癌中prame基因表達的檢測的制作方法
【專利摘要】本發(fā)明涉及用于新的診斷試劑盒和方法的PRAME特異性引物和探針。本發(fā)明進一步涉及治療患有表達PRAME的腫瘤的癌患者的特定群體。
【專利說明】癌中PRAME基因表達的檢測
發(fā)明領(lǐng)域
[0001 ] 本發(fā)明涉及用于檢測PRAME的診斷方法和組合物，以及患有表達PRAME的腫瘤的患者群的免疫療法治療。
[0002]背景
“黑素瘤中優(yōu)勢表汰的抗原(PReferentially expressed Antigen in MElanoma)'或“PRAME”是由PRAME基因編碼的腫瘤抗原。
[0003]PRAME是在許多類型的腫瘤(包括黑素瘤、肺癌和白血病)中過表達的抗原(Ikeda等，Immunity 1997, 6 (2) 199-208)。高水平的PRAME表達已經(jīng)在幾種實體瘤:包括卵巢癌、乳腺癌、肺癌和黑素瘤、成神經(jīng)管細胞瘤、肉瘤、頭頸部癌、成神經(jīng)細胞瘤、腎癌和腎母細胞瘤中，以及在血液惡性腫瘤:包括急性淋巴細胞性白血病和急性髓細胞性白血病(ALL和AML)、慢性髓細胞性白血病(CML)、霍奇金病、多發(fā)性骨髓瘤、慢性淋巴細胞性白血病(CLL)和套細胞淋巴瘤(MCL)中進行了報道。
[0004]PRAME還以非常低的水平表達于少數(shù)正常組織中，例如睪丸、腎上腺、卵巢和子宮內(nèi)膜。
[0005]黑素瘤
呈現(xiàn)遠端轉(zhuǎn)移(根據(jù) American Joint Committee on Cancer (AJCC)分類為 IV 期)的惡性黑素瘤的患者具有一年的中位生存期，長期存活率僅為5%。即使IV期黑素瘤的標準化學治療具有僅8-25%的治療應(yīng)答率，但對總體存活并無作用。具有區(qū)域轉(zhuǎn)移(III期)的患者具有2-3年的中位生存，長期存活機率非常低，即使在初期和區(qū)域轉(zhuǎn)移的適合的手術(shù)控制后仍是如此。大部分1-1II期黑素瘤患者經(jīng)手術(shù)摘除了其腫瘤，但這些患者仍保持復發(fā)的巨大風險。
[0006]肺癌
存在兩類肺癌:非小細胞肺癌(NSCLC)和小細胞肺癌(SCLC)。該名稱簡單地描述了腫瘤中發(fā)現(xiàn)的細胞的類型。NSCLC包括鱗狀細胞癌、腺癌和大細胞癌，并占肺癌的大約80%。NSCLC難于治愈并且可用的治療趨于具有盡可能延長生命并且減緩疾病癥狀的目標。NSCLC是最常見類型的肺癌，并且伴隨差的結(jié)果。在所有NSCLC患者中，約25%在診斷時患有局部疾病(loco-regional disease),并且仍適合于手術(shù)切除(根據(jù)AJCC分類為IB、IIA或IIB期)。然而，多于50 %的這些患者將在完全手術(shù)切除后兩年內(nèi)復發(fā)。
[0007]PRAME 表達
已經(jīng)開發(fā)了引物用于實時PCR測定中以確定新鮮組織中PRAME的表達水平。例如，參見Paydas等，Leukemia Research 31 (2007) 365 - 369,其中已經(jīng)描述了用于檢測全血中PRAME的引物:`
AF δ'-CCA TGA CAA AGA AGC GAA AA.3'(SEQ ID NO；1J 和
AR S'-CAT CTG GCC CAG GTA AGG AG-3' (SEQ ID NO:2)。
[0008]也已經(jīng)報道了 RT-PCR產(chǎn)物的半定量分析(Proto-Siqueira等，LeukemiaResearch 27 (2003) 393 - 396)。在該半定量測定中，使用以下引物來確定PRAME基因的
【權(quán)利要求】
1.寡核苷酸，其包含SEQID NO:5-7的任何的核苷酸序列。
2.引物，其包含SEQID NO:5-7的任何的核苷酸序列。
3.引物對，其包含SEQID NO:5和6。
4.探針，其包含SEQID N0:5、6或7的任何的核苷酸序列。
5.試劑盒，其包括: ⑴包含SEQ ID N0:5和SEQ ID NO:6或由其組成的引物對；和 (ii)包含SEQID N0:7或由其組成的探針。
6.試劑盒，其包括: (i)包含SEQ ID N0:5或由其組成的正向引物 (?)包含SEQ ID N0:6或由其組成的反向引物；和 (iii)包含SEQID NO:7或由其組成的探針。
7.用于確定PRAME基因是否在生物樣品中表達的方法，其包括將獲得或來源于生物樣品的核苷酸序列與以下接觸的步驟: (i)至少一種如本文所述的引物； (?)如本文所述的引物組； (iii)如本文所述的探針；和/或 (iv)如本文所述的試劑盒。
8.患者診斷的方法，其包括將獲得或來源于患者來源的生物樣品的核苷酸序列與以下組分Q)至Qv)的一種或多種接觸的步驟: (i)至少一種如本文所述的引物； (?)如本文所述的引物組； (iii)如本文所述的探針；和/或 (iv)如本文所述的試劑盒。
9.用于確定患者來源的生物樣品中PRAME陽性腫瘤組織存在或不存在的方法，其包括將獲得或來源于患者 來源的生物樣品的核苷酸序列與以下組分(i)至(iv)的一種或多種接觸的步驟: (i)至少一種如本文所述的引物； (?)如本文所述的引物組； (iii)如本文所述的探針；和/或 (iv)如本文所述的試劑盒。
10.權(quán)利要求7、8或9的方法，其進一步包括擴增核苷酸序列和檢測所述樣品中擴增的核苷酸序列的步驟。
11.權(quán)利要求7、8或9的方法，其進一步包括使用原位雜交以檢測所述核苷酸序列是否與組分(iii)雜交的步驟。
12.權(quán)利要求7-11中任一項的方法，其中所述生物樣品為福爾馬林固定、石蠟包埋的組織。
13.治療患者的方法，其包括使用權(quán)利要求7-12中任一項的方法以選擇具有PRAME陽性腫瘤組織的患者，并隨后向所述患者施用PRAME免疫治療。
14.組合物，其包含用于治療患有表達PRAME的腫瘤的患者的PRAME免疫治療，其中使用權(quán)利要求7-12中任一項的方法將患者鑒定為具有表達PRAME的腫瘤組織。
15.權(quán)利要求7-14中任一項的方法或組合物，其中所述PRAME免疫治療包含PRAME抗原或其肽。
16.權(quán)利要求15的方法或組合物，其中所述PRAME抗原或肽與載體蛋白融合或與其綴合。
17.權(quán)利要求16的方法或組合物，其中所述載體蛋白選自蛋白D、NSI或CLytA或其片段。
18.權(quán)利要求7-17中任一項的方法或組合物，其中所述組合物進一步包含佐劑。
19.權(quán)利要求18的方法或組合物，其中所述佐劑包含以下的一種或多種或組合:3D-MPL ;鋁鹽；含CpG的寡核苷酸；含皂苷的佐劑諸如QS21或ISCOMs ;水包油乳狀液；和脂質(zhì)體。
【文檔編號】C07K14/47GK103748238SQ201280041090
【公開日】2014年4月23日 申請日期:2012年8月30日 優(yōu)先權(quán)日:2011年8月30日
【發(fā)明者】C.明格特 申請人:葛蘭素史密絲克萊恩生物有限公司