抗-PDGFR-β抗體及其使用
【專利說(shuō)明】抗-PDGFR-β抗體及其使用 發(fā)明領(lǐng)域
[0001] 本發(fā)明涉及對(duì)人roGFR-β具有特異性的抗體及其抗原結(jié)合片段,以及其使用方 法。 背景
[0002] 血小板源生長(zhǎng)因子(PDGF)是強(qiáng)有力的促細(xì)胞分裂原并作為由4種同種型亞基: A、B、C和D組成的五種不同的二聚體構(gòu)型存在。TOGF的五種二聚體形式是AA、BB、AB、CC 和DD,其通過(guò)對(duì)應(yīng)的單獨(dú)TOGF單體的二硫鍵形成。TOGF配體通過(guò)其與TOGF受體(PDGFR) 的相互作用發(fā)揮其生物學(xué)效應(yīng)。TOGFR是單次跨膜酪氨酸激酶受體,由alpha(a)受體鏈 (roGFR-α )和/或beta(β )受體鏈(H)GFR-β )的異源二聚或同源二聚締合形成。因此, 活性I3DGFR可以由α α、β β或α β受體鏈配對(duì)組成。TOGFR共享共同的結(jié)構(gòu)域結(jié)構(gòu),包 括五個(gè)胞外免疫球蛋白(Ig)環(huán),跨膜結(jié)構(gòu)域,和裂開(kāi)的細(xì)胞內(nèi)酪氨酸激酶(TK)結(jié)構(gòu)域。二 聚的I 3DGF配體和TOGFR之間的相互作用導(dǎo)致受體鏈二聚化,受體自磷酸化和細(xì)胞內(nèi)信號(hào)轉(zhuǎn) 導(dǎo)。已經(jīng)顯示在體外β β受體由I3DGF-BB和-DD激活,而α β受體由TOGF-BB、-CC、-DD 和-AB激活,并且α α受體由TOGF-AA、-BB、-CC和-AB激活(參見(jiàn)Andrae等人(2008) Genes Dev 22 (10):1276-1312)。
[0003] TOGF信號(hào)傳遞已經(jīng)在多種人類疾病中涉及,包括與病理學(xué)新血管形成相關(guān)的疾 病、血管和纖維化疾病、腫瘤生長(zhǎng)和眼病。因此,已經(jīng)提出TOGF信號(hào)傳遞的抑制劑用于多 種治療環(huán)境。例如,已經(jīng)提議將TOGFR-β的抑制劑用于治療多種疾病和病癥。(Andrae 等人(2008)Genes Dev 22(10) :1276-1312)。TOGFR-β抑制劑包括非特異性小分子酪氨 酸激酶抑制劑諸如甲磺酸伊馬替尼、蘋果酸舒尼替尼和CP-673451,以及抗TOGFR-β抗 體(參見(jiàn),例如美國(guó)專利號(hào)7, 060, 271 ;5, 882, 644 ;7, 740, 850 ;和美國(guó)專利申請(qǐng)公開(kāi)號(hào) 2011/0177074)。也已經(jīng)提出將抗配體適配體(例如,抗TOGF-B)用于治療應(yīng)用。然而,本 領(lǐng)域存在對(duì)新的、高特異性和強(qiáng)有力的TOGF信號(hào)傳遞的抑制劑的需求。 發(fā)明概述
[0004] 本發(fā)明提供了與人血小板源生長(zhǎng)因子受體β ("roGFR-β ")結(jié)合的抗體。除其他 用途之外,本發(fā)明的抗體還可用于抑制roGFR-β介導(dǎo)的信號(hào)傳遞以及治療由roGFR-β活 性和/或信號(hào)傳遞所引起的或與其相關(guān)的疾病和病癥。本發(fā)明的抗體也可用于在細(xì)胞中誘 導(dǎo)細(xì)胞死亡,所述細(xì)胞在其表面表達(dá)高水平的PDGFR-β。
[0005] 本發(fā)明的抗體可以是全長(zhǎng)的(例如,IgGl或IgG4抗體),或可僅包含抗原結(jié)合部 分(例如Fab、F(ab') 2或scFv片段),并可加以修飾以實(shí)現(xiàn)其功能,例如消除殘余的效應(yīng) 子功能(Reddy 等人,2000, J. Immunol. 164:1925-1933) 〇
[0006] 本發(fā)明提供了包含重鏈可變區(qū)(HCVR)的抗體或其抗原結(jié)合片段,該重鏈可變區(qū) 含有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID N0:2、18、34、50、66、82、98、114、130、146、 162、178、194、210、226、242、258、274、290、306、322,或具有至少90%、至少95%、至少98% 或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0007] 本發(fā)明還提供了包含輕鏈可變區(qū)(LCVR)的抗體或其抗原結(jié)合片段,該輕鏈可變 區(qū)含有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID NO :10、26、42、58、74、90、106、122、138、 154、170、186、202、218、234、250、266、282、298、314、330,或具有至少 90%、至少 95%、至少 98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0008] 本發(fā)明還提供了抗體或其抗原結(jié)合片段,其包含選自由下列組成的組的HCVR和 LCVR(HCVR/LCVR)序列對(duì)SEQ ID N0:2/10、18/26、34/42、50/58、66/74、82/90、98/106、 114/122、130/138、146/154、162/170、178/186、194/202、210/218、226/234、242/250、 258/266、274/282、290/298、306/314、和 322/330。
[0009] 本發(fā)明還提供了抗體或抗體的抗原結(jié)合片段,其包含重鏈⑶R3(HCDR3)結(jié)構(gòu)域, 該結(jié)構(gòu)域含有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID NO :8、24、40、56、72、88、104、120、 136、152、168、184、200、216、232、248、264、280、296、312、和 328,或其基本上相似且具有至 少90%、至少95%、至少98%或至少99%序列同一性的序列;以及輕鏈⑶R3 0XDR3)結(jié)構(gòu) 域,該結(jié)構(gòu)域含有選自由下列組成的組的氨基酸序列:16、32、48、64、80、96、112、128、144、 160、176、192、208、224、240、256、272、288、304、320、和 336,或具有至少90%、至少95%、至 少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0010] 在某些實(shí)施方案中,抗體或抗體的抗原結(jié)合片段包含選自由下列組成的組的 HCDR3/LCDR3 氨基酸序列對(duì) SEQ ID NO :8/16、24/32、40/48、56/64、72/80、88/96、104/112、 120/128、136/144、152/160、168/176、184/192、200/208、216/224、232/240、248/256、 264/272、280/288、296/304、312/320、和 328/336。
[0011] 本發(fā)明還提供了抗體或其片段,其還包含重鏈⑶Rl (HCDRl)結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu)域含 有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID NO :4、20、36、52、68、84、100、116、132、148、 164、180、196、212、228、244、260、276、292、308、和 324,或具有至少90%、至少95%、至少 98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列;重鏈⑶R2(HCDR2)結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu) 域含有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID NO :6、22、38、54、70、86、102、118、134、 150、166、182、198、214、230、246、262、278、294、310、和 326,或具有至少90%、至少95%、至 少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列;輕鏈CDRl (LCDRl)結(jié)構(gòu)域,該結(jié)構(gòu) 域含有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID NO :12、28、44、60、76、92、108、124、140、 156、172、188、204、220、236、252、268、284、300、316、和 332,或具有至少90%、至少95%、至 少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列;以及輕鏈CDR2(LCDR2)結(jié)構(gòu)域,該 結(jié)構(gòu)域含有選自由下列組成的組的氨基酸序列SEQ ID N0:14、30、46、62、78、94、110、126、 142、158、174、190、206、222、238、254、270、286、302、318、和 334,或具有至少 90 %、至少 95%、至少98%或至少99%序列同一性的其基本上相似的序列。
[0012] 本發(fā)明的某些非限制性、示例性的抗體和抗原結(jié)合片段分別包含HCDRl-HC DR2-HCDR3-IXDR1-IXDR2-IXDR3結(jié)構(gòu)域,其含有選自由下列組成的組的氨基酸序列 SEQ ID NO :4-6-8-12-14-16(例如 H1M3299N) ;20-22-24-28-30-32(例如 H1M3305N); 36-38-40-44-46-48(例如 H1M3310N) ;52-54-56-60-62-64(例如 H1M3361N); 68-70-72-76-78-80(例如 H2M3363N) ;84-86-88-92-94-96(例如 H2M3365N); 100-102-104-108-110-112 (例如 H2M3368N) ; 116-118-120-124-126-128(例如 H2M3373N); 132-134-136-140-142-144 (例如 H2M3374N) ; 148-150-152-156-158-160 (例如 H4H3094P); 164-166-168-172-174-176 (例如 H4H3095S) ; 180-182-184-188-190-192 (例如 H4H3096S); 196-198-200-204-206-208 (例如 H4H3097S) ;212-214-216-220-222-224 (例如 H4H3098S); 228-230-232-236-238-240 (例如 H4H3099S) ;244-246-248-252-254-256 (例如 H4H3102S); 26〇-262-264-268_ 27〇-272 (例如 MH3IO3S) ;276-278_28〇-284- 286-288 (例如 H4H3104S); 292-294-296-300-302-304 (例如 H4H3105S) ;308-310-312-316-318-320 (例如 H4H3106S); 和 324-326-328-332-334-336(例如 H4H3107S)。
[0013] 在相關(guān)的實(shí)施方案中,本發(fā)明包括與roGFR-β特異性結(jié)合的抗體或抗體的抗原 結(jié)合片段,其中該抗體或抗體片段包含重鏈和輕鏈CDR結(jié)構(gòu)域,該重鏈和輕鏈CDR結(jié)構(gòu)域 包含于選自由下列組成的組的重鏈和輕鏈可變區(qū)(HCVR/LCVR)序列內(nèi)SEQ ID N0:2/10、 18/26、34/42、50/58、66/74、82/90、98/106、114/122、130/138、146/154、162/170、178/186、 194/202、210/218、226/234、242/250、258/266、274/282、290/298、306/314、和 322/330。 鑒定HCVR/LCVR氨基酸序列內(nèi)CDR的方法和技術(shù)是本領(lǐng)域內(nèi)眾所周知的,并可用于鑒定 本文所公開(kāi)的指明的HCVR和/或LCVR氨基酸序列內(nèi)的CDR區(qū)??捎糜阼b定CDR的邊 界的典型的規(guī)則包括例如Kabat定義、Chothia定義以及AbM定義??偟膩?lái)說(shuō),Kabat定 義是基于序列可變性,Chothia定義是基于結(jié)構(gòu)環(huán)區(qū)的位置,而AbM定義則是Kabat與 Chothia 方法之間的折衷。參閱例如 Kabat, "Sequences of Proteins of Immunological Interest",National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991) ;Al_Lazikani 等 人,J.Mol. Biol. 273:927-948 (1997);以及 Martin 等人,Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86:9268-9272 (1989)。公共數(shù)據(jù)庫(kù)也可供利用,以鑒定抗體內(nèi)的CDR序列。
[0014] 在另一方面,本發(fā)明提供了編碼抗roGFR-β抗體或其抗原結(jié)合片段的核酸分子。 本發(fā)明還包括載有本發(fā)明之核酸的重組表達(dá)載體以及引入這類載體的宿主細(xì)胞,并包括通 過(guò)在允許生產(chǎn)抗體的條件下培養(yǎng)宿主細(xì)胞生產(chǎn)抗體的方法,以及回收所生產(chǎn)的抗體的方 法。
[0015] 在一個(gè)實(shí)施方案中,本發(fā)明提供了抗體或其片段,其包含由選自由下列組成的組 的核酸序列編碼的 HCVR SEQ ID N0:l、17、33、49、65、81、97、113、129、145、161、177、193、 209、225、241、257、273、289、305、和321,或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99% 同源性的其基本上相同的序列。
[0016] 本發(fā)明還提供了抗體或其片段,其包含由選自由下列組成的組的核酸序列編碼的 LCVR SEQ ID N0:9、25、41、57、73、89、105、121、137、153、169、185、201、217、233、249、265、 281、297、313、和329,或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源性的其基本上 相同的序列。
[0017] 本發(fā)明還提供了抗體或抗體的抗原結(jié)合片段,其包含由選自由下列組成的組的 核苷酸序列編碼的 HCDR3 結(jié)構(gòu)域 SEQ ID NO :7、23、39、55、71、87、103、119、135、151、167、 183、199、215、231、247、263、279、295、311、和 327,或具有至少 90%、至少 95%、至少 98% 或 至少99%同源性的其基本上相同的序列;以及由選自由下列組成的組的核苷酸序列編碼 的 LCDR3 結(jié)構(gòu)域:15、31、47、63、79、95、111、127、143、159、175、191、207、223、239、255、271、 287、303、319、和335,或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源性的其基本上 相同的序列。
[0018] 本發(fā)明還提供了抗體或其片段,其還包含由選自由下列組成的組的核苷酸序列 編碼的 HCDRl 結(jié)構(gòu)域 SEQ ID NO :3、19、35、51、67、83、99、115、131、147、163、179、195、211、 227、243、259、275、291、307、和323,或具有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源 性的其基本上相同的序列;由選自由下列組成的組的核苷酸序列編碼的HCDR2結(jié)構(gòu)域SEQ ID NO :5、21、37、53、69、85、101、117、133、149、165、181、197、213、229、245、261、277、293、 309、和325,或具有至少90 %、至少95 %、至少98 %或至少99 %同源性的其基本上相同的序 列;以及由選自由下列組成的組的核苷酸序列編碼的IXDRl結(jié)構(gòu)域SEQ ID NO :11、27、43、 59、75、91、107、123、139、155、171、187、203、219、235、251、267、283、299、315、和 331,或具 有至少90%、至少95%、至少98%或至少99%同源性的其基本上相同的序列;以及由選自 由下列組成的組的核苷酸序列編碼的LCDR2結(jié)構(gòu)域SEQ ID NO :13、29、45、61、77、93、109、 125、141、157、173、189、205、221、237、253、269、285、301、317、和 333,或具有至少90%、至 少95%、至少98 %或至少99 %同源性的其基本上相同的序列。
[0019] 依照某些實(shí)施方案,抗體或其片段包含由如下核酸序列編碼的重鏈和輕鏈 CDR 序列:SEQ ID NO: 1 和 9 (例如 H1M3299N),17 和 25 (例如 H1M3305N),33 和 41 (例 如 H1M3310N),49 和 57(例如 H1M3361N),65 和 73(例如 H2M3363N),81 和 89(例如 H2M3365N),97 和 105(例如 H2M3368N), 113 和 121(例如 H2M3373N), 129 和 137(例如 H2M3374N), 145 和 153(例如 H4H3094P), 161 和 169(例如 H4H3095S), 177 和 185(例如 H4H3096S), 193 和 201 (例如 H4H3097S), 209 和 217 (例如 H4H3098S), 225 和 233 (例如 H4H3099S), 241 和 249 (例如 H4H3102S), 257 和 265 (例如 H4H3103S), 273 和 281 (例如 H4H3104S), 289 和 297 (例如 H4H3105S), 305 和 313 (例如 H4H3106S),或 321 和 329 (例如 H4H3107S).
[0020] 本發(fā)明包括具有經(jīng)修飾的糖基化模式的抗I3DGFR- β抗體。在某些應(yīng)用中,為除去 不合乎需要的糖基化位點(diǎn)所進(jìn)行的修飾,或寡糖鏈上缺乏存在巖藻糖部分的抗體,也許是 有益的,例如用于,增加抗體依賴性細(xì)胞毒性(ADCC)功能(參見(jiàn)Shield等人.(2002) JBC 277:26733)。在其他應(yīng)用中,可以進(jìn)行糖基化修飾以修飾補(bǔ)體依賴性細(xì)胞毒性(CDC)。
[0021] 在另一方面,本發(fā)明提供了包含與roGFR-β特異性結(jié)合的重組人抗體或其片段 以及可藥用載體的藥物組合物。在相關(guān)的方面,本發(fā)明之特點(diǎn)是組合物,所述組合物是抗 TOGFR-β抗體和第二種治療劑的組合。在一個(gè)實(shí)施方案中,第二種治療劑是可有利地與抗 TOGFR-β抗體組合的任何活性劑??膳c抗TOGFR-β抗體有利地組合的示例性的活性劑包 括,但不限于,抑制TOGFR-β活性的其他活性劑(包括其他抗體或其抗原結(jié)合片段、肽抑制 劑、小分子拮抗劑等)和/或不直接與I 3DGFR-β結(jié)合但干擾、阻斷或減弱TOGFR-β介導(dǎo)的 信號(hào)傳遞的活性劑。本文別處也公開(kāi)了涉及本發(fā)明的抗TOGFR-β抗體的額外的聯(lián)合療法 和共同制劑。
[0022] 在另一個(gè)方面,本發(fā)明提供了使用本發(fā)明之抗TOGFR-β抗體或抗體的抗原結(jié)合 部分抑制I 3DGFR-β活性的治療方法,其中該治療方法包括施用治療有效量的含有本發(fā) 明之抗體或抗體的抗原結(jié)合片段的藥物組合物。所治療的病癥是通過(guò)除去、抑制或降低 TOGFR-β活性或信號(hào)傳遞而得到改善、減輕、抑制或預(yù)防的任何疾病或病況。本發(fā)明之抗 TOGFR-β抗體或抗體片段可以發(fā)揮阻斷TOGFR-β和TOGFR-β結(jié)合伙伴之間的相互作用, 或抑制TOGFR-β的信號(hào)傳遞活性的功能。
[0023] 本發(fā)明還包括本發(fā)明的抗I3DGFR- β抗體或抗體的抗原結(jié)合部分用于制造藥物的 用途,所述藥物用于治療患者中與I3DGFR-β活性相關(guān)或由其引起的疾病或病癥。
[0024] 在審閱隨后的詳細(xì)說(shuō)明的過(guò)程中,其它實(shí)施方案將變得明顯。 附圖簡(jiǎn)述
[0025] 圖1是顯示TOGF配體阻斷測(cè)定法的結(jié)果的直方圖,其中在用本發(fā)明的多種抗 TOGFR-β抗體或?qū)φ湛贵w處理后,TOGFR-β在生物傳感器表面捕獲并且將TOGF配體 (BB,DD或AB)應(yīng)用到表面上。結(jié)果顯示為RU。
[0026] 圖2是顯示抗體交叉競(jìng)爭(zhēng)測(cè)定法的結(jié)果的矩陣,其中將第一抗TOGFR-β抗體 (mAb#l)應(yīng)用到TOGFR-β包被的傳感器尖端上,隨后用第二抗TOGFR-β抗體(mAb#2)處 理。描繪了測(cè)試的每個(gè)抗體組合的結(jié)合響應(yīng)(數(shù)值-0. 01至0. 36)。具有黑色字體的淺灰 色框代表了自我競(jìng)爭(zhēng)的結(jié)合響應(yīng)。在具有白色字體的黑色框中突出了在兩個(gè)方向上均競(jìng)爭(zhēng) 的抗體,獨(dú)立于抗原結(jié)合的順序。提示不同結(jié)合區(qū)的無(wú)競(jìng)爭(zhēng)表示為具有黑色字體的白框。 發(fā)明詳述
[0027] 在說(shuō)明本發(fā)明之前先要聲明,應(yīng)該理解,本發(fā)明并不局限于所說(shuō)明的具體方法和 實(shí)驗(yàn)條件,因?yàn)檫@些方法和條件是可以改變的。還應(yīng)理解,本文所用的術(shù)語(yǔ)僅出于說(shuō)明具體 實(shí)施方案之目的,并非意在限制本發(fā)明,因?yàn)楸景l(fā)明之范圍僅受所附權(quán)利要求書的限制。
[0028] 除非另有定義,本文所用的所有技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)均將具有與本發(fā)明所屬領(lǐng)域?qū)I(yè) 人士通常理解的相同含義。本文所用的術(shù)語(yǔ)"大約",當(dāng)用于列出的某一具體數(shù)值時(shí),意為該 數(shù)值可能在與所列數(shù)值相差不大于1%的范圍內(nèi)變化。例如,本文所用的措詞"大約1〇〇", 包括99和101以及這兩者之間的所有數(shù)值(例如99. 1、99. 2、99. 3、99. 4等)。.
[0029] 盡管與本文所述之方法和材料類似或相當(dāng)?shù)娜魏畏椒ê筒牧隙伎捎糜诒景l(fā)明之 實(shí)施或試驗(yàn),但現(xiàn)在描述的是首選的方法和材料。 定義
[0030] 表達(dá)法"血小板源生長(zhǎng)因子受體β "、〃PDGFRβ,〃、〃PDGFR- β,〃、〃PDGFRb〃等,如 本文所用,指具有SEQ ID NO:341的氨基酸序列的人TOGFR-β蛋白(也參見(jiàn)UniProt登錄 號(hào)P09619)。本文提及的蛋白質(zhì)、多肽和蛋白片段全部旨在指各個(gè)蛋白、多肽或蛋白片段的 人類版本,除非明確指明來(lái)自非人物種(例如"小