專利名稱：修飾核苷、其類似物以及由它們制備的寡聚化合物的制作方法
技術(shù)領(lǐng)域：
本文提供了 5'修飾核苷、其類似物以及由它們制備的寡聚化合物。更具體地講，提供了可用于并入到寡聚化合物的一個末端位置(優(yōu)選5'位置)的5'修飾核苷及其類似物。在某些實施方案中，預期本文提供的寡聚化合物具有增強的核酸酶穩(wěn)定性。在某些實施方案中，預期本文提供的并入這些5,修飾核苷或其類似物中的一者或多者的寡聚化合物和組合物與靶RNA的一部分雜交，從而導致靶RNA正常功能的喪失。還預期這些寡聚化合物可用作診斷應用中的引物和探針。
背景技術(shù)：
在30多年前，人們首次提出了靶向致病基因序列(Belikova等，Tet.Lett.，1967，37，3557-3562)，并在10多年后在細胞培養(yǎng)中證實了反義活性(Zamecnik等，Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A.，1978，75，280-284)。反義技術(shù)在治療源于致病基因的疾病或病癥中的一個優(yōu)勢在于，其是一種能夠調(diào)節(jié)(增加或減少)特定致病基因表達的直接遺傳學方法。另一個優(yōu)勢在于，使用反義化合物`驗證治療靶導致直接和立即發(fā)現(xiàn)候選藥物；反義化合物是潛在的治療劑。一般來講，反義技術(shù)背后的原理是反義化合物與靶核酸雜交并調(diào)節(jié)基因表達活性或功能，諸如轉(zhuǎn)錄或翻譯?；虮磉_的調(diào)節(jié)能可通過例如靶降解或占位型抑制而實現(xiàn)。通過降解調(diào)節(jié)RNA靶功能的一個實例是與DNA樣反義化合物雜交后靶RNA的基于RNA酶H的降解。通過靶降解調(diào)節(jié)基因表達的另一個實例是RNA干擾(RNAi)。RNAi—般是指涉及引入dsRNA的反義介導的基因沉默，從而導致被靶向的內(nèi)源性mRNA水平發(fā)生序列特異性降低。通過占位型機制調(diào)節(jié)RNA靶功能的另外實例為調(diào)節(jié)microRNA功能。MicroRNA是調(diào)控編碼蛋白質(zhì)的RNA的表達的非編碼小RNA。反義化合物與microRNA的結(jié)合防止microRNA結(jié)合到其信使RNA靶，并因而干擾microRNA的功能。無論具體機制如何，此序列特異性都使得反義化合物在以下方面極富吸引力:作為靶驗證和基因功能確定的工具，以及作為治療劑以選擇性地調(diào)節(jié)惡性腫瘤和其它疾病發(fā)病機理中涉及的基因表達。反義技術(shù)是減少一種或多種特定基因產(chǎn)物表達的有效手段，并因此可以證明可獨特地用于多種治療、診斷和研究應用?；瘜W修飾的核苷通常被用于并入到反義化合物中，以增強一種或多種特性，諸如核酸酶抗性、藥代動力學或?qū)Π蠷NA的親和力。在1998 年，反義化合物 Vitravene ⑩(福米韋生(fomivirsen);由 Isis PharmaceuticalsInc.,Carlsbad，CA開發(fā))是第一種得到美國食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)核準上市的反義藥物，并且目前被用于治療AIDS患者中巨細胞病毒(CMV)誘導的視網(wǎng)膜炎。新的化學修飾已經(jīng)改善了反義化合物的效能和功效，從而揭示口腔遞送以及增強皮下施用可能性、降低副作用的可能性，并引起患者便利性得到改善。增強反義化合物的效能的化學修飾允許施用較低的劑量，這減小毒性的可能性，以及降低治療的總成本。增強對降解的抗性的修飾會導致較慢的體內(nèi)清除，從而允許降低給藥頻率。在一種化合物中，可組合不同類型的化學修飾，以進一步優(yōu)化化合物的功效。-取代DNA和RNA衍生物的合成及其并入到寡聚化合物中在以下文獻中已有所報道(Saha 等，J.0rg.Chem.，1995，60，788-789 ;Wang 等，Bioorganic & MedicinalChemistry Letters, 1999, 9, 885-890 ；以及 Mikhailov 等，Nucleosides & Nucleotides, 1991，10 (1-3)，339-343 ；Leonid 等，1995，14 (3-5)，901-905 ；以及 Eppacher 等，Helvetica Chimica Acta, 2004，87，3004-3020)。也已經(jīng)用修飾的堿基將 5'-取代的單體制備成單憐酸酯制備(Wang等，Nucleosides Nucleotides & NucleicAcids, 2004，23(1&2)，317-337)。已經(jīng)對一類在多個位置(包括糖環(huán)的Y -位和V -位)包括任選修飾的修飾核苷以及在其中并入了這些修飾核苷的寡聚化合物進行了報道(參見國際申請?zhí)?PCT/US94/02993,以 TO 94/22890 在 1994 年 10 月 13 日公布)。之前曾報道了 5' -012取代2' -O-保護核苷的合成及其并入到寡聚物中(參見Wu等，Helvetica Chimica Acta, 2000, 83, 1127-1143 和 Wu 等 Bioconjugate Chem.1999, 10,921-924)。已經(jīng)制備了酰胺連接的核苷二聚體，用于并入到寡核苷酸中，其中二聚體(5'至 3')中 3'連接的核苷包含 2' -OCH3 和 5 ' - (S) -CH3 (Mesmaeker 等，Synlett,1997， 1287-1290)。之前曾報道了一類2'-取代5' -CH2 (或0)修飾核苷以及將它們并入到寡核苷酸中進行了討論(參見國際申請?zhí)?PCT/US92/01020，以WO 92/13869在1992年2月7日公布)。之前曾報道了具有2'-取代的修飾5'-亞甲基膦酸酯單體的合成及其在制備修飾抗病毒二聚體中的用途(參見美國專利申請?zhí)?10/418，662，以US 2006/0074035在2006年4月6日公布)。已經(jīng)制備了 5’ -炔基膦酸酯核糖核苷的多種類似物，并在以下文獻中進行了報道(參見 Meurillon 等，Tetrahedron, 2009, 65, 6039-6046 以及 Nucleic Acids SymposiumSeries, 2008，52 (I)，565-566 ；Lera 等，Org.Lett.，2000，2 (24)，3873-3875)。已經(jīng)對5’-乙烯基膦酸酯DNA和RNA單體的制備及其在制備用于寡核苷酸合成的二聚化合物中的用途進行了描述。也已經(jīng)討論了它們的生化研究(參見Whittaker等，Tet.Lett., 2008, 49, 6984-6987 ；Abbas 等，Org.Lett., 2001, 3 (21), 3365-3367 ；Bertram 等，Biochemistry, 2002，41，7725-7731 ；Zhao 等，Tet.Lett.，1996，37 (35)，6239-6242 和 Jung,等，Bioorg.Med.Chem.，2000，8，2501-2509)。已經(jīng)制備了多種BNA，并在專利文獻以及科學文獻中進行了報道，參見例如:Singh 等，Chem.Commun., 1998, 4, 455-456 ;Koshkin 等，Tetrahedron, 1998, 54, 3607-3630 ；Wahlestedt 等，Proc.Natl.Acad.Sc1.U.S.A., 2000, 97, 5633-5638 ；Kumar 等，Bioorg.Med.Chem.Lett.，1998，8，2219-2222 ；ffengel 等的 PCT 國際申請 WO 98-DK393 19980914 ；Singh等，J.0rg.Chem.，1998，63，10035-10039 ;它們均全文以引用方式并入本文。已授權(quán)的美國專利以及已公布的專利申請的實例包括例如:美國專利7，053，207,6, 770，748,6, 268，490和 6，794，499，以及已公布的美國專利申請 20040219565、20040014959、20030207841、20040192918,20030224377,20040143114 和 20030082807 ;它們均全文以引用方式并入本文。在文獻中已報道了多種環(huán)己六醇核苷類似物的合成，參見例如=Verheggen等，J.Med.Chem.，1995，38，826-835 ；Altmann 等，Chimia, 1996，50，168-176 ；Herdewijn 等，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1996, 6(13), 1457-1460 ；Verheggen等，Nucleosides & Nucleotides, 1996, 15 (1-3), 325-335 ；0strowski 等，J.Med.Chem., 1998, 41, 4343-4353 ；A1 Iart 等，Tetrahedron., 1999, 55, 6527-6546 ；ffouters等，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1999, 9, 1563-1566 ；Brown,等，DrugDevelopment Res.，2000，49，253-259 ;已公布的PCT 申請:WO 93/25565,WO 02/18406和 WO05/049582 ;美國專利 5，314，893,5, 607，922 和 6，455，507。已經(jīng)描述了作為單體的多種環(huán)己六醇核苷類似物，并且也已將它們并入到了寡聚化合物中(參見例如:已公布的PCT申請WO 93/25565，于1993年12 月 23 日公布；Augustyns 等 Nucleic Acids Res.，1993，21 (20)，4670-4676 ;Verheggen 等，J.Med.Chem., 1993, 36, 2033-2040 ；Van Aerschol 等，Angew.Chem.1nt.Ed.Engl., 1995, 34 (12), 1338-1339 ；Ander son 等，TetrahedronLetters, 1996，37(45)，8147-8150 ；Herdewijn 等，Liebigs Ann.，1996，1337-1348 ；DeBouvere 等，Liebigs Ann./Recueil, 1997, 1453-1461; 1513-1520 ；Hendrix 等，Chem.Eur.J.，1997，3(1)，110-120 ；Hendrix 等，Chem.Eur.J.，1997，3(9)，1513-1520 ；Hossain etal, J.0rg.Chem.，1998，63，1574-1582 ；Allart 等，Chem.Eur.J.，1999，5 (8)，2424-2431 ；Boudou 等，Nucleic Acids Res.，1999，27 (6)，1450-1456 ;Kozlov 等，J.Am.Chem.Soc.，1999，121，1108-1109 ；Kozlov 等，J.Am.Chem.Soc.，1999，121，2653-2656 ；Kozlov等，J.Am.Chem.Soc., 1999, 121, 5856-5859 ；Pochet 等,Nucleosides & Nucleotides, 1999, 18(4&5), 1015-1017 ；Vastmans 等，Collection Symposium Series, 1999,2，156-160 ；Froeyen 等，Helvetica Chimica Acta, 2000, 83, 2153-2182 ；Kozlov 等，Chem.Eur.J.，2000，6 (I)，151-155 ；Atkins 等，Parmazie, 2000，55 (8)，615-617 ；Lescrinier等，Chemistry & Biology, 2000, 7, 719-731 ；Lescrinier 等，Helvetica ChimicaActa, 2000，83，1291-1310 ；ffang 等，J.Am.Chem.，2000，122，8595-8602 ;美國專利申請US 2004/0033967 ;已公布的美國專利申請US 2008/0038745 ;已公布和授權(quán)的美國專利7，276，592)。DNA類似物也在論文中進行了綜述(參見:Leumann，J.C，Bioorganic &Medicinal Chemistry, 2002, 10, 841-854),該論文包括環(huán)己六醇核苷類似物的一般性討論(在“己糖醇核酸家族”名稱下)。也已經(jīng)制備了具有磷酸二酯連接的己糖醇核酸(HNA，或1，5_無水己糖醇核酸)的寡聚化合物，用于細胞測定中的評價。進行了評價的不同基序被完全修飾，其中每個單體均為磷酸二酯連接的己糖醇核酸類似物并具有缺口，其中寡聚化合物3'和5'外部區(qū)域中的每個單體均為磷酸二酯連接的己糖醇核酸類似物，而內(nèi)部區(qū)域中的每個單體均為硫代磷酸酯連接的脫氧核糖核苷(參見:Kang等，NucleicAcids Research, 2004, 32 (14), 4411-4419 ；Vandermeeren 等，2000, 55, 655-663 ；Flores 等，Parasitol Res., 1999, 85, 864-866 ；以及 Hendrix 等，Chem.Eur.J,1997，3(9)，1513-1520)。已經(jīng)制備了具有磷酸二酯連接的類似物(帶3' -OH基團)的寡聚化合物，該類似物在本領(lǐng)域中被稱為ANA或D-阿卓糖醇(D-altritol)核酸，并對這些寡聚化合物進行了結(jié)構(gòu)上的評價和體外評價(Allart 等，Chem.Eur.J., 1999, 5 (8), 2424-2431)。已經(jīng)制備了具有并入的己糖醇核苷酸(在本領(lǐng)域中也被稱為HNA核酸)的化學修飾siRNA，并對其沉默能力進行了測試(參見:已公布的PCT申請WO 06/047842，于2006年5月11日公布)。已對環(huán)己烯核酸及其類似物在科學和專利文獻中作為單體以及作為寡聚化合物進行了報道，參見例如=Robeyns 等，J.Am.Chem.Soc.，2008，130 (6)，1979-1984 ；Horvath 等，Tetrahedron Letters,2007,48,3621-3623 ；Nauwelaerts 等，J.Am.Chem.Soc., 2007, 129 (30)，9340-9348 ；Gu 等，，Nucleosides, Nucleotides& Nucleic Acids,2005，24(5-7) ,993-998 ;Nauwelaerts 等，Nucleic AcidsResearch, 2005, 33(8), 2452-2463 ；Robeyns 等，Acta Crystallographica, SectionF:Structural Biology and Crystallization Communications, 2005，F(xiàn)61(6)，585-586 ；Gu 等，Tetrahedron, 2004，60(9)，2111-2123 ；Gu 等，Oligonucleotides, 2003，13(6),479-489 ；ffang 等，J.0rg.Chem.，2003，68，4499-4505 ;Verbeure 等，Nucleic AcidsResearch, 2001，29 (24)，4941-4947 ；ffang 等，J.0rg.Chem.，2001，66，8478-82 ；ffang 等，Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, 2001, 20 (4-7), 785-788 ；ffang 等，J.Am.Chem.，2000，122，8595-8602 ;已公布的 PCT 申請 WO 06/047842 ;以及已公布的 PCT 申請 WO01/049687 ;它們均全文以引用方式并 入本文。在文獻中已報道了多種四氫吡喃核苷類似物的合成，參見例如=Verheggen等，J.Med.Chem.，1995，38，826-835 ；Altmann 等，Chimia, 1996，50，168-176 ；Herdewijn 等，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1996, 6(13), 1457-1460 ；Verheggen等，Nucleosides & Nucleotides, 1996, 15 (1-3), 325-335 ；0strowski 等，J.Med.Chem., 1998, 41, 4343-4353 ；A1 Iart 等，Tetrahedron., 1999, 55, 6527-6546 ；ffouters等，Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters, 1999, 9, 1563-1566 ；Brown,等，DrugDevelopment Res.，2000，49，253-259 ;已公布的PCT 申請:W0 93/25565,WO 02/18406和WO05/049582 ;美國專利 5，314，893,5, 607，922 和 6，455，507。已經(jīng)描述了作為單體的多種四氫吡喃核苷類似物，并且也已將它們并入到寡聚化合物中(參見例如:已公布的PCT申請WO 93/25565，于1993年12月 23 日公布；Augustyns 等 Nucleic Acids Res.，1993，21 (20)，4670-4676 ;Verheggen 等，J.Med.Chem., 1993, 36, 2033-2040 ；Van AerschoI 等，Angew.Chem.1nt.Ed.Engl., 1995, 34 (12), 1338-1339 ；Ander son 等，TetrahedronLetters, 1996，37(45)，8147-8150 ；Herdewijn 等，Liebigs Ann.，1996，1337-1348 ；DeBouvere 等，Liebigs Ann./Recueil, 1997, 1453-1461; 1513-1520 ；Hendrix 等，Chem.Eur.J.，1997，3 (I)，110-120 ；Hendrix 等，Chem.Eur.J.，1997，3 (9)，1513-1520 ；Hossain etal, J.0rg.Chem.，1998，63，1574-1582 ；Allart 等，Chem.Eur.J.，1999，5 (8)，2424-2431 ；Boudou 等，Nucleic Acids Res., 1999, 27 (6), 1450-1456 ；Kozlov 等，J.Am.Chem.Soc.，1999，121，1108-1109 ；Kozlov 等，J.Am.Chem.Soc.，1999，121，2653-2656 ；Kozlov等，J.Am.Chem.Soc., 1999, 121, 5856-5859 ；Pochet 等,Nucleosides & Nucleotides, 1999, 18(4&5), 1015-1017 ；Vastmans 等，Collection Symposium Series, 1999,2，156-160 ；Froeyen 等，Helvetica Chimica Acta, 2000, 83, 2153-2182 ；Kozlov 等，Chem.Eur.J.，2000，6(1)，151-155 ；Atkins 等，Parmazie, 2000，55 (8)，615-617 ；Lescrinier等，Chemistry & Biology, 2000, 7,719-731 ；Lescrinier 等，Helvetica ChimicaActa, 2000，83，1291-1310 ；ffang 等，J.Am.Chem.，2000，122，8595-8602 ;美國專利申請US 2004/0033967 ;已公布的美國專利申請US 2008/0038745 ;已公布和授權(quán)的美國專利7，276，592)。DNA類似物也在論文中進行了綜述(參見:Leumann，J.C，Bioorganic &Medicinal Chemistry, 2002, 10, 841-854)，該論文包括四氫吡喃核苷類似物的一般性討論(在“己糖醇核酸家族”名稱下)。已經(jīng)制備了具有磷酸二酯連接的3' -H四氫吡喃核苷類似物(在本領(lǐng)域中也稱為HNA-己糖醇核酸或1，5-無水己糖醇核酸)的寡聚化合物，用于細胞測定中的評價。進行了評價的不同基序被完全修飾，其中每個單體均為磷酸二酯連接的3' -H四氫吡喃核苷類似物并具有缺口，其中寡聚化合物:V和Y外部區(qū)域中的每個單體均為磷酸二酯連接的3' -H四氫吡喃核苷類似物，而內(nèi)部區(qū)域中的每個單體均為硫代磷酸酯連接的脫氧核糖核苷(參見:Kang 等，Nucleic Acids Research, 2004，32 (14)，4411-4419 ;Vandermeeren 等，2000，55，655-663 ；Flores 等，Parasitol Res.，1999，85，864-866 ；以及 Hendrix 等，Chem.Eur.J,1997，3(9)，1513-1520)。已經(jīng)制備了具有磷酸二酯連接的3' -OH四氫吡喃核苷類似物(在本領(lǐng)域中也被稱為ANA或D-阿卓糖醇核酸)的寡聚化合物，并對它們進行了結(jié)構(gòu)上的評價和體外評價(Allart 等，Chem.Eur.J.，1999，5 (8)，2424-2431)。
`
已經(jīng)制備了具有并入的己糖醇核苷酸(在本領(lǐng)域中也被稱為HNA核酸)的化學修飾siRNA，并對其沉默能力進行了測試(參見:已公布的PCT申請WO 06/047842，于2006年5月11日公布)。發(fā)明概述本文提供了 5'修飾核苷、其類似物以及由它們制備的寡聚化合物。更具體地講，本文提供的5,修飾核苷及其類似物被連接到寡聚化合物的末端，優(yōu)選在5,末端。在某些實施方案中，預期本文提供的寡聚化合物具有增強的核酸酶穩(wěn)定性。在某些實施方案中，預期本文提供的并入了 5,修飾核苷或其類似物中的一者或多者的寡聚化合物和組合物可與靶RNA的一部分雜交，從而導致靶RNA正常功能的喪失。還預期這些寡聚化合物可用作診斷應用中的引物和探針。在本文中更詳細地對變量進行單獨定義。需要理解的是，本文提供的5'-修飾核苷、其類似物和寡聚化合物包括本文所公開的實施方案和所定義的變量的所有組合。在某些實施方案中，提供具有式Ic的化合物:
權(quán)利要求
1.一種具有式Ic的化合物:
2.如權(quán)利要求1所述的化合物，其中M3為O、CH=CH,OCH2或OC (H) (Bx2)。
3.如權(quán)利要求1所述的化合物，其中M3為O。
4.如權(quán)利要求1至3任一項所述的化合物，其中J4、J5>J6和J7均為H。
5.如權(quán)利要求1至3任一項所述的化合物，其中J4與J5或J7之一形成橋。
6.如權(quán)利要求1至5任一項所述的化合物，其中A具有下式之
7.如權(quán)利要求6所述的化合物，其中Q1和Q2均為H。
8.如權(quán)利要求6所述的化合物，其中Q1和Q2各自獨立地為H或鹵素。
9.如權(quán)利要求6所述的化合物，其中Q1和Q2之一為H，而Q1和Q2的另一個為F、CH3或OCH30
10.如權(quán)利要求1至9任一項所述的化合物，其中T1具有下式:
11.如權(quán)利要求10所述的化合物，其中Rb為0，而Ra和R。各自獨立地為0CH3、OCH2CH3或 OCH (CH3) 2。
12.如權(quán)利要求1至11任一項所述的化合物，其中r為0，M1為O(CH2)2CN,而M2為N[CH(CH3)2]2。
13.如權(quán)利要求1至12任一項所述的化合物，其中G為鹵素、0CH3、0CH2F、0CHF2、0CF3、OCH2CH3' O (CH2) 2F、OCH2CHF2' OCH2CF3' OCH2-CH=CH2' O (CH2) 2_0CH3、O (CH2) 2_SCH3、O (CH2) 2_0CF3、O(CH2)3-N(R10) (Rn)、O(CH2)2-ON(R10) (R11)、O(CH2)2-O(CH2)2-N(R10) (R11)、OCH2C (=0)-N (R10)(R11)、OCH2C(=0)-N(R12)-(CH2)2-N(R10) (R11)或0(CH2)2_N(R12)-C( = NR13) [N(R10) (R11)L 其中R10> Rn、R12和R13各自獨立地為H或C1-C6烷基。
14.如權(quán)利要求1至12任一項所述的化合物，其中G為鹵素、0CH3、OCF3>0CH2CH3、OCH2CF3' OCH2-CH=CH2' O(CH2)2-OCH3' O(CH2)2-O(CH2)2-N(CH3)2' OCH2C (=0) -N(H) CH3>OCH2C (=0) -N (H) - (CH2) 2-N (CH3) 2 或 OCH2-N (H) -C (=NH) NH2。
15.如權(quán)利要求1至12任一項所述的化合物，其中G為F、OCH3或O(CH2) 2_0CH3。
16.如權(quán)利要求1至12任一項所述的化合物，其中G為0(CH2)2-0CH3。
17.如權(quán)利要求1至16任一項所述的化合物，其中所述雜環(huán)堿基部分為嘧啶、取代的嘧啶、嘌呤或取代的嘌呤。
18.如權(quán)利要求1至17任一項所述的化合物，其中所述雜環(huán)堿基部分為尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤或鳥嘌呤。
19.如權(quán)利要求1所述的化合物，其具有式Ie:
20.如權(quán)利要求19所述的化合物，其中A具有下式:
21.如權(quán)利要求20所述的化合物，其中Q1和Q2各自獨立地為H、F、CH3或0CH3。
22.如權(quán)利要求19至21任一項所述的化合物，其中T1具有下式:
23.—種包含具有式IIc的5'-末端化合物的寡聚化合物:
24.如權(quán)利要求23所述的寡聚化合物，其中M3為O、CH=CH,OCH2或OC (H) (Bx2)。
25.如權(quán)利要求23所述的寡聚化合物，其中M3為O。
26.如權(quán)利要求23至25任一項所述的寡聚化合物，其中J4、J5>J6和J7均為H。
27.如權(quán)利要求23至25任一項所述的寡聚化合物，其中J4與J5或J7之一形成橋。
28.如權(quán)利要求23至27任一項所述的寡聚化合物，其中A具有下式之一:
29.如權(quán)利要求28所述的寡聚化合物，其中Q1和Q2均為H。
30.如權(quán)利要求28所述的寡聚化合物，其中Q1和Q2各自獨立地為H或鹵素。
31.如權(quán)利要求28所述的寡聚化合物，其中Q1和Q2之一為11，而Q1和Q2的另一個為F、CH3 或 OCH3。
32.如權(quán)利要求23至31任一項所述的寡聚化合物，其中T1具有下式:
33.如權(quán)利要求32所述的寡聚化合物，其中Rb為0，而Ra和R。各自獨立地為0CH3、OCH2CH3 或 OCH (CH3) 2。
34.如權(quán)利要求23至33任一項所述的寡聚化合物，其中G為鹵素、OCH3>OCH2F,OCHF2' OCF3> OCH2CH3' O (CH2) 2F、OCH2CHF2' OCH2CF3' OCH2-CH=CH2' O (CH2) 2_0CH3、O (CH2) 2_SCH3、O(CH2)2-OCF3' O(CH2)3-N(R10) (R11)、O(CH2)2-ON(R10) (R11)、O(CH2)2-O(CH2)2-N(R10) (R11)、OCH2C (=0)-N (R10) (Rn)、OCH2C (=0)-N (R12)-(CH2)2-N (Rltl) (R11)或 O (CH2) 2_N (R12)-C ( = NR13)[N(R10) (R11)]，其中R1Q、Rn、R12和R13各自獨立地為H或C1-C6烷基。
35.如權(quán)利要求23至33任一項所述的寡聚化合物，其中G為鹵素、OCH3>OCF3>OCH2CH3' OCH2CF3' OCH2-CH=CH2' O (CH2) 2_0CH3、O (CH2) 2_0 (CH2) 2_N (CH3) 2、OCH2C (=0) -N (H) CH3>OCH2C (=0) -N (H) - (CH2) 2-N (CH3) 2 或 OCH2-N (H) -C (=NH) NH2。
36.如權(quán)利要求23至33任一項所述的寡聚化合物，其中G為F、OCH3或O(CH2) 2_0CH3。
37.如權(quán)利要求23至33任一項所述的寡聚化合物，其中G為O(CH2)2_0CH3。
38.如權(quán)利要求23至37任一項所述的寡聚化合物，其中所述雜環(huán)堿基部分為嘧啶、取代的嘧啶、嘌呤或取代的嘌呤。
39.如權(quán)利要求23至38任一項所述的寡聚化合物，其中所述雜環(huán)堿基部分為尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、5- 甲基胞嘧啶、腺嘌呤或鳥嘌呤。
40.如權(quán)利要求23所述的寡聚化合物，其中所述5'-末端化合物具有式IId:
41.如權(quán)利要求40所述的寡聚化合物，其中A具有下式:
42.如權(quán)利要求40所述的寡聚化合物，其中Q1和Q2各自獨立地為H、F、CH3或0CH3。
43.如權(quán)利要求40至42任一項所述的寡聚化合物，其中T1具有下式:
44.如權(quán)利要求23所述的寡聚化合物，其中所述5'-末端化合物具有式lie:
45.如權(quán)利要求23至44任一項所述的寡聚化合物，其中每個核苷間連接基團獨立地為磷酸二酯核苷間連接基團或硫代磷酸酯核苷間連接基團。
46.如權(quán)利要求23至44任一項所述的寡聚化合物，其中基本上每個核苷間連接基團都為硫代磷酸酯核苷間連接基團。
47.一種雙鏈組合物，所述雙鏈組合物包含: 第一寡聚化合物和第二寡聚化合物，其中所述第一寡聚化合物與所述第二寡聚化合物互補，并且所述第二寡聚化合物與核酸靶互補； 所述第一和第二寡聚化合物中的至少一者為根據(jù)權(quán)利要求23至46任一項所述的寡聚化合物；并且 其中所述組合物任選地包含一個或多個5,或3,末端基團。
48.一種抑制基因表達的方法，所述方法包括使細胞與如權(quán)利要求23至46任一項所述的寡聚化合物或如權(quán)利要求47所述的雙鏈組合物接觸，其中所述寡聚化合物包含約8至約40個單體亞單位并與靶RNA互補。
49.如權(quán)利要求48所述的方法，其中所述細胞在動物中。
50.如權(quán)利要求48所述的方法，其中所述細胞在人中。
51.如權(quán)利要求48所述的方法，其中所述祀RNA選自mRNA、pre-mRNA和microRNA。
52.如權(quán)利要求48所述的方法，其中所述靶RNA為mRNA。
53.如權(quán)利要求478所述的方法，其中所述靶RNA為人mRNA。
54.如權(quán)利要求48所述的方法，其中所述靶RNA被裂解，從而抑制其功能。
55.如權(quán)利要求48所述的方法，進一步包括檢測靶RNA的水平。
56.—種抑制基因表達的體外方法,所述方法包括使一種或多種細胞或組織與如權(quán)利要求23至46任一項所述的寡聚化合物或如權(quán)利要求47所述的雙鏈組合物接觸。
57.一種如權(quán)利要求23至46任一項所述的寡聚化合物或如權(quán)利要求47所述的雙鏈組合物用于體內(nèi)抑制基因表達的方法，所述方法包括使一種或多種細胞、組織或動物與如權(quán)利要求23至46任一項所述的寡聚化合物或如權(quán)利要求47所述的雙鏈組合物接觸。
58.一種如權(quán)利要求23至46任一項所述的寡聚化合物或如權(quán)利要求47所述的雙鏈組合物，用于藥物治療。
全文摘要
本發(fā)明提供了修飾核苷、其類似物以及由它們制備的寡聚化合物。更具體地講，本發(fā)明提供了可用于并入到寡聚化合物末端的修飾核苷及其類似物。此類寡聚化合物也可包含在雙鏈組合物中。在一些實施方案中，預期本文提供的所述寡聚化合物與靶RNA的一部分雜交，從而導致所述靶RNA正常功能的喪失。
文檔編號C07H1/00GK103154014SQ201180021008
公開日2013年6月12日 申請日期2011年4月26日 優(yōu)先權(quán)日2010年4月28日
發(fā)明者撒扎·P·普拉卡什, 普內(nèi)特·P·塞思, 埃里克·E·斯威茲 申請人:Isis制藥公司