專利名稱：用于產(chǎn)生糖蛋白的宿主細(xì)胞的選擇和用途的制作方法
用于產(chǎn)生糖蛋白的宿主細(xì)胞的選擇和用途本申請要求于2010年4月7日提交的美國申請序列號61/321，863的優(yōu)先權(quán)。先前申請的披露內(nèi)容被視為本申請的披露內(nèi)容的一部分(并且通過引用結(jié)合在此)。本發(fā)明是針對選擇用于產(chǎn)生糖蛋白的宿主細(xì)胞的方法、宿主細(xì)胞以及其他相關(guān)的方法、細(xì)胞和糖蛋白。
背景技術(shù)：
一種典型的糖蛋白產(chǎn)品就復(fù)雜性而言實(shí)質(zhì)上不同于一種典型的小分子藥物。附接至一種糖蛋白的氨基酸主鏈上的糖結(jié)構(gòu)在可以在結(jié)構(gòu)上以許多方式而變化，這些許多方式包括序列、分支、糖含量以及非均勻性。因此，糖蛋白產(chǎn)品可以是具有許多結(jié)構(gòu)多樣分子的復(fù)雜的非均勻混合物，這些結(jié)構(gòu)多樣分子自身具有復(fù)雜的聚糖結(jié)構(gòu)。糖基化作用不僅增加了分子的結(jié)構(gòu)復(fù)雜性，而且影響或調(diào)節(jié)了糖蛋白的許多生物和臨床屬性。
發(fā)明概述在蛋白質(zhì)上的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分)的出現(xiàn)是許多因素的極其復(fù)雜的相互作用的結(jié)果。在此描述的方法部分地依賴于在從選擇的細(xì)胞群體制成的蛋白質(zhì)上的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分)的特性的多重觀察分析(multi-observational analysis)。這些方法允許按照不同的細(xì)胞群體對其制造的蛋白質(zhì)賦予復(fù)雜的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分)的能力而比較它們的能力。細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況提供了在細(xì)胞群體之間(甚至是對于十分相似的細(xì)胞系)的令人驚訝地強(qiáng)大的區(qū)別。因此，在此描述的這些方法可以用來選擇一種適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞以用于產(chǎn)生靶糖蛋白(例如，用于產(chǎn)生一種市售的生物治療糖蛋白的生物仿制或生物再造產(chǎn)品)，例如，在此描述的方法可以用來鑒定和/或選擇一種宿主細(xì)胞以用于產(chǎn)生生物仿制或生物再造產(chǎn)品，該生物仿制或生物再造產(chǎn)品最佳地匹配了其中產(chǎn)生該市售的生物治療糖蛋白的宿主細(xì)胞的糖基化特性，例如，在其中產(chǎn)生該市售的生物治療糖蛋白的宿主細(xì)胞群體并不為生物仿制或生物再造產(chǎn)品的制造者所知的情況下。在多個(gè)方面，使用在此描述的方法選擇了用于產(chǎn)生一種靶糖蛋白的適當(dāng)?shù)乃拗骷?xì)胞群體。在一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)為一種制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白或提供或選擇一個(gè)細(xì)胞群體(例如CHO細(xì)胞群體)例如以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白的方法。該方法包括(a)直接或間接獲得用于產(chǎn)生所述糖蛋白的一個(gè)細(xì)胞群體的個(gè)性特征，其中該個(gè)性特征是通過在此描述的一種方法而獲得或確定的，例如，通過(i)針對第一細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值(例如，多個(gè)不同基因的表達(dá)水平，或多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或它們的組合的表達(dá)水平)的函數(shù)，由此為所述第一細(xì)胞群體提
供一組值；(ii)針對第二細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值(例如，多個(gè)不同基因的表達(dá)水平，或多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或它們的組合的表達(dá)水平)的函數(shù)，由此為所述第二細(xì)胞群體提
供一組值；(iii)將針對選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分或它們的組合)的一個(gè)值與針對所述第一細(xì)胞群體的該組值和針對所述第二細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較；并且(iv)響應(yīng)于所述比較，選擇所述第一或第二細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法是一種提供或選擇一個(gè)細(xì)胞群體(例如CHO細(xì)胞群體)例如以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白的方法，并且該方法進(jìn)一步包括(b)培養(yǎng)所述選擇的細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法是一種制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結(jié) 構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白的方法，并且該方法進(jìn)一步包括(b)在所述選擇的細(xì)胞群體中制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括在步驟(b)之前，對所鑒定的細(xì)胞群體進(jìn)行基因修飾以便表達(dá)所述糖蛋白，例如，將編碼全部或部分的所述糖蛋白的核酸引入所述鑒定的細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得了針對多個(gè)，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個(gè)細(xì)胞群體
的一組值。在一個(gè)實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的所述細(xì)胞群體各自來自相同的種類、組織以及細(xì)胞類型，盡管在多個(gè)實(shí)施方案中這些細(xì)胞群體可能因天然獲得的或有意誘發(fā)的突變而有所不同。在一些實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于不同的細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于特定細(xì)胞系的不同的單細(xì)胞克隆。在一個(gè)實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的所述細(xì)胞群體各自是一個(gè)緊密相關(guān)的細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，這些細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體共享一種共同的祖先細(xì)胞，其中該祖先細(xì)胞并不是生物的一部分，例如，該祖先細(xì)胞是一種培養(yǎng)細(xì)胞或一種細(xì)胞系的生成細(xì)胞(founder cell)。典型地，該共同的祖先細(xì)胞是已經(jīng)從多細(xì)胞生物(例如，昆蟲或動物，例如，哺乳動物或靈長類)中去除的一種細(xì)胞，例如，培養(yǎng)細(xì)胞，作為共同的祖先細(xì)胞，不包括自其取得該共同的祖先細(xì)胞的動物或動物祖先的前體細(xì)胞。在一個(gè)實(shí)施方案中，細(xì)胞群體各自源于一種共同的祖先細(xì)胞，并且多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體沒有任何一個(gè)具有以下的有意誘發(fā)的突變，即該突變使編碼合成、附接或修飾一種聚糖的蛋白質(zhì)的基因失活。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于一個(gè)共同的祖先細(xì)胞，并且多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體沒有任何一個(gè)具有在編碼一種蛋白質(zhì)的基因中的有意誘發(fā)的失活突變，該蛋白質(zhì)選自糖基轉(zhuǎn)移酶(例如，MGATl (GlcNAc Tl)、α甘露糖苷酶II、ΙΙχ、α甘露糖苷酶IB、α甘露糖苷酶IA、FucTl_9、葡糖苷酶(例如，GCS1、GANAB)、一種針對生物合成或定位或轉(zhuǎn)運(yùn)的前體、GNE (例如，葡萄糖胺(UDP-N-乙?；?-2-表異構(gòu)酶/N-乙酰甘露糖胺)、高爾基體m)P磷酸酶、UDP-GlcNAc轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、UAP-I (UDP-N-乙酰己糖胺焦磷酸化酶)、PGM-3-葡萄糖磷酸變位酶3、NAGK-N-乙?；?D-葡糖胺激酶、GNPNATI-磷酸葡萄糖胺-N-乙酰轉(zhuǎn)移酶I、UGP-2-UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2、UGDH-UDP-葡萄糖6-脫氫酶GAlK-I-半乳糖激酶-UPGM-I-葡萄糖磷酸變位酶-I、GCK-葡萄糖激酶)，該蛋白質(zhì)是改變例如伴侶蛋白(BiP、SNARE、cpn、hsp)、EDEM (ER降解性甘露糖苷酶樣蛋白)、MANEA、以及甘露糖受體通過ER和高爾基體(golgi )的定位或運(yùn)輸?shù)陌袠?biāo)。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于一個(gè)共同的祖先細(xì)胞，并且多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體沒有任何一個(gè)具有以下的有意誘發(fā)的失活突變，即該突變調(diào)節(jié)一種聚糖代謝物(例如，在此描述的代謝物)的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，這些細(xì)胞群體不是源于Pro-5細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，細(xì)胞群體未被修飾成(例如，未化學(xué)誘變成)對凝集素是抗性的。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的翻譯后修飾是一種選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分。
在一個(gè)實(shí)施方案中，糖蛋白是一種治療性生物產(chǎn)品，例如，治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細(xì)胞因子。在一個(gè)實(shí)施方案中，糖蛋白是一種市售的治療性生物產(chǎn)品的生物仿制或生物再造型式。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)細(xì)胞群體的觀察值包括對基因的表達(dá)水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)細(xì)胞群體的觀察值包括關(guān)于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法(例如(i)至(iv))包括(i)針對多個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況(一個(gè)概況)，其中一個(gè)答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物，所述獲得的概況形成多個(gè)區(qū)別概況；(ii)獲得一種選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分或它們的組合)的個(gè)性特征；(iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的個(gè)性特征進(jìn)行比較；(iv)響應(yīng)于比較(例如，當(dāng)所獲得的概況和在(ii)中所獲得的個(gè)性特征顯示出彼此具有預(yù)選關(guān)系時(shí)，例如，前者包括后者)而選擇該多個(gè)細(xì)胞群體之一以用于產(chǎn)生主題糖蛋白；選擇或提供該細(xì)胞群體以制造所述糖蛋白和/或在所述選擇的細(xì)胞群體中制造具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的所述糖蛋白。在一些實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括將編碼所有或部分的所述糖蛋白的核酸引入所述鑒定的細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述細(xì)胞群體的個(gè)性特征是直接獲得的。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述細(xì)胞群體的個(gè)性特征是間接獲得的。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)答案的維度小于觀察值數(shù)目的維度。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括相比于觀察值數(shù)目降低該答案的維度的一種操作。在一個(gè)實(shí)施方案中，該比較與答案’ 一起作出，其中答案’相比于該答案具有至少少一個(gè)的維度。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括相比于一個(gè)答案降低答案’的維度的一種操作。在一些實(shí)施方案中，一個(gè)基礎(chǔ)觀察值表示為聚糖結(jié)構(gòu)、糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物。這樣一個(gè)實(shí)施方案可以具有以下特性中的一種或多種在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu)、糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物)的水平，而第二觀察值是第二翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu)、糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物)的水平；該比較包括將所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))與所述多個(gè)概況的維度表示進(jìn)行比較，其中在每個(gè)維度中的軸代表糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)不同方面，例如，其中針對第一維度的軸代表聚糖A的水平并且針對第二維度的軸代表聚糖B的水平。在一些實(shí)施方案中，一個(gè)基礎(chǔ)觀察值不表不為聚糖結(jié)構(gòu)而是(例如)表不為一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平。在這樣的實(shí)施方案中，該操作不僅給出一個(gè)答案而且表述出就聚糖結(jié)構(gòu)而言的該答案。這樣一個(gè)實(shí)施方案可以具有以下特性中的一種或多種·在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一和第二觀察值中的至少一個(gè)不是表示為翻譯后結(jié)構(gòu)(例如，糖結(jié)構(gòu))，而是表示為與翻譯后結(jié)構(gòu)(例如，糖結(jié)構(gòu))相關(guān)的一個(gè)參數(shù)，并且該操作提供了表示為翻譯后結(jié)構(gòu)(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分)的一個(gè)答案；在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一代謝物的水平，而第二觀察值是第二代謝物的水平；比較包括將針對所選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的答案與所述多個(gè)所獲得的區(qū)別概況的η維度描繪進(jìn)行比較，其中每個(gè)維度中的軸與糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)不同方面相關(guān)，例如，其中針對第一維度的軸與聚糖A的水平相關(guān)并且針對第二維度的軸與聚糖B的水平相關(guān)。該方法需要“獲得”步驟，例如，獲得一個(gè)概況或獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾的個(gè)性特征。獲得該方法可以包括許多要素中的一個(gè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)值包括使樣品經(jīng)受一個(gè)過程，該過程導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)(例如，在分析中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。這樣的方法包括分析方法，例如，包括以下各項(xiàng)中的一個(gè)或多個(gè)的一種方法，即使一種物質(zhì)(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)與另一種物質(zhì)分離；將一種分析物或其片段或其他衍生物與另一種物質(zhì)(例如，緩沖劑、溶劑或反應(yīng)物)合并；或者改變一種分析物或其片段或其他衍生物的結(jié)構(gòu)，例如通過斷裂或形成在該分析物或一種試劑的第一與第二原子之間的共價(jià)或非共價(jià)鍵。在其他實(shí)施方案中，例如在方法包括產(chǎn)生糖蛋白、或培養(yǎng)細(xì)胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導(dǎo)致方法中所使用的一個(gè)實(shí)體(例如，細(xì)胞、糖蛋白或試劑)的轉(zhuǎn)化的另一個(gè)步驟的實(shí)施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這樣的轉(zhuǎn)化的情況下可以(例如)通過檢查、t匕較或從另一方接收信息而產(chǎn)生的一個(gè)步驟。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)概況包括進(jìn)行化學(xué)或物理分析以便確定該概況。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)概況包括從另一方接收關(guān)于該概況的信息。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括進(jìn)行化學(xué)或物理分析以便確定該個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括從一種藥物的說明中(例如，從包裝說明書中)選擇該個(gè)性特征。
在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括從一個(gè)列表或表格中選擇該個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括從另一方接收關(guān)于該翻譯后修飾的個(gè)性特征的信息。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為聚糖結(jié)構(gòu)。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值的水平是4，4, 1,0,0.在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，2，O的水平。 在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，5，I, O, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, O, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, I, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, 3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，4，O的水平。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為不同于聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是基因表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是糖基轉(zhuǎn)移酶表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是代謝物水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UMP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是GTP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UDP-Gal水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是⑶P-Fuc水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細(xì)胞群體(例如，來自一個(gè)親本細(xì)胞系的不同細(xì)胞株或來自一個(gè)親本細(xì)胞株的不同分離物)一起使用。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO Kl細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO S細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是DG44細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是DHFR(_)細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO GS細(xì)胞系。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合于在這些方法中使用。
在一個(gè)實(shí)施方案中，該操作是多個(gè)觀察值的算法組合。在一個(gè)實(shí)施方案中，該操作是針對多個(gè)觀察值的一個(gè)模型的擬合。在一個(gè)實(shí)施方案中，該模型是線性模型。在一個(gè)實(shí)施方案中，該操作包括使對于源于信息源(例如，列表、表格或數(shù)據(jù)庫，例如，公眾可獲取的數(shù)據(jù)庫)的觀察值的多個(gè)值有關(guān)(例如，相關(guān)、關(guān)聯(lián)或相等同)。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用。在一個(gè)實(shí)施方案中，該答案是在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物，例如，其中該多個(gè)基因中的至少一個(gè)編碼形成所選擇的翻譯后修飾的一種蛋白質(zhì)；該多個(gè)基因中的至少一個(gè)編碼降低所選擇的翻譯后修飾的水平的一種蛋白質(zhì)；該答案是在ST3GAL3和·ST3GAL4水平上的操作產(chǎn)物。在另一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)為一種從相同細(xì)胞類型的多個(gè)分離物(例如，來自CHO細(xì)胞群體的分離物)提供或選擇一個(gè)細(xì)胞群體以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白的方法。該方法包括(a)獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的個(gè)性特征；(b)例如通過使用在此描述的方法，獲得一個(gè)評估，即所述細(xì)胞類型的所述多個(gè)分離物各自產(chǎn)生所述選擇的翻譯后修飾的能力，(C)從所述多個(gè)分離物選擇一個(gè)分離物，(d)任選地培養(yǎng)所述選擇的細(xì)胞群體；從而提供一個(gè)細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括(b)培養(yǎng)所述選擇的細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括(b)在所述選擇的細(xì)胞群體中制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的一種糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括在步驟(b)之前，對所鑒定的細(xì)胞群體進(jìn)行基因修飾以表達(dá)所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得了針對多個(gè)，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個(gè)細(xì)胞群體
的一組值。在一個(gè)實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的所述細(xì)胞群體各自來自相同的種類、組織以及細(xì)胞類型，盡管在多個(gè)實(shí)施方案中這些細(xì)胞群體可能因天然獲得的或有意誘發(fā)的突變而有所不同。在一些實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于不同的細(xì)胞系、不同的細(xì)胞株或不同的克隆。在一個(gè)實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于特定細(xì)胞系的不同的單細(xì)胞克隆。在一個(gè)實(shí)施方案中，在所述多個(gè)細(xì)胞群體中的所述細(xì)胞群體各自是一個(gè)緊密相關(guān)的細(xì)胞群體。
在一個(gè)實(shí)施方案中，細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體共享一種共同的祖先細(xì)胞，其中該祖先細(xì)胞并不是生物的一部分，例如，該祖先細(xì)胞是一種培養(yǎng)細(xì)胞或一種細(xì)胞系的生成細(xì)胞。典型地，該共同的祖先細(xì)胞是已經(jīng)從多細(xì)胞生物(例如，昆蟲或動物，例如，哺乳動物或靈長類)中去除的一種細(xì)胞，例如，培養(yǎng)細(xì)胞，作為共同的祖先細(xì)胞，不包括自其取得該共同的祖先細(xì)胞的動物或動物祖先的前體細(xì)胞。在一個(gè)實(shí)施方案中，細(xì)胞群體各自源于一種共同的祖先細(xì)胞，并且多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體沒有任何一個(gè)具有以下的有意誘發(fā)的突變，即該突變使編碼合成、附接或修飾一種聚糖的蛋白質(zhì)的基因失活。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于一個(gè)種共同的祖先細(xì)胞，并且多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體沒有任何一個(gè)具有在編碼一種蛋白質(zhì)的基因中的有意誘發(fā)的失活突變，該蛋白質(zhì)選自糖基轉(zhuǎn)移酶(例如，MGATl (GlcNAcTl)、α甘露糖苷酶II、ΙΙχ, α甘露糖苷酶IB、α甘露糖苷酶IA、FucTl-9、葡糖苷酶(例如，GCSU GANAB)、針對生物合成或定位或轉(zhuǎn)運(yùn)的前體、GNE (例如，葡萄糖胺(UDP-N-乙?；?-2_表異構(gòu)酶/N-乙酰甘露糖胺)、高爾基體UDP磷酸酶、UDP-GlcNAc轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白、UAP-I(UDP-N-乙酰己糖胺焦磷酸化酶)、PGM-3-葡萄糖磷酸變位酶3、NAGK-N-乙酰基-D-葡糖 胺激酶、GNPNATI-磷酸葡萄糖胺-N-乙?；D(zhuǎn)移酶I、UGP-2-UDP-葡萄糖焦磷酸化酶2、UGDH-UDP-葡萄糖6-脫氫酶GAlK-I-半乳糖激酶-I、PGM_1_葡萄糖磷酸變位酶-I、GCK_葡糖激酶)，該蛋白質(zhì)是改變例如，伴侶蛋白(BiP、SNARE、cpn、hsp)、EDEM (ER降解性甘露糖苷酶樣蛋白)、MANEA、甘露糖受體通過ER和高爾基體的定位或運(yùn)輸?shù)陌袠?biāo)。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體各自源于一種共同的祖先細(xì)胞，并且多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體沒有任何一個(gè)具有以下的有意誘發(fā)的失活突變，即該突變調(diào)節(jié)一種聚糖代謝物(例如，在此描述的代謝物)的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，這些細(xì)胞群體不是源于Pro-5細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，這些細(xì)胞群體未被修飾成(例如，未化學(xué)誘變成)對凝集素是抗性的。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的翻譯后修飾是一種選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分。在一個(gè)實(shí)施方案中，糖蛋白是一種治療性生物產(chǎn)品，例如，治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細(xì)胞因子。在一個(gè)實(shí)施方案中，糖蛋白是一種市售的治療性生物產(chǎn)品的生物仿制或生物再造型式。在一個(gè)實(shí)施方案中,對于每個(gè)細(xì)胞群體的觀察值包括對基因的表達(dá)水平的至少2、
3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)細(xì)胞群體的觀察值包括關(guān)于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法(例如⑴至(iv))包括(i)針對多個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況(一個(gè)概況)，其中一個(gè)答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物，所述獲得的概況形成多個(gè)區(qū)別概況；(ii)獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分)的個(gè)性特征；(iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的個(gè)性特征進(jìn)行比較；(iv)響應(yīng)于比較(例如，當(dāng)所獲得的概況和在(ii)中所獲得的個(gè)性特征顯示出彼此具有預(yù)選關(guān)系時(shí)，例如，前者包括后者)而選擇該多個(gè)細(xì)胞群體之一以用于產(chǎn)生主題糖蛋白；選擇或提供該細(xì)胞群體以制造所述糖蛋白和/或在所述選擇的細(xì)胞群體中制造具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的所述糖蛋白。在一些實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括對所鑒定的細(xì)胞群體進(jìn)行基因修飾以表達(dá)所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述細(xì)胞群體的個(gè)性特征是直接獲得的。在一個(gè)實(shí)施方案中，所述細(xì)胞群體的個(gè)性特征是間接獲得的。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)答案的維度小于觀察值數(shù)目的維度。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括相比于觀察值數(shù)目降低該答案的維度的一種操作。在一個(gè)實(shí)施方案中，比較與答案’ 一起作出，其中答案’相比于該答案具有至少少一個(gè)的維度。 在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括相比于一個(gè)答案降低答案’的維度的一種操作。在一些實(shí)施方案中，一個(gè)基礎(chǔ)觀察值表示為聚糖結(jié)構(gòu)、糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物。這種實(shí)施方案可以具有以下特性中的一種或多種在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu)、糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物)的水平，而第二觀察值是第二翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu)、糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物)的水平；該比較包括將所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))與所述多個(gè)概況的維度表示進(jìn)行比較，其中在每個(gè)維度中的軸代表糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)不同方面，例如，其中針對第一維度的軸代表聚糖A的水平并且針對第二維度的軸代表聚糖B的水平。在一些實(shí)施方案中，一個(gè)基礎(chǔ)觀察值不表不為聚糖結(jié)構(gòu)而是(例如)表不為一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平。在這樣的實(shí)施方案中，該操作不僅給出一個(gè)答案而且表述出就聚糖結(jié)構(gòu)而言的答案。這樣一個(gè)實(shí)施方案可以具有以下特性中的一種或多種在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一和第二觀察值中的至少一個(gè)不表示為翻譯后結(jié)構(gòu)(例如，糖結(jié)構(gòu))，而是表示為與翻譯后結(jié)構(gòu)(例如，糖結(jié)構(gòu))相關(guān)的一個(gè)參數(shù)，并且該操作提供了表示為翻譯后結(jié)構(gòu)(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分)的一個(gè)答案；在所述獲得的概況中的答案是基于第一和第二觀察值并且所述第一觀察值是第一代謝物的水平，而第二觀察值是第二代謝物的水平；比較包括將針對所選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的答案與所述多個(gè)所獲得的區(qū)別概況的η維度描繪進(jìn)行比較，其中每個(gè)維度中的軸與糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)不同方面相關(guān)，例如，其中針對第一維度的軸與聚糖A的水平相關(guān)并且針對第二維度的軸與聚糖B的水平相關(guān)。該方法需要“獲得”步驟，例如，獲得一個(gè)概況或獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾的個(gè)性特征。獲得該方法可以包括許多要素中的一個(gè)。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)值包括使樣品經(jīng)受一個(gè)過程，該過程導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)(例如，在分析中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。這樣的方法包括分析方法，例如，包括以下各項(xiàng)中一個(gè)或多個(gè)的一種方法，即使一種物質(zhì)(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)與另一種物質(zhì)分離；將一種分析物或其片段或其他衍生物與另一種物質(zhì)(例如，緩沖劑、溶劑或反應(yīng)物)合并；或者改變一種分析物或其片段或其他衍生物的結(jié)構(gòu)，例如通過斷裂或形成在該分析物或一種試劑的第一與第二原子之間的共價(jià)或非共價(jià)鍵。在其他實(shí)施方案中，例如在方法包括產(chǎn)生糖蛋白、或培養(yǎng)細(xì)胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導(dǎo)致方法中所使用的一個(gè)實(shí)體(例如，細(xì)胞、糖蛋白或試劑)的轉(zhuǎn)化的另一個(gè)步驟的實(shí)施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉(zhuǎn)化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產(chǎn)生的一個(gè)步驟。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)概況包括進(jìn)行化學(xué)或物理分析以便確定該概況。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)概況包括從另一方接收關(guān)于該概況的信息。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括進(jìn)行化學(xué)或物理分析以便確定該個(gè)性特征。 在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括從一種藥物的說明中(例如，從包裝說明書中)選擇該個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括從一個(gè)列表或表格中選擇該個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)翻譯后修飾的個(gè)性特征包括從另一方接收關(guān)于該翻譯后修飾的個(gè)性特征的信息。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為聚糖結(jié)構(gòu)。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，5，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，1，3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，4，O的水平。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為不同于聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是基因表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是糖基轉(zhuǎn)移酶表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是代謝物水平。
在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UMP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是GTP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UDP-Gal水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是⑶P-Fuc水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細(xì)胞群體(例如，來自一個(gè)親本細(xì)胞系的不同細(xì)胞株或來自一個(gè)親本細(xì)胞株的不同分離物)一起使用。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO Kl細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO S細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是DG44細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是DHFR(_)細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)細(xì)胞群體中的細(xì)胞群體之一是CHO GS細(xì)胞系。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用。在一個(gè)實(shí)施方案中，該操作是多個(gè)觀察值的算法組合。在一個(gè)實(shí)施方案中，該操作是針對多個(gè)觀察值的一個(gè)模型的擬合?！ぴ谝粋€(gè)實(shí)施方案中，該模型是線性模型。在一個(gè)實(shí)施方案中，該操作包括使對于源于信息源(例如，列表、表格或數(shù)據(jù)庫，例如，可公用的數(shù)據(jù)庫)的觀察值的多個(gè)值有關(guān)(例如，相關(guān)、關(guān)聯(lián)或相等同)。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用。在一個(gè)實(shí)施方案中，該答案是在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物，例如，其中該多個(gè)基因中的至少一個(gè)編碼形成所選擇的翻譯后修飾的一種蛋白質(zhì)；該多個(gè)基因中的至少一個(gè)編碼降低所選擇的翻譯后修飾的水平的一種蛋白質(zhì)；該答案是在ST3GAL3和ST3GAL4水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物。在另一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)為一種選擇或評估一種細(xì)胞(例如)以用于制造具有一個(gè)選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的方法。該方法包括(a)直接或間接獲得用于產(chǎn)生所述糖蛋白的一個(gè)細(xì)胞群體的個(gè)性特征，其中該個(gè)性特征是通過以下各項(xiàng)來確定的，即(i)針對第一細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值(例如，多個(gè)不同基因的表達(dá)水平，或例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu)的多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的表達(dá)水平)的函數(shù)，由此為所述第一細(xì)胞群體提供一組值；(ii)針對第二細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的函數(shù)，由此為所述第二細(xì)胞群體提供一組值；(iii)將針對選擇的翻譯后修飾(例如,糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分,例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的一個(gè)值與針對所述第一細(xì)胞群體的該組值和針對所述第二細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較；并且(iv)響應(yīng)于所述比較而選擇所述第一或第二細(xì)胞群體；從而選擇或評估所述細(xì)胞，其中(I)步驟(i和/或ii)包括培育一個(gè)細(xì)胞群體、進(jìn)行化學(xué)或物理分析以提供一個(gè)答案，例如，進(jìn)行化學(xué)或物理分析以提供一個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法(例如⑴至(iv))包括(i)針對多個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況，其中一個(gè)答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物，所述獲得的概況形成多個(gè)區(qū)別概況；(ii)獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分)的個(gè)性特征；(iii)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的個(gè)性特征進(jìn)行比較；(iv)響應(yīng)于比較(例如，當(dāng)所獲得的概況和在(b)中所獲得的個(gè)性特征顯示出彼此具有預(yù)選關(guān)系時(shí)，例如，前者包括后者)而選擇該多個(gè)細(xì)胞群體之一以用于產(chǎn)生主題糖蛋白，
從而選擇或評估所述細(xì)胞，其中步驟(i)包括培育一個(gè)細(xì)胞群體、進(jìn)行化學(xué)或物理分析以提供一個(gè)答案，例如，進(jìn)行化學(xué)或物理分析以提供一個(gè)觀察值；步驟(ii)包括進(jìn)行化學(xué)或物理分析以提供所述個(gè)性特征；步驟(iii)包括提供作為一個(gè)η維度空間的該概況的表示并且將該個(gè)性特征與所述空間進(jìn)行比較；或者任選地,該方法進(jìn)一步包括培養(yǎng)所述選擇的細(xì)胞。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以是表示為例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu)(例如，在此披露的一種聚糖結(jié)構(gòu))的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為不同于例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu)的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分，例如，基因表達(dá)(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細(xì)胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細(xì)胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物的一個(gè)答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平。在另一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)是一種提供一個(gè)細(xì)胞群體(例如)以用于制造具有選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的方法。該方法包括(a)針對多個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況，其中一個(gè)答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物，所述獲得的概況形成多個(gè)區(qū)別概況；(b)獲得選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的個(gè)性特征；(C)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的個(gè)性特征進(jìn)行比較；
(d)響應(yīng)于比較(例如，當(dāng)所獲得的概況和在(b)中所獲得的個(gè)性特征顯示出彼此具有預(yù)選關(guān)系時(shí)，例如，前者包括后者)而選擇該多個(gè)細(xì)胞群體之一以用于產(chǎn)生主題糖蛋白；并且(e)培養(yǎng)所述選擇的細(xì)胞群體以提供所述群體。如在此的別處所論述，一種方法可能需要一個(gè)或多個(gè)“獲得”步驟，例如，獲得一個(gè)概況或獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾的個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)值包括使樣品經(jīng)受一個(gè)過程，該過程導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)(例如，在分析(例如在此描述的這種分析)中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。在其他實(shí)施方案中，例如在方法包括產(chǎn)生糖蛋白、或培養(yǎng)細(xì)胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導(dǎo)致方法中所使用的一個(gè)實(shí)體(例如，細(xì)胞、糖蛋白或試劑)的轉(zhuǎn)化的另一個(gè)步驟的實(shí)施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉(zhuǎn)化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產(chǎn)生的一個(gè)步驟。
如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu)(例如，在此披露的一種聚糖結(jié)構(gòu))的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為不同于聚糖結(jié)構(gòu)，例如，基因表達(dá)(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細(xì)胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細(xì)胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物的一個(gè)答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個(gè)基因或多個(gè)基因的表達(dá)水平。在另一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)是一種監(jiān)控用于制造具有選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的產(chǎn)生過程的方法。該方法包括(a)針對第一細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為翻譯后修飾的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值(例如，多個(gè)不同基因的表達(dá)水平，或例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu)的多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的表達(dá)水平)的函數(shù)，由此為所述第一細(xì)胞群體提供一組值；(b)將針對選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的一個(gè)值與針對所述第一細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較；并且(C)如果該比較顯示出與該組值的第一預(yù)選關(guān)系，例如，該組值包括該個(gè)性特征，則進(jìn)行第一選項(xiàng)，例如，繼續(xù)培養(yǎng)；而如果該比較顯示出與該組值的第二預(yù)選關(guān)系，例如，該組值不包括該個(gè)性特征，則進(jìn)行第二選項(xiàng)，例如，中止當(dāng)前的培養(yǎng)條件或在新的一組條件下進(jìn)行培養(yǎng)。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法包括(a)針對產(chǎn)生細(xì)胞的一個(gè)等分部分，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況，其中一個(gè)答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物；(b)將選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的個(gè)性特征與所述概況進(jìn)行比較；
(c)如果該比較顯示出與該概況的第一預(yù)選關(guān)系，例如，該概況包括該個(gè)性特征，則進(jìn)行第一選項(xiàng)，例如，繼續(xù)培養(yǎng)；而如果該比較顯示出與該概況的第二預(yù)選關(guān)系，例如，該概況不包括該個(gè)性特征，則進(jìn)行第二選項(xiàng)，例如，中止當(dāng)前的培養(yǎng)條件或在新的一組條件下進(jìn)行培養(yǎng)。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物，并且如果該概況包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的個(gè)性特征，則繼續(xù)培養(yǎng)所述CHO細(xì)胞，(例如)以便產(chǎn)生所述生物治療性糖蛋白的一種生物再造或生物仿制糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物，并且如果該概況不包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的個(gè)性特征，則進(jìn)行第二選項(xiàng)，例如，選擇具有包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)概況的一個(gè)不同的CHO細(xì)胞群體，(例如)以便產(chǎn)生所述生物治療性糖蛋白的一種生物再造或生物仿制糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物，并且如果該概況包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的個(gè)性特征，則繼續(xù)培養(yǎng)所述CHO細(xì)胞，(例如)以便產(chǎn)生所述生物治療性糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物，并且如果該概況不包括所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的個(gè)性特征，則進(jìn)行第二選項(xiàng)，例如，中止當(dāng)前的培養(yǎng)條件或在一組新的條件(例如，導(dǎo)致包括所述選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的個(gè)性特征的一個(gè)概況的條件)下進(jìn)行培養(yǎng)，以便產(chǎn)生所述生物治療性糖蛋白。如在此的別處所論述，方法可能需要一個(gè)或多個(gè)“獲得”步驟，例如，獲得一個(gè)概況或獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾的個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)值包括使樣品經(jīng)受一個(gè)過程，該過程導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)(例如，在分析(例如在此描述的這種分析)中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。在其他實(shí)施方案中，例如在方法包括產(chǎn)生糖蛋白、或培養(yǎng)細(xì)胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導(dǎo)致在方法中所使用的一個(gè)實(shí)體(例如，細(xì)胞、糖蛋白或試劑)的轉(zhuǎn)化的另一個(gè)步驟的實(shí)施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉(zhuǎn)化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產(chǎn)生的一個(gè)步驟。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為聚糖結(jié)構(gòu)(例如，在此披露的一種聚糖結(jié)構(gòu))。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為不同于聚糖結(jié)構(gòu)，例如，基因表達(dá)(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細(xì)胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細(xì)胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物的一個(gè)答案。
如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平。在另一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)是一種選擇用于在細(xì)胞群體中制造的糖蛋白的方法。該方法包括(a)針對一個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況，其中一個(gè)答案表示為糖結(jié)構(gòu)并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物；(b)獲得多個(gè)糖結(jié)構(gòu)的個(gè)性特征；(C)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的個(gè)性特征進(jìn)行比較；(d)響應(yīng)于比較(例如，當(dāng)(b)中所獲得的個(gè)性特征和所獲得的概況顯示出彼此具有預(yù)選關(guān)系時(shí)，例如，前者包括后者)而選擇該多個(gè)糖結(jié)構(gòu)之一以用于在所述細(xì)胞群體中產(chǎn)生；并且 (e)在所述細(xì)胞群體中制造具有所選擇的糖結(jié)構(gòu)的一種糖蛋白。如在此的別處所論述，一種方法可能需要一個(gè)或多個(gè)“獲得”步驟，例如，獲得一個(gè)概況或獲得一個(gè)選擇的翻譯后修飾的個(gè)性特征。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得一個(gè)值包括使樣品經(jīng)受一個(gè)過程，該過程導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)(例如在分析(例如在此描述的這種分析)中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。在其他實(shí)施方案中，例如在方法包括產(chǎn)生糖蛋白、或培養(yǎng)細(xì)胞、收獲糖蛋白或純化糖蛋白，或者導(dǎo)致方法中所使用的一個(gè)實(shí)體(例如，細(xì)胞、糖蛋白或試劑)的轉(zhuǎn)化的另一個(gè)步驟的實(shí)施方案中，該獲得步驟可能是在沒有這種轉(zhuǎn)化的情況下可以(例如)通過檢查、比較或從另一方接收信息而產(chǎn)生的一個(gè)步驟。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為聚糖結(jié)構(gòu)(例如，在此披露的一種聚糖結(jié)構(gòu))。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為不同于聚糖結(jié)構(gòu)，例如，基因表達(dá)(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。如在此的別處所論述，在此描述的方法可以與一系列細(xì)胞群體(例如，CHO或在此描述的其他細(xì)胞群體)一起使用。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的操作適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此描述的方法中的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物的一個(gè)答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平。在一方面,本披露的特點(diǎn)是一種包括針對預(yù)選的細(xì)胞群體(例如,CHO細(xì)胞)的一個(gè)細(xì)胞群體的分離物的多個(gè)記錄的數(shù)據(jù)庫，其中每個(gè)記錄包括用于所述預(yù)選的細(xì)胞類型的一個(gè)獨(dú)特的分離物(與多個(gè)分離物中的其他分離物相反)的一個(gè)識別符以及用于對于該分離物而言是獨(dú)特的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況的一個(gè)識別符，并且其中對于該分離物而言，針對每一條目的所述細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況是獨(dú)特的(與多個(gè)分離物中的其他分離物相反)。在一個(gè)實(shí)施方案中，預(yù)選的細(xì)胞類型是CHO或在此描述的其他細(xì)胞群體。一個(gè)數(shù)據(jù)庫包括多個(gè)記錄，該多個(gè)記錄中的每個(gè)記錄對應(yīng)于預(yù)選的細(xì)胞群體(例如，CHO細(xì)胞)的一個(gè)細(xì)胞群體的一個(gè)分離物，其中所述多個(gè)記錄包括第一記錄，該第一記錄包括用于所述預(yù)選的細(xì)胞類型的第一分離物的一個(gè)識別符以及用于針對所述第一分離物的第一細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況的一個(gè)識別符，第二記錄，該第二記錄包括用于所述預(yù)選的細(xì)胞類型的第二分離物的一個(gè)識別符以及用于針對第二分離物而言是獨(dú)特的第二細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況的一個(gè)識別符，其中在所述多個(gè)記錄中的每個(gè)記錄中的細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況對于多個(gè)分離物中的每個(gè)分離物來說是不同的，不同于針對多個(gè)分離物中的每個(gè)其他分離物的細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況。在一個(gè)實(shí)施方案中，數(shù)據(jù)庫包括針對至少5、10或20個(gè)分離物的記錄。 在一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)是一種制造具有選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的糖蛋白，或從多個(gè)CHO群體提供或選擇一個(gè)CHO細(xì)胞群體(例如)以用于制造具有選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的糖蛋白的方法。該方法包括(a)直接或間接獲得用于產(chǎn)生所述糖蛋白的一個(gè)CHO細(xì)胞群體的個(gè)性特征，其中該個(gè)性特征是通過在此描述的一種方法而獲得或確定的，例如，通過(i)針對第一 CHO細(xì)胞群體(例如，在此描述的CHO細(xì)胞群體)的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)基因的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分、聚糖補(bǔ)充物或它們的組合的表達(dá)水平，由此為所述第一 CHO細(xì)胞群體提供一組值；(ii)針對第二 CHO細(xì)胞群體(例如，在此描述的CHO細(xì)胞群體)的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)基因和/或代謝物的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分、聚糖補(bǔ)充物或它們的組合的表達(dá)水平，由此為所述第二 CHO細(xì)胞群體提供一組值，其中所述第二 CHO細(xì)胞群體(例如)因天然獲得的或有意誘發(fā)的突變而不同于所述第一 CHO細(xì)胞群體；(iii)將針對選擇的聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)值與針對所述第一 CHO細(xì)胞群體的該組值和針對所述第二 CHO細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較；(iv)響應(yīng)于所述比較而選擇所述第一或第二 CHO細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物，并且所選擇的CHO細(xì)胞群體具有一組值，這組值指示產(chǎn)生具有該市售的生物治療性糖蛋白的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，該糖蛋白是一種治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細(xì)胞因子。在一個(gè)實(shí)施方案中，該糖蛋白是一種市售的治療性生物產(chǎn)品的生物仿制或生物再造型式。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法是一種提供或選擇一個(gè)CHO細(xì)胞群體(例如)以用于制造具有選擇的翻譯后修飾(例如，選擇的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物、聚糖組分，例如具有選擇的聚糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白的方法，并且該方法進(jìn)一步包括(b)培養(yǎng)所述選擇的CHO細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法是一種制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法，并且該方法進(jìn)一步包括(b)在所述選擇的CHO細(xì)胞群體中制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的一種糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括在步驟(b)之前，對所鑒定的CHO細(xì)胞群體進(jìn)行基因修飾以便表達(dá)所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的CHO細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是CHO Kl細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是CHO S細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是DG44細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是DHFR(_)細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是CHO GS細(xì)胞系。 在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得了針對多個(gè)，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個(gè)CHO細(xì)胞群體一組值。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得了針對包括CHO Kl細(xì)胞系、CHO S細(xì)胞系、DG44細(xì)胞系以及DHFR(-)細(xì)胞系的多個(gè)CHO細(xì)胞群體的一組值。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為聚糖結(jié)構(gòu)(例如，在此披露的一種聚糖結(jié)構(gòu))。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為基因表達(dá)(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)CHO細(xì)胞群體的觀察值包括對基因的表達(dá)水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)細(xì)胞群體的觀察值包括關(guān)于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，5，I, O, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, O, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, I, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, 2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, 3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，4，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是糖基轉(zhuǎn)移酶表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是代謝物水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UMP水平。
在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是GTP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UDP-Gal水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是⑶P-Fuc水平。在一方面，本發(fā)明的特點(diǎn)是一種制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的糖蛋白，或提供或選擇一個(gè)CHO細(xì)胞群體(例如)以用于制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法。該方法包括(i)針對多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的每個(gè)CHO細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況(一個(gè)概況)，其中一個(gè)答案表示為翻譯后修飾并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物，所述獲得的概況形成多個(gè)區(qū)別概況；(ii)獲得聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的個(gè)性特征；
(iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的個(gè)性特征進(jìn)行比較；(iv)響應(yīng)于比較(例如，當(dāng)所獲得的概況和所獲得的所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的個(gè)性特征顯示出彼此具有預(yù)選關(guān)系時(shí)，例如，前者包括后者)而選擇該多個(gè)CHO細(xì)胞群體之一以用于產(chǎn)生主題糖蛋白；選擇或提供該CHO細(xì)胞群體以便制造所述糖蛋白和/或在所述選擇的CHO細(xì)胞群體中制造具有所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的所述糖蛋白。在一些實(shí)施方案中，該方法進(jìn)一步包括將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述選擇的CHO細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，所選擇的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物是一種生物治療性糖蛋白(例如，市售的生物治療性糖蛋白)的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物，并且所選擇的CHO細(xì)胞群體具有一組值，這組值指示產(chǎn)生具有該市售的生物治療性糖蛋白的聚糖組分和/或聚糖補(bǔ)充物的糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，該糖蛋白是一種治療性抗體、Fe-受體融合物、激素、細(xì)胞因子。在一個(gè)實(shí)施方案中，該糖蛋白是一種市售的治療性生物產(chǎn)品的生物仿制或生物再造型式。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法是一種提供或選擇一個(gè)CHO細(xì)胞群體(例如)以用于制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法，并且該方法進(jìn)一步包括培養(yǎng)所述選擇的CHO細(xì)胞群體。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法是一種制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的糖蛋白的方法，并且該方法進(jìn)一步包括在所述選擇的CHO細(xì)胞群體中制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物和/或聚糖組分的一種糖蛋白。在一個(gè)實(shí)施方案中，該方法可以進(jìn)一步包括對所選擇的CHO細(xì)胞群體進(jìn)行基因修飾以便表達(dá)所述糖蛋白，例如，將編碼所述糖蛋白的全部或部分的核酸引入所述鑒定的CHO細(xì)胞群體之中。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是CHO Kl細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是CHO S細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是DG44細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是DHFR(_)細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，多個(gè)CHO細(xì)胞群體中的CHO細(xì)胞群體之一是CHO GS細(xì)胞系。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得了針對多個(gè)，例如，至少3、4、5、6、7、8、9、10個(gè)CHO細(xì)胞群體一組答案。在一個(gè)實(shí)施方案中，獲得了針對包括CHO Kl細(xì)胞系、CHO S細(xì)胞系、DG44細(xì)胞系以及DHFR(-)細(xì)胞系的多個(gè)CHO細(xì)胞群體一組答案。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為聚糖結(jié)構(gòu)(例如，在此披露的一種聚糖結(jié)構(gòu))。如在此的別處所論述，一個(gè)觀察值可以表示為基因表達(dá)(例如，在此所論述的一種基因)或代謝物(例如，在此所論述的一種代謝物)的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)CHO細(xì)胞群體的觀察值包括對基因的表達(dá)水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，對于每個(gè)CHO細(xì)胞群體的觀察值包括關(guān)于聚糖代謝物的水平的至少2、3、4、5、6、7、8、9、10或更多個(gè)觀察值。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，4，I, 1，O的水平。·在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是4，5，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，5，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，1，0，0的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, I, O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是5，6，I, 3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，6，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，I, 1，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，2，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，3，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是6，7，1，4，O的水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是糖基轉(zhuǎn)移酶表達(dá)水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是在聚糖生物合成中涉及的基因的表達(dá)水平。 在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是代謝物水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UMP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是GTP水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是UDP-Gal水平。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)觀察值是⑶P-Fuc水平。如在此的別處所論述，許多類型的觀察值適合在這些方法中使用，例如，在此所論述的操作，例如，算法組合或線性模型。如在此的別處所論述，許多類型的答案適合在這些方法中使用，例如，在此描述的答案，例如，作為在多個(gè)基因的表達(dá)水平上的一個(gè)操作產(chǎn)物的一個(gè)答案。如在此的別處所論述，答案和/或觀察值的類型可以是在此描述的一個(gè)或多個(gè)基因的表達(dá)水平。標(biāo)題和識別符(例如，(a)、(b)、⑴等)僅是為了易于閱讀本說明書和權(quán)利要求而呈現(xiàn)的。本說明書或權(quán)利要求中標(biāo)題或識別符的使用并不要求步驟或要素按照字母或數(shù)字順序或它們被呈現(xiàn)的順序來進(jìn)行。根據(jù)以下詳細(xì)說明、并且根據(jù)權(quán)利要求書，本發(fā)明的其他特征和優(yōu)點(diǎn)將是清楚的。


首先簡要描述附圖圖I是來自分離的糖蛋白的聚糖的說明性色譜圖，這些聚糖通過LC和LC/MS進(jìn)行釋放、標(biāo)記以及分析；圖2是來自CHO克隆的產(chǎn)品的分布的說明性LC數(shù)據(jù)的描繪；圖3是用于針對每個(gè)細(xì)胞類型CHO KUCHO SXHO DG44以及DHfr(-)的細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況(CPQAP)的PCA分析的標(biāo)繪圖；
圖4是表達(dá)水平的描繪；圖5是表達(dá)水平的描繪；圖6是利用ST3GAL3表達(dá)來計(jì)算所產(chǎn)生的聚糖5，6，I, 2，O水平的線性模型；圖7是與來自每個(gè)細(xì)胞系背景的克隆(每個(gè)點(diǎn))之間的糖基化相關(guān)的轉(zhuǎn)錄本分布的描繪，每個(gè)細(xì)胞系背景是針對每個(gè)轉(zhuǎn)錄本而聚類的；圖8是糖相關(guān)基因的轉(zhuǎn)錄本的PCA分析的描繪，這些糖相關(guān)基因源于來自CHO細(xì)胞系背景的每個(gè)克隆，圓形表示CHOKl、三角形表示CH0S、加號表示DG44 ；圖9是在用于四個(gè)細(xì)胞類型中的每個(gè)的細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況上重疊的未知物的描繪。如在此所使用的，“獲得一個(gè)值”是指導(dǎo)致對該值的擁有的任何過程。在一個(gè)實(shí)施方案中，這個(gè)值是通過(例如)在一個(gè)樣品(例如，糖蛋白樣品、細(xì)胞提取物或細(xì)胞樣品(例如，細(xì)胞系))上進(jìn)行一個(gè)或多個(gè)物理轉(zhuǎn)化步驟而“直接獲得”。這個(gè)過程因此導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)(例如，在該過程中使用的分析純試劑或裝置)中的物理變化。作為舉例，這樣的方法包括分析方法；制備方法；以及細(xì)胞操作，例如，從細(xì)胞中提取或純化組分(例如核酸，如mRNA或DNA，或蛋白質(zhì))，或培養(yǎng)細(xì)胞。這些方法典型地包括以下各項(xiàng)的一個(gè)或多個(gè)使一種物質(zhì)(例如，分析物，或其片段或其他衍生物)與另一種物質(zhì)分離；將一種物質(zhì)(例如，分析物或其片段或其他衍生物)與另一種物質(zhì)(例如，緩沖劑、溶劑或反應(yīng)物)合并；或者改變一種分析物或其片段或其他衍生物的結(jié)構(gòu)，例如通過斷裂或形成在該物質(zhì)(例如，一種分析物)的第一原子與第二原子之間的一個(gè)共價(jià)或非共價(jià)鍵。該值也可以“間接獲得”。間接獲得包括(例如)從另一方(例如，直接獲得該值的一方)接收該值。典型地，甚至是在由間接獲得來表征的實(shí)施方案中，某一方使一個(gè)樣品經(jīng)受如上文所描述的一個(gè)過程，該過程導(dǎo)致該樣品或另一種物質(zhì)中的物理變化。在一個(gè)實(shí)施方案中，實(shí)踐評估方法的一方指導(dǎo)另一方來進(jìn)行這個(gè)過程，并且(例如)實(shí)踐該方法的一方接收該值。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)值可以是一個(gè)細(xì)胞或細(xì)胞系是否具有一個(gè)特征或具有何種程度的一個(gè)特征的表達(dá)，該特征例如聚糖結(jié)構(gòu)相關(guān)特征，例如，轉(zhuǎn)錄本的水平、制造具有預(yù)選的聚糖結(jié)構(gòu)的糖蛋白的能力、聚糖結(jié)構(gòu)的預(yù)選水平、第一與第二聚糖結(jié)構(gòu)的預(yù)選比或在預(yù)選位置處的預(yù)選的聚糖結(jié)構(gòu)。“細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況”(CPQAP)包括針對一個(gè)細(xì)胞群體的一組答案。一組答案包括至少兩個(gè)答案。典型地，一組答案包括針對第一細(xì)胞(例如，一個(gè)細(xì)胞群體的第一分離物或等分部分)的答案以及針對第二細(xì)胞(例如，該細(xì)胞群體的第二分離物或等分部分)的答案。表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))的一個(gè)答案是關(guān)于多個(gè)觀察值(例如，測量結(jié)果或確定的特征)的操作產(chǎn)物。一個(gè)操作使這些觀察值與翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))有關(guān)。在一個(gè)實(shí)施方案中，這些觀察值表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))。在一個(gè)實(shí)施方案中，觀察值不表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))，例如，它們被表示為基因表達(dá)，并且操作也將它們轉(zhuǎn)換成翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))的單位。示例性操作包括將一或多個(gè)觀察值與翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))相關(guān)聯(lián)，例如通過使用一個(gè)查表或等效工具；將觀察值用作一個(gè)模型(例如，線性模型)中的輸入，該模型使觀察值與翻譯后修飾(例如聚糖結(jié)構(gòu))產(chǎn)生關(guān)系；或例如當(dāng)觀察值自身表示為翻譯后修飾(例如，聚糖結(jié)構(gòu))時(shí)，例如通過相加將觀察值合并?？梢酝ㄟ^主成分分析獲得觀察值。如果包括一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況的這組答案被視作視為連續(xù)的，則可以將其直觀化/分析為定義由該細(xì)胞群體占據(jù)的一個(gè)離散空間。例如，這組答案能夠以η維度進(jìn)行描繪并且占據(jù)η維度的空間，例如，如果以3個(gè)維度進(jìn)行描繪，那么該組定義一個(gè)3維度的空間。 如在此所使用的術(shù)語“在多個(gè)區(qū)別細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況中”，該多個(gè)中的每個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況都不同于該多個(gè)中的其他每個(gè)CPQAP，例如，第一概況的至少一個(gè)答案不同于第二概況的至少一個(gè)答案。在一個(gè)實(shí)施方案中，一個(gè)答案是翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的狀態(tài)的直接指示，例如，糖結(jié)構(gòu)的存在或水平，一個(gè)細(xì)胞具有X水平的聚糖X以及y水平的聚糖I。一個(gè)選擇的翻譯后修飾例如糖結(jié)構(gòu)(例如，存在于參考蛋白質(zhì)上的糖結(jié)構(gòu))是將要在一種蛋白質(zhì)上包括的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))。如果這組答案包括所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))，或者換言之，如果所選擇的糖結(jié)構(gòu)落在該細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況之內(nèi)，則可以選擇該細(xì)胞群體用于產(chǎn)生具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白。該翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))與多個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況的比較允許選擇一個(gè)細(xì)胞群體來優(yōu)化具有所選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的一種蛋白質(zhì)的產(chǎn)生。如在此使用的“區(qū)別分離物”是指第一個(gè)細(xì)胞或第一組細(xì)胞與第二個(gè)細(xì)胞或第二組細(xì)胞之間的關(guān)系。區(qū)別分離物具有共同的細(xì)胞祖先，但每個(gè)區(qū)別分離物的生成細(xì)胞被分開至少1、10、20、50、100、500、1，000、5，000或10，000個(gè)細(xì)胞分裂周期。為了進(jìn)行說明，一個(gè)親本細(xì)胞分裂而給出兩個(gè)Fl細(xì)胞，每個(gè)Fl細(xì)胞分裂而給出兩個(gè)F2細(xì)胞，每個(gè)F2細(xì)胞分裂而給出兩個(gè)F3細(xì)胞。在親本細(xì)胞與F3細(xì)胞之間存在三個(gè)細(xì)胞分裂周期。典型地，該共同的細(xì)胞祖先是一種已經(jīng)從多細(xì)胞生物(例如，昆蟲或動物，例如，哺乳動物或靈長類)中去除的細(xì)胞，例如，培養(yǎng)細(xì)胞，作為共同的細(xì)胞祖先，不包括自其取得該共同的細(xì)胞祖先的動物或動物祖先的前體細(xì)胞。如在此所使用的“觀察值”是對于一種參數(shù)的一個(gè)值，例如，對于和細(xì)胞的特性有關(guān)的一種參數(shù)的測量結(jié)果、確定的或觀察的值。如在此所使用的“緊密相關(guān)的細(xì)胞群體”是指具有一種或多種、以及在多個(gè)實(shí)施方案中兩種或更多種、或全部以下特性的細(xì)胞群體它們來自相同的種類；它們來自相同的組織類型；它們具有相同的細(xì)胞類型(例如，它們是基質(zhì)細(xì)胞)；它們具有相同的轉(zhuǎn)化狀態(tài)(例如，都被轉(zhuǎn)化并且在培養(yǎng)中顯示出基本上永生的生長或者均不能永生化生長，或者彼此在選擇的介質(zhì)上都具有在2X之內(nèi)的生長率)。在多個(gè)實(shí)施方案中，它們的生成細(xì)胞彼此被分開少于1000個(gè)細(xì)胞分裂周期，并且在多個(gè)實(shí)施方案中是少于500或100個(gè)細(xì)胞分裂周期。如在此所使用的“糖結(jié)構(gòu)”是指一種糖蛋白的聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)或多個(gè)要素或是指一種選擇的聚糖結(jié)構(gòu)。糖結(jié)構(gòu)可以(例如)是指單個(gè)單糖、單個(gè)聚糖組分(例如，高甘露糖結(jié)構(gòu)的存在)，或者是指一種糖蛋白的整個(gè)聚糖補(bǔ)充物，或一個(gè)特殊的聚糖結(jié)構(gòu)(例如，高甘露糖聚糖組分)。如在此所使用的“聚糖補(bǔ)充物”是指一種糖蛋白的所有聚糖組分。在具有單個(gè)糖基化位點(diǎn)的蛋白質(zhì)情況下，附著到其上的聚糖組分形成聚糖補(bǔ)充物。在具有一個(gè)以上的糖基化位點(diǎn)的蛋白質(zhì)情況下，聚糖補(bǔ)充物是由附著在所有位點(diǎn)的聚糖組分構(gòu)成的?！熬厶茄a(bǔ)充物的組分”是指構(gòu)成聚糖補(bǔ)充物的聚糖組分的子集，例如，附著到它的糖基化位點(diǎn)或它們各自的糖基化位點(diǎn)的一個(gè)或多個(gè)聚糖組分。聚糖補(bǔ)充物可以是混合物中所有糖蛋白的所有聚糖組分的平均值。聚糖補(bǔ)充物也可以是在一種糖蛋白混合物之內(nèi)與糖型相關(guān)的所有聚糖組 分。如在此所使用的“聚糖組分”，是指一個(gè)糖部分，例如，附著到蛋白質(zhì)一個(gè)位點(diǎn)處的的單糖、低聚糖或多糖(例如，二糖、三塘、四糖等等)。在多個(gè)實(shí)施方案中，該附著是共價(jià)的并且聚糖組分是經(jīng)由N或O連接至該蛋白質(zhì)。聚糖組分可以是經(jīng)由糖苷鍵而彼此附著的單糖的鏈。聚糖組分可以是直鏈的或支鏈的。如在此所使用的“聚糖結(jié)構(gòu)”是指聚糖補(bǔ)充物、聚糖補(bǔ)充物的組分或聚糖組分的結(jié)構(gòu)。聚糖結(jié)構(gòu)的要素包括以下各項(xiàng)的一個(gè)或多個(gè)在一個(gè)或多個(gè)位點(diǎn)(例如，用于N-連接或O-連接糖基化作用的一個(gè)或多個(gè)位點(diǎn))處的糖基化作用的存在、缺乏或水平；N-或 O-連接；長度(單糖部分的數(shù)目)；在一個(gè)鏈之內(nèi)的單糖(例如，半乳糖基部分)的布置布局或位置；糖含量(例如，在一種特殊的聚糖中的單糖組分的量或比率)；糖序列(例如，在一個(gè)聚糖部分中的單糖亞單位的順序)；末端或倒數(shù)第二個(gè)糖亞單位的存在、缺乏或數(shù)量；分支點(diǎn)的數(shù)目、布局以及類型(例如，平分型GlcNAc或甘露糖結(jié)構(gòu)的存在、缺乏或數(shù)量)；復(fù)雜結(jié)構(gòu)(例如，雙觸角結(jié)構(gòu)、三觸角結(jié)構(gòu)、四觸角結(jié)構(gòu)等)的存在、缺乏或水平；高甘露糖或混合結(jié)構(gòu)的存在、缺乏或水平單糖部分之間的關(guān)系(例如，在單糖部分、同分異構(gòu)體以及分支點(diǎn)之間的連接)；選擇的單糖(例如，半乳糖基部分、巖藻糖基部分、GIcNAc部分或甘露糖基部分)的存在、缺乏、位置或數(shù)目；選擇的結(jié)構(gòu)(例如，單半乳糖化、二半乳糖化或聚半乳糖化結(jié)構(gòu))的存在、缺乏、位置或數(shù)目；其他非限制性實(shí)例包括在天然發(fā)生的糖蛋白上發(fā)現(xiàn)的任何其他結(jié)構(gòu)；以及跨過一個(gè)或多個(gè)位點(diǎn)的異質(zhì)性或同質(zhì)性(例如，跨過整個(gè)蛋白質(zhì)的多樣性，例如，對一種蛋白質(zhì)的潛在糖基化位點(diǎn)的占據(jù)程度(例如，對在多個(gè)分子中的兩個(gè)或更多個(gè)特定的蛋白質(zhì)主鏈之間的相同的潛在糖基化位點(diǎn)的占據(jù)程度以及對一個(gè)蛋白質(zhì)主鏈上的一個(gè)潛在糖基化位點(diǎn)相對于對相同的蛋白質(zhì)主鏈上的一個(gè)不同的潛在糖基化位點(diǎn)的占據(jù)程度))。聚糖結(jié)構(gòu)可以描述為第一聚糖結(jié)構(gòu)與第二聚糖結(jié)構(gòu)的存在、缺乏或數(shù)量的比較。例如，唾液酸的存在、缺乏或數(shù)量相對于巖藻糖的存在、缺乏或數(shù)量。在其他實(shí)例中，可以將唾液酸如N-乙酰神經(jīng)氨酸的存在、缺乏或數(shù)量與(例如)唾液酸衍生物如N-羥乙酰神經(jīng)氨酸的存在、缺乏或數(shù)量進(jìn)行比較。聚糖結(jié)構(gòu)能夠以許多方式來進(jìn)行描述、鑒定或測定。聚糖結(jié)構(gòu)能夠(例如)以定義的結(jié)構(gòu)術(shù)語進(jìn)行描述，例如通過化學(xué)名稱、或通過功能或物理特性(例如，通過分子量或與純化或分離有相關(guān)的參數(shù)，例如，在色譜柱或其他分離裝置中的峰值的保留時(shí)間)。在多個(gè)實(shí)施方案中，作為舉例，聚糖結(jié)構(gòu)可以是來自多個(gè)聚糖結(jié)構(gòu)的一個(gè)峰值或其他部分(代表一個(gè)或多個(gè)種類)，這多個(gè)聚糖結(jié)構(gòu)源于(例如，來自酶消化的)糖蛋白。如在此所使用的“單糖”是指一個(gè)聚糖組分的基本單位，以及在多個(gè)實(shí)施方案中是通過糖基轉(zhuǎn)移酶來轉(zhuǎn)移至底物上的一個(gè)部分。如在此所使用的單糖包括天然和非天然發(fā)生的單糖。示例性得單糖部分包括葡萄糖(Glc)、N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)、甘露糖(Man)、 N-乙酰甘露糖胺(ManNAc)、半乳糖(Gal)、N-乙酰半乳糖胺(GalNAc)、巖藻糖(Fuc)、唾液酸(NeuAc)和核糖以及它們的衍生物和類似物。不同單糖的衍生物是已知的。例如，唾液酸涵蓋三十多種衍生物，其中N-乙酰神經(jīng)氨酸和N-羥乙酰神經(jīng)氨酸形成核心結(jié)構(gòu)。唾液酸類似物的實(shí)例包括功能上模擬的唾液酸、但不被內(nèi)源性宿主細(xì)胞唾液酸酶識別的那些。單糖類似物的其他實(shí)例包括但不限于N-菊芋糖基甘露糖胺(ManLev)、Neu5Ac α -甲基糖苷、Neu5Ac β -甲基糖苷、Neu5Ac α -芐基糖苷、Neu5Ac β -芐基糖苷、Neu5Ac α -甲基糖苷甲酯、Neu5Ac α -甲酯、9_0_乙酰-N-乙酰神經(jīng)氨酸、9_0_乳酰-N-乙酰神經(jīng)氨酸、N-疊氮乙酰甘露糖胺和其O-乙?；淖凅w、以及Neu5Ac α -乙基硫苷。如在此所使用的“高甘露糖”是指一個(gè)或多個(gè)N-聚糖結(jié)構(gòu)，包括分別含有3、4、5、
6、7、8 或 9 個(gè)甘露糖殘基的 ΗΜ3、ΗΜ4、ΗΜ5、ΗΜ6、ΗΜ7、ΗΜ8 以及 ΗΜ9。細(xì)胞和細(xì)胞系在此描述的方法使用細(xì)胞來產(chǎn)生具有選擇的翻譯后修飾(例如，糖結(jié)構(gòu))的糖蛋白。下文是在此處描述的這些以及其他方法中有用的細(xì)胞和細(xì)胞系的實(shí)例。在此處描述的方法中有用的細(xì)胞可以是真核的或原核的，只要這種細(xì)胞提供了適當(dāng)?shù)拿富蛞呀?jīng)向其中加入了適當(dāng)?shù)拿竵砑せ畈⒏街?或去除)存在于細(xì)胞中的糖類、或存在于細(xì)胞培養(yǎng)基中的糖類、或被進(jìn)料到細(xì)胞中的糖類。真核細(xì)胞的實(shí)例包括酵母、昆蟲、真菌、植物以及動物細(xì)胞，尤其是哺乳動物細(xì)胞。適合的哺乳動物細(xì)胞包括任何正常的非永生、或正常的或異常的永生動物或人類細(xì)胞，包括由SV40 (C0S-7，ATCC CRL 1651)轉(zhuǎn)化的猴腎CVl 系；人胚腎系(293) (Graham 等人，普通病毒學(xué)雜志(J. Gen. Virol )，36:59 (1977));幼倉鼠腎細(xì)胞(baby hamster kidney cell) (BHK, ATCC CCL 10);中國倉鼠卵巢(CHO),例如 DG44、DUKX-VlU GS-CHO (ATCC CCL 61、CRL 9096、CRL 1793 以及 CRL 9618)；小鼠睪丸支持細(xì)胞(TM4，Mather,繁殖生物學(xué)(Biol. R印rod. ) 23:243251 (1980));猴腎細(xì)胞(CV1ATCCCCL 70);非洲綠猴腎細(xì)胞(VER0-76，ATCC CRL 1587);人宮頸癌細(xì)胞(HeLa，ATCC CCL 2);布法羅大鼠肝細(xì)胞(BRL 3A, ATCCCRL 1442);人肺細(xì)胞(W138，ATCCCCL 75);人肝細(xì)胞(!fep G2, HB 8065);小鼠黑色素瘤細(xì)胞(NSO);小鼠乳腺腫瘤(MMT060562，ATCC CCL51)、TRI 細(xì)胞(Mather 等人，紐約科學(xué)院年刊(Annals N. Y. Acad. Sci.)383:4446(1982));犬腎細(xì)胞(MDCK) (ATCC CCL 34&CRL 6253),HEK 293 (ATCC CRL 1573)、WI-38 細(xì)胞(ATCC CCL75) (ATCC:美國典型培養(yǎng)物保藏中心(American Type CultureCollection)，Rockville, Md. )、MCF-7 細(xì)胞、MDA-MB-438 細(xì)胞、U87 細(xì)胞、A127 細(xì)胞、HL60細(xì)胞、A549細(xì)胞、SPlO細(xì)胞、DOX細(xì)胞、SHSY5Y細(xì)胞、Jurkat細(xì)胞、BCP-I細(xì)胞、GH3細(xì)胞、9L細(xì)胞、MC3T3細(xì)胞、C3H-10T1/2細(xì)胞、NIH-3T3細(xì)胞、C6/36細(xì)胞、人成淋巴細(xì)胞細(xì)胞系(例如，GEX)以及PER.C6r'細(xì)胞。在 Winnacker 的從基因到克隆(FROM GENES TO CLONES) (VCH出版社，紐約州紐約市，1987)中總體上論述了使用哺乳動物組織細(xì)胞培養(yǎng)來表達(dá)多肽。示例性植物細(xì)胞包括(例如)擬南芥、油菜籽、玉米、小麥、水稻、煙草等(Staub等人的 2000 年的《自然生物技術(shù)》(Nature Biotechnology) I (3) : 333-338 以及 McGarvey, P.B.等人的 1995 年的《生物技術(shù)》(Bio-Technology) 13 (13) :1484-1487 ；Bardor, Μ.等人的1999年的《植物科學(xué)發(fā)展趨勢》(Trends in Plant Science)4(9) :376-380)。示例性昆蟲細(xì)胞包括(例如)草地貪夜蛾Sf9、Sf21、粉紋夜蛾(Trichoplusia ni)等。示例性細(xì)菌細(xì)胞包括大腸桿菌。還可以選擇各種酵母和真菌如畢赤酵母、甲醇畢赤酵母、多形漢遜酵母以及釀酒酵母?！づ囵B(yǎng)某和加工在此所描述的這些方法可以包括確定和/或選擇導(dǎo)致一種所希望的糖結(jié)構(gòu)的產(chǎn)生的培養(yǎng)基組分或培養(yǎng)條件。可以確定的培養(yǎng)參數(shù)包括培養(yǎng)基組分、pH、補(bǔ)料條件、重量克分子滲透壓濃度、二氧化碳水平、攪拌速率、溫度、細(xì)胞密度、接種密度、計(jì)時(shí)、以及鼓泡速率(sparge rate)。生產(chǎn)參數(shù)方面的變化，像細(xì)胞培養(yǎng)的攪拌速度、細(xì)胞培養(yǎng)所處的溫度、培養(yǎng)基中的組分、培養(yǎng)開始和停止時(shí)的時(shí)間、營養(yǎng)物供給的計(jì)時(shí)方面的變化(能夠?qū)е滤a(chǎn)生的糖蛋白產(chǎn)物的一種聚糖特性的變化)。因此，在此描述的方法可以包括以下各項(xiàng)的一種或多種增加或降低攪拌細(xì)胞的速度、增加或降低細(xì)胞培養(yǎng)所處的溫度、加入或去除培養(yǎng)基組分、以及改變培養(yǎng)開始和/或停止時(shí)的時(shí)間。如在此所使用的，對一種生產(chǎn)參數(shù)或其一種組合進(jìn)行順序選擇表示選擇一個(gè)第一參數(shù)(或組合)，然后選擇一個(gè)第二參數(shù)(或組合)，例如，基于通過選擇該第一生產(chǎn)參數(shù)所施加的一種約束。培養(yǎng)基在此描述的這些方法可以包括確定和/或選擇一種培養(yǎng)基組分和/或一種培養(yǎng)基組分的濃度，它與一種所希望的糖結(jié)構(gòu)呈正相關(guān)。取決于培養(yǎng)條件，可以在糖蛋白產(chǎn)生過程中或當(dāng)在培養(yǎng)基中存在變化時(shí)添加或給予一種培養(yǎng)基組分。培養(yǎng)基組分包括直接添加至培養(yǎng)中的組分以及成為細(xì)胞培養(yǎng)的副產(chǎn)物的組分。培養(yǎng)基組分包括，例如緩沖劑、氨基酸含量、維生素含量、鹽含量、礦物質(zhì)含量、血清含量、碳源含量、脂質(zhì)含量、核酸含量、激素含量、微量元素含量、氨含量、輔因子含量、指示劑含量、小分子含量、水解產(chǎn)物含量、以及酶調(diào)節(jié)劑的含量。牛理化學(xué)參數(shù)在此描述的方法可以包括選擇與一個(gè)所希望的糖結(jié)構(gòu)相關(guān)聯(lián)的培養(yǎng)條件。這樣的條件可以包括溫度、pH、重量克分子滲透壓濃度、剪力或攪拌速率、氧化作用、鼓泡速率(spurge rate)、生長容器、切向流動、D0、C02、氮、分批補(bǔ)料、氧化還原作用、細(xì)胞密度以及補(bǔ)料策略。表2中提供了可以選擇的生理化學(xué)參數(shù)的實(shí)例。
W2
溫度DOpHCO2
重量克分子滲透壓濃度氮
剪力或攪拌速率分批補(bǔ)料
氧化作用氧化還原作用
起泡速率細(xì)胞密度
生長容器灌注培養(yǎng)
切向流補(bǔ)料策略
分批例如，這種生產(chǎn)參數(shù)可以是在酸性、中性或堿性的pH條件下培養(yǎng)細(xì)胞。溫度可以選自從10° C至42° C。例如，大約28° C至36° C的溫度不顯著性地改變由在這些溫度下所培養(yǎng)的細(xì)胞(例如，一種CHO細(xì)胞，例如，一種dhfr不足的CHO細(xì)胞)所產(chǎn)生的糖蛋白的半乳糖基化作用、巖藻糖基化作用、高甘露糖的產(chǎn)生、混合物的產(chǎn)生、或唾液酸化作用。另夕卜，減緩一種細(xì)胞的生長速率的任何方法也可能具有這種效應(yīng)。因此，當(dāng)不希望具有改變糖合成的這一生產(chǎn)參數(shù)時(shí)，可以選擇減緩生長速率的這個(gè)范圍或方法中的溫度。在其他實(shí)施方案中，可以選擇導(dǎo)致一個(gè)或多個(gè)所希望的聚糖特征的二氧化碳水平。CO2 水平可以是(例如)大約 5%、6%、7%、8%、9%、10%、11%、13%、15%、17%、20%、23% 以及 25%(和它們之間的范圍)。在一個(gè)實(shí)施方案中，當(dāng)希望降低藻糖基化作用時(shí)，可以在大約11%至25% (例如，大約15%)的CO2水平下培養(yǎng)細(xì)胞。CO2水平可以是人工來調(diào)節(jié)或者可以是一種細(xì)胞副產(chǎn)物。很多燒瓶、玻璃瓶(bottles)、反應(yīng)器以及控制器允許細(xì)胞培養(yǎng)系統(tǒng)的生產(chǎn)和按比例放大?？梢灾辽俨糠值鼗谂c一種或多種所希望的聚糖特性的關(guān)聯(lián)來選擇系統(tǒng)。例如，細(xì)胞可以作為分批的、補(bǔ)料分批的、灌注的、或連續(xù)的培養(yǎng)物而生長?？梢赃x擇的生產(chǎn)參數(shù)包括，例如添加或去除培養(yǎng)基(包括何時(shí)(在培養(yǎng)時(shí)間過程中的早期、中期、或晚期)對培養(yǎng)基進(jìn)行收獲，以及收獲培養(yǎng)基的頻率如何);增加或降低攪拌細(xì)胞培養(yǎng)物的速度；增加或降低培養(yǎng)細(xì)胞所處的溫度；添加或去除培養(yǎng)基，使得培養(yǎng)基密度得以調(diào)節(jié)；選擇細(xì)胞培養(yǎng)開始或停止的時(shí)間；以及選擇改變細(xì)胞培養(yǎng)參數(shù)所處的時(shí)間?？梢詫@樣的參數(shù)進(jìn)行選擇以用于分批、補(bǔ)料分批、灌注、以及連續(xù)培養(yǎng)條件中的任何一種。糖蛋白主題糖蛋白包括天然發(fā)生和非天然發(fā)生的糖蛋白。代表性的糖蛋白包括抗體，例如，IgG抗體、IgM抗體、人源性抗體、人源化抗體、移植抗體和嵌合抗體以及它們的片段；融合蛋白，例如，包括人源性(或其他)抗體域(例如，F(xiàn)e或恒定區(qū)域)的融合體；生長因子；激素；干擾素；細(xì)胞因子；細(xì)胞因子受體；可溶性血液組分，例如白蛋白、凝血因子、血細(xì)胞生成因子；酶；以及由表3中所列出的蛋白質(zhì)代表的任何種類的蛋白質(zhì)。還包括在此描述的任何糖蛋白或任何類別的糖蛋白的可溶性或活性片段。可以由在此描述的方法制造的示例性糖蛋白包括在表3中的那些。表3.
權(quán)利要求
1.一種制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)獲得用于產(chǎn)生所述糖蛋白的一個(gè)細(xì)胞群體的個(gè)性特征，其中該個(gè)性特征是通過以下各項(xiàng)獲得或確定的 (i)針對一個(gè)第一細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為一種聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的一個(gè)函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)不同基因的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或它們的組合的表達(dá)水平，由此為所述第一細(xì)胞群體提供一組值； ( )針對一個(gè)第二細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為一種聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的一個(gè)函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)不同基因的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分或它們的組合的表達(dá)水平，由此為所述第二細(xì)胞群體提供一組值； (iii)將針對一種選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)值與針對所述第一細(xì)胞群體的該組值和針對所述第二細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較；并且 (iv)響應(yīng)于所述比較而選擇所述第一或第二細(xì)胞群體；并且 (b)培養(yǎng)所述選擇的細(xì)胞群體，從而制造具有所述選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的所述糖蛋白。
2.如權(quán)利要求I所述的方法，進(jìn)一步包括從該培養(yǎng)中分離所述糖蛋白。
3.如權(quán)利要求2所述的方法，進(jìn)一步包括純化所述糖蛋白。
4.如權(quán)利要求I所述的方法，進(jìn)一步包括 (i)針對多個(gè)細(xì)胞群體中的每個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況(一個(gè)概況)，其中一個(gè)答案表示為一種聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物，所述獲得的概況形成多個(gè)不同的概況； ( )獲得一種選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的個(gè)性特征； (iii)將所獲得的概況與在(ii)中所獲得的該個(gè)性特征進(jìn)行比較； (iv)當(dāng)所獲得的概況包括在(ii)中所獲得的該個(gè)性特征時(shí)，選擇該多個(gè)細(xì)胞群體中的一個(gè)以便制造具有該選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的所述糖蛋白。
5.如權(quán)利要求I所述的方法，進(jìn)一步包括將編碼所述糖蛋白的全部或部分的一種核酸弓I入所述鑒定的細(xì)胞群體之中。
6.一種制造具有選擇的聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)獲得用于產(chǎn)生所述糖蛋白的一個(gè)CHO細(xì)胞群體的個(gè)性特征，其中該個(gè)性特征是通過以下各項(xiàng)獲得或確定的 (i)針對一個(gè)第一 CHO細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的一個(gè)函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)基因或代謝物的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分、聚糖補(bǔ)充物或它們的組合的表達(dá)水平，由此為所述第一 CHO細(xì)胞群體提供一組值； ( )針對一個(gè)第二 CHO細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的一個(gè)函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)基因或代謝物的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖結(jié)構(gòu)、聚糖組分、聚糖補(bǔ)充物或它們的組合的表達(dá)水平，由此為所述第二 CHO細(xì)胞群體提供一組值，其中所述第二 CHO細(xì)胞群體因一個(gè)天然獲得的或有意誘發(fā)的突變而不同于所述第一 CHO細(xì)胞群體； (iii)將針對一種選擇的聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物的一個(gè)值與針對所述第一CHO細(xì)胞群體的該組值和針對該第二 CHO細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較； (iv)響應(yīng)于所述比較而選擇所述第一或第二CHO細(xì)胞群體；并且 (b)培養(yǎng)所選擇的CHO細(xì)胞群體，從而制造具有該選擇的聚糖組分或聚糖補(bǔ)充物的所述糖蛋白。
7.如權(quán)利要求6所述的方法，其中該觀察值是以下各項(xiàng)中的一種或多種4，4，1，0，0的水平;4, 4，I, 1,0的水平；4，5，1,0,0的水平；4，5，I, 1,0的水平；4，5，1,2,0的水平；5，5，I, O, O 的水平；5，6，I, O, O 的水平；5，6，I, I, O 的水平；5，6，I, 2，O 的水平；5，6，I, 3，O的水平；6，6，I, 1,0的水平；6，6，1,2,0的水平；6，7，I, 1,0的水平；6，7，1,2,0的水平；6，7，I, 3，O的水平；6，7，I, 4，O的水平；糖基轉(zhuǎn)移酶的表達(dá)水平；在聚糖生物合成中涉及的基因的表達(dá)水平；代謝物的水平；UMP的水平；GTP的水平；UDP-Gal的水平；GDP_Fuc的水平。
8.如權(quán)利要求I所述的方法，其中獲得了針對包括CHOKl細(xì)胞系、CHO S細(xì)胞系、DG44細(xì)胞系以及DHFR(-)細(xì)胞系的多個(gè)CHO細(xì)胞群體的一組值。
9.一種從來自一個(gè)細(xì)胞群體的多個(gè)分離物提供或選擇一個(gè)細(xì)胞群體以用于制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)獲得一種選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的個(gè)性特征； (b)獲得一個(gè)評估，即所述細(xì)胞群體的所述多個(gè)分離物各自產(chǎn)生所述聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的能力，并且 (C)從所述多個(gè)分離物中選擇一個(gè)分離物，從而從一個(gè)細(xì)胞群體提供一個(gè)分離物以用于制造具有選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一種糖蛋白。
10.一種監(jiān)控用于制造具有選擇的翻譯后修飾的糖蛋白的產(chǎn)生過程的方法，該方法包括 (a)針對一個(gè)第一細(xì)胞群體的多個(gè)分離物或等分部分中的每一者，獲得表示為一種聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)值，該值是多個(gè)區(qū)別觀察值的一個(gè)函數(shù)，這些區(qū)別觀察值包括多個(gè)不同基因的表達(dá)水平以及多個(gè)不同的糖結(jié)構(gòu)、聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的表達(dá)水平，由此為所述第一細(xì)胞群體提供一組值； (b)鑒定一種選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分； (C)將針對該選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的一個(gè)值與針對所述第一細(xì)胞群體的該組值進(jìn)行比較；并且 (d)如果該比較顯示出針對所述第一細(xì)胞群體的該組值包括針對該選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的該值，則進(jìn)行第一選項(xiàng)，例如，繼續(xù)培養(yǎng)；而如果該比較顯示出該組值不包括針對該選擇的聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的該值，則進(jìn)行第二選項(xiàng)，例如，中止當(dāng)前的培養(yǎng)條件或在一組新的條件下進(jìn)行培養(yǎng)。
11.一種選擇用于在細(xì)胞群體中制造的糖蛋白的方法，該方法包括 (a)針對一個(gè)細(xì)胞群體，獲得包括一組答案的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況，其中一個(gè)答案表示為一種聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分并且是對于多個(gè)觀察值的一個(gè)操作產(chǎn)物； (b)獲得多個(gè)聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分的個(gè)性特征；(C)將所獲得的概況與在(b)中所獲得的這些個(gè)性特征進(jìn)行比較； (d)當(dāng)在(b)中所獲得的這些個(gè)性特征包括所獲得的概況時(shí)，選擇該多個(gè)聚糖補(bǔ)充物或聚糖組分之一以用于在所述細(xì)胞群體中產(chǎn)生；并且 (e)在所述細(xì)胞群體中制造具有所選擇的糖結(jié)構(gòu)的一種糖蛋白。
12.一種包括針對預(yù)選的細(xì)胞群體的一個(gè)細(xì)胞群體的分離物的多個(gè)記錄的數(shù)據(jù)庫，其中每個(gè)記錄包括用于所述預(yù)選的細(xì)胞類型的一個(gè)獨(dú)特的分離物的一個(gè)識別符以及用于針對該分離物而言是獨(dú)特的一個(gè)細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況的一個(gè)識別符，并且其中對于該分離物而言，針對每一條目的所述細(xì)胞群體質(zhì)量屬性概況是獨(dú)特的，與多個(gè)分離物中的其他分離物相反。
全文摘要
在此提供了一種制造具有選擇的糖結(jié)構(gòu)的糖蛋白的方法。
文檔編號A61K45/00GK102917733SQ201180022322
公開日2013年2月6日 申請日期2011年4月7日 優(yōu)先權(quán)日2010年4月7日
發(fā)明者B·E·柯林斯, J·杜夫納, V·法魯丁, N·巴納戈?duì)? L·瑟尼拉坎塔皮賴, C·J·博斯克斯, G·驕陳如 申請人:動量制藥公司