專利名稱：用于肽合成的化合物及方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本發(fā)明涉及用于肽合成的化合物及方法。

背景技術(shù)：
固相肽合成(SPPS)可用來制備多種肽序列。然而，一些序列通過SPPS的標(biāo)準(zhǔn)方法可能難以制備。這些困難序列通常特征為憎水氨基酸含量高和易于采用β-片層二級(jí)結(jié)構(gòu)。具有困難序列的肽可在合成期間發(fā)生聚集。聚集體可對最終肽產(chǎn)品的產(chǎn)率、純度和水溶性具有負(fù)面影響。
發(fā)明簡述 保護(hù)肽的骨架氮可防止合成期間的聚集。骨架氮可使用干擾涉及骨架氮的氫鍵形成的基團(tuán)來進(jìn)行修飾，這進(jìn)而又干擾β-片層結(jié)構(gòu)的形成，有時(shí)β-片層結(jié)構(gòu)可導(dǎo)致合成期間肽的聚集。特別地，包括骨架氮的修飾基團(tuán)可防止或降低Fmoc-或Boc-基固相肽合成期間肽聚集的發(fā)生。修飾基團(tuán)可破壞涉及骨架氮的氫鍵的形成。修飾基團(tuán)可提高肽的水溶性，并有利于肽的純化和表征。修飾基團(tuán)可適合用于Fmoc和Boc合成的反應(yīng)條件，并不干擾肽化學(xué)連接(ligation)。所希望地，修飾基團(tuán)可容易地從最終產(chǎn)物中除去。
在一方面，制備肽的方法包括形成包括骨架氮修飾基團(tuán)的肽，該骨架氮修飾基團(tuán)包括取代的芳基。取代的芳基包括定向部分(directing moiety)和親水部分。
所述肽可連結(jié)到固體載體上。該肽可包括至少一個(gè)通常存在的天然氨基酸殘基，其任選包括保護(hù)基。該肽可包括至少一個(gè)非天然存在的氨基酸殘基。
所述方法可包括向肽中加入氨基酸殘基，從而延長該肽。該方法可包括從固體載體上切下肽，而基本上沒有從肽中除去骨架氮修飾基團(tuán)。該方法可包括從肽中除去骨架氮修飾基團(tuán)。
取代的芳基可為取代的苯基。取代的苯基可為鄰位-未取代的(即，在2-和6-位未被取代的)。親水部分可包括叔胺。肽可基本上是水溶性的。
所述肽可具有式
X為O、S、NH或鍵。每個(gè)L1獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔。每個(gè)Rc獨(dú)立地為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基。
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素。R2任選被-L1-Rc取代。每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基(aryl-fused cycloalkyl)、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基。每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基(biaryl)。
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。
每個(gè)R9獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、取代的烷基、取代的芳基或鹵素；和每個(gè)R10獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、取代的烷基、取代的芳基或鹵素。
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基。A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子。
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起可形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子。
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基。R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起可形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子。
每個(gè)R5獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。
每個(gè)Rf和Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基。
R7為氫、烷基、芳基、芳烷基或固體載體。R8為氫、烷基、氨基保護(hù)基或具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基。
每個(gè)i和每個(gè)j獨(dú)立地為零或正整數(shù)。k為正整數(shù)，m為1或2，n為0、1、2、3或4。每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5，每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5，和z為1、2、3、4、5或6。
在以下情況中，所述肽包括至少一個(gè)-L1-Rc。該肽可具有式
X可為O。L1可為C1-C4亞烷基。Rc可為雜環(huán)烷基。特別地，-X-L1-Rc可為2-(嗎啉-4-基)乙氧基。每個(gè)R5獨(dú)立地可為氫或烷基。當(dāng)R7為固體載體時(shí)，R8可為氨基保護(hù)基。每個(gè)A可為C1亞烷基且每個(gè)R3a可為氫。所有i和所有j的總和可小于300。所述肽可具有不大于40kDa的分子量。R8可具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基。R6可為鹵素。當(dāng)用于該方法中時(shí)，每個(gè)j可為零。
所述方法可包括使肽與具有下式的化合物進(jìn)行接觸
其中，X、L1、Rc、R2和n如上所定義。在該化合物中，R4a可為氫、烷基或氨基保護(hù)基。該化合物可為4-(2-(嗎啉-4-基)乙氧基)芐胺。該方法包括將氨基酸殘基加入到肽中，從而形成更長的肽。
該方法包括使肽與具有下式的化合物進(jìn)行接觸
或
其中，X、L1、Rc、R2、R3、R3a、R4、R5、x、y和n如上所定義。在化合物中，R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基。R5為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基或離去基。w為0、1或2。
在另一方面，組合物包括肽，該肽包括包含取代的芳基的骨架氮修飾基團(tuán)，骨架氮修飾基團(tuán)包括定向部分和親水部分。該肽可包括多個(gè)骨架氮修飾基團(tuán)。
如上所定義，該肽可具有式
在另一方面，化合物具有式
其中，X、L1、Rc、R2和n如上所定義。在該化合物中，R4a可為氫、烷基或氨基保護(hù)基。
在另一方面，化合物具有式
或
其中，X、L1、Rc、R2、R4和n如上所定義。在該化合物中，R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基。R5為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R5任選被-ORf、-SRf、-CO2 Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基或離去基。w為0、1或2。
在又一個(gè)方面中，制備具有預(yù)定氨基酸序列的肽的方法包括確定至少一部分氨基酸序列的β-片層形成傾向(beta-sheet-forming propensity)，和基于經(jīng)確定的β-片層-形成傾向選擇序列的氨基酸殘基，以便以骨架氮修飾基團(tuán)來修飾。該骨架氮修飾基團(tuán)可包括取代的芳基，該取代的芳基包括定向部分和親水部分。
在下面描述中闡明了一個(gè)或多個(gè)實(shí)施方式的細(xì)節(jié)。從描述和權(quán)利要求中，其他特征、目的和優(yōu)勢是顯而易見的。
發(fā)明詳述 在包含能形成β-片層結(jié)構(gòu)或聚集的區(qū)域的肽的固相肽合成期間，β-片層結(jié)構(gòu)的形成和伴隨的肽聚集是欲克服的最困難的挑戰(zhàn)之一。大多數(shù)普通現(xiàn)有的方法有助于在SPPS的早期步驟中防止聚集，但這些方法在肽合成后面的步驟(例如，在純化和表征期間)中缺乏有效性。在后面的步驟中，將肽從固體載體中移出并脫保護(hù)，得到了難以純化和表征的不溶性粗肽，而不是純的、可溶性產(chǎn)物。目前防止聚集的方法也不適合標(biāo)準(zhǔn)SPPS規(guī)程。
β-片層由多個(gè)并行排列的β折疊鏈(strand)所組成。在β折疊鏈中的肽鍵采用幾乎完全伸展的形式。在β折疊鏈中的相鄰氨基酸的側(cè)鏈指向相反方向。通過氫鍵連結(jié)兩個(gè)或多個(gè)β折疊鏈而形成β-片層。在β-片層中的相鄰鏈可在相反方向上延伸(反向平行β-片層)或在相同方向上延伸(平行β-片層)。在反向平行排列中，每個(gè)氨基酸的NH基和CO基各自氫鍵鍵合到在相鄰鏈上的配偶體的CO基和NH基上。在平行排列中，氫鍵合配置稍微復(fù)雜些。對于每個(gè)氨基酸，NH基氫鍵鍵合到在相鄰折疊鏈上一個(gè)氨基酸的CO基上，而CO基氫鍵鍵合到沿著鏈遠(yuǎn)離兩個(gè)殘基的氨基酸的NH基上。多個(gè)β折疊鏈——一般為4或5個(gè)但可多至10個(gè)或更多——可聚集在β-片層中。該β-片層可以是完全反向平行的、完全平行的或混合的。
如果已經(jīng)知道或認(rèn)為肽的某個(gè)區(qū)域可形成β-片層結(jié)構(gòu)，則其易于形成β-片層結(jié)構(gòu)。例如，經(jīng)常在β-片層結(jié)構(gòu)中發(fā)現(xiàn)憎水殘基?？梢灶A(yù)測或估計(jì)特定區(qū)域形成β-片層結(jié)構(gòu)的傾向(例如，參見Smith，C.K.等人，Biochemistry1994，33(18)5510-7；和Creigton，T.E.Proteins，2nd ed.W.H.Freeman和Co.，New York.，1993，每個(gè)均通過引用而全部并入進(jìn)來)。
當(dāng)合成的肽在合成期間形成了β-片層結(jié)構(gòu)時(shí)，可引起肽的聚集，從而導(dǎo)致不希望的結(jié)果如低產(chǎn)率或不溶性產(chǎn)物。因?yàn)棣?片層依賴于在骨架氮和羰基氧原子之間的氫鍵合，可通過在這些位置上阻斷氫鍵合而防止β-片層的形成。骨架氮保護(hù)基可阻斷氫鍵合。優(yōu)選地，保護(hù)基適合于普通SPPS條件，有助于肽的水溶性，且當(dāng)合成完成時(shí)可有選擇地除去?？赏ㄟ^已知的二級(jí)結(jié)構(gòu)(如，通過X-射線或NMR結(jié)構(gòu)測定所揭示的)、推斷的二級(jí)結(jié)構(gòu)(如，基于序列同源性)或預(yù)測的二級(jí)結(jié)構(gòu)來指導(dǎo)待保護(hù)殘基的選擇。β-片層形成傾向的預(yù)測或估計(jì)可指導(dǎo)殘基的選擇以包括骨架氮保護(hù)基。特別地，可保護(hù)在易于形成β-片層結(jié)構(gòu)的區(qū)域中的一個(gè)或多個(gè)殘基的骨架氮。
固相肽合成描述在例如Weng C.Chan，和Peter D.WhiteFmoc SolidPhase Peptide SynthesisA Practical Approach，2000，Oxford University Press；和John Jones，Amino Acid and Peptide Synthesis，2002，Oxford UniversityPress，各自通過引用而全部并入進(jìn)來。用于固相肽合成的固體載體可包括如Merrifield樹脂、Wang樹脂或Rink樹脂。
通常，肽是包括肽鍵的化合物
一般，肽由胺與羧酸的縮合而形成。肽可為多肽，換句話說，包括兩個(gè)或多個(gè)肽鍵。肽可具有骨架(其包括肽鍵)和一個(gè)或多個(gè)側(cè)鏈。通常，側(cè)鏈為從骨架上支化出的取代基。
肽可由氨基酸縮合而形成。氨基酸是包括氨基和羧酸基的化合物。氨基酸還可包括側(cè)鏈。例如，氨基酸可具有式
其中，R代表側(cè)鏈。通常，氨基酸的側(cè)鏈?zhǔn)菑膶被B結(jié)到羧基上的骨架中支化出的取代基。氨基酸可為α氨基酸(如上所示，其中氨基連結(jié)在羧基的α位)、β氨基酸、γ氨基酸等。當(dāng)通過氨基酸的縮合形成肽時(shí)，肽可描述為包括氨基酸殘基。氨基酸殘基是指衍生自特定氨基酸的肽部分。例如，當(dāng)氨基酸丙氨酸

并入到肽中時(shí)，產(chǎn)生的殘基為

可通過多種氨基酸的順序縮合形成多肽。
肽可以包括任何任一立體化學(xué)構(gòu)型(即，以D-或L-構(gòu)型)、通常天然存在的氨基酸殘基(Ala、Cys、Asp、Glu、Phe、Gly、His、Ile、Lys、Leu、Met、Asn、Pro、Gln、Arg、Ser、Thr、Val、Trp和Tyr)。肽可包括其他氨基酸殘基，如通常天然存在的氨基酸的修飾形式或非天然氨基酸。可商購得到例如來自Novabiochem、Sigma-Aldrich和其他供應(yīng)商的用于SPPS中的多種非天然存在的氨基酸。
在SPPS期間可合適地使用保護(hù)基。保護(hù)基連結(jié)到潛在活性位點(diǎn)并防止不希望的反應(yīng)發(fā)生。優(yōu)選地，可有選擇性地全部除去某種保護(hù)基。在SPPS中，保護(hù)基可用于潛在反應(yīng)性氨基酸側(cè)鏈，如Ser、Thr、Trp、Arg、Lys、Cys、His、Asp、Glu、Tyr等的側(cè)鏈，和肽的N-或C-末端。保護(hù)基可包括例如tBoc Fmoc、Cbz、Bz等。例如參見Theodora W.Greene，Peter G.M.WutsProtective Groups in Organic Synthesis，3rded.Wiley Interscience，1999，其通過引用而全部并入進(jìn)來。例如，如可用叔丁基或芐基來保護(hù)羥基(如在Ser和Thr的側(cè)鏈中)。例如，可使用Bco或Fmoc保護(hù)基來保護(hù)氨基。已知用于反應(yīng)性側(cè)鏈的其他保護(hù)基。
使用骨架氮保護(hù)基可促進(jìn)困難序列的合成。例如，參見Johnson，T.等人，J.Chem.Soc.Chem.Commun.1993，369-372；White，P.等人，J.PeptideSci.2004，10，18-26；和Johnson，T.和Quibell，M.，Tetrahedron Lett.1994，35，463-466，各自通過引用而全部并入進(jìn)來。
骨架氮保護(hù)基如甲基、芐基和對-甲基芐基可在常規(guī)固相肽合成期間阻斷β-片層形成。這進(jìn)而可阻斷由如在β折疊鏈結(jié)構(gòu)之間的氫鍵形成而誘發(fā)的聚集。然而，這些骨架氮保護(hù)基難以通過氫化或HF而除去，或不能促進(jìn)所得肽在緩沖水溶液中的可溶性。
當(dāng)用作骨架氮保護(hù)基時(shí)，4-甲氧基取代芐基可比相應(yīng)的4-甲基取代芐基具有更高的酸不穩(wěn)定性(例如，參見Johnson，T.和Quibell，M.，TetrahedronLett.1994，35，463-466)。4-甲氧基取代芐基可通過HF或氫化而除去。然而，其不能有效地促進(jìn)所保護(hù)肽片段在緩沖水溶液中的可溶性。
骨架氮修飾基團(tuán)可防止涉及肽骨架氮的氫鍵的形成。這進(jìn)而又防止或降低SPPS期間的β-片層形成的程度。修飾基團(tuán)優(yōu)選促進(jìn)了肽在緩沖水溶液中的可溶性并且適合于標(biāo)準(zhǔn)SPPS規(guī)程。包括修飾基團(tuán)的肽基本上是水溶性的，換句話說，可溶于水、緩沖水溶液或水-溶劑混合物中。該肽在小于10mg/mL，小于1mg/mL或小于0.1mg/mL的濃度下是可溶的。
通常，骨架修飾基團(tuán)可包括取代的芳基，如取代的苯基。取代的芳基可包括定向部分和親水部分。定向部分是在芳環(huán)上如通過在環(huán)上的一個(gè)或多個(gè)位置增大或減小反應(yīng)性來影響環(huán)的反應(yīng)性的取代基。例如，羥基(-OH)取代基可為對位-定向部分(即，在羥基取代基的對位上影響反應(yīng)性)，硝基(-NO2)取代基可為間位-定向部分(即，在羥基取代基的間位上影響反應(yīng)性)。親水部分可增加包括修飾基團(tuán)的肽的水溶性。特別地，與在骨架氮修飾基團(tuán)上缺少親水部分的肽相比，親水部分可增加肽的水溶性。在特定實(shí)施方式中，定向部分和親水部分可都屬于芳環(huán)上的單個(gè)取代基。芳基任選為鄰位-未取代的。例如如果修飾基團(tuán)是取代芐基，則苯基的鄰-位(即，2-和6-位)可為未取代的。芳基可為間位-取代、對位-取代或同時(shí)為間位-取代和對位-取代。
修飾基團(tuán)可具有式
其中Ar為芳基，R1包括定向部分且R2包括親水部分；或R1包括定向部分和親水部分。定向部分例如可為釋電子基團(tuán)如羥基、烷氧基、氨基、烷基氨基或二烷基氨基。定向部分可在對位上。親水部分可包括雜原子如N、O或S。親水部分可包括親水基如羥基或叔胺。親水部分可包括雜環(huán)基。n可為0、1、2、3或4。
芳基為環(huán)芳基如苯基、萘基、茚基、2，3-二氫化茚基、薁基、芴基或蒽基；或雜環(huán)芳基如呋喃基、吡啶基、吡咯基、唑基、噻唑基、咪唑基、吡唑基、吲哚基、苯并[b]呋喃基、2，3-二氫苯并呋喃基、苯并咪唑基、嘌呤基、喹啉基、異喹啉基、噌啉基、2，3-二氮雜萘基或喹唑啉基。
雜環(huán)基是在環(huán)中包括一個(gè)或多個(gè)雜原子(通常為N、O或S)的環(huán)基。雜環(huán)基可為單環(huán)、二環(huán)、三環(huán)或具有四個(gè)或更多個(gè)環(huán)。當(dāng)存在超過一個(gè)的環(huán)時(shí)，環(huán)任選為稠合的。雜環(huán)基可為芳基、不飽和基(即，包括一個(gè)或多個(gè)雙鍵)或飽和基(即，僅包括單鍵)。雜環(huán)烷基可為飽和雜環(huán)基。雜環(huán)基的一些實(shí)例包括四氫呋喃基、二氫呋喃基、呋喃基、唑基、吡啶基、硫代唑基(thioxazolyl)、咪唑基、苯并咪唑基、吲哚基、吡咯基、吡咯烷基、嗎啉基、硫代嗎啉基和二烷基。
骨架氮修飾基團(tuán)可具有下式
其中 R1為-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb、鹵素或-X-L1-Rc。每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素。R2任選被-L1-Rc所取代。
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基。每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基。
X為O、S、NH或鍵。L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基。L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔。Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基。每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。n為0、1、2、3或4，m為1或2，和z為1、2、3、4、5或6。
在一些情況中，修飾基團(tuán)可具有式
其中R2、X、L1、Rc和n如上所定義。修飾基團(tuán)在鄰位上可是未取代的。
修飾基團(tuán)可具有式
可將修飾基團(tuán)并入到肽中。肽可具有式
或
其中其中R2、X、L1、Rc、R7、R9和R10如上所定義。每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基。任選包括選自N、O和S中的1-3個(gè)雜原子。每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起可形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子。
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基。R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起可形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子。
每個(gè)R5獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代。
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基。
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基。
R8為氫、烷基、氨基保護(hù)基，或具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基。
每個(gè)i獨(dú)立地為零或正整數(shù)。每個(gè)j獨(dú)立地為零或正整數(shù)。至少一個(gè)j可為正整數(shù)。k為正整數(shù)；n為0、1、2、3或4；m為1或2；每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；和每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5。
在肽中，X可為O，和L1可為C1-C4亞烷基。Rc可為-NRaRb或雜環(huán)烷基。特別地，-X-L1-Rc可為2-(嗎啉-4-基)乙氧基。每個(gè)R2可為氫。當(dāng)A為C1亞烷基時(shí)，x和y各自可為1，R3a可為氫。在一些情況中，每個(gè)A為C1亞烷基。當(dāng)R7為固體載體時(shí)，R8可為氫或氨基保護(hù)基。在肽中，每個(gè)i例如可小于50、小于30、小于20、小于10或小于5。在肽中的所有i和j的總和例如可小于300、小于200、小于100、小于75、小于50或小于40。肽的分子量(如果R7為固體載體時(shí)，則排除R7)例如可小于40kDa、小于30kDa、小于20kDa、小于15kDa、小于10kDa或小于5kDa。
制備肽的方法可包括使具有下式的肽和下式的化合物進(jìn)行接觸
其中R2、R3、R3a、R4、R5、X、L1、Rc、R7、i、j、k和n如上所定義，和R6為離去基；
其中R1、R2、R4a和n如上所定義。
在一些情況中，所述化合物可具有式
其中X、L1、Rc、R2、R4a和n如上所定義。
可將修飾基團(tuán)并入到氨基酸化合物或氨基酸衍生化合物中。化合物可具有式
或
其中X、L1、Rc、R4、R5和R2如上所定義。每個(gè)R3和每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基。R3和R3a每個(gè)獨(dú)立地任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRf、-NHC(＝NH)NRfRg所取代；R4為氫、烷基或氨基保護(hù)基。R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起可形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子。R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基。R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基、固體載體或離去基。w為0、1或2。氨基酸或氨基酸衍生化合物可用于固相肽合成中。當(dāng)R11為離去基時(shí)，R11可與其連結(jié)的羰基一起形成活化酯。活化酯例如可為對-硝基苯酯、N-羥基琥珀酰亞胺基酯、五氟苯基(OPfp)酯、3-羥基-2，3-二氫-4-氧-苯并三嗪酮(ODhbt)酯、1-羥基苯并三唑(HOBt)酯或1-羥基-7-氮雜苯并三唑(HOAt)酯。
對甲氧基芐基可為骨架氮修飾基團(tuán)。對-甲氧基取代基可作為定向部分，與類似的芐基或?qū)?甲基芐基修飾基團(tuán)相比，增大修飾基團(tuán)的反應(yīng)性。例如，作為骨架氮修飾基團(tuán)，對-甲氧基芐基比芐基或?qū)?甲基芐基可以是更為酸不穩(wěn)定的。然而，對-甲氧基芐基是弱水溶性部分。
為了增大水溶性而不累及4-甲氧基芐基的酸不穩(wěn)定性，可用更親水的2-(嗎啉-4-基)乙氧基代替甲氧基。骨架氮修飾基團(tuán)4-(2-嗎啉-4-基-乙氧基)芐基(MEB)已被合成出來并用于固相肽合成。

骨架氮修飾基團(tuán)可在固相合成期間安置在生長中的肽鏈上?？赏ㄟ^向生長中的鏈引入氨基酸前體而向肽鏈中加入受保護(hù)的氨基酸。氨基酸前體可包括羰基和α碳。α碳連結(jié)到側(cè)鏈上和離去基上。離去基可以被包括修飾基團(tuán)的化合物的氨基所置換，例如通過親核取代。以這種方式，將骨架氮-保護(hù)的氨基酸加入到生長肽鏈中。
例如，可在固相合成期間將MEB修飾基團(tuán)安置在肽上。使與固體載體結(jié)合的肽的自由氨基末端可與氨基酸前體如氯乙酰氯進(jìn)行反應(yīng)。所得的氯乙?；?取代肽可與MEBA進(jìn)行反應(yīng)，置換氯化物離去基。MEBA的氨基氮變成肽的骨架氮。
方案1圖示了向生長中的肽鏈中加入MEB-保護(hù)的氨基酸。在方案1中，聚合物結(jié)合的肽鏈包括氨基酸殘基1、2...、n-1(對應(yīng)于R1、R2...Rn-1指代的側(cè)鏈)。下一個(gè)要引入的氨基酸殘基(殘基n)具有由Rn表示的側(cè)鏈，衍生自合適的前體。例如，n可小于100、小于75、小于50、小于40、小于30、小于20或小于10。前體可包括活化羰基和α-碳。活化羰基例如可為酰鹵如?；然蝓；?，或活化酯如琥珀酰亞胺酯、對-硝基苯酯、五氟苯酯或1-羥基苯并三唑酯。其他活化羰基及其他活化酯是已知的。通常，活化羰基包括連結(jié)到羰基上的離去基(以LG1顯示)。Rn和離去基(以LG2顯示)可連結(jié)到α-碳上。離去基LG2例如可為鹵基。例如，如果殘基n為甘氨酸(Rn為氫)，則前體可為氯乙酰氯或溴乙酸酐；如果殘基n為丙氨酸(Rn為甲基)，則前體可為2-氯丙酰氯。一旦將前體加入到生長中的肽鏈中，則所得肽可與MEBA進(jìn)行反應(yīng)，由此加入氨基酸殘基n的MEB-保護(hù)的氨基。然后可使用標(biāo)準(zhǔn)程序持續(xù)進(jìn)行肽鏈的合成。如方案1中顯示，通過與氨基酸殘基n的MEB-保護(hù)的氨基進(jìn)行反應(yīng)，可加入氨基酸殘基n+1。
方案1
Rn例如可為氫或烷基。Rn可H、-CH3、-CH(CH3)2、-CH2CH(CH3)2或-CH(CH3)CH2CH3，從而使得在位置n上的氨基酸殘基可為Gly、Ala、Val、Leu或Ile。
或者，可首先將MEB基摻入到氨基酸中，然后在SPPS期間將氨基酸加入到生長中的肽鏈中。如方案2中顯示，將含MEB氨基酸的羧酸偶聯(lián)到連結(jié)在載體上的肽的自由氨基上。含MEB氨基酸可包括氨基保護(hù)基，如Fmoc(如方案2中顯示)或Boc。可以對含MEB氨基酸脫保護(hù)以除去氨基保護(hù)基，將下一個(gè)氨基酸加入到肽中。
方案2
在另一種方法中，可首先將MEB基并入到二肽中，然后在SPPS期間將二肽加入到生長中的肽鏈中。如方案3中顯示，將含MEB二肽的羧酸偶聯(lián)到連結(jié)在載體上的肽的自由氨基上。含MEB二肽可包括氨基保護(hù)基，如Fmoc(如方案3中顯示)或Boc?？蓪⒑琈EB二肽脫保護(hù)以除去氨基保護(hù)基，再將下一個(gè)氨基酸加入到肽中。
方案3
在一些情況中，通過首先合成兩個(gè)(或多個(gè))較短的肽來制備長肽(如，大于40、大于50、大于75、大于100，或者150或更多個(gè)殘基的肽)是合適的。可使用天然化學(xué)連接(chemical ligation)來提供較短的肽，以得到更長的肽(例如，參見Dawson、P.E.等人，Science(1994)266、776，其通過引用全部并入進(jìn)來)。通常，天然化學(xué)連接可從兩個(gè)較短的肽——一個(gè)具有C-末端硫酯(如，芳基硫酯)，而另一個(gè)肽具有N-末端半胱氨酸殘基——形成了更長的肽。為了進(jìn)行天然化學(xué)連接，兩個(gè)肽應(yīng)為水溶性的和非常純的。如果較短的肽中的一個(gè)包括困難序列，其可制備為具有骨架氮修飾基團(tuán)。可在除去骨架氮修飾基團(tuán)之前進(jìn)行天然化學(xué)連接。連接后的肽在除去骨架氮修飾基團(tuán)后可呈現(xiàn)特有的3-維折疊。
實(shí)施例 MEBA的合成 4-(2-嗎啉代乙氧基)苯腈在250mL無水二甲基甲酰胺(DMF)中將6.1g(0.051mol)4-氰基苯酚(Aldrich)與14.3g(0.0768mol)4-(2-氯乙基)嗎啉鹽酸鹽(Aldrich)、21.1g(0.153mol)碳酸鉀和2g碘化鉀混合，并在60℃加熱4小時(shí)。通過LC/MS和TLC(EtOAc/己烷1∶1或100％EtOAc)監(jiān)控反應(yīng)。使用含1％三乙胺(TEA)的己烷使TLC板減活。反應(yīng)完成后，過濾反應(yīng)混合物并使用10mL DMF將沉淀物洗滌三次。通過旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)器濃縮濾液。將殘留物溶于二氯甲烷中，通過使用含1％TEA的10％EtOAc/己烷預(yù)處理的二氧化硅進(jìn)行過濾，并用乙酸乙酯沖洗。產(chǎn)率得到了9.6g(81％)為白色至輕微粉紅色的針狀4-(2-嗎啉代乙氧基)苯腈化合物。
4-(2-嗎啉代乙氧基)芐基胺(MEBA)將LiAlH4在四氫呋喃(THF)中的1.0M溶液10mL滴加到攪拌、冷卻的(0-4℃)在無水THF中的1.15g 4-(2-嗎啉代乙氧基)苯腈的溶液中。加入完成后，將反應(yīng)溫?zé)岬绞覝?。通過LC/MS監(jiān)控反應(yīng)的起始原料消失和醛副產(chǎn)物(M+H＝236)。醛副產(chǎn)物的存在可表明還原不完全，因?yàn)樵诜治銎陂g由未反應(yīng)的亞胺可形成醛。6-8小時(shí)后，將反應(yīng)混合物緩慢加入到飽和NH4Cl(50mL)的攪拌、冷卻溶液中，攪拌30分鐘并過濾。用25mL乙酸乙酯萃取濾液。分離水相并加入水相一半體積的50％NaOH。用50mL二氧六環(huán)萃取該混合物兩次。將合并的二氧六環(huán)萃取物與固體氫氧化鉀(～1g)一起攪拌30分鐘以除去水。除去氫氧化鉀漿狀物并利用旋轉(zhuǎn)蒸發(fā)器去除溶劑。將所得無色油在4℃靜置結(jié)晶。產(chǎn)率980mg，84％。
將MEB基引入肽中 方法1。使用與樹脂結(jié)合的α-溴羧酰胺，通過烷基化反應(yīng)將MEB基加入到肽序列上預(yù)先選擇的位點(diǎn)上(例如，在甘氨酸殘基上)。從溴乙酸(3.2mmol，444.64mg)現(xiàn)時(shí)制備溴乙酸酐。將在冷二氯甲烷(12mL)中的溴乙酸酐和二異丙基碳二亞胺(0.16mmol，0.025mL)加入到樹脂承載的生長中的肽鏈(0.16mmol，400mg)的N-末端上。使用標(biāo)準(zhǔn)Fmol規(guī)程合成肽。將混合物在20℃下輕輕振蕩1小時(shí)。使用50mL聚丙烯濾管過濾混合物。使用二氯甲烷(4×10mL)洗滌樹脂。將在二氯甲烷(2mL)中的MEBA(5.25mmol，1.24g)加入到樹脂中。將混合物在20℃下輕輕搖動(dòng)20小時(shí)。使用二氯甲烷(4×5mL)洗滌樹脂。使用方法1，從溴乙酸酐衍生了保護(hù)殘基(甘氨酸)的羰基碳和α碳，從MEBA衍生了保護(hù)殘基的骨架氮。然后使用標(biāo)準(zhǔn)Fmoc規(guī)程繼續(xù)進(jìn)行肽鏈的合成?？墒褂蒙鲜龇椒▽⒍鄠€(gè)MEB基沿著鏈在多個(gè)位點(diǎn)上插入到肽鏈中。
方法2。在該方法中，使用二肽單元(見下面)來修飾肽序列的預(yù)選擇位點(diǎn)，所述二肽單元中已使用MEB基保護(hù)酰胺鍵。然后將經(jīng)保護(hù)的二肽單元偶聯(lián)到生長中的肽的N-末端上，再使用標(biāo)準(zhǔn)Fmol規(guī)程繼續(xù)合成。
MEB-保護(hù)的二肽的制備。向預(yù)加載溴乙酸的HMP-樹脂(1mmol，2.5g)中加入在二氯甲烷(10mL)中的MEBA(5.2mmol，1.23g)，并在20℃下振蕩混合物20小時(shí)。使用50mL聚丙烯濾管過濾混合物。使用二氯甲烷(4×10mL)洗滌樹脂。將在N，N-二甲基甲酰胺(20mL)中的N-α-Fmoc-保護(hù)氨基酸(5mmol)、溴代三吡咯烷膦六氟磷酸鹽(4.8mmol，2.24g)和N，N-二異丙基乙胺(10mmol，1.74mL)的混合物在20℃下混合5分鐘，然后加到樹脂上。將樹脂在20℃下振蕩18小時(shí)。然后使用N，N-二甲基甲酰胺(4×10mL)和二氯甲烷(2×10mL)洗滌樹脂。將樹脂真空干燥。使用三氟乙酸/水，9/1(10.0mL)在20℃下從樹脂上切下二肽，持續(xù)2小時(shí)。過濾三氟乙酸-樹脂混合物以除去樹脂。在減壓下除去三氟乙酸，得到MEB-保護(hù)的二肽單元。然后該二肽可用于更長肽的SPPS中。
從合成肽中除去MEB基 將包含MEBA-修飾肽(0.018mmol，25mg)和對-甲酚(400mg)的混合物的50-mL Teflon管放置在HF裝置上。將管浸入到干冰丙酮浴中并冷凝無水氟化氫(10mL)。然后，使用包含碎冰的水浴替代干冰丙酮浴，并將反應(yīng)物磁性攪拌1小時(shí)。用30分鐘時(shí)間，使用氮?dú)庥?0psi下從Teflon管中蒸發(fā)氟化氫并收集到氫氧化鉀的15％溶液中。從HF裝置中移出Teflon管并使用冷卻乙醚沉淀肽。然后使用乙腈-水的50％溶液收集固體肽。冷凍并凍干該溶液得到MEB-保護(hù)的肽。
骨架氮修飾基團(tuán)的除去 表1歸納了測量多種條件下除去骨架氮修飾基團(tuán)的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
表1
多肽的合成 為了測量固相肽合成期間的MEB防止肽聚集的能力，合成了具有高含量β片層二級(jí)結(jié)構(gòu)的肽片段。序列CEAKPWYEPIYLGGVFQLEKGDRLSAEINRPDYLLFAESGQVYFGIIAL對應(yīng)于人類TNF-α的C-末端。在Applied Biosystems 433 A肽合成器上根據(jù)生產(chǎn)特定規(guī)程，使用Fmoc-保護(hù)的氨基酸通過固相肽合成制備了這種48個(gè)氨基酸的肽。將商業(yè)購得的Fmoc-Leu-Wand樹脂(0.47g，0.42mmol/g)裝入到反應(yīng)器中，在每個(gè)偶聯(lián)步驟中使用5倍過量的活化Fmoc-氨基酸來延長該序列。通過加入含等摩爾量HBTU和HOBt以及2當(dāng)量DIEA的DMF來活化Fmoc-氨基酸。使用方法1在G13、G40和G45處引入三個(gè)MEB基。使用TFA/EDT/TA/苯酚/水/TIPS (68.5∶10∶10∶5∶3.5∶1 V∶V)將肽從樹脂中切割出來并脫保護(hù)。過濾TFA樹脂混合物。向?yàn)V液中加入冷卻的二乙醚以沉淀出肽，然后在2500 RPM下離心5分鐘。使用冷卻的二乙醚將離心沉淀物洗滌三次。然后將肽溶解在95％乙酸中并凍干。在具有214-nm UV檢測器的Varian 210HPLC系統(tǒng)中通過反相HPLC(＞98％純度)純化肽，使用Higgins Analytical C8柱(2×25cm)、經(jīng)過45分鐘25-65％乙腈的線性梯度，以及在0.1％CF3CO2H中5mL/分的流速。LC-ESI-MS純化的肽顯示出正確的質(zhì)量(M+1 6，239.24)。
嘗試了使用未在G13、G40和G45引入3個(gè)MEB基團(tuán)的常規(guī)固相肽合成來制備相同48氨基酸肽，沒有成功。
其他實(shí)施方式在下面權(quán)利要求書的范圍內(nèi)。
權(quán)利要求
1.制備肽的方法，包括形成包括骨架氮修飾基團(tuán)的肽，其中所述骨架氮修飾基團(tuán)包括取代的芳基，所述取代的芳基包括定向部分和親水部分。
2.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述肽連結(jié)到固體載體上。
3.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述肽包括至少一個(gè)通常天然存在的氨基酸殘基，其中所述通常天然存在的氨基酸殘基任選包括保護(hù)基。
4.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述肽包括至少一個(gè)非天然存在的氨基酸殘基。
5.權(quán)利要求1所述的方法，還包括向所述肽中加入氨基酸殘基，從而延長所述肽。
6.權(quán)利要求2所述的方法，還包括從所述固體載體上切下所述肽，其中切下所述肽基本上沒有從所述肽中除去所述骨架氮修飾基團(tuán)。
7.權(quán)利要求1所述的方法，還包括從所述肽中除去所述骨架氮修飾基團(tuán)。
8.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述取代的芳基是取代的苯基。
9.權(quán)利要求8所述的方法，其中所述取代的苯基是鄰位-未取代的。
10.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述親水部分包括叔胺。
11.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述肽是基本上水溶性的。
12.權(quán)利要求1所述的方法，其中所述肽具有式
其中
X為O、S、NH或鍵；
每個(gè)L1獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
每個(gè)Rc獨(dú)立地為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)R9獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、取代的烷基、取代的芳基或鹵素；
每個(gè)R10獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、取代的烷基、取代的芳基或鹵素；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R5獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R7為氫、烷基、芳基、芳烷基或固體載體；
R8為氫、烷基、氨基保護(hù)基或具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基；
每個(gè)i獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
每個(gè)j獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
k為正整數(shù)；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
z為1、2、3、4、5或6。
13.權(quán)利要求12所述的方法，其中所述肽包括至少一個(gè)-L1-Rc。
14.權(quán)利要求12所述的方法，其中所述肽具有式
其中
X為O、S、NH或鍵；
每個(gè)L1獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
每個(gè)Rc獨(dú)立地為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R5獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R7為氫、烷基、芳基、芳烷基或固體載體；
R8為氫、烷基、氨基保護(hù)基或具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基；
每個(gè)i獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
每個(gè)j獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
k為正整數(shù)；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
z為1、2、3、4、5或6。
15.權(quán)利要求14所述的方法，其中X為O。
16.權(quán)利要求15所述的方法，其中L1為C1-C4亞烷基。
17.權(quán)利要求16所述的方法，其中Rc為雜環(huán)烷基。
18.權(quán)利要求14所述的方法，其中X-L1-Rc為2-(嗎啉-4-基)乙氧基。
19.權(quán)利要求12所述的方法，其中每個(gè)R5獨(dú)立地為氫或烷基。
20.權(quán)利要求12所述的方法，其中R7為固體載體且R8為氨基保護(hù)基。
21.權(quán)利要求12所述的方法，其中每個(gè)A為C1亞烷基且每個(gè)R3a為氫。
22.權(quán)利要求12所述的方法，其中所有i和所有j的總和小于300。
23.權(quán)利要求12所述的方法，其中所述肽具有不超過40 kDa的分子量。
24.權(quán)利要求12所述的方法，其中R8具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基。
25.權(quán)利要求24所述的方法，其中每個(gè)j為零。
26.權(quán)利要求24所述的方法，其中R6為鹵素。
27.權(quán)利要求24所述的方法，還包括使所述肽與具有下式的化合物相接觸
其中
X為O、S、NH或鍵；
L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；和
z為1、2、3、4、5或6。
28.權(quán)利要求27所述的方法，其中所述化合物為4-(2-(嗎啉-4-基)乙氧基)芐基胺。
29.權(quán)利要求28所述的方法，還包括向所述肽中加入氨基酸殘基，從而形成更長的肽。
30.權(quán)利要求12所述的方法，還包括使所述肽與具有下式的化合物相接觸
其中
X為O、S、NH或鍵；
L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基；
R5為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基或離去基；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
w為0、1或2；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；和
z為1、2、3、4、5或6。
31.權(quán)利要求1 2所述的方法，還包括使所述肽與具有下式的化合物相接觸
其中
X為O、S、NH或鍵；
L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
R5為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基或離去基；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
w為0、1或2；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；和
z為1、2、3、4、5或6。
32.包含包括骨架氮修飾基團(tuán)的肽的組合物，其中所述骨架氮修飾基團(tuán)包括取代的芳基，所述取代的芳基包括定向部分和親水部分。
33.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述肽包括多個(gè)骨架氮修飾基團(tuán)。
34.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述肽連結(jié)到固體載體上。
35.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述肽包括至少一個(gè)通常天然存在的氨基酸殘基，其中所述通常天然存在的氨基酸殘基任選包括保護(hù)基。
36.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述肽包括至少一個(gè)非天然存在的氨基酸殘基。
37.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述取代的芳基是取代的苯基。
38.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述取代的苯基是鄰位-未取代的。
39.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述親水部分包括叔胺。
40.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述肽是基本上水溶性的。
41.權(quán)利要求32所述的組合物，其中所述肽具有式
其中
X為O、S、NH或鍵；
每個(gè)L1獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
每個(gè)Rc獨(dú)立地為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基、)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)R9獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、取代的烷基、取代的芳基或鹵素；
每個(gè)R10獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、取代的烷基、取代的芳基或鹵素；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-1 4元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R5獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R7為氫、烷基、芳基、芳烷基或固體載體；
R8為氫、烷基、氨基保護(hù)基或具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基；
每個(gè)i獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
每個(gè)j獨(dú)立地為零或正整數(shù)，條件是至少一個(gè)j是正整數(shù)；
k為正整數(shù)；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
z為1、2、3、4、5或6。
42.權(quán)利要求41所述的組合物，其中所述肽包括至少一個(gè)-L1-Rc。
43.權(quán)利要求41所述的組合物，其中所述肽具有式
其中
X為O、S、NH或鍵；
每個(gè)L1獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
每個(gè)Rc獨(dú)立地為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R5獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R7為氫、烷基、芳基、芳烷基或固體載體；
R8為氫、烷基、氨基保護(hù)基或具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基；
每個(gè)i獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
每個(gè)j獨(dú)立地為零或正整數(shù)；
k為正整數(shù)；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
z為1、2、3、4、5或6。
44.權(quán)利要求43所述的組合物，其中X為O。
45.權(quán)利要求44所述的組合物，其中L1為C1-C4亞烷基。
46.權(quán)利要求44所述的組合物，其中Rc為雜環(huán)烷基。
47.權(quán)利要求43所述的組合物，其中X-L1-Rc為2-(嗎啉-4-基)乙氧基。
48.權(quán)利要求4 1所述的組合物，其中每個(gè)R5獨(dú)立地為氫或烷基。
49.權(quán)利要求41所述的組合物，其中R7為固體載體且R8為氨基保護(hù)基。
50.權(quán)利要求41所述的組合物，其中R7為氫且R8為氫。
51.權(quán)利要求41所述的組合物，其中每個(gè)A為C1亞烷基且每個(gè)R3a為氫。
52.權(quán)利要求41所述的組合物，其中所有i和所有j的總和小于300。
53.權(quán)利要求41所述的組合物，其中所述肽具有不超過40kDa的分子量。
54.權(quán)利要求41所述的組合物，其中R8具有式-C(＝O)CH(R5)R6，其中R6為離去基。
55.權(quán)利要求54所述的組合物，其中R6為鹵素。
56.具有下式的化合物
其中
X為O、S、NH或鍵；
L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；和
z為1、2、3、4、5或6。
57.具有下式的化合物
其中
X為O、S、NH或鍵；
L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
R4a為氫、烷基或氨基保護(hù)基；
R5為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基、固體載體或離去基；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
w為0、1或2；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；和
z為1、2、3、4、5或6。
58.具有下式的化合物
其中
X為O、S、NH或鍵；
L1為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中L1任選被-C(O)-、-O-、-C(O)NRd-、-NRd-C(O)-、-NRdC(O)NRd-、-OC(O)NRd-、-NRd-C(O)-O-、-S-、-S(O)m-、-NRdSO2-、-SO2NRd-或-NRd-中的一個(gè)或多個(gè)所間隔；
Rc為-NRaRb、-ORa、-SRa、-S(O)mRa、-S(O)2NRaRb、-S(O)mORa、-NRdC(O)Re、-O(CRdRe)zNRaRb、-C(O)Ra、-C(O)NRdRe、-NRaC(O)Rb、-OC(O)NRaRb、-NRdC(O)ORa、-NRdC(O)NRaRb、雜環(huán)烷基或(雜環(huán)烷基)烷基；
每個(gè)R2獨(dú)立地為氫、-Ra、-ORa、-SRa、-NRaRb、-NRaC(＝O)Rb或鹵素，其中R2任選被-L1-Rc取代；
每個(gè)Ra獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rb獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基、芳基、芳基-稠合環(huán)烷基、芳烷基、芳基-取代的烯基、芳基-取代的炔基、環(huán)烯基-取代的環(huán)烷基或聯(lián)芳基；
每個(gè)Rd獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)Re獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、(環(huán)烷基)烷基、環(huán)烯基、雜環(huán)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；
每個(gè)A獨(dú)立地為C1-C10亞烷基、亞烯基、亞炔基、亞環(huán)烷基、亞芳基或亞芳烷基，其中A任選包括選自N、O和S的1-3個(gè)雜原子；
每個(gè)R3獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)R3a獨(dú)立地為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R3a任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；或R3和R3a與它們所連結(jié)的原子一起形成3-1 4元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
每個(gè)R4獨(dú)立地為氫或烷基；或R3和R4與它們所連結(jié)的原子一起形成3-14元環(huán)、雙環(huán)或三環(huán)部分，其任選包括選自N、O和S的1-6個(gè)雜原子；
R5為氫、烷基、烯基、炔基、環(huán)烷基、雜環(huán)烷基、芳烷基、(環(huán)烷基)烷基、(雜環(huán)烷基)烷基或芳基；R5任選被-ORf、-SRf、-CO2Rf、鹵素、鹵烷基、-CN、-NO2、-NRfRg、-C(＝O)NRfRg或-NHC(＝NH)NRfRg所取代；
每個(gè)Rf獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
每個(gè)Rg獨(dú)立地為氫、烷基、芳基、芳烷基或保護(hù)基；
R11為羥基、烷氧基、芳氧基、芳烷氧基、固體載體或離去基；
m為1或2；
n為0、1、2、3或4；
w為0、1或2；
每個(gè)x獨(dú)立地為1、2、3、4或5；
每個(gè)y獨(dú)立地為1、2、3、4或5；和
z為1、2、3、4、5或6。
59.制備具有預(yù)定氨基酸序列的肽的方法，包含
確定至少一部分所述氨基酸序列的β-片層形成傾向；和
基于經(jīng)確定的β-片層-形成傾向選擇序列的氨基酸殘基，以便以骨架氮修飾基團(tuán)來修飾。
60.權(quán)利要求59所述的方法，其中所述骨架氮修飾基團(tuán)包括取代的芳基，所述取代的芳基包括定向部分和親水部分。
全文摘要
骨架氮修飾基團(tuán)可防止肽合成期間的肽聚集。所述修飾基團(tuán)可促進(jìn)所述肽的水溶性，和適合于固相肽合成。也描述了用來制備肽的方法。
文檔編號(hào)C07K17/00GK101184779SQ200680018284
公開日2008年5月21日 申請日期2006年3月24日 優(yōu)先權(quán)日2005年3月25日
發(fā)明者朱利奧·H·奎爾沃, 米爾卡·亞納奇科瓦, 拉塞爾·C·彼得, 托馬斯·F·杜蘭德-雷維爾, 喬斯·C·希門尼斯-加西亞 申請人:比奧根艾迪克Ma公司