核苷酸對。
[0139]現(xiàn)將描述方法、材料和實(shí)施例，它們僅僅是說明性的，而不是限制性的；可在本發(fā)明的實(shí)踐或測試中使用與本文所描述的材料和方法類似或等效的材料和方法。從以下詳細(xì)描述和從權(quán)利要求將顯而易見本發(fā)明的其他特征和優(yōu)勢。
[0140]本公開意欲覆蓋本文各個(gè)實(shí)施方案中所公開的特征的組合的任何和所有修改或變型。盡管本文已舉例說明和描述具體實(shí)施方案，但是應(yīng)理解，本發(fā)明涵蓋用于實(shí)現(xiàn)相同目的的這些實(shí)施方案的特征的任何排列(arrangement)。在閱讀本說明書之后,用于形成本文沒有具體描述的實(shí)施方案的以上特征的組合將對本領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見。
[0141]發(fā)明詳述
[0142]本發(fā)明一般涉及下調(diào)某些與移植后(例如，肺移植后)并發(fā)癥關(guān)聯(lián)的靶基因的表達(dá)的化合物，及它們在治療罹患與此類移植后并發(fā)癥關(guān)聯(lián)的疾病或病癥的受試者中的用途。抑制選自TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP的一種或多種靶基因的表達(dá)現(xiàn)已被證明對治療遭受諸如肺移植的器官移植的不良反應(yīng)，更具體地罹患選自而不限于以下的移植后(例如，肺移植后)并發(fā)癥的受試者有益處:原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)和/或原發(fā)性移植物功能障礙(P⑶)。本發(fā)明具體地涉及抑制TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP的表達(dá)的小雙鏈RNA化合物，例如干擾RNA (siRNA)化合物，及這些siRNA化合物在治療某些疾病和病癥中的用途。可用于制備dsRNA化合物的優(yōu)選有義和反義寡核苷酸如SEQ ID NO: 13-5846 (靶向TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQID NO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示。[0143]本文詳盡討論了用于抑制具有SEQ ID NO: 1-12中任一個(gè)所示的mRNA的靶基因的化合物、組合物和方法，并且任何所述化合物和/或組合物均可有益地用于治療罹患在移植后遭遇的移植后(例如，肺移植后)并發(fā)癥的患者。
[0144]本文提供了用于在體內(nèi)抑制選自TLR2、TLR4、MYD88、TICAMl和TIRAP基因的靶基因的表達(dá)的組合物和方法。一般而言，所述方法包括施用靶向選自SEQ IDNO:1(TLR2mRNA)、SEQ ID NO:2-4(TLR4mRNA)、SEQ ID NO:5-9(MYD88mRNA)、SEQ IDNO: 10 (TICAMlmRNA)或SEQ ID NO: 11-12 (TIRAP mRNA)的mRNA 的寡核糖核苷酸，例如 dsRNA化合物，包括小干擾RNA (即，siRNA)。
[0145]本文詳盡討論了用于向受試者遞送化學(xué)修飾的dsRNA化合物的方法，并且所述分子和/或組合物可有益地用于治療罹患本文所公開的疾病和病癥的受試者。治療可以為全面治療或局部治療，并且容易由本領(lǐng)域技術(shù)人員確定。
[0146]當(dāng)與未經(jīng)修飾的dsRNA化合物相比較時(shí)，本文所公開的化合物具有增加活性、增加穩(wěn)定性、最大限度地減少毒性、降低脫靶效應(yīng)和/或減少免疫反應(yīng)的結(jié)構(gòu)和修飾；本文所公開的dsRNA的新型修飾有益地應(yīng)用于可用于阻止或減弱靶基因表達(dá)，特別是本文所討論的靶基因的表達(dá)的雙鏈寡核苷酸序列。
[0147]本文所公開的靶基因的細(xì)節(jié)在下文表Al中給出。
[0148]表Al:靶基因
[0149]
【權(quán)利要求】
1.一種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述鏈選自如TLR2_25 (SEQ IDNO:20607 和 20614)、TLR2_28 (SEQ ID NO:20608 和 20615)、TLR2_42 (SEQ ID NO:20609和 20616)、TLR2_43 (SEQ ID NO:20610 和 20617)、TLR2_47 (SEQ ID NO:20611和 20618)、TLR2_31 (SEQ ID NO:20612 和 20619)、TLR2_34 (SEQ ID NO:20613 和 20620)所描述的寡核苷酸。
2.一種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述鏈選自如TLR4_08 (SEQ IDNO:20621 和 20630)、TLR4_10 (SEQ ID N0:20622 和 20631)、TLR4_11 (SEQ ID NO:20623和 20632)、TLR4_14 (SEQ ID NO:20624 和 20633)、TLR4_15 (SEQ ID NO:20625 和 20634)、TLR4_28 (SEQ ID NO:20626 和 20635)、TLR4_29 (SEQ ID NO:20627 和 20636)、TLR4_31(SEQ ID NO: 20628 和 20637)、TLR4_33 (SEQ ID NO: 20629 和 20638)所描述的寡核苷酸。
3.—種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述鏈選自如MYD88_11 (SEQ IDNO: 12178和12660)所描述的寡核苷酸。
4.一種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述鏈選自如TICAM1_20(SEQ IDN0:20644和 20655)、TICAM1_15(SEQ ID NO: 20639 和 20650)、TICAM1_16(SEQ ID NO: 20640和 20651)、TICAM1_17 (SEQ ID NO:20641 和 20652)、TICAM1_18 (SEQ ID NO:20642 和20653)；TICAM1_19 (SEQ ID NO:20643 和 20654);TICAM1_21 (SEQ ID NO:20645 和 20656)、TICAM1_22(SEQ ID NO:20646和20657)、TICAM1_23(SEQ ID NO:20647和20658)、TICAM1_24(SEQ ID NO:20448 和 20659)、TICAM1_25 (SEQ ID NO:20649 和 20660)所描述的寡核苷酸。
5.—種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述有義和反義鏈選自如TIRAP_16 (SEQ ID NO:20661 和 20673)、TIRAP_17 (SEQ ID NO:20662 和 20674)、TIRAP_18(SEQ ID NO:20663 和 20675) ;TIRAP_19 (SEQ ID NO:20664 和 20676) ;TIRAP_20 (SEQ IDN0:20665 和 20677)、TIRAP_21 (SEQ ID NO:20666 和 20678)、TIRAP_22 (SEQ ID NO:20667和 20679)、TIRAP_23(SEQ ID NO:20668 和 20680)、TIRAP_24(SEQ ID NO:20669 和 20681)、TIRAP_25(SEQ ID NO:20670 和 20682)、TIRAP_26(SEQ ID NO:20671 和 20683)和 TIRAP_27(SEQ ID NO:20672和20684)所描述的寡核苷酸。
6.一種雙鏈核酸分子，其包含有義鏈和反義鏈，其中所述鏈選自SEQ ID NO: 13-5846(靶向 TLR2)、SEQ ID NO:5847-12144 (靶向 TLR4)、SEQ ID NO: 12145-16332 (靶向 MYD88)、SEQ ID NO: 16333-18242 (靶向 TICAMl)和 SEQ ID NO: 18243-20606 (靶向 TIRAP)所示的寡核苷酸對。
7.一種具有以下結(jié)構(gòu)的雙鏈核酸分子: (Al) 5’(N)x-Z3’(反義鏈) 3’ V -(N’)y_z”5’(有義鏈) 其中每個(gè)N和N’均為核苷酸或非常規(guī)部分，所述核苷酸可為未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核苷酸； 其中(N)X和(N’)y中的每一個(gè)均為寡核苷酸，其中每個(gè)連續(xù)N或N’均通過共價(jià)鍵接合至下一個(gè)N或N’ ； 其中Z和V中的每一個(gè)均獨(dú)立地存在或不存在，但是如果存在，則獨(dú)立地包含共價(jià)連接在其存在于其中的鏈的3’末端的1-5個(gè)連續(xù)核苷酸或非核苷酸部分或它們的組合； 其中z”可以存在或不存在，但是如果存在，則為共價(jià)連接在(N’)y的5’末端的加帽部分； 其中X和y中的每一個(gè)均獨(dú)立地為介于18與25之間的整數(shù)； 其中(N，)y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)，并且(N)X包含SEQ ID NO:1 (TLR2mRNA) ；SEQID N0:2-4(TLR4mRNA)、SEQ ID NO:5-9(MYD88mRNA)、SEQ ID NO:10(TICAMlmRNA)或SEQ IDNO: 11-12 (TIRAP mRNA)中的任一個(gè)所示的靶RNA的反義序列。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N，)y包含SEQ ID NO: 13-1448或 1449-3060 (靶向 TLR2);或者 SEQ ID NO:5847-8320 或 8321-8612 (靶向 TLR4);或者SEQ ID NO: 12145-13108 或 13109-13924 (靶向 MYD88);或者 SEQ ID NO: 16333-16866 或16867-16882 (靶向 TICAMl);或者 SEQ ID NO: 18243-19010 或 19011-19046 (靶向 TIRAP)所示的有義序列和互補(bǔ)的反義序列。
9.根據(jù)權(quán)利要求8所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N’)y選自如TLR2_25(SEQIDNO:20607 和 20614)、TLR2_28 (SEQ ID NO:20608 和 20615)、TLR2_42 (SEQ ID NO:20609和 20616)、TLR2_43 (SEQ ID NO:20610 和 20617)、TLR2_47 (SEQ ID NO:20611 和 20618)所描述的寡核苷酸。
10.根據(jù)權(quán)利要求8所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N’)y選自如TLR4_08(SEQID NO:20621 和 20630)、TLR4_10(SEQ ID N0:20622 和 20631)、TLR4_11(SEQ ID NO:20623和 20632)、TLR4_14 (SEQ ID NO:20624 和 20633)、TLR4_15 (SEQ ID NO:20625 和 20634)、TLR4_28 (SEQ ID NO:20626 和 20635)、TLR4_29 (SEQ ID NO:20627 和 20636)、TLR4_31(SEQ ID NO: 20628 和 20637)、TLR4_33 (SEQ ID NO: 20629 和 20638)所描述的寡核苷酸。
11.根據(jù)權(quán)利要求8所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N’)y選自如MYD88_11(SEQID NO: 12178 和 1`2660)、TICAM1_20 (SEQ ID NO:20644 和 20655)或 TIRAP_16 (SEQ IDNO:20661和20673)所描述的寡核苷酸。
12.根據(jù)權(quán)利要求7所述的雙鏈分子，其中所述分子在(N)X(反義鏈)的5’末端核苷酸上包含與所述靶mRNA的錯(cuò)配。
13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的雙鏈核酸分子，其具有以下結(jié)構(gòu): (A2)5’ N1-(N)x-ZSj (反義鏈) 3’ V -N2-(NJ )y_z”5’(有義鏈) 其中每個(gè)N2、N和N’均為未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核糖核苷酸，或非常規(guī)部分； 其中(N)X和(N’)y中的每一個(gè)均為寡核苷酸，其中每個(gè)連續(xù)N或N’均通過共價(jià)鍵接合至相鄰的N或N’ ； 其中X和y中的每一個(gè)均獨(dú)立地為介于17與24之間的整數(shù)； 其中(N’)y的序列與(N)X的序列互補(bǔ)，并且(N) X與SEQ ID NO:1 (TLR2mRNA) ；SEQ IDNO:2-4(TLR4mRNA)、SEQ ID NO: 5-9 (MYD88mRNA)、SEQ ID NO: 10 (TICAMlmRNA)或 SEQ IDNO: 11-12 (TIRAP mRNA)中的任一個(gè)所示的靶RNA中的連續(xù)序列互補(bǔ)； 其中N1共價(jià)結(jié)合至(N) X并且與所述靶RNA錯(cuò)配或者為所述靶RNA的互補(bǔ)DNA部分；其中N1為選自由未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核苷酸組成的組的部分，所述未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的核苷酸選自尿苷(rU)、脫氧核糖尿苷(dU)、核糖胸苷(rT)、脫氧核糖胸苷(dT)、腺苷(rA)和脫氧腺苷(dA)； 其中z”可以存在或不存在，但是如果存在，則為共價(jià)連接在N2-(N’ )y的5’末端的加帽部分；以及 其中Z和V中的每一個(gè)均獨(dú)立地存在或不存在，但是如果存在，則獨(dú)立地為共價(jià)連接在其存在于其中的鏈的3’末端的1-5個(gè)連續(xù)核苷酸、連續(xù)非核苷酸部分或它們的組合。
14.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X和(N’)y包含SEQIDNO:3061-5260 或 5261-5846 (靶向 TLR2) ；SEQ ID NO:8613-12040 或 12041-12144 (靶向TLR4)；SEQ ID NO: 13925-15910 或 15911-16332 (靶向 MYD88);SEQ ID NO: 16883-18236 或18237-18242 (靶向 TICAMl)或者 SEQ ID NO: 19047-20590 或 20591-20606 (靶向 TIRAP)所示的有義序列和互補(bǔ)的反義序列。
15.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1-(N)X和N2-(N’)y選自如TLR2_31(SEQ ID NO: 20612 和 20619)、TLR2_34 (SEQ ID NO: 20613 和 20620)所描述的寡核苷酸。
16.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1-(N) X和N2- (N’)y選自如TICAM1_15(SEQ ID N0:20639 和 20650)、TICAM1_16(SEQ ID N0:20640 和 20651)、TICAM1_17(SEQ IDN0:20641 和 20652)、TICAM1_18(SEQ ID NO:20642和 20653);TICAM1_19(SEQ ID NO:20643和 20654) ；TICAM1_21 (SEQ ID NO:20645 和 20656)、TICAM1_22 (SEQ ID NO:20646 和20657)、TICAM1_23(SEQ ID NO:20647 和 20658)、TICAM1_24(SEQ ID NO:20448 和 20659)、TICAM1_25 (SEQ ID NO:20649 和 20660)所描述的寡核苷酸。
17.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1-(N) X和N2- (N’)y選自如TIRAP_17(SEQ ID NO:20662 和 20674)、TIRAP_18 (SEQ ID NO:20663 和 20675) ;TIRAP_19 (SEQ IDN0:20664 和 20676);TIRAP_20 (SEQ ID NO:20665 和 20677)、TIRAP_21 (SEQ ID NO:20666和 20678)、TIRAP_22(SEQ ID NO:20667 和 20679)、TIRAP_23(SEQ ID NO:20668 和 20680)、TIRAP_24 (SEQ ID NO:20669 和 20681)、TIRAP_25 (SEQ ID NO:20670 和 20682)、TIRAP_26(SEQ ID N0:20671 和 20683)和 TIRAP_27 (SEQ ID NO:20672 和 20684)所描述的寡核苷酸。
18.根據(jù)權(quán)利要求7-17中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中使每個(gè)連續(xù)N或N’相接合的所述共價(jià)鍵為磷酸二酯鍵。
19.根據(jù)權(quán)利要求7所述的雙鏈核酸分子，其中x=y并且X和7中的每一個(gè)均為19、20、21,22 或 23。
20.根據(jù)權(quán)利要求19所述的雙鏈核酸分子,其中x=y=19。
21.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中x=y并且X和y中的每一個(gè)均為18、19、20、21 或 22。
22.根據(jù)權(quán)利要求21所述的雙鏈核酸分子,其中x=y=18。
23.根據(jù)權(quán)利要求7-12所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)y的序列與(N)X的序列完全互補(bǔ)。
24.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N2-(N’)y的序列與N1-(N)X的序列完全互補(bǔ)。
25.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1和N2形成至少一個(gè)氫鍵。
26.根據(jù)權(quán)利要求25所述的雙鏈核酸分子，其中N1和N2形成沃森-克里克堿基對。
27.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1和N2形成非沃森-克里克堿基對。
28.根據(jù)權(quán)利要求26或27所述的雙鏈核酸分子，其中N1和N2在核糖核苷酸與脫氧核糖核苷酸之間形成堿基對。
29.根據(jù)權(quán)利要求28所述的雙鏈核酸分子，其中N1共價(jià)結(jié)合至(N)X并且包含與所述靶RNA互補(bǔ)的DNA部分。
30.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1選自未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的腺苷、脫氧腺苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且所述靶RNA中的配對核苷酸為腺苷。
31.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1選自未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且所述靶RNA中的配對核苷酸為胞苷。
32.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1選自未經(jīng)修飾或經(jīng)修飾的腺苷、脫氧腺苷、尿苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且所述靶RNA中的配對核苷酸為鳥苷。
33.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1選自脫氧腺苷、脫氧尿苷、核糖胸苷或脫氧胸苷，并且其中所述靶RNA中的所述配對核苷酸中的所述核苷酸為尿苷。
34.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1選自腺苷和脫氧腺苷，并且N2為尿苷，并且N1和N2形成堿基對。
35.根據(jù)權(quán)利要求13所述的雙鏈核酸分子，其中N1選自尿苷或脫氧尿苷，并且N2選自脫氧腺苷或腺苷，并且N1和N2形成堿基對。
36.根據(jù)權(quán)利要求28所述的雙鏈核酸分子，其中N1包含腺苷，并且N2包含尿苷，并且N1和N2形成堿基對。
37.根據(jù)權(quán)利要求7-36中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中N或N’中的至少一者包含經(jīng)修飾的核苷酸或非常規(guī)部分。
38.根據(jù)權(quán)利要求37所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X或N1-(N) X中的至少一個(gè)所述嘧啶核糖核苷酸包含2’糖修飾的嘧啶核糖核苷酸。
39.根據(jù)權(quán)利要求38所述的雙鏈核酸分子，所述2’糖修飾的核糖核苷酸包含2’-OMe糖修飾的核糖核苷酸。
40.根據(jù)權(quán)利要求7-39中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中在(N)X或N1-(N)X中，位置1、3、5、9、11、13、15、17和19(5’ >3’ )處的N包含2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸，并且位置2、4、6、8、10、12、14、16和18(5’ >3，)處的N包含未經(jīng)修飾的核糖核苷酸。
41.根據(jù)權(quán)利要求7-39中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中在(N)X或N1-(N)X中，位置2、4、6、8、11、13、15、17和19(5’ >3’ )處的N包含2’ -OMe糖修飾的核糖核苷酸。
42.根據(jù)權(quán)利要求7-41中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中Z共價(jià)連接至(N)X或N1-(N)X的3’末端，并且包含選自由C30H、C3P1、C3P1-C30H和C3Pi_C3Pi組成的組的非核苷酸部分。
43.根據(jù)權(quán)利要求7-41中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中Z共價(jià)連接至(N)X或N1-(N)X的3’末端，并且包含二核苷酸dTdT。
44.根據(jù)權(quán)利要求7-43中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中從(N’)y或N2-(N’)y的5’末端起的位置7、8、9或10中的至少一個(gè)位置處的N’選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸和假尿苷。
45.根據(jù)權(quán)利要求7-44中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中N’包含位于從(N’)y或N2_(N’)y的3’末端或3’倒數(shù)第二位置開始的4、5或6個(gè)連續(xù)位置處的蘇糖核酸(TNA)部分或2’ 5’核苷酸。
46.根據(jù)權(quán)利要求7-45中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中z”共價(jià)連接至(N’)y或N2-(N’)y的5’末端，并且選自由反向脫堿基脫氧核糖部分、反向脫堿基核糖部分、脫堿基脫氧核糖部分、脫堿基核糖部分、C3部分、L-DNA或L-RNA組成的組。
47.根據(jù)權(quán)利要求7-46中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中V共價(jià)連接至(N’)y或N2-(N，)y 的 3’ 末端，并且選自由 C30H、C3P1、C3P1-C30H 和 C3Pi_C3Pi 組成的組。
48.根據(jù)權(quán)利要求7-47所述的雙鏈核酸分子，其在位置5處、在位置6處、在位置7處、在位置8處、在位置9處、在位置5-6處、在位置6-7處、在位置7-8處、在位置8_9處、在位置5-7處、在位置6-8處、在位置7-9處、在位置5-8處、在位置6_9處或在位置5_9處包含TNA部分。
49.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X或N1- (N) x在位置5處、在位置6處、在位置7處、在位置8處、在位置9處、在位置5-6處、在位置6-7處、在位置7-8處、在位置8-9處、在位置5-7處、在位置6-8處、在位置7_9處、在位置5_8處、在位置6-9處或在位置5-9處包含2’ -5’核苷酸。
50.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中(N)X或N1- (N) x在位置5處、在位置6處、在位置7處、在位置8處、在位置9處、在位置5-6處、在位置6-7處、在位置7-8處、在位置8-9處、在位置5-7處、在位置6-8處、在位置7_9處、在位置5_8處、在位置6-9處或在位置5-9處包含鏡像核苷酸。
51.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中從所述有義鏈的5’末端起的位置9或10中的至少一個(gè)位置處的N’選自蘇糖核酸(TNA)部分、2’ 5’核苷酸、假尿苷或它們的組合。
52.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)y或N2-(N’)y在位置9處和/或在位置10處包含蘇糖核酸(TNA)部分。
53.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)y或N2-(N’)y在位置9處和/或在位置10處包含2’ 5’核苷酸。
54.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)y或N2-(N’)y在位置9處和/或在位置10處包含假尿苷。
55.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中N’包含從所述有義鏈的3’末端或倒數(shù)第二位置開始的4、5或6個(gè)連續(xù)的2’ 5’核苷酸。
56.根據(jù)權(quán)利要求7-47中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈進(jìn)一步包含Z，。
57.根據(jù)權(quán)利要求56所述的雙鏈核酸分子，其中Z’包含C3部分或3’末端磷酸酯(Pi)。
58.根據(jù)權(quán)利要求7-57中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述有義鏈包含從所述3’末端或倒數(shù)第二位置開始的四個(gè)或五個(gè)連續(xù)的2’ 5’核苷酸。
59.根據(jù)權(quán)利要求58所述的雙鏈核酸分子，其中每條鏈的長度均為19個(gè)核苷酸，并且(N’)y在位置15、16、17和18處，或在位置16、17、18和19處，或在位置15、16、17、18和19處包含2’ 5’核苷酸。
60.根據(jù)權(quán)利要求58所述的雙鏈核酸分子,其中x=y=19； 從所述反義鏈的5’末端起的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)位置處的N選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸或鏡像核苷酸；從所述有義鏈的5’末端起的位置9或10中的至少一個(gè)位置處的N’選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸和假尿苷；以及 所述反義鏈中的至少一個(gè)嘧啶核糖核苷酸被取代。
61.根據(jù)權(quán)利要求58所述的雙鏈核酸分子，其中x=y=19;包含位于所述反義鏈的位置9處的2’ 5’核苷酸和位于所述有義鏈的位置5或6處的2’ 5’核苷酸。
62.根據(jù)權(quán)利要求61所述的雙鏈核酸分子，其進(jìn)一步包含至少一個(gè)2’-OMe修飾的嘧啶核糖核苷酸。
63.根據(jù)權(quán)利要求58所述的雙鏈核酸分子,其中x=y=19； 從所述反義鏈的5’末端起的位置5、6、7、8或9中的至少一個(gè)位置處的N選自蘇糖核酸部分、2’ 5’核苷酸或鏡像核苷酸；以及 從所述有義鏈的3’末端或倒數(shù)第二位置開始的4、5或6個(gè)連續(xù)位置處的N’包含2’5’核苷酸。
64.根據(jù)權(quán)利要求37所述的雙鏈核酸分子，其中至少一個(gè)N’包含鏡像核苷酸。
65.根據(jù)權(quán)利要求64所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)y或N2-(N’)y在一個(gè)或兩個(gè)末端上包含至少一個(gè)鏡像核苷酸。
66.根據(jù)權(quán)利要求65所述的雙鏈核酸分子，其中(N’)y或N2-(N’)y包含兩個(gè)連續(xù)的鏡像核苷酸，一個(gè)位于所述3’ 倒數(shù)第二位置，而一個(gè)位于所述3’末端。
67.根據(jù)權(quán)利要求64所述的雙鏈核酸分子，其中所述至少一個(gè)鏡像核苷酸選自L-核糖核苷酸和L-脫氧核糖核苷酸。
68.根據(jù)權(quán)利要求67所述的雙鏈核酸分子，其中所述鏡像核苷酸為L-脫氧核糖核苷酸。
69.根據(jù)權(quán)利要求7-12中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述(N)X或和所述(N’)y在所述3’末端和所述5’末端未磷酸化，或者在所述3’末端或者在所述3’末端和5’末端兩者上磷酸化。
70.根據(jù)權(quán)利要求13-17中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述N1-(N)X和N2-(N’)y在所述3’末端和所述5’末端未磷酸化，或者在所述3’末端或者在所述3’末端和5’末端兩者上磷酸化。
71.根據(jù)權(quán)利要求7-36中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子,其中每個(gè)N和每個(gè)N’均包含未經(jīng)修飾的核糖核苷酸。
72.—種藥物組合物，其包含有效抑制基因表達(dá)的量的根據(jù)權(quán)利要求1-71中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子及藥學(xué)上可接受的載體，其中所述基因編碼具有SEQ ID N0:l-12中的任一個(gè)所不的多核苷酸序列的RNA。
73.一種細(xì)胞，其包含有效抑制基因表達(dá)的量的根據(jù)權(quán)利要求1-71中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，其中所述基因編碼具有SEQ ID NO: 1-12中的任一個(gè)所示的多核苷酸序列的RNA。
74.根據(jù)權(quán)利要求1-71中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子或用于治療的根據(jù)權(quán)利要求72所述的組合物。
75.根據(jù)權(quán)利要求74所述的用途，其中所述治療是治療選自由以下組成的組的疾病或損傷:慢性或急性無菌性炎癥、神經(jīng)性疼痛、原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)及器官移植中的原發(fā)性移植物功能障礙(P⑶)。
76.一種用于治療需要治療的受試者中的與靶基因表達(dá)相關(guān)聯(lián)的疾病或病癥或癥狀或病狀的方法，其包括向所述受試者施用一定量的根據(jù)權(quán)利要求1-71中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，或有效下調(diào)基因表達(dá)的量的根據(jù)權(quán)利要求72所述的組合物，其中所述基因編碼具有SEQ ID NO: 1-12中的任一個(gè)所示的多核苷酸序列的RNA。
77.根據(jù)權(quán)利要求76所述的方法，其中所述疾病或損傷選自由以下組成的組:慢性或急性無菌性炎癥、神經(jīng)性疼痛、原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)及器官移植中的原發(fā)性移植物功能障礙(PGD)。
78.根據(jù)權(quán)利要求77所述的方法，其中所述疾病或損傷包括器官移植中的原發(fā)性移植物功能障礙(P⑶)。
79.根據(jù)權(quán)利要求78所述的方法，其中所述器官移植包括肺移植。
80.一種用于治療或預(yù)防有此需要的受試者中的移植后并發(fā)癥的發(fā)病率或嚴(yán)重性的方法，所述移植后并發(fā)癥選自由以下組成的組:原發(fā)性移植物無功能、缺血再灌注損傷、再灌注損傷、再灌注水腫、同種異體移植物功能障礙、肺再植反應(yīng)、原發(fā)性移植物功能障礙(PGD)，其中所述并發(fā)癥與編碼具有SEQ ID NO: 1-12中任一個(gè)所示的多核苷酸序列的RNA的基因的表達(dá)相關(guān)聯(lián)，所述方法包括向所述受試者施用預(yù)防或治療有效量的根據(jù)權(quán)利要求1-71中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，或有效下調(diào)所述基因表達(dá)的量的根據(jù)權(quán)利要求72所述的組合物。
81.一種用于減輕有此需要的受試者中的急性或慢性炎癥的方法，其中所述炎癥與編碼具有SEQ ID NO: 1-12中任一個(gè)所示的多核苷酸序列的RNA的基因的表達(dá)相關(guān)聯(lián)，所述方法包括向所述受試者施`用治療有效量的根據(jù)權(quán)利要求1-71中任一項(xiàng)所述的雙鏈核酸分子，或有效下調(diào)基因表達(dá)的量的根據(jù)權(quán)利要求72所述的組合物。
【文檔編號】C12N15/113GK103562387SQ201280020460
【公開日】2014年2月5日 申請日期:2012年3月1日 優(yōu)先權(quán)日:2011年3月3日
【發(fā)明者】埃琳娜·費(fèi)因斯坦, 斯維特拉娜·亞當(dāng)斯基, 莎倫·阿夫金-納祖姆, 夏甲·卡林斯基, 伊戈·邁特 申請人:夸克醫(yī)藥公司