一種水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記及其應(yīng)用的制作方法
【專利摘要】一種水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的Indel分子標(biāo)記及其應(yīng)用，可用于稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的鑒定。該Indel分子標(biāo)記的核苷酸序列為SEQ ID No.1。利用本發(fā)明的引物對(duì)，以水稻基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可以得到與水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基因緊密連鎖的InDel分子標(biāo)記，該標(biāo)記在本發(fā)明中命名為InDelBR1。通過(guò)PCR擴(kuò)增分析可以明確該標(biāo)記的有無(wú)可以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)，能夠用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性有無(wú)的檢測(cè)。該InDel分子標(biāo)記帶型簡(jiǎn)單、分布較密等特點(diǎn)具有SSR不可比擬的優(yōu)勢(shì)，能快速精確檢測(cè)亞種內(nèi)品種間的多態(tài)性，具有廣闊的應(yīng)用前景。
【專利說(shuō)明】一種水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的InDeI分子標(biāo)記及其應(yīng)用

【技術(shù)領(lǐng)域】
[0001] 本發(fā)明涉及生物分子標(biāo)記領(lǐng)域，特別涉及一種水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的Indel 分子標(biāo)記及其應(yīng)用。

【背景技術(shù)】
[0002] DNA分子標(biāo)記是能反映個(gè)體和種群間基因組中某種差異特征的DNA片段。此DNA 片段是將基因組DNA經(jīng)過(guò)限制性內(nèi)切酶切割和分子雜交或PCR擴(kuò)增后在電泳凝膠上或雜交 膜檢測(cè)到的。它廣泛應(yīng)用于生物基因組研究、進(jìn)化分類、遺傳育種等方面。DNA分子標(biāo)記具 有以下優(yōu)點(diǎn)：①不受環(huán)境影響以及不存在基因表達(dá)與否的問(wèn)題②數(shù)量豐富，遍及整個(gè)基因 組③多態(tài)性高④對(duì)生物體的影響多為"中性"⑤多為共顯性等。目前被廣泛應(yīng)用的分子標(biāo) 記有RFLP (限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性）AFLP (擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性）、RAPD (隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性 DNA)、STS (序列標(biāo)記位點(diǎn)）、SSR (簡(jiǎn)單重復(fù)序列）、Indel (插缺失序列）以及DNA指紋技術(shù) 等。
[0003] 插入缺失長(zhǎng)度多態(tài)性（insertion deletion length polymorphism, InDel)， InDel較多用于基因組多態(tài)性的評(píng)價(jià)。稻瘟病菌基因組中存在大量的InDel，隨著稻瘟病菌 基因組測(cè)序及重測(cè)序工作的完成，稻瘟病菌InDel多態(tài)性標(biāo)記得到了更快的發(fā)展。由于目 前的許多分子標(biāo)記自身存在許多缺點(diǎn)，諸如RAro標(biāo)記是顯性標(biāo)記不能區(qū)分純合體和雜合 體的缺點(diǎn)，SSR技術(shù)則在品種間缺乏通用的特異性標(biāo)記以及多態(tài)性沒(méi)有InDel標(biāo)記豐富的 缺點(diǎn)，因此多態(tài)性豐富的InDel標(biāo)記已經(jīng)被廣泛應(yīng)用于稻瘟病菌多態(tài)性分析。本發(fā)明所涉 及的InDel標(biāo)記克服了現(xiàn)有分子標(biāo)記技術(shù)研究稻瘟病菌群體遺傳結(jié)構(gòu)中存在的缺點(diǎn)，而且 克服了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基礎(chǔ)抗性時(shí)受環(huán)境和人為干擾因素的影響，為更好地研究水稻對(duì) 稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性提供了重要的參考。


【發(fā)明內(nèi)容】

[0004] 本發(fā)明目的是為解決上述技術(shù)問(wèn)題不足，提供一種水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的 Indel分子標(biāo)記及其應(yīng)用，可用于稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的鑒定。利用本發(fā)明的引物對(duì)，以水 稻基因組DNA為模板進(jìn)行PCR擴(kuò)增，可以得到與水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性基因緊密連鎖的 InDel分子標(biāo)記，該標(biāo)記在本發(fā)明中命名為InDelBRl。通過(guò)PCR擴(kuò)增分析可以明確該標(biāo)記 的有無(wú)可以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)，能夠用于水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性有無(wú) 的檢測(cè)。該InDel分子標(biāo)記帶型簡(jiǎn)單、分布較密等特點(diǎn)具有SSR不可比擬的優(yōu)勢(shì)，能快速精 確檢測(cè)亞種內(nèi)品種間的多態(tài)性，具有廣闊的應(yīng)用前景。
[0005] -種水稻對(duì)稻癌病菌基礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記InDelBRl,該分子標(biāo)記的核苷酸 序列為 SEQ ID No. 1。
[0006] 進(jìn)一步的，擴(kuò)增上述水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記的引物對(duì)為：
[0007] InDelBRlF ：CGACAAACCCACACCTGAAT ；
[0008] InDelBRlR :GCAAAGCAAGCTCTCTCCTC。
[0009] 進(jìn)一步的，檢測(cè)所述水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記的方法為：以抗 病和感病水稻總DNA為模板，用所述引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增，PCR擴(kuò)增條件為95°C預(yù)變性3min、 94°C變性lmin、55°C退火lmin、72°C延伸lmin，72°C延伸lOmin。擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3%瓊脂糖凝 膠電泳檢測(cè)，將目的條帶的大小與分子標(biāo)記進(jìn)行對(duì)比，從而根據(jù)分子標(biāo)記的有無(wú)判斷水稻 對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性。
[0010] 進(jìn)一步的，所述InDel分子標(biāo)記在檢測(cè)、鑒定水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性方面的應(yīng) 用。
[0011] 相對(duì)于現(xiàn)有技術(shù)，本發(fā)明的有益效果為：
[0012] 本發(fā)明以水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的Indel分子標(biāo)記可用于水稻基礎(chǔ)抗性進(jìn)行 遺傳結(jié)構(gòu)分析、基因診斷、基因精細(xì)定位和染色體步移等多個(gè)研究領(lǐng)域。
[0013] 本發(fā)明根據(jù)水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性侯選基因序列的特點(diǎn)，可以開(kāi)發(fā)大量的 InDel分子標(biāo)記。該分子標(biāo)記非常適合于秈粳交組合的遺傳圖譜構(gòu)建和基因定位分析。水 稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記解決了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基礎(chǔ)抗性的方法，避免 了傳統(tǒng)方法鑒定水稻基礎(chǔ)抗性時(shí)受環(huán)境條件以及接種時(shí)人為因素的影響而使鑒定結(jié)果不 準(zhǔn)確，本發(fā)明的分子標(biāo)記具有快速、準(zhǔn)確、不受環(huán)境和人為因素的干擾，能快速了解所鑒定 的水稻品種是否具有基礎(chǔ)抗性。通過(guò)本發(fā)明的分子標(biāo)記，可充分挖掘水稻基礎(chǔ)抗性資源，為 解決水稻抗瘟性育種資源匱乏提供重要的信息。本領(lǐng)域技術(shù)人員可以理解，在水稻抗瘟性 鑒定中，除了通過(guò)上述PCR擴(kuò)增的方法獲得本發(fā)明的分子標(biāo)記外，也可以通過(guò)傳統(tǒng)的水稻 人工接種水稻品種的抗瘟性鑒定方法得到本發(fā)明的分子標(biāo)記。傳統(tǒng)水稻抗瘟性鑒定方法容 易受環(huán)境條件特別是溫度、濕度和人為因素的影響，而本發(fā)明的分子標(biāo)記能夠克服環(huán)境條 件的影響，提高鑒定的準(zhǔn)確性和效率。

【專利附圖】

【附圖說(shuō)明】
[0014] 圖1是Indel分子標(biāo)記檢測(cè)水稻品種Iiyub和麗江新團(tuán)黑谷水稻品種電泳圖。
[0015] 其中,M為Marker,泳道1為水稻品種Liyub,泳道2為水稻品種麗江新團(tuán)黑谷,泳 道3為陰性對(duì)照。

【具體實(shí)施方式】
[0016] 下面結(jié)合附圖及【具體實(shí)施方式】對(duì)本發(fā)明方案做進(jìn)一步詳細(xì)描述：
[0017] 本發(fā)明所用的水稻品種為云南傳統(tǒng)地方品種月亮谷，該品種是一個(gè)中抗水稻品 種，通過(guò)稻瘟病菌強(qiáng)致病菌株接種該水稻品種后提取水稻總RNA，獲得稻瘟病菌侵染月亮谷 轉(zhuǎn)錄組芯片，通過(guò)大量分析，發(fā)現(xiàn)月亮谷在受到稻瘟病菌侵染12h時(shí)，基因0s01g0750500的 表達(dá)量上調(diào)。利用本發(fā)明所用的InDel分子標(biāo)記InDelBRl擴(kuò)增水稻基因0slg0750500具 體步驟如下：
[0018] (1)分別提取一個(gè)抗病水稻品種麗江新團(tuán)黑谷的基因組DNA和一個(gè)感病水稻品種 協(xié)優(yōu)527的基因組DNA
[0019] (2)采用InDel分子標(biāo)記InDelBRl弓丨物對(duì)分別對(duì)抗病水稻品種基因組DNA和感 病水稻品種基因組DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增。PCR擴(kuò)增條件為95°C預(yù)變性3min、94°C變性lmin、 55°C退火 lmin、72°C延伸 lmin，72°C延伸 lOmin。
[0020] (3)用3 %瓊脂糖凝膠分離檢測(cè)PCR產(chǎn)物，
[0021] (4)統(tǒng)計(jì)帶型結(jié)果，分析所檢測(cè)抗病水稻品種DNA擴(kuò)增產(chǎn)物基因型和感病水稻品 種DNA擴(kuò)增產(chǎn)物基因型異同，以判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性的有無(wú)。
[0022] 如圖1所不為本發(fā)明Indel分子標(biāo)記檢測(cè)水稻品種Iiyub和Hll江新團(tuán)黑谷水稻品 種電泳圖。
[0023] 其中,M為Marker,泳道1為水稻品種Liyub,泳道2為水稻品種麗江新團(tuán)黑谷,泳 道3為陰性對(duì)照。
[0024] 以上所述，僅為本發(fā)明的【具體實(shí)施方式】，但本發(fā)明的保護(hù)范圍并不局限于此，任何 不經(jīng)過(guò)創(chuàng)造性勞動(dòng)想到的變化或替換，都應(yīng)涵蓋在本發(fā)明的保護(hù)范圍之內(nèi)。因此，本發(fā)明的 保護(hù)范圍應(yīng)該以權(quán)利要求書(shū)所限定的保護(hù)范圍為準(zhǔn)。
[0025]

【權(quán)利要求】
1. 一種水稻對(duì)稻癌病菌基礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記，其特征在于，該分子標(biāo)記的核苷 酸序列為SEQ ID No. 1。
2. 根據(jù)權(quán)利要求1所述的InDel分子標(biāo)記，其特征在于，擴(kuò)增上述水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ) 抗性的InDel分子標(biāo)記的引物對(duì)為： InDelBRIF ：CGACAAACCCACACCTGAAT ； InDelBRIR :GCAAAGCAAGCTCTCTCCTC。
3. 根據(jù)權(quán)利要求2所述的InDel分子標(biāo)記，其特征在于，檢測(cè)所述水稻對(duì)稻瘟病菌基 礎(chǔ)抗性的InDel分子標(biāo)記的方法為：以抗病和感病水稻總DNA為模板，用所述引物進(jìn)行PCR 擴(kuò)增，PCR擴(kuò)增條件為95°C預(yù)變性3min、94°C變性lmin、55°C退火lmin、72°C延伸lmin， 72°C延伸lOmin，擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)3%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)，將目的條帶的大小與分子標(biāo)記進(jìn)行 對(duì)比，從而根據(jù)分子標(biāo)記的有無(wú)判斷水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性。
4. 權(quán)利要1-3任一所述InDel分子標(biāo)記在檢測(cè)、鑒定水稻對(duì)稻瘟病菌基礎(chǔ)抗性方面的 應(yīng)用。
【文檔編號(hào)】C12N15/11GK104404038SQ201410722932
【公開(kāi)日】2015年3月11日 申請(qǐng)日期:2014年12月3日 優(yōu)先權(quán)日:2014年12月3日
【發(fā)明者】楊靜, 李成云, 朱有勇, 劉林, 梁美玲 申請(qǐng)人:云南農(nóng)業(yè)大學(xué)