包含B-Raf抑制劑和第二抑制劑的組合療法
【專利說明】包含B-Raf抑制劑和第二抑制劑的組合療法 發(fā)明概要
[0001] 本發(fā)明涉及B-Raf抑制劑與第二抑制劑組合用于治療罹患特征為B-Raf中的突 變的增生性疾病的患者的用途，其中第二抑制劑基于在腫瘤樣品中所鑒定的遺傳變化而選 擇。
[0002] 發(fā)明背景
[0003] 在了解與黑素瘤的產(chǎn)生相關(guān)聯(lián)的分子變化方面已取得重要進(jìn)步。B-RAF的致癌突 變（RAF/MEK/ERK途徑中的絲氨酸-蘇氨酸蛋白激酶）在黑素瘤中尤其常見，其中40至60% 的黑素瘤攜帶B-Raf基因中的活化突變。氨基酸600處谷氨酸對(duì)纈氨酸的取代（V600E突 變）代表超過95 %的所報(bào)導(dǎo)的B-Raf突變。該突變組成型活化RAF/MEK/ERK途徑中的B-Raf 和下游信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)，所述途徑發(fā)出癌細(xì)胞增殖和存活的信號(hào)。除黑素瘤以外，已知在其它增生 性疾病中也發(fā)生此類B-Raf突變，例如結(jié)直腸癌、甲狀腺癌、尤其是乳頭狀甲狀腺癌、星形 細(xì)胞瘤、胰腺癌和神經(jīng)纖維瘤。盡管已知在用B-Raf抑制劑治療此類疾病時(shí)可產(chǎn)生顯著的 結(jié)果，但通常用B-Raf抑制劑治療會(huì)產(chǎn)生抗性，其通常在極短時(shí)段內(nèi)發(fā)生。
[0004] 對(duì)用B-Raf抑制劑治療產(chǎn)生抗性有多種途徑。主要機(jī)理使得RAF/MEK/ERK信號(hào)傳 導(dǎo)途徑在B-Raf抑制劑存在下再活化。該再活化可經(jīng)由如下方式發(fā)生：經(jīng)由基因擴(kuò)增和過 表達(dá)和/或配體產(chǎn)生而提高受體酪氨酸激酶（RTK)的活性、獲得NRAS和MEKl基因中的突 變、經(jīng)由諸如COT和RAF-I (CRAF)激酶的過表達(dá)繞過BRAF、表達(dá)突變BRAF等位基因的拼接 變體和由于例如基因擴(kuò)增而提高突變BRAF等位基因的表達(dá)。另外，經(jīng)由RTK (諸如TOGFR- β 和IGF-1R)的活化或PTEN基因的缺失而不同于MPK途徑的存活途徑（諸如PIK3Ca信號(hào) 傳導(dǎo)系統(tǒng)）的活化也可在抗性中起作用。其它機(jī)理（通過c-MET和RTK的FGFR家族）是 在多發(fā)性黑素瘤中可促進(jìn)對(duì)B-Raf抑制劑的抗性的潛在機(jī)理。
[0005] 上述發(fā)現(xiàn)突顯了實(shí)時(shí)鑒定抗性機(jī)理的重要性，以便在B-Raf抑制劑治療時(shí)在復(fù)發(fā) 后不久即開始合理的組合療法。使用基于機(jī)理的方法且比較復(fù)發(fā)時(shí)與治療前患者腫瘤中 存在的遺傳變化，應(yīng)有可能鑒定可能的抗性機(jī)理。這將有助于為個(gè)體患者選擇適當(dāng)?shù)乃幬?組合療法以更好地避開抗性。本發(fā)明涉及基于機(jī)理的組合治療方法以在對(duì)B-Raf抑制劑產(chǎn) 生抗性后擴(kuò)展和改善具有極差預(yù)后的患有BRAF突變晚期或轉(zhuǎn)移性黑素瘤的患者的治療選 擇。
[0006] 簡(jiǎn)述
[0007] 本發(fā)明涉及用B-Raf抑制劑治療罹患特征為B-Raf中的突變的增生性疾病的患 者，其中通過如下方法降低對(duì)B-Raf抑制劑的抗性：
[0008] (a)確定取自患者的腫瘤樣品中的遺傳變化，
[0009] (b)對(duì)患者施用由B-Raf抑制劑和第二抑制劑組成的藥物組合療法，其中第二抑 制劑基于腫瘤樣品中所存在的遺傳變化而選擇。
[0010] 附圖簡(jiǎn)述
[0011] 圖1 -示出如實(shí)施例4中所述的單一藥劑和組合形式的式（I)化合物和化合物F 對(duì)體內(nèi)HT-29細(xì)胞系模型的生長(zhǎng)的作用。
[0012] 圖2 -示出如實(shí)施例4中所述的單一藥劑和組合形式的式（I)化合物和化合物F 對(duì)體內(nèi)RKO細(xì)胞系模型的生長(zhǎng)的作用。
[0013] 圖3 -示出組合RAF抑制劑（式I化合物）和FGFR抑制劑化合物H對(duì)具有編碼 BRAFV600E的BRAF等位基因的兩種黑素瘤衍生細(xì)胞系增殖的作用。示出了如實(shí)施例5中所 討論的如使用基于阻抗的xCELLigence細(xì)胞分析儀所測(cè)得的（上圖A)C0L0 741和（下圖 B) SK-MEL-5細(xì)胞系的實(shí)時(shí)生長(zhǎng)。其中指示的FGF2和化合物H分別以100ng/ml和IuM的濃 度補(bǔ)充到培養(yǎng)基。在（A)中以500nM且在（B)中以IOOnM使用式（I)化合物。
[0014] 圖4-組合式（I)化合物與FGFR抑制劑化合物H和FGFR配體FGF2在體外對(duì)兩種 BRAFV600E突變黑素瘤衍生細(xì)胞系的信號(hào)傳導(dǎo)的作用。示出了用式（I)化合物（IOOnM)、 ?6?2(100即/1111)和化合物!1(11^)處理后從仏)〇)11)74和出)31(-1^1^-5細(xì)胞分離的磷酸化 與總AKT、ERK1/2和MEK1/2蛋白的Western分析。如實(shí)施例5中所討論，用單獨(dú)和組合形 式的藥劑處理細(xì)胞2和24小時(shí)。
[0015] 詳細(xì)描述
[0016] 本發(fā)明涉及一種治療罹患特征為B-Raf中的突變，尤其是B-Raf中的V600突變的 增生性疾病的患者的方法，其包括：
[0017] (a)從患者獲得腫瘤樣品并測(cè)試包括BRAF、CRAF、CCND1、CDK4、HER2、IGF-1R、 cMET、FGFR1、FGFR2、FGFR3EGFR、MAP2K1、MAP2K2、NRAS、KRAS HRAS、PTEN、PIK3CA 和 P16 的 一組基因中的遺傳變化。
[0018] (b)施用包含B-Raf抑制劑和第二抑制劑的藥物組合療法，該第二抑制劑基于腫 瘤樣品中所發(fā)現(xiàn)的遺傳變化而選擇。
[0019] 在一個(gè)實(shí)施方案中，增生性疾病為癌癥。術(shù)語(yǔ)"癌癥"在本文中用于意指多種腫 瘤，包括所有實(shí)體瘤和惡性血液病。此類腫瘤的實(shí)例包括但不限于以下的良性或惡性腫瘤： 腦、肺（尤其是小細(xì)胞肺癌和非小細(xì)胞肺癌）、鱗狀細(xì)胞、膀胱、胃、胰腺、乳腺、頭頸、腎臟、 腎、輸尿管、卵巢、前列腺、結(jié)直腸、食道、睪丸、婦科（例如子宮肉瘤，輸卵管、子宮內(nèi)膜、子 宮頸、陰道或外陰的惡性腫瘤）、甲狀腺、胰腺、骨、皮膚、黑素瘤、子宮、卵巢、直腸、肛門、結(jié) 腸、睪丸、霍奇金氏?。℉odgkin's disease)、食道、小腸、內(nèi)分泌系統(tǒng)（例如甲狀腺、副甲狀 腺或腎上腺）、軟組織、尿道、陰莖的肉瘤、白血病、淋巴瘤、中樞神經(jīng)系統(tǒng)贅生物、肉瘤、骨髓 瘤、膽、肝、神經(jīng)纖維瘤、急性骨髓性白血?。ˋML)、骨髓增生異常綜合征（MDS)和卡波氏肉 瘤（Kaposi's sarcoma)〇
[0020] 在本發(fā)明的另一實(shí)施方案中，增生性疾病為黑素瘤、肺癌（包括非小細(xì)胞肺癌 (NSCLC))、結(jié)直腸癌（CRC)、乳腺癌、腎癌（諸如腎細(xì)胞癌（RCC))、肝癌、子宮內(nèi)膜癌、急性 骨髓性白血?。ˋML)、骨髓增生異常綜合征（MDS)、甲狀腺癌、尤其是乳頭狀甲狀腺癌、胰腺 癌、神經(jīng)纖維瘤或肝細(xì)胞癌。
[0021] 在本發(fā)明的另一實(shí)施方案中，增生性疾病為實(shí)體瘤。術(shù)語(yǔ)"實(shí)體瘤"尤其意指黑素 瘤、乳腺癌、卵巢癌、結(jié)直腸癌，且一般為胃腸道、子宮頸癌、肺癌（包括小細(xì)胞肺癌和非小 細(xì)胞肺癌）、頭頸癌、膀胱癌、前列腺癌或卡波氏肉瘤。
[0022] 更具體地講，本發(fā)明涉及一種治療罹患特征為B-Raf中的V600突變（例如V600E 突變）的增生性疾病的患者的方法。通常特征為這樣的突變的增生性疾病包括黑素瘤、結(jié) 直腸癌、甲狀腺癌、尤其是乳頭狀甲狀腺癌、星形細(xì)胞瘤、胰腺癌和神經(jīng)纖維瘤。本發(fā)明尤其 涉及這樣的方法，其中增生性疾病是特征為B-Raf中的V600突變（例如V600E、V600K或 V600G突變）的黑素瘤。
[0023] B-Raf抑制劑及其用于治療增生性疾病的用途在本領(lǐng)域中是已知的。威羅菲尼 (PLX4032)是一種BRAF抑制劑，其經(jīng)FDA批準(zhǔn)用于治療患有黑素瘤的患者，其腫瘤表達(dá)BRAF V600E。索拉非尼和達(dá)拉非尼及CEP-32496為另外的已知B-Raf抑制劑。美國(guó)專利7,482,367 中所公開的苯并咪唑基吡啶基醚是可用于本發(fā)明的組合的B-Raf抑制劑，尤其是RAF265， 該專利的全部?jī)?nèi)容以引用的方式并入本文。WO 2011/025927中所公開的吡唑嘧啶是可用于 本發(fā)明的組合的另一類B-Raf抑制劑，該專利的全部?jī)?nèi)容以引用的方式并入本文。
[0024] 用于治療患者的待與B-Raf抑制劑組合的適當(dāng)?shù)牡诙种苿└鶕?jù)表1基于腫瘤樣 品中所存在的遺傳變化而選擇。遺傳變化可由基因擴(kuò)增、基因突變或基因活性缺失而產(chǎn)生。
[0026] 關(guān)于表1中所鑒定的基因的信息、其序列和相關(guān)蛋白是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的且 見于公眾可得的數(shù)據(jù)庫(kù)，例如以下所提供的數(shù)據(jù)庫(kù)：National Center for Biotechnology Information, U.S.National Library of Medicine8600 Rockville Pike, Bethesda MD, 20894USA,諸如 GENE(URL:http://www. ncbi. nlm. nih. gov/gene)或 Office of Biological and Environmental Research of the U. S. Department of Energy Office of Science，Human Genome Project Information(URL:http://genomics, energy, gov/)〇 [0027] 藥物組合療法涉及以一定的量施用組合療法中的每種藥物，該量足以相較于用該 組合治療的障礙的臨床可觀察的基線體征和癥狀提供可觀察的改善。這些藥物可以其優(yōu)選 的時(shí)間間隔單獨(dú)給予（以時(shí)間交錯(cuò)的方式，尤其是特定次序的方式）以使得在患者中顯示 出（優(yōu)選協(xié)同）相互作用（聯(lián)合治療作用），尤其是其中對(duì)用B-Raf抑制劑治療的抗性在患 者中克服或降低。
[0028] 術(shù)語(yǔ)治療劑的組合的"藥學(xué)有效量"或"臨床有效量"或"治療有效量"為相較于用 該組合治療的障礙的臨床可觀察的基線體征和癥狀足以提供可觀察的改善的量。
[0029] 除非另外明確說明，否則本文所用的一般術(shù)語(yǔ)通過如下含義而定義：
[0030] 除非另外說明，否則術(shù)語(yǔ)"包含"和"包括"在本文中以其開放且非限制性意義使 用。
[0031] 除非本文中另外指明或上下文明顯矛盾，否則在描述發(fā)明的上下文中（尤其是在 如下權(quán)利要求書的上下文中），術(shù)語(yǔ)"一"和"一個(gè)/ 一種"與"該/所述"及類似的提及內(nèi) 容應(yīng)被視為涵蓋單數(shù)與復(fù)數(shù)兩者。若將復(fù)數(shù)形式用于化合物、鹽等，則其也用于意指單一化 合物、鹽等。
[0032] 如本文所用，術(shù)語(yǔ)"組合"、"治療性組合"、"組合療法"或"藥物組合"定義一個(gè)單 位劑型中的固定組合或用于組合施用的多個(gè)部分或說明的藥盒，其中B-Raf抑制劑和第二 抑制劑可同時(shí)獨(dú)立地施用或在使組合搭配物顯示協(xié)作（例如協(xié)同）作用的時(shí)間間隔內(nèi)單獨(dú) 施用。
[0033] 本文將術(shù)語(yǔ)"藥物組合物"定義為指含有至少一種待施用于受試者（例如哺乳動(dòng) 物或人）以便預(yù)防或治療影響該哺乳動(dòng)物的特定疾病或病癥的治療劑的混合物或溶液。 [0034] 本文將術(shù)語(yǔ)"藥學(xué)上可接受"定義為指如下那些化合物、材料、組合物和/或劑型， 其在正確醫(yī)學(xué)判斷的范圍內(nèi)適于與受試者（例如哺乳動(dòng)物或人）的組織接觸而無過度毒 性、刺激過敏反應(yīng)和其它問題并發(fā)癥，與合理的效/險(xiǎn)比相稱。
[0035] 除非另外指明，否則如本文所用的"藥學(xué)上可接受的鹽"包括可存在于本發(fā)明化合 物中的酸性和堿性基團(tuán)的鹽。性質(zhì)上為堿性的本發(fā)明的化合物能夠與各種無機(jī)和有機(jī)酸形 成多種鹽?？捎糜谥苽浔景l(fā)明的此類堿性化合物的藥學(xué)上可接受的酸加成鹽的酸為形成如 下無毒酸加成鹽的那些酸，即含有藥學(xué)上可接受的陰離子的鹽，諸如乙酸鹽、苯甲酸鹽、溴 化物、氯化物、檸檬酸鹽、延胡索酸鹽、氫溴酸鹽、鹽酸鹽、碘化物、乳酸鹽、馬來酸鹽、扁桃酸 鹽、硝酸鹽、草酸鹽、水楊酸鹽、琥珀酸鹽和酒石酸鹽。除非另外規(guī)定，否則本發(fā)明方法中所 用的治療劑以游離形式或以藥學(xué)鹽形式施用。
[0036] 術(shù)語(yǔ)"組合制劑"在本文中按如下意義定義為尤其指"多個(gè)部分的藥盒":如上所定 義的組合搭配物（a)和（b)可獨(dú)立地或通過使用不同的固定組合（具有區(qū)別量的組合搭配 物（a)和（b))給藥，即同時(shí)地或在不同的時(shí)間點(diǎn)給藥。多個(gè)部分的藥盒的各部分可隨后例 如同時(shí)地或按時(shí)間交錯(cuò)施用，即對(duì)于多個(gè)部分的藥盒的任何部分在不同的時(shí)間點(diǎn)且以相等 或不同的時(shí)間間隔施用。待在組合制劑中施用的組合搭配物（a)與組合搭配物（b)的總量 的比率可以變化，例如以便滿足待進(jìn)行治療的患者亞群的需要或單個(gè)患者的需要。
[0037] 如本文所用的術(shù)語(yǔ)"共施用"、"組合療法"或"組合施用"定義為涵蓋對(duì)單個(gè)患者 施用所選的治療劑且意欲包括如下治療方案，其中這些藥劑未必通過相同的施用途徑或同 時(shí)施用。
[0038] 如本文所用的術(shù)語(yǔ)"治療"包括緩解、減輕或緩和受試者中的至少一種癥狀或?qū)崿F(xiàn) 疾病進(jìn)展的延遲的治療。例如，治療可去除障礙的一種或多種癥狀或完全根除障礙，諸如癌 癥。在本發(fā)明的含義中，術(shù)語(yǔ)"治療"還表示阻止、延遲疾病的發(fā)作（即疾病的臨床表現(xiàn)前 的時(shí)間段）和/或降低發(fā)生疾病或疾病惡化的風(fēng)險(xiǎn)。術(shù)語(yǔ)"保護(hù)"在本文中用于意指預(yù)防、 延遲或治療或視需要預(yù)防、延遲且治療受試者中疾病的發(fā)生或持續(xù)或加劇。
[0039] 如本文所用的術(shù)語(yǔ)"受試者"或"患者"尤其是指人，例如罹患增生性疾病、處于罹 患增生性疾病的風(fēng)險(xiǎn)中或可能罹患增生性疾病的人。然而，不旨在排除治療哺乳動(dòng)物，例如 狗、牛、馬、豬、羊、山羊、貓、小鼠、兔、大鼠和轉(zhuǎn)基因非人動(dòng)物。
[0040] 術(shù)語(yǔ)"約"或"大約"應(yīng)具有在給定值或范圍的10%以內(nèi)、更優(yōu)選地5%以內(nèi)的含 義。
[0041] 因此，本發(fā)明涉及一種治療罹患特征為B-Raf中的突變、尤其是B-Raf中的V600 突變的增生性疾病、極其是特征為B-Raf中的V600突變的黑素瘤的患者的方法，其包括：
[0042] (a)從患者獲得腫瘤樣品并測(cè)試選自BRAF、CRAF、CCND1、CDK4、HER2、IGF-1R、 cMET、FGFR1、FGFR2、FGFR3EGFR、MAP2K1、MAP2K2、NRAS、KRAS HRAS、PTEN、PIK3CA 和 P16 的 基因中的遺傳變化。
[0043] (b)施用包含B-Raf抑制劑和第二抑制劑的藥物組合療法，該第二抑制劑根據(jù)表1 基于腫瘤樣品中所發(fā)現(xiàn)的遺傳變化而選擇，尤其是其中，
[0044] ⑴當(dāng)腫瘤樣品具有BRAF、CRAF、MAP2K1、MAPK2、NRAS、KRASHRAS或EGFR中的遺 傳變化時(shí)，第二抑制劑為Mek 1/2抑制劑，或
[0045] (ii)當(dāng)腫瘤樣品具有CCND1、⑶K4或P16中的遺傳變化時(shí)，第二抑制劑為⑶K 4抑 制劑，或
[0046] (iii)當(dāng)腫瘤樣品具有HER2、IGF-1R、PTEN或PIK3CA中的遺傳變化時(shí)，第二抑制 劑為PI3激酶抑制劑，或
[0047] (iv)當(dāng)腫瘤樣品具有cMET中的遺傳變化時(shí)，第二抑制劑為c-Met受體酪氨酸激酶 抑制劑，
[0048] (V)當(dāng)腫瘤樣品具有FGFRl、FGFR2或FGFR3中的遺傳變化時(shí)，第二抑制劑為FGFR 激酶抑制劑。
[0049] 因此，本發(fā)明進(jìn)一步涉及一種治療罹患特征為B-Raf中的突變、尤其是B-Raf中的 V6