在各個(gè)方面，本發(fā)明涉及治療或預(yù)防脊椎動(dòng)物中與微生物感染相關(guān)的病理的免疫療法，其包括微生物疫苗的使用。

發(fā)明背景

先天免疫系統(tǒng)和適應(yīng)性免疫系統(tǒng)在脊椎動(dòng)物中協(xié)同作用以(除了許多其它方面之外)保護(hù)其免受微生物病原性感染。可配制抗微生物疫苗以使先天性和適應(yīng)性免疫系統(tǒng)兩者參加，但是通常認(rèn)為對(duì)疫苗接種的有效應(yīng)答涉及對(duì)疫苗中存在的一種或多種免疫原的特異性適應(yīng)性應(yīng)答。這樣，可使用多價(jià)疫苗，如一些肺炎球菌疫苗，來(lái)引發(fā)對(duì)一種以上血清型的特異性適應(yīng)性應(yīng)答。已經(jīng)描述了賦予某種程度的交叉保護(hù)性免疫力的疫苗，其中對(duì)除所述免疫原外的抗原的交叉反應(yīng)性賦予了一定程度對(duì)異源微生物的保護(hù)性免疫力。

發(fā)明概述

一方面，本發(fā)明提供了用于治療脊椎動(dòng)物受試者的特征在于與微生物感染相關(guān)的病理的疾患的方法和組合物，其涉及使用源自一種病原性生物的微生物疫苗治療由異源病原性生物引起的感染。

附圖簡(jiǎn)述

圖1示出了如本文實(shí)施例1A中所述，在用肺炎克雷伯氏菌(K.pneumoniae)抗原組合物或PBS處理之后，小鼠的引流淋巴結(jié)、肺部和脾臟中炎性單核細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞的數(shù)量。

圖2示出了如本文實(shí)施例1B中所述，在用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物、大腸埃希氏桿菌(E.coli)抗原組合物或PBS處理之后，小鼠肺部、腹膜和脾臟中單核細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞的總數(shù)。

圖3示出了如本文實(shí)施例1B中所述，來(lái)自于經(jīng)肺炎克雷伯氏菌抗原組合物、大腸埃希氏桿菌抗原組合物或PBS處理的小鼠的CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞和NK細(xì)胞的總數(shù)。

圖4示出了如本文實(shí)施例1C中所述，來(lái)自于經(jīng)熱滅活肺炎克雷伯氏菌抗原組合物、苯酚滅活肺炎克雷伯氏菌抗原組合物或PBS處理的小鼠的(A)炎性單核細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞及(B)CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞和NK細(xì)胞的總數(shù)。

圖5示出了從經(jīng)肺炎克雷伯氏菌或大腸埃希氏桿菌抗原組合物或經(jīng)PBS對(duì)照處理的小鼠的結(jié)腸檢測(cè)到的CD11b+Gr-1+細(xì)胞的相對(duì)頻率。

圖6示出了從經(jīng)肺炎克雷伯氏菌或大腸埃希氏桿菌抗原組合物或經(jīng)PBS對(duì)照處理的小鼠的肺部檢測(cè)到的CD11b+Gr-1+細(xì)胞的相對(duì)頻率。

圖7說(shuō)明了如實(shí)施例3中所討論的微生物預(yù)防，其中用包含全殺滅肺炎克雷伯氏菌細(xì)胞的組合物處理提供針對(duì)受肺炎鏈球菌(S.pneumoniae)的后續(xù)攻擊的保護(hù)性免疫力。圖7A是攻擊5天后的存活曲線。圖7B說(shuō)明了在洗鼻液、肺部和脾臟勻漿中量化的肺炎鏈球菌。計(jì)數(shù)脾臟組織切片的十個(gè)相鄰高倍視野中(400X放大倍數(shù))的巨核細(xì)胞。通過(guò)雙尾曼-惠特尼檢驗(yàn)(two-tailed Mann-Whitney test)測(cè)定統(tǒng)計(jì)顯著性。

圖8說(shuō)明如實(shí)施例4中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法，其中用包含全殺滅大腸埃希氏桿菌細(xì)胞的組合物處理在改善由粘附性侵襲性大腸埃希氏桿菌的異源菌株引起的感染上有效。

圖9說(shuō)明如實(shí)施例3中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法，其中用包含全殺滅肺炎克雷伯氏菌細(xì)胞的組合物處理在改善由銅綠假單胞菌(Pseudomonas aeruginosa)(PA14)引起的肺部感染上有效。

圖10說(shuō)明如實(shí)施例3中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法，其中用包含全殺滅肺炎克雷伯氏菌細(xì)胞的組合物處理在改善由肺炎鏈球菌(P1542)引起的肺部感染上有效。

圖11說(shuō)明如實(shí)施例5中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法，其中用包含全殺滅大腸埃希氏桿菌細(xì)胞的組合物處理在改善由腸道沙門(mén)氏菌(S.enterica)引起的腹膜感染上有效。

圖12說(shuō)明如實(shí)施例5中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法，其中將用包含全殺滅大腸埃希氏桿菌細(xì)胞替代性菌株的兩種不同組合物處理的效率與用抗原性腸道沙門(mén)氏菌組合物處理在改善由腸道沙門(mén)氏菌引起的腹膜感染上的效率做比較。

圖13是說(shuō)明如實(shí)施例6中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法的柱狀圖，其中示出了金黃色葡萄球菌(S.aureus)來(lái)源的SSI(QBSAU)針對(duì)皮膚中銅綠假單胞菌攻擊的效率，在QBSAU預(yù)處理之后銅綠假單胞菌細(xì)菌計(jì)數(shù)明顯減少。

圖14是說(shuō)明如實(shí)施例6中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法的柱狀圖，重復(fù)并且確認(rèn)了圖13所示的數(shù)據(jù)，其中示出了金黃色葡萄球菌來(lái)源的SSI(QBSAU)針對(duì)皮膚中銅綠假單胞菌攻擊的效率，在QBSAU預(yù)處理之后銅綠假單胞菌細(xì)菌計(jì)數(shù)明顯減少。

圖15是說(shuō)明如實(shí)施例3c中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法的柱狀圖，說(shuō)明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)與大腸埃希氏桿菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的銅綠假單胞菌攻擊上，展示出統(tǒng)計(jì)上優(yōu)良的預(yù)防功效。

圖16是說(shuō)明如實(shí)施例3c中所討論的，小鼠模型中的異源抗微生物療法的柱狀圖，說(shuō)明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)與大腸埃希氏桿菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的肺炎鏈球菌攻擊上，展示出統(tǒng)計(jì)上優(yōu)良的預(yù)防功效。

圖17是兩張示出肺部感染老齡小鼠模型中的靶向異源抗微生物療法的圖表，顯示肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)防御老齡小鼠肺部中的肺炎鏈球菌攻擊。對(duì)于老齡小鼠的存活益處，圖17B，比對(duì)幼齡小鼠，圖17A，更為顯著。

圖18是說(shuō)明在用肺炎鏈球菌攻擊之后，QBKPN SSI減少老齡小鼠的體重減輕，并且這種益處相比于幼齡小鼠對(duì)于老齡小鼠而言更大的圖表。

圖19說(shuō)明腹膜腔內(nèi)的抗微生物預(yù)防，圖表說(shuō)明正如通過(guò)脾臟中的細(xì)菌負(fù)荷所測(cè)量，QBECO和QBKPN SSI兩者是保護(hù)性的，用QBECO材料堆處理的小鼠中的計(jì)數(shù)顯著低于用QBKPN處理的小鼠(數(shù)據(jù)為CFU/ml(平均值+/-標(biāo)準(zhǔn)偏差)。

發(fā)明詳述

在各個(gè)方面，本發(fā)明涉及驚人的發(fā)現(xiàn)，施用包括在特定組織或器官中為病原性的微生物病原體的抗原決定簇的制劑，在治療該特定組織或器官中與異源微生物感染相關(guān)的病理中有效。本發(fā)明的組合物可以例如在遠(yuǎn)離感染位點(diǎn)的位點(diǎn)施用。因此，本發(fā)明提供了源自這些微生物病原體，包括全殺滅細(xì)菌、病毒或真菌物種或其組合，用于治療性或預(yù)防性治療異源微生物感染的抗原組合物，及使用抗原組合物的方法。如下面更詳細(xì)地描述，該組合物可例如源自?xún)?nèi)源性病原體或外源性病原體。

可以產(chǎn)生本發(fā)明的抗原組合物，其包括共同對(duì)微生物病原體有特異性或?yàn)槠渌赜械目乖瓫Q定簇。在這種情況下，用“特異性”意指如果要按具有該效果的適當(dāng)方式施用抗原決定簇，則抗原決定簇充分地為可用于提高針對(duì)患者體內(nèi)病原體的免疫應(yīng)答，如適應(yīng)性免疫應(yīng)答的病原體所特有的。將認(rèn)識(shí)到，抗原決定簇不需要具有如此特異性，以致其僅為病原體的一個(gè)特定菌株或物種所特有，因?yàn)榧词贯槍?duì)特定病原體的特異性免疫應(yīng)答可以與異源感染所處的組織或器官中也為天然病原性的其它近緣生物交叉反應(yīng)并且為靶標(biāo)配制或選擇抗原組合物。

“細(xì)胞”是活生物體的基本結(jié)構(gòu)和功能單位。在高等生物，例如動(dòng)物中，具有類(lèi)似結(jié)構(gòu)和功能的細(xì)胞通常聚集成執(zhí)行特定功能的“組織”。因此，組織包括類(lèi)似細(xì)胞的集合和周?chē)?xì)胞間質(zhì)，例如上皮組織、結(jié)締組織、肌肉、神經(jīng)?！捌鞴佟笔歉叩壬镏型耆只慕Y(jié)構(gòu)和功能單元，其可由不同類(lèi)型的組織組成并特化用于某種特定功能，例如腎臟、心臟、腦部、肝臟等。因此，在本文中用“特定器官、組織或細(xì)胞”意為包括任何特定器官，并且包括該器官中發(fā)現(xiàn)的細(xì)胞和組織。

“病原性”試劑是已知在自然界中會(huì)在宿主中引起感染的試劑，如細(xì)菌或病毒，并且在這個(gè)意義上，“病原性”在本發(fā)明的上下文中用于意指“天然病原性”。雖然各種各樣的微生物在人工條件下能夠引起感染，如微生物人工接種到組織，但是自然引起感染的微生物范圍必定是有限的，并且通過(guò)醫(yī)療實(shí)踐確立。

“感染”是身體或其一部分受病原性試劑(例如，微生物，如細(xì)菌)侵襲的狀態(tài)或狀況，病原性試劑在有利條件下，繁殖并且產(chǎn)生有害作用(Taber’s Cyclopedic Medical Dictionary，第14版，C.L.Thomas，編，F(xiàn).A.Davis Company，PA，USA)。感染在臨床上可能并非總是明顯的并且可導(dǎo)致僅局部的細(xì)胞損傷。如果身體的防御機(jī)制有效，則感染可保持為亞臨床和暫時(shí)性的。感染可局部蔓延而變成與急性、亞急性或慢性臨床感染或疾病狀態(tài)一樣在臨床上明顯。當(dāng)病原性試劑進(jìn)入淋巴或血管系統(tǒng)時(shí)，局部感染也可變成全身性的。感染通常伴有炎癥，但無(wú)感染，可能發(fā)生炎癥。

“炎癥”是對(duì)損傷的特征組織反應(yīng)(以腫脹、發(fā)紅、發(fā)熱和疼痛為標(biāo)志)，并且包括活組織中在其受損傷時(shí)發(fā)生的連續(xù)變化。感染和炎癥是不同的疾患，雖然一種可由另一種引起(Taber’s Cyclopedic Medical Dictionary，同上)。因此，無(wú)感染可發(fā)生炎癥并且無(wú)炎癥可發(fā)生感染(雖然炎癥通常是由病原細(xì)菌或病毒感染而引起)。炎癥的特征在于以下癥狀：發(fā)紅(潮紅)、發(fā)熱(灼熱)、腫脹(感染)、疼痛(悲痛)。皮膚上的局部可見(jiàn)炎癥可從這些癥狀的組合，特別是施用位點(diǎn)發(fā)紅顯而易見(jiàn)。

可根據(jù)本發(fā)明的替代性方面治療各個(gè)受試者。如本文中所用，“受試者”是可向其施用本發(fā)明的特定病原細(xì)菌、細(xì)菌抗原、病毒、病毒抗原或其組合的動(dòng)物，例如脊椎動(dòng)物如哺乳動(dòng)物。因此，受試者可為遭受微生物感染，或懷疑有微生物感染，或處于發(fā)展微生物感染風(fēng)險(xiǎn)的患者，例如人。受試者也可為實(shí)驗(yàn)動(dòng)物，例如動(dòng)物感染模型。在一些實(shí)施方案中，術(shù)語(yǔ)“受試者”和“患者”可互換使用，并且可包括人、非人類(lèi)哺乳動(dòng)物、非人靈長(zhǎng)類(lèi)動(dòng)物、大鼠、小鼠、狗等。健康受試者可以是未遭受感染或未懷疑有感染，或未患慢性病癥或疾患的人?！敖】凳茉囌摺币部梢允遣⒎敲庖呤軗p的受試者。用“免疫受損”或“免疫抑制”意指免疫系統(tǒng)以異常或不完全的方式起作用的任何情況，例如其中宿主是由于免疫系統(tǒng)受損或削弱而不能對(duì)感染正常應(yīng)答的患者。免疫受損或免疫抑制可能是由于疾病、某種藥劑(如用于癌癥治療的化療劑)或出生時(shí)存在的疾患。在嬰兒、老年人和經(jīng)歷廣泛藥物或放射療法的個(gè)體中可更常發(fā)現(xiàn)免疫受損的受試者。因此，本發(fā)明的方方面面涉及對(duì)小兒和老年患者或處于院內(nèi)感染風(fēng)險(xiǎn)的患者的治療。特定患者群體例如可包括由于HIV感染或AIDS、癌癥、實(shí)體器官移植、干細(xì)胞移植、鐮狀細(xì)胞病或無(wú)脾、先天性免疫缺陷、慢性炎性疾患、耳蝸植入或腦脊液漏引起免疫系統(tǒng)受損的患者。

“免疫應(yīng)答”包括但不限于哺乳動(dòng)物中的下列一種或多種應(yīng)答：在施用所述組合物之后，誘導(dǎo)或活化抗體、嗜中性粒細(xì)胞、單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞(包括如本文所述的M1型巨噬細(xì)胞和M2型巨噬細(xì)胞)、B細(xì)胞、T細(xì)胞(包括輔助T細(xì)胞、自然殺滅細(xì)胞、細(xì)胞毒性T細(xì)胞、γδT細(xì)胞)，例如通過(guò)抗原組合物中的抗原誘導(dǎo)或活化。因此對(duì)組合物的免疫應(yīng)答通常包括在宿主動(dòng)物中發(fā)展細(xì)胞和/或抗體介導(dǎo)的對(duì)目標(biāo)組合物的應(yīng)答。在一些實(shí)施方案中，免疫應(yīng)答使得還會(huì)導(dǎo)致減緩或終止動(dòng)物中感染的進(jìn)展。免疫應(yīng)答包括先天和適應(yīng)性免疫系統(tǒng)兩者的細(xì)胞免疫應(yīng)答和體液免疫應(yīng)答。

在選定的實(shí)施方案中，本發(fā)明的方法可涉及確定個(gè)體是否先前已感染了在特定器官或組織中為病原性的病原體；并且向個(gè)體施用包含經(jīng)選擇或配制，使其共同對(duì)至少一種病原體有特異性的抗原決定簇的治療組合物。

另一方面，本發(fā)明提供了配制本發(fā)明的用于治療個(gè)體特定器官或組織中特征在于微生物疾病或感染的疾患的組合物的方法。所述方法可涉及確定個(gè)體是否先前已感染了在特定器官或組織中為病原性的至少一種病原體；生產(chǎn)包含共同對(duì)所述至少一種病原體有特異性的抗原決定簇的抗原組合物；并且配制抗原組合物用于作為能夠在特定器官或組織中引起對(duì)異源微生物的免疫或抗微生物應(yīng)答的治療性或抗微生物組合物施用。

本文詳述的確定受試者是否先前已暴露于病原體的方法可涉及鑒定至少一種識(shí)別病原體的抗體的存在。所述方法也可以或可選地涉及鑒定至少一種識(shí)別病原體的記憶B細(xì)胞。所述方法也可以或可選地涉及鑒定至少一種識(shí)別病原體的記憶T細(xì)胞。所述方法例如可涉及從外周循環(huán)或從個(gè)體的靶向特定器官或組織獲得抗體、記憶B細(xì)胞或記憶T細(xì)胞。

另一方面，本發(fā)明提供了預(yù)防性治療個(gè)體特定器官或組織中的感染的方法，其涉及施用感染性微生物以在該器官或組織中引起強(qiáng)化感染。所述方法例如可涉及向個(gè)體施用感染劑量的在特定器官或組織中為病原性的至少一種病原體，如減毒病原體；并且向個(gè)體施用包含抗原決定簇的抗微生物組合物，所述抗原決定簇經(jīng)選擇或配制使其共同對(duì)所述至少一種病原體有特異性，如包含全殺滅病原體的組合物，以便治療或預(yù)防受異源微生物的感染。所述方法可涉及同時(shí)進(jìn)行的這兩個(gè)施用步驟。所述方法可涉及在第一步之后1小時(shí)至30天之間進(jìn)行的第二步。

本發(fā)明的組合物例如可配制或用于在遠(yuǎn)離靶向治療的特定器官或組織的位點(diǎn)，例如通過(guò)皮下注射或皮內(nèi)注射施用。組合物例如可配制用于重復(fù)施用，例如通過(guò)皮下或皮內(nèi)注射。在選定的實(shí)施方案中，可配制或使用本發(fā)明的組合物以便在施用位點(diǎn)，例如在皮膚注射位點(diǎn)產(chǎn)生局部免疫應(yīng)答。

在選定的實(shí)施方案中，可基于靶向治療的特定器官或組織內(nèi)源性的病原體選擇病原體用于本發(fā)明的方法和組合物中。可選地，該病原體可為特定器官或組織外源性的。該病原體可配制成減毒或殺滅病原體，例如以提供全減毒或殺滅病原體的抗原組合物。例如，該病原體可為細(xì)菌、病毒、原生動(dòng)物、真菌或寄生蟲(chóng)。

另一方面，提供了一種配制用于治療特定器官或組織中特征在于感染的疾患的抗微生物組合物的方法。所述方法可涉及選擇在特定器官或組織中為病原性的至少一種病原體；生產(chǎn)包含共同對(duì)該病原體有特異性的抗原決定簇的抗原組合物；并且配制抗原組合物用于作為能夠在特定器官或組織中引起對(duì)異源微生物的抗微生物應(yīng)答的抗微生物組合物施用。

所述方法還可涉及在生產(chǎn)抗原組合物之前，鑒定其中感染有癥狀的特定器官或組織的診斷步驟。

任選地，抗原組合物可配制用于皮下注射或皮內(nèi)注射。任選地，抗原組合物可配制用于注射以在施用位點(diǎn)產(chǎn)生局部皮膚免疫應(yīng)答。任選地，提供本文詳述的方法，以便在確定特定組織或器官時(shí)，從本文描述的一組特定病原體中選擇病原體。一方面，所述病原體是為內(nèi)源性生物的病原體，其是所討論的組織或器官中感染的自然原因。任選地，所述病原體是為所討論的組織或器官中感染的自然原因的外源性生物，并且可包括，例如細(xì)菌、病毒、寄生蟲(chóng)或真菌。

任選地，抗原組合物可配制用于重復(fù)的皮下或皮內(nèi)施用。任選地，抗原組合物可配制用于通過(guò)非腸道途徑施用。任選地，本文詳述的病原體為細(xì)菌、病毒、原生動(dòng)物、真菌或寄生蟲(chóng)。進(jìn)一步地，所述方法可涉及將病原體殺滅或減毒以將抗原組合物配制成全殺滅或減毒病原體組合物。所述病原體是一個(gè)內(nèi)源性菌群物種的成員，其是特定器官或組織中感染的自然原因。所述病原體可為外源性物種，其是特定器官或組織中感染的自然原因。

另一方面，提供了一種治療個(gè)體特定器官或組織中特征在于感染的疾患或與微生物感染相關(guān)的病理的方法。所述方法涉及向個(gè)體施用包含抗原決定簇的抗微生物組合物。選擇或配制抗原決定簇，使其共同對(duì)在特定器官或組織中為病原性的至少一種病原體有特異性。任選地，抗微生物組合物可在施用位點(diǎn)呈以介于一小時(shí)和一個(gè)月之間的劑量間隔給予的連續(xù)劑量，在至少兩周的劑量持續(xù)時(shí)間內(nèi)施用。進(jìn)一步，但不限于，給藥可包括在例如，1、2、3、4、5或6天到1、2、3、4、5或6周的時(shí)期內(nèi)，兩個(gè)或更多個(gè)劑量(或10個(gè)或更多，或100個(gè)或更多)。

另一方面，公開(kāi)了抗微生物組合物用于治療個(gè)體特定器官或組織中特征在于炎癥的疾患的用途?？刮⑸锝M合物例如可含有選擇或配制，使其共同對(duì)在特定器官或組織中為病原性的至少一種微生物病原體有特異性的抗原決定簇。

另一方面，公開(kāi)了抗微生物組合物用于配制用于治療個(gè)體特定器官或組織中特征在于感染相關(guān)的病理的疾患的藥劑的用途?？刮⑸锝M合物例如可含有選擇或配制，使其共同對(duì)在特定器官或組織中為病原性的至少一種微生物病原體有特異性的抗原決定簇。

一方面，提供了一種比較免疫應(yīng)答的方法。所述方法涉及向具有器官或組織的動(dòng)物施用具有抗原組合物的藥劑，該抗原組合物具有經(jīng)選擇或配制的抗原決定簇，使得抗原決定簇共同對(duì)在所述器官或組織中為病原性的至少一種微生物病原體有特異性，從所述器官或組織提取可量化免疫樣品，藥劑施用之后在可量化免疫樣品中測(cè)量所述器官或組織中的免疫應(yīng)答特征，并且，將可量化免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征與得自相應(yīng)器官或組織的參考免疫樣品中的相應(yīng)免疫應(yīng)答特征做比較。任選地，參考免疫樣品可在施用藥劑的步驟之前從動(dòng)物體內(nèi)的相應(yīng)器官或組織獲得。任選地，參考免疫樣品可從第二動(dòng)物體內(nèi)的相應(yīng)器官或組織獲得。任選地，該動(dòng)物可具有處于所述器官或組織中的感染。

比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞數(shù)量的指示：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。如本文所詳述，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生細(xì)胞因子。任選地，巨噬細(xì)胞由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生差異基因表達(dá)。任選地，巨噬細(xì)胞由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，藥劑可在施用位點(diǎn)呈以介于一小時(shí)和一個(gè)月之間的劑量間隔給予的連續(xù)劑量，在至少一周的劑量持續(xù)時(shí)間內(nèi)施用。任選地，藥劑可以皮內(nèi)或皮下施用?？蛇x地，藥物可以呈一個(gè)劑量施用，使得每個(gè)劑量在施用位點(diǎn)有效地引起可見(jiàn)局部炎癥免疫應(yīng)答。任選地，可施用所述藥劑，使得在1至48小時(shí)內(nèi)在施用位點(diǎn)出現(xiàn)可見(jiàn)局部炎癥。進(jìn)一步且任選地，所述動(dòng)物可為哺乳動(dòng)物。任選地，所述動(dòng)物可為人或小鼠。

另一方面，提供了一種選擇適于治療個(gè)體特定器官或組織中的感染的治療性制劑的方法。所述方法涉及提供具有處于特定器官或組織中的感染的動(dòng)物，提供具有在健康個(gè)體的相應(yīng)特定器官或組織中為病原性的微生物病原體的一個(gè)或多個(gè)抗原決定簇的試驗(yàn)制劑，測(cè)量得自動(dòng)物器官或組織的參考免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，向該動(dòng)物施用試驗(yàn)制劑，測(cè)量得自該動(dòng)物相應(yīng)器官或組織的可量化免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，比較參考和可量化免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，并且處理可量化免疫樣品中相比于參考免疫樣品增強(qiáng)的免疫應(yīng)答特征，作為試驗(yàn)制劑用作治療性制劑的適合性的指示。任選地，在已獲得可量化免疫樣品之前處死動(dòng)物。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞數(shù)量的指示：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生細(xì)胞因子。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可產(chǎn)生差異基因表達(dá)。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

另一方面，提供了一種使免疫應(yīng)答選擇性靶向人類(lèi)受試者的受感染組織或器官的方法。所述方法涉及向受試者施用具有有效量的微生物病原體抗原組合物的藥劑，其中所述微生物病原體在受試者的特定器官或組織中可為病原性，在所述受試者中存在由異源微生物引起的感染，并且所述抗原組合物包含共同對(duì)微生物病原體有特異性的抗原決定簇。任選地，所述抗原組合物可包括全殺滅細(xì)菌細(xì)胞組合物。任選地，可按有效上調(diào)存在由異源微生物引起的感染的受試者的器官或組織中的抗微生物免疫應(yīng)答的量和時(shí)間施用所述藥劑。任選地，所述方法還可涉及測(cè)量免疫應(yīng)答的特征。所述方法還包括通過(guò)免疫保護(hù)性疫苗接種對(duì)感染的預(yù)防性治療。

另一方面，提供了一種治療人類(lèi)受試者的處于組織或器官中的感染或與微生物感染相關(guān)的病理的方法。所述方法涉及向受試者施用具有有效量的包含微生物病原體的抗原組合物，如全殺滅細(xì)菌細(xì)胞或病毒組合物的藥劑，其中所述微生物病原體在異源微生物感染所處的或要預(yù)防未來(lái)感染的受試者的特定器官或組織中為病原性?？砂从行д{(diào)節(jié)靶器官或組織中的免疫應(yīng)答的量和時(shí)間向受試者施用所述藥劑。這樣，本發(fā)明提供了在靶器官或組織中引起免疫應(yīng)答的位點(diǎn)特異性免疫調(diào)節(jié)劑(SSI)。在選定的實(shí)施方案中，靶器官或組織可不同于或遠(yuǎn)離施用位點(diǎn)。任選地，免疫應(yīng)答的調(diào)節(jié)可涉及巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。任選地，免疫應(yīng)答的調(diào)節(jié)可涉及由M2型巨噬細(xì)胞應(yīng)答轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞應(yīng)答。正如本文定義那些術(shù)語(yǔ)一樣，免疫應(yīng)答的調(diào)節(jié)可涉及由M1型巨噬細(xì)胞向M2型巨噬細(xì)胞的轉(zhuǎn)變。任選但不限于，所述方法還可涉及測(cè)量免疫應(yīng)答特征。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞數(shù)量的指示：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步但不限于，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生細(xì)胞因子。巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可產(chǎn)生差異基因表達(dá)。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

另一方面，提供了一種監(jiān)測(cè)治療方案在治療特定器官或組織中的感染的個(gè)體中的功效的方法。所述方法涉及測(cè)量在個(gè)體已經(jīng)受所述治療方案一段時(shí)間之后從特定器官或組織獲得的治療后免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，其中幅度上高于預(yù)計(jì)尚未經(jīng)受該治療方案的個(gè)體所具有的免疫應(yīng)答特征的存在，表明該治療方案有效；并且該治療方案涉及施用包含在健康受試者的相應(yīng)特定器官或組織中為病原性的微生物病原體的一個(gè)或多個(gè)抗原決定簇的制劑。

本文詳述的方法還可涉及測(cè)量治療前參考樣品中的免疫應(yīng)答特征，其中治療前參考樣品是在所述治療方案開(kāi)始之前、同時(shí)或之后，但在獲得治療后免疫樣品之前獲得的，并且比較治療前和治療后樣品中的免疫應(yīng)答特征，其中與治療前參考樣品相比治療后免疫樣品中的免疫應(yīng)答幅度增加表明該治療方案有效。任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答特性可涉及測(cè)定該器官或組織的樣品中炎性單核細(xì)胞數(shù)量的指示。任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答特性可涉及測(cè)定該器官或組織的樣品中巨噬細(xì)胞數(shù)量的指示。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

如本文另一方面中所詳述，本發(fā)明還提供了配制用于治療處于哺乳動(dòng)物，如人類(lèi)患者的特定器官或組織中的感染的免疫原性組合物的方法。所述方法可包括選擇在異源微生物感染所處的哺乳動(dòng)物器官或組織中為天然病原性的至少一種微生物病原體?？梢援a(chǎn)生抗原組合物，其包括共同對(duì)微生物病原體有特異性或?yàn)槠渌赜械目乖瓫Q定簇。

診斷步驟可用于在產(chǎn)生靶向注射位點(diǎn)的抗原組合物之前，鑒定感染所處的特定器官或組織。注射位點(diǎn)可為主要位點(diǎn)，或轉(zhuǎn)移的次要位點(diǎn)。抗原組合物可具有足夠特異性，使其能夠引起哺乳動(dòng)物中對(duì)微生物病原體有特異性的免疫應(yīng)答?？乖M合物可為細(xì)菌組合物，例如源自為患者菌群內(nèi)源性的細(xì)菌物種或來(lái)自于外源性物種。在替代性實(shí)施方案中，抗原組合物可源自一種病毒或多種病毒。因此，抗原組合物源自其中的微生物病原體可為病毒。微生物病原體可殺滅。在替代性實(shí)施方案中，微生物病原體可以是活的或減毒的。本發(fā)明的免疫原性組合物也可用抗微生物方式配置或施用，如NSAID。施用位點(diǎn)可以是在遠(yuǎn)離注射位點(diǎn)的位點(diǎn)，例如在并非異源感染所處的器官或組織的器官或組織中，例如皮膚或皮下組織。

抗原組合物例如可配制用于皮下注射、皮內(nèi)注射或口服施用。在皮下或皮內(nèi)注射的實(shí)施方案中，可調(diào)節(jié)抗原組合物的給藥或配制以便在施用位點(diǎn)的皮膚中產(chǎn)生局部免疫反應(yīng)，例如在施用2-48小時(shí)之后出現(xiàn)直徑為2mm至100mm的炎癥區(qū)并且持續(xù)，例如2-72小時(shí)或更長(zhǎng)?？乖M合物可配制用于重復(fù)的皮下或皮內(nèi)施用，例如在交替連續(xù)性位點(diǎn)。

在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及治療哺乳動(dòng)處于組織或器官中的感染的方法。在替代性實(shí)施方案中，治療可先于組織中異源感染的發(fā)展，例如如果主要感染位點(diǎn)表明了感染會(huì)蔓延至特定組織或器官的可能性，則可預(yù)防性治療患者以預(yù)防或改善向該組織或器官的轉(zhuǎn)移。所述方法可包括向受試者施用有效量的抗原組合物，抗原組合物包含共同對(duì)至少一種微生物病原體有特異性的抗原決定簇。本發(fā)明的一個(gè)方面涉及使用在異源感染所處的哺乳動(dòng)物特定器官或組織中為病原性的微生物病原體?？乖M合物可以在施用位點(diǎn)，例如通過(guò)皮下或皮內(nèi)注射，呈以介于一小時(shí)和一個(gè)月之間的劑量間隔給予的連續(xù)劑量，在例如至少1周、2周、2個(gè)月、6個(gè)月、1、2、3、4或5年或更長(zhǎng)的劑量持續(xù)時(shí)間內(nèi)施用。例如可計(jì)量每個(gè)注射劑量，使其在施用位點(diǎn)有效地引起例如在注射1-48小時(shí)后出現(xiàn)的可見(jiàn)局部炎癥。

另一方面，提供了通過(guò)施用在特定器官或組織中為病原性的一種或多種微生物病原體，如細(xì)菌、病毒或真菌物種的一種或多種抗原來(lái)治療受試者中特定器官或組織的異源感染的方法。

在替代性實(shí)施方案中，病原性微生物物種可能能夠在健康受試者的特定器官或組織中自然(即，無(wú)人為干預(yù))引起感染，或者可能已經(jīng)在健康受試者的特定器官或組織中引起感染。在替代性實(shí)施方案中，可通過(guò)施用源自微生物物種的全細(xì)胞的制劑施用所述抗原。在替代性實(shí)施方案中，所述方法例如可包括施用至少兩個(gè)或更多個(gè)微生物物種，或施用至少三個(gè)或更多個(gè)微生物物種，并且微生物可為細(xì)菌或病毒。在替代性實(shí)施方案中，所述方法還可包括施用補(bǔ)充物或佐劑。本發(fā)明的一個(gè)方面涉及施用抗原組合物以便在所述受試者中引起免疫應(yīng)答。

在替代性實(shí)施方案中，抗原組合物中的微生物病原體可殺滅，并且因此可致使其為非感染性。在一些實(shí)施方案中，在遠(yuǎn)離異源感染位點(diǎn)的位點(diǎn)施用抗原組合物，并且在選定的這類(lèi)實(shí)施方案中，可實(shí)施本發(fā)明的方法，使其在異源感染位點(diǎn)不產(chǎn)生感染。

如本文所詳述，本發(fā)明的各個(gè)方面涉及治療異源感染。在這種情況下，可實(shí)施治療以便提供多種結(jié)果。例如，治療可：引起有效抑制或改善感染的增長(zhǎng)或擴(kuò)散的免疫反應(yīng)；抑制異源微生物的生長(zhǎng)或增殖；引起感染緩解；提高生活質(zhì)量；降低感染復(fù)發(fā)的風(fēng)險(xiǎn)；抑制感染蔓延；或者，提高患者群體中的患者存活率。在這種情況下，延長(zhǎng)患者或患者群體的預(yù)期壽命，意味著增加在特定診斷之后存活指定時(shí)間段的患者的數(shù)量。在一些實(shí)施方案中，療可能是尚未對(duì)其它治療響應(yīng)的患者，如對(duì)其而言化療或手術(shù)還不是有效治療的患者。替代性實(shí)施方案中的治療可以例如是在異源感染發(fā)作之前或之后。例如，可進(jìn)行預(yù)防性治療，例如被診斷為處于特定異源感染風(fēng)險(xiǎn)的患者。

細(xì)菌及細(xì)菌定植和感染

大多數(shù)動(dòng)物在某種程度上被其它生物，如細(xì)菌定植，所述生物通常與宿主動(dòng)物呈共生或共棲關(guān)系存在。因此，在健康動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)許多一般無(wú)害的細(xì)菌物種，并且通常局部化到特定器官和組織的表面。常常，這些細(xì)菌有助于身體的正常功能。例如，在人類(lèi)中，可在腸道中發(fā)現(xiàn)共生大腸埃希氏桿菌細(xì)菌，其中所述細(xì)菌促進(jìn)免疫力并且降低受毒力更強(qiáng)的病原體感染的風(fēng)險(xiǎn)。

通常無(wú)害的細(xì)菌，如大腸埃希氏桿菌可以在健康受試者中引起感染，結(jié)果范圍從輕度到重度感染至死亡。細(xì)菌是否為病原性(即，引起感染)在一定程度上取決于諸如到達(dá)特定宿主細(xì)胞、組織或器官的進(jìn)入途徑和通道；細(xì)菌的固有毒性；潛在感染位點(diǎn)存在的細(xì)菌量；或宿主動(dòng)物的健康等因素。因此，鑒于感染的有利條件，一般無(wú)害的細(xì)菌可變?yōu)椴≡裕⑶疑踔炼玖ψ顝?qiáng)的細(xì)菌也需要特定環(huán)境才能引起感染。因此，是正常菌群成員的微生物物種在超越其在內(nèi)源性菌群中的正常生態(tài)作用時(shí)可為病原體。例如，內(nèi)源性物種可以例如通過(guò)接觸性傳播在其解剖鄰近區(qū)域的生態(tài)位外引起感染。當(dāng)這種情況發(fā)生時(shí)，將這些一般無(wú)害的內(nèi)源性細(xì)菌視為病原性的。

已知特定細(xì)菌物種和病毒會(huì)在其它健康受試者的特定細(xì)胞、組織或器官中引起感染。下面列出了在身體的特定器官和組織中通常引起感染的細(xì)菌和病毒的實(shí)例；應(yīng)理解這些實(shí)例并非旨在限制并且技術(shù)人員將能夠基于例如下列出版物所呈現(xiàn)的該領(lǐng)域的知識(shí)，容易地識(shí)別和鑒定在健康成人的各個(gè)器官和組織中引起感染，或通常引起感染的感染性或病原性細(xì)菌(并且識(shí)別受每種細(xì)菌物種感染的相對(duì)頻率)：Manual of Clinical Microbiology第8版，Patrick Murray編，2003，ASM Press American Society for Microbiology，Washington DC，USA；Mandell，Douglas和Bennett，Principles and Practice of Infectious Diseases第5版，G.L.Mandell，J.E.Bennett，R.Dolin編，2000，Churchill Livingstone，Philadelphia，PA，USA，全部出版物通過(guò)引用并入本文。

皮膚感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、A、B、C或G組β溶血性鏈球菌(streptococci)、白喉棒狀桿菌(Corynebacterium diptheriae)、潰瘍棒狀桿菌(Corynebacterium ulcerans)或銅綠假單胞菌；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、水痘-帶狀皰疹、埃可病毒(echovirus)、柯薩奇病毒(coxsackievirus)、腺病毒、牛痘、單純皰疹或細(xì)小病毒B19引起。

軟組織(例如脂肪和肌肉)感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌(Streptococcus pyogenes)、金黃色葡萄球菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌(Clostridium perfringens)或其它梭狀芽胞桿菌某些種；或病毒病原體：流感或柯薩奇病毒引起。

乳房感染通常由下列細(xì)菌物種引起：金黃色葡萄球菌或釀膿鏈球菌。

頭頸部淋巴結(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌或釀膿鏈球菌；或病毒病原體：埃-巴(Epstein-Barr)、巨細(xì)胞病毒、腺病毒、麻疹、風(fēng)疹、單純皰疹、柯薩奇病毒或水痘-帶狀皰疹引起。

臂部/腋窩淋巴結(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌或釀膿鏈球菌；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、埃-巴、巨細(xì)胞病毒、腺病毒或水痘-帶狀皰疹引起。

縱隔淋巴結(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：草綠色鏈球菌(viridans streptococci)、消化球菌屬某些種(Peptococcus spp.)、消化鏈球菌屬某些種(Peptostreptococcus spp.)、擬桿菌屬某些種(Bacteroides spp.)、梭菌屬某些種(Fusobacterium spp.)或結(jié)核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis)；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、埃-巴、巨細(xì)胞病毒、水痘-帶狀皰疹或腺病毒引起。

肺門(mén)淋巴結(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：肺炎鏈球菌(Streptococcus pneumoniae)、卡他莫拉菌(Moraxella catarrhalis)、肺炎支原體(Mycoplasma pneumoniae)、肺炎克雷伯氏菌(Klebsiella pneumoniae)、流感嗜血桿菌(Haemophilus influenza)、肺炎嗜衣原體(Chlamydophila pneumoniae)、百日咳博德特氏菌(Bordetella pertussis)或結(jié)核分枝桿菌；或病毒病原體：流感、腺病毒、鼻病毒、冠狀病毒、副流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯薩奇病毒引起。

腹腔內(nèi)淋巴結(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌(Yersinia enterocolitica)、假結(jié)核耶爾森氏菌(Yersinia pseudotuberculosis)、沙門(mén)氏菌屬某些種(Salmonella spp.)、釀膿鏈球菌、大腸埃希氏桿菌、金黃色葡萄球菌或結(jié)核分枝桿菌；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、埃-巴、巨細(xì)胞病毒、水痘-帶狀皰疹、腺病毒、流感或柯薩奇病毒引起。

腿部/腹股溝區(qū)淋巴結(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌或釀膿鏈球菌；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、埃-巴、巨細(xì)胞病毒或單純皰疹引起。

血液感染(即，敗血病)通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌、凝固酶陰性葡萄球菌(coagulase-negative staphylococci)、腸球菌屬某些種(Enterococcus spp.)、大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種(Klebsiella spp.)、腸桿菌屬某些種(Enterobacter spp.)、變形桿菌屬某些種(Proteus spp.)、銅綠假單胞菌、脆弱擬桿菌(Bacteroides fragilis)、肺炎鏈球菌或B組鏈球菌；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、水痘-帶狀皰疹、?？刹《?、柯薩奇病毒、腺病毒、埃-巴、單純皰疹或巨細(xì)胞病毒引起。

骨感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、凝固酶陰性葡萄球菌、釀膿鏈球菌、肺炎鏈球菌、無(wú)乳鏈球菌(Streptococcus agalactiae)、其它鏈球菌屬某些種(streptococci spp.)、大腸埃希氏桿菌、假單胞菌屬某些種、腸桿菌屬某些種、變形桿菌屬某些種或沙雷氏菌屬某些種(Serratia spp.)；或病毒病原體：細(xì)小病毒B19、風(fēng)疹或乙型肝炎引起。

關(guān)節(jié)感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、凝固酶陰性葡萄球菌、釀膿鏈球菌、肺炎鏈球菌、無(wú)乳鏈球菌、其它鏈球菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌、假單胞菌屬某些種、腸桿菌屬某些種、變形桿菌屬某些種、沙雷氏菌屬某些種、淋病奈瑟球菌(Neisseria gonorrhea)、沙門(mén)氏菌屬物種、結(jié)核分枝桿菌、流感嗜血桿菌；或病毒病原體：細(xì)小病毒B19、風(fēng)疹、乙型肝炎；或真菌病原體：多育賽多孢(Scedosporium prolificans)引起。

腦膜感染通常由下列細(xì)菌物種：流感嗜血桿菌、腦膜炎奈瑟球菌(Neisseria meningitidis)、肺炎鏈球菌、無(wú)乳鏈球菌或單核細(xì)胞增多性李斯特氏菌(Listeria monocytogenes)；或病毒病原體：?？刹《尽⒖滤_奇病毒、其它腸道病毒或腮腺炎引起。

腦部感染通常由下列細(xì)菌物種：鏈球菌屬某些種(包括咽峽炎鏈球菌(S.anginosus)、星座鏈球菌(S.constellatus)、中間鏈球菌(S.intermedius))、金黃色葡萄球菌、擬桿菌屬某些種、普雷沃菌屬某些種(Prevotella spp.)、變形桿菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、假單胞菌屬某些種(Pseudomonas spp.)、腸桿菌屬某些種或博氏疏螺旋體(Borrelia burgdorferi)；或病毒病原體：柯薩奇病毒、?？刹《?、脊髓灰質(zhì)炎病毒、其它腸道病毒、腮腺炎、單純皰疹、水痘-帶狀皰疹、黃病毒(flavivirus)或本雅病毒(bunyavirus)引起。

脊髓感染通常由下列細(xì)菌物種：流感嗜血桿菌、腦膜炎奈瑟球菌、肺炎鏈球菌、無(wú)乳鏈球菌、單核細(xì)胞增多性李斯特氏菌或博氏疏螺旋體；或病毒病原體：柯薩奇病毒、埃可病毒、脊髓灰質(zhì)炎病毒、其它腸道病毒、腮腺炎、單純皰疹、水痘-帶狀皰疹、黃病毒或本雅病毒引起。

眼部/眼眶感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌、肺炎鏈球菌、米勒鏈球菌(Streptococcus milleri)、大腸埃希氏桿菌、蠟樣芽胞桿菌(Bacillus cereus)、沙眼衣原體(Chlamydia trachomatis)、流感嗜血桿菌、假單胞菌屬某些種、克雷伯氏菌屬某些種或梅毒螺旋體(Treponema pallidum)；或病毒病原體：腺病毒、單純皰疹、水痘-帶狀皰疹或巨細(xì)胞病毒引起。

唾液腺感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、草綠色鏈球菌(例如，唾液鏈球菌(Streptococcus salivarius)、血鏈球菌(Streptococcus sanguis)、突變鏈球菌(Streptococcus mutans))、消化鏈球菌屬某些種或擬桿菌屬某些種或其它口腔厭氧菌；或病毒病原體：腮腺炎、流感、腸道病毒或狂犬病引起。

口腔感染通常由下列細(xì)菌物種：產(chǎn)黑普雷沃菌(Prevotella melaninogenicus)、厭氧鏈球菌、草綠色鏈球菌、放線菌屬某些種(Actinomyces spp.)、消化鏈球菌屬某些種或擬桿菌屬某些種或其它口腔厭氧菌；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳?、柯薩奇病毒或埃-巴引起。

扁桃體感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌或C或G組B-溶血性鏈球菌；或病毒病原體：鼻病毒、流感、冠狀病毒、腺病毒、副流感、呼吸道合胞病毒或單純皰疹引起。

鼻竇感染通常由下列細(xì)菌物種：肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、卡他莫拉菌、α-鏈球菌、厭氧細(xì)菌(例如普雷沃菌屬某些種)或金黃色葡萄球菌；或病毒病原體：鼻病毒、流感、腺病毒或副流感引起。

鼻咽感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌或C或G組B-溶血性鏈球菌；或病毒病原體：鼻病毒、流感、冠狀病毒、腺病毒、副流感、呼吸道合胞病毒或單純皰疹引起。

甲狀腺感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌或肺炎鏈球菌；或病毒病原體：腮腺炎或流感引起。

喉部感染通常由下列細(xì)菌物種：肺炎支原體(Mycoplasma pneumoniae)、肺炎嗜衣原體(Chlamydophila pneumoniae)或釀膿鏈球菌；或病毒病原體：鼻病毒、流感、副流感、腺病毒、冠狀病毒或人偏肺病毒引起。

氣管感染通常由下列細(xì)菌物種：肺炎支原體；或病毒病原體：副流感、流感、呼吸道合胞病毒或腺病毒引起。

支氣管感染通常由下列細(xì)菌物種：肺炎支原體、肺炎嗜衣原體、百日咳博德特氏菌、肺炎鏈球菌或流感嗜血桿菌；或病毒病原體：流感、腺病毒、鼻病毒、冠狀病毒、副流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯薩奇病毒引起。

肺部感染通常由下列細(xì)菌物種：肺炎鏈球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原體、肺炎克雷伯氏菌或流感嗜血桿菌；或病毒病原體：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒或副流感引起。

胸膜感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、脆弱擬桿菌、普雷沃菌屬某些種、具核梭桿菌(Fusobacterium nucleatum)、消化鏈球菌屬某些種或結(jié)核分枝桿菌；或病毒病原體：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒或副流感引起。

縱隔感染通常由下列細(xì)菌物種：草綠色鏈球菌、消化球菌屬某些種、消化鏈球菌屬某些種、擬桿菌屬某些種、梭菌屬某些種或結(jié)核分枝桿菌；或病毒病原體：麻疹、風(fēng)疹、埃-巴或巨細(xì)胞病毒引起。

心臟感染通常由下列細(xì)菌物種：鏈球菌屬某些種(包括輕型鏈球菌(S.mitior)、牛鏈球菌(S.bovis)、血鏈球菌(S.sanguis)、突變鏈球菌(S.mutans)、咽峽炎鏈球菌(S.anginosus))、腸球菌屬某些種、葡萄球菌屬某些種、白喉棒狀桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌(Clostridium perfringens)、腦膜炎奈瑟球菌或沙門(mén)氏菌屬某些種；或病毒病原體：腸道病毒、柯薩奇病毒、埃可病毒、脊髓灰質(zhì)炎病毒、腺病毒、腮腺炎、麻疹或流感引起。

食道感染通常由下列細(xì)菌物種：放線菌屬某些種、鳥(niǎo)分枝桿菌(Mycobacterium avium)、結(jié)核分枝桿菌或鏈球菌屬某些種；或病毒病原體：巨細(xì)胞病毒、單純皰疹或水痘-帶狀皰疹引起。

胃部感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌或幽門(mén)螺桿菌(Helicobacter pylori)；或病毒病原體：巨細(xì)胞病毒、單純皰疹、埃-巴、輪狀病毒(rotavirus)、諾如病毒(norovirus)或腺病毒引起。

小腸感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、艱難梭狀芽胞桿菌(Clostridium difficile)、脆弱擬桿菌、普通擬桿菌、多形擬桿菌(Bacteroides thetaiotaomicron)、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌、腸炎沙門(mén)氏菌(Salmonella enteriditis)、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌或弗氏志賀菌(Shigella flexneri)；或病毒病原體：腺病毒、星狀病毒(astrovirus)、杯狀病毒(calicivirus)、諾如病毒、輪狀病毒或巨細(xì)胞病毒引起。

結(jié)腸/直腸感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、艱難梭狀芽胞桿菌、脆弱擬桿菌、普通擬桿菌、多形擬桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌或弗氏志賀菌；或病毒病原體：腺病毒、星狀病毒、杯狀病毒、諾如病毒、輪狀病毒或巨細(xì)胞病毒。

肛門(mén)感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌、擬桿菌屬某些種、梭菌屬某些種、厭氧鏈球菌、梭狀芽胞桿菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌、腸桿菌屬某些種、銅綠假單胞菌或梅毒螺旋體；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

會(huì)陰感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、腸球菌屬某些種、擬桿菌屬某些種、梭菌屬某些種、梭狀芽胞桿菌屬某些種、銅綠假單胞菌、厭氧鏈球菌、梭狀芽胞桿菌屬某些種或腸桿菌屬某些種；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

肝臟感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、鏈球菌(咽峽炎類(lèi))、腸球菌屬某些種、其它草綠色鏈球菌或擬桿菌屬某些種；或病毒病原體：甲型肝炎、埃-巴、單純皰疹、腮腺炎、風(fēng)疹、麻疹、水痘-帶狀皰疹、柯薩奇病毒或腺病毒引起。

膽囊感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、腸桿菌屬某些種、腸球菌、擬桿菌屬某些種、梭菌屬某些種、梭狀芽胞桿菌屬某些種、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌或弗氏志賀菌引起。

膽道感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、腸桿菌屬某些種、腸球菌、擬桿菌屬某些種、梭菌屬某些種、梭狀芽胞桿菌屬某些種、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌或弗氏志賀菌；或病毒病原體：甲型肝炎、埃-巴、單純皰疹、腮腺炎、風(fēng)疹、麻疹、水痘-帶狀皰疹、柯薩奇病毒或腺病毒引起。

胰腺感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、腸球菌屬某些種、假單胞菌屬某些種、葡萄球菌屬某些種、支原體屬某些種、傷寒沙門(mén)氏菌、鉤端螺旋體屬某些種或軍團(tuán)桿菌屬某些種；或病毒病原體：腮腺炎、柯薩奇病毒、乙型肝炎、巨細(xì)胞病毒、單純皰疹2或水痘-帶狀皰疹引起。

脾臟感染通常由下列細(xì)菌物種：鏈球菌屬某些種、葡萄球菌屬某些種、沙門(mén)氏菌屬某些種、假單胞菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌、或腸球菌屬某些種；或病毒病原體：埃-巴、巨細(xì)胞病毒、腺病毒、麻疹、風(fēng)疹、柯薩奇病毒或水痘-帶狀皰疹引起。

腎上腺感染通常由下列細(xì)菌物種：鏈球菌屬某些種、葡萄球菌屬某些種、沙門(mén)氏菌屬某些種、假單胞菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌或腸球菌屬某些種；或病毒病原體：水痘-帶狀皰疹引起。

腎臟感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、奇異變形桿菌(Proteus mirabilis)、普通變形桿菌、普羅威登斯菌屬某些種(Providentia spp.)、摩根菌屬某些種(Morganella spp.)、糞腸球菌(Enterococcus faecalis)或銅綠假單胞菌；或病毒病原體：BK病毒或腮腺炎引起。

輸尿管感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、奇異變形桿菌、普通變形桿菌、普羅威登斯菌屬某些種、摩根菌屬某些種或腸球菌屬某些種引起。

膀胱感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、奇異變形桿菌、普通變形桿菌某些種、普羅威登斯菌屬某些種、摩根菌屬某些種、糞腸球菌或杰氏棒狀桿菌；或病毒病原體：腺病毒或巨細(xì)胞病毒引起。

腹膜感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌、肺炎鏈球菌、大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬某些種、變形桿菌屬某些種、腸球菌、脆弱擬桿菌、產(chǎn)黑普雷沃菌、消化球菌屬某些種、消化鏈球菌屬某些種、梭菌屬某些種或梭狀芽胞桿菌屬某些種引起。

腹膜后區(qū)感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌或金黃色葡萄球菌引起。

前列腺感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、克雷伯氏菌屬、腸桿菌屬、奇異變形桿菌、腸球菌屬、假單胞菌屬、棒狀桿菌屬或淋病奈瑟球菌；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

睪丸感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、肺炎克雷伯氏菌、銅綠假單胞菌某些種、葡萄球菌屬某些種、鏈球菌屬某些種或腸炎沙門(mén)氏菌；或病毒病原體：腮腺炎、柯薩奇病毒或淋巴細(xì)胞性脈絡(luò)叢腦膜炎病毒(lymphocytic choriomeningitis virus)引起。

陰莖感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌、淋病奈瑟球菌或梅毒螺旋體；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

卵巢/附件感染通常由下列細(xì)菌物種：淋病奈瑟球菌、沙眼衣原體、陰道加德納菌、普雷沃菌屬某些種、擬桿菌屬某些種、消化球菌屬某些種、鏈球菌屬某些種或大腸埃希氏桿菌引起。

子宮感染通常由下列細(xì)菌物種：淋病奈瑟球菌、沙眼衣原體、陰道加德納菌(Gardenerella vaginalis)、普雷沃菌屬某些種、擬桿菌屬某些種、消化球菌屬某些種、鏈球菌屬某些種或大腸埃希氏桿菌引起。

子宮頸感染通常由下列細(xì)菌物種：淋病奈瑟球菌、沙眼衣原體或梅毒螺旋體；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

陰道感染通常由下列細(xì)菌物種：陰道加德納菌、普雷沃菌屬某些種、擬桿菌屬某些種、消化球菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌、淋病奈瑟球菌、沙眼衣原體或梅毒螺旋體；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

外陰感染通常由下列細(xì)菌物種：金黃色葡萄球菌、釀膿鏈球菌或梅毒螺旋體；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

細(xì)菌菌株/病毒亞型

本領(lǐng)域的技術(shù)人員將理解，細(xì)菌物種在操作上歸類(lèi)為類(lèi)似菌株的集合(其通常是指具有可鑒定的生理但通常不是形態(tài)差別的假定共同祖先的群體，并且其可以使用針對(duì)細(xì)菌表面抗原的血清學(xué)技術(shù)鑒定)。因此，每個(gè)細(xì)菌物種(例如，肺炎鏈球菌)具有許多菌株(或血清型)，可在其引起感染的能力上不同或在特定器官/位點(diǎn)中引起感染的能力上不同。例如，雖然存在至少90種肺炎鏈球菌的血清型，血清型1、3、4、7、8和12最常是造成人類(lèi)中的肺炎球菌疾病的原因。

作為第二個(gè)實(shí)例，大腸埃希氏桿菌的某些菌株，稱(chēng)為腸外病原性大腸埃希氏桿菌(ExPEC)，更有可能引起尿路感染或其它腸外感染如新生兒腦膜炎，而其它菌株，包括產(chǎn)腸毒素大腸埃希氏桿菌(ETEC)、腸病原性大腸埃希氏桿菌(EPEC)、腸出血性大腸埃希氏桿菌(EHEC)、產(chǎn)志賀毒素大腸埃希氏桿菌(STEC)、腸聚集性大腸埃希氏桿菌(EAEC)、腸侵襲性大腸埃希氏桿菌(EIEC)和彌漫粘附性大腸埃希氏桿菌(DAEC)更有可能引起胃腸道感染/腹瀉。即使在ExPEC菌株亞類(lèi)中，特定毒力因素(例如1型菌毛的產(chǎn)生)使得某些菌株更加能夠引起膀胱感染，而其它毒力因素(例如P菌毛的產(chǎn)生)使得其它菌株更加能夠在腎臟中引起感染。根據(jù)本發(fā)明，對(duì)于靶向膀胱感染的制劑可選擇更有可能在膀胱中引起感染的ExPEC菌株，而對(duì)于靶向腎臟感染的制劑可選擇更有可能在腎臟中引起感染的ExPEC菌株。同樣，對(duì)于治療結(jié)腸感染的制劑可選擇大腸埃希氏桿菌的ETEC、EPEC、EHEC、STEC、EAEC、EIEC或DAEC菌株(即，引起結(jié)腸感染的菌株)中的一種或多種。

類(lèi)似地，可能存在特異性病毒的許多亞型。例如，存在三種類(lèi)型的流感，A型流感、B型流感和C型流感，其在流行病學(xué)、宿主范圍和臨床特征上不同。例如，A型流感更有可能與病毒肺部感染相關(guān)，而B(niǎo)型流感更有可能與肌炎(即，肌肉感染)相關(guān)。此外，這三種類(lèi)型的流感病毒中的每一種具有許多亞型，其也可在流行病學(xué)、宿主范圍和臨床特征上不同。根據(jù)本發(fā)明，可以選擇最常與肺部感染相關(guān)的A流感亞型以靶向異源肺部感染，而可以選擇最常與肌炎相關(guān)的B型流感菌株以治療肌肉/軟組織的感染。

應(yīng)理解，本領(lǐng)域技術(shù)熟練的臨床微生物學(xué)家因此將能夠基于本公開(kāi)和關(guān)于每個(gè)細(xì)菌物種的細(xì)菌菌株的領(lǐng)域的主體，選擇特定細(xì)菌物種的菌株(或特定病毒亞型)以靶向特定器官或組織。這樣，本發(fā)明提供了位點(diǎn)特異性免疫調(diào)節(jié)劑(SSI)，在這個(gè)意義上，本發(fā)明的制劑和治療在靶器官或組織中引起免疫應(yīng)答，并且靶標(biāo)可不同于或遠(yuǎn)離施用位點(diǎn)。

微生物組合物、劑量和施用

本發(fā)明的組合物包括在特定組織或器官中為病原性的病原微生物(細(xì)菌或病毒)物種的抗原。該組合物可包括全細(xì)菌物種，或者可包括本發(fā)明的病原性細(xì)菌物種的提取物或制劑，如細(xì)胞壁或細(xì)胞膜提取物或全細(xì)胞或外毒素，或全細(xì)胞和外毒素。該組合物還可包括來(lái)自于本發(fā)明的一個(gè)或多個(gè)病原性細(xì)菌物種的一種或多種分離抗原；在一些實(shí)施方案中，此類(lèi)組合物在可能必須精確施用特定劑量的特定抗原的情況下可能有用，或者如果施用全細(xì)菌物種或其組分(例如毒素)可能有害時(shí)可能有用。病原性細(xì)菌物種可商購(gòu)(例如，從ATCC(Manassas，VA，USA)，或者可以是來(lái)自于具有組織或器官的細(xì)菌感染(例如，肺炎)的受試者的臨床分離物。

本發(fā)明的微生物組合物可單獨(dú)地或與其它化合物(例如，核酸分子、小分子、肽或肽類(lèi)似物)組合，在脂質(zhì)體、佐劑或任何藥學(xué)上可接受的載體的存在下，呈適于向哺乳動(dòng)物例如人施用的形式提供。如本文中所用，“藥學(xué)上可接受的載體”或“賦形劑”包括任何和所有生理上相容的溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗菌劑和抗真菌劑、等滲和吸收延遲劑等。所述載體可適于任何適當(dāng)?shù)氖┯眯问?，包括皮下、皮?nèi)、靜脈、腸胃外、腹膜內(nèi)、肌肉內(nèi)、舌下、吸入、瘤內(nèi)或口服施用。藥學(xué)上可接受的載體包括無(wú)菌水溶液或分散體和用于臨時(shí)制備無(wú)菌注射液或分散體的無(wú)菌粉劑。此類(lèi)介質(zhì)和試劑用于藥物活性物質(zhì)的用途在本領(lǐng)域中公知。除非任何常規(guī)介質(zhì)或試劑與活性化合物(即本發(fā)明的特定細(xì)菌、細(xì)菌抗原或其組合物)不相容，否則考慮其在本發(fā)明的藥物組合物中的用途。補(bǔ)充活性化合物也可以摻入組合物中。

可采用常規(guī)藥學(xué)實(shí)踐提供合適的制劑或組合物以向遭受感染的受試者施用所述化合物?？刹捎萌魏芜m當(dāng)?shù)氖┯猛緩?，例如腸胃外、靜脈、皮內(nèi)、皮下、肌內(nèi)、顱內(nèi)、眶內(nèi)、眼、心室內(nèi)、囊內(nèi)、脊柱內(nèi)、鞘內(nèi)、腦池內(nèi)、腹膜內(nèi)、鼻內(nèi)、吸入、氣溶膠、局部、瘤內(nèi)、舌下或口服施用。治療性制劑可呈液體溶液或懸浮液的形式；對(duì)于口服施用，制劑可呈片劑或膠囊的形式；對(duì)于鼻內(nèi)制劑，呈粉劑、滴鼻劑或氣溶膠的形式；并且對(duì)于舌下制劑，呈滴劑、氣溶膠或片劑的形式。

本領(lǐng)域公知的制備制劑的方法在例如“Remington’s Pharmaceutical Sciences”(第20版)，A.Gennaro，2000，Mack Publishing Company，Easton，PA.中找到。用于腸胃外施用的制劑，例如，可含有賦形劑、無(wú)菌水或鹽水、聚亞烷基二醇(如聚乙二醇)、植物來(lái)源的油或氫化萘。生物相容、生物可降解的交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可用于控制化合物的釋放。其它可能有用的腸胃外遞送系統(tǒng)包括乙烯-乙酸乙烯酯共聚物顆粒、滲透泵、可植入輸注系統(tǒng)和脂質(zhì)體。用于吸入的制劑可含有賦形劑，例如乳糖，或可以是含有，例如聚氧乙烯-9-月桂基醚、甘膽酸鹽和脫氧膽酸鹽的水溶液，或可以是用于呈滴鼻劑的形式，或作為凝膠施用的油性溶液。對(duì)于治療性或預(yù)防性組合物，按有效終止或減緩感染進(jìn)展，或增加受試者存活率的量向個(gè)體施用所述病原性細(xì)菌物種。

本發(fā)明的病原性微生物物種或其抗原的“有效量”包括治療有效量或預(yù)防有效量?！爸委熡行Я俊笔侵赴幢匦璧膭┝亢蜁r(shí)間段，達(dá)到預(yù)期治療結(jié)果，例如減少或消除異源感染，預(yù)防微生物感染過(guò)程，減緩腫瘤生長(zhǎng)，或增加存活時(shí)間超出使用例如SEER數(shù)據(jù)庫(kù)預(yù)計(jì)的存活時(shí)間有效的量。病原性微生物(細(xì)菌或病毒)物種或其抗原的治療有效量可根據(jù)諸如個(gè)體的疾病狀態(tài)、年齡、性別和重量等因素，及化合物在個(gè)體中引起預(yù)期應(yīng)答的能力改變?？烧{(diào)整劑量方案以提供最佳治療應(yīng)答。治療有效量也可以是其中病原性細(xì)菌物種或其病毒或抗原的任何毒性或有害影響被治療有益影響超過(guò)的量。“預(yù)防有效量”是指按必需的劑量和時(shí)間段，達(dá)到預(yù)期預(yù)防結(jié)果，例如預(yù)防感染，減緩感染進(jìn)展，減少或消除異源微生物細(xì)胞有效的量。

對(duì)于通過(guò)皮下或皮內(nèi)注射施用，一個(gè)或多個(gè)病原性細(xì)菌物種的治療或預(yù)防有效量的示例性范圍可為每毫升約1百萬(wàn)至1000億個(gè)生物，或者可為每毫升1億至70億個(gè)生物，或者可為每毫升5億至60億個(gè)生物，或者可為每毫升10億至50億個(gè)生物，或者可為每毫升20億至40億個(gè)生物，或這些范圍內(nèi)的任何整數(shù)。每毫升細(xì)菌的總濃度范圍可為1百萬(wàn)至1000億個(gè)生物，或者可為每毫升0.5億至70億個(gè)生物，或者可為每毫升1億至60億個(gè)生物，或者可為每毫升5億至50億個(gè)生物，或者可為每毫升10億至40億個(gè)生物，或這些范圍內(nèi)的任何整數(shù)。病原性細(xì)菌物種的抗原的治療或預(yù)防有效量的范圍可為0.1nM-0.1M、0.1nM-0.05M、0.05nM-15μM或0.01nM-10μM的任何整數(shù)。

值得注意的是，劑量濃度和范圍可隨要減輕的疾患的嚴(yán)重程度而改變，或者可隨受試者的免疫應(yīng)答而改變。一般而言，目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)充分的免疫應(yīng)答。對(duì)于通過(guò)皮下或皮內(nèi)感染施用，例如通過(guò)注射位點(diǎn)延遲的局部免疫皮膚反應(yīng)的尺寸(例如，0.25英寸至4英寸直徑)，可確定免疫應(yīng)答的程度。實(shí)現(xiàn)適當(dāng)免疫應(yīng)答所需的劑量可以根據(jù)個(gè)體(及其免疫系統(tǒng))和所需的應(yīng)答而改變。也可以使用標(biāo)準(zhǔn)化劑量。在皮下或皮內(nèi)施用的情況下，如果目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)2英寸的局部皮膚反應(yīng)，則細(xì)菌組合物總劑量，例如，范圍可為2百萬(wàn)個(gè)細(xì)菌(例如，0.001ml濃度為每毫升20億個(gè)生物的組合物)至200多億個(gè)細(xì)菌(例如，1ml濃度為每毫升200億個(gè)生物的組合物)。也可以考慮組合物中單個(gè)細(xì)菌物種或其抗原的濃度。例如，如果一個(gè)特定病原性細(xì)菌物種的濃度，該物種的細(xì)胞大小或其抗原負(fù)荷相對(duì)于組合物中的其它病原性細(xì)菌物種高得多，則個(gè)體的局部免疫皮膚反應(yīng)很可能是由于其對(duì)這種特定細(xì)菌物種的應(yīng)答。在一些實(shí)施方案中，例如取決于過(guò)去對(duì)特定物種感染的暴露史，個(gè)體的免疫系統(tǒng)可對(duì)組合物中的一個(gè)細(xì)菌物種比其它種類(lèi)更強(qiáng)烈地應(yīng)答，所以對(duì)于該個(gè)體而言可相應(yīng)地調(diào)節(jié)劑量或組合物。然而，在本文詳述的一些實(shí)施方案中，不會(huì)通過(guò)皮膚反應(yīng)的方式監(jiān)測(cè)免疫應(yīng)答。例如，在本文利用的一些小鼠模型中，用抗原組合物對(duì)此類(lèi)動(dòng)物的有效治療可能不引起相應(yīng)的皮膚反應(yīng)。本領(lǐng)域技術(shù)人員將理解，除依靠皮膚反應(yīng)的存在或不存在以外，存在可監(jiān)測(cè)免疫應(yīng)答的替代方式。

對(duì)于任何特定受試者而言，治療的時(shí)間和劑量可隨時(shí)間推移，根據(jù)個(gè)體需要及施用或監(jiān)督組合物施用的人員的專(zhuān)業(yè)判斷調(diào)整(例如，時(shí)間可為每天、每隔一天、每周、每月一次)。例如，在皮下或皮內(nèi)施用的情況下，所述組合物可每?jī)商焓┯靡淮??？善は率┯么蠹s0.05ml的初始劑量，接著每?jī)商煸黾?.01-0.02ml，直至在注射位點(diǎn)實(shí)現(xiàn)充分的皮膚反應(yīng)(例如，注射位點(diǎn)可見(jiàn)發(fā)紅的直徑為1英寸至2英寸的延遲反應(yīng))。一旦實(shí)現(xiàn)這種充分的免疫反應(yīng)，就按照維持劑量繼續(xù)這樣給藥?？刹粫r(shí)地調(diào)節(jié)維持劑量以在注射位點(diǎn)實(shí)現(xiàn)預(yù)期的可見(jiàn)皮膚反應(yīng)(炎癥)。給藥可進(jìn)行例如至少1周、2周、2個(gè)月、6個(gè)月、1、2、3、4或5年或更長(zhǎng)的持續(xù)時(shí)間。

口服劑量范圍可為每劑包含一個(gè)或多個(gè)物種的抗原決定簇的1千萬(wàn)至1萬(wàn)億個(gè)生物?？梢越o予口服劑量，例如每天4次、每天一次或每周一次。給藥可進(jìn)行例如至少1周、2周、2個(gè)月、6個(gè)月、1、2、3、4或5年或更長(zhǎng)的持續(xù)時(shí)間。

在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明可包括舌下或通過(guò)吸入施用的，或同時(shí)或依次施用到一個(gè)或多個(gè)上皮組織(即，通過(guò)皮內(nèi)或皮下注射施用到皮膚；通過(guò)吸入施用到肺部上皮細(xì)胞；通過(guò)口服攝入施用到胃腸粘膜；通過(guò)舌下施用到口腔粘膜)的抗原組合物。因此，在一些實(shí)施方案中，施用本發(fā)明的抗原組合物以便在上皮組織中引起免疫應(yīng)答。在一些實(shí)施方案中，可將一種或多種上皮施用途徑與一種或多種另外的施用途徑，如瘤內(nèi)、肌內(nèi)或靜脈施用組合。

在本發(fā)明的各個(gè)方面，向患者施用的抗原組合物可以表征為具有抗原標(biāo)記，即，具充分特異性的抗原或表位的組合，使得抗原組合物能夠引起對(duì)特定病原體有特異性的免疫應(yīng)答，如獲得性免疫應(yīng)答。本發(fā)明令人驚奇且出乎意料的方面是，由這些治療處于特定病原體在其中為病原性的組織中的異源感染有效的特定抗原組合物介導(dǎo)免疫應(yīng)答的非適應(yīng)性或非特異性活化。

本文提出的施用途徑和劑量范圍僅為示例性并不限制可由開(kāi)業(yè)醫(yī)生選擇的施用途徑和劑量范圍。所述組合物中活性化合物(例如，病原性細(xì)菌物種或其病毒或抗原)的量可根據(jù)諸如個(gè)體的疾病狀態(tài)、年齡、性別和重量等因素改變。可調(diào)整劑量方案以提供最佳治療應(yīng)答。例如，可施用單次推注，可隨時(shí)間推移施用幾個(gè)分劑量或可如治療情況的緊急狀態(tài)所指示，按比例減少或增加劑量?？赡苁怯欣氖牵瑸榱艘子谑┯煤蛣┝康木鶆蛐詫⒛c胃外組合物配制成劑量單位形式。

在抗原制劑(即引起免疫應(yīng)答的制劑)的情況下，可以單獨(dú)地或與其它化合物，如免疫佐劑組合，提供免疫原性有效量的本發(fā)明的化合物或組合物。所述化合物也可與載體分子，如牛血清白蛋白或鑰孔血藍(lán)蛋白連接以增強(qiáng)免疫原性?？乖M合物是包括引起所需免疫應(yīng)答的材料的組合物?？乖M合物可以選擇、活化或擴(kuò)張，但不限于：免疫系統(tǒng)的記憶B、T細(xì)胞、嗜中性粒細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞，例如以減少或消除異源微生物的生長(zhǎng)或增殖。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的特定病原微生物、病毒、病毒抗原、細(xì)菌、細(xì)菌抗原或其組合物能夠在任何其它試劑缺乏時(shí)引起預(yù)期免疫應(yīng)答，并且因此可被視為抗原組合物。在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可包括合適的載體，如佐劑，這是以非特異性方式作用以增強(qiáng)對(duì)特異性抗原或?qū)σ唤M抗原的免疫應(yīng)答的試劑，使得能夠減少任何給定劑量中抗原的量，或降低產(chǎn)生預(yù)期免疫應(yīng)答所需的劑量頻率。細(xì)菌抗原組合物可包括能夠誘導(dǎo)針對(duì)通常與細(xì)菌相關(guān)的抗原決定簇的免疫應(yīng)答的活細(xì)菌或死細(xì)菌。在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可包括為弱毒性菌株(減毒)，并且因此引起不太嚴(yán)重的感染的活細(xì)菌。在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可包括能夠誘導(dǎo)針對(duì)通常與病毒相關(guān)的抗原決定簇的免疫應(yīng)答的活、減毒或死病毒。

包含殺滅細(xì)菌用于通過(guò)注射施用的抗原組合物可如下制備。可使細(xì)菌在合適的培養(yǎng)基中生長(zhǎng)，并用生理鹽溶液洗滌。然后離心細(xì)菌，重新懸浮在鹽水溶液中，并且熱殺滅。懸浮液可通過(guò)直接顯微鏡計(jì)數(shù)法標(biāo)準(zhǔn)化，按所需量混合，并儲(chǔ)存在適當(dāng)容器中，可按批準(zhǔn)的方式試驗(yàn)其安全性、保質(zhì)期和無(wú)菌性。除病原性細(xì)菌物種和/或其抗原外，適于向人類(lèi)施用的殺滅細(xì)菌組合物可包括0.4％酚類(lèi)防腐劑和/或0.9％氯化鈉。細(xì)菌組合物還可包括微量的腦心浸液(牛肉)、蛋白胨、酵母提取物、瓊脂、羊血、右旋糖、磷酸鈉和/或其它培養(yǎng)基組分。

在一些實(shí)施方案中，細(xì)菌或微生物組合物可呈片劑或膠囊形式或滴劑用于口服攝入，作為氣溶膠用于吸入，或作為滴劑、氣溶膠或片劑形式用于舌下施用。

在包含細(xì)菌的抗原組合物中，用于皮下或皮內(nèi)注射的組合物中特定細(xì)菌物種的濃度可為每毫升約1百萬(wàn)至1000億個(gè)生物，或者可為每毫升1億至70億個(gè)生物，或者可為每毫升5億至60億個(gè)生物，或者可為每毫升10億至50億個(gè)生物，或者可為每毫升20億至40億個(gè)生物，或這些范圍內(nèi)的任何整數(shù)。每毫升細(xì)菌的總濃度范圍可為1百萬(wàn)至1000億個(gè)生物，或者可為每毫升0.5億至70億個(gè)生物，或者可為每毫升1億至60億個(gè)生物，或者可為每毫升5億至50億個(gè)生物，或者可為每毫升10億至40億個(gè)生物，或這些范圍內(nèi)的任何整數(shù)。

在一些實(shí)施方案中，用于治療特定位點(diǎn)的感染(例如，肺部組織的感染)的抗原微生物組合物可包括通常、更?；蜃畛Ｔ谠摻M織或器官中引起感染(例如，肺部組織中的感染，即肺炎)的病原微生物。

一般而言，應(yīng)使用本發(fā)明的病原性細(xì)菌物種及其抗原，而不產(chǎn)生顯著毒性。可以使用標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)，例如通過(guò)在細(xì)胞培養(yǎng)物或?qū)嶒?yàn)動(dòng)物中試驗(yàn)并且測(cè)定治療指數(shù)，即LD50(群體50％致死的劑量)和LD100(群體100％致死的劑量)的比率來(lái)測(cè)定本發(fā)明化合物的毒性。

如本文和本發(fā)明一個(gè)方面中所述，提供了一種比較或引起特異性免疫應(yīng)答的方法。所述方法涉及向具有器官或組織的動(dòng)物施用具有如本文所述的抗原組合物的藥劑。該抗原組合物可具有經(jīng)選擇或配制的抗原決定簇，使得抗原決定簇共同對(duì)在所述器官或組織中為病原性的至少一種微生物病原體有特異性，從所述器官或組織提取可量化免疫樣品，藥劑施用之后在可量化免疫樣品中測(cè)量所述器官或組織中的免疫應(yīng)答特征，并且，將可量化免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征與得自相應(yīng)器官或組織的參考免疫樣品中的相應(yīng)免疫應(yīng)答特征做比較。如本文中所用，免疫樣品將含有足夠的生物材料以確定免疫應(yīng)答的特征。如本文中所用，免疫應(yīng)答的“特征”可包括但不限于，特定免疫細(xì)胞類(lèi)型(例如，巨噬細(xì)胞)的具體數(shù)量或特定細(xì)胞標(biāo)志(例如，整聯(lián)蛋白的上調(diào))或基因產(chǎn)物(例如，細(xì)胞因子)。上述內(nèi)容是作為實(shí)例提供的而非限制性的。

任選地，參考免疫樣品可在施用藥劑的步驟之前從動(dòng)物體內(nèi)的相應(yīng)器官或組織獲得。另一方面，參考免疫樣品可從第二動(dòng)物體內(nèi)的相應(yīng)器官或組織獲得，使得特別考慮到在本文描述的方法中可以使用至少兩只動(dòng)物((即，從中獲得參考免疫樣品的動(dòng)物和從中獲得可量化免疫樣品的第二動(dòng)物)。任選地，該動(dòng)物可具有處于所述器官或組織中的感染。

比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞數(shù)量的指示，因?yàn)檫@些細(xì)胞為本領(lǐng)域技術(shù)人員已知：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

巨噬細(xì)胞可定義為“M1型巨噬細(xì)胞”或“M2型巨噬細(xì)胞”。例如，本領(lǐng)域的技術(shù)人員通常認(rèn)為M1型巨噬細(xì)胞會(huì)促進(jìn)Th1 CD4+T細(xì)胞介導(dǎo)的應(yīng)答(參見(jiàn)，例如Biswas和Mantovani(2010)，Nature Immunology 10：889-96)。而且，通常認(rèn)為M1型巨噬細(xì)胞具有有效的抗原呈遞能力，并且精于殺滅細(xì)胞內(nèi)病原體(例如，病毒)。而且，通常認(rèn)為M1型巨噬細(xì)胞至少與M2型巨噬細(xì)胞相比，精于在腫瘤破壞中起免疫作用。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，存在許多可用于區(qū)分M1型巨噬細(xì)胞和M2型巨噬細(xì)胞的生物標(biāo)志。例如，并且如本文所詳述，與M2型巨噬細(xì)胞相比，通常認(rèn)為Nos2的表達(dá)與M1型巨噬細(xì)胞相關(guān)聯(lián)(參見(jiàn)，例如Laskin等(2010)Annual Rev.Pharmacol.Toxicol.51：267-288)。進(jìn)一步，并且例如，通常認(rèn)為M1型巨噬細(xì)胞會(huì)產(chǎn)生IL-12并且會(huì)被IFN-γ通過(guò)IFN-γR有效活化(Biswas和Mantovain，同上)。

與M1型巨噬細(xì)胞相反，M2型巨噬細(xì)胞促進(jìn)Th2 CD4+T細(xì)胞介導(dǎo)的應(yīng)答(通常，參見(jiàn)：Biswas和Mantovani(2010)，Nature Immunology 10：889-96)。而且，通常認(rèn)為M2型巨噬細(xì)胞是有效且封裝和清除性的細(xì)胞外寄生蟲(chóng)等。進(jìn)一步，并且與M1型巨噬細(xì)胞相比，本領(lǐng)域的技術(shù)人員通常認(rèn)為M2型巨噬細(xì)胞在對(duì)于T_reg和B細(xì)胞兩者的免疫調(diào)節(jié)中起更加重要的作用(Biswas和Mantovain，同上)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，存在許多可用于區(qū)分M2型巨噬細(xì)胞和M1型巨噬細(xì)胞的生物標(biāo)志。例如，并且如本文所述，與通常在M1型巨噬細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)更高的表達(dá)相比，通常將認(rèn)為減弱的Nos2表達(dá)與M2型巨噬細(xì)胞相關(guān)聯(lián)。進(jìn)一步，并且如本文實(shí)驗(yàn)中所詳述，通常認(rèn)為CD206的表達(dá)與M2型巨噬細(xì)胞相關(guān)聯(lián)(參見(jiàn)，例如Choi等(2010)Gastroenterology 138(7)2399-409)。進(jìn)一步，并且如本文實(shí)驗(yàn)中所詳述，通常認(rèn)為F4/80的表達(dá)與M2型巨噬細(xì)胞相關(guān)聯(lián)。進(jìn)一步，并且例如，通常認(rèn)為M2型巨噬細(xì)胞會(huì)被IL-4或IL-13通過(guò)IL-4Rα有效活化(Biswas和Mantovain，同上)。

進(jìn)一步地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可任選地表征為由M2型巨噬細(xì)胞向M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變或反之亦然。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，存在許多可用于監(jiān)測(cè)巨噬細(xì)胞活化的生物標(biāo)志。如本文所詳述，本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到將巨噬細(xì)胞定義為針對(duì)M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞活化，可通過(guò)選擇已知與本文描述的各表型中的任一種相關(guān)的標(biāo)志來(lái)實(shí)現(xiàn)。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到存在許多可以選擇的，可以鑒定免疫應(yīng)答的細(xì)胞標(biāo)志(細(xì)胞外和細(xì)胞內(nèi)兩種)。進(jìn)一步，并且如本文所述，通常認(rèn)為標(biāo)志CD206與M2型巨噬細(xì)胞相關(guān)聯(lián)(參見(jiàn)，例如Choi等(2010)Gastroenterology 138(7)2399-409)。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到細(xì)胞因子是指小細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)蛋白分子并且存在許多本領(lǐng)域已知的細(xì)胞因子。例如，已基于其在免疫應(yīng)答中的作用將細(xì)胞因子分為1型和2型類(lèi)別。常見(jiàn)1型細(xì)胞因子包括IFN-γ和TGF-β。常見(jiàn)2型細(xì)胞因子包括但不限于IL-4和IL-13?？赏ㄟ^(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的許多方法檢測(cè)細(xì)胞因子。例如，并且如本文所詳述，利用ELISA實(shí)驗(yàn)測(cè)定肺部組織的細(xì)胞因子產(chǎn)量(參見(jiàn)，例如圖27)。

如本文所詳述，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：如本文已經(jīng)定義的M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生細(xì)胞因子。任選地，巨噬細(xì)胞由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。將術(shù)語(yǔ)“差異基因表達(dá)”理解為意指來(lái)自于至少兩種實(shí)驗(yàn)條件的特定目標(biāo)基因的表達(dá)間的明顯差異。例如，如果在第一實(shí)驗(yàn)條件下正如通過(guò)本領(lǐng)域技術(shù)人員所用的基因表達(dá)方法所限定，特定基因具有限定的表達(dá)水平并且在第二實(shí)驗(yàn)條件下相同基因在其表達(dá)水平上具有顯著差異，則存在目標(biāo)基因的差異表達(dá)。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將理解，存在許多用于檢測(cè)差異基因表達(dá)的方法。例如，正如本文對(duì)于測(cè)定相對(duì)Nos2/Arg1比率所詳述那樣，可使用可商購(gòu)的定量PCR技術(shù)(參見(jiàn)，例如圖29)。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生差異基因表達(dá)。任選地，正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。

在另一個(gè)實(shí)施方案中，藥劑可在施用位點(diǎn)呈以介于一小時(shí)和一個(gè)月之間的劑量間隔給予的連續(xù)劑量，在至少一周的劑量持續(xù)時(shí)間內(nèi)施用。任選地，藥劑可以皮內(nèi)或皮下施用。可選地，藥物可以呈一個(gè)劑量施用，使得每個(gè)劑量在施用位點(diǎn)有效地引起可見(jiàn)局部炎癥免疫應(yīng)答。任選地，可施用所述藥劑，使得在1至48小時(shí)內(nèi)在施用位點(diǎn)出現(xiàn)可見(jiàn)局部炎癥。然而，盡管引發(fā)了免疫應(yīng)答，但是可能并非在所有情況下都存在可見(jiàn)局部炎癥免疫應(yīng)答。本領(lǐng)域的技術(shù)人員將認(rèn)識(shí)到，存在可以監(jiān)測(cè)免疫應(yīng)答實(shí)現(xiàn)的其它方法。例如，來(lái)自于經(jīng)受免疫反應(yīng)的受試者的免疫細(xì)胞的性質(zhì)(和特征的相對(duì)變化)可與來(lái)自于未經(jīng)受免疫反應(yīng)的受試者的免疫細(xì)胞的性質(zhì)做比較。

進(jìn)一步且任選地對(duì)于本文公開(kāi)的方法，所述動(dòng)物可為脊椎動(dòng)物，如哺乳動(dòng)物。任選地，所述動(dòng)物可為人或小鼠。

另一方面，提供了一種選擇適于治療個(gè)體特定器官或組織中的感染的治療性制劑的方法。所述方法涉及提供具有處于特定器官或組織中的感染的動(dòng)物，提供具有在健康個(gè)體的相應(yīng)特定器官或組織中為病原性的微生物病原體的一個(gè)或多個(gè)抗原決定簇的試驗(yàn)制劑，測(cè)量得自動(dòng)物器官或組織的參考免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，向該動(dòng)物施用試驗(yàn)制劑，測(cè)量得自該動(dòng)物相應(yīng)器官或組織的可量化免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，比較參考和可量化免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，并且處理可量化免疫樣品中相比于參考免疫樣品增強(qiáng)的免疫應(yīng)答特征，作為試驗(yàn)制劑用作治療性制劑的適合性的指示。任選地，在已獲得可量化免疫樣品之前處死動(dòng)物。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞數(shù)量的指示，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生細(xì)胞因子。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可產(chǎn)生差異基因表達(dá)。任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

另一方面，提供了一種使免疫應(yīng)答選擇性靶向人類(lèi)受試者的受感染組織或器官的方法。所述方法涉及向受試者施用具有有效量的微生物病原體抗原組合物的藥劑，其中所述微生物病原體在受試者的特定感染器官或組織中可為病原性，并且所述抗原組合物包含共同對(duì)微生物病原體有特異性的抗原決定簇。任選地，所述抗原組合物可包括全殺滅細(xì)菌細(xì)胞組合物。任選地，可按有效上調(diào)受試者的受感染器官或組織中的免疫應(yīng)答的量和時(shí)間向受試者施用所述藥劑。任選地，所述方法還可涉及測(cè)量免疫應(yīng)答的特征。

另一方面，提供了一種治療人類(lèi)受試者處于組織或器官中的感染的方法。所述方法涉及向受試者施用具有有效量的包含全殺滅細(xì)菌細(xì)胞組合物的微生物病原體抗原組合物的藥劑，其中所述微生物病原體在感染所處的受試者的特定器官或組織中為病原性?？砂从行д{(diào)節(jié)免疫應(yīng)答的量和時(shí)間向受試者施用所述藥劑。任選地，免疫應(yīng)答的調(diào)節(jié)可涉及巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。任選地，免疫應(yīng)答的調(diào)節(jié)可涉及由M2型巨噬細(xì)胞應(yīng)答轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞應(yīng)答。免疫應(yīng)答的調(diào)節(jié)可涉及由M1型巨噬細(xì)胞應(yīng)答轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞應(yīng)答。任選地，所述方法還可涉及測(cè)量免疫應(yīng)答的特征。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞數(shù)量的指示，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及比較巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。正如本文已定義那些術(shù)語(yǔ)那樣，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變而產(chǎn)生細(xì)胞因子。巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定可量化和參考免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可產(chǎn)生差異基因表達(dá)。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

另一方面，提供了一種監(jiān)測(cè)治療方案在治療特定器官或組織中的感染的個(gè)體中的功效的方法。所述方法涉及測(cè)量在個(gè)體已經(jīng)受所述治療方案一段時(shí)間之后從特定器官或組織獲得的治療后免疫樣品中的免疫應(yīng)答特征，其中幅度上高于預(yù)計(jì)尚未經(jīng)受該治療方案的個(gè)體所具有的免疫應(yīng)答特征的存在，表明該治療方案有效；并且該治療方案涉及施用包含在健康受試者的相應(yīng)特定器官或組織中為病原性的微生物病原體的一個(gè)或多個(gè)抗原決定簇的制劑。

本文詳述的方法還可涉及測(cè)量治療前參考樣品中的免疫應(yīng)答特征，其中治療前參考樣品是在所述治療方案開(kāi)始之前、同時(shí)或之后，但在獲得治療后免疫樣品之前獲得的，并且比較治療前和治療后樣品中的免疫應(yīng)答特征，其中與治療前參考樣品相比治療后免疫樣品中的免疫應(yīng)答幅度增加表明該治療方案有效。任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答特性可涉及測(cè)定該器官或組織的樣品中炎性單核細(xì)胞數(shù)量的指示。任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答特性可涉及測(cè)定該器官或組織的樣品中巨噬細(xì)胞數(shù)量的指示。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答特性可涉及測(cè)定該器官或組織的樣品中CD11b+Gr-1+細(xì)胞數(shù)量的指示或測(cè)定該器官或組織的樣品中樹(shù)突細(xì)胞數(shù)量的指示。進(jìn)一步且任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答特性可涉及測(cè)定器官或組織的樣品中CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞數(shù)量的指示或測(cè)定該器官或組織的樣品中CD4+T細(xì)胞數(shù)量的指示或測(cè)定該器官或組織的樣品中CD8+T細(xì)胞數(shù)量的指示。

任選地，測(cè)量免疫應(yīng)答的幅度可涉及測(cè)定該器官或組織的樣品中NK細(xì)胞數(shù)量的指示。進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定參考和免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞上的細(xì)胞標(biāo)志，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。

進(jìn)一步且任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定參考和免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的細(xì)胞因子，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。任選地，由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可產(chǎn)生細(xì)胞因子。巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。進(jìn)一步且任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

任選地，比較免疫應(yīng)答特征可涉及鑒定參考和免疫樣品中，下列任何一種或多種細(xì)胞產(chǎn)生的差異基因表達(dá)，正如它們?yōu)楸绢I(lǐng)域技術(shù)人員通常所理解的那樣：炎性單核細(xì)胞、巨噬細(xì)胞、CD11b+Gr-1+細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞、CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞、CD4+T細(xì)胞、CD8+T細(xì)胞或NK細(xì)胞。巨噬細(xì)胞可包括下列任何一種或多種：M1型巨噬細(xì)胞或M2型巨噬細(xì)胞。由于巨噬細(xì)胞活化狀態(tài)的轉(zhuǎn)變可產(chǎn)生差異基因表達(dá)。巨噬細(xì)胞可由M2型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸1型巨噬細(xì)胞。任選地，巨噬細(xì)胞可由M1型巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)變?yōu)镸2型巨噬細(xì)胞。

本文利用的病毒病原體可以是，但不限于：流感、腺病毒、呼吸道合胞病毒、副流感、猴痘病毒、單純皰疹病毒(1和2)、水痘帶狀皰疹、巨細(xì)胞病毒、埃-巴病毒、冠狀病毒、人偏肺病毒、亨德拉病毒(Hendra virus)、尼帕病毒(Nipah virus)、漢坦病毒(Hantavirus)、拉沙病毒(Lassa virus)、人T細(xì)胞親淋巴性病毒、柯薩奇病毒、?？刹《尽⒛c病毒或鼻病毒，或在肺部中為病原性的任何病毒。

本文利用的細(xì)菌病原體可以是，但不限于：肺炎鏈球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原體、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血桿菌、金黃色葡萄球菌、肺炎衣原體(Chlamydia pneumoniae)、嗜肺軍團(tuán)菌(Legionella pneumophila)或百日咳博德特氏菌(Bordatella pertussis)或在肺部中為病原性的任何細(xì)菌。

本文利用的真菌病原體可以是，但不限于：煙曲霉(Aspergillus fumigatus)、芽生菌屬某種(Blastomyces sp.)、粗球孢子菌(Coccidiodes immitis)、巴西副球抱子菌(Coccidiodes posadasii)、新型隱球菌(Cryptococcus neoformans)、格特隱球菌(Cryptococcus gattii)、鐮刀菌屬某種(Fusarium sp.)、莢膜組織胞漿菌(Histoplasma capsulatum)、擬青霉屬某種(Paecilomyces sp.)、巴西副球孢子菌(Paracoccidiodes brasiliensis)、馬爾尼菲青霉(Penicillium marneffei)、耶氏肺孢子蟲(chóng)(Pneumocystis jiroveci)、波氏假阿利什霉(Pseudallescheria boydii)、尖端賽多孢子菌(Scedosporium apiospermum)、根霉菌屬某種(Rhizopus sp.)、毛霉菌屬某種(Mucor sp.)、犁頭霉屬某種(Absidia sp.)、小克銀漢霉屬某種(Cunninghamella sp.)、多育賽多孢、紙葡萄穗霉(Stachybotrys chartarum)、長(zhǎng)枝木霉(Trichoderma longibrachiatium)、毛孢子菌屬某種(Trichosporon sp.)或在肺部中為病原性的任何真菌。

在各個(gè)方面，本發(fā)明的實(shí)施方案涉及包含可引起胃腸道感染的生物成分，以致該生物可表征為病原體的組合物。然而，在一些情況下為病原性的生物可能不總會(huì)引起疾病。大多數(shù)動(dòng)物在某種程度上被其它生物，如細(xì)菌定植，所述生物通常與宿主動(dòng)物呈共生或共棲關(guān)系存在。因此，在健康動(dòng)物中發(fā)現(xiàn)許多一般無(wú)害的細(xì)菌物種，并且通常局部化到特定器官和組織的表面。常常，這些細(xì)菌有助于身體的正常功能。例如，在人類(lèi)中，可在腸道中發(fā)現(xiàn)共生大腸埃希氏桿菌細(xì)菌，其中所述細(xì)菌促進(jìn)免疫力并且降低受毒力更強(qiáng)的病原體感染的風(fēng)險(xiǎn)。

通常無(wú)害的細(xì)菌，如大腸埃希氏桿菌可以在健康受試者中引起感染，結(jié)果范圍從輕度到重度感染至死亡。生物，如細(xì)菌是否為病原性(即，引起感染)在一定程度上取決于諸如到達(dá)特定宿主細(xì)胞、組織或器官的進(jìn)入途徑和通道；細(xì)菌的固有毒性；潛在感染位點(diǎn)存在的細(xì)菌量；或宿主動(dòng)物的健康等因素。因此，鑒于感染的有利條件，一般無(wú)害的生物可變?yōu)椴≡裕⑶疑踔劣卸玖Φ纳镆残枰囟ōh(huán)境才能引起感染。因此，是正常菌群成員的生物在超越其在內(nèi)源性菌群中的正常生態(tài)作用時(shí)可為病原體。例如，內(nèi)源性物種可以例如通過(guò)接觸性傳播在其解剖鄰近區(qū)域的生態(tài)位外引起感染。當(dāng)這種情況發(fā)生時(shí)，并且在本發(fā)明的上下文中，將這些一般無(wú)害的內(nèi)源性生物視為病原性的。

已知特定生物，如細(xì)菌物種、病毒、蠕蟲(chóng)和原生動(dòng)物會(huì)在其它健康受試者的GIT特定區(qū)域中引起感染。下面列出了在GIT特定區(qū)域中通常引起感染的生物的實(shí)例；應(yīng)理解這些實(shí)例并非旨在限制并且技術(shù)人員將能夠基于例如下列出版物所呈現(xiàn)的，例如關(guān)于特定患者群體的知識(shí)，容易地識(shí)別和鑒定在健康成人的各個(gè)GIT區(qū)域中引起感染，或通常引起感染的感染性或病原性生物：Manual of Clinical Microbiology第8版，Patrick Murray編，2003，ASM Press American Society for Microbiology，Washington DC，USA；Mandell，Douglas和Bennett，Principles and Practice of Infectious Diseases第5版，G.L.Mandell，J.E.Bennett，R.Dolin編，2000，Churchill Livingstone，Philadelphia，PA，USA，全部出版物通過(guò)引用并入本文。

口腔感染通常由下列細(xì)菌物種：產(chǎn)黑普雷沃菌、厭氧鏈球菌、草綠色鏈球菌、放線菌屬某些種、消化鏈球菌屬某些種或擬桿菌屬某些種或其它口腔厭氧菌；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳?、柯薩奇病毒或埃-巴引起。

食道感染通常由下列細(xì)菌物種：放線菌屬某些種、鳥(niǎo)分枝桿菌、結(jié)核分枝桿菌或鏈球菌屬某些種；或病毒病原體：巨細(xì)胞病毒、單純皰疹或水痘-帶狀皰疹引起。

胃部感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌或幽門(mén)螺桿菌；或病毒病原體：巨細(xì)胞病毒、單純皰疹、埃-巴、輪狀病毒、諾如病毒或腺病毒引起。

小腸感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、艱難梭狀芽胞桿菌、脆弱擬桿菌、普通擬桿菌、多形擬桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌或弗氏志賀菌；或病毒病原體：腺病毒、星狀病毒、杯狀病毒、諾如病毒、輪狀病毒或巨細(xì)胞病毒引起。

結(jié)腸/直腸感染通常由下列細(xì)菌物種：大腸埃希氏桿菌、艱難梭狀芽胞桿菌、脆弱擬桿菌、普通擬桿菌、多形擬桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌或弗氏志賀菌；或病毒病原體：腺病毒、星狀病毒、杯狀病毒、諾如病毒、輪狀病毒或巨細(xì)胞病毒引起。

肛門(mén)感染通常由下列細(xì)菌物種：釀膿鏈球菌、擬桿菌屬某些種、梭菌屬某些種、厭氧鏈球菌、梭狀芽胞桿菌屬某些種、大腸埃希氏桿菌、腸桿菌屬某些種、銅綠假單胞菌或梅毒螺旋體；或病毒病原體：?jiǎn)渭儼捳钜稹?/p>

生物如細(xì)菌在操作上歸類(lèi)為類(lèi)似菌株的集合(其通常是指具有可鑒定的生理但通常不是形態(tài)差別的假定共同祖先的群體，并且其可以使用針對(duì)細(xì)菌表面抗原的血清學(xué)技術(shù)鑒定)。因此，每個(gè)細(xì)菌物種(例如，大腸埃希氏桿菌)具有許多菌株(或血清型)，可在其引起感染的能力上不同或在特定器官/位點(diǎn)中引起感染的能力上不同。大腸埃希氏桿菌的某些菌株，更有可能引起胃腸道感染/腹瀉，包括產(chǎn)腸毒素大腸埃希氏桿菌(ETEC)、腸病原性大腸埃希氏桿菌(EPEC)、腸出血性大腸埃希氏桿菌(EHEC)、產(chǎn)志賀毒素大腸埃希氏桿菌(STEC)、腸聚集性大腸埃希氏桿菌(EAEC)、腸侵襲性大腸埃希氏桿菌(EIEC)和彌漫粘附性大腸埃希氏桿菌(DAEC)。根據(jù)本發(fā)明，對(duì)于用于治療的制劑和異源微生物感染，如GIT感染，例如IBD相關(guān)的微生物感染，可選擇大腸埃希氏桿菌的ETEC、EPEC、EHEC、STEC、EAEC、EIEC或DAEC菌株(即，引起結(jié)腸感染的菌株)中的一種或多種。例如，大腸埃希氏桿菌的非ETEC菌株可用于制備用于治療受大腸埃希氏桿菌ETEC菌株感染的抗原制劑。類(lèi)似地，大腸埃希氏桿菌的非EPEC、非EHEC、非STEC、非EAEC、非EIEC或非DAEC菌株可用于配制用于治療分別受大腸埃希氏桿菌的EPEC、EHEC、STEC、EAEC、EIEC或DAEC菌株感染的抗原制劑。

類(lèi)似地，可能存在與特定群體中的疾病相關(guān)的特定病毒、蠕蟲(chóng)或原生動(dòng)物的許多亞型，并且因此適合用于本發(fā)明。

本發(fā)明的組合物包括在身體特定區(qū)域如GIT中為病原性的生物的抗原。該組合物可包括整個(gè)生物、全細(xì)胞或全病毒體的成分，或可以包括生物的提取物或制劑，如細(xì)胞壁或細(xì)胞膜提取物，或外毒素。該組合物還可以包括從這些生物分離的一種或多種抗原。病原性生物可商購(gòu)(例如，從American Type Culture Collection，Manassas，VA，USA)，或者可以是來(lái)自于具有感染的受試者的臨床分離物。

本發(fā)明源自病原體的組合物可單獨(dú)地或與其它化合物(例如，核酸分子、小分子、肽或肽類(lèi)似物)組合，在脂質(zhì)體、佐劑或任何藥學(xué)上可接受的載體的存在下，呈適于向哺乳動(dòng)物例如人施用的形式提供。如本文中所用，“藥學(xué)上可接受的載體”或“賦形劑”包括任何和所有生理上相容的溶劑、分散介質(zhì)、包衣、抗菌劑和抗真菌劑、等滲和吸收延遲劑等。所述載體可適于任何適當(dāng)?shù)氖┯眯问?，包括皮下、皮?nèi)、靜脈、腸胃外、腹膜內(nèi)、肌肉內(nèi)、舌下、吸入或口服施用。藥學(xué)上可接受的載體包括無(wú)菌水溶液或分散體和用于臨時(shí)制備無(wú)菌注射液或分散體的無(wú)菌粉劑。此類(lèi)介質(zhì)和試劑用于藥物活性物質(zhì)的用途在本領(lǐng)域中公知。除非任何常規(guī)介質(zhì)或試劑與活性化合物(即，本發(fā)明的特定細(xì)菌、細(xì)菌抗原或其組合物)不相容，否則考慮其在本發(fā)明的藥物組合物中的用途。補(bǔ)充活性化合物也可以摻入組合物中。

本領(lǐng)域公知的制備制劑的方法在例如“Remington’s Pharmaceutical Sciences”(第20版)，A.Gennaro，2000，Mack Publishing Company，Easton，PA.中找到。用于腸胃外施用的制劑，例如，可含有賦形劑、無(wú)菌水或鹽水、聚亞烷基二醇(如聚乙二醇)、植物來(lái)源的油或氫化萘。生物相容、生物可降解的交酯聚合物、丙交酯/乙交酯共聚物或聚氧乙烯-聚氧丙烯共聚物可用于控制化合物的釋放。其它可能有用的腸胃外遞送系統(tǒng)包括乙烯-乙酸乙烯酯共聚物顆粒、滲透泵、可植入輸注系統(tǒng)和脂質(zhì)體。用于吸入的制劑可含有賦形劑，例如乳糖，或可以是含有，例如聚氧乙烯-9-月桂基醚、甘膽酸鹽和脫氧膽酸鹽的水溶液，或可以是用于呈滴鼻劑的形式，或作為凝膠施用的油性溶液。對(duì)于治療性或預(yù)防性組合物，可按有效預(yù)防、終止或減緩微生物感染進(jìn)展的量向個(gè)體施用所述制劑。

根據(jù)本發(fā)明的病原性物種或其抗原的“有效量”包括治療有效量或預(yù)防有效量?！爸委熡行Я俊笔侵赴幢匦璧膭┝亢蜁r(shí)間段，達(dá)到預(yù)期治療結(jié)果，例如減少或消除微生物感染的癥狀有效的量。病原性物種或其抗原的治療有效量可根據(jù)諸如個(gè)體的疾病狀態(tài)、年齡、性別和重量等因素，及化合物在個(gè)體中引起預(yù)期應(yīng)答的能力改變?？烧{(diào)整劑量方案以提供最佳治療應(yīng)答。治療有效量也可以是其中病原性物種或其抗原的任何毒性或有害影響被治療有益影響超過(guò)的量。“預(yù)防有效量”是指按必需的劑量和時(shí)間段，達(dá)到預(yù)期預(yù)防結(jié)果，例如預(yù)防微生物感染有效的量。通常，在微生物感染之前或在早期階段在受試者中使用預(yù)防劑量，使得預(yù)防有效量可低于治療有效量。

對(duì)于通過(guò)皮下或皮內(nèi)注射施用，一個(gè)或多個(gè)病原性細(xì)菌物種的治療或預(yù)防有效量的示例性范圍可為每毫升約1百萬(wàn)至1000億個(gè)生物，或者可為每毫升1億至70億個(gè)生物，或者可為每毫升5億至60億個(gè)生物，或者可為每毫升10億至50億個(gè)生物，或者可為每毫升20億至40億個(gè)生物，或這些范圍內(nèi)的任何整數(shù)。每毫升細(xì)菌的總濃度范圍可為1百萬(wàn)至1000億個(gè)生物，或者可為每毫升0.5億至70億個(gè)生物，或者可為每毫升1億至60億個(gè)生物，或者可為每毫升5億至50億個(gè)生物，或者可為每毫升10億至40億個(gè)生物，或這些范圍內(nèi)的任何整數(shù)。病原性細(xì)菌物種的抗原的治療或預(yù)防有效量的范圍可為0.1nM-0.1M、0.1nM-0.05M、0.05nM-15μM或0.01nM-10μM的任何整數(shù)。

值得注意的是，劑量濃度和范圍可隨要減輕的疾患的嚴(yán)重程度而改變，或者可隨受試者的免疫應(yīng)答而改變。一般而言，目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)充分的免疫應(yīng)答。對(duì)于通過(guò)皮下或皮內(nèi)感染施用，例如通過(guò)注射位點(diǎn)延遲的局部免疫皮膚反應(yīng)的尺寸(例如，0.25英寸至4英寸直徑)，可確定免疫應(yīng)答的程度。實(shí)現(xiàn)適當(dāng)免疫應(yīng)答所需的劑量可以根據(jù)個(gè)體(及其免疫系統(tǒng))和所需的應(yīng)答而改變。也可以使用標(biāo)準(zhǔn)化劑量。

在皮下或皮內(nèi)施用的情況下，如果目標(biāo)是實(shí)現(xiàn)2英寸的局部皮膚反應(yīng)，則使用細(xì)菌組合物，總劑量，例如，范圍可為2百萬(wàn)個(gè)細(xì)菌(例如，0.001ml濃度為每毫升20億個(gè)生物的組合物)至200多億個(gè)細(xì)菌(例如，1ml濃度為每毫升200億個(gè)生物的組合物)。也可以考慮組合物中單個(gè)細(xì)菌物種或其抗原的濃度。例如，如果一個(gè)特定病原性細(xì)菌物種的濃度，該物種的細(xì)胞大小或其抗原負(fù)荷相對(duì)于抗原組合物中的其它病原性細(xì)菌物種高得多，則個(gè)體的局部免疫皮膚反應(yīng)很可能是由于其對(duì)這種特定細(xì)菌物種的應(yīng)答。在一些實(shí)施方案中，例如取決于過(guò)去對(duì)特定物種感染的暴露史，個(gè)體的免疫系統(tǒng)可對(duì)組合物中的一個(gè)細(xì)菌物種比其它種類(lèi)更強(qiáng)烈地應(yīng)答，所以對(duì)于該個(gè)體而言可相應(yīng)地調(diào)節(jié)劑量或組合物。

對(duì)于任何特定受試者而言，治療的時(shí)間和劑量可隨時(shí)間推移，根據(jù)個(gè)體需要及施用或監(jiān)督組合物施用的人員的專(zhuān)業(yè)判斷調(diào)整(例如，時(shí)間可為每天、每隔一天、每周、每月一次)。例如，在皮下或皮內(nèi)施用的情況下，所述組合物可每?jī)商焓┯靡淮?。可皮下施用大約0.05ml的初始劑量，接著每?jī)商煸黾?.01-0.02ml，直至在注射位點(diǎn)實(shí)現(xiàn)充分的皮膚反應(yīng)(例如，注射位點(diǎn)可見(jiàn)發(fā)紅的直徑為1英寸至2英寸的延遲反應(yīng))。一旦實(shí)現(xiàn)這種充分的免疫反應(yīng)，就按照維持劑量繼續(xù)這樣給藥?？刹粫r(shí)地調(diào)節(jié)維持劑量以在注射位點(diǎn)實(shí)現(xiàn)預(yù)期的可見(jiàn)皮膚反應(yīng)(炎癥)。給藥可進(jìn)行例如至少2周、2個(gè)月、6個(gè)月、1、2、3、4或5年或更長(zhǎng)的持續(xù)時(shí)間。

在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明可包括通過(guò)非腸道途徑施用到一個(gè)或多個(gè)上皮組織的抗原組合物。例如：通過(guò)皮內(nèi)或皮下注射施用到皮膚；通過(guò)吸入施用到肺部上皮細(xì)胞。因此，在一些實(shí)施方案中，施用本發(fā)明的抗原組合物以便在非腸組織，如上皮組織中引起免疫應(yīng)答。在一些實(shí)施方案中，可將一種或多種非腸施用途徑與一種或多種另外的施用途徑，如肌內(nèi)或靜脈施用組合。

在本發(fā)明的各個(gè)方面，向患者施用的抗原組合物可以表征為具有抗原標(biāo)記，即具充分特異性的抗原或表位的組合，使得抗原組合物能夠引起對(duì)特定病原體有特異性的免疫應(yīng)答，如獲得性免疫應(yīng)答。

本發(fā)明組合物中活性化合物(例如，細(xì)菌物種、病毒、原生動(dòng)物或寄生蟲(chóng)或其抗原)的量可根據(jù)諸如個(gè)體的疾病狀態(tài)、年齡、性別和重量等因素改變。可調(diào)整劑量方案以提供最佳治療應(yīng)答。例如，可施用單次推注，可隨時(shí)間推移施用幾個(gè)分劑量或可如治療情況的緊急狀態(tài)所指示，按比例減少或增加劑量。可能是有利的是，為了易于施用和劑量的均勻性將腸胃外組合物配制成劑量單位形式。

在抗原制劑的情況下，可以單獨(dú)地或與其它化合物組合，提供免疫原性有效量的本發(fā)明的化合物。所述化合物也可與載體分子，如牛血清白蛋白或鑰孔血藍(lán)蛋白連接以增強(qiáng)免疫原性。抗原組合物是包括引起所需免疫應(yīng)答的材料的組合物?？乖M合物可以選擇、活化或擴(kuò)張免疫系統(tǒng)的記憶B、T細(xì)胞、嗜中性粒細(xì)胞、單核細(xì)胞或巨噬細(xì)胞，例如以減少或消除微生物感染的癥狀。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明的特定病原微生物、病毒、病毒抗原、細(xì)菌、細(xì)菌抗原或其組合物能夠在任何其它試劑缺乏時(shí)引起預(yù)期免疫應(yīng)答，并且因此可被視為抗原組合物。在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可包括合適的載體，如佐劑，這是以非特異性方式作用以增強(qiáng)對(duì)特異性抗原或?qū)σ唤M抗原的免疫應(yīng)答的試劑，使得能夠減少任何給定劑量中抗原的量，或降低產(chǎn)生預(yù)期免疫應(yīng)答所需的劑量頻率。細(xì)菌抗原組合物可包括能夠誘導(dǎo)針對(duì)通常與細(xì)菌相關(guān)的抗原決定簇的免疫應(yīng)答的活細(xì)菌或死細(xì)菌。在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可包括為弱毒性菌株(減毒)，并且因此引起不太嚴(yán)重的感染的活細(xì)菌。在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可包括能夠誘導(dǎo)針對(duì)通常與病毒相關(guān)的抗原決定簇的免疫應(yīng)答的活、減毒或死病毒。

包含殺滅生物用于通過(guò)注射施用的抗原組合物可如下制備。可使生物在合適的培養(yǎng)基中生長(zhǎng)，并用生理鹽溶液洗滌。然后離心生物，重新懸浮在鹽水溶液中，并且熱殺滅。懸浮液可通過(guò)直接顯微鏡計(jì)數(shù)法標(biāo)準(zhǔn)化，按所需量混合，并儲(chǔ)存在適當(dāng)容器中，可按批準(zhǔn)的方式試驗(yàn)其安全性、保質(zhì)期和無(wú)菌性。除所述生物和/或其抗原外，適于向人類(lèi)施用的殺滅制劑可包括酚類(lèi)防腐劑(例如0.4％)和/或氯化鈉(例如0.9％量級(jí))。該組合物還可包括微量的腦心浸液(牛肉)、蛋白胨、酵母提取物、瓊脂、羊血、右旋糖、磷酸鈉和/或其它培養(yǎng)基組分。

在一些實(shí)施方案中，抗原組合物可作為氣溶膠用于吸入。

一般而言，應(yīng)使用本發(fā)明的組合物，而不產(chǎn)生顯著毒性?？梢允褂脴?biāo)準(zhǔn)技術(shù)，例如通過(guò)在細(xì)胞培養(yǎng)物或?qū)嶒?yàn)動(dòng)物中試驗(yàn)并且測(cè)定治療指數(shù)，即LD50(群體50％致死的劑量)和LD100(群體100％致死的劑量)的比率來(lái)測(cè)定本發(fā)明化合物的毒性。

在一些實(shí)施方案中，是GIT特定區(qū)域的內(nèi)源性菌群的成員的細(xì)菌可用于配制本發(fā)明的抗原組合物。表1各行列出了許多細(xì)菌物種，連同其中每個(gè)物種可形成內(nèi)源性菌群的一部分的生物區(qū)域。例如，貧養(yǎng)菌屬某些種(Abiotrophia spp.)通常是口腔內(nèi)源性菌群的成員。

表1：人類(lèi)正常細(xì)菌菌群(人類(lèi)內(nèi)源性細(xì)菌病原體)

內(nèi)源性微生物菌群，如細(xì)菌，通過(guò)接觸性傳播或菌血性傳播進(jìn)入組織而致病。在有利條件下，所有內(nèi)源性生物可以變成病原性的并且局部侵襲且通過(guò)接觸性傳播到鄰近組織和器官而傳播。皮膚、口腔和結(jié)腸的內(nèi)源性細(xì)菌菌群是被認(rèn)為也適于菌血性傳播的物種。因此是特定內(nèi)源性菌群范圍的成員的細(xì)菌可在這些細(xì)菌可傳播到的組織或到器官中引起感染。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及使用內(nèi)源性微生物病原體治療具有局部化到其中內(nèi)源性細(xì)菌可傳播引起感染的GIT區(qū)域的癥狀的微生物感染。表2的各列列出了內(nèi)源菌群的范圍。表2的各行列出了可能微生物感染所處的GIT區(qū)域。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及使用內(nèi)源性微生物病原體配制抗原組合物，或選擇具有病原體的現(xiàn)有制劑，用于治療處于病原體可傳播引起感染的GIT區(qū)域中的微生物感染。因此，在替代性實(shí)施方案中，在表2第一列中所列的區(qū)域中有癥狀的微生物感染可用包含對(duì)微生物病原體有特異性的抗原決定簇的抗原組合物治療，所述微生物病原體是表2第一行中所列的一個(gè)或多個(gè)內(nèi)源性菌群范圍的內(nèi)源性菌群的成員并且在適當(dāng)行中用X或復(fù)選標(biāo)記指示。

表2：內(nèi)源性菌群的組織/器官病原性

根據(jù)合并的表1和表2中的信息，在表2第1列中所提出的特定GIT區(qū)域中表現(xiàn)的微生物感染可用包含表1相應(yīng)微生物物種的抗原決定簇的抗原組合物治療，使得表2中的列標(biāo)題被表1的細(xì)菌物種有效代替。

在一些實(shí)施方案中，用于本發(fā)明的病原體可為外源性細(xì)菌病原體。例如，表3中所列的生物可作為微生物病原體用于配制抗原組合物，或者可選擇具有那些病原體的抗原組合物，用于治療處于連同表3中所列的相關(guān)生物列出的GIT區(qū)域的微生物感染。在一些實(shí)施方案中，靶向特定組織或器官的內(nèi)源性和外源性細(xì)菌物種兩種的抗原決定簇可組合使用。例如，源自艱難梭狀芽胞桿菌或?qū)ζ溆刑禺愋缘目乖M合物可用于治療處于結(jié)腸中的微生物感染。

表3：人類(lèi)外源性細(xì)菌病原體及其在GIT中的感染位點(diǎn)

在一些實(shí)施方案中，用于本發(fā)明的病原體可為病毒病原體。表4提供了病毒病原體連同據(jù)報(bào)道對(duì)其而言每種病毒物種為病原體的組織和器官位點(diǎn)的示例性列表。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及利用對(duì)命名的病毒有特異性的免疫原性組合物治療處于表4中靠近病毒名稱(chēng)標(biāo)識(shí)的GIT區(qū)域中的異源感染相關(guān)的病理。

表4：人類(lèi)病毒病原體及其感染位點(diǎn)

表1至4中的累積信息提供了可以用于配制本發(fā)明的抗原組合物的病原體的廣泛標(biāo)識(shí)，與其中這些生物為病原性的GIT區(qū)域的標(biāo)識(shí)，并且因此標(biāo)識(shí)了感染處于其中，可用本發(fā)明的抗原性抗微生物制劑治療的GIT區(qū)域。病原體可選自?xún)?nèi)源性病原體或外源性病原體。

在一些實(shí)施方案中，選擇用于本發(fā)明的抗原組合物中的病原體可以是為待治療的微生物感染所處的GIT區(qū)域中的急性感染的常見(jiàn)原因的病原體。表5標(biāo)識(shí)了這類(lèi)細(xì)菌和病毒病原體，和它們常在其中引起感染的GIT區(qū)域。因此，在選定的實(shí)施方案中，駐留在表5第一列中標(biāo)識(shí)的GIT區(qū)域中的微生物感染，如IBD相關(guān)感染，可以用包含表5第二列中列出的一種或多種病原生物的抗原決定簇的抗原組合物治療。

表5：選定GIT區(qū)域的急性感染的常見(jiàn)原因(細(xì)菌和病毒)

在特定GIT區(qū)域中常引起感染的特定生物可隨地理位置而變化。因此表5不是所有地理位置和人口群常見(jiàn)病原體的詳盡列表。應(yīng)理解，本領(lǐng)域技術(shù)熟練的臨床微生物學(xué)家可以根據(jù)本發(fā)明確定對(duì)于特定GIT區(qū)域而言，特定地理區(qū)域或人口群中的常見(jiàn)病原物種。

人是各種各樣胃腸道寄生蟲(chóng)，包括各種原生動(dòng)物和寄生蟲(chóng)的宿主，其對(duì)于本發(fā)明的目的而言，構(gòu)成了GIT的病原體(Schafer，T.W.，Skopic，A.Parasites of the small intestine.Curr Gastroenterol Reports 2006；8：312-20；Jernigan，J.，Guerrant，R.L.，Pearson，R.D.Parasitic infections of the small intestine.Gut 1994；35：289-93；Sleisenger&Fordtran’s Gastrointestinal and liver disease.第8版.2006；Garcia，L.S.Diagnostic medical parasitology.第5版.2007).因此本發(fā)明的組合物可包括各種原生動(dòng)物的抗原組分，包括例如：蘭伯賈第蟲(chóng)(Giardia lamblia)、小隱孢子蟲(chóng)(Cryptosporidium parvum)、人隱孢子蟲(chóng)(Cryptosporidium hominus)、貝氏等孢子球蟲(chóng)(Isospora belli)、肉孢子蟲(chóng)屬物種(Sarcocystis species)、球蟲(chóng)(Coccidian)類(lèi)體(環(huán)孢子蟲(chóng)屬物種(Cyclospora species))、畢氏腸微孢子蟲(chóng)(Enterocytozoon bieneusi)、溶組織內(nèi)阿米巴(Entamoeba histolytica)、迪斯帕內(nèi)阿米巴(Entamoeba dispar)、結(jié)腸內(nèi)阿米巴(Entamoeba coli)、哈特曼內(nèi)阿米巴(Entamoeba hartmanni)、微小內(nèi)蜒(Endolimax nana)、布氏嗜碘阿米巴(Iodamoeba bütschlii)、脆弱雙核阿米巴(Dientameoba fragilis)、人芽囊原蟲(chóng)(Blastocystis hominus)、環(huán)孢子蟲(chóng)(Cyclospora cayetanensis)、微孢子目(Microsporidia)、克氏錐蟲(chóng)(Trypanosoma cruzi)、邁氏唇鞭毛蟲(chóng)(Chilomastix mesnili)、人五鞭毛滴蟲(chóng)(Pentatrichomonas hominis)、結(jié)腸腸袋蟲(chóng)(Balantidium coli)。類(lèi)似地，本發(fā)明的組合物可包括各種寄生蟲(chóng)的抗原組分，包括例如：絳蟲(chóng)(Cestodes)(絳蟲(chóng)(tapeworms))、牛肉絳蟲(chóng)(Taenia saginata)、豬肉絳蟲(chóng)(Taenia solium)、裂頭屬物種(Diphyllobothrium species)、微小膜殼絳蟲(chóng)(Hymenolepis nana)、縮小膜殼絳蟲(chóng)(Hymenolepis diminuta)、犬復(fù)孔絳蟲(chóng)(Dipylidium caninum)、線蟲(chóng)類(lèi)(Nematodes)(線蟲(chóng)(round worms))、蛔蟲(chóng)(Ascaris lumbricoides)、腸類(lèi)圓線蟲(chóng)(Strongyloides stercoralis)、美洲板口線蟲(chóng)(Necator americanus)、十二指腸鉤蟲(chóng)(Ancylostoma duodenale)、犬鉤蟲(chóng)(Ancylostoma caninum)、鞭形線蟲(chóng)(Tichuris trichiura)、菲律賓毛細(xì)線蟲(chóng)(Capillaria philippinensis)、毛圓線蟲(chóng)屬物種(Trichostrongylus species)、毛線蟲(chóng)屬物種(Trichinella species)、美洲板口線蟲(chóng)、異尖屬(Anisakis)和相關(guān)物種、廣州管圓線蟲(chóng)(Angiostrongylus costaricensis)、蠕形在腸蟯蟲(chóng)(Enterobius vermicularis)、吸蟲(chóng)類(lèi)(Trematodes)(吸蟲(chóng)(flukes))、布氏姜片蟲(chóng)(Fasciolopsis buski)、異形吸蟲(chóng)屬物種(Heterophyes species)、棘口吸蟲(chóng)屬物種(Echinostoma species)、華支睪吸蟲(chóng)(Clonorchis sinensis)、后睪吸蟲(chóng)屬物種(Opisthorchis species)、片吸蟲(chóng)屬物種(Fasciola species)、橫川氏后殖吸蟲(chóng)(Metagonimus yokogawi)、曼氏裂體吸蟲(chóng)(Schistosoma mansoni)、(Schistosoma japonicum)、日本裂體吸蟲(chóng)(Schistosoma mekongi)、間插裂體吸蟲(chóng)(Schistosoma intercalatum)、棘口吸蟲(chóng)屬物種(Echinostoma species)和并殖吸蟲(chóng)屬物種(Paragonimus species)。

根據(jù)上述內(nèi)容，在各個(gè)方面，本發(fā)明可涉及用制劑治療微生物感染，如GIT的微生物感染，或IBD相關(guān)微生物感染，病原體選自：發(fā)酵氨基酸球菌；不動(dòng)桿菌屬某些種；放線棒菌屬某些種；放線菌屬某些種；氣單胞菌屬某些種；叉狀棍狀厭氧菌；產(chǎn)氫厭氧球菌；解乳厭氧球菌；普氏厭氧球菌；阿托波氏菌屬某些種；芽胞桿菌屬某些種；糞擬桿菌；吉氏擬桿菌；埃氏擬桿菌；脆弱擬桿菌；屎擬桿菌；卵形擬桿菌；內(nèi)臟擬桿菌；多形擬桿菌；普通擬桿菌；青春雙岐桿菌；兩岐雙岐桿菌；短雙歧桿菌；鏈狀雙歧桿菌；齒雙歧桿菌；長(zhǎng)雙歧桿菌；沃氏嗜膽菌；洋蔥伯克霍爾德菌；溶纖維丁酸弧菌；簡(jiǎn)明彎曲菌；曲形彎曲菌；纖細(xì)彎曲菌；空腸彎曲菌；直腸彎曲菌；昭和彎曲菌；黃褐二氧化碳噬纖維菌；西地西菌屬；弗氏檸檬酸桿菌；克氏檸檬酸桿菌；梭狀芽胞桿菌屬某些種；惰性脫硫弧菌；Dysgonomonas屬某些種；嚙蝕艾肯菌；產(chǎn)氣腸桿菌；陰溝腸桿菌；格高菲腸桿菌；阪崎腸桿菌；泰洛腸桿菌；腸球菌屬某些種；大腸埃希氏桿菌；弗格森埃希氏菌；赫氏埃希氏菌；傷口埃希菌；真細(xì)菌屬某些種；大芬戈?duì)柕戮?；微生子梭桿菌；死亡梭桿菌；舟形梭桿菌；壞死梭桿菌；具核梭桿菌；拉氏梭桿菌；可變梭桿菌；陰道加德納菌；麻疹孿生球菌；球鏈菌屬某些種；蜂房哈夫尼菌；螺桿菌屬某些種；克雷伯氏菌屬某些種；嗜酸乳桿菌；發(fā)酵乳桿菌；羅伊氏乳桿菌；唾液乳桿菌；非脫羧勒克菌；勒米諾菌屬某些種；埃氏巨球型菌；多酸光岡菌；柯氏動(dòng)彎桿菌；羞怯動(dòng)彎桿菌；威斯康星米勒氏菌；摩氏摩根菌；成團(tuán)泛菌；片球菌屬某些種；不解糖嗜胨菌；厭氧消化鏈球菌；微小消化鏈球菌；不解糖卟啉單胞菌；奇異變形桿菌；羽狀變形桿菌；普通變形桿菌；雷氏普羅威登斯菌；斯氏普羅威登斯菌；銅綠假單胞菌；腸內(nèi)滴蟲(chóng)；產(chǎn)生瘤胃球菌；液化沙雷菌；粘質(zhì)沙雷菌；臭味沙雷菌；無(wú)乳鏈球菌；咽峽炎鏈球菌；牛鏈球菌；星座鏈球菌；中間鏈球菌；C+G組鏈球菌；溶糊精琥珀酸弧菌；薩頓氏菌屬某些種；極尖泰氏菌；韋榮球菌屬某些種；產(chǎn)氣桿菌屬某些種；炭疽桿菌；蠟樣芽胞桿菌；其它芽胞桿菌屬某些種；回歸熱疏螺旋體(Borrelia recurrentis)；布魯氏菌屬某些種；結(jié)腸彎曲桿菌；胚胎彎曲桿菌(Campylobacter fetus)；空腸彎曲菌；唾液彎曲桿菌；雙酶梭狀芽胞桿菌；肉毒梭狀芽胞桿菌；艱難梭狀芽胞桿菌；吲哚梭狀芽孢桿菌；Clostridium mangenolii；產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌；污泥梭狀芽胞桿菌；產(chǎn)芽胞梭狀芽胞桿菌；近端梭狀芽胞桿菌；遲鈍愛(ài)德華氏菌；土拉弗朗西斯菌；單核細(xì)胞增多性李斯特氏菌；牛分枝桿菌；結(jié)核分枝桿菌；片球菌屬某些種；類(lèi)志賀鄰單胞菌；立氏立克次體；沙門(mén)氏菌屬某些種；波伊德志賀菌；志賀痢疾桿菌；弗氏志賀菌；宋內(nèi)志賀菌；其它螺菌屬某些種；獸疫鏈球菌；惠普爾養(yǎng)障體；霍亂弧菌；河流弧菌；弗尼斯弧菌；霍氏弧菌；副溶血性弧菌；小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌；假結(jié)核耶爾森氏菌；單純皰疹病毒(1和2)；巨細(xì)胞病毒；腺病毒；正呼腸孤病毒；輪狀病毒；甲病毒；冠狀病毒；環(huán)曲病毒；人偏肺病毒；水泡性口腔炎病毒；馬休波病毒；胡寧病毒；脊髓灰質(zhì)炎病毒；柯薩奇病毒；埃可病毒；甲型肝炎病毒；諾如病毒和其它杯狀病毒；星狀病毒；小雙節(jié)RNA病毒；和戊型肝炎病毒。

在替代性方面中，本發(fā)明可涉及用制劑治療微生物感染，如GIT的感染，或IBD相關(guān)感染，其中所述病原體選自小腸和大腸病原體類(lèi)，例如：大腸埃希氏桿菌、艱難梭狀芽胞桿菌、脆弱擬桿菌、普通擬桿菌、多形擬桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌、弗氏志賀菌、腺病毒、星狀病毒、杯狀病毒、諾如病毒、輪狀病毒和巨細(xì)胞病毒。

在選定的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及評(píng)估患者先前對(duì)生物的暴露的診斷步驟。例如，所述診斷步驟可以包括取得對(duì)選定病原體暴露的醫(yī)療史，和/或評(píng)價(jià)患者對(duì)選定病原體的免疫應(yīng)答。例如，可進(jìn)行血清學(xué)試驗(yàn)以檢測(cè)患者血清中選定病原體的抗體。與本發(fā)明的這個(gè)方面有關(guān)，可以基于患者已具有一次或多次先前對(duì)病原體暴露的診斷指示，例如借助于患者血清中該病原體抗原決定簇的抗體的存在來(lái)選擇選定病原體的抗原決定簇用于選定患者的免疫原性組合物。

在另外的選定實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及評(píng)估患者對(duì)用選定免疫原性組合物治療的免疫應(yīng)答的診斷步驟。例如，診斷步驟可包括評(píng)價(jià)患者對(duì)該免疫原性組合物的抗原決定簇的免疫應(yīng)答，例如使用血清學(xué)試驗(yàn)來(lái)檢測(cè)那些抗原決定簇的抗體。與本發(fā)明的這個(gè)方面有關(guān)，如果評(píng)價(jià)表明存在對(duì)該組合物的抗原決定簇的積極免疫應(yīng)答，則可繼續(xù)用選定的免疫原性組合物治療，并且如果評(píng)價(jià)表明不存在對(duì)免疫原性組合物的抗原決定簇充分積極的免疫應(yīng)答，則可停止所述治療，并且可以開(kāi)始用不同免疫原性組合物替代性治療。

本發(fā)明的一個(gè)方面涉及用抗原組合物治療與肺部微生物感染相關(guān)的病理，所述抗原組合物包含已知為肺部病原體，如肺部外源性病原體或?yàn)楹粑到y(tǒng)內(nèi)源性菌群的成員的病原體的微生物病原體的抗原決定簇。例如，最常在肺部中引起感染(參見(jiàn)表5)的內(nèi)源性細(xì)菌呼吸道菌群物種的抗原決定簇可用于治療處于肺部的感染：肺炎鏈球菌、卡他莫拉菌、肺炎支原體、肺炎克雷伯氏菌、流感嗜血桿菌。類(lèi)似地，可選擇來(lái)自于表5的常見(jiàn)肺部病毒病原體用于一些實(shí)施方案中?？蛇x地，可基于表2中提供的病原性信息，從表1選擇更詳盡的內(nèi)源性肺部病原體列表。在另外的替代性實(shí)施方案中，可使用表4所列的肺部病毒病原體。并且在另外的替代性實(shí)施方案中，來(lái)自于表3的肺部外源性細(xì)菌病原體可用于配制本發(fā)明的抗原組合物，即選自：無(wú)色桿菌屬某些種(Achromobacter spp.)、馬杜拉放線菌屬某些種(Actinomadura spp.)、產(chǎn)堿菌屬某些種(Alcaligenes spp.)、無(wú)形體屬某些種(Anaplasma spp.)、炭疽桿菌、其它芽胞桿菌屬某些種、巴氏發(fā)菌屬某些種((Balneatrix spp.)、漢氏巴爾通體(Bartonella henselae)、動(dòng)物潰瘍伯杰氏菌(Bergeyella zoohelcum)、霍氏博德特氏(Bordetella holmesii)、副百日咳博德特氏菌(Bordetella parapertussis)、百日咳博德特氏菌、博氏疏螺旋體、回歸熱疏螺旋體、布魯氏菌屬某些種、唐菖蒲伯克霍爾德菌(Burkholderia gladioli)、鼻疽伯克霍爾德菌(Burkholderia mallei)、類(lèi)鼻疽伯克霍爾德菌(Burkholderia pseudomallei)、胚胎彎曲桿菌、狗咬二氧化碳嗜纖維菌(Capnoctyophaga canimorsus)、犬咬二氧化碳嗜纖維菌(Capnoctyophaga cynodegmi)、肺炎衣原體、鸚鵡熱衣原體(Chlamydia psittaci)、肺炎嗜衣原體、紫色色桿菌(Chromobacterium violaceum)、鸚鵡嗜衣原體(Chlamydophila psittaci)、金黃桿菌屬某些種(Chryseobacterium spp.)、假結(jié)核棒狀桿菌(Corynebacterium pseudotuberculosis)、伯納特氏立克次氏體(Coxiella burnetii)、土拉弗朗西斯菌、戈登氏菌屬某些種(Gordonia spp.)、軍團(tuán)桿菌屬某些種、鉤端螺旋體屬某些種、鳥(niǎo)分枝桿菌、堪薩斯分枝桿菌(Mycobacterium kansasii)、結(jié)核分枝桿菌、其它分枝桿菌屬某些種、諾卡氏菌屬某些種(Nocardia spp.)、恙蟲(chóng)病東方體(Orientia tsutsugamushi)、潘多拉菌屬某些種(Pandoraea spp.)、銅綠假單胞菌、其它假單胞菌屬某些種、紅球菌屬某些種(Rhodococcus spp.)、康氏立克次體(Rickettsia conorii)、普氏立克次體(Rickettsia prowazekii)、立氏立克次體、斑疹傷寒立克次氏體(Rickettsia typhi)。

在支氣管組織中也可出現(xiàn)感染并且因此，在一些實(shí)施方案中，包含已知會(huì)引起支氣管感染的微生物病原體的抗原決定簇的抗原組合物可用于治療具有處于支氣管組織中的感染的患者，包括例如，下列常見(jiàn)的支氣管感染原因：肺炎支原體、肺炎嗜衣原體、百日咳博德特氏菌、肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌、流感病毒、腺病毒、鼻病毒、冠狀病毒、副流感、呼吸道合胞病毒、人偏肺病毒或柯薩奇病毒。位于肺部和支氣管組織兩處的感染可用包含已知會(huì)引起肺部和支氣管感染兩種(例如，肺炎鏈球菌、流感嗜血桿菌和肺炎支原體全都是常見(jiàn)的肺部和支氣管病原體)的微生物病原體的抗原決定簇的抗原組合物或可選地，用包含已知會(huì)引起肺部感染的微生物病原體的抗原決定簇和已知會(huì)引起支氣管感染的微生物病原體的抗原決定簇的抗原組合物治療。

本發(fā)明的一個(gè)方面涉及用抗原組合物治療與結(jié)腸微生物感染相關(guān)的病理，所述抗原組合物包含已知為結(jié)腸病原體，如為結(jié)腸內(nèi)源性菌群成員的病原體或外源性結(jié)腸病原體的異源微生物病原體的抗原決定簇。例如，下列微生物物種的抗原決定簇可用于治療處于結(jié)腸中的異源感染：大腸埃希氏桿菌、艱難梭狀芽胞桿菌、脆弱擬桿菌、普通擬桿菌、多形擬桿菌、產(chǎn)氣莢膜梭狀芽胞桿菌、腸炎沙門(mén)氏菌、小腸結(jié)腸炎耶爾森氏菌、弗氏志賀菌；腺病毒、星狀病毒、杯狀病毒、諾如病毒、輪狀病毒或巨細(xì)胞病毒。在選定的實(shí)施方案中，大腸埃希氏桿菌(結(jié)腸感染最常見(jiàn)的細(xì)菌起因)的抗原決定簇，可以單獨(dú)地或與結(jié)腸的其它常見(jiàn)病原體的抗原決定簇組合用于治療與結(jié)腸感染相關(guān)的病理，如與大腸埃希氏桿菌的異源菌株引起的感染相關(guān)的病理。

在替代性方面中，本發(fā)明利用微生物病原體，如細(xì)菌或病毒病原體，配制抗原組合物，其中根據(jù)已知微生物會(huì)引起感染的組織或器官選擇微生物物種。細(xì)菌常駐菌群是最常見(jiàn)的細(xì)菌病原體，在大多數(shù)動(dòng)物，包括人類(lèi)中是絕大多數(shù)細(xì)菌感染的原因。常駐菌群例如可以通過(guò)初期附著，或在例如由血管、外傷、化學(xué)損傷引起的粘膜損傷，或由原發(fā)性感染引起的損傷后的附著和侵襲感染。

對(duì)于微生物病原體而言，毒力和感染潛力是微生物附著，產(chǎn)生酶，經(jīng)受住免疫產(chǎn)物(補(bǔ)體、抗體)和經(jīng)受住巨噬細(xì)胞和中性粒細(xì)胞的殺微生物活性的能力的組合。一些細(xì)菌，包括內(nèi)源性細(xì)菌，可有足夠毒性以便引起單微生物感染，而其它的與多微生物感染協(xié)同作用更有效。一般而言，關(guān)于單獨(dú)的微生物在混合感染環(huán)境中的具體作用往往是不可能精確的。因?yàn)樵谝恍┣闆r下，急性感染可提供更佳的免疫刺激，因此，在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明利用涉及于急性感染的微生物物種。

在一些實(shí)施方案中，為特定區(qū)域內(nèi)源性菌群成員的細(xì)菌可用于配制本發(fā)明的抗原組合物。表6各行列出了許多細(xì)菌物種，連同其中每個(gè)物種可形成內(nèi)源性菌群的一部分的生物區(qū)域。例如，貧養(yǎng)菌屬某些種通常是呼吸道和口腔內(nèi)源性菌群的成員。進(jìn)一步地并且例如，表6中所列的生物可作為微生物病原體用于配制抗原組合物，或者可選擇具有那些病原體的抗原組合物，用于治療異源感染，例如用作處于連同表6中所列的相關(guān)生物列出的組織或器官中的異源感染的抗微生物治療。

表6：人類(lèi)細(xì)菌正常菌群(人類(lèi)內(nèi)源性細(xì)菌病原體)

內(nèi)源性微生物菌群，如細(xì)菌，通過(guò)接觸性傳播或菌血性傳播進(jìn)入組織而致病。在有利條件下，所有內(nèi)源性生物可以變成病原性的并且局部侵襲且通過(guò)接觸性傳播到鄰近組織和器官而傳播。皮膚、口腔和結(jié)腸的內(nèi)源性細(xì)菌菌群是被認(rèn)為也適于菌血性傳播的物種。因此是特定內(nèi)源性菌群范圍的成員的細(xì)菌可在這些細(xì)菌可傳播到的組織或到器官中引起感染。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及使用內(nèi)源性微生物病原體治療內(nèi)源性細(xì)菌可傳播到其中引起感染的組織或器官的感染。表7的各列列出了內(nèi)源菌群的9個(gè)范圍：皮膚、呼吸系統(tǒng)、生殖器、GU系統(tǒng)、口腔、胃部、十二指腸/空腸、回腸和結(jié)腸。表7的各行列出了可能微生物感染所處的器官或組織。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及使用內(nèi)源性微生物病原體配制抗原組合物，或選擇具有病原體的現(xiàn)有制劑，用于治療處于病原體可傳播引起感染的組織或器官中的異源微生物感染。因此，在替代性實(shí)施方案中，處于表7第一列中所列的組織或器官中的感染可用包含對(duì)微生物病原體有特異性的抗原決定簇的抗原組合物治療，所述微生物病原體是表7第一行中所列的一個(gè)或多個(gè)內(nèi)源性菌群范圍的內(nèi)源性菌群的成員并且在適當(dāng)行中用X或復(fù)選標(biāo)記指示。例如，處于前列腺中的感染可用具有對(duì)GU系統(tǒng)和/或生殖系統(tǒng)內(nèi)源性的一種微生物病原體或多種病原體有特異性的抗原決定簇的抗原組合物治療。表7所列的內(nèi)源菌群范圍內(nèi)源性的許多細(xì)菌物種，和表6中的相應(yīng)內(nèi)源菌群一起列出。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及用包含表6中所列細(xì)菌物種的抗原決定簇的抗原組合物治療處于表7所列組織中的感染，其中與表7中的感染位點(diǎn)關(guān)聯(lián)的內(nèi)源菌群區(qū)域匹配與表6中的細(xì)菌物種關(guān)聯(lián)的內(nèi)源菌群區(qū)域。表6和7中提供的實(shí)例可用于配制用于治療異源微生物感染的抗原組合物，例如用作表6和7標(biāo)識(shí)的器官中的異源微生物感染的抗微生物治療。

表7：內(nèi)源性菌群的組織/器官病原性

*細(xì)菌可以通過(guò)：接觸線傳播(X)或菌血性傳播：(√)進(jìn)入組織/器官。

根據(jù)合并的表6和表7中的信息，位于表7第1列中所提出的組織或器官中的感染可用包含表6相應(yīng)但是異源的細(xì)菌物種的抗原決定簇的抗原組合物治療，使得表7中的列標(biāo)題被表6的細(xì)菌物種有效代替。

在一些實(shí)施方案中，用于本發(fā)明的微生物病原體可為外源性細(xì)菌病原體。例如，表8中所列的生物可作為微生物病原體用于配制抗原組合物，或者可選擇具有那些病原體的抗原組合物，用于治療與處于連同表8中所列的相關(guān)生物列出的組織或器官中的異源感染相關(guān)的病理。在一些實(shí)施方案中，靶向特定組織或器官的內(nèi)源性和外源性細(xì)菌物種兩種的抗原決定簇可組合使用。例如，源自艱難梭狀芽胞桿菌或?qū)ζ溆刑禺愋缘目乖M合物可用于治療與結(jié)腸中的異源微生物感染相關(guān)的病理。

表8：人類(lèi)外源性細(xì)菌病原體及其感染位點(diǎn)

在一些實(shí)施方案中，用于本發(fā)明的微生物病原體可為病毒病原體。表9提供了病毒病原體連同對(duì)其而言認(rèn)為每種病毒物種為病原體的組織和器官位點(diǎn)的示例性列表。因此，本發(fā)明的一個(gè)方面涉及利用對(duì)命名的病毒有特異性的免疫原性組合物治療處于表9中靠近病毒名稱(chēng)標(biāo)識(shí)的器官或組織中的異源微生物引起的感染相關(guān)的病理。例如，源自牛痘病毒或?qū)ζ溆刑禺愋缘目乖M合物，可用于治療特征在于皮膚、血液組織、淋巴結(jié)、腦部、脊髓、眼或心臟中受異源微生物感染的疾患。

表9：病毒人類(lèi)病原體及其感染位點(diǎn)

表6至9中的累積信息提供了可以用于配制本發(fā)明的抗原組合物的微生物病原體的廣泛標(biāo)識(shí)，與其中這些生物為病原性的組織或器官的標(biāo)識(shí)，并且因此標(biāo)識(shí)了異源生物感染所處的選定組織或器官，與可用于生產(chǎn)治療所述疾患的抗原性制劑的生物之間的對(duì)應(yīng)性。

在一些實(shí)施方案中，選擇用于本發(fā)明的抗原組合物中的微生物病原體可以是為要治療其中的異源感染的組織或器官中的急性感染的常見(jiàn)原因的病原體。表10標(biāo)識(shí)了這類(lèi)細(xì)菌和病毒病原體，和它們常在其中引起感染的組織和器官。因此，在選定的實(shí)施方案中，駐留在表10第一列中標(biāo)識(shí)的組織中的感染，可以用包含表10第二列中列出的一種或多種異源病原生物的抗原決定簇的抗原組合物治療。例如，皮膚中的感染可用包含下列一種或多種異源生物的抗原決定簇的抗原組合物治療：金黃色葡萄球菌、A、B、C和G組β溶血性鏈球菌、白喉棒狀桿菌、潰瘍棒狀桿菌、銅綠假單胞菌、麻疹、風(fēng)疹、水痘-帶狀皰疹、埃可病毒、柯薩奇病毒、腺病毒、牛痘、單純皰疹或細(xì)小病毒B19。

表10：每個(gè)組織/器官位點(diǎn)急性感染的常見(jiàn)原因(細(xì)菌和病毒)

在選定的實(shí)施方案中，特定微生物病原體適于治療與位于所述生物在其中為病原性的組織或器官中的異源微生物感染相關(guān)的特定病理，表10中列出了選定的實(shí)施方案的實(shí)例。這些是示例性實(shí)施方案，而不是根據(jù)本發(fā)明使用的替代性制劑的詳盡列表。

在特定組織或器官中常引起感染的特定微生物可隨地理位置而變化。例如，結(jié)核分枝桿菌是在一些地理位置和人口中比在其它地理位置和人口中更常見(jiàn)的肺部感染原因并且因此，雖然結(jié)核分枝桿菌在一些地理位置和人口群中可能不是常見(jiàn)的肺部病原體，但是在其它地理位置和人口群中可能是常見(jiàn)的肺部病原體。因此表10不是所有地理位置和人口群常見(jiàn)病原體的詳盡列表。應(yīng)理解，本領(lǐng)域技術(shù)熟練的臨床微生物學(xué)家可以根據(jù)本發(fā)明確定對(duì)于特定組織或器官位點(diǎn)而言，特定地理區(qū)域或人口群中的常見(jiàn)病原物種。對(duì)于獸醫(yī)用途，當(dāng)然將存在選定物種的選定組織中常見(jiàn)的特定病原體，并且這也可能隨地理位置而改變。

在選定的實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及評(píng)估患者先前對(duì)微生物病原體的暴露的診斷步驟。例如，所述診斷步驟可以包括取得對(duì)選定病原體暴露的醫(yī)療史，和/或評(píng)價(jià)患者對(duì)選定病原體的免疫應(yīng)答。例如，可進(jìn)行血清學(xué)試驗(yàn)以檢測(cè)患者血清中選定病原體的抗體。與本發(fā)明的這個(gè)方面有關(guān)，可以基于患者已具有一次或多次先前對(duì)病原體暴露的診斷指示，例如借助于患者血清中該病原體抗原決定簇的抗體的存在來(lái)選擇選定的微生物病原體的抗原決定簇用于選定患者的免疫原性組合物。

在另外的選定實(shí)施方案中，本發(fā)明涉及評(píng)估患者對(duì)用選定免疫原性組合物治療的免疫應(yīng)答的診斷步驟。例如，診斷步驟可包括評(píng)價(jià)患者對(duì)該免疫原性組合物的抗原決定簇的免疫應(yīng)答，例如使用血清學(xué)試驗(yàn)來(lái)檢測(cè)那些抗原決定簇的抗體。與本發(fā)明的這個(gè)方面有關(guān)，如果評(píng)價(jià)表明存在對(duì)該組合物的抗原決定簇的積極免疫應(yīng)答，則可繼續(xù)用選定的免疫原性組合物治療，并且如果評(píng)價(jià)表明不存在對(duì)免疫原性組合物的抗原決定簇充分積極的免疫應(yīng)答，則可停止所述治療，并且可以開(kāi)始用不同免疫原性組合物替代性治療。

在選定的實(shí)施方案中，選擇用于本發(fā)明的抗原組合物中的微生物病原體可以是為要治療其中的異源感染的組織或器官中的急性感染最常見(jiàn)的原因的病原體。例如，對(duì)于骨感染相關(guān)病理的治療，金黃色葡萄球菌將是選擇用于治療由異源生物引起的感染的細(xì)菌物種；對(duì)于肺部組織中感染的治療，將選擇肺炎鏈球菌用于治療由異源生物引起的感染；對(duì)于乳房感染的治療，將選擇金黃色葡萄球菌用于治療由異源生物引起的感染；對(duì)于腎臟或膀胱感染的治療，將選擇大腸埃希氏桿菌用于治療由異源生物引起的感染；并且對(duì)于結(jié)腸中感染的治療，大腸埃希氏桿菌將是選擇用于治療由異源生物引起的感染的細(xì)菌物種。應(yīng)理解，本領(lǐng)域技術(shù)熟練的臨床微生物學(xué)家可以根據(jù)本發(fā)明確定對(duì)于每個(gè)特定組織或器官而言，最為頻繁的病原物種、細(xì)菌或病毒。在選定的實(shí)施方案中，僅使用特定組織或器官最常見(jiàn)的病原體的抗原決定簇治療該組織或器官的異源感染。在替代性實(shí)施方案中，特定組織或器官最常見(jiàn)的病原體的抗原決定簇可與其它病原體的抗原決定簇組合，已知其它病原體在該特定組織或器官中是病原性的，優(yōu)先選自更常見(jiàn)的病原體。

在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了抗原組合物，其中相對(duì)于組合物中的任何其它抗原決定簇，使用閾值比例的根據(jù)本發(fā)明選定的抗原決定簇。例如，抗原組合物中可具有高于X％的源自病原性(或常為病原性，或最常為病原性)的物種的抗原決定簇，其中X例如可為10、30、40、50、60、70、80、90、95或100(或介于10和100之間的任何整數(shù)值)。例如，抗原組合物中至少X％的抗原決定簇可對(duì)在異源感染所處的患者特定器官或組織中為病原性(或常為病原性，或最常為病原性)的微生物病原體有特異性。使用替代性措施，在抗原組合物中的微生物病原體總量中，至少X％可被選定為在異源微生物感染所處的患者特定器官或組織中為病原性(或常為病原性或最常為病原性)的微生物病原體。在一些實(shí)施方案中，因此抗原組合物可基本上由一種或多種微生物病原體的抗原決定簇組成，所述微生物病原體各自在異源感染所處的患者特定器官或組織中為病原性(或常為病原性或最常為病原性)。

在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明包括使用經(jīng)批準(zhǔn)用于其它目的的細(xì)菌或病毒疫苗或制劑(例如，脊髓灰質(zhì)炎疫苗、流感嗜血桿菌疫苗、腦膜炎球菌菌苗、肺炎球菌疫苗、流感疫苗、乙型肝炎疫苗、甲型肝炎疫苗、白喉疫苗、破傷風(fēng)疫苗、百日咳疫苗、麻疹疫苗、腮腺炎疫苗、風(fēng)疹疫苗、水痘疫苗、卡介苗、霍亂疫苗、乙腦疫苗、狂犬疫苗、傷寒疫苗、黃熱病疫苗、天花疫苗等)，通過(guò)查閱表6-10選擇含有在異源感染所處的患者特定器官或組裝中為病原性的病原體(或病原體的抗原組成部分)的疫苗，用作對(duì)異源微生物引起的感染的治療。例如，肺炎鏈球菌疫苗，全細(xì)胞疫苗或由肺炎鏈球菌的一個(gè)或多個(gè)抗原組分組成的疫苗(例如，23價(jià)肺炎球菌多糖)可用于治療下列任何位點(diǎn)的異源感染，在所述位點(diǎn)中肺炎鏈球菌被列為表10中的常見(jiàn)病原體：肺門(mén)淋巴結(jié)、骨、腦膜、脊髓、眼部/眼眶、鼻竇、甲狀腺、支氣管、肺部、胸膜或腹膜。作為另一個(gè)實(shí)例，乙型肝炎疫苗可用于治療下列任何位點(diǎn)的異源感染，如下：肝臟、胰腺或血液感染，在所述位點(diǎn)中乙型肝炎病毒被列為表9中的常見(jiàn)病原體。

在一些實(shí)施方案中，特別將選定的組合物和方法從本發(fā)明的范圍中排除。例如，在受該生物感染相關(guān)的病理的治療中使用特定微生物病原體抗原的制劑。例如，選定的實(shí)施方案拒絕使用PVF或MRV疫苗治療由那些制劑中存在的生物引起的肺部感染。

實(shí)施例1：鼠類(lèi)研究

實(shí)施例1a：說(shuō)明在小鼠中熱滅活的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物對(duì)單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞群體的影響。

在該實(shí)施例中利用下列方法和材料：

小鼠。從Harlan Labs(Livermore，CA)訂購(gòu)7-8周齡的C57BL/6雌性小鼠用于這些研究。

抗體和試劑。在該實(shí)施例中使用下列抗體：抗I-A/I-E FITC(MHC II類(lèi)；M5/114.15.2)；抗Gr-1 PE(RB6-8C5)；抗CD11b PerCP-Cy5(M1/70)；抗CD11c APC(N418)；抗CD4FITC(GK1.5)；抗NK1.1 PE(PK136)；抗CD8a eFluor780(53-6.7)；抗CD44 APC(IM7)。所有抗體均獲自eBioscience(San Diego，CA)。釋放酶TM和DNA酶I獲自Roche。所有培養(yǎng)基均來(lái)自于HyClone(Fisher)。

用抗原組合物處理。含苯酚的熱殺滅肺炎克雷伯氏菌(KO12[5.0OD600單位])1/10稀釋于含0.4％苯酚的PBS中并且在第0、2、4和6天向4只小鼠皮下注射100μl。在第0、2、4和6天為對(duì)照小鼠(n＝5)注射PBS。

支氣管肺泡灌洗。第7天處死小鼠并且通過(guò)暴露氣管、接著插入與1ml注射器連接的22G導(dǎo)管進(jìn)行支氣管肺泡灌洗(BAL)。向肺部注射1ml的PBS并且取出并放入1.5ml微量離心管中。隨后用1ml的PBS再洗滌肺部3次并匯集流體。400xg離心來(lái)自于每只小鼠的第一洗滌液并且冷凍上清液用于細(xì)胞因子分析。離心最后3ml的灌洗液并且將細(xì)胞與來(lái)自于第一灌洗的細(xì)胞團(tuán)塊匯集。對(duì)細(xì)胞計(jì)數(shù)并用對(duì)MHC II類(lèi)、Ly6G/C、CD11b和CD11c有特異性的抗體染色。染色后，洗滌細(xì)胞并且在FACS Calibur流式細(xì)胞儀上分析。

肺部消化。進(jìn)行BAL后，將肺部放在5ml含417.5μtg/ml釋放酶TL(Roche)和200μg/ml DNA酶I(Roche)的RPMI中。然后使肺部在37℃下消化30分鐘。消化之后，迫使肺部通過(guò)70um細(xì)胞濾網(wǎng)以產(chǎn)生單細(xì)胞懸浮液。然后將細(xì)胞離心、洗滌、重新懸浮在FACS緩沖液(具有2％FCS和5mM EDTA的PBS)中并計(jì)數(shù)。計(jì)數(shù)之后，為細(xì)胞染色并且使用與對(duì)于BAL細(xì)胞相同的抗體，通過(guò)FACS分析。

腹膜灌洗。BAL之后，使用與25G針頭連接的1ml注射器向小鼠的腹膜中注射1m1的PBS。按摩腹部1分鐘并且使用1ml移液管從腹膜中取出0.5ml的PBS。將灌洗液置于1.5ml離心管中，400xg離心5分鐘，并且重新懸浮在FACS緩沖液中，之后染色和FACS分析。

脾臟和淋巴結(jié)分析。在BAL和腹膜灌洗之后取出脾臟和引流淋巴結(jié)并放入PBS中。通過(guò)70μm細(xì)胞濾網(wǎng)(Fisher)搗碎來(lái)破壞脾臟并且使用來(lái)自于1ml注射器的活塞的橡膠端破壞淋巴結(jié)。破壞后，離心來(lái)自于脾臟和淋巴結(jié)的單細(xì)胞懸浮液，用FACS緩沖液洗滌一次，并且重新懸浮在FACS緩沖液中，之后計(jì)數(shù)、染色和FACS分析。

FACS分析。將細(xì)胞于冰上在96孔板中使用50ul稀釋于FACS緩沖液中的抗體染色20分鐘。20分鐘后，向孔中添加100μl的FACs緩沖液并且將板400xg離心5分鐘。隨后去除培養(yǎng)基并且用FACS緩沖液再洗滌細(xì)胞一次。最后一次洗滌之后，使細(xì)胞重新懸浮在200μl的FACS緩沖液中并且使用FACS Calibur流式細(xì)胞儀(BD)獲取數(shù)據(jù)。除收集最少5,000個(gè)事件的BAL外，收集所有樣品的最少20,000個(gè)活事件。

在該實(shí)施例中獲得下列結(jié)果。

在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物處理正常小鼠。在第7天處死小鼠并且分析支氣管肺泡灌洗液、肺部組織、腹膜灌洗液、淋巴結(jié)和脾臟的單核細(xì)胞和巨噬細(xì)胞變化。觀察到通過(guò)為肺炎克雷伯氏菌抗原組合物注射位點(diǎn)引流的淋巴結(jié)中CD11b和Gr-1(與Ly6c相同的標(biāo)志)及F4/80的高表達(dá)所定義的急性炎性血液?jiǎn)魏思?xì)胞/巨噬細(xì)胞數(shù)量上的增加(參見(jiàn)：圖1A)。這些急性炎性單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞也表達(dá)極高水平的MHC II類(lèi)分子，表明暴露于細(xì)菌抗原。重要的是，用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物處理小鼠一周導(dǎo)致支氣管肺泡灌洗液和肺部(即，靶向器官)中、而非經(jīng)處理的小鼠脾臟或腹膜中的急性炎性單核細(xì)胞的頻率顯著增加，表明處理可以誘導(dǎo)單核細(xì)胞特異性歸巢于肺部，而不影響其它器官(參見(jiàn)：圖1B)。單核細(xì)胞可以在肺部中分化為樹(shù)突細(xì)胞(DC)，并且與我們觀察到單核細(xì)胞募集的顯著增加一致還觀察到展示出成熟DC的標(biāo)志的細(xì)胞頻率顯著增加(參見(jiàn)：圖1C)。

如圖1中所說(shuō)明的，用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物處理7天導(dǎo)致小鼠肺部中的急性炎性單核細(xì)胞和樹(shù)突細(xì)胞兩者顯著增加(與用安慰劑＝PBS處理相比)。如圖1中所說(shuō)明的，在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物或PBS處理小鼠。第7天，將小鼠處死并通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)測(cè)定肺部和脾臟中A)和B)炎性單核細(xì)胞(CD11b+Gr-1+細(xì)胞)和C)樹(shù)突細(xì)胞(CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞)的總數(shù)。A)中描繪的誤差條表示每組4-5只小鼠的平均值。

實(shí)施例1B.說(shuō)明在小鼠中熱滅活的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物和熱滅活的大腸埃希氏桿菌抗原組合物對(duì)單核細(xì)胞/巨噬細(xì)胞、樹(shù)突細(xì)胞和效應(yīng)細(xì)胞群體的影響

在該實(shí)施例中利用下列方法和材料：

小鼠。從Harlan Labs(Livermore，CA)訂購(gòu)7-8周齡的C57BL/6雌性小鼠用于這些研究。

抗體和試劑。使用下列抗體：抗I-A/I-E FITC(MHC II類(lèi)；M5/114.15.2)；抗Gr-1PE(RB6-8C5)；抗CD11b PerCP-Cy5(M1/70)；抗CD11c APC(N418)；抗CD4 FITC(GK1.5)；抗NK1.1 PE(PK136)；抗CD8a eFluor780(53-6.7)；抗CD44 APC(IM7)。所有抗體均獲自eBioscience(San Diego，CA)。釋放酶TM和DNA酶I獲自Roche。所有培養(yǎng)基均來(lái)自于HyClone(Fisher)。

用抗原組合物處理。含苯酚的熱殺滅肺炎克雷伯氏菌(肺炎克雷伯氏菌；批次KO12；5.0OD600單位)1/10稀釋于含0.4％苯酚的PBS中并且在第0、2、4和6天向5只小鼠皮下注射100ul。熱殺滅大腸埃希氏桿菌(批次；5.0OD600單位)1/10稀釋于含0.4％苯酚的PBS中并且在第0、2、4和6天向5只小鼠皮下注射100μl。在第0、2、4和6天為對(duì)照小鼠(n＝5)注射PBS。

支氣管肺泡灌洗。第7天處死小鼠并且通過(guò)暴露氣管、接著插入與1ml注射器連接的22G導(dǎo)管進(jìn)行支氣管肺泡灌洗(BAL)。向肺部注射1ml的PBS并且取出并放入1.5ml微量離心管中。隨后用1ml的PBS再洗滌肺部3次并匯集流體。400xg離心來(lái)自于每只小鼠的第一洗滌液并且冷凍上清液用于細(xì)胞因子分析。離心最后3ml的灌洗液并且將細(xì)胞與來(lái)自于第一灌洗的細(xì)胞團(tuán)塊匯集。對(duì)細(xì)胞計(jì)數(shù)并用對(duì)MHC II類(lèi)、Ly6G/C、CD11b和CD11c有特異性的抗體染色。染色后，洗滌細(xì)胞并且在FACS Calibur流式細(xì)胞儀上分析。

肺部消化。進(jìn)行BAL后，將肺部放在5ml含417.5μg/ml釋放酶TL(Roche)和200μg/ml DNA酶I(Roche)的RPMI中。然后使肺部在37℃下消化30分鐘。消化之后，迫使肺部通過(guò)70μm細(xì)胞濾網(wǎng)以產(chǎn)生單細(xì)胞懸浮液。然后將細(xì)胞離心、洗滌、重新懸浮在FACS緩沖液(具有2％FCS和5mM EDTA的PBS)中并計(jì)數(shù)。計(jì)數(shù)之后，為細(xì)胞染色并且使用與對(duì)于BAL細(xì)胞相同的抗體，通過(guò)FACS分析。

腹膜灌洗。BAL之后，使用與25G針頭連接的1ml注射器向小鼠的腹膜中注射1ml的PBS。按摩腹部1分鐘并且使用1ml移液管從腹膜中取出0.5ml的PBS。將灌洗液置于1.5ml離心管中，400xg離心5分鐘，并且重新懸浮在FACS緩沖液中，之后染色和FACS分析。

脾臟和淋巴結(jié)分析。在BAL和腹膜灌洗之后取出脾臟和引流淋巴結(jié)并放入PBS中。通過(guò)70μm細(xì)胞濾網(wǎng)(Fisher)搗碎來(lái)破壞脾臟并且使用來(lái)自于1ml注射器的活塞的橡膠端破壞淋巴結(jié)。破壞后，離心來(lái)自于脾臟和淋巴結(jié)的單細(xì)胞懸浮液，用FACS緩沖液洗滌一次，并且重新懸浮在FACS緩沖液中，之后計(jì)數(shù)、染色和FACS分析。

FACS分析。將細(xì)胞于冰上在96孔板中使用50μl稀釋于FACS緩沖液中的抗體染色20分鐘。20分鐘后，向孔中添加100μl的FACs緩沖液并且將板400xg離心5分鐘。隨后去除培養(yǎng)基并且用FACS緩沖液再洗滌細(xì)胞一次。最后一次洗滌之后，使細(xì)胞重新懸浮在200μl的FACS緩沖液中并且使用FACS Calibur流式細(xì)胞儀(BD)獲取數(shù)據(jù)。除收集最少5,000個(gè)事件的BAL外，收集所有樣品的最少20,000個(gè)活事件。

在該實(shí)施例中獲得下列結(jié)果：

如圖2中所說(shuō)明的，在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物、大腸埃希氏桿菌抗原組合物或PBS處理小鼠。在第7天，將小鼠處死并通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)測(cè)定腹膜灌洗液、肺部、淋巴結(jié)和脾臟中炎性單核細(xì)胞(CD11b+Gr-1+細(xì)胞)和樹(shù)突細(xì)胞(CD11c+MHC II+類(lèi)細(xì)胞)的總數(shù)。圖18中的誤差條表示來(lái)自5只小鼠的標(biāo)準(zhǔn)偏差。使用學(xué)生t檢驗(yàn)，*p值＜.05。

圖2說(shuō)明用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物處理，而不是大腸埃希氏桿菌抗原組合物，使小鼠肺部中的單核細(xì)胞和DC數(shù)量顯著增加。與肺部相反，肺炎克雷伯氏菌并未導(dǎo)致小鼠腹膜中的單核細(xì)胞增加，而大腸埃希氏桿菌導(dǎo)致小鼠腹膜中的單核細(xì)胞增加。重要的是，在用肺炎克雷伯氏菌或大腸埃希氏桿菌處理的小鼠的脾臟中只有炎性單核細(xì)胞的數(shù)量略有增加，而DC不增加，表明所述療法的作用不是通用的且事實(shí)上對(duì)特定器官位點(diǎn)有特異性。除考察處理對(duì)小鼠肺部中的炎性單核細(xì)胞和DC的影響外，我們還考察了其它白細(xì)胞如細(xì)胞毒性CD8 T細(xì)胞、CD4 T輔助細(xì)胞和天然殺滅(NK)細(xì)胞的變化。

圖3說(shuō)明肺炎克雷伯氏菌抗原組合物，而非PBS或大腸埃希氏桿菌抗原組合物，導(dǎo)致經(jīng)處理的小鼠肺部中NK細(xì)胞、CD4和CD8 T細(xì)胞的頻率和總數(shù)顯著增加。該實(shí)施例證明皮下注射通常引起肺部感染的殺滅細(xì)菌物種可促進(jìn)肺部中白細(xì)胞的積聚，且在該位點(diǎn)不存在任何炎癥。另外，證明這種作用對(duì)靶向位點(diǎn)有特異性并且其對(duì)所用處理的細(xì)菌組成部分也有特異性。

如圖3中所說(shuō)明的，在第0、2、4和6天用肺炎克雷伯氏菌抗原組合物、大腸埃希氏桿菌抗原組合物或PBS處理小鼠。第7天，將小鼠處死并通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)測(cè)定CD4 T細(xì)胞、CD8 T細(xì)胞和自然殺滅(NK)細(xì)胞的總數(shù)。誤差條表示從每組5只小鼠獲得的值的標(biāo)準(zhǔn)偏差。使用學(xué)生t檢驗(yàn)，*p值＜.05。

實(shí)施例1C.說(shuō)明熱、輻射和苯酚滅活對(duì)肺炎克雷伯氏菌抗原組合物的影響，包括白細(xì)胞募集到小鼠的肺部，及苯酚作為防腐劑的作用。

在該實(shí)施例中利用下列方法和材料：

小鼠。從Harlan Labs(Livermore，CA)訂購(gòu)7-8周齡的C57BL/6雌性小鼠用于這些研究。

抗原組合物。在這項(xiàng)研究中使用含苯酚的熱殺滅肺炎克雷伯氏菌抗原組合物(KO12)、無(wú)苯酚的熱殺滅肺炎克雷伯氏菌抗原組合物(KO25)、無(wú)苯酚的受輻射肺炎克雷伯氏菌抗原組合物(KO24)和無(wú)苯酚的苯酚殺滅肺炎克雷伯氏菌抗原組合物(KO25)。所有制劑于鹽水中濃度為5.0OD單位。對(duì)于1/10稀釋?zhuān)?ml的DPBS添加1ml細(xì)菌制劑并立即混合，然后在注射之前再混合一次。對(duì)于1/100稀釋?zhuān)?.9ml的DPBS添加0.1ml細(xì)菌制劑并立即混合，然后在注射之前再混合一次。對(duì)于熱殺滅肺炎克雷伯氏菌抗原組合物經(jīng)苯酚的稀釋?zhuān)缟鲜褂煤?.4％苯酚(w/v)的DPBS溶液進(jìn)行稀釋。為制備于DPBS中的0.4％苯酚，首先通過(guò)向10ml的DPBS(Hyclone，Logan，UT)中添加0.5g固體苯酚(Sigma Aldrich，St.Louis，MO)制備5％苯酚溶液。該溶液通過(guò)0.22um過(guò)濾器(Millipore，Billerica，MA)過(guò)濾并且儲(chǔ)存在4℃下。使用之前立即將5％苯酚溶液1ml稀釋于12.5ml DPBS中并用于制備細(xì)菌制劑。

用抗原組合物處理。在第0、2、4和6天用0.1ml的1/10稀釋于PBS或含0.4％苯酚的PBS中的熱殺滅肺炎克雷伯氏菌抗原組合物，0.1ml的1/10稀釋于PBS中的經(jīng)輻射肺炎克雷伯氏菌抗原組合物，或用PBS或含0.4％苯酚的PBS以1/10稀釋的苯酚滅活肺炎克雷伯氏菌抗原組合物皮下處理每組5只小鼠。第7天處死小鼠并且如同實(shí)施例1B中一樣分析向肺部的白細(xì)胞募集。

在該實(shí)施例中獲得下列結(jié)果：

在該實(shí)施例中，我們使用向肺部的白細(xì)胞募集作為功效的替代物以比較通過(guò)各種方法滅活的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物的功效。圖4說(shuō)明，對(duì)于熱殺滅和苯酚殺滅的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物兩者而言，正如通過(guò)細(xì)胞募集所測(cè)量，添加作為防腐劑的苯酚(0.4％)增加了功效。在一些實(shí)施方案中，少量的苯酚(即，0.4％作為防腐劑)可穩(wěn)定細(xì)菌細(xì)胞壁的組分，例如在抗原模式識(shí)別和激活最佳靶向應(yīng)答中很重要的組分。在比較含有作為防腐劑的苯酚的3種制劑(即，經(jīng)熱殺滅、苯酚殺滅和輻射殺滅)中，經(jīng)輻射的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物引起急性炎性單核細(xì)胞、DC、NK細(xì)胞和T細(xì)胞向肺部的最大募集，接著是苯酚殺滅的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物，其中熱殺滅的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物引起最少的細(xì)胞募集。

如圖4中所說(shuō)明的，在第0、2、4和6天用經(jīng)熱滅活(HKWP)或無(wú)(HKnp)苯酚防腐劑，經(jīng)苯酚滅活的有(PKWP)或無(wú)(PKnp)苯酚防腐劑的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物，或通過(guò)輻射滅活的有苯酚防腐劑(IRWP)的肺炎克雷伯氏菌抗原組合物處理小鼠。第7天，將小鼠處死并通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)測(cè)定(A)炎性單核細(xì)胞(CD11b+Gr-1+)和DC(CD11c+Iab+)或(B)CD4 T細(xì)胞、CD8 T細(xì)胞和自然殺滅(NK)細(xì)胞的總數(shù)。誤差條表示來(lái)自于每組5只小鼠的值的標(biāo)準(zhǔn)偏差。使用學(xué)生t檢驗(yàn)，與用IRWP處理的小鼠相比，^*p值＜.05。

實(shí)施例2：位點(diǎn)特異性研究

著重于研究在連同本文所述的抗原組合物一起使用的本文所述的體內(nèi)模型中的M1/M2表型，進(jìn)行下列實(shí)驗(yàn)。簡(jiǎn)言之，在第0、2、4和6天用PBS、大腸埃希氏桿菌結(jié)腸抗原組合物或肺炎克雷伯氏菌抗原組合物處理每組5只小鼠。在實(shí)驗(yàn)第7天，將小鼠處死并進(jìn)行支氣管肺泡灌洗。隨后取出肺部和近端結(jié)腸并且經(jīng)酶促消化。消化后，洗滌回收的細(xì)胞并用對(duì)I-A/I-E FITC(MHC II類(lèi)；M5/114.15.2)；抗Gr-1 PE(RB6-8C5_；抗CD11b PerCP-Cy5(M1/70)；抗CD11c APC(N418)有特異性的抗體染色。所有抗體均獲自eBioscience(San Diego，CA)。對(duì)肺部細(xì)胞計(jì)數(shù)以測(cè)定細(xì)胞的總數(shù)(因?yàn)樵跇悠分g我們并未取出等量的結(jié)腸，所以結(jié)腸未計(jì)數(shù))。染色20分鐘之后洗滌細(xì)胞并通過(guò)FACS分析。相應(yīng)圖5中所示的每個(gè)數(shù)據(jù)點(diǎn)表示每只小鼠的活門(mén)中CD11b+Gr-1+細(xì)胞的頻率。如圖5所示，用大腸埃希氏桿菌抗原組合物處理導(dǎo)致經(jīng)處理的小鼠結(jié)腸中炎性單核細(xì)胞的頻率增大。

此外，并且如圖6所示，在基于本文詳述的實(shí)驗(yàn)方法檢查肺部中的單核細(xì)胞時(shí)，發(fā)現(xiàn)雖然大腸埃希氏桿菌和肺炎克雷伯氏菌抗原組合物兩者均增加了小鼠肺部中的單核細(xì)胞頻率，但對(duì)總數(shù)計(jì)數(shù)時(shí)肺炎克雷伯氏菌抗原組合物更有效。參考圖6，最左側(cè)的圖示出了肺部中CD11b+Gr-1+(炎性單核細(xì)胞)的頻率；最右側(cè)的圖示出了肺部中CD11b+Gr-1+細(xì)胞的總數(shù)。

實(shí)施例3：肺部中的微生物預(yù)防

實(shí)施例3a：肺炎克雷伯氏菌來(lái)源的抗原制劑(SSI)防御肺部中的肺炎鏈球菌攻擊。

本實(shí)施例說(shuō)明在小鼠中皮下施用的全殺滅肺炎克雷伯氏菌的SSI制劑誘導(dǎo)循環(huán)單核細(xì)胞的增加并且提供針對(duì)引入鼻咽的肺炎鏈球菌的后續(xù)細(xì)菌攻擊的保護(hù)。肺炎鏈球菌或肺炎球菌是乳桿菌目(Lactobacillales)的革蘭氏陽(yáng)性、α-溶血、好氧性成員。相反，肺炎克雷伯氏菌是腸桿菌目(Enterobacteriales)的革蘭氏陽(yáng)性、非運(yùn)動(dòng)性、包被、乳糖發(fā)酵、兼性厭氧菌成員。這些生物歸類(lèi)于不同分離學(xué)門(mén)類(lèi)。

每隔一天通過(guò)皮下注射安慰劑或肺炎克雷伯氏菌制劑預(yù)處理C57BL/6小鼠三周，然后用1x10⁹個(gè)CFU的肺炎鏈球菌P1547攻擊并且監(jiān)測(cè)臨床感染的指征5天。第5天，處死小鼠(垂死小鼠在5天前處死)并評(píng)價(jià)細(xì)菌負(fù)荷和免疫參數(shù)。

如圖7A中所說(shuō)明的，經(jīng)肺炎克雷伯氏菌制劑處理的小鼠受保護(hù)而免受肺炎鏈球菌感染(5/5)，而經(jīng)安慰劑處理的小鼠僅部分受保護(hù)(3/5)。此外，抗性小鼠(經(jīng)SSI和安慰劑處理)肺部中的TNF和MCP-1基因表達(dá)高于死于感染的經(jīng)安慰劑處理的小鼠。圖7B說(shuō)明經(jīng)SSI處理，鼻腔、肺部和脾臟中減少的細(xì)菌計(jì)數(shù)。

實(shí)施例3b：肺炎克雷伯氏菌來(lái)源的抗原制劑(SSI)防御肺部中的銅綠假單胞菌或肺炎鏈球菌攻擊。

向8-10周齡C57B1/6小鼠的肺部中滴注銅綠假單胞菌(PA14，7.8x10⁸個(gè)CFU/只小鼠)，所述小鼠每隔一天用30μL PBS或由全殺滅肺炎克雷伯氏菌配制的SSI預(yù)處理3周，存活率如圖9A所示。如圖9B所示，在第5天6只存活小鼠中，PBS處理組的3/6在肺部中有細(xì)菌而僅2/10的SSI處理小鼠在肺部中有細(xì)菌。

向8-10周齡C57B1/6小鼠的肺部中滴注肺炎鏈球菌(P1542，4.1x10⁶個(gè)CFU/只小鼠)，所述小鼠每隔一天用30μL PBS或由全殺滅肺炎克雷伯氏菌配制的SSI預(yù)處理3周，存活率如圖10所示。

本實(shí)施例說(shuō)明在小鼠中皮下施用的全殺滅肺炎克雷伯氏菌的SSI制劑誘導(dǎo)針對(duì)肺部中受銅綠假單胞菌或肺炎鏈球菌感染的預(yù)防性抗微生物活性。圖9說(shuō)明銅綠假單胞菌攻擊中的存活率明顯增加，并且圖10說(shuō)明肺炎鏈球菌攻擊中的存活率增加。這些數(shù)據(jù)說(shuō)明了一種肺部病原體的抗原組合物介導(dǎo)的針對(duì)兩種異源肺部病原體有效的預(yù)防。

實(shí)施例3c：肺炎克雷伯氏菌來(lái)源的抗原制劑(SSI)和大腸埃希氏桿菌來(lái)源的抗原制劑(SSI)在防御肺部中的肺炎鏈球菌或銅綠假單胞菌攻擊中的比較。

在本實(shí)施例中，肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)與大腸埃希氏桿菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的肺炎鏈球菌或銅綠假單胞菌攻擊中，展示出在統(tǒng)計(jì)上更優(yōu)的預(yù)防功效。

對(duì)于銅綠假單胞菌的模型處理，用指示的SSI(0.03ml/次注射)處理小鼠14天，然后用銅綠假單胞菌(PA14)通過(guò)鼻內(nèi)滴注6.0x10⁸個(gè)CFU的細(xì)菌攻擊。三天之后，無(wú)菌切除肺部、勻化并且使用假單胞菌選擇瓊脂板評(píng)估細(xì)菌負(fù)荷。圖15示出了結(jié)果(數(shù)據(jù)為肺(平均值+/-標(biāo)準(zhǔn)偏差)的CFU/g)，說(shuō)明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)與大腸埃希氏桿菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的銅綠假單胞菌攻擊中，展示出統(tǒng)計(jì)上更優(yōu)的預(yù)防功效。

對(duì)于肺炎鏈球菌的模型處理，用指示的SSI(0.03ml/次注射)處理小鼠14天，然后用肺炎鏈球菌(PA14)通過(guò)鼻內(nèi)滴注5.0x10⁵個(gè)CFU的細(xì)菌攻擊。三天之后，無(wú)菌切除肺部、勻化并且使用假單胞菌選擇瓊脂板評(píng)估細(xì)菌負(fù)荷。圖16示出了結(jié)果(數(shù)據(jù)為肺(平均值+/-標(biāo)準(zhǔn)偏差)的CFU/g)，說(shuō)明肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)與大腸埃希氏桿菌SSI(QBECO)相比，在防御肺部中的肺炎鏈球菌攻擊中，展示出統(tǒng)計(jì)上更優(yōu)的預(yù)防功效。

實(shí)施例4：GIT中的抗微生物療法

本實(shí)施例說(shuō)明了在炎性腸病小鼠模型中的異源抗微生物療法，該療法使用粘附性侵襲性大腸埃希氏桿菌(AIEC)的特定物種(NRG 857)，以在清除AIEC的能力降低的小鼠129e品系的結(jié)腸中誘導(dǎo)慢性IBD樣感染。

129e小鼠受NRG 857感染并且用(1)安慰劑，(2)大腸埃希氏桿菌的全殺滅細(xì)胞制劑(圖8中的SSI-1)，或(3)腸道沙門(mén)氏菌的全殺滅細(xì)胞制劑處理，腸道沙門(mén)氏菌是可以在小鼠中引起胃腸道感染的病原體(圖8中稱(chēng)為SSI-2)。結(jié)果說(shuō)明大腸埃希氏桿菌的全殺滅制劑有效減少129e小鼠的結(jié)腸組織(比經(jīng)安慰劑處理的小鼠低300倍-注意圖表為對(duì)數(shù)標(biāo)度)和糞便中的NRG 857計(jì)數(shù)。另外，腸道沙門(mén)氏菌制劑也表現(xiàn)出一些針對(duì)異源AIEC感染的抗微生物活性。

根據(jù)本發(fā)明的一個(gè)方面，巨噬細(xì)胞缺乏或不足，導(dǎo)致清除細(xì)菌感染和壞死碎屑的能力降低，可能是與微生物感染相關(guān)的一些病理的潛在觸發(fā)因素。這例如在克羅恩氏病(Crohn’s disease)中已被假定為是所述情況。因此本發(fā)明的各方面涉及器官特異性巨噬細(xì)胞募集和活化的誘導(dǎo)，引起細(xì)菌感染的清除。

實(shí)施例5：腹膜腔內(nèi)的抗微生物預(yù)防

在第一方面，本實(shí)施例說(shuō)明全殺滅大腸埃希氏桿菌SSI制劑在防御腸道沙門(mén)氏菌中有效。如圖11中所說(shuō)明的，經(jīng)SSI處理的小鼠在脾臟中具有比經(jīng)鹽水處理的小鼠明顯更少的細(xì)菌(p＜0.0001)，并且經(jīng)SSI處理的小鼠具有比經(jīng)鹽水處理的小鼠更低的峰值體重減輕(p＜0.02)。

在一個(gè)替代性方面，本實(shí)施例說(shuō)明由不同大腸埃希氏桿菌菌株制成的兩種替代性全殺滅大腸埃希氏桿菌SSI制劑(QBECO和QBECP)，在小鼠模型中在防御腸道沙門(mén)氏菌攻擊中有效，預(yù)防水平與先前施用的抗原腸道沙門(mén)氏菌制劑(QBSEN)相比有利。在本實(shí)施例中，通過(guò)皮膚注射替代性制劑即QBECO、QBECP(來(lái)自泌尿大腸埃希氏桿菌的SSI)或QBSEN(各自隔天給予，持續(xù)3周)預(yù)處理小鼠，然后用腸道沙門(mén)氏菌感染。對(duì)于所有處理而言存活率均提高，如圖12A中所說(shuō)明的，QBECP提供與QBSEN相當(dāng)?shù)囊嫣?。處死小鼠，并量化脾臟中的菌落計(jì)數(shù)而且如圖12B中所說(shuō)明的，發(fā)現(xiàn)該菌落計(jì)數(shù)在所有處理組中更低。類(lèi)似地，如圖12C中所說(shuō)明的，發(fā)現(xiàn)體重減輕在所有處理組中更低。

在對(duì)靶向和優(yōu)化的腹膜內(nèi)預(yù)防的進(jìn)一步說(shuō)明中，用替代性SSI即QBKPN和QBECO或媒介物處理小鼠；然后用腸道沙門(mén)氏菌(鼠傷寒沙門(mén)氏菌)通過(guò)IP滴注1.0x10⁶個(gè)CFU的細(xì)菌攻擊。三天之后，無(wú)菌切除脾臟、勻化并且在海克能腸道(Hektoen enteric)瓊脂板上評(píng)估細(xì)菌負(fù)荷。圖19說(shuō)明，正如通過(guò)脾臟中的細(xì)菌負(fù)荷所測(cè)量，QBECO和QBKPN兩者為保護(hù)性的，并且經(jīng)QBECO處理的小鼠中的計(jì)數(shù)明顯比經(jīng)QBKPN處理的小鼠低(數(shù)據(jù)為CFU/ml(平均值+/-標(biāo)準(zhǔn)偏差)。

實(shí)施例6：皮膚中的抗微生物預(yù)防

本實(shí)施例說(shuō)明了在皮膚感染小鼠模型中的靶向異源抗微生物療法，說(shuō)明源自靶組織的微生物病原體的抗原制劑的功效提高。用選定的本發(fā)明的抗原制劑(0.03ml/次注射)處理小鼠14天，然后用銅綠假單胞菌(PA14)通過(guò)皮內(nèi)注射6.5x10⁵個(gè)CFU攻擊。三天之后，無(wú)菌切除皮膚、勻化并且使用假單胞菌選擇瓊脂板評(píng)估細(xì)菌負(fù)荷。圖13說(shuō)明QBSAU(金黃色葡萄球菌來(lái)源的SSI)防御皮膚中的銅綠假單胞菌攻擊，與QBKPN(其在鼠類(lèi)模型中不是皮膚病原體)相比，在QBSAU之后細(xì)菌計(jì)數(shù)顯著減少。如圖14所示(n＝8只小鼠/組)，前述程序的重復(fù)迭代使所述結(jié)果重現(xiàn)。

實(shí)施例7：老齡模型老齡小鼠中的抗微生物預(yù)防

本實(shí)施例說(shuō)明了肺部感染老齡小鼠模型中的靶向異源抗微生物療法，顯示肺炎克雷伯氏菌SSI(QBKPN)防御老齡小鼠肺部中的肺炎鏈球菌攻擊。圖17顯示對(duì)于老齡小鼠的存活益處，圖17B，比對(duì)幼齡小鼠，圖17A，更為顯著。圖18說(shuō)明了確定的數(shù)據(jù)，顯示在用肺炎鏈球菌攻擊之后，QBKPN減少老齡小鼠的體重減輕，并且相比于幼齡小鼠這種益處對(duì)于老齡小鼠而言更大。

實(shí)施例8：肺部中的抗病毒預(yù)防

在本實(shí)施例中，根據(jù)其它實(shí)施例中提出的方案，為小鼠注射QBKPN或QBECO SSI或媒介物14天。然后在鼻內(nèi)用鼠皰疹病毒68(MHV68)，一種經(jīng)遺傳修飾以驅(qū)動(dòng)螢光素酶報(bào)告基因的病毒，攻擊小鼠。MHV68是用于研究肺部感染的模型病毒病原體。攻擊之后三天，為小鼠注射300微克的螢光素；10分鐘后，處死小鼠，切除肺部，并且用Xenogen IVIS成像儀成像。肺部中的發(fā)光是活性病毒感染和復(fù)制的指標(biāo)。

用QBKPN SSI預(yù)處理小鼠顯著地減少了小鼠肺部中的發(fā)光信號(hào)，提供了肺部中使用靶向抗原細(xì)菌制劑的抗病毒預(yù)防的證據(jù)。對(duì)于QBECO未觀察到相同的顯著結(jié)果。

其它實(shí)施方案

雖然本文公開(kāi)了本發(fā)明的各個(gè)實(shí)施方案，但許多改變和修改可以在本發(fā)明的范圍內(nèi)按照本領(lǐng)域技術(shù)人員的公知常識(shí)進(jìn)行。此類(lèi)修改包括對(duì)本發(fā)明任何方面的已知等效方案的替代，以便以基本相同的方式達(dá)到相同的結(jié)果。在一些實(shí)施方案中，本發(fā)明排除了涉及醫(yī)療或手術(shù)治療的步驟。數(shù)字范圍包括限定所述范圍的數(shù)字。在本說(shuō)明書(shū)中，詞語(yǔ)“包含”用作開(kāi)放式術(shù)語(yǔ)，基本上等同于短語(yǔ)“包括但不限于”，并且詞語(yǔ)“包含”具有相應(yīng)的含義。本文參考文獻(xiàn)的引用不應(yīng)當(dāng)被解釋為承認(rèn)此類(lèi)參考文獻(xiàn)是本發(fā)明的現(xiàn)有技術(shù)。所有出版物均通過(guò)引用并入本文，如同特別且單獨(dú)地指出每個(gè)單獨(dú)的出版物通過(guò)引用并入本文一樣并且如同在本文中完全闡述一樣?；旧先缟衔乃霾⑶覅⒖紝?shí)施例和附圖，本發(fā)明包括所有實(shí)施方案和變型。