20個(gè)y染色體短串聯(lián)重復(fù)序列的復(fù)合擴(kuò)增試劑盒的制作方法
【專(zhuān)利摘要】本發(fā)明涉及一種同時(shí)分析多個(gè)Y-STR基因座的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其特征在于：復(fù)合擴(kuò)增20個(gè)Y染色體基因座：DYS19、DYS388、DYS389I、DYS389II、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS385a、DYS385b、DYS437、DYS438、DYS439、DYS447、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、DYS460、和Y-GATA-H4。本發(fā)明還涉及同時(shí)分析DNA樣品的方法和試劑盒，以及它們的用途。
【專(zhuān)利說(shuō)明】20個(gè)Y染色體短串聯(lián)重復(fù)序列的復(fù)合擴(kuò)增試劑盒
【技術(shù)領(lǐng)域】:
[0001]本發(fā)明涉及生物【技術(shù)領(lǐng)域】。進(jìn)一步，本發(fā)明涉及檢測(cè)人類(lèi)基因組中具有多態(tài)性的遺傳標(biāo)記基因。本發(fā)明特別涉及用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)在一個(gè)擴(kuò)增體系中同時(shí)擴(kuò)增多個(gè)短串聯(lián)
重復(fù)基因座。
【背景技術(shù)】:
[0002]短串聯(lián)重復(fù)序列(簡(jiǎn)稱STR)也稱為微衛(wèi)星或簡(jiǎn)單序列重復(fù)(SSR)，是一類(lèi)廣泛存在于真核生物基因組中的DNA串聯(lián)重復(fù)序列，核心序列為2-6個(gè)堿基重復(fù)單位。STR基因座數(shù)量大，分布廣泛，約占整個(gè)基因組的3% (Internat1nal Human Genome SequencingConsortium, 2001)，而且多態(tài)性高，其多態(tài)性主要源自核心序列重復(fù)次數(shù)在個(gè)體間的差異，并且這種差異在遺傳過(guò)程中遵循孟德?tīng)栠z傳規(guī)律。因此，STR擴(kuò)增檢測(cè)技術(shù)被廣泛用于個(gè)體識(shí)別、親緣鑒定和群體遺傳學(xué)研究。
[0003]Y-STR指男性Y染色體上存在的短串聯(lián)重復(fù)序列，Y-STR只存在于Y染色體上，所以是父系遺傳，由于Y-STR的特性，在人類(lèi)遺傳學(xué)中有很多重要的應(yīng)用:法庭證據(jù)調(diào)查、侵權(quán)鑒定、歷史調(diào)查、通過(guò)男性家系追溯人類(lèi)遷移模式以及家系研究等。
[0004]目前Y-STR復(fù)合擴(kuò)增技術(shù)為法醫(yī)個(gè)體識(shí)別和親子鑒定的主要輔助手段，在性侵案件、混合樣本區(qū)分、通過(guò)Y-STR進(jìn)行家系排查等案例中發(fā)揮著重要作用。隨著發(fā)展，Y-STR數(shù)據(jù)庫(kù)的建設(shè)也逐漸受到更多的重視，很多國(guó)家利用這一技術(shù)建立Y-STR的DNA數(shù)據(jù)庫(kù)，也就是對(duì)在押犯人和犯罪嫌疑人的Y-STR數(shù)據(jù)分析并錄入到數(shù)據(jù)庫(kù)中，便于進(jìn)行比對(duì)和排查等工作。
[0005]早期的Y-STR復(fù)合擴(kuò)增技術(shù)能夠?qū)崿F(xiàn)在一個(gè)反應(yīng)體系中擴(kuò)增12個(gè)左右的Y-STR基因座，隨著應(yīng)用的廣泛、數(shù)據(jù)比對(duì)的增加、Y-STR父系遺傳的特性，12個(gè)基因座提供的信息不能滿足要求，國(guó)內(nèi)外的廠家開(kāi)發(fā)出新的更多基因座的產(chǎn)品，比如美國(guó)ABI公司的AmpFISTR Yfiler試劑盒可以擴(kuò)增17個(gè)基因座。
[0006]但是，近年來(lái)隨著DNA作為鑒定手段的應(yīng)用越來(lái)越廣，用戶對(duì)試劑盒的基因座數(shù)量、信息含量和兼容性有了更高的要求。作為在某些遺傳鑒定中，需要更多的基因座提供更多的信息量。比如親子鑒定、失蹤人口比對(duì)時(shí)，檢測(cè)的基因座數(shù)量少的話，可能發(fā)生誤判(STR基因座在二聯(lián)體親子鑒定中的應(yīng)用分析，張文紅等，《法醫(yī)學(xué)雜志》，2008年第24卷第
6期)，往往需要通過(guò)加測(cè)Y-STR數(shù)據(jù)輔助做出正確判斷。目前的做法通常是選擇ABI公司AmpFISTR Yfiler試劑盒和Promega公司的Powerplex Y試劑盒作為輔助，聯(lián)合使用，以達(dá)到做出正確判斷的目的。而國(guó)內(nèi)Y-STR基因座試劑盒目前還處于空白，如果我們可以開(kāi)發(fā)出一款多位點(diǎn)的Y-STR基因座試劑盒，不僅可以填補(bǔ)國(guó)內(nèi)在Y-STR檢測(cè)試劑上的空白，還能彌補(bǔ)目前Y-STR檢測(cè)位點(diǎn)過(guò)少的缺點(diǎn)。
[0007]另外，在DNA數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)方面，對(duì)于試劑盒兼容性也提出了新的要求。我國(guó)的目前DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中有200萬(wàn)份左右，我國(guó)將在DNA數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)方面進(jìn)一步加速，到2013年DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)將超過(guò)1000萬(wàn)份，英國(guó)等發(fā)達(dá)國(guó)家的數(shù)據(jù)庫(kù)中約有占總?cè)丝?10%的數(shù)據(jù)(http://www.forensic, gov, uk, Asplen, 2004)。隨著我國(guó)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)規(guī)模將不斷擴(kuò)大，數(shù)據(jù)比對(duì)的作用越來(lái)越重要。數(shù)據(jù)比對(duì)是建立在STR復(fù)合擴(kuò)增分析得到的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)之上，需要各個(gè)STR試劑盒在基因座位上具有兼容性(中國(guó)法庭科學(xué)DNA數(shù)據(jù)庫(kù)，《中國(guó)法醫(yī)學(xué)雜志》，姜先華，2006年第12卷第5期)。然而目前并沒(méi)有規(guī)定Y-STR基因座的核心位點(diǎn)，所采用的試劑盒大多以ABl和Promega兩家公司試劑盒中出現(xiàn)的位點(diǎn)為為基礎(chǔ)，在此基礎(chǔ)只是選擇增加其他基因座，各廠商試劑盒基因座信息見(jiàn)表1。所以，如果采用不同生產(chǎn)商的STR試劑盒，導(dǎo)入到DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)是有基因座差異的。這樣在比對(duì)的時(shí)候，不是所有數(shù)據(jù)都有效，只是相同基因座部分的數(shù)據(jù)可以比對(duì)，而不同的部分就無(wú)法應(yīng)用。所以，由于各STR試劑盒基因座不同，導(dǎo)致了 DNA數(shù)據(jù)庫(kù)部分?jǐn)?shù)據(jù)資源浪費(fèi)，并且有效性不夠。
[0008]因此，DNA鑒定領(lǐng)域需要具有一個(gè)反應(yīng)擴(kuò)增更多基因座、能提供更多信息量和具有更好兼容性的STR復(fù)合擴(kuò)增體系。
[0009]表1:各主流生產(chǎn)商試劑盒的基因座位信息
【權(quán)利要求】
1.一種同時(shí)分析多個(gè)Y-STR基因座的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其特征在于:復(fù)合擴(kuò)增20個(gè)Y-STR 基因座:DYS19、DYS3891、DYS389I1、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS385a、DYS385b、DYS438、DYS439、DYS437、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、Y-GATA-H4、DYS460、DYS388 和 DYS447。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其特征在于:復(fù)合擴(kuò)增是利用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)進(jìn)行的，其中，DYS389I和DYS389II的擴(kuò)增引物相同，DYS385a和DYS385b的擴(kuò)增引物相同，所述20個(gè)Y-STR基因座對(duì)應(yīng)的上下游引物序列依次如SEQ ID NO:1_36所示。
3.根據(jù)權(quán)利要求1所述的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其中所述的基因座分為下述組合:第一組:DYS391、DYS3891、DYS390、DYS389I1、DYS438 ;第二組:DYS456、Y-GATA-H4、DYS447、DYS19、DYS392 ;第三組:DYS393、DYS388、DYS439、DYS635、DYS448 ;第四組:DYS460、DYS458、DYS437、DYS385a、DYS385b。
4.根據(jù)權(quán)利要求2所述的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其中在一個(gè)復(fù)合擴(kuò)增反應(yīng)體系中同時(shí)擴(kuò)增20個(gè)Y-STR基因座。
5.根據(jù)權(quán)利要求3所述的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其中基因座被位于該基因座兩側(cè)的一對(duì)引物擴(kuò)增，其中每對(duì)引物中有一個(gè)引物的5’端進(jìn)行熒光素標(biāo)記。
6.根據(jù)權(quán)利要求5所述的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，其中，四組基因座的引物分別用藍(lán)色、綠色、黃色和紅色熒光素標(biāo)記，藍(lán)色標(biāo)記選擇5-FAM、6-FAM或相近光譜的熒光素分子，綠色標(biāo)記選擇HEX、JOE或相近光譜的熒光素分子，黃色標(biāo)記選擇TMR或相近光譜的熒光素分子，紅色標(biāo)記選擇ROX或相 近光譜的熒光素分子。
7.一種同時(shí)分析DNA樣品的方法，其特征在于應(yīng)用前述權(quán)利要求之一所述的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)檢測(cè)DNA。
8.根據(jù)權(quán)利要求7所述的方法，其中DNA樣品包括血液、血斑、精液、精斑、骨骼、毛發(fā)、唾液、唾液斑、汗液和羊水中的一種或多種。
9.一種具有SEQ ID NO:1-36所示的用于復(fù)合擴(kuò)增體系的引物序列或者所述引物序列的混合物。
10.一種用于同時(shí)分析多個(gè)STR基因座的試劑盒，所述基因座為DYS19、DYS388、DYS3891、DYS389I1、DYS390、DYS391、DYS392、DYS393、DYS385a、DYS385b、DYS437、DYS438、DYS439、DYS447、DYS448、DYS456、DYS458、DYS635、DYS460、和 Y-GATA-H4，其包含 SEQ ID NO:1-36所示的引物。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK104031983SQ201410132163
【公開(kāi)日】2014年9月10日 申請(qǐng)日期:2014年4月3日 優(yōu)先權(quán)日:2014年4月3日
【發(fā)明者】張威, 張琰 申請(qǐng)人:基點(diǎn)認(rèn)知技術(shù)(北京)有限公司