相關(guān)申請的交叉引用本申請要求2014年11月5日提交的臨時申請?zhí)?2/075,856的權(quán)益，其通過引用以其整體結(jié)合到本文中。政府權(quán)利聲明本發(fā)明在國立衛(wèi)生研究院(nationalinstitutesofhealth)授予的ncica23766、sr21ca162002、sp30-ca08748-40、p01ca106450、p01ca52477-13、p01ca54350的政府支持下完成。政府在本發(fā)明中享有一定權(quán)利。1.發(fā)明領(lǐng)域本文公開了選擇用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的患者的同種異體t細(xì)胞系的方法。還公開了選擇從中得到用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的患者的同種異體t細(xì)胞系的供體的方法。2.發(fā)明背景抗病毒cd8+t細(xì)胞對由病毒基因組編碼的一小部分潛在肽決定簇起反應(yīng)。細(xì)胞毒性t細(xì)胞通過t細(xì)胞受體(tcr)同與主要組織相容性(mhc)i類分子復(fù)合的8-11個氨基酸抗原肽的相互作用識別被感染的細(xì)胞。這些mhc-肽復(fù)合物產(chǎn)生于內(nèi)源合成的病毒蛋白質(zhì)的胞內(nèi)加工(saveanu,l.等,immunolrev,2005.207:42-59；strehl,b.等,immunolrev,2005.207:19-30)。肽決定簇與特定hla分子內(nèi)的預(yù)測的結(jié)合基序結(jié)合。雖然可產(chǎn)生多個肽表位，但t細(xì)胞應(yīng)答集中在多個選定表位，一種稱為免疫顯性的現(xiàn)象(sercarz,e.e.等,annurevimmunol,1993.11:729-66；yewdell,j.w.和j.r.bennink,annurevimmunol,1999.17:51-88)。cd8-t細(xì)胞應(yīng)答對病原體的高度聚焦性質(zhì)表明各個表位在其誘導(dǎo)t細(xì)胞應(yīng)答的能力上不同(yewdell,j.w.和j.r.bennink,annurevimmunol,1999.17:51-88)?？筛鶕?jù)表位用于對任何特定病毒肽的整體t細(xì)胞應(yīng)答的成比例的貢獻(xiàn)，對在任何指定個體中誘導(dǎo)最顯著的t細(xì)胞應(yīng)答的肽表位進(jìn)一步分類。“免疫顯性”表位被最豐富的關(guān)聯(lián)t細(xì)胞群識別，而“亞顯性”表位被不太豐富的t細(xì)胞群識別。因此，根據(jù)其對總體t細(xì)胞應(yīng)答的相對貢獻(xiàn)，可將各個表位歸類為顯性、共顯性或亞顯性，從而建立免疫顯性分層。在小鼠的流感病毒感染的情況下，cd8t細(xì)胞應(yīng)答通常只針對少數(shù)特定表位(lagruta,n.l.等,procnatlacadsciusa,2006.103:994-999)。在特別極端的實例中，對小鼠副流感病毒(仙臺病毒)的整個cd8-t細(xì)胞應(yīng)答針對單一表位cole,g.a.等,intimmunol,1994.6:1767-1775；kast,w.m.等,procnatlacadsciusa,1991.88:2283-2287)。已表征了針對若干病毒感染的人t細(xì)胞應(yīng)答。針對人免疫缺陷病毒(hiv)的t細(xì)胞應(yīng)答的研究導(dǎo)致在該病毒的不同蛋白質(zhì)中鑒定出幾個表位，而且這些研究還顯示，免疫顯性表位可由在共遺傳這些hla等位基因的個體中普遍的人白細(xì)胞抗原(hla)等位基因例如hlaa0301、b0702或a0201提呈(day,c.l.等,jvirol,2001.75:6279-6291)。此外，在不同的感染階段，多個表位可由這些相同的hla等位基因提呈(yu,x.g.等,jvirol,2002.76:8690-8701)。對針對人巨細(xì)胞病毒(cmv)的t細(xì)胞應(yīng)答的評價導(dǎo)致在該病毒的最有免疫原性的蛋白質(zhì)(即cmvpp65和ie1)中鑒定出幾個免疫顯性表位，及其提呈性(presenting)hla等位基因。這隨后在遺傳特定hla等位基因(例如hlab0702和hlaa0201)的個體中識別出，由這些等位基因提呈的表位構(gòu)成免疫顯性表位。當(dāng)這些等位基因共遺傳時，由hlab0702提呈的表位構(gòu)成免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答，而hlaa0201提呈的表位是亞顯性的(lacey,s.f.等,humimmunol,2003.64:440-452)。免疫顯性反映了控制抗原加工和呈遞以及t細(xì)胞激活和t細(xì)胞受體親合力的多個正因素和負(fù)因素的最終產(chǎn)物(yewdell,j.w.和j.r.bennink,annurevimmunol,1999.17:51-88)。在這些當(dāng)中，迄今在大部分研究中評價的主要因素包括受感染個體的遺傳hlai類背景、病毒蛋白質(zhì)的序列和病毒感染的動力學(xué)，以及hla溝中的結(jié)合親和力以及肽-mhc復(fù)合物的tcr親和力。在同種異體造血干細(xì)胞移植(hsct)后，使用供體來源的病毒特異性t細(xì)胞的過繼免疫療法在清除病毒感染例如eb病毒(ebv)和cmv中可能是有效的。供體來源的病毒特異性t細(xì)胞的適時可用性的缺乏是該治療方法成功應(yīng)用的主要限制。此外，這類細(xì)胞無法從血清反應(yīng)陰性供體和臍帶血供體產(chǎn)生。在這類情況下，對于這類患者的重度病毒感染的治療，可容易地獲得預(yù)先產(chǎn)生的第三方供體來源的病毒特異性t細(xì)胞。幾個組群表明使用基于2個或更多個hla等位基因選配憑經(jīng)驗輸入的ctl系，用于治療ebv、cmv和腺病毒(adv)感染的第三方供體來源的病毒特異性細(xì)胞毒性t淋巴細(xì)胞(ctl)系的安全和潛在功效(haque,t等,lancet,2002.360:436-442；barker,j.n.等,blood,2010.116:5045-5049；doubrovina,e.等,blood,2012.119:2644-2656；uhlin,m.等,clinicalinfectiousdiseases,2012.55:1064-1073；leen,a.m.等,blood,2013.121:5113-5123)。需要選擇ctl系以確保ctl治療的高度和一致功效的方法。本文參考文獻(xiàn)的引用不應(yīng)解釋為承認(rèn)所述文獻(xiàn)是本公開內(nèi)容的先有技術(shù)。3.發(fā)明概述本發(fā)明提供選擇用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞系的方法，和選擇所述同種異體t細(xì)胞系來源于其中的同種異體t細(xì)胞供體的方法。在不同的方面，選擇用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞系的方法包括：使用(i)鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)的示圖(下文為“活性示圖(representationofactivity)”)，選擇與識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的患者是同種異體的t細(xì)胞系；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量；其中(a)所選的t細(xì)胞系具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的示圖中鑒定的t細(xì)胞系的識別受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合；和(b)所選的t細(xì)胞系受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合在示圖中與在示圖中已知與患者或患者的患病細(xì)胞(根據(jù)患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型)一樣且未以別的方式使之不合格的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)相關(guān)。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞系的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前制作活性示圖的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞系的方法進(jìn)一步包括在制作步驟之前測量相對活性的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞系的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟。在具體的實施方案中，確定的步驟包括對至少4個hla基因座分型。在不同的方面，選擇從其得到同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞供體的方法包括：使用活性示圖選擇對患者是同種異體的t細(xì)胞供體，所述活性示圖(i)鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量；其中(a)所選的t細(xì)胞供體具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合；和(b)與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合之一在示圖中與在活性示圖中已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣且未以別的方式使之不合格的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前制作活性示圖的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在制作步驟之前測量相對活性的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型和t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在具體的實施方案中，確定的步驟包括對至少4個hla基因座分型。在一些實施方案中，活性示圖是通過相對活性排序的多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的列表。在一些實施方案中，活性示圖是多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的數(shù)據(jù)庫一覽表，每一個與表明相對活性的評分有關(guān)。在一些實施方案中，活性示圖是散點圖。在這類實施方案的一個具體方面，散點圖的第一軸表示大量hla等位基因和任選hla等位基因組合中不同的hla等位基因和任選hla等位基因組合，散點圖的第二軸表示在用對各個t細(xì)胞系是自體的并負(fù)載顯示病原體或癌癥的抗原性的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞刺激時，來源于針對其在示圖中揭示相對活性的指標(biāo)的各t細(xì)胞系的干擾素-γ-分泌cd3+細(xì)胞的百分比，作為所述相對活性的指標(biāo)。在優(yōu)選的實施方案中，相對活性是t細(xì)胞系在攜帶/患有病原體或癌癥的患者的治療中的體內(nèi)臨床功效。在一些實施方案中，活性示圖存儲在數(shù)據(jù)庫中。在不同的方面，選擇從其得到同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞供體的方法包括：使用示圖(下稱“頻率示圖(representationoffrequency)”)，選擇與具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的一個或多個hla等位基因的患者是同種異體的t細(xì)胞供體，所述圖(i)鑒定多個hla等位基因，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于多個所述hla等位基因的不同hla等位基因的t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因與受限于hla等位基因的所述t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，其中：所選的t細(xì)胞供體具有與在示圖中同與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的供體的hla等位基因相比與產(chǎn)生的較高頻率的指標(biāo)有關(guān)的患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前制作頻率示圖的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在制作步驟之前測量相對頻率的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在某些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型和t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在具體的實施方案中，確定的步驟包括對至少4個hla基因座分型。在一些實施方案中，頻率示圖是通過相對頻率排序的多個hla等位基因的列表。在一些實施方案中，頻率示圖是多個hla等位基因的數(shù)據(jù)庫一覽表，每一個與表示相對頻率的評分有關(guān)。在一些實施方案中，頻率示圖存儲在數(shù)據(jù)庫中。本文還提供治療攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的方法，所述方法包括：(a)按照本公開內(nèi)容描述的方法選擇同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予患者；和(b)將來源于所選的同種異體t細(xì)胞系的t細(xì)胞群給予患者。本文還描述了獲得同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的方法，所述方法包括：(a)按照本公開內(nèi)容所描述的選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法選擇同種異體t細(xì)胞供體；和(b)從所選的同種異體t細(xì)胞供體得到同種異體t細(xì)胞系，所述同種異體t細(xì)胞系識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位。在不同的方面，患者攜帶或疑似攜帶病原體，其中t細(xì)胞系識別病原體的抗原的至少一個表位。在不同的實施方案中，病原體是病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲或原生生物。在某些實施方案中，病原體是病毒。在一些實施方案中，病毒是巨細(xì)胞病毒(cmv)。在具體的實施方案中，患者在患者進(jìn)行hsct后攜帶或疑似攜帶cmv感染。在具體的實施方案中，抗原是cmvpp65。在具體的實施方案中，抗原是cmvie1。在一些實施方案中，病毒是eb病毒(ebv)。在具體的實施方案中，抗原是ebna1、ebna2、ebna3a、ebna3b、ebna3c、lmp1或lmp2。在一些實施方案中，病毒是bkv、jcv、皰疹病毒、腺病毒、人免疫缺陷病毒、流感病毒、埃博拉病毒、痘病毒、棒狀病毒或副黏病毒。在一些實施方案中，病毒是人皰疹病毒-6(hhv-6)或人皰疹病毒-8(hhv-8)。在不同的方面，患者患有或疑似患有癌癥，其中t細(xì)胞系識別癌癥的抗原的至少一個表位。在一些實施方案中，癌癥是乳腺、肺、卵巢、胃、胰腺、喉、食管、睪丸、肝、腮腺、膽管、結(jié)腸、直腸、宮頸、子宮、子宮內(nèi)膜、腎、膀胱、前列腺、甲狀腺、腦或皮膚的癌癥。在一些實施方案中，癌癥是血癌。在具體的實施方案中，癌癥是淋巴增殖性病癥。在一些實施方案中，癌癥是wt1陽性癌癥。在一些實施方案中，抗原是wt1。在一些實施方案中，癌癥是ebv陽性移植后淋巴增殖性病癥(ebv-ptld)。在具體的實施方案中，抗原是ebna1、ebna2、ebna3a、ebna3b或ebna3c。在具體的實施方案中，抗原是lmp1或lmp2。在一些實施方案中，癌癥是ebv陽性鼻咽癌。在具體的實施方案中，抗原是ebna1、lmp1或lmp2。在不同的實施方案中，按本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞系的方法是計算機(jī)執(zhí)行的。在不同的實施方案中，按本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法是計算機(jī)執(zhí)行的。本文還提供用于選擇同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的計算機(jī)系統(tǒng)，其包括：中央處理器；與中央處理器連接的存儲器，用于執(zhí)行按照本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞系的任何方法或選擇同種異體t細(xì)胞供體的任何方法的步驟的存儲器存儲指令。本文還提供具有用于按本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞系的任何方法或選擇同種異體t細(xì)胞供體的任何方法的步驟的計算機(jī)可執(zhí)行指令的計算機(jī)可讀介質(zhì)。在不同的實施方案中，患者曾是造血干細(xì)胞移植(hsct)的接受者。在具體的實施方案中，hsct是骨髓移植、外周血干細(xì)胞移植或臍帶血移植。在不同的實施方案中，患者曾是實體器官移植(sot)的接受者。本公開內(nèi)容提及的患者是人類患者。4.附圖簡述圖1是表示如第6.2.3節(jié)實施例所述受限于提呈通過其各個hla等位基因或hla等位基因組合聚簇的免疫顯性表位的hla等位基因或hla等位基因組合的119個cmv特異性ctl系的庫中各個t細(xì)胞系的干擾素-γ-分泌cd3+細(xì)胞的百分比的示圖。5.發(fā)明詳述本發(fā)明提供選擇用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞系的方法，和選擇所述同種異體t細(xì)胞系來源于其中的同種異體t細(xì)胞供體的方法。按照本發(fā)明，存在提呈導(dǎo)致受限于特定hla等位基因的表位特異性t細(xì)胞相對于遺傳和表達(dá)的其它細(xì)胞優(yōu)先擴(kuò)增的免疫顯性表位的hla等位基因的分層。本發(fā)明利用反映這種擴(kuò)增分層(通過抗病原體或抗癌活性反映)的示圖以選擇用于療法的同種異體t細(xì)胞系和選擇由其得到同種異體t細(xì)胞系的供體。還存在提呈導(dǎo)致受限于特定hla等位基因的表位特異性t細(xì)胞優(yōu)于遺傳和表達(dá)的其它細(xì)胞的優(yōu)先產(chǎn)生的免疫顯性表位的hla等位基因的分層。本發(fā)明利用反映這種產(chǎn)生分層(通過產(chǎn)生的頻率反映)的示圖以選擇由其得到t細(xì)胞系的供體。5.1.用于過繼細(xì)胞療法的t細(xì)胞系的選擇本文提供選擇用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞系的方法。在不同的方面，選擇用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞系的方法包括：使用示圖(下稱“活性示圖”)，選擇與識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的患者是同種異體的t細(xì)胞系，所述示圖(i)鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量；其中(a)所選的t細(xì)胞系具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的通過示圖鑒定的t細(xì)胞系的識別受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合；和(b)所選的t細(xì)胞系受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合在示圖中與在示圖中已知與患者或患者的患病細(xì)胞(根據(jù)患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型)一樣且未以別的方式使之不合格的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。不管什么原因如果已知受限于該hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系不適用于治療性給予，則hla等位基因或hla等位基因組合被視為“以別的方式使之不合格”。例如，如果在細(xì)胞系樣品中觀察到試驗性選擇的t細(xì)胞系沒有或具有太少的活細(xì)胞，則hla等位基因或hla等位基因組合(這類t細(xì)胞系受其限制)可被視為不合格。再舉例來說，如果活性示圖中的相對活性基于活性的體外或離體測定法，且已知受限于特定hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對體內(nèi)活性與用于產(chǎn)生活性示圖的相對體外或離體測定法無關(guān)，使得活性示圖中的最高相對活性不是最高相對體內(nèi)活性，則特定的hla等位基因或hla等位基因組合(這類t細(xì)胞系受其限制)可被視為不合格。例如，觀察到對于受限于hla-b35的t細(xì)胞系，針對人類患者的cmv感染的體內(nèi)活性在臨床上是無效的(因此可忽略的相對體內(nèi)活性)，盡管來源于受限于hla-b35的t細(xì)胞系的干擾素-γ分泌cd3+t細(xì)胞的百分比表明高得多的相對活性；因此，在治療cmv感染的情況下，如果試驗性選擇受限于hla-b35的t細(xì)胞系，則優(yōu)選hla-b35可為“以別的方式使之不合格”。通過使用要求保護(hù)的方法，待選擇的t細(xì)胞系對病原體或癌癥的表位有特異性，所述表位由同與患者的hla等位基因或hla等位基因組合中的最高活性有關(guān)的患者共有的hla等位基因或hla等位基因組合提呈。在一個相對具體的實施方案中，如果已知受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系在攜帶/患有病原體或癌癥的患者的治療中是臨床上無效的，則hla等位基因或hla等位基因組合被視為不合格。在另一個實施方案中，本發(fā)明提供的方法是選擇候選同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的方法，所述方法包括：使用活性示圖選擇與識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的患者是同種異體的t細(xì)胞系，所述活性示圖(i)鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量；其中(a)所選的t細(xì)胞系具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的通過示圖鑒定的t細(xì)胞系的識別受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合；和(b)所選的t細(xì)胞系受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合，在示圖中與在示圖中已知與患者或患者的患病細(xì)胞(根據(jù)患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型)一樣的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前制作活性示圖的步驟。下面描述了可用于制作活性示圖的方法。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在制作步驟之前測量相對活性的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟。在具體的實施方案中，所選的t細(xì)胞系識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位，所述至少一個表位由與患者或患者中的患病細(xì)胞一樣的hla等位基因或hla等位基因組合提呈，其中hla等位基因或hla等位基因組合與在患者或患者的患病細(xì)胞(且如上所述未以別的方式使之不合格)的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。在這類實施方案的一個優(yōu)選的方面，相對活性是t細(xì)胞系在攜帶/患有病原體或癌癥的患者的治療中的體內(nèi)臨床功效。在本文所述方法的具體實施方案中，至少一個表位是至少一個免疫顯性表位。在本發(fā)明方法的某些實施方案中，所選的t細(xì)胞系具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的由活性示圖鑒定的t細(xì)胞系的識別受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合。在一些實施方案中，患者是移植接受者。在其中患者是移植接受者的一個具體實施方案中，與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌性或受病原體感染的細(xì)胞)一樣的hla等位基因或hla等位基因組合是指與移植之前和/或之后的患者一樣的hla等位基因或hla等位基因組合。在一些實施方案中，患者的患病細(xì)胞來源于給予患者的移植物，因此表達(dá)移植物的hla等位基因；在這類實施方案中，測定患者的患病細(xì)胞的hla配型可通過對給予患者的移植物中的hla等位基因分型來進(jìn)行。在其它實施方案中，患者的患病細(xì)胞不來源于給予患者的移植物，因此具有移植前的患者的hla配型。在具體的實施方案中，移植是hsct或?qū)嶓w器官移植。5.1.1.t細(xì)胞系的產(chǎn)生可按本文所述制備由其選擇用于治療性給予和/或使用以獲得制圖信息的t細(xì)胞系。識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的t細(xì)胞系可通過本領(lǐng)域已知或本文描述的任何方法產(chǎn)生。產(chǎn)生病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的t細(xì)胞系的非限制示例性方法可見于trivedi,d.等,blood,2005.105:2793-2801；koehne,g.等,blood,2000.96:109-117；koehne,g.等,blood,2002.99:1730-1740；doubrovina,e.等,blood,2012.119:2644-2656；barker,j.n.等,blood,2010.116:5045-5049；o’reilly,r.j.等,immunolres,2007.38:237-250；和o’reilly,r.j.等,bestpractice&researchclinicalhaematology,2011.24:381-391。在某些實施方案中，t細(xì)胞系通過將來自血清反應(yīng)陽性供體的t細(xì)胞用呈遞顯示(患者的)病原體或癌的抗原性的抗原的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞刺激t細(xì)胞來產(chǎn)生。優(yōu)選抗原呈遞細(xì)胞對t細(xì)胞是自體的(因此來源于t細(xì)胞的供體)。在具體的實施方案中，t細(xì)胞用加載病原體或癌癥的一個或多個抗原的肽庫的樹突細(xì)胞刺激。在一些實施方案中，樹突細(xì)胞來源于t細(xì)胞的供體。在具體的實施方案中，t細(xì)胞用加載病原體或癌癥的一個或多個抗原的肽庫的細(xì)胞因子激活的單核細(xì)胞(cams)刺激。在一些實施方案中，cams來源于t細(xì)胞的供體。在具體的實施方案中，t細(xì)胞用加載病原體或癌癥的一個或多個抗原的肽庫的外周血單核細(xì)胞(pbmc)刺激。在一些實施方案中，pbmc來源于t細(xì)胞的供體。在某些實施方案中，t細(xì)胞系通過用加載病原體或癌癥的一個或多個抗原的肽庫的b淋巴細(xì)胞細(xì)胞系(blcl)刺激t細(xì)胞來產(chǎn)生。在一些實施方案中，blcl來源于t細(xì)胞的供體。在具體的實施方案中，blcl是來源于t細(xì)胞的供體的ebv轉(zhuǎn)化的blcl。在某些實施方案中，t細(xì)胞系通過用加載病原體或癌癥的一個或多個抗原的肽庫的人工抗原呈遞細(xì)胞(aapc)刺激t細(xì)胞來產(chǎn)生。在不同的實施方案中，肽庫是跨越病原體或癌癥的抗原的重疊肽庫。在不同的實施方案中，肽庫是跨越病原體或癌癥的一個以上抗原的重疊肽庫。在一個具體的實施方案中，重疊肽庫是重疊十五肽庫。在某些實施方案中，t細(xì)胞系通過用經(jīng)基因工程改造表達(dá)病原體的至少一個免疫原性肽或蛋白質(zhì)的aapc刺激t細(xì)胞來產(chǎn)生。在某些實施方案中，t細(xì)胞系通過用病毒轉(zhuǎn)化的blcl刺激t細(xì)胞來產(chǎn)生，其中病毒是病原體。在一些實施方案中，將t細(xì)胞在培養(yǎng)物中刺激28-40天的一段時間。在具體的實施方案中，在il-2存在下刺激t細(xì)胞。在不同的實施方案中，在刺激后，將t細(xì)胞系冷藏保存。在一個具體的實施方案中，其中t細(xì)胞系按照要求保護(hù)的方法選擇、被冷藏保存時，在治療性給予之前使t細(xì)胞系融化。在又一個具體的實施方案中，融化的t細(xì)胞系任選在治療性給予之前在培養(yǎng)物中擴(kuò)增。在不同的實施方案中，用于產(chǎn)生t細(xì)胞系的t細(xì)胞通過本領(lǐng)域已知方法純化。在某些實施方案中，t細(xì)胞從自pbmc分離的外周血淋巴細(xì)胞中富集。在一些實施方案中，通過消耗貼壁的單核細(xì)胞接著消耗天然殺傷細(xì)胞從自pbmc分離的外周血淋巴細(xì)胞中富集t細(xì)胞。可用于刺激t細(xì)胞以產(chǎn)生識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的t細(xì)胞系的樹突細(xì)胞可來源于細(xì)胞因子激活的單核細(xì)胞(cams)。在一些實施方案中，cams通過將pbmc與例如gm-csf、il-4、tnf-α、il-1β、il-6和/或前列腺素-e2等細(xì)胞因子一起孵育來產(chǎn)生。可采用本領(lǐng)域已知的任何方法，例如koehne,g.等,blood,2000.96:109-117或koehne,g.等,blood,2002.99:1730-1740所述，從pbmc產(chǎn)生可用于刺激t細(xì)胞以產(chǎn)生識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的t細(xì)胞系的blcl?？赏ㄟ^本領(lǐng)域已知的任何方法，例如trivedi,d.等,blood,2005.105:2793-2801；barker,j.n.等,blood,2010.116:5045-5049；hasan,a.n.等,jimmunol,2009.183:2837-2850或doubrovina,e.等,blood,2012.120:1633-1646所述，測定識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位的所產(chǎn)生的t細(xì)胞系的每個受其限制的hla等位基因或hla等位基因組合。5.1.2.確定hla配型確定hla配型(即對hla基因座分型)的步驟可通過本領(lǐng)域已知的任何方法進(jìn)行。確定hla配型的非限制示例性方法可見于lange,v.等,bmcgenomics,2014.15:63；erlich,h.,tissueantigens,2012.80:1-11；bontadini,a.,methods,2012.56:471-476；dunn,p.p.,intjimmunogenet,201138:463-473；以及hurley,c.k.,“dna-basedtypingofhlafortransplantation.”載于leffell,m.s.等編輯,handbookofhumanimmunology,1997.bocaraton:crcpress。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對至少4個hla基因座分型，優(yōu)選hla-a、hla-b、hla-c和hla-drb1。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對4個hla基因座分型，優(yōu)選hla-a、hla-b、hla-c和hla-drb1。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對至少6個hla基因座分型。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對6個hla基因座分型。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對至少8個hla基因座分型。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對8個hla基因座分型。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對所有已知的hla基因座分型。在一些實施方案中，確定hla配型的步驟包括對少于全部已知的hla基因座分型。一般而言，實施本發(fā)明優(yōu)選對較多個hla基因座分型，因為被分型的hla基因座越多，相對于具有與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的hla等位基因或hla等位基因組合的其它同種異體t細(xì)胞系，所選的同種異體t細(xì)胞系越可能具有最高活性。5.1.3.用于選擇t細(xì)胞系的活性示圖制作活性示圖鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，并揭示(i)各個識別(患者的)病原體或癌癥的抗原的至少一個表位，和(ii)受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)。在活性示圖中，各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量。t細(xì)胞系的相對活性可通過本領(lǐng)域已知的任何體外、離體或體內(nèi)方法獲得。在優(yōu)選的實施方案中，以t細(xì)胞系在攜帶/患有病原體或癌癥的患者的治療中的體內(nèi)臨床功效測量相對活性。在這類實施方案的具體方面，可以在用t細(xì)胞系治療后達(dá)到完全緩解(cr)的攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的患者的百分比測量相對活性。在具體的實施方案中，以在用t細(xì)胞系治療后達(dá)到cr或部分緩解(pr)的攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的患者的百分比測量相對活性。在一些實施方案中，以在用呈遞顯示病原體或癌癥的抗原性的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞刺激時來源于各t細(xì)胞系的干擾素-γ-產(chǎn)生cd3+細(xì)胞的百分比測量相對活性。在具體的實施方案中，其中抗原是cmv或ebv，按自koehne,g.等,blood,2002.99:1730-1740或waldrop,s.l.等,jclininvest,1997.99:1739-1750改進(jìn)和描述的方法測量相對活性。在一些實施方案中，按當(dāng)暴露于按照本領(lǐng)域已知方法進(jìn)行的細(xì)胞毒性測定法中的各t細(xì)胞系時裂解的、表達(dá)病原體或癌癥的抗原的細(xì)胞的百分比測量相對活性。按照本發(fā)明，不以被各t細(xì)胞系識別的表位與提呈表位的hla等位基因的結(jié)合親和力測量相對活性。在一些方面，活性示圖是通過相對活性排序的多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的列表。在一些實施方案中，通過檢查通過相對活性排序的大量hla等位基因和任選hla等位基因組合的一覽表，其中一覽表中的最高分層為最高相對活性的指標(biāo)；確定已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的最高排序的hla等位基因或hla等位基因組合；并選擇受限于hla等位基因或hla等位基因組合的同種異體t細(xì)胞系，來進(jìn)行選擇同種異體t細(xì)胞系的步驟。舉例來說，在一個具體的實施方案中，活性示圖是表6所示一覽表。在一些方面，活性示圖是列舉了多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的數(shù)據(jù)庫(例如表)，每一個與表明相對活性的評分有關(guān)。在一些實施方案中，通過檢查多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的數(shù)據(jù)庫一覽表，每一個與表明相對活性的評分有關(guān)，其數(shù)據(jù)庫中的最高評分為最高相對活性的指標(biāo)；測定已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的最高得分的hla等位基因或hla等位基因組合；并選擇受限于hla等位基因或hla等位基因組合的同種異體t細(xì)胞系，來進(jìn)行選擇同種異體t細(xì)胞系的步驟。在一個具體的實施方案中，可通過先濾出(排除)數(shù)據(jù)庫中與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的所有hla等位基因和hla等位基因組合，然后在余下的當(dāng)中測定與最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)的hla等位基因或hla等位基因組合，然后選擇受限于該hla等位基因或hla等位基因組合的同種異體t細(xì)胞系，來進(jìn)行使用活性示圖(即這類數(shù)據(jù)庫)選擇同種異體t細(xì)胞系的步驟。在一些方面，活性示圖是散點圖。在某些實施方案中，散點圖的第一軸表示大量hla等位基因和任選hla等位基因組合中的hla等位基因和任選hla等位基因組合的不同的hla等位基因和任選hla等位基因組合。在某些實施方案中，散點圖的第二軸表示相對活性。在一個具體的實施方案中，散點圖的第二軸表示在用呈遞顯示病原體或癌癥的抗原性的一種或多種抗原的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞刺激時，來源于在活性示圖中揭示針對其的相對活性的指標(biāo)的各t細(xì)胞系的干擾素-γ-分泌cd3+細(xì)胞的百分比。在一個具體的實施方案中，刺激是用對各個t細(xì)胞系是自體的并負(fù)載顯示病原體或癌癥的抗原性的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞，作為所述相對活性的指標(biāo)。舉例來說，在一個具體的實施方案中，活性示圖是圖1所示的散點圖。在一些實施方案中，活性示圖存儲在數(shù)據(jù)庫中。在不同的實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞系的方法是計算機(jī)執(zhí)行的。在一些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞系的方法是使用第5.6節(jié)描述的計算機(jī)系統(tǒng)經(jīng)計算機(jī)執(zhí)行的。在一些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞系的方法是使用第5.6節(jié)描述的可讀介質(zhì)經(jīng)計算機(jī)執(zhí)行的。一旦可獲得其它數(shù)據(jù)，便可使用其它數(shù)據(jù)更新活性示圖。5.2.所選t細(xì)胞系的治療應(yīng)用本文還提供治療攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的方法，所述方法包括：(a)按照第5.1節(jié)所述選擇同種異體t細(xì)胞系的方法的任一種，選擇同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予患者；和(b)將來源于所選的同種異體t細(xì)胞系的t細(xì)胞群給予患者。因此，在患有癌癥的患者中，本發(fā)明提供治療癌癥的方法；在攜帶病原體的患者中，本發(fā)明提供治療與病原體的存在有關(guān)的疾病、病癥或病況的方法。在某些實施方案中，給予通過來源于所選的同種異體t細(xì)胞系的t細(xì)胞群的輸注。在一些實施方案中，給予通過來源于所選的同種異體t細(xì)胞系的t細(xì)胞群的靜脈內(nèi)推注?？筛鶕?jù)患者的病況和醫(yī)生的知識確定待給予的量。在某些實施方案中，給藥包括將至少約1x105個t細(xì)胞/kg/劑量/周給予患者，其中t細(xì)胞群來源于所選的同種異體t細(xì)胞系。在一些實施方案中，給藥包括將約1x106-2x106個t細(xì)胞/kg/劑量/周給予患者，其中t細(xì)胞群來源于所選的同種異體t細(xì)胞系。在一些實施方案中，給藥包括將約1x106個細(xì)胞/kg/劑量/周給予患者，其中t細(xì)胞群來源于所選的同種異體t細(xì)胞系。在一些實施方案中，給藥包括將約2x106個t細(xì)胞/kg/劑量/周給予患者，其中t細(xì)胞群來源于所選的同種異體t細(xì)胞系。在某些實施方案中，上述劑量方案進(jìn)行至少3周，使得給予至少3次劑量。在一些實施方案中，上述劑量方案進(jìn)行3周，使得給予至少3次劑量。在一些實施方案中，上述劑量方案進(jìn)行6周，使得給予6次劑量。在某些實施方案中，上述劑量方案進(jìn)行3周，使得給予至少3次劑量，通過另一個劑量方案給予來源于所選的同種異體t細(xì)胞系的t細(xì)胞群至少一個周，其中第二劑量方案為約1x107個t細(xì)胞/kg/劑量/周。在某些實施方案中，上述劑量方案進(jìn)行3周，使得給予至少3次劑量，通過另一個劑量方案給予來源于所選的同種異體t細(xì)胞系的t細(xì)胞群3周，其中第二劑量方案為約1x107個t細(xì)胞/kg/劑量/周。在某些實施方案中，其中患者患有癌癥，給予約1x108-1x109個t細(xì)胞/kg/劑量/周的5個重復(fù)輸注劑量。5.3.用于過繼細(xì)胞療法的t細(xì)胞供體的選擇本文還提供選擇從其得到同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞供體的方法。5.3.1.根據(jù)活性示圖的t細(xì)胞供體的選擇在不同的方面，選擇從其得到同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞供體的方法包括：使用活性示圖選擇對患者是同種異體的t細(xì)胞供體，所述活性示圖(i)鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量；其中(a)所選的t細(xì)胞供體具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合；和(b)與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合之一在示圖中與在活性示圖中已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣且未以別的方式使之不合格的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。不管什么原因如果已知受限于該hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系不適用于治療性給予，則hla等位基因或hla等位基因組合被視為“以別的方式使之不合格”。例如，如果活性示圖中的相對活性基于活性的體外或離體測定法，且已知受限于特定hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對體內(nèi)活性與用于產(chǎn)生活性示圖的相對體外或離體測定法無關(guān)，使得活性示圖中的最高相對活性不是最高相對體內(nèi)活性，則特定的hla等位基因或hla等位基因組合(這類t細(xì)胞系受其限制)可被視為不合格。例如，觀察到對于受限于hla-b35的t細(xì)胞系，針對人類患者的cmv感染的體內(nèi)活性在臨床上是無效的(因此是可忽略的相對體內(nèi)活性)，盡管來源于受限于hla-b35的t細(xì)胞系的干擾素-γ分泌cd3+t細(xì)胞的百分比表明高得多的相對活性；因此，在治療cmv感染的情況下，如果試驗性地選擇具有hla-b35的t細(xì)胞供體，則優(yōu)選hla-b35可為“以別的方式不合格”。在一個相對具體的實施方案中，如果已知受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系在攜帶/患有病原體或癌癥的患者的治療中是臨床上無效的，則hla等位基因或hla等位基因組合會被認(rèn)為不合格。在另一個實施方案中，本發(fā)明提供的方法是選擇從其得到同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的候選同種異體t細(xì)胞供體的方法，所述方法包括：使用活性示圖選擇對患者是同種異體的t細(xì)胞供體，所述活性示圖(i)鑒定多個hla等位基因和任選hla等位基因組合，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于大量hla等位基因或hla等位基因組合的不同hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因或hla等位基因組合與受限于hla等位基因或hla等位基因組合的t細(xì)胞系的相對活性的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，所述相對活性是由t細(xì)胞系顯示的針對病原體或針對癌癥的已知活性的相對度量；其中(a)所選的t細(xì)胞供體具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合；和(b)與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合之一在示圖中與在活性示圖中已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的hla等位基因和hla等位基因組合中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前制作活性示圖的步驟?？捎糜谥谱骰钚允緢D的方法描述于第5.1.3節(jié)。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在制作步驟之前測量相對活性的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟和t細(xì)胞供體的hla配型。在具體的實施方案中，所選的t細(xì)胞供體具有與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合，其中至少一個hla等位基因或hla等位基因組合之一與在患者的hla等位基因和hla等位基因組合(且如上所述未以別的方式使之不合格)中的最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)。在這類實施方案的一個優(yōu)選的方面，相對活性是t細(xì)胞系在攜帶/患有病原體或癌癥的患者的治療中的體內(nèi)臨床功效。在本文所述方法的具體實施方案中，至少一個表位是至少一個免疫顯性表位。在本發(fā)明方法的某些實施方案中，所選的t細(xì)胞供體具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合。在一些實施方案中，患者是移植接受者。在其中患者是移植接受者的一個具體實施方案中，與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌性或受病原體感染的細(xì)胞)一樣的hla等位基因或hla等位基因組合是指與移植之前和/或之后的患者一樣的hla等位基因或hla等位基因組合。在一些實施方案中，患者的患病細(xì)胞來源于給予患者的移植物，因此表達(dá)移植物的hla等位基因；在這類實施方案中，測定患者的患病細(xì)胞的hla配型可通過對給予患者的移植物中的hla等位基因分型來進(jìn)行。在其它實施方案中，患者的患病細(xì)胞不來源于給予患者的移植物，因此具有移植前的患者的hla配型。在具體的實施方案中，移植是hsct或?qū)嶓w器官移植?？砂吹?.1.1節(jié)制備用于制作活性示圖的t細(xì)胞系。確定hla配型的步驟可按第5.1.2節(jié)所述進(jìn)行。一般而言，對于實施本發(fā)明，優(yōu)選對更多的hla基因座分型，因為經(jīng)分型的hla基因座越多，相對于來源于具有與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因或hla等位基因組合的其它t細(xì)胞供體的其它同種異體t細(xì)胞系，越可能所選的t細(xì)胞供體可得到具有最高活性的同種異體t細(xì)胞系。5.3.1.1.用于選擇供體的活性示圖的產(chǎn)生活性示圖可按與第5.1.3節(jié)討論的一致并可按本文所述制作。在一些方面，活性示圖是通過相對活性排序的多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的列表。在一些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的步驟如下進(jìn)行：檢查通過相對活性排序的大量hla等位基因和任選hla等位基因組合的一覽表，其中一覽表中的最高分層為最高相對活性的指標(biāo)；確定已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的最高排序的hla等位基因或hla等位基因組合；并選出具有該hla等位基因或hla等位基因組合的同種異體t細(xì)胞供體。舉例來說，在一個具體的實施方案中，活性示圖是表6所示一覽表。在一些方面，活性示圖是列舉了多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的數(shù)據(jù)庫(例如表)，每一個與表明相對活性的評分有關(guān)。在一些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的步驟如下進(jìn)行：通過檢查多個hla等位基因和任選hla等位基因組合的數(shù)據(jù)庫一覽表，每一個與表明相對活性的評分有關(guān)，其數(shù)據(jù)庫中的最高評分為最高相對活性的指標(biāo)；測定已知與患者或患者的患病細(xì)胞一樣的最高得分的hla等位基因或hla等位基因組合；并選出具有該hla等位基因或hla等位基因組合的同種異體t細(xì)胞供體。在一個具體的實施方案中，使用活性示圖(即這類數(shù)據(jù)庫)選擇同種異體t細(xì)胞供體的步驟可如下進(jìn)行：先濾出(排除)數(shù)據(jù)庫中與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的所有hla等位基因和hla等位基因組合，然后在余下的當(dāng)中測定與最高相對活性的指標(biāo)有關(guān)的hla等位基因或hla等位基因組合，然后選出具有該hla等位基因或hla等位基因組合的同種異體t細(xì)胞供體。在一些方面，活性示圖是散點圖。在某些實施方案中，散點圖的第一軸表示大量hla等位基因和任選hla等位基因組合中的hla等位基因和任選hla等位基因組合的不同的hla等位基因和任選hla等位基因組合。在某些實施方案中，散點圖的第二軸表示相對活性。在一個具體的實施方案中，散點圖的第二軸表示在用呈遞顯示病原體或癌癥的抗原性的一種或多種抗原的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞刺激時，來源于在活性示圖中揭示針對其的相對活性的指標(biāo)的各t細(xì)胞系的干擾素-γ-分泌cd3+細(xì)胞的百分比。在一個具體的實施方案中，刺激是用對各個t細(xì)胞系是自體的并負(fù)載顯示病原體或癌癥的抗原性的一種或多種肽的抗原呈遞細(xì)胞，作為所述相對活性的指標(biāo)。舉例來說，在具體的實施方案中，活性示圖是圖1所示的散點圖。在一些實施方案中，活性示圖存儲在數(shù)據(jù)庫中。在不同的實施方案中，選擇本文所述同種異體t細(xì)胞供體的方法是計算機(jī)執(zhí)行的。在一些實施方案中，選擇本文所述同種異體t細(xì)胞供體的方法是使用第5.6節(jié)描述的計算機(jī)系統(tǒng)經(jīng)計算機(jī)執(zhí)行的。在一些實施方案中，選擇第5.3.1節(jié)所述同種異體t細(xì)胞供體的方法是使用第5.6節(jié)描述的可讀介質(zhì)經(jīng)計算機(jī)執(zhí)行的。一旦可獲得其它數(shù)據(jù)，則其它數(shù)據(jù)可用來制作活性示圖。5.3.2.基于頻率示圖的t細(xì)胞供體的選擇在不同的方面，選擇從其得到同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的同種異體t細(xì)胞供體的方法包括：使用示圖(下稱“頻率示圖”)，選擇對與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)具有一樣的一個或多個hla等位基因的患者是同種異體的t細(xì)胞供體，所述圖(i)鑒定多個hla等位基因，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于多個所述hla等位基因的不同hla等位基因的t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因與受限于hla等位基因的所述t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，其中：所選的t細(xì)胞供體具有與在示圖中同與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的供體的hla等位基因相比與產(chǎn)生的較高頻率的指標(biāo)有關(guān)的患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因。在另一個實施方案中，本發(fā)明提供的方法是選擇從其獲得同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的候選同種異體t細(xì)胞供體的方法，所述方法包括：使用頻率示圖，選擇對具有與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的一個或多個hla等位基因的患者是同種異體的t細(xì)胞供體，所述頻率示圖(i)鑒定多個hla等位基因，和(ii)揭示各個識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位并受限于多個所述hla等位基因的不同hla等位基因的t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的指標(biāo)；其中在示圖中各個鑒定的hla等位基因與受限于hla等位基因的所述t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)，其中：所選的t細(xì)胞供體具有與在示圖中同與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的供體的hla等位基因相比與產(chǎn)生的較高頻率的指標(biāo)有關(guān)的患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前制作頻率示圖的步驟?？捎糜谥谱黝l率示圖的方法如下所述。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在制作步驟之前測量相對頻率的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在某些實施方案中，所述方法進(jìn)一步包括在選擇步驟之前確定患者或患者的患病細(xì)胞的hla配型和t細(xì)胞供體的hla配型的步驟。在本文所述方法的具體實施方案中，至少一個表位是至少一個免疫顯性表位。在本發(fā)明方法的某些實施方案中，所選的t細(xì)胞供體具有與頻率示圖中同與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的供體的hla等位基因相比產(chǎn)生的較高頻率的指標(biāo)有關(guān)的患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌癥或與病原體的存在有關(guān)的患病細(xì)胞)一樣的至少一個hla等位基因。在一些實施方案中，患者是移植接受者。在其中患者是移植接受者的一個具體實施方案中，與患者或患者的患病細(xì)胞(例如癌性或受病原體感染的細(xì)胞)一樣的hla等位基因是指與患者在移植之前和/或之后一樣的hla等位基因。在一些實施方案中，患者的患病細(xì)胞來源于給予患者的移植物，因此表達(dá)移植物的hla等位基因；在這類實施方案中，測定患者的患病細(xì)胞的hla配型可通過對給予患者的移植物中的hla等位基因分型來進(jìn)行。在其它實施方案中，患者的患病細(xì)胞不來源于給予患者的移植物，因此具有移植前的患者的hla配型。在具體的實施方案中，移植是hsct或?qū)嶓w器官移植?？砂吹?.1.1節(jié)所述制備用于制作頻率示圖的t細(xì)胞系。確定hla配型的步驟可按第5.1.2節(jié)所述進(jìn)行。一般而言，對于實施本發(fā)明優(yōu)選對更多的hla基因座分型。確定hla配型的步驟可按第5.1.2節(jié)所述進(jìn)行。5.3.2.1.用于選擇供體的頻率示圖的產(chǎn)生頻率示圖鑒定多個hla等位基因，并揭示t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的指標(biāo)，所述t細(xì)胞系(i)各個識別(患者的)病原體或癌癥的抗原的至少一個表位，和(ii)受限于hla等位基因的不同hla等位基因。在頻率示圖中，各個鑒定的hla等位基因與受限于hla等位基因的t細(xì)胞系產(chǎn)生的相對頻率的相應(yīng)指標(biāo)有關(guān)。在一些方面，頻率示圖是通過相對頻率排序的多個hla等位基因的列表。在一些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的步驟如下進(jìn)行：通過檢查通過相對頻率排序的多個hla等位基因的列表，其一覽表中的最高分層為最高相對頻率的指標(biāo)；并選出同種異體t細(xì)胞供體，所述供體與在列表中同與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的供體的hla等位基因相比的較高等級有關(guān)的患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因。在一些方面，頻率示圖是列出大量hla等位基因的數(shù)據(jù)庫(例如表)，每一個與表示相對頻率的評分有關(guān)。在一些實施方案中，選擇同種異體t細(xì)胞供體的步驟如下進(jìn)行：通過檢查列出hla等位基因的數(shù)據(jù)庫，每一個與表示相對頻率的評分有關(guān)，其數(shù)據(jù)庫中的最高評分為最高相對頻率的指標(biāo)；并選出同種異體t細(xì)胞供體，所述供體與數(shù)據(jù)庫中同與患者或患者的患病細(xì)胞不一樣的供體的hla等位基因相比的較高評分有關(guān)的患者或患者的患病細(xì)胞一樣的至少一個hla等位基因。在一些實施方案中，頻率示圖存儲在數(shù)據(jù)庫中。在不同的實施方案中，選擇本公開內(nèi)容所述的同種異體t細(xì)胞供體的方法是計算機(jī)執(zhí)行的。在一些實施方案中，選擇本公開內(nèi)容所述的同種異體t細(xì)胞供體的方法是使用第5.6節(jié)描述的計算機(jī)系統(tǒng)經(jīng)計算機(jī)執(zhí)行的。在一些實施方案中，選擇本公開內(nèi)容所述的同種異體t細(xì)胞供體的方法是使用第5.6節(jié)描述的可讀介質(zhì)經(jīng)計算機(jī)執(zhí)行的。一旦可獲得其它數(shù)據(jù)，則可使用其它數(shù)據(jù)更新頻率示圖。5.4.獲得t細(xì)胞系本文還描述了獲得同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的方法，所述方法包括：(a)按照第5.3節(jié)中所述方法選擇同種異體t細(xì)胞供體；和(b)從所選的同種異體t細(xì)胞供體得到同種異體t細(xì)胞系，所述同種異體t細(xì)胞系識別病原體或癌癥的抗原的至少一個表位。5.5.患者本公開內(nèi)容提及的患者是人類患者。在不同的實施方案中，患者曾是移植的接受者。在一個具體的實施方案中，移植是hsct。在某些實施方案中，hsct是骨髓移植(bmt)。在某些實施方案中，hsct是外周血干細(xì)胞移植(pbsct)。在某些實施方案中，hsct是臍帶血移植(cbt)。在一個具體的實施方案中，移植是實體器官移植。在不同的實施方案中，患者不是移植的接受者。在一個具體的實施方案中，患者不是hsct的接受者。在一個具體的實施方案中，患者不是實體器官移植的接受者。在不同的方面，患者攜帶或疑似攜帶病原體。在一個具體的實施方案中，患者攜帶病原體。在一個具體的實施方案中，患者對病原體呈血清反應(yīng)陽性，并具有由病原體感染的癥狀。病原體可以是病毒、細(xì)菌、真菌、寄生蟲或原生生物。在某些實施方案中，病原體是病毒。在一些實施方案中，病毒是巨細(xì)胞病毒(cmv)。在具體的實施方案中，患者在患者進(jìn)行hsct后攜帶或疑似攜帶cmv感染。在具體的實施方案中，cmv的抗原是cmvpp65。在具體的實施方案中，cmv的抗原是cmvie1。在一些實施方案中，病毒是eb病毒(ebv)。在具體的實施方案中，ebv的抗原是ebna1、ebna2、ebna3a、ebna3b、ebna3c、lmp1或lmp2。在一些實施方案中，病毒是多瘤bk病毒(bkv)、johncunningham病毒(jcv)、皰疹病毒、腺病毒(adv)、人免疫缺陷病毒(hiv)、流感病毒、埃博拉病毒、痘病毒、棒狀病毒或副黏病毒。在具體的實施方案中，病毒是bkv。在具體的實施方案中，病毒是jcv。在具體的實施方案中，病毒是adv。在具體的實施方案中，病毒是人皰疹病毒-6(hhv-6)或人皰疹病毒-8(hhv-8)。在一個實施方案中，患者患有對抗病毒(小分子)藥物療法不起反應(yīng)的病毒感染。在不同的方面，患者患有或疑似患有癌癥。在一個具體的實施方案中，患者患有癌癥。癌癥可包括血液、乳腺、肺、卵巢、胃、胰腺、喉、食管、睪丸、肝、腮腺、膽管、結(jié)腸、直腸、宮頸、子宮、子宮內(nèi)膜、腎、膀胱、前列腺、甲狀腺、腦或皮膚的癌癥。在一些實施方案中，癌癥是血癌。在具體的實施方案中，癌癥是淋巴增殖性病癥。在其它實施方案中，癌癥是腦癌。在一些實施方案中，癌癥是wt1陽性癌癥。在具體的實施方案中，癌癥的抗原是wt1。在一些實施方案中，癌癥是ebv陽性移植后淋巴增殖性病癥(ebv-ptld)。在具體的實施方案中，ebv-ptld的抗原是ebna1、ebna2、ebna3a、ebna3b或ebna3c。在其它具體的實施方案中，抗原是lmp1或lmp2。在一些實施方案中，癌癥是ebv陽性鼻咽癌。在具體的實施方案中，ebv陽性鼻咽癌的抗原是ebna1、lmp1或lmp2。如本文所述癌癥的抗原可為癌癥特異性或癌癥相關(guān)抗原，因此可以是其表達(dá)在癌組織或癌細(xì)胞比在非癌組織或非癌細(xì)胞中高的肽或蛋白質(zhì)或相對于非癌組織或非癌細(xì)胞只在癌組織或癌細(xì)胞表達(dá)的肽或蛋白質(zhì)。5.6.計算機(jī)系統(tǒng)和計算機(jī)可讀介質(zhì)在不同的實施方案中，計算機(jī)系統(tǒng)或計算機(jī)可讀介質(zhì)經(jīng)配置以按本公開內(nèi)容所述進(jìn)行選擇同種異體t細(xì)胞系的方法的任一種和選擇同種異體t細(xì)胞供體的任一種。本文還提供用于選擇同種異體t細(xì)胞系用于治療性給予攜帶/患有或疑似攜帶/患有病原體或癌癥的人類患者的計算機(jī)系統(tǒng)。在一個具體的實施方案中，這類計算機(jī)系統(tǒng)包括：中央處理器；與中央處理器連接的存儲器、用于進(jìn)行按本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞系的方法的任一種或選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法的任一種的步驟的存儲器存儲指令。在一些實施方案中，計算機(jī)系統(tǒng)進(jìn)一步包括與中央處理器有效通信的顯示設(shè)備。本文還提供計算機(jī)可讀介質(zhì)，其具有用于按本公開內(nèi)容所述進(jìn)行選擇同種異體t細(xì)胞系的方法的任一種或選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法的任一種的步驟的計算機(jī)可執(zhí)行指令。在一些實施方案中，計算機(jī)系統(tǒng)或計算機(jī)可讀介質(zhì)所載入的為在本領(lǐng)域是標(biāo)準(zhǔn)的軟件成分。軟件成分共同使計算機(jī)按照本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞系的方法或選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法發(fā)揮功能。在一些實施方案中，計算機(jī)系統(tǒng)或計算機(jī)可讀介質(zhì)所載入的為在本領(lǐng)域是標(biāo)準(zhǔn)的軟件成分和是本發(fā)明特有的一個或多個計算機(jī)程序產(chǎn)品。在具體的實施方案中，一個或多個計算機(jī)程序產(chǎn)品使計算機(jī)系統(tǒng)按照本公開內(nèi)容所述選擇同種異體t細(xì)胞系的方法或選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法發(fā)揮功能。在具體的實施方案中，是本發(fā)明特有的一個或多個計算機(jī)程序產(chǎn)品和在本領(lǐng)域是標(biāo)準(zhǔn)的軟件成分共同使計算機(jī)系統(tǒng)按照本文所述的選擇同種異體t細(xì)胞系的方法或選擇同種異體t細(xì)胞供體的方法發(fā)揮功能。在某些實施方案中，計算機(jī)系統(tǒng)或計算機(jī)可讀介質(zhì)經(jīng)配置以選擇同種異體t細(xì)胞系用于以高且一致的功效治療性給予患者。在某些實施方案中，計算機(jī)系統(tǒng)或計算機(jī)可讀介質(zhì)經(jīng)配置以選擇同種異體t細(xì)胞供體，從其得到同種異體t細(xì)胞系用于以高且一致的功效治療性給予患者。6.實施例通過以下非限制性實施例說明本文提供的某些實施方案，其表明根據(jù)由提呈免疫顯性病毒肽的供體和接受者共有的hla等位基因的分層，允許從庫存的hla部分匹配的第三方供體來源的t細(xì)胞系優(yōu)化選擇治療活性的cmvpp65特異性t細(xì)胞用于治療cmv感染的技術(shù)。6.1.方法:6.1.1.cmvctl庫的建立：所有細(xì)胞產(chǎn)物根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)操作程序(sop)和fda順應(yīng)式方案于memorialsloanketteringcancercenter(mskcc)的gmp設(shè)施中進(jìn)行。6.1.1.1.自體細(xì)胞因子激活的單核細(xì)胞(cams)的產(chǎn)生：使用聚蔗糖-泛影葡胺(ficollhypaque)通過密度梯度離心，從血清反應(yīng)陽性供體的血液中分離外周血單核細(xì)胞(pbmc)。允許pbmc以懸浮于含1％自體血清的rpm-1640中的107/ml的濃度在37℃下在6孔組織培養(yǎng)板貼壁2小時，之后輕輕除去未貼壁的單核細(xì)胞。貼壁的單核細(xì)胞用2ml無血清imdm/孔培養(yǎng)，每隔一天補充gm-csf2000iu(50μl)和il-4的il-41000u(25μl)直到第5天。在第5天，加入腫瘤壞死因子-α(sigma,st.louis)達(dá)到至10ng/ml、白介素-1β至400iu/ml、白介素-6(r&dsystems，inc，minneapolis，mnusa)至1000iu/ml和前列腺素-e2(calbiochem，lajolla，causa)至25mm/ml的終濃度以誘導(dǎo)cams最終的成熟。在第7天，如下所述收獲成熟的cams，按其hlaii類的表達(dá)進(jìn)行表征，通過facs對cd14和共刺激分子計數(shù)，等分并用于t細(xì)胞系的敏化。6.1.1.2.自體轉(zhuǎn)化的b淋巴細(xì)胞細(xì)胞系(blcl)的產(chǎn)生：按之前所述，通過用ebv毒株b95.8感染pbmc，產(chǎn)生來自各供體的ebv-blcl(koehne,g.等,blood,2000.96:109-117；koehne,g.等,blood,2002.99:1730-1740)。將細(xì)胞保持在補充10％胎牛血清(fcs)和阿昔洛韋的rpmi1640(invitrogen，inc，carlsbad，causa)中。6.1.1.3.cmvpp65特異性t細(xì)胞的產(chǎn)生：通過使用用免疫磁性cd56預(yù)包被的微珠(miltenyibiotechinc.)對cd56+細(xì)胞進(jìn)行免疫磁性分離，通過消耗貼壁的單核細(xì)胞接著消耗天然殺傷細(xì)胞，從自pbmc分離的外周血淋巴細(xì)胞富集t細(xì)胞。按之前所述，將純化的t細(xì)胞與加載gmp級重疊十五肽(plcam)庫的受照射的自體cams共培養(yǎng)(trivedi,d.等,blood,2005.105:2793-2801)。按之前所述，以效應(yīng)物與刺激物20:1的比率，將t細(xì)胞在il-2(5-40u/ml)存在下培養(yǎng)28-40天的時間，每周用加載受照射的自體肽的cams再刺激(trivedi,d.等,blood,2005.105:2793-2801)。6.1.2.cmvpp65特異性t細(xì)胞的表征：6.1.2.1.四聚體分析：使用針對分別攜帶肽序列nlvpmvatv、qydpvaalf和tprvtgggam的hlaa0201、a2402和b0702的市售可獲得的cmvpp65mhc-肽四聚體，使用hla-肽四聚體定量測定cmvpp65表位特異性t細(xì)胞的比例(beckmancoulter，incfullerton，ca)。使t細(xì)胞與cd3fitc、cd8pe、cd4percp(bdbioscience，sanjose，ca)和apc綴合的四聚體復(fù)合物在冰上孵育20分鐘，洗滌，隨后通過facs(bdlsrii)分析。數(shù)據(jù)應(yīng)用flowjo軟件(treestarinc，ashland，or)分析。測定培養(yǎng)物中cd4和cd8+t細(xì)胞的比例以及cd3+和與hla-肽四聚體結(jié)合的cd8+t細(xì)胞的比例。6.1.2.2.tcrvβ庫(repertoire)按照生產(chǎn)商提供的程序(wei,s.等,immunogenetics,1994.40:27-36)，使用含有人tcrvβ區(qū)的24個亞家族的抗體的市售可獲得的試劑盒(iobetamark，beckmancoulter，inc，france)，通過流式細(xì)胞術(shù)，針對tcrvβ庫對cmv肽-hla四聚體+t細(xì)胞進(jìn)行分析。6.1.2.3.cmv特異性和同種異體反應(yīng)性ifn-γ-產(chǎn)生t細(xì)胞的量化在開始和在各cmv特異性t細(xì)胞系發(fā)育中的幾個點上，將1×106/ml濃度的供體t淋巴細(xì)胞與以5:1的效應(yīng)物-刺激物細(xì)胞比加載cmvpp65肽庫(20ug/ml)的自體cams混合。平行設(shè)置含有效應(yīng)細(xì)胞和未加載任何肽的pbmc的對照管。將布雷菲德菌素a以10μg/ml細(xì)胞的濃度加入未刺激和肽刺激的樣品中。將管在潮濕的5％co2培養(yǎng)箱中在37℃下孵育過夜16小時。將整批未刺激和受刺激培養(yǎng)物的等分試樣轉(zhuǎn)移到管中用于用單克隆抗體染色。將細(xì)胞用5μl用別藻藍(lán)蛋白(apc)和10μl抗cd8多甲藻黃素葉綠素蛋白(percp)標(biāo)記的單克隆抗cd3或抗cd4percp(bdbiosciences，sanjose，ca)染色，并在室溫下避光孵育20分鐘。細(xì)胞用2ml磷酸緩沖鹽水(pbs)–牛血清白蛋白(bsa)–疊氮化物(az)(pbs+0.5％bsa+0.1％az)洗滌。將細(xì)胞離心，棄去上清液，并將100μl試劑a(fix&permcellpermeabilizationreagentsa&b；caltaglaboratories，burlingame，ca)加入各管中以固定細(xì)胞。然后將這些細(xì)胞孵育15分鐘。將細(xì)胞用pbs+bsa+az洗滌，加入100μl試劑b(caltaglaboratories)用于透化處理。通過加入10μl小鼠igg1同種型對照異硫氰酸熒光素(fitc)或ifn-γfitc(bdpharmingen，sandiego，ca)單克隆抗體，進(jìn)行胞內(nèi)染色。將細(xì)胞在室溫下避光孵育20分鐘，洗滌兩次，進(jìn)一步固定在1％福爾馬林中。隨后使用具有10色彩能力的三激光的lsrii流式細(xì)胞儀(bdbiosciences)獲得染色和固定的細(xì)胞，并應(yīng)用flowjo軟件分析。細(xì)胞先通過前向散射和側(cè)向散射鑒定，然后通過對cd3apc與側(cè)向散射點圖中的cd3+細(xì)胞進(jìn)行選通鑒定。在綜合門控中獲得20,000-50,000個事件。對于對細(xì)胞的進(jìn)一步鑒定，進(jìn)行了對cd3+cd8+或cd3+cd4+細(xì)胞的選通。根據(jù)未刺激對照和同種型對照管的分析，建立象限標(biāo)志物。6.1.3.確立分層：對不同cmvpp65表位的抗病毒cd8+t細(xì)胞應(yīng)答的量化6.1.3.1.使用重疊15aa肽的文庫的表位作圖通過按照由koehne等(koehne,g.等,blood,2002.99:1730-1740)改進(jìn)的waldrop等(waldrop,s.l.等,jclininvest,1997.99:1739-1750)的技術(shù)，通過測量用加載目標(biāo)肽或肽庫(pl)的自體apc繼發(fā)刺激時產(chǎn)生的ifnγ陽性t細(xì)胞的數(shù)目，鑒定并量化cmvpp65內(nèi)的特定肽的t細(xì)胞應(yīng)答。一系列重疊肽庫允許鑒定誘導(dǎo)t細(xì)胞應(yīng)答的特定表位。對t細(xì)胞供體是自體的加載肽的pbmc、對t細(xì)胞供體是自體的cams或?qū)細(xì)胞供體是自體的blcl被用作apc以刺激響應(yīng)性t細(xì)胞用于表位作圖。6.1.3.2.體外細(xì)胞毒性活性如前所述，采用標(biāo)準(zhǔn)51鉻釋放測定法，針對其裂解加載cmvpp65的靶標(biāo)的能力，評價所有的t細(xì)胞系(koehne,g.等,blood,2002.99:1730-1740；trivedi,d.等,blood,2005.105:2793-2801)。用于全部實驗的靶標(biāo)由一組ebv-blcl組成，其各自與指定供體的t細(xì)胞共有單個hla等位基因。按指定實驗中的規(guī)定，這些細(xì)胞加載了完整的cmvpp65肽庫或其特定的子庫、單一十五肽或已知由該等位基因提呈的cmvpp65九聚體(例如hlaa0201為nlvpmvatv，hlaa2402為qydpvaalf和tprvtgggam和hlab0702為rpherngftv)(trivedi,d.等,blood,2005.105:2793-2801；hasan,a.n.等,jimmunol,2009.183:2837-2850)。加載非共有hla等位基因提呈的肽的靶標(biāo)用作對照。通過針對用特定共有hla等位基因提呈的已鑒定的肽表位脈沖的靶標(biāo)的反應(yīng)性，并針對加載攜帶其它共有等位基因的ebvblcl或完全錯配的ebvblcl上加載的肽的反應(yīng)性的缺乏，來鑒定hla限制。6.2.數(shù)據(jù):6.2.1.自遺傳一系列不同hla等位基因的遺傳型上異源的供體群產(chǎn)生的gmp級cmvctl庫自開始使用供體來源的cmvpp65特異性t細(xì)胞用于治療同種異體hsct接受者的cmv病毒血癥的臨床試驗以來，在7年的時間內(nèi)產(chǎn)生了共119個cmvpp65特異性ctl系。用于產(chǎn)生ctl系的供體庫遺傳了180個不同的hla等位基因，這代表了newyork多種族人群中普遍的共同hla等位基因。hla等位基因在供體ctl庫中的分布與在包括高加索人、亞洲人和黑人在內(nèi)各種族群出現(xiàn)的hla等位基因頻率密切相關(guān)，只是hlaa0201和b0702除外，其過度出現(xiàn)；分別為33％與25％和21％與8.7％(表1)。119個供體中遺傳的hlai類等位基因的頻率順序如下：a0201(n＝39)、a0301(n＝28)、b0702(n＝25)、b44(n＝24)、hlab0801(n＝22)、b3501-11(n＝19)、a1101(n＝16)、a2402(n＝14)、b1501-17(n＝14)、b1801-07(n＝12)、3201-03(n＝11)、a3301-04(n＝10)、b4001-06(n＝9)和a2601(n＝9)、b5701(n＝9)。其它hlai類等位基因以較低頻率出現(xiàn)，例如hlab5201(n＝8)、b3801(n＝6)、a6801-09(n＝5)、b5801(n＝5)。對于hlaii類等位基因，有6個高度出現(xiàn)的hladrb1等位基因，正如從總?cè)巳浩漭^高頻率所預(yù)期的(表1)。在頻率順序中，這些包括drb11501-08、0401-32、0301-13、0701-04、1101-20、1301-34。表1.總?cè)巳褐械膆la等位基因頻率和119個cmvpp65特異性ctl系的表征。6.2.2.根據(jù)少數(shù)hlai類和ii類等位基因提呈的表位cmvpp65特異性t細(xì)胞應(yīng)答是顯性的在119(87％)個ctl系的103個中，免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答被hlai類等位基因限制，而在16個ctl系中，被hlaii類等位基因限制。在54％的ctl系中，免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答被3個hlai類等位基因限制：a0201(25％)、b0702(21％)和b3501-11(8％)。提呈免疫顯性表位的其它等位基因包括hlaa2402、b4001、b4006、b4202、b4204、b4402、b4403、drb10401和0404、drb11101、drb11202。因此，盡管該庫中提供的寬大序列的i類和ii類hla等位基因，但這些等位基因中僅19提呈誘導(dǎo)免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答的表位。此外，任何可檢測水平的t細(xì)胞應(yīng)答對由該庫中的供體遺傳的180個hla等位基因中的僅49個提呈的表位有特異性。6.2.3.提呈免疫顯性表位的hla等位基因在共遺傳特定單元型的個體內(nèi)以分層級次存在庫中t細(xì)胞系的評價還表明，由特定hla等位基因提呈的表位始終是顯性的，如通過表位特異性ifnγ+t細(xì)胞的量化和其hla限制的確定測量。之前的研究提供了由hlab0702提呈的cmvpp65的表位在共遺傳hlaa0201和b0702的患者中是顯性的證據(jù)(lacey,s.f.等,humimmunol,2003.64:440-452)。在該實施例的系列中，hlab0702一貫是限制在遺傳該等位基因的庫中的全部25個供體的免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答的等位基因(100％)，包括共遺傳hlaa0201的9個。因此，受hlab0702限制的應(yīng)答不論遺傳的其它hlai類和ii類等位基因均是顯性的。另一方面，在遺傳hlaa0201的39個供體的30中(77％)，免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答被hlaa0201限制。其余的9個供體是共遺傳hlaa0201和b0702的供體，且在這9個供體的每個中，免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答被hlab0702限制。因此hlaa0201當(dāng)與任何其它hlai類或ii類等位基因共遺傳(當(dāng)與hlab0702共遺傳除外)時，是限制免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答的等位基因。例如，在22個遺傳hlab44等位基因的供體中，只有4個誘導(dǎo)被該等位基因限制的顯性應(yīng)答。當(dāng)這些等位基因(b4401、b4402、b4403)與hlaa0201共遺傳時，在12個所述供體的11個(91.6％)免疫顯性ctl應(yīng)答被hlaa0201限制；其它供體也共遺傳hlab0702并誘導(dǎo)hlab0702限制的應(yīng)答。遺傳hlab0702或a0201的供體中t細(xì)胞應(yīng)答的其它顯著特征是這樣的事實，即所觀察到的應(yīng)答專門針對由這些等位基因提呈的表位。相比之下，在其中對免疫顯性表位的應(yīng)答被其它hla等位基因限制的t細(xì)胞系中，通常觀察到對其它表位有特異性并被其它hla等位基因限制的亞顯性t細(xì)胞群。該分析允許提呈如圖1所示的免疫顯性表位的hla等位基因的分層聚類的識別。提呈免疫顯性表位的hla等位基因的分層只根據(jù)其在響應(yīng)肽刺激時的功能活性水平。在肽對hla結(jié)合的親和力及其誘導(dǎo)免疫顯性t細(xì)胞應(yīng)答的能力之間沒有相關(guān)性(表2)。表2.提呈免疫顯性表位的hla等位基因的表征。6.2.4.構(gòu)成cmvctl庫的表位庫和hla等位基因可用于治療不同的患者群在構(gòu)成gmp庫的119個ctl系內(nèi)發(fā)現(xiàn)極有限的誘導(dǎo)t細(xì)胞應(yīng)答的免疫顯性cmvpp65表位庫，其由有限的hla基因座提呈。假如t細(xì)胞應(yīng)答由如此精細(xì)的特異性限定，則對于在第三方背景下是臨床上有效的抗原特異性t細(xì)胞，所選的t細(xì)胞應(yīng)需要對通過由患者共有的hla基因座提呈的表位起反應(yīng)。在這些參數(shù)中，分析了可能使用來自該庫的ctl治療的不同種族的患者。對在過去3-5年在memorialsloan-kattering癌癥中心進(jìn)行的來自是hla匹配或hla錯配的相關(guān)或無關(guān)的供體以及臍帶血供體的一系列連續(xù)t細(xì)胞耗盡移植進(jìn)行了回顧。在該中心，在一系列239個hla匹配的相關(guān)或無關(guān)的移植中，在該病例的86％中，能夠鑒定出具有受患者共有的hla等位基因限制的cmvt細(xì)胞應(yīng)答和1-2個其它hla等位基因中匹配的ctl系。同樣，在一系列的137個hla錯配的移植和70個臍帶血移植中，分別能夠在93％和81％的病例中鑒定出適當(dāng)受限制的ctl系。因此，雖然在該ctl庫中hla等位基因的寬大提呈，但可鑒定受有限的hla等位基因庫限制的t細(xì)胞，并用于在該種族多樣化群體中治療大多數(shù)的患者。6.2.5.使用新定義的表位和hla限制標(biāo)準(zhǔn)自移植供體或第三方供體選擇的用于治療的cmvctl的臨床活性總共54名可評價的患者接受cmvctl作為無法響應(yīng)抗病毒藥物的臨床感染或持續(xù)病毒血癥的治療。這些人中，19名接受了來自其hct供體(ncto1646645)的cmvpp65特異性t細(xì)胞，35名接受來自>2hla等位基因匹配的第三方供體的t細(xì)胞。結(jié)果概括于表3和表4。在該分析中，cr定義為臨床感染的清除和/或可檢測cmv從血液中清除。pr定義為血液中cmv的降低>2log10。sd定義為具有穩(wěn)定臨床狀況且cmv降低<2log10的患者。pod定義為病毒血癥和臨床疾病持續(xù)進(jìn)展。表2.給予的cmvpp65特異性t細(xì)胞的hla限制的反應(yīng)。表3.在給予的其它cmvpp65特異性t細(xì)胞中檢出的免疫顯性hla等位基因正如所見的，接受對由hlaa201提呈的cmvpp65表位有特異性的t細(xì)胞的19名患者中，14達(dá)到了cr或pr。用由hlab0702提呈的免疫顯性表位有特異性的t細(xì)胞治療的9人中，8人達(dá)到了cr。同樣，在治療的5個病例的每個中，免疫顯性t細(xì)胞受hlaa2402限制(n＝2)，且b0801(n＝3)誘導(dǎo)cr。相比之下，7/7對hlab35的等位位基因變體提呈的免疫顯性表位有特異性的cmvpp65特異性t細(xì)胞的接受者不起反應(yīng)。同樣，對a2601(n＝3)、a2407(n＝1)和b5001(n＝1)的表位有特異性的免疫顯性t細(xì)胞無法清除感染或減輕病毒血癥。這些預(yù)期的結(jié)果提供免疫顯性由特定hla等位基因提呈的表位體內(nèi)誘導(dǎo)具有更好的治療活性的t細(xì)胞的證據(jù)。還對接受來自供體的移植物的患者進(jìn)行了回顧性檢查，所述供體還同意將其cmvpp65特異性t細(xì)胞包括在庫中用于他們還向其捐贈hla相容性hct以外的個體。原因是來自這類供體的t細(xì)胞耗盡移植物，其通常含有2-8x103個t細(xì)胞/kg接受者體重，還可提供少數(shù)免疫顯性cmv特異性t細(xì)胞，因為血清反應(yīng)陽性供體的血液中ifnγ+cmv特異性t細(xì)胞的頻率在循環(huán)t細(xì)胞的0.1-1％的范圍。表5提供該初步分析的結(jié)果。表4.接受來自還向庫中貢獻(xiàn)細(xì)胞作為第三方供體的hla相容供體的移植物的患者中cmv再激活、疾病和對cmv定向療法的最終反應(yīng)的分析。此外，如在用cmvpp65特異性t細(xì)胞治療的患者中所見，來自共有hlab0702和a0201等位基因的供體的移植物接受者具有發(fā)生cmv疾病的較小風(fēng)險，且病毒血癥持續(xù)對治療起反應(yīng)，而接受來自缺乏這些等位基因的供體的移植物的人具有明顯感染的重大發(fā)生率。這在攜帶缺乏hlab0702或a0201的hlab35的變體的患者中再次特別觀察到。臨床數(shù)據(jù)允許我們確定提呈誘導(dǎo)肽特異性t細(xì)胞應(yīng)答的cmvpp65的免疫顯性表位的某些hla等位基因的分層(參見表6)，一個活性示圖的實例。表5.提呈誘導(dǎo)肽特異性t細(xì)胞應(yīng)答的cmvpp65的免疫顯性表位的hla等位基因的分層。限制t細(xì)胞的hla系等級ahla-b07021hla-a02012hla-b08013hla-b44014a較高等級相當(dāng)于在治療患有對抗病毒藥物不起反應(yīng)的cmv感染或持續(xù)病毒血癥的患者中被hla等位基因限制的t細(xì)胞系的更好的臨床效果。我們的數(shù)據(jù)表明，不應(yīng)使用hla-b35變體(因此可視為在出現(xiàn)的hla等位基因中“不合格”)。6.3.數(shù)據(jù)表明：1.有限的cmvpp65表位庫誘導(dǎo)功能性cmv特異性細(xì)胞毒性t細(xì)胞應(yīng)答，且該ctl庫內(nèi)出現(xiàn)的181個等位基因中共49個hla等位基因提呈這些免疫顯性cmvpp65表位。2.鑒定的肽表位可用于開發(fā)有效的多肽疫苗，或用作在未來產(chǎn)生用于過繼免疫療法的高功能性cmvctl的有限肽庫。3.hla分層的分析并入用于治療的ctl系的選擇中可促進(jìn)第三方ctl治療的更高和更一致的功效。6.4.臨床和實驗結(jié)果的概要有效的過繼轉(zhuǎn)移的病毒特異性t細(xì)胞必須對病毒肽表位有特異性，所述病毒肽表位由被病毒感染的宿主細(xì)胞表達(dá)又被感染的宿主細(xì)胞和hla限制性供體t細(xì)胞通過其識別病毒表位的供體t細(xì)胞表達(dá)的hla等位基因提呈。在解決用cmv的最初感染后，最初大的應(yīng)答t細(xì)胞庫縮小，使得保持只對少數(shù)免疫顯性表位有特異性的t細(xì)胞。因此，自潛伏感染的cmv血清反應(yīng)陽性正常供體擴(kuò)增的cmvpp65特異性t細(xì)胞系通常對由供體表達(dá)的僅1-2個hla等位基因提呈的僅1-2種免疫顯性cmvpp65肽有特異性。我們發(fā)現(xiàn)，提呈誘導(dǎo)肽特異性t細(xì)胞應(yīng)答的cmvpp65的免疫顯性表位的hla等位基因有分層，這導(dǎo)致特定hla等位基因提呈的cmvpp65特異性t細(xì)胞相對于遺傳和表達(dá)的所有其它細(xì)胞優(yōu)先擴(kuò)增。這種分層不是基于肽與提呈性等位基因的結(jié)合親和力。作為hla限制的這種分層的結(jié)果：1.在體外擴(kuò)增的t細(xì)胞系中檢出的誘導(dǎo)cmvpp65特異性t細(xì)胞的免疫顯性表位只從由少數(shù)hla等位基因提呈。2.此外，在遺傳來自提呈免疫顯性肽表位的該有限的hla等位基因庫的兩個或多個hla等位基因的個體中，某些hla等位基因(例如hlab0702或hlaa0201)始終提呈誘導(dǎo)排他應(yīng)答的表位。ii期試驗的早期結(jié)果進(jìn)一步表明，對于抗病毒藥物療法失敗、然后由用受宿主的感染細(xì)胞表達(dá)的hla等位基因限制的第三方供體來源的cmvpp65特異性t細(xì)胞治療的cmv感染或持續(xù)病毒血癥的患者，接受被該分層中的同一最高h(yuǎn)la等位基因(例如hlab0702或hlaa0201)限制的cmvpp65特異性t細(xì)胞的那些患者始終起反應(yīng)，而用被分層中低等的hla等位基因限制的cmvpp65特異性t細(xì)胞治療可清除感染，反應(yīng)不太一致。7.援引加入本文引用了不同的出版物，其公開內(nèi)容通過引用以其整體并入到本文中。當(dāng)前第1頁12