本公開(kāi)屬于檢測(cè)，更具體地說(shuō)，是涉及一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法及裝置。

背景技術(shù)：

1、利用液質(zhì)聯(lián)用技術(shù)（lc-ms/ms）產(chǎn)生的質(zhì)譜數(shù)據(jù)進(jìn)行從頭測(cè)序（de?novosequencing），已成為蛋白質(zhì)組學(xué)研究中的一項(xiàng)關(guān)鍵手段。動(dòng)態(tài)規(guī)劃(dynamicprogramming)是實(shí)現(xiàn)從頭測(cè)序的主要方法，動(dòng)態(tài)規(guī)劃這項(xiàng)技術(shù)具有運(yùn)算時(shí)間復(fù)雜度高、復(fù)雜的賦分函數(shù)（scoring?function）難以應(yīng)用的缺點(diǎn)。以往的優(yōu)化方向傾向于降低動(dòng)態(tài)規(guī)劃計(jì)算時(shí)候的精度，例如將計(jì)算單位從0.01道爾頓（dalton）擴(kuò)大到0.1道爾頓，然后將從頭測(cè)序生成的多肽序列與二級(jí)質(zhì)譜進(jìn)行數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)，達(dá)到優(yōu)化的目的。但如果數(shù)據(jù)庫(kù)內(nèi)不包含相應(yīng)的多肽序列，優(yōu)化結(jié)果的可信度很低。另一種優(yōu)化方向則是在二級(jí)質(zhì)譜集中，通過(guò)停留時(shí)間（retention?time）等質(zhì)譜參數(shù)，找到同源的質(zhì)譜進(jìn)行結(jié)果比對(duì)。這種方法的缺點(diǎn)在于，同一實(shí)驗(yàn)組的質(zhì)譜采用的動(dòng)態(tài)規(guī)劃方法相同，同源的質(zhì)譜鑒定結(jié)果互相影響，質(zhì)譜中的噪音峰對(duì)鑒定結(jié)果的干擾會(huì)擴(kuò)大。因此，存在優(yōu)化結(jié)果變差的可能性。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)思路

1、本公開(kāi)的目的在于提供一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法及裝置，以提高二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化效果。

2、本公開(kāi)實(shí)施例的第一方面，提供了一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，包括：

3、生成每個(gè)原始序列對(duì)應(yīng)的第一候選序列；其中，分別將第一原始序列中的每一個(gè)片段替換為片段分子質(zhì)量相同的隨機(jī)子序列，得到第一原始序列對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列；所述第一原始序列為任一個(gè)原始序列，所述原始序列為基于二級(jí)質(zhì)譜得到的鑒定序列；

4、基于多個(gè)所述第一原始序列和對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列構(gòu)建評(píng)估序列集，計(jì)算所述評(píng)估序列集中每個(gè)序列與二級(jí)質(zhì)譜的匹配度；

5、基于所述匹配度從所述評(píng)估序列集中選取第一序列，將所述第一序列確定為評(píng)估優(yōu)化結(jié)果。

6、本公開(kāi)實(shí)施例的第二方面，提供了一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化裝置，包括：

7、第一生成模塊，用于生成每個(gè)原始序列對(duì)應(yīng)的第一候選序列；其中，分別將第一原始序列中的每一個(gè)片段替換為片段分子質(zhì)量相同的隨機(jī)子序列，得到第一原始序列對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列；所述第一原始序列為任一個(gè)原始序列，所述原始序列為基于二級(jí)質(zhì)譜得到的鑒定序列；

8、第一計(jì)算模塊，用于基于多個(gè)所述第一原始序列和對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列構(gòu)建評(píng)估序列集，計(jì)算所述評(píng)估序列集中每個(gè)序列與二級(jí)質(zhì)譜的匹配度；

9、第一篩選模塊，用于基于所述匹配度從所述評(píng)估序列集中選取第一序列，將所述第一序列確定為評(píng)估優(yōu)化結(jié)果。

10、本公開(kāi)實(shí)施例的第三方面，提供了一種電子設(shè)備，包括存儲(chǔ)器、處理器以及存儲(chǔ)在所述存儲(chǔ)器中并在所述處理器上運(yùn)行的計(jì)算機(jī)程序，所述處理器執(zhí)行所述計(jì)算機(jī)程序時(shí)實(shí)現(xiàn)上述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法的步驟。

11、本公開(kāi)實(shí)施例的第四方面，提供了一種計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)，所述計(jì)算機(jī)可讀存儲(chǔ)介質(zhì)存儲(chǔ)有計(jì)算機(jī)程序，所述計(jì)算機(jī)程序被處理器執(zhí)行時(shí)實(shí)現(xiàn)上述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法的步驟。

12、本公開(kāi)實(shí)施例提供的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法及裝置的有益效果在于：

13、本公開(kāi)實(shí)施例中，首先將原始序列中的每一個(gè)片段替換為片段分子質(zhì)量相同的隨機(jī)子序列，嘗試生成與二級(jí)質(zhì)譜更加匹配的第一候選序列，然后基于多個(gè)第一原始序列和對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列構(gòu)建評(píng)估序列集，將評(píng)估序列集中的每個(gè)序列分別與二級(jí)質(zhì)譜進(jìn)行匹配，對(duì)于匹配度高的序列，表明二級(jí)質(zhì)譜中包含有足夠的、明顯的峰來(lái)支持這一片段部分的解析，據(jù)此，可以從評(píng)估序列集中選取匹配度高的第一序列，從而實(shí)現(xiàn)對(duì)第一原始序列的評(píng)估優(yōu)化。

14、本公開(kāi)實(shí)施例可以不借助數(shù)據(jù)庫(kù)或其他二級(jí)質(zhì)譜的信息對(duì)序列的鑒定結(jié)果進(jìn)行評(píng)估優(yōu)化，避免了數(shù)據(jù)庫(kù)或其他二級(jí)質(zhì)譜對(duì)優(yōu)化結(jié)果的影響，有利于提高二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的優(yōu)化效果。

技術(shù)特征：

1.一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，包括：

2.如權(quán)利要求1所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，還包括：

3.如權(quán)利要求2所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，所述確定每個(gè)片段分子質(zhì)量對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一子序列，包括：

4.如權(quán)利要求2所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，還包括：

5.如權(quán)利要求4所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，所述分別將第一原始序列中的每一個(gè)片段替換為片段分子質(zhì)量相同的隨機(jī)子序列，包括：

6.如權(quán)利要求2所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，還包括：

7.如權(quán)利要求1所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，所述基于多個(gè)所述第一原始序列和對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列構(gòu)建評(píng)估序列集，包括：

8.如權(quán)利要求1所述的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法，其特征在于，所述計(jì)算所述評(píng)估序列集中每個(gè)序列與二級(jí)質(zhì)譜的匹配度，包括：

9.一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化裝置，其特征在于，包括：

10.一種電子設(shè)備，包括存儲(chǔ)器、處理器以及存儲(chǔ)在所述存儲(chǔ)器中并在所述處理器上運(yùn)行的計(jì)算機(jī)程序，其特征在于，所述處理器執(zhí)行所述計(jì)算機(jī)程序時(shí)實(shí)現(xiàn)如權(quán)利要求1至8任一項(xiàng)所述方法的步驟。

技術(shù)總結(jié)
本公開(kāi)提供了一種二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法及裝置，屬于檢測(cè)技術(shù)領(lǐng)域，該方法包括：生成每個(gè)原始序列對(duì)應(yīng)的第一候選序列；其中，分別將第一原始序列中的每一個(gè)片段替換為片段分子質(zhì)量相同的隨機(jī)子序列，得到第一原始序列對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列；第一原始序列為任一個(gè)原始序列，原始序列為基于二級(jí)質(zhì)譜得到的鑒定序列；基于多個(gè)第一原始序列和對(duì)應(yīng)的多個(gè)第一候選序列構(gòu)建評(píng)估序列集，計(jì)算評(píng)估序列集中每個(gè)序列與二級(jí)質(zhì)譜的匹配度；基于匹配度從評(píng)估序列集中選取第一序列，將第一序列確定為評(píng)估優(yōu)化結(jié)果。本公開(kāi)提供的二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化方法及裝置可以提高二級(jí)質(zhì)譜鑒定序列的評(píng)估優(yōu)化效果。

技術(shù)研發(fā)人員：韓放
受保護(hù)的技術(shù)使用者：河北省科學(xué)院應(yīng)用數(shù)學(xué)研究所
技術(shù)研發(fā)日：
技術(shù)公布日：2024/12/30