短頜鱭微衛(wèi)星位點(diǎn)及引物的制作方法
【專利摘要】一種短頜鱭微衛(wèi)星位點(diǎn)及多態(tài)性引物，其特征在于：微衛(wèi)星位點(diǎn)的核苷酸序列為SEQIDNO：1-6，微衛(wèi)星引物的序列為SEQIDNO：11-22。本發(fā)明從短頜鱭基因組DNA中篩選出6個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)，并根據(jù)這些位點(diǎn)在微衛(wèi)星位點(diǎn)兩端的側(cè)翼序列設(shè)計(jì)特異性引物，所獲得引物的擴(kuò)增結(jié)果具有高度的多態(tài)性和穩(wěn)定性，可用于短頜鱭不同地理種群的遺傳多樣性檢測(cè)，個(gè)體鑒定以及分子輔助育種等領(lǐng)域，使一種可靠有效的分子標(biāo)記。
【專利說(shuō)明】短頜鱭微衛(wèi)星位點(diǎn)及引物【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及分子生物學(xué)DNA標(biāo)記【技術(shù)領(lǐng)域】，特別涉及短頜鱭微衛(wèi)星位點(diǎn)及引物。【背景技術(shù)】
[0002]魴屬(Coilia)隸屬于鯡形目(Cluperiformes)、觸科(Engraulidae),是分布于印度洋一太平洋地區(qū)、具有極高經(jīng)濟(jì)價(jià)值的中小型魚(yú)類。世界上的鱭屬魚(yú)類有13種；其中，中國(guó)有4種:七絲魴(C.grayi)、鳳魴(C.mystus)、刀魴(C.ectens)和短頜魴(C.brachynathus)。它們主要分布于中國(guó)沿海及長(zhǎng)江中下游地區(qū)。
[0003]短頜魴屬華中區(qū)特有種,是德國(guó)人Kreyenberg和Pappenheim (1908)依據(jù)洞庭湖的標(biāo)本確立的一個(gè)物種。長(zhǎng)期以來(lái)，由于其上頜骨較短和長(zhǎng)江中下游及其附屬大型湖泊等淡水性分布的特征，一直被視為一個(gè)有別于刀鱭的有效物種(Whitehead et al.，1988)。但隨著刀鱭淡水定居性種群在巢湖、太湖等通江湖泊的發(fā)現(xiàn)，短頜鱭與刀鱭在生態(tài)學(xué)上的差異變得模糊，兩者的鑒別主要依據(jù)上頜骨長(zhǎng)度等界限不甚清晰的形態(tài)特征，從而引發(fā)對(duì)短頜鱭物種有效性問(wèn)題的討論(張世義，2001 ;倪勇等，2006)。鱭屬Coilia魚(yú)類外形十分相似，該屬刀鱭和短頜鱭的分類問(wèn)題一直存在較大爭(zhēng)議。而澄清爭(zhēng)議物種的有效性及它們的種間關(guān)系是資源開(kāi)發(fā)和繁殖保護(hù)的科學(xué)基礎(chǔ)。因此，迫切需要開(kāi)發(fā)新的鱭屬魚(yú)類的有效分子標(biāo)記研究，尋找區(qū)分各種的特異分子標(biāo)記，這將對(duì)鱭屬魚(yú)類種群遺傳結(jié)構(gòu)、遺傳多樣性分析以及確定其分類地位具有重要意義。
[0004]微衛(wèi)星(Microsatellite)又稱為簡(jiǎn)單序列重復(fù)(SimpleSequence Repeat,SSR),短串聯(lián)重復(fù)(Short Tandem Repeat, STR)或簡(jiǎn)單序列長(zhǎng)度多態(tài)性(Simple SequenceLength Polymorphism, SSSLP),是近些年迅速發(fā)展起來(lái)的一種分子標(biāo)記,是1_6個(gè)堿基串聯(lián)重復(fù)序列，在至今研究的所有生物基因組中均有分布。其原理是利用SSR為引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物在聚丙烯酰胺凝膠上分離，然后進(jìn)行多態(tài)性分析。在眾多分子遺傳標(biāo)記中，微衛(wèi)星標(biāo)記具有多態(tài)性好、穩(wěn)定性高、特異性高、共顯性遺傳、操作簡(jiǎn)便等特點(diǎn)，成為物種的基因型鑒定與品種保護(hù)、種質(zhì)純度評(píng)價(jià)和種質(zhì)保存、多樣性研究、基因和QTL分析、譜系分析和分子標(biāo)記輔助選擇育種 、資源鑒定、連續(xù)圖譜繪制和克隆并篩選大片段文庫(kù)等領(lǐng)域的有用工具，是應(yīng)用較為廣泛的遺傳標(biāo)記。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0005]本發(fā)明的目的就是提供短頜鱭微衛(wèi)星位點(diǎn)及多態(tài)性引物，即提供6個(gè)短頜鱭微衛(wèi)星位點(diǎn)，以及相應(yīng)的多態(tài)性微衛(wèi)星引物，為短頜鱭物種有效性的鑒定、種群遺傳多樣性分析提供分子標(biāo)記。
[0006]本發(fā)明通過(guò)磁珠雜交法從短頜鱭基因組DNA中篩選出6個(gè)微衛(wèi)星序列分別是SEQID NO:1-6。
[0007]微衛(wèi)星序列還包括在嚴(yán)格條件下與上述的核苷酸序列雜交的，包含相同微衛(wèi)星重復(fù)單位的核苷酸序列分子。[0008]本發(fā)明的短頜鱭微衛(wèi)星引物是從序列SEQ ID NO:1_6的微衛(wèi)星重復(fù)的側(cè)翼序列上設(shè)計(jì)的正向、反向引物。
[0009]微衛(wèi)星引物序列分別為SEQ ID N0:7-18。
[0010]微衛(wèi)星位點(diǎn)，位點(diǎn)序列和對(duì)應(yīng)的引物信息如表1:
表1:6個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)及對(duì)應(yīng)引物信息
【權(quán)利要求】
1.一種短頜魴微衛(wèi)星核苷酸,其特征在于:所述的微衛(wèi)星核苷酸的序列為SEQ ID NO:1o
2.在權(quán)利要求1所述的微衛(wèi)星核苷酸的側(cè)翼序列上設(shè)計(jì)的短頜鱭微衛(wèi)星引物，其特征在于:所述的微衛(wèi)星引物序列為SEQ ID NO:11-22.
3.權(quán)利要求2所述的短頜鱭微衛(wèi)星引物用于短頜鱭種群遺傳多樣性檢測(cè)。
4.如權(quán)利要求3所述的短頜鱭種群遺傳多樣性檢測(cè)，包括如下步驟: 步驟(1):基因組DNA的提取:采用酚抽提法提取短頜鱭基因組DNA ； 步驟(2):微衛(wèi)星PCR擴(kuò)增:用微衛(wèi)星引物擴(kuò)增基因組DNA，獲得短頜鱭個(gè)體微衛(wèi)星擴(kuò)增產(chǎn)物； 步驟(3):擴(kuò)增產(chǎn)物電泳:采用10%非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳，Goldview染色分型；步驟(4):遺傳多樣性分析:根據(jù)每個(gè)微衛(wèi)星擴(kuò)增產(chǎn)物的分子量大小確定基因型，利用GENPOP Version 3.4計(jì)算遺傳多樣性參數(shù)。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK103789303SQ201310746134
【公開(kāi)日】2014年5月14日 申請(qǐng)日期:2013年12月31日 優(yōu)先權(quán)日:2013年12月31日
【發(fā)明者】張燕萍, 陳文靜, 方春林, 王海華, 周輝明, 賀剛, 傅培峰, 吳斌, 王生 申請(qǐng)人:江西省水產(chǎn)科學(xué)研究所