專利名稱：：B型流感嗜血桿菌的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
：本發(fā)明屬于流感嗜血桿菌(^#^/7^#虜//^^w加e)免疫學(xué)和疫苗學(xué)領(lǐng)域。
背景技術(shù)：
：流感嗜血桿菌是一種小的、不能運(yùn)動(dòng)的革蘭氏陰性球桿菌。它是造成廣譜人類感染的呼吸道病原體，其中包括上呼吸道的無(wú)癥狀集群(colonization)(即遷移)；從集群的粘膜表面延伸的感染，造成中耳炎(中耳發(fā)炎)、支氣管炎、結(jié)膜炎、竇炎、尿道感染和肺炎；以及侵入性感染，如菌血癥、膿毒性關(guān)節(jié)炎、會(huì)厭炎、肺炎、膿胸、心包炎、蜂窩織炎、骨髓炎和腦膜炎。流感嗜血桿菌(Hf"/^e^"e)是第一種被公布全部基因組序列的細(xì)菌[l]。流感嗜血桿菌菌株是有莢膜(可分型)或沒(méi)有莢膜的(不可分型)，莢膜菌株有六種主要的血清型(a-f)。95%的流感嗜血桿菌造成的侵入性疾病是由B型流感嗜血桿菌('Hib')菌株造成的。ffib疾病最嚴(yán)重的表現(xiàn)為腦膜炎，但20世紀(jì)80年代基于偶聯(lián)Hib莢膜糖的疫苗出現(xiàn)極大的降低該病的發(fā)病率。偶聯(lián)疫苗的制造涉及糖類和載體的制備和隨后的偶聯(lián)，就制造而言，簡(jiǎn)單的蛋白質(zhì)抗原將更加方便。血清型d菌株KW20的基因組序列[1，2]已被用于理解基礎(chǔ)流感嗜血桿菌生物學(xué)，但還無(wú)法用于抵抗致病性流感嗜血桿菌菌株，這是因?yàn)檠逍蚫菌株通常不是病原體。本發(fā)明的一個(gè)目的是提供用于開(kāi)發(fā)預(yù)防和/或治療由b型流感嗜血桿菌菌株造成的感染的疫苗的多肽。具體地說(shuō)，本發(fā)明的一個(gè)目的是提供用于改進(jìn)預(yù)防和/或治療由Hib造成的細(xì)菌性腦膜炎的疫苗的多肽。所述多肽還可用于診斷目的以及作為抗生素的靶點(diǎn)。發(fā)明概述32多嚴(yán)本發(fā)明提供了包含實(shí)施例中所述流感嗜血桿菌氨基酸序列的多肽。這些氨基酸序列是SEQIDNO2-3706中的偶數(shù)序列。因此有1853個(gè)氨基酸序列，并被稱為HIB朋朋，其中朋朋為0001-1853之間的數(shù)字。本發(fā)明還提供了包含與實(shí)施例中所述的流感嗜血桿菌氨基酸序列具有序列相同性的氨基酸序列的多肽。根據(jù)具體的序列，序列相同性程度優(yōu)選大于50%(例如60%、70%、75°/。、800/。、85%、90o/o、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%或更高)。這些多肽包括同源物、直向同源物、等位基因變體和功能突變體。一般地，兩種多肽序列之間相同性為50%或更高被認(rèn)為是功能等效的標(biāo)志。優(yōu)選用MPSRCH程序(OxfordMolecular)中運(yùn)行的Sm他-Waterman同源性檢索算法來(lái)確定多肽間的相同性，其釆用帶有參數(shù)欽"^:及巧為、=^和欽/7延辦^力^=/的仿射缺口檢索來(lái)進(jìn)行。與實(shí)施例的Hib序列相比，這些多肽可包含一個(gè)或多個(gè)(如1、2、3、4、5、6、7、8、9、IO等)保守的氨基酸取代，即用具有相關(guān)側(cè)鏈的另一種氨基酸取代原有氨基酸。遺傳編碼氨基酸通常分成4種家族(l)酸性，即天冬氨酸、谷氨酸；(2)堿性，即賴氨酸、精氨酸、組氨酸；(3)非極性，即丙氨酸、纈氨酸、亮氨酸、異亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸；和(4)不帶電荷的極性氨基酸，即甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、絲氨酸、蘇氨酸、酪氨酸。有時(shí)將苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸一起稱為芳族氨基酸。通常，在這些家族中的單個(gè)氨基酸取代不會(huì)對(duì)生物活性產(chǎn)生重要影響。而且，相對(duì)于實(shí)施例中的Hib序列，所述多肽可以有一個(gè)或多個(gè)(如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)單個(gè)氨基酸的缺失。而且，相對(duì)于實(shí)施例中的Hib序列，所述多肽還可包含一個(gè)或多個(gè)(如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10等)插入(如l、2、3、4或5個(gè)氨基酸)。優(yōu)選的本發(fā)明的多肽如下所述，包含那些脂質(zhì)化的、位于外膜中的、位于內(nèi)膜中的、或位于周質(zhì)中的多肽。尤其優(yōu)選的多肽是同時(shí)屬于這些范疇中l(wèi)種以上的多肽，如位于外膜中的脂質(zhì)化多肽，如HIB0374、HIB0382、HIB0426、HIB0733、HIB0734、HIB1564和HIB1654。兩種優(yōu)選的脂蛋白是HIB1027和HIB1255。翻譯后加工信號(hào)肽后脂蛋白的N端半胱氨酸共價(jià)連接于脂質(zhì)。本發(fā)明還提供包含實(shí)施例中公開(kāi)的流感嗜血桿菌氨基酸序列的片段的多肽。所述片段包含該序列中至少w個(gè)連續(xù)氨基酸，針對(duì)特定序列，《為7或更大(如8、10、12、3314、16、18、20、22、24、26、28、30、35、40、45、50、60、70、80、卯、100或更大)。所述片段可包含該序列的至少一個(gè)T細(xì)胞表位，或優(yōu)選地，B細(xì)胞表位。T細(xì)胞表位和B細(xì)胞表位可憑經(jīng)驗(yàn)鑒定(如采用PEPSCAN[3，4]或類似方法)或預(yù)測(cè)(如采用Jameson-Wolf抗原性指數(shù)[5]、矩陣基方法[6]、TEPITOPE[7]、神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)[8]、OptiMer&EpiMer[9，10]、ADEPT[ll]、Tsites[12]、親水性[13]、抗原性指數(shù)[14]或參考文獻(xiàn)15公開(kāi)的方法等)。其它優(yōu)選片段為(a)本發(fā)明的Hib多肽的N端信號(hào)肽、(b)不具有N端信號(hào)肽的Hib多肽、(c)不具有其N端氨基酸殘基的Hib多肽。本發(fā)明的多肽可以許多方式制備，如化學(xué)合成(全部或部分)、用蛋白酶消化較長(zhǎng)多肽、RNA翻譯、從細(xì)胞培養(yǎng)物(如重組表達(dá)的細(xì)胞培養(yǎng)物)或生物體本身(如經(jīng)過(guò)細(xì)菌培養(yǎng)或直接來(lái)自患者的生物體)進(jìn)行純化等。制備長(zhǎng)度<40個(gè)氨基酸的多肽的優(yōu)選方法包括體外化學(xué)合成[16，17]。尤其優(yōu)選固相的肽合成，如基于tBoc或Fmoc[18]化學(xué)的方法。也可部分或全部采用酶合成[19]。作為對(duì)化學(xué)合成的替代方法，還可采用生物合成，例如可以通過(guò)翻譯來(lái)制備多肽。這可在體外或體內(nèi)進(jìn)行。生物學(xué)方法通常限于制備L氨基酸多肽，然而操縱翻譯機(jī)制(如氨?；鵷RNA分子)可用于引入D氨基酸(或其它非天然氨基酸，如碘化酪氨酸或甲基苯丙氨酸、疊氮高丙氨酸等)[31]。然而，含有D氨基酸時(shí)，優(yōu)選采用化學(xué)合成方法?？稍贑末端和/或N末端對(duì)本發(fā)明的多肽進(jìn)行共價(jià)修飾。本發(fā)明的多肽可采取各種形式(如天然、融合、糖基化、非糖基化、脂質(zhì)化、非脂質(zhì)化、磷酸化、非磷酸化、十四垸基化、非十四烷基化、單體、多聚體、顆粒、變性等)。優(yōu)選提供純化或基本純化形式，即基本上不含其它多肽(如不含天然產(chǎn)生的多肽)，尤其是不含其它嗜血桿菌或宿主細(xì)胞多肽的本發(fā)明的多肽，一般至少約50%純(重量)，通常至少約90%純，即其它表達(dá)多肽占該組合物的約50%以下，更優(yōu)選約10%以下(如5%或更少)。本發(fā)明的多肽優(yōu)選為流感嗜血桿菌多肽。本發(fā)明的多肽優(yōu)選具有表I中所述相關(guān)序列的功能。本發(fā)明的多肽可連接于固相載體。本發(fā)明的多肽可包含可檢測(cè)標(biāo)記(如放射性或熒光標(biāo)記或生物素標(biāo)記)。術(shù)語(yǔ)"多肽"指任何長(zhǎng)度的氨基酸聚合物。所述聚合物可以是直鏈或支鏈，它可包含修飾氨基酸，并且可被非氨基酸所中斷。所述術(shù)語(yǔ)還涵蓋經(jīng)天然修飾或介入(intervention)修飾的氨基酸聚合物；例如，二硫鍵形成、糖基化、脂質(zhì)化、乙酰化、磷酸化或任何其它操控或修飾，如與標(biāo)記組分偶聯(lián)。該定義還包括(例如)含有一個(gè)或多個(gè)氨基酸類似物(包括(如)非天然氨基酸等)以及其它本領(lǐng)域公知修飾的多肽。多肽可以單鏈或結(jié)合鏈的形式存在。本發(fā)明的多肽可以是天然或人工糖基化的多肽(即所述多肽的糖基化模式與在相應(yīng)的天然產(chǎn)生多肽中發(fā)現(xiàn)的糖基化模式不同)。本發(fā)明提供的多肽包含序列-X-Y-或-Y-X-，其中-X-為上述定義的氨基酸序列，-Y-并非上述定義的序列，即本發(fā)明提供融合蛋白。當(dāng)多肽編碼序列的N末端密碼子并非ATG時(shí)，所述密碼子將會(huì)按照該密碼子的標(biāo)準(zhǔn)氨基酸進(jìn)行翻譯而不是翻譯成Met，這種情況發(fā)生在該密碼子翻譯成起始密碼子時(shí)。本發(fā)明提供一種制備本發(fā)明多肽的方法，所述方法包括在誘導(dǎo)多肽表達(dá)的條件下培養(yǎng)本發(fā)明的宿主細(xì)胞的步驟。本發(fā)明提供一種制備本發(fā)明多肽的方法，其中所述多肽部分或完全用化學(xué)方法合成。本發(fā)明提供了一種含有兩種或多種本發(fā)明多肽的組合物。本發(fā)明還提供一種以通式NH2-A-[-X-L-]"-B-COOH表示的雜交多肽，其中X為上述定義的本發(fā)明的多肽，L為任選的接頭氨基酸序列，A為任選的N末端氨基酸序列，B為任選的C末端氨基酸序列，"為大于l的整數(shù)。w值在2和x之間，x值一般為3、4、5、6、7、8、9或10。優(yōu)選地，w為2、3或4;更優(yōu)選地為2或3;最優(yōu)選地，"=2。在每種"的例子中，-X-可以相同或不同。在[-X-L-]的每種"的例子中，接頭氨基酸序列-L-可有或無(wú)。例如，當(dāng)"=2時(shí)，該雜交體可以是NH2隱X-L廣X2-L2-COOH、NH2-X廣X2-COOH、NHrX廣L!-X2-COOH、NH2-X,-X2-L2-COOH等。接頭氨基酸序列-L-一般為短序列(如20個(gè)或更少氨基酸，即19、18、17、16、15、14、B、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1個(gè))。例子包括有助于克隆的短肽序列、聚甘氨酸接頭(即Gly。，其中"=2、3、4、5、6、7、8、9、10或更大)、和組氨酸標(biāo)簽(即His"，其中"=3、4、5、6、7、8、9、10或更大)。其它合適的接頭氨基酸序列對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見(jiàn)的。-A-和-B-為任選序列，一般為短序列(如40個(gè)或更少氨基酸，即39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3、2、1個(gè))。例子包括指導(dǎo)多肽運(yùn)輸?shù)那皩?dǎo)序列，或有助于克隆或純化的短肽序列(如組氨酸標(biāo)簽，即His"，其中"=3、354、5、6、7、8、9、IO或更大)。其它合適的N末端和C末端氨基酸序列對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員而言是顯而易見(jiàn)的。可采用各種試驗(yàn)來(lái)評(píng)估本發(fā)明的多肽的體內(nèi)免疫原性。例如，多肽可重組表達(dá)并通過(guò)免疫印跡法用來(lái)篩選患者血清。多肽和患者血清之間發(fā)生陽(yáng)性反應(yīng)說(shuō)明患者以前對(duì)所研究蛋白產(chǎn)生了免疫應(yīng)答，即該蛋白為免疫原。這種方法還可用來(lái)鑒定優(yōu)勢(shì)免疫蛋白。諒謬本發(fā)明提供了與本發(fā)明多肽結(jié)合的抗體。它們可以是多克隆或單克隆抗體，并可由任何合適方法制備(如通過(guò)重組表達(dá))。為了增加其與人免疫系統(tǒng)的相容性，所述抗體可以是嵌合抗體或人源化抗體[如，參考文獻(xiàn)21和22]，或可采用完全人抗。所述抗體可以包含可檢測(cè)標(biāo)記(如用于診斷試驗(yàn))。本發(fā)明抗體可以連接于固相載體。本發(fā)明抗體優(yōu)選為中和抗體。單克隆抗體對(duì)鑒定和純化與之結(jié)合的單個(gè)多肽尤其有用。本發(fā)明的單克隆抗體也可以用作免疫測(cè)定、放射性免疫試驗(yàn)(RIA)或酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)等的試劑。在這些應(yīng)用中，可用可分析檢測(cè)試劑如放射性同位素、熒光分子或酶標(biāo)記抗體標(biāo)記抗體。以上述方法制備的單克隆抗體還可用于本發(fā)明的多肽的分子鑒定或表征(表位作圖)。本發(fā)明抗體優(yōu)選特異于嗜血桿菌屬細(xì)菌，即相對(duì)于非嗜血桿菌屬細(xì)菌它們優(yōu)選地與嗜血桿菌屬細(xì)菌結(jié)合。更優(yōu)選地，所述抗體對(duì)Hib具有特異性，即相對(duì)于非b型流感嗜血桿菌菌株它們優(yōu)選地與Hib細(xì)菌結(jié)合。本發(fā)明抗體優(yōu)選地以純化或基本純化形式提供。一般地，抗體存在于基本上不含其它多肽的組合物中，如組合物中其它多肽少于90%(重量)，通常少于60%，更通常少于50%。本發(fā)明抗體可以是任何同種型(如IgA、IgG、IgM，即a、y或p重鏈)，然而通常為IgG。在IgG同種型中，抗體可以是IgGl、IgG2、IgG3、IgG4亞類。本發(fā)明抗體可具有K或A輕鏈。本發(fā)明抗體可具有各種形式，包括完整抗體，抗體片段如F(ab，)2和F(ab)片段、Fv片段(非共價(jià)異二聚體)、單鏈抗體(如單鏈Fv分子(scFv))、小抗體、寡抗體(oligobody)等。術(shù)語(yǔ)"抗體"不暗指任何特定來(lái)源，并包括由非常規(guī)方法(如噬菌體展示)所獲得36的抗體。本發(fā)明提供一種檢測(cè)本發(fā)明多肽的方法，包括如下步驟(a)在適于形成抗體-抗原復(fù)合物的條件下將生物樣品與本發(fā)明抗體接觸；和(b)檢測(cè)所述復(fù)合物。本發(fā)明提供一種檢測(cè)本發(fā)明抗體的方法，包括如下步驟(a)在適于形成抗體-抗原復(fù)合物的條件下將生物樣品(如血液或血清樣品)與本發(fā)明的多肽接觸；和(b)檢測(cè)所述復(fù)合物。凝膺本發(fā)明提供了含有實(shí)施例中所述流感嗜血桿菌核苷酸序列的核酸。這些核酸序列是SEQIDNO1-3706中的奇數(shù)序列。本發(fā)明還提供了含有與實(shí)施例中所述的流感嗜血桿菌核苷酸序列具有序列相同性的核苷酸序列的核酸。序列之間的相同性優(yōu)選用上述Smith-Waterman同源檢索算法確定。本發(fā)明還提供可與實(shí)施例中所述的流感嗜血桿菌核酸雜交的核酸。雜交反應(yīng)可以在不同"嚴(yán)格"條件下進(jìn)行。本領(lǐng)域眾所周知并公開(kāi)了提高雜交嚴(yán)格性的條件[如參考文獻(xiàn)23第7.52頁(yè)]。相關(guān)條件的例子包括(以嚴(yán)格性遞增的順序)培育溫度25。C、37°C、50°C、55。C和68°C;緩沖液濃度IOXSSC、6XSSC、1XSSC、O.IXSSC(其中SSC為0J5MNaCl和15mM檸檬酸鹽的緩沖液)及采用其它緩沖體系的等效物；甲酰胺濃度0%、25%、50%和75%;培育時(shí)間從5分鐘到24小時(shí)；1次、2次或更多次洗滌步驟；l分鐘、2分鐘或15分鐘的洗滌培育時(shí)間；洗滌溶液6XSSC、1XSSC、O.IXSSC或去離子水。雜交技術(shù)及其優(yōu)化為本領(lǐng)域公知[如見(jiàn)參考文獻(xiàn)23-26等〗。一些實(shí)施方式中，本發(fā)明核酸在低嚴(yán)格條件下與靶點(diǎn)雜交；在其它實(shí)施方式中它在中等嚴(yán)格條件下雜交；優(yōu)選實(shí)施方式中，它在高度嚴(yán)格條件下雜交。低嚴(yán)格雜交條件的示例性參數(shù)組為5(TC和IOXSSC。中等嚴(yán)格雜交條件的示例性參數(shù)組為55°C和1XSSC。高度嚴(yán)格雜交條件的示例性參數(shù)組為68。C和0.1XSSC。還提供了包含這些序列片段的核酸。它們應(yīng)該包含流感嗜血桿菌序列中的至少n個(gè)連續(xù)核苷酸，根據(jù)特定序列，n為IO或更多(如12、14、15、18、20、25、30、35、40、50、60、70、80、90、100、150、200或更多)。本發(fā)明提供通式5'-X-Y-Z-3'的核酸，其中-X-為由x個(gè)核苷酸組成的核苷酸序列；-Z-為Z個(gè)核苷酸組成的核苷酸序列；-Y-為由以下片段組成的核苷酸序列(a)選自SEQIDNO:1-5079中奇數(shù)編碼的序列的片段；或(b)(a)的互補(bǔ)物；所述核酸5'-X-Y-Z-3，不是(i)SEQIDNO:1-3705中奇數(shù)編碼的序列的片段，也不是(ii)(i)的互補(bǔ)物。-乂-和/或-2-部分可包含啟動(dòng)子序列(或其互補(bǔ)物)。本發(fā)明還提供了編碼本發(fā)明多肽和多肽片段的核酸。本發(fā)明包括的核酸含有與序列表中所列序列互補(bǔ)的序列(如作為反義鏈或探針，或用作引物)以及實(shí)際所示定位的序列。本發(fā)明核酸可用于雜交反應(yīng)(如Northern或Southern印跡、或用于核酸微陣列或'基因芯片')、擴(kuò)增反應(yīng)(如PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)和其它核酸技術(shù)。本發(fā)明核酸可具有各種形式(如單鏈、雙鏈、載體、引物、探針、標(biāo)記等)。本發(fā)明核酸可以是環(huán)狀或支鏈，然而通常為直鏈。除非另有限定或要求，采用核酸的本發(fā)明任何實(shí)施方式均可采用雙鏈形式和組成該雙鏈形式的兩條互補(bǔ)的單鏈形式。引物和探針通常為單鏈，反義核酸通常也是單鏈。優(yōu)選以純化或基本純化的形式，即基本上不含其它核酸(如不含天然產(chǎn)生的核酸)、尤其不含其它嗜血桿菌屬或宿主細(xì)胞核酸的形式提供本發(fā)明核酸，通常為至少約50%純(重量)，通常至少約90%純。本發(fā)明核酸優(yōu)選地為流感嗜血桿菌核酸。本發(fā)明核酸可以多種方式制備，如完全或部分采用化學(xué)合成(如DNA的亞磷酰胺合成)，用核酸酶(如限制性酶)消化較長(zhǎng)核酸，連接基因組或cDNA文庫(kù)中的較短核酸或核苷酸(如采用連接酶或聚合酶)等。本發(fā)明核酸可以連接于固相載體(如珠子、平板、濾紙、膜、玻片、微陣列載體、樹(shù)脂等)。可用(如)放射性標(biāo)記或熒光標(biāo)記、或生物素標(biāo)記標(biāo)記本發(fā)明核酸。當(dāng)該核酸用于檢測(cè)技術(shù)，如該核酸是引物或探針時(shí)，標(biāo)記特別有用。術(shù)語(yǔ)"核酸"通常包括任何長(zhǎng)度的核苷酸的聚合形式，其包含脫氧核糖核苷酸、核糖核苷酸和/或其類似物。它包括DNA、RNA、DNA/RNA雜交體。它還包括DNA或RNA類似物，如含有修飾主鏈(如肽核酸(PNA)或硫代磷酸酯)或修飾堿基的類似物。因此本發(fā)明包括mRNA、tRNA、rRNA、核酶、DNA、cDNA、重組核酸、支鏈核酸、質(zhì)粒、載體、探針、引物等。當(dāng)本發(fā)明的核酸采用RNA形式時(shí)，它可能或可能不帶有5'帽。本發(fā)明核酸包含Hib序列，然而它們還可以包含非Hib序列(如上述通式385'-X-Y-Z-3，的核酸)。這對(duì)探針而言尤其適用，從而可使探針包含與Hib靶核酸互補(bǔ)的第一序列和不與靶核酸互補(bǔ)的第二序列。引物中的任何此類非互補(bǔ)序列優(yōu)選位于互補(bǔ)序列的5，。典型的非互補(bǔ)序列包含限制性位點(diǎn)或啟動(dòng)子序列。本發(fā)明的核酸可用許多方法制備，如化學(xué)合成(至少一部分)，用核酸酶(如限制性酶)消化較長(zhǎng)核酸，連接基因組或cDNA文庫(kù)中的較短核酸(如釆用連接酶或聚合酶)等。本發(fā)明核酸可以是載體的一部分，即設(shè)計(jì)用于轉(zhuǎn)導(dǎo)/轉(zhuǎn)染一種或多種細(xì)胞類型的核酸構(gòu)建物的一部分。載體可以是，例如，設(shè)計(jì)用來(lái)分離、增殖和復(fù)制插入核苷酸的"克隆載體"，設(shè)計(jì)用來(lái)在宿主細(xì)胞中表達(dá)核苷酸序列的"表達(dá)載體"，設(shè)計(jì)用來(lái)生產(chǎn)重組病毒或病毒樣顆粒的"病毒載體"，或包括超過(guò)一種類型的載體的屬性的"穿梭載體"。優(yōu)選的載體為質(zhì)粒。"宿主細(xì)胞"包括單個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞培養(yǎng)物，其可以作為或已經(jīng)作為外源核酸的受體。宿主細(xì)胞包括單個(gè)宿主細(xì)胞的后代，并且由于天然、偶然或有意的突變和/或改變，所述后代不一定與原始親代細(xì)胞完全相同(形態(tài)方面或總DNA互補(bǔ)物(complement)方面)。宿主細(xì)胞包括用本發(fā)明核酸在體內(nèi)或體外轉(zhuǎn)染或感染的細(xì)胞。當(dāng)核酸為DNA時(shí)，應(yīng)理解，RNA序列中的"U"會(huì)被DNA中的"T"取代。相似地，當(dāng)核酸為RNA時(shí)，應(yīng)理解，DNA序列中的"T"會(huì)被RNA中的"U"取代。當(dāng)術(shù)語(yǔ)"互補(bǔ)物"或"互補(bǔ)"用于核酸時(shí)，指Watson-Crick堿基配對(duì)。因此C的互補(bǔ)物為G，G的互補(bǔ)物為C，A的互補(bǔ)物為T(mén)(或U)，T(或U)的互補(bǔ)物為A。還可能使用如I(嘌呤肌苷)這樣的堿基，與嘧啶(C或T)互補(bǔ)。所述術(shù)語(yǔ)還暗示了方向，即5，-ACAGT-3，的互補(bǔ)物為5，-ACTGT-3，而不是5，-TGTCA-3，。本發(fā)明核酸可用于，例如制備多肽；作為在生物樣品中檢測(cè)核酸的雜交探針；產(chǎn)生核酸的額外拷貝；產(chǎn)生核酶或反義寡核苷酸；作為單鏈DNA引物或探針；或作為形成三鏈的寡核苷酸。本發(fā)明提供一種制備本發(fā)明核酸的方法，其中所述核酸部分或全部釆用化學(xué)方法合成。本發(fā)明提供包含本發(fā)明核苷酸序列的載體(如，克隆或表達(dá)載體)和轉(zhuǎn)染有所述載體的宿主細(xì)胞。本發(fā)明還提供包含用于擴(kuò)增嗜血桿菌屬細(xì)菌(例如流感嗜血桿菌)核酸序列內(nèi)所含模板序列的引物(如PCR引物)的試劑盒，所述試劑盒包含第一引物和第二引物，其39中所述第一引物與所述模板序列基本互補(bǔ)，所述第二引物與所述模板序列的互補(bǔ)物基本互補(bǔ)，其中基本互補(bǔ)的所述引物部分確定了待擴(kuò)增模板序列的末端。所述第一引物和/或第二引物可包括可檢測(cè)標(biāo)記(如熒光標(biāo)記)。本發(fā)明還提供一種試劑盒，其包括第一和第二單鏈寡核苷酸，其可以擴(kuò)增單鏈或雙鏈核酸(或其混合物)內(nèi)所含的嗜血桿菌屬模板核酸序列，其中(a)所述第一寡核苷酸包含與所述模板核酸序列基本互補(bǔ)的引物序列；(b)所述第二寡核苷酸包含與所述模板核酸序列的互補(bǔ)物基本互補(bǔ)的引物序列；(c)所述第一寡核苷酸和/或所述第二寡核苷酸包含不與所述模板核酸互補(bǔ)的序列；和(d)所述引物序列確定了待擴(kuò)增模板序列的末端。所述特征(c)的非互補(bǔ)序列優(yōu)選位于所述引物序列的上游(即其5'方向)。(c)序列中一種或兩種可包含限制性位點(diǎn)[如參考文獻(xiàn)27]或啟動(dòng)子序列[如28]。第一寡核苷酸和/或第二寡核苷酸可包括可檢測(cè)標(biāo)記(如熒光標(biāo)記)。所述模板序列可以是基因組序列，例如SEQIDNO:3707的任何部分。本發(fā)明提供了檢測(cè)本發(fā)明核酸的方法，所述方法包括以下步驟(a)在雜交條件下將生物樣品與本發(fā)明核酸探針接觸以形成雙鏈體；和(b)檢測(cè)所述雙鏈體。本發(fā)明提供檢測(cè)生物樣品(如血液)中的流感嗜血桿菌的方法，該方法包括在雜交條件下將生物樣品與本發(fā)明核酸接觸的步驟。所述方法可以包括核酸擴(kuò)增(如，PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)或雜交(如微陣列、印跡、在溶液中與探針雜交等)。已經(jīng)報(bào)道過(guò)用PCR檢測(cè)臨床樣品中的流感嗜血桿菌[如，見(jiàn)參考文獻(xiàn)29和30]。在參考文獻(xiàn)31中總體描述了基于核酸的臨床試驗(yàn)。本發(fā)明提供一種制備靶序列片段的方法，其中通過(guò)延伸核酸引物制備所述片段。所述靶序列和/或引物為本發(fā)明的核酸。所述引物延伸反應(yīng)可涉及核酸擴(kuò)增(如，PCR、SDA、SSSR、LCR、TMA、NASBA等)。本發(fā)明的核酸擴(kuò)增可以是定量和/或?qū)崟r(shí)擴(kuò)增。就本發(fā)明的某些實(shí)施方式而言，核酸長(zhǎng)度優(yōu)選為至少7個(gè)核苷酸(如8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、45、50、55、60、65、70、75、80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、225、250、275、300個(gè)核苷酸或更長(zhǎng))。就本發(fā)明的某些實(shí)施方式而言，核酸長(zhǎng)度優(yōu)選為至多500個(gè)核苷酸(如450、400、350、300、250、200、150、140、130、120、110、100、90、80、75、70、65、60、55、50、45、40、39、38、37、36、35、34、33、32、31、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、19、18、17、16、15個(gè)核苷酸或更短)。本發(fā)明的引物和探針，以及其它用于雜交的核酸的長(zhǎng)度優(yōu)選為10-30個(gè)核苷酸(如10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29或30個(gè)核苷酸)。秀激資會(huì)激本發(fā)明提供的組合物含有..(a)本發(fā)明的多肽、抗體和/或核酸；和(b)藥學(xué)上可接受的載體。這些組合物可能適合用作免疫原性組合物，例如，或者用作診斷試劑，或者用作疫苗。本發(fā)明的疫苗可以是預(yù)防性疫苗(即用于預(yù)防感染)或治療性疫苗(即用于治療感染)，但一般是預(yù)防性疫苗。"藥學(xué)上可接受的載體"包括自身不誘導(dǎo)產(chǎn)生對(duì)接受該組合物的個(gè)體有害的抗體的任何載體。合適的載體一般為大的、代謝緩慢的大分子如蛋白質(zhì)、多糖、聚乳酸、聚乙醇酸、多聚氨基酸、氨基酸共聚物、蔗糖、海藻糖、乳糖和脂質(zhì)聚集體(如油滴或脂質(zhì)體)。此類載體對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員為公知技術(shù)。所述疫苗還可包含稀釋劑，如水、鹽水、甘油等。此外，可存在助劑，如濕潤(rùn)劑或乳化劑、pH緩沖物質(zhì)等。無(wú)菌無(wú)熱原的磷酸鹽緩沖生理鹽水是典型的載體。對(duì)藥學(xué)上可接受賦形劑的詳細(xì)討論參見(jiàn)參考文獻(xiàn)142。本發(fā)明的組合物可包含抗微生物劑、尤其是以多劑量形式包裝時(shí)。本發(fā)明的組合物可包含去污劑，如吐溫(聚山梨醇酯)，例如吐溫80。去污劑的含量通常很低，如<0.01%。本發(fā)明的組合物可包含鈉鹽(如氯化鈉)以提供張度(tonicity)。NaCl濃度一'般為10土2mg/ml。本發(fā)明的組合物通常包含緩沖液。一般為磷酸鹽緩沖液。本發(fā)明的組合物，尤其是當(dāng)其將被凍干或當(dāng)它們包含由凍干材料重建獲得的物質(zhì)時(shí)，可包含(如)約15-30mg/ml(如25mg/ml)的糖醇(如甘露醇)或二糖(如蔗糖或海藻糖)。在凍干前可將用于凍干的組合物的pH調(diào)整為約6.1。本發(fā)明的多肽可與其它免疫調(diào)節(jié)劑一起給藥。具體說(shuō)，組合物通常包含疫苗佐劑。可用于本發(fā)明組合物的佐劑包括，但不限于丄#礦激廣游邀^笏41適合用作本發(fā)明佐劑的含礦物質(zhì)的組合物包括無(wú)機(jī)鹽(如鋁鹽和鈣鹽)。本發(fā)明包括無(wú)機(jī)鹽，如氫氧化物(例如羥基氧化物)、磷酸鹽(例如羥磷酸鹽、正磷酸鹽)、硫酸鹽等[例如參見(jiàn)參考文獻(xiàn)32的第8和9章]或不同無(wú)機(jī)化合物的混合物，該化合物采用任何合適的形式(例如凝膠、晶體、無(wú)定形等)，優(yōu)選吸附于鹽。含礦物質(zhì)的組合物制成金屬鹽顆粒[33]。特別優(yōu)選磷酸鋁，尤其使當(dāng)組合物含有流感嗜血桿菌糖類抗原時(shí)，典型的佐劑為無(wú)定形羥基磷酸鋁，其PCVA1摩爾比為0.84-0.92，包括約0.6mgA產(chǎn)/ml。可以采用低劑量磷酸鋁進(jìn)行吸附，如每劑量每個(gè)偶聯(lián)物采用50-100|^gAl3+。當(dāng)組合物中含有一種以上偶聯(lián)物時(shí)，不需要吸附所有的偶聯(lián)物。5.潘儲(chǔ)適合用作本發(fā)明佐劑的油乳劑組合物包括鯊烯-水乳劑，如MF59(采用微流化機(jī)將5%鯊烯、0.5%吐溫80和0.5%Span85制成亞微米顆粒)[參考文獻(xiàn)32的第10章；還參見(jiàn)參考文獻(xiàn)34]。也可使用完全弗氏佐劑(CFA)和不完全弗氏佐劑(IFA)。C蕃#劍,考義#"第"享7皂苷制劑也可用作本發(fā)明的佐劑。皂苷為甾醇糖苷和三萜糖苷的異種組，其發(fā)現(xiàn)于廣泛的植物種類的樹(shù)皮、葉、莖、根甚至花中。分離自皂樹(shù)(g^7/o/a^;owan'o,Molina)樹(shù)皮的皂苷作為佐劑已廣泛研究。在商業(yè)上，皂苷還可獲自麗花菝葜(Sm"ax(墨西哥菝葜)、滿天星(G少;wo;/z/〃a;^"&1//0&)(婚紗花)和月巴皂草(&^0""〃'"q^c/朋afc)(皂根)。皂苷佐劑制劑包括純化制劑如QS21和脂質(zhì)制劑如ISCOM。QS21以StimulonTM銷售。皂苷組合物采用HPLC和RP-HPLC純化。已鑒定出采用這些技術(shù)特別純化的部分，包括QS7、QS17、QS18、QS21、QH-A、QH-B禾卩QH-C。優(yōu)選地，皂苷為QS21。制備QS21的一種方法示于參考文獻(xiàn)35。皂苷制劑還可包含甾醇，如膽固醇[36]。皂苷和膽固醇的組合可用于形成免疫刺激復(fù)合物(ISCOM)的獨(dú)特顆粒[參考文獻(xiàn)32第23章]。ISCOM通常也包含磷脂，如磷脂酰乙醇胺或磷脂酰膽堿。任何已知皂苷均可用于ISCOM。優(yōu)選地，ISCOM包含一種或多種QuilA、QHA和QHC。ISCOM在參考文獻(xiàn)36-38中進(jìn)一步描述。任選地，ISCOM不含另外的去污劑[39]。有關(guān)皂苷基佐劑的進(jìn)展的綜述可見(jiàn)參考文獻(xiàn)40和41。D.瘋毒/,或瘋毒#繊42病毒體和病毒樣顆粒(VLP)也可用作本發(fā)明的佐劑。這些結(jié)構(gòu)通常包含一種或多種來(lái)自病毒的蛋白，所述病毒任選結(jié)合磷脂或用磷脂配制。它們通常為不致病、不復(fù)制且通常不含有任何天然病毒基因組。所述病毒蛋白可由重組方法制備或從完整病毒中分離。這些適用于病毒體或VLP的病毒蛋白包括由如下病毒衍生的蛋白流感病毒(如HA或NA)、乙肝病毒(如核心蛋白或衣殼蛋白)、戊肝病毒、麻疹病毒、辛德比斯病毒(Sindbis)、輪狀病毒、口蹄疫病毒、反轉(zhuǎn)錄病毒、諾沃克病毒(Norwalk)、人乳頭狀瘤病毒、HIV、RNA噬菌體、QP噬菌體(如外被蛋白)、GA噬菌體、fr噬菌體、AP205噬菌體、和Ty(如反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子Ty蛋白pl)。VLP在參考文獻(xiàn)42-47中進(jìn)一步討論。病毒體在參考文獻(xiàn)48中進(jìn)一步討論。纏或微主嫌鋪適用于本發(fā)明的佐劑包括細(xì)菌或微生物衍生物，如腸細(xì)菌脂多糖(LPS)的非毒性衍生物、脂質(zhì)A衍生物、免疫刺激性寡核苷酸和ADP核糖基化毒素及其脫毒衍生物。LPS的非毒性衍生物包括單磷酰脂質(zhì)A(MPL)和3-0-脫酰化MPL(3dMPL)。3dMPL為帶有4、5或6條?；湹?脫-O-?；瘑瘟柞Ｖ|(zhì)A的混合物。優(yōu)選的"小顆粒"形式的3脫-O-酰化單磷酰脂質(zhì)A在參考文獻(xiàn)49中公開(kāi)。此類3dMPL"小顆粒"足夠小，能通過(guò)0.22pm膜進(jìn)行無(wú)菌過(guò)濾[49]。其它非毒性LPS衍生物包括單磷酰脂質(zhì)A模擬物，如氨烷基氨基葡糖苷磷酸衍生物，如RC-529[50，51]。脂質(zhì)A衍生物包括大腸桿菌來(lái)源的脂質(zhì)A的衍生物，如OM-174。OM-174在參考文獻(xiàn)52和53中進(jìn)行了描述。適合用作本發(fā)明佐劑的免疫刺激性寡核苷酸包括含有CpG基序(含有通過(guò)磷酸鍵與鳥(niǎo)嘌呤連接的未甲基化胞嘧啶的二核苷酸序列)的核苷酸序列。含有回文或聚(dG)序列的雙鏈RNA和寡核苷酸也顯現(xiàn)出免疫刺激性。CpG可包括核苷酸修飾/類似物，如硫代磷酸修飾并可為雙鏈或單鏈。參考文獻(xiàn)54、55和56公開(kāi)了可能的類似物取代，如用2'-脫氧-7-脫氮鳥(niǎo)苷代替鳥(niǎo)苷。CpG寡核苷酸的佐劑效果在參考文獻(xiàn)57-62中進(jìn)一步討論。CpG序列可指向TLR9，如基序GTCGTT或TTCGTT[63]。CpG序列可特異性誘導(dǎo)Thl免疫應(yīng)答，如CpG-AODN，或可更特異性地誘導(dǎo)B細(xì)胞應(yīng)答，如CpG-BODN。CpG-A和CpG-BODN在參考文獻(xiàn)64-66中討論。優(yōu)選的CpG為CpG-AODN。優(yōu)選地，構(gòu)建CpG寡核苷酸使5'端能進(jìn)行受體識(shí)別。可選地，兩種CpG寡核苷酸以其3'端相連以形成"免疫聚體(immunomers)"。參見(jiàn)例如，參考文獻(xiàn)63和67-69。細(xì)菌ADP-核糖基化毒素及其脫毒衍生物可用作本發(fā)明的佐劑。優(yōu)選地，蛋白獲自大腸桿菌(大腸桿菌熱不穩(wěn)定腸毒素"LT")、霍亂("CT")或百日咳("PT")。采用脫毒ADP-核糖基化毒素作為粘膜佐劑在參考文獻(xiàn)70中描述，作為腸道外佐劑在參考文獻(xiàn)71中描述。毒素或類毒素優(yōu)選為包含A和B亞基的全毒素形式。優(yōu)選地，A亞基包含脫毒突變；B亞基優(yōu)選不突變。優(yōu)選地，佐劑為脫毒LT突變體，如LT-K63、LT-R72和LT-G192。采用ADP-核糖基化毒素及其脫毒衍生物，尤其是LT-K63和LT-R72作為佐劑可參見(jiàn)參考文獻(xiàn)72-79。氨基酸取代的參比數(shù)字優(yōu)選根據(jù)參考文獻(xiàn)80(特別納入本文作參考)中所列的ADP-核糖基化毒素的A和B亞基的比對(duì)得到。f乂克度源貧^/適合用作本發(fā)明佐劑的人免疫調(diào)節(jié)劑包括細(xì)胞因子如白介素(如IL-1、IL-2、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-12[81]等)[82]、干擾素(如干擾素Y)、巨噬細(xì)胞集落刺激因子和腫瘤壞死因子。G鋪教諸辦諸生物粘合劑和粘膜粘合劑也可用作本發(fā)明的佐劑。合適的生物粘合劑包括酯化透明質(zhì)酸微球體[83]或粘膜粘合劑如聚(丙烯酸)、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、多糖和羧甲基纖維素的交聯(lián)衍生物。殼聚糖及其衍生物也可用作本發(fā)明的佐劑[84]。微粒也可用作本發(fā)明的佐劑。優(yōu)選為可生物降解及無(wú)毒性物質(zhì)(如聚(a羥酸)、聚輕基丁酸、聚原酸酯、聚酐、聚己酸內(nèi)酯等)材料形成的顆粒(即直徑在約100nm-約150(am的顆粒，更優(yōu)選直徑在約200nm-約30fim，最優(yōu)選直徑在約500nm-約10|im)，優(yōu)選具有丙交酯乙交酯共聚物，任選處理以具有帶負(fù)電表面(如用SDS處理)或帶正電表面(例如用陽(yáng)離子去污劑如CTAB處理)。/.潔處沐^參考文廯^第",〃萄適合用作佐劑的脂質(zhì)體制劑的例子如參考文獻(xiàn)85-87中所述。適用于本發(fā)明的佐劑包括聚氧乙烯醚和聚氧乙烯酯[88]。此類制劑進(jìn)一步包括結(jié)合有辛苯昔醇的聚氧乙烯山梨聚糖酯表面活性劑[89]和結(jié)合有至少一種其它非離子表面活性劑如辛苯昔醇的聚氧乙烯烷基醚或酯表面活性劑[90]。優(yōu)選的聚氧乙烯醚選自聚氧乙烯-9-月桂基醚(l證eth9)、聚氧乙烯-9-硬脂酰醚、聚氧乙烯-8-硬脂酰醚、聚氧乙烯-4-月桂基醚、聚氧乙烯-35-月桂基醚和聚氧乙烯-23-月桂基醚。44《.纖f尸c尸尸；PCPP制劑描述于例如參考文獻(xiàn)91和92中。丄.應(yīng)壁微適合用作本發(fā)明佐劑的胞壁酰肽的例子包括N-乙酰-胞壁酰-L-蘇氨酰-D-異谷氨酰胺(thr-MDP)、N-乙酰-去甲胞壁酰-L-丙氨酰-D-異谷氨酰胺(去甲MDP)和N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酰-D-異谷氨酰胺酰-L-丙氨酸-2-(l'-2'-二棕櫚酰-sn-甘油-3-羥基磷酰氧基)-乙胺(MTP-PE)。M^^#/#^f(7m^/azo，z>w/o"e」眾#激適合用作本發(fā)明佐劑的咪唑并喹啉化合物的例子包括咪喹莫特(Imiquamod)及其同系物(例如"瑞喹莫德3M")，見(jiàn)參考文獻(xiàn)93和94所述。本發(fā)明也包括聯(lián)用一種或多種以上鑒定的佐劑的各方面。例如，以下佐劑組合物可用于本發(fā)明(l)皂苷和水包油乳劑[95];(2)皂苷(例如(^21)+無(wú)毒的LPS衍生物(例如3dMPL)[96];(3)皂苷(例如QS21)+無(wú)毒的LPS衍生物(例如3dMPL)+膽固醇；(4)皂苷(例如QS21)+3dMPL+IL-12(任選+固醇)[97];(5)聯(lián)用3dMPL與例如QS21禾卩/或水包油乳劑[98];(6)含有10%角鯊烯、0.4%吐溫80TM、5%普朗尼克嵌段聚合物L(fēng)121和thr-MDP的SAF，微流化為亞微米乳劑或攪拌產(chǎn)生較大粒度的乳劑；(7)RibiTM佐劑系統(tǒng)(RAS)，(RibiImmunochem)，其中含有2%角鯊烯、0.2%吐溫80和一種或多種由單磷?；|(zhì)A(mon叩hosphorylipidA)(MPL)、海藻糖二分枝菌酸酯(TDM)和細(xì)胞壁骨架(CWS)，優(yōu)選MPL+CWS(DetoxTM)組成的細(xì)菌細(xì)胞壁組分；和(8)—種或多種無(wú)機(jī)鹽(例如鋁鹽)+LPS的無(wú)毒衍生物(例如3dMPL)。參考文獻(xiàn)32的第7章公開(kāi)了用作免疫刺激劑的其它物質(zhì)。特別優(yōu)選使用氫氧化鋁或磷酸鋁佐劑，且抗原通常被吸附到這些鹽上。磷酸轉(zhuǎn)是另一種優(yōu)選的佐劑。本發(fā)明的組合物的pH優(yōu)選在6-8之間，優(yōu)選地為大約7。采用緩沖液維持pH的穩(wěn)定。當(dāng)組合物包含氫氧化鋁鹽時(shí)，優(yōu)選采用組氨酸緩沖液[99]。組合物可以是無(wú)菌和/或無(wú)熱原的。本發(fā)明的組合物可與人體等滲。所述組合物可裝在小瓶中，或者它們可裝在預(yù)填充的注射器中。所述注射器可以帶有或不帶有針頭。注射器包括單劑量的組合物，而小瓶可包括單劑量或多劑量?？勺⑸浣M合物通常為液體溶液或懸液?；蛘撸淇梢怨虘B(tài)形態(tài)存在(如凍干)，在注射45前用液態(tài)載體溶解或懸浮。本發(fā)明的組合物可以單劑或以多劑形式包裝。就多劑形式而言，小瓶?jī)?yōu)于預(yù)填充注射器。可以常規(guī)方法得到有效劑量體積，但注射用組合物的人劑量一般為0.5ml。當(dāng)本發(fā)明的組合物需要在臨用前臨時(shí)制備(如一組分以凍干形式存放)并以藥盒形式存放時(shí)，所述藥盒可包括兩個(gè)小瓶，或者可包括一個(gè)預(yù)填充的注射器和一個(gè)小瓶，注射之前用注射器中的內(nèi)容物將小瓶中的內(nèi)容物再活化。用作疫苗的免疫原性組合物包括免疫學(xué)有效量的抗原、和其它任何所需組分。'免疫學(xué)有效量'指將所述量(以單劑量給藥或作為連續(xù)劑量的一部分給藥)給予個(gè)體能有效治療或預(yù)防。所述量取決于待治療個(gè)體的健康和身體狀況、年齡、待治療個(gè)體的分類組(如非人靈長(zhǎng)類、靈長(zhǎng)類等)、個(gè)體免疫系統(tǒng)合成抗體的能力、所需保護(hù)程度、疫苗的劑型、治療醫(yī)生對(duì)醫(yī)學(xué)狀況的評(píng)估和其它相關(guān)因素。預(yù)計(jì)所述量將落入可通過(guò)常規(guī)試驗(yàn)確定的相對(duì)寬的范圍內(nèi)，每個(gè)劑量中每種腦膜炎球菌糖類抗原的含量一般為每抗原1嗎-10mg。秀激鄉(xiāng)本發(fā)明還提供一種治療患者的方法，包括給予患者治療有效量的本發(fā)明組合物?；颊呖赡茏陨硖幱诨荚摬〉娘L(fēng)險(xiǎn)中或可能為孕婦('母體免疫')。本發(fā)明提供用作藥劑(如作為免疫原性組合物或作為疫苗)或用作診斷試劑的本發(fā)明的核酸、多肽或抗體。它還提供使用本發(fā)明的核酸、多肽或抗體來(lái)制造(i)治療或預(yù)防由流感嗜血桿菌引起的疾病和/或感染的藥劑；(ii)檢測(cè)是否存在流感嗜血桿菌或針對(duì)流感嗜血桿菌的抗體的診斷試劑；和/或(iii)能產(chǎn)生針對(duì)流感嗜血桿菌的抗體的試劑。所述流感嗜血桿菌可以是任何血清型或菌株，但優(yōu)選為b型流感嗜血桿菌。所述疾病可以是，例如，中耳炎、支氣管炎、結(jié)膜炎、竇炎、尿道感染、肺炎、菌血癥、膿毒性關(guān)節(jié)炎、會(huì)厭炎、肺炎、膿胸、心包炎、蜂窩組織炎、骨髓炎或腦膜炎。本發(fā)明特別適用于預(yù)防由Hib造成的細(xì)菌性腦膜炎?；颊邇?yōu)選為人。當(dāng)疫苗用于預(yù)防性用途時(shí)，人優(yōu)選兒童(如幼童或嬰兒)；當(dāng)疫苗用于治療性用途時(shí)，人優(yōu)選成年人。準(zhǔn)備用于兒童的疫苗也可給予成年人，如用于評(píng)價(jià)安全性、劑量、免疫原性等。一種檢驗(yàn)治療性治療效果的方法包括在給予本發(fā)明組合物之后監(jiān)控感染情況。一種檢驗(yàn)預(yù)防治療效果的方法包括在給藥后監(jiān)控針對(duì)給予的多肽的免疫應(yīng)答情況。本發(fā)明的組合物的免疫原性可通過(guò)如下方法確定將它們給予測(cè)試對(duì)象(如12-16個(gè)月大的兒童或動(dòng)物模型(如南美栗鼠模型)，然后確定包括ELISA效價(jià)(GMT)在內(nèi)的IgG的標(biāo)準(zhǔn)參數(shù)。通常在給予該組合物大約4周后測(cè)定這些免疫應(yīng)答情況，并與給予組合物之前測(cè)定的值進(jìn)行比較。當(dāng)給予一個(gè)以上劑量的組合物時(shí)，可進(jìn)行一次以上的給藥后測(cè)定。給予多肽抗原為—4巾優(yōu)選的誘導(dǎo)免疫力的治療方式。給予本發(fā)明的抗體為另一種優(yōu)選的治療方式。這種被動(dòng)免疫方式尤其適用于新生嬰兒或懷孕婦女。這一方法一般釆用單克隆抗體，如人源化抗體或完整的人抗體。本發(fā)明的組合物通常直接給予患者。直接遞送可通過(guò)如下方式實(shí)現(xiàn)胃腸道外注射(如皮下、腹膜內(nèi)、靜脈內(nèi)、肌肉內(nèi)或組織間隙)、直腸施用、口服(如片劑、噴霧劑)、陰道施用、外用、透皮施用、鼻內(nèi)施用、舌下施用、眼部施用、耳部施用、肺部施用或其它粘膜施用。優(yōu)選肌肉內(nèi)施用到大腿或上臂。注射可通過(guò)針頭(如皮下注射針頭)實(shí)現(xiàn)，然而還可使用無(wú)針注射。典型的肌肉內(nèi)劑量為0.5ml。本發(fā)明可用于引起全身性和/或粘膜性免疫。劑量治療可以是單劑量方案或多劑量方案。多劑量可用于初次免疫方案和/或用于加強(qiáng)免疫方案。加強(qiáng)劑量方案可接在初次劑量方案之后。初次劑量之間的合適間隔(如4-16周)、以及初次和加強(qiáng)免疫之間的合適間隔可用常規(guī)方法確定。細(xì)菌感染影響身體的各個(gè)部分，因此組合物可以制備成各種形式。例如，組合物可以制備為液體溶液或懸液形式的注射劑。還可制備適于在注射前溶解或懸浮于液體載體中的固體形式(如凍干或噴霧冷凍干燥的組合物)。該組合物可制備成局部給藥劑型，如軟膏劑、乳膏劑或粉末劑。該組合物可制備成口服給藥劑型，如片劑或膠囊、噴霧劑或糖漿(任選地進(jìn)行調(diào)味)。所述組合物可制備成肺部給藥劑型，如使用細(xì)粉或噴霧的吸入器。所述組合物可制備成栓劑或陰道栓劑。所述組合物可制備成鼻、耳或眼給藥劑型，如噴霧劑、滴劑、凝膠或粉末[如參考文獻(xiàn)100和101]。錄微斧赫將拔纖分本發(fā)明還提供一種包含本發(fā)明的多肽和一種或多種下述其它抗原的組合物-腦膜炎奈瑟球菌(TV.mem'"g"We力血清組A、C、W135禾口/或Y(優(yōu)選所有四種)的糖類抗原，如在參考文獻(xiàn)102中公開(kāi)的血清組C的寡糖[還參見(jiàn)參考文獻(xiàn)103]或參考文獻(xiàn)104中的寡糖。47-肺炎鏈球菌(5^e/tococa^p70^ow'fle)的糖類抗原[如105，106，107]。-甲肝病毒抗原，如滅活病毒[如108，109]。-乙肝病毒抗原，如表面抗原和/或核心抗原[如109，110]。-白喉抗原，如白喉類毒素[如參考文獻(xiàn)111第3章]，例如01線97突變體[例如112]。-破傷風(fēng)抗原，如破傷風(fēng)類毒素[如參考文獻(xiàn)111第4章]。-百日咳博德特菌(^^她//"/^加^)的抗原，如百日咳博德特菌的百日咳全毒素(PT)和絲狀血凝素(FHA)，任選地還與百日咳桿菌黏附素(pertactin)和/或凝集原2和3混合[如參考文獻(xiàn)113和114]。-流感嗜血桿菌8(//從附0/^7^/""^加6^)的糖類抗原[如103]。-骨髓灰質(zhì)炎抗原[如115，116]如IPV。-麻疹、腮腺炎和/或風(fēng)疹抗原[如參考文獻(xiàn)lll第9、10和11章]。-流感抗原[如參考文獻(xiàn)111第19章]，如血凝素和/或神經(jīng)氨酸酶表面蛋白。-卡他莫拉菌(似^^6^0^"〃/^//力的抗原[如117]。-無(wú)乳鏈球菌GS^印tococc^og"/a"/ae)(B型鏈球菌)的蛋白質(zhì)抗原[如118，119]。-無(wú)乳鏈球菌OSr印tococc^aga/a"/ae)(B型鏈球菌)的糖抗原。隱釀膿鏈球菌(5^印tococc^;"ge"^)(A型鏈球菌)的抗原[如119，120，121]。-金黃色葡萄球菌0Sto;/^/ococc^a^e"5)的抗原[如122]。本組合物可包含一種或多種這些其它抗原。在需要時(shí)可對(duì)毒性蛋白抗原進(jìn)行脫毒(如通過(guò)化學(xué)和/或遺傳方法對(duì)百日咳毒素進(jìn)行脫毒[114〗)。該組合物中含有白喉抗原時(shí)，優(yōu)選還包含破傷風(fēng)抗原和百日咳抗原。類似地，在包含破傷風(fēng)抗原的情況下，優(yōu)選還包含白喉抗原和百日咳抗原。類似地，在包含百日咳抗原的情況下，優(yōu)選還包含白喉抗原和破傷風(fēng)抗原。因此優(yōu)選DTP組合物。糖類抗原優(yōu)選為偶聯(lián)物形式。偶聯(lián)物的載體蛋白包括細(xì)菌毒素(例如白喉類毒素或破傷風(fēng)類毒素)、腦膜炎奈瑟球菌外膜蛋白[123]、合成肽[124，125]、熱休克蛋白[126，127]、百日咳蛋白[128，129]、來(lái)自流感嗜血桿菌的蛋白D[130，131]、細(xì)胞因子[132]、淋巴因子[132]、流感嗜血桿菌蛋白、激素[132]、生長(zhǎng)因子[132]、來(lái)自艱難梭菌(C.^^d/e)的毒素A或毒素B[133]、攝鐵蛋白[134]、含有各種病原體衍生抗原的多個(gè)人CD4+T細(xì)胞表位的人工蛋白[135]例如N19蛋白[136]、肺炎球菌表面蛋白PspA[137]、肺炎球菌溶血素[138]等。優(yōu)選的載體蛋白為CRM197蛋白[139]。該組合物中各抗原的濃度一般為至少lpg/ml?？傮w而言，任何給定抗原的濃度都足以引起針對(duì)該抗原的免疫應(yīng)答。作為將蛋白質(zhì)抗原用于本發(fā)明的免疫原性組合物的替代方式，也可采用編碼該抗原的核酸(優(yōu)選DNA，如質(zhì)粒形式)。抗原優(yōu)選吸附于鋁鹽。,遂旅本發(fā)明提供了測(cè)定測(cè)試化合物是否結(jié)合本發(fā)明多肽的方法。如果測(cè)試化合物結(jié)合本發(fā)明的多肽且這種結(jié)合抑制流感嗜血桿菌的生命周期，則該測(cè)試化合物可被用作抗生素或用作設(shè)計(jì)抗生素的先導(dǎo)化合物。該方法將通常包括以下步驟使測(cè)試化合物接觸本發(fā)明的多肽，并測(cè)定該測(cè)試化合物是否結(jié)合所述多肽。優(yōu)選的用于這些方法的本發(fā)明多肽是酶(例如tRNA合成酶)、膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白和核糖體多肽。合適的測(cè)試化合物包括多肽、多肽、碳水化合物、脂質(zhì)、核酸(例如DNA、RNA及其修飾形式)以及小的有機(jī)化合物(例如MW在200和2000Da之間的化合物)。測(cè)試化合物可單獨(dú)提供，但通常將作為文庫(kù)(例如組合文庫(kù))的一部分。檢測(cè)結(jié)合相互作用的方法包括NMR、濾膜結(jié)合試驗(yàn)、凝膠阻滯試驗(yàn)、置換試驗(yàn)、表面胞質(zhì)基因共振試驗(yàn)、反向雙雜交試驗(yàn)等?？墒菇Y(jié)合本發(fā)明多肽的化合物接觸Hib細(xì)菌然后監(jiān)測(cè)生長(zhǎng)抑制情況以檢測(cè)其抗生素活性。本發(fā)明還提供了用這些方法鑒定的化合物。優(yōu)選地，該方法包括以下步驟(a)使本發(fā)明的多肽接觸一種或多種候選化合物以形成混合物；(b)培育該混合物以使多肽和一種或多種候選化合物相互作用；和(c)評(píng)價(jià)候選化合物是否結(jié)合該多肽或調(diào)節(jié)其活性。一旦在體外鑒定出一種候選化合物為結(jié)合本發(fā)明多肽的化合物，然后可能需要進(jìn)行進(jìn)一步的試驗(yàn)以證實(shí)該化合物在體內(nèi)抑制細(xì)菌生長(zhǎng)和/或存活的功能。因此，該方法還包括使化合物接觸Hib細(xì)菌并評(píng)價(jià)其功效的步驟。用于該篩選方法的多肽可游離在溶液中、附著于固相載體、定位于細(xì)胞表面或定位于細(xì)胞內(nèi)。優(yōu)選通過(guò)直接或間接與候選化合物結(jié)合的標(biāo)記來(lái)監(jiān)測(cè)候選化合物與多肽的結(jié)合。該標(biāo)記可以是熒光團(tuán)、放射性同位素或其它可檢測(cè)標(biāo)記。鍵49本發(fā)明提供了計(jì)算機(jī)可讀介質(zhì)(如軟盤(pán)、硬盤(pán)、CD-ROM、DVD等)和/或含有序列表中一個(gè)或多個(gè)序列的計(jì)算機(jī)存儲(chǔ)器和/或計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)庫(kù)。所述術(shù)語(yǔ)"包含"涵蓋"包括"及"由…組成"，如"包含"X的組合物可僅由X組成或可包括其它物質(zhì)，如X+Y。涉及數(shù)值x的術(shù)語(yǔ)"約"指(例如>±10%。所述術(shù)語(yǔ)"基本上"并不排除"完全地"，如"基本上不含"Y的組合物可以是完全不含Y。在需要時(shí)，術(shù)語(yǔ)"基本上"可從本發(fā)明的定義中省略。序列表中氨基酸序列中的N末端殘基表示為由相應(yīng)核苷酸序列中的第一個(gè)密碼子編碼的氨基酸。當(dāng)?shù)谝粋€(gè)密碼子不是ATG時(shí)，應(yīng)理解的是，當(dāng)該密碼子是起始密碼子時(shí)它將被翻譯成甲硫氨酸，而當(dāng)該序列位于融合伴侶C末端時(shí)它將被翻譯成所示的非-Met氨基酸。本發(fā)明尤其公開(kāi)并包含了用N末端甲硫氨酸殘基(例如甲?；?甲硫氨酸殘基)代替任何所指出的非-Met殘基的序列表中的各氨基酸序列。如上所述，本發(fā)明的核酸和多肽可包含序列(a)與序列表中所示的序列相同(即100%相同)；(b)與序列表中所示的序列具有序列相同性；(c)與(a)或(b)的序列相比具有1、2、3、4、5、6、7、8、9或10個(gè)單個(gè)核苷酸或氨基酸改變(缺失、插入、取代)，這些改變可位于分開(kāi)的位置上或者可以是連續(xù)的；禾口(d)當(dāng)釆用成對(duì)比對(duì)算法與序列表中的特定序列進(jìn)行比對(duì)時(shí)，x個(gè)單體(氨基酸或核苷酸)的移動(dòng)窗口從起點(diǎn)(N末端或5')移至終點(diǎn)(C末端或3')，因此當(dāng)對(duì)p個(gè)單體進(jìn)行比對(duì)時(shí)(此時(shí)p〉x)就有p-x+l個(gè)這樣的窗口，各窗口具有至少x*y個(gè)相同的比對(duì)單體，其中x選自20、25、30、35、40、45、50、60、70、80、90、100、150、200;y選自0.50、0.60、0.70、0.75、0.80、0.85、0.90、0.91、0.92、0.93、0.94、0.95、0.96、0.97、0.98、0.99;且如果xy不是整數(shù)則向上取整至最接近的整數(shù)。優(yōu)選的成對(duì)比對(duì)算法為Needleman-Wunsch整體比對(duì)算法[140]，采用默認(rèn)參數(shù)(例如，缺口開(kāi)放罰分=10.0，缺口延伸罰分=0.5，采用EBLOSUM62評(píng)分矩陣)。用EMBOSS軟件包中的Needle工具可以方便地實(shí)施該算法[141]。本發(fā)明的核酸和多肽還可能在序列(a)-(d)的N端/5，和/或C端/3，處連有其它序歹iJ。除非另有說(shuō)明，本發(fā)明的實(shí)施將采用本領(lǐng)域技術(shù)人員能夠?qū)嵤┑某Ｒ?guī)的化學(xué)方法、生物化學(xué)方法、分子生物學(xué)方法、免疫學(xué)方法和藥理學(xué)方法。此類技術(shù)已在參考文獻(xiàn)中得到充分闡述。見(jiàn)，如，參考文獻(xiàn)142-149等。附圖簡(jiǎn)述無(wú)附圖。實(shí)施本發(fā)明的方式已經(jīng)對(duì)Hib分離物(HK707菌株)進(jìn)行了基因組測(cè)序。基因組序列示于SEQIDNO:3707。鑒定出該基因組中總共有1853個(gè)編碼序列，這些編碼序列及其翻譯產(chǎn)物都在序列表中給出。對(duì)這些多肽序列的注釋在表I中給出。從測(cè)序材料中選出特別感興趣的多肽編碼序列供進(jìn)一步研究，尤其關(guān)注的是供開(kāi)發(fā)疫苗的免疫原性蛋白。應(yīng)激在1853個(gè)編碼序列中，以下32個(gè)被鑒定為脂蛋白HIB0150;HIB0158;HIB0164;HIB0233;HIB0374;HIB0382;HIB0426;HIB0469;HIB0723;HIB0733;HIB0734;HIB0740;HIB0750;HIB0761;HIB0838;HIB0971;HIB0984;HIB1015;HIB1027;HIB1038;HIB1160;HIB1253;HIB1255;HIB1349;HIB1384;HIB1407;HIB1557;HIB1564;HIB1654;HIB1655;HIB1679和HIB1722。脂蛋白暴露于表面，因此它們代表了例如可用于診斷和免疫目的的可接觸的免疫原性耙點(diǎn)。此外，已經(jīng)在博氏疏螺旋體(B.burgdorferi)[150]中發(fā)現(xiàn)，OspA蛋白在脂質(zhì)化形式時(shí)具有免疫原性，但在非脂質(zhì)化形式時(shí)無(wú)免疫原性，作者總結(jié)認(rèn)為，翻譯后的脂質(zhì)附著是決定OspA免疫原性的關(guān)鍵決定因素。H1B1027和HIB1255顯示與腦膜炎奈瑟球菌(A^'^er/awem'"g治'tfo)的蛋白'287'和'741'類似，這兩種蛋白都使用于疫苗的候選蛋白。HIB1027和HIB1255的排列對(duì)比如下(T-COFFEE版本2.08):51hib1027mklnlskfsltilttvmiascgsgggdntqlvsppkpaeqskpaeqskpaHIB1255MKITFTRSLLAT扁VG濕CGSGGGNG----------------------h工bi027dqsksveqsilgmper:lp，g:lafsiktedegn工ot工k卿e:lia，e1hib1255—m麗nttsqvtg-------ktgamytvsltndnk工gtv窗p--l麗sd工hib1027as工nvdgknipidfklepsqgwtkegaf工ee區(qū)aphiccgkyt-----dhib1255nsii肌d-------------------sastqrineamnk工seefksktgldh工b1027vrfgaiashsfgqddilfyngnpsnsvpesgevtykges工madkgnsvfghibi255wtga-mvsngekfh工工yngnptetmpvqgsihykgsav:lggwsadap:lhibi027gyrkgtsefkvnfgdkklsgs:lnvdspkydvesgeskfnkvkvd;enad;esh工b1255siekgtsqfdvnfadstltgtlnv—pnfsl-----------vsisasvsh工b1027g服fygsmcsssfvseavsegkfygdgakelggmvkak—dmwvgaygakahib1255gnsfsgratspdapdgavvegketgkdivlgiisgmijkt—ntftdnfggagH:EB1027Q-----------h工b1255ifsa工detk環(huán)脂蛋白通常具有N端半胱氨酸殘基，脂質(zhì)共價(jià)附著于該殘基。為通過(guò)細(xì)菌表達(dá)制備脂蛋白，通常需要合適的N端信號(hào)肽來(lái)指導(dǎo)二?；视突D(zhuǎn)移酶進(jìn)行脂化，然后用脂蛋白特異性(II型)SPA斷Spase)切割。因此，本發(fā)明的脂蛋白將通常具有N端半胱氨酸，但新生蛋白質(zhì)的翻譯后修飾產(chǎn)物通常具有N端甲硫氨酸。這種脂蛋白可與脂雙層結(jié)合并可用去污劑溶解。對(duì)HIB1027序列進(jìn)行加工和脂化將得到以下成熟序列(SEQIDNO:3708):GNKFYGSMCSSSFVSEAVSEGKFYGDGAKEIjGGMVKAKDNSWVGAYGAKAQ對(duì)HIB1255序列進(jìn)行加工和脂化將得到以下成熟序列(SEQIDNO:3709):與流感嗜血桿菌Rd和不可分型的流感嗜血桿菌的基因組相比，HIB1255是位于同源序列/z〃7P2和/h7"3之間的插入片段的一部分。該2.3kb的插入片段含有三個(gè)編碼序列，且其GC含量為32.4%。它們與腦膜炎奈瑟球菌(Wmem'wg治Vfo)疫苗抗原的類似性以及在非致病菌株中不存在說(shuō)明，HIB1027和HIB1255是有用的Hib免疫原。離浙艦由于流感嗜血桿菌是一種革蘭氏陰性菌，因此其細(xì)胞壁包括外膜。在1853個(gè)編碼序列中，以下17個(gè)序列被鑒定為位于該外膜中HIB0124;HIB0374;HIB0382;HIB0394;HIB0426;HIB0733;HIB0734;HIB0965;HIB0966;HIB〗224;HIB1561;HIB1564;HIB1566;HIB1654;HIB1665;HIB1679;和HIB1835。外膜蛋白(OMP)是暴露于表面的，因此它們代表了例如可用于診斷和免疫目的的可接觸的免疫原性耙點(diǎn)。OMP通常是侵襲素、粘附素等，如果其被阻斷將能預(yù)防細(xì)菌感染。由于流感嗜血桿菌是一種革蘭氏陰性菌，因此它還具有內(nèi)膜。在1853個(gè)編碼序列環(huán)中，以下一對(duì)序列被鑒定為位于內(nèi)膜中HIB1055;HIB1086。內(nèi)膜蛋白是有用的免疫學(xué)耙點(diǎn)，例如可用于診斷和免疫目的。由于流感嗜血桿菌是一種革蘭氏陰性菌，因此在其細(xì)胞胞質(zhì)膜和其外膜之間具有周質(zhì)。在1853個(gè)編碼序列中，以下16個(gè)序列被鑒定為位于周質(zhì)中HIB0089;HIB0288;HIB0338;HIB0341;HIB0525;HIB0999;HIB1088;HIB1141;HIB1172;HIB1185;HIB1238;HIB1334;HIB1576;HIB1583;HIB1709;和HIB1761。周質(zhì)蛋白是有用的免疫學(xué)耙點(diǎn)，例如可用于診斷和免疫目的。應(yīng)該理解，本發(fā)明僅通過(guò)實(shí)施例的方式進(jìn)行描述，可以在本發(fā)明的范圍和精神內(nèi)進(jìn)行改變。表I一注釋HIB注釋0001甘油醛-3-磷酸脫氫酶，C-末端結(jié)構(gòu)域0002FadD(LACS)[6.2丄3]0003蛋白質(zhì)0004預(yù)測(cè)的金屬依賴性水解酶0005甲酸脫氫酶家族輔助蛋白FdhD(fdhD)00061.2丄2[1.2丄2]0007甲酸脫氫酶，a亞基[1.2丄2]0008甲酸脫氫酶，卩亞基(FdxH)[1.2丄2]0009甲酸脫氫酶，Y亞基[1.2丄2]0010甲酸脫氫酶輔助蛋白FdhE(fdhE)0011核糖體-蛋白-丙氨酸乙?；D(zhuǎn)移酶(riml)[2.3丄128]0012DNA聚合酶III，V亞基(holD)[2.7.7.7]0013核糖體RNA小亞基甲基轉(zhuǎn)移酶C(rRNA(鳥(niǎo)嘌呤-N(2)-)-甲基轉(zhuǎn)移酶)(16SrRNAm2G1207甲基轉(zhuǎn)移酶)(AE005668)[2.1.1.52]0014GTP-結(jié)合蛋白Era(era)0015核糖核酸酶Hl(mc)[3丄26.3]0016信號(hào)肽酶I(SPaseI)[前導(dǎo)肽酶1](1鄰B)[3.4.21.89]0017GTP-結(jié)合蛋白LepA(lepA)0018蛋白(pfl)[2.3丄54]0019尿嘧啶-DNA糖基化酶(ung)[3.2.2.-]0020tRNA-i(6)A37硫轉(zhuǎn)移酶MiaB(miaB)00212-酮戊二酸/蘋(píng)果酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(SODiTl)00222.7.7.61(citG)[2.7.7.61]0023檸檬酸裂合酶，a亞基(citF)[2.8.3.10]0024檸檬酸裂合酶，(3亞基(citE)[4丄3.6]0028檸檬酸裂合酶?；d體蛋白(citD)0026檸檬酸裂合酶連接酶(citC)[6.2丄22]0027硫辛酸合成酶(lipA)0028硫辛酸-蛋白連接酶B(lipB)0029UPF0250蛋白0030青霉素結(jié)合蛋白5前體(D-丙氨酰-D-丙氨酸羧肽酶片段A)(DD肽酶)(DD羧肽酶)(PBP陽(yáng)5)(dacA)[3.4.16.4]0031RlpA樣蛋白前體(rlpA)0032桿菌形狀決定蛋白R(shí)odA(rodA)0033青霉素-結(jié)合蛋白2(PBP-2)(pbp2)0034保守性假擬蛋白TIGR002460035iojap-相關(guān)蛋白0036假擬膜蛋白0037ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，ATP-結(jié)合蛋白0038桿菌形狀決定蛋白(mreB)0039桿菌形狀決定蛋白MreC(mreC)0040桿菌形狀決定蛋白MreD(mreD)0041保守性假擬蛋白TIGR016190042外切脫氧核糖核酸酶ni(xth)[3丄11.2]0043假尿苷合酶Rlu家族蛋白，TIGR01621540044保守性假擬蛋白TIGR016200045完整的膜蛋白0046保守性假擬蛋白YtfJ-家族，TIGR016260047PhnA蛋白同源物(phnA)0048IS103orf(orffi)0049推定的谷氨酸-半胱氨酸連接酶/推定的氨基酸連接酶0050膜蛋白，TerC家族0051切除核酸酶ABC，C亞基(uvrC)00523-脫氧-D-甘露糖-辛酮糖酸胞苷酰轉(zhuǎn)移酶(kdsB)[2.7.7.38]0053四?；?'-激酶(lpxK)[2.7丄130]0054脂質(zhì)A輸出ATP結(jié)合性通透酶蛋白MsbA(msbA)0055DNA內(nèi)化相關(guān)感受態(tài)蛋白ComEC/Rec2DNA0056DnaK抑制蛋白同源物(dksA)0057PcnB(pcnB)[2.7.7.19]00582-氨基-4-羥基-6-羥甲基二氫蝶啶焦磷酸激酶(folK)[2.7.6.3]0059保守性假擬蛋白TIGR001500060N-乙酰胞壁酰-L-丙氨酸酰胺酶[3.5丄28]0061DNA錯(cuò)配修復(fù)蛋白mutL(mutL)0062tRNA5(2)-異戊烯基焦磷酸轉(zhuǎn)移酶(miaA)[2.5丄8]0063谷氨酸-氨-連接酶腺苷酰基轉(zhuǎn)移酶(谷氨酰胺-合成酶腺苷?；D(zhuǎn)移酶)(ATASE)(glnE)[2.7.7.42]0064DNA修復(fù)蛋白R(shí)ecN(recN)0065預(yù)測(cè)的激酶[2.7.123]0066熱休克蛋白B25.3同源物(grpE)0067核苷酸轉(zhuǎn)移酶結(jié)構(gòu)域蛋白0068核苷酸轉(zhuǎn)移酶底物結(jié)合蛋白，HI0074家族亞家族0069厭氧性核糖核苷-三磷酸還原酶(nrdD)[l.17.4.2]0070?；?CoA硫酯酶H(tesB)[3丄2.-]0071半胱胺酰-tRNA合成酶(cysS)[6丄1.16]0072肽酰-脯氨酰順-反異構(gòu)酶B(PPI酶B)(旋轉(zhuǎn)異構(gòu)酶)(pp氾)[5.2丄8]0073Mg-依賴性DNA酶[3丄2.-]00745-甲基四氫蝶酰三谷氨酸-咼半胱氨酸甲基轉(zhuǎn)移酶(甲硫氨酸合酶，維生素-B12依賴性同工酶)(鈷胺素-依賴性甲硫氨酸合酶)0075硫氧還蛋白(tn000762-羥酸脫氫酶同源物(IdhA)[l丄1,]0077胱硫醚Y-裂合酶同源物(metB)[2.5.1.48]0078蘇氨酸合酶(thrC)[4.2.3.1]0079高絲氨酸激酶(thrB)[2.7.1.39]0080雙功能天冬氨酸激酶/高絲氨酸脫氫酶(AK-HD)[包括天冬氨酸激酶；高絲氨酸脫氫酶(ECU丄3)][2J.2.4]0081保守性假擬蛋白TIGR000440082甘油酸激酶[2.7丄31]008314+/葡糖酸同向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(symporter)(gntP)0084糖二酸利用調(diào)節(jié)物00854-羥基丁酸脫氫酶(gntP)[]丄1.61]0086假擬HTH-型轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)物(glpR)0087甲基轉(zhuǎn)移酶0088保守性假擬蛋白55<table>tableseeoriginaldocumentpage56</column></row><table>0136HflK蛋白(hflK)[3.4.-,]0137假擬4'-磷酸泛酰巰基乙胺基轉(zhuǎn)移酶[2.7.8.-]0138假擬蛋白0139厭氧性C4-二羧酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(dcuB)0140?；d體蛋白(ACP)-相關(guān)蛋白01413-氧?；?[?；?載體蛋白]還原酶(3-酮酰基-?；d體蛋白還原酶)(fabG)[l.1丄100]0142丙二酰CoA-酰基載體蛋白轉(zhuǎn)酰酶(fabD)[2.3.1.39]0143假擬蛋白01443-氧?；?[?；?載體-蛋白]合酶II(B-酮?；?ACP合酶III)(KASIH)(fabH)[2.3丄41]0145假擬蛋白0146核糖體蛋白L32(rpmF)0147未表征的ACR，COG13990148憐脂酰絲氨酸脫羧酶(psd)[4丄1.65]0149谷胱甘肽-二硫化物還原酶(gor)[l.8丄7]0150假擬脂蛋白HI0162前體0151BoIA蛋白同源物(bolA)0152NADH:泛醌氧化還原酶，Na(+)-轉(zhuǎn)位，A亞基(ngrA)[1.6.5,]0153NADH:泛醌氧化還原酶，Na(+)-轉(zhuǎn)位，B亞基(ngrB)[1.6.5,-]0154NADH:泛醌氧化還原酶，Na(+)-轉(zhuǎn)位，C亞基(ngrC)[1.6,5,]0155NADH:泛醌氧化還原酶，Na(+)-轉(zhuǎn)位，D亞基(ngrD)[1.6.5.-]0156NADH:泛醌氧化還原酶，Na(+)-轉(zhuǎn)位，E亞基(ngrE)[l.65.-]0157NADH:泛醌氧化還原酶，Na(+)-轉(zhuǎn)位，F(xiàn)亞基(ngrF)[1.6.5.-]0158硫胺生物合成脂蛋白apbE前體0159ApbE家族0160tRNA(5-甲基氨基甲基-2-硫尿苷酸)-甲基轉(zhuǎn)移酶(trmU)[2.1丄61]0161保守性假擬蛋白TIGR007260162核糖體大亞基假尿苷合酶D(假尿苷酸合酶)(尿嘧啶水解酶)(sfhB)[4.2丄70]0163未知0164脂蛋白，推定的0165甲酸乙酰轉(zhuǎn)移酶活化酶，裂合酶l-特異性(act)[1.97丄4]0166甲酸乙酰轉(zhuǎn)移酶(pflB)[2.3.1.54]0167甲酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白1FocA(甲酸通道l)(甲酸)0168假擬蛋白0169ROK家族蛋白VC15320170鈉/丙氨酸同向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白0171蛋白[3丄U]0172醇脫氫酶(adhC)[l丄U]0173轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)物，MerR家族NMB1303(可能的)0174。261(YIGT)0175Sec-非依賴性蛋白易位酶蛋白tatB同源物0176Sec-非依賴性蛋白易位酶TatC(tatC)0177NADP-特異性谷氨酸脫氫酶(NADP-GDH)(gdhA)[1.4丄4]0178鐵抑制蛋白(fur)0179黃素氧還蛋白0180水解酶，a/p折疊家族(acoC)[3丄-.-]0181SeqA蛋白0182O-琥珀酰苯甲酸-CoA連接酶(menE)[6.2.1.26]57<table>tableseeoriginaldocumentpage58</column></row><table>0229假擬蛋白0230蛋白質(zhì)0231保守性假擬蛋白0232多核糖核苷酸核苷酸轉(zhuǎn)移酶(多核苷酸磷酸化酶)(PNP酶)(P叩)[2.7.7.8]0233脂蛋白nlpl同源物前體0234冷激DEAD-盒蛋白A同源物(ATP-依賴性RNA解旋酶deaD同源物)(deaD)0235保守性假擬蛋白0236在細(xì)菌中保守的未表征的蛋白0237砷酸還原酶(arsC)[l.20.4.1]0238PerM(perlVO0239蛋白-輸出膜蛋白secF(secF)0240蛋白-輸出膜蛋白secD(secD)0241前蛋白易位酶，YajC亞基(yajC)0242未表征的蛋白家族UPF0033超家族0243未知功能結(jié)構(gòu)域蛋白的結(jié)構(gòu)域0244queuine(Q嘌呤)t腦A-核糖基轉(zhuǎn)移酶(tgt)[2.4.2.29]0245保守性假擬蛋白0246保守性假擬蛋白0247TonB蛋白(tonB)0248生物聚合物轉(zhuǎn)運(yùn)exbD蛋白(exbD)0249生物聚合物轉(zhuǎn)運(yùn)exbB蛋白(exbB)0250細(xì)菌鐵蛋白共遷移(comigratory)蛋白同源物(bcp)0251二氫二吡啶甲酸合酶(dapA)[4.2.1.52]0252蛋白0253核糖體亞基界面蛋白(yfiA)0254糖基轉(zhuǎn)移酶(葡糖基)[2.4.1.44]0255非正規(guī)的嘌呤NTP焦磷酸酶，rdgB/HAMl家族(rdgB)0256KDO激酶[2.7.1.-]0257OpsX[2,,.-l0258血紅素/血液結(jié)合素利用蛋白C前體(hemR)0259血紅素-血液結(jié)合素利用蛋白B(hxuB)0260血紅素/血液結(jié)合素-結(jié)合蛋白前體(血紅素:血液結(jié)合素利用蛋白A)(hxuA)0261血紅素-血液結(jié)合素利用蛋白A(hxuA)0262二氫新蝶呤醛縮酶(fo舊)[4.1.2.25]0263保守性假擬蛋白TIGR000230264傳感蛋白narQ同源物(narQ)[2.7.3.-]0265UDP-N-乙酰烯醇式丙酮酰葡糖胺還原酶(murB)[U丄158]0266RNA聚合酶o-32因子(rpoH)[2.7.7.6]0267tRNA-二氫尿苷合酶C[l,.-.-]0268DnaJ-樣蛋白djlA(orf81)0269乳清酸磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶(pyrE)[2.4.2.10]0270核糖核酸酶PH(rph)[2.7.7.56]0271谷氨酰胺酰-tRNA合成酶(gltX)[6丄U7]0272保守性假擬蛋白0273核糖核酸酶BN，推定的[3丄-.-]0274SEC-C基序結(jié)構(gòu)域蛋白0275MOSC結(jié)構(gòu)域蛋白590276假擬蛋白0277尿苷磷酸化酶Hp)[2.4.2.3]0278跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白0279預(yù)測(cè)的水解酶或酰基轉(zhuǎn)移酶[3.1,.-]02802-琥珀酰-6-羥基-2,4-環(huán)己二烯-1-羧酸合酶/2-酮戊二酸脫羧酶(menD)[4丄1.71]0281維生素K2(Menaquinone)-特異性異分支酸合酶(異分支酸變位酶)(menF)[5.4.4.2]0282保守性假擬蛋白0283天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(ASPAT)[2.6.1,]0284色氨酸-特異性轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(色氨酸通透酶)(mtr)0285L-絲氨酸氨-裂合酶(sdaA)[4.3丄17]0286絲氨酸轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白(sdaC)0287銅-轉(zhuǎn)位P-型ATP酶[3.6.3.4]0288周質(zhì)汞離子結(jié)合蛋白(merP)0289重金屬轉(zhuǎn)運(yùn)P-型ATP酶CAC3655(merP)0290重金屬轉(zhuǎn)運(yùn)P-型ATP酶CAC3655(merP)0291重金屬轉(zhuǎn)運(yùn)CPx-型ATP酶(merP)0292Cu(I)-反應(yīng)性轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)物(cueR)0293MetApo-阻抑物，MetJ0294轉(zhuǎn)錄終止因子Rho(rho)0295PilD(hopD)[3.4.23.43]0296蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白hofC同源物(pilC)0297蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白hoffi同源物(pi舊)0298前菌毛素肽酶依賴性蛋白D同源物前體(PilE)0299AmpD蛋白同源物(ampD)0300鎂和鈷流出蛋白corC(tlyC)0301載脂蛋白N-?；D(zhuǎn)移酶(ALPN-?；D(zhuǎn)移酶)(銅內(nèi)穩(wěn)態(tài)蛋白cutE同源物)(cutE)[2.3.1.-]0302保守性假擬蛋白TIGR000460303未表征的ACR，COG16780304保守性假擬蛋白TIGR002500305重組相關(guān)蛋白rdgC0306吡咯啉-5-羧酸還原酶(proC)[1.5丄2]0307MFS轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白0308酪氨酸重組酶XerD(xerD)0309保守性假擬蛋白0310Holliday連接DNA解旋酶RuvB(mvB)0311Holliday連接DNA解旋酶RuvA(ruvA)0312交叉連接內(nèi)切脫氧核糖核酸酶RuvC(ruvC)[3.1.22.4]0313保守性假擬蛋白TIGR010330314dATP焦磷酸水解酶(ntpA)[3.6丄-]0315天冬氨酰基-tRNA合成酶(aspS)[6丄1.12]0316HI0318同源物0317甲基轉(zhuǎn)移酶，推定的0318乳酰谷胱甘肽裂合酶(gloA)[4.4.1.5]0319核糖核酸酶T(rnt)[3丄13,]0320預(yù)測(cè)的通透酶0321保守性假擬蛋白0322翻譯延伸因子P(efp)600323賴氨酸2;3-氨基變位酶0324不透明相關(guān)蛋白o(hù)apA(oapA)0325OapB(oapB)0326DNA修復(fù)蛋白R(shí)ecO(recO)032723SrRNA(尿嘧啶-5-)-甲基轉(zhuǎn)移酶RumA(rumA)[2丄l.-]0328GTP焦磷酸激酶(ATP:GTP3'-焦磷酸轉(zhuǎn)移酶)(PpGpp合成酶I)((P)PpGpp合成酶)(relA)[2.7.6.5]0329二乙酰甘油激酶(DAGK)(甘油二酯激酶)(DGK)(dgkA)[2.7丄107]0330鉬蛋白(Molybdopterin)生物合成mog蛋白(mog)0331氮調(diào)節(jié)蛋白P-II0332未知功能的結(jié)構(gòu)域，推定的0333引發(fā)體蛋白N'復(fù)制因子Y)(priA)0334tRNA(鳥(niǎo)嘌呤-N(7)-)-甲基轉(zhuǎn)移酶(tRNA(m7G46)-甲基轉(zhuǎn)移酶)[2.1丄33]0335蛋白0336鐵氧還蛋白-型蛋白NapF(tmpF)0337NapD蛋白(napD)0338周質(zhì)硝酸還原酶，大亞基(napA)[l.7.99.4]0339鐵氧還蛋白-型蛋白napG同源物(napG)0340鐵氧還蛋白-型蛋白napH同源物(napH)0341周質(zhì)硝酸還原酶，二血紅素細(xì)胞色素c亞基(napB)0342細(xì)胞色素c-型蛋白napC(napC)0343腺苷酸激酶(adk)[2.7.4.3]0344未命名的蛋白質(zhì)產(chǎn)物；0RF3(ampGl)0345UDP-葡萄糖4-差向異構(gòu)酶(galE)[5丄3.2]0346未命名的蛋白質(zhì)產(chǎn)物；ORF10347ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白，ATP-結(jié)合蛋白0348ABC轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白通透酶蛋白(通透酶)0349硫胺生物合成相關(guān)蛋白(nmtl)0350轉(zhuǎn)錄激活物tenA(側(cè)向同源物)0351YfeD(螯合的)0352YfeC(螯合的)0353YfeB(螯合的)0354YfeA(螯合的)0355假擬蛋白0356青霉素-結(jié)合蛋白7同源物前體(PBP-7)(D-丙氨酰-D-丙氨酸-內(nèi)肽酶)(DD-內(nèi)肽酶)[3.4.99.-]0357假擬蛋白0358自由基SAM酶，Cfr家族0359可能的菌毛生源和顫搐運(yùn)動(dòng)蛋白PHF同源物(Tfp)0360保守性假擬蛋白03614-羥基-3-甲基丁-2-烯-1-基二磷酸合酶(ispG)[l.17.4.3]0362組氨酰-tRNA合成酶(hisS)[6.1丄21]0363蛋白0364未知功能的蛋白質(zhì)(DUF528)超家族0365鐵氧還蛋白，2Fe-2S型，ISC系統(tǒng)(fdx)0366Fe-S蛋白裝配侶伴蛋白HscA(hscA)0367保守性假擬蛋白0368輔-侶伴蛋白Hsc20(hscB)0369鐵-硫簇裝配蛋白IscA(iscA)61<table>tableseeoriginaldocumentpage62</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage63</column></row><table>0464Caudo病毒(caudovirus)前頭蛋白酶0465噬菌體主要衣殼蛋白，HK97家族0466PIS系統(tǒng)，果糖-特異性IIBC組件(EIIBC-Fru)(果糖-通透酶IIBC組件)(磷酸轉(zhuǎn)移酶II，BC組件)(EC2.7.1.69)(EH-Fru)(fruA)[2.7.1.69]04671-磷酸果糖激酶(果糖1-磷酸激酶)(fruK)[2.7.1.56]0468PTS系統(tǒng)，果糖-特異性IIA/FPr組件(EIIA-Fru)(果糖-通透酶IIA/Pr組件)(磷酸轉(zhuǎn)移酶II，A/FP組件)(磷酸轉(zhuǎn)移酶FPr蛋白X假-HPr)(EIII-FmX果糖PTS二磷酰基轉(zhuǎn)移蛋白)(P17127)[2.7.1.69]0469脂蛋白，推定的0470毒性-相關(guān)蛋白D(vapD)0471毒性-相關(guān)蛋白D(vapD)0472保守性假擬蛋白0473CBS結(jié)構(gòu)域蛋白(AF212041)0474未知功能的蛋白質(zhì)(DUF1523)超家族0475HI0454[3丄21.-]0476DNA聚合酶III，S亞基(ho舊)[2.7.7.7]0477胸苷酸激酶(tmk)[2.7.4.9]0478保守性假擬蛋白TIGR002470479保守性假擬蛋白TIGR002470480存活蛋白surA同源物前體(PPI酶)[5.2丄8]0481PyrR雙功能蛋白[包括嘧啶操縱子調(diào)節(jié)蛋白，尿嘧啶磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶(UPRT酶)](PyrR)[2,4.2.9]0482MazG蛋白同源物(mazG)0483蛋白(lapB)0484ATP-依賴性蛋白酶La(Ion)[3.4.21.53]0485氧-依賴性糞卟啉原III氧化酶，推定的0486核糖5-磷酸異構(gòu)酶A(rpiA)[5.3丄6[0487D-3-磷酸甘油酸脫氫酶(PGDH)(serA)[l丄1.95]0488預(yù)測(cè)的氨基甲基轉(zhuǎn)移酶0489保守性假擬蛋白TIGR002550490ATP磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶(hisG)[2.4.2.17]0491假擬蛋白0492ATP磷酸核糖基轉(zhuǎn)移酶(hisG)[2.4.2.17]0493組氨醇脫氫酶(hisD)[l丄1.23]0494組氨醇-磷酸氨基轉(zhuǎn)移酶(hisC)[2.6丄9]0495組氨酸生物合成雙功能蛋白hisB[包括組氨醇-磷酸酶；咪唑甘油-磷酸脫水酶(EC4.2丄19)(IGPD)丌3丄3.15]0496咪唑甘油磷酸合酶，谷氨酰胺酰氨基轉(zhuǎn)移酶亞基(hisH)[2.4.2,]0497磷酸核糖基亞胺甲基-5-氨基咪唑氨甲酰核糖酸異構(gòu)酶(hisA)[5.3丄16]0498咪唑甘油磷酸合酶，環(huán)化酶亞基(hisF)0499組氨酸生物合成雙功能蛋白his正[包括磷酸核糖基-AMP環(huán)式水解酶(PRA-CH);磷酸核糖基-ATP焦磷酸酶(EC3.6.1.31)(PRA-PH)](PRA-CH)[3.5.4.19]0500酪氨酸-特異性轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白l(酪氨酸通透酶l)(tyrP)0501ATP合酶F1，e亞基(atpC)[3.6.3.14]0502ATP合酶Fl，卩亞基(atpD)[3.6.3.14]0503ATP合酶Fl，y亞基(atpG)[3.6.3.14]0504ATP合酶Fl,oc亞基(atpA)[3.6.3.14]0505ATP合酶Fl，5亞基(aipH)[3.6.3.14]64<table>tableseeoriginaldocumentpage65</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage66</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage67</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage68</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage69</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage70</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage71</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage72</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage73</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage74</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage75</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage76</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage77</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage78</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage79</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage80</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage81</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage82</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage83</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage84</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage85</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage86</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage87</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage88</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage89</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage90</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage91</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage92</column></row><table><table>tableseeoriginaldocumentpage93</column></row><table>參考文獻(xiàn)(將其內(nèi)容納入本文作參考)Fleischmann等，(1995)Sc/e"ce269:496-512。[2]GenBank登錄號(hào)NC—000907。Geysen等，(1984)/WJS81:3998-4002。Carter(1994)7kfo/所o/36:207-23。Jameson,BA等，1988，C4S/OS4(1):181-186。Raddrizzani和Hammer(2000)份/e/所o/"/wm1(2):179-89。DeLalla等，(1999)J./扁膽/.163:1725-29。Brusic等，(1998)14(2):121-30Meister等，(1995)F固."e13(6):581-91。Roberts等，(1996)Wwmie,rav/n^es12(7):593-610。Maksyutov和Zagrebelnaya(1993)CompW^p/5/o5c/9(3):291-7。[12]Feller和delaCruz(1991)iVa加re349(6311):720-1。Hopp(1993)ie^flrc/z6:183-190。Welling等，(1985)188:215-218。Dave叩ort等，(1995)/扁,g,to42:392-297。Bodanszky(1993)尸h"c^/e^S戸A^&(肽合成原則)(ISBN:0387564314)。Fields等，(1997)7kfeA五"^mo《艨學(xué)方茲」289:化/W-尸/w"尸^^feISBN:0121821卯0。[18]Chan和White(2000)尸wocSo/W戶/zayeP印^/eS，^eifFmocISBN:0199637245。Kullmann(1987)￡"2ywa//c尸印^/eSy/^Aew^朦法崖-#威」.ISBN:0849368413。Ibba(1996)歷otec/mo/iev13:197-216。Breedveld(2000)丄朋ce/355(9205):735-740。Gorman和Clark(19卯)6"em/"./mm朋o/.2:457-466。Sambrook等，(1989)Mo/era/wC7o"/"g:爿Z"6orator少M(fèi)a"認(rèn)《力、^^y^^"邀舒脈^TzoW/^otoco"wo/ecw/"廠Wo/ogy^f濕》7f激學(xué)實(shí)麥潛熟(第四版，1999)Ausubel等編，ISBN0-471-32938-X。[25]美國(guó)專利5，707，829C謂W/"她/腦/"r5油gy廠新編分ff激學(xué)實(shí)邀潛葡(F.M.Ausubel等編，1987)增刊30。[27]EP-B-0509612。[28〗EP-B-05050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2558、2560、2562、2564、2566、2568、2570、2572、2574、2576、2578、2580、2582、2584、2586、2588、2590、2592、2594、2596、2598、2600、2602、2604、2606、2608、2610、2612、2614、2616、2618、2620、2622、2624、2626、2628、2630、2632、2634、2636、2638、2640、2642、2644、2646、2648、2650、2652、2654、2656、2658、2660、2662、2664、2666、2668、2670、2672、2674、2676、2678、2680、2682、2684、2686、2688、2690、2692、2694、2696、2698、2700、2702、2704、2706、2708、2710、2712、2714、2716、2718、2720、2722、2724、2726、2728、2730、2732、2734、2736、2738、2740、2742、2744、2746、2748、2750、2752、2754、2756、2758、2760、2762、2764、2766、2768、2770、2772、2774、2776、2778、2780、2782、2784、2786、2788、2790、2792、2794、2796、2798、2800、2802、2804、2806、2808、2810、2812、2814、2816、2818、2820、2822、2824、2826、2828、2830、2832、2834、2836、2838、2840、2842、2844、2846、2848、2850、2852、2854、2856、2858、2860、2862、2864、2866、2868、2870、2872、2874、2876、2878、2880、2882、2884、2886、2888、2890、2892、2894、2896、2898、2900、2902、2904、2906、2908、2910、2912、2914、2916、2918、2920、2922、2924、2926、2928、2930、2932、2934、2936、2938、2940、2942、2944、2946、2948、2950、2952、2954、2956、2958、2960、2962、2964、2966、2968、2970、2972、2974、2976、2978、2980、2982、2984、2986、2988、2990、2992、2994、2996、2998、3000、3002、3004、3006、3008、3010、3012、3014、3016、3018、3020、3022、3024、3026、3028、3030、3032、3034、3036、3038、3040、3042、3044、3046、3048、3050、3052、3054、3056、3058、3060、3062、3064、3066、3068、3070、3072、3074、3076、3078、3080、3082、3084、3086、3088、3090、3092、3094、3096、3098、3100、3102、3104、3106、3108、3110、3112、3114、3116、3118、3120、3122、3124、3126、3128、3130、3132、3134、3136、3138、3140、3142、3144、3146、3148、3150、3152、3154、3156、3158、3160、3162、3164、3166、3168、3170、3172、3174、3176、3178、3180、3182、3184、3186、3188、3190、3192、3194、3196、3198、3200、3202、3204、3206、3208、3210、3212、3214、3216、3218、3220、3222、3224、3226、3228、3230、3232、3234、3236、3238、3240、3242、3244、3246、3248、3250、3252、3254、3256、3258、3260、3262、3264、3266、3268、3270、3272、3274、3276、3278、3280、3282、3284、3286、3288、3290、3292、3294、3296、3298、3300、3302、3304、3306、3308、3310、3312、3314、3316、3318、3320、3322、3324、3326、3328、3330、3332、3334、3336、3338、3340、3342、3344、3346、3348、3350、3352、3354、3356、3358、3360、3362、3364、3366、3368、3370、3372、3374、3376、3378、3380、3382、3384、3386、3388、3390、3392、3394、3396、3398、3400、3402、3404、3406、3408、3410、3412、3414、3416、3418、3420、3422、3424、3426、3428、3430、3432、3434、3436、3438、3440、3442、3444、3446、3448、3450、3452、3454、3456、3458、3460、3462、3464、3466、3468、3470、3472、3474、3476、3478、3480、3482、3484、3486、3488、3490、3492、3494、3496、3498、3500、3502、3504、3506、3508、3510、3512、3514、3516、3518、3520、3522、3524、3526、3528、3530、3532、3534、3536、3538、3540、3542、3544、3546、3548、3550、3552、3554、3556、3558、3560、3562、3564、3566、3568、3570、3572、3574、3576、3578、3580、3582、3584、3586、3588、3590、3592、3594、3596、3598、3600、3602、3604、3606、3608、3610、3612、3614、3616、3618、3620、3622、3624、3626、3628、3630、3632、3634、3636、3638、3640、3642、3644、3646、3648、3650、3652、3654、3656、3658、3660、3662、3664、3666、3668、3670、3672、3674、3676、3678、3680、3682、3684、3686、3688、3690、3692、3694、3696、3698、3700、3702、3704、3706。2.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>3.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>4.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>5.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>6.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>7.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>8.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>9.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>10.<image>imageseeoriginaldocumentpage31</image>11.編碼如權(quán)利要求1-4中任一項(xiàng)所述多肽的核酸。12.—種組合物，其包含(a)如上述任一權(quán)利要求所述的多肽、抗體和/或核酸;和(b)藥學(xué)上可接受的載體。13.如權(quán)利要求12所述的組合物，其還包含疫苗佐劑。14.如權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)所述的核酸、多肽或抗體，其被用作藥物。15.—種治療患者的方法，所述方法包括給予所述患者治療有效量的如權(quán)利要求12所述的組合物。16.如權(quán)利要求1-11中任一項(xiàng)所述的核酸、多肽或抗體在制造用于治療或預(yù)防由流感嗜血桿菌造成的疾病和/或感染的藥物中的應(yīng)用。17.如權(quán)利要求15所述的方法或如權(quán)利要求16所述的應(yīng)用，用于預(yù)防細(xì)菌性腦膜炎。全文摘要揭示了含有衍生自b型流感嗜血桿菌、包括多種脂蛋白的各種氨基酸序列的多肽。這些多肽可用于開(kāi)發(fā)預(yù)防和/或治療細(xì)菌性腦膜炎的疫苗。它們還可用于診斷目的，以及作為抗生素的靶點(diǎn)。還揭示了抗這些多肽的抗體以及編碼核酸。文檔編號(hào)A61K48/00GK101687025SQ200680018203公開(kāi)日2010年3月31日申請(qǐng)日期2006年3月30日優(yōu)先權(quán)日2005年3月30日發(fā)明者H·特特林,R·拉普奧里,V·馬西格納尼申請(qǐng)人:諾華疫苗和診斷公司;J·克萊格凡特研究所有限公司