專利名稱：診斷方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及檢測個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性的診斷方法。
背景技術(shù)：
他汀類藥物是通過抑制3-羥基-3-甲基戊二酰輔酶A(HMG-CoA)還原酶從而 減少肝臟產(chǎn)生的膽固醇來降低LDL(低密度脂蛋白)膽固醇而廣泛使用的藥物類別。大 規(guī)模隨機(jī)化證據(jù)表明他汀類藥物治療可通過每lmmol/L的LDL-膽固醇降低將心臟病發(fā) 作、中風(fēng)和再血管化的發(fā)生率降低約五分之一^使用他汀類藥物所實現(xiàn)的益處似乎主要 與個體發(fā)生這些事件的絕對風(fēng)險有關(guān)，以及與LDL膽固醇降低的絕對量有關(guān)。用更強(qiáng)的 他汀類藥物治療獲得的更多益處導(dǎo)致了使用更高劑量的他汀類藥物的趨勢。在少數(shù)情況下，他汀類藥物可導(dǎo)致伴隨肌酸激酶的血液水平升高的肌肉疼痛或 無力(即肌病)，在極少數(shù)病例中，這可導(dǎo)致肌肉溶解和肌紅蛋白釋放到循環(huán)中(即橫紋 肌溶解)并有腎衰竭和死亡的危險2。他汀類藥物導(dǎo)致肌病的機(jī)制尚未知曉，但是它們似 乎與血液中的他汀類藥物的濃度有關(guān)。肌病的發(fā)生率在使用標(biāo)準(zhǔn)劑量的他汀類藥物(例 如每天20-40mg辛伐他汀)的患者中只有每年約1/10000，3但在使用更高劑量的他汀類 藥物(例如每天80mg辛伐他汀)的患者中這種危險增加(可能約10倍)4。同時使用某些 可相互作用而使血漿他汀類藥物水平上升的藥物也增加肌病的發(fā)生率。例如，同時給予 吉非貝齊已被發(fā)現(xiàn)使幾種他汀類藥物的他汀藥物消除曲線下的面積(AUC)增加2-4倍并 使發(fā)生肌病的風(fēng)險增加很多倍。5’ 6同時使用環(huán)孢霉素和伊曲康唑以及其他抑制CYP3A4 酶的藥物已被證明可使血漿他汀類藥物的暴露增加數(shù)倍，并已將它們與肌病聯(lián)系起來。 7' 8這些清楚的關(guān)聯(lián)已經(jīng)導(dǎo)致在他汀類藥物的標(biāo)簽上警告不得同時使用特定他汀類藥物劑 量和某些其他藥物(尤其是吉非貝齊、環(huán)孢霉素和伊曲康唑)2。這些相互作用被認(rèn)為在他汀類藥物與同時給予的藥物共用相同的代謝途徑時發(fā) 生。吉非貝齊與他汀類藥物的相互作用已被假定是經(jīng)由UGT葡糖苷酸酶基因或經(jīng)由幾 種CYP基因介導(dǎo)的。5’ 7幾種他汀類藥物(包括洛伐他汀、辛伐他汀和阿伐他汀)主要 經(jīng)由CYP3A4酶代謝，并且已經(jīng)得出了如下結(jié)論這些他汀類藥物發(fā)生的大多數(shù)臨床上 重要的藥物-藥物相互作用都可歸因于同時使用了作為CYP3A4的強(qiáng)效抑制劑或底物的 試劑。7普伐他汀不經(jīng)由CYP基因代謝，但其血漿水平可受到參與其轉(zhuǎn)運(yùn)消除的基因影 響。盡管羅蘇伐他汀代謝似乎不依賴CYP系統(tǒng)，然而已知其若干種臨床上重要的藥物相 互作用。例如，當(dāng)羅蘇伐他汀與環(huán)孢霉素結(jié)合時，羅蘇伐他汀的AUC增加7-11倍，并 且已經(jīng)表明環(huán)孢霉素對有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)多肽C的抑制可降低羅蘇伐他汀的肝攝取。9已經(jīng)研究了 20多種基因?qū)λ☆愃幬锏乃幋鷦恿W(xué)的影響。4’ 1(1對于這些基 因中的 5 種(SLC01B1，CYP3A5, CYP2C9, ABCG2，ABCC2)，至少一個小型研究 已報道了它們與血漿他汀類藥物水平的關(guān)聯(lián)。SLC01B1基因編碼有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白 0ATP1B1,已知該蛋白影響多種藥物的肝攝取和膽汁排泄。體外研究表明大多數(shù)他汀類 藥物和他汀酸是SLC01B1轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白的底物，11盡管已經(jīng)表明該蛋白對被認(rèn)為主要通過被動注入吸收的親脂性他汀類藥物(例如辛伐他汀和洛伐他汀)的肝攝取的貢獻(xiàn)較小。12本 發(fā)明人進(jìn)行的文獻(xiàn)檢索發(fā)現(xiàn)，已經(jīng)發(fā)表了 14篇關(guān)于SLC01B1基因?qū)λ☆愃幬?大部分 涉及普伐他汀或羅蘇伐他汀)藥代動力學(xué)的影響的獨(dú)立報告。雖然并非全部研究都得到 了統(tǒng)計上顯著的結(jié)果，并且之前還未對這些研究進(jìn)行過聯(lián)合分析，但是對他汀類藥物藥 代動力學(xué)的典型影響與由吉非貝齊或強(qiáng)效CYP3A4抑制劑的同時使用所產(chǎn)生的若干倍增 加相比要小得多。因此，尚不清楚他汀類藥物血漿水平的這種不同是否與他汀類藥物相 關(guān)肌病的風(fēng)險具有很大的相關(guān)性。之前一些小型研究已經(jīng)考慮了多種候選基因與可能的他汀類藥物相關(guān)的肌肉副 作用的直接相關(guān)性，所述候選基因例如參與某些他汀類藥物代謝的CYP3A4，13涉及泛醌 (輔酶Qltl)缺乏的基因，14和編碼有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)多肽(OATP)的基因。11已有報道， 肌病、肌痛或他汀類藥物不耐性與6種基因各具有“名義” ρ值<0.05 (即在考慮到大量 考慮過的候選基因和SNP之前)的關(guān)聯(lián)。然而鑒于這些小型研究的小規(guī)模和多重比較， 它們沒有為任何與他汀類藥物相關(guān)肌病的遺傳關(guān)聯(lián)提供良好的在先證據(jù)。此外，在這些 研究中，肌病發(fā)病率上的明顯區(qū)別可能被他汀類藥物劑量以及共同使用的其他藥物上的 差異打亂。3具體而言，一個10名肌病患者和26名對照的研究15報道了服用普伐他汀或 阿伐他汀的患者中的肌病和SLC01BI*15單倍型(rs4149056C等位基因和rs2306283G等 位基因)之間具有名義ρ值<0.01的關(guān)聯(lián)。這一小型研究包括對與不同基因中的152個 SNP(以及一些單倍型對照)和與三種不同的他汀類藥物(以及這些他汀類藥物的不同組 合)的關(guān)聯(lián)的探索。在解釋所述名義ρ值時需要考慮這種大量多重比較的影響因為并 非所有檢驗都是獨(dú)立的，獨(dú)立檢驗的有效數(shù)量在300到1000之間。因此，Bonferroni法 的應(yīng)用會使每個名義ρ值乘以至少300，導(dǎo)致0.01的名義ρ值完全無顯著性。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的一個方面提供了一種確定個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性的方 法，包括檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性，其中 一種或多種多態(tài)性的存在表明該個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性發(fā)生了改變。本發(fā)明的另一方面提供了一種降低個體在用他汀類藥物治療過程中發(fā)生肌病風(fēng) 險的方法，包括i)檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性； )參照在步驟i)中所檢測的是否存在所述一種或多種多態(tài)性，根據(jù)個體對他汀 類藥物引起的肌病的易感性將個體分類；和iii)參照在步驟ii)中所確定的個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性，確定他 汀類藥物治療的合適劑量。優(yōu)選地，所述一種或多種多態(tài)性選自SNP rs4149056和/或與rs4149056緊密 連鎖的多態(tài)性，包括但不限于 SNP rs4363657、rsl871395、rsl2317268、rs2900478、 rs4149100、 rs4149081、 rsll045879、 rs7969341、 rsll045885、 rsl2369881 禾P rsl2366582。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法還可包括測定SLC01B1基因中是否存在一種 或多種其他多態(tài)性，所述多態(tài)性包括但不限于rs2306283、rsll045819和rs34671512。
優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括測定個體的SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的 基因型是純合還是雜合的。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法包括測定是否存在與他汀類藥物引起的肌病 的危險增加相關(guān)聯(lián)的一種或多種多態(tài)性的“高?！钡任换?。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法包括測定是否存在與他汀類藥物引起的肌病 的危險降低相關(guān)聯(lián)的一種或多種多態(tài)性的“低?！钡任换?。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括測定個體在rs4149056處的胞嘧啶(C)或胸腺嘧啶 (T)的基因型是純合還是雜合的。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或者另外地包括測定個體在下述位 置的基因型是純合的還是雜合的rsl871395、rsl2317268、rs7969341、rsl 1045885或 rsl2366582處的鳥嘌呤(G)或腺嘌呤(A)；在rs4149081或rsl2369881處的A或G ；在 獷84363657或^11045879處的(或1;在rs2900478處的A或T ；或者在rs4149100處的
序列堿基缺失或A。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法還可包括測定個體在rs2306283處的G或A、 在rsl 1045819處的A或C或者在rs34671512中的C或A的基因型是純合還是雜合的。優(yōu)選地，所述檢測步驟包括擴(kuò)增至少編碼SLC01B1基因的核酸序列中包含所述 一種或多種多態(tài)性的部分，以及識別由所述擴(kuò)增的DNA所編碼的所述多態(tài)性中至少一個 等位基因中存在的核苷酸。優(yōu)選地，所述檢測步驟包括擴(kuò)增包含SNP rs4149056的SLC01B1基因的外顯子
6，更優(yōu)選地擴(kuò)增包含SLC01B1基因第521位上的核苷酸的核酸序列，并識別該位置上存 在的核苷酸。在其他實施方案中，所述檢測步驟可替代地或另外地包括擴(kuò)增至少SLC01B1基 因中包含SNPrsl871395或rsl2317268的內(nèi)含子8部分；至少SLC01B1基因中包含SNP rs4363657、rs2900478或rs4149100的內(nèi)含子11部分；或者至少SLC01B1基因中包含 SNPrs4149081、rsll045879、rs7969341、rsll045885、rsl2369881 或 rsl2366582 的內(nèi)含 子14部分；以及識別由所述擴(kuò)增的DNA所編碼的所述一種或多種多態(tài)性的至少一個等 位基因中存在的核苷酸。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法還可包括擴(kuò)增至少SLC01B1基因中包含SNP ^2306283或^11045819的外顯子5部分；或者至少SLC01B1基因中包含SNP rs34671512 的外顯子15部分；以及識別由所述擴(kuò)增的DNA所編碼的所述一種或多種多態(tài)性的至少 一個等位基因中存在的核苷酸。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括使用適于擴(kuò)增和/或識別在所述一種或多種多態(tài)性 的至少一個等位基因中存在的核苷酸的合適引物進(jìn)行聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)的應(yīng)用。在某些實施方案中，所述擴(kuò)增和識別可使用一種或多種等位基因特異性擴(kuò)增引 物在同一個步驟中進(jìn)行。在本發(fā)明方法的其他實施方案中，可使用一種或多種等位基因特異性探針來識 別由測試核酸或所述擴(kuò)增的DNA編碼的所述一種或多種多態(tài)性的至少一個等位基因中存 在的核苷酸。本發(fā)明的另一方面提供了一種為需要用他汀類藥物進(jìn)行治療的個體確定合適劑量的方法，包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的個體基因型 是雜合還是純合的；和 )參照個體的基因型確定他汀類藥物治療的合適劑量，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn) 劑量適于具有高?；蛐偷膫€體，而更高劑量適于具有低?；蛐偷膫€體。本發(fā)明的另一方面提供了一種對需要用他汀類藥物治療的個體進(jìn)行治療的方 法，包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的個體基因型 是雜合還是純合的； )根據(jù)在步驟i)中測定的在所述一種或多種多態(tài)性處的個體基因型將個體分 類；和iii)給予合適劑量的他汀類藥物，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有雜合或純 合高危基因型的個體，而更高劑量適于具有純合低?；蛐偷膫€體。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括為具體的個體確定合適的他汀類藥物和該他汀類藥 物的合適劑量(即他汀類藥物治療方案)。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括測定個體在SNP rs4149056處的基因型，其中高?；蛐捅欢x為CC或TC基因型，而低?；蛐捅欢x 為TT基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rsl871395、rsl2317268、rs7969341、rsll045885 或 rsl2366582 處的基因型，其中高危基 因型被定義為GG或GA基因型，而低危基因型被定義為AA基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs4149081或rsl2369881處的基因型，其中高?；蛐捅欢x為AA或AG基因型，而低 ?；蛐捅欢x為GG基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs4363657或rsll045879處的基因型，其中高?；蛐捅欢x為CC或CT基因型，而低 ?；蛐捅欢x為TT基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs2900478處的基因型，其中高危基因型被定義為AA或AT基因型，而低危基因型被定義 為TT基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs4149100處的基因型，其中高危基因型被定義純合缺失基因型或雜合缺失基因型，而低 危基因型被定義為AA基因型。本發(fā)明的另一方面提供了一種對需要用他汀類藥物治療的個體進(jìn)行治療的方 法，包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因在SNP rs4149056處的胞嘧啶(C)或
胸腺嘧啶(T)的個體基因型是雜合還是純合的； )根據(jù)在步驟i)中測定的個體在rs4149056處的個體基因型將個體分類；和iii)給予合適劑量的他汀類藥物，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有CC或TC 基因型的個體而更高劑量適于具有TT基因型的個體。
本發(fā)明的可進(jìn)一步包括為肌病危險增加的個體確定合適的他汀類藥物治療方案 (即藥物和劑量)，或者將一個劑量的他汀類藥物給予肌病危險增加的個體，其中所述他 汀類藥物將與一種或多種其他降LDL治療結(jié)合使用。其他方面為需要用他汀類藥物進(jìn)行治療的個體提供了治療或確定合適的治療方 案(即藥物和劑量)的類似方法，包括檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是 否存在一種或多種多態(tài)性這一步驟，其中所述一種或多種多態(tài)性可為與SNP rs4149056 和/或與SNP rs4363657緊密連鎖的SNP，包括但不限于rsl871395、rsl2317268、 rs2900478、 rs4149100、 rs4149081、 rsll045879、 rs7969341、 rsll045885、 rsl2369881 或 rsl2366582。在一個實施方案中，所述他汀類藥物選自洛伐他汀、辛伐他汀、普伐他汀、氟 伐他汀、阿伐他汀、匹伐他汀和羅蘇伐他汀。在優(yōu)選實施方案中，所述他汀類藥物為辛伐他汀，其中標(biāo)準(zhǔn)劑量為每天20或 40mg，更高劑量為每天80mg。在優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明的方法可用于為需要用他汀類藥物進(jìn)行治療的個體 確定合適的劑量或他汀類藥物治療方案，其中所述個體例如通過同時使用減慢他汀類藥 物清除的藥物例如胺碘酮、環(huán)孢霉素或吉非貝齊、或者通過由于遺傳變異或疾病造成的 他汀類藥物的肝攝取或腎清除下降而具有增加的發(fā)生肌病的危險。在另一方面，本發(fā)明提供一種用于篩查個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性 的體外診斷試劑盒，包含一種或多種用于檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是 否存在一種或多種多態(tài)性的試劑。優(yōu)選地，所述一種或多種試劑包括一種或多種等位基因特異性擴(kuò)增引物或等位 基因特異性探針。優(yōu)選地，所述一種或多種試劑包括能夠測定個體的上述一種或多種多態(tài)性的基 因型是雜合還是純合的等位基因特異性擴(kuò)增引物或等位基因特異性探針。優(yōu)選地，該試劑盒包含對SLC01B1基因中一種或多種多態(tài)性的等位基因的擴(kuò)增 和/或檢測的說明。優(yōu)選地，所述試劑盒包含參照個體的所述一種或多種多態(tài)性的基因型是雜合還 是純合而限定他汀類藥物治療的合適劑量的說明，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有 雜合或純合的高?；蛐偷膫€體，而更高劑量適于具有純合的低?；蛐偷膫€體。


圖1示出了在每天分配80mg辛伐他汀的85名高加索人肌病病例和90名高加索 人對照的初始全基因組關(guān)聯(lián)研究中分別測量的每個SNP的概率值。分析包括在Sentrix HumanHap300-Duo BeadChip (Illumina)上的 318,237 個 SNP 中的 316,184 個(99.4% )。水
平線上方的結(jié)果的各SNP ρ值< 5xl0_7 (即有利地證明了關(guān)聯(lián))。箭頭標(biāo)示ρ值為4xl0_9 的SNP rs4363657 (在對所測量的SNP的數(shù)量校正后具有高度顯著性P = 0.001)。圖2示出了在全基因組關(guān)聯(lián)研究中每個測量的SNP相對于給定級別的期望值的 卡方分布值(分位數(shù)_分位數(shù)圖)。實線和點(diǎn)線分別示出了在任何基因座上都無關(guān)聯(lián)的 零假設(shè)下的期望分布和95%置信區(qū)間(Cl)。箭頭標(biāo)示了位于在染色體12上的SLC01B1基因的內(nèi)含子11內(nèi)的SNPrs4363657。圖3示出了在不同類別的參與者中與SLC01B1基因的rs4149056SNP關(guān)聯(lián)的肌病 的比值比(odds ratio)。黑方塊表示每個子部分的比值比(面積與每個子部分中統(tǒng)計信息 的量成比例)，水平線表示95% CI(當(dāng)CI超出標(biāo)度時以箭頭終結(jié))。未畫陰影的菱形表 示總的比值比及其95% Cl。圖4示出了每天分配80mg辛伐他汀的參與者中由SLC01Blrs4149056基因型引 起的累積肌病風(fēng)險估計值。定義本文所用的術(shù)語“標(biāo)記物”是指染色體上具有可識別的物理位置的DNA區(qū)段。 標(biāo)記物可為基因或其他可識別的核酸序列，例如開放閱讀框、內(nèi)含子的一部分或基因間 的基因組DNA區(qū)段。優(yōu)選地，所述標(biāo)記物為多態(tài)性位點(diǎn)，優(yōu)選單核苷酸多態(tài)性?！岸鄳B(tài)性位點(diǎn)”是指核酸序列中具有多態(tài)性的位置。一個多態(tài)性位點(diǎn)可小至一 個堿基對。術(shù)語“多態(tài)性”是指遺傳變異，或者一個群體中在單個基因座上出現(xiàn)兩種或多 種遺傳決定的可選序列。多態(tài)性位點(diǎn)的序列的每種形式都被稱為所述多態(tài)性位點(diǎn)的“等 位基因”。優(yōu)選的多態(tài)性具有兩個等位基因，其中次要等位基因在選定群體中出現(xiàn)的頻 率大于1%，更優(yōu)選地大于5%或10%。在選定群體中最常出現(xiàn)的等位基因形式有時稱 為“野生型”形式。在選定群體中較少出現(xiàn)的等位基因形式有時稱為“突變型”形式。 二倍體生物體的等位基因形式可為純合或雜合的。雙等位基因多態(tài)性有兩種形式。三等 位基因多態(tài)性有三種形式。多態(tài)性的實例包括限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)、數(shù)目可變 的串聯(lián)重復(fù)序列(VNTR)、單核苷酸多態(tài)性(SNP)、二核苷酸重復(fù)序列、三核苷酸重復(fù) 序列、四核苷酸重復(fù)序列、簡單序列重復(fù)序列和插入元件例如Alu。術(shù)語“SNP”或“單核苷酸多態(tài)性”是在由單個核苷酸占據(jù)的多態(tài)性位點(diǎn)上出 現(xiàn)的多態(tài)性。SNP位點(diǎn)的前后通常是高度保守的序列(例如，在不到群體1/100或1/1000 的成員中有所變化的序列)。本文所用的“SNPs”是“SNP”的復(fù)數(shù)。最常見的SNP 是雙等位基因。最常見的SNP等位基因稱為“主要”或“野生型”等位基因，所述SNP 的另一種等位基因稱為“次要”或“突變型”等位基因。SNP通常由于在多態(tài)性位點(diǎn)上 一個核苷酸為另一個核苷酸所置換而產(chǎn)生。轉(zhuǎn)換是指一個嘌呤為另一個嘌呤所替換，或 者一個嘧啶為另一個嘧啶所替換。顛換是指一個嘌呤為一個嘧啶所替換，或一個嘧啶為 一個嘌呤所替換。SNP也可因相對于參照等位基因的核苷酸缺失或核苷酸插入而產(chǎn)生。SNP在世代之間中往往是進(jìn)化穩(wěn)定的，因此可用于研究整個群體中的特定遺傳 異常。如果SNP出現(xiàn)在蛋白編碼區(qū)，其可導(dǎo)致變異——有時是缺陷——形式的蛋白的表 達(dá)，所述形式的蛋白可導(dǎo)致遺傳疾病的發(fā)生。因此這樣的SNP可作為所述遺傳疾病的有 效指標(biāo)。某些SNP可出現(xiàn)在非編碼區(qū)，然而，仍可導(dǎo)致有差異或有缺陷的剪接，或者改 變蛋白表達(dá)水平。因此SNP可用作診斷工具以識別具有某些疾病素因的個體，對患有疾 病的個體就病癥的遺傳原因進(jìn)行基因分型，以及促進(jìn)基于所揭示的有關(guān)靶蛋白在發(fā)病過 程中的作用的內(nèi)容的藥物開發(fā)?！癝NP位置”或“SNP基因座”是出現(xiàn)SNP的多態(tài)性位點(diǎn)。本文所用的術(shù)語“連鎖”是指在兩個或更多個多態(tài)性位點(diǎn)處的等位基因的非隨機(jī)性關(guān)聯(lián)。術(shù)語“緊密連鎖”是指相關(guān)系數(shù)平方值r2> 0.8的連鎖不平衡的量度。本文所用的術(shù)語“核酸”是指任何長度的單鏈或雙鏈的脫氧核糖核苷酸或核 糖核苷酸多聚物，并包括如下非限制性的實例基因的編碼和非編碼序列、正義和反義 序列、外顯子、內(nèi)含子、基因組DNA、cDNA、前mRNA、mRNA、rRNA、siRNA、 miRNA、tRNA、核酶、重組多核苷酸、分離和純化的天然DNA或RNA序列、合成RNA 和DNA序列、核酸探針、引物以及它們的片段。多核苷酸這一指代可作相似的理解。本文提供的多核苷酸的“片段”這一術(shù)語是指能夠與目的靶標(biāo)進(jìn)行特異性雜交 的連續(xù)核苷酸子序列，例如長度至少為10個核苷酸的序列。所述片段可包含一個多核苷 酸的10個、優(yōu)選15個核苷酸、優(yōu)選地至少20個核苷酸、更優(yōu)選地至少30個核苷酸、更 優(yōu)選地至少40個核苷酸、更優(yōu)選地至少50個核苷酸、最優(yōu)選地至少60個核苷酸的連續(xù) 核苷酸。多核苷酸序列的片段可用作引物、探針，可存在于微陣列中，或者可用于基于 多核苷酸的識別方法。術(shù)語“寡核苷酸”是一般為5-100個連續(xù)堿基，并經(jīng)常為5-10、5-20、10-20、 10-50、15-50、15-100、20-50或20-100個連續(xù)堿基的核酸。長于約20個連續(xù)堿基的寡
核苷酸可稱為多核苷酸。多態(tài)性位點(diǎn)(多態(tài)性)可出現(xiàn)在寡核苷酸內(nèi)的任何位置。術(shù)語“引物”是指能夠與模板雜交并用于引發(fā)與靶標(biāo)互補(bǔ)的多核苷酸的聚合反 應(yīng)、通常具有游離3' OH基團(tuán)的多核苷酸。術(shù)語“探針”是指用于在基于雜交反應(yīng)的測定中檢測與所述探針互補(bǔ)的核苷酸 序列的多核苷酸。所述探針可由如本文所定義的多核苷酸“片段”組成。術(shù)語“在嚴(yán)格條件下雜交”及其語法上的同義語是指，在規(guī)定的溫度和鹽濃度 條件下，多核苷酸分子與靶標(biāo)多核苷酸分子(例如固定在DNA或RNA印跡物例如DNA 印跡物或RNA印跡物上的靶標(biāo)多核苷酸分子)雜交的能力。在嚴(yán)格雜交條件下雜交的能 力可通過先在較不嚴(yán)格條件下雜交然后將嚴(yán)格度增加至所需的嚴(yán)格度而確定。對于長度超過約100個堿基的多核苷酸分子，典型的嚴(yán)格雜交條件為低于天 然雙鏈體的解鏈溫度(Tm)不超過25-30°C (例如10°C )(通常參見Sambrook et al， Eds, 1987, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Ed.Cold Spring Harbor Press ； Ausubel et al，1987, Current Protocols in Molecular Biology, Greene Publishing)。 大于 約100個堿基的多核苷酸分子的Tm可通過公式Tm = 81.5+0.41% (G+C-log(Na+))來 計算(Sambrook et.al，Eds, 1987, Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 2nd Ed.Cold Spring Harbor Press ； Bolton and McCarthy, 1962，PNAS 84 1390)。長度大于約 100 個 堿基的多核苷酸的典型嚴(yán)格雜交條件為例如如下雜交條件在6XSSC、0.2% SDS的溶 液中預(yù)洗；在65°C下，在6XSSC、0.2% SDS中雜交過夜；然后在65°C下，在1XSSC、 0.1% SDS中洗滌2次，每次30分鐘，并在65°C下，在0.2X SSC、0.1% SDS中洗滌2 次，每次30分鐘。在一個實施方案中，嚴(yán)格條件為在42°C下使用50%甲酰胺、5xSSC、5OmM磷 酸鈉(pH 6.8)、0.1 %焦磷酸鈉、5x Denhardt溶液、超聲處理的鮭精DNA(50 μ g/ml)、 0.1% SDS和10%硫酸葡聚糖；在42°C下，在0.&SSC中和在55°C下，在50%甲酰胺中 洗滌;然后在55°C下，在含EDTA的O.lx SSC中洗滌。對于長度小于100個堿基的多核苷酸分子，嚴(yán)格雜交條件例如為低于Tm5-10°C。長度小于IOObp的多核苷酸分子的Tm平均降低約(500/寡核苷酸長度)°C。當(dāng)用于他汀類藥物引起的肌病時，術(shù)語“易感性”或任何類似短語例如“傾 向性”或“素因”是指，某些等位基因被發(fā)現(xiàn)與他汀類藥物治療引起的肌病有關(guān)，或 者預(yù)示所述肌病。這些“高?！钡任换蚩蔀榇我?或突變型)等位基因或者主要 (或野生型)等位基因。因此，這些等位基因在有發(fā)生他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病的危險 的個體中的頻率或攜帶率與在不易感他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病的個體中的相比代表性過度 (over-represented)。因此，術(shù)語“個體對他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病的易感性”是指與群 體中沒有攜帶特定多態(tài)性等位基因或基因型(即等位基因或多態(tài)性模式)的成員相比，攜 帶所述特定多態(tài)性等位基因或基因型的個體發(fā)生他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病的頻率在統(tǒng)計學(xué) 上更高或更低。在一個多態(tài)性位點(diǎn)上帶有一個或兩個高危等位基因的個體被稱為分別具有該特 定多態(tài)性位點(diǎn)的雜合或純合的“高危”基因型。不帶有特定高危等位基因的個體被稱為 具有純合的“低?！被蛐汀１疚乃玫男g(shù)語“肌病”是指伴隨血清肌酸激酶濃度升高的任何肌肉癥狀例如 疼痛、無力或壓痛，包括肌痛、肌炎、肌病和橫紋肌溶解。本文所用的術(shù)語“生物學(xué)樣品”是指源自待篩查患者的生物學(xué)樣品。所述生物 學(xué)樣品可為可檢測到選定標(biāo)記物的表達(dá)的本領(lǐng)域所知的任何合適的樣品。包括來自身體 組織或體液的各種細(xì)胞和細(xì)胞群。待檢測的合適體液的實例為血漿、血液、淋巴液和尿 液。本說明書和權(quán)利要求中所用的術(shù)語“包含”是指“至少部分地由……構(gòu)成”， 即當(dāng)解釋本說明書和權(quán)利要求中包括該術(shù)語的表述時，在每個表述中由該術(shù)語引出的所 有特征都必須存在，但也可存在其他特征。相關(guān)術(shù)語例如“包括”和“含有”以類似 的方式進(jìn)行解釋。
具體實施例方式本發(fā)明基于如下鑒定結(jié)果SLC01B1基因中的多態(tài)性，尤其是單核苷酸多 態(tài)性(SNP) rs4149056或與rs4149056緊密連鎖的一種或多種多態(tài)性——包括但不限 于rs4363657——與肌病具有強(qiáng)關(guān)聯(lián)(未校正的ρ = 4xl(T9)。因此，個體對可歸因于 SLC01B1基因中變異的他汀類藥物誘導(dǎo)性疾病的易感性是由SLC01B1基因中的多態(tài)性 的聯(lián)合作用所產(chǎn)生的累積危險性。因此，本發(fā)明的第一個方面提供了一種確定個體對他汀類藥物引起的肌病的易 感性的方法，包括檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài) 性，其中一種或多種多態(tài)性的存在表明該個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性發(fā)生了 改變。本發(fā)明的另一方面提供了一種降低個體在用他汀類藥物治療過程中發(fā)生肌病風(fēng) 險的方法，包括i)檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性； )參照在步驟i)中所檢測的是否存在所述一種或多種多態(tài)性，根據(jù)個體對他汀 類藥物引起的肌病的易感性將個體分類；和
iii)參照在步驟ii)中所確定的個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性，確定他 汀類藥物治療的合適劑量。優(yōu)選地，所述一種或多種多態(tài)性選自SNP rs4149056和/或與rs4149056緊密 連鎖的多態(tài)性，包括但不限于 SNP rs4363657、rsl871395、rsl2317268、rs2900478、 rs4149100、 rs4149081、 rsll045879、 rs7969341、 rsll045885、 rsl2369881 禾P rsl2366582。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法還可包括測定SLC01B1基因中是否存在一種 或多種其他多態(tài)性，所述其他多態(tài)性包括但不限于rs2306283、rsll045819和rs3467151。 另外的多態(tài)性包括rsll045818和rs2291075。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括測定個體的SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的 基因型是純合還是雜合的。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法包括測定是否存在與他汀類藥物引起的肌病 的危險增加相關(guān)聯(lián)的一種或多種多態(tài)性的“高?！钡任换颉Ｔ谀承嵤┓桨钢?，本發(fā)明的方法包括測定是否存在與他汀類藥物引起的肌病 的危險降低相關(guān)聯(lián)的一種或多種多態(tài)性的“低危”等位基因。在一個多態(tài)性位點(diǎn)上帶有一個或兩個高危等位基因的個體可分別被歸類為具有 該特定多態(tài)性位點(diǎn)的雜合或純合的“高危”基因型。不帶有特定高危等位基因的個體被 歸類為具有純合的“低危”基因型。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括測定個體在rs4149056處的胞嘧啶(C)或胸腺嘧啶 (T)的基因型是純合還是雜合的。本發(fā)明的方法可替代地或者另外地包括測定個體在下述位置的基因型是純合的 還是雜合的rsl871395、rsl2317268、rs7969341、rsll045885 或 rsl2366582 處的鳥嘌呤 (G)或腺嘌呤(A)；在 rs4149081 或 rsl2369881 處的 A 或 G ；在 rs4363657 或 rsll045879 處的C或T ；在rs2900478處的A或T ；或者在rs4149100處的缺失或A。在某些實施方案中，本發(fā)明的方法還可包括測定個體在rs2306283處的G或A、 在rsl 1045819處的A或C或者在rs34671512中的C或A的基因型是純合還是雜合的。所有等位基因編碼被分別表示為正向(正義鏈)的突變型(次要)或野生型(主 要)等位基因。用于確定在生物學(xué)樣品中是否存在特定等位基因的技術(shù)為本領(lǐng)域已知，包括但 不限于，基于序列的基因突變檢測技術(shù)例如擴(kuò)增、核酸測序或核酸雜交。許多用于檢測 等位基因變異的現(xiàn)有方法在Nollau etal，Clin.Chem.43 1114-1120，1997以及在標(biāo)準(zhǔn) 教禾斗書例如 “Laboratory Protocols for Mutation Detection” , Ed.by U.Landegren, Oxford University Press, 1996 禾口 “PCR”，2nd Edition by Newton & Graham, BIOS Scientific Publishers Limited, 1997 中進(jìn)行了綜述。在優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明包括分離包含一種或多種待檢測多態(tài)性的核酸的步
馬聚ο所測試的核酸可使用多種本領(lǐng)域中已知的技術(shù)從生物學(xué)樣品中分離。例如， 這種核酸可通過在分析前對所述核酸進(jìn)行擴(kuò)增而分離。擴(kuò)增技術(shù)為本領(lǐng)域普通技術(shù)人 員所知，包括但不限于克隆、聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)、等位基因特異性聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PASA)、聚合酶鏈?zhǔn)竭B接、巢式聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)等。將標(biāo)記的多核苷酸探針與固定在固體基質(zhì)例如硝酸纖維素濾膜或尼龍膜上的多 核苷酸雜交的技術(shù)也可用于篩查基因組或CDNA樣品。類似地，探針可與小珠偶聯(lián)并與 靶序列雜交。分離可使用本領(lǐng)域已知的方案例如磁分離方法進(jìn)行。示例的嚴(yán)格雜交和洗 滌條件如上。優(yōu)選地，所述檢測步驟包括擴(kuò)增至少編碼SLC01B1基因的核酸序列中包含所 述一種或多種多態(tài)性的部分，以及識別由所述擴(kuò)增的DNA編碼的所述多態(tài)性中至少一 個等位基因中存在的核苷酸。優(yōu)選地，所述檢測步驟包括擴(kuò)增包含SNP rs4149056的 SLC01B1基因的外顯子6，更優(yōu)選地擴(kuò)增包含SLC01B1基因第521位上的核苷酸的核酸 序列，并識別在至少一個等位基因中的該位置上存在的核苷酸。在其他實施方案中，所述檢測步驟可替代地或者另外地包括擴(kuò)增至少編碼 SLC01B1基因的核酸序列中包含與SNP rs4149056緊密連鎖的一種或多種多態(tài)性的部 分，所述部分包括但不限于至少SLC01B1基因中包含SNP rsl871395或rsl2317268的 內(nèi)含子8部分；至少SLC01B1基因中包含SNP rs4363657、rs2900478或rs4149100的 內(nèi)含子 11 部分；至少 SLC01B1 基因中包含 SNP rs4149081、rsll045879、rs7969341、 rsll045885、rsl2369881或rsl2366582的內(nèi)含子14部分；以及識別由所述擴(kuò)增的DNA編 碼的所述一種或多種多態(tài)性的至少一個等位基因中存在的核苷酸。在某些實施方案中，本發(fā)明還可包括擴(kuò)增個體的生物學(xué)樣品中的核酸序列的步 驟，所述核酸序列包含一種或多種可提供關(guān)于肌病風(fēng)險的獨(dú)立信息的其他SNP，包括但 不限于SLC01B1基因中包含SNPrs2306283或rsl 1045819的外顯子5 ；或至少SLC01B1 基因中包含SNPrs34671512的外顯子15部分。所述基本擴(kuò)增方案的許多變化方案為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知?；赑CR的檢測 方法可包括同時進(jìn)行的多個標(biāo)記物的多重擴(kuò)增。例如，可選擇PCR引物以產(chǎn)生大小不重 復(fù)并可同時分析的PCR產(chǎn)物?；蛘?，可用差異標(biāo)記并由此可在同一反應(yīng)中區(qū)別檢測的引 物擴(kuò)增不同的遺傳標(biāo)記物。允許多個標(biāo)記物的多重分析的其他技術(shù)也為本領(lǐng)域所知。測試核酸或擴(kuò)增產(chǎn)物中所述多態(tài)性的至少一個等位基因中存在的核苷酸可以多 種方法檢測或測定，所述方法包括但不限于大小分析、在反應(yīng)產(chǎn)物中檢測特異性標(biāo)記的 寡核苷酸引物、等位基因特異性寡核苷酸(ASO)雜交、等位基因特異性Sl核酸外切酶檢 測、測序、核酸雜交等。例如，所述檢測可包括對編碼多態(tài)性的核酸進(jìn)行測序以確定所 存在的等位基因。或者，所述檢測可包括將擴(kuò)增步驟的產(chǎn)物與適合結(jié)合遺傳多態(tài)性的一 個等位基因的探針進(jìn)行雜交的步驟。優(yōu)選地，所述雜交探針為被可檢測地標(biāo)記的探針。可檢測標(biāo)記例如放射性同位 素、酶標(biāo)記、熒光標(biāo)記、化學(xué)發(fā)光標(biāo)記和生物發(fā)光標(biāo)記可用于幫助檢測。標(biāo)記探針的標(biāo) 記和顯像可根據(jù)本領(lǐng)域已知的方法進(jìn)行。為方便起見，可將所述雜交探針固定在固相基質(zhì)上，所述基質(zhì)包括樹脂(例如 聚丙烯酰胺)、碳水化合物(例如瓊脂糖)、塑料(例如聚碳酸酯)和乳膠小珠。在本發(fā)明的一個優(yōu)選實施方案中，能夠與等位基因變異特異性雜交的若干種探 針可附著在固相基質(zhì)上。寡核苷酸可通過多種方法包括石印術(shù)而結(jié)合在固相基質(zhì)上。例 如芯片可容納至少250,000個寡核苷酸(GeneChip，Affymetrix)。使用這些包含寡核苷酸的芯片——也稱為“DNA探針陣列”——的突變檢測分析在例如Cranin et al. (1996) Human Mutation 7 244 以及 Kozal et al. (1996)Nature Medicine2 753 中進(jìn)行了描述。在
一個實施方案中，一個芯片包含一個基因的至少一個多態(tài)性區(qū)的全部等位基因變異。然 后使所述固體基質(zhì)與測試核酸接觸并檢測與所述特異性探針的雜交情況。因此，一個或 多個基因的多種等位基因變異的特性可通過簡單雜交實驗識別。例如，在SLC01B1基因 中的SNP rs4149056處的核苷酸多態(tài)性和/或與rs4149056緊密連鎖的一個或多個多態(tài)性 或其他可能的多態(tài)性區(qū)域的等位基因變異可在一個雜交實驗中確定。用于對SLC01B1基因的特定外顯子和內(nèi)含子進(jìn)行擴(kuò)增和測序的合適寡核苷酸示 于下表4中并作為SEQIDN0 : 1-51提供。在某些實施方案中，所述檢測可包括用適合與所述遺傳多態(tài)性的一個等位基因 結(jié)合的第一種探針探測所述測試核酸或擴(kuò)增步驟產(chǎn)物，并優(yōu)選地用第二種適合與所述遺 傳多態(tài)性的另一個等位基因結(jié)合的第二種探針探測的步驟。優(yōu)選地，所述探針是為了與 所述等位基因之一結(jié)合而設(shè)計的核酸序列。如果所述探針之一與所述擴(kuò)增產(chǎn)物結(jié)合，那 么受試者的該等位基因是純合的。然而，如果兩種探針都與所述擴(kuò)增產(chǎn)物結(jié)合，那么受 試者的每個等位基因都是雜合的。本發(fā)明的另一方面提供一種為需要用他汀類藥物進(jìn)行治療的個體確定合適劑量 的方法，包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的個體基因型 是雜合還是純合的；和 )參照個體的一種或多種多態(tài)性的基因型確定他汀類藥物的合適劑量，其中他 汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有雜合或純合高?；蛐偷膫€體，而更高劑量適于具有純合 低?；蛐偷膫€體。本發(fā)明的另一方面提供一種對需要用他汀類藥物治療的個體進(jìn)行治療的方法， 包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的個體基因型 是雜合還是純合的；ii)根據(jù)在步驟i)中測定的個體在一種或多種多態(tài)性處的基因型將個體分類；和iii)給予合適劑量的他汀類藥物，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有高?；?型的個體，而更高劑量適于具有純合低?；蛐偷膫€體。優(yōu)選地，本發(fā)明的方法包括為特定個體確定合適的他汀類藥物和該他汀類藥物 的合適劑量(即他汀類藥物治療方案)。例如，英國衛(wèi)生部門推薦日常使用更高的他汀藥 物劑量例如每天SOmg的辛伐他汀，而不顧平均肌病危險的增加。所述他汀類藥物治療方 案可能適用于不帶有與他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病相聯(lián)的SNP rs4149056的“高?！?C等位基 因的個體。對于帶有所述“高?！?C等位基因的個體，包含標(biāo)準(zhǔn)劑量的效力更大的他汀 類藥物的他汀類藥物治療方案可提供相似水平的LDL膽固醇降低，而不增加與較高的他 汀類藥物劑量關(guān)聯(lián)的肌病危險。在優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明的方法包括測定個體在SNPrs4149056處的基因型， 其中高?；蛐捅欢x為CC或TC基因型，而低?；蛐捅欢x為TT基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNPrsl871395、rsl2317268、rs7969341、rsll045885 或 rsl2366582 處的基因型，其中高危基 因型被定義為GG或GA基因型，而低危基因型被定義為AA基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs4149081或rsl2369881處的基因型，其中高?；蛐捅欢x為AA或AG基因型，而低
危基因型被定義為GG基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs4363657或rsll045879處的基因型，其中高?；蛐捅欢x為CC或CT基因型，而低 ?；蛐捅欢x為TT基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs2900478處的基因型，其中高危基因型被定義為AA或AT基因型，而低?；蛐捅欢x 為TT基因型。在其他實施方案中，本發(fā)明的方法可替代地或另外地包括測定個體在SNP rs4149100處的基因型，其中高危基因型被定義純合缺失基因型或雜合缺失基因型，而低 危基因型被定義為AA基因型。本發(fā)明的另一方面提供一種對需要用他汀類藥物治療的個體進(jìn)行治療的方法， 包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因在SNP rs4149056處的胞嘧啶(C)或
胸腺嘧啶(T)的個體基因型是雜合還是純合的；ii)根據(jù)在步驟i)中測定的個體在rs4149056處的基因型將個體分類；和iii)給予合適劑量的他汀類藥物，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有CC或TC 基因型的個體，而更高劑量適于具有TT基因型的個體。本發(fā)明的還可包括為肌病危險增加的個體確定合適的他汀類藥物治療方案(即 藥物和劑量)，或者將一個劑量的他汀類藥物給予肌病危險增加的個體，其中所述他汀類 藥物將與一種或多種其他降LDL治療結(jié)合使用。優(yōu)選地使用試劑盒來實施本發(fā)明的方法。因此，本發(fā)明的另一方面提供了一種用于篩查個體對他汀類藥物引起的肌病的 易感性的體外診斷試劑盒，包含一種或多種用于檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基 因中是否存在一種或多種多態(tài)性的試劑。優(yōu)選地，本發(fā)明的試劑盒包含用于檢測是否存在與他汀類藥物引起的肌病的危 險增加相關(guān)聯(lián)的一種或多種多態(tài)性的“高?！钡任换?，和/或是否存在與他汀類藥物 引起的肌病的危險降低相關(guān)聯(lián)的一種或多種多態(tài)性的“低?！钡任换?。優(yōu)選地，所述試劑盒包含DNA采樣試劑和——優(yōu)選地——PCR擴(kuò)增試劑。優(yōu) 選地，所述PCR擴(kuò)增試劑包括Taq聚合酶。優(yōu)選地，所述一種或多種試劑包括一種或多種等位基因特異性擴(kuò)增引物或等位 基因特異性探針。優(yōu)選地，所述一種或多種試劑包括能夠測定上面詳述的一種或多種多態(tài)性、更 優(yōu)選地SNPrs4149056處的胞嘧啶(C)或胸腺嘧啶(T)的個體基因型是雜合還是純合的等 位基因特異性擴(kuò)增引物或等位基因特異性探針。所述試劑盒還將方便地包括對照試劑(陽性和/或陰性)和/或用于檢測所述核酸的工具。最通常地，所述試劑盒是適于本領(lǐng)域已知測定法的形式，更通常是適于本領(lǐng) 域已知的PCR、DNA雜交或RNA ELISA測定法的形式。優(yōu)選地，所述試劑盒包含用于探測擴(kuò)增步驟產(chǎn)物以確定被測試個體的基因型的 工具。所述試劑盒優(yōu)選地包含適合與所述遺傳多態(tài)性的一個等位基因結(jié)合的第一種探 針，并優(yōu)選地包含適合所述遺傳多態(tài)性的另一個等位基因結(jié)合的第二種探針。優(yōu)選地， 所述探針是為了與一個等位基因結(jié)合而設(shè)計的核酸序列。優(yōu)選地，所述探針是上面討論 的被可檢測地標(biāo)記的探針?？墒顾鎏结樈Y(jié)合于上面討論的固體基質(zhì)，或者與使其與所述基質(zhì)結(jié)合的試劑 包裝在一起。所述固體基質(zhì)或基底可為小珠、平板、管、浸棒、條帶或生物芯片的形 式。可尋址定位的生物芯片或平板以及離散的微量滴定板是特別有用的。所述試劑盒將由一個或多個容器構(gòu)成，還可包括采樣裝置例如瓶、袋(例如靜 脈輸液袋)、管形瓶、注射器和試管。其他組成可包括針頭、稀釋劑、洗滌試劑和緩沖 劑。通常，所述試劑盒可包含至少一個裝有可藥用緩沖液例如磷酸鹽緩沖液、林格氏液 和葡萄糖溶液的容器。優(yōu)選地，所述試劑盒包含對SLC01B1基因中一種或多種多態(tài)性的等位基因的擴(kuò) 增和/或檢測的說明。優(yōu)選地，所述試劑盒包含參照所述一種或多種多態(tài)性的個體基因型是雜合還是 純合的而限定他汀類藥物治療的合適劑量的說明，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有 雜合或純合的高?；蛐偷膫€體，而更高劑量適于具有純合的低?；蛐偷膫€體。在優(yōu)選實施方案中，本發(fā)明的方法包括從個體獲得生物學(xué)樣品的其他步驟。本發(fā)明的方法可用于為需要用他汀類藥物進(jìn)行治療的個體確定合適的他汀類藥 物治療方案(即藥物和劑量)，其中所述個體例如通過出于大量降低LDL膽固醇的需要而 使用更高劑量的他汀類藥物，同時使用減慢他汀類藥物清除的藥物例如胺碘酮、環(huán)孢霉 素或吉非貝齊，或者通過由于遺傳變異或疾病造成的他汀類藥物的肝攝取或腎清除下降 而具有增加的發(fā)生肌病的危險。在這些情況下，對SLC01B1基因中變異的基因分型可表 明某一他汀類藥物的某一劑量由于使發(fā)生肌病的危險增加而不合適。例如，對于具有與 肌病危險的增加相關(guān)聯(lián)的那些SNP的雜合或純合基因型的個體，不適合使用某一他汀類 藥物的高劑量治療方案。因此這使得可對不同他汀類藥物和/或他汀類藥物劑量和/或 其他降LDL膽固醇治療劑的添加和/或其他干預(yù)手段進(jìn)行選擇，以在降低心血管病的危 險同時使發(fā)生肌病的危險最小化。因此對遺傳變異的篩查應(yīng)使得他汀類藥物治療的全部可能的好處可更安全地獲 得。對這些遺傳變異的檢測還可關(guān)系到由SLC01B1轉(zhuǎn)運(yùn)的除他汀類藥物以外的藥物(例 如口服降血糖藥瑞格列奈)的作用。在一個實施方案中，所述他汀類藥物選自洛伐他汀、辛伐他汀、普伐他汀、氟 伐他汀、阿伐他汀、匹伐他汀和羅蘇伐他汀。在優(yōu)選實施方案中，所述他汀類藥物為辛 伐他汀，其中標(biāo)準(zhǔn)劑量為每天20或40mg，更高劑量為每天80mg。標(biāo)準(zhǔn)劑量可定義為使LDL膽固醇降低30-45%所需的他汀類藥物的每日劑量。 其他他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量通常為阿伐他汀約10-20mg、氟伐他汀40-80mg、洛伐他 汀40mg、普伐他汀40mg、匹伐他汀2mg和羅蘇伐他汀10mg。更高劑量可定義為他汀
16類藥物的標(biāo)準(zhǔn)每日劑量的兩倍或更高劑量。在某些種族的患者群體中，預(yù)計使LDL膽固醇降低30-45%所需的每種他汀類 藥物的每日劑量——即“標(biāo)準(zhǔn)劑量”——會低于上述標(biāo)準(zhǔn)劑量?！案邉┝俊币矔?應(yīng)地降低。例如，在美國進(jìn)行的藥代動力學(xué)研究表明，羅蘇伐他汀在亞洲受試者(菲律 賓人、中國人、日本人、韓國人、越南人或亞洲印度人)中的暴露中值為白種人(高加索 人)對照組的約2倍。16在這些患者群體中，某一他汀類藥物的“標(biāo)準(zhǔn)”和“更高”劑 量可為上述的各他汀類藥物每日劑量的一半或更低。如上所述，本發(fā)明基于如下鑒定結(jié)果SLC01B1基因中的多態(tài)性，尤其是單核 苷酸多態(tài)性(SNP)rs4149056或與rs4149056緊密連鎖的一種或多種多態(tài)性——包括但不 限于rs4363657——與肌病具有強(qiáng)關(guān)聯(lián)(未校正的ρ = 4xl(T9)。在rs4363657SNP變體 處的變異不影響所述基因的編碼，但所編碼的蛋白為與SNP rs4363657幾乎完全連鎖的 rs4149056 (Vall74Ala) SNP (r2 = 0.97)所改變。如在下面的實施例中詳細(xì)描述的，對照中非編碼rs4363657SNP的C等位基因的 頻率為0.13，并且每個C等位基因的肌病比值比為4.3(95% CI 2.5-7.2)，CC相對于TT 純合子的肌病比值比為17.4(4.8-62.9)。對照中編碼rs4149056SNP (Vall74Ala)的C等位 基因的頻率為0.13，并且每個C等位基因的肌病比值比為4.5(95% CI2.6-7.7)，CC相對 于TT純合子的肌病比值比為16.9(4.7-61.1)。通過每天分配SOmg辛伐他汀的參與者的rs4149056基因型估算的累積肌病危險 示于圖4。CC純合子具有18%的肌病累積危險，而CT基因型關(guān)聯(lián)的累積危險約為3%， 并且TT純合子只有0.6%的累積危險。這表明在第一年中肌病病例的63%和全部肌病病 例的60%可歸因于SLC01B1基因中的rs4149056C變異。還研究了改變了所編碼蛋白的SLC01B1基因中的其他變異。發(fā)現(xiàn)三種變異 相對常見并且與rs4149056只存在中度連鎖不平衡，表明它們提供獨(dú)立信息。在考慮 rs4149056的影響后，rs2306283和rs34671512功能性SNP的更常見變異與他汀類藥物 誘導(dǎo)的肌病的更高頻率相關(guān)，所述更高的頻率對于rs2306283是統(tǒng)計學(xué)上顯著的，對于 rs34671512則在具有統(tǒng)計學(xué)上顯著性的臨界線上。這些SLC01B1的SNP中的一部分(包 括但不限于rs4149056)還會改變他汀類藥物治療的降膽固醇作用。因此，個體對可歸因 于SLC01B1基因中變異的他汀類藥物誘導(dǎo)的疾病的易感性是由SLC01B1基因中的多態(tài) 性的聯(lián)合作用所產(chǎn)生的累積危險。如上面討論的，一些小型研究先前已經(jīng)考慮了多種候選基因與可能的他汀類 藥物相關(guān)的肌肉副作用的直接相關(guān)性，所述候選基因例如參與某些他汀類藥物代謝的 CYP3A4, 13涉及泛醌(輔酶Qltl)缺乏的基因，14和編碼有機(jī)陰離子轉(zhuǎn)運(yùn)多肽(OATP)的 基因。11已有報道，肌病、肌痛或他汀類藥物不耐性與6種基因各具有“名義” ρ值 <0.05(即在考慮到大量考慮過的候選基因和SNP之前)的關(guān)聯(lián)。在本申請所依據(jù)的
"SEARCH” 研究中，對于 4 種基因(ABCB1/MDR1、COQ2、HTR3B 和 HTR7)，發(fā)明 人的大規(guī)模研究未能證實具有統(tǒng)計學(xué)置信度的推定關(guān)聯(lián)，并且還存在基因組篩查(4中的 補(bǔ)充表2、4和5)未能很好地覆蓋的第5種基因CYP2D6。通過對比，在所述“SEARCH”研究中服用高劑量辛伐他汀的患者中他汀類藥 物相關(guān)肌病的大量病例和來自相同群體的良好匹配的大量對照以及獨(dú)立的大規(guī)?！靶呐K保護(hù)研究”(HPS)群體中的獨(dú)立重復(fù)試驗(如4中公布的，所述文獻(xiàn)以引用的方式納入本 文中)，明確證明了單基因中的變異(在SLC01B1中的rs4149056處)造成了大多數(shù)他汀 類藥物誘導(dǎo)的肌病病例。在之前已公布的臨床研究報告中，rs4149056基因型和他汀類藥物藥代動力學(xué)之 間的關(guān)聯(lián)已由本發(fā)明人總結(jié)(4中的補(bǔ)充表6)，并按照他汀類藥物的類型示于下表1中。 所述關(guān)聯(lián)對于每種他汀類藥物都分別是統(tǒng)計上顯著的，除了氟伐他汀(對于它只有一個 研究)之外。表明SLC01B1 rs4149056C等位基因使若干種不同的他汀藥物的血漿濃度中度增 加的先前研究證據(jù)支持如下推論rs4149056不僅可影響辛伐他汀的肌病危險，而且還可 影響若干其他他汀類藥物的肌病危險。
他汀類藥物被研究群在此他汀類藥物體的數(shù)目研究中每個C等位基因的更高的AUC%普伐他汀(酸)535 (17,56)羅蘇伐他汀(酸)531 (15，42)匹伐他汀(酸)137 (10, 71)辛伐他汀酸161 (30，100)阿伐他汀(酸>154 (24，92)氟伐他汀(酸)110 (-9，34)全部他汀酸1435 (26,45)
6個他汀類藥物組中的異質(zhì) 性，；[52 = 8.55，p=0.13表1 他汀類藥物濃度和SLC01B1 rs4149056 SNP之間的關(guān)聯(lián)的體內(nèi)研究中他汀
類藥物類型的估算總結(jié)。下文將借助以下實施例以非限制性方式對本發(fā)明進(jìn)行舉例說明。實施例在12,064名有心肌梗塞史的參與者中進(jìn)行的“SEARCH”(額外降低膽固醇和 高半胱氨酸的有效性的研究)試驗旨在證明每天分配80mg辛伐他汀達(dá)約7年是否能比每 天分配20mg辛伐他汀的標(biāo)準(zhǔn)方案更大程度地安全降低心血管病危險。在對“SEARCH”中每天分配80mg辛伐他汀的6031名參與者平均隨訪約6 年期間，出現(xiàn)了 49個明確肌病病例，還有49名參與者被確定為患有初期肌病(見“方 法”部分)。這98個明確或初期肌病病例的一多半是在隨訪的第一年出現(xiàn)的。他汀類 藥物導(dǎo)致肌病的機(jī)制尚未知曉，但是它們似乎與血液中的他汀類藥物的濃度有關(guān)。在
“SEARCH”中的臨時安全分析揭示了在胺碘酮的使用和每天分配SOmg辛伐他汀的參與者中的肌病之間存在一種很強(qiáng)但之前未發(fā)現(xiàn)的關(guān)聯(lián)，肌病的相對危險度接近10。因此， 向“SEARCH”中服用胺碘酮的全部參與者每天提供20mg辛伐他汀(不管他們原來的分 配是多少)，并且現(xiàn)在胺碘酮與更高的辛伐他汀劑量的同時使用是禁忌的。據(jù)假設(shè)，在高 劑量他汀類藥物治療時他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病與遺傳變異尤其是影響他汀類藥物血液水 平的遺傳變異之間可能存在相似的強(qiáng)關(guān)聯(lián)。方法“SEARCH”中的參與者和樣品在“SEARCH”中，隨機(jī)分配12,064個年齡在18_80歲之間的心肌梗塞幸存者 每天接受80mg或20mg辛伐他汀。17篩查訪問的排除標(biāo)準(zhǔn)包括協(xié)調(diào)中心實驗室測定的 血液肌酸激酶(CK)水平高于正常值上限(ULN ； 250IU/L)的3倍，血液丙氨酸轉(zhuǎn)氨酶 (ALT)水平高于ULN的1.5倍，以及同時使用可增加肌病危險的藥物(即非諾貝特、高 劑量煙酸、環(huán)孢霉素、奈法唑酮、甲氨蝶呤和全身性唑類抗真菌劑或大環(huán)內(nèi)酯抗生素)。 隨機(jī)化后，對參與者的隨訪被安排在第2、4、8和12個月，然后每6個月隨訪一次。搜 集關(guān)于任何可能的心肌梗塞、心絞痛、中風(fēng)、血管操作、肺栓塞、癌癥的住院治療或者 其他嚴(yán)重的副作用的信息。此外，明確地搜集并記錄任何新的無故肌肉疼痛或無力。每 次隨訪時采集血樣用于在中心實驗室測定CK和ALT。在平均6年的隨訪后，每天分配80mg辛伐他汀的6031名參與者中的49名發(fā)生 了 “明確的”肌病(定義為CK > 10倍ULN的肌肉癥狀)。另外49名參與者不管是否 報告了肌肉癥狀，基于他們的安全全血分析(即CK >3倍ULN并>5倍篩查值，并且 ALT > 1.7倍篩查值，但未觀察到單純的ALT升高)被認(rèn)為具有“初期”肌病。當(dāng)作出 所述診斷時，全部這49名明確病例和49名初期病例中的48名都遵守了他們的每天分配 80mg辛伐他汀的方案。相反，在每天分配20mg辛伐他汀的6033名參與者中，只確定 了 2個明確肌病病例和6個初期肌病病例。全基因組關(guān)聯(lián)研究被限制在診斷為明確或初期肌病同時每天服用SOmg辛伐他汀 并可采集到血沉棕黃層樣品的96名參與者中。在其余被指定每天服用SOmg辛伐他汀的 參與者中選出了 96名有血沉棕黃層樣品的對照，他們的性別、年齡、估算的腎小球濾過 率和基線時的胺碘酮使用都與上述96個病例匹配。不清楚這些病例和對照有關(guān)系；除一 個病例外(其被排除在主體分析之外)，全部病例和對照都將他們自己歸類為高加索人。“SEARCH”中基因分型、測序和歸因?qū)⒗鋬龅难磷攸S層從牛津的協(xié)調(diào)中心送至位于法國巴黎的法國基因型中心 (CNG)。在CNG將DNA提取出來，通過熒光(Picogreen法)測量其濃度并通過凝膠 和2種微衛(wèi)星標(biāo)記物的PCR擴(kuò)增來檢測其性質(zhì)。從96個病例中的85個病例(90 % )和 在96對照中的90個對照(94 % )中獲得了足夠基因分型的DNA。SNP基因分型用商 業(yè)發(fā)布的Sentrix HumanHap300-Duo BeadChip (Illumina)18進(jìn)行，其包括一個包含來源于 International HapMap資源數(shù)據(jù)的318237個標(biāo)簽SNP的意圖捕獲基因組中常見變異(> 5%)的面板。19在全部病例和對照中都成功地獲得了 >95%的SNP的基因型，因此沒有 病例或?qū)φ毡慌懦谒鲋黧w分析之外。使用多維標(biāo)度法2°以檢測具有不同血統(tǒng)或其他 異常值的個體5個病例集中遠(yuǎn)離其余病例和對照，表明他們可能具有不同的血統(tǒng)(數(shù)據(jù) 未示出)。考慮到參與者的數(shù)量較少以及假設(shè)關(guān)聯(lián)的強(qiáng)度，所述參與者(除已知非高加索血統(tǒng)的那個以外)都被保留在主體分析中(但進(jìn)行靈敏度分析時不包括所述5個病例)。所述主體分析包括Illumina面板中的318237個SNP中的316184個(99.4% )， 不包括1098個在任何樣品中都未成功進(jìn)行基因分型的SNP，139個在此人群中為單態(tài)的 SNP, 813個在> 10%的參與者中丟失的SNP和3個在對照中偏離哈代溫伯格平衡(HWE ρ < 1.6xl0_7 ； Bonferroni校正ρ < 0.05)的SNP。似乎沒有必要對基因組對照校正這些 SNP與肌病的關(guān)聯(lián)，其中在檢驗統(tǒng)計中的超方差由群體子結(jié)構(gòu)所致21每種SNP的觀察 值與遵照其期望分布的給定級別的期望值進(jìn)行比較的卡方分布值，并且在空SNP中所述 316184個卡方檢驗統(tǒng)計的中值除以期望的卡方分布中值沒有在統(tǒng)計上偏離1.0(見“結(jié) 果”部分)。全基因組分析之后，對具有充足DNA的83個病例和89名對照的SLC01B1基 因中的外顯子重新測序所述病例_對照分析還包括其他38個已基因分型的和141個 推定21的具有非零次要等位基因頻率的變異(使用HapMap CEU作為參照群體)。所述 Illumina面板沒有包括CYP3A4基因中的變異，所述基因可能與他汀類藥物誘導(dǎo)的肌病有 關(guān)，因此也在具有充足DNA的54個病例和62名對照中對其進(jìn)行重新測序確定的30 個變異中有20個(67% )滿足病例-對照分析的質(zhì)量控制入選標(biāo)準(zhǔn)，還包括另外11個推 定的SNP。使用由“PRIMER3”產(chǎn)生的PCR擴(kuò)增子進(jìn)行SLC01B1和CYP3A4基因的 重新測序以包括全部外顯子和部分內(nèi)含子(SLC01B1的15個片段和CYP3A4的18個片 段)。用于對SLC01B1基因進(jìn)行擴(kuò)增和測序的寡核苷酸示于下表4中。使用1個單位 的Taq DNA聚合酶(Abgene，Epsom, UK)和20ng的基因組DNA在8uL反應(yīng)體積中進(jìn) 行 PCR。使用 Bio-gel PlOO Gel (Bio-Rad Inc，Hercules, CA, USA)對 PCR 產(chǎn)物進(jìn)行 純化并使用 BigDye Terminator 循環(huán)測序化學(xué)方法(Applied Biosystems，Palo Alto, CA, USA)進(jìn)行測序。先使用 Sephadex G-50 Superfine (Amersham Biosciences, Uppsala, Sweden)對反應(yīng)物進(jìn)行純化，然后再將產(chǎn)物放入ABI 3730 DNA分析儀中。遺傳變異的檢 測用自建軟件(Genalys程序，可在http://www.cng.fr上獲得)進(jìn)行。心臟保護(hù)研究的重復(fù)實驗在1994年7月和1997年5月之間，隨機(jī)分配總共20536名已患有閉塞性血管病 或糖尿病的英國患者每天接受40mg辛伐他汀或安慰劑，作為所述心臟保護(hù)研究(HPS)的 一部分22。在每次隨訪評估(在第4、8和12個月，然后每6個月一次)中，詢問參與者 有無出現(xiàn)任何新的無故肌肉疼痛或無力，并在每次隨訪中采集血液以在中心實驗室測定 CK和ALT。在平均5年隨訪中，在10269名每天分配40mg辛伐他汀的參與者中確定了 24個肌病病例(10個明確病例加14個初期病例；23個在服用他汀類藥物)并在10267名 分配安慰劑的參與者中確定了 12個病例(4個明確病例加8個初期病例；3個在服用他汀 類藥物)。使用從19856名(97% )參與者中提取的DNA，在16664名高加索人參與者 中成功地對SLC01B1中的rs4149056和rs2306283SNP進(jìn)行了基因分型。然后評估了這 些基因型對肌病危險和LDL膽固醇降低的影響。統(tǒng)計分析和軟件肌病與基因型和病例-對照比值比的關(guān)聯(lián)的標(biāo)準(zhǔn)d.f.(趨勢)和2d.f.(基因型)檢 驗使用SAS和PLINK(v.1.00)通過邏輯回歸計算。23對于全基因組比較，小于5xl0_7的 每種不同SNP的未校正ρ值被認(rèn)為是關(guān)聯(lián)的有力證據(jù)，而5xl0_5和5xl0_7之間的未校正ρ
20值被認(rèn)為提供了適中的證據(jù)(參見Wellcome Trust病例-對照聯(lián)合報告中的原理24)。使用 Haploview v4.0發(fā)布候選版225來估算已基因分型的SNP的連鎖不平衡和圖表關(guān)聯(lián)結(jié)果。 使用R(v2.6.1)27的haplo.statsGl.3.1)package26中的工具估算單倍型頻率和相關(guān)危險。物 理位置參照人類基因組的NCBI 36版本，等位基因在參照人類基因組(NCBI 36版本)的 正鏈中表達(dá)。使用Ensembl 46版和NCBI dbSNP 127版本和公布的報告“’ 28’ 29將SNP分 為同義或不同義的，并確定它們在內(nèi)含子或外顯子中的位置?？蓺w因于每天80mg辛伐他 汀的肌病危險通過生命表分析進(jìn)行估算，其中在死亡或在研究終止時要先檢查辛伐他汀 處方，然后才能認(rèn)為肌病與基因型無關(guān)?；€時使用胺碘酮的參與者被排除在此分析之 外，因為他們的辛伐他汀劑量在試驗早期(主要在隨訪的第一年中)就因肌病的高危險而 被減少。結(jié)果參與者的特征如之前已在“SEARCH”研究3°中觀察到的，胺碘酮的同時使用增加了每天 分配SOmg辛伐他汀的參與者的肌病危險，在隨訪的第一年中相對危險為8.8(95% CI為 4.2-18.4)。在試驗早期檢測到此關(guān)聯(lián)后，對所有服用胺碘酮的參與者每天給予20mg辛伐 他汀(而不管他們最初的分配)，這可解釋隨后觀察到的低得多的相對危險。在年齡較大 的參與者中，在女性參與者(她們由于要求以前得過心肌梗塞的試驗準(zhǔn)入標(biāo)準(zhǔn)而有年齡 較大的趨勢)中，在有證據(jù)表明腎功能受損的參與者中和在基線時服用鈣離子通道抑制 劑的參與者中，觀察到每天服用80mg辛伐他汀的肌病危險有些許增加。全基因組關(guān)聯(lián)研究全基因組關(guān)聯(lián)研究包括85個疑似肌病病例和90名對照，他們所有人都在 “SEARCH”中每天服用SOmg辛伐他汀。單個SNP分析得到位于染色體12上的
SLC01B1基因的內(nèi)含子11-12內(nèi)的非編碼rs4363657 SNP(在任何其他區(qū)中都沒有SNP得 到未校正的ρ < 10_5 圖1)的肌病強(qiáng)關(guān)聯(lián)性(未校正的ρ = 4X 10_9，Bonferroni校正的 ρ <0.001)。對照中rs4363657 C等位基因的頻率為0.13，每個C等位基因的肌病比值比 % 4.3(95% CI 2.5-7.2), CC相對于TT純合子的肌病比值比為17.4(4.8—62.9)。幾乎沒有偏離Hardy-Weinberg平衡的證據(jù)。所述結(jié)果似乎未受到群體子結(jié)構(gòu)或 系統(tǒng)偏離的其他可能來源的實質(zhì)影響rs4363657的卡方分布值完全在分位數(shù)-分位數(shù)圖 的95%置信區(qū)間之外，而所有其他已基因分型的SNP的值都在此置信區(qū)間之內(nèi)(圖2)。候選基因分型和單倍型分析鑒于肌病與rs4363657的這種強(qiáng)關(guān)聯(lián)，對SLC01B1 (+/-IOkb)內(nèi)的其他SNP通過 重新測序進(jìn)行了基因分型或者從已基因分型的SNP進(jìn)行了推定。在這些SNP中，兩種已 基因分型的(和9種推定的)SNP與rs4363657幾乎完全連鎖不平衡(每種r2都> 0.95)。 然而，在它們中間，只有外顯子6中的rs4149056(Vall74Ala)為“非同義的”(即改變 了編碼的蛋白)對照中其C等位基因的頻率為0.13，每個C等位基因的肌病比值比為 4.5(2.6-7.7)，CC相對于TT純合子的肌病比值比為16.9(4.7-61.1) (ρ = 2x10"9 ； 4個缺少
的結(jié)果被推定)。這些結(jié)果總括于下表2中。
權(quán)利要求
1.一種確定個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性的方法，包括檢測個體的生物學(xué) 樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性，其中一種或多種多態(tài)性的存在表 明該個體對他汀類藥物弓I起的肌病的易感性發(fā)生了改變。
2.一種降低個體在用他汀類藥物治療過程中發(fā)生肌病風(fēng)險的方法，包括i)檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性；ii)參照在步驟i)中所檢測的是否存在所述一種或多種多態(tài)性，根據(jù)個體對他汀類藥 物引起的肌病的易感性將個體分類；和iii)參照在步驟ii)中所確定的個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性，確定他汀類 藥物治療的合適劑量。
3.權(quán)利要求1或2的方法，其中所述一種或多種多態(tài)性選自SNPrs4149056和/或與 rs4149056緊密連鎖的多態(tài)性。
4.權(quán)利要求3的方法，其中所述方法包括測定對于在rs4149056處的胞嘧啶(C)或 胸腺嘧啶(T)，所述個體具有純合的還是雜合的基因型。
5.權(quán)利要求3的方法，其中所述一種或多種與rs4149056緊密連鎖的多態(tài)性選自 rs4363657、 rsl871395、 rsl2317268、 rs2900478、 rs4149100、 rs4149081、 rsll045879、 rs7969341、 rsll045885、 rsl2369881 和rsl2366582。
6.一種為需要用他汀類藥物進(jìn)行治療的個體確定合適劑量的方法，包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的個體基因型是雜 合還是純合的；和ii)參照所述一種或多種多態(tài)性的基因型確定他汀類藥物治療的合適劑量，其中他汀 類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有雜合或純合的高?；蛐偷膫€體，而更高劑量適于具有純合 低?；蛐偷膫€體。
7.一種對需要用他汀類藥物治療的個體進(jìn)行治療的方法，包括i)測定個體的生物學(xué)樣品中SLC01B1基因中的一種或多種多態(tài)性的個體基因型是雜 合還是純合的；ii)根據(jù)在步驟i)中測定的在所述一種或多種多態(tài)性處的個體基因型將個體分類；和iii)給予一個劑量的他汀類藥物，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有雜合或純合高 危基因型的個體，而更高劑量適于具有純合低?；蛐偷膫€體。
8.權(quán)利要求6或7的方法，其中所述一種或多種多態(tài)性選自SNPrs4149056和/或與 rs4149056緊密連鎖的多態(tài)性。
9.權(quán)利要求8的方法，其中所述方法包括測定對于在rs4149056處的胞嘧啶(C)或 胸腺嘧啶(T)，所述個體具有純合的還是雜合的基因型。
10.權(quán)利要求8的方法，其中所述一種或多種與rs4149056緊密連鎖的多態(tài)性選自 rs4363657、 rsl871395、 rsl2317268、 rs2900478、 rs4149100、 rs4149081、 rsll045879、 rs7969341、 rsll045885、 rsl2369881 和 rsl2366582。
11.權(quán)利要求6-9任一項的方法，其中所述一種或多種多態(tài)性為SNPrs4149056，并且 其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有CC或TC基因型的個體，而更高劑量適于具有TT基 因型的個體。
12.權(quán)利要求11的方法，其中所述他汀類藥物為辛伐他汀，并且其中標(biāo)準(zhǔn)劑量為每天20或40mg，更高劑量為每天80mg。
13.權(quán)利要求6-12任一項的方法，其中所述個體由于同時使用減慢他汀類藥物清除的 藥物或者由于因遺傳變異或疾病造成的他汀類藥物的肝攝取或腎清除下降而具有增加的 發(fā)生肌病的危險。
14.一種用于篩查個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性的體外診斷試劑盒，包含一 種或多種用于檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLC01B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性的 試齊LU
15.權(quán)利要求14的試劑盒，其中所述一種或多種試劑包括能夠測定個體在SNP rs4149056處的胞嘧啶(C)或胸腺嘧啶(T)的基因型是雜合還是純合的等位基因特異性擴(kuò) 增引物和/或等位基因特異性探針。
16.權(quán)利要求15的試劑盒，其中所述試劑盒包含使用說明，所述說明參照所述個體的 rs4149056基因型限定他汀類藥物治療的合適劑量，其中他汀類藥物的標(biāo)準(zhǔn)劑量適于具有 CC或TC基因型的個體，而更高劑量適于具有TT基因型的個體。
全文摘要
本發(fā)明涉及一種確定個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性的方法，包括檢測個體的生物學(xué)樣品中的SLCO1B1基因中是否存在一種或多種多態(tài)性，其中一種或多種多態(tài)性的存在表明該個體對他汀類藥物引起的肌病的易感性發(fā)生了改變。
文檔編號C12Q1/68GK102016073SQ200980115224
公開日2011年4月13日 申請日期2009年2月27日 優(yōu)先權(quán)日2008年2月29日
發(fā)明者E·林克, M·拉特洛普, R·科林斯, S·帕里什 申請人:Isis創(chuàng)新有限公司