專利名稱：：用于鑒定抗原的組合物和方法用于鑒定抗原的組合物和方法關(guān)于聯(lián)邦政府贊助的研究的聲明美國政府在本發(fā)明中具有已付清的許可(paid-uplicense)和在有限情況下要求專利所有人根據(jù)國家衛(wèi)生研究院給予的撥款A(yù)I039558和AI055900的條款所規(guī)定的合理的條件來許可他人的權(quán)利。
背景技術(shù)：
：受到對(duì)人類的新疾病威脅的出現(xiàn)、在西方世界早先可醫(yī)治的疾病的再度出現(xiàn)例如TB、生物恐怖主義的威脅，以及只要發(fā)現(xiàn)合適的抗原，癌癥可以通過疫苗接種來治療的不斷增多的證據(jù)的驅(qū)動(dòng)，關(guān)于疫苗技術(shù)的令人興奮的事件在過去幾年中已經(jīng)更新了。傳染性疾病仍然是世界范圍內(nèi)發(fā)病和死亡的主要原因之一，每年殺死超過1千3百萬青年和兒童。TB本身對(duì)每年的2百萬例死亡負(fù)責(zé)，而估計(jì)每年總體超過3百萬個(gè)體死于瘧疾和AIDS。傳染性疾病的新出現(xiàn)或再度出現(xiàn)，也形成了對(duì)全世界健康的持續(xù)不斷的威脅。許多傳染性疾病，例如癡疾、TB、AIDS、SARS和流感由能夠直接在人類細(xì)胞內(nèi)生長和傳播的細(xì)胞內(nèi)病原體引起。因?yàn)榧?xì)胞內(nèi)病原體在宿主細(xì)胞內(nèi)隔離生長，在產(chǎn)生保護(hù)性免疫方面，體液(抗體)免疫反應(yīng)常常是無效的。當(dāng)它們有作用時(shí)，疫苗是預(yù)防和治療疾病的最有效的方式之一。不幸的是，許多研究和臨床疫苗計(jì)劃具有很低的成功概率，因?yàn)樵诒景l(fā)明之前，尚沒有方法來篩選所有可能的抗原或預(yù)測哪些抗原將是有效的。因而，對(duì)于開發(fā)用于傳染性疾病和癌癥的治療的有效疫苗的新策略存在著需要。發(fā)明概述在第一個(gè)方面，本發(fā)明提供了可復(fù)制的庫，其包括處在規(guī)定位置的至少20(例如，30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1500、2000、2500、3000、4000或5000)個(gè)不連續(xù)的成員(discretemembers),其中(a)所述庫的成員各自包括細(xì)胞或病毒，所述細(xì)胞或病毒包括編碼多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由所述細(xì)胞或病毒以外的病原生物的基因組編碼，所述第一多核苦酸可操作地連接到啟動(dòng)子，和(b)所述庫包括多核苷酸，該多核芬酸編碼由所述病原生物的基因組(即，蛋白質(zhì)組)編碼的多肽的至少10%(例如，20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%或99%)的一部分。在相關(guān)的第二個(gè)方面，本發(fā)明提供了可復(fù)制的庫，其包括處在規(guī)定位置的至少10(例如，15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1500、2000、2500、3000、4000或5000)個(gè)不連續(xù)的成員，其中(a)所述庫的成員各自包括細(xì)胞或病毒，所述細(xì)胞或病毒包括編碼多肽的至少一部分的第一多核普酸，所述多肽由所述細(xì)胞或病毒以外的病原生物的基因組編碼，所述第一多核苷酸可操作地連接到啟動(dòng)子，(b)所述成員各自包括少于24(例如，23、22、21、20、19、18、17、16、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2)個(gè)不同的多核苷酸，每個(gè)所述多核苦酸編碼病原生物的基因組編碼的多肽的至少一部分，和(c)所述庫包括多核苷酸，該多核苦酸編碼由所述病原生物的基因組(即，蛋白質(zhì)組)編碼的多肽的至少部分的至少10%(例如，20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%或99%)。在本發(fā)明的前兩個(gè)方面的任一個(gè)中，所述多肽的部分可以具有與所述病原生物的基因組編碼的多肽的相應(yīng)部分至少50%、60%、70%、80%、90%、93%、95%、98%或99%的序列同一性。進(jìn)一步的，所述庫的每個(gè)成員可以包括由所述病原生物的基因組編碼的單個(gè)多核苷酸。最后，所述病原生物可以是細(xì)菌、病毒或真菌。在第三個(gè)方面，本發(fā)明提供了可復(fù)制的庫，其包括至少10(例如，15、20、30、40、50、60、70、80、90、100、125、150、200、300、400、500、600、700、800、900、1000、1200、1500、2000、2500、3000、4000或5000)個(gè)不連續(xù)的成員，其中所述成員各自包括第一細(xì)胞或病毒，所述第一細(xì)胞或病毒包括編碼多肽或其部分或片段的多核苦酸，與相應(yīng)的正常細(xì)胞相比在贅生性細(xì)胞內(nèi)所述多肽是差異表達(dá)的，所述多核苦酸可操作地連接到啟動(dòng)子，和所述庫包括多核苷酸，該多核苦酸編碼與所述相應(yīng)的正常細(xì)胞相比在贅生性細(xì)胞內(nèi)差異表達(dá)的多肽的至少5%(例如，10°/。、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、98%或99%)的部分。所述多肽的部分可以具有與在贅生性細(xì)胞中表達(dá)的多肽的相應(yīng)部分至少50%、60%、70%、80%、卯％、93%、95%、98%或99%的序列同一性。所述庫的每個(gè)成員可以含有少于50、40、30、20、15、14、13、12、11、10、9、8、7、6、5、4、3或2個(gè)多核苦酸，每個(gè)多核苷酸編碼在所述贅生性細(xì)胞中差異表達(dá)的不同多肽的一部分。在上述三個(gè)方面的任一個(gè)中，所述病毒可以是噬菌體。所述細(xì)胞或第一細(xì)胞可以是細(xì)菌(例如，E.co/纟)。所述細(xì)菌或病毒可以進(jìn)一步包括編碼在細(xì)菌中不天然地表達(dá)的多肽，例如孔洞形成蛋白(例如，LLO)的第二多核苷酸。做為選擇，所述第一多核苷酸可以進(jìn)一步編碼第二多肽，例如孔洞形成蛋白(例如，LLO)。第一多核普酸的每一個(gè)可以進(jìn)一步包括第一標(biāo)簽序列，其中每個(gè)所述多核苦酸編碼包括第一標(biāo)簽和所述多肽的部分的融合蛋白。每個(gè)多核苷酸可以進(jìn)一步包括第二標(biāo)簽序列。所述啟動(dòng)子可以是可誘導(dǎo)啟動(dòng)子(例如，T7啟動(dòng)子)。在第四個(gè)方面，本發(fā)明提供了測定多肽是否是免疫原性的方法，其包括步驟(a)用第二細(xì)胞(例如，巨噬細(xì)胞)分別地接觸以上方面的任一個(gè)的庫的每個(gè)成員，所述第二細(xì)胞能夠(i)內(nèi)吞每個(gè)成員中的所述細(xì)胞或病毒，和(ii)通過I類MHC途徑在它的表面展示肽，其中所述庫的每個(gè)成員包括由所述多核苷酸編碼的多肽，(b)用CTL細(xì)胞(例如，多種CTL細(xì)胞)分別地接觸步驟(a)的每個(gè)成員，所述CTL細(xì)胞(neoplasm)的哺乳動(dòng)物；和(c)檢測所述CTL細(xì)胞是否被活化，其中所述CTL細(xì)胞的活化確定了所述成員中含有的多肽是否是免疫原性的。所述庫的每個(gè)成員可以包括編碼孔洞形成蛋白(例如，LLO)的多核菩酸。所述庫的每個(gè)成員可以在所述接觸步驟(a)之前被殺死。在接觸步驟(b)之前，所述第二細(xì)胞可以;波殺死。所述方法可以進(jìn)一步包括步驟(d)從所述庫的復(fù)制拷貝(replicac叩y)中回收編碼步驟(c)中鑒定的多肽的多核苷酸，或者在接觸步驟(a)之前包括步驟，產(chǎn)生所述庫的復(fù)制品。所述方法可以進(jìn)一步包括使用所述庫進(jìn)行方法步驟(b)和(c)再至少一(例如，2、3、4、5、7、10或15)次，每次進(jìn)行步驟(b)和(c)時(shí)其可以包括使用不同的CTL(例如，多種CTL細(xì)胞)。在另一個(gè)實(shí)施方式中，所述方法可以包括步驟(d)鑒定在步驟(c)中被確定為免疫原性的多肽之內(nèi)足夠CTL活化的表位。在第五個(gè)方面中，本發(fā)明還提供了包括使用本發(fā)明的第四個(gè)方面筌定的至少一個(gè)(例如，2、3、4、5、6、7、8、10、15、20、25、30、40或50個(gè))表位或多肽的組合物(例如，藥物組合物或疫苗)。所述組合物可以進(jìn)一步包括藥學(xué)上可接受的載體。在第六個(gè)方面，本發(fā)明描述了與在衣原體感染中作為免疫原性蛋白的CT788多肽(SEQIDNO:1)的發(fā)現(xiàn)以及作為抗原表位的CT788133-152(SEQIDNO:2)的鑒定相關(guān)的組合物和方法。根據(jù)這個(gè)發(fā)現(xiàn)，本發(fā)明描述了包括CT788多肽的純化的或重組的多肽(例如，CT788多肽或包括CT788多肽的融合蛋白)，包括包含CT788多肽的多肽(例如，CT788多肽或包括CT788多肽的融合蛋白)的組合物，以及包括CT788多肽的片段(例如，當(dāng)所述片段是免疫原性的時(shí)，或所述片段的融合蛋白)例如KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)、或包括具有選自由表l中所列序列構(gòu)成的組的氨基酸序列的片段(例如，表l中所列的免疫原性片段)的純化的或重組的多肽。還描述的是包括多肽的組合物，所述多肽包括CT788多肽的片段(例如，免疫原性片段)如KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)、或包括具有選自由表1中所列序列構(gòu)成的組的氨基酸序列的片段(例如，表1中所列的免疫原性片段)。CT788多肽或其片段可以在分子的N-末端或C-末端含有至少1、2、3、4、5、8、10、15或更多其他的氨基酸。表l:Ctalm-m的片段(包括SEQIDNO:3-154)<table>tableseeoriginaldocumentpage12</column></row><table>本發(fā)明還描述了藥物和疫苗組合物。在一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明描述了包括多肽和藥學(xué)上可接受的載體的藥物組合物，所述多肽包括CT788多肽或包括CT788多肽的片段(例如，免疫原性片段，如以上描述的那些)。藥物組合物可以被配制用于通過本領(lǐng)域已知的任何方式、例如在此描述的那些(例如，口服或胃腸外的)施用。在另一個(gè)實(shí)施方式中，本發(fā)明描述了包括多肽和藥學(xué)上可接受的載體的疫苗，所述多肽包括CT788多肽或包括CT788多肽的片段(例如，免疫原性片段，如以上描述的那些)。所述疫苗可以進(jìn)一步包括佐劑(例如，在此描述的那些)，并且可以被配制用于通過本領(lǐng)域已知的任何方式、例如在此描述的那些(例如，口服或胃腸外的)施用。在第六個(gè)方面的上述實(shí)施方式的任一種中，所述多肽可以具有CT788多肽的序列或CT788片段的序列(例如，在表1中和在表2中顯示的那些)。本發(fā)明的多肽可以是融合蛋白。融合蛋白可以包括在純化中有用的標(biāo)簽，例如GST、His或myc,或可以包括來自免疫分子的蛋白(例如，Ig蛋白，如IgG、IgM、IgA或IgE,或Ig蛋白的Fc區(qū)域)，或在此描述的或本領(lǐng)域已知的任何標(biāo)簽。本發(fā)明還描述了在個(gè)體(例如，需要這種治療的個(gè)體)中治療或預(yù)防感染(例如，細(xì)菌性感染，如衣原體感染)的方法。所述方法包括向個(gè)體施用(例如，以足夠預(yù)防或治療所述細(xì)菌性感染的數(shù)量)CT788多肽或其片段(例如，免疫原性片段，如以上描述的那些)。施用的CT788多肽或其片段可以是純化的多肽或其片段。多肽的"部分"或"片段，，意思是所述多肽的至少5、6、7、8、9、10、15、20、30、50、100、200、300或500個(gè)氨基酸。片l殳或部分可以包括全長多肽(例如，生物體的基因組編碼的多肽)的5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%或甚至100%。"可操作連接的"意思是核酸分子和一個(gè)或更多個(gè)調(diào)節(jié)序列(例如，啟動(dòng)子)以這樣的方式連接，以允許當(dāng)合適的分子(例如，轉(zhuǎn)錄活化物蛋白)結(jié)合到調(diào)節(jié)序列時(shí)所述核酸分子的產(chǎn)物(即，多肽)的表達(dá)和/或分泌。"病原生物的基因組編碼的多肽"意思是與所述病原生物編碼的多肽具有至少50%、60%、70%、80%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、或甚至100%的同一性的多肽。"病原生物"意思是能夠感染哺乳動(dòng)物的任何生物體。示范性的病原生物是細(xì)菌、病毒、原生動(dòng)物和真菌，包括在此描述的生物體。在本發(fā)明的上下文中，"病原生物"另外指包括在本發(fā)明的庫中的細(xì)胞或病毒以外的生物體。"孔洞形成蛋白"(pore-formingprotein)意思是任何多肽，當(dāng)與脂雙層膜接觸時(shí)，其能夠在膜中形成通道或孔洞。所述孔洞或通道可以容許分子例如離子、多肽或其片段、或多核苷酸的通過，以穿過所述膜。"LLO"意思是李斯特菌素O(listeriolysinO),或能夠在真核膜中形成孔洞的其任何片段或變體(例如，與LLO序列基本上相同的多肽)。"能夠內(nèi)吞的細(xì)胞"是指具有將顆粒例如細(xì)胞、病毒或大分子內(nèi)在化到膜結(jié)合區(qū)室之內(nèi)的能力的細(xì)胞。"差異表達(dá)的"是指與相應(yīng)的對(duì)照細(xì)胞相比，在測試細(xì)胞(例如，贅生性細(xì)胞)中表達(dá)的至少50/。、10%、25%、50%、75。/0、100%、150%、250%、500%或1000%的表達(dá)提高。"CT788多肽"意思是與附圖14中所示序列具有至少40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、99%或甚至100%的同一性，并具有在早先被衣原體感染的生物體中刺激免疫反應(yīng)的能力的多肽。"標(biāo)簽序列"意思是用于融合蛋白的形成的任何序列(例如，包括在此描述的多肽的片段或部分)。示范性的標(biāo)簽包括FLAG、His(例如，His6)、血球凝集素(HA)、Myc、谷胱甘肽S-轉(zhuǎn)移酶(GST)、或任何其他本領(lǐng)域已知的標(biāo)簽。標(biāo)簽序列可以存在于蛋白質(zhì)的N-或C-末端。"純化的多肽"或"分離的多肽"意思是已經(jīng)與天然地伴隨它的成分分離開的多肽。一般地，當(dāng)多肽按重量計(jì)算至少30%沒有(30%,byweight,freefrom)與之天然相關(guān)的蛋白質(zhì)和天然發(fā)生的有機(jī)分子時(shí)，多肽是基本上純的。在某些實(shí)施方式中，制品是按重量計(jì)算至少50%、60%、75%、85%、90%、95%、96°/。、97%、98%或99%沒有與之天然相關(guān)的分子。例如，通過從天然來源提??；通過表達(dá)編碼這種多肽的重組多核苷酸；或通過化學(xué)合成所述多肽，可以獲得純化的多肽。可以通過任何適當(dāng)?shù)臉?biāo)準(zhǔn)方法，例如，通過柱層析、聚丙烯酰胺凝膠電泳或通過HPLC分析來測量純度。"基本上相同的"意思是多肽或核酸展現(xiàn)與參考氨基酸(例如，CT788)或核酸序列至少50%、75%、85%、90%、95%或甚至99%的同一性。對(duì)于多肽，比較序列的長度一般將是至少7個(gè)氨基酸(例如，20個(gè)氨基酸)，優(yōu)選的至少30個(gè)氨基酸，更優(yōu)選的至少40個(gè)氨基酸，最優(yōu)選的50個(gè)氨基酸，或全長。對(duì)于核酸，比較序列的長度一般將是至少20個(gè)核苷酸(例如，60個(gè)核苷酸)，優(yōu)選的至少90個(gè)核苦酸，更優(yōu)選的至少120個(gè)核苷酸，或全長。核普酸序列是基本上相同的另一個(gè)指標(biāo)是兩個(gè)分子在嚴(yán)格條件下是否相互雜交。嚴(yán)格條件是序列依賴性的，在不同環(huán)境中是不同的。一般地，選擇嚴(yán)格條件為約5。C到約20°C,通常約l(TC到約15°C,在規(guī)定的離子強(qiáng)度和pH值下低于特定序列的熱熔點(diǎn)(Tm)。Tm是50。/。的目標(biāo)序列與匹配的探針雜交的溫度(在規(guī)定的離子強(qiáng)度和pH值下)。一般地，嚴(yán)格條件將是其中鹽濃度是約0.02摩爾(molar)、pH7和溫度是至少約6(TC的那些條件。例如，在標(biāo)準(zhǔn)的Southern雜交過程中，嚴(yán)格條件將包括在6xSSC在42°C中的起始洗滌，隨后是在0.2xSSC在至少約55°C、一般約60。C以及常常約65。C的溫度下的一次或多次另外的洗滌。對(duì)于本發(fā)明來說，當(dāng)核苷酸序列編碼的多肽和/或蛋白質(zhì)是基本上相同的時(shí)，核苷酸序列也是基本上相同的。因而，當(dāng)一個(gè)核酸序列與第二核酸序列編碼基本上相同的多肽時(shí)，兩個(gè)核酸序列是基本上相同的，即使由于遺傳密碼允許的簡并性，它們?cè)趪?yán)^^各條件下不雜交(對(duì)于密碼子簡并性和遺傳密碼的說明，參見，Darnelletal.(1990)MolecularCellBiology,SecondEditionScientificAmericanBooksW.H.FreemanandCompanyNewYork)。蛋白質(zhì)純度或均質(zhì)性可以通過本領(lǐng)域已知的許多方式來表明，例如蛋白質(zhì)樣品的聚丙烯酰胺凝膠電泳，隨后在染色時(shí)可視化。對(duì)于某些目的，高分辨率可能是需要的，可以利用HPLC或相似的純化方式。"免疫原性"意思是化合物(例如，多肽或其片段)具有在生物體(例如，早先感染衣原體的生物體)中刺激免疫反應(yīng)的能力。具有處在規(guī)定位置的不連續(xù)成員的庫提供了相比集中庫的幾個(gè)優(yōu)點(diǎn)，包括對(duì)每個(gè)單獨(dú)的抗原的提高的敏感性以及快得多的篩選過程。根據(jù)以下的詳細(xì)說明、附圖和權(quán)利要求，本發(fā)明的其他特征和益處將是明顯的。附圖的簡要描述附圖l是顯示常規(guī)的MHCI類抗原呈遞的示意圖。附圖2是顯示在Z>/Wenamo朋cj^oge"^(單核細(xì)胞增多性李斯特桿菌)感染期間CD8+效應(yīng)物T細(xì)胞反應(yīng)的刺激的示意圖。附圖3是顯示在感染期間李斯特菌素O(LLO)介導(dǎo)的丄.mo"ocjKoge"^,人液泡的逃避的示意圖。附圖4是顯示在五.co/z'中表達(dá)的多肽向能夠內(nèi)吞細(xì)菌的細(xì)胞的胞質(zhì)液的LLO介導(dǎo)的遞送的示意圖。附圖5是一組圖像，顯示了表達(dá)GFP和LLO的￡.co"向細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)的遞送。附圖6是顯示抗原向I類MHC途徑的五.co/z7LLO介導(dǎo)的遞送的示意圖。附圖7是在C.frac/zoma他庫的克隆中使用的修改的Gateway系統(tǒng)。附圖8是顯示任何感興趣的病原體的抗原鑒定的表達(dá)克隆策略的示意圖。附圖9是使用B3ZT細(xì)胞的所采用的庫的驗(yàn)證策略的示意圖，其使用在此描述的l'務(wù)改的Gateway載體識(shí)別在表達(dá)的蛋白質(zhì)上存在的SIINFEKL標(biāo)簽(SEQIDNO:155)。附圖10是顯示通過成功地確定庫中哪些蛋白質(zhì)被表達(dá)而理論化的庫驗(yàn)證策略可行的圖像。附圖11是顯示篩選乳腺癌抗原的策略的示意圖。附圖12是顯示利用衣原體特異性T細(xì)胞系篩選C.frac/zoma"s庫的陽性結(jié)果的圖像。附圖13A是顯示利用與未感染的或衣原體感染的BMM細(xì)胞混合的CD4+T細(xì)胞克隆、來自流式細(xì)胞計(jì)的CD4和IFNy表達(dá)的結(jié)果的圖表。結(jié)果根據(jù)活細(xì)胞來門選。附圖13B是顯示在感染后72小時(shí)檢測的衣原體IFU的數(shù)量的圖表。早先感染的(免疫)小鼠和具有在此鑒定的CD4+T細(xì)胞克隆的幼稚小鼠顯示了與沒有CD4+T細(xì)胞克隆的幼稚小鼠相比低的感染水平。附圖14是CT788(Ctal)蛋白(SEQIDNO:1)和CT788133-152(Ctal33.152)(SEQIDNO:2)的肽序列。附圖15是顯示用BMM培養(yǎng)、然后與T細(xì)胞克隆NR9.2孵育的、表達(dá)單獨(dú)的C.frac/zoma^ORF的克隆的圖像。這個(gè)附圖顯示了平Ctal(由ORFCT788編碼)的Eco"誘導(dǎo)NR9.2分泌高水平的IFNy(>370ng/ml),而表達(dá)庫中的其他衣原體蛋白質(zhì)的五.僅誘導(dǎo)背景水平的IFNY分泌(<26ng/ml)。標(biāo)記為Ctal和ELISAStandards的反應(yīng)孔是黃色的；其他反應(yīng)孔是無色的。在附圖中顯示的與Ctal或標(biāo)準(zhǔn)物不相應(yīng)的反應(yīng)孔的比色強(qiáng)度是庫中所有其他Eco//克隆所見的結(jié)果中典型的。標(biāo)明了相應(yīng)于高數(shù)量的IFNY的ELISA標(biāo)準(zhǔn)物。附圖16A是顯示對(duì)T細(xì)胞克隆NR9.2表達(dá)的Voc2和VP8.3TCR元件染色的、來自非轉(zhuǎn)基因和NR1轉(zhuǎn)基因小鼠的CD4+外周血淋巴細(xì)胞的標(biāo)繪圖。結(jié)果根據(jù)活的CD4+細(xì)胞來門選。附圖16B是顯示響應(yīng)于標(biāo)明濃度的Ctal133-152(SEQIDNO:2)的、來自NR1轉(zhuǎn)基因或非轉(zhuǎn)基因小鼠的脾細(xì)胞的增殖的圖表。增殖通過卩H]胸腺嘧啶核苷摻入細(xì)胞來測量。這些結(jié)果表明，NR1TCRtg細(xì)胞識(shí)別Ctal133-152(SEQIDNO:2)。附圖17是顯示注射到幼稚小鼠中的CD4+T細(xì)胞克隆(NR9.2)在衣原體感染之后增殖的圖表。觀察到CFSE標(biāo)記的TCR轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞的增殖，作為轉(zhuǎn)移的群體向左進(jìn)入任意設(shè)置的門的移動(dòng)。CFSE標(biāo)記的NR1或OTII細(xì)胞被轉(zhuǎn)移到C57BL/6接受者中。一天之后，小鼠用標(biāo)明的病原體靜脈內(nèi)地感染。在三天之后收獲脾臟。對(duì)活的CD4+Va2+細(xì)胞門選結(jié)果，以檢測NR1TCRtg細(xì)胞。附圖18A是一組標(biāo)繪圖，顯示了在導(dǎo)液淋巴結(jié)中增殖的轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞上CD69和CD44被增量調(diào)節(jié)，CD62L被減量調(diào)節(jié)。轉(zhuǎn)移到幼稚小鼠中的CFSE標(biāo)記的CD4+TCR轉(zhuǎn)基因細(xì)胞的增殖(反映為群體向左的移動(dòng))在用Crac/w/m^s血清型L2感染接受者小鼠之后5-7天測量。如從圖表的底部到頂部的群體移動(dòng)中所反映的，CD69在增殖的細(xì)胞上增量調(diào)節(jié)。如在圖表的頂部向底部的群體移動(dòng)中所反映的，CD62L在增殖的細(xì)胞上減量調(diào)節(jié)。結(jié)果根據(jù)活的Thyl.2+CD4+細(xì)胞來門選。附圖18B是一對(duì)圖表，顯示轉(zhuǎn)移的TCR轉(zhuǎn)基因細(xì)胞在感染后四天在導(dǎo)向生殖道的淋巴結(jié)中廣泛地增殖，而在導(dǎo)向其他位點(diǎn)的淋巴結(jié)中不增殖。點(diǎn)線代表未感染的小鼠；實(shí)線代表感染的小鼠。結(jié)果根據(jù)活的Thyl.2+(CD90.2)十CD4+細(xì)胞來門選(gated)。附圖18C是一組標(biāo)繪圖，顯示了轉(zhuǎn)移的TCR轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞在衣原體的子宮內(nèi)感染之后被征募到小鼠的生殖道中。CFSE標(biāo)記的NR1細(xì)胞被轉(zhuǎn)移到CD90.1接受者中，然后用106IFU的C.frac/zoma&血清型L2在子宮中模擬感染或感染。在感染后七天，從小鼠中取出生殖道，分析轉(zhuǎn)移的NR1細(xì)胞的存在。比較模擬感染的和感染的接受者的生殖道中CD90.2+CD4+NR1細(xì)胞的存在。結(jié)果根據(jù)活細(xì)胞來門選。方框顯示了在小鼠的生殖組織中繼承性地轉(zhuǎn)移的(adoptivelytransferred)T細(xì)胞。附圖19是一組圖表，顯示了NR1細(xì)胞在C.rac/zomato的子宮內(nèi)感染之后在ILN中優(yōu)先地增殖。CFSE標(biāo)記的NR1細(xì)胞被轉(zhuǎn)移到CD90.1接受者中，其然后用106IFU的C.frac/zoma&血清型L2在子宮中沖莫擬感染或感染。在感染后標(biāo)明的時(shí)間收獲ILN和NDLN,;險(xiǎn)查CD4+NR1細(xì)胞的增殖。結(jié)果根據(jù)活的CD90.2+CD4+Va2+細(xì)胞門選來特異性地檢17測NR1TCRtg細(xì)胞。附圖20是一組圖表，顯示了NR1細(xì)胞分化成Thl細(xì)胞。CFSE標(biāo)記的NR1細(xì)胞—皮轉(zhuǎn)移到CD90.1接受者中，其然后用106IFU的C.""c/wmato血清型L2在子宮中感染。六天后，來自ILN的細(xì)胞用PMA/離子霉素刺激，通過流式細(xì)胞計(jì)檢查細(xì)胞內(nèi)IFNy。Ctal特異性T細(xì)胞(CD90.2+CD4+)根據(jù)CFSE1。和CFSEhl細(xì)胞來門選，比較這兩個(gè)群體中細(xì)胞內(nèi)IFNy水平。實(shí)線代表同種型對(duì)照；灰色填充的直方圖代表IFNy。附圖21A是一組圖表，顯示了在模擬感染和感染的小鼠的生殖道中NR1細(xì)胞上CD62L、CD44和CFSE的水平。結(jié)果根據(jù)活的CD90.2+CD4+細(xì)胞門選來特異性地檢測NR1TCRtg細(xì)胞。附圖21B是圖表，顯示了來自生殖道的NR1細(xì)胞用PMA/離子霉素刺激，并通過流式細(xì)胞計(jì)分析來檢測IFNy的產(chǎn)生。結(jié)果根據(jù)活的CD90.2+CD4+細(xì)胞門選來特異性地檢測NR1TCRtg細(xì)胞。實(shí)線代表同種型對(duì)照；填充的直方圖代表IFNy。附圖22是圖表，顯示了T細(xì)胞克隆NR9.2識(shí)別新的T細(xì)胞抗原Ctal133-152(SEQIDNO:2)。通過測試重疊的20-mer合成肽刺激NR9.2分泌IFNy的能力來繪制來自Ctal的抗原性肽。在IFNyELISA分析中，僅Ctalm-m刺激NR9.2分泌顯著水平的IFNy。以下顯示的是Ctal的蛋白質(zhì)序列(SEQIDNO:1),Ctal133-152(SEQIDNO:2)是下劃線的。詳細(xì)i兌明在一個(gè)方面，本發(fā)明允許證實(shí)的人類免疫效應(yīng)物的體外篩選，以從完整的蛋白質(zhì)組或其部分、從任何引發(fā)疾病的病原體、以及從贅生性細(xì)胞中差異表達(dá)的多肽中鑒定它們的關(guān)鍵目標(biāo)抗原。在另一個(gè)方面，本發(fā)明提供了組合物，包括純化的蛋白質(zhì)和疫苗，以及涉及使用CT788多肽或其片段作為抗原治療或預(yù)防衣原體感染的方法。本發(fā)明的第一個(gè)方面的技術(shù)允許研究人員預(yù)測哪種表位混合物將作為預(yù)防性或治療性疫苗在體內(nèi)被證實(shí)有效。重要地，它體外模擬了哺乳動(dòng)物免疫系統(tǒng)并用每個(gè)抗原來呈遞它，從而給定的引發(fā)疾病的病原體可以在受感染宿主中表達(dá)。在幾天之內(nèi)，有可能從引發(fā)疾病的病原體或其部分的完整蛋白質(zhì)組中鑒定將在體內(nèi)最有效地刺激免疫系統(tǒng)的特定抗原，這是早先不可能的任務(wù)。本發(fā)明的核心是快速地鑒定引起保護(hù)性細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞的體內(nèi)刺激的抗原的能力，容許鑒定將被直接包括入現(xiàn)有抗原遞送系統(tǒng)的免疫靶標(biāo)，以產(chǎn)生具有最高概率產(chǎn)生保護(hù)性細(xì)胞介導(dǎo)的免疫的多價(jià)疫苗制劑。保護(hù)性細(xì)胞介導(dǎo)的免疫反應(yīng)的關(guān)鍵元件之一是CD8+細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞(CTL),其可以識(shí)別并消滅病原體感染的宿主細(xì)月包，防止病原體在宿主內(nèi)的傳播。在自然感染期間CTL的產(chǎn)生常常需要在宿主細(xì)胞的胞質(zhì)液中產(chǎn)生病原體特異性抗原性蛋白。在細(xì)胞內(nèi)感染期間，在宿主細(xì)胞胞質(zhì)液內(nèi)存在的抗原性蛋白質(zhì)被蛋白水解降解為肽。這些肽隨后與主要組織相容性復(fù)合體(MHC)1類分子相締合地顯示在宿主細(xì)胞的表面(附圖l和2)。在宿主細(xì)胞表面的肽/MHC復(fù)合物被CTL識(shí)別，引起受感染宿主細(xì)胞的CTL介導(dǎo)的殺傷和保護(hù)性T細(xì)胞記憶的發(fā)展。然而，在開發(fā)策略來有效地鑒定用作I類MHC途徑的耙標(biāo)的病原體特異性抗原方面，獲得了相對(duì)較少的進(jìn)展。這樣的靶標(biāo)是第一線的材料，用于摻入成分疫苗中來刺激保護(hù)性CTL記憶并預(yù)防侵入微生物的感染。因而，開發(fā)有效的的方法來鑒定病原體特異性抗原性蛋白并將它們耙向MHCI類呈遞途徑，在針對(duì)細(xì)胞內(nèi)病原體的疫苗的合理設(shè)計(jì)中有基本的重要性。雖然幾種當(dāng)前的疫苗策略處于開發(fā)中用于體內(nèi)抗原遞送，在本發(fā)明之前，不存在策略，用于傳染性疾病病原體的完整抗藥分布型的快速確定，以確定最合適的抗原決定簇來包括在疫苗制劑中。本發(fā)明允許傳染性病原體的全部蛋白質(zhì)成分的有效的體外表達(dá)，伴隨著將表達(dá)的蛋白質(zhì)靶向宿主抗原呈遞細(xì)胞(APC)用于CTL反應(yīng)的產(chǎn)生。通過這種耙向的表達(dá)系統(tǒng)遞送給宿主細(xì)胞的抗原凈皮I類MHC途徑加工(附圖1)來呈遞給CTL。通過使用從早先感染的個(gè)體產(chǎn)生的病原體特異性CTL系，照這樣鑒定候選疫苗抗原。如下文所述，本發(fā)明已經(jīng)應(yīng)用于沙眼衣原體，一種細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌性病原體，是在美國最常見的性傳染的疾病病原體。C.^racAoma^也是在世界范圍內(nèi)可預(yù)防的失明的主要原因，當(dāng)前沒有可用的疫苗。在繼承轉(zhuǎn)移并用于鑒定CTL引發(fā)抗原。相應(yīng)于894個(gè)可能的C"ac/ww"^開放閱讀框的獨(dú)特成員的一個(gè)抗原，從針對(duì)C.^rac/oma^表達(dá)庫篩選的每個(gè)CTL系中鑒定出來。鑒定的抗原在Cfrac/zom"to感染期間刺激保護(hù)性CTL。在此描述了產(chǎn)生本發(fā)明的庫和進(jìn)行篩選分析的方法。來自病原生物的庫的產(chǎn)生為了產(chǎn)生本發(fā)明的庫，來自病原生物(例如，病毒或細(xì)菌)的基因組的開放閱讀框或其部分被克隆到能夠在所述庫的成員所包括的細(xì)胞或病毒中表達(dá)(例如，與啟動(dòng)子可操作地連接)的載體中。這可以通過本領(lǐng)域已知的任何方式來實(shí)現(xiàn)。在一個(gè)實(shí)施方式中，設(shè)計(jì)PCR引物來擴(kuò)增在病原生物的基因組中鑒定的開放閱讀框。引物的集合可以被設(shè)計(jì)以從病原生物的基因組擴(kuò)增開放閱讀框或其部分的10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%98%、99%或甚至100%。引物設(shè)計(jì)可以使用計(jì)算機(jī)程序進(jìn)行，例如，GAP(Genome-wideAutomatedPrimerfinderserver)計(jì)算機(jī)程序，可以從Irvine的加州大學(xué)獲得，其容許耙向來自病原體的基因組的大量開放閱讀框的引物的設(shè)計(jì)。在一個(gè)實(shí)施方式中，設(shè)計(jì)引物，使得來自病原生物的蛋白質(zhì)的分泌信號(hào)序列被除去。其基因組已經(jīng)被測序或正在被測序的病原細(xì)菌和病毒可以在例如基因組聯(lián)機(jī)數(shù)據(jù)庫(GOLD)(LioliosKetal.,A^wc/ezc爿c/A"仏34(Databaseissue):D332-334，2006)中找到。其基因組;波完全測序的病原生物(例如，細(xì)菌性病原體)在本發(fā)明中是特別有用的。做為選擇，mRNA的逆轉(zhuǎn)錄可以用于產(chǎn)生本發(fā)明的庫。與靶向特定mRNA序列的引物一起的逆轉(zhuǎn)錄酶可以用于將mRNA內(nèi)含有編碼區(qū)或其部分轉(zhuǎn)錄成DNA序列。通過PCR(例如，在此描述的)的隨后的擴(kuò)增可以用于產(chǎn)生足夠數(shù)量的DNA用于將期望的多核苦酸克隆到表達(dá)載體中。為了產(chǎn)生庫的不連續(xù)的成員，含有特異于開放閱讀框或其部分的引物的每個(gè)PCR反應(yīng)可以在獨(dú)立的反應(yīng)體積(例如，在96孔平板中)中進(jìn)行。在一個(gè)實(shí)施方式中，使用兩步驟PCR過程。第一組引物被用于擴(kuò)增期望的開放閱讀框，第二組引物被用于將其他的序列附加到擴(kuò)增的序列上用于克隆。這種其他的序列可以包括限制性內(nèi)切酶的位點(diǎn)或用于克隆的重組序列(例如，來自Invitrogen的Gateway系統(tǒng)或MAGIC系統(tǒng)(Lietal.A/a亡7(3):311-9,2005)),或本領(lǐng)域已知的4壬何序列標(biāo)簽(例如，His6標(biāo)簽，myc標(biāo)簽，或SIINFEKL表位(SEQIDNO:155))。如本領(lǐng)域已知的的，對(duì)于所使用的系統(tǒng)，-魄情況將PCR產(chǎn)物導(dǎo)入克隆載體中。如果克隆載體缺乏能夠驅(qū)動(dòng)在庫的細(xì)胞或病毒中的表達(dá)的啟動(dòng)子，隨后必須的是將ORF或其片段克隆到含有啟動(dòng)子的載體中。在任何克隆步驟期間，肽標(biāo)簽，例如在此描述的那些，可以被添加到多肽克隆物或其部分的N-末端或C-末端。一旦編碼多肽的至少部分的多核苷酸被克隆到能夠表達(dá)的載體中，它們可以各自被導(dǎo)入合適的宿主細(xì)胞或病毒中，從而形成本發(fā)明的庫。多肽的888種的庫。在本發(fā)明中有用的病原生物包括，例如，腺病毒、Ascani/w淤6n'co/(ies、星病毒、Sacferoz'(iess//.、beta國溶血'f生鏈J求菌、BK病毒、說ostoc，to/z謹(jǐn)/m's、祝"W麵jvcest/e，a似z態(tài)、Soni"e〃a/e/^m&、冠狀病毒、才可薩奇病毒A、柯薩奇病毒B、0少/tococcuyweq/brm(3朋、Cry/^os/wn'Jz'wm、纟田月包巨病毒、艾#可病毒、￡>2towoe6a/z/Wo(y/7'ca、￡>^e^)afers//.、EVfero6/w《vermz'cw/an^、5"w/^n9coccw5^p/.、Epstein曙Barr病毒、馬月鹵炎病毒、￡^c/ze〃'c/n'aco//、￡^c/zen'c/n'as//.、真菌、G&ni/af/a附6/z'a、//ae附o/7/zz71^z'"^7wewzae、肝炎病毒、肝炎C病毒、單纟屯'l"生皰滲病毒、///Wop/a雄aca/ww/a/謹(jǐn)、HIV、/(ymewo/ep/swo7a,流感病毒、JC病毒、^7e^e〃as//7.、丄eg/o;e〃(3s,、Z/^/zm"m》6fowov朋"淋巴細(xì)胞性脈絡(luò)叢腦膜炎病毒、微絲蚴、微孢子蟲、A^co6"cfenww^&n:w/cw;y、Norwalk病毒、(9p/W/2on:/n'sWvern'm'、副^L感病毒、副舉占病毒、尸/oywoWw/w、尸wewwoq)Ast^cahw/Z、7Vo/^us、尸sewc/owowowaerwgi"c^a、尸w^/omomww/.、狂犬病病毒、。乎吸道合月包體病毒、鼻病毒、4侖^l犬病毒、沙門氏菌、志賀氏菌、圣路易腦炎病毒、5"to/7/2y/ococcwsawet^、iSVre/^ococciM1/we謂om'ae、/SVn9wgy/oz.(ie《他rcora/^、介體病毒、roxo//asmas/p.、7Wc/zwn、/Wc/n'w/Yif、F^n'ce〃a-ZoWer病毒、f瓜菌屬霍舌L、本發(fā)明特別有用的是專性的細(xì)胞內(nèi)病原體。細(xì)胞內(nèi)細(xì)菌包括、例如、附^amo,0/、5.parser"B.reci^rew/7's、5./w/-<i/、S.fwn'ca/v2e、S.va/az'w'awa、irwce〃aWor加、5.me/"e腦's、CVz/amyc/z'a戸e謂om.ae、C./w'加".、(7.frac/zoma"s、Cow6/〃.arwm/w"w"wm、Gox/e〃a6wrwe/v7、￡7zr/z.c/n.acaw&、兒hc^:e"wz'、兄和A.(y;/n'。示范寸生的纟田月包內(nèi)原生動(dòng)物有a附azcwewsz's、丄.Z)n3zz7/eww^、丄.c/zagtw/、丄.cfowov"7/、丄.t/owovawz'c/zag<x$7'、丄.^/owovaw/Jowov"wi、Z^.(icwov"w/z'w/awfw附、丄.ewn.e"z7、丄.gwy"weww's、/7zy^wo/、丄.？arew,o/ae、丄./ro//ca、AZ/craspon't^'wwcey/oweww's、A^."yh'cawwm、7Vc^6macowwor/、A^os^maocw/arww、A^.a/ggrae、尸/oy附0(^'wmZ)erg/zez'、尸.6nxs7'/z'"wwm、尸.c/zo^aw6^'、尸.c/za6aw(^'at/am/、尸.c/za6aw(i/c/za6aw(i/、尸.c_ywomo/g/、尸./a/c^arwm、尸./nagz7e、尸.g"〃/wacewm、尸.A:wcw/ew'、尸./c"http://zwn2e、尸.wa/an'ae、尸.owz/e、尸./^c/ze/7cwz'、尸.^S7'脂.ora/e、尸.57'mz'wm、尸."WwcAe^e"en'、尸、v/wcA:ez'vz力cA:ez'、尸.vzVax、尸._yoe/h'、尸.少oe/hw/gen'eiM7's、尸.yoe/"、尸/e/^stop/zon3awgwz'〃orwm、尸./n^/og/c^s^o/(ie051、尸.w/naf"<ie〃ae、尸.ovan'ae、尸.(y//c"/^、jSe//v3^2z'wto"wa/z^、7"axo//"扁agowc/z7、7>ac/zi^/ez'Wo/7/2ora/zomz'm's、71.22可以在本發(fā)明中使用的傳染性的真菌包括酵母，例如C朋&^Qmc/z't/a^rz^ez'、CVm力tfa/we^/o加//ca/z、、Qm^feto《^〃e，ow<i//、QmW(iag/a6rato、Qmt/^/ww'am'ae和C朋力(iarwgora。其他真菌包括Af/cn^porw附cam's,口其4也s//.,ZWc/zop/zj^ow(i"列^口T.rw6z-wm禾口A/a/assez/a、尸/(yro/^/on9"or6z'cw/are、尸.ova/e、Oj/^ococcuyweq/brm6W51、J5/e廠g/〃ws/wm/gafus*禾口其^f也j"/e廠g/〃w51^p/.,Zygomyce/^s(e.g.,A/n'zopws,Mwcor),尸a^2cocc7.(^o/6/es6n3w7/ew^s7's、5/ayfomyces<ie77"/7/7'<ie5//^/op/awmaca/ww/afwm、Coc".c^oz'(ie《/wm/OJ禾口5^7orof/2n'x對(duì)于細(xì)菌宿主中庫的產(chǎn)生，能夠表達(dá)克隆的多核苷酸的任何載體可以在宿主細(xì)菌中使用。在一個(gè)實(shí)施方式中，使用五.co"的實(shí)驗(yàn)室菌抹；用于在Eco"中表達(dá)的合適的載體是本領(lǐng)域公知的，包括載體例如pET表達(dá)載體系統(tǒng)(EMDBiosciences,SanDiego,Calif.)、pDESTSL8(在此描述)和pDEST17(Invitrogen)。載體可以^皮修飾以包括N-或C-末端標(biāo)簽，如所希望的，例如，用于庫的驗(yàn)證(例如，如在此描述的)。這種載體也可以含有可誘導(dǎo)啟動(dòng)子(例如，T7聚合酶啟動(dòng)子)，這是本領(lǐng)域公知的，其容許在應(yīng)用外源化學(xué)物質(zhì)(例如，IPTG(異丙基-beta-D-硫代半乳糖苷)或在應(yīng)用噬菌體(例如，CE6嗟菌體)時(shí)的表達(dá)，取決于所使用的細(xì)菌菌林。對(duì)于病毒庫(例如，噬菌體展示庫)的產(chǎn)生，形成庫的多核苷酸被克隆到噬菌體載體中。這種載體和載體系統(tǒng)是本領(lǐng)域公知的，包括NovagenT7Select⑧噬菌體展示載體(EMDBiosciences)。在某些實(shí)施方式中，本發(fā)明的細(xì)菌庫，除了含有來自病原生物的第一多核苷酸之外，可以含有第二多核苷酸序列，作為笫一多核苦酸的部分(除了來自病原生物的序列之外)或作為第二表達(dá)載體的部分。這種第二多核苷酸序列可以編碼第二蛋白質(zhì)，例如，李斯特菌素O(LLO)。五.CO/〃LLO系統(tǒng)￡.co"/LLO系統(tǒng)提供了一種方式，用于在五.co"中表達(dá)的蛋白質(zhì)在內(nèi)吞到細(xì)胞之后逃脫內(nèi)吞它的液泡，并接觸細(xì)胞的胞質(zhì)液(附圖3)。LLO通過穿孔液泡來起作用，從而允許它的內(nèi)容物逃脫進(jìn)入細(xì)胞質(zhì)。李斯特菌素O在中度酸性pH值下(液泡內(nèi)的pH條件)展現(xiàn)了更好的孔洞形成能力，因而非常適合于這個(gè)目的。這容許表達(dá)的蛋白質(zhì)通過I類MHC途徑的增強(qiáng)的加工(參見附圖4-6)。這種系統(tǒng)在美國專利6,004，815中廣泛地描述了，其通過引用合并在此。除了LLO之外，本發(fā)明的庫和方法可以采用具有相似活性的其他蛋白質(zhì)；可以采用促進(jìn)潛在抗原性蛋白向細(xì)胞的細(xì)胞質(zhì)遞送的任何蛋白質(zhì)(例如，孔洞形成蛋白)，所述細(xì)胞能夠內(nèi)吞本發(fā)明的庫的細(xì)菌或病毒。E.co/z7LLO系統(tǒng)對(duì)于篩選活化CD8+CTL細(xì)胞的抗原是特別有用的。沒有LLO而制備的本發(fā)明的庫可以用于篩選CD4+CTL細(xì)胞活化。在此呈現(xiàn)的實(shí)施例意圖是說明而不是限制本發(fā)明。實(shí)施例1克隆C//am_y<i/<af/rac/zoma^(沙眼衣原體)基因組沙眼衣原體血清型D/UW-3/Cx基因組中的每個(gè)ORF通過2步驟PCR過程來擴(kuò)增。第一個(gè)步驟使用了對(duì)每個(gè)ORF特異的引物來以96孔形式擴(kuò)增每個(gè)序列。所述引物被設(shè)計(jì)以除去ORF中存在的任何分泌信號(hào)序列，以防止當(dāng)它們被表達(dá)時(shí)在中的分泌并最小化毒性。第二PCR步驟^f皮用于向每個(gè)PCR產(chǎn)物的5'和3'末端添加需要的重組序列。一旦ORF^L擴(kuò)增和添加了重組序列，PCR產(chǎn)物^皮重組到DONR載體中。這可以使用Gateway系統(tǒng)或MAGIC系統(tǒng)來進(jìn)行。對(duì)于這個(gè)庫，使用Gateway系統(tǒng)。在存在GatewayBP重組酶的情況下將最終的PCR產(chǎn)物于pDONR221質(zhì)粒孵育。在過夜孵育之后，反應(yīng)溶液直接轉(zhuǎn)化到Eco"中，其然后平鋪在含有卡那霉素的LB瓊脂平板上來選擇DONR質(zhì)粒的存在。生長的任何細(xì)菌必須含有已經(jīng)與PCR產(chǎn)物重組的DONR載體，因?yàn)橛捎谫|(zhì)粒中毒素基因的存在，如果沒有重組，DONR質(zhì)粒對(duì)于五.co"是有毒的。當(dāng)DONR質(zhì)粒與PCR產(chǎn)物重組時(shí)，這個(gè)毒素基因喪失了，容許細(xì)菌支持質(zhì)粒的存在。MAGIC重組系統(tǒng)非常類似地工作，只是PCR產(chǎn)物被直接轉(zhuǎn)化到已經(jīng)含有MAGIC1供體載體的中。重組步驟在細(xì)菌內(nèi)發(fā)生。然后通過將細(xì)菌平鋪在含有氯苯丙氨酸的平板上來選擇成功的重組事件。由于載體中pheS基因的存在，這種化學(xué)物質(zhì)對(duì)于含有沒與PCR產(chǎn)物重組的magic供體載體的Eco"是有毒的，所述基因在成功的重組期間喪失。僅僅含有已經(jīng)與PCR產(chǎn)物重組的供體載體的Eco/Z存活。兩種系統(tǒng)中的完整轉(zhuǎn)化過程以96孔形式來進(jìn)行，包括打板步驟來確保在瓊脂平板上的任何孔中的所有的菌落是僅僅單個(gè)ORF序列的成功重組的結(jié)果，所述序列在PCR步驟期間在相應(yīng)的反應(yīng)孔中被擴(kuò)增。這容許克隆群體中每個(gè)ORF的克隆。每個(gè)ORF的克隆被接種到96深孔平板中含有卡那霉素的LB中。來自每個(gè)克隆的質(zhì)粒DNA通過96孔迷你制備操作來分離。與克隆的ORF序列的DONR載體5'和3'中的序列互補(bǔ)的引物被用于PCR擴(kuò)增重組到載體中的序列。PCR產(chǎn)物在瓊脂糖凝膠上跑動(dòng)，產(chǎn)物的大小與預(yù)測的大小進(jìn)行比較。與預(yù)測的大小顯著不同的、含有重組序列的任何克隆被放棄，選擇該ORF的新的克隆并對(duì)適當(dāng)?shù)拇笮∵M(jìn)行測試。含有正確長度的序列的所有克隆移動(dòng)到克隆操作的下一步驟。對(duì)于MAGIC系統(tǒng)，供體載體可以用于表達(dá)ORF;因而，不再需要進(jìn)一步的克隆。然而在Gateway系統(tǒng)中，ORF序列被穿梭到含有容許ORF的表達(dá)的啟動(dòng)子的第二載體中。通過將分離的DONR質(zhì)粒DNA與目的地載體pDESTSL8在存在GatewayLR重組酶的情況下孵育來實(shí)現(xiàn)這一點(diǎn)。pDESTSL8通過添加含有SIINFEKL表位(SEQIDNO:155)的C-末端融合物在我們的實(shí)驗(yàn)室中從pDEST17(附圖7)構(gòu)建。在18小時(shí)的孵育之后，反應(yīng)溶液直接轉(zhuǎn)化到中，其然后以96孔形式平鋪在含有羧千青霉素的LB瓊脂平板上。每個(gè)ORF的克隆接種到96孔平板中含有羧千青霉素的LB中，來選擇接受了已經(jīng)重組在ORF序列中的pDESTSL8的細(xì)菌。分離每個(gè)克隆的質(zhì)粒DNA,與重組的ORF的pDESTSL85'和3'的序列互補(bǔ)的引物被用于PCR擴(kuò)增重組的序列。這些PCR擴(kuò)增的產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳來分析；具有不正確大小的插入物的任何克隆一皮放棄，測試該ORF的新的克隆。具有正確大小的插入物的每個(gè)克隆被認(rèn)為是正確的，并繼續(xù)來測試表達(dá)。來自贅生性細(xì)胞的庫的產(chǎn)生在本發(fā)明的另一個(gè)實(shí)施方式中，提供了包括編碼至少多肽的片段的多核苷酸的可復(fù)制的庫，與相應(yīng)的正常細(xì)胞相比在贅生性細(xì)胞例如癌細(xì)胞(例如，乳腺癌細(xì)胞)中所述多肽的表達(dá)被提高(例如，至少1.05、1.1、1.2、1.4、1.5、1.75、2、3、4、5、7、10、25、50或100倍的因數(shù))。在贅生性細(xì)胞中具有提高的表達(dá)的一組多核苷酸的筌定可以通過本領(lǐng)域已知的任何方法來進(jìn)行。一般地，使用表達(dá)陣列，例如可以從Affymetrix獲得的那些，來對(duì)表達(dá)進(jìn)行剖繪。因而，其表達(dá)在贅生性細(xì)胞中增加的多核普酸使用這種表達(dá)陣列被鑒定出，然后可以用于產(chǎn)生本發(fā)明的庫。其表達(dá)在贅生物中增加的多核苷酸的克隆可以通過逆轉(zhuǎn)錄從鑒定為具有提高的表達(dá)的每個(gè)多核苷酸轉(zhuǎn)錄的單獨(dú)的mRNA來進(jìn)行。選擇對(duì)每個(gè)mRNA特異的引物，并用于單獨(dú)地將mRNA序列轉(zhuǎn)錄到DNA序列中。DNA序列然后可以克隆到合適的載體中，所述載體含有能夠在所述庫的細(xì)胞或病毒中表達(dá)的啟動(dòng)子，一般是在通過PCR擴(kuò)增每個(gè)DNA序列之后。一旦每個(gè)多核苷酸被克隆到載體中，多核苷酸可以被導(dǎo)入在此描述的細(xì)胞或病毒。與正常細(xì)胞相比在贅生性細(xì)胞中過量表達(dá)的多核苷酸液可以通過使用cDNA減法庫來鑒定。產(chǎn)生這種庫的方法是本領(lǐng)域已知的，并且是商業(yè)上可獲得的，例如，ClonetechPCR-Select產(chǎn)品(ClonetechLaboratories,Inc.,MountainView,Calif.)。多核苷酸的表達(dá)為了在本發(fā)明的方法中使用，形成庫的成員的細(xì)胞或病毒可以表達(dá)編碼來自病原生物的多肽的至少一部分的多核苷酸。在具有可誘導(dǎo)啟動(dòng)子的細(xì)菌系統(tǒng)中，這伴隨著施用合適的物質(zhì)(例如，化學(xué)物質(zhì)或噬菌體)來誘導(dǎo)蛋白質(zhì)表達(dá)。對(duì)實(shí)施例1中描述的CUrac/zomato庫來說，如下進(jìn)行這一點(diǎn)。實(shí)施例2C.加C/20函"'S多核普酸的表達(dá)含有ORF的每個(gè)表達(dá)質(zhì)粒被轉(zhuǎn)化到已經(jīng)含有質(zhì)粒的五.co/z'中來表達(dá)李斯特菌素O(cLLO)的細(xì)胞胞漿形式。細(xì)菌平鋪在含有羧千青霉素和氯霉素的LB瓊脂平板上來選擇兩個(gè)質(zhì)粒。挑選每個(gè)ORF的菌落，接種到96孔平板中含有羧節(jié)青霉素和氯霉素的LB中，并生長18小時(shí)。然26后將穩(wěn)定期培養(yǎng)物稀釋到含有0.2%麥芽糖、羧千青霉素和氯霉素的新鮮LB中。在4小時(shí)生長之后，對(duì)每個(gè)反應(yīng)孔采集OD6oo來確定每個(gè)孔中的細(xì)菌數(shù)目。添加MgS04來在每個(gè)培養(yǎng)物中得到10mM的濃度。然后，在其基因組中含有處在組成型啟動(dòng)子之下的T7聚合酶的基因的復(fù)制缺陷的入噬菌體，CE6噬菌體以12:l的MOI添加。一旦噬菌體感染了細(xì)菌，T7聚合酶被表達(dá)，其然后能夠在T7啟動(dòng)子的控制下轉(zhuǎn)錄衣原體ORF。輕輕地混合培養(yǎng)物，在37。C沒有搖動(dòng)地孵育20分鐘。20分鐘后，搖動(dòng)孵育培養(yǎng)物另外1小時(shí)40分鐘，以允許ORF的表達(dá)。然后測量每個(gè)反應(yīng)孔的OD6C)()來確定每個(gè)培養(yǎng)孔中細(xì)菌的濃度。從每個(gè)反應(yīng)孔收獲1x108個(gè)細(xì)菌，團(tuán)化并重懸浮在1mL的0.5%多聚曱醛中。培養(yǎng)物在室溫下孵育30分鐘。培養(yǎng)物然后團(tuán)化，用PBS洗滌三次。在最后的洗滌之后，細(xì)胞進(jìn)行團(tuán)化，重懸浮在lmL的PR-10培養(yǎng)基中。培養(yǎng)物然后按20jul的體積等分到96孔平板中，并在-8(TC冷凍。這個(gè)操作可以產(chǎn)出超過50個(gè)獨(dú)立的庫等分量來篩選不同的T細(xì)胞系。庫的表達(dá)的驗(yàn)證本領(lǐng)域已知的任何方法可以用于確定庫的每個(gè)成員是否能夠表達(dá)來自病原生物或贅生性細(xì)胞的多核苷酸(例如，western印跡)。在此描述的C.frac/zoma^庫中，表達(dá)的證實(shí)如下實(shí)現(xiàn)。實(shí)施例3測試表達(dá)我們利用融合到每個(gè)ORF的C-末端的SIINFEKL表位(SEQIDNO:155)開發(fā)出蛋白質(zhì)表達(dá)的高通量測試，用于蛋白質(zhì)表達(dá)的驗(yàn)證(附圖8-10)。為了進(jìn)行這種分析，庫的冷凍等分量被解凍，添加到H2b單體型的巨噬細(xì)胞，所述巨噬細(xì)胞在前一天播種到96孔平板中。賦予巨喧細(xì)胞/細(xì)菌混合物一小時(shí)，在這期間，細(xì)菌被巨噬細(xì)胞吞噬。在吞噬泡這，細(xì)菌被裂解，將Eco/i表達(dá)的所有蛋白質(zhì)釋放到液泡中，包括衣原體蛋白質(zhì)和cLLO。cLLO然后穿孔吞噬泡膜，容許衣原體蛋白質(zhì)進(jìn)入巨噬細(xì)胞的胞質(zhì)液，在其中它可以被加工，來自蛋白質(zhì)的肽可以呈遞在MHCI類分子上。如果衣原體蛋白質(zhì)被表達(dá)為全長的，它具有融合到它的C-末端的SIINFEKL表位(SEQIDNO:155)。這個(gè)表位將與衣原體蛋白質(zhì)一起被遞送，將被加工并呈遞在巨噬細(xì)胞表面的MHCI類分子上。通過在小時(shí)孵育的結(jié)束時(shí)添加B3ZT細(xì)胞雜交瘤細(xì)胞來探試這種MHC-肽復(fù)合物。當(dāng)它們識(shí)別MHCSIINFEKL復(fù)合物時(shí)，B3Z細(xì)胞變?yōu)榛罨?附圖9)。當(dāng)它們變?yōu)榛罨臅r(shí)，P-半乳糖苷酶表達(dá)被誘導(dǎo)。B3Z細(xì)胞與巨噬細(xì)胞孵育15-20小時(shí)以容許B3Z細(xì)胞有時(shí)間掃描所述的MHC-肽復(fù)合物，并且如果存在復(fù)合物時(shí)增量調(diào)節(jié)P-半乳糖苷酶。在15-20小時(shí)之后，添加LacZ緩沖液來檢測平板的每個(gè)反應(yīng)孔中P-半乳糖普酶活性的量。LacZ緩沖液含有洗滌劑來裂解巨噬細(xì)胞，以及p-半乳糖苷酶底物、氯苯紅-P-D-半乳吡喃糖香(CPRG)，當(dāng)被p-半乳糖苦酶裂解時(shí)其從黃色變?yōu)樽仙Ａ呀獾漠a(chǎn)物的數(shù)量通過在分光光度計(jì)中測量每個(gè)反應(yīng)孔的OD570nm來確定。因而，570nm處的強(qiáng)信號(hào)表明在該反應(yīng)孔中表達(dá)的衣原體蛋白質(zhì)一皮表達(dá)為全長并且^皮遞送給I類MHC途徑。確定來自病原體或贅生性細(xì)胞的多肽是否是免疫原性的細(xì)胞或病毒的庫含有編碼來自病原生物或來自贅生性細(xì)胞的多肽的多核苷酸，可以被篩選來確定所述多核苦酸編碼的哪些多肽是免疫原性的。這可以通過用第二細(xì)胞(例如，巨噬細(xì)胞)接觸庫的每個(gè)成員來實(shí)現(xiàn)，所述第二細(xì)胞能夠內(nèi)吞庫的細(xì)胞或病毒，并且在所述第二細(xì)胞的表面展示所述庫的表達(dá)的多肽的部分。例如，在美國專利No.6,008,415中描述了這個(gè)過程。第二細(xì)胞然后與來自早先感染上病原生物的生物體的CTL細(xì)胞、來自具有贅生物的生物體的CTL細(xì)胞、或來自早先具有贅生物的生物體的CTL細(xì)胞接觸。與CTL細(xì)胞接觸可以通過例如使用多聚曱醛固定第二細(xì)胞來進(jìn)行。能夠結(jié)合呈遞的抗原/蛋白質(zhì)部分的CTL將引起細(xì)胞因子的分泌。細(xì)胞因子分泌(例如，IFNy、IL-2或TNF的分泌)可以如本領(lǐng)域已知的來分析，例如，使用ELISA分析。在工作實(shí)施例中，如以下實(shí)施例4中所描述的篩選在此描述的C.frac/zowato庫。細(xì)胞毒T淋巴細(xì)胞用于本發(fā)明的方法中的CTL細(xì)胞的庫可以通過本領(lǐng)域已知的任何方法來得到。一般地，在篩選針對(duì)病原生物的抗原時(shí)，從早先被病原體感染的哺乳動(dòng)物制備CTL細(xì)胞。這種制品將含有對(duì)來自病原體的抗原特異的CTL細(xì)胞。C.frac/wmato特異性CTL可以如下從小鼠中引發(fā)。用107IFU的C.rrac/zowato注射小鼠。14天后，小鼠;故安樂死，收獲脾臟。脾臟通過70jum篩子來碎化，產(chǎn)生脾細(xì)胞的單細(xì)胞溶液。利用本領(lǐng)域中標(biāo)準(zhǔn)的MACS分離方案，使用結(jié)合到MACS磁性珠子的a-CD8抗體從脾細(xì)胞中分離CD8+T細(xì)胞(參加，例如，可從MiltenyiBiotecInc.,Auburn,Calif.獲得的MACS技術(shù))。分離的CD8+細(xì)胞添加到24孔平皿中相同單體型的巨噬細(xì)胞，所述巨噬細(xì)胞在18小時(shí)之前用CJrac/zomato感染。在含有IL-2的培養(yǎng)基中添加來自幼稚小鼠的照射的脾細(xì)胞作為飼養(yǎng)細(xì)胞。細(xì)胞孵育10天，在這期間，CJrac/zomaW特異性T細(xì)胞被感染的巨噬細(xì)胞刺激并復(fù)制。在第10天，利用在18小時(shí)前C./rac/zomato感染的巨噬細(xì)胞和照射的脾細(xì)胞再次刺激T細(xì)胞。重復(fù)這個(gè)過程，直到存在足夠數(shù)量的T細(xì)胞來篩選整個(gè)庫。對(duì)于用于針對(duì)贅生性細(xì)胞例如乳腺癌細(xì)胞的抗原的篩選的CTL細(xì)胞的制備，使用完整的腫瘤RNA產(chǎn)生特異于乳腺癌的多克隆CTL庫。然后使用已知的胂瘤相關(guān)抗原驗(yàn)證CTL庫(附圖U)。例如，如Hasselletal.(Immunology79:513-519,1993)所描述的，CTL細(xì)胞可以從人類受試者克隆。實(shí)施例4未知抗原的篩選庫的冷凍等分量(總共10個(gè)96孔平板)被解凍，添加到巨噬細(xì)胞，所述巨噬細(xì)胞在前一天播種到10個(gè)96孔平板中。平板孵育2小時(shí)，洗滌并用1%多聚曱醛固定來殺死巨噬細(xì)胞并穩(wěn)定任何I類MHC-肽相互作用。然后再次洗滌細(xì)胞來除去多聚曱醛。未知特異性的C.frac/wwa^特異性CD8+T細(xì)胞然后添加到每個(gè)反應(yīng)孔中。如果T細(xì)胞識(shí)別的表位被呈遞在給定的反應(yīng)孔中，T細(xì)胞將變?yōu)榛罨?。通過使用IFNyELISA試劑盒策略18-20小時(shí)培養(yǎng)后每個(gè)反應(yīng)孔的上清液中存在的IFNy的數(shù)量，檢測T細(xì)胞活化(參見附圖12)。這也可以伴隨著測試活化的T細(xì)胞釋放的其他細(xì)胞因子例如IL-2。含有比所有其他反應(yīng)孔高得多濃度的IFNy的任何反應(yīng)孔暗示了庫中的相應(yīng)衣原體蛋白質(zhì)是可能的抗原。對(duì)于任何可能的抗原，重復(fù)該過程來確保命中不是假陽性的。如果在第二次篩選中抗原活化了T細(xì)胞，ORF被認(rèn)為是抗原，并且繼續(xù)進(jìn)行表位鑒定。表位鑒定一旦鑒定了多肽抗原，常常希望的是鑒定CTL細(xì)胞應(yīng)答的所述多肽內(nèi)的表位。這可以通過使用本領(lǐng)域已知的的克隆技術(shù)重復(fù)地分析多肽的每個(gè)部分來實(shí)現(xiàn)，或可以使用系統(tǒng)如Erase-a-Base試劑盒(Promega)來實(shí)現(xiàn)。如在此描述的針對(duì)CTL細(xì)胞來篩選截?cái)嗟亩嚯?，以確定多肽的哪些部分是產(chǎn)生免疫原性反應(yīng)所需的。在一個(gè)實(shí)施方式中，T細(xì)胞系所識(shí)別的特定肽表位通過使用來自Promega的Erase-a-Base試劑盒產(chǎn)生完整抗原序列的嵌套刪除來鑒定。含有抗原序列的質(zhì)粒克隆首先用Nhel和AatII消化。Nhel切割產(chǎn)生靠近ORF的3'末端的適當(dāng)?shù)?'突出，以容許Erase-a-Base試劑盒中的核酸酶沿抗原序列裂解3'-5',而AatII切割位點(diǎn)的3'突出防止核酸酶從另一個(gè)方向上消化并且除去藥物抗性盒的序列。一旦使用限制性內(nèi)切酶切割了質(zhì)粒，根據(jù)試劑盒所提供的方案，Erase-a-Base試劑盒^L用于在編碼抗原的序列中產(chǎn)生一系列3'截?cái)辔?。這些截?cái)辔锉贿B接并轉(zhuǎn)化到含有質(zhì)粒的5".co"中來表達(dá)cLLO。然后如上所述用CE6噬菌體誘導(dǎo)蛋白質(zhì)表達(dá)。當(dāng)表達(dá)時(shí)，截?cái)辔飳a(chǎn)生缺少它們C-末端肽序列的不斷增加的數(shù)量的蛋白質(zhì)。然后使用以上闡述的原始的T細(xì)胞系重新篩選不同的截?cái)辔锟寺　２辉倩罨疶細(xì)胞系的克隆喪失了T細(xì)胞系識(shí)別的表位的序列。確定了不再含有表位的最大的截?cái)辔锟寺∫约叭匀缓斜砦坏淖疃痰慕財(cái)辔锟寺〉男蛄?。表位?'邊緣的位置存在于最短的陽性克隆含有的以及最大的陰性克隆不含有的肽序列中。合成了這個(gè)序列的重疊的8-10mer肽。肽然后在巨噬細(xì)胞上脈沖，篩選它們活化T細(xì)胞系的能力。能夠活化T細(xì)胞系的肽^皮i^為是表位。CT788本發(fā)明特征還在于CT788(Ctal)多肽和其片段(例如，包括CT788蛋白質(zhì)的氨基酸133-152的免疫原性片段(SEQIDNO:2)和在表1中列出的那些(SEQIDNO:3-154)(例如，表1中列出的免疫原性片段))，包括CT788蛋白質(zhì)或其片段的藥物和疫苗組合物(例如，在此描述的那些)，以及通過施用CT788或其片段(例如，免疫原性片段)(例如，在此描述的片段)用于治療或預(yù)防細(xì)菌感染(例如，衣原體感染)的方法。C77SS#為Crac/wmatoW^定雖然病原體特異性TCRtgT細(xì)胞早先已經(jīng)在其他傳染性疾病模型中使用(Butzetal.,/扁廳'(y8:167-75,1998;Sanoetal.，￡"平她d194:173-80,2001;Romanetal.,J.￡平她d196:957-68,2002;Colesetal.,丄/畫訓(xùn)/.168:834-838,2002;McSorleyetal.，/畫廳.(y16:365-377,2002),以下描述的NR1小鼠是具有特異于感染生殖道的病原體的T細(xì)胞的第一種TCRtg小鼠。早先，不可能的是檢查對(duì)生殖器病原體例如CJmc/zomato的T細(xì)胞反應(yīng)，因?yàn)殡y以在體內(nèi)鑒定和跟蹤特異于生殖器抗原的幼稚T細(xì)胞。特別是，不能夠遺傳地修飾CJrac/zom"^來表達(dá)異源T細(xì)胞表位，以及缺乏明確定義的衣原體特異性CD4+T細(xì)胞抗原，使得難以研究對(duì)這種生殖器病原體的T細(xì)胞反應(yīng)。由于在衣原體感染期間識(shí)別的鼠CD4+T細(xì)胞抗原早先沒有被定義，原始的衣原體特異性T細(xì)胞反應(yīng)的分析限于檢查對(duì)未確定的抗原的多克隆T細(xì)胞反應(yīng)(Cainetal.，/"/e"./mmw"o/.63:1784-1789,1995)。在這些早先的實(shí)驗(yàn)中，研究人員不能夠區(qū)分真正的衣原體特異性T細(xì)胞反應(yīng)和旁觀者T細(xì)胞活化，旁觀者T細(xì)胞活化已經(jīng)顯示了在許多其他的傳染性疾病才莫型中促進(jìn)總體響應(yīng)(Yangetal.,丄/mwimo/.136:1186-1193,1986;Toughetah，/附mw"o/.Wev.150:129-142,1996)。如以下描述的，我們筌定了CD4+T細(xì)^^抗原Ctal(CT788)，其容許檢測CJrac/zomato感染期間刺激的抗原特異性T細(xì)胞反應(yīng)。由于N-末端信號(hào)序列，這種抗原預(yù)計(jì)是細(xì)胞周質(zhì)蛋白，但是它的功能是未知的(Stephensetal.，S"e匿282:754-759,1998)。Ctal在所有已經(jīng)測序的C^ac/2omato血清型中是保守的，包括引起生殖道感染、眼睛感染和LGV的那些血清型。Ctal在自然感染后刺激保護(hù)性T細(xì)胞，表明這個(gè)蛋白質(zhì)可能在針對(duì)C.frac/zomato的免疫中起到重要作用。在研究T細(xì)胞與抗原的起始遭遇中的另一個(gè)困難是在未免疫的動(dòng)物中病原體特異性T細(xì)胞的低的前體頻率。其他研究人員試圖通過將未知特異性的T細(xì)胞克隆轉(zhuǎn)移到衣原體感染的小鼠中來提高衣原體特異性T細(xì)胞的頻率(Hawkinsetal.,/"/e"./柳臓朋/.68:5587-5594,2000;Hawkinsetal.,/"/e"./m附w"o/.70:5132-5139,2002)。因?yàn)檗D(zhuǎn)移的T細(xì)胞是經(jīng)歷了抗原的，并已經(jīng)通過多輪的重新刺激來增殖，這些T細(xì)胞的反應(yīng)不能被用于才莫擬幼稚T細(xì)胞與CJrac/zomato的起始遭遇。為了克服早先的方法的局限性以及研究初始的衣原體特異性T細(xì)胞反應(yīng)，我們開發(fā)了NRl,—種特異于Ctal的TCRtg小鼠系。在此，NR1細(xì)胞向未免疫的小鼠中的繼承轉(zhuǎn)移被用于提高幼稚的、衣原體特異性T細(xì)胞的頻率，而仍然維持接受者動(dòng)物中的多克隆T細(xì)胞環(huán)境(Papeetal.,/mmw朋/.i^v.156:67-78,1997)。然后檢查衣原體特異性T細(xì)胞對(duì)感染的鼠生殖道的反應(yīng)。采用了感染模型，其中用人類C.frac/zomato血清型L2接種小鼠的子宮。這種傳染途徑早先已經(jīng)用于初免衣原體特異性T細(xì)胞，其隨后可以從脾臟培養(yǎng)(Starnbachetal.,/"/e"./國,/.63:3527-3530,1995),還展現(xiàn)了在小鼠中引起輸卵管炎(Tuffreyetal.,J.尸W/zo/.67:605-16，1986;Tuffreyetal.,J.尸W/zo/.(Oxford)71:403-10,1990)。其他研究使用了不同的衣原體物種C/z/^^Jzamwn^nm2作為感染的小鼠模型。已知C.mwn^n/m不感染人類，但是當(dāng)接種到雌性小鼠的陰道宮頂中時(shí)引起上行性感染。然而，我們不能使用這種模型，因?yàn)槲覀兊腃tal特異性T細(xì)胞不識(shí)別C.mwni/wwm感染的細(xì)胞(數(shù)據(jù)未顯示)，表明C.frac/zomato中的Ctal表位在C.mw7'&nw2中的Ctal同源物中可能不是保守的。利用CJrac/zo附ato的人類血清型的子宮內(nèi)感染，衣原體特異性T細(xì)胞在生殖道中展現(xiàn)了響應(yīng)于感染的Thl反應(yīng)。當(dāng)仍處于ILN中時(shí)這些細(xì)胞分泌IFNY,在遷移到感染的生殖道中之后繼續(xù)分泌。IFNy長期被暗示作為衣原體清除中的關(guān)鍵效應(yīng)物，但是也可能是與感染相關(guān)的組織病理的原因。在體外，IFNy增強(qiáng)吞噬細(xì)胞控制衣原體復(fù)制的能力(Rottenbergetal.,C群.(9—./mw,/.14:444-451,2002)。在體內(nèi)，對(duì)衣原體感染的敏感度在IFNYV-小鼠中增加，轉(zhuǎn)移到小鼠中的衣原體特異性t細(xì)胞如果分泌IFNy僅僅看起來是保護(hù)性的(Loomisetal.,Cwr.一".Mcra6M5:87-91,2002)。除了它在保護(hù)中的作用之夕卜，IFNy在體外誘導(dǎo)衣原體發(fā)展成持續(xù)狀態(tài)(Rottenbergetal.,Cwm(9戸力./mmwo/.14:444-451,2002;Hoganetal.,/w/ect/mmimo/.72:1843-1855,2004.),有證據(jù)的是，生物體在某些人類感染中存留(Villarealetal.,JW/znto."化4:5-9,2002)。衣原體的存留或重復(fù)感染可能促進(jìn)體內(nèi)的組織結(jié)宛(Beattyetal.,A^cra&o/.Aev.58:686-699，1994)。才艮據(jù)I，NY促進(jìn)組織病理的假說，相對(duì)于來自對(duì)照患者的淋巴細(xì)胞，來自患有與Chlamydia相關(guān)的輸卵管因素不育的患者的淋巴細(xì)胞響應(yīng)于衣原體分泌高水平的IFNy(Kin醒enetal.,C//w.￡"平/附mwwo/.131:299-303,2003)。在我們的^t型中，在ILN中NR1T細(xì)胞上CD69的增量調(diào)節(jié)不會(huì)發(fā)生，直到生殖器感染之后三天，增殖不會(huì)發(fā)生，直到感染后四天。在子宮內(nèi)衣原體接種和NR1細(xì)胞的活化之間的時(shí)期可以確定衣原體抗原移動(dòng)進(jìn)入導(dǎo)液淋巴結(jié)所需的時(shí)間量，在導(dǎo)液淋巴結(jié)中抗原可以活化幼稚T細(xì)胞。這個(gè)時(shí)間顯著地晚于全身感染之后在脾臟中誘導(dǎo)的增殖(數(shù)據(jù)未顯示)。生殖器組織中免疫系統(tǒng)的元件與腸組織中的那些相比是較少被表征的，但盡管如此這兩種粘膜表面之間的差異是明顯的。不同意腸腔，生殖器粘膜缺少有組織的淋巴元件(Parretal.，說o/.A^rat/.44:491-498,1991;Nandietal.,/mmw"o/.5:332-338,1993)。雖然腸腔具備可以直接采樣腔內(nèi)容物的Peyer's膜片，T淋巴細(xì)胞針對(duì)生殖器病原體的淋巴細(xì)胞的起始必須在生殖器粘膜外部發(fā)生，也許是在ILN中，ILN將抗原從生殖道中導(dǎo)出(Parretal.,J."e/rad/mmwwo/.17:101-14,1990;Cainetal.,/w/e"./mmwwo/.63:1784-9,1995;Hawkinsetal.，/w/e"./mww"o/.68:5587-94,2000;Nandietal.，Weg./wmw"o/.5:332-338，1993)。例如，對(duì)腸的病原體e"&nca特異性的T細(xì)胞已經(jīng);故證明在口腔感染后幾個(gè)小時(shí)在Peyer's膜片中活化，這些淋巴結(jié)中的T細(xì)胞直到感染后兩天廣泛地增殖(McSorleyetal.,/mmwmXy16:365-377,2002)。衣原體抗原從生殖器表面遷移到ILN所需的時(shí)間量可以解釋在感染后三天之前NR1活化的缺乏。生殖器和腸粘膜也在對(duì)征募淋巴細(xì)胞負(fù)責(zé)的細(xì)胞表面粘附分子方面不同。淋巴細(xì)胞上的a4P7整聯(lián)蛋白與腸內(nèi)皮上的MAdCAM-1粘附分子之間的相互作用介導(dǎo)T淋巴細(xì)胞向腸粘膜的征募，這樣的相互作用看起來在向生殖器粘膜的征募中不起到重要作用(Rottetal.,/mmwwo/.156:3727-2736,1996;Perryetal.,J./mmwwo/.160:2905-2914,1998)。早先展現(xiàn)的是，T細(xì)胞可以保護(hù)小鼠免于衣原體感染(Starnbachetal.,/mmwwo/.,153:5183-9,1994;Starnbachetal.，J",/wwwwo/.,171:4742-9,2003)。然而，早先不可能的是確定幼稚的衣原體特異性T細(xì)胞首先遭遇抗原的時(shí)間和地點(diǎn)，它們?cè)诨罨笕绾芜\(yùn)輸，以及它們?cè)鲋车臅r(shí)間和地點(diǎn)。分析這些早期事件方面的主要局限是幼稚衣原體特異性T細(xì)胞的低的前體頻率。然而，我們現(xiàn)在產(chǎn)生了第一種研究衣原體特異性幼稚T細(xì)胞的反應(yīng)的工具一一T細(xì)胞受體(TCR)轉(zhuǎn)基因小鼠。o>rr為了鑒定衣原體特異性TCR用于TCR轉(zhuǎn)基因小鼠的創(chuàng)造，我們產(chǎn)生了衣原體特異性CD4'T細(xì)胞克隆，稱為NR9.2。當(dāng)在細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞因子染色分析中與衣原體感染的巨噬細(xì)胞共培養(yǎng)時(shí)，這個(gè)克隆特異性地分泌IFNy(附圖13A)。此外，這個(gè)克隆的繼承轉(zhuǎn)移保護(hù)幼稚小鼠免于衣原體感染(附圖13B)。篩選了基因組數(shù)據(jù)庫中含有的C./rac/2oma似ORF表達(dá)的蛋白質(zhì)的庫。在我們篩選的894個(gè)ORF中，僅表達(dá)由CT788編碼的蛋白質(zhì)的五.co//(附圖14)刺激NR9.2分泌顯著性水平的IFNy(附圖15)。CT788在公開的CJrac/wmWs基因組中被注釋為未知功能的預(yù)測的周質(zhì)蛋白質(zhì)(Stephensetal.，282:754-759,1998),它的序列與衣原體屬之外的蛋白質(zhì)具有微小的同源性。CT788被稱為Ctal(衣原體特異性T細(xì)胞抗原1)。來自NR9.2克隆的表達(dá)TCR的小鼠我們?nèi)缓螽a(chǎn)生了來自NR9.2克隆的表達(dá)TCR的小鼠。來自所產(chǎn)生的TCR轉(zhuǎn)基因小鼠的外周血單核細(xì)胞表達(dá)與衍生它們的T細(xì)胞克隆一樣的相同的可變鏈元件(Va2、VP8.3)。我們將來自NR9.2的重排的基因組TCRoc和TCRP序列克隆到表達(dá)載體中，并將這些構(gòu)建體注射到C57BL/6受精的卵母細(xì)胞中。假孕的雌性接受者然后植入所述卵母細(xì)胞，使用對(duì)NR9.2TCR特異的引物篩選出自寄母的單獨(dú)的幼仔。鑒定出TCRtg創(chuàng)立者系，稱為NR1。為了確認(rèn)NR9.2TCR在NR1中的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞上表達(dá)，測試了來自這些動(dòng)物的外周血的細(xì)胞的Voc2和VP8.3TCR元件的表達(dá)。Voc2和VP8.3是原始的NR9.2T細(xì)胞克隆表達(dá)的可變鏈(數(shù)據(jù)未顯示)。顯著百分比的來自轉(zhuǎn)基因小鼠的外周血的CD4+T細(xì)胞的表達(dá)Voc2和VP8.3(附圖16A),表明來自NR9.2的TCRa和TCRP轉(zhuǎn)基因被有效地表達(dá)。轉(zhuǎn)基因細(xì)胞也是CD691。、CD251。、CD62Lhl、CD441。和CTLA41。，表明它們是幼稚的T細(xì)胞(數(shù)據(jù)未顯示)。為了確定NR1轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞是否對(duì)Ctal是特異性和反應(yīng)性的，我們測試了轉(zhuǎn)基因的脾臟細(xì)胞響應(yīng)于Ctal133_152(參見附圖14,SEQIDNO:2)的增殖。來自幼稚NR1小鼠的脾臟細(xì)胞顯示了對(duì)Ctal133-152的強(qiáng)的增殖反應(yīng)(附圖16B)。NRl脾臟細(xì)胞也響應(yīng)于這種肽分泌高水平的IFNY(數(shù)據(jù)未顯示)。相比之下，來自NRl的脾臟細(xì)胞不響應(yīng)于來自卵清蛋白的對(duì)照肽0￥八323-336增殖(數(shù)據(jù)未顯示)。為了確定NR1轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞是否在體內(nèi)響應(yīng)衣原體，來自NRl小鼠的脾臟和外周淋巴結(jié)的三千萬個(gè)細(xì)胞用熒光染料羰基熒光素雙醋酸34琥珀酰亞胺基酯(CFSE)來標(biāo)記并繼承性地轉(zhuǎn)移到C57BL/6接受者中。大約10%的NR1細(xì)胞是表達(dá)Ctal特異性TCR的CD4+T細(xì)胞(數(shù)據(jù)未顯示)，轉(zhuǎn)移的群體含有大約3x106個(gè)Ctal特異性T細(xì)胞。CFSE標(biāo)記的NR1轉(zhuǎn)基因細(xì)胞在轉(zhuǎn)移到未感染的接受者小鼠中之后保持了高水平的CFSE,表明轉(zhuǎn)基因細(xì)胞在沒有感染的情況下不分裂。在接受CFSE標(biāo)記的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞的其他C57BL/6動(dòng)物中，用107IFU的C.frac/20wato^爭脈內(nèi)地感染動(dòng)物。用于感染的C.frac/zow"^生物體是血清型L2，其與人類中性病性淋巴肉芽腫(LGV)相關(guān)，或是血清型D,其與典型的人類生殖道感染相關(guān)。在用C./rac/zoma^血清型感染三天之內(nèi)，轉(zhuǎn)基因細(xì)胞廣泛地增殖(附圖17)。我們還觀察到NR1細(xì)胞的增殖特異于CJrac/zomato感染。當(dāng)接受NR1細(xì)胞的動(dòng)物用5Wwo"e〃ae"&nca或Zj'Wen'awowocyfoge"es,爭月永內(nèi)；也感染時(shí)，砵爭基因的T細(xì)月包不被刺激增殖。由于其他的對(duì)照展現(xiàn)了具有其他特異性的TCRtgT細(xì)胞在接受者小鼠中不會(huì)響應(yīng)Cfrac/zomato感染，我們顯示了卵清蛋白特異性O(shè)TII轉(zhuǎn)基因T細(xì)胞響應(yīng)于具有佐劑的卵清蛋白增殖(數(shù)據(jù)未顯示)但是不響應(yīng)于C.frac/wma〃、感染(附圖17)。為了研究在粘膜感染的環(huán)境中CD4+T細(xì)胞對(duì)C./rac/zowa似的反應(yīng)，用CFSE標(biāo)記的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞繼承性地轉(zhuǎn)移的Thyl.l(CD90.1)接受者小鼠用CJrac/wma似L2在子宮角中感染。使用Thyl.l接受者小鼠，供體轉(zhuǎn)基因細(xì)胞容易地區(qū)分于接受者動(dòng)物中的內(nèi)源細(xì)胞。轉(zhuǎn)基因細(xì)胞的活化狀態(tài)通過檢查早期活化標(biāo)記物CD69以及來自嫁淋巴結(jié)(ILN)的T細(xì)胞上幼稚T細(xì)胞標(biāo)記物CD62L的細(xì)胞表面表達(dá)來評(píng)定，ILN將來自生殖道的抗原導(dǎo)出(Parretal.,J.i^/rad/mmw"o/.17:101-14,1990;Cainetal.，/"/e"./mmwwo/.63:1784-9，1995;Hawkinsetal,/"/e"./附mwwo/.68:5587-94,2000)。在感染后五天除去ILN，4金查淋巴結(jié)中的NR1T細(xì)胞的CD69增量調(diào)節(jié)和CFSE熒光的損失。未感染的小鼠中的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞主要時(shí)未活化的(CD691。)并且是幼稚表型的(CD62Lhl)。在感染之后，CD69在經(jīng)歷了幾輪細(xì)胞分裂的細(xì)胞上增量調(diào)節(jié)，在經(jīng)歷了進(jìn)一步輪數(shù)的分裂后的細(xì)胞上減量調(diào)節(jié)。CD62L在廣泛地分裂的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞的亞群上減量調(diào)節(jié)(附圖18A)。而T細(xì)胞增殖在非導(dǎo)液淋巴結(jié)中是弱的，在導(dǎo)液淋巴結(jié)中感染后四天觀察到廣泛的T細(xì)胞增殖(附圖18B)。在活化和增殖之后，轉(zhuǎn)基因細(xì)胞也被征募到感染的小鼠中的生殖器粘膜上(附圖18C)。如附圖18A所示，來自感染的動(dòng)物的顯著數(shù)量的NR1T細(xì)胞顯示了CFSE的漸進(jìn)性的稀釋，表明發(fā)生了廣泛的增殖。此外，新近分裂的(CFSEmed)NR1T細(xì)胞表達(dá)高水平的CD69,表明這些細(xì)胞新近也已經(jīng)被活化。一旦NR1細(xì)胞經(jīng)歷了廣泛的增殖(CFSE1。)，它們表達(dá)更低水平的CD69。這些結(jié)果與CD69作為早期T細(xì)胞活化標(biāo)記物一致，其僅在抗原遭遇之后短暫地增量調(diào)節(jié)(Ziegleretal.,汾emO仏12:456-65,1994;Cochranetal.,/wmwm(y12:241-50,2000)。來自模擬感染的接受者的ILN的細(xì)胞是CFSEW的，并且不增量調(diào)節(jié)CD69,表明它們沒有被活化。有趣地，在感染的接受者中存在著相似的CFSEh^D691。NR1細(xì)胞群體。這些可以是不遭遇抗原的細(xì)胞，或者它們可以是由于內(nèi)源的TCR重排不表達(dá)合適的Ctal特異性TCR的細(xì)胞(vonBoehmer,Wev./mmwwo/.8:531-556,1990;Balomenosetal.,丄/mmwwo/.i55:3308-3312,1995)。活化的T細(xì)胞的其他特征包括幼稚標(biāo)記物CD62L的減量調(diào)節(jié)和活化分子CD44的增量調(diào)節(jié)。為了確認(rèn)NR1細(xì)胞在衣原體生殖器感染之后被活化，分析了CD62L和CD44在來自接受者小鼠的ILN的轉(zhuǎn)移的CFSE標(biāo)記的NR1T細(xì)胞上的表達(dá)。感染后七天，廣泛地增殖的NR1T細(xì)胞的子集(CFSE1。)降低了CD62L的表達(dá)(附圖18A)。相反，在才莫擬感染的和感染的接受者中未分裂的(CFSE1。)NR1細(xì)胞主要是CD62Lhl。除了顯示CD621表型之外，效應(yīng)物T細(xì)胞一般表達(dá)高水平的活化標(biāo)記物CD44。來自感染的接受者的ILN的增殖的NR1T細(xì)胞完全地是CD44hi(附圖18A)。因而，NR1細(xì)胞在衣原體的生殖器感染之后的小鼠的ILN中-故活化并增殖。NR1細(xì)胞的廣泛的增殖在ILN中優(yōu)先地發(fā)生。為了確^人在ILN中NR1細(xì)胞的活化和增殖由生殖道向這些淋巴結(jié)的抗原導(dǎo)引所引起，在ILN中NR1細(xì)胞的反應(yīng)與不導(dǎo)引生殖道的淋巴結(jié)(非導(dǎo)引淋巴結(jié)，NDLN)中的反應(yīng)比4交。長時(shí)間監(jiān)一見T細(xì)胞活化和增殖來確保在觀察倒感染的過程時(shí)在NDLN中出現(xiàn)了任何活性。3x107個(gè)CFSE標(biāo)記的NR1細(xì)胞轉(zhuǎn)移到CD90.1小鼠中。小鼠然后在子宮中用106IFU的CJrac/wmato血清型L2感染。然后在感染后不同的時(shí)間收獲淋巴結(jié)。在ILN中，在感染后三天開始在NR1細(xì)胞上見到CD69的增量調(diào)節(jié)。感染后四天，觀察到CD62L的減量調(diào)節(jié)和CD44的增量調(diào)節(jié)?；罨瘶?biāo)記物的獲得在來自ILN的NR1細(xì)胞中優(yōu)先地發(fā)生，在來自NDLN的NR1細(xì)胞中不發(fā)生(數(shù)據(jù)未顯示)。因而，NR1細(xì)胞在衣原體的生殖器感染之后的ILN中被特異性地活化。通過在感染后各個(gè)時(shí)間監(jiān)視轉(zhuǎn)移的NR1細(xì)胞的增殖，我們確認(rèn)了NR1細(xì)胞在ILN中優(yōu)先地遭遇抗原。在ILN中感染后兩天和三天NR1細(xì)胞主要時(shí)CFSE^的，表明這些細(xì)胞在這些早期時(shí)間點(diǎn)沒有增殖(附圖19),但是ILN中的NR1細(xì)胞在感染后四天內(nèi)廣泛地增殖。雖然NR1細(xì)胞在感染的四天也在NDLN中增殖，數(shù)量顯著地低于在ILN中見到的。相對(duì)于在ILN中，在NDLN中的增殖NR1細(xì)胞含有更低水平的CFSE,并且不表達(dá)顯著性水平的CD69(數(shù)據(jù)未顯示)，表明這些細(xì)胞在活化之后從其他位點(diǎn)遷移到NDLN。NR1T細(xì)胞在NDLN中的顯著擴(kuò)展甚至在感染后一周也不發(fā)生(數(shù)據(jù)未顯示)，再一次表明NR「細(xì)胞的增殖優(yōu)先地在ILN中發(fā)生。ILN中的NR1細(xì)胞發(fā)展了分泌IFNY的能力。為了檢查抗原活化的NR1細(xì)胞成為效應(yīng)物T細(xì)胞的分化，我們確定了增殖的NR1細(xì)胞響應(yīng)于C.^rac/zowato感染分泌效應(yīng)物細(xì)胞因子。3xl07CFSE標(biāo)記的NR1細(xì)胞轉(zhuǎn)移到CD90.1同基因小鼠中，然后這些小鼠在子宮中用106IFU的CJrac/zoma^血清型L2感染。六天后除去ILN,通過流式細(xì)胞計(jì)分析NR1t細(xì)胞的細(xì)胞因子的產(chǎn)生。增殖的NR1細(xì)胞(cfse1。)分泌ifny,而非增殖的細(xì)胞(CFSEhi)不分泌IFNy(附圖20)。NR1細(xì)胞不分泌IL-4(數(shù)據(jù)未顯示)。因而，在衣原體的生殖器感染之后，NR1細(xì)胞優(yōu)先地分化成Thl表型的效應(yīng)物T細(xì)胞。經(jīng)歷了抗原的NR1細(xì)胞移動(dòng)到生殖道。在活化之后，效應(yīng)物T細(xì)胞一般被征募到感染的位點(diǎn)，在此它們促進(jìn)病原體的消除(Swainetal.,Adv.Exp.Med.Biol.512:113-120,2002;Gallichanetal.,J.Exp.Med.184:1879-1890,1996)。為了確定衣原體特異性NRl細(xì)胞是否遷移到小鼠中生殖器感染的位點(diǎn)，3x1C^CFSE標(biāo)記的NRl細(xì)胞轉(zhuǎn)移到CD90.1同基因小鼠中。這些接受者在子宮中用106IFIH々Cfrac/wma&血清型L2感染。然后分離生殖道組織，測定轉(zhuǎn)移的衣原體特異性T細(xì)胞的存在。與才莫擬感染的動(dòng)物中相比，在CJrac/zom"to感染的動(dòng)物的生殖器粘膜中觀察到顯著更多的NR1細(xì)胞(附圖18C)。征募到生殖道中的轉(zhuǎn)基因細(xì)胞具有經(jīng)歷了抗原的細(xì)胞的表型(CFSE1。CD62L1。CD44hi)并且分泌IFNY(附圖21A和21B)。概括地說，分泌IFNY的活化的NR1TCRtgT細(xì)胞響應(yīng)于C.rrac/zomato感染被征募到生殖器粘膜中。Ctal的抗原性片段為了更精密地繪制NR9.2T細(xì)胞所識(shí)別的Ctal內(nèi)的表位，篩選了覆蓋Ctal序列的一系列重疊20-mer肽刺激NR9.2分泌IFNY的能力(表2)。20-mer肽Ctal133國152(KGIDPQELWVWKKGMPNWEK;SEQIDNO:2)誘導(dǎo)NR9.2分泌顯著性水平的IFNy(附圖22),確認(rèn)了這些C.frac/zomato特異性T細(xì)胞對(duì)這20個(gè)氨基酸內(nèi)的表位的特異性。表2:抗原/t細(xì)胞系、肽和策略的IFNy(ng)(seqIDNO:2和156-171)表2:抗原/T細(xì)胞系,肽和策略的IFNy(ng)(SEQIDNO:2和156-171)<table>tableseeoriginaldocumentpage38</column></row><table>通過篩選這個(gè)20-mer的刪除肽，可以鑒定NR9.2的活化所需的最小序列。表位序列可以包括Ctal133-152的3、4、5、6、7、8、9、10、11、13、14、15、16、17、18和19個(gè)氨基酸片段，可以包括Ctal133.152片段的N-末端或C-末端刪除，或N-和C-末端刪除的組合(參見，例如，表1)。進(jìn)一步的，也可以類似地鑒定在Ctal的其他區(qū)域的抗原性肽或使用其他T細(xì)胞克隆。本發(fā)明的組合物和方法可以包括或采用在此描述的表位片段的組合。Ctal片段的抗原性可以使用本領(lǐng)域已知的方法和在此描述的方法來測定。如下地進(jìn)行如上所述的實(shí)一險(xiǎn)。小鼠.C57BL/6J(H-2b)、B6.PL-thyla0Cy(CD90.1同基因的)和OTII小鼠獲自JacksonLaboratory。組織培養(yǎng).骨髓衍生的樹突狀細(xì)胞(BMDC)和骨髓衍生的巨喧細(xì)胞(BMM)如早先描述的培養(yǎng)(Steeleetal.，/./m應(yīng)即/.173:6327-6337，2004;Shawetal.,/"/e"./扁畫/74:1001-1008,2006)。細(xì)菌的生長、分離和檢測。Cfrac/wwa^血清型L2434/Bu和CJrac/zoma^血清型D(UW-3/Cs)的基本體(EB)如早先描述的增殖和定量(Stambachetal.,/畫畫/.171:4742-4749,2003)。^/w,〃ae"fenca血清型Typhimurium(ATCC14028)在Luria畫Bertani(LB)培養(yǎng)基中在37。C生長。單核細(xì)胞增多性李斯特桿菌10403s生長在3(TC的腦心浸液(BHI)培養(yǎng)基(Difco/BectonDickinson,Sparks,MD)中。NR9.2T細(xì)胞克隆的產(chǎn)生.來自小鼠的脾細(xì)胞在用C.frac/zomato血清型L2感染后21天分離，與照射的(2,000rads)BMDC、UV失活的C.frac/zowato血清型L2和幼稚的同基因脾細(xì)胞在RP-10(添加10%FCS、L-谷氨酰胺、HEPES,50juM2-PME、50U/ml的青霉素和50|ug/ml鏈霉素的RPMI1640)中與oc-甲基甘露糖苷和來自伴刀豆凝集素A刺激的大鼠脾臟細(xì)胞的5%上清液培養(yǎng)。使用DynabeadsMouseCD8(Invitrogen)從培養(yǎng)物中耗盡CD8+T細(xì)胞。用CUrac/wwato脈沖的BMCD每七天重復(fù)刺激CD4+T細(xì)胞。一旦建立了C.frac/zomato特異性CD4+T細(xì)胞，通過限制稀釋分離T細(xì)胞克隆NR9.2。T細(xì)胞抗原Ctal的鑒定.來自Crac/2omato血清型D的基因組序列的表達(dá)庫被插入到pDEST17載體(Invitrogen)的修改的形式中，并轉(zhuǎn)化到Eco"的Stbl2菌抹(Invitrogen)中。在蛋白質(zhì)表達(dá)的誘導(dǎo)之后，細(xì)菌固定在0.5%多聚曱醛中并與BMM孵育。然后添加NR9.2細(xì)胞，在24h之后，通過ELISA(Endogen,Rockford，IL)測試上清液的IFNy水平。為了見到Ctal內(nèi)的反應(yīng)性肽表位，在IFNyELISA(Endogen)中以25juM的濃度使用合成的20-mer肽(MITBiopolymersLab，Cambridge,Mass.)。流式細(xì)胞計(jì)和抗體.特異于CD4、CD90.2、Va2、VP8.3、CD69、CD25、CD44、CD62L、CTLA-4、IFNy和IL畫4的抗體購自BDBiosciences(SanDiego,Calif.)。數(shù)據(jù)在BDBiosciencesFACSCaliburTM流式細(xì)胞計(jì)(SanJose,Calif.)上收集，用CellQuestTM軟件分析。通過在存在GolgiPlugTM試劑(BDBiosciences)的情況下與衣原體感染的BMM(MOI5:1)孵育NR9.2T細(xì)胞來進(jìn)行細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞因子染色。通過在存在PMA(50ng/ml,MPBiomedicals,Solon,Ohio)、離子霉素(1|ug/ml，Sigma,St.Louis,Mo.)和GolgiPlugiM試劑(BDBiosciences)的情況下刺激細(xì)胞4小時(shí)，進(jìn)行NR1轉(zhuǎn)基因細(xì)胞的細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞因子染色。細(xì)胞用Cytofix/CytopermPlus試劑盒(BDBiosciences)滲透。PE結(jié)合的大鼠IgGl(BDBiosciences)^皮用在同種型對(duì)照抗體。NR1TCRtg小鼠產(chǎn)生.來自NR9.2的重排的TCR使用了Voc2Joc16和VP8.3DJP1.2受體鏈?；蚪MTCR序列被克隆并插入TCR載體pTa和pTP的建議的限制性位點(diǎn)(Kouskoffetal.,丄/畫畫/淑Ws180:273-80,1995)。原核的DNA序列在注射到受精的C57BL/6J的生殖核中之前從兩個(gè)載體中除去。TCR轉(zhuǎn)基因創(chuàng)立者通過PCR來鑒定。通過用特異于Vcc2和V(38.3的抗體染色來自小鼠的眼窩血液的樣品，隨后通過流式細(xì)胞計(jì)來進(jìn)行常規(guī)篩選以鑒定轉(zhuǎn)基因小鼠。NR1細(xì)胞的繼承轉(zhuǎn)移、小鼠的感染和來自小鼠的組織的制備.脾臟和外周淋巴結(jié)分離自NR1TCRtg小鼠并用染料CFSE(5juM，MolecularProbes,Eugene,Ore.)標(biāo)記。用3xl()7個(gè)NRl細(xì)胞i.v.注射接受者小鼠。在細(xì)胞的轉(zhuǎn)移之后一天感染小鼠。在標(biāo)明的地方，小鼠用107IFU的C/rac/2cwa"s,3x103CFU的丄.mowocj^ogew^、或5x103CFU的&ew&nca靜脈內(nèi)地感染。為了感染生殖道，在感染之前一周用2.5mg的安宮黃體酮皮下地處理小鼠以將小鼠同步到發(fā)情狀態(tài)(Perryetal.，/w/e"./mmwwo/.67:3686-3689,1999;Ramseyetal.,/"/e"./mmwwo/.67:3019-3025，1999)。通過用106IFU的C.frac/zomato血清型L2接種子宮角來進(jìn)行子宮內(nèi)的感染。在感染后各個(gè)時(shí)間，制備脾臟、ILN或取自腋下和頸部淋巴結(jié)的NDLN的單細(xì)胞懸浮液，染色，如上所述通過流式細(xì)胞計(jì)分析。為了從生殖器粘膜分離淋巴細(xì)胞，從小鼠中取下生殖道(輸卵管、子宮和宮頸)，用膠原酶(XI型，Sigma)消化一小時(shí)，之后染色和流式細(xì)月包計(jì)。細(xì)胞內(nèi)細(xì)胞因子染色.骨髓衍生的巨噬細(xì)月包用5:1MOI的CJrac/wmW^L2感染16-18小時(shí)。以效應(yīng)物比目標(biāo)比例5:1添力口T細(xì)胞，在存在布雷菲德菌素A(Pharmingen)的情況下孵育另外6小時(shí)。為了IFNy的存在，對(duì)細(xì)胞進(jìn)行滲透和染色。然后在FACScan流式細(xì)胞計(jì)上使用標(biāo)準(zhǔn)的流動(dòng)細(xì)胞技術(shù)來分析細(xì)胞。保護(hù)分析.在T細(xì)胞重新刺激后10天，107個(gè)T細(xì)胞用PBS洗滌兩次，繼承性地轉(zhuǎn)移到C57BL/6接受者小鼠中。然后小鼠用1(^IFU的CJrac/zoma^L2i.v.感染。三天后脾臟在McCoy細(xì)胞單層上滴定。作為對(duì)照，幼稚小鼠和衣原體免疫小鼠也用C.frac/wmatoL2感染，三天后滴定脾臟。子宮內(nèi)的感染.CUrac/wm"似的子宮內(nèi)感染通過用106IFU的CJrac/wma似L2的子宮角外科接種來進(jìn)行。收獲導(dǎo)液(骼的)和非導(dǎo)液(腋下的、子宮頸的、顎的)淋巴結(jié)，在FACScan流式細(xì)胞計(jì)上使用標(biāo)準(zhǔn)的流動(dòng)細(xì)胞計(jì)技術(shù)分析單細(xì)胞懸浮液。CT788多肽表達(dá)編碼多核苷酸分"^或其片段"的全部或部分轉(zhuǎn)化來產(chǎn)生。'分子生物學(xué)領(lǐng)域的技術(shù)人員將理解各種各樣的表達(dá)系統(tǒng)的任何一種可以用于提供多肽CT788或其片段。所使用的確切宿主細(xì)胞對(duì)于本發(fā)明不是關(guān)鍵的。CT788多肽或其片段可以在原核宿主(例如，￡.co/0中或在真核宿主(例如，釀酒酵母、昆蟲細(xì)胞，例如Sf21細(xì)胞，或哺乳動(dòng)物細(xì)胞，例如NIH3T3、HeLa或優(yōu)選的COS細(xì)胞)中產(chǎn)生。這樣的細(xì)胞可以從廣泛的來源獲得(例如，美國典型培養(yǎng)物保藏所，Rockland,Md.;還參見，例如，上文的Ausubeletal.)。轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)染的方法和表達(dá)媒介物的選擇將取決于選擇的宿主系統(tǒng)。例如，在Ausubeletal.(上文)中描述了轉(zhuǎn)化和轉(zhuǎn)染方法；表達(dá)i某介物可以從例如CloningVectors:ALaboratoryManual(Po而els,P.H.etal.，1985,Supp.1987)中所提供的那些中選擇。一旦表達(dá)了重組CT788多肽或其片段，例如使用親和層析來分離它。在一個(gè)實(shí)例中，針對(duì)CT788多肽或其片段產(chǎn)生的抗體可以附著于柱上，并用于分離重組多肽。在親和層析之前攜帶多肽的細(xì)胞的裂解和分級(jí)可以通過標(biāo)準(zhǔn)方法來進(jìn)行(參見，例如，Ausubeletal.,上文)。一旦被分離，如果希望，重組CT788多肽或其片段可以被進(jìn)一步純化，例如，通過高效液相層析法(參見，例如Fisher,LaboratoryTechniquesInBiochemistryAndMolecularBiology,eds.，WorkandBurdon,Elsevier，1980)。CT788的短的片段也可以通過化學(xué)合成產(chǎn)生(例如，通過SolidPhasePeptideSynthesis,2nded.,1984ThePierceChemicalCo.,Rockford,111.中所描述的方法)。還包括在本發(fā)明中的時(shí)融合到異源序列的CT788蛋白或其片段，所述異源序列例如可檢測標(biāo)記物(例如，可以直接或間接地檢測的蛋白質(zhì)，例如綠色熒光蛋白，血球凝集素或堿性磷酸酶)、DNA結(jié)合結(jié)構(gòu)域(例如，GAL4或LexA)、基因活化結(jié)構(gòu)域(例如，GAL4或VP16)、純化標(biāo)簽，或分泌信號(hào)肽。這些融合蛋白可以通過任何標(biāo)準(zhǔn)方法來產(chǎn)生。融合蛋白還可以包括與免疫原性蛋白的融合物，例如Ig蛋白質(zhì)，例如，IgG、IgM、IgA或IgE或Ig蛋白的Fc區(qū)域。對(duì)于表達(dá)CT788融合蛋白的穩(wěn)定的細(xì)胞系的產(chǎn)生，PCR擴(kuò)增的CT788核酸可以克隆到哺乳動(dòng)物表達(dá)載體的衍生物的限制性位點(diǎn)中。例如，pcDNA23(Invitrogen,Carlsbad,CA)的衍生物KA含有編碼流感病毒血球凝集素(HA)的DNA片段。做為選擇，可以使用編碼其他標(biāo)簽例如c-myc或聚組氨酸標(biāo)簽的載體衍生物?？梢匀诤系紺T788的其他序列包括提供免疫刺激功能的那些，例如白細(xì)胞介素-2(Fanetal.,爿cto說oc/nm.Bzo//z，.57".38:683-690，2006)、Toll樣受體隱5鞭毛蛋白(Huleattetal,，Kaccz"e8:763-775，2007)、猿免疫缺陷病毒Tat(Chenetal.，F(xiàn)固"e24:708-715，2006)、或C組鏈球菌的纖維蛋白原-白蛋白-lgG受體(Schulzeetal.,Kacczwe23:1408-1413，2005)。此外，可以添加異源序列以增加溶解度或提高半衰期，例如，親水性氨基酸殘基(Murbyetal.，五w.J.Aoc/zew.230:38-44,1995)、糖基化序列(SinclairandElliott,丄尸/ww7.5V/.94:1626-1635,2005)、或人絨毛膜促性腺激素或促血小板生成素的羧基末端(Leeetal.,腸c/z綴說—,LCo畫.339:380-385,2006)。疫苗產(chǎn)生本發(fā)明還提供了包括CT788多肽、CT788的片段(例如，免疫原性片段)、在本發(fā)明的方法中鑒定的任何多肽、或其片段(例如，免疫原性片段)的疫苗組合物。疫苗可以進(jìn)一步包括其他的抗原性肽片段(例如，2、3、4、5、6、10個(gè)或更多不同的片段)。本發(fā)明進(jìn)一步包括在個(gè)體、特別是人類中誘導(dǎo)免疫學(xué)反應(yīng)的方法，所述方法包括用CT788多肽或其片段(例如，免疫原性片段)接種個(gè)體，在適合的載體中，目的是誘導(dǎo)免疫反應(yīng)以保護(hù)個(gè)體免于感染，特別是細(xì)菌性感染，最特別的是衣原體感染。這種免疫學(xué)組合物的施用可以在已經(jīng)經(jīng)歷感染的個(gè)體中治療性地使用，或可以預(yù)防性地使用來預(yù)防感染。含有免疫原性多肽的疫苗的制備是本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的。CT788多肽、CT788多肽的片段、本發(fā)明的方法中鑒定的多肽、或其片段可以充當(dāng)疫苗接種的抗原，或者編碼多肽的表達(dá)載體或其片段或變體可以被體內(nèi)遞送，以誘導(dǎo)免疫學(xué)反應(yīng)，包括抗體的產(chǎn)生，特別是T細(xì)胞免疫反應(yīng)。CT788多肽、在本發(fā)明的方法中鑒定的多肽、或其片段或變體可以融合到重組蛋白質(zhì)，所述重組蛋白質(zhì)穩(wěn)定所述多肽、幫助它的溶解、促進(jìn)它的產(chǎn)生或純化、或通過提供免疫系統(tǒng)的其他刺激來作為佐劑。在(Satoetal.，273:352,1996)中描述了包含本發(fā)明的多肽或核苷酸和免疫刺激性DNA序列的組合物和方法。一般地，疫苗以可注射的形式制備，作為液體溶液或作為懸浮液。適合于注射的固體形式也可以被制備作為乳劑，或與密封在脂質(zhì)體中的多肽一起制備。疫苗抗原通常與藥學(xué)上可接受的載體組合，其包括任何載體，所述載體不誘導(dǎo)對(duì)接受所述載體的個(gè)體有害的抗體的產(chǎn)生。適合的載體一般包含緩慢代謝的大的大分子，例如蛋白質(zhì)、多糖、聚乳酸、聚羥基乙酸、聚合的氨基酸、氨基酸共聚物、脂質(zhì)聚合物、和無或許的病毒顆粒。這種栽體是本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的。這些載體也可以作為佐劑起作用。佐劑是增強(qiáng)疫苗有效性的免疫刺激試劑。有效的佐劑包括但不限于，鋁鹽，例如氫氧化鋁和磷酸鋁、胞壁酰肽(例如，胞壁酰二肽)、細(xì)菌細(xì)胞壁成分、皂角苷佐劑、和作為免疫刺激試劑來增強(qiáng)組合物的有效性的其他物質(zhì)。其他佐劑包括脂質(zhì)體制劑、合成佐劑，例如皂角苷(例如，QS21)、單磷?；|(zhì)A和聚膦嗪。本發(fā)明的免疫原性組合物，例如CT788多肽、CT788片段、在本發(fā)明的方法中鑒定的多肽、或其片段、藥學(xué)上可接受的載體、和佐劑一般還含有稀釋劑，例如水、鹽水、甘油、乙醇。還可以存在輔助物質(zhì)，例如濕潤劑或乳化劑、pH緩沖物質(zhì)，等等。蛋白質(zhì)可以被配制為中性或鹽形式的疫苗。疫苗一般通過注射胃腸外地施用；這種注射可以是皮下的、皮內(nèi)的、肌肉內(nèi)的、靜脈內(nèi)的或腹膜內(nèi)的。其他制劑適合于其他施用形式，例如通過栓劑或口服地?？诜M合物可以作為溶液、懸浮液、片劑、丸劑、膠嚢、或持續(xù)釋放制劑來施用。疫苗還可以通過眼睛、鼻內(nèi)的、胃、肺部的、腸、直腸、陰道、或泌尿道途徑來施用。施用可以以單劑量或間隔重復(fù)地施用。適合的劑量取決于本領(lǐng)域技術(shù)人員理解的43各種的參數(shù)，例如，疫苗本身的性質(zhì)、施用途徑、以及要接種的哺乳動(dòng)物的狀況(例如，體質(zhì)、年齡、哺乳動(dòng)物的一般健康狀態(tài))。此外，疫苗也可以被施用給個(gè)體來產(chǎn)生多克隆抗體(使用標(biāo)準(zhǔn)方法從血清純化的或分離的)，其可以用于被動(dòng)免疫個(gè)體。這些多克隆抗體也可以充當(dāng)免疫化學(xué)試劑?？乖噪?例如，CT788肽，如包括CT788133-152或其任何片段的在此描述的那些)也可以作為融合肽來施用。例如，多肽或多肽衍生物可以融合到具有佐劑活性的多肽，例如，霍亂毒素的B亞單位，或五.co//熱不穩(wěn)定毒素。幾種可能性可以用于實(shí)現(xiàn)融合。首先，北方面的多肽可以被融合到具有佐劑活性的多肽的N-或C-末端。第二，多肽片段可以融合在具有佐劑活性的多肽的氨基酸序列之內(nèi)。藥物組合物除了疫苗之外，本發(fā)明還提高了藥物組合物，其包括使用本發(fā)明的方法答定的多肽或其片段，或包括CT788多肽或其片段(例如，免疫原性片段或在此描述的任何片段)的組合物。這種組合物可以摻入藥物組合物中，分散在藥學(xué)上可接受的載體、媒介物或稀釋劑中。在一個(gè)實(shí)施方式中，所述藥物組合物包括藥學(xué)上可接受的賦形劑。本發(fā)明的化合物可以根據(jù)當(dāng)前的描述通過任何合適的方法施用，例如，取決于它們的預(yù)定用途、如本領(lǐng)域中公知的。例如，如果本發(fā)明的化合物將口服地施用，它們可以被配制為片劑、膠嚢、微粒、粉劑或糖漿。做為選擇，本發(fā)明的制劑可以作為注射(靜脈內(nèi)的、肌肉內(nèi)的或皮下的)、滴注制品或栓劑胃腸外地施用。對(duì)于通過眼粘膜途徑的應(yīng)用，本發(fā)明的化合物可以被配制為滴眼劑或眼膏。這些制劑可以通過常規(guī)方法制備，如果希望，化合物可以與任何常規(guī)的添加劑，例如賦形劑、粘合劑、崩解劑、潤滑劑、矯正劑、增溶劑、懸浮助劑、乳化劑或包被劑混合。受試者化合物可以適合于口服、鼻部、表面(包括口腔的和舌下的)、直腸、陰道、氣霧劑和/或腸胃外的施用。制劑可以方便地以單位劑量形式存在，可以通過藥學(xué)領(lǐng)域任何公知的方法來制備。與載體材料組合產(chǎn)生單劑量的試劑的數(shù)量可以取決于治療的受試者和施用的特定模式而變化。適合于腸胃外施用的本發(fā)明的藥物組合物包括補(bǔ)充劑的一種或多種成分，和一種或多種藥學(xué)上可接受的無菌等滲水性或非水性溶液、分散體、懸浮液或乳劑，或可以在即將使用之前恢復(fù)成無菌可注射溶液的無菌粉末，其可以含有抗氧化劑、緩沖劑、抑菌劑、使得制劑與期望的接受者的血液等滲的溶質(zhì)，或懸浮或增稠劑。治療病原性疾病或贅生物的方法在此描述的多肽、疫苗和藥物組合物可以用于疾病包括病原性感染的多種治療和用于贅生性失調(diào)的治療。本領(lǐng)域技術(shù)人員將了解，在此描述的任何組合物的劑量將取決于癥狀、患者的年齡和體重、要治療或預(yù)防的失調(diào)的性質(zhì)和嚴(yán)重度、施用途徑、以及補(bǔ)充劑的形式而變化。任何目標(biāo)制劑可以以任何適合的劑量施用，例如，在單劑量中或在分開的劑量中。單獨(dú)地或與本發(fā)明的任何其他化合物一起，或與被認(rèn)為對(duì)要治療的特定失調(diào)、疾病或狀況有用的任何化合物組合，本發(fā)明的化合物的劑量可以通過本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的技術(shù)容易地確定。并且，本發(fā)明提供了超過一種目標(biāo)化合物以及其他治療試劑的混合物。本發(fā)明的幾種化合物、或作為選擇其他治療試劑的組合使用，可以降低任何單一組分所需的劑量，因?yàn)椴煌煞值陌l(fā)作和效果的持續(xù)時(shí)間可能是互補(bǔ)的。在這種組合治療中，不同的活性試劑可以一同地或單獨(dú)地、同時(shí)地或在一天內(nèi)的不同時(shí)間遞送。治療性抗體和T細(xì)胞耗盡做為選擇，對(duì)衣原體而不是感染本身的免疫反應(yīng)可能對(duì)伴隨感染的癥狀，包括無菌性和骨盆炎癥性疾病負(fù)責(zé)。在這種情況下，可能希望的是通過感染的個(gè)體內(nèi)的CD4+或CD8+T細(xì)胞的子集限制免疫反應(yīng)。在本發(fā)明的方法中鑒定的針對(duì)T細(xì)胞克隆的抗體(例如，特異于靶向CT788的CD4+細(xì)胞的抗體)因而在治療或預(yù)防與衣原體感染相關(guān)的有害影響中是有用的。例如，在Weinbergetal.，NatMed.2(2):183-189,1996中描述了T細(xì)胞的特定群體的選擇性耗盡的方法。在本說明書中提及的所有專利、專利申請(qǐng)和公開物在此通過引用來合并，其程度與特定的或單獨(dú)的指示通過引用來合并每個(gè)單獨(dú)的專利、專利申請(qǐng)或公開物相同。權(quán)利要求1.一種可復(fù)制的庫，包含處在規(guī)定位置的至少20個(gè)不連續(xù)的成員，其中(a)所述庫的所述成員各自包含細(xì)胞或病毒，所述細(xì)胞或病毒包含編碼多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因組編碼，所述第一多核苷酸可操作地連接到啟動(dòng)子，和(b)所述庫包含編碼所述多肽的至少50％的部分的多核苷酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。2.—種確定庫是否含有或編碼免疫原性多肽的方法，所述方法包括(a)用第二細(xì)胞分別地接觸權(quán)利要求1的庫的每個(gè)成員，所述第二細(xì)胞能夠(i)內(nèi)吞每個(gè)成員中的所述細(xì)胞或所述病毒和(ii)通過I類MHC途徑在它的表面展示肽，其中所述庫的每個(gè)成員包含由所述多核苷酸編碼的所述多肽；(b)用來自早先被所述病原生物感染的哺乳動(dòng)物的CTL細(xì)胞分別地接觸步驟(a)的每個(gè)成員；和(c)檢測所述CTL細(xì)胞是否被活化，其中所述CTL細(xì)胞的活化表明所述多肽是免疫原性的，從而確定所述庫是否含有或編碼免疫原性多肽。3.權(quán)利要求2的方法，其中所述庫的所述每個(gè)成員進(jìn)一步包含編碼孔洞形成蛋白的多核苦酸。4.權(quán)利要求3的方法，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。5.權(quán)利要求2的方法，其中所述第二細(xì)胞是巨噬細(xì)胞。6.權(quán)利要求2的方法，其中所述庫的所述每個(gè)成員在所述接觸步驟(a)之前被殺死。7.權(quán)利要求2的方法，其中在所述接觸步驟(b)之前，所述第二細(xì)月包一皮殺死。8.權(quán)利要求2的方法，進(jìn)一步包括步驟(d)從所述庫的復(fù)制物拷貝中回收編碼步驟(c)中鑒定的所述多肽的多核苷酸。9.權(quán)利要求2的方法，其中，在接觸步驟(a)之前，產(chǎn)生所述庫的復(fù)制物。10.權(quán)利要求2的方法，進(jìn)一步包括步驟(d)鑒定步驟(c)中被確定為免疫原性的所述多肽之內(nèi)足夠CTL活化的表位。11.權(quán)利要求2的方法，其中所述庫的所述成員包含來自所述病原生物的蛋白質(zhì)組的至少75%的多肽。12.權(quán)利要求11的方法，其中所述庫的所述成員包含來自所述病原生物的蛋白質(zhì)組的至少90%的多肽。13.權(quán)利要求12的方法，其中所述庫的所述成員包含來自所述病原生物的蛋白質(zhì)組的至少95%的多肽。14.權(quán)利要求11的方法，其中所述庫的每個(gè)成員包含少于10個(gè)不同的編碼來自所述病原生物的多肽的多核苦酸。15.—種疫苗，包含權(quán)利要求10的方法筌定的至少一個(gè)表位和藥學(xué)上可接受的載體。16.—種表位混合物，包含使用權(quán)利要求10的方法鑒定的至少5個(gè)表位。17.—種組合物，包含權(quán)利要求2的方法鑒定的至少5種多肽。18.—種疫苗，包含權(quán)利要求2的方法鑒定的至少一種免疫原性多肽和藥學(xué)上可接受的載體。19.權(quán)利要求2的方法，其中所述接觸步驟(b)使用多種CTL細(xì)胞來進(jìn)行。20.權(quán)利要求2的方法，進(jìn)一步包括使用所述庫進(jìn)行所述方法步驟(b)和(c)至少再一次。21.權(quán)利要求20的方法，其中每次進(jìn)行所述方法，在步驟(b)中接觸不同的CTL細(xì)胞。22.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述病毒是噬菌體。23.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)胞是細(xì)菌。24.權(quán)利要求23的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)菌是五.co"。25.權(quán)利要求23的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)菌進(jìn)一步包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸編碼在所述細(xì)菌中不天然地表達(dá)的多肽。26.權(quán)利要求25的可復(fù)制的庫，其中所述第二多核苷酸編碼孔洞形成蛋白。27.權(quán)利要求26的可復(fù)制的庫，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。28.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述第一多核苷酸進(jìn)一步編碼第二多肽。29.權(quán)利要求28的可復(fù)制的庫，其中所述第二多肽是孔洞形成蛋白。30.權(quán)利要求29的可復(fù)制的庫，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。31.權(quán)利要求1的可復(fù)制的庫，其中每個(gè)所述第一多核苷酸進(jìn)一步包含第一標(biāo)簽序列，所述多核苷酸編碼融合蛋白，所述融合蛋白包含所述第一標(biāo)簽和所述多肽的所述至少的部分。32.權(quán)利要求31的可復(fù)制的庫，其中所述多核苷酸進(jìn)一步包含第二標(biāo)簽序列。33.權(quán)利要求1的可復(fù)制的庫，其中所述多肽的所述部分與所述病原生物的基因組編碼的多肽的相應(yīng)部分具有至少95%的序列同一性。34.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述多肽的所述部分與所述病原生物的基因組編碼的多肽的相應(yīng)部分具有至少99%的序列同一性。35.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述庫的每個(gè)成員包含由所述病原生物的基因組編碼的單個(gè)多核苷酸。36.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述病原生物是細(xì)菌。37.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述病原生物是病毒。38.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述啟動(dòng)子是可誘導(dǎo)啟動(dòng)子。39.權(quán)利要求l的可復(fù)制的庫，其中所述集合包含編碼多肽或其片段的至少75%的多核苷酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。40.權(quán)利要求1的可復(fù)制的庫，其中所述集合包含編碼多肽或其片段的至少90%的多核普酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。41.權(quán)利要求1的可復(fù)制的庫，其中所述集合包含編碼多肽或其片段的至少95%的多核普酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。42.—種可復(fù)制的庫，包含處在規(guī)定位置的至少10個(gè)不連續(xù)的成員，其中(a)所述庫的所述成員各自包含細(xì)胞或病毒，所述細(xì)胞或病毒包含編碼多肽的至少一部分的第一多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因組編碼，所述第一多核苷酸可操作地連接到啟動(dòng)子，(b)所述成員各自包含少于24種不同的多核苷酸，每一種編碼病原生物的基因組編碼的多肽的至少一部分，和(c)所述庫包含編碼多肽的至少部分的至少10%的多核苷酸，所述多肽由所述病原生物的基因組編碼。43.權(quán)利要求42的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)胞是細(xì)菌。44.權(quán)利要求43的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)菌是Eco仏45.權(quán)利要求42的可復(fù)制的庫，其中所述病毒是噬菌體。46.權(quán)利要求42的可復(fù)制的庫，其中所述成員各自包含編碼多肽的至少一部分的一個(gè)多核苷酸，所述多肽由病原生物的基因組編碼。47.—種可復(fù)制的庫，包含至少20個(gè)不連續(xù)的成員，其中(a)所述成員各自包含第一細(xì)胞或病毒，所述第一細(xì)胞或病毒包含編碼多肽或其片段的多肽，與相應(yīng)的正常細(xì)胞相比，所述多肽在贅生性細(xì)胞內(nèi)是差異表達(dá)的，所述多核普酸可操作地連接到啟動(dòng)子，和(b)所述庫包含編碼多肽或其片段的至少30%的多核苷酸，與所述相應(yīng)的正常細(xì)胞相比，所述多肽在所述贅生性細(xì)胞內(nèi)差異表達(dá)。48.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中所述贅生性細(xì)胞是癌細(xì)胞。49.權(quán)利要求48的可復(fù)制的庫，其中所述癌細(xì)胞是乳腺癌細(xì)胞。50.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中所述第一細(xì)胞是細(xì)菌。51.權(quán)利要求50的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)菌是Eco/z。52.權(quán)利要求50的可復(fù)制的庫，其中所述細(xì)菌進(jìn)一步包含第二多核苷酸，所述第二多核苷酸編碼在所述細(xì)菌中不天然地表達(dá)的多肽。53.權(quán)利要求52的可復(fù)制的庫，其中所述第二多核苦酸編碼孔洞形成蛋白。54.權(quán)利要求53的可復(fù)制的庫，其中所述孔洞形成蛋白是LLO。55.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中所述第一多核普酸進(jìn)一步編碼第二多肽。56.權(quán)利要求55的可復(fù)制的庫，其中所述第二多肽是LLO。57.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中每個(gè)所述多核苦酸進(jìn)一步包含第一標(biāo)簽序列，所述多核苷酸編碼融合蛋白，所述融合蛋白包含所述第一標(biāo)簽和所述多肽的所述至少的部分。58.權(quán)利要求57的可復(fù)制的庫，其中所述多核苦酸進(jìn)一步包含第二標(biāo)簽序列。59.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中所述多肽的所述部分與在所述贅生性細(xì)胞中差異表達(dá)的多肽的相應(yīng)部分具有至少95%的序列同一性。60.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中所述多肽的所述部分與在所述贅生性細(xì)胞中差異表達(dá)的多肽的相應(yīng)部分具有至少99%的序列同一性。61.權(quán)利要求47的可復(fù)制的庫，其中所述庫的每個(gè)成員包含所述贅生性細(xì)胞中差異表達(dá)的單個(gè)多核苦酸。62.—種純化的多肽，包含CT788多肽。63.權(quán)利要求62的多肽，具有CT788多肽的序列。64.權(quán)利要求62的多肽，其中所述多肽是融合蛋白。65.—種包含多肽的組合物，所述多肽包含權(quán)利要求62的多肽。66.—種純化的多肽，包含CT788多肽的片段，其中所述片段是免疫原性的。67.權(quán)利要求66的多肽，其中所述片段具有氨基酸序列KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)。68.權(quán)利要求67的多肽，具有氨基酸序列KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)。69.權(quán)利要求66的多肽，其中所述多肽是融合蛋白。70.權(quán)利要求66的多肽，其中所述片段具有選自由表1中所列序列構(gòu)成的組的氨基酸序列。71.—種組合物，包含具有CT788多肽的片段的多肽。72.權(quán)利要求71的組合物，其中所述片段具有氨基酸序列KGIDPQELWVWKKGMPNWEK(SEQIDNO:2)。73.權(quán)利要求71的組合物，其中所述片段具有選自由表1中所列序列構(gòu)成的組的氨基酸序列。74.—種包含多肽和藥學(xué)上可接受的載體的藥物組合物，其中所述多肽包含CT788多肽或包含所述CT788多肽的免疫原性片段。75.—種包含多肽和藥學(xué)上可接受的載體的疫苗，所述多肽包含含CT788多肽的多肽、或包含所述CT788多肽的免疫原性片段。76.—種治療或預(yù)防細(xì)菌性感染的方法，所述方法包括向個(gè)體施用多肽，所述多肽包含CT788多肽或包含所述CT788多肽的片段。77.權(quán)利要求76的方法，其中所述多肽以足夠預(yù)防或治療所述細(xì)菌性感染的數(shù)量施用。78.權(quán)利要求76的方法，其中所述多肽被純化。79.權(quán)利要求76的方法，其中所述多肽能夠在所述個(gè)體中產(chǎn)生免疫反應(yīng)。80.權(quán)利要求76的方法，其中所述細(xì)菌性感染是衣原體感染。全文摘要提供了具有處在規(guī)定位置的不連續(xù)成員的可復(fù)制的庫，用于篩選病原生物的抗原。還提供的是使用這種庫的方法以及特異性抗原CT788，其在衣原體感染期間誘導(dǎo)T細(xì)胞活化。文檔編號(hào)C40B30/04GK101437989SQ200780014310公開日2009年5月20日申請(qǐng)日期2007年2月21日優(yōu)先權(quán)日2006年2月21日發(fā)明者D·E·希金斯,M·N·斯塔恩巴赫,N·R·羅恩,T·吉拉恩申請(qǐng)人:哈佛大學(xué)校長及研究員協(xié)會(huì)