用于急性髓細(xì)胞白血病的診斷、預(yù)后和治療的方法和組合物的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明公開了用于診斷、預(yù)測(cè)、治療和處理急性髓細(xì)胞白血病的方法。一種方法涉及預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率，所述方法包括：分析從所述患者分離的遺傳樣品是否存在細(xì)胞遺傳學(xué)異常，以及在基因FLT3、NPMI、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WTI、IDHI、IDH2、KIT、RUNXI、MLL-PTD、ASXLI、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2中的至少一者中是否存在突變。
【專利說明】用于急性髓細(xì)胞白血病的診斷、預(yù)后和治療的方法和組合 物
[0001] 相關(guān)專利申請(qǐng)的交叉引用
[0002] 本專利申請(qǐng)要求于2012年3月12日提交的美國(guó)臨時(shí)專利申請(qǐng)No. 61/609,723的 優(yōu)先權(quán)。這里以引用的方式將各個(gè)現(xiàn)有申請(qǐng)的全文并入本文。
[0003] 序列表
[0004] 本申請(qǐng)包括通過EFS-Web以ASCII格式提交的序列表，這里以引用的方式將其全 文并入本申請(qǐng)。所述ASCII副本于2013年3月7日創(chuàng)建，名為3314. 002AW0_SL.txt，并且 大小為75, 356字節(jié)。
[0005] 關(guān)于聯(lián)邦政府資助研發(fā)的聲明
[0006] 本發(fā)明是在政府的支持下作出的，合同號(hào)為U54CA143798-01，由國(guó)家癌癥研宄所 腫瘤自然科學(xué)中心頒發(fā)。美國(guó)政府對(duì)本發(fā)明擁有特定的權(quán)利。

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0007] 本發(fā)明涉及用于診斷、治療和處理癌癥的方法。本發(fā)明的【技術(shù)領(lǐng)域】為分子生物學(xué)、 遺傳學(xué)、腫瘤學(xué)、臨床診斷學(xué)、生物信息學(xué)。特別地，本發(fā)明的【技術(shù)領(lǐng)域】涉及血液癌癥的診 斷、預(yù)后和治療。

【背景技術(shù)】
[0008] 以下提供對(duì)本發(fā)明背景的描述，其僅用于幫助理解本發(fā)明，不被認(rèn)為是描述或構(gòu) 成本發(fā)明的現(xiàn)有技術(shù)。
[0009] 在發(fā)達(dá)國(guó)家，癌癥是僅次于心血管疾病的主要致死因素。僅在美國(guó)，每年有超過 一百萬人被診斷為患有癌癥，并且每年有超過500, 000人死于癌癥。據(jù)估計(jì)，每三個(gè)美國(guó)人 中有一個(gè)會(huì)在其一生中患有癌癥，而每五個(gè)中有一個(gè)將會(huì)死于癌癥。此外，預(yù)計(jì)未來五年內(nèi) 癌癥將超過心血管疾病成為第一大致死因素。因此，人們致力于改善該疾病的治療和診斷。
[0010] 大部分癌癥患者并非被其原發(fā)腫瘤殺死。他們往往因轉(zhuǎn)移癌而死亡：惡性細(xì)胞從 原發(fā)腫瘤脫離并通過機(jī)體擴(kuò)散（通常到達(dá)遠(yuǎn)端），從而形成多個(gè)廣泛的腫瘤集落。在血液癌 癥的情況下，根據(jù)受影響細(xì)胞的來源以及病程，存在四種類型。后者將所述類型分為急性或 慢性。前者進(jìn)一步將類型劃分為淋巴母細(xì)胞或淋巴細(xì)胞性白血病以及髓細(xì)胞或骨髓性白血 病。根據(jù)患者以及病癥的特性，這些惡性腫瘤具有不同的預(yù)后。
[0011] 血液主要由紅血細(xì)胞（RBC)、白細(xì)胞（WBC)和血小板組成。紅血細(xì)胞的功能是向 機(jī)體攜帶氧氣，白血細(xì)胞保護(hù)我們的身體，血小板在受傷以后幫助血液凝結(jié)。不論疾病的種 類，這些細(xì)胞類型的任何異常情況會(huì)導(dǎo)致血液癌癥。血液癌癥的主要種類包括急性淋巴細(xì) 胞或淋巴母細(xì)胞白血?。ˋLL)、慢性淋巴細(xì)胞或淋巴母細(xì)胞白血?。–LL)、急性骨髓性或髓 細(xì)胞白血?。ˋML)以及慢性骨髓性或髓細(xì)胞白血病（CML)。
[0012] 在白血病的情況下，骨髓和血液本身被攻擊，使得癌癥干擾基體造血的能力。在患 者中，這最通常表現(xiàn)為疲乏、貧血、虛弱和骨痛的形式。通過血液測(cè)試進(jìn)行診斷，其中對(duì)特定 類型的血細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)。白血病的治療通常包括化療和放射以殺死癌細(xì)胞，并且有時(shí)需要 諸如干細(xì)胞移植的措施。如上文所述，存在幾種不同類型的白血病，其中髓細(xì)胞白血病所通 常分為兩類：急性髓細(xì)胞白血?。ˋML)和慢性髓細(xì)胞白血?。–ML)。
[0013] AML的特征在于骨髓中骨髓細(xì)胞的數(shù)量增加，以及它們的成熟停滯，這通常造成造 血機(jī)能不足。在美國(guó)，AML的年發(fā)病率為大約每100, 000人中2. 4人發(fā)病，并且隨著年齡逐 漸增大至峰值，即每100, 〇〇〇個(gè)65歲或以上的成年人中有12. 6人發(fā)病。盡管治療方法有 所改善，世界各地的AML預(yù)后都非常差。即使是在美國(guó)，在小于65歲的患者中5年生存率 小于40%。在過去大約十年內(nèi)該值為15。同樣，雖然臨床醫(yī)學(xué)有所進(jìn)步，CML的預(yù)后也很 差。
[0014] 急性髓細(xì)胞白血病（AML)是一種異質(zhì)性疾病，其包括許多種具有不同遺傳異常和 臨床特征的實(shí)體。僅對(duì)相對(duì)較少類型的白血病的發(fā)病機(jī)制有完整的描述。細(xì)胞遺傳學(xué)中度 風(fēng)險(xiǎn)和高風(fēng)險(xiǎn)的患者代表了大多數(shù)AML;基于化療的方法不能治愈大部分該類患者，因此 干細(xì)胞移植成為了通常的治療選擇。由于異源干細(xì)胞移植不能成為很多高風(fēng)險(xiǎn)白血病患者 的選擇，因此需要我們提高對(duì)這些白血病的生物學(xué)的認(rèn)識(shí)并研宄更好的治療方法。
[0015] 由于沒有足夠了解急性髓細(xì)胞白血病的病因?qū)W、細(xì)胞生理學(xué)和分子遺傳學(xué)，因此 目前轉(zhuǎn)移腫瘤學(xué)研宄的主要焦點(diǎn)在于開發(fā)針對(duì)髓細(xì)胞白血病，特別是急性髓細(xì)胞白血病的 有效新試劑以及新的治療方法和/或診斷方法。然而，在癌癥的診斷和治療方面存在固有 的困難，其中包括，存在有多種不同亞類的癌癥，并且合適的治療方案相應(yīng)地改變，以使患 者的良好預(yù)后的可能性最大化。
[0016] -種相對(duì)較新的方法是研宄癌癥的遺傳譜，旨在鑒定導(dǎo)致惡性表型的基因干擾。 這些基因譜（包括基因表達(dá)和突變）提供了關(guān)于正常細(xì)胞和疾病細(xì)胞的生物學(xué)過程的有價(jià) 值的信息。然而，癌癥在它們的遺傳"特征"中存在廣泛的不同，這導(dǎo)致在診斷和治療、以及 開發(fā)有效療法中存在困難。
[0017] 越來越多的基因特征被鑒定并且被開發(fā)為用于疾病檢測(cè)以及治療成功性的預(yù)后 和前景評(píng)估的工具。癌癥（包括白血?。┑倪z傳譜可為癌癥處理和/或治療提供更有效的 方法。在本發(fā)明中，成骨髓細(xì)胞（meyoloblast)發(fā)展成惡性表型的過程所涉及的特定基因 和基因產(chǎn)物、以及幾組基因及其基因產(chǎn)物很大程度上仍是未知的。因此，本領(lǐng)域非常需要能 夠更好地了解急性髓細(xì)胞白血病的遺傳譜，從而致力于為急性髓細(xì)胞白血病以及其他血液 癌癥提供改進(jìn)的治療方法、以及用于處理、治療和診斷的工具。非常需要用于診斷急性髓細(xì) 胞白血病的改進(jìn)方法、以及用于確定罹患該疾病的患者的預(yù)后的改進(jìn)方法。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0018] 本發(fā)明一方面涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率的方法，所述 方法包括：分析從所述患者分離的遺傳樣品是否存在細(xì)胞遺傳學(xué)異常、以及在基因FLT3、 NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、 PTEN、P53、HRAS和EZH2的至少一者中是否存在突變；以及⑴如果在基因FLT3、MLL-PID、 ASXL1和PHF6中的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率差，或者（ii)如果在 IDH2R140中存在突變和/或在CEBPA中存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。在一 個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括：如果存在以下情況，則預(yù)測(cè)患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度 風(fēng)險(xiǎn)AML的患者的生存率為中度：⑴在基因FLT3-ITD、TET2、MLL-PTD、DNMT3A、ASXL1或PHF6的任意一者中都不存在突變；（ii)在FLT3-ITD中存在突變時(shí)，在CEBPA中存在突變， 或（iii)在FLT3-ITD中存在突變但是不存在8號(hào)染色體三體（trisomy8)。在另一個(gè)實(shí)施 方案中，所述方法還包括：如果存在以下情況，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率不良：（i)在不具 有FLT3-IID突變的患者中，在TET2、ASXL1或PHF6或MLL-PID中存在突變，或（ii)所述患 者具有FLT3-ITD突變、以及在TET2、DNMT3A、MLL-PTD中的突變、或8號(hào)染色體三體。
[0019] 除非另有要求，在本發(fā)明的該方面以及任何其他方面，所述突變可以是名為"對(duì) AML患者的18個(gè)基因進(jìn)行測(cè)序所鑒定的特定的體細(xì)胞突變、以及這些突變的性質(zhì)"的下表 中所述突變中的任意一種。
[0020] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述樣品為DNA，其提取自患者的骨髓或血液。所述提取可以 為之前提取的，并且在本文的所有實(shí)施方案中，本發(fā)明所用的樣品可以是之前提供的樣品， 即提取或分離不屬于本方法本身的一部分。在一個(gè)相關(guān)的實(shí)施方案中，遺傳樣品是由患者 單核細(xì)胞（MNC)分離的DNA。在一個(gè)實(shí)施方案中，生存率差或生存率不良（不利風(fēng)險(xiǎn)）的患 者能存活小于或等于約10個(gè)月。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生存率中等的患者能存活約18個(gè) 月至約30個(gè)月。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生存率良好的患者能存活約32個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
[0021] 在一個(gè)方面，本公開涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率的方 法，所述方法包括：檢驗(yàn)來自所述患者的血液或骨髓的遺傳樣品是否在基因FLT3、NPM1、 DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、 P53、HRAS和EZH2的至少一者中存在突變；以及，如果在基因FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、 PHF6的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率差，或者如果在CEBPA中存在突變 和/或在IDH2的R140位存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。在一個(gè)實(shí)施方案中，所 述患者的特征在于基于細(xì)胞遺傳學(xué)分析具有中度風(fēng)險(xiǎn)。
[0022] 在一個(gè)實(shí)施方案中，在患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血病且具 有FLT3-ITD突變的患者之中，以下至少一者與所述患者的不良預(yù)后以及總生存率差有關(guān)： 8號(hào)染色體三體、或在TET2、DNMT3A或MLL-PTD中具有突變。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在患有 由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血病且在FLT3-ITD基因中具有突變的患者之 中，CEBPA基因的突變與所述患者的改善的預(yù)后和總生存率有關(guān)。在一個(gè)實(shí)施方案中，在具 有IDH1/IDH2和NPM1突變的由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML患者中，與IDH1和IDH2均 為野生型的NPM1-突變的患者相比，總生存率提高。在一個(gè)實(shí)施方案中，在患有急性髓細(xì)胞 白血病的患者之中，IDH2R140突變與總生存率提高相關(guān)。在一個(gè)例子中，生存率差或不良 的所述患者（不良風(fēng)險(xiǎn)）能存活小于或等于約10個(gè)月。在一個(gè)例子中，生存率良好的患者 能存活大約32個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
[0023] 本公開的一個(gè)方面涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率的方法， 所述方法包括：檢驗(yàn)來自所述患者的血液或骨髓的遺傳樣品是否在ASXL1和WT1中存在突 變；以及如果檢測(cè)到突變的ASXL1和WT1基因，則確定所述患者患有或?qū)⒒加性l(fā)性難治性 急性髓細(xì)胞白血病。
[0024] 本公開的另一個(gè)方面涉及一種確定患有急性髓細(xì)胞白血病的患者對(duì)高劑量治療 的響應(yīng)性的方法，所述方法包括：分析從所述患者分離的遺傳樣品是否在基因DNMT3A和 NPM1中存在突變、以及是否存在MLL易位；以及⑴如果在DNMT3A或NPM1中存在突變，或 存在MLL易位，則確定所述患者能響應(yīng)高劑量治療；或（ii)如果在DNMT3A或NPM1中不存 在突變，或不存在MLL易位，則確定所述患者不能響應(yīng)高劑量治療。
[0025] 在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療包括施用蒽環(huán)類藥物。在一個(gè)例子中，蒽環(huán)類藥物選 自由道諾紅霉素、多柔比星、表柔比星、伊達(dá)比星、米托蒽醌和阿霉素構(gòu)成的組中。在一個(gè)特 定的例子中，蒽環(huán)類藥物為道諾紅霉素。在一個(gè)實(shí)施方案中，高劑量施用為每天每平方米體 表面積施用60mg(60mg/m2)或更高的道諾紅霉素，持續(xù)3天。在一個(gè)特定的實(shí)施方案中，高 劑量施用是每天每平方米體表面積施用約90mg(90mg/m2)或更高的道諾紅霉素，持續(xù)3天。 在一個(gè)實(shí)施方案中，施用約7〇mg/m2至約140mg/m2的高劑量道諾紅霉素。在一個(gè)特定的實(shí) 施方案中，施用約70mg/m2至約120mg/m2的高劑量道諾紅霉素。在一個(gè)相關(guān)的實(shí)施方案中， 每天進(jìn)行該高劑量施用，持續(xù)3天，S卩，例如，在3天內(nèi)共施用約300mg/m2(3X100mg/m2)。在 另一個(gè)例子中，每天施用該高劑量，持續(xù)2至6天。在其他臨床狀況下，施用中等劑量的道 諾紅霉素。在一個(gè)實(shí)施方案中，以約60mg/m2的劑量施用中等劑量的道諾紅霉素。在一個(gè)實(shí) 施方案中，以約30mg/m2至約70mg/m2的劑量施用中等劑量的道諾紅霉素。另外，在一個(gè)實(shí) 施方案中，施用約4mg/m2至約25mg/m2的相關(guān)蒽環(huán)類藥物伊達(dá)比星。在一個(gè)實(shí)施方案中，以 約10mg/m2至20mg/m2的劑量施用高劑量的伊達(dá)比星。在一個(gè)實(shí)施方案中，以約6mg/m2至 約10mg/m2的劑量施用中等劑量的伊達(dá)比星。在一個(gè)特定的實(shí)施方案中，每天以約8mg/m2 的劑量施用伊達(dá)比星，持續(xù)5天。在另一個(gè)例子中，每天施用該中等劑量，持續(xù)2至10天。
[0026] 在一個(gè)方面，本公開涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者是否相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn) 劑量化療對(duì)高劑量化療的響應(yīng)性更好的方法，所述方法包括：從得自所述患者的血液或骨 髓中獲得DNA樣品；確定基因DNMT3A和NPM1的突變狀態(tài)，并確定是否存在MLL易位；以及， 如果所述樣品對(duì)于在DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易位呈陽(yáng)性，則預(yù)測(cè)相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑量 化療所述患者對(duì)高劑量化療的響應(yīng)性更好；或者，如果所述樣品為在基因DNMT3a或NPM1中 不存在突變且不存在MLL易位的野生型，則預(yù)測(cè)相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療所述患者對(duì)高劑量化 療無響應(yīng)性。
[0027] 本公開的一個(gè)方面涉及一種篩查患有急性髓細(xì)胞白血病的患者對(duì)用高劑量的道 諾紅霉素或其可藥用的鹽、溶劑化物或水合物進(jìn)行治療的響應(yīng)性的方法，包括：從所述個(gè)體 中獲得含有急性髓細(xì)胞白血病細(xì)胞的遺傳樣品；以及，檢驗(yàn)所述樣品，并且檢測(cè)DNMT3A或 NPM1中是否存在突變或是否存在MLL易位；以及，與不存在突變的野生型對(duì)照相比較，將 DNMT3A或NPM1中具有突變或者具有MLL易位的發(fā)現(xiàn)與所述急性髓細(xì)胞白血病患者對(duì)用高 劑量的道諾紅霉素或其可藥用的鹽、溶劑化物或水合物進(jìn)行治療的敏感性更高相關(guān)聯(lián)。在 一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括，如果檢測(cè)到DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易位，則預(yù) 測(cè)所述患者在化療后急性髓細(xì)胞白血病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)較低。
[0028] 本公開的另一個(gè)方面涉及一種確定個(gè)體是否對(duì)患上急性髓細(xì)胞白血病或該病復(fù) 發(fā)具有增加的遺傳風(fēng)險(xiǎn)的方法，所述方法包括：分析從所述個(gè)體的血液或骨髓分離的遺 傳樣品是否在基因FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、 MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2 的至少一者中存在突變；以及，與在 所述基因中不具有所述基因突變的對(duì)照個(gè)體相比，當(dāng)：（i)在不具有FLT3-ITD突變的患者 中檢測(cè)到在基因TET2、MLL-PTD、ASXL1和PHF6的至少一者中有突變時(shí)，或者（ii)在具有 FLT3-IID突變的患者中檢測(cè)到在基因TET2、MLL-PID和DNMT3A的至少一者中有突變、或者 檢測(cè)到8號(hào)染色體三體時(shí)，確定具有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML的個(gè)體患上急性髓 細(xì)胞白血病或該病復(fù)發(fā)的遺傳風(fēng)險(xiǎn)增加。
[0029] 在一個(gè)方面，本公開涉及一種為患有急性髓細(xì)胞白血病的患者制備個(gè)性化基因組 圖譜的方法，包括：對(duì)從來自所述患者的骨髓抽出物或血液樣品中提取的單核細(xì)胞進(jìn)行基 因突變分析；檢驗(yàn)所述樣品，并在所述細(xì)胞中檢測(cè)是否存在細(xì)胞遺傳學(xué)異常、以及在選自由 基因FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、 PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2構(gòu)成的組中的基因中是否存在一種或多種突變；以及， 將由所述基因突變分析獲得的數(shù)據(jù)產(chǎn)生報(bào)告，其中所述報(bào)告包括對(duì)所述患者的生存可能性 或治療響應(yīng)性的預(yù)測(cè)。
[0030] 在一個(gè)方面，本公開涉及一種用于確定對(duì)患有AML的患者的治療的試劑盒，所述 試劑盒包括：用于檢測(cè)選自由基因ASXL1、DNMT3A、NPM1、PHF6、WT1、TP53、EZH2、CEBPA、 TET2、RUNX1、PTEN、FLT3、HRAS、KRAS、NRAS、KIT、IDH1 和IDH2 構(gòu)成的組中的至少一種基因 的突變的裝置；以及基于一種或多種所述基因中突變的存在進(jìn)行推薦治療的說明。在一個(gè) 例子中，基于DNMT3A或NPM1突變或MLL易位的存在而對(duì)所述患者進(jìn)行推薦治療的說明指 示以高劑量道諾紅霉素為推薦的治療。
[0031] 本公開的一個(gè)方面涉及一種在患者中治療、預(yù)防或處理急性髓細(xì)胞白血病的方 法，包括：分析從所述患者分離的遺傳樣品在基因DNMT3A和NPM1中是否存在突變以及是否 存在MLL易位；如果DNMT3A或NPM1存在突變或存在MLL易位，則確定所述患者對(duì)高劑量 化療的響應(yīng)性好于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療；以及，向所述患者施用高劑量治療。在一個(gè)例子中，所述 患者的特征在于基于細(xì)胞遺傳學(xué)分析具有中度風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)例子中，所述治療包括施用蒽 環(huán)類藥物。在一個(gè)相關(guān)的實(shí)施方案中，施用高劑量治療包括施用高劑量的選自由道諾紅霉 素、多柔比星、表柔比星、伊達(dá)比星、米托蒽醌和阿霉素構(gòu)成的組中的一種或多種蒽環(huán)類抗 生素。
[0032] 本公開的一個(gè)方面涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者生存率的方法，包 括：（a)分析從所述患者分離的樣品是否存在以下情況：（i)在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1 和PHF6的至少一者中的突變，以及任選的在基因NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、 10111、10112、1(11\冊(cè)似1、1(狀5、？1￡隊(duì)？53、11狀5和￡2112的一者或多者中的突變 ；或（^)在 基因IDH2和/或CEBPA中的突變，以及任選的在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、NPM1、 DNMT3A、NRAS、TET2、WT1、IDH1、KIT、RUNX1、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2 的一者或多者中 的突變；以及（b) (i)如果在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1和PHF6中的至少一者中存在突變， 則預(yù)測(cè)所述患者的生存率差，或者（ii)如果在IDH2R140中存在突變和/或在CEBPA中存 在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。所述方法還包括分析所述樣品中是否存在細(xì)胞遺 傳學(xué)異常。所述方法還包括：如果以下突變存在：IDH2R140Q，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良 好。
[0033] 本公開的其他方面包括化療在本文所述的方法中的應(yīng)用，或者在用于本文所述的 方法中時(shí)在藥物的制備中的應(yīng)用。

【專利附圖】

【附圖說明】
[0034] 圖1示出了AML的突變的復(fù)雜性。Circos圖示出了加入ECOG協(xié)議E1900的原發(fā) 性AML患者中的突變的相對(duì)頻率和成對(duì)發(fā)生情況（圖A)。弧長(zhǎng)對(duì)應(yīng)于第一個(gè)基因的突變 頻率，帶寬對(duì)應(yīng)于在第二個(gè)基因中也具有突變的患者的百分比。突變的成對(duì)發(fā)生僅示出一 次，以順時(shí)針方向的第一個(gè)基因開始。由于為了清楚性僅編入了成對(duì)突變，因此調(diào)節(jié)弧長(zhǎng)以 維持弧的相對(duì)大小，并且具有單等位基因突變的患者的校正比例由各突變亞群內(nèi)的空隙表 示。圖A還包括測(cè)試人群中的突變頻率。圖B和圖C分別示出了DNMT3A和FLT3突變患者 中的突變情況。
[0035] 圖2示出了中度風(fēng)險(xiǎn)AML的多因素風(fēng)險(xiǎn)分類。示出了總生存率（OS)的 Kaplan-Meier估計(jì)以進(jìn)行中度風(fēng)險(xiǎn)AML的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)（p值表示所有曲線的比較）。對(duì)于 FLT3-ITD陰性的中度風(fēng)險(xiǎn)AML(圖A)，有三種基因型：由突變體TET2或ASXL1或PHF6或 MLL-PTD限定的高風(fēng)險(xiǎn)，由突變體IDH1或IDH2和突變體NPM1限定的低風(fēng)險(xiǎn)，以及由所有其 他基因限定的中度風(fēng)險(xiǎn)。對(duì)于FLT3-ITD陽(yáng)性的中度風(fēng)險(xiǎn)AML(圖B)，存在突變體CEBPA基 因型，由突變體TET2或DNMT3A或MLL-PTD或8號(hào)染色體三體、以及所有其它基因型限定的 尚風(fēng)險(xiǎn)。
[0036] 圖3基于整合的遺傳分析示出了經(jīng)過修訂的AML風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)。圖3A基于整合的細(xì) 胞遺傳學(xué)和突變分析示出了經(jīng)過修訂的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)。最終的總風(fēng)險(xiǎn)組在右側(cè)。圖3B示出了 整合的突變分析對(duì)AML患者測(cè)試人群中風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)的影響（p值表示所有曲線的比較）。黑色 曲線示出了細(xì)胞遺傳學(xué)風(fēng)險(xiǎn)人群中未改變的患者。綠色曲線示出了由中度風(fēng)險(xiǎn)重新劃分為 低風(fēng)險(xiǎn)的患者。紅色曲線示出了由中度風(fēng)險(xiǎn)重新劃分為高風(fēng)險(xiǎn)的患者。圖3C證實(shí)了在來 自E1900試驗(yàn)的104個(gè)樣品的獨(dú)立人群中，遺傳預(yù)后模式的再現(xiàn)性（p值表示所有曲線的比 較）。
[0037] 圖4示出了對(duì)高劑量道諾紅霉素誘導(dǎo)化療響應(yīng)的分子決定因素。根據(jù)DNMT3A突 變狀態(tài)，示出了全部人群中OS的Kaplan-Meier估計(jì)（圖A)，根據(jù)接受高劑量或標(biāo)準(zhǔn)劑量道 諾紅霉素的患者的DNMT3A狀態(tài)，示出了全部人群中OS的Kaplan-Meier估計(jì)（圖B)。根據(jù) 治療方式，示出了具有DNMT3A或NPM1突變或MLL易位的患者中的OS(圖C)，以及示出了不 具有DNMT3A或NPM1突變或MLL易位的患者中的OS(圖D)。
[0038] 圖5為示出了綜合突變分析譜改善了患有急性髓細(xì)胞白血?。ˋML)的患者的風(fēng)險(xiǎn) 分級(jí)和臨床處理。利用突變分析譜描繪了具有顯著不同預(yù)后的由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng) 險(xiǎn)的患者的亞群，并將相當(dāng)大比例的患者重新分配為低風(fēng)險(xiǎn)或高風(fēng)險(xiǎn)類別（A)。另外，突變 分析譜確定了利用高劑量蒽環(huán)類藥物誘導(dǎo)化療后具有改善的預(yù)后的AML患者的遺傳限定 的亞群（B)。
[0039] 圖6為示出了各基因的Circos圖。
[0040]圖7示出了由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的低風(fēng)險(xiǎn)亞組（圖A)、中度風(fēng)險(xiǎn)亞組（圖B)和高風(fēng) 險(xiǎn)亞組（圖C)的患者中的所有基因和一些相關(guān)的細(xì)胞遺傳學(xué)異常的Circos圖。圖D示出 了在各細(xì)胞遺傳學(xué)風(fēng)險(xiǎn)類別中，具有大于2個(gè)突變的患者的百分比。具有2個(gè)或多個(gè)體細(xì) 胞突變的中度風(fēng)險(xiǎn)的患者比例明顯高于另外兩個(gè)細(xì)胞遺傳學(xué)亞組中的患者。
[0041] 圖8為示出了IDH1、IDH2、TET2和WT1突變的互相排斥的Circos圖。
[0042] 圖9根據(jù)突變狀態(tài)示出了0S的Kaplan-Meier估計(jì)：根據(jù)PHF6(圖A)和ASXL1(圖 B)的突變狀態(tài)，示出了全部人群中0S的數(shù)據(jù)。
[0043]圖 10 示出 了全部人群中IDH2 (圖A)、IDH2R140 (圖B)、IDH1 (圖C)和IDH2R172 (圖 D) 等位基因的Kaplan-Meier生存率估計(jì)。圖E示出了兩個(gè)IDH2等位基因，圖F示出了所 有三個(gè)IDH等位基因（p值表示所有曲線的比較）。這些數(shù)據(jù)表明在全部人群中，IDH2R140 等位基因是唯一一個(gè)與預(yù)后相關(guān)的IDH2等位基因。
[0044] 圖11示出了在核心結(jié)合因子改變的測(cè)試人群中，KIT有突變的患者與KIT野生型 的患者的OS的Kaplan-Meier估計(jì)。當(dāng)研宄了具有任意的核心結(jié)合因子改變的患者時(shí)（即 具有t(8 ;21)、inv(16)或t(16 ;16)的患者），KIT突變與OS的差異不相關(guān)（A)。形成對(duì)比 的是，在特別地具有t(8 ;21)的患者中，KIT突變與OS明顯降低有關(guān)（B)。在具有inv(16) 或t(16;16)的患者中，KIT突變與不利的OS無關(guān)（C)。
[0045] 圖12示出了對(duì)人群中的由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)的患者的TET2的 Kaplan-Meier生存率估計(jì)。
[0046] 圖13示出了人群中的具有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)的NPM1-突變患者的 Kaplan-Meier生存率估計(jì)。只有伴隨IDH突變的患者的生存率提高。
[0047] 圖14示出，圖3所示的FLT3-ITD野生型（A)和突變體⑶中度風(fēng)險(xiǎn)AML的風(fēng)險(xiǎn) 分類情況在這里僅對(duì)正常核型的患者顯示。
[0048] 圖15示出，不管是無移植（A)、自體移植（B)還是同種異體移植（C)的緩解后治 療，突變預(yù)后模式預(yù)測(cè)了結(jié)果（P值表示所有曲線的比較）。注意，曲線表示整合了細(xì)胞遺傳 學(xué)和突變分析的總風(fēng)險(xiǎn)分類（如圖3A最后一列所示）。
[0049] 圖16示出了在接受高劑量或標(biāo)準(zhǔn)劑量的道諾紅霉素的患者中，根據(jù)DNMT3A突變 狀態(tài)（圖A和B)、MLL易位狀態(tài)（圖C和D)或NPM1突變狀態(tài)（圖E和F)的全部人群的0S Kaplan-Meier估計(jì)。按照治療方式在DNMT3A突變體（圖A)和野生型（圖B)患者中示出 了患者的0S。圖C示出了在接受高劑量或標(biāo)準(zhǔn)劑量的道諾紅霉素的MLL易位患者的0S，而 圖D按照道諾紅霉素劑量示出了無MLL易位患者的0S。按照治療方式在NPM1突變體（圖 E) 和野生型（圖F)患者中示出了患者的0S。
[0050] 表1示出了ECOGE1900試驗(yàn)的測(cè)試人群、驗(yàn)證人群和全部人群的樣品的基本特 征。
[0051] 表2示出了用于綜合遺傳分析的基因組DNA引物序列。所有引物序列帶有M13F2/ M13R2標(biāo)簽。
[0052] 表3示出了在測(cè)試人群中所確定的所有突變的比例風(fēng)險(xiǎn)的檢驗(yàn)p值。
[0053] 表4示出了對(duì)ECOGE1900全部人群以及各細(xì)胞遺傳學(xué)風(fēng)險(xiǎn)組的患者進(jìn)行測(cè)序而 得到的基因突變頻率。
[0054] 表5示出了在來自ECOGE1900試驗(yàn)的具有原發(fā)性AML的398位AML患者測(cè)試人 群中，體細(xì)胞突變和細(xì)胞遺傳學(xué)異常的共發(fā)生情況。
[0055] 表6示出了所有遺傳異常的成對(duì)關(guān)系。
[0056] 表7示出了頻繁共發(fā)生的遺傳異常。
[0057] 表8不出了互相排斥的遺傳異常。
[0058] 表9示出了在ECOGE1900人群中單個(gè)基因突變對(duì)總生存率的影響的單變量分析。
[0059] 表10示出了在ECOGE1900人群中單個(gè)基因突變對(duì)中度風(fēng)險(xiǎn)人群的影響的單變量 分析。
[0060] 表11示出了基于綜合遺傳分析的經(jīng)修訂的AML風(fēng)險(xiǎn)分類，其中示出了各遺傳風(fēng)險(xiǎn) 類別中患者的頻率和數(shù)量。
[0061] 表12示出了在所分析的ECOGE1900患者的測(cè)試人群和全部人群中，遺傳預(yù)后模 式不依賴于治療相關(guān)性死亡率和化療耐藥性。
[0062] 表13示出了根據(jù)AML患者的基因型，對(duì)高劑量和標(biāo)準(zhǔn)劑量道諾紅霉素誘導(dǎo)化療的 不同的響應(yīng)。
[0063] 發(fā)明詳述
[0064] 提供以下說明以便于理解本發(fā)明。通常，應(yīng)當(dāng)理解，如果沒有對(duì)術(shù)語進(jìn)行其它限 定，應(yīng)當(dāng)認(rèn)為它們具有本領(lǐng)域通常接受的含義和意義。本文所用的術(shù)語僅用于描述具體的 實(shí)施方案，而不用于限定本發(fā)明的范圍，本發(fā)明的范圍僅受到隨附的權(quán)利要求的限定。
[0065] 在本發(fā)明的實(shí)踐中，使用了分子生物學(xué)中的許多常規(guī)技術(shù)。這些技術(shù)在以下文獻(xiàn) 中有詳細(xì)描述，例如：MolecularCloning:aLaboratoryManual，第 3 版，J.F.Sambrook 和D.W.Russell編著，ColdSpringHarborLaboratory出版社，2001 ;以及DNA Microarrays:AMolecularCloningManual，D.Bowtell和J.Sambrook編著，ColdSpring HarborLaboratory出版社，2002。此外，本領(lǐng)域技術(shù)人員在哺乳動(dòng)物細(xì)胞的突變分析中已 知和使用的標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)方案（包括用于制備樣品和使用微陣列平臺(tái)的制造商說明手冊(cè)）的內(nèi) 容通過引用的方式并入作為本公開的一部分。
[0066] 在下文中，廣泛使用一系列術(shù)語。提供以下定義以便于理解本發(fā)明。除非另有說 明，"一個(gè)"、"一種"、"所述"和"至少一者"可互換使用，表示一種或多于一種。
[0067] 術(shù)語"癌癥"、"癌癥的"或"惡性的"指的是或描述哺乳動(dòng)物的生理狀況，其典型特 征在于腫瘤細(xì)胞不受調(diào)控的生長(zhǎng)。血液癌癥的例子包括但不限于急性髓細(xì)胞白血病。
[0068] 本文所用的術(shù)語"診斷"是指這樣的行為或過程：通過評(píng)價(jià)疾病或失調(diào)的體征和癥 狀，鑒定或確定哺乳動(dòng)物的疾病或病癥、或者引起疾病或病癥的因素。通常，基于對(duì)象征疾 病的一種或多種因素和/或癥狀進(jìn)行評(píng)價(jià)來診斷疾病或病癥。即，可以根據(jù)象征疾病或病 癥存在與否的因素的存在與否或其量來作出診斷。各個(gè)被認(rèn)為象征特定疾病而用于診斷的 因素或癥狀不需要獨(dú)特地與所述特定疾病相關(guān)；即，可能存在可從診斷性因素或癥狀推斷 出的不同診斷。同樣地，可能存在這樣的情況：在不具有特定疾病的個(gè)體中，存在象征該特 定疾病的因素或癥狀。
[0069] 本文所用的"表達(dá)圖譜"可表示基因組表達(dá)圖譜。圖譜可通過任何用于確定核酸 序列水平的方便的方式生成，例如microRNA、標(biāo)記的microRNA、擴(kuò)增的microRNA、cRNA等的 定量雜交、定量PCR、定量ELISA等，并允許對(duì)兩種樣品之間的基因表達(dá)差異進(jìn)行分析。檢驗(yàn) 受試者或患者的腫瘤樣品，例如，細(xì)胞或它們的集合（如組織）。通過本領(lǐng)域已知的方法的 任何方便的方法收集樣品。
[0070] 本文所用的"基因"可為包括轉(zhuǎn)錄和/或翻譯調(diào)控序列、和/或編碼區(qū)域、和/或 非翻譯序列（如內(nèi)含子、5'-和3'-未翻譯序列）的天然（如基因組）基因?；虻木幋a區(qū) 域可為編碼氨基酸序列或功能性RNA(如tRNA、rRNA、催化性RNA、siRNA、miRNA或反義RNA) 的核苷酸序列。術(shù)語"基因"具有本領(lǐng)域所理解的含義。然而，本領(lǐng)域普通技術(shù)人員能夠理 解，術(shù)語"基因"在本領(lǐng)域中具有許多含義，有些包括基因調(diào)控序列（如促進(jìn)子、增強(qiáng)子等） 和/或內(nèi)含子序列，其他的則限于編碼序列。還應(yīng)當(dāng)理解，"基因"的定義包括是指不編碼蛋 白質(zhì)而是編碼功能性RNA分子（如tRNA)的核酸。為了清楚起見，我們注意到本申請(qǐng)中使 用的術(shù)語"基因"通常是指編碼蛋白質(zhì)的核酸的一部分；所述術(shù)語還任選地包括調(diào)控序列。 該定義不旨在排除術(shù)語"基因"可用于非蛋白質(zhì)編碼表達(dá)單元，而是旨在明確，在大部分情 況下，本文中所用的該術(shù)語是指編碼蛋白質(zhì)的核酸。
[0071] 用于處理或治療目的的"哺乳動(dòng)物"是指被分類為哺乳動(dòng)物的任何動(dòng)物，包括人、 家畜和農(nóng)畜、以及動(dòng)物園動(dòng)物、競(jìng)技動(dòng)物或?qū)櫸铮ㄈ绻?、馬、貓、牛等）。優(yōu)選地，所述哺乳動(dòng) 物為人。
[0072] "微陣列"是指可雜交的陣列元件（優(yōu)選為多核苷酸探針）在基板上的有序排布。
[0073] 用于執(zhí)行本發(fā)明方法的治療劑包括但不限于對(duì)本文鑒定和公開的基因的表達(dá)或 活性、或其蛋白質(zhì)翻譯物的抑制劑。"抑制劑"是能夠阻礙或防止化學(xué)反應(yīng)或生理反應(yīng)或響 應(yīng)的任何物質(zhì)。通常抑制劑包括但不限于反義分子、抗體和拮抗物。
[0074] 本文所用的術(shù)語"差"與"不良"可互換使用。本文所用的術(shù)語"好"可表示"良 好"。本文所用的術(shù)語"差響應(yīng)者"是指在標(biāo)準(zhǔn)治療（如放射-化療）期間或在標(biāo)準(zhǔn)治療后 很短時(shí)間內(nèi)，癌生長(zhǎng)的個(gè)體，或是指經(jīng)歷由癌癥引起的臨床上顯著的衰退的個(gè)體。本文所用 的術(shù)語"對(duì)治療響應(yīng)"是指在標(biāo)準(zhǔn)治療（如放射-化療）期間或在標(biāo)準(zhǔn)治療后很短時(shí)間內(nèi)， 腫瘤或癌保持穩(wěn)定或變小/減少的個(gè)體。
[0075] "探針"可來源于天然產(chǎn)生的或重組的單鏈或雙鏈核酸，或可為化學(xué)合成的。它們 用于檢測(cè)相同或類似序列的存在?？衫们锌谄揭品?、K1enow補(bǔ)平反應(yīng)、PCR或其他本領(lǐng)域 已知的方法，使這樣的探針標(biāo)記有報(bào)告分子。核酸探針可用于southern、northern或原位 雜交，從而確定編碼特定蛋白質(zhì)的DNA或RNA是否存在于細(xì)胞型、組織或器官中。
[0076] 本文所用的"預(yù)后"是指預(yù)測(cè)癌癥的可能后果，包括癌癥恢復(fù)的預(yù)期。如本文所 用，術(shù)語預(yù)后信息和預(yù)測(cè)信息可互換地表示在治療進(jìn)行或未進(jìn)行的情況下可用于預(yù)告疾病 或病癥的過程的任何方面的信息。這樣的信息可包括但不限于，患者的平均預(yù)期壽命、患者 存活給定時(shí)間的可能性（例如，6個(gè)月、1年、5年等）、患者疾病被治愈的可能性、患者的疾 病將對(duì)特定的治療有響應(yīng)的可能性（其中，響應(yīng)可以用任何不同的方式來定義）。預(yù)后和預(yù) 測(cè)性信息都包含在診斷信息的廣義類別中。
[0077] 本文所用的術(shù)語"預(yù)后"是指對(duì)臨床病癥或疾病的可能的過程和結(jié)果的預(yù)測(cè)。患者 的預(yù)后通常通過評(píng)價(jià)象征有利的或不利的疾病過程或結(jié)果的因素或癥狀確定。本文所用的 術(shù)語"確定預(yù)后"是指本領(lǐng)域技術(shù)人員可以通過其預(yù)測(cè)患者病癥的過程或結(jié)果的過程。術(shù) 語"預(yù)后"并非是指能夠100%準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)病癥的過程或結(jié)果。相反，本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠 理解，術(shù)語"預(yù)后"是指特定的過程或結(jié)果將會(huì)發(fā)生的概率增加；也就是說，與不表現(xiàn)病癥的 個(gè)體相比，該過程或結(jié)果更可能在表現(xiàn)出給定病癥的患者體內(nèi)發(fā)生。預(yù)后可以表示為預(yù)期 患者可以存活的時(shí)間量?；蛘?，預(yù)后可以是指疾病緩解的可能性或疾病有望保持緩解的時(shí) 間量。預(yù)后可以以不同的方式表示；例如預(yù)后可以表示為病人在一年后、五年后、十年后等 存活的百分比概率。任選地，預(yù)后可以表示為患者由于病癥或疾病可預(yù)期存活的平均月份 數(shù)。患者的預(yù)后可被認(rèn)為是相對(duì)性的表現(xiàn)，有許多因素影響最終的結(jié)果。例如，對(duì)于特定病 癥的患者，預(yù)后可以適當(dāng)?shù)乇硎緸椴“Y可治療或可治愈的可能性、或疾病將緩解的可能性， 而患有更嚴(yán)重病癥的患者的預(yù)后可更適當(dāng)?shù)乇硎緸榇婊钐囟〞r(shí)間的可能性。
[0078] 本文所用的術(shù)語"良好預(yù)后"和"積極預(yù)后"、或"不良預(yù)后"和"消極預(yù)后"是預(yù)測(cè) 病癥或疾病的可能過程和/或可能結(jié)果的相對(duì)術(shù)語。良好或積極的預(yù)后與不良或消極或不 利的預(yù)后相比預(yù)測(cè)了病癥更好的結(jié)果。在一般意義上的"良好預(yù)后"相比于與特定病癥有 關(guān)的其他可能預(yù)后是相對(duì)較好的結(jié)果，而"不良預(yù)后"相比于與特定病癥有關(guān)的其他可能預(yù) 后是相對(duì)較差的結(jié)果。良好預(yù)后或積極預(yù)后的典型例子包括比平均更好的治愈率、更低的 轉(zhuǎn)移傾向、更長(zhǎng)的預(yù)期壽命、不同于癌癥過程的良性過程等。例如，如果預(yù)后為在治療后患 者的特定癌癥有50%的可能性被治愈，而患有相同癌癥的患者平均僅有25%的可能性被 治愈，那么該患者示出了積極預(yù)后。積極預(yù)后可以為如果區(qū)別于惡性腫瘤則診斷為良性腫 瘤。
[0079] 在本申請(qǐng)關(guān)于癌癥的上下文中所用的術(shù)語"復(fù)發(fā)"或"再發(fā)"是指在緩解或改善一 段時(shí)間后，癌癥體征和癥狀恢復(fù)。
[0080] 本文所用的對(duì)治療的"響應(yīng)"可以指由于治療受試者病癥出現(xiàn)任何有益的改變。這 樣的改變可以包括病癥的穩(wěn)定（例如，防止在不進(jìn)行治療的情況下會(huì)發(fā)生的惡化）、病癥的 癥狀的改善、病癥治愈的前景的改善?？梢苑Q為受試者的響應(yīng)或腫瘤的響應(yīng)。通常，在本文 中這些概念可互換使用。
[0081] "處理"或"治療"指治療性處理和預(yù)防性或防范性措施。術(shù)語"治療有效量"是指 有效治療哺乳動(dòng)物中疾病或失調(diào)的藥物的量。在癌癥的情況中，藥物的治療有效量可減少 癌細(xì)胞的數(shù)目；減小腫瘤大??；抑制（即，減緩到一定程度、優(yōu)選停止）癌細(xì)胞浸潤(rùn)周圍器 官；抑制（即，減緩到一定程度、優(yōu)選停止）腫瘤轉(zhuǎn)移；在一定程度上抑制腫瘤的生長(zhǎng)；和/ 或一定程度上緩解與失調(diào)有關(guān)的一種或多種癥狀。
[0082] 對(duì)本文描述的數(shù)值范圍，明確地包含插入到兩端值之間的具有相同精確度的每一 個(gè)數(shù)。例如，對(duì)于2-5的范圍，除了 2和5以外，包含3和4,對(duì)于2.0-3. 0的范圍，明確地包 含 2. 0、2. 1、2. 2、2. 3、2. 4、2. 5、2. 6、2. 7、2. 8、2. 9 和 3. 0。如本文所用，術(shù)語"約"X或"近似 于"X是指所述值X的+/-10%。
[0083] 癌癥的診斷和治療的固有困難包括，其中存在有多種不同亞類的癌癥，并且合適 的治療方案相應(yīng)地改變，以使患者的積極預(yù)后的可能性最大化。目前，癌癥治療的方法是相 對(duì)非選擇性的。通常情況下，手術(shù)用于去除患病組織；放射治療是用于縮小實(shí)體瘤；化學(xué)治 療用來殺死快速分裂的細(xì)胞。
[0084] 在血液癌癥的情況下，值得首先注意到血液主要由紅血細(xì)胞（RBC)、白血細(xì)胞 (WBC)和血小板構(gòu)成。血紅細(xì)胞向機(jī)體攜帶氧氣，白血細(xì)胞維持保護(hù)我們的身體，并且血小 板幫助血液在受傷以后凝結(jié)。這些細(xì)胞類型的異常情況可導(dǎo)致血液癌癥。血液癌癥的主 要種類包括急性淋巴細(xì)胞或淋巴母細(xì)胞白血病（ALL)、慢性淋巴細(xì)胞或淋巴母細(xì)胞白血病 (CLL)、急性骨髓性或髓細(xì)胞白血?。ˋML)以及慢性骨髓性或髓細(xì)胞白血?。–ML)。
[0085] 白血病和淋巴瘤都是血液和骨髓的血液學(xué)惡性腫瘤（癌）。在白血病的情況下，癌 癥的特征是白細(xì)胞的異常增殖，并且是癌癥的四種主要類型之一。癌癥干擾機(jī)體造血的能 力，并且癌攻擊骨髓和血液自身，引起疲乏、貧血、虛弱和骨痛。通過血液測(cè)試診斷白血病， 其中對(duì)特定類型的血細(xì)胞進(jìn)行計(jì)數(shù)；在美國(guó)，每年確診約29, 000名成人和2000名兒童。白 血病的治療通常包括化療和放療以殺死癌細(xì)胞，并且在一些情況下包括骨髓移植。
[0086] 根據(jù)最主要涉及的白細(xì)胞的類型對(duì)白血病進(jìn)行分類。急性白血病主要是未分化的 細(xì)胞群，慢性白血病有比較成熟細(xì)胞形式。急性白血病分為淋巴母細(xì)胞（ALL)和非淋巴母 細(xì)胞（ANLL)類型，其中ALL主要是兒童疾病，而ANLL(也稱為急性髓細(xì)胞白血?。ˋML))是 成年人中較為常見的急性白血病。
[0087] 白血病的特征在于骨髓中骨髓細(xì)胞的數(shù)量增加以及它們成熟停滯，通常造成造血 機(jī)能不足。在美國(guó)，AML的年發(fā)病率是大約每100, 000人中2. 4人發(fā)病，并且隨著年齡逐漸 增大至峰值，即65歲或以上的成年人中每100, 000人中有12. 6人發(fā)病。盡管治療方法有 所改善，世界各地的AML預(yù)后都非常差。即使是在美國(guó)，在小于65歲的患者中5年生存率 小于40%。
[0088] 急性髓細(xì)胞白血?。ˋML)是一種異質(zhì)性疾病，其包括許多種具有不同遺傳異常和 臨床特征的實(shí)體。僅對(duì)相對(duì)較少類型的白血病的發(fā)病機(jī)制有完整的描述。細(xì)胞遺傳學(xué)中度 風(fēng)險(xiǎn)和高風(fēng)險(xiǎn)的患者代表了大多數(shù)AML;基于化療的方法不能治愈大部分該類患者，因此 干細(xì)胞移植成為了通常的治療選擇。由于異源干細(xì)胞移植不能成為很多高風(fēng)險(xiǎn)白血病患者 的選擇，因此需要我們提高對(duì)這些白血病的生物學(xué)的認(rèn)識(shí)并研宄更好的治療方法。盡管取 得了很大進(jìn)展，但沒有足夠了解急性髓細(xì)胞白血病的病因?qū)W、細(xì)胞生理學(xué)和分子遺傳學(xué)，因 此目前轉(zhuǎn)移腫瘤學(xué)研宄的主要焦點(diǎn)在于開發(fā)針對(duì)髓細(xì)胞白血病，特別是急性髓細(xì)胞白血病 的有效新試劑以及新的治療方法和/或診斷方法。
[0089] 在了解造成AML的風(fēng)險(xiǎn)因素方面（包括遺傳因素）已經(jīng)取得了顯著的進(jìn)展，但是 這些因素與臨床結(jié)果的關(guān)系仍然不明確。另外，一些蛋白質(zhì)的表達(dá)水平和抗體染色模式已 被證明能預(yù)測(cè)結(jié)果和響應(yīng)治療的可能性。然而，患者個(gè)體的臨床結(jié)果仍然不確定，并且仍然 難以預(yù)測(cè)哪些患者可能受益于特定類型的治療（例如，某種藥物或一類藥物）。
[0090] 在本公開中，獲得了來自診斷有AML的患者的白血病樣品。收集骨髓或外周血液 樣品，通過Ficoll_Hypaque(Nygaard公司）梯度離心制備。如之前所述現(xiàn)場(chǎng)進(jìn)行樣品的細(xì) 胞遺傳學(xué)分析（Bloomfield;Leukemial992 ;6:65_67. 21)。該標(biāo)準(zhǔn)用于根據(jù)國(guó)際人類細(xì)胞 遺傳學(xué)命名系統(tǒng)（InternationalSystemforHumanCytogeneticNomenclature)的建議 描述細(xì)胞遺傳學(xué)克隆和核型。使用之前所述方法從診斷性骨髓抽出物樣品或外周血樣品中 提取DNA(Zuo等，ModPathol. 2009 ;22, 1023-1031) 〇
[0091] 本公開基于對(duì)398位隨機(jī)接受誘導(dǎo)治療（包括高劑量或標(biāo)準(zhǔn)劑量道諾紅霉素）的 年齡小于60歲的患有AML的患者中的18個(gè)基因的突變分析。預(yù)后結(jié)果進(jìn)一步在一組獨(dú)立 的104位患者中驗(yàn)證。
[0092] 本申請(qǐng)的發(fā)明人已經(jīng)確認(rèn)，在97. 3%的患者中有大于等于1個(gè)的體細(xì)胞改變。申 請(qǐng)人已經(jīng)發(fā)現(xiàn)：（1)FLT3-ITD(p= 0? 001)、MLL-PTD(p= 0? 009)、ASXL1(p= 0? 05)和PHF6(p =0. 006)突變與總生存率（OS)降低有關(guān)；以及⑵CEBPA(p= 0. 05)和IDH2R140Q(p= 0.01)突變與OS提高有關(guān)。
[0093] 因此，根據(jù)本公開的一個(gè)方面，本公開涉及一種一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病 的患者的生存率的方法，所述方法包括：分析從所述患者分離的遺傳樣品是否存在細(xì)胞遺 傳學(xué)異常、以及在基因FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、 MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2 的至少一者中是否存在突變；以及， ⑴如果在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1和PHF6中的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者 的生存率差，或者（ii)如果在IDH2R140(例如，IDH2R140Q)中存在突變和/或在CEBPA中 存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括：如果存在 以下情況，則預(yù)測(cè)患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML的患者的生存率為中度：⑴在基 因FLT3-ITD、TET2、MLL-PTD、DNMT3A、ASXL1 或PHF6 的任意一者中都不存在突變；（ii)在CEBPA和FLT3-III)中存在突變，或（iii)在FLT3-III)中存在突變但是不存在8號(hào)染色體三 體。在另一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括：如果存在以下情況，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率 不良：⑴在不具有FLT3-ITD突變的患者中，在TET2、ASXL1或PHF6中存在突變，或者存在 MLL-PTD，或（ii)所述患者具有FLT3-ITD突變、以及TET2、DNMT3A、MLL-PTD中的突變、或8 號(hào)染色體三體。
[0094] 所述遺傳樣品可得自骨髓抽出物、或病人的血液。一旦獲得樣品，在一個(gè)例子中， 根據(jù)已知的技術(shù)（包括Ficoll分離）分離單核細(xì)胞并提取DNA。在一個(gè)特定的實(shí)施方案 中，患者的差的生存率或不良風(fēng)險(xiǎn)為生存率小于或等于約10個(gè)月。然而，在一個(gè)實(shí)施方案 中，生存率中等的患者能存活約18個(gè)月至約30個(gè)月。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生存率良好的 患者能存活約32個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
[0095] 在另一個(gè)方面，本公開涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者生存率的方 法，所述方法包括：對(duì)來自所述患者的血液或骨髓的遺傳樣品進(jìn)行檢驗(yàn)，檢驗(yàn)所述樣品中是 否存在基因FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、 ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2的至少一者中的突變；以及，如果在基因 FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率差，或者 如果在CEBPA中存在突變和/或在IDH2的R140位存在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良 好。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述患者的特征在于基于細(xì)胞遺傳學(xué)分析具有中度風(fēng)險(xiǎn)。
[0096] 在一個(gè)實(shí)施方案中，在患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血病且具 有FLT3-ITD突變的患者之中，以下至少一者與所述患者的不良預(yù)后以及總生存率差有關(guān)： 8號(hào)染色體三體、或在TET2、DNMT3A或MLL-PTD中具有突變。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在患有 由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血病且在FLT3-ITD基因中具有突變的患者之 中，CEBPA基因的突變與所述患者的改善的預(yù)后和總生存率有關(guān)。在一個(gè)實(shí)施方案中，在具 有IDH1/IDH2和NPM1突變的由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML患者中，與IDH1和IDH2均 為野生型的NPM1-突變的患者相比，總生存率提高。在一個(gè)實(shí)施方案中，在患有急性髓細(xì)胞 白血病的患者之中，IDH2R140突變與總生存率提高相關(guān)。在一個(gè)例子中，生存率差或不良 的所述患者（不良風(fēng)險(xiǎn)）能存活小于或等于約10個(gè)月。在一個(gè)例子中，生存率良好的患者 能存活大約32個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
[0097] 在一個(gè)實(shí)施方案中，NPM1突變的有利影響限于同時(shí)具有IDH1/IDH2和NPM1突變 的患者。此外， 申請(qǐng)人:鑒定了預(yù)后的遺傳預(yù)告因子，其獨(dú)立于年齡、WBC計(jì)數(shù)、誘導(dǎo)劑量和緩 解后治療而改善了AML的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)，并且證實(shí)了它們?cè)讵?dú)立群體中的重要性。 申請(qǐng)人:發(fā)現(xiàn)， 相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑量道諾紅霉素的治療，高劑量的道諾紅霉素能改善具有DNMT3A或NPM1突變 或MLL易位的患者的生存率（p= 0. 001)，但這些改變未見于為野生型的患者（p= 0. 67)。
[0098] 這些數(shù)據(jù)通過描述能預(yù)測(cè)AML結(jié)果并改善AML風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)的突變，提供了AML遺傳 改變的臨床意義。 申請(qǐng)人:在此發(fā)現(xiàn)并證明了突變譜在改善AML預(yù)后和治療決策中的效用， 并且特別地，示出了DNMT3A或NPM1突變或MLL易位能預(yù)測(cè)改善的高劑量誘導(dǎo)化療的結(jié)果。
[0099] 以前的研宄已經(jīng)強(qiáng)調(diào)了急性髓細(xì)胞白血?。ˋML)的臨床和生物異質(zhì)性。然而，相 對(duì)較少的細(xì)胞遺傳學(xué)和分子損傷與影響臨床實(shí)踐有足夠的相關(guān)性。細(xì)胞遺傳學(xué)異常的預(yù)后 相關(guān)性導(dǎo)致廣泛在三個(gè)由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的、0S有顯著差異的風(fēng)險(xiǎn)組中采用風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)。盡 管已經(jīng)在確定AML預(yù)后標(biāo)志物中取得了進(jìn)展，但很大比例的患者缺乏預(yù)后顯著性的特定異 常。此外，在各風(fēng)險(xiǎn)組中患者個(gè)體的預(yù)后存在顯著的差異。
[0100] 近來的研宄已經(jīng)在患有AML的患者中確定了許多頻發(fā)的體細(xì)胞突變，然而，迄今 為止，在臨床試驗(yàn)人群中仍然沒有研宄出是否更多的基因的突變譜能夠改善AML的預(yù)后。 在這里， 申請(qǐng)人:認(rèn)為，對(duì)在>5%的AML患者中發(fā)生的所有已知的分子改變的綜合突變分析 能夠確認(rèn)AML的預(yù)后的新分子標(biāo)志物，并且能夠確認(rèn)能受益于劑量增加的誘導(dǎo)化療的在分 子水平上限定的患者亞群。
[0101] AML中的高通量突奪譜：綜合遺傳分析
[0102] 臨床研宄表明，急性髓細(xì)胞白血?。ˋML)在表現(xiàn)和臨床結(jié)果方面是異質(zhì)的，并且 已經(jīng)有研宄表明，細(xì)胞遺傳學(xué)可以用來改善預(yù)后并指導(dǎo)治療決策。最近，遺傳研宄提高了我 們對(duì)AML的遺傳基礎(chǔ)的了解。 申請(qǐng)人:認(rèn)識(shí)到遺傳損傷代表預(yù)后標(biāo)志物，其可用于對(duì)AML患 者進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)并且指導(dǎo)治療決策。然而，盡管在AML中許多基因以很高的頻率發(fā)生突變， 其預(yù)后價(jià)值在大型III期臨床試驗(yàn)的人群中仍然是未知的。
[0103] 申請(qǐng)人:首次報(bào)導(dǎo)了在均等治療的臨床人群中的已知在AML中突變顯著（>5% )的 所有基因的突變狀態(tài)、以及這些基因的突變對(duì)結(jié)果和對(duì)治療響應(yīng)性的影響。 申請(qǐng)人:使用了 高通量重測(cè)序平臺(tái)對(duì)來自ECOGE1900研宄中所登記的398位原發(fā)性AML患者的預(yù)處理基 因組DNA的FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、 ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2的編碼區(qū)進(jìn)行了全長(zhǎng)重測(cè)序。
[0104] 通過包括突變和細(xì)胞遺傳學(xué)異常， 申請(qǐng)人:在E1900人群的所有患者的91. 2%中確 定了克隆改變；42%有1種體細(xì)胞改變，36. 4%有2種體細(xì)胞改變，11. 3%有3種體細(xì)胞改 變以及1. 5%有4種體細(xì)胞改變。每個(gè)病人的突變數(shù)據(jù)與總生存率、無病生存率、以及與治 療方案（標(biāo)準(zhǔn)劑量或高劑量道諾紅霉素）相關(guān)。 申請(qǐng)人:在FLT3(總計(jì)37% ;30%ITD、7% TKD)、DNMT3A(23% )、NPM1(14% )、CEBPA(10% )、TET2(10% )、NRAS(10% )、WT1(10% )、 KIT(9% )、IDH2(8% )、IDH1(6% )、RUNX1(6% )、ASXL1(4% )、PHF6(3% )、KRAS(2. 5% )、 TP53(2% )、PTEN(1. 5% )中發(fā)現(xiàn)了體細(xì)胞突變；在 申請(qǐng)人:的篩選中沒有發(fā)生突變的基因僅 為HRAS和EZH2。
[0105] 接下來， 申請(qǐng)人:使用相關(guān)分析來評(píng)估突變是否呈正相關(guān)或負(fù)相關(guān)（圖1)。除了確 定突變的相關(guān)性（FLT3和NPM1、KIT和核心結(jié)合因子白血病）， 申請(qǐng)人:發(fā)現(xiàn)在該大的人群 中，F(xiàn)LT3和ASXL1突變是相互排斥的（p= 0. 0008)。此外， 申請(qǐng)人:發(fā)現(xiàn)，IDH1/IDH2突變與 TET2(p= 0. 02和WT1(p= 0. 01)突變是相互排斥的，這表明這些突變?cè)诎籽“l(fā)病機(jī)理中 有重疊作用。
[0106] 接下來， 申請(qǐng)人:開始研宄是否有任何突變都與缺乏對(duì)化療的響應(yīng)相關(guān)；特別地，原 發(fā)性難治性AML患者中富含ASXL1(P= 0. 0002)和WT1(P= 0. 03)突變。將ECOGE1900 試驗(yàn)的突變數(shù)據(jù)與結(jié)果整合，表明了顯著的影響：即，在FLT3(p= 0. 0005)、ASXL1(p= 0. 005)和PHF6(p= 0. 02)中的突變與總生存率下降有關(guān)。此外， 申請(qǐng)人:發(fā)現(xiàn)，CEBPA(p= 0. 04)和IDH2(p= 0. 003)的突變與整體生存率提高相關(guān)；IDH1突變對(duì)結(jié)果所產(chǎn)生的有利 影響特異地見于具有IDH2R140突變的患者。
[0107] 該數(shù)據(jù)代表了對(duì)均等治療的原發(fā)性AML患者人群中18個(gè)基因的綜合突變分析，這 使得 申請(qǐng)人:能夠描述該基因群體在原發(fā)性AML中的突變頻率、AML中的突變協(xié)同效應(yīng)的模 式、以及基因突變對(duì)AML的生存率和治療響應(yīng)性的臨床影響。在一個(gè)實(shí)施方案中， 申請(qǐng)人:發(fā) 現(xiàn)在AML中，ASXL1和WT1的突變?cè)诓荒茼憫?yīng)標(biāo)準(zhǔn)劑量誘導(dǎo)化療的患者中有顯著的富集。該 數(shù)據(jù)為AML的遺傳改變提供了重要的臨床意義，并且為成人AML的多步發(fā)病機(jī)理提供了見 解。在一個(gè)實(shí)施方案中，急性髓細(xì)胞白血病選自新診斷的、復(fù)發(fā)的或難治性急性髓細(xì)胞白血 病。
[0108] 因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率的 方法，所述方法包括：檢驗(yàn)來自所述患者的血液或骨髓的遺傳樣品在基因ASXL1和WT1中是 否存在突變；以及如果檢測(cè)到突變的ASXL1和WT1基因，則確定所述患者患有或?qū)⒒加性l(fā) 性難治性急性髓細(xì)胞白血病。樣品可以是骨髓抽出物或病人的血液。此外，在一個(gè)實(shí)施方 案中，分離單核細(xì)胞以用于所述檢驗(yàn)。
[0109] 申請(qǐng)人:開發(fā)了一種突變分類體系，其可通過將細(xì)胞遺傳學(xué)的標(biāo)準(zhǔn)分析與對(duì)FLT3、 NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、 PTEN、P53、HRAS和EZH2的全長(zhǎng)測(cè)序組合，從而用于預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的成人的復(fù) 發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。本申請(qǐng)的教導(dǎo)使得能夠開發(fā)一種綜合的突變分類體系，相比于目前已知的技術(shù)，其 能夠更準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)結(jié)果和復(fù)發(fā)風(fēng)險(xiǎn)。在一個(gè)實(shí)施方案中，生存率差的患者能存活小于或等 于約10個(gè)月。在另一個(gè)實(shí)施方案中，生存率中等的患者能存活約18個(gè)月至約30個(gè)月。在 相關(guān)的實(shí)施方案中，生存率好的患者能存活約32個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
[0110] 在一個(gè)實(shí)施方案中，在FLT3-ITD為野生型的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血病的患者 中，TET2、ASXL1、PHF6和MLL-PTD基因突變獨(dú)立地顯示出與患者的不良預(yù)后和差的總體生 存率相關(guān)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在具有FLT3-ITD突變的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血病的 患者中，CEBPA基因突變與患者的改善的預(yù)后和總體生存率相關(guān)。在另一個(gè)實(shí)施方案中，在 具有FLT3-ITD突變的由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML患者中，8號(hào)染色體三體和TET2、 DNMT3A和MLL-PTD突變與患者的不良預(yù)后和差的總體生存率相關(guān)。在一個(gè)實(shí)施方案中，與 IDH1和IDH2均為野生型的NPM1-突變的患者相比，同時(shí)具有IDH1/IDH2和NPM1突變的由 細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)的AML患者具有改善的總體生存率。在一個(gè)相關(guān)的實(shí)施方案 中，IDH2R140Q突變與AML患者總?cè)巳旱目傮w生存率的改善相關(guān)。
[0111] 本公開的一個(gè)方面涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者生存率的方法，包 括：（a)分析從所述患者分離的樣品是否存在以下情況：（i)在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1 和PHF6的至少一者中的突變，以及任選的在基因NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、 10111、10112、1(11\冊(cè)似1、1(狀5、？1￡隊(duì)？53、11狀5和￡2112的一者或多者中的突變 ；或（^)在 基因IDH2和/或CEBPA中的突變，以及任選的在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、NPM1、 DNMT3A、NRAS、TET2、WT1、IDH1、KIT、RUNX1、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2 的一者或多者中 的突變；以及（b) (i)如果在基因FLT3、MLL-PTD、ASXL1和PHF6中的至少一者中存在突變， 則預(yù)測(cè)所述患者的生存率差，或者（ii)如果在IDH2R140中存在突變和/或在CEBPA中存 在突變，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。所述方法還包括分析所述樣品中細(xì)胞遺傳學(xué)異常 的存在。所述方法還可以包括：如果以下突變存在：IDH2R140Q，則預(yù)測(cè)所述患者的生存率 良好。
[0112] 此外， 申請(qǐng)人:已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，DNMT3A突變、NPM1突變或MLL融合預(yù)測(cè)了高劑量化療（包 括劑量增加的誘導(dǎo)治療）具有改善的結(jié)果。本申請(qǐng)的教導(dǎo)提供了對(duì)AML患者的準(zhǔn)確的風(fēng)險(xiǎn) 分級(jí)，并且在高風(fēng)險(xiǎn)的情況下能夠確定哪些患者需要更強(qiáng)勢(shì)的治療，并且能夠確定不怎么 需要強(qiáng)化的緩解后治療的低風(fēng)險(xiǎn)患者。此外，能夠鑒別可受益于用劑量加大的蒽環(huán)類藥物 (如道諾紅霉素）進(jìn)行誘導(dǎo)的基因型限定的患者亞群。本發(fā)明提供了對(duì)風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)更準(zhǔn)確的 評(píng)估。目前，還沒有有效的方法來確定哪些患有AML的患者能受益于高劑量道諾紅霉素。在 一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種新的分類體系以及對(duì)響應(yīng)性的預(yù)測(cè)體系。
[0113] 因此，本公開的一個(gè)方面提供了 一種確定患有急性髓細(xì)胞白血病的患者對(duì)高劑量 治療的響應(yīng)性的方法，所述方法包括：分析從所述患者分離的遺傳樣品在基因DNMT3A和 NPM1中是否存在突變、以及是否存在MLL易位；以及⑴如果在DNMT3A或NPM1中存在突 變，或存在MLL易位，則確定所述患者能響應(yīng)高劑量治療；或（ii)如果在DNMT3A或NPM1中 不存在突變，或不存在MLL易位，則確定所述患者不能響應(yīng)高劑量治療。在一個(gè)實(shí)施方案 中，所述樣品為提取自患者骨髓或血液的DNA。所述遺傳樣品可以為從來自患者血液或骨髓 的單核細(xì)胞（MNC)分離的DNA。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述治療包括施用蒽環(huán)類藥物。蒽環(huán)類 藥物的例子包括道諾紅霉素、多柔比星、表柔比星、伊達(dá)比星、米托蒽醌和阿霉素。在一個(gè)特 定的例子中，蒽環(huán)類藥物為道諾紅霉素。
[0114]本方法可以用于在治療開始前、治療中或治療完成后預(yù)測(cè)患者對(duì)治療的響應(yīng)性。 例如，通過在治療開始前預(yù)測(cè)患者對(duì)治療的響應(yīng)，該信息可以用于確定病人的最佳治療選 擇。
[0115]本發(fā)明的一個(gè)實(shí)施方案涉及一種篩查患者以用于確定急性髓細(xì)胞白血病的預(yù)后 的方法。本發(fā)明可以提供關(guān)于病人的生存率、病人的預(yù)測(cè)壽命、和/或所預(yù)測(cè)的患者生存率 可能性等方面的信息。在一個(gè)實(shí)施方案中，認(rèn)為生存率差的患者通常能存活小于或等于約 10個(gè)月，認(rèn)為良好的預(yù)后或長(zhǎng)期生存率為約36個(gè)月或更長(zhǎng)的時(shí)間。在一個(gè)實(shí)施方案中，認(rèn) 為差的生存率為約1至16個(gè)月，而認(rèn)為好的、良好的或長(zhǎng)期的生存率為約30至42個(gè)月、超 過約46個(gè)月、或超過約60個(gè)月。在一個(gè)實(shí)施方案中，認(rèn)為好的生存率為約30個(gè)月或更長(zhǎng) 時(shí)間。
[0116] 除非本文中另有要求，在本發(fā)明的任何方面，可以分析或檢驗(yàn)以下基因和/或細(xì) 胞遺傳缺陷的組合：FLT3和CEBPA;FLT3和8號(hào)染色體三體；FLT3和TET2 ;FLT3和DNMT3A; FLT3 和MLL;FLT3、MLL、ASXL1 和PHF6,任選的TET2 或DNMT3A;IDH2 和CEBPA;IDH1、IDH2 和NPM1 ;IDH2、ASXL1和WT1 ;DNMT3A、NPM1和MLL。任意的這些組合可與名為'用于在AML 患者的基因組DNA中分析體細(xì)胞突變的基因及其臨床相關(guān)性'的表中所述的任何一個(gè)或多 個(gè)基因組合。任選地，對(duì)所述表中所列出的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、 17、18或19個(gè)基因進(jìn)行分析或測(cè)定。
[0117]本發(fā)明還涉及一種用于確定個(gè)體是否對(duì)一種或多種對(duì)急性髓細(xì)胞白血病的治療 有響應(yīng)性的方法。所述治療可以是任何類型，但在具體的實(shí)施方案中其包括化療，諸如一種 或多種蒽環(huán)類抗生素試劑。在一個(gè)實(shí)施方案中，化療包括抗代謝物阿糖胞苷與蒽環(huán)類藥物 的組合。
[0118]在本發(fā)明的一些實(shí)施方案中，治療為化療、免疫治療、基于抗體的治療、放射治療 或支持療法（基本上可為任何用于白血病的措施）。在一個(gè)特定的實(shí)施方案中，治療包括施 用化療試劑，包括蒽環(huán)類抗生素。蒽環(huán)類抗生素的例子包括但不限于，道諾紅霉素、多柔比 星、表柔比星、伊達(dá)比星、米托蒽醌和阿霉素。在某些實(shí)施方案中，化療為Gleevac或伊達(dá)比 星和ara-C。在一個(gè)特定的實(shí)施方案中，使用道諾紅霉素。
[0119] 通常，診斷檢驗(yàn)由治療患者的執(zhí)業(yè)醫(yī)生指導(dǎo)，所述診斷檢驗(yàn)是由向執(zhí)業(yè)醫(yī)生報(bào)告 檢驗(yàn)結(jié)果的技術(shù)人員實(shí)施的，執(zhí)業(yè)醫(yī)生使用檢驗(yàn)所得值作為診斷患者的標(biāo)準(zhǔn)。因此，本發(fā)明 方法的組成步驟可以由一個(gè)以上的人來執(zhí)行。
[0120] 預(yù)后可以是對(duì)患者存活一段特定時(shí)期的可能性的預(yù)測(cè)，或者所述預(yù)后是對(duì)患者能 存活多長(zhǎng)時(shí)間的預(yù)測(cè)，或者所述預(yù)后是患者可從疾病或失調(diào)恢復(fù)的可能性。預(yù)后可通過許 多方式表示。例如，預(yù)后可以用完全緩解率（CR)、總體生存率（OS，生病到死亡的時(shí)間量）、 無病生存率（DFS，CR到復(fù)發(fā)或死亡的時(shí)間量）來表示。在一個(gè)實(shí)施方案中，患者生存率或 總體生存率良好的可能性包括患者存活大約18個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
[0121] 預(yù)后通常是通過檢查一個(gè)或多個(gè)預(yù)后因素或指標(biāo)來確定的。這些為標(biāo)志物，它們 在患者（或得自患者的樣品）中的存在或量提示了指定過程或結(jié)果將發(fā)生的可能性。本領(lǐng) 域技術(shù)人員將能夠理解，將預(yù)后指標(biāo)與導(dǎo)致不利結(jié)果的誘因相關(guān)聯(lián)可以涉及統(tǒng)計(jì)分析。此 夕卜，因素濃度從基線水平的變化可以反映病人的預(yù)后，并且標(biāo)志物水平的改變程度可以與 不良情況的嚴(yán)重程度相關(guān)聯(lián)。統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性通常是通過比較兩個(gè)或多個(gè)群體、并確定置信 區(qū)間和/或p值來確定的。參見，例如，Dowdy和Wearden編著的StatisticsforResearch， JohnWiley&Sons出版社，紐約，1983年。在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明的置信區(qū)間是90%、 95%、97.5%、98%、99%、99.5%、99.9%和 99.99%，而優(yōu)選的？值為0.1、0.05、0.025、 0. 02、0. 01、0. 005、0. 001和0. 0001。對(duì)用于將預(yù)后指標(biāo)與導(dǎo)致不利結(jié)果的誘因相關(guān)聯(lián)的示 例性統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)進(jìn)行了描述。
[0122] -種研宄癌癥的方法是遺傳分析譜，其致力于確定基因表達(dá)的干擾和/或?qū)е聬?性表型的突變。這些基因表達(dá)譜和突變狀態(tài)提供了關(guān)于正常細(xì)胞和疾病細(xì)胞的生物學(xué)過程 的有價(jià)值的信息。然而，癌癥的遺傳特征有很大的不同，這導(dǎo)致難以診斷和治療，以及難以 開發(fā)有效的治療。越來越多的基因突變被發(fā)現(xiàn)并且被開發(fā)為用于疾病檢測(cè)以及對(duì)預(yù)后和治 療成功的前景評(píng)估的工具。
[0123] 本申請(qǐng)的發(fā)明人提出，急性髓細(xì)胞白血病的遺傳譜將為癌癥處理和/或治療提供 更有效的方法。本發(fā)明人在此確定了導(dǎo)致惡性表型的一組基因組的突變。
[0124] 本發(fā)明人使用了分子手段解決該問題，并已確定了急性髓細(xì)胞白血病中一組基因 突變與總體生存率顯著相關(guān)。相應(yīng)地，本發(fā)明涉及在評(píng)估預(yù)后和/或預(yù)測(cè)急性髓細(xì)胞白血 病復(fù)發(fā)中有用的基因突變譜。在一個(gè)方面中，本發(fā)明涉及一組基因，它們?cè)诨颊吖撬杌蜓?xì) 胞（特別是單核細(xì)胞）中的突變與生存率差的可能性相關(guān)。本發(fā)明涉及患有急性髓細(xì)胞白 血病患者的預(yù)后和/或治療響應(yīng)結(jié)果。本發(fā)明提供了一些基因，它們的突變單獨(dú)或組合地 具有預(yù)后價(jià)值，特別是針對(duì)生存率。
[0125] 在一個(gè)例子中，本公開提供了一種確定個(gè)體是否對(duì)患上急性髓細(xì)胞白血病或該病 復(fù)發(fā)具有增加的遺傳風(fēng)險(xiǎn)的方法，所述方法包括：分析從所述個(gè)體的血液或骨髓分離的遺 傳樣品是否在基因FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、 MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2 的至少一者中存在突變；以及，與在 所述基因中不具有所述基因突變的對(duì)照個(gè)體相比，當(dāng)：（i)在不具有FLT3-ITD突變的患者 中檢測(cè)到在基因TET2、MLL-PTD、ASXL1和PHF6的至少一者中有突變時(shí)，或者（ii)在具有 FLT3-IID突變的患者中檢測(cè)到在基因TET2、MLL-PID和DNMT3A的至少一者中有突變、或者 檢測(cè)到8號(hào)染色體三體時(shí)，確定具有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML的個(gè)體患上急性髓 細(xì)胞白血病或該病復(fù)發(fā)的遺傳風(fēng)險(xiǎn)增加。
[0126]目前，沒有能夠預(yù)測(cè)急性髓細(xì)胞白血病預(yù)后的這樣的測(cè)試，其中該測(cè)試使人們能 夠?qū)ML患者分類為好的和不好的響應(yīng)者，特別是鑒定對(duì)高劑量化療響應(yīng)更好的患者。結(jié) 果，一些個(gè)體可能被過度治療，在這樣的情況中，其不必要地接受了具有很小作用的治療。 另外，一些個(gè)體可能會(huì)治療不足，在這樣的情況中，向標(biāo)準(zhǔn)治療中加入額外的試劑可能改善 那些對(duì)僅標(biāo)準(zhǔn)治療難以治療的患者的預(yù)后。因此，理想的是在治療開始之前，預(yù)期地將標(biāo)準(zhǔn) 治療響應(yīng)者和非響應(yīng)者區(qū)分，由此優(yōu)化單個(gè)患者的治療。
[0127] 因此，本公開的一個(gè)方面涉及一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者是否相對(duì)于 標(biāo)準(zhǔn)劑量化療對(duì)高劑量化療的響應(yīng)性更好的方法，所述方法包括：從得自所述患者的血液 或骨髓中獲得DNA樣品；確定基因DNMT3A和NPM1的突變狀態(tài)，并確定MLL易位的存在；以 及，如果所述樣品對(duì)于在DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易位呈陽(yáng)性，則預(yù)測(cè)相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑 量化療所述患者對(duì)高劑量化療的響應(yīng)性更好；或者，如果所述樣品為在基因DNMT3a或NPM1 中不存在突變且不存在MLL易位的野生型，則預(yù)測(cè)相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療所述患者對(duì)高劑量 化療無響應(yīng)性。
[0128] 在一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了一種能用于預(yù)測(cè)急性髓細(xì)胞白血病預(yù)后的臨床 檢驗(yàn)。測(cè)量了所述樣品中的一種或多種特定基因的突變狀態(tài)和/或表達(dá)。將個(gè)體分為有可 能對(duì)治療響應(yīng)良好的人群或響應(yīng)不好的人群。來自測(cè)試結(jié)果的信息用于幫助確定需要治療 的患者的最佳治療方案。將患者分為接受標(biāo)準(zhǔn)治療后可能具有不良預(yù)后的人群和可能具有 良好預(yù)后的人群。醫(yī)療服務(wù)人員使用該檢驗(yàn)的結(jié)果來幫助確定對(duì)需要治療的患者的作用過 程，例如最佳治療方案。
[0129] 由于來自患者的某些標(biāo)志物以連續(xù)的方式與患者的預(yù)后相關(guān)，因此可以通過利 用統(tǒng)計(jì)分析將所確定的標(biāo)志物狀態(tài)與患者的預(yù)后相關(guān)聯(lián)，從而確定預(yù)后。本領(lǐng)域技術(shù)人 員能夠設(shè)計(jì)合適的統(tǒng)計(jì)方法。例如，本發(fā)明的方法可以采用卡方檢驗(yàn)、Kaplan-Meier法、 log-rank檢驗(yàn)、多因素logistic回歸分析、Cox比例風(fēng)險(xiǎn)模型等來確定預(yù)后。計(jì)算機(jī)和計(jì) 算機(jī)軟件程序可以用于組織數(shù)據(jù)和進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。
[0130] 在一個(gè)實(shí)施方案中，提供了檢驗(yàn)，由此分析了樣品（例如骨髓或血液樣品）的基因 群體，并且由突變分析結(jié)果確定了對(duì)標(biāo)準(zhǔn)急性髓細(xì)胞白血病治療的響應(yīng)性的可能性評(píng)估。 在另一個(gè)實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的個(gè)體在治療后對(duì)標(biāo)準(zhǔn)和/ 或高劑量化療的預(yù)后和/或響應(yīng)可能性，包括在得自患者的遺傳樣品中確定一個(gè)或多個(gè)基 因的突變狀態(tài)，特別是確定DNMT3A或NPM1基因的突變狀態(tài)或MLL易位（相對(duì)于對(duì)照基因 或基因群體標(biāo)準(zhǔn)化）。由該基因群體中單個(gè)基因的突變狀態(tài)計(jì)算每個(gè)個(gè)體的總值。
[0131] 本發(fā)明涉及血液癌癥的診斷、預(yù)后和治療，包括預(yù)測(cè)對(duì)治療的響應(yīng)以及對(duì)患者的 治療進(jìn)行分類。本公開教導(dǎo)了 398位來自EC0GE1900III期臨床試驗(yàn)的患者的綜合突變譜 的突變頻率、預(yù)后顯著性和治療相關(guān)性，并且在來自相同試驗(yàn)的104位患者的獨(dú)立人群中 證實(shí)了這些數(shù)據(jù)。之前的研宄已經(jīng)表明，CEBPA、NPM1和FLT3-ITD的突變分析可用于對(duì)中 度風(fēng)險(xiǎn)的AML患者進(jìn)行風(fēng)險(xiǎn)分類。通過對(duì)進(jìn)行單一臨床試驗(yàn)治療的一大群患者的綜合突變 分析， 申請(qǐng)人:證明了更廣泛的突變分析能更好的將AML患者分為相關(guān)的預(yù)后人群（圖3)。 例如，F(xiàn)LT3-ITD-陰性的NPM1/IDH突變的患者代表由特定的突變基因型限定的低風(fēng)險(xiǎn)AML 亞群，而FLT3-ITD-陰性、NPM1突變且不具有并發(fā)的IDH突變的患者具有遠(yuǎn)遠(yuǎn)較差的預(yù)后， 特別是同時(shí)有高風(fēng)險(xiǎn)突變的患者。
[0132] 此外， 申請(qǐng)人:發(fā)現(xiàn)，TET2、ASXL1、MLL-PID、PHF6和DNMT3A突變可以用來確定不具 有FLT3-ITD的由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML患者中的不良預(yù)后的患者?？傊?，這些數(shù) 據(jù)表明，對(duì)數(shù)量較大的遺傳改變的突變分析可以用于將AML患者區(qū)分為具有有利的、中度 的、或不利的風(fēng)險(xiǎn)且預(yù)后有顯著差異的更精確的亞群。該方法可以用于確定另外的一組單 獨(dú)接受誘導(dǎo)治療和鞏固治療而具有由突變限定的良好預(yù)后的患者；以及一組具有由突變限 定的不良風(fēng)險(xiǎn)的患者，這些患者由于對(duì)標(biāo)準(zhǔn)AML治療的預(yù)后差，因此作為同種異體干細(xì)胞 移植或臨床試驗(yàn)的候選者（圖5A)。
[0133] 最近對(duì)AML所進(jìn)行的兩個(gè)檢測(cè)加大蒽環(huán)類藥物劑量的好處的隨機(jī)檢驗(yàn)證明，更 強(qiáng)的誘導(dǎo)化療改善了AML的預(yù)后。（Fernandez等，NEnglJMed, 2009, 361，1249-59 ; Lowenberg等，NEnglJMed, 2009, 361，1235-48)。值得注意的是，用我們的502位患者人 群對(duì)原始E1900試驗(yàn)進(jìn)行重新評(píng)價(jià)發(fā)現(xiàn)，在原始檢驗(yàn)的兩個(gè)治療組中，在每個(gè)遺傳風(fēng)險(xiǎn)類 別中患者均勾分布（P= 〇. 41，Pearson's卡方檢驗(yàn)）。然而，這些研宄的初步報(bào)告并沒有 確定劑量加大的誘導(dǎo)治療是否能改善不同AML亞組的預(yù)后。
[0134] 申請(qǐng)人:已經(jīng)發(fā)現(xiàn)，加大蒽環(huán)類藥物的劑量顯著地改善了在DNMT3A或NPM1中有突 變或有MLL易位的患者的預(yù)后，這說明突變譜可以用于確定哪些患者受益于劑量加大的誘 導(dǎo)治療（圖5B)。
[0135] 申請(qǐng)人:還發(fā)現(xiàn)了普遍發(fā)生在AML患者中的突變組合，以及那些即使有也很少與其 它的突變互補(bǔ)群同時(shí)發(fā)生的突變組合。例如，在該AML人群中TET2和IDH突變相互排斥這 一發(fā)現(xiàn)引起了對(duì)IDH突變和功能缺失性TET2突變?cè)谠煅D(zhuǎn)化的共享機(jī)制中的關(guān)聯(lián)性的功 能性研宄。
[0136] 在許多治療方案的情況中，確實(shí)有一些患者對(duì)化療（例如蒽環(huán)類抗生素（道諾紅 霉素））治療有響應(yīng)，而其它患者沒有。對(duì)不太可能對(duì)治療響應(yīng)的患者實(shí)施該治療是不可取 的。因此，在施用藥物之前知道患者在多大程度上對(duì)該治療響應(yīng)是有益的，從而非響應(yīng)者將 不用接受非必要的治療，因此那些最可能受益于該藥物的患者將被恰當(dāng)?shù)闹委煵⒈O(jiān)測(cè)。此 夕卜，對(duì)于對(duì)治療有響應(yīng)的患者，存在多種程度的響應(yīng)。用蒽環(huán)類藥物以外的治療劑治療或 除了蒽環(huán)類藥物道諾紅霉素以外還使用治療劑的治療，可以有利于對(duì)特定化療不響應(yīng)的患 者、或者對(duì)單獨(dú)的特定化療（如道諾紅霉素或類似的蒽環(huán)類抗生素）的響應(yīng)不理想的患者。
[0137] 本公開表明臨床試驗(yàn)人群的綜合突變譜能促進(jìn)我們對(duì)AML生物學(xué)的了解、改善目 前的預(yù)后模型、并報(bào)告治療決定。特別是，這些數(shù)據(jù)表明，更詳細(xì)的遺傳分析可以導(dǎo)致改善 的風(fēng)險(xiǎn)分級(jí)、以及確定能受益于更強(qiáng)的誘導(dǎo)化療的患者。
[0138] 在一個(gè)具體的方面，本公開涉及一種篩查患有急性髓細(xì)胞白血病的患者對(duì)用高劑 量的道諾紅霉素或其可藥用的鹽、溶劑化物或水合物進(jìn)行治療的響應(yīng)性的方法，包括：從 所述個(gè)體中獲得含有急性髓細(xì)胞白血病細(xì)胞的遺傳樣品；以及，檢驗(yàn)所述樣品，并且檢測(cè) DNMT3A或NPM1中是否存在突變或是否存在MLL易位；以及，與不存在突變的野生型對(duì)照相 比較，將DNMT3A或NPM1中具有突變或者具有MLL易位的發(fā)現(xiàn)與所述急性髓細(xì)胞白血病患 者對(duì)用高劑量的道諾紅霉素或其可藥用的鹽、溶劑化物或水合物進(jìn)行治療的敏感性更高相 關(guān)聯(lián)。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述方法還包括，如果檢測(cè)到DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易 位，則預(yù)測(cè)所述患者在化療后急性髓細(xì)胞白血病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)較低。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述 方法還進(jìn)一步包括如果檢測(cè)到DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易位，則預(yù)測(cè)所述患者在化 療后急性髓細(xì)胞白血病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)較低。
[0139] 在癌癥患者的臨床管理中，對(duì)患者群體分級(jí)以預(yù)測(cè)治療響應(yīng)越來越有價(jià)值。例 如，在用靶向治療的患者中，分級(jí)需要伴隨診斷，所述靶向治療例如在轉(zhuǎn)移性乳腺癌中使用 的曲妥珠單抗（Herceptin，Genentech)以及在結(jié)直腸癌中使用的西妥昔單抗（Erbitux， Merck)。預(yù)測(cè)性生物標(biāo)志物還用于在胃腸道間質(zhì)瘤中使用的伊馬替尼（Gleevec，Novarti)， 以及在肺癌中使用的吉非替尼（Iressa，Astra_Zeneca)。目前還沒有方法能預(yù)測(cè)對(duì)急性髓 細(xì)胞白血病的蒽環(huán)類抗生素的響應(yīng)。如上所述，為了鑒定與對(duì)蒽環(huán)類抗生素（特別是道諾 紅霉素）有更高敏感性相關(guān)的基因， 申請(qǐng)人:檢驗(yàn)了特定基因中突變的存在。
[0140]如本發(fā)明所沭，用于在AML患者的基閔組DNA中分析體細(xì)朐突奪的基閔及其臨床 相關(guān)件
[0141]

【權(quán)利要求】
1. 一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率的方法，所述方法包括： (a) 分析從所述患者分離的遺傳樣品是否存在細(xì)胞遺傳學(xué)異常，以及在基因 FLT3、 NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、 PTEN、P53、HRAS和EZH2的至少一者中是否存在突變；以及 (b) ⑴如果在基因 FLT3、MLL-PTD、ASXL1和PHF6中的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所 述患者的生存率差，或者（ii)如果在IDH2R140中存在突變和/或在CEBPA中存在突變，則 預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。
2. 權(quán)利要求1所述的方法，還包括： 如果存在以下情況，則預(yù)測(cè)患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML的患者的生存率為 中度： (i) 在基因 FLT3-ITD、TET2、MLL-PTD、DNMT3A、ASXL1或PHF6的任意一者中都不存在突 變； (ii) 在CEBPA和FLT3-ITD中存在突變，或 (iii) 在FLT3-ITD中存在突變但是不存在8號(hào)染色體三體。
3. 權(quán)利要求1所述的方法，還包括： 如果存在以下情況，則預(yù)測(cè)所述患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML的患者的生存 率不良： (i) 在不具有FLT3-ITD突變的患者中，在TET2、ASXL1或PHF6或MLL-PTD中存在突變， 或 (ii) 所述患者具有FLT3-ITD突變、以及TET2、DNMT3A、MLL-PTD中的突變、或8號(hào)染色 體三體。
4. 權(quán)利要求2所述的方法，其中生存率中度的所述患者能夠生存大約18個(gè)月到大約 30個(gè)月。
5. -種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者生存率的方法，所述方法包括： (a) 檢驗(yàn)來自所述患者的血液或骨髓的遺傳樣品在所述樣品中的基因 FLT3、NPM1、 DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、 P53、HRAS和EZH2的至少一者中是否存在突變；以及 (b) 如果在基因 FLT3-ITD、MLL-PTD、ASXL1、PHF6的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所述 患者的生存率差，或者如果在CEBPA中存在突變和/或在IDH2的R140位存在突變，則預(yù)測(cè) 所述患者的生存率良好。
6. 權(quán)利要求5所述的方法，其中在患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血 病且具有FLT3-ITD突變的患者之中，以下至少一者與所述患者的不良預(yù)后以及總生存率 差有關(guān)：8號(hào)染色體三體、或在TET2、DNMT3A或MLL-PTD中具有突變。
7. 權(quán)利要求5所述的方法，其中在患有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)急性髓細(xì)胞白血 病且在FLT3-ITD基因中具有突變的患者之中，CEBPA基因的突變與所述患者的改善的預(yù)后 和總生存率有關(guān)。
8. 權(quán)利要求5所述的方法，其中在同時(shí)具有IDH1/IDH2和NPM1突變的由細(xì)胞遺傳學(xué)限 定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML患者中，與IDH1和IDH2均為野生型的NPM1-突變的患者相比，總生存率 提尚。
9. 權(quán)利要求5所述的方法，其中在患有急性髓細(xì)胞白血病的患者之中，IDH2R140突變 與總生存率提尚相關(guān)。
10. 權(quán)利要求1至9中任意一項(xiàng)所述的方法，其中生存率差或不良的所述患者（不良風(fēng) 險(xiǎn)）能存活小于或等于約10個(gè)月。
11. 權(quán)利要求1至9中任意一項(xiàng)所述的方法，其中生存率良好的所述患者能存活大約 32個(gè)月或更長(zhǎng)時(shí)間。
12. -種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者的生存率的方法，所述方法包括： (a) 檢驗(yàn)來自所述患者的血液或骨髓的遺傳樣品在基因 ASXL1和WT1中是否存在突變； 以及 (b) 如果檢測(cè)到突變的ASXL1和WT1基因，則確定所述患者患有或?qū)⒒加性l(fā)性難治性 急性髓細(xì)胞白血病。
13. -種確定患有急性髓細(xì)胞白血病的患者對(duì)高劑量治療的響應(yīng)性的方法，所述方法 包括： (a) 分析由所述患者分離的遺傳樣品在基因 DNMT3A和NPM1中是否存在突變、以及是否 存在MLL易位；以及 (b) (i)如果在DNMT3A或NPM1中存在突變，或存在MLL易位，則確定所述患者能響應(yīng)高 劑量治療；或 (ii)如果在DNMT3A或NPM1中不存在突變，或不存在MLL易位，則確定所述患者不能響 應(yīng)高劑量治療。
14. 一種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者是否相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療對(duì)高劑量化療的 響應(yīng)性更好的方法，所述方法包括： (a) 從得自所述患者的血液或骨髓中獲得DNA樣品； (b) 確定基因 DNMT3A和NPM1的突變狀態(tài)，并確定是否存在MLL易位；以及 (c) 如果所述樣品對(duì)于在DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易位呈陽(yáng)性，則預(yù)測(cè)相對(duì)于標(biāo) 準(zhǔn)劑量化療所述患者對(duì)高劑量化療的響應(yīng)性更好；或者，如果所述樣品為在基因 DNMT3a或 NPM1中不存在突變且不存在MLL易位的野生型，則預(yù)測(cè)相對(duì)于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療所述患者對(duì)高 劑量化療無響應(yīng)性。
15. -種篩查患有急性髓細(xì)胞白血病的患者對(duì)用高劑量的道諾紅霉素或其可藥用的 鹽、溶劑化物或水合物進(jìn)行治療的響應(yīng)性的方法，包括：從所述個(gè)體中獲得含有急性髓細(xì)胞 白血病細(xì)胞的遺傳樣品；以及檢驗(yàn)所述樣品，并且檢測(cè)DNMT3A或NPM1中的突變或MLL易位 是否存在；以及與不存在突變的野生型對(duì)照相比較，將DNMT3A或NPM1中具有突變或者具有 MLL易位的發(fā)現(xiàn)與所述急性髓細(xì)胞白血病患者對(duì)用高劑量的道諾紅霉素或其可藥用的鹽、 溶劑化物或水合物進(jìn)行治療的敏感性更高相關(guān)聯(lián)。
16. 權(quán)利要求15所述的方法，其中所述方法還包括，如果檢測(cè)到DNMT3A或NPM1中的突 變或MLL易位，則預(yù)測(cè)所述患者在化療后急性髓細(xì)胞白血病復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)較低。
17. -種確定個(gè)體是否對(duì)患上急性髓細(xì)胞白血病或該病復(fù)發(fā)具有增加的遺傳風(fēng)險(xiǎn)的方 法，所述方法包括： (a)分析從所述個(gè)體的血液或骨髓分離的遺傳樣品在基因 FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、 CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、KRAS、PTEN、P53、HRAS 和 EZH2的至少一者中是否存在突變；以及 (b)與在所述基因中不具有所述基因突變的對(duì)照個(gè)體相比，當(dāng)：（i)在不具有FLT3-ITD 突變的患者中檢測(cè)到在基因 TET2、MLL-PTD、ASXL1和PHF6的至少一者中有突變時(shí)，或者 (ii)在具有FLT3-IID突變的患者中檢測(cè)到在基因 TET2、MLL-PID和DNMT3A的至少一者中 有突變、或者檢測(cè)到8號(hào)染色體三體時(shí)，確定具有由細(xì)胞遺傳學(xué)限定的中度風(fēng)險(xiǎn)AML的個(gè)體 患上急性髓細(xì)胞白血病或該病復(fù)發(fā)的遺傳風(fēng)險(xiǎn)增加。
18. -種為患有急性髓細(xì)胞白血病的患者制備個(gè)性化基因組圖譜的方法，包括： (a) 對(duì)從來自所述患者的骨髓抽出物或血液樣品中提取的單核細(xì)胞進(jìn)行基因突變分 析； (b) 檢驗(yàn)所述樣品，并在所述細(xì)胞中檢測(cè)是否存在細(xì)胞遺傳學(xué)異常、以及在選自由基因 FLT3、NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、MLL-PTD、ASXL1、PHF6、 KRAS、PTEN、P53、HRAS和EZH2構(gòu)成的組中的基因中是否存在一種或多種突變；以及 (c) 將由所述基因突變分析獲得的數(shù)據(jù)產(chǎn)生報(bào)告，其中所述報(bào)告包括對(duì)所述患者的生 存可能性或治療響應(yīng)性的預(yù)測(cè)。
19. 一種用于確定對(duì)患有AML的患者的治療的試劑盒，所述試劑盒包括：用于檢測(cè)選 自由 ASXL1、DNMT3A、NPM1、PHF6、WT1、TP53、EZH2、CEBPA、TET2、RUNX1、PTEN、FLT3、HRAS、 KRAS、NRAS、KIT、IDH1和IDH2構(gòu)成的組中的至少一種基因的突變的裝置；以及基于一種或 多種所述基因中突變的存在進(jìn)行推薦治療的說明。
20. 權(quán)利要求31所述的試劑盒，其中基于DNMT3A或NPM1突變或MLL易位的存在而對(duì) 所述患者進(jìn)行推薦治療的說明指示以高劑量道諾紅霉素為推薦的治療。
21. -種在患者中治療、預(yù)防或處理急性髓細(xì)胞白血病的方法，包括： (a) 分析從所述患者分離的遺傳樣品在基因 DNMT3A和NPM1中是否存在突變以及是否 存在MLL易位； (b) 如果DNMT3A或NPM1存在突變或存在MLL易位，則確定所述患者對(duì)高劑量化療的響 應(yīng)性好于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療；以及 (c) 向所述患者施用高劑量化療。
22. 權(quán)利要求5或13或14或21所述的方法，其中所述患者的特征在于基于細(xì)胞遺傳 學(xué)分析具有中度風(fēng)險(xiǎn)。
23. 權(quán)利要求14或21所述的方法，其中所述治療包括施用蒽環(huán)類藥物。
24. 權(quán)利要求14或21所述的方法，其中施用高劑量治療包括施用高劑量的選自由道諾 紅霉素、多柔比星、表柔比星、伊達(dá)比星、米托蒽醌和阿霉素構(gòu)成的組中的一種或多種蒽環(huán) 類抗生素。
25. 權(quán)利要求13或21所述的方法，其中所述樣品為從所述患者的骨髓或血液中提取的 DNA〇
26. 權(quán)利要求13或21所述的方法，其中所述遺傳樣品為分離自所述患者的單核細(xì)胞 (MNC)中的 DNA。
27. 權(quán)利要求21所述的方法，其中所述高劑量化療為施用約70mg/m2至約140mg/m2的 道諾紅霉素，或施用約l〇mg/m2至約20mg/m2的伊達(dá)比星。
28. -種高劑量化療試劑在治療、預(yù)防或處理患者的急性髓細(xì)胞白血病的方法中的應(yīng) 用，所述方法包括： (a) 分析從所述患者中分離的遺傳樣品是否在基因 DNMT3A和NPM1中存在突變以及是 否存在MLL易位； (b) 如果DNMT3A或NPM1存在突變或存在MLL易位，則確定所述患者對(duì)高劑量化療的響 應(yīng)性好于標(biāo)準(zhǔn)劑量化療；以及 (c) 向所述患者施用高劑量化療。
29. 權(quán)利要求28所述的試劑的應(yīng)用，其中所述患者的特征在于基于細(xì)胞遺傳學(xué)分析具 有中度風(fēng)險(xiǎn)。
30. 權(quán)利要求28或29所述的試劑的應(yīng)用，其中所述試劑為蒽環(huán)類抗生素，其任選地選 自由道諾紅霉素、多柔比星、表柔比星、伊達(dá)比星、米托蒽醌和阿霉素構(gòu)成的組中。
31. 權(quán)利要求28至30中任意一項(xiàng)所述的試劑的應(yīng)用，其中所述樣品為從所述患者的骨 髓或血液中預(yù)先提取的DNA。
32. 權(quán)利要求28至30中任意一項(xiàng)所述的試劑的應(yīng)用，其中所述遺傳樣品為從所述患者 的單核細(xì)胞（MNC)中預(yù)先分離的DNA。
33. 權(quán)利要求28至32中任意一項(xiàng)所述的試劑的應(yīng)用，其中高劑量施用為施用約70mg/ m2至約140mg/m2的道諾紅霉素，或施用約10mg/m2至約20mg/m 2的伊達(dá)比星。
34. -種預(yù)測(cè)患有急性髓細(xì)胞白血病的患者生存率的方法，包括： (a) 分析從所述患者分離的樣品是否存在以下情況： (i) 在基因 FLT3、MLL-PTD、ASXL1和PHF6的至少一者中的突變，以及任選的在基因 NPM1、DNMT3A、NRAS、CEBPA、TET2、WT1、IDH1、IDH2、KIT、RUNX1、KRAS、PTEN、P53、HRAS 和 EZH2的一者或多者中的突變；或 (ii) 在基因 IDH2和/或CEBPA中的突變，以及任選的在基因 FLT3、MLL-PTD、ASXL1、 PHF6、NPM1、DNMT3A、NRAS、TET2、WT1、IDH1、KIT、RUNX1、KRAS、PTEN、P53、HRAS 和 EZH2 的一 者或多者中的突變；以及 (b) ⑴如果在基因 FLT3、MLL-PTD、ASXL1和PHF6中的至少一者中存在突變，則預(yù)測(cè)所 述患者的生存率差，或者（ii)如果在IDH2R140中存在突變和/或在CEBPA中存在突變，則 預(yù)測(cè)所述患者的生存率良好。
35. 權(quán)利要求34所述的方法，還包括分析所述樣品中是否存在細(xì)胞遺傳學(xué)異常。
36. 權(quán)利要求34所述的方法，還包括：（ii)如果以下突變存在：IDH2R140Q，則預(yù)測(cè)所 述患者的生存率良好。
【文檔編號(hào)】C12Q1/68GK104508143SQ201380024896
【公開日】2015年4月8日 申請(qǐng)日期:2013年3月11日 優(yōu)先權(quán)日:2012年3月12日
【發(fā)明者】羅斯·L·萊文, 奧馬爾·阿卜杜勒-瓦希卜, 杰伊·P·帕特爾, 米特哈特·戈嫩 申請(qǐng)人:紀(jì)念斯隆-凱特琳癌癥中心