用于評(píng)估雜合性丟失的方法與材料的制作方法
【專利摘要】本文件提供了用于評(píng)估樣品(如：癌細(xì)胞)中是否存在雜合性丟失(LOH)標(biāo)記的方法和材料。例如，提供了測(cè)定一個(gè)細(xì)胞(如：癌細(xì)胞)中是否存在LOH標(biāo)記的方法和材料。還提供了鑒定有同源重組修復(fù)(HRD)缺陷的細(xì)胞(如：癌細(xì)胞)的材料和方法以及鑒定可能響應(yīng)特殊癌癥治療方案的癌癥患者的材料和方法。
【專利說明】用于評(píng)估雜合性丟失的方法與材料
[0001] 相關(guān)申請(qǐng)的交叉引用
[0002] 本申請(qǐng)請(qǐng)求在2011年12月21日提交的序列號(hào)為61/578, 713的美國(guó)臨時(shí)專利申 請(qǐng)和2012年6月1日提交的序列號(hào)為61/654,402的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)之優(yōu)先權(quán)，其內(nèi)容在此 通過引用的方式全文并入本文。
[0003] 背景
[0004] 1.【技術(shù)領(lǐng)域】
[0005] 本文件相關(guān)于涉及評(píng)估樣品（如：癌細(xì)胞）中是否存在雜合性丟失（L0H)譜的方 法和材料。例如，本文件提供了測(cè)定一個(gè)細(xì)胞（如：癌細(xì)胞）中是否包含L0H譜的方法和材 料。本文件還提供了鑒別有同源重組修復(fù)（HDR)缺陷的細(xì)胞（如：癌細(xì)胞）的材料和方法 以及鑒別可能響應(yīng)特定癌癥治療方案的癌癥患者的材料和方法。在本文中，除非明確指出， HDR缺陷和HRD (同源修復(fù)缺陷）當(dāng)作同義詞使用。
[0006] 2.背景介紹
[0007] 癌癥是一個(gè)嚴(yán)重的公共衛(wèi)生問題，僅在2009年就有562, 340的美國(guó)人口死于癌 癥。American Cancer Society, Cancer Facts&Figures 2009(在美國(guó)癌癥協(xié)會(huì)網(wǎng)站可得 到）。癌癥治療的主要挑戰(zhàn)之一就是發(fā)現(xiàn)與患者自身癌癥相關(guān)的臨床上有用的特征，并且基 于這些特征給出最適合患者癌癥的治療方案。盡管在個(gè)性化醫(yī)療這個(gè)領(lǐng)域已經(jīng)有了很大的 進(jìn)步，但是仍然非常需要更好的分子診斷工具來特征化患者的癌癥。
[0008] 概述
[0009] -般說來，本發(fā)明的一個(gè)方面突出了評(píng)估癌細(xì)胞或其基因組DNA中L0H的方法。在 一些實(shí)施例中，該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)在癌細(xì)胞或其來源的基因組DNA 中檢測(cè)癌細(xì)胞中至少一對(duì)人類染色體上的L0H區(qū)域（如：除了人類X/Y性染色體對(duì)的任何 一對(duì)人類染色體）；和（b)測(cè)定所述L0H區(qū)域的數(shù)目和大小（如：長(zhǎng)度）。在一些實(shí)施例中， L0H區(qū)域在若干代表整個(gè)基因組的染色體對(duì)中被分析（如：足夠的染色體被分析，這樣L0H 區(qū)域的數(shù)目和大小有望可以代表整個(gè)基因組的L0H區(qū)域的數(shù)目和大?。Ｔ谝恍?shí)施例中， 該方法進(jìn)一步包括測(cè)定長(zhǎng)于約1. 5、5、12、13、14、15、16、17 (優(yōu)選14、14、16或更多，更優(yōu)選 15或者更多）百萬堿基但是短于L0H區(qū)域所在相應(yīng)染色體整體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域（指示L0H 區(qū)域）的總數(shù)。二者擇一地或另外地，這些指示L0H區(qū)域的總的疊加長(zhǎng)度被測(cè)定。在一些 具體的實(shí)施例中，如果指示L0H區(qū)域的總數(shù)或指示L0H區(qū)域的總的疊加長(zhǎng)度等于或大于預(yù) 定的參考數(shù)值，那么所述癌細(xì)胞或其基因組DNA或具有所述癌細(xì)胞或基因組DNA的患者被 鑒定具有HDR缺陷型L0H譜。
[0010] 還提供了一種評(píng)估癌細(xì)胞或其基因組DNA中L0H的另一方法，其包括，或大體由下 列步驟組成，（a)在癌細(xì)胞或來源于其的基因組DNA中檢測(cè)癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體 上的L0H區(qū)域，其中所述"至少一對(duì)人類染色體"不是人類X/Y性染色體對(duì)；并且（b)在所述 人類染色體中測(cè)定長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)和/或總的疊加長(zhǎng)度，其中第一長(zhǎng)度為 約1.5或更多的（或5、10、13、14、15、16或更多，優(yōu)選地15或更多）百萬堿基，而所述L0H 區(qū)域短于包含該L0H區(qū)域的相應(yīng)的整條染色體長(zhǎng)度。在一些實(shí)施例中，如果那個(gè)總數(shù)或疊 加長(zhǎng)度等于或大于預(yù)設(shè)的參考數(shù)，那么所述癌細(xì)胞或基因組DNA或具有所述癌細(xì)胞或基因 組DNA的患者被鑒定具有HDR缺陷型LOH標(biāo)記。
[0011] 另一方面，本發(fā)明提供了預(yù)測(cè)癌細(xì)胞中BRCA1和BRCA2基因狀態(tài)的方法。該方法包 括，或大體由下列步驟組成，在癌細(xì)胞中測(cè)定癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的L0H區(qū)域， 此L0H區(qū)域的長(zhǎng)度長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)和/或總的疊加長(zhǎng)度，所述L0H區(qū)域短 于包含該L0H區(qū)域的相應(yīng)的整條染色體長(zhǎng)度，其中所述"至少一對(duì)人類染色體"不是人類X/ Y性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度為約1.5或更多的（或5、10或更多，優(yōu)選約15或更多） 百萬堿基；并且大于參考數(shù)的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度與BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加 相關(guān)聯(lián)。
[0012] 另一方面，本發(fā)明提供了預(yù)測(cè)癌細(xì)胞中HDR狀態(tài)的方法。該方法包括，或大體由下 列步驟組成，在癌細(xì)胞中測(cè)定癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的 總數(shù)和/或總的疊加長(zhǎng)度，所述L0H區(qū)域短于包含該L0H區(qū)域的相應(yīng)的整條染色體長(zhǎng)度，其 中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約為1. 5或更多 的（或5、10或更多，優(yōu)選約15或更多）百萬堿基；并且使大于參考數(shù)的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度與 HDR缺陷的增加的可能性相關(guān)聯(lián)。
[0013] 另一方面，本發(fā)明提供了預(yù)測(cè)癌癥患者響應(yīng)包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶 I抑制劑、放射治療和/或PARP抑制劑的癌癥治療方案的方法。該方法包括，或大體由下 列步驟組成，在取自癌癥患者的癌細(xì)胞中測(cè)定癌癥患者的癌細(xì)胞中至少一對(duì)人類染色體上 的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)和/或總的疊加長(zhǎng)度，其中第一長(zhǎng)度為約1. 5或更多的 (或5、10或更多，優(yōu)選約15或更多）百萬堿基，而所述L0H區(qū)域短于包含該L0H區(qū)域的相 應(yīng)的整條染色體長(zhǎng)度，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)；并且將大 于參考數(shù)的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度與患者響應(yīng)癌癥治療方案的的增加的可能性相關(guān)聯(lián)。在一些實(shí) 施例中，患者是未經(jīng)治療的患者。
[0014] 另一方面，本發(fā)明涉及預(yù)測(cè)癌癥患者響應(yīng)治療方案的方法。該方法包括，或大體由 下列步驟組成，在取自癌癥患者的癌細(xì)胞中測(cè)定癌癥患者的癌細(xì)胞中的至少一對(duì)人類染色 體上長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)和/或總的疊加長(zhǎng)度，其中第一長(zhǎng)度為約1. 5或更多 的（或5、10或更多，優(yōu)選約15或更多）百萬堿基，而所述L0H區(qū)域短于包含該L0H區(qū)域的 相應(yīng)的整條染色體長(zhǎng)度，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)；并且將 大于參考數(shù)的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度與患者將不響應(yīng)包括紫杉醇或多烯紫杉醇的癌癥治療方案 的升高的可能性相關(guān)聯(lián)。
[0015] 另一方面，本發(fā)明有關(guān)于治療癌癥的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a)在源自癌癥患者的癌細(xì)胞或從其獲得的基因組DNA中測(cè)定癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色 體上長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)和/或總的疊加長(zhǎng)度，其中第一長(zhǎng)度為約1. 5或更多 的（或5、10或更多，優(yōu)選約15或更多）百萬堿基，而所述L0H區(qū)域短于包含該L0H區(qū)域的 相應(yīng)的整條染色體長(zhǎng)度，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)；并且（b) 如果該L0H區(qū)域的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度大于參考數(shù)，那么向癌癥患者提供包含DNA損傷劑、蒽環(huán) 類藥物、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PARP抑制劑的癌癥治療方案。在一些實(shí)施例中，該患者為 未經(jīng)治療的患者。
[0016] 在前面六段所描述的任何一個(gè)或多個(gè)方法的一些實(shí)施例中，下列中的任何一個(gè)或 多個(gè)可以視情況而定被應(yīng)用。LOH區(qū)域可在至少二、五、十、或十二對(duì)人類染色體中被測(cè)定。 癌細(xì)胞可以是卵巢、乳腺或食管癌細(xì)胞。第一長(zhǎng)度可以是約6、12或約15或更多百萬堿基 (即600萬、1千2百萬、1千5百萬或更多堿基）。該參考數(shù)可以是6、7、8、9、10、11、12、13、 14、15、16、17、18或20或更大。所述至少一對(duì)人類染色體隊(duì)可以排除17號(hào)人類染色體。 該DNA損傷劑可以是順鉬、卡鉬、奧沙利鉬或吡鉬，該蒽環(huán)類藥物可以是表阿霉素或多柔比 星，該拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑可以是喜樹堿、拓?fù)涮婵?、或伊立替康，或該P(yáng)ARP抑制劑可以是 iniparib> olaparib,或 velapirib.
[0017] 另一方面，本發(fā)明突出了利用一種或多種選自DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I 抑制劑和PARP抑制劑的化合物用于制備治療確定為帶有總數(shù)為5、8、9、10、12、15、17、20或 更多的指示L0H區(qū)域的癌細(xì)胞的患者的癌癥的藥物制劑。該指示L0H區(qū)域可以在至少2、5、 10或21對(duì)人類染色體中被測(cè)定。該癌細(xì)胞可以是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。該指示L0H 區(qū)域的長(zhǎng)度為約6、12、或15或更多的百萬堿基（即600萬、1千2百萬、或1千5百萬或更 多堿基。該指示L0H區(qū)域可以存在于除17號(hào)人類染色體以外的染色體上。該DNA損傷劑 可以是鉬類化療藥物，該蒽醌類可以是表阿霉素或阿霉素，該拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑可以是 喜樹堿、拓?fù)涮婵祷蛞亮⑻婵?，或該P(yáng)ARP抑制劑可以是iniparib、olaparib或velapirib。 在一些實(shí)施例中，該患者是未經(jīng)治療的患者。
[0018] 另一方面，本發(fā)明突出了利用能夠與人類基因組DNA的多個(gè)多態(tài)性區(qū)域雜交的多 個(gè)寡核苷酸來制備用于測(cè)定從癌癥患者那里得到的人類癌細(xì)胞的至少一對(duì)染色體上的指 示L0H區(qū)域的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度的診斷試劑盒，并且此診斷試劑盒還可以用于測(cè)定（a)癌細(xì) 胞中BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加，（b)癌細(xì)胞中HDR缺陷的可能性的增加，或 (c)癌癥患者將會(huì)響應(yīng)包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑、放射治療、或PARP抑 制劑的治療方案的可能性的增加。該指示L0H區(qū)域可以在至少2、5、10或21對(duì)人類染色體 中被測(cè)定。該癌細(xì)胞可以是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。該指示L0H區(qū)域可具有約6、12 或15或更多百萬堿基的長(zhǎng)度。該指示L0H區(qū)域可以存在于除17號(hào)人類染色體以外的染色 體上。
[0019] 另一方面，本發(fā)明突出了一種測(cè)定癌癥患者癌細(xì)胞的L0H狀態(tài)的系統(tǒng)。該系統(tǒng)包 括，或大體由下列組成，（a)被配置成可以產(chǎn)生關(guān)于癌細(xì)胞至少一對(duì)人類染色體的基因組 DNA的多個(gè)信號(hào)的樣品分析儀，以及（b)已編程為根據(jù)所述多個(gè)信號(hào)可以計(jì)算所述至少一 對(duì)人類染色體上的指示L0H區(qū)域數(shù)目的計(jì)算機(jī)子系統(tǒng)。計(jì)算機(jī)子系統(tǒng)經(jīng)程序控制可將指 示L0H區(qū)域的數(shù)目或疊加長(zhǎng)度與參考值作比較來確定（a)癌細(xì)胞中BRCA1和/或BRCA2基 因缺陷的可能性，（b)癌細(xì)胞中HDR缺陷的可能性，或（c)癌癥患者將會(huì)響應(yīng)包含DNA損傷 齊U、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑、放射治療、或PARP抑制劑的治療方案的可能性。該系統(tǒng) 可包括一個(gè)被配置用來顯示（a)、（b)、或（c)可能性的輸出模塊。該系統(tǒng)可包括一個(gè)被配 置用來顯示使用癌癥治療方案建議的輸出模塊。該指示L0H區(qū)域可以在至少2、5、10或21 對(duì)人類染色體中被測(cè)定。該癌細(xì)胞可以是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。該指示L0H區(qū)域 可具有約6、12、或15或更多百萬堿基的長(zhǎng)度。該指示L0H區(qū)域可以存在于除17號(hào)人類染 色體以外的染色體上。該DNA損傷劑可以是鉬-基化療藥物，該蒽醌類可以是表阿霉素或 阿霉素，該拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑可以是喜樹堿、拓?fù)涮婵祷蛞亮⑻婵?，或該P(yáng)ARP抑制劑可以 是 iniparib> olaparib 或 velapirib。
[0020] 另一方面，本發(fā)明提供了一種體現(xiàn)在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，當(dāng)在 計(jì)算機(jī)上執(zhí)行時(shí)，提供了沿著除了人類X和Y性染色體的一條或多條染色體檢測(cè)任何L0H 區(qū)域的存在或缺乏的指令，并且該L0H區(qū)域具有約1. 5或更多（5、10或更多，優(yōu)選15或更 多）百萬堿基但是短于包含該L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的長(zhǎng)度；并且測(cè)定在一對(duì)或多對(duì) 染色體中的符合上述條件的L0H區(qū)域總數(shù)或疊加長(zhǎng)度。該電腦程序產(chǎn)品可以包括其它的指 令。該指示L0H區(qū)域可以在至少2、5、10或21對(duì)人類染色體上被測(cè)定。該癌細(xì)胞可以是卵 巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。該指示L0H區(qū)域可具有約6、12、或15或更多的百萬堿基的長(zhǎng) 度。該指示L0H區(qū)域可以存在于除17號(hào)人類染色體以外的染色體上。該DNA損傷劑可以 是基于鉬的化療藥物，該蒽醌類可以是表阿霉素或阿霉素，該拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑可以是 喜樹堿、拓?fù)涮婵祷蛞亮⑻婵?，或該P(yáng)ARP抑制劑可以是iniparib、olaparib或velapirib。
[0021] 另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷試劑盒。該試劑盒包括，或大體由下列組成，能 夠與人類基因組DNA的多個(gè)多態(tài)性區(qū)域雜交的至少500個(gè)寡核苷酸；以及本文所提供的計(jì) 算機(jī)程序產(chǎn)品。該計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品可體現(xiàn)在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中，當(dāng)在計(jì)算機(jī)上執(zhí)行時(shí)，提供 了在除人類X和Y性染色體以外的一條或多條人類染色體中檢測(cè)任何L0H區(qū)域的存在或缺 乏的指令，并且該L0H區(qū)域長(zhǎng)度為約1. 5或更多（5、10或更多，優(yōu)選地15或更多）百萬堿 基但是短于包含所述L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度；以及測(cè)定該L0H區(qū)域在一對(duì)或多對(duì)染色 體對(duì)中的總數(shù)或疊加長(zhǎng)度的指令。
[0022] 另一方面，本文件突出了評(píng)估患者癌細(xì)胞中是否存在L0H譜的方法。該方法包括， 或大體由下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上檢測(cè)多于參考 數(shù)的L0H區(qū)域的存在，所述L0H區(qū)域長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度并且短于包含所述相應(yīng)L0H區(qū)域的整條 染色體長(zhǎng)度，其中所述人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中該第一長(zhǎng)度為約1. 5或更 多的百萬堿基，并且（b)鑒別患者的癌細(xì)胞是否具有所述L0H譜。
[0023] 另一方面，本文件突出了一種評(píng)估患者癌細(xì)胞是否存在HDR缺陷狀態(tài)的方法。該 方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上檢測(cè) 多于參考數(shù)的下述L0H區(qū)域的存在，其中任一所述L0H區(qū)域長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度并且短于包含所 述相應(yīng)L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色 體對(duì)，其中該第一長(zhǎng)度約為1.5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定患者為帶有HDR缺陷狀態(tài) 的癌細(xì)胞。
[0024] 另一方面，本文件突出了一種評(píng)估患者癌細(xì)胞中是否存在HDR路徑中基因突變的 方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色 體上檢測(cè)出有多于參考數(shù)的L0H區(qū)域，任一所述L0H區(qū)域的長(zhǎng)度應(yīng)當(dāng)大于第一長(zhǎng)度并且短 于包含該L0H區(qū)域的整條染色體的長(zhǎng)度，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染 色體對(duì)，其中該第一長(zhǎng)度為約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定患者為帶有HDR路徑中 基因突變的癌細(xì)胞。
[0025] 另一方面，本文件突出了測(cè)定是否患者有可能響應(yīng)包括放射治療、DNA損傷劑、蒽 環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑或PARP抑制劑的癌癥治療方案的方法。該方法包括，或大體由 下列步驟組成，（a)在癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上檢測(cè)多于參考數(shù)的下述 L0H區(qū)域的存在，其中L0H區(qū)域應(yīng)當(dāng)長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度并且短于包含相應(yīng)L0H區(qū)域的整條染色體 長(zhǎng)度，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中該第一長(zhǎng)度為約1. 5或 更多的百萬堿基，并且（b)鑒別可能響應(yīng)癌癥治療方案的患者。
[0026] 另一方面，本文件突出了評(píng)估患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a)測(cè)定包括具有L0H譜的癌細(xì)胞的患者，其中癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體 上的有大于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含相應(yīng)L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū) 域的存在表明癌細(xì)胞具有L0H譜，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)， 其中該第一長(zhǎng)度約為1百5萬或更多的堿基，并且（b)診斷含有具有L0H譜的癌細(xì)胞的患 者。
[0027] 另一方面，本文件突出了評(píng)估患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a)測(cè)定包括具有HDR缺陷狀態(tài)的癌細(xì)胞的患者，其中癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類 染色體上的有多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含相應(yīng)L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度 的L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有HDR缺陷狀態(tài)，其中所述的至少一對(duì)人類染色體不是人 類X/Y性染色體對(duì)，其中該第一長(zhǎng)度約為1百50萬或更多的堿基，并且（b)診斷含有具有 HDR缺陷狀態(tài)的癌細(xì)胞的患者。
[0028] 另一方面，本文件突出了評(píng)估患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成， (a) 測(cè)定帶有HDR路徑基因的基因突變的癌細(xì)胞的患者，其中癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一 對(duì)的人類染色體總起來有多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含相應(yīng)L0H區(qū)域的整條 染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有基因突變，其中所述的"至少一對(duì)人類染色 體"不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中該第一長(zhǎng)度約1.5或更多的百萬堿基，并且（b)診斷含 有具有基因突變的癌細(xì)胞的患者。
[0029] 另一方面，本文件突出了評(píng)估患者是否響應(yīng)包含放射治療或選自包含DNA損傷 齊U、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PARP抑制劑藥物的癌癥治療方案的方法。該方法包括， 或大體由下列步驟組成，（a)測(cè)定包括具有L0H標(biāo)記的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的 多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度的L0H區(qū)域，而所述L0H區(qū)域短于包含該L0H區(qū)域的相應(yīng)的整 條染色體長(zhǎng)度，其中第一長(zhǎng)度約1.5或更多的百萬堿基，其中所述至少一對(duì)人類染色體不 是人類X/Y性染色體對(duì)，多于參考數(shù)的這種L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有L0H標(biāo)記；并且 (b) 至少部分基于L0H標(biāo)記的存在，診斷有可能響應(yīng)癌癥治療方案的患者。
[0030] 另一方面，本文件突出了一種執(zhí)行患者癌細(xì)胞診斷分析的方法。該方法包括，或大 體由下列步驟組成，（a)檢測(cè)癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng) 度但是短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在，其中所述至少一對(duì)人類染 色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定包含 具有L0H標(biāo)記的癌細(xì)胞的患者。
[0031] 另一方面，本文件突出了一種執(zhí)行患者癌細(xì)胞診斷分析的方法。該方法包括，或大 體由下列步驟組成，（a)檢測(cè)癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng) 度但是短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在，其中所述至少一對(duì)人類染 色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定包含 具有HDR缺陷狀態(tài)的癌細(xì)胞的患者。
[0032] 另一方面，本文件突出了一種執(zhí)行患者癌細(xì)胞診斷分析的方法。該方法包括，或大 體由下列步驟組成，（a)檢測(cè)癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng) 度但是短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在，其中所述至少一對(duì)人類染 色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定包含 具有來自HDR途徑基因的基因突變的的癌細(xì)胞的患者。
[0033] 另一方面，本文件突出了一種執(zhí)行患者癌細(xì)胞診斷分析來確定是否該癌癥患者有 可能響應(yīng)包含給予放射治療或選自包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PARP 抑制劑組合的藥物的癌癥治療方案的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)檢測(cè) 癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含L0H區(qū)域的 整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體 對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1.5或更多的百萬堿基，并且（b)鑒定有可能響應(yīng)癌癥治療方案的患 者。
[0034] 另一方面，本文件突出了一種診斷包含具有L0H譜的癌細(xì)胞的患者的方法。該方 法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測(cè)定包括具有L0H譜的癌細(xì)胞的患者，其中癌癥患者 的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含L0H區(qū)域 的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有L0H標(biāo)記，其中所述至少一對(duì)人類染 色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1.5或更多的百萬堿基，并且（b)診斷含有 具有L0H標(biāo)記的癌細(xì)胞的患者。
[0035] 另一方面，本文件突出了一種診斷包含具有HDR缺陷狀態(tài)的癌細(xì)胞的患者的方 法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測(cè)定包括具有HDR缺陷狀態(tài)的癌細(xì)胞的患 者，其中癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短 于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有HDR缺陷狀態(tài)，其中 所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1. 5或更多的百萬堿 基，并且（b)診斷含有具有HDR缺陷狀態(tài)的癌細(xì)胞的患者。
[0036] 另一方面，本文件突出了一種診斷包含具有HDR途徑基因的基因突變的癌細(xì)胞的 患者的方法。該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測(cè)定包括具有基因突變的癌細(xì)胞的 患者，其中癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是 短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有基因突變，其中所 述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1. 5或更多的百萬堿基， 并且（b)診斷含有具有基因突變的癌細(xì)胞的患者。
[0037] 另一方面，本文件突出了一種診斷患者是否作為包含放射治療或選自包含DNA損 傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PARP抑制劑藥物的癌癥治療方案的候選人的方法。 該方法包括，或大體由下列步驟組成，（a)測(cè)定包括具有L0H標(biāo)記的癌細(xì)胞的患者,其中癌 癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含L0H 區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有L0H標(biāo)記，其中所述至少一對(duì)人 類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1. 5或更多的百萬堿基，并且（b)至少 部分基于L0H標(biāo)記的存在，診斷有可能響應(yīng)癌癥治療方案的患者。
[0038] 如果沒有另行規(guī)定，文中所用的所有的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語與本專利相關(guān)領(lǐng)域的普通 技術(shù)人員的通常理解有著相同的含義。盡管與這里提到的那些類似或相同的方法或材料可 用于實(shí)踐本發(fā)明，合適的材料和方法如下所述。在這里提到的所有的出版物、專利申請(qǐng)、專 利、以及其他的參考文獻(xiàn)通過索引的方式全部并入。在沖突的情況下，以本說明書包括定義 為準(zhǔn)。此外，這些材料、方法和實(shí)例只是說明性的，而不是意在限制本發(fā)明。
[0039] 本發(fā)明的一個(gè)或多個(gè)實(shí)施例的細(xì)節(jié)在說明書和以下的附圖中被陳述。這些材料、 方法和實(shí)例只是說明性的，而不是意在限制本發(fā)明。本發(fā)明的其它特征、目的以及優(yōu)點(diǎn)在說 明書、附圖和權(quán)利要求書中是顯而易見的。
【專利附圖】
【附圖說明】
[0040] 圖1是利用SNP陣列測(cè)定的來自乳腺癌患者的乳腺癌細(xì)胞的沿著1號(hào)染色體上的 等位基因劑量的圖。箭頭表示雜合性區(qū)域和L0H區(qū)域之間的轉(zhuǎn)換。
[0041] 圖2是利用高通量測(cè)序法測(cè)定的來自如圖1所示的相同乳腺癌患者的乳腺癌細(xì)胞 的沿著1號(hào)染色體的等位基因的劑量圖。箭頭表示雜合性區(qū)域和L0H區(qū)域之間的轉(zhuǎn)換。
[0042] 圖3是評(píng)估細(xì)胞（如，癌細(xì)胞）基因組L0H譜的示例流程的流程圖。
[0043] 圖4是可被用于實(shí)施本文中所描述的技術(shù)的計(jì)算機(jī)設(shè)備以及移動(dòng)計(jì)算機(jī)設(shè)備的 一個(gè)示例的圖解。
[0044] 圖5是在來自62例人類患者的卵巢癌細(xì)胞中檢測(cè)到的L0H區(qū)域的長(zhǎng)度分布圖。調(diào) 整后的長(zhǎng)度是指被L0H區(qū)域覆蓋了的染色體臂的比例。
[0045] 圖6是具有完整的或缺陷的BRCA1和BRCA2基因的卵巢癌細(xì)胞樣品的訓(xùn)練集合中 長(zhǎng)于15Mb但短于整條染色體的L0H區(qū)域的數(shù)量圖。圓圈的大小與具有這樣數(shù)目的L0H區(qū) 域的樣品數(shù)量成比例。
[0046] 圖7是圖6是具有完整的或缺陷的BRCA1和BRCA2基因的卵巢癌細(xì)胞樣品的訓(xùn)練 集合和驗(yàn)證集合中長(zhǎng)于15Mb但短于整條染色體的L0H區(qū)域的數(shù)量圖。圓圈的大小與具有 這樣數(shù)目的L0H區(qū)域的樣品數(shù)量成比例。
[0047] 圖8是具有體細(xì)胞BRCA突變、生殖系BRCA突變、低BRCA1表達(dá)或完整BRCA(BRCA 正常）的卵巢癌細(xì)胞樣品中長(zhǎng)于15Mb但短于整條染色體的L0H區(qū)域的數(shù)量圖。圓圈的大 小與具有這樣數(shù)量的L0H區(qū)域的樣品數(shù)量成比例。
[0048] 圖9是一張表格展示BRCA缺陷的、HDR缺陷的/BRCA完整的、以及HDR完整的卵 巢癌細(xì)胞樣品的百分比。
[0049] 圖10是所示癌癥的腫瘤細(xì)胞系中長(zhǎng)于15Mb但短于整條染色體的L0H區(qū)域的數(shù)量 圖。圓圈的大小與具有這樣數(shù)量的L0H區(qū)域的樣品數(shù)量成比例。
[0050] 圖11是肺癌樣品中長(zhǎng)于15Mb但短于整條染色體的L0H區(qū)域的數(shù)量圖。
[0051] 圖12是所示癌癥或癌細(xì)胞系具有HDR缺陷的百分比圖。
[0052] 圖13包括當(dāng)暴露于具有所示數(shù)量的長(zhǎng)于15Mb但短于整條染色體的L0H區(qū)域的29 例乳腺癌細(xì)胞系后喜樹堿（camptothecin)的IC50值（Logl0(IC50)圖以及鉬化合物（奧 沙利鉬、順鉬和卡鉬）、或蒽環(huán)類（阿霉素和表阿霉素）的平均Logl0(IC50)值圖，或者當(dāng) 暴露于具有所示數(shù)量的長(zhǎng)于15Mb短于整條染色體的L0H區(qū)域的卵巢癌細(xì)胞系后紫杉醇的 IC50值（Logl0(IC50))圖。虛線將域值數(shù)設(shè)置在9。
[0053] 圖14是圖13的標(biāo)記版本，它將暴露于具有所示數(shù)量的長(zhǎng)于15Mb短于整條染 色體的L0H區(qū)域的29例乳腺癌細(xì)胞系后的鉬化合物（奧沙利鉬、順鉬和卡鉬）的平均 Logl0(IC50)值列圖。
[0054] 圖15是鑒定L0H位點(diǎn)和區(qū)域的示例計(jì)算過程的流程圖。
[0055] 圖16展示了 L0H區(qū)域長(zhǎng)度與以染色體臂長(zhǎng)度校正的這些L0H區(qū)域的長(zhǎng)度的比值。 在這個(gè)圖上的最大的校正值等于2,與LOH對(duì)整條染色體比值相對(duì)應(yīng)。
[0056] 圖17展示了腫瘤樣品的HRD分值。藍(lán)圈：BRCA1或BRCA2缺陷樣品。紅圈：BRCA1 和BRCA2完整樣品。藍(lán)圈和紅圈的合并區(qū)域是相同的。每個(gè)單獨(dú)的圈的面積與具有相應(yīng)數(shù) 目的L0H區(qū)域的樣品數(shù)呈比例。
[0057] 圖17a.第一組的HRD分值（152例樣品中的46例是BRCA1或BRCA2缺陷）。
[0058] 圖17b.第二組的HRD分值（53例樣品中的19例是BRCA1或BRCA2缺陷）。
[0059] 圖17c.第三組的HRD分值（435例樣品中的146例是BRCA1或BRCA2缺陷）。
[0060] 圖17d.來自所有三組的總合的數(shù)據(jù)的HRD分值。A行：224例樣品有BRCA1、或 BRCA2、或RAD51C基因缺陷；B :84例BRCA1突變體；C :43例BRCA2突變體；D :82例樣品有 BRCA1低表達(dá)或甲基化；E :13例樣品具有RAD51C甲基化。紅圈：416例樣品具有BRCA1、 BRCA2和RAD51C完整基因。
[0061] 圖18a.癌細(xì)胞系中HRD分值的比較。紅圈：具有完整BRCA1或BRCA2的細(xì)胞系。 A :30例完整的非卵巢細(xì)胞系；B :22例完整的卵巢細(xì)胞系。綠圈：6例具有BRCA1或BRCA2 雜合突變的攜帶者。紫圈：2例具有BRCA1或BRCA2隔代遺傳的雜合突變的攜帶者。藍(lán)圈 ： 7例具有BRCA1或BRCA2雜合突變或甲基化BRCA1的攜帶者。綠、紅、藍(lán)和紫圈的合并區(qū)域 是相同的。每個(gè)單獨(dú)的圈的面積與具有相應(yīng)數(shù)目的L0H區(qū)域的樣品數(shù)呈比例。
[0062] 圖18b.手術(shù)后生存期的HRD值的Kaplan-Meier圖譜在中線處拆分。這些數(shù)據(jù)是 用具有拷貝數(shù)數(shù)據(jù)和生存資料的TGCA數(shù)據(jù)集的507例樣品生成的。具有高和低HRD分值的 樣品的中位生存期分別是 1499(95% CI = (1355-1769))和 1163(95% CI = (1081-1354)) 天。
[0063] 圖19顯示了第一研究組中L0H分值與用不同L0H區(qū)域長(zhǎng)度的截止閾值計(jì)算的 HR缺陷之間的相關(guān)性。相應(yīng)的logl0(p-值）如Y-軸所示。研究了 L0H區(qū)域長(zhǎng)度的截止 閾值和HR缺陷與L0H分值相關(guān)的顯著性之間的關(guān)系。該圖顯示L0H長(zhǎng)度截止閾值可以是 ll-21Mb。以15Mb作為截止閾值，約在間隔的中間，可以用在一些優(yōu)選的實(shí)施例中，因?yàn)樗?被認(rèn)為對(duì)存在于該數(shù)據(jù)中的統(tǒng)計(jì)噪音更敏感。
[0064] 圖20顯示了三組BRCA1和BRCA2缺陷樣品中L0H分值的比較，來自所有三個(gè)研究 組群的疊加數(shù)據(jù)。A行：49例BRCA1生殖系突變攜帶者；A :25例BRCA1體細(xì)胞突變攜帶者； C :82例BRCA1甲基化或低表達(dá)攜帶者；D :27例BRCA1生殖系突變攜帶者；E :9例BRCA2體 細(xì)胞突變攜帶者。
[0065] 圖21顯示了 BRCAUBRCA2和RAD51C缺陷樣品的L0H分值的比較關(guān)系。藍(lán)圈對(duì)應(yīng) 于BRCA1缺陷樣品，紅圈對(duì)應(yīng)于BRCA2缺陷樣品，綠圈對(duì)應(yīng)于RAD51C缺陷樣品。紅、藍(lán)和綠 圈下的合并區(qū)域是相同的。每個(gè)單獨(dú)的圈的面積與具有相應(yīng)數(shù)目的L0H區(qū)域的樣品數(shù)量呈 比例。
[0066] 圖22顯示了響應(yīng)和不響應(yīng)包含鉬療法的治療方案的患者的L0H( "HRD"）分值的 比較關(guān)系。每個(gè)單獨(dú)的圈的面積與具有相應(yīng)數(shù)目的L0H區(qū)域的樣品數(shù)量呈比例。
[0067] 圖23顯示了 BRCA1或BRCA2缺陷樣品的L0H( "HRD"）分值的比較關(guān)系。每個(gè)單 獨(dú)的圈的面積與具有相應(yīng)數(shù)目的L0H區(qū)域的樣品數(shù)量呈比例。有顯著污染的一個(gè)離群值的 樣品被著重顯示。
[0068] 圖24顯示了每個(gè)給定L0H( "HRD"）分值的病人組中非響應(yīng)者的比例。
[0069] 發(fā)明詳述
[0070] 本文件提供了用于評(píng)估樣品（如：癌細(xì)胞）中是否存在L0H譜的方法和材料。例 如，本文件提供了測(cè)定一個(gè)細(xì)胞（如：癌細(xì)胞）中是否包含L0H譜（如，HDR缺陷L0H譜） 的方法和材料。
[0071] -般說來，存在于每條染色體（男性的每條常染色體）相同位點(diǎn)的序列的比對(duì)關(guān) 系可揭露是否這個(gè)在細(xì)胞基因組中的特定的位點(diǎn)是純合的或雜合的。在人類基因組內(nèi)的多 態(tài)性基因位點(diǎn)在一個(gè)個(gè)體內(nèi)一般都是雜合的，因?yàn)閭€(gè)體通常接收來自生父的一份拷貝和來 自生母的一份拷貝。在某些情況下，在一個(gè)個(gè)體內(nèi)的一個(gè)多態(tài)性基因位點(diǎn)或一連串多態(tài)性 基因位點(diǎn)是純合的是因?yàn)閺挠H生父母繼承相同的拷貝。
[0072] 雜合性丟失（L0H)可能起因于很多機(jī)制。例如，在某些情況下，一條染色體的一個(gè) 區(qū)域可以在體細(xì)胞中缺失。仍然存在于另一條染色體（男性的其它非性染色體）上的該區(qū) 域是一個(gè)L0H區(qū)域，因?yàn)橹挥性搮^(qū)域的一個(gè)拷貝（而不是兩個(gè)）存在于受影響的細(xì)胞的基 因組內(nèi)。這個(gè)L0H區(qū)域可是是任何長(zhǎng)度（如，從少于約1.5Mb的長(zhǎng)度到等于染色體整體長(zhǎng) 度）。這種類型的L0H事件導(dǎo)致了拷貝數(shù)的減少。在其它情況下，一條染色體（男性的非性 染色體）上的一個(gè)區(qū)域在體細(xì)胞中被來自另一染色體的該區(qū)域的一個(gè)拷貝所替代，因此消 除了可能存在于被替代區(qū)域的任何的雜合性。在這種情況下，仍然存在于每條染色體上的 該區(qū)域是一個(gè)L0H區(qū)域并且可以簡(jiǎn)稱為一個(gè)拷貝中性L0H區(qū)域。拷貝中性L0H區(qū)域可以是 任何長(zhǎng)度（如，從少于約1. 5Mb的長(zhǎng)度到等于染色體整體長(zhǎng)度）。
[0073] 如本文中所述，一個(gè)細(xì)胞樣品（如，癌細(xì)胞樣品）可以被鑒定為含有"陽性L0H標(biāo) 記狀態(tài)"（或者稱為"HDR缺陷型L0H標(biāo)記"），如果該細(xì)胞的基因組被評(píng)估含有5個(gè)或更多 (如，6或更多、7或更多、8或更多、9或更多、10或更多、11或更多、12或更多、13或更多、 14或更多、15或更多、16或更多、17或更多、18或更多、19或更多、或20或更多）L0H區(qū)域， 該 L0H 區(qū)域（a)長(zhǎng)于約 1 百 50 萬堿基（如，長(zhǎng)于 2、2.5、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、 15、 16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、75 或 100 百萬堿基（Mb)，優(yōu)選地長(zhǎng)于 14 或 15 或 16, 更優(yōu)選地長(zhǎng)于約15百萬堿基），并且（b)少于包含該L0H區(qū)域的整條染色體的長(zhǎng)度。在 某些情況下，一個(gè)癌細(xì)胞樣品可以被認(rèn)為含有陽性L0H標(biāo)記狀態(tài)，如果該細(xì)胞的基因組被 評(píng)估含有9個(gè)或更多L0H區(qū)域，該L0H區(qū)域（a)長(zhǎng)于約15Mb并且（b)少于包含該L0H區(qū)域 的整條染色體的長(zhǎng)度。除非另有說明，術(shù)語"指示L0H區(qū)域"指的是在除人類X/Y性染色體 對(duì)以外的一對(duì)染色體上的并且具有雜合性丟失特征的長(zhǎng)度約1百50萬或更多堿基但是短 于含有該指示L0H區(qū)域的整條染色體的長(zhǎng)度的L0H區(qū)域。包含L0H區(qū)域的整條染色體的長(zhǎng) 度可以通過檢查生殖細(xì)胞或非腫瘤體細(xì)胞中對(duì)應(yīng)的染色體對(duì)的較短的染色體長(zhǎng)度測(cè)定的。 在一些實(shí)施例中，一個(gè)指示L0H區(qū)域是任何約2、2. 5、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、 16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、75或100個(gè)百萬堿基〇\&)或更多（優(yōu)選長(zhǎng)于14或 15百萬堿基，即大于1千4百萬或1千5百萬堿基）但小于包含該L0H區(qū)域的整條染色體 長(zhǎng)度的L0H區(qū)域。
[0074] 被認(rèn)定為具有陽性L0H標(biāo)記（在這里也被稱為"HDR缺陷L0H標(biāo)記"）的細(xì)胞（如， 癌細(xì)胞）可被歸類于具有HDR缺陷可能性的增加和/或具有HDR途徑一個(gè)或多個(gè)基因缺陷 狀態(tài)可能性的增加。例如，被認(rèn)定為具有陽性L0H標(biāo)記的癌細(xì)胞可被歸類于具有HDR缺陷 狀態(tài)可能性的增加。在某些情況下，被認(rèn)定為具有陽性L0H標(biāo)記的癌細(xì)胞可被歸類于具有 HDR途徑一個(gè)或多個(gè)基因缺陷狀態(tài)可能性的增加。在本文中用到的，基因的缺陷狀態(tài)意思是 基因的序列、結(jié)構(gòu)、表達(dá)和/或活性或它的產(chǎn)物與正常相比是有缺陷的。例如其中包括但不 限于，低或無 mRNA或蛋白質(zhì)表達(dá)、有害突變、超甲基化、弱活性（如，酶活性、結(jié)合其它生物 分子的活性）等。在本文中用到的，途徑（如，HDR途徑）的缺陷狀態(tài)意思是這個(gè)途徑中的 至少一個(gè)基因（如，BRCA1)是有缺陷的。特別有害的突變的例子包括移碼突變、終止子突 變、以及導(dǎo)致RNA剪接改變的突變。HDR途徑的基因的缺陷狀態(tài)可以導(dǎo)致癌細(xì)胞中同源定向 修復(fù)的缺陷或減活。HDR途徑基因的例子包括但不限于，表1所列基因。
[0075] 表1.部分HDR途徑基因
[0076]
【權(quán)利要求】
1. 一種評(píng)估癌細(xì)胞或其基因組DNA中LOH的方法，其中所述方法包括： (a) 在癌細(xì)胞或來源于其的基因組DNA中檢測(cè)所述癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的 L0H區(qū)域，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)；并且 (b) 檢測(cè)所述至少一對(duì)人類染色體上的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含所述L0H區(qū)域的整 條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)，其中所述第一長(zhǎng)度約1. 5百萬或更多百萬堿基。
2. -種預(yù)測(cè)癌細(xì)胞中BRCA1和BRCA2基因狀態(tài)的方法，包括： 在癌細(xì)胞中檢測(cè)所述癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含 L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y 性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約1百50萬或更多堿基；并且 將大于參考數(shù)的所述總數(shù)與BRCA1或BRCA2基因缺陷的可能性的增加相關(guān)聯(lián)。
3. -種預(yù)測(cè)癌細(xì)胞中HRD狀態(tài)的方法，包括： 在癌細(xì)胞中檢測(cè)所述癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含 L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y 性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約1千5百萬或更多堿基；并且 將大于參考數(shù)的所述總數(shù)與HRD缺陷的可能性的增加相關(guān)聯(lián)。
4. 一種預(yù)測(cè)癌癥患者響應(yīng)包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑、放射治療，和 /或PARP抑制劑的癌癥治療方案的方法，所述方法包括： 在來自所述癌癥患者的癌細(xì)胞中檢測(cè)所述癌癥患者的癌細(xì)胞中至少一對(duì)人類染色體 上的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的數(shù)目，其中所述 至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約1. 5或更多百萬堿基； 并且 將大于參考數(shù)的所述總數(shù)與所述癌癥患者將會(huì)響應(yīng)所述癌癥治療方案可能性的增加 相關(guān)聯(lián)。
5. -種預(yù)測(cè)癌癥患者響應(yīng)治療方案的方法，包括： 在來自所述癌癥患者的癌細(xì)胞中檢測(cè)所述癌癥患者癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上 的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)，其中所述至 少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約1. 5或更多百萬堿基；并 且 將大于參考數(shù)的所述總數(shù)與所述癌癥患者將不會(huì)響應(yīng)包括紫杉醇或多烯紫杉醇的治 療方案可能性的增加相關(guān)聯(lián)。
6. -種治療癌癥的方法，包括： (a) 在來自癌癥患者的癌細(xì)胞或從其獲得的基因組DNA中檢測(cè)癌細(xì)胞中至少一對(duì)人 類染色體上的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含L0H區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的L0H區(qū)域的總數(shù)， 其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約1. 5或更多 百萬堿基；并且 (b) 如果所述L0H區(qū)域的總數(shù)大于參考數(shù)，給予所述癌癥患者包含一種或多種選自由 DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PARP抑制劑組成的藥物的癌癥治療方案。
7. 用一種或多種選自包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PARP抑制劑的 組合的藥物制備對(duì)治療已被鑒定為確定具有總數(shù)為5或更多的指示L0H區(qū)域的癌細(xì)胞的患 者的癌癥有用的藥劑。
8. -種測(cè)定癌癥患者癌細(xì)胞的LOH狀態(tài)的系統(tǒng)，包括： (a) 配置用來產(chǎn)生多個(gè)關(guān)于所述癌細(xì)胞至少一對(duì)人類染色體的基因組DNA的信號(hào)的樣 品分析儀，以及 (b) 基于所述多個(gè)信號(hào)，用來計(jì)算所述至少一對(duì)人類染色體上的指示LOH區(qū)域數(shù)目的 程序化的計(jì)算機(jī)子系統(tǒng)。
9. 根據(jù)權(quán)利要求8的系統(tǒng)，其中所述計(jì)算機(jī)子系統(tǒng)被編程將所述指示LOH區(qū)域的數(shù)目 與參考值做比較來確定 (a) 所述癌細(xì)胞中BRCA1和/或BRCA2基因缺陷的可能性， (b) 所述癌細(xì)胞中HRD缺陷的可能性，或 (c) 所述癌癥患者將會(huì)響應(yīng)包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑、放射治療、 或PARP抑制劑的治療方案的可能性。
10. -種體現(xiàn)在計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)中的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，當(dāng)在計(jì)算機(jī)上執(zhí)行時(shí)，執(zhí)行步驟 包括： 沿著除了人類X和Y性染色體的一條或多條染色體檢測(cè)任何LOH區(qū)域的存在或缺乏， 并且所述LOH區(qū)域具有約1. 5或更多百萬堿基但是短于包含LOH區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的 長(zhǎng)度；并且 檢測(cè)所述一對(duì)或多對(duì)染色體對(duì)中所述LOH區(qū)域的總數(shù)。
11. 一種診斷試劑盒包括： 能夠與人類基因組DNA的多個(gè)多態(tài)性區(qū)域雜交的至少500個(gè)寡核苷酸；以及 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。
12. 利用能夠與人類基因組DNA的多個(gè)多態(tài)性區(qū)域雜交的多個(gè)寡核苷酸制備對(duì)檢測(cè)來 自癌癥患者的人類癌細(xì)胞的至少一對(duì)染色體中對(duì)指示LOH區(qū)域總數(shù)有用的診斷試劑盒，并 用于檢測(cè)： (a) 所述癌細(xì)胞中BRCA1或BRCA2基因缺陷可能性的增加， (b) 所述癌細(xì)胞中HRD缺陷可能性的增加，或 (c) 所述癌癥患者將會(huì)響應(yīng)包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑、放射治療、 或PARP抑制劑的治療方案可能性的增加。
13. 權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述LOH區(qū)域在至少2、5、10或21對(duì)人類染色 體中被測(cè)定。
14. 權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述癌細(xì)胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。
15. 權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述LOH區(qū)域的總數(shù)是9、15、20或更多。
16. 權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述第一長(zhǎng)度約6、12、或15或更多百萬堿基。
17. 權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述參考值是6、7、8、9、10、11、12、或13或更 大。
18. 權(quán)利要求7或12的應(yīng)用，其中所述指示LOH區(qū)域在至少2、5、10或21對(duì)人類染色 體中被測(cè)定。
19. 權(quán)利要求7或12的應(yīng)用，其中所述癌細(xì)胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。
20. 權(quán)利要求7或12的應(yīng)用，其中所述指示LOH區(qū)域的總數(shù)是9、15、20或更多。
21. 權(quán)利要求7或12的應(yīng)用，其中所述指示LOH區(qū)域具有約6、12、或15或更多百萬堿 基的長(zhǎng)度。
22. 權(quán)利要求8或9的系統(tǒng)，其中所述指示L0H區(qū)域在至少2、5、10或21對(duì)人類染色體 中被測(cè)定。
23. 權(quán)利要求8或9的系統(tǒng)，其中所述癌細(xì)胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。
24. 權(quán)利要求8或9的系統(tǒng)，其中所述指示L0H區(qū)域的總數(shù)是9、15、20或更多。
25. 權(quán)利要求8或9的系統(tǒng)，其中所述指示L0H區(qū)域具有約6、12、或15或更多百萬堿 基的長(zhǎng)度。
26. 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其中所述指示L0H區(qū)域在至少2、5、10或21對(duì)人 類染色體中被測(cè)定。
27. 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其中所述癌細(xì)胞是卵巢癌、乳腺癌或食管癌細(xì)胞。
28. 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其中所述指示L0H區(qū)域的總數(shù)是9、15、20或更多。
29. 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其中所述指示L0H區(qū)域具有約6、12、或15或更多 百萬堿基的長(zhǎng)度。
30. 權(quán)利要求1-6中任一項(xiàng)的方法，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是17號(hào)人類染色 體。
31. 權(quán)利要求7或12的應(yīng)用，其中所述指示L0H區(qū)域不在17號(hào)人類染色體上。
32. 權(quán)利要求8或9的系統(tǒng)，其中所述指示L0H區(qū)域不在17號(hào)人類染色體上。
33. 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其中所述指示L0H區(qū)域不在17號(hào)人類染色體上。
34. 權(quán)利要求4或6的方法，其中所述DNA損傷劑是順鉬、卡鉬、奧沙利鉬或吡鉬；所述 蒽環(huán)類是表阿霉素或阿霉素；所述拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康；或 所述 PARP 抑制劑是 iniparib、olaparib 或 velapirib。
35. 權(quán)利要求12的應(yīng)用，其中所述DNA損傷劑是鉬-基化療藥物，所述蒽環(huán)類是表阿霉 素或阿霉素，所述拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑是iniparib、olaparib或velapirib。
36. 權(quán)利要求9的系統(tǒng)，其中所述DNA損傷劑是鉬-基化療藥物，所述蒽環(huán)類是表阿霉 素或阿霉素，所述拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康，或所述PARP抑制劑 是 iniparib> olaparib 或 velapirib。
37. 權(quán)利要求10的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，其中所述DNA損傷劑是鉬-基化療藥物，所述蒽環(huán) 類是表阿霉素或阿霉素，所述拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康，或所述 PARP 抑制劑是 iniparib、olaparib 或 velapirib。
38. -種方法包括： (a) 在癌細(xì)胞或來源于其的基因組DNA中檢測(cè)癌細(xì)胞的代表數(shù)量染色體對(duì)上的L0H區(qū) 域；并且 (b) 檢測(cè)所述L0H區(qū)域的數(shù)目和大小。
39. 權(quán)利要求38的方法，所述代表數(shù)量的人類染色體代表整個(gè)基因組。
40. 權(quán)利要求38的方法，進(jìn)一步包含將特定大小的L0H區(qū)域的數(shù)量增加與HRD缺陷的 可能性的增加相關(guān)聯(lián)。
41. 權(quán)利要求40的方法，其中所述特定大小是長(zhǎng)于約1. 5百萬、2百萬、2. 5百萬、3 百萬、4百萬、5百萬、6百萬、7百萬、8百萬、9百萬、10百萬、11百萬、12百萬、13百萬、14 百萬、15百萬、16百萬、17百萬、18百萬、19百萬、20百萬、25百萬、30百萬、35百萬、40 百萬、45百萬、50百萬、75百萬或100百萬堿基并且少于包含LOH區(qū)域的整條染色體的長(zhǎng) 度。
42. 權(quán)利要求40或41的方法，其中所述特定大小的6、7、8、9、10、11、12或13或更多數(shù) 目的LOH區(qū)域與HRD缺陷可能性的增加相互關(guān)聯(lián)。
43. -種確定患者預(yù)后的方法包括： (a) 檢測(cè)患者是否包括具有LOH標(biāo)記的癌細(xì)胞，其中癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人 類染色體上的多于參考數(shù)的長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度并且短于包含LOH區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的LOH 區(qū)域的存在表明癌細(xì)胞具有LOH標(biāo)記，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色 體對(duì)，其中第一長(zhǎng)度約1.5或更多的百萬堿基，并且 (b) (1)至少部分基于LOH標(biāo)記的存在，鑒別具有相對(duì)好的預(yù)后的患者，或者 (b) (2)至少部分基于LOH標(biāo)記的不存在，鑒別具有相對(duì)不良預(yù)后的患者。
44. 一種包含選自由DNA損傷劑、蒽環(huán)類、拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑和PRAP抑制劑組成的組 合的藥物的組合物用于治療選自由乳腺癌、卵巢癌、肝癌、食管癌、肺癌、頭頸癌、前列腺癌、 結(jié)腸癌、直腸癌、結(jié)直腸癌和胰腺癌的組合的癌癥患者，所述患者的癌細(xì)胞具有多于參考數(shù) 的在至少一對(duì)人類染色體上的LOH區(qū)域，所述LOH區(qū)域長(zhǎng)于第一長(zhǎng)度但是短于包含所述LOH 區(qū)域的整體染色體長(zhǎng)度，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中所 述第一長(zhǎng)度約1百50萬或更多百萬堿基。
45. 權(quán)利要求44的組合物，其中所述LOH區(qū)域在至少2、5、10或21對(duì)人類染色體中被 測(cè)定。
46. 權(quán)利要求44的組合物，其中所述LOH區(qū)域的總數(shù)是9、15、20或更多。
47. 權(quán)利要求44的組合物，其中所述第一長(zhǎng)度約6、12或15或更多百萬堿基。
48. 權(quán)利要求44的組合物，其中所述參考值是6、7、8、9、10、11、12或13或更大。
49. 一種治療患者癌癥的方法，包括： 在來自所述患者的樣品中檢測(cè)癌癥患者的癌細(xì)胞的至少一對(duì)人類染色體上的長(zhǎng)于第 一長(zhǎng)度并且短于包含LOH區(qū)域的整條染色體長(zhǎng)度的LOH區(qū)域的數(shù)量表明癌細(xì)胞具有LOH標(biāo) 記，其中所述至少一對(duì)人類染色體不是人類X/Y性染色體對(duì)，其中所述第一長(zhǎng)度約1. 5或更 多的百萬堿基； 提供來自所述LOH區(qū)域的數(shù)目的測(cè)試值； 將檢測(cè)值與來源于參考人群的所述LOH區(qū)域數(shù)量的一種或多種參考值（如，平均值、 中間值、百分位點(diǎn)、四分位數(shù)、五分位數(shù)、等）做比較；并且 給予所述患者一種抗癌藥物，或推薦或規(guī)定或啟動(dòng)包含化療和/或合成致死劑的治療 方案，至少部分基于所述比較步驟，揭示了測(cè)試值是大于（如，至少2-、3-、4-、5-、6-、7_、 8-、9_或10-倍大于；至少1、2、3、4、5、6、7、8、9或10標(biāo)準(zhǔn)差大于）至少一個(gè)所述的參考值； 或 推薦或規(guī)定或啟動(dòng)不包含化療和/或合成致死劑的治療方案，至少部分基于所述比較 步驟揭示了測(cè)試值不大于（如，不大于2-、3-、4-、5-、6-、7-、8-、9-或10-倍，不大于1、2、3、 4、5、6、7、8、9或10標(biāo)準(zhǔn)差）至少一個(gè)所述的參考值。
50. 權(quán)利要求49的方法，其中所述LOH區(qū)域在至少2、5、10或21對(duì)人類染色體中被測(cè) 定。
51. 權(quán)利要求49的方法，其中所述的LOH區(qū)域的總數(shù)是9、15、20或更多。
52. 權(quán)利要求49的方法，其中所述第一長(zhǎng)度約6百萬、1千2百萬或1千5百萬或更多 喊基。
53. 權(quán)利要求49的方法，其中所述參考值是6、7、8、9、10、11、12或13或更大。
54. 權(quán)利要求49的方法，其中所述化療選自包含DNA損傷劑、蒽環(huán)類。拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑 制劑和/或所述綜合致死劑是PARP抑制劑藥物的組合。
55. 權(quán)利要求49的方法，其中所述DNA損傷劑是順鉬、卡鉬、奧沙利鉬或吡鉬；所述蒽 環(huán)類是表阿霉素或阿霉素；所述拓?fù)洚悩?gòu)酶I抑制劑是喜樹堿、托普替康或伊立替康；或所 述 PARP 抑制劑是 iniparib、olaparib 或 velapirib。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK104160037SQ201280070358
【公開日】2014年11月19日 申請(qǐng)日期:2012年12月21日 優(yōu)先權(quán)日:2011年12月21日
【發(fā)明者】V·阿布科維奇, A·古廷, K·蒂姆斯, J·蘭奇布瑞 申請(qǐng)人:美瑞德生物工程公司, V·阿布科維奇, A·古廷, K·蒂姆斯, J·蘭奇布瑞