專利名稱：人類17號染色體1區(qū)3帶3亞帶區(qū)域內(nèi)人腫瘤相關基因及檢測試劑盒的制作方法
技術領域：
本發(fā)明涉及人類17號染色體1區(qū)3帶3亞帶(17p13.3)定點克隆人腫瘤相關基因HC56及應用。更具體地，本發(fā)明涉及利用HC56的單核苷酸多態(tài)性(SNP)檢測腫瘤易感性的方法和試劑盒。
背景技術：
惡性腫瘤的死亡率在我國僅次于心、腦血管疾病名列第二。在惡性腫瘤中肝癌的死亡率列在肺癌、胃癌之后居第三位。目前對肝癌(除小肝癌外)缺乏有效的診治手段。人們普遍認為癌的發(fā)生是一種多因子多步驟的復雜事件，是多種癌基因激活和抑癌基因失活的結(jié)果。其中抑癌基因可能更為關鍵。因此尋找腫瘤抑癌基因是目前研究的熱點之一。基因經(jīng)常通過一個等位基因的丟失(雜合子缺失，Loss ofHeterozygocity，LOH)而失去一種正常性狀，LOH頻發(fā)部位可能存在抑癌基因。
上海市腫瘤研究所癌基因及相關基因國家重點實驗室長期從事人肝癌基因的研究，早在1991年就發(fā)現(xiàn)肝癌的發(fā)生與p53失活有關，該基因不僅249編碼子突變，還有其它編碼子出現(xiàn)點突變(Li D.Z；Gu JR et al Carcinogenesis 14(2)169，1993)。p53位于人染色體17p13.1。
另外，對17p13.3區(qū)段內(nèi)的研究國外也有報導。Nishida等(Noashi Nishida etal.，Cancer Research 53368-372，1993)在17p上選10個多態(tài)性探針，研究人肝癌的17p LOH和p53基因突變之間的關系，他認為肝癌的發(fā)生可能與17p13.3上未被證明的腫瘤抑制基因有關。Schultz等(David C.Schultz，et al.，Cancer Research561997-2002 1996)，用等位基因丟失作圖和定點克隆方法證明了兩個新基因OVCA1和OVCA2，定位于17p13.3，這兩個新基因在正常的卵巢上皮細胞有表達，在卵巢瘤或卵巢瘤細胞株中表達減少或無表達。Wales等(Michele M.Waleset al.，Nature Medicine570-577，1995)，通過腫瘤組織DNA高度甲基化分析，在17p13.3區(qū)域發(fā)現(xiàn)一個后選基因Hic-1，它是一個鋅指結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)錄因子，在正常組織普遍表達，在腫瘤細胞中表達降低。
然而，上述報告存在以下不足之處1.沒有報導肝癌組織LOH頻率的最小范圍和位點。2.上述發(fā)現(xiàn)的后選基因與肝癌的關系未見報導。
由于癌癥是危害人類健康的主要疾病之一。為了有效地治療和預防腫瘤(如肝癌)，目前人們已越來越關注腫瘤的早期診斷和基因治療。因此，本領域迫切需要開發(fā)研究新的癌癥相關的和/或具有抑癌功能的人蛋白，以及相應的檢測試劑盒。

發(fā)明內(nèi)容
本發(fā)明的目的是提供一種新的腫瘤相關蛋白-人HC56蛋白以及其片段、類似物和衍生物。
本發(fā)明的另一目的是提供編碼這些多肽的多核苷酸。
本發(fā)明的另一目的是提供利用HC56檢測腫瘤易感性的方法和試劑盒。
在本發(fā)明的第一方面，提供了一種分離的正常的人HC56蛋白多肽，它包括具有SEQ ID NO4所示氨基酸序列的多肽。此外，還提供了正常人HC56相比，因單核苷酸多態(tài)性所導致的氨基酸突變。一種具有因單核苷酸多態(tài)性所導致的氨基酸突變的HC56序列示于SEQ ID NO2。
在本發(fā)明的第二方面，提供了一種分離的多核苷酸，它編碼正常的HC56蛋白多肽(例如SEQ ID NO3)。還提供了人HC56基因中所存在的單核苷酸多態(tài)性。一種具有單核苷酸多態(tài)性的HC56序列示于SEQ ID NO1。
在本發(fā)明的第三方面，提供了含有上述多核苷酸的載體，以及被該載體轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導的宿主細胞或者被上述多核苷酸直接轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導的宿主細胞。
在本發(fā)明的第四方面，提供了制備腫瘤相關HC56蛋白活性的多肽的制備方法，該方法包含(a)在適合表達蛋白的條件下，培養(yǎng)上述被轉(zhuǎn)化或轉(zhuǎn)導的宿主細胞；(b)從培養(yǎng)物中分離出具有腫瘤相關HC56蛋白活性的多肽。
在本發(fā)明的第五方面，提供了可用于檢測的核酸分子，它含有SEQ ID NO3中至少20-4750個連續(xù)核苷酸，并且還含有選自下組的突變SEQ ID NO3中第2004位處的C→T；SEQ ID NO3中第2080位處的A→G；SEQ ID NO3中第2655位處的G→C；SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第3358位處的G→A；
SEQ ID NO3中第4092位處的A→G；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4564位處的C→G；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A；或者，該核酸分子具有SEQ ID NO1所示的核苷酸序列。這些核酸分子可用作探針、引物、反義核酸片段。
在本發(fā)明的第六方面，提供了一種檢測肝細胞是否發(fā)生癌變或存在癌變易感性的方法，它包括步驟檢測該個體的HC56基因、轉(zhuǎn)錄本和/或蛋白，并與正常的HC56基因、轉(zhuǎn)錄本和/或蛋白相比較，存在差異就表明該個體患腫瘤的可能性高于正常人群。較佳地，所述的變化是核苷酸的缺失、插入、或置換突變。
在一優(yōu)選例中，檢測的是HC56的基因或轉(zhuǎn)錄本，并與正常HC56核苷酸序列比較差異，并且所述的差異選自下組SEQ ID NO3中第2004位處的C→T；SEQ ID NO3中第2080位處的A→G；SEQ ID NO3中第2655位處的G→C；SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第3358位處的G→A；SEQ ID NO3中第4092位處的A→G；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4564位處的C→G；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
更佳地，所述的差異選自下組SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
在另一優(yōu)選例中，檢測的是HC56蛋白，并與正常HC56蛋白的氨基酸序列比較差異，并且所述的差異選自下組SEQ ID NO4中222位處的Pro→Ser；SEQ ID NO4中247位處的Gln→Arg；SEQ ID NO4中439位處的Glu→Gln；
SEQ ID NO4中568位處的Gly→Ala；SEQ ID NO4中582位處的Glu→ValSEQ ID NO4中673位處的Arg→Gln；SEQ ID NO4中926位處的Asn→Asp；SEQ ID NO4中1022位處的Gys→Arg。
更佳地，所述的差異選自下組SEQ ID NO4中568位處的Gly→Ala；SEQ ID NO4中582位處的Glu→Val；SEQ ID NO4中1022位處的Gys→Arg。
在本發(fā)明的第七方面，提供了一種檢測腫瘤(如肝癌)易感性的試劑盒，它包括特異性擴增HC56基因或轉(zhuǎn)錄本的引物，并且用所述引物擴增出的擴增產(chǎn)物含有選自下組的單核苷酸多態(tài)性部位SEQ ID NO3中第2004位處的C→T；SEQ ID NO3中第2080位處的A→G；SEQ ID NO3中第2655位處的G→C；SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第3358位處的G→A；SEQ ID NO3中第4092位處的A→G；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4564位處的C→G；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
較佳地，所述試劑盒還含有與所述的單核苷酸多態(tài)性部位特異性結(jié)合的探針和/或特異性識別單核苷酸多態(tài)性部位的限制性內(nèi)切酶，其中所述的單核苷酸多態(tài)性部位的核酸變化導致了限制性內(nèi)切酶的產(chǎn)生或消失。更佳地，所述的限制性內(nèi)切酶選自SecI和EarI。
在另一優(yōu)選例中，所述的突變選自下組SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
本發(fā)明的其它方面由于本文的技術的公開，對本領域的技術人員而言是顯而易見的。


圖1和圖2顯示了HC56克隆在肝癌和癌旁組織中的表達(RT-PCR)。其中，G2、G4、G11、G12、G15、G16、D1、D22、D24為肝癌患者，L癌旁肝組織；K癌組織；+陽性對照-陰性對照；β2-Mβ-微球蛋白對照探針。
圖3顯示了HC56在人正常組織中的表達情況，其中1-8泳道分別為心臟、肝臟、腦、骨骼肌、胎盤、腎、肺、和胰。
圖4顯示了HC56的Southern雜交結(jié)果，其中基因組DNA用MSPI酶切。G7、Q7、D40、G9、D2、D43為肝癌患者，L為癌旁肝組織，K為癌組織。
圖5顯示了HC56的Southern雜交結(jié)果，其中基因組DNA用EcoRI酶切。D12、D13、D14為肝癌患者，L為癌旁肝組織，K為癌組織。
圖6顯示了HC56的Southern雜交結(jié)果，其中基因組DNA用EcoRI酶切。G5、Q9、D10為肝癌患者，L為癌旁肝組織，K為癌組織。
圖7顯示了PBK-CMV載體轉(zhuǎn)染7721細胞。
圖8顯示了PBK-CMV-HC56載體轉(zhuǎn)染7721細胞。
圖9是重組pBR-CMV-CHx表達載體的構(gòu)建圖。
具體實施例方式
在肝癌的研究中，本發(fā)明人首先確定了肝癌組織在17p13.3范圍內(nèi)有高頻率LOH(60-100％)。最近，通過對肝癌全基因組掃描也證明17p13.3是LOH的最高區(qū)域。本發(fā)明人對人17號染色體短臂13.3位點的癌相關表達序列(EST)進行了分離和全長克隆。用對應于17p13.3區(qū)段內(nèi)926位點的噬菌體人工染色體(PAC)579號(P579)克隆，篩選人正常肝cDNA文庫，得到cDNA克隆，通過RACE方法獲得全長核苷酸序列和編碼的氨基酸，命名為HC56。通過Northern、RT-PCR和Southern雜交，證明HC56與腫瘤相關。體外實驗證明HC56可以抑制肝癌細胞7721的生長。此外，進一步研究揭示HC56的外顯子區(qū)域中有多點單核苷酸多態(tài)性(SNP)。因此，HC56基因可應用于腫瘤的診斷、治療和預防。
HC56蛋白或多肽有多方面的用途。這些用途包括(但不限于)直接做為藥物治療HC56蛋白功能低下或喪失所致的疾病(如腫瘤)，和用于篩選促進HC56蛋白功能的抗體、多肽或其它配體。用表達的重組人HC56蛋白篩選多肽庫可用于尋找有治療價值的能刺激人HC56蛋白功能的多肽分子。
另一方面，本發(fā)明還包括對人HC56 DNA或是其片段編碼的多肽具有特異性的多克隆抗體和單克隆抗體，尤其是單克隆抗體。這里，“特異性”是指抗體能結(jié)合于人HC56基因產(chǎn)物或片段。一種優(yōu)選的抗體可特異地結(jié)合于具有氨基酸序列如SEQ ID NO2所示的蛋白質(zhì)，但不結(jié)合于氨基酸序列如SEQ ID NO4所示的蛋白質(zhì)。
本發(fā)明不僅包括完整的單克隆或多克隆抗體，而且還包括具有免疫活性的抗體片段，如Fab′或(Fab)2片段；抗體重鏈；抗體輕鏈；遺傳工程改造的單鏈FV分子；或嵌合抗體。
本發(fā)明的抗體可以通過本領域內(nèi)技術人員已知的各種技術進行制備。例如，純化的人HC56基因產(chǎn)物或者其具有抗原性的片段，可被施用于動物以誘導多克隆抗體的產(chǎn)生。與之相似的，表達人HC56蛋白或其具有抗原性的片段的細胞可用來免疫動物來生產(chǎn)抗體。本發(fā)明的抗體也可以是單克隆抗體。此類單克隆抗體可以利用雜交瘤技術來制備。多克隆抗體的生產(chǎn)可用人HC56蛋白或多肽免疫動物，如家兔，小鼠，大鼠等。多種佐劑可用于增強免疫反應，包括但不限于弗氏佐劑等?？谷薍C56蛋白的抗體可用于免疫組織化學技術中，檢測活檢標本中的人HC56蛋白。
本發(fā)明還涉及定量和定位檢測人HC56蛋白水平的診斷試驗方法。這些試驗是本領域所熟知的，且包括FISH測定和放射免疫測定。試驗中所檢測的人HC56蛋白水平，可以用作解釋人HC56蛋白在各種疾病中的重要性和用于診斷HC56蛋白起作用的疾病。
一種檢測檢測樣品中是否存在HC56蛋白的方法是利用HC56蛋白的特異性抗體進行檢測，它包括將樣品與HC56蛋白特異性抗體接觸；觀察是否形成抗體復合物，形成了抗體復合物就表示樣品中存在HC56蛋白。
HC56蛋白的多聚核苷酸可用于HC56蛋白相關疾病的診斷和治療。在診斷方面，HC56蛋白的多聚核苷酸可用于檢測HC56蛋白的表達與否或在疾病狀態(tài)下HC56蛋白的異常表達。如HC56 DNA序列可用于對活檢標本的雜交以判斷HC56蛋白的表達異常。雜交技術包括Southern印跡法，Northern印跡法、原位雜交等。這些技術方法都是公開的成熟技術，相關的試劑盒都可從商業(yè)途徑得到。本發(fā)明的多核苷酸的一部分或全部可作為探針固定在微陣列(microarray)或DNA芯片(又稱為“基因芯片”)上，用于分析組織中基因的差異表達分析和基因診斷。用HC56蛋白特異的引物進行RNA-聚合酶鏈反應(RT-PCR)體外擴增也可檢測HC56蛋白的轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物。
檢測HC56基因的突變也可用于診斷HC56蛋白相關的疾病。HC56蛋白突變的形式包括與正常野生型HC56 DNA序列相比的點突變、易位、缺失、重組和其它任何異常等?？捎靡延械募夹g如Southern印跡法、DNA序列分析、PCR和原位雜交檢測突變。一種優(yōu)選的在核酸水平檢測HC56基因突變的方法是檢測SNP的存在與否。另外，突變有可能影響蛋白的表達，因此用Northern印跡法、Western印跡法可間接判斷基因有無突變。
本發(fā)明還提供了用于在分析物中檢測含有HC56基因SNP的試劑盒，該試劑盒包括裝在適當容器中的、用于特異性擴增HC56基因或轉(zhuǎn)錄本的引物，并且用所述引物擴增出的擴增產(chǎn)物含有本發(fā)明所鑒別出的單核苷酸多態(tài)性部位，和使用說明。
本發(fā)明的特點在于，通過Southern印跡證明肝癌組織中存在HC56的LOH或DNA重排；Northern印跡證明某些肝癌組織中HC56的表達受抑制，說明HC56可能與肝癌發(fā)生發(fā)展有關，是肝癌抑癌基因的候選者。體外DNA轉(zhuǎn)染證明HC56克隆對肝癌細胞生長有明顯抑制作用；SNP檢測證明有至少2個位點的SNP在肝癌病人外周血DNA與正常人外周血DNA之間統(tǒng)計學上有明顯差異(p＜0.01)。因此，據(jù)此開發(fā)的SNP檢測試劑盒可用于檢測肝癌易感性。
下面結(jié)合具體實施例，進一步闡述本發(fā)明。應理解，這些實施例僅用于說明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實施例中未注明具體條件的實驗方法，通常按照常規(guī)條件如Sambrook等人，分子克隆實驗室手冊(New YorkColdSpring Harbor Laboratory Press，1989)中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。
實施例實施例1 HC56的cDNA克隆從P579(Genome System公司)菌中抽提DNA，用NotI酶切，回收約100kb的DNA片段作為探針，用32P-dATP標記后，篩選用常規(guī)方法構(gòu)建的人肝cDNA文庫。經(jīng)過預雜交和雜交后，獲得陽性克隆。
對cDNA克隆采用雙脫氧終止法，在ABI377 DNA自動測序儀上測定其-端近500bp的核苷酸序列。分析后，確定為新基因克隆，進行另一端測序，直到獲得全長序列。其中一個克隆被命名為HC56，其核苷酸和氨基酸序列如SEQ ID NO3和4所示。其中，HC56基因全長為4750核苷酸，開放閱讀框位于第1341-4484位，編碼全長1047個氨基酸的蛋白。
同源比較結(jié)果未發(fā)現(xiàn)有與HC56同源的多肽或蛋白。
實施例2 RT-PCR獲得全長基因取正常人肝組織，用Trizol試劑(GIBCO BRL公司)按廠方說明書提取總RNA，用mRNA提純試劑盒(Pharmacia公司)提取mRNA。用MMLV-RT-Superscript II(GIBCOBRL)，反轉(zhuǎn)錄酶在42℃進行反轉(zhuǎn)錄反應，獲得人肝cDNA。根據(jù)SEQ ID NO3序列，設計合成HC56基因的特異引物，按97℃ 3′1個循環(huán)。94℃ 30″60℃ 30″72℃ 1′35個循環(huán)，72℃ 10′1個循環(huán)進行PCR擴增，獲得含有完整開放閱讀框序列的HC56基因的擴增產(chǎn)物。擴增產(chǎn)物經(jīng)測序驗證，與實施例1測得的序列相符。
實施例3 HC56重組表達載體的構(gòu)建取實施例1中獲得的HC56克隆，抽提DNA后，按圖9所示的構(gòu)建圖，經(jīng)EcoRI酶切后，與用EcoRI酶切的pBK-CMV(Stratagene公司)連接，轉(zhuǎn)化感受態(tài)細胞XLI-blue。挑選白色克隆，制備質(zhì)粒DNA并經(jīng)酶切驗證。結(jié)果得到了重組表達載體pBK-CMV-HC56。
實施例4 HC56的半定量RT-PGR取組織總RNA 1微升，在總反應體積20微升中，用Superscript II RT試劑盒(GIBCO，BRL)合成第一鏈cDNA。然后用如下引物進行PCR反應HC56上游引物5′-ctgcccacca ccatctgcca-3′(SEQ ID NO5)HC56下游引物5′-agcagcatgg ccaacagggg-3′(SEQ ID NO6)并用β2-M作為內(nèi)參DNA。反應結(jié)束后，取3微升PCR產(chǎn)物進行6％PAGE凝膠電泳，結(jié)果如圖1和2所示。結(jié)果表明，HC56在G2、G12、D24中表達條帶與β2-M比較，L明顯強于K，G15的K強于L，其余的L和K無差異。這提示，HC56在某些肝癌組織中的表達受抑制。
實施例5 HC56的多組織膜Northern雜交人多組織Northern雜交膜片(MTN)購自Clontech公司，在42℃預雜交3-4小時(預雜交液含有50％甲酰胺，0.05M Tris，1％SDS，5′Denhardt′s 0.1％焦磷酸鈉，100mg/ml變性的精子DNA)后，與HC56探針雜交。最后X光片自顯影。
結(jié)果如圖3所示。HC56基因在心、胎盤、和骨骼肌中高表達，肺表達較低，其他組織中等表達表達。
實施例6 HC56的Southern雜交人肝癌和癌旁組織DNA 10μg用EcoRI內(nèi)切酶徹底酶切，然后按“分子克隆”一書的方法制成Southern膜片，然后進行預雜交、雜交、洗膜片等程序。
如圖4所示，HC56在G7、D2、D43的肝癌組織(K)和癌旁組織(L)中的條帶位置不同，說明肝癌組織中DNA有重排。
如圖5和6所示，HC56在D13和Q9的癌旁組織(L)有一條帶，而癌組織中無條帶，說明存在HC56缺失。
表1 HC56基因在肝癌組織中的雜合性缺失(LOH)或DNA重排

*注D12、G7等為樣本的編號。
實施例7 HC56基因的cDNA導入肝癌細胞體外試驗在本實施例中，用脂質(zhì)體試劑盒進行轉(zhuǎn)染肝癌細胞的體外實驗。
(1)細胞株原發(fā)肝細胞肝癌細胞系7721。
(2)DNA來源于表達質(zhì)粒pBK-CMV-HC56的DNA。
(3)脂質(zhì)體LIPOFECT AMINETMReagent Kit(BRL公司)(4)培養(yǎng)液無血清培液，簡稱SF-DMEM全培液(10％小牛血清)含G418的全培液T25培養(yǎng)瓶。
(5)DNA-脂質(zhì)體復合物(DNA-liposome complex)的制備lipofectin 50μl加50μl SF-DMEM混勻。DNA(20μg在20μl TE中)加80μlSF-DMEM混勻。將稀釋的DNA加入稀釋的lipofectin溶液中，混勻置室溫5-10分鐘。加1.3ml SF-DMEM進入DNA-lipofectin復合物中，終體積為1.5ml。
(6)轉(zhuǎn)染細胞細胞長到80-90％滿度為好，實驗前換培液一次。加1.5mllipofectin試劑-DNA復合物入細胞表面，輕輕搖動，鋪均勻，37℃溫育1-3小時。加入1.5ml SF-DMEM混勻，37℃生長過夜。換培液37℃過夜，細胞長到70％滿度換含G418培液以后常規(guī)換液至克隆出現(xiàn)，數(shù)克隆數(shù)。
結(jié)果如圖7和8及表2所示。在圖7中，空表達載體(pBK-CMV)轉(zhuǎn)染7721細胞有較多克隆形成，而在圖8中，含有HC56基因插入片段的表達載體轉(zhuǎn)染7721細胞無克隆或僅有少數(shù)克隆形成。這表明HC56在體外對肝癌細胞生長有抑制作用。
表2 HC56在體外對肝癌細胞生長的抑制作用

實施例8 SNP檢測構(gòu)建SEQ ID NO3的序列巢式PCR引物和測序引物，用ABI3948 oligo儀器合成引物。
按常規(guī)方法從肝癌組織、癌旁組織和并入外周血白細胞制備DNA，同時制備正常人外周血白細胞DNA作為對照，50ul反應總體積含50ng基因組DNA，在標準條件下進行PCR反應。用ABI big Dye Terminator Chemistry在ABI 377平板凝膠上測序，或者用ABI3700毛細管測序儀進行測序。然后用SequenceNavigatorTM收集SNP或突變。
對80對肝癌(HCC)和癌旁肝組織進行HC56基因外顯子的SNP分析，分析其外顯子區(qū)有13個位置出現(xiàn)SNP，其中8個SNP變化伴有氨基酸改變。而且一旦3085位置有SNP，必定伴有3043、4404和4602位置的SNP。結(jié)果如表3所示。
表3高頻率的cSNP

檢測70例肝癌病人外周血和100例正常人外周血DNA的3043和3085位置的SNP，發(fā)現(xiàn)肝癌病人外周血SNP的頻率高于正常人，統(tǒng)計學上存在明顯差異(p＜0.01)。這提示，HC56是肝癌的易感基因。結(jié)果如表4所示。
表4在C-56和肝細胞肝癌(HCC)中的cSNPSNP 正常PBC(a)肝細胞癌(％)PBC(b)癌旁肝組織 HCC(％) (％)(％)n＝100 n＝70n＝80 n＝803043bpG→C(568aa) (Gly→Ala)G/G70.041.4(29) 42.5(34)45.0(36)G/C26.050.0(35) 50.0(40)42.5(34)C/C4.0 8.6 (6) 7.5 (6) 12.5 (10)(a Vsb p＝0.001)*3085bp A→T(582aa) (Glu→Val)A/A 95.0 80.0(56) 76.3(61)78.7(63)A/T 5.0 18.6(13) 22.5(18)18.8(15)T/T 0.0 1.4 (1) 1.2 (1)2.5 (2)(a Vsb p＝0.008)4404bpT→C(1022aa) (Cys→Arg)T/T 57.0 40.0(28)45.0(36)43.7(35)T/C 36.0 51.4(36)45.0(36)41.3(33)C/C 7.0 8.3(6) 10.0(8) 15.0(9)4602bp G→A3′UTR G/G 75.0 77.1(54)75.0(60)75.0(60)G/A 22.0 21.4(15)21.2(17)17.5(14)A/A 3.0 1.42(1) 3.8(3) 7.5(6)*3085位的A→T改變與3043，4404，4602位連鎖，在肝和HCC中的多態(tài)性。
實施例9檢測試劑盒制備一肝癌易感性檢測試劑盒，其中，含有下列可同時擴增出3043位和3085位SNP的引物對上游引物5′-tgtggagggt tttcaggaag-3′(SEQ ID NO7)(對應于SEQ ID NO1中2861-2880位)下游引物5′-tggagccagt attcctctcg-3′(SEQ ID NO8)(對應于SEQ ID NO1中3357-3376位)。
此外，還可含有檢測3043位和3085位SNP的限制性內(nèi)切酶SecI和EarI。對于3043位點SNP，發(fā)生G→C變化后，用SecI酶切切不開；而不發(fā)生變化的擴增產(chǎn)物可用SecI酶切切開。對于3085位點SNP，發(fā)生A→T變化后，用EarI酶切切不開；而不發(fā)生變化的擴增產(chǎn)物可用EarI酶切切開。因此，通過對擴增產(chǎn)物進行酶切，該試劑盒可輕易地檢測出3043位和3085位的SNP。
在本發(fā)明提及的所有文獻都在本申請中引用作為參考，就如同每一篇文獻被單獨引用作為參考那樣。此外應理解，在閱讀了本發(fā)明的上述講授內(nèi)容之后，本領域技術人員可以對本發(fā)明作各種改動或修改，這些等價形式同樣落于本申請所附權利要求書所限定的范圍。
序列表<110>上海市腫瘤研究所<120>人類17號染色體1區(qū)3帶3亞帶區(qū)域內(nèi)人腫瘤相關基因及檢測試劑盒<130>013076<160>8<170>PatentIn version 3.0<210>1<211>4750<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<220><221>CDS<222>(1341)..(4484)<400>1tggccgtgtg attgctctgt gcccattacc ctgtggccgt gtgactgctg ctgtgcccat60taccctgtgg ccgtgtgatt gctgctgtgc ccattaccct gtggccgtgt gattgctctg120tgcccattat cctgtggccg tgtgattgct ctgtgcccat taccctgtgg ccgtgtgatt180gctctgtgcc cattaccctg tggccgtgtg attgctctgt gcccattatc ctgtggccgt240gtgattgctc tgtgcccatt atcctgtggc cgtgtgattg ctctgtgccc attatcctgt300ggccgtgtga ttgctctgtg cccattatcc tgtggccgtg tgattgctgc tgtgcccatt360accctgtggc cgtgtgattg ctctgtgccc attatcctgt ggccgtgtga ttgctctgtg420cccattatcc tgtggctgtg tgattgctct gtgcccatta tcctgtagcc gtgtgattgc480ttctgtgccc attaccctgt ggctgtgtga ttgctgctgt gcccattatc ctgtggctgt540gtgattgctg ctgtgcccat taccctgtgg ctgtgtgatg ctctgtgccc attaccctgt600ggctgtgtga ttgctctgtc ccattatcct gtggccgtgt gattgctgct gtgcctgtta660ccctgtggct gtgtgattgc tctgtgccca ttaccctgtg gctatgctcc cttcatctgt720catgagaagc tcagctgtca tgtcctgtgg tacatgctca gtggcccctg tagtttgtac780tgtcctccta tttctaaacc cctctcccca catcctctgc tggcccagcc tttgctggag840ggtctcgcct cagcagccca gctttttctt ttcacacact tttcctgaag gatctcattc900accgtcttgg ttccggtgat cccctctggg cagatacctc tcagaatcac atttcccagc960ttacttccct cctgaacttc cacctggcat ttccgttgct ggaggacatc tgtaccttga1020tggccaaagc tgaactcatc tttcctcaca cctgctctga ttctcctcca ttccctgtat1080gtgatgtcac ctggtggcct cccagttccc aggctggaga gctcggaagc cattctggat1140tcctcggcca agtccttctg actccagctg tgcagtggct cttgtagtca tccattctcc1200ccgtccgctg atgtccttta aaacccttgt catctcaaac catgacagcc tactaacagc1260agtggccatc tggaaacatt ttcactatac tgtcttattt ggcttgtctg tgtgcaggac1320ccttgaacat ctgtgaagaa atg act att ctg cat gga ggc ttc ttg ctg gcc1373Met Thr Ile Leu His Gly Gly Phe Leu Leu Ala1 5 10gag cag ctg ttc cac cct aag gca ctg gca gaa tta aca aag tct gac 1421Glu Gln Leu Phe His Pro Lys Ala Leu Ala Glu Leu Thr Lys Ser Asp15 20 25tgg gaa cgt gtt gga cgg ccc atc gtg gag gcc tta agg gag atc tcc 1469Trp Glu Arg Val Gly Arg Pro Ile Val Glu Ala Leu Arg Glu Ile Ser30 35 40tcg gct gca gca cac tcc cag ccc ttt gcc tgg aag aag aaa gcc ctg 1517Ser Ala Ala Ala His Ser Gln Pro Phe Ala Trp Lys Lys Lys Ala Leu45 50 55atc atc atc tgg gcc aag gtt ctg cag ccg cac ccc gtg acc ccg tcc 1565Ile Ile Ile Trp Ala Lys Val Leu Gln Pro His Pro Val Thr Pro Ser60 65 70 75gac aca gag aca cgg tgg cag gaa gac ctg ttc ttc tcg gtg ggc aac 1613Asp Thr Glu Thr Arg Trp Gln Glu Asp Leu Phe Phe Ser Val Gly Asn80 85 90atg atc ccc acc atc aac cac acc atc ctc ttc gag ctg ctc aaa tcc 1661Met Ile Pro Thr Ile Asn His Thr Ile Leu Phe Glu Leu Leu Lys Ser95 100 105ctg gaa gct tct gga ctc ttt atc cag ctc ctg atg gcc ctg ccc acc 1709Leu Glu Ala Ser Gly Leu Phe Ile Gln Leu Leu Met Ala Leu Pro Thr110 115 120acc atc tgc cat gca gaa cta gag cgc ttt ctg gaa cat gtg acc gtt 1757Thr Ile Cys His Ala Glu Leu Glu Arg Phe Leu Glu His Val Thr Val125 130 135gac act tct gcc gaa gac gtg gcc ttc ttc ctg gac gtc tgg tgg 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tgg atg aag 3149Ser Ala Thr Phe Met Val Ser Cys Leu Lys Glu Thr Val Trp Met Lys590 595 600ttc tct aca ccc aag gaa gaa aag caa ttt tta gag ctc ctg aac tgc 3197Phe Ser Thr Pro Lys Glu Glu Lys Gln Phe Leu Glu Leu Leu Asn Cys605 610 615ctg atg agt ccc gtg aaa ccc caa ggg att cca gtg gct gct ctt ctt 3245Leu Met Ser Pro Val Lys Pro Gln Gly Ile Pro Val Ala Ala Leu Leu620 625 630 635gag cca gac gag gtg ctg aag gaa ttt gtc ctg cct ttc ttg agg tta 3293Glu Pro Asp Glu Val Leu Lys Glu Phe Val Leu Pro Phe Leu Arg Leu640 645 650gat gtt gaa gag gta gac ctc agt ctg agg atc ttc atc cag act cta 3341Asp Val Glu Glu Val Asp Leu Ser Leu Arg Ile Phe Ile Gln Thr Leu655 660 665gag gca aac gcg tgt cga gag gaa tac tgg ctc cag acc tgc tcc ccg 3389Glu Ala Asn Ala Cys Arg Glu Glu Tyr Trp Leu Gln Thr Cys Ser Pro670 675 680ttt cca ctc ctc ttc agc ttg tgc cag ctc ttg gac cgc ttc agc aaa 3437Phe Pro Leu Leu Phe Ser Leu Cys Gln Leu Leu Asp Arg Phe Ser Lys685 690 695tac tgg cag ctt ccc aag gag aag cgg tgc ctc tct ttg 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ctg acc cgc ctc 4157Gly Trp Asn His Val Val Lys Leu Leu Cys Gly Ser Leu Thr Arg Leu925 930 935ctg gac tca gtc agg gcg ata cag gca gct ggc cct tgg gtt caa gga 4205Leu Asp Ser Val Arg Ala Ile Gln Ala Ala Gly Pro Trp Val Gln Gly940 945 950 955cca gag cag gac ctg acc cag gaa gcc ctg ttt gtt tac acc cag gtg 4253Pro Glu Gln Asp Leu Thr Gln Glu Ala Leu Phe Val Tyr Thr Gln Val960 965 970ttc tgc cat gct ctg cac atc atg gcc atg ctc cac ccg gag gtc tgt 4301Phe Cys His Ala Leu His Ile Met Ala Met Leu His Pro Glu Val Cys975 980 985gag cca ctc tac gtt tta gcc ttg gaa acc ctc acc tgc tat gag act 4349Glu Pro Leu Tyr Val Leu Ala Leu Glu Thr Leu Thr Cys Tyr Glu Thr990 995 1000ttg agc aag acc aac cct tct gtc agc tcc ttg ctc cag agg gca 4394Leu Ser Lys Thr Asn Pro Ser Val Ser Ser Leu Leu Gln Arg Ala100510101015cac gag cag cgc ttc tta aag tcc att gct gag ggc att ggc cct 4439His Glu Gln Arg Phe Leu Lys Ser Ile Ala Glu Gly Ile Gly Pro102010251030gaa gaa cgg cgc caa acc ctg ttg cag aag atg agc agc ttc tga 4484Glu Glu Arg Arg Gln Thr Leu Leu Gln Lys Met Ser Ser Phe103510401045cttggcgtgg ggagctgggc cccaacatgg cgggtctgca gaagatcagc agcttcttac 4544ctgtgcggga gcgaaaaagc tgggcttcaa catggcaggt ctgtaggggt cagacccaag 4604cagcctggac tttacagtta tgtgaaactg tccacaaaaa gtcatggcaa taatggtgta 4664aagaaaatag tttcttgggt atttgtaacg tacaaactat cataaaaatt ctcctctttc 4724ccaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaa4750<210>2<211>1047<212>PRT<213>智人(Homo sapiens)<400>2Met Thr Ile Leu His Gly Gly Phe Leu Leu Ala Glu Gln Leu Phe His1 5 10 15Pro Lys Ala Leu Ala Glu Leu Thr Lys Ser Asp Trp Glu Arg Val Gly20 25 30Arg Pro Ile Val Glu Ala Leu Arg Glu Ile Ser Ser Ala Ala Ala His35 40 45Ser Gln Pro Phe Ala Trp Lys Lys Lys Ala Leu Ile Ile Ile Trp Ala
50 55 60Lys Val Leu Gln Pro His Pro Val Thr Pro Ser Asp Thr Glu Thr Arg65 70 75 80Trp Gln Glu Asp Leu Phe Phe Ser Val Gly Asn Met Ile Pro Thr Ile85 90 95Asn His Thr Ile Leu Phe Glu Leu Leu Lys Ser Leu Glu Ala Ser Gly100 105 110Leu Phe Ile Gln Leu Leu Met Ala Leu Pro Thr Thr Ile Cys His Ala115 120 125Glu Leu Glu Arg Phe Leu Glu His Val Thr Val Asp Thr Ser Ala Glu130 135 140Asp Val Ala Phe Phe Leu Asp Val Trp Trp Glu Val Met Lys His Lys145 150 155 160Gly His Pro Gln Asp Pro Leu Leu Ser Gln Phe Ser Ala Met Ala His165 170 175Lys Tyr Leu Pro Ala Leu Asp Glu Phe Pro His Pro Pro Lys Arg Leu180 185 190Arg Ser Asp Pro Asp Ala Cys Pro Thr Met Pro Leu Leu Ala Met Leu195 200 205Leu Arg Gly Leu Thr Gln Ile Gln Ser Arg Ile Leu Gly Pro Gly Arg210 215 220Lys Cys Cys Ala Leu Ala Asn Leu Ala Asp Met Leu Thr Val Phe Ala225 230 235 240Leu Thr Glu Asp Asp Pro Gln Glu Val Ser Ala Thr Val Tyr Leu Asp245 250 255Lys Leu Ala Thr Val Ile Ser Val Trp Asn Ser Asp Thr Gln Asn Pro260 265 270Tyr His Gln Gln Ala Leu Ala Glu Lys Val Lys Glu Ala Glu Arg Asp275 280 285Val Ser Leu Thr Ser Leu Ala Lys Leu Pro Ser Glu Thr Ile Phe Val290 295 300Gly Cys Glu Phe Leu His His Leu Leu Arg Glu Trp Gly Glu Glu Leu305 310 315 320Gln Ala Val Leu Arg Ser Ser Gln Gly Thr Ser Tyr Asp Ser Tyr Arg
325 330 335Leu Cys Asp Ser Leu Thr Ser Phe Ser Gln ASn Ala Thr Leu Tyr Leu340 345 350Asn Arg Thr Ser Leu Ser Lys Glu Asp Arg Gln Val Val Ser Glu Leu355 360 365Ala Glu Cys Va1 Arg Asp Phe Leu Arg Lys Thr Ser Thr Val Leu Lys370 375 380Asn Arg Ala Leu Glu Asp Ile Thr Ala Ser Ile Ala Met Ala Val Ile385 390 395 400Gln Gln Lys Met Asp Arg His Met Glu Val Cys Tyr Ile Phe Ala Ser405 410 415Glu Lys Lys Trp Ala Phe Ser Asp Glu Trp Val Ala Cys Leu Gly Ser420 425 430Asn Arg Ala Leu Phe Arg Glu Pro Asp Leu Val Leu Arg Leu Leu Glu435 440 445Thr Val Ile Asp Val Ser Thr Ala Asp Arg Ala Ile Pro Glu Ser Gln450 455 460Ile Arg Gln Val Ile His Leu Ile Leu Glu Cys Tyr Ala Asp Leu Ser465 470 475 480Leu Pro Gly Lys Asn Lys Val Leu Ala Gly Ile Leu Arg Ser Trp Gly485 490 495Arg Lys Gly Leu Ser Glu Lys Leu Leu Ala Tyr Val Glu Gly Phe Gln500 505 510Glu Asp Leu Asn Thr Thr Phe Asn Gln Leu Thr Gln Ser Ala Ser Glu515 520 525Gln Gly Leu Ala Lys Ala Val Ala Ser Val Ala Arg Leu Val Ile Val530 535 540His Pro Glu Val Thr Val Lys Lys Met Cys Ser Leu Ala Val Val Asn545 550 555 560Leu Gly Thr His Lys Phe Leu Ala Gln Ile Leu Thr Ala Phe Pro Ala565 570 575Leu Arg Phe Val Glu Val Gln Gly Pro Asn Ser Ser Ala Thr Phe Met580 585 590Val Ser Cys Leu Lys Glu Thr Val Trp Met Lys Phe Ser Thr Pro Lys
595 600 605Glu Glu Lys Gln Phe Leu Glu Leu Leu Asn Cys Leu Met Ser Pro Val610 615 620Lys Pro Gln Gly Ile Pro Val Ala Ala Leu Leu Glu Pro Asp Glu Val625 630 635 640Leu Lys Glu Phe Val Leu Pro Phe Leu Arg Leu Asp Val Glu Glu Val645 650 655Asp Leu Ser Leu Arg Ile Phe Ile Gln Thr Leu Glu Ala Asn Ala Cys660 665 670Arg Glu Glu Tyr Trp Leu Gln Thr Cys Ser Pro Phe Pro Leu Leu Phe675 680 685Ser Leu Cys Gln Leu Leu Asp Arg Phe Ser Lys Tyr Trp Gln Leu Pro690 695 700Lys Glu Lys Arg Cys Leu Ser Leu Asp Arg Lys Asp Leu Ala Ile His705 710 715 720Ile Leu Glu Leu Leu Cys Glu Ile Val Ser Ala Asn Ala Glu Thr Phe725 730 735Ser Pro Asp Val Trp Ile Lys Ser Leu Ser Trp Leu His Arg Lys Leu740 745 750Glu Gln Leu Asp Trp Thr Val Gly Leu Arg Leu Lys Ser Phe Phe Glu755 760 765Gly His Phe Lys Cys Glu Val Pro Ala Thr Leu Phe Glu Ile Cys Lys770 775 780Leu Ser Glu Asp Glu Trp Thr Ser Gln Ala His Pro Gly Tyr Gly Ala785 790 795 800Gly Thr Gly Leu Leu Ala Trp Met Glu Cys Cys Cys Val Ser Ser Gly805 810 815Ile Ser Glu Arg Met Leu Ser Leu Leu Val Val Asp Val Gly Asn Pro820 825 830Glu Glu Val Arg Leu Phe Ser Lys Gly Phe Leu Val Ala Leu Val Gln835 840 845Val Met Pro Trp Cys Ser Pro Gln Glu Trp Gln Arg Leu His Gln Leu850 855 860Thr Arg Arg Leu Leu Glu Lys Gln Leu Leu His Val Pro Tyr Ser Leu865 870 875 880Glu Tyr Ile Gln Phe Val Pro Leu Leu Asn Leu Lys Pro Phe Ala Gln885 890 895Glu Leu Gln Leu Ser Val Leu Phe Leu Arg Thr Phe Gln Phe Leu Cys900 905 910Ser His Ser Cys Arg Asn Trp Leu Pro Leu Glu Gly Trp Asn His Val915 920 925Val Lys Leu Leu Cys Gly Ser Leu Thr Arg Leu Leu Asp Ser Val Arg930 935 940Ala Ile Gln Ala Ala Gly Pro Trp Val Gln Gly Pro Glu Gln Asp Leu945 950 955 960Thr Gln Glu Ala Leu Phe Val Tyr Thr Gln Val Phe Cys His Ala Leu965 970 975His Ile Met Ala Met Leu His Pro Glu Val Cys Glu Pro Leu Tyr Val980 985 990Leu Ala Leu Glu Thr Leu Thr Cys Tyr Glu Thr Leu Ser Lys Thr Asn995 10001005Pro Ser Val Ser Ser Leu Leu Gln Arg Ala His Glu Gln Arg Phe101010151020Leu Lys Ser Ile Ala Glu Gly Ile Gly Pro Glu Glu Arg Arg Gln102510301035Thr Leu Leu Gln Lys Met Ser Ser Phe10401045<210>3<211>4750<212>DNA<213>智人(Homo sapiens)<220><221>CDS<222>(1341)..(4484)<400>3tggccgtgtg attgctctgt gcccattacc ctgtggccgt gtgactgctg ctgtgcccat 60taccctgtgg ccgtgtgatt gctgctgtgc ccattaccct gtggccgtgt gattgctctg 120tgcccattat cctgtggccg tgtgattgct ctgtgcccat taccctgtgg ccgtgtgatt 180gctctgtgcc cattaccctg tggccgtgtg attgctctgt gcccattatc ctgtggccgt240gtgattgctc tgtgcccatt atcctgtggc cgtgtgattg ctctgtgccc attatcctgt300ggccgtgtga ttgctctgtg cccattatcc tgtggccgtg tgattgctgc tgtgcccatt360accctgtggc cgtgtgattg ctctgtgccc attatcctgt ggccgtgtga ttgctctgtg420cccattatcc tgtggctgtg tgattgctct gtgcccatta tcctgtagcc gtgtgattgc480ttctgtgccc attaccctgt ggctgtgtga ttgctgctgt gcccattatc ctgtggctgt540gtgattgctg ctgtgcccat taccctgtgg ctgtgtgatg ctctgtgccc attaccctgt600ggctgtgtga ttgctctgtc ccattatcct gtggccgtgt gattgctgct gtgcctgtta660ccctgtggct gtgtgattgc tctgtgccca ttaccctgtg gctatgctcc cttcatctgt720catgagaagc tcagctgtca tgtcctgtgg 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655 660 665gag gca aac gcg tgt cga gag gaa tac tgg ctc cag acc tgc tcc ccg 3389Glu Ala Asn Ala Cys Arg Glu Glu Tyr Trp Leu Gln Thr Cys Ser Pro670 675 680ttt cca ctc ctc ttc agc ttg tgc cag ctc ttg gac cgc ttc agc aaa 3437Phe Pro Leu Leu Phe Ser Leu Cys Gln Leu Leu Asp Arg Phe Ser Lys685 690 695tac tgg cag ctt ccc aag gag aag cgg tgc ctc tct ttg gat agg aag 3485Tyr Trp Gln Leu Pro Lys Glu Lys Arg Cys Leu Ser Leu Asp Arg Lys700 705 710 715gat cta gcg atc cat atc ctg gag ctc ctg tgt gag att gta tca gcc 3533Asp Leu Ala Ile His Ile Leu Glu Leu Leu Cys Glu Ile Val Ser Ala720 725 730aat gct gag acc ttc tcc ccg gat gtc tgg atc aag tcc ctg tcc tgg 3581Asn Ala Glu Thr Phe Ser Pro Asp Val Trp Ile Lys Ser Leu Ser Trp735 740 745ctc cac cgc aag tta gaa cag cta gac tgg act gtg ggc ctg agg ctg 3629Leu His Arg Lys Leu Glu Gln Leu Asp Trp Thr Val Gly Leu Arg Leu750 755 760aag agc ttc ttc gag ggg cac ttc aag tgt gaa gtg cca gcc aca ctt 3677Lys Ser Phe Phe Glu Gly His Phe Lys Cys Glu Val Pro Ala Thr 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Gln Pro Phe Ala Trp Lys Lys Lys Ala Leu Ile Ile Ile Trp Ala50 55 60Lys Val Leu Gln Pro His Pro Val Thr Pro Ser Asp Thr Glu Thr Arg65 70 75 80Trp Gln Glu Asp Leu Phe Phe Ser Val Gly Asn Met Ile Pro Thr Ile85 90 95Asn His Thr Ile Leu Phe Glu Leu Leu Lys Ser Leu Glu Ala Ser Gly100 105 110Leu Phe Ile Gln Leu Leu Met Ala Leu Pro Thr Thr Ile Cys His Ala115 120 125Glu Leu Glu Arg Phe Leu Glu His Val Thr Val Asp Thr Ser Ala Glu130 135 140Asp Val Ala Phe Phe Leu Asp Val Trp Trp Glu Val Met Lys His Lys145 150 155 160Gly His Pro Gln Asp Pro Leu Leu Ser Gln Phe Ser Ala Met Ala His165 170 175Lys Tyr Leu Pro Ala Leu Asp Glu Phe Pro His Pro Pro Lys Arg Leu180 185 190Arg Ser Asp Pro Asp Ala Cys Pro Thr Met Pro Leu Leu Ala Met Leu195 200 205Leu Arg Gly Leu Thr Gln Ile Gln Ser Arg Ile Leu Gly Pro Gly Arg210 215 220Lys Cys Cys Ala Leu Ala Asn Leu Ala Asp Met Leu Thr Val Phe Ala225 230 235 240Leu Thr Glu Asp Asp Pro Gln Glu Val Ser Ala Thr Val Tyr Leu Asp245 250 255Lys Leu Ala Thr Val Ile Ser Val Trp Asn 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475 480Leu Pro Gly Lys Asn Lys Val Leu Ala Gly Ile Leu Arg Ser Trp Gly485 490 495Arg Lys Gly Leu Ser Glu Lys Leu Leu Ala Tyr Val Glu Gly Phe Gln500 505 510Glu Asp Leu Asn Thr Thr Phe Asn Gln Leu Thr Gln Ser Ala Ser Glu515 520 525Gln Gly Leu Ala Lys Ala Val Ala Ser Val Ala Arg Leu Val Ile Val530 535 540His Pro Glu Val Thr Val Lys Lys Met Cys Ser Leu Ala Val Val Asn545 550 555 560Leu Gly Thr His Lys Phe Leu Ala Gln Ile Leu Thr Ala Phe Ala Ala565 570 575Leu Arg Phe Val Glu Glu Gln Gly Pro Asn Ser Ser Ala Thr Phe Met580 585 590Val Ser Cys Leu Lys Glu Thr Val Trp Met Lys Phe Ser Thr Pro Lys595 600 605Glu Glu Lys Gln Phe Leu Glu Leu Leu Asn Cys Leu Met Ser Pro Val610 615 620Lys Pro Gln Gly Ile Pro Val Ala Ala Leu Leu Glu Pro Asp Glu Val625 630 635 640Leu Lys Glu Phe Val Leu Pro Phe Leu Arg Leu Asp Val Glu Glu Val645 650 655Asp Leu Ser Leu Arg Ile Phe Ile Gln Thr Leu Glu Ala Asn Ala Cys660 665 670Arg Glu Glu Tyr Trp Leu Gln Thr Cys Ser Pro Phe Pro Leu Leu Phe675 680 685Ser Leu Cys Gln Leu Leu Asp Arg Phe Ser Lys Tyr Trp Gln Leu Pro690 695 700Lys Glu Lys Arg Cys Leu Ser Leu Asp Arg Lys Asp Leu Ala Ile His705 710 715 720Ile Leu Glu Leu Leu Cys Glu Ile Val Ser Ala Asn Ala Glu Thr Phe725 730 735Ser Pro Asp Val Trp Ile Lys Ser Leu Ser Trp Leu His Arg Lys Leu740 745 750Glu Gln Leu Asp Trp Thr Val Gly Leu Arg Leu Lys Ser Phe Phe Glu755 760 765Gly His Phe Lys Cys Glu Val Pro Ala Thr Leu Phe Glu Ile Cys Lys770 775 780Leu Ser Glu Asp Glu Trp Thr Ser Gln Ala His Pro Gly Tyr Gly Ala785 790 795 800Gly Thr Gly Leu Leu Ala Trp Met Glu Cys Cys Cys Val Ser Ser Gly805 810 815Ile Ser Glu Arg Met Leu Ser Leu Leu Val Val Asp Val Gly Asn Pro820 825 830Glu Glu Val Arg Leu Phe Ser Lys Gly Phe Leu Val Ala Leu Val Gln835 840 845Val Met Pro Trp Cys Ser Pro Gln Glu Trp Gln Arg Leu His Gln Leu850 855 860Thr Arg Arg Leu Leu Glu Lys Gln Leu Leu His Val Pro Tyr Ser Leu865 870 875 880Glu Tyr Ile Gln Phe Val Pro Leu Leu Asn Leu Lys Pro Phe Ala Gln885 890 895Glu Leu Gln Leu Ser Val Leu Phe Leu Arg Thr Phe Gln Phe Leu Cys900 905 910Ser His Ser Cys Arg Asn Trp Leu Pro Leu Glu Gly Trp Asn His Val915 920 925Val Lys Leu Leu Cys Gly Ser Leu Thr Arg Leu Leu Asp Ser Val Arg930 935 940Ala Ile Gln Ala Ala Gly Pro Trp Val Gln Gly Pro Glu Gln Asp Leu945 950 955 960Thr Gln Glu Ala Leu Phe Val Tyr Thr Gln Val Phe Cys His Ala Leu965 970 975His Ile Met Ala Met Leu His Pro Glu Val Cys Glu Pro Leu Tyr Val980 985 990Leu Ala Leu Glu Thr Leu Thr Cys Tyr Glu Thr Leu Ser Lys Thr Asn995 10001005Pro Ser Val Ser Ser Leu Leu Gln Arg Ala His Glu Gln Cys Phe101010151020Leu Lys Ser Ile Ala Glu Gly Ile Gly Pro Glu Glu Arg Arg Gln102510301035Thr Leu Leu Gln Lys Met Ser Ser Phe10401045<210>5<211>20<212>DNA<213>引物<400>5ctgcccacca ccatctgcca 20<210>6<211>20<212>DNA<213>引物<400>6agcagcatgg ccaacagggg20<210>7<211>20<212>DNA<213>引物<400>7tgtggagggt tttcaggaag 20<210>8<211>20<212>DNA<213>引物<400>8tggagccagt attcctctcg 20
權利要求
1.一種對個體的腫瘤易感性進行檢測的方法，其特征在于，它包括步驟檢測該個體的HC56基因、轉(zhuǎn)錄本和/或蛋白，并與正常的HC56基因、轉(zhuǎn)錄本和/或蛋白相比較，存在差異就表明該個體患腫瘤的可能性高于正常人群。
2.如權利要求1所述的方法，其特征在于，檢測的是HC56的基因或轉(zhuǎn)錄本，并與正常HC56核苷酸序列比較差異，并且所述的差異選自下組SEQ ID NO3中第2004位處的C→T；SEQ ID NO3中第2080位處的A→G；SEQ ID NO3中第2655位處的G→C；SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第3358位處的G→A；SEQ ID NO3中第4092位處的A→G；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4564位處的C→G；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
3.如權利要求2所述的方法，其特征在于，所述的差異選自下組SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
4.如權利要求1所述的方法，其特征在于，檢測的是HC56蛋白，并與正常HC56蛋白的氨基酸序列比較差異，并且所述的差異選自下組SEQ ID NO4中222位處的Pro→Ser；SEQ ID NO4中247位處的Gln→Arg；SEQ ID NO4中439位處的Glu→Gln；SEQ ID NO4中568位處的Gly→Ala；SEQ ID NO4中582位處的Glu→Val；SEQ ID NO4中673位處的Arg→Gln；SEQ ID NO4中926位處的Asn→Asp；SEQ ID NO4中1022位處的Gys→Arg。
5.如權利要求4所述的方法，其特征在于，所述的差異選自下組SEQ ID NO4中568位處的Gly→Ala；SEQ ID NO4中582位處的Glu→Val；SEQ ID NO4中1022位處的Gys→Arg。
6.一種檢測腫瘤易感性的試劑盒，其特征在于，它包括特異性擴增HC56基因或轉(zhuǎn)錄本的引物，并且用所述引物擴增出的擴增產(chǎn)物含有選自下組的單核苷酸多態(tài)性部位SEQ ID NO3中第2004位處的C→T；SEQ ID NO3中第2080位處的A→G；SEQ ID NO3中第2655位處的G→C；SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第3358位處的G→A；SEQ ID NO3中第4092位處的A→G；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4564位處的C→G；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
7.如權利要求6所述的試劑盒，其特征在于，它還含有與所述的單核苷酸多態(tài)性部位特異性結(jié)合的探針和/或特異性識別單核苷酸多態(tài)性部位的限制性內(nèi)切酶，其中所述的單核苷酸多態(tài)性部位的核酸變化導致了限制性內(nèi)切酶的產(chǎn)生或消失。
8.如權利要求7所述的試劑盒，其特征在于，所述的限制性內(nèi)切酶選自SecI和EarI。
9.如權利要求6所述的試劑盒，其特征在于，所述的突變選自下組SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A。
10.一種分離的核酸，其特征在于，所述的核酸含有SEQ ID NO3中至少20-4750個連續(xù)核苷酸，并且還含有選自下組的突變SEQ ID NO3中第2004位處的C→T；SEQ ID NO3中第2080位處的A→G；SEQ ID NO3中第2655位處的G→C；SEQ ID NO3中第3043位處的G→C；SEQ ID NO3中第3085位處的A→T；SEQ ID NO3中第3358位處的G→A；SEQ ID NO3中第4092位處的A→G；SEQ ID NO3中第4404位處的T→C；SEQ ID NO3中第4564位處的C→G；SEQ ID NO3中第4602位處的G→A；或者，該核酸具有SEQ ID NO1所示的核苷酸序列。
全文摘要
本發(fā)明提供了一種對個體的腫瘤(如肝癌)易感性進行診斷的方法，它包括步驟檢測該個體的HC56基因、轉(zhuǎn)錄本和/或蛋白，并與正常的HC56基因、轉(zhuǎn)錄本和/或蛋白相比較，存在差異就表明該個體患腫瘤的可能性高于正常人群。本發(fā)明還提供了相應的檢測試劑盒。
文檔編號C07K14/435GK1424404SQ01142628
公開日2003年6月18日 申請日期2001年12月12日 優(yōu)先權日2001年12月12日
發(fā)明者萬大方, 顧健人 申請人:上海市腫瘤研究所