專利名稱：：表皮葡萄球菌多肽抗原的免疫原性組合物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明涉及免疫原性組合物，其包含從表皮葡萄球菌(&a;^y/ococawepWermf^s)分離的多肽。本發(fā)明還涉及編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸和其于免疫原性組合物中的用途。此外，本發(fā)明涉及使用所述表皮葡萄球菌多肽和聚核苷酸的免疫原性組合物誘導(dǎo)哺乳動(dòng)物對(duì)抗表皮葡萄球菌和金黃葡萄球菌(&fl//o^cocciw的免疫反應(yīng)的方法。本發(fā)明還涉及用于檢測(cè)生物樣本中的表皮葡萄球菌的方法。
背景技術(shù)：
：表皮葡萄球菌是皮膚和粘膜上正常人類微生物集落的主要組成部分，且曾經(jīng)認(rèn)為其只是由受感染患者培養(yǎng)得到的污染物。參看Heilmann，C.和G.Peters,andpaf/zogem'c!'ty。/S啤/zyZococci^epWermW/j,inGm/n-pos"/veV.A.Fischetti編輯，2000，AmericanSocietyforMicrobiology:Washington,D.C.第442-449頁(yè)；權(quán)Eiff，C等人，LancetInfectDis，2(11):第677-85頁(yè)(2002)?，F(xiàn)已廣泛承認(rèn)表皮葡萄球菌是一種極其重要的條件致病菌和引起醫(yī)院血流感染的主要原因。參看AmJInfectControl,27:第520-32頁(yè)(1999);Diekema,D.J.等人，IntJAntimicrobAgents,20(6):第412-8頁(yè)(2002);Edmond，M.B.等人，ClinInfectDis，29(2):第239-44頁(yè)(1999)。這些感染主要與諸如靜脈導(dǎo)管、人工關(guān)節(jié)或人工心臟瓣膜等留置外來聚合物體的存在有關(guān)。參看Hdlmarm，C.和G.Peters,Bi'oZogyandpaf/zogem'c/ty。/S啤/jyZococcwsep!'i/erm!'cfo,inGram-poj"!'ve拜/《e叫V.A.Fischetti,編輯2000，AmericanSocietyforMicrobiology:Washington,D.C.第442-449頁(yè)；vonEiff，C等人，LancetInfectDis,2(11):第677-85頁(yè)(2002)。認(rèn)為感染是在插入人工裝置時(shí)從患者的皮膚引入表皮葡萄球菌引起的。定殖和隨后生物膜的形成可導(dǎo)致可能血行播散(hematogenousspread)到體內(nèi)其它部位的菌血癥。這些感染通常因抗生素和臨床分離株抗生素抗性增加于生物膜內(nèi)引起的殺菌作用降低而難以進(jìn)行治療。參看Diekema,D丄等人，IntJAntimicrobAgents,20(6):第412-8頁(yè)(2002);Edmond，M.B.等人，ClinInfectDis，29(2):第239-44頁(yè)(1999);Lewis,K.,AntimicrobAgentsChemother,45(4):第999-1007頁(yè)(2001);Raad,I.等人，ClinInfectDis，26(5):第1182-7頁(yè)(1998)。己報(bào)導(dǎo)對(duì)萬(wàn)古霉素(vancomycin)具有降低的易感性的表皮葡萄球菌。參看Sanyal，D.和D.Greenwood,JMedMicrobiol"39(3):第204-10頁(yè)(1993);Sanyal,D.等人，Lancet,337(8732):第54頁(yè)(1991)。治療這些感染的困難使得使用免疫法作為預(yù)防感染的方式成為必要。生物膜形成是表皮葡萄球菌感染的主要毒力決定因素。因此，有關(guān)表皮葡萄球菌表面蛋白的研究已集中于在生物膜形成中所涉及的那些蛋白?；谏锬ば纬傻膬蓚€(gè)主要步驟中涉及蛋白，已將這些蛋白再分成以下群組1)起始附著，葡萄球菌表面蛋白-1(SSP-1)、自溶素(AtlE)、Fbe(SdrG)禾BGehD;禾B2)細(xì)菌細(xì)胞聚集，Bap同源蛋白(Bhp)、聚集相關(guān)蛋白(AAP)和自溶素(AtlE)。參看vonEiff,C等人，LancetInfectDis,2002.2(11):第677-85頁(yè)；Vuong,C等人，JInfectDis，188(5):第706-18頁(yè)(2003);Veenstra,G.J.等人，JBacteriol"178(2):第537-41頁(yè)(1996);Rupp,M.E.等人，JInfectDis，183(7):第1038-42頁(yè)(2001);Hussain,M.等人，InfectImmun，65(2):第519-24頁(yè)(1997);Nilsson，M.等人，InfectImmun,66(6):第2666-73頁(yè)(1998);Davis,S丄.等人，JBiolChem，276(30):第27799-805頁(yè)(2001);和Bowden,M.G.等人,JBiolChem，277(45):第43017-43023頁(yè)(2002)。對(duì)于暴露到宿主內(nèi)的環(huán)境暗示(environmentalcue)時(shí)所表達(dá)的表面蛋白或宿主-寄生物相互作用中所涉及的蛋白的鑒別己進(jìn)行比較少的嘗試。表皮葡萄球菌必須經(jīng)歷從共生體到致病菌的轉(zhuǎn)變且適應(yīng)宿主內(nèi)的微環(huán)境。為使共生體轉(zhuǎn)變成致病菌，其必須進(jìn)入宿主組織，感覺其環(huán)境的改變，改變基因表達(dá)，從而使其能夠避開宿主防御，附著和粘附到宿主因子上，在不同養(yǎng)分和宿主防御的存在下生長(zhǎng)并分裂。細(xì)菌表面上的蛋白使其與宿主內(nèi)的新環(huán)境初始接觸。這些蛋白的多種功能包括感覺環(huán)境；凈化和轉(zhuǎn)運(yùn)養(yǎng)分；抵抗宿主免疫系統(tǒng)；和結(jié)合宿主蛋白。表面暴露蛋白也可用作宿主免疫系統(tǒng)的接觸點(diǎn)或識(shí)別點(diǎn)，且可為對(duì)抗細(xì)菌的體液免疫反應(yīng)的目標(biāo)。Josefsson，E.等人，JInfectDis，184(12):第1572-80頁(yè)(2001);Swiatlo，E.等人,InfectImmun，71(12):第7149-53頁(yè)(2003);Grifantini,R.等人，NatBiotechnol,20(9):第914-21頁(yè)(2002)。因此，迫切需要鑒別用于免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌蛋白中的有前途候選物，所述免疫原性組合物將誘導(dǎo)對(duì)于表皮葡萄球菌中引起疾病的血清型的免疫反應(yīng)。
發(fā)明內(nèi)容本發(fā)明提供一種免疫原性組合物，其包含具有選自一或多個(gè)SEQIDNO:1到SEQIDNO:32、其生物等效物或其片段的氨基酸序列的多肽。在特定實(shí)施例中，多肽與受表皮葡萄球菌感染的兔的血清中的抗體具免疫反應(yīng)性。在另一實(shí)施例中，多肽與一或多種兔血清蛋白結(jié)合。在某些實(shí)施例中，免疫原性組合物另外包含醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。在其它實(shí)施例中，本發(fā)明的免疫原性組合物還包含一或多種佐劑。在另一實(shí)施例中，免疫原性組合物另外包含表皮葡萄球菌多糖抗原。在又一實(shí)施例中，免疫原性組合物另外包含金黃葡萄球菌多糖或多肽抗原。本發(fā)明提供免疫原性組合物，其包含從表皮葡萄球菌分離的多肽。本發(fā)明提供一種包含表皮葡萄球菌多肽的免疫原性組合物，其中所述多肽另外包含異源氨基酸。在特定實(shí)施例中，多肽是融合多肽。在另一實(shí)施例中，多肽是重組多肽。在又一實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種包含表皮葡萄球菌多肽的免疫原性組合物，其中所述多肽包含表皮葡萄球菌的中和表位。在某些實(shí)施例中，多肽為脂蛋白。本發(fā)明另外提供包含表皮葡萄球菌多肽的免疫原性組合物，其中所述多肽是由聚核苷酸編碼，所述聚核苷酸包含與選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一或其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列。在特定實(shí)施例中，表皮葡萄球菌聚核苷酸序列選自由SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59和SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段組成的群組。本發(fā)明提供一種免疫原性組合物，其中聚核苷酸是得自表皮葡萄球菌。在特定實(shí)施例中，聚核苷酸另外包含異源核苷酸。在另一實(shí)施例中，聚核苷酸是在表達(dá)載體中。在又一實(shí)施例中，表達(dá)載體為質(zhì)粒DNA。在某些實(shí)施例中，聚核苷酸為重組聚核苷酸。在另一實(shí)施例中，聚核苷酸可操作地連接到一個(gè)或多個(gè)基因表達(dá)調(diào)控元件。在又一實(shí)施例中，聚核苷酸引導(dǎo)表皮葡萄球菌中和表位的表達(dá)。本發(fā)明還提供一種包含由聚核苷酸編碼的表皮葡萄球菌多肽的免疫原性組合物，其中所述免疫原性組合物另外包含轉(zhuǎn)染促進(jìn)劑。在特定實(shí)施例中，所述轉(zhuǎn)染促進(jìn)劑為布比卡因(bupivicaine)。本發(fā)明還提供一種誘導(dǎo)對(duì)抗表皮葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含具有選自一或多個(gè)SEQIDNO:1到SEQIDNO:32或其生物等效物或其片段的氨基酸序列的多肽，和醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。此外，本發(fā)明提供一種誘導(dǎo)對(duì)抗表皮葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含具有選自一或多個(gè)SEQIDNO:33到SEQIDNO:64或其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列的聚核苷酸，和醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。在一實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種包含聚核苷酸的免疫原性組合物，所述聚核苷酸具有選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一、其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列，且其包含于表達(dá)載體中。在另一實(shí)施例中，所述聚核苷酸是得自表皮葡萄球菌。在又一實(shí)施例中，所述聚核苷酸包含異源核苷酸。在某一實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種用于檢測(cè)和/或鑒別生物樣本中的表皮葡萄球菌的方法，其包含(a)在允許雜交的條件下，使所述樣本與聚核苷酸的寡核苷酸探針接觸，所述聚核苷酸包含選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一或其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列；和(b)檢測(cè)所述樣本中雜交復(fù)合物的存在，其中雜交復(fù)合物表明所述樣本中存在表皮葡萄球菌。在其它實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種用于檢測(cè)和/或鑒別生物樣本中抗表皮葡萄球菌的抗體的方法，其包含(a)在允許形成免疫復(fù)合物的條件下，使所述樣本與多肽接觸，所述多肽包含選自SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一或其生物等效物或其片段的氨基酸序列；和檢測(cè)所述樣本中免疫復(fù)合物的存在，其中免疫復(fù)合物表明所述樣本中存在月巿炎鏈球菌(itrep/ococcwjpwewmow/ae)。在特定實(shí)施例中，免疫原性組合物包含選自由SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:14、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:23、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:30、其生物等效物或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌多肽序列。在另一實(shí)施例中，免疫原性組合物包含選自由SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59、SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌聚核苷酸序列。在又一實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種誘導(dǎo)對(duì)抗金黃葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含選自由SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:14、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:23、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27、SEQIDNO:30、其生物等效物或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌多肽序列。在特定實(shí)施例中，本發(fā)明提供一種誘導(dǎo)對(duì)抗金黃葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含選自由SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59、SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌聚核苷酸序列。圖1繪示通過2D凝膠電泳比較的在TSB(1A和1C)或70%兔血清(1B和1D)中生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌0-47的細(xì)胞壁片斷的蛋白質(zhì)表達(dá)概況。在第一維中于pH4-7的IPG條帶上分離蛋白質(zhì)，隨后在第二維中以SDS-PAGE進(jìn)行分離，將其轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素上，并通過熒光染色進(jìn)行檢測(cè)(1A和1C)。以受表皮葡萄球菌0-47感染的兔的免疫血清(IB和1D)顯現(xiàn)免疫反應(yīng)性蛋白。分子量標(biāo)記標(biāo)于左側(cè)。圖2繪示生長(zhǎng)于70%兔血清中的表皮葡萄球菌0-47的細(xì)胞表面片斷的熒光染色印跡(2A)和免疫印跡(2B)，所述細(xì)胞表面片斷是在第一維中于pH4-7的IPG條帶上分離且在第二維中以SDS-PAGE分離。通過質(zhì)譜分析鑒別斑點(diǎn)中的蛋白質(zhì)。圖3繪示從生長(zhǎng)于TSB或70%兔血清中的表皮葡萄球菌0-47的表面用增加濃度的NaCl或4.0M尿素洗脫的蛋白質(zhì)。星號(hào)表明從在血清存在下生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌的表面洗脫的富集蛋白質(zhì)。用TBS隨后依次以0.5M和1.0MNaCl和4.0M尿素洗滌細(xì)菌3次。測(cè)定每一樣本的蛋白質(zhì)濃度，并于4-20%梯度凝膠上跑膠0.75pg。通過蛋白質(zhì)檢定，在從TSB中生長(zhǎng)的細(xì)菌的表面洗脫的樣本(第2-5道)中未檢測(cè)到蛋白質(zhì)，故將25pl裝載于凝膠上。第1道，兔血清；第2道和第6道一0.15MNaCl洗出液；第3道和第7道一0.5MNaCl;第4道和第8道一l.OMNaCI;第5道和第9道一4.0M尿素。圖4繪示細(xì)胞表面蛋白從表皮葡萄球菌的2D轉(zhuǎn)移，針對(duì)蛋白質(zhì)(4A)對(duì)所述表皮葡萄球菌熒光染色，并且以從生長(zhǎng)于70%兔血清中的表皮葡萄球菌洗脫的生物素化血清蛋白(4B)進(jìn)行探測(cè)。用抗生蛋白鏈菌素-堿性磷酸酶接合物顯現(xiàn)斑點(diǎn)。通過質(zhì)譜法鑒別所述斑點(diǎn)中的蛋白質(zhì)。具體實(shí)施例方式暴露到宿主的血流中之后，入侵細(xì)菌遇到對(duì)新環(huán)境特異的環(huán)境暗示。通過細(xì)胞壁純化蛋白中可檢測(cè)的蛋白質(zhì)表達(dá)中的細(xì)菌和信號(hào)適應(yīng)性改變來檢測(cè)這些暗示。通常，細(xì)菌細(xì)胞壁處的蛋白質(zhì)和碳水化合物是用于包涵于治療或預(yù)防細(xì)菌感染的免疫原性組合物中的候選物。無(wú)論上調(diào)的蛋白質(zhì)是與宿主相互作用還是在養(yǎng)分獲取中起到作用對(duì)于細(xì)菌而言都極為重要，且因此在細(xì)菌存活和發(fā)病機(jī)理中起到作用。己將細(xì)菌于體液(即，血清、腹膜透析液和尿液)中的生長(zhǎng)用作模仿細(xì)菌在宿主內(nèi)遇到的某些信號(hào)的模型系統(tǒng)。參看Wiltshire,M.D.禾口S丄Foster,InfectImmun,69(8):第5198-202頁(yè)(2001);Shepard,B.D.禾BM.S.Gilmore,InfectImmun,70(8):第4344-52頁(yè)(2002);Smith,D.G等人，InfectImmun,59(2):第617-24頁(yè)(1991);McDermid,K.P.等人，InfectImmun，61(5):第1743-9頁(yè)(1993)。已發(fā)現(xiàn)一或多種所述培養(yǎng)條件改變糞腸球菌(EWewcoccw/flecflfc)、金黃葡萄球菌和表皮葡萄球菌中的基因表達(dá)，并且發(fā)現(xiàn)經(jīng)鑒別在變化的培養(yǎng)條件下表達(dá)增加的那些蛋白質(zhì)屬于不同種類的具有多種功能的蛋白質(zhì)。參看Wiltshire,M.D.和S丄Foster,InfectImmun，69(8):第5198-202頁(yè)(2001);Shepard,B.D.和M.S.Gilmore,InfectImmun,70(8):第4344-52頁(yè)(2002)。表皮葡萄球菌感染的最常見易感因素是植入人工裝置。所植入的人工裝置經(jīng)血漿蛋白和基質(zhì)蛋白包覆，所述血漿蛋白和基質(zhì)蛋白包括纖維蛋白原、玻連蛋白(vitronectin)、vonWillebrand氏因子和粘連蛋白。參看vonEiff，C等人,.EurJClinMicrobiolInfectDis,18(12):第843-6頁(yè)(1999)。這些蛋白通常充當(dāng)表皮葡萄球菌表面蛋白的配體，由此使細(xì)菌與人工裝置結(jié)合并定殖于人工裝置上。己知表皮葡萄球菌表達(dá)與纖維蛋白原、玻連蛋白和粘連蛋白結(jié)合的蛋白質(zhì)。參看Nilsson，M.等人，A/AnVzogen-W/zA'ngprofe/no/S啤/i盧cocct^—denmLInfectImmun，66(6)，第2666-73頁(yè)(1998);Davis,S丄.等人，JBiolChem,276(30)，第27799-805頁(yè)(2001);Williams,R.J.等人，InfectImmun，.70(12),第6805-10頁(yè)(2002);Heilmann，C等人，MolMicrobiol,24(5),第1013-24頁(yè)(1997)。預(yù)期表皮葡萄球菌將結(jié)合使共生體轉(zhuǎn)換成致病菌的其它血清蛋白是合乎情理的。下文所述的本發(fā)明解決對(duì)于表皮葡萄球菌免疫原性組合物的需求，所述免疫原性組合物有效預(yù)防或治療由表皮葡萄球菌血清型所引起的大部分或所有疾病。本發(fā)明另外解決對(duì)于診斷表皮葡萄球菌感染的方法的需求。本發(fā)明已鑒別出編碼抗原多肽的表皮葡萄球菌開放閱讀框(下文的ORF)。更具體說來，表皮葡萄球菌ORF編碼用作免疫原性組合物中的潛在抗原多肽的多肽。在某些實(shí)施例中，本發(fā)明包含編碼表面定位、暴露、分泌或膜相關(guān)的多肽抗原的表皮葡萄球菌聚核苷酸ORF。在其它實(shí)施例中，本發(fā)明包含含有ORF序列的載體和經(jīng)這些載體轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)染或感染的宿主細(xì)胞或動(dòng)物。本發(fā)明還包含表皮葡萄球菌ORF的轉(zhuǎn)錄基因產(chǎn)物，諸如mRNA、反義RNA、反義寡核苷酸和核糖酶分子，其可用于抑制或控制微生物的生長(zhǎng)。本發(fā)明還涉及檢測(cè)這些核酸或多肽的方法和診斷表皮葡萄球菌感染的試劑盒。本發(fā)明還涉及用于預(yù)防和/或治療細(xì)菌感染、尤其是由表皮葡萄球菌引起或因其而惡化的感染的免疫原性組合物。在特定實(shí)施例中，使用免疫原性組合物治療或預(yù)防由表皮葡萄球菌引起或因其而惡化的全身性疾病。在其它實(shí)施例中，使用免疫原性組合物治療或預(yù)防由表皮葡萄球菌引起或因其而惡化的非全身性疾病。A.表皮葡萄球菌ORF聚核苷酸和多肽鑒別用于產(chǎn)生供包涵于免疫原性組合物中之用的表皮葡萄球菌多肽的經(jīng)分離和純化的表皮葡萄球菌ORF聚核苷酸。更具體說來，在某些實(shí)施例中，ORF編碼表皮葡萄球菌表面定位、暴露、膜相關(guān)或分泌的多肽、尤其是抗原多肽。因此，一方面，本發(fā)明鑒別經(jīng)分離和純化的聚核苷酸(ORF)，其編碼用于包涵于免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌表面定位、暴露、膜相關(guān)或分泌的多肽。在特定實(shí)施例中，本發(fā)明的聚核苷酸為DNA分子，其中DNA可為基因組DNA、染色體DNA、質(zhì)粒DNA或cDNA。在另一實(shí)施例中，聚核苷酸為重組聚核苷酸，其編碼表皮葡萄球菌多肽，所述多肽包含與SEQIDNO:l到SEQIDNO:32其中之一或其片段的氨基酸序列。在另一實(shí)施例中，經(jīng)分離和純化的ORF聚核苷酸包含與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64、其簡(jiǎn)并變異體或其補(bǔ)體的ORF核苷酸序列其中之一具有至少95%同一性的核苷酸序列。在一實(shí)施例中，SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的ORF聚核苷酸是包含于質(zhì)粒載體中，且在原核宿主細(xì)胞中得以表達(dá)。如下文所使用，術(shù)語(yǔ)"聚核苷酸"意思是由磷酸二酯鍵連接的核苷酸序列。下文是以5'到3'方向的方向呈現(xiàn)聚核苷酸。本發(fā)明的聚核苷酸可包含約IO個(gè)到約數(shù)十萬(wàn)個(gè)堿基對(duì)。在一實(shí)施例中，聚核苷酸包含約10個(gè)到約3,000個(gè)堿基對(duì)。特定聚核苷酸的長(zhǎng)度實(shí)例陳述于下文中。本文所述的聚核苷酸可為脫氧核糖核酸(DNA)分子、核糖核酸(RNA)分子或使用核苷酸類似物產(chǎn)生的DNA或RNA的類似物。核酸分子可為單鏈或雙鏈，但優(yōu)選為雙鏈DNA。在聚核苷酸為DNA分子的情況下，所述分子可為基因、cDNA分子或基因組DNA分子。下文通過單字母密碼指示核苷酸堿基腺嘌呤(A)、鳥嘌呤(G)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、肌苷(I)和尿嘧啶(U)。"經(jīng)分離"意思是"通過人工"從其天然狀態(tài)變化而來。如果組合物或物質(zhì)存在于自然界中，那么為了認(rèn)為其"經(jīng)分離"，其必須已經(jīng)改變或從其原始環(huán)境中移除，或兩者皆有。舉例說來，當(dāng)將術(shù)語(yǔ)用于下文中時(shí)，天然存在于活動(dòng)物中的聚核苷酸或多肽未經(jīng)"分離"，但與其天然狀態(tài)的共存物質(zhì)分離的相同聚核苷酸或多肽"經(jīng)分離"。如本文所使用，"經(jīng)分離"聚核苷酸不含天然與得到核酸的生物體的基因組DNA中的核酸側(cè)接的序列(即，位于所述核酸5'端和3'端的序列)。舉例說來，在各種實(shí)施例中，經(jīng)分離表皮葡萄球菌核酸分子可含有小于約5kb、4kb、3kb、2kb、1kb、0.5kb或0.1kb的天然與得到核酸的細(xì)胞的基因組DNA中的核酸側(cè)接的核苷酸序列。然而，表皮葡萄球菌核酸分子可與其它蛋白質(zhì)編碼序列或調(diào)控序列融合，且仍認(rèn)為其經(jīng)分離?？墒褂脴?biāo)準(zhǔn)克隆和篩選技術(shù)從得自mRNA的cDNA文庫(kù)獲得本文所述的ORF聚核苷酸且從而獲得多肽。也可從諸如基因組DNA文庫(kù)(例如，表皮葡萄球菌文庫(kù))的天然來源獲得本發(fā)明的聚核苷酸，或可使用眾所周知和市面有售的技術(shù)進(jìn)行合成。本文還涵蓋因遺傳密碼的簡(jiǎn)并性而與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64(和其片段)所示的核苷酸序列不同且因此編碼與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64中所示的核苷酸序列所編碼的多肽相同的表皮葡萄球菌多肽的核酸分子?？墒褂么隧?xiàng)技術(shù)中眾所周知的方法輕易地鑒別表皮葡萄球菌聚核苷酸的直系同源物(orthologue)和等位基因變異體。聚核苷酸的等位基因變異體和直系同源物將包含通常至少約70-75%、更通常至少約80-85%且最通常至少約90-95%或95%以上與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64或這些核苷酸序列的片段同源的核苷酸序列。可輕易鑒別所述核酸分子能夠在嚴(yán)格條件下與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64或這些核苷酸序列的片段所示的核苷酸序列雜交。而且，聚核苷酸可僅包含表皮葡萄球菌聚核苷酸或基因的編碼區(qū)的片段，諸如SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的片段。在某些實(shí)施例中，所述片段編碼免疫原性片段。當(dāng)使用本發(fā)明的這些表皮葡萄球菌ORF聚核苷酸重組產(chǎn)生用于包涵于免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌多肽時(shí)，所述聚核苷酸可包括成熟多肽的編碼序列；其本身；或閱讀框中的成熟多肽的編碼序列；和其它編碼序列，諸如編碼前導(dǎo)序列或分泌序列、前蛋白序列或前體蛋白序列或原前體蛋白序列或其它融合肽部分的編碼序列。舉例說來，可將有助于融合多肽純化的標(biāo)記序列與編碼序列連接(參看Gentz等人，/Voc.Wfl".Ac。dSd.USA,86:821-824，1989，其是以全文引用的方式并入下文中)。因此，本文涵蓋編碼允許表達(dá)產(chǎn)物的His標(biāo)簽純化的融合多肽的聚核苷酸的制備。聚核苷酸還可含有非編碼5'和3'序列，諸如已轉(zhuǎn)錄序列、未翻譯序列、剪接信號(hào)和聚腺苷酸化信號(hào)。因此，可通過一種方法獲得編碼用于包涵于本發(fā)明的免疫原性組合物中的多肽的聚核苷酸，包括來自除表皮葡萄球菌外的物種(諸如金黃葡萄球菌)的同源物和直系同源物，所述方法包含以下步驟在嚴(yán)格雜交條件下，用具有SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一、其片段的序列的經(jīng)標(biāo)記探針篩選適當(dāng)文庫(kù)；和分離含有所述聚核苷酸序列的全長(zhǎng)cDNA和基因組克隆。所述雜交技術(shù)已為所屬領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知。所屬領(lǐng)域技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，在許多情況下，經(jīng)分離cDNA序列將是不完整的，這是因?yàn)榫幋a多肽的區(qū)域在cDNA的5'端被切短。這是反轉(zhuǎn)錄酶作用的結(jié)果，使得無(wú)法在第一條cDNA鏈合成期間完成mRNA模板的DNA拷貝，所述反轉(zhuǎn)錄酶是一種具有固有地低"處理能力(processivity)"(聚合反應(yīng)期間酶保持附著到模板上的能力的度量)的酶。因此，在某些實(shí)施例中，本文所提供的聚核苷酸序列信息允許制備能夠與下文所公開的所選聚核苷酸基因序列特異性雜交的相對(duì)短的DNA(或RNA)寡核苷酸序列。如下文所使用，術(shù)語(yǔ)"寡核苷酸"是定義為包含2個(gè)或2個(gè)以上脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸、通常大于3個(gè)且通常大于IO個(gè)且多達(dá)IOO個(gè)或100個(gè)以上(但優(yōu)選介于20個(gè)與30個(gè)之間)脫氧核糖核苷酸或核糖核苷酸的分子。確切尺寸將視許多因素而定，于是其視所述寡核苷酸的最終功能或用途而定。因此，在特定實(shí)施例中，適當(dāng)長(zhǎng)度的核酸探針是基于所選核苷酸序列(例如，諸如SEQIDNO:33到SEQIDNO:64所示的序列的序列)的考慮進(jìn)行制備。所述核酸探針與編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸特異性雜交的能力使其在多個(gè)實(shí)施例中特別有用。最重要的是，可將所述探針用于多種用于檢測(cè)給定樣本中互補(bǔ)序列的存在的檢定中。在某些實(shí)施例中，使用寡核苷酸引物是有利的?？梢匀魏畏绞疆a(chǎn)生這些引物，包括化學(xué)合成、DNA復(fù)制、反轉(zhuǎn)錄或其組合。使用本文所述的聚核苷酸設(shè)計(jì)所述引物的序列以用于使用聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)檢測(cè)、擴(kuò)增或突變編碼來自原核細(xì)胞的表皮葡萄球菌多肽的ORF聚核苷酸的規(guī)定區(qū)段。在某些實(shí)施例中，使用本文所述的聚核苷酸與用于檢測(cè)雜交體形成的適當(dāng)標(biāo)記的組合是有利的。此項(xiàng)技術(shù)中已知廣泛多種能夠提供可檢測(cè)信號(hào)的適當(dāng)標(biāo)記，包括放射性、酶或其它配體，諸如親和素/生物素?？蓪⑴cSEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一或其片段中所含的核苷酸序列相同或足夠相同的聚核苷酸用作cDNA和基因組DNA的雜交探針或用作核酸擴(kuò)增(PCR)反應(yīng)的引物，以分離編碼本文所述的多肽的全長(zhǎng)cDNA和基因組克隆并分離與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64或其片段中所述的聚核苷酸序列具有高度序列相似度的其它基因(包括編碼除表皮葡萄球菌外的物種的同源物和直系同源物的基因)的cDNA和基因組克隆。這些核苷酸序列通常與參考聚核苷酸序列至少約70%相同到至少約95%相同。探針或引物一般將包含至少15個(gè)核苷酸，優(yōu)選至少30個(gè)核苷酸，且可具有至少50個(gè)核苷酸。特別優(yōu)選的探針將具有介于30個(gè)與50個(gè)之間的核苷酸。存在數(shù)種可用且所屬領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的獲得全長(zhǎng)cDNA或延長(zhǎng)短cDNA的方法，例如基于cDNA末端快速擴(kuò)增(RACE)法的方法。參看Frohman等人，Prac.AcadSc!'，(7SA85,8998-9002，1988。舉例說來，近來對(duì)MarathonW技術(shù)(CkmtechLaboratoriesInc.)所例示的技術(shù)的改進(jìn)己顯著簡(jiǎn)化有關(guān)較長(zhǎng)cDNA的研究。在MarathonTM技術(shù)中，己由從所選組織提取的mRNA和接合于每一端上的"接頭"序列制備cDNA。隨后，進(jìn)行核酸擴(kuò)增(PCR)以使用基因特異性與接頭特異性寡核苷酸引物的組合擴(kuò)增cDNA"缺失"的5'端。接著，使用"套式"引物重復(fù)PCR反應(yīng)，所述套式引物為經(jīng)設(shè)計(jì)以于經(jīng)擴(kuò)增產(chǎn)物內(nèi)退火的引物(通常為在接頭序列中3'處進(jìn)一步退火的接頭特異性引物和在己知基因序列中5'處進(jìn)一步退火的基因特異性引物)。可隨后通過DNA測(cè)序分析這一反應(yīng)的產(chǎn)物，且全長(zhǎng)cDNA可通過將所述產(chǎn)物直接與現(xiàn)存cDNA接合以得到完整序列來構(gòu)建，或使用有關(guān)設(shè)計(jì)5'引物的新序列信息進(jìn)行單獨(dú)的全長(zhǎng)PCR來構(gòu)建。為提供本發(fā)明的某些優(yōu)點(diǎn)，用于雜交研究或檢定的優(yōu)選核酸序列包括與至少10個(gè)到約70個(gè)核苷酸長(zhǎng)的聚核苷酸區(qū)段互補(bǔ)的探針分子，所述聚核苷酸編碼表皮葡萄球菌多肽，諸如SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一中所示的多肽。至少10個(gè)核苷酸長(zhǎng)的尺寸有助于確保片段將具有足夠長(zhǎng)度以形成穩(wěn)定且具選擇性的雙鏈體分子。然而，一般優(yōu)選在大于10個(gè)堿基長(zhǎng)的區(qū)段上具有互補(bǔ)序列的分子，以便增加雜交體的穩(wěn)定性和選擇性，且借此改良所獲得的特異性雜交體分子的品質(zhì)和等級(jí)。一般將優(yōu)選設(shè)計(jì)具有25個(gè)到40個(gè)核苷酸、55個(gè)到70個(gè)核苷酸或視需要甚至更長(zhǎng)的基因互補(bǔ)區(qū)段的核酸分子。可例如通過以化學(xué)方式直接合成片段、通過應(yīng)用諸如PCR技術(shù)(美國(guó)專利4,683,202，其是以引用的方式并入本文)的核酸復(fù)制技術(shù)或通過從含有適當(dāng)插入物和適當(dāng)限制性酶位點(diǎn)的重組質(zhì)粒切除所選DNA片段來容易地制備所述片段。在另一實(shí)施例中，預(yù)期經(jīng)分離和純化的聚核苷酸包含與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的至少10個(gè)相鄰堿基的區(qū)段相同或互補(bǔ)的核苷酸序列，其中所述聚核苷酸與編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸雜交。經(jīng)分離和純化的聚核苷酸優(yōu)選包含與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的至少25個(gè)到約70個(gè)相鄰堿基的區(qū)段相同或互補(bǔ)的堿基序列。舉例說來，聚核苷酸可包含與已公開核苷酸序列的40個(gè)或55個(gè)相鄰堿基相同或互補(bǔ)的堿基區(qū)段。因此，可使用聚核苷酸探針分子與互補(bǔ)基因區(qū)段選擇性形成雙鏈體分子的能力。視所預(yù)想的應(yīng)用而定，將需要使用不同雜交條件以達(dá)成探針對(duì)目標(biāo)序列的不同選擇性程度(參看下表l)。對(duì)于需要高選擇性程度的應(yīng)用而言，通常將需要使用相對(duì)嚴(yán)格的條件形成雜交體。對(duì)于一些應(yīng)用而言，例如，當(dāng)需要使用與基礎(chǔ)模板雜交的突變體引物鏈制備突變體時(shí)，或當(dāng)設(shè)法從其它細(xì)胞、功能性等效物等分離表皮葡萄球菌同源多肽編碼序列時(shí)，通常需要較低嚴(yán)格度雜交條件以允許形成異源雙鏈體(參看表l)。因此，可相對(duì)于對(duì)照雜交容易地將交叉雜交物質(zhì)鑒別為陽(yáng)性雜交信號(hào)。由此，易于操縱雜交條件且因此一般將為視所需結(jié)果選擇的方法。對(duì)于某些應(yīng)用而言，例如當(dāng)需要使用與基礎(chǔ)模板雜交的突變體引物鏈制備突變體時(shí),或當(dāng)設(shè)法從其它細(xì)胞、功能性等效物等分離同源多肽編碼序列時(shí)，通常需要較低嚴(yán)格度雜交條件以允許形成異源雙鏈體。因此，可相對(duì)于對(duì)照雜交容易地將交叉雜交物質(zhì)鑒別為陽(yáng)性雜交信號(hào)。在任何情況下，一般應(yīng)了解，可通過加入漸增量的甲酰胺使條件更為嚴(yán)格，所述漸增量的甲酰胺是用于以與上升溫度相同的方式使雜交雙鏈體去穩(wěn)定。因此，易于操縱雜交條件，且由此一般將為視所需結(jié)果選擇的方法。本文中還描述能夠在低嚴(yán)格度條件下、更優(yōu)選在嚴(yán)格條件下且最優(yōu)選在高度嚴(yán)格的條件下與下文所述的聚核苷酸雜交的聚核苷酸。嚴(yán)格度條件的實(shí)例展示于下表1中高嚴(yán)格度條件為至少與(例如)條件A-F同樣嚴(yán)格的條件；嚴(yán)格條件至少與(例如)條件G-L同樣嚴(yán)格；且低嚴(yán)格度條件至少與(例如)條件M-R同樣嚴(yán)格。表l嚴(yán)格度條件<table>complextableseeoriginaldocumentpage16</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage17</column></row><table>(bp)、雜交體長(zhǎng)度為所預(yù)期的雜交聚核苷酸中雜交區(qū)域的長(zhǎng)度。當(dāng)使聚核苷酸與具有未知序列的目標(biāo)聚核苷酸雜交時(shí)，假定雜交體長(zhǎng)度為雜交聚核苷酸的長(zhǎng)度。當(dāng)與具有已知序列的聚核苷酸雜交時(shí)，可通過對(duì)準(zhǔn)聚核苷酸的序列并鑒別具有最佳序列互補(bǔ)性的區(qū)域來測(cè)定雜交體長(zhǎng)度。緩沖液h:在雜交和洗滌緩沖液中，SSPE(lxSSPE為0.15MNaCl、10mMNaH2P04和1.25mMEDTA，pH7.4)可經(jīng)SSC(1xSSC為0.15MNaCl和15mM梓檬酸鈉)替換在雜交完成后進(jìn)行洗滌15分鐘。Tb到Tk:預(yù)期小于50個(gè)堿基對(duì)長(zhǎng)的雜交體的雜交溫度應(yīng)比雜交體的熔解溫度(Tm)低5-10'C，其中Tm是根據(jù)以下等式確定。對(duì)于小于18個(gè)堿基對(duì)長(zhǎng)的雜交體而言，Tm(°C)=2(A+T堿基數(shù))+4(G+C堿基數(shù))。對(duì)于介于18個(gè)與49個(gè)堿基對(duì)長(zhǎng)度之間的雜交體而言，Tm(。C)=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(%G+C)-(600/N),其中N為雜交體中的堿基數(shù)，且[Na+]為雜交緩沖液中鈉離子的濃度(1xSSC中[Na+]=0.165M)。聚核苷酸雜交的嚴(yán)格度條件的其它實(shí)例提供于Sambrook等人，1989,MolecularCloning:ALaboratoryManual,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,第9章和第11章；禾nAusubel等人，1995，CurrentProtocolsinMolecularBiology編輯，JohnWiley&Sons,Inc.,第2.10節(jié)和第6.3-6.4節(jié)中，所述文獻(xiàn)是以引用的方式并入下文中。B.表皮葡萄球菌多肽在特定實(shí)施例中，本發(fā)明提供用于免疫原性組合物中的經(jīng)分離和純化的表皮葡萄球菌多肽。用于本發(fā)明的免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌多肽優(yōu)選為重組多肽。在某些實(shí)施例中，表皮葡萄球菌多肽包含與SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一、其生物等效物或其片段的氨基酸序列具有至少95%同一性的氨基酸序列。用于本發(fā)明的免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌多肽涵蓋包含以下各物的多肽1)SEQIDNO:1至USEQIDNO:32其中之一中所示的氨基酸序列；2)天然存在的SEQIDNO:1到SEQIDNO:32的表皮葡萄球菌多肽的功能性和非功能性變異體或生物等效物；3)SEQIDNO:1到SEQIDNO:32的表皮葡萄球菌多肽的重組產(chǎn)生變異體或生物等效物；和4)從除表皮葡萄球菌外的生物體分離的多肽(表皮葡萄球菌多肽的直系同源物)。所述表皮葡萄球菌多肽的生物等效物或變異體涵蓋l)從表皮葡萄球菌分離的多肽；和2)實(shí)質(zhì)上含有與表皮葡萄球菌多肽的同源性的多肽。表皮葡萄球菌的生物等效物或變異體包括功能性與非功能性表皮葡萄球菌多肽。功能性生物等效物或變異體為保持在受試者體內(nèi)引發(fā)免疫或抗原反應(yīng)的能力的表皮葡萄球菌多肽的天然存在的氨基酸序列變異體。功能性變異體通常將僅含有SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的一個(gè)或多個(gè)氨基酸的保守取代或所述多肽的非關(guān)鍵區(qū)域中(例如，不是在含有抗原決定簇或保護(hù)性抗原表位的區(qū)域中)非關(guān)鍵殘基的取代、缺失或插入。本發(fā)明另外提供表皮葡萄球菌多肽的非表皮葡萄球菌直系同源物。表皮葡萄球菌多肽的直系同源物是從非表皮葡萄球菌生物體分離且具有表皮葡萄球菌多肽的抗原能力的多肽?？扇菀椎罔b別表皮葡萄球菌多肽的直系同源物包含與SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一實(shí)質(zhì)同源的氨基酸序列?？蓪?duì)本發(fā)明的多肽的結(jié)構(gòu)進(jìn)行改進(jìn)和改變，且仍獲得具有表皮葡萄球菌抗原性的分子。舉例說來，可在序列中以其它氨基酸取代某些氨基酸而不明顯損失抗原性。由于多肽的相互作用能力和性質(zhì)界定所述多肽的生物功能活性，故可在多肽序列(或當(dāng)然其基礎(chǔ)DNA編碼序列)中進(jìn)行某些氨基酸序列的取代，且仍然獲得具類似特性的多肽。在進(jìn)行所述改變時(shí)，可考慮氨基酸的水合指數(shù)(hydropathicindex)。此項(xiàng)技術(shù)中一般理解氨基酸水合指數(shù)于賦予多肽相互作用的生物功能中的重要性(Kyte和Doolittle,JMolBiol,157:第105-132頁(yè)，1982)。己知某些氨基酸可經(jīng)具有類似水合指數(shù)或得分的其它氨基酸取代且仍產(chǎn)生具有類似生物活性的多肽。已基于氨基酸的疏水性和電荷特性指派每一氨基酸的水合指數(shù)。這些指數(shù)為異亮氨酸(+4.5);纈氨酸(+4.2);亮氨酸(+3.8);苯丙氨酸(+2.8);半胱氨酸/胱氨酸(+2.5);甲硫氨酸(+1.9);丙氨酸(+1.8);甘氨酸(-0.4);蘇氨酸(-0.7);絲氨酸(-0.8);色氨酸(-0.9);酪氨酸(-1.3);脯氨酸(-1.6);組氨酸(-3.2);谷氨酸(-3.5);谷氨酰胺(-3.5);天冬氨酸(-3.5);天冬酰胺酸(-3.5);和精氨酸(-4.5)。認(rèn)為氨基酸殘基的相對(duì)水合特性決定所得多肽的二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)，其接著界定所述多肽與諸如酶、底物、受體、抗體、抗原等其它分子的相互作用。此項(xiàng)技術(shù)中己知，氨基酸可經(jīng)另一具有相似水合指數(shù)的氨基酸取代且仍獲得功能相當(dāng)?shù)亩嚯?。在所述改變中，?yōu)選水合指數(shù)在+/-2以內(nèi)的氨基酸的取代，特別優(yōu)選水合指數(shù)在+/-1以內(nèi)的氨基酸的取代，且甚至更特別優(yōu)選在+/-0.5以內(nèi)的氨基酸的取代。也可基于親水性、尤其在意欲將由此產(chǎn)生的生物功能相當(dāng)?shù)亩嚯幕螂挠糜诿庖邔?shí)施例中的情況下對(duì)相似氨基酸進(jìn)行取代。以引用的方式并入下文中的美國(guó)專利4,554,101聲明，如受相鄰氨基酸的親水性影響的多肽的最大局部平均親水性與其免疫原性和抗原性相關(guān)，即與所述多肽的生物學(xué)特性相關(guān)。如美國(guó)專利4，554，101中所詳述，已將以下親水性值指派給氨基酸殘基精氨酸(+3.0);賴氨酸(+3.0);天冬氨酸(+3.0±1);谷氨酸(+3.0±1);絲氨酸(+3.0);天冬酰胺酸(+0.2);谷氨酰胺(+0.2);甘氨酸(0);脯氨酸(-0.5±1);蘇氨酸(-0.4);丙氨酸(-0.5);組氨酸(-0.5);半胱氨酸(-1.0);甲硫氨酸(-1.3);纈氨酸(-1.5);亮氨酸(-1.8);異亮氨酸(-1.8);酪氨酸(-2.3);苯丙氨酸(-2.5);色氨酸(-3.4)。應(yīng)了解，氨基酸可經(jīng)另一具有相似親水性值的氨基酸取代且仍獲得生物學(xué)上相當(dāng)且尤其是免疫學(xué)上相當(dāng)?shù)亩嚯摹Ｔ谒龈淖冎?，?yōu)選親水性值在±2以內(nèi)的氨基酸的取代，特別優(yōu)選親水性值在士1以內(nèi)的氨基酸的取代，且甚至更特別優(yōu)選親水性值在±0.5以內(nèi)的氨基酸的取代。如上文所述，因此，氨基酸取代一般是基于氨基酸側(cè)鏈取代基(例如)疏水性、親水性、電荷、尺寸等的相對(duì)相似度。所屬領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知考慮到多種上述特性的示范性取代，且其包括精氨酸與賴氨酸；谷氨酸與天冬氨酸；絲氨酸與蘇氨酸；谷氨酰胺與天冬酰胺酸；和纈氨酸、亮氨酸與異亮氨酸(參看下表2)。因此，本發(fā)明涵蓋包含如上文所述的表皮葡萄球菌多肽的功能性或生物等效物的免疫原性組合物。表2氨基酸取代原始?xì)埢痉缎詺埢〈?lt;table>tableseeoriginaldocumentpage20</column></row><table>也可使用位點(diǎn)特異性突變誘發(fā)制備多肽的生物等效物或功能性等效物。位點(diǎn)特異性突變誘發(fā)是可通過編碼DNA的特異性突變誘發(fā)來制備衍生自其序列的第二代多肽或生物功能相當(dāng)?shù)亩嚯幕螂牡挠杏眉夹g(shù)。如上文所述，在需要氨基酸取代的地方可能需要所述改變。所述技術(shù)另外提供通過將一或多種核苷酸序列改變引入DNA中來制備和測(cè)試序列變異體(例如，并有一或多種前述考慮因素)的現(xiàn)成能力。位點(diǎn)特異性突變誘發(fā)允許通過使用編碼具有所需突變和足夠數(shù)量相鄰核苷酸的DNA序列的特異性寡核苷酸序列提供具有足夠長(zhǎng)度和序列復(fù)雜度的引物序列以于橫越缺失接點(diǎn)兩側(cè)上形成穩(wěn)定雙鏈體，來產(chǎn)生突變體。通常，優(yōu)選長(zhǎng)度為約17個(gè)到25個(gè)核苷酸的引物，且序列接合點(diǎn)兩側(cè)上約5個(gè)到IO個(gè)殘基是變化的。一般說來，此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知位點(diǎn)特異性突變誘發(fā)的技術(shù)。如將了解的，所述技術(shù)通常使用可以單鏈和雙鏈形式存在的噬菌體載體。通常，通過首先獲得序列內(nèi)包括編碼所有或一部分所選表皮葡萄球菌多肽序列的DNA序列的單鏈載體來進(jìn)行根據(jù)本文的定點(diǎn)突變誘發(fā)。制備(例如，合成)具有所需突變序列的寡核苷酸引物。隨后，使這一引物與單鏈載體退火，并通過使用諸如大腸桿菌聚合酶IKlenow片段的酶進(jìn)行延長(zhǎng)，以完成具有突變的鏈的合成。因此，形成異源雙鏈體，其中一條鏈編碼未突變的原始序列，且另一條鏈具有所需突變。隨后，使用這一異源雙鏈體載體轉(zhuǎn)化適當(dāng)?shù)募?xì)胞(諸如，大腸桿菌細(xì)胞)，并且選擇包括具有突變的重組載體的克隆。一起提供市面有售的試劑盒與所有必需的試劑，但寡核苷酸引物除外。應(yīng)將用于本發(fā)明的免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌多肽或多肽抗原理解為任何表皮葡萄球菌多肽，其包含與包含SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸序列的表皮葡萄球菌多肽的實(shí)質(zhì)序列相似性、結(jié)構(gòu)相似性和/或功能相似性。此外，所述表皮葡萄球菌多肽或多肽抗原不限于特定來源。因此，本發(fā)明提供對(duì)于各種來源的多肽的通用檢測(cè)和分離技術(shù)。本發(fā)明預(yù)期可有利地將表皮葡萄球菌多肽分裂成片段以用于進(jìn)一步結(jié)構(gòu)或功能分析中或用于產(chǎn)生諸如表皮葡萄球菌相關(guān)多肽和表皮葡萄球菌特異性抗體的試劑。這可通過用諸如內(nèi)切蛋白酶glu-C(Boehringer,Indianapolis,IN)的肽酶處理經(jīng)純化或未經(jīng)純化的表皮葡萄球菌多肽實(shí)現(xiàn)。用CNBr處理是可由天然表皮葡萄球菌多肽產(chǎn)生肽片段的另一種方法。也可使用重組技術(shù)產(chǎn)生表皮葡萄球菌多肽的特定片段。本發(fā)明的免疫原性組合物中還包括表皮葡萄球菌多肽的片段。片段是具有完全與氨基酸序列的部分(但非全部)相同的氨基酸序列的多肽。所述片段可包含SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸序列的(例如)至少7個(gè)或7個(gè)以上(例如，8、10、12、14、16、18、20或20個(gè)以上)相鄰氨基酸。片段可為"獨(dú)立式(freestanding)"或包含在其形成一部分或區(qū)域、最優(yōu)選作為單一連續(xù)區(qū)域的較大多肽內(nèi)。在一實(shí)施例中，所述片段包括成熟多肽序列的至少一個(gè)抗原表位。"融合蛋白"是指由兩個(gè)通常不相關(guān)的融合基因或其片段編碼的蛋白質(zhì)或多肽。舉例說來，已描述包含免疫球蛋白分子恒定區(qū)中多個(gè)部分連同另一人類蛋白或其部分的融合蛋白或多肽。在許多情況下，使用免疫球蛋白Fc區(qū)作為融合蛋白或多肽的一部分對(duì)于用于引起(例如)藥代動(dòng)力學(xué)特性改良的治療和診斷中是有利的(例如，參看國(guó)際專利申請(qǐng)案EP-A02322621)。另一方面，對(duì)于某些用途而言，需要能夠在表達(dá)、檢測(cè)和純化融合蛋白或多肽之后缺失Fc部分。預(yù)期可從表皮葡萄球菌分離或如本文所述重組制備表皮葡萄球菌多肽。c.表皮葡萄球菌聚核苷酸和多肽變異體如下文所使用的術(shù)語(yǔ)"變異體"是一種分別不同于參考聚核苷酸或多肽但保持基本特性的聚核苷酸或多肽。聚核苷酸的典型變異體的核苷酸序列與另一參考聚核苷酸的核苷酸序列不同。所述變異體核苷酸序列的改變可能改變或可能不改變由參考聚核苷酸編碼的多肽的氨基酸序列。如下文所討論，核苷酸改變可導(dǎo)致由參考序列編碼的多肽中氨基酸取代、添加、缺失、融合和截?cái)?。多肽的典型變異體的氨基酸序列與另一參考多肽的氨基酸序列不同。一般會(huì)對(duì)差異加以限制，從而使參考多肽和變異體的全部序列緊密類似且在許多區(qū)域中相同。變異體多肽與參考多肽的不同之處可在于氨基酸序列中一個(gè)或多個(gè)取代、添加、缺失的任何組合。經(jīng)取代或插入的氨基酸殘基可能是或可能不是遺傳密碼所編碼的氨基酸殘基。聚核苷酸或多肽的變異體可天然存在，諸如等位基因變異體；或者其可為并未已知天然存在的變異體?？赏ㄟ^突變誘發(fā)技術(shù)或通過直接合成制得聚核苷酸和多肽的非天然存在的變異體。如此項(xiàng)技術(shù)中已知，"同一性"是如通過比較兩個(gè)或兩個(gè)以上多肽序列或兩個(gè)或兩個(gè)以上聚核苷酸序列所確定的所述序列之間的關(guān)系。在此項(xiàng)技術(shù)中，"同一性"還指，視情況如通過匹配多肽或聚核苷酸序列鏈所確定的所述序列之間的序列相關(guān)程度?？赏ㄟ^已知方法容易地計(jì)算"同一性"和"相似度"，所述方法包括(但不限于)(ComputationalMolecularBiology,Lesk,A.M.，編輯，OxfordUniversityPress,NewYork,1988;Biocomputing:InformaticsandGenomeProjects,Smith,D.W.，編輯,AcademicPress,NewYork,1993;ComputerAnalysisofSequenceData,第I部，Griffin,A.M.和Griffin,H.G.，編輯，HumanaPress,NewJersey,1994;SequenceAnalysisinMolecularBiology,vonHeinje，G,AcademicPress,1987;禾口SequenceAnalysisPrimer,Gribskov,M.和Devereux，J.，編輯，MStocktonPress,NewYork,1991;禾卩Carillo,H.和Lipman，D.，SIAMJ.AppliedMath,，48:1073(1988))中所述的方法。設(shè)計(jì)測(cè)定同一性的方法以得到經(jīng)測(cè)試序列之間的最大匹配。將測(cè)定同一性和相似度的方法編程成為公開可用的計(jì)算機(jī)程序。測(cè)定兩個(gè)序列之間的同一性和相似度的計(jì)算機(jī)程序方法包括(但不限于)GCG程序包(Devereux等人,版k!.c>4"'&ie廳rc/z12(1):387,1984)、BLASTP、BLASTN、TBLASTN和FASTA(Altschul等人，,MoZec.215:403-410,1990)。BLASTX程序是從NCBI和其它來源公開可用(BLASTManual,Altschul,S.等人，NCBINLMNIHBethesda，Md.20894;Altschul等人，丄MoZec.￡z'o/.215:403-410,1990)。眾所周知的Sm池-Waterman算法也可用于測(cè)定同一性。舉例說來，本文所述的聚核苷酸序列可與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的參考序列相同，即100%相同；或如與參考序列相比較，其可包括至多特定整數(shù)個(gè)數(shù)的核苷酸變化。所述變化選自由至少一個(gè)核苷酸缺失、取代(包括轉(zhuǎn)換和顛換)或插入組成的群組，且其中所述變化可發(fā)生于參考核苷酸序列的5'或3'末端位置，或所述末端位置之間的任何地方，獨(dú)立地分散于參考序列中的核苷酸之間或參考序列內(nèi)一個(gè)或多個(gè)相鄰基團(tuán)中。通過使SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一中的核苷酸總數(shù)乘以個(gè)別同一性百分?jǐn)?shù)的數(shù)字百分?jǐn)?shù)(除以100),并以所述SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的核苷酸總數(shù)減去所述乘積來確定核苷酸變化數(shù)。舉例說來，經(jīng)分離的表皮葡萄球菌聚核苷酸包含與SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一、其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列具有至少70%同一性的聚核苷酸序列，其中所述聚核苷酸序列可包括SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的核酸序列的整個(gè)聚核苷酸區(qū)域內(nèi)至多nn個(gè)核酸變化，其中Iln為最大變化數(shù)，且其是通過下式計(jì)算nn5xn-(xn'y),其中，Xn為SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的核酸總數(shù)，且y值為0.70，其中將Xn與y的任何非整數(shù)乘積都四舍五入成最接近的整數(shù)，隨后用Xn減去所述乘積。當(dāng)然，y值也可為0.80(80%)、0.85(85%)、0.90(,)、0.95(95%)等。編碼SEQIDNO:1到SEQIDNO:32中的一個(gè)多肽的聚核苷酸序列的變化可在這一編碼序列中產(chǎn)生無(wú)義、錯(cuò)義或移碼突變，且因此改變由所述變化后的聚核苷酸編碼的多肽。類似地，本文所述的多肽序列可與SEQIDNO:1到SEQIDNO:32的參考序列相同，即100%相同；或如與參考序列相比較，其可包括至多特定整數(shù)個(gè)數(shù)的氨基酸變化，從而使同一性％小于100%。所述變化選自由至少一個(gè)氨基酸缺失、取代(包括保守和非保守取代)或插入組成的群組，且其中所述變化可發(fā)生于參考多肽序列的氨基末端或羧基末端位置，或所述末端位置之間的任何地方，獨(dú)立地分散于參考序列中的氨基酸之間或參考序列內(nèi)一個(gè)或多個(gè)相鄰基團(tuán)中。通過使SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一中的氨基酸總數(shù)乘以個(gè)別同一性百分?jǐn)?shù)的數(shù)字百分?jǐn)?shù)(除以100)，且隨后以所述SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸總數(shù)減去所述乘積或以下式來確定指定同一性％下氨基酸的變化數(shù)naSxa-(Xa'y)，其中，na為氨基酸變化的數(shù)量，Xa為SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸總數(shù)，且y為(例如)0.70(70%)、0.80(80%)、0.85(85%)等，且其中將Xa與y的任何非整數(shù)乘積四舍五入成最接近的整數(shù)，隨后用Xa減去所述乘積。D.載體、宿主細(xì)胞和重組表皮葡萄球菌多肽在一實(shí)施例中，本發(fā)明提供包含ORF聚核苷酸的表達(dá)載體，所述ORF聚核苷酸編碼用于免疫原性組合物中的表皮葡萄球菌多肽。表皮葡萄球菌表達(dá)載體包含編碼表皮葡萄球菌多肽的ORF聚核苷酸，所述表皮葡萄球菌多肽包含SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸殘基序列?；蛘?，表達(dá)載體包含具有SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的核苷酸堿基序列的聚核苷酸。在其它實(shí)施例中，本發(fā)明的表達(dá)載體包含可操作地連接到增強(qiáng)子-啟動(dòng)子的聚核苷酸。在其它實(shí)施例中，表達(dá)載體包含可操作地連接到原核啟動(dòng)子的聚核苷酸?；蛘撸磉_(dá)載體包含可操作地連接到為真核啟動(dòng)子的增強(qiáng)子-啟動(dòng)子的聚核苷酸。表達(dá)載體另外包含定位于羧基端氨基酸的3'處且在經(jīng)編碼多肽的轉(zhuǎn)錄單元內(nèi)的聚腺苷酸化信號(hào)。原核生物中蛋白質(zhì)的表達(dá)最常是在大腸桿菌中以含有引導(dǎo)融合或非融合蛋白表達(dá)的組成性或可誘導(dǎo)啟動(dòng)子的載體進(jìn)行。融合載體將多個(gè)氨基酸添加到其中編碼的蛋白質(zhì)上，通常添加到重組蛋白的氨基端。所述融合載體通常用于三個(gè)目的1)增加重組蛋白的表達(dá)；2)增加重組蛋白的溶解性；和3)通過充當(dāng)親和純化中的配體來輔助重組蛋白的純化。通常，在融合表達(dá)載體中，在融合部分與重組蛋白的接合處引入蛋白水解分裂位點(diǎn)，以使重組蛋白與融合部分能夠分離，隨后進(jìn)行融合蛋白的純化。所述酶和其同源識(shí)別序列包括因子Xa、凝血酶和腸激酶。典型的融合表達(dá)載體包括pGEX(PharmaciaBiotechInc;Smith禾[lJohnson,Ge"e67:31-40,1988)、pMAL(NewEnglandBiolabs，Beverly;MA)和pRIT5(Pharmacia,Piscataway,NJ)，其將谷胱甘肽S轉(zhuǎn)移酶(GST)、麥芽糖E結(jié)合蛋白或蛋白A分別與目標(biāo)重組蛋白融合。在一實(shí)施例中，將表皮葡萄球菌聚核苷酸的編碼序列克隆到pGEX表達(dá)載體中以產(chǎn)生編碼融合蛋白的載體，所述融合蛋白從N末端到C末端包含GST-凝血酶分裂位點(diǎn)-表皮葡萄球菌多肽?？墒褂霉入赘孰?瓊脂糖樹脂通過親和色譜純化融合蛋白。未與GST融合的重組表皮葡萄球菌多肽可通過用凝血酶分裂融合蛋白來進(jìn)行回收。適當(dāng)?shù)目烧T導(dǎo)非融合型大腸桿菌表達(dá)載體的實(shí)例包括pTrc(Amann等人，Gene69:301-315,1988)、pETlid(Studier等人，"GeneExpressionTechnology"Mef/ioA￡>U)woZog;y185,60-89,1990)、pBAD和pCRT7。pTrc載體的目標(biāo)基因表達(dá)依賴于從雜交體trp-lac融合啟動(dòng)子的宿主RNA聚合酶轉(zhuǎn)錄。pETlid載體的目標(biāo)基因表達(dá)依賴于由共表達(dá)的病毒RNA聚合酶J7gnl介導(dǎo)的從T7gnlO-lac融合啟動(dòng)子起始的轉(zhuǎn)錄。這一病毒聚合酶是由具有處于lacUV5啟動(dòng)子轉(zhuǎn)錄控制下的T7gnl基因的常駐原噬菌體(residentprophage)的宿主菌株BL21(DE3)或HMSI74(DE3)提供。一種使大腸桿菌中重組蛋白的表達(dá)最大化的策略是，在具有削弱的蛋白水解分裂重組蛋白的能力的宿主細(xì)菌中表達(dá)蛋白質(zhì)。另一策略是，改變待插入表達(dá)載體中的核酸的核酸序列，從而使每一氨基酸的個(gè)別密碼子都是大腸桿菌中優(yōu)先利用的密碼子。所述本發(fā)明核酸序列的變化可通過標(biāo)準(zhǔn)DNA突變誘發(fā)或合成技術(shù)進(jìn)行。在另一實(shí)施例中，表皮葡萄球菌聚核苷酸表達(dá)載體為酵母表達(dá)載體。用于在酵母釀酒酵母(S.cerev/w'ae)中表達(dá)的載體的實(shí)例包括pYepSecI(Baldari等人，EmboJ，6:第229-234頁(yè)，1987)、pMFa(Kurjan禾QHerskowitz,Cell，第933-943頁(yè)，1982)、pJRY88(Schultz等人,Gene，54:第113-123頁(yè)，1987)禾口pYES2(InvitrogenCorporation,SanDiego，CA)?；蛘撸稍诶ハx細(xì)胞中(例如)使用桿狀病毒表達(dá)載體表達(dá)表皮葡萄球菌聚核苷酸。可用于在所培養(yǎng)的昆蟲細(xì)胞(例如，Sf9細(xì)胞)中表達(dá)蛋白質(zhì)的桿狀病毒載體包括pAc系列(Smith等人，MolCellBiol，3:第2156-2165頁(yè),1983)和pVL系列(Lucklow和Summers,Virology,170:第31-39頁(yè)，1989)。在另一實(shí)施例中，本發(fā)明的核酸是在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中使用哺乳動(dòng)物表達(dá)載體進(jìn)行表達(dá)。哺乳動(dòng)物表達(dá)載體的實(shí)例包括pCDM8(Seed，Nature,329:第840頁(yè)，1987)和pMT2PC(Kaufman等人，EMBOJ，6:第187-195頁(yè)，1987)。當(dāng)用于哺乳動(dòng)物細(xì)胞中時(shí)，表達(dá)載體的控制功能通常是由病毒調(diào)控元件提供。如下文所使用，啟動(dòng)子是通常在轉(zhuǎn)錄起始點(diǎn)(即，轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn))前(上游)約100個(gè)核苷酸對(duì)以內(nèi)的DNA分子區(qū)域。這一區(qū)域通常含有在不同基因中位于類似相對(duì)位置中的數(shù)類DNA序列元件。如下文所使用，術(shù)語(yǔ)"啟動(dòng)子"包括此項(xiàng)技術(shù)中稱為通用真核RNA聚合酶II轉(zhuǎn)錄單元的上游啟動(dòng)子區(qū)、啟動(dòng)子區(qū)或啟動(dòng)子的物質(zhì)。另一類不連續(xù)轉(zhuǎn)錄調(diào)控序列元件是增強(qiáng)子。增強(qiáng)子對(duì)特定編碼區(qū)(例如，基因)提供時(shí)間、位置和表達(dá)水平的特異性。增強(qiáng)子的主要功能是增加細(xì)胞中含有一個(gè)或多個(gè)與所述增強(qiáng)子結(jié)合的轉(zhuǎn)錄因子的編碼序列的轉(zhuǎn)錄水平。與啟動(dòng)子不同，只要存在啟動(dòng)子，那么當(dāng)增強(qiáng)子位于距離轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)不定距離處時(shí)都可起作用。如下文所使用，短語(yǔ)"增強(qiáng)子-啟動(dòng)子"意思是含有增強(qiáng)子元件與啟動(dòng)子元件的復(fù)合單元。增強(qiáng)子-啟動(dòng)子可操作地連接到編碼至少一種基因產(chǎn)物的編碼序列。如下文所使用，短語(yǔ)"可操作地連接"意思是，增強(qiáng)子-啟動(dòng)子是以使所述編碼序列的轉(zhuǎn)錄受所述增強(qiáng)子-啟動(dòng)子控制和調(diào)控的方式與編碼序列連接。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知使增強(qiáng)子-啟動(dòng)子與編碼序列可操作地連接的方式。如此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知，相對(duì)于轉(zhuǎn)錄受控制的編碼序列的精確方向和位置特別視增強(qiáng)子-啟動(dòng)子的特殊性質(zhì)而定。因此，TATA框的最小啟動(dòng)子通常位于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游約25個(gè)到約30個(gè)堿基對(duì)處，且上游啟動(dòng)子元件通常位于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游約100個(gè)到約200個(gè)堿基對(duì)處。相比之下，增強(qiáng)子可位于起始位點(diǎn)下游且可在距離所述位點(diǎn)合理的距離處。用于本文所述的載體構(gòu)建體中的增強(qiáng)子-啟動(dòng)子可為驅(qū)動(dòng)待轉(zhuǎn)染的細(xì)胞中的表達(dá)的任何增強(qiáng)子-啟動(dòng)子。通過使用具有眾所周知的特性的增強(qiáng)子-啟動(dòng)子，可使基因產(chǎn)物的表達(dá)水平和模式最佳化。舉例說來，常用啟動(dòng)子是得自多瘤病毒、腺病毒2、巨細(xì)胞病毒和猿猴病毒40。關(guān)于其它用于原核和真核細(xì)胞的適當(dāng)表達(dá)系統(tǒng)請(qǐng)參看Sambrook等人，"MolecularCloning:ALaboratoryManual"第2版，ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,1989第16章和第17章，所述文獻(xiàn)是以引用的方式并入下文。在另一實(shí)施例中，重組哺乳動(dòng)物表達(dá)載體能夠引導(dǎo)核酸優(yōu)先在特定細(xì)胞類型中表達(dá)(例如，組織特異性調(diào)控元件用于表達(dá)核酸)。此項(xiàng)技術(shù)中已知組織特異性調(diào)控元件。適當(dāng)組織特異性啟動(dòng)子的非限制性實(shí)例包括白蛋白啟動(dòng)子(肝臟特異性；Pinkert等人，GenesDev,1:第268-277頁(yè)，1987)、淋巴特異性啟動(dòng)子(Calame和Eaton,AdvImmunol,43:第235-275頁(yè)，1988)(尤其是T細(xì)胞受體(Winoto和Baltimore,EMBOJ，8:第729-733頁(yè)，1989)和免疫球蛋白(Banerji等人，Cell,33:第729-740頁(yè)，1983)(Queen和Baltimore,Cell,33:第741-748頁(yè)，1983)的啟動(dòng)子)、神經(jīng)元特異性啟動(dòng)子(例如，神經(jīng)絲啟動(dòng)子；Byrne和Ruddle,PNAS，86:第5473-5477頁(yè)，1989)、胰腺特異性啟動(dòng)子(Edlund等人,Science,230:第912-916頁(yè)，1985)和乳腺特異性啟動(dòng)子(例如,乳清啟動(dòng)子；美國(guó)專利4,873,316和國(guó)際專利申請(qǐng)案EP264,166)。也涵蓋發(fā)育調(diào)控的啟動(dòng)子，例如鼠類hox啟動(dòng)子(Kessel和Gruss,Science,249:第374-379頁(yè)，1990)和甲胎蛋白啟動(dòng)子(Campes和Tilghman,GenesDev，3:第537-546頁(yè)，1989)。本文還提供一種重組表達(dá)載體，其包含以反義方向克隆到表達(dá)載體中的編碼表皮葡萄球菌多肽的DNA分子。也就是說，DNA分子以允許與表皮葡萄球菌mRNA反義的RNA分子表達(dá)(通過轉(zhuǎn)錄DNA分子)的方式與調(diào)控序列可操作地連接?？蛇x擇可操作地連接到以反義方向克隆的核酸的調(diào)控序列，其引導(dǎo)反義RNA分子在多種細(xì)胞類型中連續(xù)表達(dá)。舉例說來，可選擇引導(dǎo)反義RNA組成性、組織特異性或細(xì)胞類型特異性表達(dá)的病毒啟動(dòng)子和/或增強(qiáng)子或調(diào)控序列。反義表達(dá)載體可為反義核酸是在高效調(diào)控區(qū)的控制下產(chǎn)生的重組質(zhì)粒、噬菌?；驕p毒病毒的形式，其活性可通過引入載體的細(xì)胞類型確定。可將本文所述的重組表達(dá)載體插入到任何適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞中。術(shù)語(yǔ)"宿主細(xì)胞"與"重組宿主細(xì)胞"在下文中可互換使用。應(yīng)了解，所述術(shù)語(yǔ)不僅是指特定的受試者細(xì)胞，而且也指所述細(xì)胞的后代或可能的后代。由于在隨后的數(shù)代中因突變或環(huán)境影響而可能出現(xiàn)某些改變，故實(shí)際上，所述后代可能與親代細(xì)胞不同，但仍包括于如下文所使用的術(shù)語(yǔ)的范圍內(nèi)。宿主細(xì)胞可為任何原核或真核細(xì)胞。舉例說來，表皮葡萄球菌多肽可在細(xì)菌細(xì)胞(諸如，大腸桿菌)、昆蟲細(xì)胞(諸如Sf9、Sf21)、酵母或哺乳動(dòng)物細(xì)胞(諸如，中國(guó)倉(cāng)鼠卵巢細(xì)胞(CHO)、VERO、雞胚成纖維細(xì)胞(chickembryofibroblast)、BHK細(xì)胞或COS細(xì)胞)中表達(dá)。所屬領(lǐng)域技術(shù)人員已知其它適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞。載體DNA是通過常規(guī)轉(zhuǎn)化、感染或轉(zhuǎn)染技術(shù)引入原核或真核細(xì)胞。如下文所使用，術(shù)語(yǔ)"轉(zhuǎn)化"和"轉(zhuǎn)染"旨在是指將外來核酸(例如，DNA)引入宿主細(xì)胞中的各種技術(shù)公認(rèn)的技術(shù)，包括磷酸鈣或氯化鈣共沉淀、DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染、脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染(lipofectioii)、超聲波處理或電穿孔。用于轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染宿主細(xì)胞的適當(dāng)方法可見于Sambrook等人("MolecularCloning:ALaboratoryManual"第2版，ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY，1989)和其它實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)中。使用本文所述的宿主細(xì)胞(諸如培養(yǎng)中的原核或真核宿主細(xì)胞)產(chǎn)生(即，表達(dá))表皮葡萄球菌多肽。因此，本文也描述使用所述宿主細(xì)胞產(chǎn)生表皮葡萄球菌多肽的方法。在一實(shí)施例中，所述方法包含在適當(dāng)培養(yǎng)基中培養(yǎng)宿主細(xì)胞(其中已引入編碼表皮葡萄球菌多肽的重組表達(dá)載體)直到產(chǎn)生表皮葡萄球菌多肽。在另一實(shí)施例中，所述方法另外包含將表皮葡萄球菌多肽從培養(yǎng)基或宿主細(xì)胞中分離。使表達(dá)載體的編碼序列可操作地連接到轉(zhuǎn)錄終止區(qū)。RNA聚合酶經(jīng)由發(fā)生聚腺苷酸化的位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄編碼DNA序列。通常，位于聚腺苷酸化位點(diǎn)下游數(shù)百堿基對(duì)處的DNA序列用于終止轉(zhuǎn)錄。這些DNA序列在下文中被稱為轉(zhuǎn)錄終止區(qū)。這些區(qū)域?yàn)橛行Ь巯佘账峄?jīng)轉(zhuǎn)錄信使RNA(mRNA)所必需。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知轉(zhuǎn)錄終止區(qū)。所述轉(zhuǎn)錄終止區(qū)的實(shí)例為SV40和魚精蛋白基因的聚腺苷酸化信號(hào)。表達(dá)載體包含編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸。所述多肽意欲包括編碼表皮葡萄球菌多肽的核苷酸堿基序列，所述表皮葡萄球菌多肽的長(zhǎng)度足以使所述區(qū)段與編碼非表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸區(qū)段相區(qū)別。所述多肽還可編碼生物功能性多肽或肽，其具有諸如具有基于(諸如)所交換的氨基酸的相對(duì)水合得分的考慮因素而選擇的改變的變異體氨基酸序列。這些變異體序列是從天然來源分離或使用諸如定點(diǎn)突變誘發(fā)的突變誘發(fā)程序在下文所公開的序列中誘導(dǎo)的序列。在某些實(shí)施例中，本文所述的表達(dá)載體包含編碼多肽的聚核苷酸，所述多肽包含SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸殘基序列。表達(dá)載體可包括上文所示的任何表皮葡萄球菌多肽的表皮葡萄球菌多肽編碼區(qū)本身，或者其可含有在所述表皮葡萄球菌多肽的基礎(chǔ)編碼區(qū)中具有所選變化或修飾的編碼區(qū)?；蛘?，所述載體或片段可編碼較大多肽或仍包括基礎(chǔ)編碼區(qū)的多肽。在任何情況下，都應(yīng)了解，歸因于密碼子冗余和生物功能的等效性，這一方面不限于與上文所示的多肽序列對(duì)應(yīng)的特定DNA分子。示范性載體包括pCMV家族的哺乳動(dòng)物表達(dá)載體，包括pCMV6b和pCMV6c(ChironCorp.,EmeryvilleCA.)。在某些情況下且尤其在這些個(gè)別哺乳動(dòng)物表達(dá)載體的情況下，所得構(gòu)建體可能必需與含有諸如pSV2neo的可選擇標(biāo)記的載體共轉(zhuǎn)染。通過共轉(zhuǎn)染到二氫葉酸還原酶缺陷型中國(guó)倉(cāng)鼠卵巢細(xì)胞系(諸如DG44)中，依靠并入所述表達(dá)載體中的DNA表達(dá)表皮葡萄球菌多肽的克隆可得以檢測(cè)?？赏ㄟ^多種此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知的技術(shù)將DNA分子并入載體中。舉例說來，已證實(shí)載體pUC18對(duì)于克隆和表達(dá)基因特別有價(jià)值。同樣，可在本發(fā)明的某些實(shí)施例中、尤其是在進(jìn)行雙脫氧測(cè)序時(shí)使用相關(guān)載體M13mpl8和M13mpl9。本文所述的表達(dá)載體可用作制備大量表皮葡萄球菌多肽編碼DNA本身的方式，而且也可用作制備經(jīng)編碼多肽和肽的方式。預(yù)期當(dāng)以重組方式制得表皮葡萄球菌多肽時(shí)，可使用原核或真核表達(dá)載體作為穿梭系統(tǒng)(shuttlesystem)。另一方面，重組宿主細(xì)胞為原核宿主細(xì)胞。本發(fā)明的重組宿主細(xì)胞優(yōu)選為大腸桿菌(&c/zen'c/u'aco")DH5a菌株的細(xì)菌細(xì)胞。一般說來，優(yōu)選原核生物起始克隆DNA序列并構(gòu)建可用于本發(fā)明中的載體。舉例說來，大腸桿菌K12菌株可特別有用?？墒褂玫钠渌⑸锞臧╢i.co/!'B和￡.co"'x1976(ATCC編號(hào)31537)。當(dāng)然，這些實(shí)例旨在進(jìn)行說明而非限制。可使用上文所提及的菌株，和大腸桿菌W3110(ATCC編號(hào)273325)、大腸桿菌BL21(DE3)、大腸桿菌ToplO;桿狀菌(&d〃/),諸如枯草芽胞桿菌(Bad〃wrato7");或其它腸桿菌(enterobacteriaceae)，諸如鼠傷寒沙門氏菌(5Wmo"e〃arjW"'mwn^m)(或如美國(guó)專利4,837,15中所述的其它減毒沙門氏菌屬菌株)或粘質(zhì)沙雷氏菌(&rra^marc"顯)和各種假單胞菌屬。一般說來，含有得自與宿主細(xì)胞可相容的種屬的復(fù)制子和控制序列的質(zhì)粒載體可與這些宿主組合使用。所述載體通常具有復(fù)制位點(diǎn)和能夠在經(jīng)轉(zhuǎn)化細(xì)胞中提供表型選擇的標(biāo)記序列。舉例說來，可使用pBR322(即，一種得自大腸桿菌種屬的質(zhì)粒)轉(zhuǎn)化大腸桿菌(Bolivar等人，1977)。pBR322含有用于氨比西林(ampicillin)和四環(huán)素(tetracycline)抗性的基因，且因此提供鑒別經(jīng)轉(zhuǎn)化細(xì)胞的簡(jiǎn)便方式。pBR質(zhì)?；蚱渌⑸镔|(zhì)?；蚴删w也必須含有或經(jīng)修飾而含有可由微生物生物體用于表達(dá)其自身多肽的啟動(dòng)子。最常用于重組DNA構(gòu)建中的那些啟動(dòng)子包括J3-內(nèi)酰胺酶(青霉素酶)和乳糖啟動(dòng)子系統(tǒng)(Chang等人，1978;Itakura.等人，1977;Goeddel等人，1979;Goeddel等人，1980)和色氨酸(TRP)啟動(dòng)子系統(tǒng)(EP0036776;Siebwenlist等人，1980)。盡管這些啟動(dòng)子最常使用，但已發(fā)現(xiàn)并利用其它微生物啟動(dòng)子，且己公開有關(guān)其核苷酸序列的細(xì)節(jié)，使得所屬領(lǐng)域技術(shù)人員能夠?qū)⒐δ苄詥?dòng)子引入質(zhì)粒載體中(Siebwenlist等人，1980)。除原核生物外，還可使用真核微生物，諸如酵母。釀酒酵母或普通面包酵母是最常用的真核微生物，但許多其它菌株通?？捎谩?duì)于酵母菌中的表達(dá)而言，例如，通常使用質(zhì)粒YRp7(Stinchcomb等人，1979;Kingsman等人，1979;Tschemper等人，1980)。這一質(zhì)粒已含有trpl基因，其提供用于缺乏在色氨酸中生長(zhǎng)的能力的酵母突變體菌株(例如，ATCC編號(hào)44076或PEP4-1)的選擇標(biāo)記(Jones,1977)。隨后，作為酵母宿主細(xì)胞基因組特征的trpl損傷的存在為通過不存在色氨酸時(shí)的生長(zhǎng)檢測(cè)轉(zhuǎn)化提供有效環(huán)境。酵母載體中的適當(dāng)啟動(dòng)子序列包括用于3-磷酸甘油酸激酶(Hitzeman.等人，1980)或其它糖酵解酶(Hess等人，1968;Holland等人，1978)(諸如烯醇酶、甘油醛-3-磷酸脫氫酶、己糖激酶、丙酮酸脫羧酶、磷酸果糖激酶、葡萄糖-6-磷酸異構(gòu)酶、3-磷酸甘油酸變位酶、丙酮酸激酶、磷酸丙糖異構(gòu)酶、磷酸葡糖異構(gòu)酶和葡糖激酶)的啟動(dòng)子。在構(gòu)建適當(dāng)表達(dá)質(zhì)粒時(shí)，也將與這些基因有關(guān)的終止序列引入待表達(dá)序列下游的表達(dá)載體中，以使mRNA聚腺苷酸化和終止。具有轉(zhuǎn)錄受生長(zhǎng)條件控制的其它優(yōu)勢(shì)的其它啟動(dòng)子為用于醇脫氫酶2、異細(xì)胞色素C(isocytochromeC)、酸性磷酸酶、與氮代謝有關(guān)的降解酶和上文提及的甘油醛-3-磷酸脫氫酶和負(fù)責(zé)麥芽糖和半乳糖利用的酶的啟動(dòng)子區(qū)。含有酵母可相容啟動(dòng)子、復(fù)制起點(diǎn)和終止序列的任何質(zhì)粒載體都是適合的。除微生物外，還可將得自多細(xì)胞生物體的細(xì)胞的培養(yǎng)物用作宿主。原則上，任何所述細(xì)胞培養(yǎng)物都可使用，無(wú)論是來自脊椎動(dòng)物還是來自非脊椎動(dòng)物的培養(yǎng)物。然而，脊椎動(dòng)物細(xì)胞己引起極大興趣，且近年來，用培養(yǎng)(組織培養(yǎng))使脊椎動(dòng)物細(xì)胞繁殖已變成常規(guī)程序。所述有用的宿主細(xì)胞系的實(shí)例為AtT-20、VERO、HeLa、NSO、PERC6、中國(guó)倉(cāng)鼠卵巢(CHO)細(xì)胞系和W138、BHK、COSM6、COS-7、293和MDCK細(xì)胞系。用于所述細(xì)胞的表達(dá)載體通常包括(必要時(shí))復(fù)制起點(diǎn)、位于待表達(dá)的基因上游的啟動(dòng)子連同任何必需的核糖體結(jié)合位點(diǎn)、RNA剪接位點(diǎn)、聚腺苷酸化位點(diǎn)和轉(zhuǎn)錄終止子序列。在需要表達(dá)重組表皮葡萄球菌多肽且涵蓋真核宿主的情況下，使用并有真核復(fù)制起點(diǎn)的載體(諸如質(zhì)粒)是最合乎需要的。此外，出于在真核系統(tǒng)中表達(dá)的目的，需要將表皮葡萄球菌編碼序列定位于鄰近+.o且處于有效的真核啟動(dòng)子(諸如與中國(guó)倉(cāng)鼠卵巢細(xì)胞組合使用的啟動(dòng)子)控制下。為使編碼序列處于啟動(dòng)子(無(wú)論是真核啟動(dòng)子還是原核啟動(dòng)子)的控制下，必須將多肽的適當(dāng)翻譯閱讀框的翻譯起始區(qū)的5'端定位于距離所選啟動(dòng)子3'端或下游約l個(gè)與約50個(gè)核苷酸之間。而且，當(dāng)預(yù)期進(jìn)行真核表達(dá)時(shí)，通常需要將編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸并入轉(zhuǎn)錄單元中。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知用外源聚核苷酸(諸如DNA分子)轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染細(xì)胞的方式，且其包括諸如磷酸鈣介導(dǎo)或DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染、原生質(zhì)體融合、電穿孔、脂質(zhì)體介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染、直接顯微注射和腺病毒感染等技術(shù)(例如，參看Sambrook,Fritsch和Maniatis,1989)。最常用的方法是由磷酸鈣或DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染。盡管相關(guān)機(jī)制尚不明了，但認(rèn)為經(jīng)轉(zhuǎn)染DNA通過內(nèi)吞作用進(jìn)入細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)并轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞核中。視細(xì)胞類型而定，可在任一時(shí)間轉(zhuǎn)染多達(dá)90%的培養(yǎng)細(xì)胞集群。歸因于其高效率，由磷酸鈣或DEAE-葡聚糖介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染成為用于需要在大量細(xì)胞中瞬時(shí)表達(dá)外來DNA的實(shí)驗(yàn)的所選方法。磷酸鈣介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染也用于建立整合外來DNA拷貝的細(xì)胞系，所述DNA拷貝通常是以頭尾串聯(lián)陣列排列于宿主細(xì)胞基因組中。在原生質(zhì)體融合方法中，將得自細(xì)菌的具有大量所關(guān)注質(zhì)?？截惖脑|(zhì)體直接與所培養(yǎng)的哺乳動(dòng)物細(xì)胞混合。在細(xì)胞膜融合(通常使用聚乙二醇)后，將所述細(xì)菌的內(nèi)容物傳遞到哺乳動(dòng)物細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)中，且將質(zhì)粒DNA轉(zhuǎn)運(yùn)到細(xì)胞核中。對(duì)于瞬時(shí)表達(dá)檢定常用的許多細(xì)胞系而言，原生質(zhì)體融合不如轉(zhuǎn)染有效，但其對(duì)于DNA內(nèi)吞作用不能有效發(fā)生的細(xì)胞系有用。原生質(zhì)體融合經(jīng)常得到多個(gè)串聯(lián)整合于宿主染色體中的質(zhì)粒DNA拷貝。將簡(jiǎn)短、高電壓電子脈沖施加于多種哺乳動(dòng)物和植物細(xì)胞會(huì)導(dǎo)致在質(zhì)膜中形成納米尺寸的孔。使DNA通過這些孔或因伴隨所述孔封閉的膜組份再分布而直接進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)中。電穿孔可極為有效，且可用于瞬時(shí)表達(dá)經(jīng)克隆基因和用于建立攜帶己整合的所關(guān)注基因拷貝的細(xì)胞系。相比磷酸鈣介導(dǎo)的轉(zhuǎn)染和原生質(zhì)體融合，電穿孔經(jīng)常使細(xì)胞系攜帶一個(gè)或至多數(shù)個(gè)已整合的外來DNA拷貝。脂質(zhì)體轉(zhuǎn)染涉及將DNA和RNA封裝于脂質(zhì)體內(nèi)，隨后使脂質(zhì)體與細(xì)胞膜融合。如何將DNA傳遞到細(xì)胞中的機(jī)制尚不明了，但轉(zhuǎn)染效率可高達(dá)90%。將DNA分子直接顯微注射到細(xì)胞核中具有不將DNA暴露給諸如低pH值內(nèi)體的細(xì)胞區(qū)室的優(yōu)勢(shì)。因此，顯微注射主要用作建立攜帶已整合的所關(guān)注DNA拷貝的細(xì)胞系的方法。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知使用腺病毒作為細(xì)胞轉(zhuǎn)染的載體。已關(guān)于多種細(xì)胞報(bào)導(dǎo)腺病毒載體介導(dǎo)的細(xì)胞轉(zhuǎn)染(Stratford-Perricaudet等人，1992)。經(jīng)轉(zhuǎn)染細(xì)胞可為原核或真核細(xì)胞。本發(fā)明的宿主細(xì)胞優(yōu)選原核宿主細(xì)胞。當(dāng)希望產(chǎn)生表皮葡萄球菌多肽時(shí)，經(jīng)培養(yǎng)的原核宿主細(xì)胞特別引人關(guān)注。本文還涵蓋一種制備表皮葡萄萄球菌多肽的工藝或方法，其包含用編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸轉(zhuǎn)化、轉(zhuǎn)染或感染細(xì)胞以產(chǎn)生經(jīng)轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞；和在足以表達(dá)所述多肽的生物學(xué)條件下維持所述經(jīng)轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞。在特定實(shí)施例中，經(jīng)轉(zhuǎn)化宿主細(xì)胞為原核細(xì)胞?；蛘撸鏊拗骷?xì)胞為真核細(xì)胞。更具體說來，原核細(xì)胞為大腸桿菌DH5-a菌株的細(xì)菌細(xì)胞?；蛘?，轉(zhuǎn)染到經(jīng)轉(zhuǎn)化細(xì)胞中的聚核苷酸包含SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的核酸序列。此外，使用上文所公開的表達(dá)載體實(shí)現(xiàn)轉(zhuǎn)染。用于所述工藝中的宿主細(xì)胞能夠表達(dá)功能性重組表皮葡萄球菌多肽。轉(zhuǎn)染后，在培養(yǎng)條件下維持所述細(xì)胞一段足以表達(dá)表皮葡萄球菌多肽的時(shí)間。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知培養(yǎng)條件，且其包括離子組成和濃度、溫度、pH值等。通常，在培養(yǎng)條件下于培養(yǎng)基中維持經(jīng)轉(zhuǎn)染細(xì)胞。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知用于各種細(xì)胞類型的適當(dāng)培養(yǎng)基。在某些實(shí)施例中，培養(yǎng)溫度為約20'C到約5(TC，更優(yōu)選約30'C到約40'C且甚至更優(yōu)選約37°C。pH值優(yōu)選為約6.0的值到約8.0的值、更優(yōu)選為約6.8的值到約7.8的值且最優(yōu)選為約7.4。摩爾滲透壓濃度優(yōu)選為約每升200毫滲克分子(mosm/L)到約400mosm/L且更優(yōu)選為約290mosm/L到約310mosm/L。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知轉(zhuǎn)染和表達(dá)經(jīng)編碼蛋白質(zhì)所需的其它生物學(xué)條件。將經(jīng)轉(zhuǎn)染細(xì)胞維持一段足以表達(dá)表皮葡萄球菌多肽的時(shí)間。適當(dāng)時(shí)間特別視所使用的細(xì)胞類型而定且易于由所屬領(lǐng)域技術(shù)人員確定。通常，維持時(shí)間為約2天到約14天。從經(jīng)轉(zhuǎn)染細(xì)胞或培養(yǎng)這些細(xì)胞的培養(yǎng)基中回收或收集重組表皮葡萄球菌多肽?；厥瞻蛛x和純化表皮葡萄球菌多肽。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知用于多肽的分離和純化技術(shù)，且其包括諸如沉淀、過濾、色譜、電泳等程序。E.免疫原性組合物本發(fā)明提供免疫原性組合物，其包含一或多種如下述實(shí)例中所述選擇的表皮葡萄球菌多肽和生理學(xué)上可接受的載劑。在某些實(shí)施例中，免疫原性組合物包含一或多種包含一或多個(gè)SEQIDNO:1到SEQIDNO:32的氨基酸殘基序列的表皮葡萄球菌多肽。在其它實(shí)施例中，本發(fā)明的免疫原性組合物包含編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸和生理學(xué)上可接受的載劑。舉例說來，本發(fā)明的免疫原性組合物包含含有一或多個(gè)SEQIDNO:1到SEQIDNO:32的氨基酸序列的表皮葡萄球菌多肽?；蛘?，免疫原性組合物包含含有一或多個(gè)SEQIDNO:33到SEQIDNO:64的核苷酸序列的聚核苷酸。使用多種測(cè)試評(píng)定本發(fā)明多肽的體外免疫原性。舉例說來，通過一起培育表皮葡萄球菌細(xì)胞、含有抗所討論的多肽的特異性抗體的熱滅活人類血清和外源補(bǔ)體源的混合物來進(jìn)行體外調(diào)理素檢定(opsonicassay)。調(diào)理吞噬是在培育新近分離的人類多形核細(xì)胞(PMN)和抗體/補(bǔ)體/葡萄球菌細(xì)胞混合物過程中進(jìn)行。調(diào)理吞噬后，包覆有抗體和補(bǔ)體的細(xì)菌細(xì)胞被殺死。通過用檢定混合物涂布平板來測(cè)定幸免于調(diào)理吞噬的存活細(xì)菌的集落形成單位(cfu)。如通過與檢定對(duì)照相比較所測(cè)定，將滴度報(bào)導(dǎo)為得到250%細(xì)菌殺死率的最大稀釋率的倒數(shù)。將在所測(cè)試的最低血清稀釋率(1:8)下證實(shí)小于50%殺死率的試樣報(bào)導(dǎo)為具有為4的OPA滴度。所測(cè)試的最大稀釋率為1:2560。以較高初始稀釋率開始，重復(fù)在最高稀釋率下具有250%殺死率的樣本。上述方法為Gray法(Gray,ConjugateVaccinesSupplement,第694-697頁(yè)，1990)的改進(jìn)方法。每一個(gè)別血清中都包括含有測(cè)試血清加細(xì)菌細(xì)胞和熱滅活補(bǔ)體的測(cè)試血清對(duì)照。所述對(duì)照是用于評(píng)定抗生素的存在或其它血清組份的存在是否能夠直接(即，不存在補(bǔ)體或PMN)殺死細(xì)菌菌株。將具有已知調(diào)理素滴度的人類血清用作陽(yáng)性人類血清對(duì)照。將每一未知血清的調(diào)理素抗體滴度都計(jì)算為與無(wú)血清的對(duì)照相比得到50%cfu降低的初始血清稀釋率的倒數(shù)。還使用全細(xì)胞ELISA檢定評(píng)定多肽抗原的體外免疫原性和表面暴露，其中將所關(guān)注的細(xì)菌菌株(表皮葡萄球菌)涂覆于諸如96孔板的平板上，且使來自免疫動(dòng)物的測(cè)試血清與細(xì)菌細(xì)胞反應(yīng)。如果對(duì)測(cè)試多肽抗原具特異性的任何抗體都可與多肽抗原表面暴露的抗原表位反應(yīng)，那么其可通過所屬領(lǐng)域技術(shù)人員已知的標(biāo)準(zhǔn)方法加以檢測(cè)。隨后，在體內(nèi)動(dòng)物激發(fā)模型中測(cè)試證實(shí)所需體外活性的任何多肽。在某些實(shí)施例中，通過所屬領(lǐng)域技術(shù)人員已知的免疫方法和途徑(例如，鼻內(nèi)、不經(jīng)腸、經(jīng)口、直腸、陰道、經(jīng)皮、腹膜內(nèi)、靜脈內(nèi)、皮下等)將免疫原性組合物用于動(dòng)物(例如，小鼠)免疫中。在用特定表皮葡萄球菌免疫原性組合物使動(dòng)物免疫后，用表皮葡萄球菌激發(fā)動(dòng)物，并檢定對(duì)表皮葡萄球菌感染的抗性。將表皮葡萄球菌聚核苷酸和多肽并入適于投與受試者(例如，人類)的免疫原性組合物中。所述組合物通常包含核酸分子或蛋白質(zhì)連同醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。如下文所使用，術(shù)語(yǔ)"醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑"旨在包括可與醫(yī)藥投藥相容的任何和所有溶劑、分散介質(zhì)、涂料、抗菌劑和抗真菌劑、等滲劑和吸收延遲劑等。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知醫(yī)藥活性物質(zhì)的所述介質(zhì)和試劑的使用。除非任何常規(guī)介質(zhì)或試劑與活性化合物不相容，否則所述介質(zhì)都可用于本發(fā)明的組合物中。也可將輔助活性化合物并入組合物中。對(duì)本發(fā)明的免疫原性組合物加以調(diào)配以使其與預(yù)期的投藥途徑相容。投藥途徑的實(shí)例包括不經(jīng)腸(例如，靜脈內(nèi)、皮內(nèi)、皮下、腹膜內(nèi))、經(jīng)粘膜(例如，經(jīng)口、直腸、鼻內(nèi)、陰道、呼吸)和經(jīng)皮(局部)。用于不經(jīng)腸、皮內(nèi)或皮下施用的溶液或懸浮液可包括以下組份無(wú)菌稀釋劑，諸如注射用水、生理鹽水溶液、非揮發(fā)性油、聚乙二醇、甘油、丙二醇或其它合成溶劑；抗菌劑，諸如苯甲醇或?qū)αu基苯甲酸甲酯；抗氧化劑，諸如抗壞血酸或亞硫酸氫鈉；螯合劑，諸如乙二胺四乙酸；緩沖劑，諸如乙酸鹽、檸檬酸鹽或磷酸鹽；和調(diào)節(jié)滲透壓的試劑，諸如氯化鈉或右旋糖?？捎弥T如鹽酸或氫氧化鈉的酸或堿調(diào)節(jié)pH值?？蓪⒉唤?jīng)腸制劑密封于由玻璃或塑料制成的安瓿、一次性注射器或多劑量瓶中。適于注射使用的醫(yī)藥組合物包括無(wú)菌水溶液(在水溶情況下)或分散液和用于臨時(shí)制備無(wú)菌可注射溶液或分散液的無(wú)菌粉末。對(duì)于靜脈內(nèi)投藥而言，適當(dāng)載劑包括生理鹽水、抑菌水、CremophorEL(BASF,Parsippany，NJ)或磷酸鹽緩沖生理鹽水(PBS)。在所有情況下，組合物都必須無(wú)菌且應(yīng)具有足夠流動(dòng)性以易于注射。其必須在制造和儲(chǔ)存條件下穩(wěn)定，且必須防止諸如細(xì)菌和真菌的微生物的污染作用。載劑可為含有例如水、乙醇、多元醇(例如，甘油、丙二醇和液態(tài)聚乙二醇等)和其適當(dāng)混合物的溶劑或分散介質(zhì)。舉例說來，可通過使用諸如卵磷脂的涂料、通過在分散液情況下維持所需粒度和通過使用表面活性劑來維持適當(dāng)?shù)牧鲃?dòng)性?？赏ㄟ^多種抗菌劑和抗真菌劑實(shí)現(xiàn)對(duì)于微生物作用的預(yù)防，所述抗菌劑和抗真菌劑例如為對(duì)羥基苯甲酸酯、氯丁醇、苯酚、抗壞血酸等。在許多情況下，組合物中包括例如糖、多元醇(諸如甘露醇、山梨醇)、氯化鈉的等滲劑?？赏ㄟ^在組合物中包括延遲吸收的試劑(例如，單硬脂酸鋁和明膠)來引起對(duì)于可注射組合物的延緩吸收?？赏ㄟ^將所需量的活性化合物(例如，表皮葡萄球菌多肽或抗表皮葡萄球菌抗體)并入具有上文所列舉的一種成分或成分組合的適當(dāng)溶劑中，視需要隨后過濾殺菌來制備無(wú)菌可注射溶液。一般說來，通過將活性化合物并入含有基礎(chǔ)分散介質(zhì)和所需來自上文所列舉的成分中的其它成分的無(wú)菌媒劑中來制備分散液。在用于制備無(wú)菌可注射溶液的無(wú)菌粉末的情況下，優(yōu)選的制備方法為真空干燥和冷凍干燥，其將得到活性成分加上來自其先前經(jīng)無(wú)菌過濾的溶液的任何其它所需成分的粉末。口服組合物一般包括惰性稀釋劑或可食用載劑?？蓪⑵涿芊庥诿髂z膠囊中或壓制成片劑。出于經(jīng)口治療投與的目的，可將活性化合物與賦形劑合并，并以片劑、錠劑或膠囊的形式使用。也可使用用作漱口藥的流體載劑制備口服組合物，其中所述流體載劑中的化合物是經(jīng)口施用且漱口并吐出或咽下?？砂ㄡt(yī)藥學(xué)上可相容的粘合劑和/或佐劑材料作為組合物的部分。片劑、丸劑、膠囊、錠劑等都可含有下述具有類似性質(zhì)的成分或化合物中的任一種粘合劑，諸如微晶纖維素、黃芪膠或明膠；賦形劑，諸如淀粉或乳糖；崩解劑，諸如褐藻酸、Primogel或玉米淀粉；潤(rùn)滑劑，諸如硬脂酸鎂或Sterotes;助流劑，諸如膠狀二氧化硅；甜味劑，諸如蔗糖或糖精；或調(diào)味劑，諸如薄荷油、水楊酸甲酯或橙類調(diào)味劑。對(duì)于吸入投藥而言，化合物是以氣霧劑噴霧形式從含有適當(dāng)推進(jìn)劑(例如，氣體，諸如二氧化碳)的加壓容器或分配器或噴霧器傳遞。全身投藥也可通過經(jīng)粘膜或經(jīng)皮方式進(jìn)行。對(duì)于經(jīng)粘膜或經(jīng)皮投藥而言，將適于透過屏障的滲透劑用于配方中。所述滲透劑一般為此項(xiàng)技術(shù)中所知，且包括(例如)用于經(jīng)粘膜投藥的清潔劑、膽汁鹽和梭鏈孢酸衍生物?？赏ㄟ^使用鼻噴霧或栓劑實(shí)現(xiàn)經(jīng)粘膜投藥。對(duì)于經(jīng)皮投藥而言，將活性化合物調(diào)配成如此項(xiàng)技術(shù)中一般己知的油膏、藥膏、凝膠或乳膏。還可制備栓劑(例如，具有常規(guī)栓劑基質(zhì)，諸如可可油和其它甘油酯)或保留灌腸劑形式的化合物以用于直腸傳遞。在一實(shí)施例中，將活性化合物與將保護(hù)化合物免于經(jīng)身體快速去除的載劑一起制備，諸如受控釋放配方，包括植入物和微膠囊傳遞系統(tǒng)?？墒褂蒙锟山到庑蜕锟上嗳菥酆衔铮T如乙烯乙酸乙烯酯、聚酸酐、聚乙醇酸、膠原蛋白、聚原酸酯和聚乳酸。制備所述配方的方法將為所屬領(lǐng)域技術(shù)人員顯而易見。所述材料也可從AlzaCorporation和NovaPharmaceuticals,Inc購(gòu)得。也可將脂質(zhì)體懸浮液(包括以具有抗病毒抗原的單克隆抗體的經(jīng)感染細(xì)胞為目標(biāo)的脂質(zhì)體)用作醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。這些懸浮液可根據(jù)所屬領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方法制備，例如，如美國(guó)專利4,522,811中所述，所述專利是以引用的方式并入下文中。將口服或不經(jīng)腸組合物調(diào)配成劑量單位形式對(duì)于簡(jiǎn)化投藥和使劑量均勻特別有利。如下文所使用的劑量單位形式是指適于作為整體劑量用于待治療的受試者的實(shí)體離散單位；每一單位都含有經(jīng)計(jì)算以產(chǎn)生所需治療作用的預(yù)定量的活性化合物以及所需醫(yī)藥載劑。本發(fā)明的劑量單位形式的規(guī)格是通過且直接視活性化合物的獨(dú)特特性和將達(dá)成的特殊治療作用和復(fù)合所述治療個(gè)體的活性化合物的技術(shù)的固有局限性而指示。通過包括兩種或兩種以上本發(fā)明的多肽，以及通過使一或多種本發(fā)明的多肽與一或多種己知的非表皮葡萄球菌多肽(諸如，金黃葡萄球菌多肽)組合來提供組合免疫原性組合物。下述十二種表皮葡萄球菌多肽序列SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:14、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:23、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27和SEQIDNO:30具有與來自金黃葡萄球菌的同源物具至少卯％同一性的多肽序列。因此，這十二種多肽也可用于對(duì)抗金黃葡萄球菌的免疫原性組合物中。此外，下述十二種編碼與金黃葡萄球菌同源物具有至少90%同一性的多肽的表皮葡萄球菌聚核苷酸序列也可用于免疫原性組合物中SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59和SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段。在其它實(shí)施例中，通過使一或多種本發(fā)明的多肽與一或多種已知的表皮葡萄球菌多糖或多糖-蛋白質(zhì)接合物組合來提供組合免疫原性組合物。例如，參看表皮葡萄球菌和金黃葡萄球菌莢膜多糖粘合素PNSG，即聚N-琥珀酰p-1-6N-乙酰葡糖胺(也稱為PIA、PS/A、PNAG)。參看Mckenney,D.等人，/w/e"./mmw".66:4711(1998)和Mckenney,D.等人，ScZen"284:1523(1998)，所述文獻(xiàn)的公開內(nèi)容都是以全文引用的方式并入本文中。在其它實(shí)施例中，通過使一或多種本發(fā)明的多肽與一或多種已知的金黃葡萄球菌多糖或金黃葡萄球菌多糖-蛋白質(zhì)接合物組合來提供組合免疫原性組合物。舉例說來，在12種已知的金黃葡萄球菌莢膜血清型中，血清型5(CP5)和血清型8(CP8)占所有臨床分離株的約85-90%。大部分耐甲氧西林(methicillin)金黃葡萄球菌分離株表達(dá)CP5。抗CP5和CP8的抗體通過人類中性多形核白細(xì)胞體外誘導(dǎo)類型特異性調(diào)理吞噬殺死作用，并且使動(dòng)物得到保護(hù)[Karakawa,W.W.,Sutton，A.等人，/n/ecf/m/mm56(5):1090-1095(1988);Fattom,A.I"Sarwar，J.等人，/n/ec"'on在/mmw"辦64(5):1659-1665(1996)]。一些實(shí)驗(yàn)室已合成由共價(jià)連接到蛋白質(zhì)的CP5和CP8組成的免疫原性接合物。這些接合物在小鼠和人類體內(nèi)具有高度免疫原性，且誘導(dǎo)調(diào)理微膠囊化金黃葡萄球菌吞噬作用的抗體[Fattom，A.，Schneerson，R等人，/"/ecf/臓wn61(3):1023-1032(1993);Gilbert,F.B.,Poutrel,B.等人，化ccz"e12(4):369-374(1994);Reynaud-Rondier，L，Voiland,A.等人，F(xiàn)EMSMicrobiolImmunol3(4):193-199(1991)]。含有接合到銅綠假單胞菌(尸wt^omonasa"Mg!'朋^)重組外毒素A的CP5的單價(jià)免疫原性組合物具免疫原性且在健康成人和晚期腎病患者體內(nèi)良好耐受[Welch,P.G，F(xiàn)attom，A.，Moore,J.Jr.等人，丄Am.Soc.W印/zroA7:247-253[Abstract](1996)]。在涉及接收血液透析的晚期腎病患者的雙盲試驗(yàn)中，由共價(jià)結(jié)合到銅綠假單胞菌重組外毒素A的CP5和CP8構(gòu)成的二價(jià)接合疫苗賦予對(duì)抗金黃葡萄球菌菌血癥的部分免疫性持續(xù)約40周，此后，保護(hù)作用隨抗體含量的降低而降低[Shinefield,H.，Black,S,等人，W/MeJ346(7):491-496(2002)]。這一試驗(yàn)的結(jié)果表明需要一種可有助于更廣泛和更完全保護(hù)的改良型免疫原性組合物。如上文所述，在某些實(shí)施例中，通過使一或多種本發(fā)明的多肽與一或多種已知的金黃葡萄球菌多糖-蛋白質(zhì)接合物組合來提供組合免疫原性組合物。碳水化合物-蛋白質(zhì)接合物的"蛋白質(zhì)組份"被稱為載體蛋白?？偟膩碚f，術(shù)語(yǔ)"載體蛋白"優(yōu)選為無(wú)毒且無(wú)致反應(yīng)性且可以充足量和純度獲得的蛋白質(zhì)。載體蛋白應(yīng)遵從標(biāo)準(zhǔn)接合程序。在本發(fā)明的特定實(shí)施例中，將CRM^7用作載體蛋白。CRMI97(Wyeth,Sanford，NC)是從在以酪蛋白氨基酸和酵母提取物為主的培養(yǎng)基中生長(zhǎng)的白喉?xiàng)U菌(Coo^e6a"eWMm^p/^er!'a)菌株C7((3197)培養(yǎng)物中分離的白喉毒素的無(wú)毒變異體(即，類毒素)。CRM^是通過超濾、硫酸銨沉淀和離子交換色譜加以純化。其它白喉類毒素也適用作載體蛋白。免疫原性組合物可另外包含佐劑，諸如鋁基佐劑，諸如磷酸鋁、硫酸鋁和氫氧化鋁。其它適當(dāng)?shù)妮d體蛋白包括已滅活的細(xì)菌毒素，諸如破傷風(fēng)類毒素、百日咳類毒素、霍亂類毒素(例如，如國(guó)際專利申請(qǐng)案WO2004/083251[38]中所述)、大腸桿菌LT、大腸桿菌ST和來自銅綠假單胞菌的外毒素A。也可使用細(xì)菌外膜蛋白，諸如外膜復(fù)合物c(OMPC)、孔蛋白(porin)、轉(zhuǎn)鐵結(jié)合蛋白(transferrinbindingprotein)、肺松解術(shù)(pneumolysis)、肺炎球菌表面蛋白A(PspA)、肺炎球菌粘附蛋白(PsaA)或流感嗜血桿菌(/7flemo;^'^!7z/ZMenzfle)蛋白D。也可將其它蛋白用作載體蛋白，諸如卵清蛋白、鑰孔血藍(lán)蛋白(keyholelimpethemocyanin，KLH)、胎牛血清白蛋白(BSA)或結(jié)核菌素的經(jīng)純化蛋白衍生物(PPD)。通過多種載體和表達(dá)系統(tǒng)將包含聚核苷酸的免疫原性組合物傳遞到接受者。所述系統(tǒng)包括染色體系統(tǒng)、附加體系統(tǒng)和得自病毒的系統(tǒng)，例如得自以下各物的載體細(xì)菌質(zhì)粒；減毒細(xì)菌，諸如沙門氏菌屬(Salmonella)(美國(guó)專利4,837,151);噬菌體；轉(zhuǎn)座子；酵母附加體；插入元件；酵母染色體元件；病毒，諸如牛痘和其它痘病毒、腺病毒、桿狀病毒、乳多空病毒(諸如SV40)、禽痘病毒、偽狂犬病病毒和逆轉(zhuǎn)錄酶病毒、a病毒(諸如委內(nèi)瑞拉馬腦炎病毒(Venezuelanequineencephalitisvirus)(美國(guó)專利5,643,576)、辛德畢斯病毒(sindbisvirus)和西門利克病毒(sendlikiforestvirus))、不分節(jié)段負(fù)鏈RNA病毒(nonsegmentednegative-strandedRNAvirus)(諸如zK皰性口炎病毒(美國(guó)專禾U6J68，94));和得自其組合的載體，諸如得自質(zhì)粒和噬菌體遺傳元件的載體，諸如柯斯質(zhì)粒(cosmid)和噬粒。表達(dá)系統(tǒng)應(yīng)包括調(diào)控和引起表達(dá)的控制區(qū)域，諸如啟動(dòng)子和其它調(diào)控元件(諸如聚腺苷酸化信號(hào))。一般說來，可使用適于維持、繁殖或表達(dá)聚核苷酸以于宿主中產(chǎn)生多肽的任何系統(tǒng)或載體。可通過多種眾所周知和常規(guī)技術(shù)中的任一種將適當(dāng)?shù)暮塑账嵝蛄胁迦氲奖磉_(dá)系統(tǒng)中，所述技術(shù)諸如Sambrook等人，"MolecularCloning:ALaboratoryManual"第2版，ColdSpringHarborLaboratory,ColdSpringHarborLaboratoryPress,ColdSpringHarbor,NY,1989中所述的技術(shù)。醫(yī)藥學(xué)上可接受的媒劑應(yīng)理解為表示進(jìn)入醫(yī)藥組合物或免疫原性組合物中的化合物或化合物組合，其不引起副作用且使得可能(例如)有助于投與活性化合物、增加其在體內(nèi)的壽命和/或功效、增加其在溶液中的溶解性或者增強(qiáng)其保存。眾所周知這些醫(yī)藥學(xué)上可接受的媒劑，且所屬領(lǐng)域技術(shù)人員將根據(jù)所選活性化合物的性質(zhì)和投藥模式對(duì)其進(jìn)行調(diào)適。如下文所定義，"佐劑"是一種用于增強(qiáng)"抗原"或免疫原性組合物的免疫原性的物質(zhì)，所述免疫原性組合物包含一或多種具有選自SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一的氨基酸序列的多肽抗原。因此，佐劑通常用于激發(fā)或調(diào)節(jié)免疫反應(yīng)且為所屬領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知。本發(fā)明所涵蓋的佐劑的實(shí)例包括(但不限于)鋁鹽(明礬)，諸如磷酸鋁和氫氧化鋁；結(jié)核分枝桿菌(MKo6acfeim細(xì)菌脂多糖；氨基烷基葡糖胺磷酸酯化合物(AGP)或其衍生物或類似物，其是從Corixa(Hamilton,MT)購(gòu)得，且其描述于美國(guó)專利第6,113,918號(hào)中，一種所述AGP為2-[(R)-3-十四垸酰氧基十四烷?；被鵠乙基2-脫氧-4-0-膦酰基-3-0-[(R)-3-十四烷酰氧基十四烷?；鵠-2-[(R)-3-十四烷酰氧基十四烷酰基氨基]-b-D-吡喃葡萄糖苷，其也稱為529(先前稱為RC529)，其經(jīng)調(diào)配為水溶液形式或穩(wěn)定乳液形式；美國(guó)專利第4,912,094號(hào)中所述的MPLTM(3-0-脫?；瘑瘟柞Ｖ珹)(Corixa);合成聚核苷酸，諸如含有CpG基序的寡核苷酸(美國(guó)專利第6,207,646號(hào))；多肽；皂角苷，諸如QuilA或STIMULONQS-21(Antigenics,Framingham,Massachusetts),其描述于美國(guó)專利第5,057,540號(hào)中；百日咳毒素(PT)或大腸桿菌不耐熱毒素(LT)，尤其是LT-K63、LT-R72、CT-S109、PT-K9/G129,例如，參看國(guó)際專利公開案第WO93/13302號(hào)和第WO92/19265號(hào)；霍亂毒素(野生型或突變體形式，例如，根據(jù)已公開的國(guó)際專利申請(qǐng)案第WO00/18434號(hào)，其中氨基酸第29位的谷氨酸經(jīng)另一氨基酸、優(yōu)選是組氨酸置換)。類似的霍亂毒素突變體描述于已公開的國(guó)際專利申請(qǐng)案第WO02/098368號(hào)中(其中僅氨基酸第16位的異亮氨酸經(jīng)另一氨基酸置換，或連同氨基酸第68位的絲氨酸經(jīng)另一氨基酸置換；和/或其中氨基酸第72位的纈氨酸經(jīng)另一氨基酸置換)。其它霍亂毒素突變體描述于已公開的國(guó)際專利申請(qǐng)案第WO02/098369號(hào)中(其中氨基酸第25位的精氨酸經(jīng)另一氨基酸置換；和/或?qū)⒁粋€(gè)氨基酸插入到氨基酸第49位；和/或?qū)蓚€(gè)氨基酸插入到氨基酸第35位和第36位)。多種細(xì)胞因子和淋巴因子適于用作佐劑。一種所述佐劑為粒細(xì)胞-巨噬細(xì)胞集落刺激因子(GM-CSF)，其具有如美國(guó)專利第5，078，996號(hào)中所述的核苷酸序列。已將含有GM-CSFcDNA的質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到大腸桿菌中，且已由美國(guó)典型培養(yǎng)物保藏中心(AmericanTypeCultureCollection,ATCC)(1081UniversityBoulevard,Manassas,VA20110-2209)以寄存編號(hào)39900予以保藏。細(xì)胞因子白細(xì)胞介素-12(IL-12)是描述于美國(guó)專利第5,723,127號(hào)中的另一種佐劑。已展示其它細(xì)胞因子或淋巴因子具有免疫調(diào)節(jié)活性，包括(但不限于)白細(xì)胞介素l-a、l-p、2、4、5、6、7、8、10、13、14、15、16、17和18、干擾素-a、P和y、粒細(xì)胞集落刺激因子和腫瘤壞死因子a和卩，且其都適于用作佐劑。通常以含有標(biāo)準(zhǔn)、眾所周知的生理學(xué)上可接受的無(wú)毒載劑、佐劑和媒劑(視需要)的單位劑量配方形式不經(jīng)腸投與本發(fā)明的組合物?？勺⑸渲苿?例如，無(wú)菌可注射水性或油性懸浮液)是根據(jù)已知技術(shù)使用適當(dāng)?shù)姆稚┗驖?rùn)濕劑和懸浮劑加以調(diào)配。無(wú)菌可注射制劑也可為無(wú)毒不經(jīng)腸可接受的稀釋劑或溶劑中的無(wú)菌可注射溶液或懸浮液，例如1，3-丁二醇中的溶液。可使用的可接受的媒劑和溶劑為水、林格氏溶液(Ringer'ssolution)和等滲氯化鈉溶液。此外，常規(guī)使用無(wú)菌的非揮發(fā)性油作為溶劑或懸浮介質(zhì)。出于這一目的，可使用包括合成單甘油酯或二甘油酯的任何溫和非揮發(fā)性油。另外，諸如油酸的脂肪酸也可用于制備可注射物。優(yōu)選載劑包括經(jīng)磷酸鹽、乳酸鹽、Tris等緩沖的中性生理鹽水溶液。當(dāng)然，當(dāng)投與病毒載體時(shí)，需充分純化載體以使其基本上無(wú)不合需要的污染物(諸如缺陷型干擾腺病毒粒子或內(nèi)毒素和其它熱原質(zhì))，從而不會(huì)于接收載體構(gòu)建體的個(gè)體體內(nèi)引起任何不恰當(dāng)?shù)姆磻?yīng)。純化載體的優(yōu)選方式包括使用浮力密度梯度，諸如氯化銫梯度離心。載體也可為脂質(zhì)體。此項(xiàng)技術(shù)中眾所周知使用脂質(zhì)體作為傳遞工具的方式(例如，參看Gabizon等人，1990;Ferruti等人，1986;和Ranade,1989)。本發(fā)明的免疫原性組合物還包含可操作地與控制基因表達(dá)的調(diào)控序列締合的本發(fā)明的聚核苷酸序列。在將促進(jìn)DNA表達(dá)的調(diào)控元件(即，啟動(dòng)子和/或增強(qiáng)子元件)的控制下，將所關(guān)注的聚核苷酸序列工程設(shè)計(jì)到諸如質(zhì)粒的表達(dá)載體中。在優(yōu)選實(shí)施例中，使用人類巨細(xì)胞病毒即刻早期啟動(dòng)子/增強(qiáng)子(美國(guó)專利5,168,062)。啟動(dòng)子可具有細(xì)胞特異性且僅允許在預(yù)定細(xì)胞中實(shí)質(zhì)上轉(zhuǎn)錄聚核苷酸。將本發(fā)明的聚核苷酸直接引入宿主中，所述聚核苷酸為"裸"DNA(美國(guó)專利5,580,859)或與諸如布比卡因和其它局部麻醉劑(美國(guó)專利5,593,972)和陽(yáng)離子聚胺(美國(guó)專利6,127,170)的促進(jìn)劑一起調(diào)配成組合物，所述專利是以全文引用的方式并入本文中。在這一聚核苷酸免疫程序中，本發(fā)明的多肽是在體內(nèi)瞬時(shí)表達(dá)；并未將遺傳物質(zhì)插入或整合到宿主染色體中。這一程序?qū)⑴c目的是將所關(guān)注遺傳物質(zhì)插入或整合到染色體中的基因療法相區(qū)別。使用檢定確認(rèn)通過免疫投與的聚核苷酸不會(huì)在宿主中產(chǎn)生經(jīng)轉(zhuǎn)化表型(美國(guó)專利6,168,918)。H.本發(fā)明的用途和方法在免疫方法中使用本文所述的表皮葡萄球菌聚核苷酸、多肽和多肽同源物。經(jīng)分離的聚核苷酸將用于表達(dá)表皮葡萄球菌多肽(例如，經(jīng)由用于宿主細(xì)胞中或聚核苷酸免疫應(yīng)用中的重組表達(dá)載體)。如本文的實(shí)例中所詳細(xì)描述，表皮葡萄球菌是在血清存在下生長(zhǎng)以刺激可對(duì)全身細(xì)菌感染具重要意義的細(xì)菌細(xì)胞壁上蛋白質(zhì)和碳水化合物表達(dá)。結(jié)果，將三十二種多肽和對(duì)應(yīng)的聚核苷酸確定為當(dāng)表皮葡萄球菌于70%血清中生長(zhǎng)時(shí)由表皮葡萄球菌所表達(dá)。此外，已發(fā)現(xiàn)這些蛋白質(zhì)中有二十四種與來自經(jīng)表皮葡萄球菌感染的兔的免疫血清具反應(yīng)性?？寺?duì)應(yīng)于當(dāng)表皮葡萄球菌在血清中生長(zhǎng)時(shí)所表達(dá)的蛋白質(zhì)的基因，并將其用于重組表達(dá)蛋白質(zhì)。使用重組蛋白使小鼠免疫，且二十六種蛋白質(zhì)中有二十五種將誘導(dǎo)與表皮葡萄球菌的全細(xì)胞溶解物反應(yīng)的抗體。此外，這些血清中有十八種還與金黃葡萄球菌的全細(xì)胞溶解物反應(yīng)。最后，當(dāng)用表皮葡萄球菌激發(fā)經(jīng)免疫小鼠時(shí)，發(fā)現(xiàn)十一種所述蛋白質(zhì)已誘導(dǎo)降低激發(fā)后脾中所發(fā)現(xiàn)的可檢測(cè)細(xì)菌的量的抗體。本發(fā)明另外提供包含一或多種所述多肽的免疫原性組合物，所述多肽具有選自SEQIDNO:l到SEQIDNO:32其中之一、其生物等效物或其片段的氨基酸序列。免疫原性組合物可另外包含醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。在某些實(shí)施例中，免疫原性組合物將包含一或多種佐劑。在另一實(shí)施例中，本發(fā)明提供免疫原性組合物，其包含具有選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64其中之一的核苷酸序列的聚核苷酸，其中所述聚核苷酸是包含于重組表達(dá)載體中。所述載體優(yōu)選為質(zhì)粒DNA。聚核苷酸可另外包含異源核苷酸，例如聚核苷酸是可操作地連接到一或多種基因表達(dá)調(diào)控元件，且另外包含一或多種佐劑。在優(yōu)選實(shí)施例中，免疫原性聚核苷酸組合物引導(dǎo)表皮葡萄球菌的一或多種中和表位的表達(dá)。還提供使宿主免疫以對(duì)抗表皮葡萄球菌感染的方法。在優(yōu)選實(shí)施例中，宿主為人類。因此，向宿主或受試者投與免疫量的免疫原性組合物，其包含具有選自SEQIDNO:1到SEQIDNO:32其中之一、其生物等效物或其片段的氨基酸序列的多肽，和醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。免疫原性組合物的免疫量是通過進(jìn)行劑量反應(yīng)研究而確定，在所述劑量反應(yīng)研究中，以逐漸增加量的免疫原性組合物使受試者免疫，且分析免疫反應(yīng)以確定最佳劑量。所述研究的起始點(diǎn)是由動(dòng)物模型中的免疫數(shù)據(jù)推定。劑量可視個(gè)體的特定情形而變化。所述量是在常規(guī)試驗(yàn)中通過所屬領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方式加以確定。將免疫學(xué)上有效量的免疫原性組合物以適當(dāng)數(shù)量的劑量投與受試者以引發(fā)免疫反應(yīng)。如本文所使用的免疫學(xué)上有效量的意思是，將所述作為單一劑量或連續(xù)劑量一部分的量投與哺乳動(dòng)物宿主(優(yōu)選人類)足以至少引起待治療個(gè)體的免疫系統(tǒng)產(chǎn)生降低細(xì)菌感染的臨床影響的反應(yīng)。理想地，所治療的個(gè)體將不會(huì)展現(xiàn)出更嚴(yán)重的表皮葡萄球菌或金黃葡萄球菌感染的臨床表現(xiàn)。劑量可視個(gè)體的特定情形(諸如年齡和體重)而變化。所述量可在常規(guī)試驗(yàn)中通過所屬領(lǐng)域技術(shù)人員已知的方式加以確定。本文所引用的所有專利和公開案都是以引用的方式并入本文。實(shí)例以下實(shí)例是使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行，除此處詳細(xì)描述的技術(shù)外，所述標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)是眾所周知的技術(shù)且對(duì)于所屬領(lǐng)域技術(shù)人員而言為常規(guī)技術(shù)。除非另作說明，否則所有化學(xué)制品都是從Sigma(SigmaChemicalCo.,St.Louis,MO)獲得。以下實(shí)例是出于說明目的提供，且不應(yīng)將其解釋為以任何方式限制本發(fā)明的范圍。實(shí)例l在70%血清中的細(xì)菌生長(zhǎng)使用臨床分離株表皮葡萄球菌0-47進(jìn)行以下實(shí)例。這一分離株中未加注釋的基因組序歹i何得自incyteCorporation,PaloAIto，CA。參看Heilmann，C等人，InfectImmun,64(1):第277-82頁(yè)(1996)。為剌激可與致病性臨床相關(guān)的蛋白質(zhì)的表達(dá)，37'C下，于振蕩(200rpm)下，使細(xì)菌培養(yǎng)物在100%胰蛋白酶大豆肉湯(TSB)或70:30兔血清:TSB中生長(zhǎng)整夜。兔血清是從LifeTechnologies,Rockville，MD獲得。將整夜培養(yǎng)的細(xì)菌稀釋到OD600約為O.l，并且使其生長(zhǎng)4h直到對(duì)數(shù)生長(zhǎng)中期。在對(duì)數(shù)生長(zhǎng)中期，通過離心采集細(xì)胞，并如以下實(shí)例中所述進(jìn)行進(jìn)一步處理。實(shí)例2制備用于2-D凝膠電泳的細(xì)胞壁片斷分離如實(shí)例1所述生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌0-47的細(xì)胞壁，且隨后對(duì)其進(jìn)行制備以用于二維凝膠電泳。再懸浮細(xì)菌小球直到OD,約為20，并在4'C下使用Tris緩沖生理鹽水(TBS、20mMTris(pH8.0)、150mMNaCl)搖動(dòng)洗滌兩次歷時(shí)15分鐘。通過在4°C下用含有1MNaCl的20mMTris(pH8.0)洗滌15分鐘來除去結(jié)合到細(xì)菌表面的血清蛋白。以與處理在血清中生長(zhǎng)的細(xì)菌的方式相同的方式處理在TSB中生長(zhǎng)的細(xì)菌。通過離心使細(xì)菌再次?；楫a(chǎn)生原生質(zhì)體，隨后將細(xì)菌再懸浮于含有30%蔗糖、100ng/ml溶葡球菌酶、10pg/mlDNase、1pg/mlPefablock(BoehringerMannheim,Indianapolis,IN)、10|ag/ml溶菌酶和100單位/毫升變?nèi)芫氐腡BS中直到006()()約為40,且在37。C下培育1小時(shí)。通過在5000rpm下離心10分鐘使所得原生質(zhì)體?；?，且傾析出含有細(xì)胞壁材料的上清液。向所傾析的含有細(xì)胞壁片斷的上清液中補(bǔ)充CompleteMini蛋白酶抑制劑片劑(RocheDiagnostics,Indianapolis,IN)并在4。C下使用10,000kDMWCO透析膜(PierceBiotechnology,Inc.,Rockford，IL)對(duì)水透析整夜。透析后，于-20。C下冷凍細(xì)胞壁片斷。分離后，如下制備用于2-D凝膠電泳的細(xì)胞壁片斷樣本使冷凍細(xì)胞壁提取物解凍，且在冰上用70%丙酮使其沉淀4小時(shí)。使蛋白質(zhì)沉淀物?；赟peedVac(ThermoSavant,Holbrook，NY)中干燥且用含有5M尿素、2M硫脲、2%(w/v)CHAPS、2%(w/v)SB3-10、40mMTris禾口0,2%Bio-Lyte3/10的ReadyPrep(BioRad)SEQUENTIALEXTRACTIONREAGENT3溶解。在室溫下整夜培育期間，通過使各樣本再水合凝膠條帶來將所制備的細(xì)胞壁片斷樣本裝載于11cm固定化pH梯度(IPG)條帶pH4-7(BioRad)上。樣本尺寸為200pi總體積中250pg。整夜培育期間，用礦物油(BioRad)覆蓋所述條帶以防止蒸發(fā)。完成所述條帶的再水合后，將過量礦物油移到己經(jīng)水飽和的吸墨紙(blottingpaper)上，且隨后將己水合的條帶裝載于移相器等電聚焦(pHaserIsoelectricfocusing,IEF)設(shè)備(GenomicSolutionsInc.,AnnArbor,Ml)中。在50毫安/條帶的電流極限下，以逐漸從250V增加到5,000V的電壓使所述條帶預(yù)先聚焦。接著，使電壓在5,000V下保持恒定共計(jì)50kVh(約16h)。使用12.5%Criterion預(yù)制凝膠(BioRad)進(jìn)行第二維SDS-PAGE。為進(jìn)行質(zhì)譜分析，根據(jù)制造商的說明書，用SyproRuby蛋白質(zhì)凝膠染色劑(BioRad)對(duì)凝膠染色。比較在TSB或70%兔血清中生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌中細(xì)胞壁相關(guān)蛋白的二維(2D)凝膠概況。參看圖1。在70%兔血清中生長(zhǎng)導(dǎo)致表皮葡萄球菌中細(xì)胞壁相關(guān)蛋白的蛋白質(zhì)表達(dá)概況改變，所述改變易于在經(jīng)熒光染色的2D凝膠轉(zhuǎn)移中檢測(cè)到(圖1A和B)。通過熒光染色檢測(cè)八種在TSB中或在兔血清存在下生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌之間經(jīng)差異調(diào)控的蛋白質(zhì)。參看表3和圖1。最值得關(guān)注的是在70%血清中生長(zhǎng)的細(xì)胞中介于25kDa與37kDa之間的三種蛋白質(zhì)條紋帶的熒光染色增加(圖1B，斑點(diǎn)e、g和h)。表3經(jīng)鑒別的斑點(diǎn)列表a<table>tableseeoriginaldocumentpage42</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage43</column></row><table>a通過與免疫血清的反應(yīng)性或與血清組份的結(jié)合在2D印跡上檢測(cè)的斑點(diǎn)列表。b某些斑點(diǎn)含有一種以上蛋白質(zhì)。e在轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素之后檢測(cè)斑點(diǎn)的方法，受感染兔的反應(yīng)性免疫血清為I或結(jié)合血清組份為S。dNGID=數(shù)據(jù)庫(kù)中無(wú)基因?qū)嵗?免疫血清和生物素化血清蛋白與細(xì)胞壁蛋白質(zhì)的結(jié)合完成第一維和第二維電泳后，將所述凝膠的蛋白質(zhì)內(nèi)容物轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素上供結(jié)合檢定。具體說來，使用半干印跡設(shè)備(semi-dryblottingapparatus)(OwlSeparationsSystems,Portsmouth,NH)在12V下將所述凝膠的蛋白質(zhì)內(nèi)容物電印跡到硝酸纖維素膜(BioRad)上歷時(shí)1小時(shí)。隨后遵循制造商的說明書，用SyproRuby蛋白質(zhì)印跡染色劑(BioRad)對(duì)含有蛋白質(zhì)的硝酸纖維素膜(印跡)染色，且在FluorSImager(BioRad)中顯現(xiàn)。室溫下在阻斷緩沖液(具有0.05%Tween20和5呢奶粉的PBS)中培育每一印跡，隨后與1:2000稀釋的免疫血清(Western印跡法)或40pg/ml生物素化血清蛋白(參看下文)一起培育整夜。培育整夜后，用洗滌緩沖液(具有0.5免Tween20的PBS)洗滌印跡三次，且在室溫下，在阻斷緩沖液中與山羊抗兔IgG堿性磷酸酶接合物(BiosourceInternational,Camarillo,CA)或抗生蛋白鏈菌素堿性磷酸酶接合物(Biosource)—起培育2小時(shí)。用洗滌緩沖液再次洗滌印跡三次，并用BCIP/NBT膜磷酸酶底物系統(tǒng)(KPL,Inc.,Gaithersburg,MD)顯現(xiàn)。在FluorS中取得圖像。2D凝膠的所有分析都是使用Melanie3.0軟件進(jìn)行。使用BioRad蛋白質(zhì)檢定試劑盒(BioRad)檢定蛋白質(zhì)濃度。通過考察含有從2D凝膠上轉(zhuǎn)移的蛋白質(zhì)的硝酸纖維素膜的Western印跡，能夠使細(xì)胞壁相關(guān)蛋白的蛋白質(zhì)表達(dá)概況的改變更為明確。在Western印跡法中，將硝酸纖維素膜與從經(jīng)表皮葡萄球菌0-47反復(fù)感染的兔匯集的免疫血清一起培育。參看圖1C和1D。這些經(jīng)上調(diào)的蛋白質(zhì)也具有強(qiáng)免疫反應(yīng)性，表明其在所述兔感染期間得到表達(dá)。在TSB中生長(zhǎng)的細(xì)胞中，五種來自血清生長(zhǎng)細(xì)胞的其它免疫反應(yīng)性條紋帶或斑點(diǎn)以較低或不可檢測(cè)的水平表達(dá)。參看圖1，斑點(diǎn)a、b、c、d和f。實(shí)例4分析與表皮葡萄球菌細(xì)胞壁相關(guān)蛋白質(zhì)相互作用的血清蛋白洗脫表皮葡萄球菌的血清蛋白37。C下，使表皮葡萄球菌0-47在70%兔血清中生長(zhǎng)直到OD6oo約為0.8,并使細(xì)胞?；Ｔ贠D6叫約為20時(shí)使細(xì)胞再懸浮，并在4'C下，在搖動(dòng)下用TSB洗漆三次。4'C下，在搖動(dòng)下依次用含有0.5MNaCl、1.0MNaCl或4.0M尿素的20mMTris(pH8.0)洗脫已結(jié)合的血清蛋白歷時(shí)1小時(shí)。隨后通過離心除去細(xì)菌，并收集上清液。上清液含有從細(xì)菌表面洗脫的血清蛋白。通過SDS-PAGE使用4-20%梯度Tris-甘氨酸凝膠(CambrexBiosciencesRockland,Inc.,Rockland,ME)分析在不同條件下洗脫的蛋白質(zhì)。生物素化血清蛋白4'C下，對(duì)PBS透析所洗脫的血清蛋白整夜。通過在4'C下與蛋白質(zhì)G瓊脂糖凝膠(Amersham-Pharmacia,Piscataway,NJ)培育整夜耗盡IgG。假設(shè)在洗脫部分中平均蛋白質(zhì)質(zhì)量為50kDa，在4'C下用15摩爾過量的EZ-LinkNHS-生物素(PierceBiotechnology)標(biāo)記所述蛋白質(zhì)1.5小時(shí)。用過量的甘氨酸中止反應(yīng)，并對(duì)PBS透析整夜(10,0000MWCO,Pierce)。鑒別與表皮葡萄球菌表面結(jié)合的血清蛋白通過SDS-PAGE將在這些條件下從細(xì)菌洗脫的血清蛋白與正常的兔血清和從在TSB中生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌表面洗脫的細(xì)菌蛋白相比較。參看圖3。用含有0.5NaCl、lMNaCl和4M尿素的緩沖液各自從細(xì)菌細(xì)胞中洗脫己結(jié)合的血清蛋白。這些經(jīng)洗脫的血清蛋白表示從富集血清蛋白的細(xì)菌表面洗脫的蛋白質(zhì)池。某些細(xì)菌蛋白質(zhì)很可能存在于這一池中，然而，并未從生長(zhǎng)于TSB中的細(xì)菌洗脫出可通過蛋白質(zhì)檢定檢測(cè)的細(xì)菌蛋白質(zhì)。盡管通過銀染色檢測(cè)出從生長(zhǎng)于TSB中的細(xì)菌洗脫出的某些模糊的蛋白質(zhì)帶，但其與從生長(zhǎng)于血清中的細(xì)菌表面洗脫的經(jīng)更強(qiáng)烈染色的蛋白質(zhì)并不對(duì)應(yīng)。用1MNaCl洗脫是洗脫大部分蛋白質(zhì)的最低變性條件，且用于洗脫以下實(shí)例中的蛋白質(zhì)。為鑒別結(jié)合血清組份中所涉及的細(xì)胞壁相關(guān)蛋白，使用生物素化血清蛋白通過培育經(jīng)標(biāo)記蛋白與從2D凝膠轉(zhuǎn)移的與硝酸纖維素結(jié)合的細(xì)胞壁蛋白的溶液探測(cè)2D轉(zhuǎn)移。為分離與表皮葡萄球菌結(jié)合的血清蛋白，用1MNaCl洗滌在70呢兔血清中生長(zhǎng)的細(xì)菌。收集經(jīng)洗脫的血清蛋白并將其透析到PBS中。然后，通過與蛋白質(zhì)G瓊脂糖凝膠一起培育來耗盡可能存在于經(jīng)洗脫血清蛋白中的天然存在的免疫IgG。除去IgG會(huì)減少鑒別出與宿主抗體具反應(yīng)性的蛋白質(zhì)的可能性。隨后，如上文所述，以生物素標(biāo)記己洗脫的血清蛋白，并將其用于探測(cè)表皮葡萄球菌細(xì)胞表面蛋白的2D印跡。參看圖4A和4B。通過這一方法顯現(xiàn)三十四個(gè)斑點(diǎn)和區(qū)域，且可能涉及表皮葡萄球菌與宿主血清蛋白相互作用。始終發(fā)現(xiàn)34個(gè)斑點(diǎn)都與血清組份相互作用，但發(fā)現(xiàn)其中有4個(gè)斑點(diǎn)與來自受感染兔的免疫血清反應(yīng)。參看圖2和表3。生長(zhǎng)于血清中的表皮葡萄球菌具有以0.5M和1MNaCl洗脫的與細(xì)菌表面蛋白結(jié)合的血清蛋白。在相同條件下，從生長(zhǎng)于TSB中的細(xì)菌中洗脫出極少葡萄球菌蛋白，然而，通過高鹽處理洗脫出僅在血清中表達(dá)的葡萄球菌蛋白是可能的。實(shí)例5血清上調(diào)蛋白質(zhì)的質(zhì)譜鑒別在隨后的蛋白質(zhì)組學(xué)實(shí)驗(yàn)和分析中使用在70%血清中生長(zhǎng)的細(xì)菌，假定改變是在血清中生長(zhǎng)期間檢測(cè)的情況下進(jìn)行的操作可更為準(zhǔn)確地反映因細(xì)菌對(duì)宿主內(nèi)所見的環(huán)境線索起反應(yīng)而產(chǎn)生的基因表達(dá)的變化。在隨后的質(zhì)譜研究中，首先使從2D凝膠電泳分離上的斑點(diǎn)分離的蛋白質(zhì)經(jīng)歷飛行時(shí)間質(zhì)譜分析(time-of-flightmassspectrosc叩y)。如果呈正數(shù)，那么獲得明確的鑒別，無(wú)需進(jìn)行進(jìn)一步質(zhì)譜分析。參看表4。在進(jìn)行飛行時(shí)間質(zhì)譜分析后仍保留一些不明確部分的情況下，諸如當(dāng)多種蛋白質(zhì)在2D凝膠上解析成相同斑點(diǎn)時(shí)，則進(jìn)行電噴霧質(zhì)譜分析以解析所述不明確部分。參看表4。表4通過質(zhì)譜法鑒別的蛋白質(zhì)<table>tableseeoriginaldocumentpage46</column></row><table>樣本制備在進(jìn)行質(zhì)譜分析之前，使目標(biāo)蛋白質(zhì)斑點(diǎn)經(jīng)歷膠內(nèi)胰蛋白酶消化(in-geltrypticdigestion)。將蛋白質(zhì)斑點(diǎn)從凝膠除去，并切成約1mm的小片。在偶爾渦旋下，用10mM碳酸氫銨(J.T.Baker,PhiIIipsburg,NJ)中的0.2ml50%(v/v)乙腈(Burdick&Jackson,Muskegon,Ml)洗滌凝膠片三次歷時(shí)15分鐘。用乙腈使凝膠片脫水5分鐘，凍干，且在-2(TC下冷凍儲(chǔ)存。隨后，在37。C下，用50nll2ng/ml測(cè)序級(jí)經(jīng)修飾胰蛋白酶(PromegaCorporation,Madison,WI)消化凝膠中的蛋白質(zhì)整夜。接著，除去胰蛋白酶溶液，且于50pi乙腈中使凝膠再次脫水。接著，在室溫下，于超聲波儀水浴(BransonCleaningEquipmentCo.，Shelton，CT)中，除去含肽乙腈，且在50pl5呢甲酸(Riedel-deHaSn，Seelze,Germany)中洗滌凝膠片15分鐘。除去含肽上清液并使其與最初的乙腈洗滌液合并。在乙腈中再次洗滌凝膠，并使上清液與兩個(gè)先前提取步驟合并，且在SpeedVac(ThermoSavant)中干燥到約10|al，隨后用0.1%(v/v)甲酸水溶液稀釋到100pl。接著，將樣本裝載于Zip-TipCI8P10柱(WatersCorporation,Milford，MA)上，并于50pi50%乙腈/0.1%甲酸中洗脫。將樣本轉(zhuǎn)移到96x2孔涂覆有特氟隆(Teflon)的不銹鋼板(PerSeptiveBiosystems,Framingham，MA)上以用于在將噴霧于離子阱質(zhì)譜儀(iontrapmassspectrometer)的孔中的MALDI-ToF儀器(PerSeptiveBiosystems)玻璃制納米噴霧噴嘴(glassnanospraytip)(NewObjectiveInc.,Woburn，MA)上進(jìn)行的質(zhì)量指紋分析。使用ToF質(zhì)譜法進(jìn)行的肽質(zhì)量指紋分析將各樣本施加到經(jīng)特氟隆涂覆的涂敷有a-氰基-4-羥基肉桂酸薄層的不銹鋼96x2孔板上。使樣本在室溫下干燥。于裝備有延遲提取技術(shù)(delayedextractiontechnology)和反射器的VoyagerDE-STRMALDI-ToF質(zhì)譜儀(PerSeptiveBiosystems)上獲取質(zhì)譜數(shù)據(jù)。質(zhì)譜儀上裝備有337nm和具有3Hz激光速率(laserrate)的氮分子激光器。加速電壓設(shè)置為20kV，操作模式(反射器)，提取模式(延遲)，極性(正)，柵極電壓(65%)，反射電壓比率(mirrorvoltageratio)(1.12)，提取延遲時(shí)間(200nsec)，質(zhì)量范圍(800-3500Da)和每頻譜激光發(fā)射數(shù)(lasershotsperspectrum)(200)。靜態(tài)納米噴霧離子阱質(zhì)譜法(StaticNanosprayIonTrap-MassSpectrometry)在裝備有納米-電噴霧界面的ThermoFinniganLCQDECA四級(jí)離子阱質(zhì)譜儀(ThermoFinnigan，SanJose，CA)上獲取質(zhì)譜數(shù)據(jù)。納米-電噴霧界面是由二氧化硅噴霧針(NewObjectiveInc.)組成，所述噴霧針為約27mm長(zhǎng)、約120/69OD/ID、2孔徑。將玻璃噴嘴安裝于固定在定位于質(zhì)譜儀檢測(cè)器前面的基座上的x、y、z軸固定器(ThermoFinnigan)中。將電流施加到玻璃噴嘴的標(biāo)準(zhǔn)涂層上以通過靜態(tài)電噴霧探針(ThermoFinnigan)上的金屬接面給電噴霧界面提供電連接。電噴霧傳遞20-80nl/min的流量。使用直接噴霧于質(zhì)譜儀孔中的電噴霧玻璃噴嘴分析2到5微升胰蛋白酶消化液。在約1kV的易變噴霧電壓下操作的LCQ-DECA離子阱質(zhì)譜儀(Thermofinnigan)上且使用200'C熱毛細(xì)管溫度進(jìn)行肽分析。使用隨所述儀器提供的數(shù)據(jù)獲取軟件獲取自動(dòng)化MS/MS模式中的數(shù)據(jù)組。獲取方法包括1MS掃描(400-1800m/z)，隨后是對(duì)所述MS掃描中前三個(gè)最富有離子的部分進(jìn)行MS/MS掃描。使用動(dòng)態(tài)排除功能增加經(jīng)分析的肽離子的數(shù)量(設(shè)置3amu二排除寬度，0.5分鐘=排除持續(xù)時(shí)間)。在樣本組中且以手工方式對(duì)當(dāng)前實(shí)驗(yàn)進(jìn)行分析。使用MSFIT(ProteinProspector)和MASCOT(MatrixScience)軟件數(shù)據(jù)庫(kù)搜索引擎(其使用Incyte的PathoSeq(c)表皮葡萄球菌0-47數(shù)據(jù)庫(kù))進(jìn)行質(zhì)量指紋數(shù)據(jù)的自動(dòng)化分析。在利用所述搜索引擎之前，用基線校正、噪聲除去和峰去同位素(peakde-isotoping)來處理所得頻譜。將數(shù)據(jù)庫(kù)搜索參數(shù)設(shè)置為如下水平MW(1000-150kDa)、pi(3-10)、消化液(胰蛋白酶)、最大錯(cuò)誤分裂數(shù)量(2)、錯(cuò)誤分裂pfactor(0.4)、靜態(tài)修飾(經(jīng)丙烯酰胺修飾的半胱氨酸)、N末端(氫)、C末端(游離酸)、易變模數(shù)(甲硫氨酸氧化、N末端乙?；?、絲氨酸、蘇氨酸和酪氨酸磷酸化)、質(zhì)量(單一同位素)、以300ppm的質(zhì)量公差進(jìn)行匹配所需的最小的肽數(shù)量(4)，和以15ppm質(zhì)量公差的反復(fù)校準(zhǔn)(Iiitelcast)的應(yīng)用。通過MOWSE得分和分別通過MS-FIT與MASCOT的95%置信得分確定蛋白質(zhì)的鑒別。使用已并入FinniganBioworks數(shù)據(jù)分析包(The畫Finnigan)的SEQUEST進(jìn)行MS/MS的自動(dòng)化分析。參看Eng,J.K.等人，JAmerSocMassSpec,5(11):第976-89頁(yè)(1994)。軟件中允許進(jìn)行以下可變修飾半胱氨酸丙烯酰胺修飾和甲硫氨酸氧化。將搜索參數(shù)設(shè)置在以下規(guī)定質(zhì)量范圍(400-3500Da)、較低強(qiáng)度MS信號(hào)(le+5)、肽公差(2.0Da)、最小片段離子數(shù)量(15)、群組中最小掃描數(shù)量(1)和錯(cuò)誤分裂的最大數(shù)量(2)。手工檢驗(yàn)所有蛋白質(zhì)鑒別的準(zhǔn)確性。通過質(zhì)譜法鑒別蛋白質(zhì)定位在生長(zhǎng)于70%血清中的表皮葡萄球菌的熒光與免疫染色轉(zhuǎn)移上都檢測(cè)到的斑點(diǎn)，并對(duì)其進(jìn)行標(biāo)記以供質(zhì)譜法鑒別。參看圖2A和2B。切下總計(jì)40個(gè)免疫反應(yīng)性斑點(diǎn)，并使其經(jīng)歷質(zhì)譜分析以供鑒別。參看表4。將完整蛋白質(zhì)序列展示于序列表(SEQIDNO:1-32)中。將含有蛋白質(zhì)的凝膠斑點(diǎn)從凝膠上切下，并使用MALDI-TOF進(jìn)行質(zhì)量指紋分析，隨后搜索Incyte的PathSeq(c)表皮葡萄球菌0-47數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)應(yīng)的編碼區(qū)來加以鑒別。參看表4。使用靜態(tài)納米噴霧進(jìn)一步分析具有多種蛋白質(zhì)采樣數(shù)或可疑信號(hào)的斑點(diǎn)。鑒別出總計(jì)32種蛋白質(zhì)，其中某些斑點(diǎn)含有一種以上蛋白質(zhì)。參看表3和4。24種經(jīng)鑒別的蛋白質(zhì)具免疫反應(yīng)性，26種與血清組份結(jié)合，且20種蛋白質(zhì)具免疫反應(yīng)性與血清結(jié)合性。當(dāng)結(jié)合血清因子所涉及的表皮葡萄球菌表面上大部分蛋白質(zhì)將可能引發(fā)免疫反應(yīng)時(shí)，可預(yù)期這一極大重疊。六種蛋白質(zhì)始終存在于經(jīng)免疫染色的印跡中，但熒光染色的轉(zhuǎn)移上并不存在對(duì)應(yīng)的斑點(diǎn)。參看圖2B中白色圓形和箭狀物。盡管這些蛋白質(zhì)可能在感染期間表達(dá)并引發(fā)免疫反應(yīng)，但在這些實(shí)驗(yàn)中所使用的條件下，其不以允許其通過熒光蛋白質(zhì)染色的水平表達(dá)。實(shí)例6預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)功能通過與ATCC12228的完整基因組同源物比較確定預(yù)測(cè)的蛋白質(zhì)功能。參看Zhang，Y.Q.等人，MolMicrobiol,49(6)，第1577-93頁(yè)(2003)。表5所示的預(yù)測(cè)功能是歸因于涉及特定蛋白質(zhì)的先前公開案或與其它生物體中存在的先前經(jīng)表征的蛋白質(zhì)同源的個(gè)別ORF。表5<table>tableseeoriginaldocumentpage49</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage50</column></row><table>a蛋白質(zhì)的預(yù)測(cè)功能是通過與ATCC12228的完整基因組同源物比較確定。b檢測(cè)斑點(diǎn)的方法接著轉(zhuǎn)移到硝酸纖維，來自受感染兔的反應(yīng)性免疫血清I或結(jié)合血清組份S。如上文所討論，通過2D凝膠電泳分析在70%兔血清中生長(zhǎng)的表皮葡萄球菌0-47的細(xì)胞壁相關(guān)蛋白的表達(dá)概況。確定血清中的總體表達(dá)概況顯著不同于隨后在TSB中發(fā)生的生長(zhǎng)的概況。通過質(zhì)譜法鑒別在血清中生長(zhǎng)期間上調(diào)的多種蛋白質(zhì)，并通過序列比較預(yù)測(cè)其功能。參看表5。預(yù)測(cè)養(yǎng)分獲取所涉及的三種蛋白質(zhì)305、1450和1703都顯著增加。參看表4和5。所有三種蛋白質(zhì)都形成橫過凝膠的條紋。參看圖4。在不受理論束縛的情況下，這可能是多種電荷異構(gòu)體的結(jié)果或可能與其預(yù)測(cè)的脂蛋白組成有關(guān)。此外，所有三種蛋白質(zhì)都與經(jīng)表皮葡萄球菌0-47感染的兔的免疫血清具有高度反應(yīng)性，表明感染期間宿主中也表達(dá)這些蛋白質(zhì)。參看圖2和表5?？偲饋碚f，這些蛋白質(zhì)中有24種鑒別為與來自受感染兔的免疫血清具有反應(yīng)性。這些蛋白質(zhì)不僅在血清中生長(zhǎng)期間表達(dá)，而且其還引起受感染動(dòng)物的免疫反應(yīng)。參看實(shí)例8?？偟恼f來，這些數(shù)據(jù)表明在感染期間所有這些抗原都表達(dá)。受感染小鼠血流內(nèi)這些ORF的轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)是通過所有經(jīng)鑒別蛋白質(zhì)的RT-PCR確認(rèn)(數(shù)據(jù)未圖示)。實(shí)例7重組蛋白的克隆和表達(dá)使用基于己表達(dá)的蛋白質(zhì)的質(zhì)譜所鑒別的蛋白質(zhì)和表皮葡萄球菌0-47數(shù)據(jù)庫(kù)設(shè)計(jì)的引物克隆基因。使用尸/"r"AoDNA聚合酶(Stratagene，LaJolla，CA)通過聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)擴(kuò)增個(gè)別基因，并且用ragDNA聚合酶(RocheDiagnostics)添加腺嘌呤懸突。遵循制造商的說明書，將反應(yīng)產(chǎn)物克隆到pCRT7/NT-TOPO或pBAD/TOPOThio(Invitrogen，Carlsbad,CA)中，并將其轉(zhuǎn)化到大腸桿菌Top10(Invitrogen)中。使用ReddyMixPCRmastermix(ABgene,Rochester,NY)通過集落PCR檢測(cè)陽(yáng)性克隆，并且進(jìn)行測(cè)序以確保無(wú)假突變出現(xiàn)。純化來自pCRT7克隆的質(zhì)粒，并將其轉(zhuǎn)化到大腸桿菌BL21(DE3)(Invitrogen)中以供使用T7聚合酶進(jìn)行表達(dá)。37'C下，通過在振蕩下(200rpm)使陽(yáng)性克隆在補(bǔ)充有100貼/ml氨比西林的HySoy肉湯(1%HySoy(QuestIntl，Stockbridge,GA)、0.5%酵母提取物、100mMNaCl、50mMNa2HP04-7H20、40mMNaH2P04-H20)中生長(zhǎng)直到OD6oo約為l.O來表達(dá)蛋白質(zhì)。用1mMIPTG(pCRT7)或0.2%阿拉伯糖(pBAD)誘導(dǎo)蛋白質(zhì)表達(dá)，并使培養(yǎng)物再生長(zhǎng)3小時(shí)。接著，通過離心采集細(xì)胞，并通過全細(xì)胞溶解物的SDS-PAGE評(píng)定表達(dá)。純化重組蛋白質(zhì)使細(xì)胞小球再懸浮于100mlTBS(20mMTris(pH8.0)、150mMNaCl)中，并通過使其通過法氏壓力室(Frenchpressurecell)(SLM-Aminco,Rochester,NY)—次將其溶解。隨后，通過在10,000xg下離心10分鐘將樣本分成可溶部分或不可溶小球。通過SDS-PAGE評(píng)定重組蛋白的位置。如果重組蛋白在可溶部分中，那么將蛋白質(zhì)裝載于負(fù)載有Ni"的亞氨基二乙酸瓊脂糖樹脂上。參看表6。接著，用TBS中的30mM咪唑洗滌柱。用TBS中的300mM咪唑洗脫已結(jié)合的蛋白質(zhì)。如果需要額外的純化步驟，那么將蛋白質(zhì)透析到含有50mMNaCl的20mMTris(pH8.0)和1mMEDTA中，并將其裝載于填充有POROS-Q樹脂(AppliedBiosystems，F(xiàn)osterCity,CA)的柱上。用20mMTris(pH8.0)中的50mM到500mM梯度NaCl和0.1mMEDTA洗脫已結(jié)合的蛋白質(zhì)。通過SDS-PAGE測(cè)定含有所關(guān)注的蛋白質(zhì)的部分，并在-20'C下冷凍。如果發(fā)現(xiàn)重組蛋白在不可溶部分中，那么在4。C下用TBS中的100ml1%TritonX-100將不可溶部分處理4小時(shí)。參看表6。通過離心使不可溶蛋白質(zhì)?；G棄上清液。隨后，在室溫下，用100mlTBS中的8M尿素提取不可溶小球歷時(shí)至少8小時(shí)。使不可溶碎片?；⑷缟纤黾兓鞍踪|(zhì)，但所有緩沖液中都含有2M尿素。純化后，加入TritonX-100直到0.1%的最終濃度。隨后，將蛋白質(zhì)透析到含有0.1%Triton的TBS中，并且在-20。C下儲(chǔ)存。所有的液相色譜都是使用AKTA探察器(Amersham-PharmaciaBiotech,Piscataway，NJ)進(jìn)行。所有的SDS-PAGE都是使用4-20%梯度Tris-甘氨酸凝膠(Cambrex)進(jìn)行。表6<table>tableseeoriginaldocumentpage52</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage53</column></row><table>X表示蛋白質(zhì)是在所述部分中發(fā)現(xiàn)。NT表示未測(cè)試。實(shí)例8使用重組表皮葡萄球菌蛋白的免疫原性組合物在第0、3和6周時(shí)，通過皮下注射用與20STIMULONTMQS-21—起調(diào)配的10重組蛋白使四周齡的雌性Balb/C小鼠(CharlesRiverLaboratories,Wilmington,MA)免疫。在第一次免疫前0周時(shí)和第8周時(shí)對(duì)所述小鼠抽血。最后一次抽血兩天后，通過腹膜內(nèi)注射在哥倫比亞鹽瓊脂(Columbiasaltagar)(lx哥倫比亞瓊脂、0.1%葡萄糖、1%酵母提取物、0.5%NaCl)上生長(zhǎng)整夜的5x1()Scfu表皮葡萄球菌0-47激發(fā)小鼠。激發(fā)24小時(shí)后，處死小鼠并對(duì)脾和血液中的細(xì)菌計(jì)數(shù)。用重組蛋白使小鼠主動(dòng)免疫從表皮葡萄球菌0-47克隆27個(gè)編碼血清結(jié)合或免疫反應(yīng)性蛋白的開放閱讀框，并在具有六聚組氨酸標(biāo)簽的大腸桿菌中表達(dá)重組蛋白(His標(biāo)簽是為方便起見而使用；本發(fā)明的免疫原性組合物將含有在無(wú)His標(biāo)簽情況下表達(dá)的蛋白質(zhì))。參看表7。使用N產(chǎn)螯合柱隨后使用離子交換色譜純化這些蛋白。克隆三個(gè)剩余的經(jīng)克隆的開放閱讀框(2006、2975和2907)，但不以足以純化的水平表達(dá)。在第0、3和6周時(shí)，用個(gè)別重組蛋白使Balb/C小鼠免疫。在第0周和第8周對(duì)動(dòng)物抽血，并在第8周用表皮葡萄球菌0-47激發(fā)(腹膜內(nèi))。激發(fā)24小時(shí)后，對(duì)動(dòng)物施以安樂死，并計(jì)數(shù)血液和脾中存在的細(xì)菌數(shù)量。對(duì)5個(gè)動(dòng)物的群組進(jìn)行這一免疫原性組合物候選物的初始篩選以能夠篩選多種蛋白質(zhì)。所得數(shù)據(jù)在統(tǒng)計(jì)學(xué)上不顯著，但其仍提供關(guān)于大量候選物的免疫原性組合物可能性的有價(jià)值信息。27種重組蛋白中有8種使從脾和/或血液回收的細(xì)菌數(shù)量降低l個(gè)對(duì)數(shù)或更多。參看表7(NT-未測(cè)試)。表7免疫后細(xì)菌總數(shù)降低<table>tableseeoriginaldocumentpage54</column></row><table>NT表示未測(cè)試。評(píng)估從經(jīng)免疫小鼠獲得的血清對(duì)細(xì)菌蛋白的抗體反應(yīng)性。參看表8。如通過在兔血清中生長(zhǎng)到對(duì)數(shù)生長(zhǎng)中期的表皮葡萄球菌的全細(xì)胞溶解物的Western印跡法所測(cè)定，所測(cè)試的24份免疫血清中有23份與天然蛋白質(zhì)反應(yīng)。參看表8(NT-未測(cè)試)。表8與葡萄球菌蛋白的抗體反應(yīng)性<table>tableseeoriginaldocumentpage55</column></row><table>NT表示未測(cè)試。如表8所示，許多經(jīng)表皮葡萄球菌抗原免疫的動(dòng)物也對(duì)金黃葡萄球菌顯現(xiàn)出抗體反應(yīng)。因此，對(duì)抗表皮葡萄球菌抗原的免疫原性組合物可有效治療或預(yù)防金黃葡萄球菌和表皮葡萄球菌。參看表8。將用于上述免疫原性組合物中的一分組重組蛋白用于使較大的小鼠群組免疫。通過皮下注射生理鹽水或10嗎抗原和作為佐劑的20STIMULONQS-21使10只雌性(4周齡)Balb/C小鼠的群組免疫。最后一次免疫2周后，通過腹膜內(nèi)注射用約5x108cfu表皮葡萄球菌0-47激發(fā)小鼠。激發(fā)后24小時(shí)，對(duì)血液和脾中的細(xì)菌計(jì)數(shù)。參看表9。與生理鹽水中的STIMULONQS-21對(duì)照相比較，測(cè)定logCFU的降低。通過Student's-T檢驗(yàn)分析數(shù)據(jù)，且得到*0.05或"O.Ol的p值。表9免疫原性組合物中所使用的蛋白質(zhì)<table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table>*p值<0.05**口值<0.01表9中所示的表皮葡萄球菌蛋白展示出當(dāng)用于免疫原性組合物中時(shí)降低隨后激發(fā)后細(xì)菌感染的嚴(yán)重程度的極高效用。實(shí)例9經(jīng)表皮葡萄球菌蛋白免疫后防止金黃葡萄球菌激發(fā)如實(shí)例8(表8)中的抗體結(jié)合數(shù)據(jù)所表明，對(duì)抗表皮葡萄球菌抗原的免疫原性組合物可對(duì)治療或預(yù)防金黃葡萄球菌有效。因此，使用經(jīng)表皮葡萄球菌抗原的免疫原性組合物免疫后的金黃葡萄球菌進(jìn)行激發(fā)。在第0、3和6周時(shí)，通過皮下注射以20STIMULONQS-21中的10pg重組蛋白使四周齡的雌性CD-1小鼠(CharlesRiverLaboratories,Wilmington,MA)免疫。在第一次免疫前0周時(shí)和第8周時(shí)對(duì)所述小鼠抽血。最后一次抽血兩天后，通過腹膜內(nèi)注射在哥倫比亞鹽瓊脂(lx哥倫比亞瓊脂、0.1%葡萄糖、1%酵母提取物、0.5%NaCl)上生長(zhǎng)整夜的3x108cfu金黃葡萄球菌Reynolds激發(fā)小鼠。激發(fā)24小時(shí)后，處死小鼠并對(duì)腎中的細(xì)菌計(jì)數(shù)。表io<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table>如表IO所示，某些表皮葡萄球菌抗原能夠有效誘導(dǎo)識(shí)別金黃葡萄球菌并與其結(jié)合的抗體。此外，所誘導(dǎo)的抗體對(duì)于降低金黃葡萄球菌激發(fā)后所計(jì)數(shù)的細(xì)菌含量具有有益作用。將SEQIDNO:l到SEQIDNO:32的表皮葡萄球菌多肽抗原的氨基酸序列的同一性百分?jǐn)?shù)與其來自金黃葡萄球菌的同源物的氨基酸序列相比較。結(jié)果展示于表11中。表ll<table>tableseeoriginaldocumentpage57</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>測(cè)定多肽序列之間的同源性。權(quán)利要求1.一種免疫原性組合物，其包含具有選自一或多個(gè)SEQIDNO1到SEQIDNO32、其生物等效物或其片段的氨基酸序列的多肽。2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的免疫原性組合物，其中所述多肽可與受表皮葡萄球菌(5VapA;yZococa^ep^ennW")感染的兔的血清中的抗體免疫反應(yīng)。3.根據(jù)權(quán)利要求1或2所述的免疫原性組合物，其中所述多肽與一或多種兔血清蛋白結(jié)合o4.根據(jù)權(quán)利要求1至3中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其另外包含醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。5.根據(jù)權(quán)利要求1至4中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其另外包含一或多種佐劑。6.根據(jù)權(quán)利要求1至5中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽是從表皮葡萄球菌獲得。7.根據(jù)權(quán)利要求1至6中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽另外包含異源氨基酸。8.根據(jù)權(quán)利要求1至7中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽為融合多肽。9.根據(jù)權(quán)利要求1至8中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽為重組多肽。10.根據(jù)權(quán)利要求1至9中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽是從表皮葡萄球菌分離。11.根據(jù)權(quán)利要求1至10中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽包含表皮葡萄球菌的中和表位。12.根據(jù)權(quán)利要求1至11中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽為脂蛋白。13.根據(jù)權(quán)利要求1至12中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，所述組合物另外包含表皮葡萄球菌多糖抗原。14.根據(jù)權(quán)利要求1至13中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，所述組合物另外包含金黃葡萄球菌(5mpAyZococcwaMWW)多糖或多肽抗原。15.根據(jù)權(quán)利要求1至14中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽包含選自由SEQIDNO:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:14、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:23、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27和SEQIDNO:30、其生物等效物或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌多肽序列。16.根據(jù)權(quán)利要求1至15中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述多肽是由聚核苷酸編碼，所述聚核苷酸包含與選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64中一者或其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列具有至少約95%同一性的核苷酸序列。17.根據(jù)權(quán)利要求1至16中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸是得自表皮葡萄球菌。18.根據(jù)權(quán)利要求1至17中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述表皮葡萄球菌聚核苷酸序列是選自由SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59和SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段組成的群組。19.根據(jù)權(quán)利要求1至18中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸另外包含異源核苷酸。20.—種免疫原性組合物，其包含具有選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64中一者、其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列的聚核苷酸，且所述聚核苷酸是包含于表達(dá)載體中。21.根據(jù)權(quán)利要求20所述的免疫原性組合物，其中所述表皮葡萄球菌聚核苷酸序列是選自由SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59和SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段組成的群組。22.根據(jù)權(quán)利要求20或21所述的免疫原性組合物，其中所述載體為質(zhì)粒DNA。23.根據(jù)權(quán)利要求20至22中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸為重組聚核苷酸。24.根據(jù)權(quán)利要求20至23中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸是從表皮葡萄球菌獲得。25.根據(jù)權(quán)利要求24所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸包含異源核苷酸。26.根據(jù)權(quán)利要求20至23中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸操作地連接到一個(gè)或多個(gè)基因表達(dá)調(diào)控元件。27.根據(jù)權(quán)利要求24所述的免疫原性組合物，其中所述聚核苷酸引導(dǎo)表皮葡萄球菌的中和表位的表達(dá)。28.根據(jù)權(quán)利要求20至23中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的免疫原性組合物，其另外包含轉(zhuǎn)染促進(jìn)劑。29.根據(jù)權(quán)利要求28所述的免疫原性組合物，其中所述轉(zhuǎn)染促進(jìn)劑為布比卡因(bupivicaine)。30.—種誘導(dǎo)對(duì)抗表皮葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含具有選自一或多個(gè)SEQIDNO:1到SEQIDNO:32或其生物等效物或其片段的氨基酸序列的多肽，和醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。31.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其中所述多肽另外包含異源氨基酸。32.根據(jù)權(quán)利要求31所述的方法，其中所述多肽為融合多肽。33.根據(jù)權(quán)利要求30所述的方法，其另外包含佐劑。34.根據(jù)權(quán)利要求30或31所述的方法，其中所述多肽為重組多肽。35.—種誘導(dǎo)對(duì)抗表皮葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含具有選自一或多個(gè)SEQIDNO:33到SEQIDNO:64、其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列的聚核苷酸，和醫(yī)藥學(xué)上可接受的載劑。36.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其另外包含載體。37.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述載體為質(zhì)粒DNA。38.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述聚核苷酸為重組聚核苷酸。39.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述聚核苷酸另外包含異源核苷酸。40.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述聚核苷酸操作地連接到一個(gè)或多個(gè)基因表達(dá)調(diào)控元件。41.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其另外包含佐劑。42.根據(jù)權(quán)利要求35所述的方法，其中所述組合物另外包含轉(zhuǎn)染促進(jìn)劑。43.根據(jù)權(quán)利要求42所述的方法，其中所述轉(zhuǎn)染促進(jìn)劑為布比卡因。44.一種誘導(dǎo)對(duì)抗金黃葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含選自由SEQIDN0:8、SEQIDNO:10、SEQIDNO:11、SEQIDNO:12、SEQIDNO:14、SEQIDNO:18、SEQIDNO:19、SEQIDNO:20、SEQIDNO:23、SEQIDNO:26、SEQIDNO:27和SEQIDNO:30、其生物等效物或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌多肽序列。45.—種誘導(dǎo)對(duì)抗金黃葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法，其包含向哺乳動(dòng)物投與免疫原性量的組合物，所述組合物包含選自由SEQIDNO:40、SEQIDNO:42、SEQIDNO:43、SEQIDNO:44、SEQIDNO:46、SEQIDNO:50、SEQIDNO:51、SEQIDNO:52、SEQIDNO:55、SEQIDNO:58、SEQIDNO:59和SEQIDNO:62或其簡(jiǎn)并變異體或其片段組成的群組的表皮葡萄球菌聚核苷酸序列。46.—種用于檢測(cè)和/或鑒別生物樣本中的表皮葡萄球菌的方法，其包含(a)在允許雜交的條件下，使所述樣本與聚核苷酸的寡核苷酸探針接觸，所述聚核苷酸包含選自SEQIDNO:33到SEQIDNO:64中一者或其簡(jiǎn)并變異體或其片段的核苷酸序列；和(b)檢測(cè)所述樣本中雜交復(fù)合物的存在，其中雜交復(fù)合物表明所述樣本中存在表皮葡萄球菌。47.—種用于檢測(cè)和/或鑒別生物樣本中抗表皮葡萄球菌的抗體的方法，其包含(a)在允許免疫復(fù)合物形成的條件下，使所述樣本與多肽接觸，所述多肽包含選自SEQIDNO:1到SEQIDNO:32中一者或其生物等效物或其片段的氨基酸序列；和(b)檢測(cè)所述樣本中免疫復(fù)合物的存在，其中免疫復(fù)合物表明所述樣本中存在表皮葡萄球菌。48.—種根據(jù)權(quán)利要求1至29中任一或多項(xiàng)權(quán)利要求所述的組合物，其是用于誘導(dǎo)對(duì)抗表皮葡萄球菌的免疫反應(yīng)的方法中。全文摘要本發(fā)明涉及免疫原性組合物，其包含從表皮葡萄球菌(Staphylococcusepidermidis)分離的多肽。本發(fā)明還涉及編碼表皮葡萄球菌多肽的聚核苷酸和其于免疫原性組合物中的用途。此外，本發(fā)明涉及使用所述表皮葡萄球菌多肽和聚核苷酸的免疫原性組合物誘導(dǎo)哺乳動(dòng)物對(duì)表皮葡萄球菌和金黃葡萄球菌(Staphylococcusaureus)的免疫反應(yīng)的方法。本發(fā)明還涉及用于檢測(cè)生物樣本中的表皮葡萄球菌的方法。文檔編號(hào)A61K39/085GK101175508SQ200580036018公開日2008年5月7日申請(qǐng)日期2005年10月19日優(yōu)先權(quán)日2004年10月21日發(fā)明者史蒂文·莫里斯·貝克,布雷特·理查德·塞爾曼申請(qǐng)人:惠氏公司