專利名稱：Lkb1突變作為對(duì)tor激酶抑制劑的敏感性的預(yù)測(cè)生物標(biāo)記的鑒定的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本文提供了在治療和/或預(yù)防患者體內(nèi)癌癥或腫瘤綜合征的方法，包括向患有癌癥或腫瘤綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥或腫瘤綜合征的特征在于 LKBl和/或AMPK基因或蛋白的缺失或突變。
3.
背景技術(shù)：
反常的蛋白磷酸化與疾病的原因或結(jié)果之間的關(guān)系已經(jīng)為人們所知超過(guò)20年。因而，蛋白激酶成為非常重要的藥物靶標(biāo)組。參見(jiàn)Cohen，Nat. Rev. Drug Disc.,1:309-315(2002), Grimmiger et al. Nat. Rev. Drug Disc. 9 (12) : 956-970 (2010)。多種蛋白激酶抑制劑已經(jīng)用于臨床治療多種的疾病，例如癌癥和慢性炎癥疾病，包括糖尿病和休克。參見(jiàn) Cohen, Eur. J. Biochem. , 268:5001-5010 (2001), Protein Kinase Inhibitors forthe Treatment of Disease The Promise and the Problems，Handbook of ExperimentalPharmacology, Springer Berlin Heidelberg，167(2005)。蛋白激酶屬于龐大而多樣的酶家族，其催化蛋白的磷酸化并在細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)中起到重要關(guān)鍵作用。蛋白激酶可以依賴于其靶標(biāo)蛋白而發(fā)揮正向或負(fù)向調(diào)節(jié)作用。蛋白激酶涉及調(diào)節(jié)細(xì)胞功能的特定信號(hào)通路，例如，但不限于，代謝、細(xì)胞周期進(jìn)行、細(xì)胞粘附、血管功能、凋亡、和血管生成。細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)的失靈與很多疾病相關(guān)，其中被最充分表征的包括癌癥和糖尿病。信號(hào)傳導(dǎo)通過(guò)細(xì)胞因子的調(diào)節(jié)和信號(hào)分子與原癌基因和腫瘤抑制劑基因的關(guān)系已得到很好地證明。類似地，糖尿病和相關(guān)病癥與蛋白激酶的缺失調(diào)節(jié)的水平之間的聯(lián)系也已得到證明。參見(jiàn)例如，Sridhar et al. Pharm. Res. 17 (11) : 1345-1353 (2000)。病毒感染與其相關(guān)病癥也與蛋白激酶的調(diào)節(jié)相關(guān)。Park et al. Cell 101 (7) : 777-787 (2000)。蛋白激酶可以基于其靶標(biāo)的氨基酸(色氨酸/蘇氨酸、酪氨酸、賴氨酸、和組氨酸)而分為主要的組。例如，酪氨酸激酶包括受體酪氨酸激酶(RTK)，例如生長(zhǎng)因子和非受體酪氨酸激酶，例如src激酶家族。也有雙重特異性蛋白激酶，其靶向酪氨酸和絲氨酸/蘇氨酸兩者，例如周期素依賴性激酶(CDK)和促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)。由于蛋白激酶調(diào)節(jié)幾乎每個(gè)細(xì)胞過(guò)程，包括代謝、細(xì)胞增殖、細(xì)胞分化、和細(xì)胞生存，它們是多種疾病狀況的治療性干涉的誘人靶標(biāo)。例如，蛋白激酶扮演核心角色的細(xì)胞周期控制和血管生成是與無(wú)數(shù)疾病病癥相聯(lián)系的細(xì)胞過(guò)程，所述疾病病癥例如，但不限于，癌癥、炎癥疾病、反常血管生成及其相關(guān)疾病、動(dòng)脈硬化癥、黃斑變性、糖尿病、肥胖、和疼痛。蛋白激酶已經(jīng)成為癌癥治療的誘人革巴標(biāo)。Fabbro et a I. Pharm.Ther. 93:79-98 (2002)。已經(jīng)提出了蛋白激酶涉及在人惡性腫瘤的發(fā)展中可以發(fā)生于(I)基因組重排(例如，慢性粒細(xì)胞白血病中的BCR-ABL)，(2)導(dǎo)致持續(xù)活化激酶活性的突變，例如急性粒細(xì)胞白血病和腸胃腫瘤，(3)致癌基因的激活或腫瘤抑制劑功能的缺失導(dǎo)致的激酶活性的反常，例如在具有致癌基因RAS的癌癥中，(4)激酶活性通過(guò)過(guò)表達(dá)而發(fā)生的反常，例如EGFR的情況和(5)生長(zhǎng)因子的異位表達(dá)，其對(duì)發(fā)育和控制腫瘤表型做出貢獻(xiàn)。Fabbro et al.，Pharm. Ther. 93:79-98(2002)。對(duì)蛋白激酶通路的錯(cuò)綜復(fù)雜和各種蛋白激酶及激酶通路之間的聯(lián)系和作用的的復(fù)雜性的闡述突出顯示了發(fā)展能夠作為蛋白激酶調(diào)制劑、調(diào)節(jié)劑或抑制劑的藥物試劑的重要性，其最好具有對(duì)多種激酶或多種激酶通路的活性。從而，仍然具有對(duì)新的激酶調(diào)節(jié)劑的需求。命名為mTOR (雷帕霉素的哺乳動(dòng)物祀標(biāo)，mammalian target of rapamycin)的蛋白，也稱為FRAP，RAFTI或RAPTl，是一種2549個(gè)氨基酸的Ser/Thr蛋白激酶，已經(jīng)顯示這是在mT0R/PI3K/Akt通路中最重要的蛋白之一，該通路調(diào)節(jié)細(xì)胞生長(zhǎng)和增殖。Georgakis和 Younes Expert Rev. Anticancer Ther. 6 (I) : 131-140 (2006)。mTOR 存在于兩種復(fù)合物中,mTORCl和mT0RC2。mTORCl對(duì)雷帕霉素類似物(例如坦西莫司(temsirolimus)和依維莫司(everolimus))敏感,而mT0RC2很大程度上是雷帕霉素敏感的。需要注意的是，雷帕霉素不是TOR激酶抑制劑。數(shù)種mTOR抑制劑已經(jīng)被或者即將被用于癌癥治療的臨床測(cè)試評(píng)價(jià)。坦西莫斯于2007年被批準(zhǔn)用于腎細(xì)胞癌，而依維莫司于2009年被批準(zhǔn)用于腎細(xì)胞癌患者，其發(fā)展為血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子受體抑制劑。這些mTORCl抑制性化合物的引人注意但有限的臨床成功證明了 mTOR抑制劑在治療癌癥和移植排斥中的有用性，以及具有mTORCl和mT0RC2兩者的抑制性活性的化合物的增加的潛力。體細(xì)胞突變(somatic mutation)影響肺癌中的關(guān)鍵通路。因而,對(duì)與肺癌有關(guān)的特定突變的鑒定可以產(chǎn)生改良的治療方案。最近的研究已經(jīng)揭示了 LKBl基因的大量體細(xì)胞突變，其存在于肺癌、子宮頸癌、乳癌、腸癌、睪丸癌、胰腺癌和皮膚癌中(Distributionof somatic mutations in STKlI，Catalogue of Somatic Mutations in Cancer，WellcomeTrust Genome Campus，Hinxton，Cambridge)。本申請(qǐng)第二部分的任何參考文獻(xiàn)的引用和鑒定不被解釋為承認(rèn)該參考文獻(xiàn)是本申請(qǐng)的現(xiàn)有技術(shù)。
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發(fā)明內(nèi)容
本文提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，或治療腫瘤綜合征的方法，例如Peutz-Jeghers綜合征(黑斑息肉綜合征，Peutz-Jeghers ’ ssyndrome)，包括向患有癌癥或腫瘤綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥或腫瘤綜合征的特征在于，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型，LKBl和/或AMPK基因或蛋白缺失或突變。本文進(jìn)一步提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括篩選相對(duì)于對(duì)照患者或野生型表現(xiàn)出LKBl基因或蛋白缺失或突變的患者的癌癥，并向患有癌癥的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥的特征在于LKBl基因或蛋白缺失或突變。
本文進(jìn)一步提供了檢測(cè)患者(“受試患者”)癌癥中LKBl基因或蛋白缺失或突變的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括從受試患者的癌癥中獲得生物樣品；測(cè)量LKBlmRNA表達(dá)水平、LKBI蛋白表達(dá)水平中的一個(gè)或多個(gè)，確定LKBI基因的甲基化狀況或另外鑒定基因或蛋白的缺失或突變的存在(例如，通過(guò)直接cDNA或外顯子DNA測(cè)序或SNP分析或多重連接探針擴(kuò)增(MLPA)以鑒定拷貝數(shù)目缺失，或免疫組化學(xué)(IHC)、免疫熒光(IF)或蛋白質(zhì)印跡以確定蛋白的缺失)；以及所述測(cè)量與來(lái)自特征不在于LKBl基因或蛋白缺失或突變(野生型)的患者(“對(duì)照患者”)癌癥的對(duì)照測(cè)量進(jìn)行比較；其中來(lái)自受試患者的生物樣品中的LKBl mRNA表達(dá)、LKBl蛋白表達(dá)、LKBl mRNA結(jié)構(gòu)、LKBl基因甲基化狀態(tài)和/或LKBl蛋白結(jié)構(gòu)相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的改變，預(yù)示著受試患者的癌癥中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患者患有癌癥的可能性的方法，例如對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)LKBl基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生
型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌癥，其中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述癌癥的可能性增加。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患有癌癥的患者對(duì)TOR激酶抑制劑的治療的療效的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)LKBl基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌癥，其中患者癌癥中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。本文進(jìn)一步提供了治療腫瘤綜合征的方法，例如Peutz-Jeghers綜合征,包括針對(duì)LKBl基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選患者，以及向具有LKBl基因或蛋白的缺失或突變的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑。本文進(jìn)一步提供了檢測(cè)患有腫瘤綜合征的患者(“受試患者”)中LKBl基因或蛋白缺失或突變的方法，所述腫瘤綜合征例如Peutz-Jeghers綜合征,所述方法包括從受試患者中獲得生物樣品；測(cè)量LKBl mRNA表達(dá)水平、LKBl蛋白表達(dá)水平中的一個(gè)或多個(gè)，確定LKBl基因的甲基化狀態(tài)或另外鑒定基因或蛋白的缺失或突變的存在(例如，通過(guò)直接cDNA或外顯子DNA測(cè)序或SNP分析或多重連接探針擴(kuò)增(MLPA)以鑒定拷貝數(shù)目缺失、或免疫組化學(xué)(IHC)、免疫熒光(IF)或蛋白質(zhì)印跡以確定蛋白的缺失)；以及所述測(cè)量與來(lái)自沒(méi)有LKBl基因或蛋白缺失或突變(野生型)的患者(“對(duì)照患者”)的對(duì)照測(cè)量進(jìn)行比較；其中來(lái)自受試患者的生物樣品中的LKBl mRNA表達(dá)、LKBl蛋白表達(dá)、LKBl mRNA結(jié)構(gòu)、LKBl基因甲基化狀態(tài)和/或LKBl蛋白結(jié)構(gòu)相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的改變，預(yù)示著受試患者中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患者患有腫瘤綜合征的可能性的方法，例如對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的Peutz-Jeghers綜合征，包括針對(duì)LKBl基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者，其中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述腫瘤綜合征的可能性增加。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患有腫瘤綜合征的患者對(duì)TOR激酶抑制劑的治療的療效的方法，例如Peutz-Jeghers綜合征,包括針對(duì)LKBl基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者，其中患者中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
本文提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，或治療腫瘤綜合征的方法，例如Peutz-Jeghers綜合征的方法，包括向患有癌癥或腫瘤綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥或腫瘤綜合征的特征在于AMPK基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型缺失或突變。本文提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，或治療腫瘤綜合征的方法，例如Peutz-Jeghers綜合征,所述方法包括向患有癌癥或腫瘤綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥或腫瘤綜合征的特征在于磷酸化-AMPK(pAMPK)蛋白水平和/或AMPK活性相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的降低。在一種實(shí)施方式中，所述pAMPK是pAMPK TI72。本文進(jìn)一步提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括在患者的癌癥中篩選AMPK基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變，并且向患有癌癥的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥的特征在于AMPK基因或蛋白的缺失 或突變。本文進(jìn)一步提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的降低來(lái)篩選患者的癌癥，并且向患有癌癥的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥的特征在于pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低。在一種實(shí)施方式中，所述pAMPK是pAMPK T172。本文進(jìn)一步提供了檢測(cè)患者(“受試患者”)癌癥中AMPK基因或蛋白缺失或突變的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括從受試患者的癌癥中獲得生物樣品；測(cè)量AMPKmRNA表達(dá)水平、AMPK蛋白表達(dá)水平中的一個(gè)或多個(gè)，確定AMPK基因的甲基化狀況或另外鑒定基因或蛋白的缺失或突變的存在(例如，通過(guò)直接cDNA或外顯子DNA測(cè)序或SNP分析或多重連接探針擴(kuò)增(MLPA)以鑒定拷貝數(shù)目缺失、或免疫組化學(xué)(IHC)、免疫熒光(IF)或蛋白質(zhì)印跡以確定蛋白的缺失)；以及所述測(cè)量與來(lái)自特征不在于AMPK基因或蛋白缺失或突變(野生型)的患者(“對(duì)照患者”)癌癥的對(duì)照測(cè)量進(jìn)行比較；其中來(lái)自受試患者的生物樣品中的AMPK mRNA表達(dá)、AMPK蛋白表達(dá)、AMPK mRNA結(jié)構(gòu)、AMPK基因甲基化狀態(tài)和/或AMPK蛋白結(jié)構(gòu)相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的改變，預(yù)示著受試患者的癌癥中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在。本文進(jìn)一步提供了檢測(cè)患者(“受試患者”)癌癥中pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括從受試患者的癌癥中獲得生物樣品；測(cè)量pAMPK蛋白表達(dá)、AMPK活性水平中的一個(gè)或多個(gè)，或另外測(cè)量pAMPK蛋白的水平(例如，pAMPK蛋白的免疫組化學(xué)(IHC)、免疫熒光(IF)或蛋白質(zhì)印跡、或AMPK在特定位點(diǎn)磷酸化的量，例如在T172位點(diǎn))，和/或AMPK活性水平(例如，AMPK激酶分析，參見(jiàn)Sanderset al. Biochem. J. 403:139-148 (2007))；以及所述測(cè)量與來(lái)自特征不在于pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低(野生型)的患者(“對(duì)照患者”)癌癥的對(duì)照測(cè)量進(jìn)行比較；其中來(lái)自受試患者的生物樣品中的更低水平的pAMPK蛋白和/或AMPK活性,預(yù)示著受試患者的癌癥中pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低的存在。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患者患有癌癥的可能性的方法，例如對(duì)TOR激酶抑制劑療法有反應(yīng)的非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)AMPK基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌癥，其中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述癌癥的可能性增加。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患者患有癌癥的可能性的方法，例如對(duì)TOR激酶抑制劑療法有反應(yīng)的非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的降低的存在來(lái)篩選所述患者的癌癥，其中pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述癌癥的可能性增加。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患有癌癥的患者對(duì)TOR激酶抑制劑的治療的療效的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)AMPK基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌癥，其中患者癌癥中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。本文進(jìn)一步提供了預(yù)測(cè)患有癌癥的患者對(duì)TOR激酶抑制劑的治療的療效的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，包括針對(duì)pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的降低的存在來(lái)篩選所述患者的癌癥，其中患者癌癥中pAMPK蛋白和/或AMPK活 性水平的降低的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。本文進(jìn)一步提供了治療或預(yù)防癌癥的方法，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，或治療腫瘤綜合征的方法，例如Peutz-Jeghers綜合征，所述方法包括向患有癌癥或腫瘤綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑和有效量的一種或多種調(diào)節(jié)AMP水平、葡萄糖攝取、代謝或應(yīng)力反應(yīng)(stress response)的試劑。本文進(jìn)一步提供了一種藥物組合物，其包含一種或多種TOR激酶抑制劑和一種或多種調(diào)節(jié)AMP水平、葡萄糖攝取、代謝或應(yīng)激反應(yīng)的試劑，以及藥學(xué)上可接受的載體、賦形劑或稀釋劑。本文進(jìn)一步提供了試劑盒，其包含一個(gè)或多個(gè)裝有TOR激酶抑制劑或其藥物組合物，用于在患者癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)LKBl基因或蛋白缺失或突變，或者AMPK基因或蛋白缺失或突變，或者兩者的試劑的容器，以及用于在患者癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)LKBI基因或蛋白缺失或突變，或AMPK基因或蛋白缺失或突變，或兩者的說(shuō)明書(shū)。本文進(jìn)一步提供了試劑盒，其包含一個(gè)或多個(gè)裝有TOR激酶抑制劑或其藥物組合物，用于在患者癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低的試劑的各器，以及用于在患者癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)pAMPK蛋白和/或AMPK活性水平的降低的說(shuō)明書(shū)。在一些實(shí)施方式中，TOR激酶抑制劑是本文描述的化合物。本實(shí)施方式可以通過(guò)參考詳細(xì)描述和實(shí)施例來(lái)更全面地理解，其意圖舉例說(shuō)明非限制性的實(shí)施方式。
5.


圖1A。圖I列出了非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)細(xì)胞系的LKBl突變狀態(tài)，基于報(bào)告的DNA序列，報(bào)告的突變，完整LKBl蛋白的存在(陽(yáng)性)或不存在(陰性)(通過(guò)圖IB所示的蛋白質(zhì)免疫印跡而測(cè)量)和化合物I對(duì)生長(zhǎng)抑制的平均IC5tl值(μ Μ) (η是IC5tl測(cè)定的重復(fù)數(shù))。圖1Β。圖IB示出了 LKBl蛋白水平與來(lái)自圖IA的NSCLC細(xì)胞系的平板交叉的LI-COR蛋白質(zhì)印跡。該實(shí)驗(yàn)證實(shí)了報(bào)告為L(zhǎng)KBl基因突變的細(xì)胞系中LKBl蛋白的缺失。圖2A。圖2A示出了對(duì)TOR激酶抑制劑化合物I處理的敏感性(IC5tl)與報(bào)告的LKBl基因突變狀態(tài)之間的相關(guān)性，通過(guò)Kruskal檢驗(yàn)確定(p=0. 0296)。圖2B。圖2B示出了對(duì)TOR激酶抑制劑化合物I處理的敏感性(IC5tl)與通過(guò)LI-COR蛋白質(zhì)免疫印跡評(píng)價(jià)的LKBl蛋白的存在(陽(yáng)性)或不存在(陰性)之間的相關(guān)性，通過(guò)Wilcoxon 檢驗(yàn)確定(ρ=0· 0128)。圖2C。圖2C示出了 Fisher檢驗(yàn)和Wilcoxon檢驗(yàn)用于分析化合物I敏感性(定義為IC5tlGyM)與完整的LKBl蛋白的存在或不存在(通過(guò)蛋白質(zhì)免疫印跡確定)之間的相關(guān)性。結(jié)果的P-值指示沒(méi)有完整的LKBl蛋白的細(xì)胞系對(duì)化合物I更為敏感。圖3Α。圖3Α示出了 LI-COR蛋白質(zhì)印跡，其顯示了選自NSCLC細(xì)胞系的磷酸-ΑΜΡΚ、T172、AMPK、LKB1和肌動(dòng)蛋白水平。LKBl蛋白水平與pAMPK T172水平相關(guān)，除了 H1437。圖3B。圖3B示出了 WiIcoxon檢驗(yàn)應(yīng)用于分析24株NSCLC細(xì)胞系中LKBl狀態(tài)與 pAMPK/肌動(dòng)蛋白比例之間的相關(guān)性的結(jié)果。LKBl狀態(tài)確定為基于蛋白質(zhì)免疫印跡的陰性或陽(yáng)性。Y軸是pAMPK/肌動(dòng)蛋白比例的Log1(l。LKBl蛋白狀態(tài)與pAMPK/肌動(dòng)蛋白比例之間的相關(guān)性用Wilcoxon檢驗(yàn)來(lái)評(píng)價(jià)(p=0. 000278)，其中p值〈O. 05被認(rèn)為是顯著相關(guān)。6.發(fā)明詳述6. I 定義“烷基”基團(tuán)是具有1-10碳原子的飽和的、部分飽和的或不飽和的直鏈或支鏈的非環(huán)狀烴，典型地具有1-8個(gè)碳原子，或在一些實(shí)施方式中，具有1-6、1-4、或2-6個(gè)碳原子。代表性的烷基團(tuán)包括-甲基、-乙基、-正丙級(jí)、-正丁基、-正戊基和-正己基；飽和支鏈燒基包括_異丙基、_仲丁基、_異丁基、_叔丁基、_異戍基、甲基戍基、3-甲基戍基、
4-甲基戊基、2，3-二甲基丁基等等。不飽和烷基團(tuán)的實(shí)例包括，但不限于，乙烯基、烯丙基、-CH=CH(CH3) ,-CH=C(CH3) 2>-(CH3) =CH2^-C(CH3) =CH(CH3) ,-C (CH2CH3) =CH2^-C = CH,-C = C (CH3) ,-C = C(CH2CH3) >-CH2C = CH、-CH2C = C(CH3)和-CH2C = C(CH7CH3)，等等。烷基團(tuán)可以是取代的或未取代的。除非另外說(shuō)明，當(dāng)本文中烷基團(tuán)描述為“取代的”時(shí)，它可以被本文公開(kāi)的示例性化合物和實(shí)施方式中出現(xiàn)的任何取代基所取代，例如鹵素(氯、碘、溴、或氟);烷基；羥基；烷氧基；燒氧基燒基；氣基；燒基氣基；竣基；硝基；氰1基；硫醇；硫釀；亞胺；酸亞胺；脈；狐；烯胺；氨羰基；酰胺基；磷?；涣谆瘹?；硫代羰基；磺酰；砜；磺胺；酮；醛；酯；尿素；尿烷；肟；羥胺；烷氧基胺；芳烷氧基胺；N-氧化物；肼；酰肼；腙；疊氮；異氰酸；異硫氰酸；氰酸，硫氰酸；氧(=0) ;B(0H)2，或0(烷基)氨羰基?！跋┗被鶊F(tuán)是具有2-10碳原子的直鏈或支鏈的非環(huán)狀烴，典型地具有2-8個(gè)碳原子，并包含至少一個(gè)碳-碳雙鍵。代表性的直鏈和支鏈(C2-C8)烯基包括-乙烯基、-丙稀基、_1_ 丁稀基、~2~ 丁稀基、_異丁稀基、-I-戍稀基、~2~戍稀基、-3-甲基-I- 丁稀基、-2-甲基-2- 丁稀基、_2，3- 二甲基-2- 丁稀基、-I-己稀基、-2-己稀、_3_己稀、-I-庚稀基、~2~庚稀基、-3-庚稀基、-I-羊稀基、~2~羊稀基、-3-羊稀基等等。稀基團(tuán)的雙鍵可以與另一個(gè)不飽和基團(tuán)不共軛或共軛。烯基團(tuán)可以是未取代的或取代的?！碍h(huán)烷基”基團(tuán)是具有單一的環(huán)或多個(gè)稠合的或橋連的環(huán)的3-10個(gè)碳原子的飽和的、部分飽和的或不飽和的環(huán)狀烷基團(tuán)，其可選地被1-3個(gè)烷基團(tuán)取代。在一些實(shí)施方式中，環(huán)烷基團(tuán)具有3-8元環(huán)，然而在其他實(shí)施方式中，環(huán)碳原子數(shù)目在3-5、3-6、或3-7個(gè)的范圍內(nèi)。這樣的環(huán)烷基團(tuán)包括，例如，單環(huán)結(jié)構(gòu)例如環(huán)丙基、環(huán)丁基、環(huán)戊基、環(huán)己基、環(huán)庚基、環(huán)辛基、I-甲基環(huán)丙基、2-甲基環(huán)戊基、2-甲基環(huán)辛基，等等，或者多環(huán)或橋環(huán)結(jié)構(gòu)例如金剛烷基等等。不飽和環(huán)烷基團(tuán)的實(shí)例包括環(huán)己烯基、環(huán)庚烯基、環(huán)己二烯基、丁間二烯基、戊二烯基、己二烯基，等等。環(huán)烷基團(tuán)可以是取代的或未取代的。這樣的取代的環(huán)烷基團(tuán)包括，例如，環(huán)己酮等等?！胺蓟被鶊F(tuán)是具有單環(huán)(例如，苯基)或多個(gè)稠合的環(huán)(例如，萘基或蒽基)的6-14個(gè)碳原子的芳香碳環(huán)基團(tuán)。在一些實(shí)施方式中，芳基團(tuán)包含6-14個(gè)碳原子，其他實(shí)施方式中該基團(tuán)的環(huán)部分為6-12個(gè)或6-10個(gè)碳原子。具體的芳基包括苯基、聯(lián)苯基、萘基等等。芳基團(tuán)可以是取代的或未取代的。短語(yǔ)“芳基團(tuán)”也包括包含稠合環(huán)的基團(tuán)，例如稠合芳香-脂肪環(huán)系統(tǒng)(例如，茚滿基、四氫化萘基，等等)?！半s芳基”基團(tuán)是在雜芳香環(huán)系統(tǒng)中具有一至四個(gè)雜原子作為環(huán)原子的芳香環(huán)系統(tǒng)，其中其余的原子是碳原子。在一些實(shí)施方式中，雜芳基團(tuán)包含5-6個(gè)環(huán)原子，而在 其他實(shí)施方式中，該基團(tuán)的環(huán)部分為6-9個(gè)或6-10個(gè)原子。合適的雜原子包括氧、硫和氮。在某些實(shí)施方式中，雜芳基環(huán)系統(tǒng)是單環(huán)或雙環(huán)。非限制性實(shí)例包括但不限于，例如以下的基團(tuán)吡咯基、吡唑基、咪唑基、三唑基、四唑基、噁唑基、異噁唑基、噻唑基、吡咯基(pyrolyl)，吡啶基、噠嗪基、嘧啶基、吡嗪基、噻吩基、苯并噻吩基、呋喃基、苯并呋喃基(例如，異苯并呋喃-1，3- 二亞胺)、吲哚基、氮雜吲哚基(例如，吡咯并吡啶基或IH-吡咯并[2，3-b]吡啶基)、吲唑基、苯并咪唑基(例如，IH-苯并[d]咪唑基)、咪唑并吡啶基(例如，氮雜苯并咪唑基、3H-咪唑并[4，5-b]吡啶基或IH-咪唑并[4，5-b]吡啶基)、吡唑并吡啶基、三唑并吡啶基、苯并三唑基、苯并噁唑基、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、異噁唑并吡啶基、硫茚基、嘌呤基、黃嘌呤基(xanthinyl)、腺嘌呤基、鳥(niǎo)嘌呤基、喹啉基、異喹啉基、四氫喹啉基、喹喔啉基、和喹唑啉基團(tuán)?！半s環(huán)基”是芳香族環(huán)烷基(也稱為雜芳基)或非芳香族環(huán)烷基，其中一至四個(gè)環(huán)碳原子獨(dú)立地被選自O(shè)、S和N的雜原子所取代。在一些實(shí)施方式中，雜環(huán)基團(tuán)包括3-10個(gè)環(huán)成員，而其他的這種基團(tuán)具有3-5個(gè)、3-6個(gè)或3-8個(gè)環(huán)成員。雜環(huán)基還可在任意環(huán)原子處(即，在雜環(huán)的任意碳原子或雜原子處)被連接至其他基團(tuán)。雜環(huán)烷基團(tuán)可被取代或未被取代。雜環(huán)基團(tuán)包括不飽和、部分飽和和飽和的環(huán)系統(tǒng)，例如，咪唑基、咪唑啉基和咪唑烷基團(tuán)。術(shù)語(yǔ)雜環(huán)基包括稠合環(huán)類，包括具有稠合芳香族和非芳香族基團(tuán)的稠合環(huán)，例如，苯并三唑基、2，3- 二氫苯并[I, 4] 二卩惡英基(2，3-dihydrobenzo[I, 4]dioxinyl)和苯并[1，3]間二氧雜環(huán)戊烯基。該術(shù)語(yǔ)還包括具有雜原子的橋連的多環(huán)環(huán)系統(tǒng)，例如，但不限于，喹寧環(huán)基。雜環(huán)基團(tuán)的代表性實(shí)例包括，但不限于，吖丙啶基、吖丁啶基、吡咯烷基、咪唑烷基、吡唑烷基、噻唑烷基、四氫苯硫基、四氫呋喃基、間二氧雜環(huán)戊烯基(dioxolyl)、呋喃基、苯硫基、吡咯基、吡咯啉基、咪唑基、咪唑啉基、吡唑基、吡唑啉基、三唑基、四唑基、噁唑基、異噁唑基、噻唑基、噻唑啉基、異噻唑基、噻二唑基、噁二唑基、哌啶基、哌嗪基、嗎啉基、硫嗎啉基、四氫吡喃基(例如，四氫-2H-吡喃基)、四氫硫代吡喃基、氧硫雜環(huán)己烷、二氧基(dioxyl)、二硫化環(huán)戊烷基、吡喃基、吡啶基、嘧啶基、噠嗪基、吡嗪基、三嗪基、二氫吡啶基、_-M1_■硫麗基、_-M1_■硫麗基、聞喊嚷基、喧寧環(huán)基、噴噪基、噴噪琳基、異噴噪基、氣雜π引噪基(吡咯并吡啶基)、吲唑基、吲嗪基、苯并三唑基、苯并咪唑基、苯并呋喃基、苯并苯硫基、苯并噻唑基、苯并噁二唑基、苯并噁嗪基、苯并二硫酮基、苯并氧硫雜環(huán)己二烯基、苯并噻嗪基、苯并噁唑基、苯并噻唑基、苯并噻二唑基、苯并[1，3]間二氧雜環(huán)戊烯基、吡唑吡啶基、咪唑并吡啶基(氮雜苯并咪唑基；例如，IH-咪唑并[4，5-b]吡啶基或IH-咪唑并[4，5-b]吡啶-2(3H)_酮基)、三唑吡啶基、異噁唑吡啶基、嘌呤基、黃嘌呤基、腺嘌呤基、鳥(niǎo)嘌呤基、喹啉基、異喹啉基、喹嗪基、喹噁啉基、喹唑啉基、噌啉基、酞嗪基、萘啶基、蝶啶基、硫代萘基、二氫苯并噻嗪基、二氫苯并呋喃基、二氫吲哚基、二氫苯并二噁英基、四氫吲哚基、四氫吲唑基、四氫苯并咪唑基、四氫苯并三唑基、四氫吡咯并吡啶基、四氫吡唑吡啶基、四氫咪唑并吡啶基、四氫三唑吡啶基和四氫喹啉基團(tuán)。代表性的取代雜環(huán)基團(tuán)可以被單取代或取代一次以上，例如，但不限于，吡啶基或嗎啉基，其被例如下文列舉的各種取代基2-、3-、4_、
5-或6-取代或雙取代?！碍h(huán)燒基燒基”基團(tuán)是下式的基團(tuán)_燒基-環(huán)燒基，其中燒基和環(huán)燒基如上文定義。取代的環(huán)燒基燒基團(tuán)可以在燒基、環(huán)燒基被取代，或者在燒基和環(huán)燒基部分均被取代。代表性的環(huán)烷基烷基團(tuán)包括但不限于環(huán)戊基甲基、環(huán)戊基乙基、環(huán)己基甲基、環(huán)己基乙基和環(huán)己基丙基。代表性的取代的環(huán)烷基烷基團(tuán)可以被單取代或被取代一次以上?！胺纪榛被鶊F(tuán)是下式的基團(tuán)_烷基-芳基，其中烷基和芳基如上文定義。取代的芳烷基團(tuán)可以在烷基、芳基被取代，或者在烷基和芳基部分均被取代。代表性的芳烷基團(tuán)包括但不限于芐基和苯乙基團(tuán)，乙基稠合(環(huán)烷基芳基)烷基團(tuán)如4-乙基-茚滿基?！半s環(huán)基烷基”基團(tuán)是下式的基團(tuán)_烷基-雜環(huán)基，其中烷基和雜環(huán)基如上文定義。取代的雜環(huán)基燒基團(tuán)可以在燒基、雜環(huán)基處被取代，或者在基團(tuán)的燒基和雜環(huán)基部分處均被取代。代表性的雜環(huán)基烷基團(tuán)包括但不限于4-乙基-嗎啉基、4-丙基嗎啉基、呋喃-2-基甲基、呋喃-3-基甲基、吡啶-3-基甲基、(四氫-2H-吡喃-4-基)甲基、(四氫-2H-吡喃-4-基)乙基、四氫呋喃-2-基甲基、四氫呋喃-2-基乙基和吲哚-2-基丙基?！褒X素”是氟、氯、溴或碘?！傲u烷基”基團(tuán)是被一個(gè)或多個(gè)羥基團(tuán)取代的上述烷基團(tuán)?！巴檠趸被鶊F(tuán)是-0-(烷基)，其中烷基如上文所述?！盁趸鶡被鶊F(tuán)是_ (燒基)-O-(燒基)，其中燒基如上文所述?！鞍被被鶊F(tuán)是下式的基團(tuán)-NH2?！巴榘被被鶊F(tuán)是下式的基團(tuán)-NH-烷基或-N(烷基)2，其中每個(gè)烷基獨(dú)立地如上文所述。“羧基”基團(tuán)是下式的基團(tuán)-C(0)0H?！鞍被驶被鶊F(tuán)是下式的基團(tuán)-C(0)N(R#)2、-C(O)NH(Rfl)或-C(O)NH2，其中每一 個(gè)Rs獨(dú)立地為如上文定義的取代或未取代的烷基、環(huán)烷基、芳基、芳烷基或雜環(huán)基。“酰氨基”基團(tuán)是下式的基團(tuán)-NHC(0) (Rfl)或-N(烷基)C(0) (R#)，其中每個(gè)烷基和Rs獨(dú)立地如上文所述。“烷基磺酰氨基”基團(tuán)是下式的基團(tuán)=NHSO2(Rs)或-N (烷基)SO2 (Rs)，其中每個(gè)烷基和Rs如上文所述?！半濉被鶊F(tuán)是下式的基團(tuán)-N (烷基)C (O) N (Rfl) 2、-N (烷基)C (O) NH (Rfl)、-N (烷基)C(O)NH2, -NHC (O)N(Rfl)2, -NHC (O)NH(Rfl)或-NH (CO) NHRfl，其中每一個(gè)烷基和 Rfl 獨(dú)立地如上文所述。當(dāng)本文描述的基團(tuán)，除了烷基團(tuán)，其被稱為“被取代”時(shí)，它們可被任意合適的取代基所取代。取代基的示意性實(shí)例為在本文中披露的示例性化合物和實(shí)施方式中的那些取代基，以及齒素(氣、鵬、漠或氣);燒基；輕基；燒氧基；燒氧基燒基；氣基；燒氣基；竣基；硝基；氰基；巰基；硫醚；亞胺；亞酰胺；脒；胍；烯胺；氨基羰基；酰氨基；膦酸根；膦；硫代羰基；磺?；豁?；磺酰胺；酮；m ；m ;脲；尿烷；輕胺；烷氧基胺；芳烷氧基胺；n-氧化物；肼；酰肼；腙；疊氮化物；異氰酸酯；異硫氰酸酯；氰酸酯；硫代氰酸酯；氧(=O) ；B(OH)2,0(烷基)氨基羰基；環(huán)烷基，其可以是單環(huán)或者稠合或非稠合的多環(huán)(例如，環(huán)丙基、環(huán)丁基、環(huán)戊基或環(huán)己基)，或者雜環(huán)基，其可以是單環(huán)或者稠合或非稠合的多環(huán)(例如，吡咯烷基、哌啶基、哌嗪基、嗎啉基或噻嗪基)；單環(huán)或者稠合或非稠合的多環(huán)芳基或雜芳基(例如，苯基、萘基、吡咯基、吲哚基、呋喃基、苯硫基、咪唑基、噁唑基、異噁唑基、噻唑基、三唑基、四唑基、吡唑基、吡啶基、喹啉基、異喹啉基、吖啶基、吡嗪基、噠嗪基、嘧啶基、苯并咪唑基、苯并苯硫基或苯并咲喃基)芳氧基；芳燒氧基；雜環(huán)氧基；以及雜環(huán)基燒氧基。本文所用的術(shù)語(yǔ)“藥學(xué)可接受的鹽”是指由藥學(xué)可接受的無(wú)毒的酸或堿(包括無(wú)機(jī)酸和堿以及有機(jī)酸和堿)制備的鹽。TOR激酶抑制劑的合適的藥學(xué)可接受的堿加成鹽包括，但不限于，由鋁、鈣、鋰、鎂、鉀、鈉和鋅制備的金屬鹽，或由賴氨酸、N，N' - 二芐基乙二胺、氯普魯卡因、膽堿、二乙醇胺、乙二胺、葡甲胺(N-甲基葡糖胺)和普魯卡因制備 的有機(jī)鹽。適用的無(wú)毒性酸包括，但不限于，無(wú)機(jī)酸和有機(jī)酸，例如醋酸、褐藻酸、鄰氨基苯甲酸、苯磺酸、苯甲酸、樟腦磺酸、檸檬酸、乙烯磺酸、甲酸、富馬酸、糠酸、半乳糖醛酸、葡萄糖酸、葡萄糖醛酸、谷氨酸、乙醇酸、氫溴酸、鹽酸、羥乙磺酸、乳酸、馬來(lái)酸、蘋果酸、扁桃酸、甲基磺酸、粘酸、硝酸、撲酸、泛酸、苯乙酸、磷酸、丙酸、水楊酸、硬脂酸、琥珀酸、磺胺酸、硫酸、酒石酸以及對(duì)甲苯磺酸。具體的無(wú)毒性酸包括鹽酸、氫溴酸、磷酸、硫酸和甲磺酸。具體的鹽的實(shí)例包括鹽酸鹽和甲磺酸鹽。其他的實(shí)例已為本領(lǐng)域公知的,例如，參見(jiàn)Remington’s Pharmaceutical Sciences, 18th eds. ,Mack Publishing,Easton PA (1990)或 Remington:The Science and Practice of Pharmacy, 19th eds. , Mack Publishing,Easton PA (1995)。除非另行指明，本文所用的術(shù)語(yǔ)“籠形物”是指具有包埋在晶格內(nèi)空間(例如，通道)的客體分子(例如，溶劑或水)的晶格形式的TOR激酶抑制劑或其鹽，或者指其中TOR激酶抑制劑是客體分子的晶格。除非另行指明，本文所用的術(shù)語(yǔ)“溶劑化物”是指進(jìn)一步包括通過(guò)非共價(jià)分子間力結(jié)合的化學(xué)計(jì)量或非化學(xué)計(jì)量的溶劑的TOR激酶抑制劑或其鹽。在一種實(shí)施方式中，該溶劑化物為水合物。除非另行指明，本文所用的術(shù)語(yǔ)“水合物”是指進(jìn)一步包括通過(guò)非共價(jià)分子間力結(jié)合的化學(xué)計(jì)量或非化學(xué)計(jì)量的水的TOR激酶抑制劑或其鹽。除非另行指明，本文所用的術(shù)語(yǔ)“前藥”是指能在生物條件下(體外或體內(nèi))水解、氧化或以其他方式反應(yīng)提供活性化合物特別是TOR激酶抑制劑的TOR激酶抑制劑衍生物。前藥的實(shí)例包括，但不限于，包含如可生物水解的酰胺基、可生物水解的酯、可生物水解的氨基甲酸鹽、可生物水解的碳酸鹽、可生物水解的酰脲、以及可生物水解的磷酸鹽類似物的可生物水解部分的TOR激酶抑制劑的衍生物和代謝產(chǎn)物。在某些實(shí)施方式中，具有羧基官能團(tuán)的化合物的前藥為羧酸的低級(jí)烷基酯。該羧酸酯可通過(guò)對(duì)該分子上存在的任意羧酸部分進(jìn)行酯化而方便地得到。前藥通?？刹捎霉椒ㄟM(jìn)行制備，例如在Burger’ sMedicinal Chemistry and Drug Discovery 6th ed. (Donald J. Abraham ed. ,2001,Wiley)和 Design and Application of Prodrugs (H. Bundgaard ed.,1985, Harwood AcademicPublishers Gmfh)中描述的方法。除非另行指明，本文所用的術(shù)語(yǔ)“立體異構(gòu)體”或“立體異構(gòu)純”是指TOR激酶抑制劑的一種立體異構(gòu)體，其基本上沒(méi)有該化合物的其他立體異構(gòu)體。例如，具有一個(gè)手性中心的化合物的立體異構(gòu)純化合物將基本沒(méi)有該化合物的相對(duì)的對(duì)映體。具有兩個(gè)手性中心的化合物的立體異構(gòu)純化合物將基本沒(méi)有該化合物的其他非對(duì)映異構(gòu)體。典型的立體異構(gòu)純化合物包含大于約80wt%的該化合物的一種立體異構(gòu)體和少于約20wt%的該化合物其他立體異構(gòu)體,大于約90wt%的該化合物的一種立體異構(gòu)體和少于約10wt%的該化合物其他立體異構(gòu)體，大于約95wt%的該化合物的一種立體異構(gòu)體和少于約5wt%的該化合物其他立體異構(gòu)體,或者大于約97wt%的該化合物的一種立體異構(gòu)體和少于約3wt%的該化合物其他立體異構(gòu)體。所述TOR激酶抑制劑可具有多 個(gè)手性中心并可作為外消旋體、單獨(dú)的對(duì)映異構(gòu)體或非對(duì)映異構(gòu)體及其混合物存在。所有這些異構(gòu)體形式包含在本文中披露的實(shí)施方式中，包括它們的混合物。這種TOR激酶抑制劑的立體異構(gòu)體純形式的用途以及這些形式的混合物的用途包含在本文披露的實(shí)施方式中。例如，含有等量或不等量的特定TOR激酶抑制劑對(duì)映體的混合物可用于本文披露的方法和組合物。這些異構(gòu)體可通過(guò)如手性柱或手性拆分劑等標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行不對(duì)稱合成或拆分。例如，參見(jiàn)，Jacques, J.，etal. , Enantiomers, Racemates and Resolutions(ffiley-Interscience, New York,1981)；ffilen, S. H. , et al. , Tetrahedron 33:2725 (1977) ；Eliel, E. L. , Stereochemistry ofCarbon Compounds (McGraw-Hill,NY, 1962) jPIWilen, S. H. , Tables of Resolving Agentsand Optical Resolutions p. 268(E. L. Eliel, Ed. , Univ. of Notre Dame Press, NotreDame,IN, 1972)。還應(yīng)指出，所述TOR激酶抑制劑可包括E異構(gòu)體和Z異構(gòu)體或它們的混合物，及順式和反式異構(gòu)體或它們的混合物。在特定的實(shí)施方式中，所述TOR激酶抑制劑被分離為順式或反式異構(gòu)體。在其他實(shí)施方式中，所述TOR激酶抑制劑為順式和反式異構(gòu)體的混合物?！盎プ儺悩?gòu)體”是指彼此平衡的化合物的異構(gòu)體形式。異構(gòu)體形式的濃度取決于化合物所在的環(huán)境，還可取決于，例如，化合物是否為固體或是否在有機(jī)或水溶液中。例如，在水溶液中，吡唑可以如下異構(gòu)體形式存在，其被稱為彼此的互變異構(gòu)體
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O本領(lǐng)域技術(shù)人員可容易地理解，多種官能團(tuán)和其他結(jié)構(gòu)可顯示互變異構(gòu)性，且所述TOR激酶抑制劑的所有互變異構(gòu)體均在本發(fā)明的范圍內(nèi)。應(yīng)當(dāng)指出，所述TOR激酶抑制劑可在一個(gè)或多個(gè)原子處包含非天然比例的原子同位素。例如，該化合物可通過(guò)放射活性同位素,例如氚(3H)、碘-125(12 、硫-35(3 )或碳-14(14C)，進(jìn)行放射性標(biāo)記，或者是同位素富集的，例如具有氘(2H)、碳-13 (13C)或氮-15(15N)。本文所用的“同位素體(isotopologue)”是同位素富集的化合物。術(shù)語(yǔ)“同位素富集的”指具有不同于該原子天然同位素組成的同位素組成的原子?！巴凰馗患摹边€指包含了具有不同于該原子天然同位素組成的同位素組成的原子的化合物。術(shù)語(yǔ)“同位素組成”指在給定原子中各同位素存在的量。放射性標(biāo)記和同位素富集的化合物可用作治療性藥劑，例如，癌癥或炎癥治療藥劑，研究試劑，例如結(jié)合測(cè)定試劑，診斷性藥劑，例如體內(nèi)成像藥劑。本文所述的TOR激酶抑制劑的所有同位素變體，不管是否具有放射性，均意在落入本文提供的實(shí)施方式的范圍內(nèi)。在一些實(shí)施方式中，提供了 TOR激酶抑制劑的同位素體，例如，氘、碳-13或氮-15富集的雜芳基化合物的同位素異構(gòu)體。本文所用的“治療”是指部分或完全減輕與紊亂或疾病相關(guān)的癥狀(例如，癌癥或腫瘤綜合征)，或者減緩或停止這些癥狀的進(jìn)一步發(fā)展或惡化。本文所用的“預(yù)防”是指完全或部分預(yù)防所述疾病或紊亂(例如，癌癥)或其癥狀的發(fā)作、復(fù)發(fā)或擴(kuò)散。與TOR激酶抑制劑連用的術(shù)語(yǔ)“有效量”是指能夠部分或完全減輕與癌癥相關(guān)的癥狀或腫瘤綜合征，或者減緩或停止這些癥狀的進(jìn)一步進(jìn)展或惡化，或者在具有癌癥或腫瘤綜合征風(fēng)險(xiǎn)的對(duì)象中防止或預(yù)防與癌癥相關(guān)的癥狀或腫瘤綜合征的量，所述癌癥例如非 小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，所述腫瘤綜合征例如Peutz-Jeghers綜合征。TOR激酶抑制劑的有效量，例如在藥物組合物中，可以是能實(shí)現(xiàn)期望效果的水平；例如，口服或腸胃外給藥的單位劑量中約O. 005mg/kg對(duì)象體重至約100mg/kg患者體重。對(duì)本領(lǐng)域技術(shù)人員來(lái)說(shuō)，可以預(yù)期本文披露的TOR激酶抑制劑的有效量可根據(jù)被治療的適應(yīng)癥嚴(yán)重性而變化是顯而易見(jiàn)的。本文所用的術(shù)語(yǔ)“患者”和“對(duì)象”包括動(dòng)物，包括，但不限于，動(dòng)物如牛、猴、馬、綿羊、豬、雞、火雞、鵪鶉、貓、狗、小鼠、大鼠、兔或豚鼠，在一種實(shí)施方式中為哺乳動(dòng)物，在另一種實(shí)施方式中為人。本文所用的“野生型”是指特征的典型的或最普通的形式(例如，基因序列或表現(xiàn)，或蛋白序列、表現(xiàn)、水平或活性)，如同其天然存在，及其他所有相比較的參照。本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，當(dāng)本文中使用時(shí)，如果在自然界中最通常地存在的話，野生型是指LKBl基因或蛋白或AMPK基因或蛋白的典型序列，或LKBl基因或蛋白，AMPK基因或蛋白，pAMPK蛋白，或AMPK活性的典型水平。類似地，“對(duì)照患者”，如本文中所使用的，是表現(xiàn)對(duì)于LKBl和/或AMPK的野生型特征(表達(dá)、序列、水平、活性)的患者。例如，本文中所使用的“LKB1基因或蛋白突變”是指，例如，導(dǎo)致相比于野生型，LKBlmRNA表達(dá)降低、LKBl蛋白產(chǎn)生降低或非功能性LKBI蛋白的LKBI基因突變。本文中所使用的“ LKBI基因或蛋白缺失”是指，相比于野生型水平，LKBl蛋白的水平降低或不存在LKBl蛋白。本文中所使用的“AMPK活性”是指AMP-活化的蛋白激酶的活性。本領(lǐng)域技術(shù)人員能理解，AMPK需要經(jīng)磷酸化而被激活以發(fā)揮其激酶活性。在AMPK活性的文義中，可以理解AMPK活性和pAMPK活性能互換使用。本文中所使用的“降低的水平”或“缺失”意思是相對(duì)于野生型中觀察到的水平的水平降低。在一種實(shí)施方式中，所述降低是10%-50%或50%-100%。在一些實(shí)施方式中，所述降低是相對(duì)于野生型降低20%，30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%或100% (完全缺失)。在一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型，其癌癥DNA包含LKBI和/或AMPK基因突變。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型，其癌癥DNA包括LKBl和/或AMPK基因突變。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型，其癌癥DNA包含LKBl和/或AMPK基因突變和KRAS基因突變。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是患有癌癥的人類，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，其特征為L(zhǎng)KBl和/或AMPK基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是患有癌癥的人類，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，其特征為L(zhǎng)KBl和/或AMPK基因或蛋白相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的缺失或突變和KRAS基因突變。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，其DNA包含LKBl和/或AMPK基因突變，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，其DNA包括LKBl和/或AMPK基因突變，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，其DNA包含LKBl和/或AMPK基因突變和KRAS基因突變，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是具有LKBl和/或AMPK基因或蛋白的缺失或突變的人類，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是具有LKBl和/或AMPK基因或蛋白的缺失或突變的人類，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型，并且也具有腫瘤綜合征，例如Peutz-Jeghers綜合征。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是具有LKBl和/或AMPK基因或蛋白的缺失或突變和KRAS基因突變的人類，相對(duì)于對(duì)照患 者或野生型，其中所述人類也具有腫瘤綜合征，例如Peutz-Jeghers綜合征。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是患有癌癥的人類，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，其特征為PAMPK蛋白和/或AMPK活性的水平相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的降低。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是患有癌癥的人類，例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，其特征為pAMPK蛋白和/或AMPK活性的水平相對(duì)于對(duì)照患者或野生型的降低，以及KRAS基因突變。在一些實(shí)施方式中，pAMPK是pAMPK T172。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是人類，相對(duì)于對(duì)照患者或野生型，其具有降低水平的pAMPK蛋白和/或AMPK活性，并且也具有腫瘤綜合征，例如Peutz-Jeghers綜合征。在另一種實(shí)施方式中，“患者”或“對(duì)象”是相對(duì)于對(duì)照患者或野生型降低水平的pAMPK蛋白和/或AMPK活性和KRAS基因突變，其中所述人類也具有腫瘤綜合征，例如Peutz-Jeghers綜合征。在一些實(shí)施方式中，pAMPK是pAMPK T172。在癌癥例如非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌，或者腫瘤綜合征例如Peutz-Jeghers綜合征的情況中，抑制可以通過(guò)原發(fā)或繼發(fā)性腫瘤的延遲出現(xiàn)、原發(fā)或繼發(fā)性腫瘤的延緩的發(fā)展、原發(fā)或繼發(fā)性腫瘤的減少發(fā)生、疾病的繼發(fā)性影響的嚴(yán)重性的延緩或減少、阻礙腫瘤生長(zhǎng)和腫瘤的退行等等來(lái)評(píng)估。在極端情況下，本文的完全抑制指預(yù)防或化學(xué)預(yù)防。在本文中，術(shù)語(yǔ)“防止”包括防止臨床顯現(xiàn)的瘤形成發(fā)作或者防止具有風(fēng)險(xiǎn)的個(gè)體中瘤形成的潛伏顯現(xiàn)階段。該定義還意在包括防止轉(zhuǎn)化為惡性細(xì)胞或者停滯或逆轉(zhuǎn)惡變前細(xì)胞向惡性細(xì)胞的發(fā)展。這包括對(duì)于癌癥、癌或腫瘤的發(fā)展風(fēng)險(xiǎn)的預(yù)防性治療。6.2T0R激酶抑制劑本文提供的化合物通常指TOR激酶抑制劑或“TORKi”。在一種具體的實(shí)施方式中，所述TORKi不包括雷帕霉素或雷帕霉素類似物(rapalogs)。在某些實(shí)施方式中，本文提供的化合物也是DNA-PK抑制劑或“DNA-PKi ”。在一種實(shí)施方式中，所述TOR激酶抑制劑包括具有下式⑴的化合物
權(quán)利要求
1.一種治療非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的方法,包括向患有非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑,所述非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的特征在于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變。
2.一種治療非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的方法，包括對(duì)于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選患者的癌或癌癥，以及向患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的特征在于LKBl基因或蛋白的缺失或突變。
3.一種預(yù)測(cè)患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的可能性的方法，包括對(duì)于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌或癌癥，其中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的可能性增加。
4.一種預(yù)測(cè)用TOR激酶抑制劑對(duì)患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者進(jìn)行治療的療效的方法，包括對(duì)于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌或癌癥，其中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
5.—種治療Peutz-Jeghers綜合征的方法,包括對(duì)于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選患者，以及向患有Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑,所述Peutz-Jeghers綜合征的特征在于LKBl基因或蛋白的缺失或突變。
6.一種預(yù)測(cè)患有Peutz-Jeghers綜合征的患者對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的可能性的方法，包括對(duì)于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者，其中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述Peutz-Jeghers綜合征的可能性增加。
7.一種預(yù)測(cè)用TOR激酶抑制劑對(duì)患有Peutz-Jeghers綜合征的患者進(jìn)行治療的療效的方法，包括對(duì)于LKBl基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者，其中LKBl基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
8.一種治療非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的方法,包括向患有非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑和有效量的一種或多種調(diào)節(jié)AMP水平、葡萄糖攝入、代謝或應(yīng)力反應(yīng)的試劑。
9.一種藥物組合物，包含TOR激酶抑制劑和一種或多種調(diào)節(jié)AMP水平、葡萄糖攝入、代謝或應(yīng)力反應(yīng)的試劑，以及藥學(xué)上可接受的載體、賦形劑或稀釋劑。
10.一種試劑盒，包括裝有TOR激酶抑制劑或其藥物組合物，用于在患者的癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)LKBl基因或蛋白缺失或突變、或者AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變、或者兩者的試劑的一個(gè)或多個(gè)容器，以及用于在患者的癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)LKBl基因或蛋白的缺失或突變、或AMPK基因或蛋白的缺失或突變、或兩者的說(shuō)明書(shū)。
11.一種治療非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或PeutZ-Jeghers綜合征的方法,包括向患有非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑,所述 非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的特征在于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變。
12.—種治療非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的方法，包括對(duì)于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選患者的癌或癌癥，以及向患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的特征在于AMPK基因或蛋白的缺失或突變。
13.一種預(yù)測(cè)患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的可能性的方法，包括對(duì)于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌或癌癥，其中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的可能性增加。
14.一種預(yù)測(cè)用TOR激酶抑制劑對(duì)患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者進(jìn)行治療的療效的方法，包括對(duì)于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者的癌或癌癥，其中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
15.一種治療Peutz-Jeghers綜合征的方法，包括對(duì)于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選患者，以及向患有Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述Peutz-Jeghers綜合征的特征在于AMPK基因或蛋白的缺失或突變。
16.一種預(yù)測(cè)患有Peutz-Jeghers綜合征的患者對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的可能性的方法，包括對(duì)于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者，其中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述Peutz-Jeghers綜合征的可能性增加。
17.一種預(yù)測(cè)用TOR激酶抑制劑對(duì)患有Peutz-Jeghers綜合征的患者進(jìn)行治療的療效的方法，包括對(duì)于AMPK基因或蛋白相對(duì)于野生型的缺失或突變的存在來(lái)篩選所述患者，其中AMPK基因或蛋白的缺失或突變的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
18.—種治療非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的方法,包括向患有非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑,所述非小細(xì)胞肺癌、子宮頸癌或Peutz-Jeghers綜合征的特征在于pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低。
19.一種治療非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的方法，包括對(duì)于pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的存在來(lái)篩選患者的癌或癌癥，以及向患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的特征在于pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者的水平降低。
20.一種預(yù)測(cè)患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的可能性的方法，包括對(duì)于PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的存在來(lái)篩選所述患者的癌或癌癥，其中PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者的水平降低的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的可能性增加。
21.一種預(yù)測(cè)用TOR激酶抑制劑對(duì)患有非小細(xì)胞肺癌或子宮頸癌的患者進(jìn)行治療的療效的方法，包括對(duì)于PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的存在來(lái)篩選所述患者的癌或癌癥，其中PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者的水平降低的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
22.—種治療Peutz-Jeghers綜合征的方法，包括對(duì)于pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的存在來(lái)篩選患者，以及向患有Peutz-Jeghers綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述Peutz-Jeghers綜合征的特征在于pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者水平的降低的缺失或突變。
23.一種預(yù)測(cè)患有Peutz-Jeghers綜合征的患者對(duì)TOR激酶抑制劑療法有應(yīng)答的可能性的方法，包括對(duì)于pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的存在來(lái)篩選所述患者，其中PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者的水平降低的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑療法將治療所述Peutz-Jeghers綜合征的可能性增加。
24.一種預(yù)測(cè)用TOR激酶抑制劑對(duì)患有Peutz-Jeghers綜合征的患者進(jìn)行治療的療效的方法，包括對(duì)于PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的存在來(lái)篩選所述患者，其中PAMPK蛋白、AMPK活性或兩者的水平降低的存在預(yù)示著TOR激酶抑制劑治療的療效。
25.—種試劑盒，包含裝有TOR激酶抑制劑或其藥物組合物，用于在患者癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)pAMPK蛋白、AMPK活性或兩者相對(duì)于野生型的水平降低的試劑的一個(gè)或多個(gè)容器，以及用于在患者癌癥中或患有腫瘤綜合征的患者中檢測(cè)pAMPK蛋白和/或AMPK活性的水平降低的說(shuō)明書(shū)。
26.權(quán)利要求1-8或11-24中任一項(xiàng)所述的方法，權(quán)利要求9所述的藥物組合物或權(quán)利要求10或25中任一項(xiàng)所述的試劑盒，其中，所述TOR激酶抑制劑是具有式(I)的化合物
27.權(quán)利要求1-8或11-24中任一項(xiàng)所述的方法，權(quán)利要求9所述的藥物組合物或權(quán)利要求10或25中任一項(xiàng)所述的試劑盒，其中，所述TOR激酶抑制劑是具有式(II)的化合物
28.權(quán)利要求1-8或11-24中任一項(xiàng)所述的方法，權(quán)利要求9所述的藥物組合物或權(quán)利要求10或25中任一項(xiàng)所述的試劑盒，其中，所述TOR激酶抑制劑是具有式(III)的化合物
29.權(quán)利要求1-8或11-24中任一項(xiàng)所述的方法，權(quán)利要求9所述的藥物組合物或權(quán)利要求10或25中任一項(xiàng)所述的試劑盒，其中，所述TOR激酶抑制劑是具有式(IV)的化合物
全文摘要
本文提供了治療和/或預(yù)防患者中癌癥或腫瘤綜合征的方法，包括向具有癌癥或腫瘤綜合征的患者給藥有效量的TOR激酶抑制劑，所述癌癥或腫瘤綜合征的特征在于LKB1和/或AMPK基因或蛋白的缺失或突變。
文檔編號(hào)A61K31/497GK102821767SQ201180017277
公開(kāi)日2012年12月12日 申請(qǐng)日期2011年2月3日 優(yōu)先權(quán)日2010年2月3日
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