用于睪丸癌的體外診斷或預(yù)后的方法
【專利摘要】本發(fā)明的主題是一種用于睪丸癌的體外診斷或預(yù)后的方法，其包括檢測(cè)至少一種HERV核酸序列的至少一種表達(dá)產(chǎn)物的步驟，已經(jīng)分離的所述核酸序列作為分子標(biāo)記物的用途，以及包括對(duì)HERV核酸序列的至少一種表達(dá)產(chǎn)物特異的至少一種結(jié)合配偶體的試劑盒。
【專利說明】用于睪丸癌的體外診斷或預(yù)后的方法
[0001] 內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒構(gòu)成傳染性逆轉(zhuǎn)錄病毒的后代，其以它們的原病毒形式整合入種 系細(xì)胞，并通過這種方式傳染入宿主后代的基因組。
[0002] 人類基因組測(cè)序使顯示極高豐度的轉(zhuǎn)座因子或其衍生物成為可能。實(shí)際上，重復(fù) 序列代表接近一半的人類基因組，而內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒和逆轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子組成所述基因組的 8%，當(dāng)前元件數(shù)目接近超過400, 000個(gè)。
[0003] 目前存在于人類基因組的內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒元件（ERVs)的豐度是約100代內(nèi)生化 (endogenizations)的結(jié)果，其成功地發(fā)生在人類品系的進(jìn)化過程中。在我們的時(shí)代之前， 內(nèi)生化的不同波動(dòng)跨越范圍從200萬年到9000萬年的周期，并通過"拷貝/粘貼"型現(xiàn)象 繼之以拷貝數(shù)目的擴(kuò)增，具有錯(cuò)誤表型的可能性，起因于，源于HERVs家族（即顯示序列同 源性的一組元件）形成中的遺傳原病毒。根據(jù)推測(cè)最古老的元件（HERV-L家族的那些元 件）在哺乳動(dòng)物出現(xiàn)之前已經(jīng)整合。兩個(gè)家族（HERV-F和HERV-H)在第一代靈長類動(dòng)物塑 造它們的外觀時(shí)期已經(jīng)出現(xiàn)。HERV-FRD和HERV-K(HML-5)家族（在4000到5500萬年前 整合）是對(duì)高等靈長類動(dòng)物特異的。另一方面，HERV-W和HERV-E家族，例如，在500萬年 到1000萬年后整合，在與新大陸猴（New World monkeys)分離后，并且對(duì)狹鼻猴（似人猿 的（Hominoids)和稱猴科（Cercopithecidae))是特異的。
[0004] ERV序列在全部染色體上呈現(xiàn)，具有根據(jù)家族的不同密度，在ERVs的物理鄰近性 與它們的種系發(fā)生鄰近性之間不存在相關(guān)性。
[0005] 很長一段時(shí)間內(nèi)，ERVs被認(rèn)為是寄生物或是簡單的DNA廢物。盡管如此，ERVs對(duì) 生物體的影響不是僅僅限于它們過去在模式化基因組中的參與或仍能提供支持的有害重 組。
[0006] ERVs的豐度和結(jié)構(gòu)復(fù)雜性使它們的表達(dá)分析非常復(fù)雜，并且常常難于解釋。HERV 表達(dá)的檢測(cè)可以反映相同家族內(nèi)一個(gè)或更多個(gè)基因座的轉(zhuǎn)錄活化。此外活化的單個(gè)基因座 或多個(gè)基因座可能根據(jù)組織和/或背景而不同。
[0007] 本發(fā)明人現(xiàn)在已經(jīng)發(fā)現(xiàn)和證明，對(duì)應(yīng)于精確鑒定的內(nèi)源逆轉(zhuǎn)錄病毒元件的基因座 的核酸序列與睪丸癌有關(guān)，并且這些序列是病理性病癥的分子標(biāo)記物。鑒定的序列或者是 原病毒，即序列包含位于長末端重復(fù)（LTRs)5'和3'位置側(cè)翼的所有或部分gag、pol和env 基因，或所有或部分的LTRs或所有或部分的分離的基因。鑒定的DNA序列在序列表中分別 用SEQ ID N0:1到775表示，它們的染色體位置在下文表中（NCBI36/hgl8)標(biāo)出，而它們的 表達(dá)、過表達(dá)或低表達(dá)用癌癥樣本和正常樣本之間的"表達(dá)比值"來表示。當(dāng)核酸的表達(dá)或 核酸表達(dá)的改變是對(duì)睪丸組織特異時(shí)，該信息用靶組織列中的符號(hào)"X"來標(biāo)示。這表示如 果在除了睪丸組織之外的生物區(qū)室中檢測(cè)到相關(guān)核酸的表達(dá)或核酸表達(dá)的改變，這表示不 能作為睪丸癌的標(biāo)記物。經(jīng)鑒定對(duì)睪丸組織特異的DNA序列在序列表中分別表示為SEQ ID N0s:l，2, 3,4, 5, 7,8, 9,10,11，12,13,14,15,16,17,18,19,20, 21，23, 24, 25, 26, 27, 29, 31， 32,33,34, 36,38,39,40, 41，42,43,44, 45,46,47, 50,51，52,53,57,58,59, 61，63,64, 65， 68, 70,71，72,74, 75,76, 77,78, 79,80, 83,84, 85,86, 87,88, 89,90,91，92,94, 96,97,102， 104,106,107,109,110,115,116,118,121，122,123,127,132,133,136,137,142,147,148， 150,159,160,162,163,164,165,166,167,170,171，175,182,187,191，198,199,201，207， 210,216,219,222,224,228,230,234,244,256,263,265,266,269,271，281，286,288,291， 292, 296, 298, 304, 308, 333, 341，347,403,429,452,485, 513, 556, 574 和 755。經(jīng)鑒定對(duì)睪 丸組織不特異的DNA序列在序列表中分別表示為SEQ ID NOs: 6, 22, 28, 30, 35, 37,48,49， 54, 55,56,60,62,66, 67,69, 73,81，82,93,95,98,99,100,101，103,105,108,111，112,113， 114,117,119,120,124,125,126,128,129,130,131，134,135,138,139,140,141，143,144， 145,146,149,151，152,153,154,155,156,157,158,161，168,169,172,173,174,176,177， 178,179,180,181，183,184,185,186,188,189,190,192,193,194,195,196,197,200,202， 203,204,205,206,208,209,211，212,213,214,215,217,218,220,221，223,225,226,227， 229, 231，232, 233, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241，242, 243, 245, 246, 247, 248, 249,250， 251，252,253,254,255,257,258,259,260,261，262,264,267,268,270,272,273,274,275， 276,277,278,279,280,282,283,284,285,287,289,290,293,294,295,297,299,300,301, 302,303,305,306,307, 309, 310, 311，312, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 319, 320, 321，322， 323,324,325,326,327,328,329,330,331，332,334,335,336,337,338,339,340,342,343， 344, 345,346,348,349, 350, 351，352, 353, 354, 355, 356, 357, 358, 359, 360, 361，362, 363， 364,365,366,367,368,369,370,371，372,373,374,375,376,377,378,379,380,381，382， 383, 384, 385, 386, 387, 388, 389, 390, 391，392,393,394, 395,396,397,398,399,400,401， 402,404,405,406,407,408,409,410,411，412, 413, 414, 415, 416, 417, 418, 419, 420, 421， 422,423,424,425,426,427,428,430,431，432,433,434,435,436,437,438,439,440,441， 442,443,444,445,446,447,448,449,450,451，453,454,455,456,457,458,459,460,461， 462,463,464,465,466,467,468,469,470,471，472,473,474,475,476,477,478,479,480， 481，482,483,484,486,487,488,489,490,491，492,493,494,495,496,497,498,499,500， 501，502,503,504,505,506,507,508,509,755,511，512,514,515,516,517,518,519,520， 521，522,523,524,525,526,527,528,529,530,531，532,533,534,535,536,537,538,539， 540,541，542,543,544,545,546,547,548,549,550,551，552,553,554,555,557,558,559， 560,561,562,563,564,565,566,567,568,569,570,571,572,573,575,576,577,578,579, 580,581,582,583,584,585,586,587,588,589,590,591,592,593,594,595,596,597,598, 599,600,601，602,603,604,605,606,607,608,609,610,611，612,613,614,615,616,617， 618,619,620,621，622,623,624,625,626,627,628,629,630,631，632,633,634,635,636， 637,638,639,640,641，642,643,644,645,646,647,648,649,650,651，652,653,654,655， 656, 657, 658, 659, 660, 661，662, 663, 664, 665, 666, 667, 668, 669, 670, 671，672, 673, 674， 675,676,677,678,679,680,681,682,683,684,685,686,687,688,689,690,691,692,693, 694,695,696,697,698,699,700,701，702,703,704,705,706,707,708,709,710,711，712， 713,714, 715,716,717,718, 719, 720, 721，722, 723, 724, 725, 726, 727, 728, 729, 730, 731， 732,733,734,735,736,737,738,739,740,741，742,743,744,745,746,747,748,749,750， 751，752,753,754, 756,757, 758, 759, 760, 761，762, 763, 764, 765, 766, 767, 768, 769, 770， 771，772,773,774 和 775。
[0008] 表
[0009]
【權(quán)利要求】
1. 一種用于取自患者的生物樣本中睪丸癌體外診斷或預(yù)后的方法，其包括檢測(cè)至少兩 種核酸序列的相應(yīng)至少兩種表達(dá)產(chǎn)物的步驟，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:l到775所示 序列或選自與SEQ ID NOs: 1到775所示序列之一顯示至少99%同一'丨生的序列。
2. 如權(quán)利要求1所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述至少兩種 核酸序列選自如下所示的序列組：SEQ ID NOs: 1，2, 3,4, 5, 7,8,9,10,11，12,13,14,15,16， 17,18,19, 20,21，23,24, 25,26,27, 29,31，32,33,34, 36,38, 39,40,41，42,43,44, 45, 46， 47,50,51，52,53, 57,58,59,61，63,64, 65, 68,70,71，72,74, 75,76, 77,78,79,80,83,84， 85,86,87,88,89,90, 91，92, 94,96, 97,102,104,106,107,109,110,115,116,118,121，122， 123,127,132,133,136,137,142,147,148,150,159,160,162,163,164,165,166,167,170， 171，175,182,187,191，198,199,201，207,210,216,219,222,224,228,230,234,244,256， 263,265,266,269,271，281，286,288,291，292,296, 298, 304, 308, 333, 341，347, 403, 429， 452,485, 513, 556, 574和755,或選自與如下所示序列顯示至少99%同一性的序列：SEQ ID NOs :1，2, 3,4, 5, 7,8, 9,10,11，12,13,14,15,16,17,18,19, 20, 21，23, 24, 25, 26,27, 29,31， 32,33,34, 36,38,39,40,41，42,43, 44, 45,46,47,50,51，52, 53,57,58,59,61，63,64, 65， 68, 70,71，72, 74, 75, 76,77, 78,79, 80,83, 84,85, 86,87, 88,89, 90,91，92,94, 96,97,102， 104,106,107,109,110,115,116,118,121，122,123,127,132,133,136,137,142,147,148， 150,159,160,162,163,164,165,166,167,170,171，175,182,187,191，198,199,201，207， 210,216,219,222,224,228,230,234,244,256,263,265,266,269,271，281，286,288,291， 292, 296, 298, 304, 308, 333, 341，347,403,429,452,485, 513, 556, 574 和 755。
3. 如權(quán)利要求2所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，優(yōu)選三種核酸 序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述核酸序列選自SEQ ID N0s:l，26和29所示的序列組，或選自與SEQ ID NOs: 1，26和29所示序列顯示至少99%同一1丨生的序列。
4. 如權(quán)利要求1所述的方法，其中檢測(cè)的表達(dá)產(chǎn)物是至少一種RNA轉(zhuǎn)錄物或至少一種 多肽。
5. 如權(quán)利要求4所述的方法，其特征在于所述RNA轉(zhuǎn)錄物是至少一種mRNA。
6. 如權(quán)利要求4或5所述的方法，其中通過雜交，通過擴(kuò)增或通過測(cè)序來檢測(cè)RNA轉(zhuǎn)錄 物，特別是mRNA。
7. 如權(quán)利要求6所述的方法，其中在允許雜交的預(yù)定條件下，將mRNA與至少一種探針 和/或至少一種引物接觸，并檢測(cè)與mRNA雜交的存在或缺失。
8. 如權(quán)利要求5所述的方法，其特征在于制備mRNA的DNA拷貝，在允許雜交的預(yù)定條 件下將所述DNA拷貝與至少一種探針和/或至少一種引物接觸，并檢測(cè)與所述DNA拷貝雜 交的存在或缺失。
9. 如權(quán)利要求4所述的方法，其中通過與所述多肽的至少一種特異性結(jié)合配偶體接觸 來檢測(cè)表達(dá)的多肽，所述特異性結(jié)合配偶體特別是抗體或抗體類似物，親和蛋白或適體。
10. 已經(jīng)分離的至少兩種核酸序列作為睪丸癌體外診斷或預(yù)后的分子標(biāo)記物的用途， 其特征在于所述兩種核酸序列由以下組成： (i)選自序列SEQ ID NOs: 1到775的至少兩種DNA序列，優(yōu)選選自如下所示序列：SEQ ID NOs: 1，2, 3,4, 5, 7,8,9,10,11，12,13,14,15,16,17,18,19, 20, 21，23, 24, 25, 26, 27, 29， 31，32,33,34, 36,38,39,40,41，42,43, 44, 45,46,47,50,51，52, 53,57,58,59,61，63,64， 65, 68,70,71，72,74, 75,76, 77,78,79,80,83,84, 85, 86,87,88,89,90,91，92, 94, 96,97， 102,104,106,107,109,110,115,116,118,121，122,123,127,132,133,136,137,142,147， 148,150,159,160,162,163,164,165,166,167,170,171，175,182,187,191，198,199,201， 207,210,216,219,222,224,228,230,234,244,256,263,265,266,269,271，281，286,288， 291，292, 296, 298, 304, 308, 333, 341，347,403,429,452,485, 513,556, 574 和 755,和具體 來說選自SEQ ID Nos: 1，26和29所示序列，或 (ii) 與至少兩種序列分別互補(bǔ)的至少兩種DNA序列，所述至少兩種序列選自序列SEQ ID Nos:l 到 775,優(yōu)選選自如下所示序列：SEQ ID N0s:l，2,3,4,5,7,8,9，10，ll，12，13，14， 15,16,17,18,19,20,21，23,24, 25,26, 27,29,31，32,33,34, 36, 38,39,40,41，42,43,44， 45,46,47,50,51，52, 53,57,58,59,61，63,64, 65,68,70,71，72,74, 75, 76,77,78,79,80， 83, 84, 85,86,87,88,89,90, 91，92,94, 96,97,102,104,106,107,109,110,115,116,118， 121，122,123,127,132,133,136,137,142,147,148,150,159，160,162,163,164,165,166， 167,170,171，175,182,187,191，198,199,201，207,210,216,219,222,224,228,230,234， 244, 256,263,265,266, 269, 271，281，286, 288, 291，292, 296, 298, 304, 308, 333, 341，347， 403,429,452,485, 513, 556, 574 和 755,和具體來說選自 SEQ ID Nos: 1，26 和 29 所示序列， 或 (iii) 至少兩種DNA序列，其與選自（i)和（ii)限定的兩種序列顯示至少99%同一'生， 或 (iv) 至少兩種RNA序列，其分別是選自（i)限定的兩種序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，或 (v) 至少兩種RNA序列，其是至少兩種序列的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物，所述至少兩種序列選自與（i) 限定的序列顯示至少99%同一性的序列。
11. 一種用于取自患者的生物樣本中睪丸癌的體外診斷或預(yù)后的試劑盒，其包括至少 兩種核酸序列的至少兩種表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列選 自SEQ ID NOs: 1到775所示的序列或與SEQ ID NOs: 1到775所示核酸序列顯示至少99% 同一性的序列，并且包括不超過775種核酸序列表達(dá)產(chǎn)物的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸 序列如SEQ ID N0s:l到775所示，或所述核酸序列與SEQ ID N0s:l到775所示核酸序列 顯示至少99 %同一1丨生。
12. 如權(quán)利要求11所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相 應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列選自如下所示的序列組：SEQ ID N0s:l，2,3,4,5,7， 8, 9,10,11，12,13,14,15,16,17,18,19, 20,21，23,24, 25,26, 27, 29,31，32,33, 34, 36, 38， 39,40, 41，42,43,44, 45,46,47,50,51，52, 53,57,58,59,61，63,64, 65,68,70,71，72,74， 75, 76, 77,78, 79,80,83,84,85, 86,87, 88,89, 90,91，92,94,96,97,102,104,106,107,109， 110,115,116,118,121，122,123,127,132,133,136,137,142,147,148,150,159,160,162， 163,164,165,166,167,170,171，175,182,187,191，198,199, 201，207, 210, 216, 219, 222， 224, 228, 230, 234, 244, 256, 263, 265,266,269,271，281，286,288,291，292,296,298,304， 308, 333, 341，347,403,429,452,485, 513, 556, 574 和 755,或選自與如下所示序列顯示至 少 99% 同一性的序列：SEQ ID N0s:l，2,3,4,5,7,8,9，10，ll，12，13，14，15，16，17，18，19， 20,21，23,24, 25,26, 27,29,31，32,33,34, 36, 38,39,40,41，42,43,44, 45,46,47,50,51， 52,53,57,58,59,61，63,64,65,68,70,71，72, 74, 75,76,77,78,79,80, 83,84,85,86,87， 88,89, 90,91，92,94, 96,97,102,104,106,107,109,110,115,116,118,121，122,123,127， 132,133,136,137,142,147,148,150,159,160,162,163,164,165,166,167,170,171，175， 182,187,191，198,199,201，207,210,216,219,222,224,228,230,234,244,256,263,265， 266,269,271，281，286,288,291，292,296,298,304, 308, 333, 341，347, 403, 429, 452, 485， 513,556,574 和 755。
13. 如權(quán)利要求12所述的試劑盒，其包括至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相 應(yīng)的特異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列選自SEQ ID NOs:l，26和29所示的序列組，或選自 與SEQ ID NOs: 1，26和29所示序列顯示至少99%同一1丨生的序列。
14. 如權(quán)利要求12所述的試劑盒，其包括核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物的2種或3種相應(yīng)的特 異性結(jié)合配偶體，所述核酸序列如SEQ ID N0s:l，26和29所示，或與SEQ ID N0s:l，26和 29所示序列顯示至少99%同一性的序列。
15. 如權(quán)利要求11至14中任一項(xiàng)所述的試劑盒，其中表達(dá)產(chǎn)物的至少兩種相應(yīng)的特異 性結(jié)合配偶體分別是至少一種雜交探針和/或至少一種擴(kuò)增引物，或至少一種抗體，或至 少一種抗體類似物，或至少一種親和蛋白，或至少一種適體。
16. -種用于評(píng)估睪丸癌的治療效果和/或進(jìn)展的方法，其包括分別檢測(cè)至少兩種核 酸序列的至少兩種表達(dá)產(chǎn)物的步驟，所述兩種核酸序列選自SEQ ID N0s:l到775所示的序 列，或選自與SEQ ID NOs: 1到775所示的序列分別顯示至少99%同一'丨生的序列。
17. 如權(quán)利要求16所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述至少 兩種核酸序列選自如下所示的序列組：SEQ ID NOs: 1，2, 3,4, 5, 7,8,9,10,11，12,13,14， 15,16,17,18,19,20,21，23, 24, 25,26,27,29,31，32, 33,34, 36,38,39,40,41，42,43,44， 45,46,47, 50,51，52,53,57,58,59, 61，63,64, 65,68,70,71，72,74, 75,76,77,78,79, 80， 83,84, 85,86,87, 88,89,90,91，92,94, 96, 97,102,104,106,107,109,110,115,116,118， 121，122,123,127,132,133,136,137,142,147,148,150,159,160,162,163,164,165,166， 167,170,171，175,182,187,191，198,199,201，207,210,216,219,222,224,228,230,234， 244, 256,263,265,266,269,271，281，286,288,291，292, 296, 298, 304, 308, 333, 341，347， 403,429,452,485, 513, 556, 574和755,或選自與如下所示序列顯示至少99%同一性的 序列：SEQ ID N0s:l，2,3,4,5,7,8,9，10，ll，12，13，14，15，16，17，18，19,20,21，23,24， 25,26,27,29,31，32,33, 34, 36,38,39,40,41，42, 43,44,45,46,47,50,51，52,53,57,58， 59,61，63,64,65,68,70,71，72, 74, 75,76,77,78,79,80,83,84,85,86,87,88,89, 90,91， 92, 94,96, 97,102,104,106,107,109,110,115,116,118,121，122,123,127,132,133,136， 137,142,147,148,150,159,160,162,163,164,165,166,167,170,171，175,182,187,191， 198,199,201，207,210,216,219,222,224,228,230,234,244,256,263,265,266,269,271， 281，286, 288, 291，292, 296, 298, 304, 308, 333, 341，347,403,429,452,485, 513, 556, 574 和 755。
18. 如權(quán)利要求17所述的方法，其中檢測(cè)至少兩種核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，優(yōu)選的三種 核酸序列的表達(dá)產(chǎn)物，所述核酸序列選自SEQ ID N0s:l，26和29所示的序列組，或選自與 SEQ ID NOs: 1,26和29所示序列顯示至少99%同一1丨生的序列。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104204223SQ201280063491
【公開日】2014年12月10日 申請(qǐng)日期:2012年12月20日 優(yōu)先權(quán)日:2011年12月20日
【發(fā)明者】菲力浦·佩羅, 弗朗索瓦·馬萊, 娜塔莉·米尼耶 申請(qǐng)人:拜奧默里克斯公司