本發(fā)明涉及免疫學(xué)和癌癥治療的領(lǐng)域。更具體地，本發(fā)明涉及olaratumab，其用于治療胃腸道間質(zhì)瘤(GIST)、優(yōu)選攜帶血小板衍生生長因子受體α(PDGFRα) D842V突變的那些，和作為用于治療GIST的藥物。
GIST是主要發(fā)生在胃腸道(GI)（包括胃和小腸）中的間質(zhì)瘤。GIST包括曾經(jīng)被診斷(在GIST的分子概況分析之前)為胃腸平滑肌瘤、成平滑肌細胞瘤、平滑肌肉瘤、神經(jīng)纖維瘤或神經(jīng)鞘瘤的腫瘤。大多數(shù)GIST由KIT酪氨酸激酶受體中的活化突變驅(qū)動。但是，小比例(5%-7%)的GIST具有有關(guān)激酶PDGFRα中的活化突變。Biron T.等人.J Clin Oncol. 2010;28:15s (增刊；摘要10051)。KIT和PDGFRα活化突變是相互排斥的(Corless C.,等人. Nature Reviews, Cancer. 2011; 11: 865-878)，盡管最近的證據(jù)指示，帶有KIT突變的藥物抗性的GIST可以獲得PDGFRα的繼發(fā)性突變(Debiec-Rychter M.等人.Gastroenterology 2005;128:270-279)。本發(fā)明是對臨床上未滿足的治療GIST、特別是具有PDGFRα突變的那些的需求的應(yīng)答。用于治療GIST的Olaratumab會為具有這類突變的該患者群體提供意外的臨床益處。
外科手術(shù)切除術(shù)是沒有轉(zhuǎn)移灶證據(jù)的原發(fā)性GIST的最佳方案。但是，在五年內(nèi)的復(fù)發(fā)是完全切除的腫瘤的相當常見的事件。常規(guī)細胞毒性的化學(xué)療法與5%或更低的典型應(yīng)答率有關(guān)，且具有轉(zhuǎn)移性的/不可切除的GIST的患者的生存中值僅為5-12個月。
經(jīng)批準的非外科手術(shù)治療選擇包括三種小分子酪氨酸激酶抑制劑(TKI)：伊馬替尼(imatinib，靶向KIT和PDGFRα；被批準用于KIT陽性的不可切除的和/或轉(zhuǎn)移性的惡性GIST)、舒尼替尼(sunitinib，靶向KIT和PDGFRα；被批準用于伊馬替尼基礎(chǔ)上的疾病進展以后或?qū)σ榴R替尼不耐受以后的GIST)和瑞戈非尼(regorafenib，靶向KIT、PDGFRα和血管內(nèi)皮生長因子受體(VEGFR)；被批準用于不可通過外科手術(shù)除去且不再對伊馬替尼和舒尼替尼有應(yīng)答的晚期GIST)，它們分別被批準作為在第一線、第二線和第三線中用于治療不可切除的或轉(zhuǎn)移性的GIST的單一藥劑療法。Corless C., 等人. Nature Reviews, Cancer. 2011; 11: 865-878。
通過突變導(dǎo)致PDGFRα的組成型的、不依賴于配體的活性的異?；罨赡芘c對其它GIST治療的抗性有關(guān)。已知許多PDGFRα突變(Corless CL, 等人. J Clin Oncol 2005;23:5357-5364)，但是，它們在GIST中的作用仍然沒有有待闡明?？赡茉谠摽剐詸C制中起作用的一種突變是PDGFRαD842V。但是，靶向PDGFRα突變（包括D842V PDGFRα突變）的作用和效力是不確定的，且仍然是本領(lǐng)域技術(shù)人員的研究和討論的主題。Zoler M，2014年3月3日公開在http://www.oncologypractice.com/topics/sarcoma-gist/single-article-page/role-for-gist-genotyping-stirs-controversy/800d33412028870aef488cd0df0ca190email=MARCHESANI@LILLY.COM&ocid=1133957.html。因此，PDGFRα抑制劑對于具有PDGFRα突變的GIST患者的效果和效力大小目前仍然在討論中。
當前的數(shù)據(jù)提示，具有非獲得性的PDGFRα-活化突變（諸如PDGFRαD842V）的、不可切除的或轉(zhuǎn)移性的GIST患者傾向于對伊馬替尼(Cassier P., 等人. Clin Cancer Res. 2012；在2012年6月20日第一次在線公開，和Corless CL, 等人. J Clin Oncol 2005;23:5357-5364)和舒尼替尼(Heinrich MC, 等人. J Clin Oncol. 2008;26(33):5352-5359)具有抗性或無應(yīng)答。盡管用伊馬替尼治療，具有PDGFRαD842V的患者的中值無進展存活期(PFS)僅為大約12周。Biron T. 等人.J Clin Oncol. 2010;28:15s (增刊；摘要10051)。鑒于伊馬替尼和舒尼替尼對攜帶PDGFRα突變的GIST和對用伊馬替尼和舒尼替尼難以治療其疾病的患者而言有限的效力，需要用于這些患者亞群的新治療。
仍不清楚PDGFRα抑制劑是否是該患者群體的有效治療。最近使用crenolanib（一種TKI小分子抑制劑，其靶向包括D842V突變的PDGFRα）的早期研究已經(jīng)在臨床前模型中表現(xiàn)出效力；crenolanib目前正在2期研究中進行研究。Heinrich MC, 等人. Clin Cancer Res. 2012;18;4375。但是，作為小分子TKI，它缺少本文所述發(fā)明的特異性以及可能缺少一些功能性。因此，該患者群體極大地需要新的、有效的和良好耐受的提供臨床益處的針對GIST的治療。
簡言之，對于提供臨床益處的新的、有效的和良好耐受的針對GIST的治療存在高度未滿足的臨床需要。另外，對于提供存活益處的新的、有效的和良好耐受的針對伊馬替尼和舒尼替尼難以治療其疾病的GIST患者的治療存在高度未滿足的臨床需要。另外，對于提供存活益處的新的、有效的和良好耐受的針對具有PDGFRα突變的GIST患者的治療存在高度未滿足的臨床需要。更具體地，對于提供存活益處的新的、有效的和良好耐受的針對具有D842V PDGFRα突變的GIST患者的治療存在高度未滿足的臨床需要。
在本文中呈現(xiàn)了olaratumab用于治療GIST、特別是具有PDGFRα突變（更具體地，D842V突變）的GIST的新應(yīng)用。Olaratumab，IMC-3G3 (美國專利號8,128,929和8,574,578)是一種特異性地靶向PDGFRα的重組人單克隆抗體。所述專利公開了用PDGFRα抗體（包括IMC-3G3）治療多種腫瘤疾病，包括軟組織肉瘤。本發(fā)明處于2期試驗研究中(http://www.clinicaltrials.gov/ct2/show/NCT01316263term=3G3&rank=8) (在下文中稱作“研究”)。所述專利和所述研究設(shè)計都沒有提供靶向PDGFRα突變和更具體地D842V突變的作用或效力的任何提示。
所述研究的結(jié)果證實了與PDGFRα野生型GIST患者相比特別對于攜帶PDGFRα突變(包括D842V)的GIST患者的意外益處。與PDGFRα野生型/非突變組群的6.1周相比，所述研究中的中位PFS對于PDGFRα突變組群而言為32.1周。
此外，在研究中對PDGFRα突變組群為32.1周的中位PFS與在本領(lǐng)域中公開的用伊馬替尼治療的PDGFRαD842V突變患者的大約12周中位PFS相比顯著提高。Biron T.等人.J Clin Oncol. 2010;28:15s (增刊；摘要10051)。
另外，可以看到臨床效力的明顯趨勢：在32周，研究中29%的攜帶PDGFRα突變的患者仍未表現(xiàn)出疾病進展，而所有被鑒別為PDGFRα野生型的患者（包括具有未突變的PDGFRα的患者）在32周表現(xiàn)出疾病進展。考慮到GIST的性質(zhì)，該趨勢是臨床上顯著的。因此，當用olaratumab治療時，用olaratumab治療的攜帶PDGFRα突變的患者與PDGFRα野生型患者相比具有臨床益處。
根據(jù)本發(fā)明的第一方面，提供了治療患者的胃腸道間質(zhì)瘤的方法，所述方法包括給有此需要的患者施用治療有效量的olaratumab，前提條件是，取自所述患者的樣品含有PDGFRα突變。
在本發(fā)明的另一個方面，提供了治療患者的胃腸道間質(zhì)瘤的方法，所述方法包括給有此需要的患者施用治療有效量的olaratumab，前提條件是，基于取自所述患者的樣品含有PDGFRα突變而選擇所述患者進行治療。
本發(fā)明的還另一個方面是治療患者的胃腸道間質(zhì)瘤的方法，所述方法包括在施用olaratumab之前針對PDGFRα突變測定取自所述患者的樣品，和如果PDGFRα突變存在于所述樣品中，則給所述患者施用治療有效量的olaratumab。
本發(fā)明的另一個方面是選擇具有胃腸道間質(zhì)瘤的患者用于使用治療有效量的olaratumab進行治療的體外方法，所述方法包括測定PDGFRα突變在取自所述患者的樣品中的存在，其中如果PDGFRα突變存在于所述樣品中，則選擇所述患者使用olaratumab進行治療。
本發(fā)明的一個方面是鑒別適合用olaratumab治療的胃腸道間質(zhì)瘤患者的方法，所述方法包括在施用治療有效量的olaratumab之前通過取自所述患者的樣品的DNA或RNA測序來測定PDGFRα突變的存在，其中如果PDGFRα突變存在于所述樣品中，則所述患者適合用olaratumab治療。
本發(fā)明的另一個方面是改進的用olaratumab治療具有胃腸道間質(zhì)瘤的患者的方法，所述方法包括確定PDGFRα突變在取自所述患者的樣品中的存在，且其中在施用治療有效量的olaratumab之前確定所述突變。
在與上面公開的方法有關(guān)的本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本發(fā)明的一個方面是預(yù)測胃腸道間質(zhì)瘤患者對olaratumab治療的應(yīng)答的方法，所述方法包括測定取自所述患者的樣品以確定PDGFRα突變在所述樣品中的存在，其中突變在所述樣品中的存在預(yù)測所述患者對olaratumab的有效應(yīng)答。
本發(fā)明的另一個方面是預(yù)測胃腸道間質(zhì)瘤患者對olaratumab施用的應(yīng)答的體外方法，所述方法包括對取自所述患者的樣品執(zhí)行DNA或RNA測序，其中PDGFRα突變的存在指示增加的以下可能性：所述患者將對olaratumab的施用做出有效應(yīng)答。
在與上面公開的方法有關(guān)的本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，所述PDGFRα突變是D842V。
在與上面公開的方法有關(guān)的本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，所述樣品選自：血液、血清、血漿、尿、組織、腫瘤細胞、腫瘤組織樣品、循環(huán)腫瘤細胞和循環(huán)DNA。
本發(fā)明的一個方面是用于治療胃腸道間質(zhì)瘤的治療方案，其包括：(1)基于取自具有PDGFRα突變的取自患者的樣品而選擇具有胃腸道間質(zhì)瘤的患者，其中所述樣品選自血液、血清、血漿、尿、組織、腫瘤細胞、腫瘤組織樣品、循環(huán)腫瘤細胞和循環(huán)DNA，和(2)如果所述突變存在的話，給所述患者施用olaratumab。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，所述PDGFRα的突變是D842V。在本發(fā)明的另一個優(yōu)選方面，以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
在本發(fā)明的另一個方面，提供了用于治療具有PDGFRα突變的胃腸道間質(zhì)瘤的藥物組合物，其包含olaratumab和一種或多種藥學(xué)上可接受的載體、稀釋劑或賦形劑。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，所述PDGFRα的突變是D842V。在本發(fā)明的另一個優(yōu)選方面，以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本發(fā)明的另一個方面是olaratumab在藥物制備中的用途，所述藥物用于治療具有PDGFRα突變的胃腸道間質(zhì)瘤。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，所述PDGFRα的突變是D842V。在本發(fā)明的另一個優(yōu)選方面，以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本發(fā)明的一個方面是用于治療具有PDGFRα突變的胃腸道間質(zhì)瘤的olaratumab。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，所述PDGFRα的突變是D842V。在本發(fā)明的另一個優(yōu)選方面，以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本發(fā)明的還另一個方面是用于治療胃腸道間質(zhì)瘤的olaratumab，包括下述步驟: (1)測定來自患者的樣品，其中所述樣品選自血液、血清、血漿、尿、組織、腫瘤細胞、腫瘤組織樣品、循環(huán)腫瘤細胞和循環(huán)DNA，(2)確定PDGFRα突變在取自所述患者的樣品中的存在，其中所述PDGFRα突變是D842V，和(3)如果所述突變存在的話，則給所述患者施用olaratumab。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本發(fā)明也考慮到實施方案的以下非限制性列表，所述實施方案在本文別處進一步描述：
根據(jù)本發(fā)明的一個優(yōu)選實施方案，提供了一種用于治療GIST的olaratumab的藥物組合物，其中以14-天周期施用olaratumab，其中olaratumab的每個劑量落在約10 mg/kg至約30 mg/kg的范圍內(nèi)。優(yōu)選地所述劑量是在約18.5 mg/kg至約22.5 mg/kg的范圍內(nèi)，且最優(yōu)選地是約20 mg/kg。優(yōu)選地，應(yīng)當以14天的周期治療患者直到具有證實的疾病進展的證據(jù)。
本發(fā)明提供了用于本文中公開的不同方面的olaratumab。Olaratumab是對人PDGFRα具有特異性且包含在表1中公開的序列的抗體：(1) 6個CDR氨基酸序列(CDRH1、CDRH2、CDRH3、CDRLl、CDRL2、CDRL3)；(2)重鏈可變區(qū)(VH)和輕鏈可變區(qū)(VL)；(3)重鏈和輕鏈；或(4) 2個重鏈和2個輕鏈。
本發(fā)明還提供了用于治療具有PDGFRα突變的胃腸道間質(zhì)瘤的olaratumab，其中所述PDGFRα突變是D842V。
本發(fā)明還提供了用于治療具有PDGFRα突變的胃腸道間質(zhì)瘤的olaratumab，其中以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本發(fā)明還提供了用于治療具有PDGFRα突變的胃腸道間質(zhì)瘤的olaratumab，其中所述PDGFRα突變是D842V且其中以約20 mg/kg的劑量施用olaratumab。
本文中使用的術(shù)語“抗原”包括位于細胞的表面上的蛋白?？乖梢园ǘ嚯摹⑻妓衔?、核酸、脂質(zhì)、半抗原或其它天然存在的或合成的化合物。優(yōu)選地，所述抗原是折疊的多肽或蛋白。特異性配體結(jié)合蛋白或受體，從而開始信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和細胞活性的變化?？贵w還可以結(jié)合抗原，所述抗原可以阻斷配體結(jié)合和得到的信號轉(zhuǎn)導(dǎo)。術(shù)語抗原、“受體”、“靶標”或“靶抗原”在本文中可互換地使用。
除非另有說明，否則術(shù)語“血小板衍生生長因子受體α”、“血小板衍生生長因子受體α”、“PDGFRα”、“PDGFRα”、“PDGFα受體”和“PDGFα受體”在本文中可互換地使用，且意圖表示結(jié)合人血小板衍生生長因子的人III型受體酪氨酸激酶、以及其在功能上有活性的突變形式。PDGFRα的具體例子包括，例如，由GenBank?登記號NM_006206.4提供的核苷酸序列(SEQ ID NO 13)編碼的人多肽，或由GenBank?登記號NP_006197.1提供的多肽序列編碼的人蛋白。
PDGFRα是可以被血小板衍生生長因子(PDGF)-AA、-AB、-BB和-CC活化的受體酪氨酸激酶。這些生長因子是由二硫鍵連接的多肽鏈組成的二聚體分子，其同時結(jié)合兩個受體并誘導(dǎo)受體二聚化、自磷酸化和下游細胞內(nèi)信號傳遞。PDGFRα在許多間充質(zhì)結(jié)構(gòu)中表達，且PDGFRα在發(fā)育的早期和晚期階段中起關(guān)鍵作用。
本文中使用的術(shù)語“突變”包括基因組的核苷酸序列的變化，包括抗原的氨基酸序列的變化。突變是抗原的序列中偏離野生型、標準、正常或預(yù)期的異?；蜃兓?/p>
通過經(jīng)由直接的雙向測序或?qū)崟rPCR擴增以及隨后的DNA測序評價提取的和純化的PDGFRα外顯子(特別是外顯子12、14和18)的DNA，可以在診斷或預(yù)后測定中確定受體中的突變。用于檢測突變的其它方法包括RNA測序、高分辨率熔解曲線(HRM)技術(shù)和核苷酸雜交。
可以在取自患者的樣品中檢測突變的存在。所述患者樣品可以是血液、血清、血漿、尿、組織、腫瘤細胞、腫瘤組織樣品、循環(huán)腫瘤細胞和循環(huán)DNA。
本文中使用的術(shù)語“olaratumab”（也被稱作IMC-3G3，CAS登記號1024603-93-7）表示包含2個重鏈和2個輕鏈的抗-PDGFRα抗體，每個重鏈的氨基酸序列是在SEQ ID NO: 9中給出的序列，每個輕鏈的氨基酸序列是在SEQ ID NO: 10中給出的序列。美國專利號8,128,929和8,574,578。
olaratumab是特異性地靶向人PDGFRα的IgG1同種型的重組人單克隆抗體。所述抗體具有對PDGFRα的高親和力結(jié)合并阻斷血小板衍生生長因子-AA (PDGF-AA)、-BB和-CC配體與受體的結(jié)合。所以，olaratumab抑制配體誘導(dǎo)的受體自磷酸化以及下游信號傳遞分子蛋白激酶B (Akt)和促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)的磷酸化。olaratumab抑制多種人腫瘤細胞系的增殖和生長。
本文中使用的術(shù)語“抗體”包括包含4個多肽鏈的免疫球蛋白分子：通過二硫鍵相互連接的2個重(H)鏈和2個輕(L)鏈。各個鏈可以折疊成具有類似大小(110-125個氨基酸)和結(jié)構(gòu)、但是具有不同功能的結(jié)構(gòu)域?？贵w可以在本文中縮寫為“Ab”。
輕鏈可以包含一個可變結(jié)構(gòu)域(VL)和/或一個恒定結(jié)構(gòu)域(在本文中縮寫為CL)。人抗體(免疫球蛋白)的輕鏈是κ(K)輕鏈或λ(λ)輕鏈。本文中使用的表述VL意圖包括來自κ-型輕鏈(VK)和來自λ-型輕鏈(Vλ)的可變區(qū)。所述重鏈還可以包含一個可變結(jié)構(gòu)域(VH)和/或取決于抗體的種類或同種型而定的三個或四個恒定結(jié)構(gòu)域(CH1、CH2、CH3和CH4) (在本文中共同地縮寫為CH)。在人類中，所述同種型是IgA、IgD、IgE、IgG和IgM，其中IgA和IgG進一步細分成亞類或亞型(IgA1-2和IgG1-4)。本發(fā)明包括任意前述種類或亞類的抗體。人IgG1是本發(fā)明的抗體的優(yōu)選同種型。
在每個VL和VH中存在三個區(qū)域，被稱作高變或互補性決定區(qū)(在下文中“CDR”)，它們由被稱作框架(在本文中縮寫為“FR”)的低可變區(qū)支持。根據(jù)各種慣例將氨基酸分配至特定CDR區(qū)域或結(jié)構(gòu)域，所述慣例包括、但不限于：Kabat (Kabat, 等人, Sequences of Proteins of Immunological Interest, Fifth Edition, U.S. Department of Health and Human Services, NIH Publication No. 91-3242 (1991))、Chothia (Chothia, 等人,J Mol Biol. 1987; 196: 901-917. Chothia, 等人,Nature. 1989; 342: 877-883),和/或Oxford Molecular AbM抗體建模軟件(http://www.bioinf.org.uk/abs/)。每個VH和VL由3個CDR和4個FR組成，從氨基端至羧基端以下列順序排列：FR1-CDR1-FR2-CDR2-FR3-CDR3-FR4。由VL和VH結(jié)構(gòu)域組成的抗體部分被命名為Fv (可變片段)且構(gòu)成抗原結(jié)合位點。
術(shù)語“分離的”表示不含有或基本上不含有在細胞環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的其它大分子物質(zhì)的抗體、蛋白、肽或核酸。本文中使用的“基本上不含有”是指目標蛋白肽或核酸包含超過80%(基于摩爾)的存在的大分子物質(zhì)，優(yōu)選地超過90%且更優(yōu)選地超過95%?！胺蛛x的”抗體的例子包括已經(jīng)親和力純化的抗體，已經(jīng)通過雜交瘤或其它體外細胞系制備的抗體，和從轉(zhuǎn)基因小鼠衍生出的人抗體。
本文中使用的術(shù)語“單克隆的”表示從基本上同源的抗體群體得到的抗體，例如，除了可能的天然存在的突變或可能存在的微小翻譯后變化以外，構(gòu)成所述群體的各個抗體是基本上相同的。單克隆抗體是高度特異性的，針對單個抗原位點(也被稱作決定簇或表位)。此外，與通常包括針對不同決定簇的不同抗體的常規(guī)(多克隆)抗體制品不同，每個單克隆抗體針對抗原上的單個決定簇。修飾詞“單克隆的”指示所述抗體得自基本上同源的抗體群體的特征，并且不應(yīng)解釋為需要通過任何特定方法生產(chǎn)所述抗體。單克隆抗體可以在本文中縮寫為“mAb”。
本文中使用的術(shù)語“人抗體”包括具有與人種系免疫球蛋白序列對應(yīng)的可變區(qū)和恒定區(qū)的抗體(如在Kabat等人,出處同上中所述)。本發(fā)明的人抗體可以包括不是由人種系免疫球蛋白序列編碼的氨基酸殘基(例如，通過隨機的或位點特異性的體外誘變或體內(nèi)體細胞突變而導(dǎo)入的突變)，例如在CDR中。所述人抗體可以具有至少一個被氨基酸殘基替換的位置，例如，不是由人種系免疫球蛋白序列編碼的增強活性的氨基酸殘基。但是，本文中使用的術(shù)語“人抗體”無意包括這樣的抗體：其中從另一哺乳動物物種(諸如小鼠)的種系衍生出的CDR序列已經(jīng)移植至人框架序列上。本文中使用的生產(chǎn)“人抗體”的方法無意包括在人類中生產(chǎn)的抗體。
短語“重組人抗體”包括通過重組方式制備、表達、建立或分離的人抗體，諸如使用轉(zhuǎn)染進宿主細胞中的重組表達載體表達的抗體，從重組的組合人抗體文庫分離的抗體，從人免疫球蛋白基因的轉(zhuǎn)基因動物分離的抗體，或通過涉及將人免疫球蛋白基因序列剪接至其它DNA序列的任何其它方式制備、表達、建立或分離的抗體。這樣的重組人抗體具有從人種系免疫球蛋白序列衍生出的可變區(qū)和恒定區(qū)。
因而，本發(fā)明的抗體包括、但不限于：分離的抗體、人抗體、人源化抗體、重組人抗體、單克隆抗體、消化片段、指定的部分及其變體，包括抗體模擬物或包含模仿抗體或其指定片段或部分的結(jié)構(gòu)和/或功能的抗體部分；每個含有至少一個CDR。
基于親和力可以確定抗體或其片段的特異性。由抗原與抗體的解離的平衡常數(shù)(KD)表示的親和力測量抗原決定簇和抗體結(jié)合部位之間的結(jié)合強度。例如，通過表面等離子體共振可以測量親和力。
本發(fā)明的抗體結(jié)合位于細胞外結(jié)構(gòu)域區(qū)段(在下文中簡稱為“結(jié)構(gòu)域”或“ECD”)上的PDGFRα的表位。本文中使用的術(shù)語“表位”表示被本發(fā)明的抗體識別的抗原上的離散三維位點。
除了本文特別描述的抗體以外，利用本領(lǐng)域技術(shù)人員眾所周知的各種重組DNA技術(shù)可以容易地設(shè)計和制備其它“基本上同源的”修飾的抗體。例如，框架區(qū)可以在一級結(jié)構(gòu)水平上從天然序列通過幾個氨基酸置換、末端和中間添加和缺失等變化。此外，可以單獨地或聯(lián)合地使用多種不同的人框架區(qū)作為本發(fā)明的人源化免疫球蛋白的基礎(chǔ)。一般而言，通過多種眾所周知的技術(shù)，諸如定位誘變，可以容易地實現(xiàn)基因的修飾。
本發(fā)明包括編碼抗- PDGFRα抗體重鏈的核酸序列，所述抗- PDGFRα抗體重鏈包含任一個VH區(qū)域或其部分、或者任一個VH CDR，包括本文中公開的其任何變體。本發(fā)明還包括編碼抗-PDGFRα抗體輕鏈的核酸分子，所述抗-PDGFRα抗體輕鏈包含任一個VL區(qū)域或其部分、或者任一個VL CDR，包括本文中公開的其任何變體。本發(fā)明還包括olaratumab的核酸序列，對于重鏈和輕鏈分別為SEQ ID NO 11和12。本發(fā)明的抗體包括含有olaratumab的相同CDR區(qū)域和/或olaratumab的相同輕鏈可變區(qū)和/或重鏈可變區(qū)的抗體。
通過本領(lǐng)域已知的方法可以生產(chǎn)本發(fā)明的抗體。這些方法包括使用轉(zhuǎn)基因動物、噬菌體展示以及Kohler和Milstein, Nature 256: 495-497 (1975); Laboratory Techniques in Biochemistry and Molecular Biology, 第13卷(Burdon等人.編, Elsevier Science Publishers, Amsterdam)在Monoclonal Antibody Technology, The Production and Characterization of Rodent and Human Hybridomas (Campbell編, 1984)中描述的免疫學(xué)方法；以及Huse等人,Science 246: 1275-1281 (1989)描述的重組DNA方法。
應(yīng)當理解，作為單結(jié)構(gòu)域抗體的結(jié)合的主要決定簇的氨基酸殘基可以是在Kabat、Chothia、AbM或它們的組合限定的CDR內(nèi)，但是還可以包括其它殘基，例如，否則會被埋在VH-VL異源二聚體的VH-VL界面中的殘基。
用于載體轉(zhuǎn)化和本發(fā)明的抗體的表達的優(yōu)選宿主細胞是哺乳動物細胞，例如，NS0細胞、293、SP20和CHO細胞和淋巴樣起源的其它細胞系諸如淋巴瘤、骨髓瘤或雜交瘤細胞?？梢钥商鎿Q地使用其它真核宿主，諸如酵母。
通過本領(lǐng)域已知的任意方法，包括硫酸銨或硫酸鈉沉淀、隨后在鹽水中透析，離子交換層析，親和或免疫親和層析，以及凝膠過濾或區(qū)帶電泳，可以分離或純化本發(fā)明的抗體。一種優(yōu)選的純化本發(fā)明抗體的方法是蛋白-A親和色譜法。
本文中使用的”約”是指±5%。
本文中使用的術(shù)語“治療”表示遏制、減慢、減輕、減少或逆轉(zhuǎn)現(xiàn)有癥狀、病癥、狀況或疾病的進展或嚴重程度，或改善狀況的臨床癥狀。有益的或期望的臨床結(jié)果包括、但不限于：癥狀的減輕，疾病或病癥的程度的減小，疾病或病癥的穩(wěn)定化(即，疾病或病癥沒有惡化的情況)，疾病或病癥的進展的延遲或減慢，疾病或病癥的改善或減輕，和疾病或病癥的緩解(無論是部分的還是完全的)，無論是可檢測的還是不可檢測的。治療還可以是指與如果不接受治療預(yù)期的存活相比延長存活。需要治療的對象包括已經(jīng)具有疾病的對象。在一個實施方案中，本發(fā)明可以用作藥物。
本文中使用的術(shù)語“癌癥”和“癌性的”表示或描述通常以失調(diào)的細胞生長為特征的哺乳動物中的生理狀況。在該定義中包括良性的和惡性的癌癥。
盡管本發(fā)明的人抗體對于施用給人類而言是特別有用的，但是它們也可以施用給其它哺乳動物。因此，本文中使用的術(shù)語“患者”表示哺乳動物，優(yōu)選人。本文中使用的術(shù)語哺乳動物意圖包括、但不限于人類、實驗動物、家養(yǎng)寵物和家畜。
在本發(fā)明的方法中，將治療有效量的本發(fā)明的抗體施用給有此需要的哺乳動物或患者。另外，本發(fā)明的藥物組合物可以包括治療有效量的本發(fā)明的抗-PDGFRα抗體。
本文中使用的“治療有效量”、“有效量”或“有效劑量”表示在必要的劑量和時間段有效地實現(xiàn)期望的治療結(jié)果的量。主治診斷醫(yī)生（如本領(lǐng)域技術(shù)人員）通過使用已知技術(shù)和通過觀察在類似情況下得到的結(jié)果可以容易地確定有效量。在確定患者的有效量時，主治診斷醫(yī)生會考慮許多因素，包括、但不限于：患者的物種；它的大小、年齡和一般健康；涉及的具體疾病或病癥；靶位；疾病或病癥的程度或牽連或嚴重程度；個別患者的應(yīng)答；施用的特定化合物；施用模式；施用的制品的生物利用度特征；選擇的給藥方案；伴隨藥物的使用；施用的其它藥物；和其它有關(guān)的情況。治療有效量也是其中抗體或抗體部分的任何有毒或有害作用被治療有益效果超過的量。
通常，可以調(diào)節(jié)劑量方案以提供最適的期望應(yīng)答(例如，治療應(yīng)答)?？梢允褂帽绢I(lǐng)域技術(shù)人員已知的常規(guī)方法滴定治療劑量，以優(yōu)化安全性和效力。給藥計劃通常在從每天(例如，每4-6小時)單次推注劑量或連續(xù)輸注至多次施用的范圍內(nèi)，或如治療醫(yī)師和患者的狀況指示的。本發(fā)明的抗體的治療有效量的一個示例性的、非限制性的范圍是0.1-50 mg/kg，更優(yōu)選3-35 mg/kg，且更優(yōu)選5-20 mg/kg。抗體的給藥量和頻率由治療患者的醫(yī)師決定，且可以包括從小于1 mg/kg至超過100 mg/kg的劑量，每天1次、每周3次、每周1次、每2周1次或以更低的頻率施用。但是，應(yīng)當指出，本發(fā)明不限于任何特定劑量。
Olaratumab通常在本發(fā)明的寬劑量范圍內(nèi)是有效的。例如，劑量通常以14-天周期施用，且每個劑量落在約10 mg/kg至約30 mg/kg的范圍內(nèi)，優(yōu)選約18.5 mg/kg至約22.5 mg/kg，且最優(yōu)選約20 mg/kg。在本發(fā)明的一個方面，可以以14天的周期治療患者，直到具有證實的疾病進展的證據(jù)。
在某些情況下，低于olaratumab的前述范圍的下限的劑量水平可以是超過足夠的，而在其它情況下，可以以可接受的副作用采用更小的或還更大的劑量，且因此以上劑量范圍無意以任何方式限制本發(fā)明的范圍。
本文中使用的術(shù)語患者的“有效應(yīng)答”或患者對藥劑治療的“應(yīng)答性”或“治療效果”表示在施用后賦予患者的臨床或治療益處。本文中使用的本發(fā)明的治療的“意外治療效果”是這樣的能力：在不造成顯著的毒性或不良作用的情況下在患者中產(chǎn)生顯著抗癌作用，使得所述患者總體上受益于所述治療。通過在評價癌癥治療中常用的各個端點可以測量本發(fā)明的治療的效力，即，治療效果，所述端點包括任意一種或多種，包括、但不限于：延長存活(包括OS和PFS)；導(dǎo)致客觀應(yīng)答(包括CR或PR)；腫瘤消退、腫瘤重量或大小收縮，更長的疾病進展時間，增加的存活持續(xù)時間，更長的PFS，改善的OS率，增加的應(yīng)答持續(xù)時間，和改善的生活質(zhì)量和/或改善癌癥的體征或癥狀等。
本文中使用的術(shù)語“進行性疾病”(PD)表示，以研究中的最小總和作為參考，靶病灶的直徑的總和的至少20%增加(這包括基線總和，如果它是研究中的最小值)。除了20%的相對增加以外，所述總和還必須表現(xiàn)出至少5 mm的絕對增加。一個或多個新病灶的出現(xiàn)也被認為是進展。
本文中使用的術(shù)語“部分應(yīng)答”(PR)表示，以基線總和直徑作為參考，靶病灶的直徑的總和的至少30%減小。
本文中使用的術(shù)語“完全應(yīng)答”(CR)表示所有非結(jié)節(jié)靶病灶的消失，任何靶淋巴結(jié)的短軸減小至<10 mm。
本文中使用的術(shù)語“穩(wěn)定疾病”(SD)表示，以研究中的最小總和直徑作為參考，PR沒有足夠收縮或足夠增加以達到PD。
本文中使用的術(shù)語“客觀應(yīng)答率”(ORR)等于根據(jù)RECIST 1.1實現(xiàn)部分或完全應(yīng)答(PR+CR)的最佳總應(yīng)答的患者的比例。
本文中使用的術(shù)語“總存活率”(OS)表示從診斷或治療時起在限定的時間段（諸如1年、5年等）中保持存活的患者的百分比。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，對于研究，將總存活率定義為從研究的隨機化日期至任何原因引起的死亡日期的時間；如果患者在隨訪階段結(jié)束時存活或從隨訪丟失，那么可以在知道患者存活的最后日期檢查OS。
本文中使用的術(shù)語“無進展存活”(PFS)表示在沒有癌癥進展或發(fā)生惡化的情況下患者保持存活。在本發(fā)明的一個優(yōu)選方面，將PFS定義為從研究中隨機化至如RECIST (1.1版)定義的客觀進展的第一次放射攝影記錄或任何原因引起的死亡的時間。沒有報告先前進展就死亡的患者被認為在他們死亡當天已經(jīng)進展。沒有進展或從隨訪丟失的患者將在他們的最后放射攝影腫瘤評估當天檢查。
本文中使用的術(shù)語“疾病控制率”(DCR)表示疾病進展及其比率的缺乏。它表示具有歸類為CR、PR或SD的最佳總應(yīng)答的患者組(特別地排除具有PD的患者)，其中所述最佳總應(yīng)答是從治療開始直到PD所記錄的最佳應(yīng)答。
本文中使用的術(shù)語“臨床有益率”表示在12周時SD或更好。在12周時SD或更好(即CR+PR+SD)的腫瘤應(yīng)答率被定義為，在第一劑研究治療以后12周，具有如RECIST 1.1所定義的SD或更好的應(yīng)答的患者的比例。如果患者死亡或如果放射攝影評價指示在12周或之前PD的應(yīng)答，患者將被認為“失敗”。
本文中使用的術(shù)語“延長存活”或“延長的存活”（在本文中可互換地使用）是指，與以下相比，在治療的患者中增加OS或PFS：i)未治療的患者，ii)在特定聯(lián)合治療中用小于全部抗腫瘤劑治療的患者，或iii)對照治療方案。在治療開始以后或在癌癥的最初診斷以后監(jiān)測存活。
在本發(fā)明中，可以使用任何合適的方法或途徑來施用本發(fā)明的抗-PDGFRα抗體；靜脈內(nèi)(i.v.)施用是優(yōu)選的途徑。但是，應(yīng)當強調(diào)，本發(fā)明不限于任何特定施用方法或途徑。
在為了治療目的用于哺乳動物中的情況下，本發(fā)明的抗-PDGFRα抗體優(yōu)選地配制為藥物組合物。這樣的藥物組合物和制備它們的方法是本領(lǐng)域眾所周知的。參見，例如Remenigton: The Science and Practice of Pharmacy (Gennaro A., 等人,編, 第19版, Mack Publishing Co., 1995)。
Olaratumab優(yōu)選地配制為通過使所述化合物可生物利用的任何途徑施用的藥物組合物。施用途徑可以以任何方式變化，受限于藥物的物理性能以及患者和護理人員的方便。優(yōu)選地，olaratumab組合物用于胃腸外施用，諸如靜脈內(nèi)施用。這樣的藥物組合物及其制備方法是本領(lǐng)域眾所周知的。(參見例如，上文出處)。施用途徑可以以任何方式變化，受限于藥物的物理性能以及患者和護理人員的方便。
下述實施例例證了本發(fā)明的意外益處。
實施例和測定
下述實施例和測定進一步例證了本發(fā)明，但是不應(yīng)當解釋為以任何方式限制本發(fā)明的范圍?？梢詮谋姸喑霭嫖锏玫匠Ｒ?guī)方法的詳細描述，諸如在載體和質(zhì)粒的構(gòu)建、編碼多肽的基因向這樣的載體和質(zhì)粒中的插入、質(zhì)粒向宿主細胞中的引入、以及基因和基因產(chǎn)物的表達及其測定中采用的那些，所述出版物包括Sambrook, J. 等人,Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 第2版, Cold Spring Harbor Laboratory Press (1989)和Coligan, J. 等人.Current Protocols in Immunology, Wiley & Sons, Incorporated (2007)。
人抗-PDGFRα抗體的工程改造、表達和純化
對于每種抗體(美國專利號8,128,929和8,574,578)，通過合適的方法諸如PCR克隆，將合適的重鏈核苷酸序列（例如，對于olaratumab，SEQ ID NO. 11）工程改造進合適的表達質(zhì)粒中，并將合適的輕鏈核苷酸序列（例如，對于olaratumab，SEQ ID NO. 12）工程改造進合適的表達質(zhì)粒中。為了建立穩(wěn)定的細胞系，用線性化的重鏈和輕鏈質(zhì)粒在合適的宿主細胞系（諸如NSO或CHO細胞）中轉(zhuǎn)染，并在合適的培養(yǎng)基諸如不含谷氨酰胺的Dulbecco氏改良的伊格爾培養(yǎng)基（含有經(jīng)透析的胎牛血清和谷氨酰胺合成酶補充物）中培養(yǎng)。通過酶聯(lián)免疫吸附測定(ELISA)針對抗體表達來篩選克隆，并選擇最高產(chǎn)者用于在旋轉(zhuǎn)燒瓶中培養(yǎng)。通過合適的方法諸如蛋白-A親和層析純化抗體。
表1提供了本發(fā)明的抗體的氨基酸序列和對應(yīng)的SEQ ID NO.。使用Kabat慣例確定所有CDR序列。編碼下面公開的氨基酸序列的多核酸序列也被包括在本發(fā)明范圍內(nèi)。
表1：olaratumab的氨基酸序列
重鏈和輕鏈可變區(qū)CDR
評價olaratumab在不可切除的和/或轉(zhuǎn)移性的GIST的治療中的效力的隨機化2期研究(“研究”)
研究設(shè)計
研究是開放-標記的、多國家的、多中心的、2期臨床試驗，其評價olaratumab在不可切除的和/或轉(zhuǎn)移性的GIST的治療中的安全性和效力。如果患者具有組織學(xué)上或細胞學(xué)上證實的、不可切除的和/或轉(zhuǎn)移性的GIST，在至少用伊馬替尼和舒尼替尼二者治療以后具有客觀進展或?qū)Χ咧委熅哂胁荒褪苄?，在該研究中的患者被認為是合格的。
將招募的滿足所有合格性標準的患者分成2個分子上不同的組群：組群1包括具有攜帶PDGFRα突變(D842V和任意其它突變)的GIST的患者(在下文中稱作“突變組群”)，而組群2包括具有不攜帶PDGFRα突變的GIST的患者(在下文中稱作“野生型組群”)。
在沒有疾病進展或其它撤銷標準存在下，所有患者每2周(14天，一個周期)接受歷時1小時靜脈內(nèi)地(i.v.)施用的20 mg/kg的olaratumab。olaratumab的劑量取決于以千克為單位的患者基線體重。將實際體重用于劑量計算。在計劃的輸注時間點之前或之后3天內(nèi)施用的輸注被認為是可接受的。每6周(±3天)評估患者的腫瘤應(yīng)答。所有患者繼續(xù)接受治療，直到存在疾病進展的放射攝影記錄、死亡或無法忍受的毒性，或者不滿足其它撤銷標準。
效力分析
在研究治療的第一劑以后直到PD的記錄，每6周(±3天)根據(jù)RECIST 1.1通過成像研究和腫瘤測量/疾病應(yīng)答評估來評估效力結(jié)果。
在統(tǒng)計上分析在12周時的臨床有益率(第一效力端點)以及PFS、OS、ORR和DCR (第二效力端點)。為每個組群估計在12周時的臨床有益率和它的90%二項式精確置信限。使用Kaplan-Meier方法估計每個組群在12周時的中位PFS時間和PFS率，以及它們的90%置信區(qū)間(CI)。通過Kaplan-Meier方法估計每個組群的總存活率，并為中位OS提供90%CI。ORR等于根據(jù)RECIST 1.1實現(xiàn)PR或CR的最佳總應(yīng)答的患者的比例。對于ORR，將實現(xiàn)應(yīng)答的患者的數(shù)目除以治療的患者的總數(shù)以產(chǎn)生應(yīng)答比例。還為每個組群提供ORR和90%CI。將實現(xiàn)疾病控制的患者的數(shù)目除以治療的患者的總數(shù)以產(chǎn)生DCR。還為每個組群提供DCR和90%CI。
效力的第一階段停止規(guī)則是基于可評價的群體(即，接受至少1劑研究藥物并在12周經(jīng)歷適當腫瘤評估的所有合格患者，包括由于PD或死亡在早期中斷的任何患者)。還為在修改的意圖治療(mITT)群體中包括的所有患者(即，接受任意量的研究藥物的所有患者)分析第一效力端點。所有其它效力分析是基于mITT群體。
安全性分析
安全性結(jié)果包括不利事件(AE)、體格檢查、生命體征、心電圖(ECG)、和臨床/實驗室測試。安全性分析是基于安全性群體(即，接受任意量的研究藥物的所有患者)。
結(jié)果
招募了共計30位患者。在這些中，8位患者被認為篩選失敗且沒有接受olaratumab，且1位患者在被分配至治療之前死于AE。剩余的21位患者被分配至治療并接受至少1劑olaratumab (突變組群，N=7；野生型組群，N=14)。所有21位患者由于包括以下的原因從研究中斷：放射攝影記錄的PD (18位患者，85.7%)，PD的有癥狀衰退(2位患者，9.5%)，和死亡(1位患者，4.8%)。沒有患者由于AE從研究治療中斷。在mITT和安全性群體中包括所有21位患者。在可評價的群體中包括20位患者(突變組群中的1位患者在12周之前撤退且不具有PD)。
主要效力
突變組群(n=6)和野生型組群(n=14)的主要效力分析在可評價的群體中沒有表現(xiàn)出CR或PR。在突變組群中的3位患者(50.0%)和在野生型組群中的2位患者(14.3%)在12周時具有SD。在突變組群中的3位患者(50.0%)中和在野生型組群中的12位患者(85.7%)中觀察到PD。在12周時的臨床有益率在突變組群中為50.0%(90%CI，15.3-84.7%)，在野生型組群中為14.3%(90%CI，2.6-38.5%)。參見表2。
類似于可評價的群體，在mITT群體中不存在CR或PR。在突變組群中的三(3)位患者(42.9%)和在野生型組群中的兩(2)位患者(14.3%)具有SD。在突變組群中的三(3)位患者(42.9%)中和在野生型組群中的12位患者(85.7%)中觀察到PD。臨床有益率在突變組群中為42.9%(90%CI:12.9 - 77.5%)且在野生型組群中為14.3%(90%CI:2.6 - 38.5%)。
表2: 在12周時的腫瘤應(yīng)答和臨床有益率(可評價的群體)
次要效力
所有次要效力分析是基于mITT群體，其由接受任意量的研究藥物的所有患者組成。
PFS: 如通過Kaplan-Meier方法估計的，中位PFS在突變組群中為32.1周(90%CI，5.0-35.9周)，在野生型組群中為6.1周(90%CI，5.7-6.3周)。在突變組群中，12-和24-周PFS率都為51.4%(90%CI，17.0-77.9%)。在野生型組群中，12-和24-周PFS率分別為14.3%(90%CI，3.4-32.7%)和不可評價。參見表3。
表3:PFS(mITT群體)
縮寫: NE =所有患者具有疾病進展而不可評價。
OS: 在突變組群中，沒有達到中位OS，且6-月存活率為71.4%(90%CI，33.9-90.1%)。在野生型組群中，中位OS為24.9周(90%CI，14.4-49.1周)，且6-月存活率為50.0%(90%CI，27.1-69.2%)。
ORR:在任一個組群中沒有觀察到CR或PR?；趍ITT群體，在突變組群中的5位患者(71.4%)和在野生型組群中的4位患者(28.6%)具有SD。在突變組群中的2位患者(28.6%)中和在野生型組群中的10位患者(71.4%)中觀察到PD。
沒有PD的患者:
沒有被鑒別為具有PD的患者的百分比的確定是基于mITT群體中的患者進展數(shù)據(jù)，所述mITT群體由接受任意量的研究藥物的所有患者組成。參見表4。
在~18周，在突變組群中43%的患者(7位患者中的3位)被鑒別為沒有PD，且在野生型組群中7%的患者(14位患者中的1位)被鑒別為沒有PD。
在32周，在突變組群中29%的患者(7位患者中的2位)被鑒別為沒有PD，且在野生型組群中0%的患者(14位患者中的0位)被鑒別為沒有PD。
在35周，在突變組群中14%的患者(7位患者中的1位)被鑒別為沒有PD，且在野生型組群中0%的患者(14位患者中的0位)被鑒別為沒有PD。
表4: 沒有PD的患者(mITT群體)
安全性：
最后，與其它GIST治療相比，olaratumab的毒性概況就不利事件而言是總體上可接受的和良好耐受的。沒有鑒別出特別指示olaratumab相關(guān)的新出現(xiàn)趨勢的獨特AE。
來自研究的臨床數(shù)據(jù)的分析例證了中位PFS的32.1周，與PDGFRα野生型或非-PDGFRα突變的患者的PFS相比，其在具有PDGFRα突變的患者的PFS中是26-周改善(參見表3)。該26-周改善是中位PFS的5倍增加。
此外，相對于Biron T.等人.J Clin Oncol. 2010;28:15s (增刊；摘要10051)所報道的用伊馬替尼治療的PDGFRαD842V突變患者的12.2-周中位PFS，在PDGFRα突變組群的研究中32.1周的中位PFS是顯著改善。
另外，與PDGFRα野生型或PDGFRα非突變患者發(fā)展PD之前的時間長度相比，可以在具有PDGFRα突變的患者發(fā)展PD之前的時間長度中看到明顯的趨勢(參見表4)。在32周，29%的具有PDGFRα突變的患者仍然表現(xiàn)出臨床益處，而沒有PDGFRα野生型或非-PDGFRα突變患者表現(xiàn)出臨床益處。因此，與當用olaratumab治療時野生型患者相比，用olaratumab治療的具有PDGFRα突變的患者具有延長的無PD時間的臨床益處。從臨床觀點看這是一個意外益處。
如本文證實的，PDGFRα-突變體和PDGFRα野生型組群中的結(jié)果驚人地不同。盡管樣品數(shù)目較小，這樣的差異不可能偶然觀察到。在研究入口具有進行性疾病的患者（其攜帶PDGFRα-突變體GIST，不具有標準治療選擇的非常難治的群體）中觀察到的疾病穩(wěn)定是驚人的。
最后，olaratumab的毒性概況就不利事件而言是總體上可接受的和良好耐受的，它們對于有效的治療而言是關(guān)鍵性的、但是可能難以捉摸的屬性。
另外的序列