抗ntb-a抗體及相關(guān)組合物和方法
【專利說明】抗NTB-A抗體及相關(guān)組合物和方法
[0001] 相關(guān)申請的交叉引用
[0002] 本申請是非臨時申請并要求2012年12月21日提交的US61/745,239的權(quán)益，其 通過引用全文納入本文用于所有目的。
[000引序列表
[0004] 創(chuàng)建于2013年12月18日的8千字節(jié)的名稱為NTBA-0011 1PC-ST25.txt的序列 表通過引用納入。
【背景技術(shù)】
[0005]NTB-A，一種也稱為SLAMF6的單次跨膜I型膜糖蛋白，是免疫球蛋白 超家族（Ig-S巧成員，屬于CD2/SLAM亞家族。參見例如，Bottino等，J.Exp. Med. 194:235-246, 2001.在NTB-A的胞外部分中，通過N末端V型結(jié)構(gòu)域W及隨后的C2型 結(jié)構(gòu)域?qū)ζ溥M行表征，而胞質(zhì)內(nèi)部分含有=個基于酪氨酸的基序：兩個基于免疫受體酪氨 酸的轉(zhuǎn)換基序GTSM;hYxxV/I)和一個經(jīng)典的基于免疫受體酪氨酸的抑制基序（ITIM;1/ V/L/SxYxxL)。參見id。通過其口SM基序，NTB-A與SLAM相關(guān)蛋白甜2D1A的甜2結(jié)構(gòu)域 和相關(guān)尤因肉瘤激活轉(zhuǎn)錄本（EAT) 2相連。參見Bottino等，同上；Falco等，Eur.J.Immunol ：34:1663-1672, 2004;Haig等，J.Immunol172:6524-6527, 2004。
[0006]NTB-A在自然殺傷（NK)細胞、NK樣T細胞、T細胞、單核細胞、樹突細胞、B細 胞和嗜酸性粒細胞上表達。參見Salo;rtJD.等，ImmunologyLetters129-136, 2011; Matesanz-Isabel等，ImmunologyLetters104-112, 2011;Munitz等，Journalof Immunology174:110-118,2005;Bottino等，JournalofExperimentalMedicine 194(3):235-246:2001。NTB-A可通過同質(zhì)相互作用（即作為自身配體（self-ligand))起 作用，且已證明其經(jīng)由信號轉(zhuǎn)導、誘導NK細胞細胞毒性作為NK細胞功能的正調(diào)節(jié)因子起作 用。參見例如Bottino等，同上；Falco等，同上；Flaig等，同上。還證明NTB-A在來自慢性 淋己細胞性白血?。–LL)和B細胞淋己瘤患者的B細胞上表達。參見Korver等，British JournalofHaematology137:307-318, 2007。

【發(fā)明內(nèi)容】

[0007] 在一個方面中，本發(fā)明提供了一種分離的抗體，其與包含VH和化結(jié)構(gòu)域的單克隆 抗體（mAb)競爭特異性結(jié)合人NTB-A，所述VH和化結(jié)構(gòu)域分別具有SEQIDNO: 1的殘基 20-135和SEQIDNO:2的殘基21-140所示氨基酸序列。
[0008] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種分離的鼠抗體或其嵌合或人源化形式，該鼠 抗體特異性結(jié)合人NTB-A且包含VH和化結(jié)構(gòu)域，所述VH和化結(jié)構(gòu)域分別具有SEQID NO: 1的殘基20-135和SEQIDNO:2的殘基21-140所示氨基酸序列。
[0009] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種分離的抗體，其結(jié)合與包含VH和化結(jié)構(gòu)域的 HiAb相同的人NTB-A上的表位，所述VH和化結(jié)構(gòu)域分別具有（i)SEQIDN0:1的殘基20-135 和沈QIDNO: 2的殘基21-140所示氨基酸序列，或（ii)沈QIDNO: 3的殘基20-137和沈Q IDNO:4的殘基21-128所示氨基酸序列。
[0010] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種分離的抗體，其特異性結(jié)合人NTB-A且（a)該 抗體的VH結(jié)構(gòu)域包含與SEQIDNO: 1的殘基20-135具有至少80%序列相同性的氨基酸序 列且該抗體的化結(jié)構(gòu)域包含與SEQIDN0:2的殘基21-140具有至少80%序列相同性的氨 基酸序列，或化）該抗體的VH結(jié)構(gòu)域包含與SEQIDNO: 3的殘基20-137具有至少80%序 列相同性的氨基酸序列且該抗體的化結(jié)構(gòu)域包含與SEQIDN0:4的殘基21-128具有至少 80%序列相同性的氨基酸序列。在一些方面中，運類抗體與參考序列具有80%的相同性且 包含與參考序列相同的CDR。
[0011] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種分離的抗體，其特異性結(jié)合人NTB-A且其VH 和化結(jié)構(gòu)域分別衍生自：(a)具有SEQIDNO: 1的殘基20-135所示氨基酸序列的VH結(jié) 構(gòu)域和具有SEQIDNO: 2的殘基21-140所示氨基酸序列的化結(jié)構(gòu)域，或化）具有SEQID NO: 3的殘基20-137所示氨基酸序列的VH結(jié)構(gòu)域和具有SEQIDNO:4的殘基21-128所示 氨基酸序列的化結(jié)構(gòu)域。
[0012] 在一些實施方式中，本發(fā)明的抗體特異性結(jié)合人NTB-A且其CDR與分別具有SEQ IDNO: 1的殘基20-135和SEQIDNO:2的殘基21-140所示氨基酸序列的VHAL結(jié)構(gòu)域相 同。例如，在某些實施方式中，該抗體包含分別由SEQIDN0:5-10所示的CDR-HUCDR-肥、 CDR-冊、CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。在其他實施方式中，該抗體的與分別具有 SEQIDNO:3的殘基20-137和SEQIDNO:4的殘基21-128所示氨基酸序列的VHAL結(jié)構(gòu) 域相同。在一些運類變化中，該抗體包含分別由SEQIDNO: 11-16所示的CDR-HUCDR-肥、 CDR-冊、CDR-Ll、CDR-L2 和CDR-L3 氨基酸序列。
[0013] 在其他實施方式中，本發(fā)明的抗體特異性結(jié)合人NTB-A且包含一組CDR(CDR CDR-Hl、CDR-肥、CDR-冊、CDR-Ll、CDR-L2 和CDR-L3)，所述一組CDR相對于第二組CDR具有 S個或更少個氨基酸取代（優(yōu)先保守性取代），其中第二組CDR來自具有分別由（i)SEQID NO: 1的殘基20-135和沈QIDNO: 2的殘基21-140或（ii)沈QIDNO: 3的殘基20-137和 SEQIDNO:4的殘基21-128所示的氨基酸序列的VHAL結(jié)構(gòu)域。在特定變化形式中，該第 二組CDR包含分別由沈QIDNO:5-10 或沈QIDNO:11-16 所示CDR-HUCDR-肥、CDR-冊、 CDR-LUCDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。在一些方面中，該抗體與包含分別具有SEQIDN0:1 的殘基20-135和SEQIDNO: 2的殘基21-140所示氨基酸序列的VH和化結(jié)構(gòu)域的單克隆 抗體（mAb)競爭特異性結(jié)合人NTB-A。
[0014] 在某些變化形式中，本發(fā)明的抗體特異性結(jié)合人NTB-A并且是包含人源化VH和化 結(jié)構(gòu)域的人源化抗體。例如，該人源化VHAL結(jié)構(gòu)域可分別衍生自（i)具有SEQIDN0:1的 殘基20-135所示氨基酸序列的VH結(jié)構(gòu)域和具有SEQIDNO: 2的殘基21-140所示氨基酸 序列的化結(jié)構(gòu)域，或分別衍生自（ii)具有SEQIDNO: 3的殘基20-137所示氨基酸序列的 VH結(jié)構(gòu)域和具有SEQIDNO: 4的殘基21-128所示氨基酸序列的化結(jié)構(gòu)域。在一些運類實 施方式中，該人源化抗體包含與上述VH/VL結(jié)構(gòu)域相同的CDR。在具體變化形式中，衍生自 上文（i)所述VH和化結(jié)構(gòu)域的人源化抗體包含分別有SEQIDNO: 5-10所示的CDR-H1、 CDR-肥、CDR-冊、CDR-L1、CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列；或衍生自上文（ii)所述VH和化 結(jié)構(gòu)域的人源化抗體包含分別有SEQIDNO: 11-16所示的CDR-HUCDR-肥、CDR-冊、CDR-L1、 CDR-L2和CDR-L3氨基酸序列。在其他實施方式中，該人源化抗體（i)特異性結(jié)合人NTB-A， (王〇包含一組〔01?佑01?〔01?-化、〔01?-肥、〔01?-冊、〔01?-1^、〔01?-1^2和〔01?-1^3)，所述一組〔01? 相對于第二組CDR具有=個或更少個氨基酸取代（優(yōu)先保守性取代），其中第二組CDR如 上文所述（即該第二組CDR包含分別由SEQIDNO: 5-10和/或SEQIDNO: 11-16所示的 CDR-H1、CDR-肥、CDR-冊、CDR-L1、CDR-L2 和CDR-L3 氨基酸序列），W及（iii)與VH和化 結(jié)構(gòu)域分別具有SEQIDNO: 1的殘基20-135和SEQIDNO: 2的殘基21-140所示氨基酸序 列的單克隆抗體（HiAb)競爭特異性結(jié)合人NTB-A。
[0015] 在一些實施方式中，上述抗體還包含免疫球蛋白重鏈恒定區(qū)的至少一部分。該免 疫球蛋白重鏈恒定區(qū)可W是天然人恒定區(qū)或其遺傳工程改造的變體，例如相對于天然人恒 定區(qū)與Fc丫受體的結(jié)合降低的天然人恒定區(qū)的突變形式（例如具有取代E233P、L234V和 L235A和/或N297D的變體（根據(jù)K油at所述抓指數(shù)編碼））。合適的重鏈恒定區(qū)包括人 同種型IgGUIgG2、IgG3和IgG4的那些。
[0016] 在一些實施方式中，上述抗體包含含有VH結(jié)構(gòu)域的第一多膚鏈和含有化結(jié)構(gòu)域 的第二多膚鏈。在一些運類變化形式中，該第一多膚鏈還包含與VH結(jié)構(gòu)域融合的免疫球蛋 白重鏈恒定區(qū)的至少一部分，且該第二多膚鏈還包含與VL結(jié)構(gòu)域融合的免疫球蛋白輕鏈 恒定區(qū)的至少一部分。該重鏈恒定區(qū)可W是天然人恒定區(qū)或其遺傳工程改造的變體，例如 相對于天然人恒定區(qū)與Fc丫受體的結(jié)合降低的天然人恒定區(qū)的突變形式。合適的重鏈恒 定區(qū)包括人同種型IgGUIgG2、IgG3和IgG4的那些。
[0017] 在某些變化形式中，上述抗體與細胞毒劑或細胞生長抑制劑偶聯(lián)。
[0018]在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種分離的核酸，其編碼上文所定義的VH結(jié)構(gòu)域 和/或化結(jié)構(gòu)域。本發(fā)明還提供了一種包含上述多核巧酸的表達載體，W及包含運類表達 載體并可用于生產(chǎn)本發(fā)明的抗體的方法的宿主細胞。運類生產(chǎn)本發(fā)明的抗體的方法通常包 括在表達抗體的條件下培養(yǎng)宿主細胞并從宿主細胞中分離抗體。
[0019] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種藥物組合物，其包含上述抗體和藥學上相容 的成分。
[0020] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種治療患有癌癥的患者的方法，所述癌癥的特 征是NTB-A表達。該治療方法通常包括給予患者有效的上述抗體的治療方案。在某些方面 中，該抗體與細胞毒劑或細胞生長抑制劑偶聯(lián)。在一些實施方式中，該癌癥選自多發(fā)性骨髓 瘤、急性骨髓性白血?。ˋML)和B細胞淋己瘤（例如非霍奇金淋己瘤（NHL))。
[0021] 在另一個方面中，本發(fā)明提供了一種治療患有多發(fā)性骨髓瘤的患者的方法。該治 療方法通常包括給予患者特異性結(jié)合人NTB-A的抗體的有效方案，其中該抗體與細胞毒劑 或細胞生長抑制劑偶聯(lián)。在一些變化形式中，該抗NTB-A抗體是上文所述的抗體。
[0022] 本發(fā)明的運些和其它方面通過參照本發(fā)明W下具體說明和附圖而更為清晰。
[0023] 附圖簡要說明
[0024] 圖1顯示對U-266多發(fā)性骨髓瘤細胞系使用抗NTB-A抗體IlAl的內(nèi)化試驗的結(jié) 果。
[00巧]圖2顯示使用抗NTB-A抗體IlAl和26B7的抗體競爭試驗的結(jié)果。
[0026] 定義
[0027] 除非另有限定，在此使用的所有技術(shù)和科學術(shù)語均與本領(lǐng)域普通技術(shù)人員相對于 所述方法和組合物的通常理解一致。本文所用的W下術(shù)語和短語具有屬于它們自身的涵 義，除非另有說明。
[0028]"抗體-藥物偶聯(lián)物"指與細胞毒劑或細胞生長抑制劑偶聯(lián)的抗體。通常，抗體-藥 物偶聯(lián)物結(jié)合細胞表面上的目標抗原（如NTB-A)，隨后該抗體-藥物偶聯(lián)物內(nèi)化至細胞內(nèi) 并釋放該藥物。
[0029]"多膚"或"多膚鏈"是氨基酸殘基通過膚鍵接合而成的聚合物，可為天然或合成產(chǎn) 生。少于約10個氨基酸殘基的多膚通常稱作"膚"。
[0030] "蛋白"是包含一條或多條多膚鏈的大分子。蛋白還可包含非膚組分，如碳水化合 物基團。碳水化合物和其它非膚取代基可由產(chǎn)生蛋白的細胞加入到蛋白中，其會隨細胞類 型而變化。本文在其氨基酸主鏈結(jié)構(gòu)方面限定蛋白；取代基（例如碳水化合物基團）通常 未指定，但是可W存在。
[0031] 本文使用的術(shù)語"氨基末端"和"簇基末端"指多膚中的位置。上下文允許時，運 些術(shù)語根據(jù)多膚特定序列或部分使用W表示附近或相對位點。例如，多膚中相對參照序列 位于簇基末端的某些序列位于參照序列的簇基末端附近，但并不必需在完整多膚的簇基末 JLjJU 乂而。
[0032] 本文所用術(shù)語"抗體"指因抗原存在產(chǎn)生應(yīng)答而由身體生產(chǎn)且結(jié)合該抗原的免疫 球蛋白，W及其抗原結(jié)合片段和經(jīng)工程改造的變體。因此，術(shù)語"抗體"包括例如完整的單 克隆抗體（如使用雜交瘤技術(shù)生產(chǎn)的抗體）和抗原結(jié)合的抗體片段（如F(ab'）2和F油片 段）。還包括遺傳工程改造的完整抗體和片段，如嵌合抗體、人源化抗體、單鏈Fv片段、單 鏈抗體、雙抗體、小抗體、線性抗體、多價或多特異性（如雙特異性）雜交抗體等。因此，術(shù) 語"抗體"廣義地用于包括含有抗體的抗原結(jié)合位點且能夠特異性結(jié)合其抗原的任何蛋白。 術(shù)語"抗體"還包括抗體本身（"裸抗體"）或與細胞生長抑制性藥物或細胞毒性藥物偶聯(lián) 的抗體。
[0033] 術(shù)語"遺傳工程改造的抗體"指其中氨基酸序列不同于天然抗體的抗體。由于抗 體生成中重組DNA技術(shù)的相關(guān)性，無需限制于天然抗體中發(fā)現(xiàn)的氨基酸的序列；可W重新 設(shè)計抗體W獲得所需的特性?？赡艿淖兓问接泻芏嗲曳秶鸀閺母淖儍H一個或一些氨基酸 到完全重新設(shè)計例如可變區(qū)或恒定區(qū)。通常進行恒定區(qū)中的變化W改進或改變諸如補體固 定、與細胞相互作用和其他效應(yīng)功能的特性。通常，進行可變區(qū)中的變化W改進抗原結(jié)合特 性、改進可變區(qū)穩(wěn)定性或降低免疫原性的風險。
[0034]"抗體的抗原結(jié)合位點"是足W結(jié)合其抗原的抗體的一部分。最小的運類區(qū) 域通常是可變結(jié)構(gòu)域或其遺傳改造的變體。單結(jié)構(gòu)域結(jié)合位點可來自駝科動物抗體 (參見Muyldermans和Lauwer巧s,J.Mol.Recog. 12:131-140, 1999;Nguyen等，EMBO J. 19:921-930,2000)或來自其他物種的VH結(jié)構(gòu)域W生成單結(jié)構(gòu)域抗體（"dAb";參見 Ward等，化Uire341:544-546, 1989;Winter等的US專利號 6, 248, 516)。在某些變化 形式中，抗原結(jié)合位點是具有天然或非天然（如誘變）產(chǎn)生的重鏈可變結(jié)構(gòu)域或輕鏈可 變結(jié)構(gòu)域或其組合的僅2個互補決定區(qū)（CDR)的多膚區(qū)域（參見例如Pessi等，化化re 362:367-369, 1993;Qiu等，化UireBiotechnol. 25:921-929, 2007)。更常見的，抗體的抗 原結(jié)合位點包含與共同表位結(jié)合的重鏈可變（VH)結(jié)構(gòu)域和輕鏈可變（VL)結(jié)構(gòu)域。在本 發(fā)明的上下文內(nèi)，抗體除抗原結(jié)合位點外還可包含一種或多種組分，例如抗體的第二抗原 結(jié)合位點（其可結(jié)合相同或不同的表位或者相同或不同的抗原）、膚接頭、免疫球蛋白恒定 區(qū)、免疫球蛋白較鏈、兩親螺旋（參見化ck和Pluckthun，Biochem. 31:1579-1584, 1992)、 非膚接頭、寡核巧酸（參見化au化i等，陽BSLetters450:23-26, 1999)、細胞生長抑 制性藥物或細胞毒性藥物等，且可W是單亞基或多亞基蛋白。包含抗體的抗原結(jié)合位 點的分子的示例是本領(lǐng)域已知的且包括例如Fv、單鏈Fv(ScFv)、F油、F油'、F(油'）2、 F(油)C、雙抗體、dAbs,小抗體、納米抗體、F油-scFv融合體、雙特異性（scFv)4-IgG和 雙特異性（scFv)2-F油（參見例如Hu等，CancerRes. 56:3055-3061，1996;Atwell 等，MolecularImmunology33:1301-1312, 1996!Carter和Merchant,Curr.Opin. Biotechnol. 8:449-454, 1997;Zuo等，Protein!Engineering13:361-367, 2000 ;W及Lu 等，J.Tmmunol.Methods267:213-226, 2002) 〇
[0035] 本文所用術(shù)語"免疫球蛋白"指由一種或多種多膚組成的蛋白，所述一種或多種 多膚基本由免疫球蛋白基因編碼。免疫球蛋白的一種形式構(gòu)成了脊椎動物中天然（即 自然）抗體的基本結(jié)構(gòu)單元。該形式是四聚體且由兩個相同的免疫球蛋白鏈的對組成， 各對具有一條輕鏈和一條重鏈。在各對中，輕鏈和重鏈可變區(qū)（化和VH)共同主要負責 結(jié)合抗原，且恒定區(qū)主要負責抗體效應(yīng)功能。在較高等的脊椎動物中已鑒定到了五種類 別的免疫球蛋白（IgG、IgA、IgM、I曲和I姐）。IgG包括主要類別；其通常W血漿中發(fā)現(xiàn) 的第二豐富蛋白的形式存在。人中，IgG由四個稱為IgGUIgG2、IgG3和IgG4的亞類組 成。IgG類的重鏈恒定區(qū)被鑒定為希臘字母丫。例如，IgGl亞類的免疫球蛋白含有丫 1 重鏈恒定區(qū)。各免疫球蛋白重鏈都具有由恒定區(qū)蛋白結(jié)構(gòu)域（CH1、較鏈、C肥和C冊； IgG3還含有CH4結(jié)構(gòu)域）組成的恒定區(qū)，所述恒定區(qū)蛋白結(jié)構(gòu)域?qū)τ谀澄锓N中給定的 亞類而言基本不變。編碼人和非人免疫球蛋白鏈的DNA序列為本領(lǐng)域熟知（參見例如 Ellison等，DNA1:11-18, 1981;Ellison等，NucleicAcidsRes. 10:4071-4079, 1982 ; Kenten等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA79:6661-6665, 1982;Seno等，Nuc.Acids Res. 11:719-726, 1983 ;I?iechmann等，化 1:ure332:323-327, 1988 ;Amste;r等，Nuc.Acids Res.8:2055-2065, 1980;Rusconi和Kohler,化ture314:330-334, 1985;Boss等，Nuc. AcidsRes.12:3791-3806, 1984;Bothwell等，Nature298:380-382, 1982;vanderLoo 等，Immunogenetics42:333-341, 1995!Karlin等，J.Mol.Evol. 22:195-208, 1985; Kindsvogel等，DNA1:335-；343, 1982!Breiner等，Gene18:165-174, 1982;Kondo等，Eur. J.Immunol. 23:2