用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒及基因芯片的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒以及相應(yīng)的基因芯片。所述的試劑盒包括：檢測(cè)人基因組的7個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物，所述7個(gè)SNP位點(diǎn)是rs1412829、rs1572072、rs28421666、rs2860580、rs2894207、rs6774494、rs9510787；還包括檢測(cè)人基因組的4個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物，所述4個(gè)SNP位點(diǎn)是rs2853668、rs31489、rs402710和rs4635969；還包括檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A的巢氏PCR擴(kuò)增引物。所述的基因芯片包括：檢測(cè)人基因組的11個(gè)SNP位點(diǎn)的上下游引物和探針，所述11個(gè)SNP位點(diǎn)是rs1412829、rs1572072、rs28421666、rs2860580、rs2894207、rs6774494、rs9510787、rs2853668、rs31489、rs402710、rs4635969；以及檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A的上下游引物和探針。
【專利說(shuō)明】用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒及基因芯片
【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001]本發(fā)明涉及一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒以及相應(yīng)的基因芯片，用于預(yù)測(cè)鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)、進(jìn)行鼻咽癌高危人群篩查以提高鼻咽癌早診率。
【背景技術(shù)】
[0002]鼻咽癌是鼻咽上皮來(lái)源的惡性腫瘤，多發(fā)于鼻咽頂部和咽隱窩，是一種多因素影響的復(fù)雜性疾病，其發(fā)生及發(fā)展與遺傳因素、EBV病毒感染及環(huán)境因素密切相關(guān)。中國(guó)是世界鼻咽癌高發(fā)區(qū)，據(jù)世界衛(wèi)生組織統(tǒng)計(jì)，2008年，中國(guó)新發(fā)病例占全球39.2%(33101人)，因鼻咽癌死亡病例占全球40.5% (20899人)；并且，鼻咽癌好發(fā)于壯年，嚴(yán)重影響人民健康和經(jīng)濟(jì)發(fā)展。
[0003]近幾年，巴德年院士提出的現(xiàn)代“3P”醫(yī)學(xué)理念正不斷得到推廣?！?P”醫(yī)學(xué)模式，即預(yù)測(cè)(Prediction)、預(yù)防(Prevention)和個(gè)體化診療(Personalization),強(qiáng)調(diào)利用個(gè)體基因組等信息，進(jìn)行疾病的預(yù)測(cè)和防治，對(duì)于疾病的態(tài)度由“重治”轉(zhuǎn)變?yōu)椤爸胤馈?。同樣，鼻咽癌的防治關(guān)鍵將是進(jìn)行患病高危人群的篩查，提高早診率。臨床研究發(fā)現(xiàn)，鼻咽癌早期治療效果遠(yuǎn)高于晚期。臨床分期是影響治療效果的重要因素，早期無(wú)局部淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移鼻咽癌的5年生存率(75.7%)遠(yuǎn)高于淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移鼻咽癌(58.2%)和晚期遠(yuǎn)處轉(zhuǎn)移鼻咽癌(34.9%)。然而，目前仍然缺乏有效的用于高危人群篩查、早期診斷的方法策略，加上鼻咽癌的早期癥狀無(wú)特異性和原發(fā)部位較隱蔽，不易被發(fā)現(xiàn)，80%鼻咽癌患者就診時(shí)已處于中晚期，治療效果不理想，導(dǎo)致臨床上鼻咽癌的5年生存率一直徘徊于60%左右。進(jìn)行鼻咽癌高發(fā)區(qū)人群篩選，能夠篩選患病高危人群，提高鼻咽癌早診率，是提高治療效果的關(guān)鍵。因而，開(kāi)發(fā)鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)、用于鼻咽癌高危人群篩查的新型手段具有重要的意義。
[0004]目前臨床上提高鼻咽癌早期診斷率主要是通過(guò)提高個(gè)人健康意識(shí)，結(jié)合鼻咽腔檢查，并利用EB病毒抗體檢測(cè)技術(shù)以評(píng)估EB病毒感染情況(詳見(jiàn)專利:CN92114135 “一種檢測(cè)EB病毒抗體的顯色試劑及其制造方法”;CN200710027841 “檢測(cè)多種抗EB病毒抗原抗體的液相芯片試劑盒及其制備方法”;CN201010255146 “EB病毒IgA抗體檢測(cè)試劑盒(膠體金法)及制備方法”;CN200710029366.1 “檢測(cè)EB病毒gp78抗體的CBA試劑盒及其制備方法”等)。但是這種策略 難以應(yīng)用于大規(guī)模人群的高危人群篩查以及鼻咽癌的早期預(yù)防預(yù)警，也未能夠有效地提高早診率。因此，對(duì)于鼻咽癌高危人群，根據(jù)個(gè)體攜帶鼻咽癌易感基因情況進(jìn)行鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)以提高鼻咽癌早診率顯得非常重要。
[0005]遺傳因素在不少腫瘤的發(fā)生中起到不容忽視的重要作用。在其它相關(guān)的惡性腫瘤研究當(dāng)中，研究者能夠利用個(gè)體攜帶易感基因的情況，對(duì)其發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè)。例如，分別攜帶BRCAl和BRCA2基因突變的女性，罹患乳腺癌的相對(duì)風(fēng)險(xiǎn)分別是正常群體的5 —45倍和9 一 21倍；并且，Antoniou等人通過(guò)7個(gè)風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)位點(diǎn)聯(lián)合分析發(fā)現(xiàn),在BRCA2突變攜帶者中，5%高危組到80歲時(shí)發(fā)生乳腺癌的可能性為80~96%，而低危組僅為42~50%，指出這些患病風(fēng)險(xiǎn)差異可以用于指導(dǎo)臨床方案。然而，目前缺乏有效的鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)產(chǎn)品。雖然已有個(gè)別申請(qǐng)專利根據(jù)鼻咽癌相關(guān)基因來(lái)判定個(gè)體對(duì)鼻咽癌是否易感的方法，如PLUNC的C-2128T位點(diǎn)、C-1888T位點(diǎn)或由此兩位點(diǎn)組成的單倍型(詳見(jiàn)專利:CN200510008650.1 “一種檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的易感基因PLUNC基因型的方法及PLUNC易感基因”)，CYP2E1基因上Rsall多態(tài)性，TNF-β基因上G252A位點(diǎn)多態(tài)性，GSTMl基因缺失與否(Present/Null)，GSTTl 基因缺失與否(Present/Null)(詳見(jiàn)專利:CN201210053659 “鼻咽癌易感基因無(wú)創(chuàng)檢測(cè)試劑盒”)等。然而，該方法僅針對(duì)極少數(shù)的指標(biāo)檢測(cè)，準(zhǔn)確率較低；并且，該方法可靠性有待于大規(guī)模人群樣本進(jìn)行驗(yàn)證。另外，EB病毒已被國(guó)際癌癥研究聯(lián)盟(IARC)確定為I類致癌物，而鼻咽癌與EB病毒有密切的關(guān)聯(lián)。因此，綜合考慮基因易感因素和EB病毒因素對(duì)鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)測(cè)十分必要。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0006]本發(fā)明的目的在于提供了一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒以及相應(yīng)的基因芯片，可同時(shí)檢測(cè)多個(gè)鼻咽癌易感基因的SNP位點(diǎn)，可以為個(gè)體罹患鼻咽癌風(fēng)險(xiǎn)程度、鼻咽癌高發(fā)區(qū)人群普查，篩查鼻咽癌發(fā)病高危人群以及進(jìn)行相應(yīng)預(yù)防措施提供參考。
[0007]本發(fā)明所述的一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒包括:檢測(cè)人基因組的7個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物，所述7個(gè)SNP位點(diǎn)是rsl412829、rsl572072、rs28421666、rs2860580、rs2894207、rs6774494、rs9510787。
[0008]根據(jù)本發(fā)明所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒的進(jìn)一步特征，所述檢測(cè)rsl412829的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:1和SEQ ID NO: 2，以及單堿基延伸弓丨物的序列為SEQ ID N0:3 ;所述檢測(cè)rsl572072的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 4和SEQ ID NO:5，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:6 ;所述檢測(cè)rs28421666的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:7和SEQ ID NO:8，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ IDN0:9 ;所述檢測(cè)rs2860580的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 10和SEQ ID NO: 11，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO: 12 ;所述檢測(cè)rs2894207的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:13和SEQ ID NO: 14，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID N0:15;所述檢測(cè)rs6774494的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ IDN0:16和SEQ ID NO: 17，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO: 18 ;所述檢測(cè)rs9510787的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQID NO: 19和SEQ ID NO:20，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:21。
[0009]根據(jù)本發(fā)明所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒的進(jìn)一步特征，所述的試劑盒還包括檢測(cè)人基因組的4個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物，所述4個(gè)SNP位點(diǎn)是 rs2853668、rs31489、rs402710 和 rs4635969。
[0010]根據(jù)本發(fā)明所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒的進(jìn)一步特征，所述檢測(cè)rs2853668的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:22和SEQ ID N0:23，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO: 24 ;所述檢測(cè)rs31489的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ IDNO:25和SEQ ID N O:26,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:27 ;所述檢測(cè)rs402710的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:28和SEQ ID NO:29，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID N0:30 ;所述檢測(cè)rs4635969的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:31和SEQID NO:32，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID N0:33。
[0011]根據(jù)本發(fā)明所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒的進(jìn)一步特征，所述的試劑盒還包括檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A(GenBank登錄號(hào):NC_007605)的巢氏PCR擴(kuò)增引物。
[0012]根據(jù)本發(fā)明所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒的進(jìn)一步特征，所述檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A的巢氏PCR擴(kuò)增引物的初級(jí)PCR引物的序列為SEQ ID N0:34和SEQ ID NO:35，以及次級(jí)PCR引物的序列為SEQ IDNO:36 和 SEQ ID NO:37。
[0013]本發(fā)明所述的試劑盒以是以本發(fā)明人的基于國(guó)際范圍內(nèi)最大規(guī)模樣本量的鼻咽癌人群和正常人對(duì)照人群及全基因組水平鼻咽癌易感基因篩查結(jié)果的前期研究為基礎(chǔ)，結(jié)合其它的鼻咽癌相關(guān)易感基因，選擇11個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)及EBV分型信息進(jìn)行制備的，針對(duì)每個(gè)位點(diǎn)的引物序列都是經(jīng)過(guò)特異性篩選的。采取受檢者外周血、唾液或漱口水來(lái)源的基因組DNA，在本發(fā)明所述的試劑盒上進(jìn)行基因分型檢測(cè)，再利用多重PCR擴(kuò)增、質(zhì)譜檢測(cè)(Sequenom)及桑格(Sanger)測(cè)序方法，檢測(cè)單核苷酸位點(diǎn)，綜合分析環(huán)境因素(腌制食品食用史、既往吸煙史、新鮮水果蔬菜食用量)、腫瘤家族史及鼻咽癌易感基因位點(diǎn)單核苷酸多態(tài)性(SNP)信息，利用遺傳風(fēng)險(xiǎn)計(jì)分模型，推測(cè)受檢者罹患鼻咽癌的風(fēng)險(xiǎn)程度，克服了現(xiàn)有的僅僅通過(guò)檢測(cè)EB病毒感染情況、或者依靠極少數(shù)且尚待大規(guī)模驗(yàn)證的易感基因指標(biāo)的等結(jié)果來(lái)進(jìn)行鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)判斷的不足。本發(fā)明所述的試劑盒能夠在受檢者任何一個(gè)年齡階段進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)合受檢者環(huán)境暴露因素，提示受檢者不同時(shí)期罹患鼻咽癌的風(fēng)險(xiǎn)程度，能夠進(jìn)行大規(guī)模人群普查、篩選鼻咽癌發(fā)病高危人群，實(shí)現(xiàn)鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)、預(yù)警，提高早診率。
[0014]本發(fā)明所述的一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的基因芯片包括:檢測(cè)人基因組的11個(gè)SNP位點(diǎn)的上下游引物和探針，所述11個(gè)SNP位點(diǎn)是rsl412829、rsl572072、rs28421666、rs2860580, rs2894207、rs6774494、rs9510787、rs2853668、rs31489、rs402710、rs4635969 ;以及檢測(cè)檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A的上下 游引物和探針。
[0015]根據(jù)本發(fā)明所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的基因芯片的進(jìn)一步特征，所述檢測(cè)rsl412829的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:38和SEQ ID N0:39，以及探針的序列為SEQ ID N0:40和SEQ ID N0:41 ;所述檢測(cè)rsl572072的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:42 和 SEQ ID NO:43，以及探針的序列為 SEQ ID N0:44 和 SEQ ID NO:45 ;所述檢測(cè)rs28421666的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:46和SEQ ID N0:47，以及探針的序列為SEQ ID N0:48和SEQID NO:49 ;所述檢測(cè)rs2860580的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:50 和 SEQ ID NO:51，以及探針的序列為 SEQ ID N0:52 和 SEQ ID N0:53;所述檢測(cè)rs2894207的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:54和SEQ ID N0:55，以及探針的序列為SEQ ID N0:56和SEQ ID NO:57 ;所述檢測(cè)rs6774494的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:58 和 SEQ ID NO:59，以及探針的序列為 SEQ IDN0:60 和 SEQ ID N0:61 ;所述檢測(cè)rs9510787的上下游引物的序列分別為SEQID NO:62和SEQ ID N0:63,以及探針的序列為SEQ ID NO:64 SEQ ID NO:65 ;所述檢測(cè)rs2853668的上下游引物的序列分別為SEQID N0:66和SEQ IDN0:67，以及探針的序列為SEQ ID N0:68和SEQ ID NO:69 ;所述檢測(cè)rs31489的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:70和SEQ ID NO:71，以及探針的序列為SEQID N0:72和SEQ ID NO:73 ;所述檢測(cè)rs402710的上下游引物的序列分別為SEQ ID NO:74和SEQ ID NO:75，以及探針的序列為SEQ ID N0:76和SEQID NO:77 ;所述檢測(cè)rs4635969的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:78和SEQ ID NO:79，以及探針的序列為SEQ ID NO:80和SEQ ID NO:81 ;所述檢測(cè)檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A (GenBank登錄號(hào):NC-007605)的上下游引物的序列分別為SEQ ID NO:82和SEQ ID NO:83，以及探針的序列為 SEQ ID N0:84 和 SEQ ID NO:85。
[0016]本發(fā)明所述的基因芯片是以本發(fā)明人基于世界范圍內(nèi)最大規(guī)模樣本量的鼻咽癌人群和正常對(duì)照人群，以及全基因組水平鼻咽癌易感基因篩查結(jié)果的前期研究為基礎(chǔ)，結(jié)合新的獨(dú)立人群研究發(fā)現(xiàn)的鼻咽癌相關(guān)易感基因，選擇11個(gè)單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)(SNP)及EBV分型信息進(jìn)行制備的，針對(duì)每個(gè)位點(diǎn)的引物和探針序列都是經(jīng)過(guò)特異性篩選的結(jié)果。采取受檢者外周血、唾液或漱口水來(lái)源的基因組DNA，在本發(fā)明所述的基因芯片上進(jìn)行基因分型檢測(cè)，檢測(cè)這11個(gè)單核苷酸位點(diǎn)以及與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A (GenBank登錄號(hào):NC_007605)信息；綜合受檢者各位點(diǎn)的基因型信息，利用遺傳風(fēng)險(xiǎn)計(jì)分模型，推測(cè)受檢者罹患鼻咽癌的風(fēng)險(xiǎn)程度。
【具體實(shí)施方式】
[0017](一)用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的與鼻咽癌發(fā)病顯著相關(guān)的SNP位點(diǎn)
[0018]本發(fā)明是基于鼻咽癌人群和正常人對(duì)照人群的大規(guī)模樣本量的鼻咽癌全基因組關(guān)聯(lián)分析，以及全基因組水平鼻咽癌易感基因篩查結(jié)果的前期研究(A genome-wideassociation study of nasopharyngeal carcinoma identifies three newsusceptibility loci, Jin-Xin Bei et al, Nature Genetics, Volume42, Number7, 600-603，July2010)為基礎(chǔ)，同時(shí),發(fā)明人利用薈萃分析(meta-analysis)的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法對(duì)大規(guī)模的全基因組關(guān)聯(lián)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合分析，獲得1300個(gè)候選SNP位點(diǎn)，并在獨(dú)立的廣東人群隊(duì)列(2735例鼻咽癌病人和3112例對(duì)照)和廣西人群隊(duì)列(790例鼻咽癌病人和1009例對(duì)照)中進(jìn)行驗(yàn)證，結(jié)合HapMap、dbSNP等數(shù)據(jù)庫(kù)挑選出SNP位點(diǎn)，并進(jìn)行位點(diǎn)實(shí)驗(yàn)成功率評(píng)分，從中確定了與鼻咽癌發(fā)病顯著相關(guān)的11個(gè)SNP位點(diǎn)。
[0019]在發(fā)明人所研究的隊(duì)列中，進(jìn)行了 SNP位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析，挑選的11個(gè)位點(diǎn)與鼻咽癌發(fā)病關(guān)聯(lián)程度如下表:
[0020]表1:
【權(quán)利要求】
1.一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒，其特征在于，所述試劑盒包括: 檢測(cè)人基因組的7個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物，所述7個(gè)SNP位點(diǎn)是 rsl412829、rsl572072、rs28421666、rs2860580、rs2894207、rs6774494、rs9510787。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒，其特征在于: 所述檢測(cè)rsl412829的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO:1和SEQ IDNO: 2,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:3 ； 所述檢測(cè)rsl572072的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 4 SEQ IDNO: 5,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:6 ； 所述檢測(cè)rs28421666的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:7和SEQ IDN0:8，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:9 ； 所述檢測(cè)rs2860580的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 10和SEQ IDN0:11，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO: 12 ； 所述檢測(cè)rs2894207的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 13和SEQ IDNO: 14，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO: 15 ； 所述檢測(cè)rs6774494的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 16和SEQ IDNO: 17，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO: 18 ； 所述檢測(cè)rs9510787的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 19和SEQ IDNO:20, U及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID N0:21。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒，其特征在于:還包括檢測(cè)人基因組的4個(gè)SNP位點(diǎn)的PCR擴(kuò)增引物和單堿基延伸引物，所述4個(gè)SNP位點(diǎn)是rs2853668、rs31489、rs402710 和 rs4635969。
4.根據(jù)權(quán)利要求3所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒，其特征在于: 所述檢測(cè)rs2853668的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID N0:22和SEQ IDNO:23, U及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:24 ； 所述檢測(cè)rs31489的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 25和SEQ IDNO:26,以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:27 ； 所述檢測(cè)rs402710的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 28和SEQ IDN0:29，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID NO:30 ； 所述檢測(cè)rs4635969的PCR擴(kuò)增引物的序列分別為SEQ ID NO: 31和SEQ IDNO: 32，以及單堿基延伸引物的序列為SEQ ID N0:33。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒，其特征在于:還包括檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A (GenBank登錄號(hào):NC-007605)的巢氏PCR擴(kuò)增引物。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的試劑盒，其特征在于:所述檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A (GenBank登錄號(hào):NC-007605)的巢氏PCR擴(kuò)增引物的初級(jí)PCR引物的序列為SEQ ID NO: 34和SEQ ID NO: 35，以及次級(jí)PCR引物的序列為SEQ ID N0:36和SEQ ID N0:37。
7.一種用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的基因芯片，其特征在于，所述基因芯片包括: 檢測(cè)人基因組的11個(gè)SNP位點(diǎn)的上下游引物和探針，所述11個(gè)SNP位點(diǎn)是rs 1412829、rsl572072、 rs28421666、 rs2860580、 rs2894207、 rs6774494、 rs9510787、 rs2853668、rs31489、rs402710、rs4635969 ;以及 檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A (GenBank登錄號(hào):NC-007605)的上下游引物和探針。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的用于鼻咽癌發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)預(yù)測(cè)的基因芯片，其特征在于: 所述檢測(cè)rsl412829的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:38和SEQ IDN0:39，以及探針的序列為SEQ ID N0:40和SEQ ID NO:41 ； 所述檢測(cè)rsl572072的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:42和SEQ IDN0:43，以及探針的序列為SEQ ID N0:44和SEQ ID NO:45 ； 所述檢測(cè)rs28421666的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:46和SEQ IDN0:47，以及探針的序列為SEQ ID NO:48和SEQ ID NO:49 ； 所述檢測(cè)rs2860580的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:50和SEQ IDN0:51，以及探針的序列為SEQ ID N0:52和SEQ ID NO:53 ； 所述檢測(cè)rs2894207的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:54和SEQ IDN0:55，以及探針的序列為SEQ ID NO:56和SEQ ID NO:57 ； 所述檢測(cè)rs6774494的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:58和SEQ IDN0:59，以及探針的序列為SEQ ID NO:60和SEQ ID NO:61 ； 所述檢測(cè)rs9510787的上下游引物的序列分別為SEQ ID NO:62和SEQ IDNO:63，以及探針的序列為SEQ ID NO:64和SEQ ID NO:65 ； 所述檢測(cè)rs2853668的上下游引`物的序列分別為SEQ ID NO:66和SEQ IDNO:67，以及探針的序列為SEQ ID NO:68和SEQ ID NO:69 ； 所述檢測(cè)rs31489的上下游引物的序列分別為SEQ ID N0:70和SEQ ID NO:71，以及探針的序列為 SEQ ID NO:72 和 SEQ ID NO:73 ； 所述檢測(cè)rs402710的上下游引物的序列分別為SEQ ID NO:74和SEQ IDNO:75，以及探針的序列為 SEQ ID NO:76 和 SEQ ID NO:77 ； 所述檢測(cè)rs4635969的上下游引物的序列分別為SEQ ID NO:78和SEQ IDNO:79，以及探針的序列為 SEQ ID NO:80 SEQ ID NO:81 ； 所述檢測(cè)與鼻咽癌相關(guān)的EB病毒亞型特異性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn)G155391A(GenBank登錄號(hào):NC_007605)的上下游引物的序列分別為SEQ IDNO:82和SEQ ID NO:83,以及探針的序列為SEQ ID N0:84和SEQ ID NO:85。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK103757104SQ201310752858
【公開(kāi)日】2014年4月30日 申請(qǐng)日期:2013年12月30日 優(yōu)先權(quán)日:2012年12月28日
【發(fā)明者】曾益新, 崔倩, 賈衛(wèi)華, 貝錦新, 徐淼, 劉穩(wěn)升 申請(qǐng)人:中山大學(xué)腫瘤防治中心