專利名稱：具有抗細菌、抗真菌或抗腫瘤活性的新的化合物的制作方法
相關申請的交叉引用本申請要求美國臨時申請No.60/214,478的優(yōu)先權，該臨時申請是在2000年6月27日申請的，并且它的公開內(nèi)容在此整體引用作為參考。
背景技術：
發(fā)明領域本發(fā)明提供了具有以下一個或多個活性的新的化合物抗細菌活性、抗真菌活性和抗腫瘤活性。也提供了含有這些化合物的藥物組合物，以及制造和使用這些化合物的方法。
現(xiàn)有技術描述抗細菌的紡錘菌素和偏端霉素對雙鏈DNA小溝中富含AT的序列的結合是一種研究得相當多的現(xiàn)象。由于此類結合能用來調(diào)節(jié)DNA表達，例如，通過阻斷和/或替換調(diào)節(jié)蛋白，或通過抑制作用于DNA的酶(如逆轉(zhuǎn)錄酶或拓撲異構酶)活性，因此對這種結合的優(yōu)化是近來許多研究的主題。
如Bailly和Chaires在最近的一篇評論中(Bioconj.Chem.9(5)513-38，1998)所描述的，紡錘菌素和偏端霉素的吡咯酰胺單元比完美匹配小溝中對應堿基對序列所需的要長約20％。因此，在具有多個結合部分的寡聚類似物中，連續(xù)的結合部分會和小溝中的堿基對不相匹配。因此一些研究已經(jīng)指向含有不同接頭的紡錘菌素或偏端霉素的二聚體，以改善對較長目標序列的結合。在這些報道中，確定了多種紡錘菌素或偏端霉素的二聚體的效果，例如，在抑制由HIV-1逆轉(zhuǎn)錄酶引起的轉(zhuǎn)錄中的效果(M.Filipowsky等人，Biochemistry3515397-410，1996)，在對哺乳動物DNA拓撲異構酶I的抑制中的效果(Z.Wang等人，Biochem.Pharmacol.53309-16，1997)或在對HIV 1整合酶的抑制中的效果(N.Neamati等人，Mol.Pharmacol.54280-90，1998)。
在這些研究中，優(yōu)選的接頭包括對亞苯基、反式乙烯基、環(huán)丙基、3，5-吡啶基，以及6碳和8碳的脂肪鏈。這些接頭中的幾種限制了圍繞連接基團的旋轉(zhuǎn)，從而縮小了純單齒結合的程度(例如只有一個紡錘菌素部分結合；見Bailly)，但在靈活接頭的情況下，上述現(xiàn)象可以出現(xiàn)。但是，Kissinger等人(Chem.Res.Toxicol.3(2)162-8，1990)報道，同烷基和亞烷基接頭相比，芳香基連接的基團降低了DNA結合的親和力，Neamati等人(上面引用的)報道反式乙烯基連接的化合物的效能(在抑制HIV-1整合酶中)比“更僵硬的”環(huán)丁基和降冰片烷基接頭的效能高許多倍。Wang和Bailly建議，在某些應用中，較僵硬的接頭(環(huán)丙基和對亞苯基)不允許對位于接頭兩側(cè)的兩個紡錘菌素部分的優(yōu)化的同時(雙齒)結合。因此，就需要提供減少單齒結合但又為雙齒結合提供合適幾何形狀的接頭。隨著抗生素/抗真菌抗性的生物的增加，就需要開發(fā)新的化合物來治療由這些抗生素/抗真菌抗性生物引起的疾病。本發(fā)明的化合物滿足這一需要。
發(fā)明概述本發(fā)明提供了具有以下一個或多個活性的新的化合物抗細菌活性、抗真菌活性和抗腫瘤活性。特別的，本發(fā)明的化合物是用下面的化學式(I)表示的或者是其藥學上可接受的酸加成的鹽 其中Z1和Z2獨立地是-NR3-(其中R3是氫或烷基)或-O-；R1和R2獨立地是取代的烷基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基，前提是R1和R2中的至少一個是能夠形成藥學上可接受的酸加成的鹽的基團；R3是氫、烷基，或者R3和R1或R2與它們所連接的原子形成雜環(huán)；X2是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基、鏈烯基、炔基、環(huán)烷基或雜環(huán)；X1和X3獨立地是芳基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基。
在第二個方面中，本發(fā)明涉及治療細菌和/或真菌感染的方法，該方法包括施用治療上有效量的具有化學式(I)的化合物或它們的藥學上可接受的酸加成的鹽。
在第三個方面中，本發(fā)明涉及通過抑制拓撲異構酶來治療癌癥的方法，該方法包括施用治療上有效量的具有化學式(I)的化合物或它們的藥學上可接受的酸加成的鹽。
在第四個方面中，本發(fā)明涉及藥物組合物或其藥學上可接受的酸加成的鹽和藥學上可接受的賦形劑，其中該藥物組合物含有治療上有效量的具有化學式(I)的化合物。
附圖
簡述FIG.1說明了本發(fā)明的一些代表性的化合物。
FIG.2說明了本發(fā)明較具代表性的化合物。
FIG.3-4說明了本發(fā)明更具代表性的化合物。
FIG.5說明了具有抗細菌活性的化合物的例子。
FIG.6說明了具有抗真菌活性的化合物的例子。
方案1-5說明了具有化學式(I)的化合物7、11-15、20、22和25的特定合成途徑。
方案6-13說明了具有化學式(I)的多種化合物的合成途徑。
發(fā)明詳述本發(fā)明涉及具有以下一個或多個活性的新的化合物抗細菌活性、抗真菌活性和抗腫瘤活性。但是，在更具體地描述本發(fā)明之前，先定義下面的術語除非另外說明，下面這些用于說明書和權利要求書的術語具有以下的含義“烷基”表示具有1到10個碳原子(優(yōu)選1到6個碳原子)的飽和的直鏈或支鏈的單價烴基，如甲基、乙基、丙基、2-丙基、正丁基、異丁基、叔丁基、戊基等。
“取代的烷基”表示具有1到10個碳原子(優(yōu)選1到6個碳原子)的飽和的直鏈或支鏈的單價烴基，該烴基被1到5個基團(優(yōu)選1或2個基團)取代，這些基團選自羥基、烷氧基、?；?、酰氨基、鹵素、硫、硫代烷氧基、酰氨基、氨基、單取代或雙取代的氨基、羧基、脒基、胍基、偕胺肟(amidoxime)、磺酰氨基、環(huán)烷基、雜環(huán)、芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基和-NRSO2NR′R″(其中R是氫或烷基，R′和R″獨立地是氫、烷基、鹵代烷基、芳基、取代的芳基、雜芳基和取代的雜芳基)。代表性的例子包括，但不限于2-羥乙基、3-羥丙基、2-羥基-1-羥甲基乙基、2-羥基-2-羥甲基乙基、1-羥甲基乙基、3-羥基丁基、2，3-二羥基丙基、2，3-二羥基丙基、2-羥基-1-甲基丙基、2-甲氧基乙基、3-甲氧基丙基、2-乙?；一?、3-乙酰基丙基、2-乙酰氨基乙基、3-乙酰氨基丙基、2-氨基乙基、3-氨基丙基、二甲氨基乙基、二甲氨基丙基、2-哌啶-1-基乙基、2-哌嗪-1-基乙基、3-哌嗪-1-基丙基、3-哌嗪-1-基丙基、3-脒基丙基、3-胍基丙基、2-咪唑-2-基乙基、3-咪唑-2-基丙基等。
“亞烷基”表示具有1到6個碳原子的飽和直鏈或支鏈的二價烴基，例如亞甲基、1，2-亞乙基、2，2-二甲基-1，2-亞乙基、1，2-亞丙基、2-甲基-1，2-亞丙基、亞丁基、戊二烯亞戊基等。
“鏈烯基”表示具有2到6個碳原子的直鏈單價烴基或具有3到6個碳原子的支鏈單價烴基，并且至少含有一個雙鍵，例如，乙烯基、丙烯基等。
“取代的鏈烯基”表示如此處所定義的鏈烯基，它被1到3個基團(優(yōu)選1或2個基團)取代，這些基團選自羥基、烷氧基、?；Ⅴ０被?、鹵素、氨基、單取代或雙取代的氨基、羧基、脒基、胍基、磺酰氨基、雜環(huán)、芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基和-NRSO2NR′R″(其中R是氫或烷基，R′和R″獨立地是氫、烷基、鹵代烷基、芳基、取代的芳基、雜芳基和取代的雜芳基)。
“炔基”表示具有2到6個碳原子的直鏈的單價烴基，或具有3到6個碳原子的支鏈的單價烴基，并且含有至少一個三鍵，例如乙炔基、丙炔基等。
“環(huán)烷基”表示具有3到6個碳原子的飽和的單價環(huán)狀烴基，例如環(huán)丙基、環(huán)戊基、環(huán)己基等。
“取代的環(huán)烷基”表示如此處所定義的環(huán)烷基，其被一、二或三個取代基(優(yōu)選一個或兩個取代基)獨立地取代，并且這些取代基選自烷基、烷氧基、取代的烷基、?；?、酰氨基、磺酰氨基、鹵素、硝基、氰基、氨基、單取代或雙取代的烷基和NRSO2NR′R″(其中R是氫或烷基，R′和R″獨立地是氫、烷基、鹵代烷基、芳基、取代的芳基、雜芳基和取代的雜芳基。)。
“磺酰氨基”表示-NRSO2R′基團，其中R是氫或烷基，R′是烷基、取代的烷基、氨基、單取代的氨基、雙取代的氨基、芳基、取代的芳基、芳烷基、取代的芳烷基、雜芳基、取代的雜芳基、雜芳烷基和取代的雜芳烷基，例如，甲基磺酰氨基、芐基磺酰氨基、N-甲氨基磺酰氨基等。
“烷氧基”表示-OR基團，其中R是如上所定義的烷基，如甲氧基、乙氧基、丙氧基、丁氧基等。
“?；北硎?C(O)R基團，其中R是氫、烷基、取代的烷基、芳基、取代的芳基、芳烷基、取代的芳烷基、雜芳基、取代的雜芳基、雜芳烷基、取代的雜芳烷基、雜環(huán)和此處所定義的雜環(huán)烷基，代表性例子包括，但不限于甲?；?、乙酰基、苯甲酰基、芐基羰基、甘氨酰等。
“酰氨基”表示-NR′C(O)R基團，其中R′是氫或烷基，R是氫、烷基、取代的烷基、芳基、取代的芳基、芳烷基、取代的芳烷基、雜芳基、取代的雜芳基、雜芳烷基、取代的雜芳烷基、雜環(huán)和此處所定義的雜環(huán)烷基。代表性的例子包括，但不限于甲酰氨基、乙酰氨基、苯甲酰氨基、芐基碳酰氨基等。優(yōu)選的酰氨基團包括以下-NHC(O)CH(NH2)CH3；-NHC(O)CH(NH2)-(CH2)3-NH-C(NH)NH2；-NHC(O)CH(NH2)-CH2-C(O)NH2；-NHC(O)CH(NH2)-CH2-CO2H；-NHC(O)CH(NH2)-CH2-SH；-NHC(O)CH(NH2)-(CH2)2-C(O)NH2；-NHC(O)CH(NH2)-(CH2)2-CO2H；-NHC(O)CH2-NH2；-NHC(O)CH(NH2)-CH2-(C3H2N2)；-NHC(O)CH(NH2)-CH(CH3)CH2CH3；-NHC(O)CH(NH2)-CH2CH(CH3)2；-NHC(O)CH(NH2)-(CH2)4-NH2；-NHC(O)CH(NH2)-(CH2)2-SCH3；-NHC(O)CH(NH2)-CH2Ph；-NHC(O)CH(NH2)-(C4H8N)；-NHC(O)CH(NH2)-CH2OH；-NHC(O)CH(NH2)-CH(OH)CH3；-NHC(O)CH(NH2)-CH2-(C8H6N)；-NHC(O)CH(NH2)-CH2-Ph-p-OH；和-NHC(O)CH(NH2)-CH(CH3)2。
“單取代的氨基”表示-NHR基團，其中R代表烷基、酰基、芳基、取代的芳基、芳烷基、取代的芳烷基、雜芳基、取代的雜芳基、雜芳烷基、取代的雜芳烷基、雜環(huán)和此處所定義的雜環(huán)烷基，代表性的例子包括，但不限于甲氨基、乙氨基、苯氨基、芐氨基等。
“雙取代的氨基”表示-NRR′基團，其中R和R′獨立地選自烷基、?；?、芳基、取代的芳基、芳烷基、取代的芳烷基、雜芳基、取代的雜芳基、雜芳烷基、取代的雜芳烷基、雜環(huán)和如此處所定義的雜環(huán)烷基。代表性的例子包括，但不限于二甲氨基、二乙氨基、甲乙氨基、二苯氨基、二芐氨基等。
“鹵素”表示氟、氯、溴或碘，優(yōu)選是氟和氯。
“鹵代烷基”表示被一個或多個相同或不同的鹵素原子取代的烷基，例如，-CH2Cl、-CF3、-CH2CF3、-CH2CCl3等。
“芳基”表示具有6到14個環(huán)原子的單價的單環(huán)、二環(huán)或三環(huán)芳香烴基，例如，苯基、萘基或蒽基。
“取代的芳基”表示如上所定義的芳基環(huán)，它獨立地被一個、兩個或三個取代基(優(yōu)選一個或兩個取代基)取代，這些取代基選自烷基、烷氧基、芳氧基、取代的烷基、?；Ⅴ０被?、磺酰氨基、鹵素、硝基、氰基、氨基、單取代或雙取代的氨基和-NRSO2NR′R″(其中R是氫或烷基，R′和R″獨立地是氫、烷基、鹵代烷基、芳基、取代的芳基、雜芳基和取代的雜芳基)。
“雜芳基”表示具有5到12個環(huán)原子的單價單環(huán)、二環(huán)或三環(huán)基團，并且該基團至少含有一個芳香環(huán)，該芳香環(huán)含有1個、2個、3個或4個選自N、O或S的環(huán)雜原子，剩下的環(huán)原子是C，并且雜芳基的連接點位于芳香環(huán)上。更特別的是，術語雜芳基包括，但不限于吡啶基、呋喃基、三烯基、噻唑基、四唑基、異噻唑基、三唑基、咪唑基、異噁唑基、吡咯基、吡唑基、嘧啶基、苯并呋喃基、異苯并呋喃基、苯并噻唑基、苯并異噻唑基、苯并三唑基、吲哚基、異吲哚基、苯并噁唑基、喹啉基、四氫喹啉基、異喹啉基、苯并咪唑基、苯并異噁唑基或苯并三烯基。
“取代的雜芳基”表示如上所定義的雜芳基環(huán)，它獨立地被一個、兩個或三個取代基(優(yōu)選一個或兩個取代基)取代，這些取代基選自烷基、烷氧基、芳氧基、取代的烷基、?；Ⅴ０被?、磺酰氨基、鹵素、硝基、氰基、氨基、單取代或雙取代的氨基和-NRSO2NR′R″(其中R是氫或烷基，R′和R″獨立地是氫、烷基、鹵代烷基、芳基、取代的芳基、雜芳基和取代的雜芳基)。
“芳烷基”、“雜芳烷基”、“取代的芳烷基”、“取代的雜芳烷基”表示-RaRb基團，其中Ra是亞烷基，Rb是此處所定義的芳基或取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基，例如，芐基、吡啶-3-基甲基、咪唑基乙基、吡啶基乙基、3-(苯并呋喃-2-基)丙基等。
“雜環(huán)”表示具有5到8個環(huán)原子的飽和的非芳香環(huán)基團，其中一個或兩個環(huán)原子是選自NR(其中R獨立地是氫、烷基或雜烷基)、O或S(O)n(其中n是0到2的整數(shù))的雜原子，剩下的環(huán)原子是C，其中一個或兩個C原子可以選擇性地被羰基取代。雜環(huán)可以選擇性地被一個、兩個或三個取代基獨立地取代，這些取代基選自烷基、烷氧基、取代的烷基、酰基、酰氨基、磺酰氨基、鹵素、硝基、氰基、氨基、單取代或雙取代的氨基和-NRSO2NR′R″(其中R是氫或烷基，R′和R″獨立地是氫、烷基、鹵代烷基、芳基、取代的芳基、雜芳基和取代的雜芳基)。更特別的是，術語雜環(huán)包括，但不限于四氫吡喃基、2，2-二甲基-1，3-二氧戊環(huán)、哌啶子基、N-甲基哌啶基-3-基、哌嗪子基(piperazino)、N-甲基吡咯烷基-3-基、3-吡咯烷子基(pyrrolidino)、嗎啉代、硫代嗎啉代、硫代嗎啉代-1-氧化物、硫代嗎啉代-1，1-二氧化物、吡咯啉基、咪唑啉基，以及它們的衍生物。
“雜環(huán)烷基”表示-RaRb基團，其中Ra是亞烷基，Rb是如此處所定義的雜環(huán)基團，例如，四氫吡喃-2-基甲基、4-甲基哌嗪-1-基乙基、3-哌啶基甲基、2，2-二甲基-1，3-二氧雜四氫呋喃(dioxoxolan)-4-基甲基、芐基等。
“選擇性的”或“選擇性地”表示接下去所描述的事件或狀態(tài)不是一定要出現(xiàn)的，并且該描述包括了該事件或狀態(tài)出現(xiàn)的情況和不出現(xiàn)的情況。例如，“被烷基選擇性地單取代或雙取代的雜環(huán)”表示該烷基不一定非要存在，該描述包括了雜環(huán)基團被烷基單取代或雙取代的情況，也包括了雜環(huán)基團不被烷基取代的情況。
“羥基或氨基保護基團”指那些在合成步驟中傾向于保護氧原子和氮原子不發(fā)生不需要的反應的有機基團。合適的氧和氮保護基團在本領域中是熟知的，例如，三甲代甲硅烷基、二甲基叔丁基甲硅烷基、芐基、芐氧基-羰基(CBZ)、叔丁氧基羰基(Boc)、三氟乙?；?-三甲代甲硅烷基乙磺?；?SES)等。另外一些可以在T.W.Greene和G.M.Wuts寫的《有機合成中的保護基團》(Protecting Groups inOrganic Synthesis)(第三版，Wiley，New York，1999)以及引用的這方面的文獻中找到。
氨基酸指任何自然出現(xiàn)的氨基酸以及其人工合成的類似物和衍生物(如，自然出現(xiàn)的氨基酸的D-立體異構體，如D-蘇氨酸)。α-氨基酸含有一個在其上結合了氨基、羧基、氫原子和稱為“側(cè)鏈”的特色基團的碳原子。自然出現(xiàn)的氨基酸的側(cè)鏈在本領域中是熟知的，它包括例如氫(例如在甘氨酸中)、烷基(如在丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、脯氨酸中)、取代的烷基(如在蘇氨酸、絲氨酸、甲硫氨酸、半胱氨酸、天冬氨酸、天冬酰胺、谷氨酸、谷氨酰胺、精氨酸、賴氨酸中)、芳基烷基(如在苯丙氨酸和色氨酸中)、取代的芳基烷基(如在酪氨酸中)，以及雜芳基烷基(如在組氨酸中)。非自然的氨基酸在本領域中也是熟知的，例如在以下文獻中所述的Williams(編)《旋光α-氨基酸的合成》(Synthesis of OpticallyActive α-Amino Acids)，Pergamon Press(1989)；Evans等人，J.Amer.Chem.Soc.，1124011-4030(1990)；Pu等人，J.Amer.Chem.Soc.，561280-1283(1991)；Williams等人，J.Amer.Chem.Soc.，1139276-9286(1991)；以及所有引用的這方面的文獻。本發(fā)明也包括了非自然氨基酸的側(cè)鏈。
具有相同分子式但在原子鍵合性質(zhì)和健合順序或原子在空間的排列不同的化合物稱為“異構體”。原子空間排列不同的異構體稱為“立體異構體”。
不是互為鏡像體的立體異構體稱為“非對映異構體”。那些互為非疊加的鏡像的立體異構體稱為“對映異構體”。當化合物具有非對稱中心時，例如，它結合了四個不同的基團，就可能有一對對映異構體存在。對映異構體可以通過其非對稱中心的絕對構型來表征，并可以通過Cahn和Prelog的R-和S-順序法則來描述，也可以通過分子圍繞偏振光平面旋轉(zhuǎn)的方式來描述，記為右旋或左旋(即分別為(+)或(-)異構體)。手性化合物可以以單個對映異構體或其混合物的形式存在。含有相等比例的對映異構體的混合物稱為“消旋混合物”。
本發(fā)明的化合物可以含有一個或多個非對稱中心；因此，此類化合物可以以單獨的I-或(S)-立體異構體或其混合物的形式產(chǎn)生。例如，如果具有化學式(I)的化合物中的R1取代基是2-羥乙基，那么羥基所連的碳原子就是非對稱中心，因此具有化學式(I)的化合物就可以以I-或(S)-立體異構體的形式存在。除非另外說明，在說明書和權利要求書中對特定化合物的描述或命名傾向于包括單獨的對映異構體和其混合物(消旋的或非消旋的)。確定立體化學方法和分離立體異構體的方法在本領域中是熟知的[見《高級有機化學》(AdvancedOrganic Chemistry)(J.March、John Wiley和Sons，New York，1992)第四版第四章中的討論]。
“藥學上可接受的賦形劑”指在制備藥物組合物(該藥物組合物通常是安全、無毒并且不具有不需要的生物學或其它方面的特性)中有用的賦形劑，也包括在獸醫(yī)上和人類藥物應用中可接受的賦形劑。用于說明書和權利要求書的“藥學上可接受的賦形劑”包括一個和多個此類的賦形劑。
“藥學上可接受的酸加成的鹽”是指那些保留了游離堿的生物效用和特性的鹽，并且這些鹽不具有不需要的生物學或其它特性，而且這些鹽同無機酸和有機酸一起形成，無機酸如鹽酸、氫溴酸、硫酸、硝酸、磷酸等，有機酸如乙酸、丙酸、乙醇酸、丙酮酸、草酸、馬來酸、丙二酸、琥珀酸、富馬酸、酒石酸、檸檬酸、苯甲酸、肉桂酸、扁桃酸、甲磺酸、乙磺酸、對甲苯磺酸、水楊酸等。
形成藥學上可接受的酸加成的鹽的基團包括氨基、肼基、脒基、胍基、至少含有一個含氮取代基(如氨基、胍基(uanidine)、脒基、uanidine等)的取代的芳基/雜芳基和取代的烷基基團。
氨基用分子式-NR′R″代表，其中R′和R″獨立地是氫、烷基、取代的烷基、鏈烯基、取代的鏈烯基、芳基、取代的芳基、環(huán)烷基、取代的環(huán)烷基、雜環(huán)、雜芳基、取代的雜芳基，并且R′、R″和它們所連接的氮一起形成一個雜環(huán)或雜芳基基團。
肼基用分子式-NHNR′R″代表，其中R′和R″獨立地是氫、烷基、取代的烷基、鏈烯基、取代的鏈烯基、芳基、取代的芳基、環(huán)烷基、取代的環(huán)烷基、雜環(huán)、雜芳基、取代的雜芳基，并且R′、R″和它們所連接的氮一起形成一個雜環(huán)或雜芳基基團。
脒基用分子式-C(＝NH)NR′R″代表，其中R′和R″獨立地是氫、烷基、取代的烷基、鏈烯基、取代的鏈烯基、芳基、取代的芳基、環(huán)烷基、取代的環(huán)烷基、雜環(huán)、雜芳基、取代的雜芳基，并且R′、R″和它們所連接的氮一起形成一個雜環(huán)或雜芳基基團。
胍基用分子式-NHC(＝NH)NR′R″代表，其中R′和R″獨立地是氫、烷基、取代的烷基、鏈烯基、取代的鏈烯基、芳基、取代的芳基、環(huán)烷基、取代的環(huán)烷基、雜環(huán)、雜芳基、取代的雜芳基，并且R′、R″和它們所連接的氮一起形成一個雜環(huán)或雜芳基基團。
具有化學式(I)的化合物可作為前體藥物。前體藥物是指任何能在體內(nèi)釋放出根據(jù)化學式(I)的具有活性的母體藥物(當這樣的前體藥物給哺乳動物主體施用時)。用某種方式修飾具有化學式(I)的化合物中的官能基團，從而制備具有化學式(I)的化合物的前體藥物，其中該某種方式是這樣一種方式，即用該方式進行的修飾在體內(nèi)可以裂解而釋放出母體藥物。前體藥物包括具有化學式(I)的化合物，其中化學式(I)中的羥基、氨基或硫氫基團結合在任何能在體內(nèi)裂解的基團上，從而分別再生出羥基、氨基或硫氫基。前體藥物的例子包括，但不限于，具有化學式(I)的化合物中的羥基官能團的氨基甲酸酯(如N，N-二甲氨基-羰基)和酯(如乙酸酯、甲酸酯和苯甲酸酯的衍生物)等。
對疾病的“治療”包括(3)預防疾病，即不使哺乳動物的疾病的臨床癥狀發(fā)展，其中該哺乳動物暴露于疾病源中或預先誘導使其易于患病，但是還沒有經(jīng)歷或顯示疾病的癥狀。
(3)抑制疾病，即阻止或減低疾病或其臨床癥狀的發(fā)展，或(3)緩解疾病，即使疾病或其臨床癥狀消退。
“治療上有效量”表示當把化合物施用給哺乳動物以治療疾病時，足以影響對這種疾病的治療的化合物的量。“治療上有效量”依賴于化合物、疾病和其嚴重程度、被治療哺乳動物的年齡、體重等而變化。
“抗真菌”或“抗細菌”是指真菌或細菌的生長停止或被抑制。
“抗腫瘤”表示化合物具有抑制腫瘤細胞生長的特性。優(yōu)選的，當化合物以100μM的濃度與腫瘤細胞系接觸時，腫瘤細胞的生長是不經(jīng)過處理的生長細胞的32％或更少。
“抑菌的”表示化合物具有抑制細菌或真菌繁殖的能力，其中，在除去活性化合物之后，繁殖又能恢復。對于抑菌化合物來說，它的最小抑菌濃度(MBC)大于它的最小抑制濃度(MIC)的4倍。
“殺菌的”或“殺真菌的”表示化合物具有殺死細菌或真菌的性質(zhì)。殺菌作用/殺真菌作用與抑菌作用或抑真菌作用的區(qū)別僅在于前者是不可逆的。例如，被“殺死”的生物不能再繁殖，即使在與活性化合物脫離接觸之后。在某些情況下，活性化合物導致細菌或真菌細胞裂解；在另外一些情況下，細菌或真菌細胞仍保持完整，并且可以繼續(xù)具有代謝活性。殺菌化合物顯示了小于4X MIC的MBC。類似的，殺真菌的化合物顯示了小于4X MIC的最小殺真菌濃度(MFC)。
“最小抑制濃度”或“MIC”指完全抑制待測生物的生長所必需的化合物的最小濃度。本發(fā)明中具有MIC至少為1mM的化合物在下面的實施例中描述的試驗中是有活性的。優(yōu)選的化合物具有500μM的MIC，更優(yōu)選的MIC為100μM。
“dsDNA”表示雙鏈DNA。
優(yōu)選實施方案盡管在發(fā)明概述中對本發(fā)明作了最廣泛的限定，一些具有化學式(I)的化合物仍是優(yōu)選的。
(A)一類優(yōu)選的化合物是那些Z1和Z2為-NH-的。
(B)另一類優(yōu)選的化合物是那些X2為芳基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基的化合物。
(C)另一類優(yōu)選的化合物是那些X1和X3獨立地是雜芳基或取代的雜芳基的化合物。
(D)另一類優(yōu)選的化合物是那些R1和R2獨立地是取代的烷基的化合物。
(E)另一類優(yōu)選的化合物是那些X2為選自以下部分的芳基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基部分的化合物 其中R5是氫、烷基或取代的烷基；R6是氫、烷基、鹵素或烷氧基；R7是氫、烷基或鹵素；R8是氫、烷基、取代的烷基、烷氧基或鹵素；R9是氫、烷基、取代的烷基、烷氧基、硝基或鹵素；R10是氫或烷基；R11是氫或烷基；R12是氫或烷基。
(F)另一類優(yōu)選的化合物是那些X1和X3為獨立地選自以下部分的雜芳基或取代的雜芳基部分的化合物 其中R6是氫、烷基、鹵素或烷氧基；R13是氫或烷基；R14是氫、烷基、取代的烷基或芳烷基。
(G)另一類優(yōu)選的化合物是那些R1和R2為獨立地選自以下部分的取代的烷基部分的化合物 其中R15是氫、羥基、烷氧基、烷基、環(huán)烷基或者R15和R16一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R16是氫、羥基、烷基或環(huán)烷基；R17、R18、R19和R20獨立地是氫或烷基；R21是氫、烷基、取代的烷基、環(huán)烷基或?；?；
R22是氫或烷基，或者R22和R23一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)，或者R22和R24一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)。
R23是氫、羥基、烷基、環(huán)烷基或者R23和R24一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R24是氫、羥基或烷基；m是1、2或3；n是1、2或3；o是0、1、2或3；(H)另一類優(yōu)選的化合物是那些R14為烷基、取代的烷基或芳烷基部分的化合物，其中上述部分選自以下部分 (I)另一類優(yōu)選的化合物是那些X2為以下化學式的化合物 其中R5是氫、烷基或取代的烷基；R6是氫、烷基、鹵素或烷氧基；R7是氫、烷基或鹵素。
(J)另一類優(yōu)選的化合物是那些X1和X3都為以下化學式的化合物 其中R14是氫、烷基、取代的烷基或芳烷基。
(K)另一類優(yōu)選的化合物是那些R1和R2獨立地為以下結構中的某一個的化合物 其中R19和R20獨立地是氫或烷基；R21是氫、烷基或?；?。
(L)另一類優(yōu)選的化合物是那些R1和R2具有以下結構的化合物 其中R15和R16為氫，并且n是1或2。
(M)另一類優(yōu)選的化合物是那些R1和R2具有以下結構的化合物 其中R21是選自甲基、乙基、-CH2CH2OH、-CH2CH2Oac和丙基的烷基基團，或者是具有-C(O)C(R25)(R26)H結構的?；糠郑籖25是選自以下取代基的取代基 或者R25和R26一起與它們所連接的原子形成具有以下結構的雜環(huán) 并且R26是選自-H、-NH2和-NHCH3的取代基。
(N)另一類優(yōu)選的化合物是那些具有以下結構式的化學式為(I)的化合物 其中R21是烷基基團或?；鶊F。
(O)另一類優(yōu)選的化合物是那些具有以下結構式的化學式為(I)的化合物 其中R14是氫、-CH2CH2CH(CH3)2或-CH2(C3H5)；X2是選自以下部分的部分 一般合成方案本發(fā)明的化合物可以用下面的反應方案中所描述的方法制備。
在制備這些化合物中所用的起始材料和試劑可以從商業(yè)供應者如Aldrich Chemical Co.(Milwaukee，Wisconsin，USA)、Bachem(Torrance，California，USA)、Emka-Chemie或Sigma(St.Louis，Missouri，USA)購買到，也可以按照參考文獻中所述的步驟，用本領域技術人員所熟知的方法制備，這些參考文獻是如Fieser和Fieser的《有機合成試劑》(Reagents for Organic Synthesis)，卷1-15(John Wiley和Sons，1991)；Rodd的《碳化合物的化學》(Chemistryof Carbon Compounds)，卷1-5和補充本(Elsevier SciencePublishers，1989)；《有機反應》(Organic Reactions)，卷1-40(John Wiley和Sons，1991)；March的《高級有機化學》(AdvancedOrganic Chemistry)(John Wiley和Sons，第5版)和Larock的《綜合有機轉(zhuǎn)化》(Comprehensive Organic Transformation)(VCHPublishers Inc.，1989)。這些方案只是說明性的描述了本發(fā)明的化合物合成的方法，可以對這些方案作多種修改，并且建議這些修改由參考過這些公開內(nèi)容的本領域中的技術人員來做。(確信包括了最新的卷本，以及任何更好的書和sm供應者)如果需要，可以用傳統(tǒng)的技術將起始材料和反應中間物分離并純化，這些傳統(tǒng)技術包括，但不限于過濾、蒸餾、結晶、色譜等。此類材料可以用傳統(tǒng)方法表征，包括物理常數(shù)和光譜數(shù)據(jù)。
具有化學式(I)的化合物的制備方案A和B描述了制備具有化學式(I)的化合物的可選方法。
具有化學式(I)的化合物(其中Z1和Z2是-NH-；R1和R2以及X1和X2如發(fā)明概述中所定義，并且R1和R2相同，X1和X2相同)可以用下面方案A中的方法制備。
方案A R1和R2相同；X1和X3相同具有化學式(I)的化合物(其中Z1和Z2是-NH-；R1和R2以及X1和X2如發(fā)明概述中所定義，并且R1和R2相同，X1和X2相同)可以一步制備，具體方法是使二羧酸衍生物1(其中LG是合適的離去基團，如鹵素、五氟苯氧基等)和至少兩當量具有化學式2的胺反應。反應通常在極性有機溶劑(如二甲基甲酰胺、四氫呋喃等)和環(huán)境溫度下進行。本領域中的技術人員知道，如果離去基團是鹵素，反應將在非親核基(如三乙胺等)存在的情況下進行。
具有化學式1和2的化合物可以從如Aldrich、Sigma等之類的賣主那兒購買到。這些化合物也可以用本領域熟知的方法制備。例如，具有化學式1和2的化合物可以用方案1中所述的、并且將在以下的實施例1中詳細描述的方法制備。
另外，對于本領域的技術人員來說，很明顯具有化學式(I)的化合物(Z1和Z2是-O-)可以根據(jù)上述步驟制備，但是要把化合物2中的氨基基團用羥基基團取代。
可選擇的是，具有化學式(I)的化合物(Z1和Z2是-NH-；R1和R2以及X1和X2如發(fā)明概述中所定義，并且R1和R2相同，X1和X2相同)可以用下面方案B中所述的方法制備。
方案B R1和R2相同；X1和X3相同 R1和R2相同；X1和X3相同在前面方案A中所述的條件下，使化學式為1的化合物與化學式為3的氨基酯反應得到化學式為4的二酯化合物。根據(jù)前面方法(a)或(b)所述的步驟，將化合物4轉(zhuǎn)變成化學式為I的化合物。在方法(a)中，用至少兩當量化學式為R1NH2的胺處理二酯4得到化學式為(I)的化合物。反應在40-60℃下，在極性有機溶劑(如二甲基甲酰胺、四氫呋喃等)中進行。
在方法(b)中，先使二酯在堿性水解反應條件下水解得到二酸5，接著在前面所述的條件下使二酸5轉(zhuǎn)變成具有化學式(I)的化合物。根據(jù)方案B中描述的步驟進行的化學式為(I)的化合物的合成在實施例2-6中有描述。
效用、測試和施用效用本發(fā)明提供具有以下一種或多種活性的新的化合物抗細菌活性、抗真菌活性和抗腫瘤活性。因此，該化合物和含有該化合物的組合物在治療以下一種或多種疾病中是有用的細菌感染、真菌感染和癌癥。不受任何理論的約束，申請者相信化學式為(I)的化合物的抗細菌和抗真菌活性歸因于它們與雙鏈DNA小溝的結合。申請者進一步相信化學式為(I)的化合物的抗腫瘤活性歸因于它們對拓撲異構酶的抑制。
拓撲異構酶在幾乎所有的活細胞中是基本的酶。該酶有兩個明顯不同的類別I型和II型酶(J.C.Wang，評論)。通過暫時性地在一條DNA鏈上切口，并使一條鏈圍繞另一條鏈旋轉(zhuǎn)，I型拓撲異構酶使超螺旋DNA松弛。通過暫時性地裂解DNA雙鏈，并從切口穿過另一條DNA，II型拓撲異構酶使超螺旋DNA松弛并使連接的DNA去連環(huán)。自從它們被發(fā)現(xiàn)以來，拓撲異構酶在癌癥治療中已經(jīng)廣泛作為靶標。
具有化學式(I)的化合物作為紫外線(UV)吸收體也是有用的。因此，它們適合用于需要紫外線吸收添加劑的組合物中，如塑料組合物。在這方面，已知延長暴露于紫外線中會對某些塑料的物理特性和組成穩(wěn)定性造成破壞作用。因此，通常就需要在此類塑料組合物中包含紫外線吸收添加劑，具有化學式(I)的化合物可以以這種方式應用。
由于本發(fā)明中化合物結合于dsDNA的小溝，從而誘導DNA雙鏈的形成，因此它們還有進一步的用處。這一特性在測量DNA雙鏈的形成或穩(wěn)定性的生物試驗或診斷試驗中是有用的。例如，如果有人試圖測量具有較低Tm的DNA雙鏈的形成，他可以通過加入具有化學式(I)的化合物以增加雙鏈數(shù)量。此類數(shù)量增長能夠確保很容易地測量結合事件。當有人想通過雙鏈的形成來檢測單核苷酸多態(tài)性(SNP)時，也可以用到具有化學式(I)的化合物。化合物會使完全匹配的雙鏈的Tm比具有單個突變的雙鏈的Tm優(yōu)先增加，從而使得能很容易地區(qū)別這兩者。
施用和藥物組合物通常，本發(fā)明的化合物以治療上的有效量施用，其施用方式可以是任何適合具有相似效能試劑的已接受的施用方式。本發(fā)明的化合物的實際施用量(即活性組分)依賴于許多因素，如待治療疾病的嚴重性、治療對象的年齡和相對健康程度、所使用化合物的效能、施用途徑和形式，以及其它因素。該藥物可以在一天之內(nèi)施用超過一次，優(yōu)選一天一次或兩次。
具有化學式(I)的化合物的治療上的有效量可以在大約每天0.05-50毫克每千克受體體重范圍內(nèi)；優(yōu)選約0.01-25mg/kg/day，更優(yōu)選約0.5-10mg/kg/day。因此，要給70kg體重的人施用，劑量范圍最優(yōu)選約為35-70毫克每天。
通常，本發(fā)明的化合物通過以下任一途徑以藥物組合物施用口服、系統(tǒng)性施用(例如，透過皮膚的、鼻內(nèi)的或者用栓劑)或腸胃外施用(例如，肌肉內(nèi)、靜脈內(nèi)或皮下)。優(yōu)選的施用方法是使用方便的日劑量方案的口服，它可以根據(jù)疾病程度調(diào)節(jié)。組合物的形式可以是片劑、藥丸、膠囊、半固體、粉末、緩釋劑型、溶液、混懸液、酏劑、氣霧劑或其它任何合適的組合物。本發(fā)明的化合物的另一種優(yōu)選的施用方法是吸入法。這是一種用來直接將治療試劑傳送給呼吸道以治療疾病(如哮喘以及類似的或相關的呼吸道疾病)的有效的方法(見美國專利5,607,915)。
劑型的選擇依賴于多種因素如藥物施用的方式和藥物物質(zhì)的生物利用度。對于通過吸入法的傳送，化合物可以配制成液體溶液、混懸液、氣霧劑推進劑或干粉，并且裝載在合適的分樣器中以施用。有幾種藥物吸入裝置—霧化吸入器、定量吸入器(MDI)和干粉吸入器(DPI)。霧化吸入器產(chǎn)生一股高速氣流使治療試劑(配制成液體形式)以薄霧形式噴射入患者的呼吸道。用于MDI的劑型通常是與壓縮氣體一起包裝的劑型。當操作時，該裝置通過壓縮氣體釋放定量的治療試劑，從而提供了一種施用固定量試劑的可靠方法。DPI以自由流動的粉末形式分發(fā)治療試劑，通過該裝置，這些自由流動的粉末能夠在患者呼吸期間散布在患者的吸入氣流中。為了得到自由流動的粉末，將治療試劑和賦形劑(如乳糖)一起配制。定量的治療試劑以膠囊形式貯存，并在每次操作時分發(fā)治療試劑。
最近，根據(jù)增加表面積(即降低顆粒尺寸)能增加生物利用度的原理，特別針對那些顯示較差生物利用度的藥物開發(fā)了藥物劑型。例如，美國專利No.4,107,288描述了一種含有尺寸在10到1000nm之間的顆粒的藥物劑型，在該劑型中，活性材料由交聯(lián)的大分子基質(zhì)支撐。美國專利No.5,145,684描述了一種藥物劑型的生產(chǎn)，其中在表面改性劑存在的情況下，將藥物物質(zhì)研磨成納米粒(平均顆粒尺寸400nm)，然后分配入液體介質(zhì)中以得到顯示非常高的生物利用度的藥物劑型。
通常組合物由化學式為(I)的化合物和至少一種藥學上可接受的賦形劑組成?？山邮艿馁x形劑是無毒的、能輔助施用并且對化學式為(I)的化合物的治療益處沒有不利影響。此類賦形劑可以是本領域技術人員通常能得到的任何固體賦形劑、液體賦形劑、半固體賦形劑或者在氣霧劑組合物中可以是氣體賦形劑。
固體藥物賦形劑包括淀粉、纖維素、滑石、葡萄糖、乳糖、蔗糖、明膠、麥芽、稻米、面粉、白堊、硅膠、硬脂酸鎂、硬脂酸鈉、甘油單硬脂酰酯、氯化鈉、無水脫脂乳等。液體和半固體賦形劑可以選自甘油、丙二醇、水、乙醇和各種油，包括那些源于石油、動物、植物或人工合成的油，例如，花生油、豆油、礦物油、芝麻油等。優(yōu)選的液體載體，特別是用于可注射溶液的，包括水、鹽水、葡萄糖水溶液和甘醇。
壓縮氣體可以用來使本發(fā)明的化合物以氣霧劑形式分配。適合于這一目的的惰性氣體是氮氣、二氧化碳等。另外一些合適的藥物賦形劑和它們的劑型在Remington’s Pharmaceutical Sciences(E.W.Martin編，Mack Publishing Company，第18版，1990)中有描述。
劑型中化合物的量可以在本領域技術人員所用的全部范圍內(nèi)變動。通常，按重量百分比(wt％)記，劑型中含有占總劑型約0.01-99.99wt％的具有化學式(I)的化合物，并且還有一種或多種合適的藥物賦形劑作為平衡物。優(yōu)選的，化合物以大約1-80wt％的比例存在。下面描述了含有化學式為(I)的化合物的代表性藥物劑型。
實施例下面的制備與實施例是為了使本領域的技術人員更清楚地理解和實行本發(fā)明的。它們不應該被認為是限制了本發(fā)明的范圍，而應該被認為僅僅是其說明和陳述。
使用了下列縮寫AcOEt指乙酸乙酯；DCE指1，2-二氯乙烷；DCM指二氯甲烷；DIPEA指二異丙基乙胺；DMF指二甲基甲酰胺；DMSO指二甲亞砜；EtOH指乙醇；MeOH指甲醇；THF指四氫呋喃；Pyr指吡啶；TFA指三氟乙酸；DCC指N，N’-二環(huán)己基碳二亞胺；DCU指N，N’-二環(huán)己脲；Me指甲基基團；Et指乙基基團；Phe指苯基基團；Np指4-硝基苯基基團；Pfp指五氟苯基基團；Gly指甘氨酸殘基；Lys指賴氨酸殘基；Arg指精氨酸殘基；Py指4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸殘基；Npc(Me)指4-硝基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸殘基；Npc(Et)指4-硝基-1-乙基-1H-吡咯-2-羧酸殘基；Npc(Pr)指4-硝基-1-丙基-1H-吡咯-2-羧酸殘基；MMT指單甲氧基三苯甲基(對甲氧苯基二苯基甲基)保護基；Bzl指苯甲基保護基；Boc指叔丁氧基羰基保護基；Fmoc指芴基甲氧羰基保護基；Z指芐氧基羰基保護基；t-Bu指叔丁基保護基；Boc-5-Ain指N-Boc-5-氨基-吲哚-2羧酸；Boc-5-Ain-HBA-AMPS指N-Boc-5-氨基-吲哚-2羧酸(對羥基苯甲酰胺甲基聚苯乙烯)酯；BocPy指N-Boc-4-氨基-1-甲基吡咯-2-羧酸；Boc-Py-HBA-AMPS指N-Boc-4-氨基-1-甲基吡咯-2-羧酸(對羥基苯甲酰胺甲基聚苯乙烯)酯；BOP指六氟磷酸苯并三唑-1-基氧代-三(二甲氨基)磷鎓；DE指2-(二甲氨基)乙胺；DIC指N，N’二異丙基碳二亞胺；DIEA指二異丙基乙胺；DMAP指4-二甲氨基吡啶；DMF指二甲基甲酰胺；DP指3-(二甲氨基)丙胺；HBA-AMPS指對羥基苯甲酰胺-甲基聚苯乙烯；HBTU指六氟磷酸O-苯并三唑-1基-N，N，N’，N’四甲基脲鎓；HCl指鹽酸；Pzl-Gu-(Boc)2指N，N’-雙(叔丁氧基羰基)-1H-吡唑-1-甲脒；TFA指三氟乙酸；NMR指核磁共振波譜；MS指質(zhì)譜；TLC指在硅膠上的薄層色譜；HPLC指高壓液相色譜；mp指熔點；mp d指分解熔點。在報告NMR數(shù)據(jù)時，化學位移以ppm單位給出，偶合常數(shù)(J)以赫茲(Hz)單位給出。所有熔點均為未校正的。
實施例1(遵循方案1)(A)吲哚-2，5-二羧酸，1的合成將1H-吲哚-2，5-二羧酸2-乙酯#(20.0g，85.75mmole)和NaOH(100mmole)在水/MeOH混和物(1/1)(200ml)中的溶液在50℃攪動4小時，然后在環(huán)境溫度過夜。將反應混和物在真空中蒸干，將殘余物溶解于水(200ml)中并加入1M HCl酸化至pH＝3。在過濾器中收集沉淀物，用水(3×50ml)洗滌，在干燥器中用五氧化二磷干燥，即可制得白色晶體狀的化合物吲哚-2，5-二羧酸1(10.38g，59％)。MS203.7(M-2H)；204.7(M-H)。1H-NMR(DMSO-d6)8.32(m，1H，H-4，吲哚)；7.80(m，1H，H-6，吲哚)；7.45(d，1H，H-7，吲哚)；7.22(s，1H，H-3，吲哚)。(B)1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯，2將吲哚-2，5-二羧酸1(5.15g，25.1mmole)，五氟苯酚(10.00g，52.7mmole)和DCC(10.9g，52.7mmole)在DMF(250ml)中的溶液在環(huán)境溫度攪動16小時并蒸發(fā)。將殘余物與甲苯(3×100ml)共同蒸發(fā)并在相同的溶劑中重結晶。產(chǎn)量11.16g(82.5％)。1H-NMR(DMSO-d6)13.03(s，1H，H-1，吲哚)；8.76(m，1H，H-4，吲哚)；8.08(m，1H，H-6，吲哚)；7.84(s，1H，H-3，吲哚)；7.70(d，1H，H-7，吲哚)。19F-NMR(DMSO-d6)-153.22和-153.60(m，2F和2F，F(xiàn)-2和F-6，-OPfp)；-157.15和-157.80(m，1F和1F，F(xiàn)-4，-OPfp)；-162.03和-162.40(m，2F，F(xiàn)-3和F-5，-OPfp)。(C)Npc(Me)-OH，3將Npc(Me)-OMe(18.4g，100.0mmole)和NaOH(200mmole)在水/MeOH混和物(2/3)(200ml)中的溶液在50℃攪動6小時，然后在環(huán)境溫度過夜并蒸發(fā)。將殘余物溶解于水(200ml)中并加入1NHCl酸化使pH為2.0。收集微黃色的沉淀物，用水(5×250ml)洗滌，在真空中用五氧化二磷干燥，即可制得16.16g(95％)的微黃色晶體狀物質(zhì)Npc(Me)-OH，3。1H-NMR(DMSO-d6)7.61和7.40(m和m，1H和1H，H-3和H-5，Py)；3.87(s，3H，NCH3，Py)。(D)Npc(Me)-Cl，4將經(jīng)過攪拌的Npc(Me)-OH3(13.66g，80.0mmole)在亞硫酰氯(50ml)中的懸浮液溫和回流4小時并蒸發(fā)。殘余物與無水甲苯(3×50ml)共同蒸發(fā)，不經(jīng)純化即用于下一步驟。(E)Npc(Me)-NHCH2CH2CN，5將氨基丙腈(14.0g，200.0mmole)逐滴地加入到Npc(Me)-Cl4(80.0mmole)和DIPEA(13.0g，17.4ml，100mmole)在0℃無水甲苯(300ml)中的經(jīng)過攪拌的溶液中。將反應混和物在0℃攪動30分鐘，在環(huán)境溫度攪動3小時并蒸發(fā)。將殘余物在AcOEt(300ml)中懸浮，用水(2×100ml)、0.1M HCl(3×100ml)、鹽水(2×100ml)、9.5％NaHCO3(3×100ml)和鹽水(2×100ml)洗滌。有機層用硫酸鈉干燥并蒸發(fā)得到17.70g(99％)的白色晶體狀物質(zhì)Npc(Me)-NHCH2CH2CN5。MS223.11(M+H)。1H-NMR(DMSO-d6)7.59和7.18(m和m，1H和1H，H-3和H-5，Py)；6.63(t，1H，-NHCH2CH2CN)；3.99(s，3H，NCH3，Py)；3.67(m，2H，NHCH2CH2CN)；2.74(t，2H，NHCH2CH2CN)。(F)Npc(Me)-NHCH2CH2C(＝NH)NH2.HCl，6Npc(Me)-NHCH2CH2CN5(9.0g，40.5mmole)在無水EtOH(250ml)中的懸浮液用HCl(氣體)在環(huán)境溫度飽和，在0℃放置16小時并蒸發(fā)。將殘余物與無水甲苯(3×200ml)共同蒸發(fā)并在無水EtOH(250ml)懸浮。懸浮液用氨(氣體)在0℃飽和，在0℃放置16小時并蒸發(fā)。殘余物從水-乙醇中結晶得到8.26g(74％)的白色晶體狀物質(zhì)Npc(Me)-NHCH2CH2C(＝NH)NH26。1H-NMR(DMSO-d6)9.08和8.76(bs和bs，4H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2.HCl)；8.13和7.52(d和d，1H和1H，H-3和H-5，Py)；3.99(s，3H，NCH3，Py)；3.51(m，2H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2)；2.62(t，2H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2)。(G)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲酰基(carbamimidoyl)-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺7將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.1g)加入到Npc(Me)-NHCH2CH2C(＝NH)NH26(55.2mg，0.20mmole)在甲醇(20ml)中的經(jīng)過攪拌的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40到50psi用氫氣充滿。將所得的懸浮液在23℃劇烈攪動1小時。懸浮物質(zhì)通過一層在布氏漏斗中的硅藻土過濾除掉，之后漏斗用少量MeOH漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液一起在真空中蒸發(fā)至干燥。所得的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸(2-脲基-乙基)-酰胺不經(jīng)純化即用于下一步驟。
將化合物2(51.0mg，0.095mmole)和新鮮制備(如上面所述)的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸(2-脲基-乙基)-酰胺(22.0mmole)在無水DMF(2.0ml)中的溶液在環(huán)境溫度放置72小時并蒸發(fā)。殘余物從MeOH-醚再次沉淀，將沉淀物在真空中干燥并溶解于水(5.0ml)。所得的水溶液通過0.45μm過濾器過濾并凍干得到53mg(83％)的1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺7。MS294.60(帶雙電荷的峰，(M+H)/2)。1H-NMR(DMSO-d6)11.97(s，1H，H-1，吲哚)；10.54和10.22(s和s，1H和1H，-C(＝O)NH)；9.01和8.67(bs和bs，4H和4H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2xHCl)；8.31(m，2H(帶有*)，H-6，吲哚)；8.30(m，*，NHCH2CH2C(＝NH)NH2xHCl)；8.25(t，1H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2xHCl)；7.79(m，1H，H-6，吲哚)；7.48(m，1H，H-7，吲哚)；7.45(s，1H，H-3，吲哚)；7.31和7.28和6.97和6.96(s和s和d和s，4H，H-3和H-5，Py1和Py2)；3.83和3.81(s和s，6H，NCH3，Py1和Py2)；3.50(m，4H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2)；2.62(m，4H，NHCH2CH2C(＝NH)NH2)。
實施例21H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}的合成(A)4-({1-[2-(5-甲氧羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸甲酯，8將10％的Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.2g)加入到化合物4-硝基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸甲酯(967mg，5.25mmole)在AcOEt/EtOH(3/2)混和物(50ml)中的攪拌過的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40到50psi用氫氣充滿。將所得的懸浮液在23℃劇烈攪動1小時。懸浮的物質(zhì)用一層在布氏漏斗中的硅藻土過濾除掉，之后漏斗用少量AcOEt和EtOH漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液一起在真空中蒸發(fā)至干燥。所得的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸甲酯不經(jīng)純化即用于下一步驟。
將化合物7(1.13，2.1mmole)和新鮮制備(如上面所述)的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸甲酯在無水DMF(10.0ml)中的溶液在環(huán)境溫度放置48小時并蒸發(fā)。殘余物從DMF(10ml)-0.01M HCl(100ml)再次沉淀。在過濾器中收集沉淀，用水(3×5ml)洗，最后用醚(2×3ml)洗滌，并在真空中用五氧化二磷干燥，即制得定量產(chǎn)量的4-({1-[2-(5-甲氧羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸甲酯8。MS478.14(M+H)。1H-NMR(DMSO-d6)11.96(s，1H，H-1，吲哚)；10.43和10.23(s和s，1H和1H，-C(＝O)NH)；8.29(m，1H，H-6，吲哚)；7.50(m，3H，H-7，吲哚；H-3或H-5，Py1和Py2)；7.37(s，1H，H-3，吲哚)；6.95(m，2H，H-3或H-5，Py1和Py2)；3.86和3.85(s，6H，NCH3，Py1和Py2)；3.74和3.73(s，6H，OCH3，Py1和Py2)。(B)4-({1-[2-(5-羥基羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸，9將4-({1-[2-(5-甲氧羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸甲酯8(1.04g，2.18mmole)和NaOH(10mmole)在水/MeOH混和物(1/4)(25ml)中的溶液在50℃攪動6小時，然后在環(huán)境溫度攪動過夜。將反應混和物在真空中蒸干，將殘余物溶解于水(50ml)中并加入1M HCl酸化使pH＝3。在過濾器中收集沉淀物，用水(3×50ml)洗滌，在干燥器中用五氧化二磷干燥，即可制得0.85g(87％)白色晶體狀物質(zhì)4-({1-[2-(5-羥基羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸9。MS448.08(M-H)。1H-NMR(DMSO-d6)11.96(s，1H，H-1，吲哚)；10.45和10.25(s和s，1H和1H，-C(＝O)NH)；8.30(m，1H，H-6，吲哚)；7.48(m，3H(帶有*)，H-7，吲哚)；7.49和7.46(d和d，*，H-3或H-5，Py1和Py2)；7.39(s，1H，H-3，吲哚)，6.91(m，2H，H-3或H-5，Py1和Py2)；3.84和3.83(s和s，6H，NCH3，Py1和Py2)。(C)4-({1-[2-(5-五氟苯氧基羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸五氟苯酯，10將4-({1-[2-(5-羥基羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸9(0.85g，1.86mmole)、五氟苯酚(0.72g，3.9mmole)和DCC(0.81g，3.9mmole)在DMF(15ml)中的溶液在環(huán)境溫度攪動16小時并蒸發(fā)。將殘余物與甲苯(3×100ml)共同蒸發(fā)，并在一個硅膠柱(2.5×25cm)中以甲苯/AcOEt(7∶3)作為洗脫液進行色譜，制得1.23g(84％)的4-({1-[2-(5-五氟苯氧基羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸五氟苯酯10。1H-NMR(DMSO-d6)12.03(s，1H，H-1，吲哚)；10.60和10.41(s和s，1H和1H，-C(＝O)NH)；7.81(m，3H(帶有*)，H-6，吲哚)；7.80和7.78(d和d，*，H-3或H-5，Py1和Py2)；7.52(m，1H，H-6，吲哚)；7.41(s，1H，H-3，吲哚)；7.34(m，2H，H-3或H-5，Py1和Py2)；3.92和3.90(s和s，6H，NCH3，Py1和Py2)。19F-NMR(DMSO-d6)-153.56和-153.60(m和m，2F和2F，F(xiàn)-2和F-6，-OPfp)；-158.17和-158.27(m和m，1F和1F，F(xiàn)-4，-OPfp)；-162.69和-162.73(m和m，2F和2F，F(xiàn)-3和F-5，-OPfp)。(D)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}11將4-({1-[2-(5-五氟苯氧基羰基-1-甲基-1H-吡咯-3-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1-甲基-1H-吡咯-2羧酸五氟苯酯10(150mg，0.192mmole)和1，2-乙二胺(0.26ml，3.94mmole)在無水DMF(2.0ml)中的溶液在環(huán)境溫度放置24小時并蒸發(fā)。將殘余物溶解于0.1 TFA中，經(jīng)HPLC(Vydac 12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化制得1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}11，其以雙-三氟乙酸鹽形式存在56mg(38％)。ESMS534.28(M+H+的計算值534.28)。
實施例31H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-二甲氨基-乙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，12的合成化合物12依照上面對化合物11所述的方法合成。產(chǎn)量(35％)化合物12。ES MS590.32(M+H+的計算值590.32)。
實施例41H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-氨基-丙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，13的合成化合物13依照上面對化合物11所述的方法合成。產(chǎn)量(37％)化合物12。結構經(jīng)ES MS證實。
實施例51H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-二甲氨基-丙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，14的合成化合物12依照上面所述的化合物11的方法合成。產(chǎn)量(31％)化合物12。結構經(jīng)ES MS證實。
實施例61H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[1-甲基-5-(2-哌嗪-1-基-乙基氨基甲?；?-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，15的合成化合物15依照上面所述的化合物10的方法合成。產(chǎn)量(15％)化合物15。結構經(jīng)ES MS證實。
實施例71-甲基-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，20的合成(A)1H-吲哚-2，5-二羧酸二乙酯，16將1H-吲哚-2，5-二羧酸2-乙酯(20.0g，85.75mmole)在飽和HCl/EtOH(200ml)中的懸浮液在55℃攪動24小時，并在真空中蒸發(fā)至干燥。將殘余物從二噁烷中凍干制得22.18g(99％)白色粉末狀1H-吲哚-2，5-二羧酸二乙酯，16。MS262.12(M+H)。1H-NMR(DMSO-d6)12.23(s，1H，H-1，吲哚)；8.34(m，1H，H-4，吲哚)；7.83(m，1H，H-6，吲哚)；7.49(m，1H，H-7，吲哚)，7.30(s，1H，H-3，吲哚)，4.31(m，4H，-OCH2CH3)；1.32(m，4H，-OCH2CH3)。
(B)1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸二乙酯，17將氫化納(60％-懸浮液，144mg，3.6mmole)加入到1H-吲哚-2，5-二羧酸二乙酯16(784mg，3.0mmole)在無水DMF(15.0ml)中的攪拌過的溶液中并在環(huán)境溫度放置30分鐘。將MeI(280μl，4.5mmole)加入到所得的反應混和物中，在環(huán)境溫度放置16小時并蒸干。殘余物在AcOEt(100ml)中懸浮，用水(2×20ml)、0.01M HCl(3×20ml)和鹽水(2×100ml)洗滌。將有機層用硫酸鈉干燥并蒸發(fā)得到800mg(97％)黃色油狀物1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸二乙酯17。1H-NMR(DMSO-d6)8.45(m，1H，H-4，吲哚)；8.03(m，1H，H-6，吲哚)；7.40(m，1H，H-7，吲哚)；7.38(s，1H，H-3，吲哚)；4.40(m，4H，-OCH2CH3)；4.10(s，3H，NCH3，吲哚)；1.42(m，4H，-OCH2CH3)。
(C)1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸，18將1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸二乙酯17(675mg，2.5mmole)和NaOH(5.00mmole)在水/MeOH(1/4)混和物(20ml)中的溶液在50℃攪動4小時，然后在環(huán)境溫度攪動過夜。將反應混和物在真空中蒸干，將殘余物溶解于水(20ml)中并用1M HCl酸化使pH＝3。在過濾器中收集沉淀物，用水(3×5ml)洗滌，在干燥器中用五氧化二磷干燥，即可制得488mg(89％)的白色晶體狀物質(zhì)1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸18。MS218.2(M-H)。1H-NMR(DMSO-d6)8.35(m，1H，H-4，吲哚)；7.90(m，1H，H-6，吲哚)；7.41(d，1H，H-7，吲哚)；7.32(s，1H，H-3，吲哚)；4.05(s，3H，NCH3，吲哚)。
(D)1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸二(2，3，5，6-四氟苯)酯，19將三氟乙酸四氟苯基酯(6mmole)在無水DCM(20ml)中的溶液逐滴地加入到1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸18(439mg，2.0mmole)和三乙胺(12mmole)在無水DCM(20ml)中的攪拌過的0℃溶液中。將攪動過的反應混和物冰浴2小時，然后環(huán)境溫度放置過夜。在真空中將反應混和物蒸發(fā)至干燥，殘余物溶解于DMF(20ml)，所得溶液以該狀態(tài)用于下一步反應。(E)1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，20將10％ Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.1g)加入到化合物6(110mg，0.40mmole)在甲醇(20ml)中的攪拌過的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40到50psi用氫氣充滿。將所得的懸浮液在23℃劇烈攪動1小時。懸浮的物質(zhì)用一層在布氏漏斗中的硅藻土過濾除掉，之后漏斗用少量MeOH漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液一起在真空中蒸發(fā)至干燥。所得的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸(2-脲基-乙基)-酰胺不經(jīng)純化即用于下一步驟。
將1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸二(2，3，5，6-四氟苯)酯19(2.0ml，0.2mmole；見實施例19)和新鮮制備(如上面所述)的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸(2-脲基-乙基)-酰胺(0.4mmole)在無水DMF(2.0ml)中的溶液在環(huán)境溫度放置72小時并蒸發(fā)。殘余物從MeOH-醚再次沉淀，將沉淀在真空中干燥并溶解于0.1TFA中，經(jīng)HPLC(Vydac12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化制得1-甲基-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}20，其是一種雙三氟乙酸鹽mg(18％)。結構經(jīng)ES MS證實。
實施例81H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-1H-吲哚-5-基]-酰胺}的合成(A)5-({1-[2-(2-乙氧羰基-1H-吲哚-5-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1H-吲哚-2-羧酸乙酯，21將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.1g)加入到5-硝基吲哚-2-羧酸乙酯(220mg，0.93mmole)在甲醇(10ml)中的攪拌過的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40到50psi用氫氣充滿。將所得的懸浮液在23℃劇烈攪動1小時。懸浮物質(zhì)用一層在布氏漏斗中的硅藻土過濾除掉，之后漏斗用少量MeOH漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液一起在真空中蒸發(fā)至干燥。所得的4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸(2-脲基-乙基)-酰胺不經(jīng)純化即用于下一步驟。
將化合物2(200mg，0.372mmole)和新鮮制備的5-氨基吲哚-2-羧酸乙酯(如上面所述)以及4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸甲酯在無水DMF(5.0ml)中的溶液在環(huán)境溫度放置48小時并蒸發(fā)。殘余物從DMF(1.0ml)-0.01M HCl(10ml)再次沉淀。將沉淀物在過濾器中收集，用水(3×5ml)洗，最后用醚(2×3ml)洗滌，然后在真空中用五氧化二磷干燥即制得142mg(66％)的5-({1-[2-(2-乙氧羰基-1H-吲哚-5-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1H-吲哚-2-羧酸乙酯21。結構經(jīng)ES MS和1H-NMR證實。(B)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，22將5-({1-[2-(2-乙氧羰基-1H-吲哚-5-基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-甲酰氧基}-氨基)-1H-吲哚-2-羧酸乙酯21(115mg，0.2mmole)和1，2-乙二胺(1.5ml)在無水DMF(2.0ml)中的溶液在55℃放置16小時并蒸發(fā)。將殘余物溶解于0.1TFA中，經(jīng)HPLC(Vydac12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化制得1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-1H-吲哚-5-基]-酰胺}22，其是一種雙-三氟乙酸鹽62mg(％)。ES MS606.27(M+H+)。
實施例91H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}的合成(A)MMT-NHCH2CH2NH2，23將MMT-Cl(15.44g，50mmole)逐滴加入到1，2-乙二胺(24.0g，400mmole)在DCM(500ml)中的攪拌過的0℃溶液中。將反應混和物在環(huán)境溫度放置2小時，用NaHCO3(5×100ml)和水(3×100ml)洗滌，用硫酸鈉干燥并蒸發(fā)。殘余物在一個硅膠柱(5.0×25cm)中以氯仿/MeOH(19∶1+0.01％氨)混和物作為洗脫液進行色譜，制得11.38g(68％)的淡黃色泡沫狀的MMT-NHCH2CH2NH2，23。結構經(jīng)1H-NMR證實。
(B)MMT-NHCH2CH2NHC(＝N-Boc)NH-Boc，24將MMT-NHCH2CH2NH223(8.06g，24.24mmole)、1-H-吡唑-1-[N，N’-雙(叔丁氧基羰基)]甲脒(6.02g，19.4mmole)在MeCN(100ml)中的溶液在環(huán)境溫度攪動16小時并蒸發(fā)。將殘余物與甲苯(3×100ml)共同蒸發(fā)，并在一個硅膠柱(2.5×25cm)中以己烷/AcOEt(9∶1)作為洗脫液進行色譜，制得10.71g(96％)的MMT-NHCH2CH2NHC(＝N-Boc)NH-Boc24。結構經(jīng)ES MS和1H-NMR證實。
(C)NH2CH2CH2NHC(＝N-Boc)NH-Boc，25將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(1.0g)加入到MMT-NHCH2CH2NHC(＝N-Boc)NH-Boc24(7.0mg，12.2mmole)在AcOEt/MeOH混和物(3∶1，200ml)中的攪拌過的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40到50psi用氫氣充滿。將所得的懸浮液在23℃劇烈攪動24小時。懸浮物質(zhì)用一層在布氏漏斗中的硅藻土過濾除掉，之后漏斗用少量MeOH漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液一起在真空中蒸發(fā)至干燥。所得的化合物NH2CH2CH2NHC(＝N-Boc)NH-Boc25不經(jīng)純化即用于下一步驟。(D)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-胍基-乙基氨基甲酰基)-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，26將化合物10(78.2g，0.10mmole)和NH2CH2CH2NHC(＝N-Boc)NH-Boc25(144mg，0.25mmole)在無水DMF(1.0ml)中的溶液在環(huán)境溫度放置24小時并蒸發(fā)。將殘余物溶解于TFA/DCM/苯甲醚(49/49/2)混和物中，環(huán)境溫度放置1小時并蒸發(fā)。將殘余物溶解于0.1TFA中，經(jīng)HPLC(Vydac 12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化制得1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，26，其是一種雙-三氟乙酸鹽56mg(38％)。ES MS618.32(M+H)。
實施例101H-吡咯-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-丙基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}30的合成(A)吡咯-2，5-二羧酸(31)參照文獻(R.Miller和K.Olsson，Acta Chemica ScandinavicaB，1981，35，303-304)從吡咯-2-甲醛經(jīng)三個步驟制得吡咯-2，5-二甲醛。1H NMR(DMSO-d6)δ13.08(br.S)，9.74(s)，7.04(s)。
將吡咯-2，5-二甲醛(0.21g，1.71mmol)溶解于35ml熱水并置于熱水浴(95-100℃)中。將KMnO4(0.788g，5.13mmol)在10ml水中的溶液在5分鐘內(nèi)逐滴地加入。將反應混和物在95-100℃攪動1小時，然后冷卻到70℃。將褐色的沉淀物(MnO2)過濾出來并用水洗滌。將濾液在0℃用5M HCl酸化到pH2，蒸發(fā)至干燥，并在高真空中干燥。將產(chǎn)物溶解于80ml無水的EtOH中，并將溶液通過一個漏斗過濾。將濾液蒸發(fā)得到一種褐色的固體(0.25g)，該固體不經(jīng)進一步純化即用于下一步反應。ESI MS154.00(M-H+)。1H NMR(DMSO-d6)δ12.68(br.S)，12.17(s)，6.72(s)。(B)吡咯-2，5-二羧酸二五氟苯酯(32)在三乙胺(0.48ml，3.42mmol)存在時，將三氟乙酸五氟苯酯在2分鐘內(nèi)于0℃加入到吡咯-2，5-二羧酸(0.24g)在10ml無水的DMF中的溶液中。將反應混和物緩緩加熱到室溫并在室溫攪動過夜。將溶劑蒸發(fā)后，將殘余物溶解于30ml乙酸乙酯中，用水(30ml×3)洗滌并用Na2SO4干燥。溶劑蒸發(fā)后，將產(chǎn)物吸附到硅膠(其放置在硅膠柱的頂端)上，以甲苯-乙酸乙酯(30∶1)為洗脫液進行快速色譜。得到了小晶體產(chǎn)物(0.406g)。19F NMR(CDCl3)δ-152.13(d)，-156.80(t)，-161.60(t)。上述兩個反應步驟的總產(chǎn)率為49％。(C)1H-吡咯-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-丙基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}(33)常規(guī)程序A在氬中，將20mg 5％的Pd/C加入到4-硝基-1-丙基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-酰胺(52mg，0.2mmol)在15ml MeOH中的溶液中。將反應混和物用氫氣閃蒸并在30psi氫氣中振動30分鐘。催化劑通過硅藻土過濾除掉并用甲醇洗滌。將濾液蒸發(fā)至干燥即得到4-氨基-1-丙基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基)-酰胺34。將該產(chǎn)物立即用于下一步反應。
常規(guī)程序B將上述酰胺34和吡咯-2，5-二羧酸二五氟苯酯32(34.1mg，0.07mmol)在2ml無水的DMF中的混和物(在氬中)于55℃攪動過夜。產(chǎn)物直接經(jīng)反相HPLC(Zorbax SB-C18 2.2×25cm；流動相A＝含0.1％TFA的水；B＝含0.1％TFA的CH3CN；梯度0到60％B，40分鐘；流速10ml/min)純化。通過將純化的化合物溶解于2ml甲醇，隨后于0℃加入0.5ml含HCl氣體的飽和乙醇或溶于二噁烷中的4N HCl使得該化合物轉(zhuǎn)化為其HCl鹽。將溶液用40ml冷的無水醚稀釋，收集沉淀物并干燥。總產(chǎn)量為21.2mg(45％)。ESI MS594.32(M+H+)。297.66(M/2+H+)。
實施例111H-吡咯-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}35的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基)-酰胺36(60mg，0.2mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基)-酰胺37。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將吡咯-2，5-二羧酸二五氟苯酯32(34.1mg，0.07mmol)和上述胺縮合得到35(24.2mg，48％)。ESI MSm/z 650.39(M+H+)，325.69(M/2+H+)。
實施例121H-吡咯-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}38的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-甲基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-酰胺39(47.8mg，0.2mmol)氫化還原為4-氨基-1-甲基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-酰胺40。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將吡咯-2，5-二羧酸二五氟苯酯32(34.1mg，0.07mmol)和上述胺縮合得到38(31.5mg，74％)。ESI MS538.26(M+H+)，269.63(M/2+H+)。
實施例13噻吩-2，5-二羧酸雙-{[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲?；?
-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}41的合成(A)N-(3-氰基丙基)苯鄰二甲酰亞胺(42)將苯鄰二甲酰亞胺鉀(8.48g，0.046mol)和4-溴丙基氰(6.4g，0.043mol)在50ml無水的DMF中的混和物在90℃攪動2小時。在用300ml水稀釋以后，水溶液用氯仿(80ml×3)抽提。復合的氯仿溶液用0.5％NaOH水溶液(80ml)和水(100ml)洗滌，并用無水Na2SO4干燥。將氯仿蒸發(fā)后，得到了一種油，向其中加入300ml水。該油迅速固化。形成的固體物經(jīng)過濾收集，用水洗滌，然后在高真空中干燥。產(chǎn)物從經(jīng)水稀釋的甲醇中重結晶，即制得白色的晶體(7.75g，84％)。1H NMR(CDCl3)δ7.87(dd，2H)，7.75(dd，2H)，3.83(t，2H)，2.44(t，2H)，2.09(五重峰，2H)。(B)3-氨基-丙基氰鹽酸鹽(43)將N-(3-氰基丙基)苯鄰二甲酰亞胺(7.56g，35.29mmol)和水合肼(4.4g，88.22mmol)在20ml乙醇中的混和物在室溫放置過夜。該溶液在用8ml水稀釋以后，用鹽酸調(diào)節(jié)到pH值為3.5，沉淀物經(jīng)過濾除去。濾液經(jīng)蒸發(fā)至較小體積。將殘余物冷卻至0℃后再用10N NaOH溶液(6ml)處理。該堿性溶液用氯仿(80ml×4)抽提。復合的氯仿溶液用Na2SO4干燥并蒸發(fā)至干燥。將殘余物用醚(100ml)抽提，并在無水HCl通過該醚溶液后沉淀。即得到了一種白色固體(2.2g，51％)。1H NMR(DMSO-d6)δ8.12(br，s)，2.82(m，2H)，2.61(t，2H)，1.86(五重峰，2H)。(C)1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯(44)將4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯(3.69g，20.04mmol)溶于100ml熱的無水乙醇，然后將溶液冷卻至室溫。將30ml在乙醇中的乙醇鈉(約1M)加入該溶液。將反應混和物在室溫攪動20分鐘，再加入1-溴-3-甲基丁烷(8ml)?；旌臀镌倩亓鲾噭?小時，冷卻至室溫，然后傾倒入水中。淺黃色的沉淀物經(jīng)過濾收集，經(jīng)水洗滌后干燥即得到產(chǎn)物(1.48g，29％)。(D)1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-碳酰氯(45)將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯(1.44g，)溶解到50ml甲醇中并加入25ml20％NaOH水溶液。反應混和物在50℃攪動1.5小時直到經(jīng)TLC檢查沒有初始物質(zhì)為止。將反應混和物濃縮到約20ml，再加入200ml水。所得溶液用5M鹽酸中和至pH值為2，形成的沉淀物經(jīng)過濾收集，用水洗滌并干燥而制得1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(1.29g，99％)。1H NMR(DMSO-d6)δ13.12(br，s，1H)，8.27(d，1H)，7.26(d，1H)，4.36(t，2H)，1.59(dd，2H)，1.50(dt，1H)，0.88(d，6H)。
該酸懸浮于15ml SOCl2。反應混和物在氬中回流攪動4小時，冷卻至室溫并蒸發(fā)。將80ml無水甲苯加入到殘余物中并使甲苯蒸發(fā)。此過程重復3次。將殘余物溶解于20ml無水苯中，冷凍并凍干得到白色粉末(1.26g，99％)。(E)1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-氰基丙基)-酰胺(46)將1.5ml無水的吡啶加入到酰基氯45(0.6g，2.45mmol)和3-氨丙基氰鹽酸鹽(0.31g，2.57mmol)在無水甲苯中的混和物中。反應混和物在50℃攪動過夜，然后蒸發(fā)至干燥。產(chǎn)物用甲苯-乙酸乙酯(2∶1)經(jīng)色譜純化而得到白色晶體(0.623g，87％)。1H NMR(DMSO-d6)δ8.46(t，1H)，8.17(d，1H)，7.39(d，1H)，4.37(t，2H)，3.27(五重峰，2H)，2.53(d，2H)，1.77(五重峰，2H)，1.60-1.42(q和五重峰，3H)，0.87(d，6H)。(F)1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)將48(0.6g，2.05mmol)溶解于25ml無水乙醇中，在冰浴中將溶液冷卻至0℃。然后將經(jīng)濃H2SO4干燥的氯化氫氣體以氣泡形式在5小時內(nèi)通過該溶液。反應燒瓶用橡膠塞子塞住。上述飽和溶液在室溫攪動4小時，然后置于冰箱內(nèi)過夜。蒸發(fā)掉溶劑后得到一種油。將80ml無水甲苯加入到殘余物中并使甲苯蒸發(fā)。此過程重復2次。所得的白色固體在高真空中干燥。
將產(chǎn)物溶解于40ml無水乙醇中，然后在室溫使無水氨氣以氣泡形式在1.5小時內(nèi)通過該溶液。反應燒瓶用橡膠塞子塞住。反應溶液在50℃攪動1小時，然后室溫放置過夜。將溶劑蒸發(fā)及與無水甲苯共蒸發(fā)兩次。殘余物在高真空中干燥并溶解于1ml無水甲醇中，所得溶液用45ml冷的無水醚稀釋。沉淀物經(jīng)離心收集并干燥得到白色粉末(0.63g，89％)。ESI MS310.19(M+H+)。1H NMR(DMSO-d6)δ8.97(br.s，2H)，8.56(br，s，3H)，8.18(d，1H)，7.44(d，1H)，4.37(t，2H)，3.21(q，2H)，2.40(t，2H)，1.80(五重峰，2H)，1.56(五重峰，2H)，1.46(五重峰，1H)，0.87(d，6H)。(G)噻吩-2，5-二羧酸雙-{[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}(49)依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(48.4mg，0.14mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺50。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將5-五氟苯基氨基甲酰基-噻吩-2-羧酸五氟苯酯50(25.2mg，0.05mmol)和上述胺51縮合得到GL800918(28.7mg，75％)。ESI MS695.35(M+H+)，348.18(M/2+H+)。
實施例14噻吩-2，5-二羧酸雙-{[5-(4-亞氨基氨基甲酰基-丁基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}52的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(50.4mg，0.14mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺54。
依照常規(guī)程序B，將5-五氟苯基氨基甲?；?噻吩-2-羧酸五氟苯酯50(25.2mg，0.05mmol)和上述胺54縮合得到52(28.3mg，71％)。ESI MS723.39(M+H+)，362.20(M/2+H+)。
實施例151H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}55的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(17.3mg，0.05mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺51。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將5-五氟苯基氨基甲?；?2H-吡唑-3-羧酸五氟苯酯56(8.8mg，0.018mmol)和上述胺51縮合得到55(5.6mg，41％)。ESI MS679.43(M+H+)，340.22(M/2+H+)。
實施例161H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[5-(4-亞氨基氨基甲?；?丁基氨基甲酰基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}57的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(18mg，0.05mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將5-五氟苯基氨基甲?；?2H-吡唑-3-羧酸五氟苯酯56(8.8mg，0.018mmol)和上述胺54縮合得到GL190472(5.2mg，37％)。ESI MS707.46(M+H+)，354.24(M/2+H+)。
實施例17N，N’-雙-[5-(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-
丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺58的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺鹽酸鹽47(50mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺51。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將對苯二酸二五氟苯酯59(30mg，0.06mmol)和上述胺51縮合得到GL324265(9.4mg，21％)。ESI MS689.40(M+H+)，345.21(M/2+H+)。
實施例18N，N’-雙-[5-(4-亞氨基氨基甲酰基-丁基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺60的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(54mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將對苯二酸二五氟苯酯59(30mg，0.06mmol)和上述胺54縮合得到60(29.9mg，63％)。ESI MS359.23(M/2+H+)。
實施例19吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}61的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(48.4mg，0.14mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺51。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將吡啶-2，5-二羧酸二五氟苯酯62(25mg，0.05mmol)和上述胺縮合得到61(35.7mg，89％)。ESIMS345.74(M/2+H+)。
實施例20吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-(4-亞氨基氨基甲?；?丁基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}63的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲酰基-戊基)-酰胺鹽酸鹽53(54mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲酰基-戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將吡啶-2，5-二羧酸二五氟苯酯62(30mg，0.06mmol)和上述胺54縮合得到63(28.5mg，57％)。ESI MS718.46(M+H+)，359.73(M/2+H+)。
實施例21吡嗪-2，5-二羧酸雙-{[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲酰基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}64的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(52mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基)-酰胺51。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將吡嗪-2，5-二羧酸二五氟苯酯65(30mg，0.06mmol)和上述胺51縮合得到64(30mg，65％)。ESI MS691.40(M+H+)，346.20(M/2+H+)。
實施例22吡嗪-2，5-二羧酸雙-{[5-(4-亞氨基氨基甲?；?丁基氨基甲酰基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}66的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(54mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將吡嗪-2，5-二羧酸二五氟苯酯65(30mg，0.06mmol)和上述胺縮合得到66(29mg，61％)。ESI MS360.22(M/2+H+)。
實施例23N1，N4-雙-[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-2-甲基-對苯二酰胺67的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(52mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基)-酰胺51。
依照常規(guī)程序B，將2-甲基-對苯二酸二五氟苯酯68(30.7mg，0.06mmol)和上述胺DS-c-2縮合得到67(20.5mg，44％)。ESI MS352.22(M/2+H+)。
實施例24N1，N4-雙-[5-(4-亞氨基氨基甲?；?丁基氨基甲基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-2-甲基-對苯二酰胺69的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(54mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將2-甲基-對苯二酸二五氟苯酯68(30.7mg，0.06mmol)和上述胺54縮合得到69(25mg，52％)。ESI MS366.23(M/2+H+)。
實施例25N，N’-雙-[5-(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-2，5-二甲基-對苯二酰胺70的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(52mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺51。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將2，5-二甲基-對苯二酸二五氟苯酯71(31.6mg，0.06mmol)和上述胺縮合得到70(19.1mg，40％)。ESI MS359.22(M/2+H+)。
實施例26N，N’-雙-[5-(4-亞氨基氨基甲酰基-丁基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-2，5-二甲基-對苯二酰胺72的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(54mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲酰基-戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將2，5-二甲基-對苯二酸二五氟苯酯71(31.6mg，0.06mmol)和上述胺54縮合得到72(22.8mg，46％)。ESI MS373.24(M/2+H+)。
實施例271H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(3-亞氨基氨基甲?；?丙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}73的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲?；?丙基)-酰胺鹽酸鹽(47)(48.4mg，0.14mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(3-亞氨基氨基甲酰基-丙基)-酰胺51。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將1H-吲哚-2，5-二羧酸雙(五氟苯基酰胺)74(26.8mg，0.05mmol)和上述胺51縮合得到73(29.6mg，74％)。ESI MS728.42(M+H+)，364.71(M/2+H+)。
實施例281H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(4-亞氨基氨基甲?；?丁基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}75的合成依照實施例10中的常規(guī)程序A，將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺鹽酸鹽53(50.4mg，0.15mmol)氫化還原為4-氨基-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-2-羧酸(5-亞氨基氨基甲?；?戊基)-酰胺54。
依照實施例10中的常規(guī)程序B，將1H-吲哚-2，5-二羧酸雙(五氟苯基酰胺)74(26.8mg，0.05mmol)和上述胺縮合得到75(13mg，31％)。ESI MS756.44(M+H+)，378.73(M/2+H+)。
實施例291H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-乙氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}76的合成(A)5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸(2-乙氨基-乙基)-酰胺(77)將5-硝基-2-吲哚羧酸乙酯細粉(0.8g，3.41mmol)在氬中懸浮于2ml N-乙基乙二胺中，反應混和物在55℃放置過夜。將混和物與甲苯共蒸發(fā)至干燥。將所得的褐色固體溶解于6ml乙酸乙酯中，并加入40ml醚來沉淀產(chǎn)物。離心后，將液體倒掉，固體用30ml醚洗滌并干燥得到小的褐色晶體(0.77g，82％)。ESI MS277.11(M+H+)，299.09(M+Na+)。1H NMR(DMSO-d6)δ8.67(d，1H)，8.04(dd，1H)，7.55(d，1H)，7.37(s)，3.36(m，3H)，2.69(q，2H)，2.55(q，2H)，0.99(t，3H)。(B)乙基-(2-{[1-(5-硝基-1H-吲哚-2-基)-甲酰氧基]-氨基}-乙基)-氨基甲酸二甲基乙酯(78)將化合物77(0.12g，0.434mmol)溶解于3ml DMF中，并加入0.48ml 1.0M的在THF中的二叔丁基碳酸氫鹽。反應混和物在室溫攪動20分鐘直到經(jīng)TLC確定反應完成為止。將溶劑蒸發(fā)至干燥，形成的褐色固體從MeOH-H2O重結晶，得到褐色晶體(0.139g，85％)。ESIMS377.15(M+H+)，399.13(M+Na+)。(C)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-乙氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-酰胺}(76)依照實施例10中的常規(guī)程序A，將化合物78(127mg，0.336mmol)氫化還原為79。上述胺DS13a和1H-吲哚-2，5-二羧酸雙(五氟苯基酰胺)74(45mg，0.084mmol)在2ml無水DMF中的混和物(在氬中)于55℃攪動過夜。將溶劑蒸發(fā)至干燥。殘余物溶解于5mlTFA/苯甲醚(8∶2)中，混和物在室溫放置1小時。產(chǎn)物用醚沉淀并用實施例10中的常規(guī)程序B描述的HPLC純化得到76(22mg，40％)。ESI MS662.27(M+H+)，331.64(M/2+H+)。
實施例301H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-丙氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚
-5-基]-酰胺}80的合成(A)5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸(2-丙氨基-乙基)-酰胺(81)以類似于制備81的方法用5-硝基-2-吲哚羧酸乙酯(0.8g，3.41mmol)和N-丙基乙二胺(2ml)制得了褐色固體(0.84g，85％)。ESI MS291.13(M+H+)。1H NMR(DMSO-d6)δ8.68(d，1H)，8.04(d，1H)，7.55(d，1H)，7.37(s，1H)，3.35(m，3H)，2.68(q，2H)，2.499(q，2H)，1.40(tt，2H)，0.84(t，3H)。(B)(2-{[(1-(5-硝基-1H-吲哚-2-基)-甲酰氧基]-氨基}-乙基)-丙基-氨基甲酸二甲基乙酯(82)以類似于制備78的方法從化合物81(0.12g，0.413mmol)制得了褐色粉末(0.142g，88％)。ESI MS391.17(M+H+)，413.15(M+Na+)。(C)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-丙氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}(80)依照實施例10中的常規(guī)程序A，將化合物82(131.2mg，0.336mmol)氫化還原為83。以類似于制備76的方法，用1H-吲哚-2，5-二羧酸雙(五氟苯酰胺)74(45mg，0.084mmol)和化合物83縮合，隨后使Boc基團去保護并經(jīng)HPLC純化制得GL496564(39.4mg，63％)。ESI MS690.31(M+H+)，345.66(M/2+H+)。
實施例311-辛基-1H-吲哚-2，5-二羧酸84的合成將氫化納(60％懸浮液，125mg，5mmol)加入到在無水DMF(10mL)中的攪動過的1H-吲哚-2，5-二羧酸(525mg，2mmol)溶液中，并在環(huán)境溫度放置1小時。將該反應冷卻至0℃后加入辛基溴(1.5mL，13mmol)。3天后通過加入5％的NH4Cl水溶液使反應終止?；旌臀餄饪s至干燥，并用甲苯經(jīng)硅膠柱純化。然后將產(chǎn)物溶解于30mL乙醇中并加入10mL 2M NaOH。溶液在55℃加熱2天。將乙醇在真空中去除，所得的水溶液用0.01M HCl酸化至pH值為3。得到的沉淀物經(jīng)過濾得到并用水漂洗兩次。分離的產(chǎn)物從無水乙醇(3x)中經(jīng)蒸發(fā)而干燥，制得460mg(73％)的C1。1H NMR(DMSO)8.44(d，1H，H-4吲哚)，8.01(dd，1H，H-6吲哚)，7.35(m，2H，H-3和7吲哚)，4.43-4.35(m，4H，辛基)，1.4-1.2(m，10H，辛基)，0.865(m，3H，辛基)MS316[M-H]實施例321-辛基-1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯-85的合成將84(460mg，1.45mmol)與五氟苯酚(560mg，3.045mmol)溶解于無水DMF(7.25mL)中，然后加入628mg(3.05mmol)溶解于無水DMF(7.25mL)中的二環(huán)己基碳二亞胺。反應在環(huán)境溫度維持3天。將反應物用紙過濾以去除沉淀的脲并濃縮。殘余物用EtOAc(50mL)吸收并再次過濾。將該溶液濃縮，然后溶解于10mL無水二噁烷中，凍干以制得C2(823mg，87％)。
實施例331-辛基-1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}-86的合成將90mg(0.325mmol)新還原的(如上文所述)“氨基-吡咯(N1-甲基)脒”溶解于無水DMF(1.25mL)中并加入65mg(0.1mmol)84。反應在40℃維持3天。產(chǎn)物用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的86。將該鹽溶解于2mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的86(13.1mg)。MS350.7[M+2H]/2實施例341-丙基-1H-吲哚-2，5-二羧酸-87的合成將氫化納(60％懸浮液，125mg，5mmol)加入到在無水DMF(10mL)中的攪動過的1H-吲哚-2，5-二羧酸(525mg，2mmol)溶液中，并在環(huán)境溫度放置1小時。將該反應冷卻至0℃后加入丙基溴(0.275mL，3mmol)。3天后通過加入5％的NH4Cl水溶液使反應終止。混和物濃縮至干燥，并用5％EtOAc/甲苯經(jīng)硅膠柱純化。然后將產(chǎn)物溶解于30mL乙醇中并加入10mL 2M NaOH。溶液在55℃加熱2天。將乙醇在真空中去除，所得的水溶液用0.01M HCl酸化至pH值為3。產(chǎn)生的沉淀物經(jīng)過濾得到并用水漂洗兩次。分離的產(chǎn)物從無水乙醇(3x)中蒸發(fā)干燥，制得340mg(67％)的87。1H NMR(CDCl3)8.38(s，1H，H-4吲哚)，7.87(d，1H，H-6吲哚)，7.71(d，1H，H-7吲哚)，7.44(d，1H，H-3，吲哚)，4.53(m，2H，丙基)，1.7(m，2H，丙基)，0.81(m，3H，丙基)MS246[M-H]實施例351-丙基-1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯-88的合成將84(340mg，1.33mmol)與五氟苯酚(514mg，2.8mmol)溶解于無水DMF(6.65mL)中，然后加入575mg(2.8mmol)溶解于無水DMF(6.65mL)中的二環(huán)己基碳二亞胺。反應在環(huán)境溫度維持3天。將反應物經(jīng)紙過濾以去除沉淀的脲并濃縮。殘余物用EtOAc(50mL)吸收并再次過濾。將該溶液濃縮，然后溶解于10mL無水二噁烷中，凍干以制得88(626mg，81％)。
實施例361-丙基-1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}-89的合成將90mg(0.325mmol)新還原的(如上文所述)氨基-吡咯(N1-甲基)脒溶解于無水DMF(1.25mL)中并加入58mg(0.1mmol)88。反應在40℃維持3天。產(chǎn)物用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的89。將該鹽溶解于2mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的89(19.3mg)。MS315.7[M+2H]/2實施例371H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-甲氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}-90的合成將1.5mL N-甲基乙二胺加入到30mg(0.05mmol)“EtO-Ind-Ind-Ind-OEt”中?；旌臀镌?0℃反應72小時，然后在真空中濃縮。殘余物用2mL DMF吸收并用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的90。將該鹽溶解于2mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的90(11.5mg)。MS317.7[M+2H]/2
實施例381H-吲哚-2，5-二羧酸雙-[(2-{2-[雙-(2-氨基-乙基)-氨基]-乙基氨基甲?；鶀-1H-吲哚-5-基)-酰胺]-91的合成將3mL三-(2-氨乙基)胺加入到50mg(0.087mmol)“EtO-Ind-Ind-Ind-OEt”中?；旌臀镌?5℃反應24小時，然后用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以六-三氟乙酸鹽形式存在的91。(22.9mg)。MS389.7[M+2H]/2實施例391H-吲哚-2，5-二羧酸雙-({2-[3-(3-氨基-丙氨基)-丙基氨基甲?；鵠-1H-吲哚-5-基}-酰胺)-92的合成將3mL3-氨丙基-丙烷-二胺和1mL DMF加入到50mg(0.087mmol)“EtO-Ind-Ind-Ind-OEt”中?；旌臀镌?5℃反應48小時后，用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以四-三氟乙酸鹽形式存在的92。(20.4mg)。MS374.7[M+2H]/2實施例405-硝基-1-丙基-1H-吲哚-2-羧酸乙酯-93的合成將2.01g(31.5mmol)KOH加入到3.69g(15.75mmol)溶解于35mL DMSO中的商業(yè)乙基5-硝基-2-羧基-吲哚中。將反應物劇烈攪動30分鐘，并同時加入2.86mL(31.5mmol)丙基溴。4小時后，加入另外5mL DMSO并使反應物反應過夜。加入1mL 5％的NH4Cl水溶液，傾倒入甲苯(150mL)，并用飽和NaHCO3(100mL)洗滌。將水層用甲苯(每次75mL)抽提兩次，兩次所得的有機層用鹽水(100mL)洗滌，經(jīng)Na2SO4干燥，并濃縮。將產(chǎn)物溶解于100mL二噁烷中并凍干而制得4.15g(15.1mmol，95％)93。1H NMR(CDCl3)8.64(s，1H，H-4吲哚)，8.2(m，1H，H-6吲哚)，7.47-7.42(m，2H，H-7和H-3吲哚)，4.57(m，2H，丙基)，4.45-4.37(m，4H，乙酸乙酯)，1.89-1.8(m，2H，丙基)，1.47-1.41(m，3H，丙基)，0.98-0.98-0.92(m，6H，乙酸乙酯)MS299[M+Na]實施例411H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-丙基-1H-吲哚-5-基]-酰胺}-94的合成將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.05g)加入到93(104mg，0.375mmol)在50mL無水EtOAc和25mL無水甲醇中的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40psi用氫氣充滿。將該懸浮液在環(huán)境溫度劇烈振動45分鐘。懸浮液通過一個布氏漏斗過濾，并用甲醇漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液濃縮至干燥。所得的氨基-吲哚在一個小瓶中溶解于無水DMF(1mL)并加入到75mg(0.15mmol)的“Pfp-吲哚-Pfp”中，然后于55℃放置24小時。通過向反應混和物加入40mL0.001M HCl分離粗產(chǎn)物三-吲哚。沉淀物經(jīng)離心而分離，將酸性上清液倒出。將粗產(chǎn)物用0.001M HCl漂洗并再次離心，用水漂洗三次并離心三次。產(chǎn)物從乙醇中蒸發(fā)干燥兩次。最后，將粗的殘余物置于一小瓶中，并加入2mL重蒸餾的1，2-乙二胺。將反應物于55℃加熱72小時，然后在真空中濃縮。殘余物用2mL DMF吸收并用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的94。將該鹽溶解于2mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的94(30.0mg)。MS345.7[M+2H]/2實施例421-丙基-1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-丙基-1H-吲哚-5-基]-酰胺}-95的合成將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.05g)加入到93(104mg，0.375mmol)在50mL EtOAc和25mL甲醇中的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40psi用氫氣充滿。將該懸浮液在環(huán)境溫度劇烈振動45分鐘。懸浮液通過一個布氏漏斗過濾，并用甲醇漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液濃縮至干燥。所得的氨基-吲哚在一個小瓶中溶解于無水DMF(1mL)并加入到87mg(0.15mmol)的88中，然后于55℃放置24小時。通過向反應混和物加入40mL 0.001M HCl分離粗產(chǎn)物三-吲哚。沉淀物經(jīng)離心而分離，將酸性上清液倒出。將粗產(chǎn)物用0.001M HCl漂洗并再次離心，用水漂洗三次并離心三次。產(chǎn)物從乙醇中蒸發(fā)干燥兩次。最后，將粗的殘余物置于一小瓶中，并加入2mL重蒸餾的1，2-乙二胺。將反應物于55℃加熱72小時，然后在真空中濃縮。殘余物用2mL DMF吸收并用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的95。將該鹽溶解于2mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的95(48.5mg)。MS366.7[M+2H]/2
實施例431-丙基-1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}-96的合成將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.05g)加入到商業(yè)乙基5-硝基-2-羧基-吲哚(87mg，0.37mmol)在75mL EtOAc和25mL甲醇中的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40psi用氫氣充滿。將該懸浮液在環(huán)境溫度劇烈振動45分鐘。懸浮液通過一個布氏漏斗過濾，并用甲醇漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液濃縮至干燥。所得的氨基-吲哚在一個小瓶中溶解于無水DMF(1mL)并加入到87mg(0.15mmol)的C5中，然后于55℃放置24小時。通過向反應混和物加入40mL 0.001M HCl分離粗產(chǎn)物三-吲哚。沉淀物經(jīng)離心而分離，將酸性上清液倒出。將粗產(chǎn)物用0.001M HCl漂洗并再次離心，用水漂洗三次并離心三次。產(chǎn)物從乙醇中蒸發(fā)干燥兩次。最后，將粗的殘余物置于一小瓶中，并加入3mL重蒸餾的1，2-乙二胺。將反應物于55℃加熱72小時，然后在真空中濃縮。殘余物用1mL DMF吸收并用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的96。將該鹽溶解于2mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4MHCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的96(7.7mg)。MS324.7[M+2H]/2實施例445-硝基-1H-吲哚-2-羧酸-97的合成將110mL 2M的NaOH加入到溶解于乙醇(220mL)中的商業(yè)乙基5-硝基-2-羧基-吲哚(10.21g，43.6mmol)溶液中。將反應物于60℃攪動18小時。然后使反應物冷卻，在真空中去除乙醇并另外加入200mL的水。向劇烈攪動的水溶液中先加入5M HCl，再加入1M HCl直到pH值為4，即有酸性產(chǎn)物沉淀出來。將產(chǎn)物通過一個布氏漏斗過濾而收集，并用稀釋的HCl(1∶40 v/v)洗滌一次，用水洗滌兩次。將濾液于真空中在干燥器中經(jīng)P2O5干燥即得到8.83g(42.8，98％)酸97。1H NMR(DMSO)12.4(brs，1H，1H 吲哚)，8.68(dd，1H，H-4吲哚)，8.08(m，1H，H-6吲哚)，7.54(m，1H，H-7吲哚)，7.34(dd，1H，H-3吲哚)實施例455-硝基-1H-吲哚-2-羧酸(2-氰基-乙基)-酰胺98的合成將4.5g(21.8mmol)酸97置于燒瓶中并加入100mL亞硫酰氯。將反應物在干燥空氣中于85℃回流2.5小時。使反應物冷卻至環(huán)境溫度并在真空中濃縮該混和物。將殘余物用75mL二噁烷吸收，而懸浮液在真空中濃縮。最后，將殘余物用100mL甲苯吸收，而懸浮液在真空中濃縮。將殘余物懸浮于無水二噁烷(220mL)中并逐滴加入氨基-丙腈(3.96mL，54.5mmol)。將反應物在環(huán)境溫度攪動18小時然后在真空中濃縮。殘余物用50mL DMF吸收，在劇烈攪動中加入0.001MHCl直到pH值為3，然后加入另外的200mL 0.001M HCl。將產(chǎn)物通過一個布氏漏斗過濾而收集，并用水洗滌兩次。將濾液于真空中在干燥器中用P2O5干燥即得到5.13g(19.9，91％)98。1H NMR(DMSO)12.34(brs，1H，1H吲哚)，9.1(dd，1H，H-4吲哚)，8.7(s，1H，酰胺NH)，8.04(m，1H，H-6吲哚)，7.55(m，1H，H-7吲哚)，7.38(s，1H，H-3吲哚)，3.54-3.49(m，2H)，2.78(dd，2H)。
實施例465-硝基-1H-吲哚-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-酰胺99的合成將腈98(2.5g，9.68mmol)懸浮于無水乙醇(75mL)中并冷卻至0℃。然后將冷卻的乙醇懸浮液用干燥的HCl氣體飽和5小時。將氣流移去后，密封燒瓶并置于4℃過夜。在早晨，將懸浮物在真空中濃縮并與無水乙醇(100mL)共蒸發(fā)得到3.26g亞氨酸酯中間物。2.26g粗產(chǎn)物懸浮于無水乙醇(100mL)，冷卻至0℃并用無水NH3氣體飽和。4小時后，去除氣體來源，密封燒瓶并置于4℃過夜。在早晨，將反應物在真空中濃縮并與無水乙醇(100mL)共蒸發(fā)一次。殘余物用無水乙醇(200mL)懸浮，過濾，用無水乙醇漂洗，在真空中干燥得到1.89g(5.86mmol)99。1H NMR(DMSO)9.1-9.05(br m，3H，H4吲哚和脒)，8.75-8.65(br s，2H，脒)，8.06(dd，1H，H-6，吲哚)，7.57(d，1H，H-7吲哚)，7.45(s，1H，H-3吲哚)，3.65-3.61(m，2H)，2.71-2.66(m，2H)。MS276[M+H]實施例471H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-酰胺}-100的合成將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.05g)加入到“硝基-吲哚-脒”99(117mg，0.375mmol)在甲醇(30mL)和EtOAc(10ml)中的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在50psi用氫氣充滿。將該懸浮液在環(huán)境溫度劇烈振動45分鐘。懸浮液通過一個布氏漏斗過濾，并用甲醇漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液濃縮至干燥。所得的氨基-吲哚在一個小瓶中溶解于無水DMF(1.9mL)并加入到75mg(0.15mmol)的“Pfp-吲哚-Pfp”中，然后于45℃放置48小時。產(chǎn)物用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的100。將該鹽溶解于6mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的100(62.0mg)。MS330.6[M+2H]/2實施例489H-咔唑-3，6-二羧酸二五氟苯酯-101的合成將商業(yè)的咔唑(5.02g，30mmol)懸浮于氯苯(48mL)中并加入三氯乙腈(7.2mL，72mmol)。然后將AlCl3加入到攪動的反應混和物中。將該反應混和物在干燥空氣中置于回流濃縮器并緩緩加熱至100℃。2小時后，加入20mL濃HCl并將溫度升高到120℃加熱2小時?；旌臀镌谡婵罩袧饪s，然后懸浮于2M KOH(200mL)中，回流1小時，最后用布氏漏斗過濾。濾液用5M HCl調(diào)節(jié)pH值到3，冷卻至環(huán)境溫度并過濾。將濾液通過與甲醇共蒸發(fā)三次而干燥制得1.86g粗產(chǎn)物二酸。
將該粗產(chǎn)物二酸用無水吡啶溶解并濃縮三次，然后溶解于無水DMF(14.5mL)中。加入二異丙基乙胺(5.05mL)，隨后再加入三氟乙酸五氟苯基酯2.62mL(15.25mmol)。將反應物在環(huán)境溫度攪動過夜然后在真空中蒸發(fā)。然后殘余物用50％的EtOAc/甲苯通過硅膠柱純化。將產(chǎn)物溶解于無水苯(30mL)中并凍干而得到290mg(0.494mmol，7％)的101。1H NMR(CDCl3)9.04(s，2H，H-4和5)，8.3(dd，2H，H-1和8)，7.64(d，2H，H-2和7)。
實施例499H-咔唑-3，6-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}-102的合成將10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.01g)加入到“5-硝基-吲哚-EDA-Boc”(74mg，0.21mmol)在甲醇(25mL)和EtOAc(25mL)中的溶液中。將燒瓶倒空，再用氫氣沖洗3次，最后在40psi用氫氣充滿。將該懸浮液在環(huán)境溫度劇烈振動45分鐘。懸浮液通過一個布氏漏斗過濾，并用甲醇漂洗數(shù)次。將濾液和洗出液濃縮至干燥。所得的氨基-吲哚在一個小瓶中溶解于無水DMF(1.0mL)并加入到57mg(0.1mmol)的“Pfp-咔唑-Pfp”-101中，然后于50℃放置20小時。Boc-保護的產(chǎn)物用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗一次。向殘余物中加入苯甲醚(0.8mL)，隨后再加入三氟乙酸(3.2mL)。將溶液在環(huán)境溫度放置30分鐘，然后產(chǎn)物用40mL冷的乙醚沉淀，輕輕倒出后再用醚漂洗兩次。粗產(chǎn)物用0.1％TFA水溶液吸收，經(jīng)HPLC(Vydac 12M C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，20mL/min)純化制得以雙-三氟乙酸鹽形式存在的102。將該鹽溶解于6mL無水MeOH中，冷卻至-20℃，然后加入1mL 4M HCl/二噁烷。該溶液用40mL冷的醚沉淀即制得以雙-HCl鹽形式存在的102(38.4mg)。MS328.7[M+2H]/2實施例501H-吲哚-2，5-二羧酸-2-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-酰胺}5-{[2-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，103的合成(方案6)加載連接體。使2.5g(2.55mmol)MBHA樹脂(S＝1.02)在DMF中膨脹5分鐘。將1.06g(7.65mmol)4-羥基苯甲酸和1.03g(7.65mmol)HOBt溶解于DMF中，并向其中加入1.18mL(7.65mmol)DIC。將清的混和物倒入樹脂中，輕輕攪動2小時。將樹脂排干，用DMF(5x)洗滌。加入10mL DMF和5mL乙醇胺的混和物后在室溫攪動過夜(18小時)。第二天早晨，將樹脂排干，用DMF(3x)、DCM(3x)、50％TFA/DCM(2x)、DCM(2x)、DMF(2x)、DCM(2x)、甲醇(2x)、醚(2x)洗滌，并干燥后得到2.8g酚樹脂，B1。取代的程度為S＝0.89mmol/g樹脂(通過重量增量計算)。
加載第一種酸。將1.2g(5mmol)N-叔丁氧基羰基-5-氨基吲哚-2-羧酸(Boc-5Ain-OH)懸浮于20mL DCM中。加入0.78mL(5mmol)DIC，隨后再加入100mg(0.8mmol)DMAP。在5分鐘內(nèi)懸浮液變清。將該清溶液加入到干燥的2.8g(2.5mmol)酚樹脂，B1中并將混和物在室溫攪動過夜(18小時)。第二天將樹脂排干，用DMF(3x)洗滌。沒有反應的酚OH基團用DCM中的20％乙酸酐(acetic anhydryde)加0.5mL DIEA乙?；瘉矸忾]。將樹脂再用DMF(3x)、DCM(3x)、甲醇(2x)、醚(2x)洗滌，并干燥后得到3.2gB2。取代的程度約為0.55mmol/g樹脂-基于重量增量。
合成。將160mg(0.1mmol)Boc-5Ain-Hba-樹脂(B2)在DCM中膨脹十分鐘，然后在DCM中用25％TFA 2％苯甲醚處理20分鐘。用DCM洗滌3次，用DMF洗滌3次。將未保護的B3與151mg(0.3mmol)B4二肽(單獨在溶液中合成)用108mg(0.285mmol)HBTU和104μL(0.6mmol)DIEA在DMF中偶聯(lián)三小時得到樹脂結合的三肽，B5。將樹脂用DMF(3x)、DCM(3x)洗滌，并用TFA/苯甲醚/DCM試劑再處理20分鐘。用DCM(3x)和DMF(3x)將TFA洗掉。將含有游離氨基的分子用10倍過量的1H-吡唑-1-甲脒鹽酸鹽(146.6mg，1.0mmol)和DIEA(344μL，2.0mmol)在室溫處理過夜得到B6。最后，通過在室溫用EDA處理1小時而使產(chǎn)物(103)從樹脂裂解出來。將樹脂過濾掉，上清液在真空中蒸發(fā)，剩下的油用醚從甲醇中沉淀。將沉淀物離心下來并干燥。粗產(chǎn)物經(jīng)HPLC(Vydac 12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化?？偖a(chǎn)量為16.4mg(24％)103。ES MS648.26(M+H+的計算值648.28)。
實施例511H-吲哚-2，5-二羧酸5-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}2-{[2-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，104的合成將相同量的tBoc保護的肽-樹脂(0.1mmole，方案6(B5))不是去掉保護基，而是以實施例50所述的方法，先用EDA從樹脂中裂解出來。所得的胺用146.6mg在DMF(2mL)溶液中的1H-吡唑-1-甲脒鹽酸鹽(1.0mmol)處理過夜。將反應混和物蒸發(fā)至干燥，剩下的油溶解于5mL含有20％苯甲醚的TFA中。當通過加入45mL冷乙醚而使產(chǎn)物沉淀時，去保護過程在30分鐘內(nèi)完成。將沉淀物過濾，用醚洗滌然后干燥。粗產(chǎn)物經(jīng)HPLC(Vydac 12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化?？偖a(chǎn)量為15.2mg(22％)104。ES MS648.26(M+H+的計算值648.28)。
實施例521H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，105的合成以實施例51所述的方法，將8.2mg(0.01mmole)103用14.6mg(0.1mmole)在DMF(2mL)溶液中的1H-吡唑-1-甲脒鹽酸鹽處理。蒸發(fā)后，油狀殘余物以同樣方法經(jīng)HPLC純化。產(chǎn)量15.6mg(23％)B9。ES MS690.27(M+H+的計算值690.30)。
實施例531H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，106的合成(A)6-氨基-1H-吲哚-2-羧酸甲酯，107(R＝CH3)。
將10％Pd/C(40mg)加入到200mg(0.91mmole)6-硝基-1H-吲哚-2-羧酸甲酯(108)在1∶1甲醇/乙酸乙酯混和物中的溶液中。將燒瓶用氫氣沖洗3次，最后在30到35psi用氫氣充滿。將該懸浮液在室溫劇烈攪動30分鐘。將催化劑過濾掉，濾液在真空中蒸發(fā)至干燥。所得的6-氨基-1H-吲哚-2-羧酸甲酯在TLC(二氧化硅，甲苯-乙酸乙酯7∶3，Rf0.31)上呈單一樣品點，不經(jīng)純化即用于下一步。(B)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-甲氧羰基-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，109(R＝CH3)將新制備(如前文所述)的6-氨基-1H-吲哚-2-羧酸甲酯(0.91mmole)溶解于3mL無水DMF中。加入235mg(0.44mmole)1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯，110(實施例1，步驟B)和156μL(0.91mmole)DIEA，并將混和物在氬中于55℃加熱三天，然后蒸發(fā)至干燥。油狀殘余物用醚研制得到200mg(83％)的固體產(chǎn)物，該產(chǎn)物的純度不經(jīng)進一步純化就足夠用于繼續(xù)合成了。(C)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，106將50mg(0.091mmole)109(R＝CH3)溶解于2mL純的1，2-乙二胺中，在55℃維持過夜(18小時)，然后蒸發(fā)至干燥。將殘余物溶解于2mL甲醇中并通過加入45mL醚而沉淀。將沉淀物離心下來，沉淀塊(pallet)用醚洗滌兩次并干燥。粗產(chǎn)物106經(jīng)HPLC(Vydac 12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化。通過將純化的化合物溶解于2mL甲醇，用在二噁烷中的1mL 4NHCl處理并用醚沉淀，使該化合物轉(zhuǎn)化為HCl鹽。總產(chǎn)量為9.1mg(15％)106。ES MS606.30(M+H+的計算值606.26)。
實施例541H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(3-氨基-丙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，111的合成化合物111以實施例53所述合成化合物106的方法合成，在步驟C中用丙烷-1，3-二胺。產(chǎn)量8.6mg(18％)；MS634.38(M+H+的計算值634.29)。
實施例55N，N’-雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-間苯二甲酰胺}，112的合成化合物112以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量10.9mg(18％)；MS567.26(M+H+的計算值567.25)。
實施例56吡啶-2，6-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，113的合成化合物113以實施例53-般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量23.2mg(41％)；MS568.24(M+H+的計算值568.24)。
實施例57吡啶-2，4-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，114的合成化合物114以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量17.1mg(30％)；MS568.24(M+H+的計算值568.24)。
實施例58吡啶-3，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，115的合成化合物115以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量30mg(53％)；MS568.25(M+H+的計算值568.24)。
實施例59N，N’-雙-[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-間苯二甲酰胺}，116的合成化合物116以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量34.9mg(61％)；MS567.26(M+H+的計算值567.25)。
實施例60吡啶-2，6-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，117的合成化合物117以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量35.5mg(61％)；MS568.25(M+H+的計算值568.24)。
實施例61吡啶-2，4-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，118的合成化合物118以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量35.3mg(61％)；MS568.26(M+H+的計算值568.24)。
實施例621H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，119的合成化合物119以實施例53-般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量9.6mg(17％)；MS557.23(M+H+的計算值557.24)。
實施例63噻吩-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，120的合成化合物120以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量8.7mg(15％)；MS573.19(M+H+的計算值573.21)。
實施例641H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，121的合成化合物121以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量3.7mg(7％)；MS557.23(M+H+的計算值557.24)。
實施例651H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-甲基-1H-苯并哚唑-5-基]-酰胺}，122的合成化合物122以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量6.8mg(10％)；MS636.37(M+H+的計算值636.40)。
實施例661H-吲哚-2，5-二羧酸雙-({2-[2-(2-羥基-乙氨基)-乙基氨基甲?；鵠-1H-吲哚-6-基}-酰胺)，123的合成化合物123以實施例53一般描述的合成化合物106的方法合成。產(chǎn)量12.5mg(17％)；MS694.35(M+H+的計算值694.31)。
實施例671H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-二甲氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，124的合成(A)6-硝基-1H-吲哚-2-羧酸(2-二甲氨基-乙基)-酰胺，125的合成將500mg(2.27mmol)6-硝基-1H-吲哚-2-羧酸甲酯溶解于4mL純N1，N-1-二甲基-乙烷-1，2-二胺中，在55℃放置過夜并蒸發(fā)。油狀殘余物用正己烷研制得到528mg(84％)無需進一步純化的黃色固體。MS277.13(M+H+的計算值277.13)。(B)6-氨基-1H-吲哚-2-羧酸-(2-二甲氨基-乙基)-酰胺，126的合成將10％Pd/C(40mg)加入到82.9mg(0.3mmole)125在1∶1乙醇/乙酸乙酯混和物中的溶液中。將燒瓶用氫氣沖洗3次，最后在30到35psi用氫氣充滿。將該懸浮液在室溫劇烈攪動30分鐘。將催化劑過濾掉，濾液在真空中蒸發(fā)至干燥。固體126不經(jīng)純化即用于下一步。(C)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-二甲氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，124的合成將新制備(如前文所述)的126溶解于3mL無水DMF中。加入54mg(0.1mmole)1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯(實施例1，步驟B)和103μL(0.6mmole)DIEA，并將混和物在氬中于55℃加熱過夜(18小時)，然后蒸發(fā)至干燥。粗產(chǎn)物124經(jīng)HPLC(Vydac 12μm C182.2×25cm柱，0％到60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20mL/min)純化。通過將純化的化合物溶解于2mL甲醇，用1mL溶于二噁烷的4N HCl處理并用醚沉淀而轉(zhuǎn)化為HCl鹽，得到7.0mg(9.5％)124。MS662.29(M+H+的計算值662.32)。
實施例681H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(3-二甲氨基-丙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，127的合成化合物127按實施例67中對化合物124一般描述的方法來合成。產(chǎn)量16.7mg(24％)；MS690.34(M+H+的計算值690.35)。
實施例691H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-二甲氨基-乙基氨基甲?；?-2，3-二氫-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，128的合成化合物128按實施例67中對化合物124一般描述的方法來合成。產(chǎn)量4.8mg(7％)；MS666.33(M+H+的計算值666.35)。
實施例701H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-二甲氨基-丙基氨基甲?；?-2，3-二氫-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，129的合成化合物129按實施例67中對化合物124一般描述的方法來合成。產(chǎn)量23.7mg(34％)；MS694.36(M+H+的計算值694.39)。
實施例711H-吲哚-2，5-二羧酸雙-({2-[2-(2-羥基-乙氨基)-乙基氨基甲?；鵠-1H-吲哚-5-基}-酰胺)，130的合成(A)5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸[2-(2-羥基-乙氨基)-乙基]-酰胺，131向2.34g(10mmole)5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸乙酯(132)溶于25mlDMF所形成的溶液中，加入5.2g(50mmole)2-(2-氨基-乙氨基)-乙醇(133)，所得混合物在氬氣環(huán)境中于55℃保持36小時。然后將其蒸發(fā)干燥，剩下的油樣物質(zhì)在室溫下溶于乙醇，結果導致快速的結晶形成。過濾出結晶物，再用乙醇洗滌(2次)并干燥，就得到2.08g產(chǎn)物(71％)。MS293.13(M+H+的計算值293.31)。1H-NMR(DMSO-d6)8.70-8.67(m，2H，酰胺和吲哚H-4)；8.04(dd，1H，吲哚H-6)；7.55(d，1H，吲哚H-7)；7.37(s，1H，吲哚H-3)；3.43(t，2H，-NH-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-OH)；3.39-3.33(m，2H，-NH-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-OH)；2.71-2.66(m，2H，-NH-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-OH)；2.59(t，2H，-NH-CH2-CH2-NH-CH2-CH2-OH)。(B)5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸[2-(2-羥基-乙基-2-叔丁基氧基羰基-氨基)-乙基]-酰胺，1342.08g(7.12mmole)131懸浮于10ml DMF中。在室溫，向此懸浮液中加入1.71g(7.83mmole)tBoc2O。十分鐘之內(nèi)混合物變澄清，一小時之內(nèi)反應完全。在真空條件下，將DMF蒸發(fā)掉，剩下的固體物質(zhì)從異丙醇溶液中結晶出來，就得到1.82g(65％)產(chǎn)物。1H-NMR(DMSO-d6)12.33(s，1H，吲哚H-1)；8.79(s，1H，CO-NH)；8.69(s，1H，吲哚H-3)；8.03(dd，1H，吲哚H-6)；7.55(d，1H，吲哚H-7)；7.34(d，1H，吲哚H-4)；3.46-3.23(m，8H，亞甲基)；1.32(s，9H，CH3)。(C)5-氨基-1H-吲哚-2-羧酸[2-(2-羥基-乙基-2-叔丁基氧基羰基-氨基)-乙基]-酰胺，135向196mg(0.5mmole)134溶于1∶1乙醇/乙酸乙酯混合物所形成的溶液中加入10％Pd/C(50mg)。在30至35psi壓力下，燒瓶用氫氣漂洗三次，并用氫氣充滿。懸浮液在室溫劇烈攪拌30分鐘。過濾掉催化劑，濾液在真空中蒸發(fā)干燥，結果得到180mg(100％)135，該產(chǎn)物在TLC中有單一的點(二氧化硅，甲苯-乙酸乙酯1∶9，Rf0.16)，其無需純化就可用于下一步反應。(D)1H-吲哚-2，5-二羧酸雙-({2-[2-(2-羥基-乙氨基)-乙基氨基甲?；鵠-1H-吲哚-5-基}-酰胺)，130
180mg(0.5mmole)135溶解于3ml DMF中，并在55℃與50mg(0.1mmole)1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯和86μL(0.5mmole)DIEA反應過夜(18小時)。混合物在真空中蒸發(fā)干燥，剩下的半固體用醚加以研制，就得到190mg固體136。通過將其溶解在含有20％苯甲醚的5ml TFA中，并在室溫反應30分鐘，可以除去tBoc保護基團。加入40ml醚，并將混合物離心。丟棄上清液，沉淀物用醚洗三次并干燥。粗制的130用HPLC(Vydac12μm C182.2×25cm柱，0％至60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20ml/min)純化。將純化的化合物溶解于2ml甲醇，用1ml 4N HCl的二噁烷溶液處理，并用醚沉淀，可將其轉(zhuǎn)化為鹽酸鹽，由此得到29.3mg(42.3％)130。ES MS694.29(M+H+的計算值694.31)。
實施例721H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(3-氨基-2-羥基-丙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，137的合成化合物137按實施例71中對化合物130一般描述的方法來合成。產(chǎn)量58mg(86％)；MS666.42(M+H+的計算值666.28)。
實施例731H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-胍基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，138的合成向23.8mg(35μmole)106(按實施例53中所描述的方法合成)溶于2ml DMF所形成的溶液中加入51mg(0.35mmole)1-H-吡唑-1-甲脒鹽酸鹽和73μl(0.42mmole)DIEA。混合物在室溫下保持過夜(18小時)，然后蒸發(fā)干燥。油樣的剩余物用HPLC(Vydac12μm C182.2×25cm柱，0％至60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20ml/min)純化。將純化的化合物溶解于2ml甲醇，用1ml 4N HCl的二噁烷溶液處理，并用醚沉淀，可將其轉(zhuǎn)化為鹽酸鹽，由此得到3.3mg(13％)138。ES MS690.41(M+H+的計算值690.30)。
實施例741H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-胍基-丙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，139的合成化合物139按實施例73中對化合物138一般描述的方法來合成。產(chǎn)量2.0mg(8％)；MS718.43(M+H+的計算值718.33)。
實施例751H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，140的合成化合物140按實施例53中對化合物138一般描述的方法來合成。產(chǎn)量50mg(24％)；MS690.39(M+H+的計算值690.30)。
實施例761H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(3-胍基-2-羥基-丙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，141的合成化合物141按實施例53中對化合物138一般描述的方法來合成。產(chǎn)量9.1mg(60％)；MS750.37(M+H+的計算值750.32)。
實施例771H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-乙氧基甲基-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，142的合成將2.3g(10mmole)5-硝基-1H-吲哚-2-羧酸乙酯(143)溶于DMF所形成的溶液冷卻至0℃，并邊劇烈攪拌邊加入598mg(15mmole)NaH(60％，溶于礦物油)。將燒瓶倒空，在真空中保持1小時。仍在0℃加入1.44ml(15.5mmole)乙氧基甲基氯?；旌衔镌谑覝卦贁嚢?小時，然后在真空中蒸發(fā)干燥。油樣的剩余物用醚提取，將醚相蒸發(fā)，剩下的固體物質(zhì)從70ml異丙醇(iso-proppy alcohol)結晶兩次。得到1.7g(58％)144。
將146mg(0.5mmole)144還原，與1H-吲哚-2，5-二羧酸二五氟苯酯(實施例1，步驟B)偶聯(lián)，和1，2-乙二胺反應，并按實施例53中對106所描述的方法來純化。得到40mg(55％)B 507-b。ES MS722.49(M+H+的計算值722.34)。
實施例781H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1-甲氧基乙氧基甲基-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，145的合成化合物145按實施例77中對142一般描述的方法用甲氧基乙氧基甲基氯來合成。產(chǎn)量22mg(27％)。ES MS782.52(M+H+的計算值782.36)。
實施例791H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-氨基-乙基氨基甲酰基)-1-甲氧基甲基-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，146的合成化合物146按實施例77中對142所描述的方法用甲氧基甲基氯來合成。產(chǎn)量20.3mg(29％)。ES MS694.35(M+H+的計算值694.31)。
實施例801H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-丙氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，147的合成向25mg(0.031mmole)106(實施例53)溶于DMF所形成的溶液中加入21.5mg(0.075mmole)Boc-Ala-Opfp(148)和22μl(0.124mmole)DIEA，混合物在室溫攪拌2小時。然后將其蒸發(fā)干燥，再用醚研制并干燥。通過將干燥的固體物質(zhì)溶解在含20％苯甲醚的TFA中并反應30分鐘，可以把tBoc保護基團除去。粗產(chǎn)物用醚沉淀，再用醚洗滌3次并干燥。然后用HPLC(Vydac12μm C182.2×25cm柱，0％至60％乙腈梯度超過30分鐘，流速20ml/min)純化。將純化的化合物溶解于2ml甲醇，用1ml 4N HCl的二噁烷溶液處理，并用醚沉淀，可將其轉(zhuǎn)化為鹽酸鹽，由此得到16mg(68％)147。ES MS748.31(M+H+的計算值748.33)。
實施例811H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-苯丙氨酰基-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，149的合成化合物149按實施例80中對化合物147所描述的方法用Fmoc-Phe-Opfp(150)來合成，不同的是要通過用20％哌啶的DMF溶液在室溫處理研制過的干物質(zhì)30分鐘來除去Fmoc保護基團。將哌啶試劑蒸發(fā)，剩下的油用醚研制。按上面實施例80所描述的方法，固體粗產(chǎn)物經(jīng)過純化，再將其轉(zhuǎn)化成鹽酸鹽。得到19.2mg(68％)149；MS900.37(M+H+的計算值900.40)。
實施例821H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-亮氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，151的合成化合物151按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Leu-OPfp來合成。得到15.4mg(59％)151；MS832.41(M+H+的計算值832.43)。
實施例831H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-異亮氨酰基-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，152的合成化合物152按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Ile-OPfp來合成。得到13.2mg(50％)152；MS832.41(M+H+的計算值832.43)。
實施例841H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-纈氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，153的合成化合物153按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Val-OPfp來合成。得到17.1mg(68％)153；MS804.39(M+H+的計算值804.40)。
實施例851H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-甘氨?；?酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，154的合成化合物154按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Gly-OPfp來合成。得到18.5mg(82％)154；MS720.29(M+H+的計算值720.30)。
實施例861H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-谷氨?；?酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，155的合成化合物155按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Glu(OtBu)-OPfp來合成。用實施例80中描述去除tBoc基團的方法來去除OtBu保護基團，得到3.2mg(11％)155；MS864.37(M+H+的計算值864.35)。
實施例871H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-鳥氨?；?酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，156的合成化合物156按實施例86中對化合物155所描述的方法用Fmoc-Orn(Boc)-OPfp來合成。得到18.4mg(71％)156；MS834.42(M+H+的計算值834.41)。
實施例881H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2(N-乙?；?γ-L-谷氨?；?-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，157的合成化合物157按實施例80中對化合物147所描述的方法用Boc-Glu(OSu)-OBzl來合成，不同的是要通過用500μl苯硫基甲烷(thioanisol)、250μl EDT、5ml TFA和500μl TFMSA的混合物在室溫處理研制過的干物質(zhì)2小時來除去Bzl和tBoc保護基團。按80中所描述的方法，粗產(chǎn)物用醚沉淀，并純化和轉(zhuǎn)化為鹽酸鹽。得到6.8mg(25％)157；MS472.67(M+H+的計算值472.67)。
實施例891H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-正亮氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，158的合成化合物158按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Nle-OPfp來合成。得到15.3mg(61％)158；MS832.41(M+H+的計算值832.43)。
實施例901H-吲哚-2，5-二羧酸雙-[2-(2-L-賴氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，159的合成化合物159按實施例80中對化合物147所描述的方法用Boc-Lys(Boc)-OSu來合成。得到19mg(73％)159；MS862.45(M+H+的計算值862.45)。
實施例911H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-(L-2，3-二氨基丙基)-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，160的合成51mg(0.093mmole)Fmoc-Dap(Fmoc)-OH溶于DMF中。加入22μl(0.124mmole)DIEA，隨后加入15μl(0.087mmole)TFA-Opfp，混合物在室溫攪拌15分鐘。按實施例81中對化合物149所描述的方法，此活性酸溶液用于合成160。得到11.9mg(49％)160；MS778.37(M+H+的計算值778.356)。
實施例921H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-(L-2，4-二氨基丁酰基)-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，161的合成化合物161按實施例91中對化合物160所描述的方法用Fmoc-Dab(Fmoc)-OH來合成。得到9.3mg(38％)161；MS805.39(M+H+的計算值805.39)。
實施例931H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-(N-甲基-L-纈氨?；?-酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，162的合成化合物162按實施例91中對化合物160所描述的方法用Fmoc-MeVal-OH來合成。得到19.1mg(76％)162；MS832.42(M+H+的計算值832.43)。
實施例941H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-精氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，163的合成化合物163按實施例88中對化合物157所描述的方法用Boc-Arg(Z2)-OSu來合成。得到23.3mg(84％)163；MS918.45(M+H+的計算值918.46)。
實施例951H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-(L-2，3-二氨基丙基)-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，164的合成化合物164按實施例91中對化合物160所描述的方法來合成。得到12.9mg(55％)164；MS778.35(M+H+的計算值778.36)。
實施例961H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-(L-2，4-二氨基丁?；?-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，165的合成化合物165按實施例92中對化合物161所描述的方法來合成。得到11.2mg(46％)165；MS805.39(M+H+的計算值805.39)。
實施例971H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-(N-甲基-L-纈氨?；?-酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，166的合成化合物166按實施例93中對化合物162所描述的方法來合成。得到12.7mg(50％)166；MS832.42(M+H+的計算值832.43)。
實施例981H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-蘇氨?；?酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，167的合成化合物167按實施例80中對化合物147所描述的方法用Boc-Thr-OSu來合成。得到20.4mg(84％)167；MS808.37(M+H+的計算值808.36)。
實施例991H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-蘇氨?；?酰氨基-乙基氨基甲酰基)-1H-吲哚-6-基]-酰胺}，168的合成化合物168按實施例80中對化合物147所描述的方法用Boc-Thr-OSu來合成。得到18.8mg(77％)168；MS808.37(M+H+的計算值808.36)。
實施例1001H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-甘氨?；?酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，169的合成化合物169按實施例80中對化合物147所描述的方法用Boc-Gly-OSu來合成。得到13.2mg(73％)169；MS720.28(M+H+的計算值720.30)。
實施例1011H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-乙酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，170的合成化合物170按實施例80中對化合物147所描述的方法用乙酸酐來合成，不同的是無需除去保護基團。得到11mg(60％)170；MS690.16(M+H+的計算值690.28)。
實施例1021H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-谷氨酰基-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，171的合成化合物171按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Glu(OtBu)-OPfp來合成。OtBu保護基團按實施例80中所描述的去除tBoc基團的方法來除去。得到5mg(23％)171；MS864.37(M+H+的計算值864.35)。
實施例1031H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-賴氨?；?酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，172的合成化合物172按實施例80中對化合物147所描述的方法用Boc-Lys(Boc)-OSu來合成。得到19mg(88％)172；MS862.45(M+H+的計算值862.45)。
實施例1041H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-纈氨酰基-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，173的合成化合物173按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Val-OPfp來合成。得到15.4mg(76％)173；MS804.41(M+H+的計算值804.40)。
實施例1051H-吲哚-2，5-二羧酸雙-{[2-(2-L-天冬氨酰基-酰氨基-乙基氨基甲?；?-1H-吲哚-5-基]-酰胺}，174的合成化合物174按實施例81中對化合物149所描述的方法用Fmoc-Asp(OtBu)-OPfp來合成。OtBu保護基團按實施例80中所描述的去除tBoc基團的方法來除去。得到9.3mg(44％)174；MS836.38(M+H+的計算值836.31)。
實施例106Boc-Py-HBA-AMPS(175)的合成將Boc Py(5mmole，1.20g)溶于20ml二氯甲烷中，再加入0.774ml(5mmole)DIC和100mg(0.8mmole)DMAP。該溶液加入到2.5g Hba-AMPS樹脂中，并在室溫攪動過夜。將溶液過濾掉后，得到的樹脂分別用DMF洗滌3次，二氯甲烷洗滌3次，甲醇洗滌2次和乙醚洗滌2次。每次洗滌的體積大約等于樹脂的體積。隨后將樹脂在高度真空中干燥并稱重。175的產(chǎn)量2.9226g，相應于0.76mmol/g的替換。
實施例107Boc-5-Ain-HBA-AMPS(176)的合成將Boc-5-Ain(5mmol，1.38g)溶于20ml DMF，再加入2.21g(2當量)BOP和0.871ml(2當量)DIEA。該溶液加入到2.5g Hba-AMPS樹脂中，并在室溫攪動過夜。將溶液過濾掉后，得到的樹脂分別用DMF洗滌3次，二氯甲烷洗滌3次，甲醇洗滌2次和乙醚洗滌2次。每次洗滌的體積大約等于樹脂的體積。隨后將樹脂在高度真空中干燥并稱重。(176)的產(chǎn)量2.9327g，相應于0.626mmol/g的替換。
實施例108化合物(177)的模范合成程序(方案7)0.03mM樹脂176用大約5ml DMF洗滌3次，大約5ml二氯甲烷洗滌3次。然后溶脹的樹脂用25％三氟乙酸/2％苯甲醚的二氯甲烷混合物洗滌1分鐘，排干后用同樣的混合物再處理20分鐘。排干后，樹脂用大約5ml二氯甲烷洗滌2次，大約5ml DMF洗滌2次，就得到無保護的178。將單獨在溶液中合成的二肽179(34.4mg，0.09mmol)溶于2ml DMF中，并混合32.4mg HBTU和30.9μl DIEA。5分鐘之后，將該混合物加入到樹脂中并攪動2小時，就得到與樹脂結合的三肽180。該樹脂用2ml純的1，2-乙二胺處理2小時，得到產(chǎn)物177。將樹脂過濾掉，所得溶液在真空中蒸發(fā)，最后所得的油溶于甲醇并用乙醚沉淀。將最后所得的沉淀物離心，輕輕傾去醚并把產(chǎn)物于真空干燥。該粗產(chǎn)物用HPLC(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，0％至80％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)純化，就得到純化的177(見表1)。
化合物181-188用上述同樣的合成程序來合成，但要作以下修改化合物181，182，183，184和188用樹脂175開始它們的合成，化合物185，186和187用樹脂176。用于從樹脂上切下三肽前體從而形成化合物181至188的胺列于表1中“所用的胺”這一項目之下。所有的胺都要用純的(每種2ml)，除了1，4-二氨基丁烷，它是溶解在600μl四氫呋喃中的。
表1
實施例109化合物191的模范合成程序(方案8)0.03mM樹脂176用大約5ml DMF洗滌3次，大約5ml二氯甲烷洗滌3次。然后溶脹的樹脂用25％三氟乙酸/2％苯甲醚的二氯甲烷混合物洗滌1分鐘，排干后用同樣的混合物再處理20分鐘。排干后，樹脂用大約5ml二氯甲烷洗滌2次，大約5ml DMF洗滌2次，就得到無保護的178。將單獨在溶液中合成的二肽189(42.2mg，0.09mmol)溶于2ml DMF中并混合32.4mg HBTU和30.9μl DIEA。5分鐘之后，將該混合物加入到樹脂中并攪動2小時，就得到與樹脂結合的三肽190。該樹脂用2ml 2M甲胺的THF溶液處理2小時，得到產(chǎn)物19l。將樹脂過濾掉，所得溶液在真空中蒸發(fā)，最后所得的油用500μl苯甲醚和2mlTFA溶解。經(jīng)過30分鐘攪拌后，該溶液在真空中蒸發(fā)，再用甲醇溶解并用乙醚沉淀。將所得的沉淀物離心，輕輕傾去醚并把產(chǎn)物于真空干燥。該粗產(chǎn)物用HPLC(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，0％至80％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)純化，就得到純化的191(見表2)。
化合物192-200用上述同樣的合成程序來合成，但要作以下修改化合物192，193，194，195和200用樹脂175開始它們的合成，化合物196，197，198和199用樹脂176。用于從樹脂上切下三肽前體從而形成化合物192至200的胺列于表2中“所用的胺”這一項目之下。1，2-乙二胺要用純的(2ml)，其他所有的胺以溶液形式使用甲胺(2M，溶于THF)，1，4-二氨基丁烷(2ml，溶于600μl四氫呋喃中)，二亞乙基三胺(10當量，溶于2ml THF中)，N，N’-雙(3-氨丙基)-1，3-丙二胺(10當量，溶于2ml THF中)，三(2-氨乙基)胺(10當量，溶于2ml THF中)。
表2
實施例110化合物201的模范合成程序(方案9)0.05mM樹脂175用大約5ml DMF洗滌3次，大約5ml二氯甲烷洗滌3次。然后溶脹的樹脂用25％三氟乙酸/2％苯甲醚的二氯甲烷混合物洗滌1分鐘，排干后用同樣的混合物再處理20分鐘。排干后，樹脂用大約5ml二氯甲烷洗滌2次，大約5ml DMF洗滌2次，就得到無保護的178。將單獨在溶液中合成的二肽202(61.1mg，0.10mmol)溶于2ml DMF中并混合36.1mg HBTU和34.7μl DIEA。5分鐘之后，將該混合物加入到樹脂中并攪動2小時，就得到與樹脂結合的三肽203。該樹脂用2ml純的1，2-乙二胺處理2小時，得到產(chǎn)物201。將樹脂過濾掉，所得溶液在真空中蒸發(fā)，最后所得的油用500μl苯甲醚和2mlTFA溶解。經(jīng)過30分鐘攪拌后，該溶液在真空中蒸發(fā)，再用甲醇溶解并用乙醚沉淀。將最后所得的沉淀物離心，輕輕傾去醚并把產(chǎn)物于真空干燥。該粗產(chǎn)物用HPLC(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，0％至80％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)純化，就得到純化的201(見表3)。
化合物204-210用上述同樣的合成程序來合成，但要作以下修改化合物204，205，206和207用樹脂175開始它們的合成，化合物208，209和210用樹脂176。用于從樹脂上切下三肽前體從而形成化合物201至210的胺列于表3中“所用的胺”這一項目之下。1，2-乙二胺和丁胺要用純的(2ml)，其他所有的胺以溶液形式使用甲胺(2M，溶于THF)，辛胺(1ml，溶于1ml四氫呋喃中)，2-甲氨基吡啶(1ml，溶于1ml四氫呋喃中)。
表3
實施例111化合物211的模范合成程序(方案10)將1-甲基-4-硝基-咪唑-2-羧酸乙酯(4g，20mmol)放入帶螺旋蓋的燒瓶中，并用20ml 1，2-乙二胺覆蓋，然后放入55℃烘箱中過夜。溶劑在真空中蒸發(fā)，接著在高度真空中干燥，就得到212。
將212溶于100ml DMF中，然后向此溶液中分批加入6.55g二碳酸二叔丁基酯。經(jīng)過1小時攪拌后，將反應體系濃縮至50ml，并分散于氯仿(150ml)和0.5M碳酸氫鈉(150ml)中。有機相分別用0.1M的硫酸洗滌2次，水洗滌2次，然后通過無水硫酸鈉干燥，就得到黃色的油，這一油狀物稍后即凝固。用熱的甲苯再結晶就得到3.51g(56％全部產(chǎn)量)213。1H-NMR(DMSO-d6)8.74(tr，1H，δ＝5.9，NH)，8.54(s，1H，咪唑C-H)，6.87(tr，1H，δ＝5.2，NH)，3.99(s，3H，Me)，3.23-3.28(m，2H，CH2)，3.04(q，2H，δ＝5.9，CH2)，1.35(s，9H，tBu)；m.p.1 38-139℃。
213(3.12g，10mmol)在加熱條件下溶解于100ml乙酸乙酯中。加入甲醇(20ml)，隨后加入1g 5％披鈀碳，在37psi壓力下于帕爾搖動器中開始氫化反應。30分鐘之后，氣壓穩(wěn)定下來，反應停止。將催化劑濾掉，溶劑在真空中蒸發(fā)。于高度真空下干燥，就得到黃色/褐色的油214。
將214溶于15ml DMF中，再加入3.59g(9mmol)先前在溶液中合成的Pfp-酯SL40，然后把反應燒瓶放入55℃烘箱。經(jīng)過整夜的反應后，TLC顯示反應不完全。按上面所描述的方法將SL38(0.7g)氫化，其反應產(chǎn)物(214)溶于2ml DMF并加入到溶液中。于55℃經(jīng)過又一天的繼續(xù)反應后，將反應體系蒸發(fā)，最后所得的褐色油經(jīng)過硅膠柱色譜法純化。慢慢增加甲苯/乙酸乙酯梯度(從9∶1至1∶1)，就得到320mg(8％)產(chǎn)物215；1H-NMR(DMSO-d6)12.12(s，1H，NH)，10.61(s，1H，NH)，8.38(s，1H，吲哚C4-H)，7.97(tr，1H，NH，δ＝5.4)，7.89(d，1H，吲哚C6-H，δ＝8.6)，7.55(s，1H，咪唑C5-H)，7.48(d，1H，吲哚C7-H，δ＝8.7)，7.35(s，1H，吲哚C3-H)，6.89(tr，1H，NH，δ＝4.8)，4.34(q，2H，O-CH2，δ＝6.9)，3.94(s，3H，CH3)，3.31(H2O后的CH2信號)，3.06(q，2H，CH2，δ＝6.0)，1.348(m，12H，tert-Bu，CH3)ESI-MS計算的質(zhì)量(M+H+)499.23，測得的499.22。
將215(300mg)溶于4ml甲醇并加熱至60℃。加入1.2ml 1N氫氧化鈉水溶液，并把反應體系于60℃攪拌3小時。接著將反應混和物蒸發(fā)，再次溶解于5ml水中。用1N氯化氫水溶液將其酸化至pH3，由此沉淀出產(chǎn)物，然后將沉淀離心。用水洗滌4次(每次30ml)，使pH到4.5。最后所得的晶體經(jīng)過凍干和高度真空下通過P2O5干燥，就得到248.9mg(88％)216。
0.05mM樹脂176用大約5ml DMF洗滌3次，大約5ml二氯甲烷洗滌3次。然后溶脹的樹脂用25％三氟乙酸/2％苯甲醚的二氯甲烷混合物洗滌1分鐘，排干后用同樣的混合物再處理20分鐘。排干后，樹脂分別用大約5ml二氯甲烷洗滌2次，大約5ml DMF洗滌2次，就得到無保護的178。將按上面所描述的方法合成的二肽216(61.1mg，0.10mmol)溶于2ml DMF中并混合36.1mg HBTU和34.7μl DIEA。5分鐘之后，將該混合物加入到樹脂中并攪動2小時，就得到與樹脂結合的三肽217。該樹脂用2ml純的1，2-乙二胺處理2小時。將樹脂過濾掉，所得溶液在真空中蒸發(fā)，最后所得的油用500μl苯甲醚和2mlTFA溶解。經(jīng)過30分鐘攪拌后，該溶液在真空中蒸發(fā)，再與0.5mM N，N’-雙(叔丁氧基羰基)-1H-吡唑-1-甲脒溶于2ml DMF的溶液攪拌2小時。溶液在真空中蒸發(fā)，所得的油用500μl苯甲醚和2ml TFA溶解。經(jīng)過30分鐘攪拌后，該溶液在真空中蒸發(fā)，再用甲醇溶解并用乙醚沉淀。將所得的沉淀物離心，輕輕傾去醚并把產(chǎn)物于真空干燥。該粗產(chǎn)物用HPLC(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，0％至80％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)純化，就得到純化的211(見表4)。
表4
實施例112化合物219的模范合成程序(方案11)2，2-雙(疊氮基甲基)-1，3-丙二醇是由2，2-雙(溴甲基)-1，3-丙二醇經(jīng)過兩步合成的，其方法類似于先前發(fā)表的程序(J.Med.Chem.1989，32，2015-2020)。
2，2-雙(溴甲基)-1，3-丙二醇(3g，11.453mmol)和3g(4當量)疊氮化鈉于120℃在100ml DMF中攪拌兩天。讓反應體系冷卻至室溫，過濾，蒸發(fā)至大約10ml。剩余物溶解于100ml二氯甲烷中，過濾并再次蒸發(fā)。剩余物用NMR檢測，其只含有DMF和2，2-雙(疊氮基甲基)-1，3-丙二醇。產(chǎn)物不用再蒸發(fā)，即可用于下一步程序。1H-NMR(DMSO-d6)4.73(tr，2H，OH)，3.28(s，4H，2*CH3)，3.25(d，4H，4.1Hz)；13C-NMR(DMSO-d6)60.43，51.80，46.20。
將2，2-雙(疊氮基甲基)-1，3-丙二醇溶解于20ml乙醇中，冷卻至0℃，并加入500mg 5％Pd/CaCO3。Ar氣泡通過混和物15分鐘之后，用H2氣泡通過懸浮液來對混和物進行6小時的氫化。1-2小時后褐色的懸浮物變成黑色。經(jīng)過過濾、蒸發(fā)和干燥，就得到1.5g油膩的晶體。粗產(chǎn)物(2，2-雙(氨甲基)-1，3-丙二醇)不需進一步純化即可使用。1H-NMR(DMSO-d6)4.22(s，4H，2*CH2)，2.69(br s，6H，2*OH，2*NH2)，2.47(s，4H，2*CH2)；13C-NMR(DMSO-d6)59.41，39.57，39.19；ESI-MS計算的質(zhì)量(M+H+)135.11，測得的135.12。
220是由221經(jīng)過三步合成的。221(6g，25.7mmol)懸浮于125ml甲醇中，并加熱至55℃。加入3N氫氧化鈉水溶液，于是所有的起始物質(zhì)都溶解了。在55℃攪拌5小時后，將溶液酸化至pH2，并過濾。濾液用水(50ml)洗滌，隨后通過五氧化二磷干燥，得到定量產(chǎn)量的吲哚-2，5-二羧酸222。1H-NMR(DMSO-d6)12.06(s，1H，NH)，8.34(s，1H，CH)，7.82(d，1H，CH，δ＝8.8Hz)，7.47(d，1H，CH，δ＝8.8Hz)，7.23(s，1H，CH)；m.p.314-315℃。
將吲哚-2，5-二羧酸(222)(3g，12.86mmol)溶解于40ml DMF中。加入二異丙基乙胺(5.37ml，2.4當量)和5.3ml(2.4當量)三氟乙酸五氟苯酯到反應混和物中。將反應混和物攪拌過夜，蒸發(fā)并分散于150ml乙酸乙酯和150ml飽和碳酸氫鈉水溶液中。水層用乙酸乙酯再提取2次(每次150ml)；將有機層并在一起，通過無水硫酸鈉干燥。將粗物質(zhì)裝入充滿硅膠的布氏漏斗中，然后用50％己烷/甲苯混和物洗脫。得到2.13g(30.8％)產(chǎn)物223。
在30psi壓力下，用5％Pd/C(0.5g)作為催化劑對5-硝基-吲哚-2-羧酸乙酯(654mg，2.79mmol)進行氫化30分鐘。通過玻璃料過濾以除去催化劑，在真空中蒸發(fā)，并在高度真空下干燥，就得到游離的胺(224)。立即將其溶解于3ml DMF中，并加入500mg 223。將反應體系于55℃保溫過夜，然后蒸發(fā)。粗物質(zhì)從熱的乙醇中再結晶出來，然后經(jīng)蒸發(fā)和干燥后得到273mg(50.8％)產(chǎn)物(220)。1H-NMR(DMSO-d6)11.98(s，1H，NH-吲哚)，11.86(s，1H，NH-吲哚)，11.81(s，1H，NH-吲哚)，10.25(s，1H，CONH)，10.11(s，1H，CONH)，8.39(s，1H，CH)，8.15(s，1H，CH)，7.86(dd，1H，CH，δ＝9.2，δ＝1.4)，7.53-7.62(m，4H，4*CH)，7.43(tr，2H，δ＝9.1)，7.15(d，2H，2*CH，δ＝7.9)，4.33(q，4H，2*CH2，δ＝7.0)，1.34(tr，6H，2*CH3，δ＝7.0)。
將30mg三肽(220)和150mg二胺((2，2-雙(氨甲基))-1，3-丙二醇)溶解于1ml DMF中。反應體系于室溫攪拌3天，然后于55℃攪拌4天。經(jīng)過蒸發(fā)，隨后用HPLC純化(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，30％至80％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)，就得到純的產(chǎn)物。經(jīng)過凍干，產(chǎn)物溶解于用冰預冷的甲醇中，用200μl 4N HCl/二噁烷酸化，然后用乙醚沉淀。將產(chǎn)物離心，傾去醚。最后的產(chǎn)物在真空中干燥，就得到純的219。在225的合成中，30mg三肽(220)溶解于500μl純的2，2-二甲基-1，3-丙二胺中。選擇和制備219相同的反應條件和純化步驟。
表5
實施例113化合物226的模范合成程序(方案12)將227(30mg)溶于2ml DMF中，并放入丙酮/CO2浴中使溫度為-20℃。加入二異丙基乙胺(19μl，2.2當量)和4-硝基芐基氯甲酸酯(24mg)。于-20℃攪拌30分鐘后，反應體系在室溫攪拌過夜。經(jīng)過蒸發(fā)，隨后用HPLC純化(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，0％至100％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)，就得到純的化合物。經(jīng)過凍干，產(chǎn)物溶解于用冰預冷的甲醇中，用200μl 4N HCl/二噁烷酸化，然后用乙醚沉淀。將產(chǎn)物離心，傾去醚。終產(chǎn)物在真空中干燥，就得到純的226(見表6)。用4-甲氧基苯基氯甲酸酯進行同樣的合成，就得到228。
表6
實施例114
化合物229和230的合成程序(方案13)將苯并咪唑231(349.5mg，1.2mmol)溶于純的TFA(5ml)，并置于室溫30分鐘。隨后加入甲苯，將溶液在真空中蒸發(fā)。該程序重復兩次。所得的胺232在高度真空下干燥。然后232溶于5mlDMF，再加入223(214.9mg，0.4mmol)和6當量二異丙基乙胺(418μl)。該混和物在室溫攪拌1星期。經(jīng)過HPLC純化(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，0％至100％乙腈水溶液梯度超過20分鐘，流速20ml/min)來對反應進行監(jiān)控。在100％乙腈時一個峰(對應于223)消失，在大約75％乙腈時一個主峰出現(xiàn)。峰非常寬，其主要由二肽233和較少數(shù)量的234組成。對于233的取代反應被假定是在C-2羧基基團上，這與一些先前的研究相符，那些研究顯示取代優(yōu)選發(fā)生在這個位置。30mg 233和234的混和物溶解于5ml 1，2-乙二胺中，并攪拌1.5天。然后將混和物蒸發(fā)并用HPLC純化。分離出三肽并轉(zhuǎn)化成鹽酸鹽，得到2.3mg終產(chǎn)物(229)。
將235(40mg，115μmol)溶解于甲醇/乙酸乙酯中，并于大約30psi壓力下在帕爾搖動器中氫化30分鐘。濾掉催化劑，將溶劑蒸發(fā)，所得的游離胺(SL61)在高度真空下干燥。把236溶于3ml DMF中，再加入30mg(55.1μmol)SL57和20μl(115μmol)異丙基乙胺。將反應體系攪拌1.5天，然后蒸發(fā)，就得到粗產(chǎn)物237。立即將其溶解在200μl苯甲醚和1800μl TFA中，然后靜置300分鐘，再用醚沉淀，離心，傾去醚，隨后干燥。化合物用制備級HPLC純化，凍干，溶于用冰預冷的甲醇，用4M HCl/二噁烷酸化，用醚沉淀，離心，傾去醚，然后產(chǎn)物230在真空干燥。
表7
實施例115吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-丙基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}，231的合成步驟A1-丙基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯232。
將4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯(5g)溶于50ml無水EtOH中，加入50ml 1M乙醇鈉，隨后加入10ml CH3I。反應混和物在80℃加熱4小時，冷卻至室溫，然后在水和氯仿之間分配。有機相用水洗滌，用硫酸鈉干燥，然后蒸發(fā)。剩余物從己烷中再結晶出來，就得到4.72g(77％)1-丙基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯232。1H-NMR(DMSO-d6)0.79(t，3H，CH3)，1.25(t，3H，CH3)，1.68(m，2H，CH2)，4.17-4.28(m，4H，2 CH2)，7.23-8.24(d，1H，吡咯)。步驟B1-丙基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-酰胺233的合成。
化合物232(5g)懸浮于30ml甲醇中，加入2M NaOH(10ml)，混和物于50℃攪拌2小時。澄清的溶液用水(50ml)稀釋，然后逐滴加入1N HCl至pH2.5。白色的剩余物經(jīng)過過濾，用水洗滌，并干燥，就得到4.6g(95％)酸234。ES MS220.47(M+Na-H+)。將酸234懸浮于SOCl2(20ml)中，混和物進行回流4小時直至得到澄清的溶液。通過和甲苯(10ml×3)共蒸發(fā)，將反應混和物蒸發(fā)并干燥。所得的氯酸酐(chloroanhydride)235無需純化就可使用。酐235溶于甲苯(10ml)，加入3-氨基丙腈(3.9ml，54.3mmol)?；旌臀镌诃h(huán)境溫度下靜置1小時，然后蒸發(fā)。白色的沉淀物懸浮于0.1N HCl中，過濾，用水洗滌，并干燥。從甲醇中再結晶，得到4.4g(81％)233。
ES MS251.87(M+H+)。1H-NMR(DMSO-d6)0.73-0.79(m，3H，CH3)，1.63-1.70(m，2H，CH2-丙基)，2.84-2.89(m，2H，CH2-CN)，3.65-3.42(m，2H，CH2-NH)，4.27-4.32(m，2H，CH2-N)，7.43和8.15(d，1H，吡咯)，8.83(bt，1H，NH)。步驟C1-丙基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-脒236的合成。
將1-(丙基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-脒233(2.5g，10mmol)溶于50ml無水乙醇所形成的溶液冷卻至0-5℃，然后用HCl氣體飽和。將混和物密封冷藏20小時。讓混和物升溫至室溫，然后蒸發(fā)掉乙醇。所得固體溶解于50ml無水乙醇中，并用氨氣飽和。密封的混和物在室溫保持過夜，然后蒸發(fā)。固體溶于10ml甲醇中，加入醚沉淀出2.4g(94％)白色固體狀的目標產(chǎn)物236。ES MS268.92(M+H+)。1H-NMR(DMSO-d6)0.79(t，3H，CH3)，1.64-1.71(m，2H，CH2-丙基)，2.62-2.66(m，2H，CH2-CN)，3.49-3.55(m，2H，CH2-NH)，4.28-4.33(m，2H，CH2-N)，7.54和8.15(d，1H，吡咯)，8.83(t，1H，NH)。步驟D吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基氨基甲?；?-1-丙基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}231的合成。
向經(jīng)過攪拌的1-丙基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-脒236(70mg，0.15mmol)的甲醇(20ml)溶液中加入10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.1g)。將燒瓶倒空，用氫氣沖洗3次，最后于25-30psi壓力下用氫氣充滿。所得的懸浮液于23℃劇烈攪拌45分鐘。將懸浮的物質(zhì)過濾，濾液蒸發(fā)至干。所得的1-丙基-4-氨基-1H-吡咯-2-羧酸(2-亞氨基氨基甲?；?乙基)-脒237無需純化便可用于下一步驟。將剛制備的237溶于3ml無水DMF所形成的溶液加入到吡啶-2，5-二羧酸二五氟苯酯(25mg，0.07mmol)中，反應混和物于55℃攪拌15小時，冷卻，用HPLC(Vydac 12μm，C182.2×25cm柱，10％至70％乙腈梯度超過40分鐘，流速10ml/min)純化，就得到吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-丙基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}231的雙三氟乙酸鹽33mg(57％)。ES MS606.71(M+H+)。231的雙三氟乙酸鹽溶于2ml用HCl飽和的甲醇中，加入35ml乙醚，分離得到231的鹽酸鹽沉淀并干燥。
實施例116N，N’-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-丙基-1H-吡咯-3-基]-間苯二酰胺，238的合成化合物238按上面對化合物231所描述的方法來合成。得到52％的化合物231。ES MS605.72(M+H+)。
實施例117N，N’-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺，239步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯240的合成。
化合物240按實施例1中步驟A所描述的方法，用1-溴-3-甲基-丁烷作為烷基化試劑來合成。產(chǎn)量為6.5g(94％)。1H-NMR(DMSO-d6)0.87(d，6H，CH3)，1.26(t，3H，CH3)，1.49-1.62(m，3H，CH和CH2)，1.68(m，2H，CH2)，4.23(q，2H，CH2)，4.33(t，2H，CH2)，7.28和8.29(d，1H，吡咯)。步驟B1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)酰胺241的合成。
化合物241按實施例115中步驟B所描述的方法，從羧酸乙酯240來合成。產(chǎn)量為5.1g(83％)。ES MS277.34(M+H+)。1H-NMR(DMSO-d6)0.83-0.86(m，6H，CH3)，1.40-1.51(m，1H，CH)，1.51-1.61(m，2H，CH2-CH)，2.68-2.72(m，2H，CH2-CN)，3.35-3.42(m，2H，CH2-NH)，4.33-4.37(m，2H，CH2-N)，7.38和8.15(d，1H，吡咯)，8.56(bt，1H，NH)。步驟C1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-脒242的合成。
化合物242按實施例115中步驟C所描述的方法，以10mmol的規(guī)模從氰基乙基酰胺241合成。產(chǎn)量為2.5g(86％)。ES MS295.34(M+H+)。1H-NMR(DMSO-d6)0.88-0.86(d，6H，CH3)，1.43-1.61(m，3H，CH和CH2-CH)，2.61-2.65(m，2H，CH2-CN)，3.49-3.55(m，2H，CH2-NH)，4.33-4.38(m，2H，CH2-N)，7.51和8.18(d，1H，吡咯)，8.73(t，1H，NH)。步驟DN，N’-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺239的合成。
按照實施例115中步驟D所描述的方法，將化合物242與對苯二酸(terephtalic acid)的二五氟苯基酯一起縮合。得到47％的化合物239。ES MS661.84(M+H+)。
實施例118己二酸-雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}243的合成化合物243按上面(實施例117)對化合物239所描述的方法來合成。得到52％的化合物243。ES MS640.82(M+H+)。
實施例119環(huán)己烷-1，4-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}244化合物244按上面(實施例117)對化合物239所描述的方法來合成。得到48％的化合物244。ES MS667.87(M+H+)。
實施例120二苯基-4，4’-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}245化合物245按上面(實施例117)對化合物239所描述的方法來合成。得到56％的化合物245。ES MS737.98(M+H+)。
實施例121噻吩-2，5-二羧酸雙-{[5-(2--亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}246化合物246按上面(實施例117)對化合物239所描述的方法來合成。得到42％的化合物246。ES MS666.81(M+H+)。
實施例122N，N’-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺247步驟A1-環(huán)丙基甲基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸乙酯248的合成。
化合物248按實施例1中步驟A所描述的方法，用溴甲基-環(huán)丙烷作為烷基化試劑來合成。產(chǎn)量為4.8g(74％)。1H-NMR(DMSO-d6)0.37-0.42和0.65-0.72(m，2H，CH2)，1.22-1.28(m，1H，CH)，1.37(t，3H，CH3)，4.23(d，2H，CH2)，4.32(q，2H，CH2)，7.44和7.81(d，1H，吡咯)。步驟B1-(環(huán)丙基甲基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-酰胺249的合成。
化合物249按實施例115中步驟B所描述的方法，從羧酸乙酯248合成。產(chǎn)量為4.3g(78％)。ES MS263.97(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.02-0.04和0.09-0.12(m，2H，CH2)，0.89-1.00(m，1H，CH)，2.37-2.41(t，2H，CH2-CN)，3.06-3.11(dd，2H，CH2-NH)，3.86-3.88(d，2H，CH2-N)，7.09和7.87(d，1H，吡咯)，8.45(t，1H，NH)。步驟C1-環(huán)丙基甲基-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-脒250的合成。
化合物250按實施例115中步驟C所描述的方法，以10mmol的規(guī)模從氰基乙基酰胺249來合成。產(chǎn)量為2.1g(75％)。ES MS280.01(M+H+)。步驟DN，N’-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺247的合成。
化合物247按實施例115中步驟D對化合物231所描述的方法來合成。ES MS628.74(M+H+)。
實施例123吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}251化合物251按上面(實施例122)對化合物247所描述的方法來合成。得到56％的化合物251。 ES MS630.73(M+H+)。
實施例124N1，N4-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-2-硝基-對苯二酰胺252化合物252按上面(實施例122)對化合物247所描述的方法來合成。得到54％的化合物252。ES MS674.73(M+H+)。
實施例125噻吩-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基氨基甲?；?-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}253
化合物253按上面(實施例122)對化合物247所描述的方法來合成。得到41％的化合物253。ES MS679.81(M+H+)。
實施例126吡嗪-2，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}254化合物254按上面(實施例122)對化合物247所描述的方法來合成。得到48％的化合物254。ES MS630.71(M+H+)。
實施例127環(huán)己-1，3-二烯-1，4-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}255化合物255按上面(實施例117)對化合物239所描述的方法來合成。得到48％的化合物255。ES MS663.85(M+H+)。
實施例1281H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲酰基)-1-環(huán)丙基甲基-1H-吡咯-3-基]-酰胺}256化合物256按上面(實施例122)對化合物247所描述的方法來合成。得到48％的化合物256。ES MS618.76(M+H+)。
實施例129環(huán)丙烷-1，1-二羧酸雙-{[5-(2-亞氨基氨基甲酰基-乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}D21
化合物257按上面(實施例117)對化合物239所描述的方法來合成。得到51％的化合物257。ES MS625.79(M+H+)。
實施例130N，N’-雙-{1-(3-甲基-丁基)-5-[(2-(N-甲基亞氨基氨基甲酰基)-乙基氨基甲?；?-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺}258步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N-甲基亞氨基氨基甲酰基)-乙基]-酰胺259的合成。
將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-脒242(0.5g)溶于50ml無水乙醇所形成的溶液冷卻至0-5℃，然后用HCl氣體飽和。將混和物密封冷藏20小時。讓混和物升溫至室溫，然后蒸發(fā)掉乙醇。所得固體溶解于10ml無水乙醇中，并加入1M甲胺(3ml)的甲醇溶液。密封的混和物在15℃保持過夜，然后蒸發(fā)。所得固體溶于10ml甲醇中，加入醚沉淀出2.4g(94％)白色固體狀的1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N-甲基亞氨基氨基甲?；?-乙基]-酰胺259。ES MS310.94(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.86-0.88(d，6H，CH3-異戊基)，1.43-1.61(m，3H，CH和CH2-CH)，2.60-2.65(t，2H，CH2CH2-脒)，3.37(s，3H，CH3-NH)，3.49-3.55(m，2H，CH2-NHCO)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.51和8.18(d，1H，吡咯)，8.73(t，1H，NHCO)。步驟BN，N’-雙-[5-(2-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺258。
化合物258按實施例115中步驟D所描述的方法，從259合成。ESMS689.88(M+H+)。
實施例131吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-[(2-(N-乙基亞氨基氨基甲?；?-乙基氨基甲酰基)]-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺]260步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N-乙基亞氨基氨基甲?；?-乙基]-酰胺261的合成。
化合物261按實施例130中步驟A所描述的方法，用乙胺(3ml)從氰基乙基酰胺242合成。ES MS324.79(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.88-0.86(d，6H，CH3-異戊基)，1.07-1.12(t，3H，CH3-乙基)，1.43-1.61(m，3H，CH和CH2-CH)，2.52-2.56(t，2H，CH2CH2-脒)，3.12-3.21(m，2H，CH2-乙基)，3.49-3.55(m，2H，CH2CH2-脒)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.39和8.20(d，1H，吡咯)，8.54-8.60(NH-脒)，9.38(t，1 H，NHCO)。步驟B吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-[(2-(N-乙基亞氨基氨基甲酰基)-乙基氨基甲?；鵠-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}262。
化合物262按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。得到40％的化合物262。ES MS718.92(M+H+)。
實施例132N，N’-雙-[5-[2-(N-異丙基-亞氨基氨基甲?；?-乙基氨基甲酰基]-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺步驟A1-(3-甲基-丁基]-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N-異丙基亞氨基氨基甲?；?-乙基]-酰胺263的合成。
化合物263按實施例130中步驟A所描述的方法，用異丙胺(3ml)從氰基乙基酰胺242來合成。ES MS338.67(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.85-0.87(d，6H，CH3-異戊基)，1.09-1.11(t，3H，CH3-異丙基)，1.43-1.61(m，3H，CH和CH2-CH)，2.59-2.64(t，2H，CH2CH2-脒)，3.50-3.55(m，2H，CH2CH2-脒)，3.73-3.80(m，1H，CH-異丙基)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.55和8.18(d，1H，吡咯)，8.70(t，1H，NHCO)。步驟BN，N’-雙-[5-[2-(N-異丙基-亞氨基氨基甲酰基)-乙基氨基甲?；鵠-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺264。
化合物264按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。ES MS745.98(M+H+)。
實施例133噻吩-2，5-二羧酸雙-[(1-(3-甲基-丁基)-5-{2-[N-(3-甲基-丁基)-亞氨基氨基甲?；鵠-乙基氨基甲?；鶀-1H-吡咯-3-基)-酰胺]265步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸{2-[N-(3-甲基-丁基)異丙基亞氨基氨基甲?；鵠-乙基}-酰胺266的合成。
化合物266按實施例130中步驟A所描述的方法，用3-甲基-丁胺(3ml)從氰基乙基酰胺242來合成。ES MS365.27(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.79-0.81(d，6H，吡咯的CH3-異戊基)，0.86-0.88(d，6H，脒的CH3-異戊基)，1.31-1.60(m，6H，CH和CH2-CH)，2.64-2.68(t，2H，CH2CH2-脒)，3.12-3.17(t，2H，脒的NH-CH2-異戊基)，3.50-3.55(m，2H，CH2CH2-脒)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.55和8.18(d，1H，吡咯)，8.72(t，1H，NHCO)。步驟B噻吩-2，5-二羧酸雙-[(1-(3-甲基-丁基)-5-{2-[N-(3-甲基-丁基)-亞氨基氨基甲?；鵠-乙基氨基甲?；鶀-1H-吡咯-3-基)-酰胺]。
化合物265按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。得到54％的化合物265。ES MS808.12(M+H+)。
實施例1341H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[5-[2-(N-環(huán)戊基亞氨基氨基甲?；?-乙基氨基甲?；鵠-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}267步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N-環(huán)戊基亞氨基氨基甲?；?-乙基]-酰胺268的合成。
化合物268按實施例115中步驟D所描述的方法，用環(huán)戊胺(3ml)從氰基乙基酰胺242合成。ES MS364.37(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.85-0.87(d，6H，CH3)，1.43-1.61(m，10H，吡咯的CH和CH2-CH及環(huán)戊基(cycloppentyl)的CH2)，1.82-1.88(m，2H，CH)，2.63-2.67(t，2H，CH2CH2-脒)，3.47-3.56(m，2H，CH2CH2-脒)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.56和8.18(d，1H，吡咯)，8.71(t，1H，NHCO)。步驟B1H-吡唑-3，5-二羧酸雙-{[5-[2-(N-環(huán)戊基亞氨基氨基甲酰基)-乙基氨基甲?；鵠-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}267。
化合物265按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。得到54％的化合物267。ES MS788.03(M+H+)。
實施例135N，N’-雙-[5-[2-(N，N’-二甲基-亞氨基氨基甲酰基)-乙基氨基甲?；鵠-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺269步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N，N’-二甲基亞氨基氨基甲?；?-乙基]-酰胺270的合成。
將1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸(2-氰基-乙基)-脒242(0.5g)溶于50ml無水乙醇所形成的溶液冷卻至0-5℃，然后用HCl氣體飽和。將混和物密封冷藏20小時。讓混和物升溫至室溫，然后蒸發(fā)掉乙醇。所得固體溶解于10ml無水乙醇中，并加入1M甲胺(6ml)的甲醇溶液。密封的混和物在55℃保持過夜，然后蒸發(fā)。所得固體溶于10ml甲醇中，加入醚沉淀出2.4g(94％)白色固體狀的目標產(chǎn)物。ES MS324.74(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.85-0.87(d，6H，CH3-異戊基)，1.43-1.61(m，3H，CH和CH2-CH)，2.76-2.79(m，5H，CH2CH2-脒和CH3-NH)，2.96-2.98(d，3H，CH3-NH)，3.46-3.55(m，2H，CH2-NHCO)，4.34-4.39(t，2H，CH2-N)，7.51和8.18(d，1H，吡咯)，9.76(t，1H，NHCO)。步驟BN，N’-雙-[5-[2-(N，N’-二甲基-亞氨基氨基甲?；?-乙基氨基甲酰基]-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺269。
化合物269按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。ES MS717.93(M+H+)。
實施例136吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-[2-(N，N’-二乙基-亞氨基氨基甲?；?-乙基氨基甲酰基]-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}271步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(N，N’-二乙基亞氨基氨基甲?；?-乙基]-酰胺272的合成。
化合物272按上面對化合物270所描述的方法，用乙胺(3ml)從氰基乙基酰胺242合成。ES MS351.53(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.86-0.88(d，6H，CH3-異戊基)，1.07-1.17(t，6H，CH3-乙基)，1.42-1.60(m，3H，CH和CH2-CH)，2.67-2.72(t，2H，CH2CH2-脒)，3.12-3.21(m，2H，CH2-乙基)，3.36-3.50(m，4H，CH2-NHCO和CH2-乙基)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.39和8.20(d，1H，吡咯)，8.63-8.71(NH-脒)，9.30(t，1H，NHCO)。步驟B吡啶-2，5-二羧酸雙-{[5-[2-(N，N’-二乙基-亞氨基氨基甲?；?乙基氨基甲?；鵠-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-酰胺}271。
化合物271按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。得到51％的化合物271。ES MS775.03(M+H+)。
實施例137N，N’-雙-{1-(3-甲基-丁基)-5-[2-(1，4，5，6-四氫-嘧啶-2-基)-乙基氨基甲?；鵠-1H-吡咯-3-基}-對苯二酰胺273步驟A1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(1，4，5，6-四氫嘧啶-2-基)-乙基]-酰胺274的合成。
化合物274按上面對化合物270所描述的方法，用1，3-丙胺(6ml)從氰基乙基酰胺242合成。ES MS364.37(M+H+)。H1-NMR(DMSO-d6)0.85-0.87(d，6H，CH3)，1.42-1.61(m，3H，吡咯的CH和CH2-CH)，1.79-1.84(m，2H，CH2CH2CH2)，2.55-2.60(t，2H，CH2CH2-脒)，3.25(m，4H，CH2CH2CH2)，3.40-3.52(m，2H，CH2-NHCO)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，7.48和8.18(d，1H，吡咯)，8.15和9.78(bs，1H，NH-脒)，8.89(t，1H，NHCO)。步驟B1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-羧酸[2-(1，4，5，6-四氫嘧啶-2-基)-乙基]-酰胺273的合成。
化合物273按實施例115中步驟D所描述的方法來合成。ES MS741.96(M+H+)。
實施例138N，N’-雙-[5-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺274步驟A[2-({1-[1-(3-甲基-丁基)-4-硝基-1H-吡咯-2-基]-甲酰基}-氨基)-乙基]-氨基甲酸叔丁酯275。
化合物240(1.3g，5mmol)溶于二乙胺(20ml)中。該溶液在60℃保持50小時，然后蒸發(fā)。剩余物溶于DMF(20ml)，并加入二Boc-碳酸酯(2.18g，10mmol)。反應體系在環(huán)境溫度下保持1小時，然后蒸發(fā)。剩余物溶于氯仿(30ml)中，分別用0.1M HCl(10×2ml)、5％NaHCO3(10×2ml)、水洗滌，然后通過硫酸鈉干燥，并蒸發(fā)。粗制的化合物D33從甲苯/己烷(4∶1 v/v)中結晶出來，就得到白色的晶體。產(chǎn)率為69％(1.27g)。H1-NMR(DMSO-d6)0.85-0.87(d，6H，CH3)，1.34(s，9H，Boc)，1.42-1.61(m，3H，吡咯的CH和CH2-CH)，3.03-3.08和3.18-3.22(每個都是m，2H，NHCH2CH2NH)，4.33-4.38(t，2H，CH2-N)，6.85(t，1H，NHBoc)，7.48和8.18(d，1H，吡咯)，8.36(t，1H，NHCO)。步驟BN，N’-雙-[5-(2-氨基-乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺274。
向經(jīng)過攪拌的化合物275(70mg，0.15mmol)的甲醇(20ml)溶液中加入10％Pd/C(Degussa類型，Aldrich)(0.1g)。將燒瓶倒空，用氫氣沖洗3次，最后于25-30psi壓力下用氫氣充滿。所得的懸浮液于23℃劇烈攪拌45分鐘。將懸浮的物質(zhì)過濾，濾液蒸發(fā)至干。所得的氨基吡咯溶于3ml無水DMF中，并加入到鄰苯二甲酸二五氟苯酯(25mg，0.07mmol)中，反應混和物于55℃攪拌15小時，然后將DMF蒸發(fā)。將Boc保護的衍生物276溶于甲醇中(3ml)，然后加入3ml 4NHCl的二噁烷溶液。于30分鐘內(nèi)將溶劑蒸發(fā)，固體按實施例1中步驟D所描述的方法用HPLC純化。得到40％的化合物274。ES MS607.78(M+H+)。
實施例139N，N’-雙-[5-(2-胍基-乙基氨基甲酰基)-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺277將化合物274(30mg，0.05mmol)和吡唑-1-甲脒鹽酸鹽(0.1mmol，9mg)溶于5ml DMF中所形成的溶液于環(huán)境溫度下靜置過夜，然后蒸發(fā)。剩余物按實施例1中步驟D所描述的方法用HPLC純化。得到68％的N，N’-雙-[5-(2-胍基-乙基氨基甲?；?-1-(3-甲基-丁基)-1H-吡咯-3-基]-對苯二酰胺277。ES MS691.81(M+H+)。
制劑實施例下面是具代表性的包含具有分子式(I)的化合物的藥物制劑。
實施例1片劑制劑將下面的成分緊密混和，并壓縮成帶單個刻痕的片劑。成分 每個片劑中的量(mg)本發(fā)明的化合物 400玉米淀粉 50Croscarmellose sodium 25乳糖 120硬脂酸鎂 5實施例2膠囊制劑將下面的成分緊密混和，并裝入硬殼的明膠膠囊。成分 每個膠囊中的量(mg)本發(fā)明的化合物200乳糖，噴霧干燥148硬脂酸鎂 2實施例3懸浮液制劑將下面的成分混和形成用于口服施藥的懸浮液。成分數(shù)量本發(fā)明的化合物 1.0g富馬酸 0.5g氯化鈉 2.0g對羥基苯甲酸甲酯0.15g對羥基苯甲酸丙酯0.05g砂糖25.0g山梨糖醇(70％溶液) 13.00gVeegum K(Vanderbilt Co.)1.0g調(diào)味劑 0.035ml著色劑 0.5mg蒸餾水 適量至100ml
實施例4可注射制劑將下面的成分混和形成可注射制劑。成分 數(shù)量本發(fā)明的化合物 0.2mg-20mg乙酸鈉緩沖溶液，0.4M 2.0mlHCl(1N)或NaOH(1N)適量至合適的pH水(經(jīng)蒸餾的，無菌的) 適量至20ml實施例5栓劑制劑通過將本發(fā)明的化合物和Witepsol_H-15(飽和植物脂肪酸的甘油三酯；Riches-Nelson，Inc.，New York)混和制備了總重2.5g的栓劑，其含有下面的組合物本發(fā)明的化合物500mgWitepsol_H-15平衡生物學實施例實施例1最小抑制濃度(MIC)分析下面所描述的分析用于測量完全抑制被測有機體的可視生長所必需的化合物的最小抑制濃度(MIC)。這些分析方法選自NCCLS方案M7-A4和M27-A(NCCLS vol 17∶9和vol 17∶2)，并由Sandven(S.Clin.Micro.(1999)37∶12，p.3856-3859)修改。煙曲霉(Aspergillusfumigatus)的MIC值用NCCLS方案M38-P來測定。接種物的制備、孵育和讀取結果所有的化合物溶于100％DMSO中形成10mM的原液濃度，使用新鮮的制液或者將其儲存于-80℃。原液化合物保持冷凍狀態(tài)直至需要的時候，使用新鮮的、不超過一次冷凍-解凍循環(huán)的原液。當化合物用于測試目的時，要根據(jù)被測生物將化合物用適當?shù)呐囵B(yǎng)基稀釋。
對于酵母和曲霉屬物種，在用pH7.0的MOPS緩沖的適當?shù)呐囵B(yǎng)基中制備七個1∶2系列的化合物稀釋液，如此最終的起始測試化合物濃度對于酵母是50.0uM而對于曲霉屬物種是50uM。對于細菌，在用于特定的被測細菌生物的生長培養(yǎng)基中進行稀釋。酵母從在35℃培養(yǎng)了24小時的Sabouraud Detrose平板上挑出五個分離良好的克隆，并用5.0ml生理鹽水重懸浮。讀取O.D.530，然后用生理鹽水將培養(yǎng)物調(diào)整至0.5McFarland單位。用以pH7.0的MOPS緩沖的RPMI 1640培養(yǎng)基作1∶2000的稀釋，然后將100μl該種菌制備物加入相同體積的含有測試化合物的培養(yǎng)基中。向每個孔中加入25μl氧化還原指示劑Alamar Blue(Biosource International)，然后把平板于35℃孵育48小時。有酵母生長的孔的顏色就會從藍色變成粉紅色。因此，基于具有最低濃度的孔(該孔沒有從藍色變成粉紅色，例如生長被抑制了)就可以計算出MIC。細菌按照和酵母同樣的方式來制備接種物，不同的是要用生理鹽水作所有稀釋，最終的稀釋度為1∶200，使用10μl接種物。各種被測有機體的固體和液體培養(yǎng)基及平板孵育時間列于下面的表1中。
表1
絲狀真菌通過將煙曲霉于35℃在馬鈴薯葡萄糖瓊脂斜面上培養(yǎng)7天來制備接種物。然后斜面用1.0ml的0.85％鹽水覆蓋，加入一滴Tween 20，克隆經(jīng)無菌接種環(huán)的梳理形成懸浮液，讓懸浮液靜置5分鐘從而使更重的微粒能夠沉降出來。將上面的懸浮液分離出來，并調(diào)整到光密度0.09至0.11。所得的懸浮液按1∶50稀釋，由此產(chǎn)生2倍所需的最終接種物。微稀釋盤(micro dilution tray)按酵母那樣制備，并于35℃培養(yǎng)48小時。對于我們的目的來說，將MIC定義為48小時后觀察不到可視生長的最低化合物濃度。
本發(fā)明化合物按上面所描述的分析方法進行測試，結果發(fā)現(xiàn)其具有活性。顯示出抗細菌活性(MIC＜45.5μM)的化合物的例子顯示于FIG.5中。顯示出抗真菌活性(MIC＜45.5μM)的化合物的例子顯示于FIG.6中。拓撲異構酶抑制分析依照Fostel等人(1992)和Shen等人(1992)的方法分離得到白色假絲酵母拓撲異構酶I和II(cTop1和cTop2)。人的拓撲異構酶I和II(hTop1和hTop2)購自Topogen(Columbia，0H)。拓撲異構酶I的抑制利用凝膠電泳研究了GL化合物對拓撲異構酶I引起的DNA松弛的作用。負超螺旋的質(zhì)粒DNA(pARG，8kb)用作底物。對白色假絲酵母拓撲異構酶I的反應于35℃在25mM TrisHCl(pH7.5)，50mM NaCl，2.5mM MgCl2，0.5mM EDTA和50μg/mL BSA中進行。將該反應在任一給定時間加入SDS使終濃度為0.5％而終止。隨后，加入蛋白酶K至250μg/mL并將混和物在60℃孵育30分鐘。反應混和物進一步用苯酚抽提再用苯酚∶異戊醇∶氯仿(25∶1∶24)抽提。將樣品上樣到0.8％的瓊脂糖凝膠中，用1X TBE進行電泳。利用不同的DNA嵌入劑以得到較好的凝膠分辨率。有時將溴化乙錠加入到凝膠和電泳緩沖液兩者中至0.25μg/mL。其他情況下，加入氯喹至0.25μg/mL以分離DNA拓撲異構體。拓撲異構酶II的抑制通過監(jiān)控用糾纏的動基體DNA(Topogen)的去連環(huán)反應研究了GL化合物對拓撲異構酶II的作用。去連環(huán)反應在10mM TrisHCl(pH7.5)、50mM NaCl、50mM KCl、5mM MgCl2、0.1mM EDTA和0.5mM ATP中進行。將該反應在任一給定時間加入SDS使終濃度為1％而終止。隨后，加入蛋白酶K至250μg/mL并將混和物在60℃孵育30分鐘。反應混和物進一步用苯酚抽提，再用苯酚∶異戊醇∶氯仿(25∶1∶24)抽提。將樣品上樣到0.8％的瓊脂糖凝膠中，用1X TBE進行電泳。加入溴化乙錠到凝膠和電泳緩沖液兩者中至0.25μg/mL。本發(fā)明化合物的DNA結合特性熒光研究當化合物優(yōu)選結合dsDNA的小溝時，它們可誘導DNA雙鏈體的形成。熒光標記的互補鏈雜交使得兩種標記物(熒光素和dabcyl)距離非常近，從而使得熒光素的熒光淬滅了。因此，這種雜交穩(wěn)定分析(“HSA”)可用來測量結合雙鏈DNA的配體。
本發(fā)明中一些化合物的DNA結合特性是通過熒光光譜學進行研究的。將在一條鏈的5’端有熒光素而在互補鏈的3’端有dabcyl的11bp的寡聚CGA8G( “FQ11”)用作富含AT的配體結合的靶子。在室溫時，F(xiàn)Q11在HEN緩沖液(10mM HEPES，pH7.2，0.1mM EDTA，10mMNaCl)中主要以單鏈形式存在。
用96孔的平板熒光閱讀器(PE CytoFluor_Series 4000)在激發(fā)波長為485nm和發(fā)射波長為530nm時測量熒光。使FQ11的濃度在結合實驗中保持在5nM(雙鏈體濃度)，然后加入各種濃度的配體。除非另有說明，所有實驗均于室溫在HEN緩沖液中重復進行一次。根據(jù)該重復實驗計算了標準差。將熒光信號對無化合物時的熒光進行了歸一化。隨配體濃度升高而減弱的熒光信號指示配體結合了dsDNA。通過最小二乘法擬合程序，計算了所實驗的每一化合物的表觀解離常數(shù)(Kd，app)。本研究證明本發(fā)明的化合物緊密結合到DNA上，大多數(shù)所實驗的化合物都具有低于100nM的表觀Kd，app。圓二色性研究由于配體與DNA間電子的相互作用，配體的結合常?？梢哉T導圓二色性(“CD”)信號，當DNA或配體單獨在溶液中時該信號是不存在的。本發(fā)明化合物對DNA的結合用CD光譜學進行了測定。
所有溶液條件如上文所述。使用50μM的PolydA-PolydT。用JASCOJ-600 CD偏振計在室溫監(jiān)控CD信號。結果說明有顯示2∶1的復合物的結合特性。結合上這些化合物后，DNA吸收區(qū)域(260-300nm)CD的急劇改變表明本發(fā)明的化合物誘導了DNA構象的變化。DNA熱解鏈分析DNA與本發(fā)明的化合物之間的相互作用通過以在UV波長260nm監(jiān)控的熱解鏈技術進行了分析。所有被研究的化合物均顯示了對DNA雙鏈體形成的穩(wěn)定作用。
在解鏈實驗中，3μM GCGA3T3CGC(A3T3)寡聚雙鏈體與6μM化合物在HEN緩沖液中混和，總體積為200μL。UV的吸收用具有溫度控制的Beckman UV分光光度計來監(jiān)控。在相對吸收為0.5時確定了解鏈溫度(Tm)(一半雙鏈體解鏈時的溫度)。游離的A3T3具有約42℃的Tm值。當配體存在時，Tm即增加。結果顯示本發(fā)明的化合物通過結合到小溝而傾向于穩(wěn)定雙鏈體DNA。在有化合物存在時的雙鏈體寡聚CGATTATTAAGC中也觀察到了Tm的增加。
通過說明和實施例等方式在一定程度上描述了前述的發(fā)明，目的在于闡明和理解本發(fā)明。對于本領域的技術人員而言，可以在后面的權利要求的范圍之內(nèi)作變化和修正是顯而易見的。因此，應當理解上面的描述目的在于說明而不是限制性的。因此，本發(fā)明的范圍不應該參考上面的描述而確定，而相反應該參考下面附加的權利要求，連同這些權利要求享有權利的等價物的所有范圍而確定。
為了所有的目的，本發(fā)明引用的所有專利、專利申請及出版物在此處整體引用作為參考，其引用程度與每一專利、專利申請及出版物單獨所顯示的那種程度相當。
權利要求
1.具有化學式(I)的化合物或其藥學上可接受的酸加成鹽 其中Z1和Z2獨立地是-NR3-或-O-，其中R3是氫或烷基；R1和R2獨立地是取代的烷基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基，前提是R1和R2中的至少一個是能形成藥學上可接受的酸加成的鹽的基團；R3是氫、烷基，或者R3和R1或R2一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；X2是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基、鏈烯基、炔基、環(huán)烷基或雜環(huán)；X1和X3獨立地是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基或-CHR4，其中R4是自然的或非自然的氨基酸側(cè)鏈。
2.權利要求1的化合物，其中Z1和Z2是-NH-。
3.權利要求2的化合物，其中X2是芳基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基。
4.權利要求2的化合物，其中R1和R2獨立地是取代的烷基基團。
5.權利要求3的化合物，其中X2是選自如下部分的芳基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基部分 其中R5是氫、烷基或取代的烷基；R6是氫、烷基、鹵素或烷氧基；R7是氫、烷基或鹵素；R8是氫、烷基、取代的烷基、烷氧基或鹵素；R9是氫、烷基、取代的烷基、烷氧基、硝基或鹵素；R10是氫或烷基；R11是氫或烷基；R12是氫或烷基。
6.權利要求2的化合物，其中X1和X3是獨立地選自以下部分的雜芳基或取代的雜芳基部分 其中R13是烷基或氫；R14是氫、烷基或取代的烷基。
7.權利要求4的化合物，其中R1和R2是獨立地選自以下部分的取代的烷基部分 其中R15是氫、羥基、烷氧基、烷基、環(huán)烷基或者R15和R16一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R16是氫、羥基、烷基或環(huán)烷基；R17、R18、R19和R20獨立地是氫或烷基；R21是氫、烷基、取代的烷基、環(huán)烷基或酰基；R22是氫或烷基，或者R22和R23一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)，或者R22和R24一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R23是氫、羥基、烷基、環(huán)烷基或者R23和R24一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R24是氫、羥基或烷基；m是1、2或3；n是1、2或3；o是0、1、2或3。
8.權利要求6的化合物，其中R14是選自以下部分的烷基或取代的烷基部分
9.權利要求5的化合物，其中X1和X3是獨立地選自以下部分的雜芳基或取代的雜芳基部分 其中R13是烷基或氫；R14是氫、烷基或取代的烷基；R1和R2是獨立地選自以下部分的取代的烷基部分 其中R15是氫、羥基、烷氧基、烷基、環(huán)烷基或者R15和R16一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R16是氫、羥基、烷基或環(huán)烷基；R17、R18、R19和R20獨立地是氫或烷基；R21是氫、烷基、取代的烷基、環(huán)烷基或酰基；R22是氫或烷基，或者R22和R23一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)，或者R22和R24一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R23是氫、羥基、烷基、環(huán)烷基或者R23和R24一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；R24是氫、羥基或烷基；m是1、2或3；n是1、2或3；o是0、1、2或3。
10.權利要求9的化合物，其中X2是
11.權利要求9的化合物，其中X1和X3都是
12.權利要求10的化合物，其中R1和R2具有以下結構其中 o是0；R17和R18是氫；R21是氫、烷基或?；?。
13.權利要求11的化合物，其中R1和R2具有以下結構 其中R15和R16是氫；n是1或2。
14.權利要求12的化合物，其中R19和R20是氫，R21是選自甲基、乙基和丙基的烷基基團，或具有結構-C(O)C(R25)(R26)H的?；糠?，其中R25是選自以下取代基的取代基 或者R25和R26一起與它們所連接的原子形成具有以下結構的雜環(huán) R26是選自-H、-NH2和-NHCH3的取代基。
15.權利要求12的化合物，其中R1和R2獨立地是以下結構中的一個 其中R19和R20獨立地是氫或烷基；R21是氫、烷基或?；?。
16.權利要求13的化合物，其中R14是選自以下部分的烷基或取代的烷基部分
17.根據(jù)權利要求14的化合物，其中該化合物具有以下結構
18.根據(jù)權利要求16的化合物，其中該化合物具有以下結構 其中R14是氫、-CH2CH2(CH3)2或-CH2(C3H5)，并且X2是選自以下部分的部分
19.一種治療細菌或真菌感染的方法，其中該方法包括施用治療上有效量的具有化學式(I)的化合物或其藥學上可接受的酸加成的鹽； 其中Z1和Z2獨立地是-NR3-或-O-，其中R3是氫或烷基；R1和R2獨立地是取代的烷基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基，前提是R1和R2中的至少一個是能夠形成藥學上可接受的酸加成的鹽的基團，R3是氫、烷基，或者R3和R1或R2一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；X2是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基、鏈烯基、炔基、環(huán)烷基或雜環(huán)；X1和X3獨立地是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基或-CHR4；其中R4是自然或非自然的氨基酸側(cè)鏈。
20.一種抑制拓撲異構酶的方法，其中該方法包括施用治療上有效量的具有化學式(I)的化合物或其藥學上可接受的酸加成的鹽 其中Z1和Z2獨立地是-NR3-或-O-，其中R3是氫或烷基；R1和R2獨立地是取代的烷基、取代的芳基、雜芳基或取代的雜芳基，前提是R1和R2中的至少一個是能夠形成藥學上可接受的酸加成的鹽的基團；R3是氫、烷基，或者R3和R1或R2一起與它們所連接的原子形成雜環(huán)；X2是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基、鏈烯基、炔基、環(huán)烷基或雜環(huán)；X1和X3獨立地是芳基、取代的芳基、雜芳基、取代的雜芳基或-CHR4；其中R4是自然或非自然的氨基酸側(cè)鏈。
21.一種治療細菌感染的方法，其中該方法包括施用治療上有效量的以下化合物 其中R21是氫、烷基、取代的烷基、環(huán)烷基或酰基。
22.一種治療真菌感染的方法，其中該方法包括施用治療上有效量的以下化合物 其中R14是氫、-CH2CH2CH(CH3)2或-CH2(C3H5)，并且X2是選自以下部分的部分 其中R5是氫、烷基或取代的烷基；R8是氫、烷基、取代的烷基、烷氧基或鹵素；R9是氫、烷基、取代的烷基、烷氧基、硝基或鹵素；R10是氫或烷基；R11是氫或烷基。
23.一種治療細菌或真菌感染的方法，其中細菌或真菌株系選自以下株系白色假絲酵母、煙曲霉、蠟狀芽孢桿菌、流感嗜血菌和Pseudemonas aeruginosa。
全文摘要
本發(fā)明提供了具有以下一個或多個活性的新的化合物抗細菌活性、抗真菌活性和抗腫瘤活性。該化合物具有化學式(I)。也提供了含有這些化合物的藥物組合物，以及制造和使用這些化合物的方法。
文檔編號A61K31/496GK1439006SQ01811885
公開日2003年8月27日 申請日期2001年6月26日 優(yōu)先權日2000年6月27日
發(fā)明者張文濤, S·J·R·萊爾, M·D·弗里根, N·B·戴特金納, J·伯特彥斯基, 史東方, C·D·羅伯特, A·霍爾林, P·H·尼爾森, J·M·馬喬斯基 申請人:基因?qū)嶒炇壹夹g公司