胰腺癌生物標(biāo)記及其用途相關(guān)申請(qǐng)本申請(qǐng)要求于2010年8月13日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)系列號(hào)61/373,687、于2010年12月1日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)系列號(hào)61/418,689、于2011年5月4日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)系列號(hào)61/482,347以及于2011年5月4日提交的美國(guó)臨時(shí)申請(qǐng)系列號(hào)61/482,480的權(quán)益，這些申請(qǐng)每個(gè)整體援引加入本文。發(fā)明領(lǐng)域本申請(qǐng)一般涉及個(gè)體中生物標(biāo)記的檢測(cè)和癌癥的診斷，并且更具體地涉及用于診斷個(gè)體的癌癥，更特別是胰腺癌的一種或多種生物標(biāo)記、方法、裝置、試劑、系統(tǒng)和試劑盒。

背景技術(shù)：
下面的描述提供了本申請(qǐng)相關(guān)信息的概述，并非承認(rèn)任何本文提供的信息或引用的出版物是本申請(qǐng)的現(xiàn)有技術(shù)。胰腺癌是美國(guó)癌癥相關(guān)死亡的第四主要原因。雖然5年生存率僅5％，但是據(jù)顯示這隨著早期手術(shù)干預(yù)而增加：在20％適合“根治性”切除的個(gè)體中，生存率增加至15-20％。在診斷時(shí)，超過(guò)一半的患者患有遠(yuǎn)端疾病，而另外25％具有區(qū)域傳播。這是因?yàn)樵摷膊≡谄湓缙陔A段出名地難以診斷。約20％患有“可手術(shù)”疾病[階段IIb或更少]的患者進(jìn)行“根治性”切除，并且5年生存率從低于5％增加至15-20％。胰腺癌可以起因于胰的外分泌和內(nèi)分泌部分。在胰腺腫瘤中，95％發(fā)展自胰的外分泌部分，包括導(dǎo)管上皮、腺泡細(xì)胞、結(jié)締組織和淋巴組織。所有胰腺癌的約75％發(fā)生在胰的頭部或頸部?jī)?nèi)，15-20％發(fā)生在胰體中，并且5-10％發(fā)生在尾部中。復(fù)發(fā)可以是局部的(在其開始的相同地方或附近)或遠(yuǎn)端的(擴(kuò)散至諸如肝、肺或骨的器官)。當(dāng)胰腺外分泌癌復(fù)發(fā)時(shí)，其主要用與轉(zhuǎn)移性癌癥相同的方式治療，并且如果患者可以忍受，可能包括化療。通常，胰腺癌首先轉(zhuǎn)移至區(qū)域淋巴結(jié)，然后至肝，并且較不常見(jiàn)的，至肺。其還可以直接侵入周圍內(nèi)臟器官，例如十二指腸、胃和結(jié)腸，或者通過(guò)腹膜擴(kuò)散轉(zhuǎn)移至腹腔中的任何表面?？梢詫?dǎo)致腹水，并且這具有不祥預(yù)后。胰腺癌可以擴(kuò)散至皮膚，作為痛性結(jié)節(jié)轉(zhuǎn)移。胰腺癌罕見(jiàn)地轉(zhuǎn)移至骨?；谘旱囊认侔y(cè)試的兩個(gè)臨床應(yīng)用是用于無(wú)癥狀的高風(fēng)險(xiǎn)群體中的臨床前診斷以及有癥狀的群體中的鑒別診斷。這兩種指征的臨床用途如下文所列。無(wú)癥狀的高風(fēng)險(xiǎn)群體中的篩選：2010年在美國(guó)有估計(jì)43,140例胰腺癌新病例和36,800例死亡。遺傳、家族史、慢性胰腺炎、吸煙和大量飲酒增加胰腺癌的風(fēng)險(xiǎn)，囊性纖維化也是如此。風(fēng)險(xiǎn)的增加報(bào)道為：吸煙：＜25/天為2x風(fēng)險(xiǎn)，＞25/天為3x風(fēng)險(xiǎn)酒精：超過(guò)3杯/天產(chǎn)生1.6倍風(fēng)險(xiǎn)增加家族史：與疾病相關(guān)的第一程度產(chǎn)生5x增加患有囊性纖維化的成年：31x風(fēng)險(xiǎn)BRCA2基因突變10x風(fēng)險(xiǎn)在有效篩選范式不存在的情況下，在無(wú)癥狀但是有風(fēng)險(xiǎn)的群體中，癌癥在癥狀出現(xiàn)時(shí)簡(jiǎn)單地檢測(cè)。這可能晚了。早期檢測(cè)測(cè)試的存在會(huì)增加適合根治性手術(shù)的患者的比例。目前20％早期檢測(cè)個(gè)體中20％的治愈率僅為總?cè)后w的4％。如果根治性手術(shù)的適用性通過(guò)早期檢測(cè)在無(wú)癥狀的群體中從目前的20％增加，則可治愈的總數(shù)會(huì)增加，每年拯救的生命的數(shù)量也會(huì)增加。因?yàn)橐认侔榈土餍行约膊。词乖谶@種高風(fēng)險(xiǎn)群體中，高特異性也是篩選測(cè)試的重要屬性。低假陽(yáng)性率對(duì)于減少不必要的后續(xù)程序所致的費(fèi)用和減少患者的焦慮極為重要。有癥狀的患者中的鑒別診斷。胰腺癌可能難以與良性疾病狀況如胰腺炎或胃腸病癥區(qū)分。原發(fā)性外分泌胰腺癌的鑒別診斷包括慢性胰腺炎、胰腺內(nèi)分泌腫瘤、自身免疫性胰腺炎、淋巴瘤以及各種其他罕見(jiàn)疾病狀況。與胰腺癌相關(guān)的常見(jiàn)但非特異性癥狀包括：腹痛-特別是在放射至背部時(shí)阻塞性黃疸突然原因不明的糖尿病體重減輕厭食、疲勞惡心、嘔吐急性或慢性胰腺炎下表示出具有這些相關(guān)癥狀中的至少兩種的急診室和醫(yī)院出現(xiàn)的患者的數(shù)量；第一癥狀是所列癥狀中的任一種，而第二癥狀是表中所列的癥狀。急診室數(shù)據(jù)來(lái)自：(http://hcupnet.ahrq.gov/)，而門診數(shù)據(jù)來(lái)自CDC2008NationalAmbulatoryMedicalCareSurvey2006(number8)?？汕谐募膊〉撵`敏檢測(cè)對(duì)于這種指征的臨床應(yīng)用非常重要。胰腺癌的迅速檢測(cè)增加可治愈的疾病的診斷機(jī)會(huì)。胰腺癌的診斷通常通過(guò)發(fā)現(xiàn)胰內(nèi)的團(tuán)塊來(lái)放射顯影進(jìn)行，所述團(tuán)塊常阻塞胰管或膽道。然而，成像可以是侵入性和昂貴的。確定哪些患者需要包括診斷成像在內(nèi)的后續(xù)的血液測(cè)試會(huì)有益于患者并簡(jiǎn)化診斷。特定疾病狀態(tài)的生物標(biāo)記選擇包括首先鑒定與對(duì)照群體相比在疾病群體中具有可測(cè)量和統(tǒng)計(jì)上顯著的差異的標(biāo)記用于特定醫(yī)學(xué)應(yīng)用。生物標(biāo)記可以包括分泌或脫落(shed)的分子，其與疾病發(fā)展或進(jìn)程平行，并且容易對(duì)腫瘤響應(yīng)而從胰腺癌組織或者從周圍組織和循環(huán)細(xì)胞擴(kuò)散入血流。鑒定的生物標(biāo)記或生物標(biāo)記的集合(set)通常臨床上進(jìn)行驗(yàn)證，或者證實(shí)為對(duì)其所選的原始預(yù)期用途是可靠的指示物。生物標(biāo)記可以包括小分子、肽、蛋白和核酸。影響生物標(biāo)記鑒定的一些關(guān)鍵問(wèn)題包括可用數(shù)據(jù)的過(guò)擬合(over-fitting)及數(shù)據(jù)偏差。已使用各種方法來(lái)試圖鑒定生物標(biāo)記和診斷疾病。對(duì)于基于蛋白的標(biāo)記，這些方法包括二維電泳、質(zhì)譜和免疫測(cè)定方法。對(duì)于核酸標(biāo)記，這些方法包括mRNA表達(dá)譜、微RNA譜、FISH、基因表達(dá)系列分析(SAGE)和大規(guī)?；虮磉_(dá)陣列。二維電泳的應(yīng)用由于以下問(wèn)題而受限：低檢測(cè)靈敏度；與蛋白溶解性、電荷及疏水性相關(guān)的問(wèn)題；凝膠再現(xiàn)性；以及單個(gè)斑點(diǎn)代表多種蛋白的可能性。對(duì)于質(zhì)譜，取決于所用形式，限制圍繞樣品加工和分離、對(duì)低豐度蛋白的靈敏性、信噪比考慮以及不能立即鑒定檢測(cè)的蛋白而出現(xiàn)。免疫測(cè)定方法發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記的限制集中在基于抗體的多重測(cè)定不能測(cè)量大量分析物。可以簡(jiǎn)單地印刷高質(zhì)量抗體的陣列，并且無(wú)需夾心而測(cè)量與這些抗體結(jié)合的分析物。(這會(huì)是使用全基因組核酸序列通過(guò)雜交測(cè)量有機(jī)體或細(xì)胞中的全部DNA或RNA序列的方式上的等同物。因?yàn)殡s交可以是同一性的嚴(yán)緊測(cè)試，所以雜交實(shí)驗(yàn)可行。甚至非常好的抗體在選擇它們的結(jié)合配偶體中也并非足夠嚴(yán)緊來(lái)在血液或甚至是細(xì)胞提取物環(huán)境中工作，因?yàn)槟切┗|(zhì)中的蛋白總體(ensemble)具有極其不同的豐度。)因此，必須使用不同的基于免疫測(cè)定的方法以發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記-需要使用多重ELISA測(cè)定(即夾心)以獲得足夠嚴(yán)緊性來(lái)同時(shí)測(cè)量許多分析物，從而決定哪些分析物的確是生物標(biāo)記。夾心免疫測(cè)定不放大至高含量，因此使用標(biāo)準(zhǔn)陣列形式不能用嚴(yán)緊夾心免疫測(cè)定發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記。最后，抗體試劑產(chǎn)生相當(dāng)大的批次差異和試劑不穩(wěn)定性。本發(fā)明的蛋白生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)平臺(tái)克服了這個(gè)問(wèn)題。許多這些方法依賴或需要在分析前一些類型的樣品的分級(jí)。因此進(jìn)行設(shè)計(jì)為在一系列良好限定的樣品群體中鑒定和發(fā)現(xiàn)統(tǒng)計(jì)學(xué)相關(guān)生物標(biāo)記的足夠有效的研究所需的樣品制備是極其困難、昂貴和耗時(shí)的。在分級(jí)期間，大范圍的變異性可以被引入各種樣品。例如，一種潛在的標(biāo)記可能對(duì)于方法是不穩(wěn)定的，標(biāo)記的濃度可能變化，不合適的聚集或解聚可能發(fā)生，無(wú)意的樣品污染可能發(fā)生，并因此掩蓋預(yù)期的早期疾病中的微小變化。廣泛接受的是使用這些技術(shù)的生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)和檢測(cè)方法對(duì)于鑒定診斷性生物標(biāo)記具有嚴(yán)重限制。這些限制包括不能檢測(cè)低豐度生物標(biāo)記，不能持續(xù)覆蓋蛋白質(zhì)組的完整動(dòng)態(tài)范圍，樣品加工和分級(jí)中的不可再現(xiàn)性，以及方法的整體不可再現(xiàn)性和缺乏穩(wěn)健性(robustness)。另外，這些研究在數(shù)據(jù)中引入了偏差，針對(duì)鑒定和驗(yàn)證靶疾病群體內(nèi)的生物標(biāo)記所需的分布和隨機(jī)化方面，沒(méi)有充分解決包括適當(dāng)對(duì)照在內(nèi)的樣品群體的復(fù)雜性。盡管旨在發(fā)現(xiàn)新的和有效的生物標(biāo)記的努力已進(jìn)行了幾十年，但是這些努力大部分是不成功的。針對(duì)各種疾病的生物標(biāo)記通常在學(xué)術(shù)性實(shí)驗(yàn)室中鑒定，通常通過(guò)進(jìn)行一些疾病過(guò)程的基礎(chǔ)研究時(shí)偶然發(fā)現(xiàn)?；谒霭l(fā)現(xiàn)和少量臨床數(shù)據(jù)，發(fā)表的論文提示鑒定了新的生物標(biāo)記。然而大多數(shù)這些建議的生物標(biāo)記未證實(shí)是真實(shí)或有用的生物標(biāo)記，這主要是因?yàn)闇y(cè)試的少量臨床樣品對(duì)于已確實(shí)發(fā)現(xiàn)有效的生物標(biāo)記僅提供弱統(tǒng)計(jì)學(xué)證據(jù)。也就是說(shuō)，最初的鑒定對(duì)于統(tǒng)計(jì)學(xué)的基本元素是不嚴(yán)格的。在1994-2003年的每一年中，檢索科學(xué)文獻(xiàn)顯示公開了上千篇關(guān)于生物標(biāo)記的參考文獻(xiàn)。然而，在同時(shí)期內(nèi)，F(xiàn)DA一年最多批準(zhǔn)3種新蛋白生物標(biāo)記的診斷應(yīng)用，并且在若干年中沒(méi)有批準(zhǔn)新的蛋白生物標(biāo)記。基于失敗的生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)努力的歷史，已建議了數(shù)學(xué)理論以進(jìn)一步促進(jìn)通常理解，即針對(duì)疾病的生物標(biāo)記很少且難以發(fā)現(xiàn)?；?D凝膠或質(zhì)譜的生物標(biāo)記研究支持這些觀點(diǎn)。通過(guò)這些方法鑒定了非常少的有用生物標(biāo)記。然而，通常忽視2D凝膠和質(zhì)譜測(cè)量血液中存在的約1nM或更高濃度的蛋白，這種蛋白的總體很可能是最不可能隨疾病變化的。除了本發(fā)明的生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)平臺(tái)，尚不存在能夠精確測(cè)量低得多的濃度的蛋白表達(dá)水平的蛋白質(zhì)組生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)平臺(tái)。關(guān)于復(fù)雜的人生物學(xué)的生物化學(xué)途徑已知許多。許多生物化學(xué)途徑以在病理學(xué)內(nèi)局部發(fā)揮作用的分泌的蛋白達(dá)到頂點(diǎn)或開始，例如分泌生長(zhǎng)因子以刺激病理學(xué)中其他細(xì)胞的復(fù)制，以及分泌其他因子以避開免疫系統(tǒng)等。盡管許多這些分泌的蛋白以旁分泌方式發(fā)揮作用，但是一些在身體的遠(yuǎn)端運(yùn)行。具有生物化學(xué)途徑基本了解的本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)理解，許多病理學(xué)特異性蛋白應(yīng)當(dāng)以低于(甚至遠(yuǎn)低于)2D凝膠和質(zhì)譜檢測(cè)極限的濃度存在于血液中。在這種相對(duì)豐富數(shù)目的疾病生物標(biāo)記的鑒定之前必須有一種蛋白質(zhì)組平臺(tái)，其可以分析低于2D凝膠或質(zhì)譜可以檢測(cè)的濃度的蛋白。因此，亟需生物標(biāo)記、方法、裝置、試劑、系統(tǒng)和試劑盒，其允許(a)區(qū)分胰腺癌與良性疾病狀況；(b)篩選胰腺癌的無(wú)癥狀的高風(fēng)險(xiǎn)個(gè)體；(c)檢測(cè)胰腺癌生物標(biāo)記；以及(d)診斷胰腺癌。發(fā)明概述本申請(qǐng)包括用于檢測(cè)和診斷癌癥，更特別是胰腺癌的生物標(biāo)記、方法、試劑、裝置、系統(tǒng)和試劑盒。本申請(qǐng)的生物標(biāo)記使用實(shí)施例1詳述的基于多重適配體的測(cè)定來(lái)鑒定。通過(guò)使用本文所述的基于適配體的生物標(biāo)記鑒定方法，本申請(qǐng)描述了可用于檢測(cè)和診斷胰腺癌的驚人的大量胰腺癌生物標(biāo)記以及可用于檢測(cè)和診斷更一般的癌癥的大量癌癥生物標(biāo)記。在鑒定這些生物標(biāo)記中，測(cè)量了來(lái)自數(shù)百個(gè)個(gè)體樣品的超過(guò)800種蛋白，其中一些的濃度在低毫微微摩爾(femtomolar)范圍。這比用2D凝膠和/或質(zhì)譜進(jìn)行的生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)低約4個(gè)數(shù)量級(jí)。盡管某些所述胰腺癌生物標(biāo)記可單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷胰腺癌，但是本文所述的方法用于分組用作一組生物標(biāo)記的胰腺癌生物標(biāo)記的多個(gè)子集。一旦鑒定了單獨(dú)的生物標(biāo)記或生物標(biāo)記的子集，則個(gè)體中胰腺癌的檢測(cè)或診斷可以使用能夠測(cè)量生物學(xué)樣品中所選生物標(biāo)記或多種生物標(biāo)記的水平差異的任何測(cè)定平臺(tái)或形式來(lái)完成。然而，僅僅通過(guò)使用本文所述的基于適配體的生物標(biāo)記鑒定方法，其中超過(guò)800個(gè)單獨(dú)的潛在生物標(biāo)記值從先前已經(jīng)診斷為患有或不患有胰腺癌的大量個(gè)體中逐個(gè)進(jìn)行了篩選，才可能鑒定本文公開的胰腺癌生物標(biāo)記。這種發(fā)現(xiàn)方法與從條件培養(yǎng)基或裂解的細(xì)胞發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記截然相反，因?yàn)槠湓儐?wèn)無(wú)需翻譯為人病理學(xué)的更加患者相關(guān)的系統(tǒng)。因此，本申請(qǐng)一方面提供一種或多種生物標(biāo)記以用于單獨(dú)或以各種組合來(lái)診斷胰腺癌，或者允許鑒別診斷胰腺癌與良性胃腸(GI)疾病狀況如急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像。示例性實(shí)施方案包括表1第2列提供的生物標(biāo)記，如上所述，這些生物標(biāo)記用實(shí)施例1中一般描述并在實(shí)施例2中更具體描述的基于多重適配體的測(cè)定鑒定。表1提供的標(biāo)記可用于診斷高風(fēng)險(xiǎn)的無(wú)癥狀的群體中的胰腺癌以及區(qū)分急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像與胰腺癌。盡管某些所述胰腺癌生物標(biāo)記可以單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷胰腺癌，但是本文所述的方法還用于分組胰腺癌生物標(biāo)記的多個(gè)子集，其各自可用作兩個(gè)或更多個(gè)生物標(biāo)記的組。因此，本申請(qǐng)的各個(gè)實(shí)施方案提供了包含N個(gè)生物標(biāo)記的組合，其中N是至少2個(gè)生物標(biāo)記。在其他實(shí)施方案中，N選自2-65個(gè)生物標(biāo)記中的任意數(shù)。仍然在其他實(shí)施方案中，N選自2-7、2-10、2-15、2-20、2-25、2-30、2-35、2-40、2-45、2-50、2-55或2-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自3-7、3-10、3-15、3-20、3-25、3-30、3-35、3-40、3-45、3-50、3-55或3-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自4-7、4-10、4-15、4-20、4-25、4-30、4-35、4-40、4-45、4-50、4-55或4-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自5-7、5-10、5-15、5-20、5-25、5-30、5-35、5-40、5-45、5-50、5-55或5-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自6-10、6-15、6-20、6-25、6-30、6-35、6-40、6-45、6-50、6-55或6-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自7-10、7-15、7-20、7-25、7-30、7-35、7-40、7-45、7-50、7-55或7-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自8-10、8-15、8-20、8-25、8-30、8-35、8-40、8-45、8-50、8-55或8-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自9-15、9-20、9-25、9-30、9-35、9-40、9-45、9-50、9-55或9-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自10-15、10-20、10-25、10-30、10-35、10-40、10-45、10-50、10-55或10-65中的任意數(shù)。應(yīng)當(dāng)理解N可以選自包含類似但更高級(jí)(order)的范圍。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)至少一個(gè)生物標(biāo)記值，所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的至少一個(gè)生物標(biāo)記，其中所述個(gè)體基于所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值分類為患有胰腺癌。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值確定所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性(likelihood)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值將所述個(gè)體分類為患有胰腺癌，并且其中N＝2-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值確定所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性，并且其中N＝2-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體不患有胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)至少一個(gè)生物標(biāo)記值，所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少一個(gè)生物標(biāo)記，其中基于所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值將所述個(gè)體分類為不患有胰腺癌。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體不患有胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值將所述個(gè)體分類為不患有胰腺癌，并且其中N＝2-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有胰腺癌，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有胰腺癌，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，所述一組生物標(biāo)記選自表2-11所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有胰腺癌。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷胰腺癌不存在的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在胰腺癌，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷胰腺癌不存在的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在胰腺癌，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷不存在胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，所述一組生物標(biāo)記選自表2-11提供的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在胰腺癌。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于偏離預(yù)定閾值的分類評(píng)分將所述個(gè)體分類為患有胰腺癌，并且其中N＝2-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體中不存在胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于偏離預(yù)定閾值的分類評(píng)分將所述個(gè)體分類為不患有胰腺癌，并且其中N＝2-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示胰腺癌的似然性的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：在計(jì)算機(jī)上檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中N如上定義；用計(jì)算機(jī)對(duì)每個(gè)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于多個(gè)分類指示所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性。在另一方面，本發(fā)明提供了一種將個(gè)體分類為患有或不患有胰腺癌的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：在計(jì)算機(jī)上檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一；用計(jì)算機(jī)對(duì)每個(gè)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于多個(gè)分類指示所述個(gè)體是否患有胰腺癌。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示胰腺癌的似然性的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中N如上定義；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示胰腺癌的似然性的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：在計(jì)算機(jī)上檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；用計(jì)算機(jī)對(duì)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于所述分類指示所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性。在另一方面，本發(fā)明提供了一種將個(gè)體分類為患有或不患有胰腺癌的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：從計(jì)算機(jī)檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；用計(jì)算機(jī)對(duì)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于所述分類指示所述個(gè)體是否患有胰腺癌。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示胰腺癌的似然性的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表1第2列所列的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。盡管某些所述癌癥生物標(biāo)記可單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷癌癥，但是本文所述的方法用于分組用作一組生物標(biāo)記的癌癥生物標(biāo)記的多個(gè)子集。一旦鑒定了單獨(dú)的生物標(biāo)記或生物標(biāo)記的子集，則個(gè)體中癌癥的檢測(cè)或診斷可以使用能夠測(cè)量生物學(xué)樣品中所選生物標(biāo)記或多種生物標(biāo)記的水平差異的任何測(cè)定平臺(tái)或形式來(lái)完成。然而，僅僅通過(guò)使用本文所述的基于適配體的生物標(biāo)記鑒定方法，其中超過(guò)800個(gè)單獨(dú)的潛在生物標(biāo)記值從先前已經(jīng)診斷為患有或不患有癌癥的大量個(gè)體中逐個(gè)進(jìn)行了篩選，才可能鑒定本文公開的癌癥生物標(biāo)記。這種發(fā)現(xiàn)方法與從條件培養(yǎng)基或裂解的細(xì)胞發(fā)現(xiàn)生物標(biāo)記截然相反，因?yàn)槠湓儐?wèn)無(wú)需翻譯為人病理學(xué)的更加患者相關(guān)的系統(tǒng)。因此，在本發(fā)明的一方面，提供了一種或多種生物標(biāo)記用于單獨(dú)或在各種組合中使用以診斷癌癥。示例性實(shí)施方案包括表19提供的生物標(biāo)記，這些生物標(biāo)記用實(shí)施例1中一般描述并在實(shí)施例7中更具體描述的基于多重適配體的測(cè)定鑒定。表19提供的標(biāo)記可用于區(qū)分患有癌癥的個(gè)體與不患有癌癥的個(gè)體。雖然某些所述癌癥生物標(biāo)記可以單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷癌癥，但是本文所述的方法還用于分組癌癥生物標(biāo)記的多個(gè)子集，其各自用作三個(gè)或更多個(gè)生物標(biāo)記的組。因此，本申請(qǐng)的各個(gè)實(shí)施方案提供了包含N個(gè)生物標(biāo)記的組合，其中N是至少三個(gè)生物標(biāo)記。在其他實(shí)施方案中，N選自3-65個(gè)生物標(biāo)記中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自3-7、3-10、3-15、3-20、3-25、3-30、3-35、3-40、3-45、3-50、3-55、3-60或3-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自4-7、4-10、4-15、4-20、4-25、4-30、4-35、4-40、4-45、4-50、4-55、4-60或4-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自5-7、5-10、5-15、5-20、5-25、5-30、5-35、5-40、5-45、5-50、5-55、5-60或5-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自6-10、6-15、6-20、6-25、6-30、6-35、6-40、6-45、6-50、6-55、6-60或6-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自7-10、7-15、7-20、7-25、7-30、7-35、7-40、7-45、7-50、7-55、7-60或7-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自8-10、8-15、8-20、8-25、8-30、8-35、8-40、8-45、8-50、8-55、8-60或8-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自9-15、9-20、9-25、9-30、9-35、9-40、9-45、9-50、9-55、9-60或9-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自10-15、10-20、10-25、10-30、10-35、10-40、10-45、10-50、10-55、10-60或10-65中的任意數(shù)。應(yīng)當(dāng)理解N可以選自包含類似但更高級(jí)的范圍。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)至少一個(gè)生物標(biāo)記值，所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表19提供的生物標(biāo)記的組的至少一個(gè)生物標(biāo)記，其中基于所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值就所述個(gè)體分類為患有癌癥。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值確定所述個(gè)體患有癌癥的似然性。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值將所述個(gè)體分類為患有癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中所述個(gè)體患有癌癥的似然性基于所述生物標(biāo)記值來(lái)確定，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體不患有癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)至少一個(gè)生物標(biāo)記值，所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少一個(gè)生物標(biāo)記，其中基于所述至少一個(gè)生物標(biāo)記值將所述個(gè)體分類為不患有癌癥。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體不患有癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于所述生物標(biāo)記值將所述個(gè)體分類為不患有癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表19所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表19所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，所述一組生物標(biāo)記選自表20-29所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有癌癥。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷癌癥不存在的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表19所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷癌癥不存在的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組N個(gè)生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記選自表19所列的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷不存在癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，所述一組生物標(biāo)記選自表20-29提供的生物標(biāo)記的組，其中所述生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在癌癥。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體的癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于偏離預(yù)定閾值的分類評(píng)分將所述個(gè)體分類為患有癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷個(gè)體中不存在癌癥的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中基于偏離預(yù)定閾值的分類評(píng)分將所述個(gè)體分類為不患有癌癥，并且其中N＝3-10。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示癌癥的似然性的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：在計(jì)算機(jī)上檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中N如上定義；用計(jì)算機(jī)對(duì)每個(gè)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于多個(gè)分類指示所述個(gè)體患有癌癥的似然性。在另一方面，本發(fā)明提供了一種將個(gè)體分類為患有或不患有癌癥的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：在計(jì)算機(jī)上檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表19提供的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一；用計(jì)算機(jī)對(duì)每個(gè)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于多個(gè)分類指示所述個(gè)體是否患有癌癥。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示癌癥的似然性的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表19所列的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中N如上定義；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體患有癌癥的似然性指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示個(gè)體的癌癥狀態(tài)的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表19提供的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體的癌癥狀態(tài)指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示癌癥的似然性的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：在計(jì)算機(jī)上檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表19所列的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；用計(jì)算機(jī)對(duì)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于所述分類指示所述個(gè)體患有癌癥的似然性。在另一方面，本發(fā)明提供了一種將個(gè)體分類為患有或不患有癌癥的計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法。所述方法包括：從計(jì)算機(jī)檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息，其中所述生物標(biāo)記信息包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表19提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；用計(jì)算機(jī)對(duì)所述生物標(biāo)記值進(jìn)行分類；以及基于所述分類指示所述個(gè)體是否患有癌癥。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示癌癥的似然性的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：對(duì)歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)進(jìn)行檢索的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表19所列的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體患有癌癥的似然性指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示個(gè)體的癌癥狀態(tài)的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表19提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體的癌癥狀態(tài)指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種診斷胰腺癌的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中除了生物標(biāo)記值，檢測(cè)腫瘤標(biāo)記CA19-9，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于一組生物標(biāo)記中的生物標(biāo)記，所述一組生物標(biāo)記選自表1所列的生物標(biāo)記的組，其中組合的CA19-9和生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體患有胰腺癌。附圖說(shuō)明圖1A是檢測(cè)生物學(xué)樣品中的胰腺癌的示例方法的流程圖。圖1B是用樸素貝葉斯(Bayes)分類方法檢測(cè)生物學(xué)樣品中的胰腺癌的示例方法的流程圖。圖2示出單個(gè)生物標(biāo)記CTSB的ROC曲線，其使用用于檢測(cè)胰腺癌的測(cè)試的樸素貝葉斯分類器(classifier)。圖3示出2至10個(gè)生物標(biāo)記的生物標(biāo)記組的ROC曲線，其使用用于檢測(cè)胰腺癌的測(cè)試的樸素貝葉斯分類器。圖4說(shuō)明當(dāng)生物標(biāo)記的數(shù)目從1增加至10時(shí)分類評(píng)分(AUC)的增加，其使用用于胰腺癌組的樸素貝葉斯分類。圖5示出對(duì)于組合的GI和正常對(duì)照(實(shí)線)和胰腺癌疾病組(虛線)，作為log轉(zhuǎn)化的RFU形式的累積分布函數(shù)(cdf)的CTSB的測(cè)量的生物標(biāo)記分布，以及它們的曲線擬合為正態(tài)cdf(短劃線)，以用于訓(xùn)練(train)樸素貝葉斯分類器。圖6說(shuō)明與本文所述的各種計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法一起使用的示例計(jì)算機(jī)系統(tǒng)。圖7是一實(shí)施方案的指示個(gè)體患有胰腺癌的似然性的方法的流程圖。圖8是一實(shí)施方案的指示個(gè)體患有胰腺癌的似然性的方法的流程圖。圖9說(shuō)明可以用于檢測(cè)生物學(xué)樣品中一個(gè)或多個(gè)胰腺癌生物標(biāo)記的示例適配體測(cè)定。圖10示出從聚集的潛在生物標(biāo)記的集合使用哪些生物標(biāo)記來(lái)構(gòu)建分類器以區(qū)分胰腺癌與GI和正常對(duì)照的頻率的柱狀圖。圖11A示出一對(duì)柱狀圖，其總結(jié)了使用表1所列的生物標(biāo)記(實(shí)線)和隨機(jī)標(biāo)記的集合(虛線)的所有可能的單蛋白樸素貝葉斯分類器評(píng)分(AUC)。圖11B示出一對(duì)柱狀圖，其總結(jié)了使用表1所列的生物標(biāo)記(實(shí)線)和隨機(jī)標(biāo)記的集合(虛線)的所有可能的二蛋白蛋白樸素貝葉斯分類器評(píng)分(AUC)。圖11C示出一對(duì)柱狀圖，其總結(jié)了使用表1所列的生物標(biāo)記(實(shí)線)和隨機(jī)標(biāo)記的集合(虛線)的所有可能的三蛋白樸素貝葉斯分類器評(píng)分(AUC)。圖12示出使用選自完全組(菱形)的2-10個(gè)標(biāo)記的樸素貝葉斯分類器的AUC，以及通過(guò)在分類器產(chǎn)生期間放棄最好的5個(gè)、10個(gè)和15個(gè)標(biāo)記而獲得的評(píng)分。圖13示出三個(gè)不同分類器的性能：?jiǎn)为?dú)CA19-9、SOMAmer組以及SOMAmer和CA19-9的組合。圖14示出CA19-9加上1個(gè)(HAMP)或2個(gè)(HAMP和CTSB)SOMAmer生物標(biāo)記的性能。圖15示出10個(gè)標(biāo)記的隨機(jī)森林分類器(randomforestclassifier)的性能。圖16A示出一組ROC曲線，其從表14中的數(shù)據(jù)對(duì)1至5個(gè)標(biāo)記的組建模。圖16B示出一組ROC曲線，其從圖12的2至5個(gè)標(biāo)記的組的訓(xùn)練數(shù)據(jù)計(jì)算。圖17A和17B示出通過(guò)貪婪選擇方法選擇的10個(gè)生物標(biāo)記(表19)與10個(gè)“非標(biāo)記”生物標(biāo)記的1,000個(gè)隨機(jī)樣品集合之間性能的比較。表19中10個(gè)生物標(biāo)記的平均AUC顯示為虛線垂直線。在圖17A中，10個(gè)生物標(biāo)記的集合隨機(jī)選自未通過(guò)貪婪方法選擇的所有3個(gè)癌癥研究中存在的所有10種分析物。在圖17B中，使用與17A相同的方法；然而，采樣僅限于未通過(guò)貪婪方法選擇的來(lái)自表1的剩余的55個(gè)生物標(biāo)記。圖18示出表19所列的3個(gè)樸素貝葉斯分類器的接受者操作特征(ROC)曲線。對(duì)于每個(gè)研究，曲線下面積(AUC)也在圖例旁邊示出。發(fā)明詳述現(xiàn)在詳細(xì)描述本發(fā)明的代表性實(shí)施方案。雖然本發(fā)明結(jié)合列舉的實(shí)施方案進(jìn)行描述，但是應(yīng)理解本發(fā)明并不限于這些實(shí)施方案。相反，本發(fā)明旨在涵蓋可以包括在如權(quán)利要求書所限定的本發(fā)明范圍內(nèi)的所有替代、修飾和等價(jià)物。本領(lǐng)域技術(shù)人員會(huì)知道與本文所述的方法和材料相似或等價(jià)的許多方法和材料，其可以使用并在本發(fā)明的實(shí)踐的范圍內(nèi)。本發(fā)明不以任何方式限制于所述方法和材料。除非另有定義，本文所用的技術(shù)和科學(xué)術(shù)語(yǔ)具有本發(fā)明所屬領(lǐng)域技術(shù)人員通常理解的相同含義。盡管與本文所述的方法、裝置和材料相似或等價(jià)的任何方法、裝置和材料可以用于實(shí)施或測(cè)試本發(fā)明，但是現(xiàn)在描述優(yōu)選的方法、裝置和材料。本申請(qǐng)中引用的所有出版物、公開的專利文件和專利申請(qǐng)指示本申請(qǐng)所屬領(lǐng)域的技術(shù)水平。本文引用的所有出版物、公開的專利文件和專利申請(qǐng)?jiān)尤氡疚?，與每個(gè)單獨(dú)的出版物、公開的專利文件或?qū)＠暾?qǐng)具體地和單獨(dú)地指明援引加入本文的程度相同。如在包括所附權(quán)利要求書在內(nèi)的本申請(qǐng)中所用，除非特別說(shuō)明，單數(shù)形式“一個(gè)(a)”、“一個(gè)(an)”和“這個(gè)(the)”包括復(fù)數(shù)形式，且與“至少一個(gè)”和“一個(gè)或多個(gè)”可互換使用。因此，提及的“一個(gè)適配體”包括適配體的混合物，提及的“探針”包括探針的混合物等。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“約”表示數(shù)值的不明顯更改或變化，由此該數(shù)值所涉及的項(xiàng)目的基本功能未改變。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“包含(comprises)”、“包含(comprising)”、“包括(includes)”、“包括(including)”、“含有(contains)”、“含有(containing)”及它們的任何變體意圖覆蓋非排他的包含，由此包含、包括或含有一個(gè)元件或者一系列元件的過(guò)程、方法、方法限定產(chǎn)品或組成(compositionofmatter)不僅包括這些元件，而且可以包括未明確列舉或這樣的過(guò)程、方法、方法限定產(chǎn)品或組成固有的其他元件。本申請(qǐng)包括用于檢測(cè)和診斷胰腺癌和更一般的癌癥的生物標(biāo)記、方法、裝置、試劑、系統(tǒng)和試劑盒。在一方面，本發(fā)明提供了一種或多種生物標(biāo)記，其單獨(dú)或以各種組合用于診斷胰腺癌，允許鑒別診斷胰腺癌與非惡性GI疾病狀況，包括急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像，監(jiān)測(cè)胰腺癌復(fù)發(fā)或者尋址(address)其他臨床指征。如下文詳細(xì)描述，示例性實(shí)施方案包括表1第2列提供的生物標(biāo)記，這些生物標(biāo)記使用基于多重適配體的測(cè)定來(lái)鑒定，所述測(cè)定在實(shí)施例1中一般描述，并且在實(shí)施例2中更具體地描述。表1第2列列出獲得自以下分析的發(fā)現(xiàn)：來(lái)自胰腺癌病例的幾百個(gè)個(gè)體血液樣品，以及來(lái)自GI和正常對(duì)照的幾百個(gè)等價(jià)個(gè)體血液樣品。GI和正常對(duì)照組設(shè)計(jì)為匹配胰腺癌診斷測(cè)試可以具有最大益處的群體，包括無(wú)癥狀的個(gè)體和有癥狀的個(gè)體。正常對(duì)照組代表具有胰腺癌的高風(fēng)險(xiǎn)的無(wú)癥狀的個(gè)體。胰腺癌的高風(fēng)險(xiǎn)包括胰腺癌的家族史、肥胖、吸煙、糖尿病、囊性纖維化、慢性或遺傳性胰腺炎、BRCA突變載體、p16突變以及波-杰綜合征(BrandEetal.Gut2007：56：1460)。GI對(duì)照組包括非特異性腹部癥狀如急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或者后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像。將來(lái)自正常對(duì)照的樣品與GI對(duì)照合并以發(fā)現(xiàn)可用于篩選高風(fēng)險(xiǎn)無(wú)癥狀的個(gè)體和有癥狀的個(gè)體的鑒別診斷的生物標(biāo)記。潛在的生物標(biāo)記在單獨(dú)的樣品而不是在混合疾病和對(duì)照血液中測(cè)量；這允許更好地理解與疾病(在這種情況下是胰腺癌)的存在和不存在相關(guān)的表型中個(gè)體和組的變化。由于對(duì)每個(gè)樣品進(jìn)行823個(gè)蛋白測(cè)量，并且單獨(dú)測(cè)量來(lái)自每個(gè)疾病和對(duì)照群體的幾百個(gè)樣品，所以表1第2列得自非常大的數(shù)據(jù)集合的分析。使用本文“生物標(biāo)記的分類和疾病評(píng)分計(jì)算”章節(jié)中描述的方法分析測(cè)量結(jié)果。表1第2列列出發(fā)現(xiàn)可用于區(qū)分得自患有胰腺癌的個(gè)體的樣品與得自GI和正常對(duì)照的樣品的65個(gè)生物標(biāo)記。GI對(duì)照包括具有急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或者后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像的個(gè)體。雖然某些所述胰腺癌生物標(biāo)記可單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷胰腺癌，但是本文還描述了胰腺癌生物標(biāo)記的多個(gè)子集的分組方法，其中每個(gè)分組或者子集選擇可作為一組三個(gè)或更多個(gè)生物標(biāo)記使用，這在本文中可互換地稱為“生物標(biāo)記組”和一組。因此，本申請(qǐng)的各個(gè)實(shí)施方案提供了包含N個(gè)生物標(biāo)記的組合，其中N是至少2個(gè)生物標(biāo)記。在其他實(shí)施方案中，N選自2-65個(gè)生物標(biāo)記。在其他實(shí)施方案中，N選自2-7、2-10、2-15、2-20、2-25、2-30、2-35、2-40、2-45、2-50、2-55或2-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自3-7、3-10、3-15、3-20、3-25、3-30、3-35、3-40、3-45、3-50、3-55或3-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自4-7、4-10、4-15、4-20、4-25、4-30、4-35、4-40、4-45、4-50、4-55或4-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自5-7、5-10、5-15、5-20、5-25、5-30、5-35、5-40、5-45、5-50、5-55或5-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自6-10、6-15、6-20、6-25、6-30、6-35、6-40、6-45、6-50、6-55或6-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自7-10、7-15、7-20、7-25、7-30、7-35、7-40、7-45、7-50、7-55或7-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自8-10、8-15、8-20、8-25、8-30、8-35、8-40、8-45、8-50、8-55或8-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自9-15、9-20、9-25、9-30、9-35、9-40、9-45、9-50、9-55或9-65中的任意數(shù)。在其他實(shí)施方案中，N選自10-15、10-20、10-25、10-30、10-35、10-40、10-45、10-50、10-55或10-65中的任意數(shù)。應(yīng)當(dāng)理解N可以選自包含類似但更高級(jí)的范圍。在一實(shí)施方案中，可用于生物標(biāo)記子集或組的生物標(biāo)記的數(shù)目基于生物標(biāo)記值的特定組合的靈敏性和特異性值。本文所用術(shù)語(yǔ)“靈敏性”和“特異性”是關(guān)于基于在個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記值來(lái)正確分類個(gè)體患有胰腺癌或不患有胰腺癌的能力?！办`敏性”指生物標(biāo)記或多個(gè)生物標(biāo)記關(guān)于正確分類患有胰腺癌的個(gè)體的性能?！疤禺愋浴敝干飿?biāo)記或多個(gè)生物標(biāo)記關(guān)于正確分類不患有胰腺癌的個(gè)體的性能。例如，用于測(cè)試一組對(duì)照樣品和胰腺癌樣品的一組標(biāo)記的85％特異性和90％靈敏性指85％的對(duì)照樣品由該組正確分類為對(duì)照樣品，并且90％的胰腺癌樣品由該組正確分類為胰腺癌樣品。期望或優(yōu)選的最小值可以如實(shí)施例3所述確定。代表性組如表4-11所示，其示出一系列3-10個(gè)生物標(biāo)記的100個(gè)不同的組，其具有所示的每組的特異性和靈敏性水平。這些組的每個(gè)中每個(gè)標(biāo)記出現(xiàn)的總數(shù)目在每個(gè)表的底部示出。在一方面，在個(gè)體中通過(guò)以下方法檢測(cè)或診斷胰腺癌：對(duì)來(lái)自所述個(gè)體的生物學(xué)樣品進(jìn)行測(cè)定并檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記CTSB、C5a或C5中的至少一個(gè)以及選自表1第2列的生物標(biāo)記列表的至少N個(gè)額外的生物標(biāo)記，其中N等于2、3、4、5、6、7、8或9。在另一方面，在個(gè)體中通過(guò)以下方法檢測(cè)或診斷胰腺癌：對(duì)來(lái)自所述個(gè)體的生物學(xué)樣品進(jìn)行測(cè)定并檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記CTSB、C5a或C5以及選自表1第2列的生物標(biāo)記列表的至少N個(gè)額外的生物標(biāo)記之一，其中N等于1、2、3、4、5、6或7。在另一方面，在個(gè)體中通過(guò)以下方法檢測(cè)或診斷胰腺癌：對(duì)來(lái)自所述個(gè)體的生物學(xué)樣品進(jìn)行測(cè)定并檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記CTSB以及選自表1第2列的生物標(biāo)記列表的至少N個(gè)額外的生物標(biāo)記之一，其中N等于2、3、4、5、6、7、8或9。在另一方面，在個(gè)體中通過(guò)以下方法檢測(cè)或診斷胰腺癌：對(duì)來(lái)自所述個(gè)體的生物學(xué)樣品進(jìn)行測(cè)定并檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記C5a以及選自表1第2列的生物標(biāo)記列表的至少N個(gè)額外的生物標(biāo)記之一，其中N等于2、3、4、5、6、7、8或9。在另一方面，在個(gè)體中通過(guò)以下方法檢測(cè)或診斷胰腺癌：對(duì)來(lái)自所述個(gè)體的生物學(xué)樣品進(jìn)行測(cè)定并檢測(cè)生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記C5以及選自表1第2列的生物標(biāo)記列表的至少N個(gè)額外的生物標(biāo)記之一，其中N等于2、3、4、5、6、7、8或9。本文鑒定的胰腺癌生物標(biāo)記表示較大數(shù)目的可以用于有效檢測(cè)或診斷胰腺癌的生物標(biāo)記的子集或組的選擇。期望數(shù)目的這類生物標(biāo)記的選擇取決于所選生物標(biāo)記的特定組合。重要的是記?。河糜跈z測(cè)或診斷胰腺癌的生物標(biāo)記的組還可以包括在表1第2列中未發(fā)現(xiàn)的生物標(biāo)記，并且包括在表1第2列中未發(fā)現(xiàn)的額外的生物標(biāo)記可以減少選自表1第2列的特定子集或組中的生物標(biāo)記的數(shù)目。如果額外的生物醫(yī)學(xué)信息與生物標(biāo)記值聯(lián)合用于建立對(duì)于給定測(cè)定可接受的靈敏性和特異性值，則用于子集或組的來(lái)自表1第2列的生物標(biāo)記的數(shù)目也可以減少?？梢杂绊懹糜谏飿?biāo)記的子集或組的生物標(biāo)記數(shù)目的另一因素是用于從進(jìn)行胰腺癌診斷的個(gè)體中獲得生物學(xué)樣品的方法。在精心控制的樣品獲取環(huán)境中，滿足期望的靈敏性和特異性值所必需的生物標(biāo)記的數(shù)目會(huì)低于在樣品收集、處理和貯存中可以存在更多變化的情況中的數(shù)目。在研究表1第2列所列的生物標(biāo)記列表中，利用多個(gè)樣品收集位點(diǎn)來(lái)收集數(shù)據(jù)以進(jìn)行分類器訓(xùn)練。這提供了更穩(wěn)健的生物標(biāo)記，其對(duì)于樣品收集、處理和貯存中的變化較不敏感，但是如果訓(xùn)練數(shù)據(jù)全部在非常相似的條件下獲得，則還可以要求子集或組中更大的生物標(biāo)記數(shù)目。本申請(qǐng)的一方面可以參考圖1A和1B來(lái)一般性描述。生物學(xué)樣品獲得自所關(guān)注的一個(gè)或多個(gè)個(gè)體。然后測(cè)定該生物學(xué)樣品以檢測(cè)所關(guān)注的一個(gè)或多個(gè)(N個(gè))生物標(biāo)記的存在，并且確定所述N個(gè)生物標(biāo)記的每一個(gè)的生物標(biāo)記值(在圖1B中稱為標(biāo)記RFU)。一旦檢測(cè)生物標(biāo)記并指定生物標(biāo)記值，則如本文詳細(xì)描述地對(duì)每個(gè)標(biāo)記進(jìn)行評(píng)分或者分類。然后組合標(biāo)記評(píng)分以提供總診斷評(píng)分，其表示獲取樣品的個(gè)體患有胰腺癌的似然性?！吧飳W(xué)樣品”、“樣品”和“測(cè)試樣品”在本文中可互換使用，指獲得自或以另外的方式源自個(gè)體的任何材料、生物液體、組織或者細(xì)胞。這包括血液(包括全血、白細(xì)胞、外周血單核細(xì)胞、血沉棕黃層(buffycoat)、血漿和血清)、痰、淚液、粘液、洗鼻液(wash)、鼻抽吸物(aspirate)、呼吸物(breath)、尿、精液、唾液、腹腔灌洗液、腹水、囊液、腦膜液(meningealfluid)、羊水、腺體液(glandularfluid)、胰液、淋巴液、胸膜液、乳頭抽吸物、支氣管抽吸物、支氣管刷檢(brushing)、滑液、關(guān)節(jié)抽吸物、器官分泌物、細(xì)胞、細(xì)胞提取物和腦脊液。其還包括上述所有材料的實(shí)驗(yàn)分離級(jí)分。例如，血液樣品可以分級(jí)分離為血清、血漿或者含有諸如紅細(xì)胞或白細(xì)胞(whitebloodcell)(白細(xì)胞(leukocyte))的特定類型血細(xì)胞的級(jí)分。如果需要，樣品可以是來(lái)自個(gè)體的樣品的組合，如組織與液體樣品的組合。術(shù)語(yǔ)“生物學(xué)樣品”還包括含有均質(zhì)固體材料的材料，如來(lái)自糞便樣品、組織樣品或組織活檢樣品的材料。術(shù)語(yǔ)“生物學(xué)樣品”還包括源自組織培養(yǎng)或者細(xì)胞培養(yǎng)的材料?？梢圆捎毛@得生物學(xué)樣品的任何合適方法；示例性方法包括如靜脈切開放血術(shù)、拭子(如口腔拭子)以及細(xì)針抽吸活檢方法。易受細(xì)針抽吸影響的示例性組織包括淋巴結(jié)、肺、肺洗液、BAL(支氣管肺泡灌洗液)、甲狀腺、乳腺、胰和肝。樣品還可以通過(guò)顯微切割(如激光捕獲顯微切割(LCM)或激光顯微切割(LMD))、膀胱沖洗、涂片(如PAP涂片)或?qū)Ч芄嘞词占＋@得自或源自個(gè)體的“生物學(xué)樣品”包括在獲得自所述個(gè)體之后已經(jīng)通過(guò)任何合適方式處理的任何此類樣品。此外，應(yīng)當(dāng)認(rèn)識(shí)到生物學(xué)樣品可以通過(guò)從許多個(gè)體中取得生物學(xué)樣品并將它們混合或混合每個(gè)個(gè)體的生物學(xué)樣品的等份而獲得?；旌系臉悠房梢宰鳛閬?lái)自單個(gè)個(gè)體的樣品進(jìn)行處理，并且如果在混合的樣品中確定癌癥的存在，則可以將每個(gè)個(gè)體的生物學(xué)樣品再進(jìn)行測(cè)試以確定哪個(gè)/哪些個(gè)體患有胰腺癌。為了本說(shuō)明書的目的，短語(yǔ)“歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)”指所述數(shù)據(jù)以某種形式源自所述個(gè)體的生物學(xué)樣品或利用所述個(gè)體的生物學(xué)樣品產(chǎn)生。數(shù)據(jù)在產(chǎn)生后可以被重新格式化、修改或以數(shù)學(xué)方式改變至某種程度，例如通過(guò)從一種測(cè)量系統(tǒng)中的單位轉(zhuǎn)變?yōu)榱硪粶y(cè)量系統(tǒng)中的單位；但是應(yīng)當(dāng)理解，數(shù)據(jù)源自所述生物學(xué)樣品或利用所述生物學(xué)樣品產(chǎn)生?！鞍袠?biāo)”、“靶分子”和“分析物”在本文中可互換使用，指可能存在于生物學(xué)樣品中的任何所關(guān)注的分子?！八P(guān)注的分子”包括特定分子的任何微小變化，如在蛋白的情況下，例如氨基酸序列的微小變化、二硫鍵形成、糖基化、脂質(zhì)化、乙?；⒘姿峄蛘呷魏纹渌僮骰蛐揎?，如與基本不改變分子同一性的標(biāo)記組分偶聯(lián)?！鞍蟹肿印薄ⅰ鞍袠?biāo)”或“分析物”是一種類型或種類的分子或多分子結(jié)構(gòu)的一組拷貝?！鞍蟹肿印薄ⅰ鞍袠?biāo)”和“分析物”指一組以上這樣的分子。示例性靶分子包括蛋白、多肽、核酸、碳水化合物、脂質(zhì)、多糖、糖蛋白、激素、受體、抗原、抗體、affybodies、抗體模擬物(mimic)、病毒、病原體、毒性物質(zhì)、底物、代謝物、過(guò)渡態(tài)類似物、輔因子、抑制劑、藥物、染料、營(yíng)養(yǎng)素、生長(zhǎng)因子、細(xì)胞、組織以及前述任何物質(zhì)的任何片段或部分。如本文所用，“多肽”、“肽”和“蛋白”在本文中可互換使用，指任何長(zhǎng)度的氨基酸聚合物。聚合物可以是線性或支化的，其可以包含修飾的氨基酸，并且其可以被非氨基酸中斷。該術(shù)語(yǔ)還涵蓋已經(jīng)被天然修飾或者通過(guò)干預(yù)修飾的氨基酸聚合物；例如，二硫鍵形成、糖基化、脂質(zhì)化、乙?；?、磷酸化或任何其他操作或修飾，如與標(biāo)記組分偶聯(lián)。該定義還包括例如含有一個(gè)或多個(gè)氨基酸類似物(包括例如非天然氨基酸等)以及本領(lǐng)域已知的其他修飾的多肽。多肽可以是單鏈或締合(associated)鏈。該定義還包括前蛋白和完整的成熟蛋白；衍生自成熟蛋白的肽或多肽；蛋白的片段；剪接變體；蛋白的重組形式；具有氨基酸修飾、缺失或取代的蛋白變體；消化；以及翻譯后修飾，如糖基化、乙?；⒘姿峄?。如本文所用，“標(biāo)記”和“生物標(biāo)記”可互換使用，指指示個(gè)體中正?；虍惓＿^(guò)程或者個(gè)體中疾病或其他疾病狀況的跡象或者是個(gè)體中正?；虍惓＿^(guò)程或者個(gè)體中疾病或其他疾病狀況的跡象的靶分子。更具體地，“標(biāo)記”或“生物標(biāo)記”是與無(wú)論正常與否的特定生理狀態(tài)或過(guò)程的存在相關(guān)的解剖學(xué)、生理學(xué)、生物化學(xué)或分子參數(shù)，并且如果是異常的，則無(wú)論是慢性或急性的。生物標(biāo)記可以通過(guò)各種方法檢測(cè)和測(cè)量，包括實(shí)驗(yàn)室測(cè)定和醫(yī)學(xué)成像。當(dāng)生物標(biāo)記是蛋白時(shí)，還可以使用相應(yīng)基因的表達(dá)作為生物學(xué)樣品中相應(yīng)蛋白生物標(biāo)記的量或存在或不存在或者編碼該生物標(biāo)記的基因或控制該生物標(biāo)記表達(dá)的蛋白的甲基化狀態(tài)的替代測(cè)量。如本文所用，“生物標(biāo)記值”、“值”、“生物標(biāo)記水平”和“水平”可互換使用，指使用任何分析方法來(lái)檢測(cè)生物學(xué)樣品中的生物標(biāo)記而進(jìn)行的測(cè)量，其示出所述生物學(xué)樣品中的生物標(biāo)記、對(duì)于所述生物標(biāo)記或?qū)?yīng)于所述生物標(biāo)記的存在、不存在、絕對(duì)量或濃度、相對(duì)量或濃度、效價(jià)、水平、表達(dá)水平、測(cè)量水平的比率等。所述“值”或“水平”的確切性質(zhì)取決于用于檢測(cè)生物標(biāo)記的特定分析方法的具體設(shè)計(jì)和組分。當(dāng)生物標(biāo)記表示個(gè)體中異常過(guò)程或疾病或其他疾病狀況或者是個(gè)體中異常過(guò)程或疾病或其他疾病狀況的跡象時(shí)，該生物標(biāo)記通常描述為與表示個(gè)體中正常過(guò)程或不存在疾病或其他疾病狀況或者是個(gè)體中正常過(guò)程或不存在疾病或其他疾病狀況的跡象的生物標(biāo)記的表達(dá)水平或值相比時(shí)是過(guò)表達(dá)或低表達(dá)的?！吧险{(diào)”、“上調(diào)的”、“過(guò)表達(dá)”、“過(guò)表達(dá)的”及其任何變體可互換使用，指生物學(xué)樣品中生物標(biāo)記的值或水平高于通常在來(lái)自健康或正常個(gè)體的相似生物學(xué)樣品中檢測(cè)的所述生物標(biāo)記的值或水平(或者值或水平的范圍)。該術(shù)語(yǔ)還可以指生物學(xué)樣品中生物標(biāo)記的值或水平高于在特定疾病的不同階段檢測(cè)的生物標(biāo)記的值或水平(或者值或水平的范圍)?！跋抡{(diào)”、“下調(diào)的”、“低表達(dá)”或“低表達(dá)的”及其任何變體可互換使用，指生物學(xué)樣品中生物標(biāo)記的值或水平低于通常在來(lái)自健康或正常個(gè)體的相似生物學(xué)樣品中檢測(cè)的生物標(biāo)記的值或水平(或者值或水平的范圍)。該術(shù)語(yǔ)還可以指生物學(xué)樣品中生物標(biāo)記的值或水平低于在特定疾病的不同階段檢測(cè)的所述生物標(biāo)記的值或水平(或者值或水平的范圍)。此外，過(guò)表達(dá)的或低表達(dá)的生物標(biāo)記還可以指與所述生物標(biāo)記的“正?！北磉_(dá)水平或值相比是“差異表達(dá)的”或者具有“不同水平”或“不同值”，所述“正?！北磉_(dá)水平或值表示個(gè)體中正常過(guò)程或不存在疾病或其他疾病狀況或者是個(gè)體中正常過(guò)程或不存在疾病或其他疾病狀況的跡象。因此，生物標(biāo)記的“差異表達(dá)”還可以指與所述生物標(biāo)記的“正常”表達(dá)水平不同。術(shù)語(yǔ)“不同的基因表達(dá)”和“差異表達(dá)”可互換使用，指在患有指定疾病的對(duì)象中基因(或其相應(yīng)的蛋白表達(dá)產(chǎn)物)的表達(dá)被激活至相對(duì)于其在正?；?qū)φ諏?duì)象中的表達(dá)較高或較低的水平。該術(shù)語(yǔ)還包括基因(或其相應(yīng)的蛋白表達(dá)產(chǎn)物)的表達(dá)在相同疾病的不同階段被激活至較高或較低水平。還應(yīng)當(dāng)理解差異表達(dá)的基因可以在核酸水平或蛋白水平激活或抑制，或者可以進(jìn)行可變剪接以獲得不同的多肽產(chǎn)物。這樣的差異可以通過(guò)許多改變來(lái)證實(shí)，包括多肽的mRNA水平、表面表達(dá)、分泌或其他分配(partitioning)。不同的基因表達(dá)可以包括比較兩個(gè)或更多個(gè)基因或者它們的基因產(chǎn)物之間的表達(dá)；或者比較兩個(gè)或更多個(gè)基因或者它們的基因產(chǎn)物之間的表達(dá)的比率；或者甚至比較相同基因的兩種不同加工的產(chǎn)物，其在正常對(duì)象與患病對(duì)象之間或者在相同疾病的不同階段之間是不同的。差異表達(dá)包括在例如正常和患病細(xì)胞或者經(jīng)歷不同疾病事件或疾病階段的細(xì)胞中的基因或其表達(dá)產(chǎn)物在時(shí)間或細(xì)胞表達(dá)模式中的定量以及定性的差異。如本文所用，“個(gè)體”指測(cè)試對(duì)象或患者。個(gè)體可以是哺乳動(dòng)物或非哺乳動(dòng)物。在許多實(shí)施方案中，個(gè)體是哺乳動(dòng)物。哺乳動(dòng)物個(gè)體可以是人或非人。在許多實(shí)施方案中，個(gè)體是人。健康或正常個(gè)體是其中通過(guò)常規(guī)診斷方法不可檢測(cè)出所關(guān)注的疾病或疾病狀況(包括例如胰腺疾病、胰腺相關(guān)疾病或其他胰腺疾病狀況)的個(gè)體?！霸\斷(Diagnose)”、“診斷(diagnosing)”、“診斷(diagnosis)”及其變體指基于個(gè)體相關(guān)的一種或多種跡象、癥狀、數(shù)據(jù)或其他信息對(duì)所述個(gè)體的健康狀態(tài)或疾病狀況的檢測(cè)、確定或識(shí)別。個(gè)體的健康狀態(tài)可以診斷為健康/正常(即診斷為不存在疾病或疾病狀況)或者診斷為患病/異常(即診斷為存在疾病或疾病狀況或者對(duì)疾病或疾病狀況的特征的評(píng)價(jià))。對(duì)于特定疾病或疾病狀況，術(shù)語(yǔ)“診斷(diagnose)”、“診斷(diagnosing)”、“診斷(diagnosis)”等涵蓋對(duì)疾病的初始檢測(cè)；對(duì)疾病的表征或分類；疾病的進(jìn)展、緩解或復(fù)發(fā)的檢測(cè)；以及在給予個(gè)體治療或療法后疾病應(yīng)答的檢測(cè)。胰腺癌的診斷包括區(qū)分患有癌癥與不患有癌癥的個(gè)體。其還包括區(qū)分GI和正常對(duì)照與胰腺癌。預(yù)后“(Prognose)”、“預(yù)后(prognosing)”、“預(yù)后(prognosis)”及其變體指預(yù)測(cè)患有疾病或疾病狀況的個(gè)體中所述疾病或疾病狀況的未來(lái)進(jìn)程(如預(yù)測(cè)患者存活)，并且這類術(shù)語(yǔ)涵蓋在給予個(gè)體治療或療法后評(píng)價(jià)疾病的應(yīng)答。“評(píng)價(jià)(Evaluate)”、“評(píng)價(jià)(evaluating)”、“評(píng)價(jià)(evaluation)”及其變體涵蓋“診斷”和“預(yù)后”，并且還涵蓋對(duì)不患病個(gè)體的疾病或疾病狀況的未來(lái)進(jìn)程的確定或預(yù)測(cè)以及確定或預(yù)測(cè)在表面上已經(jīng)治愈疾病的個(gè)體中所述疾病或疾病狀況復(fù)發(fā)的似然性。術(shù)語(yǔ)“評(píng)價(jià)”還包括評(píng)價(jià)個(gè)體對(duì)療法的應(yīng)答，例如預(yù)測(cè)個(gè)體是否可能對(duì)治療劑順利地應(yīng)答，或者不大可能對(duì)治療劑應(yīng)答(或者會(huì)例如經(jīng)歷毒性或其他不期望的副作用)；選擇給予個(gè)體的治療劑；或者監(jiān)測(cè)或確定個(gè)體對(duì)已經(jīng)給予該個(gè)體的療法的應(yīng)答。因此，“評(píng)價(jià)”胰腺癌可以包括例如以下任何方面：預(yù)后個(gè)體中胰腺癌的未來(lái)進(jìn)程；預(yù)測(cè)表面上已經(jīng)治愈胰腺癌的個(gè)體中胰腺癌的復(fù)發(fā)；或者確定或預(yù)測(cè)個(gè)體對(duì)于胰腺癌治療的應(yīng)答；或者基于確定源自個(gè)體生物學(xué)樣品的生物標(biāo)記值來(lái)選擇給予該個(gè)體的胰腺癌治療。任何如下實(shí)例均可以稱作“診斷”或“評(píng)價(jià)”胰腺癌：最初檢測(cè)胰腺癌的存在或不存在；確定胰腺癌的具體階段、類型或亞型或者其他分類或特征；確定可疑團(tuán)塊是否為良性病變或惡性胰腺腫瘤；或者檢測(cè)/監(jiān)測(cè)胰腺癌進(jìn)展(如監(jiān)測(cè)腫瘤生長(zhǎng)或轉(zhuǎn)移擴(kuò)散)、緩解或復(fù)發(fā)。如本文所用，“額外的生物醫(yī)學(xué)信息”指除了使用本文所述的任何生物標(biāo)記之外的對(duì)個(gè)體所做的與癌癥風(fēng)險(xiǎn)或更具體地與胰腺癌風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的一個(gè)或多個(gè)評(píng)價(jià)。“額外的生物醫(yī)學(xué)信息”包括任何以下方面：個(gè)體的物理描述(physicaldescriptor)，包括通過(guò)任何具有三維重建的對(duì)比增強(qiáng)的多層(多檢測(cè)器)螺旋計(jì)算機(jī)斷層掃描(CT)、經(jīng)皮或內(nèi)鏡超聲(US或EUS)、內(nèi)鏡逆行胰膽管造影(ERCP)、磁共振成像(MRI)、MR胰膽管造影(MRCP)或者腹部超聲觀察到的胰腺團(tuán)塊；個(gè)體的身高和/或體重；體重變化；個(gè)體的種族；職業(yè)史；胰腺癌(或其他癌癥)的家族史；個(gè)體或家族成員中與胰腺癌(或其他癌癥)的高風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的遺傳標(biāo)記的存在；胰腺團(tuán)塊或其他腹部團(tuán)塊的存在或不存在；團(tuán)塊的大??；團(tuán)塊的位置；團(tuán)塊和相關(guān)腹部區(qū)域的形態(tài)學(xué)(例如通過(guò)成像觀察的)；臨床癥狀如腹部疼痛、體重減輕、厭食、早飽、腹瀉、或脂肪瀉、黃疸、最近發(fā)生的非典型糖尿病、最近但原因不明的血栓靜脈炎歷史、或者以前的胰腺炎攻擊等；基因表達(dá)值；個(gè)體的物理描述，包括通過(guò)放射成像觀察到的物理描述；個(gè)體的身高和/或體重；個(gè)體的性別；個(gè)體的種族；吸煙史；酒精使用歷史；職業(yè)史；暴露于已知的致癌物(如暴露于任何石棉、氡氣、化學(xué)品、來(lái)自火的煙以及空氣污染，這可以包括來(lái)自靜止或移動(dòng)來(lái)源的排放物，如工業(yè)/工廠或汽車/海運(yùn)/飛機(jī)排放物)；暴露于二手煙；以及胰腺癌或其他癌癥的家族史。生物標(biāo)記水平的測(cè)試聯(lián)合任何額外的生物醫(yī)學(xué)信息的評(píng)價(jià)，包括其他實(shí)驗(yàn)室測(cè)試(例如，CA19-9、血清膽紅素濃度、堿性磷酸酶活性、貧血的存在)與單獨(dú)測(cè)試生物標(biāo)記或單獨(dú)評(píng)價(jià)額外的生物醫(yī)學(xué)信息的任何特定項(xiàng)目(例如，單獨(dú)的超聲成像)相比，可以例如改善檢測(cè)胰腺癌(或其他胰腺癌相關(guān)用途)的靈敏性、特異性和/或AUC。額外的生物醫(yī)學(xué)信息可以通過(guò)使用本領(lǐng)域已知的常規(guī)技術(shù)得自個(gè)體，如通過(guò)使用常規(guī)患者問(wèn)卷調(diào)查或健康史問(wèn)卷調(diào)查等得自個(gè)體自身，或者得自醫(yī)學(xué)從業(yè)人員等。生物標(biāo)記水平的測(cè)試聯(lián)合任何額外的生物醫(yī)學(xué)信息的評(píng)價(jià)與單獨(dú)測(cè)試生物標(biāo)記或單獨(dú)評(píng)價(jià)額外的生物醫(yī)學(xué)信息的任何特定項(xiàng)目(如單獨(dú)的CT成像)相比，可以例如改善檢測(cè)胰腺癌(或其他胰腺癌相關(guān)用途)的靈敏性、特異性和/或AUC。癌癥相關(guān)抗原19-9(CA19-9)是已知的胰腺癌的血液標(biāo)記。報(bào)道的CA19-9對(duì)胰腺癌的靈敏性和特異性分別為80-90％。然而，這些值與腫瘤大小密切相關(guān)。CA19-9鑒定患有小型手術(shù)可切除的癌癥的患者的準(zhǔn)確性有限。CA19-9需要Lewis血型抗原(糖基轉(zhuǎn)移酶)的存在以表達(dá)。在具有Lewis陰性表型的個(gè)體(估計(jì)5-10％的群體)中，CA19-9水平不是可用的腫瘤標(biāo)記。CA19-9的特異性也是有限的。CA19-9經(jīng)常在患有各種良性膽胰病癥的患者中升高。CA19-9升高的程度(在最初出現(xiàn)和手術(shù)后環(huán)境中)與長(zhǎng)期預(yù)后有關(guān)。此外，在看來(lái)患有潛在的可切除的疾病的患者中，CA19-9水平的數(shù)量級(jí)還可以有助于預(yù)測(cè)放射顯影隱匿性轉(zhuǎn)移性疾病的存在。CA19-9水平的系列監(jiān)測(cè)可用于隨訪潛在的根治性手術(shù)后的患者以及接受晚期疾病的化療的患者。升高的CA19-9水平通常在復(fù)發(fā)性疾病的放射顯影出現(xiàn)之前，但是疾病發(fā)展的證實(shí)應(yīng)當(dāng)通過(guò)成像研究和/或活組織檢查來(lái)進(jìn)行。生物標(biāo)記水平的檢測(cè)聯(lián)合CA19-9與單獨(dú)CA19-9相比，可以例如改善檢測(cè)胰腺癌(或其他胰腺癌相關(guān)用途)的靈敏性、特異性和/或AUC。術(shù)語(yǔ)“曲線下面積”或“AUC”指接受者操作特征(ROC)曲線下的面積，這兩個(gè)術(shù)語(yǔ)均為本領(lǐng)域所熟知。AUC測(cè)量可用于比較完整數(shù)據(jù)范圍內(nèi)的分類器的精確性。具有較大AUC的分類器具有較大的能力來(lái)正確分類兩個(gè)所關(guān)注的組(如胰腺癌樣品與正?；?qū)φ諛悠?之間的未知情況。ROC曲線可用于對(duì)特定特征的性能作圖(如本文描述的任何生物標(biāo)記和/或任何額外的生物醫(yī)學(xué)信息項(xiàng)目)，以在兩個(gè)群體之間進(jìn)行區(qū)分(如患有胰腺癌的病例與無(wú)胰腺癌的對(duì)照)。通常，整個(gè)群體(如病例與對(duì)照)的特征數(shù)據(jù)基于單個(gè)特征的值遞增分類。然后，對(duì)于該特征的每個(gè)值，計(jì)算數(shù)據(jù)的真陽(yáng)性率和假陽(yáng)性率。真陽(yáng)性率通過(guò)計(jì)數(shù)高于該特征值的病例數(shù)，然后除以病例總數(shù)來(lái)確定。假陽(yáng)性率通過(guò)計(jì)數(shù)高于該特征值的對(duì)照數(shù)，然后除以對(duì)照總數(shù)來(lái)確定。盡管這個(gè)定義指其中特征在病例中與在對(duì)照中相比升高的情況，但是這個(gè)定義還適用于其中特征在病例中與在對(duì)照中相比降低的情況(在這種情況下，計(jì)數(shù)低于該特征值的樣品)。ROC曲線可以對(duì)單個(gè)特征以及其他單個(gè)輸出產(chǎn)生，例如兩個(gè)或更多個(gè)特征的組合可以是數(shù)學(xué)組合(如加、減、乘等)以提供單個(gè)的和值，并且該單個(gè)的和值可以在ROC曲線中繪制。此外，其中組合產(chǎn)生單個(gè)輸出值的多個(gè)特征的任意組合可以在ROC曲線中繪制。這些特征的組合可以包括測(cè)試。ROC曲線是測(cè)試的真陽(yáng)性率(靈敏性)對(duì)測(cè)試的假陽(yáng)性率(1-特異性)的作圖。如本文所用，“檢測(cè)”或“確定”生物標(biāo)記值包括使用觀察和記錄對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記值的信號(hào)所需的設(shè)備以及產(chǎn)生該信號(hào)所需的材料。在各種實(shí)施方案中，生物標(biāo)記值使用任何合適的方法檢測(cè)，包括熒光、化學(xué)發(fā)光、表面等離子共振、表面聲波、質(zhì)譜、紅外線光譜、拉曼光譜、原子力顯微術(shù)、掃描隧道顯微術(shù)、電子化學(xué)檢測(cè)方法、核磁共振、量子點(diǎn)等?！肮腆w支持物”在本文中指具有分子可以直接或間接，通過(guò)共價(jià)鍵或非共價(jià)鍵附著的表面的任何支持物。“固體支持物”可以具有各種物理形式，可以包括例如膜；芯片(如蛋白芯片)；玻片(如載玻片或蓋玻片)；柱；空心、固體、半固體、有孔或有腔的顆粒，例如珠；凝膠；纖維，包括光學(xué)纖維材料；基質(zhì)；以及樣品容器。示例性樣品容器包括樣品孔、管、毛細(xì)管、小瓶以及能夠容納樣品的任何其他容器、溝槽或凹陷。樣品容器可以包含于多樣品平臺(tái)上，如微量滴定板、玻片、微流體裝置等。支持物可以由天然或合成材料、有機(jī)或無(wú)機(jī)材料組成。其上附著捕獲劑的固體支持物的成分通常取決于附著方法(如共價(jià)附著)。其他示例性容器包括微滴和微流體控制的或大量的油/水性乳液，在其中可以進(jìn)行測(cè)定和相關(guān)操作。合適的固體支持物包括例如塑料、樹脂、多糖、硅石或基于硅石的材料、官能化玻璃、改性的硅、碳、金屬、無(wú)機(jī)玻璃、膜、尼龍、天然纖維(例如絲、羊毛和棉)、聚合物等。包含固體支持物的材料可以包含反應(yīng)基團(tuán)，例如羧基、氨基或羥基以用于捕獲劑的附著。聚合固體支持物可以包括如聚苯乙烯、聚對(duì)苯二甲酸乙二醇酯、聚乙酸乙烯酯、聚氯乙烯、聚乙烯吡咯烷酮、聚丙烯腈、聚甲基丙烯酸甲酯、聚四氟乙烯、丁基橡膠、苯乙烯丁二烯橡膠、天然橡膠、聚乙烯、聚丙烯、(聚)四氟乙烯、(聚)偏氟乙烯、聚碳酸酯和聚甲基戊烯?？梢允褂玫暮线m的固體支持物顆粒包括例如編碼的顆粒，如Luminex-型編碼的顆粒、磁性顆粒以及玻璃顆粒。生物標(biāo)記的示例性用途在許多示例性實(shí)施方案中，本發(fā)明提供了診斷個(gè)體的胰腺癌的方法，所述方法通過(guò)檢測(cè)對(duì)應(yīng)于個(gè)體的循環(huán)如血清或血漿中存在的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記值來(lái)進(jìn)行，并且通過(guò)任何數(shù)目的分析方法來(lái)進(jìn)行，包括本文所述的任何分析方法。這些生物標(biāo)記例如在胰腺癌個(gè)體中與在無(wú)胰腺癌個(gè)體相比差異表達(dá)。生物標(biāo)記在個(gè)體中的差異表達(dá)的檢測(cè)可以用于例如允許胰腺癌的早期診斷，區(qū)分良性和惡性團(tuán)塊(例如，在計(jì)算機(jī)斷層掃描(CT)、MRI或超聲上觀察到的團(tuán)塊)，監(jiān)測(cè)胰腺癌復(fù)發(fā)，或者用于鑒別診斷其他臨床疾病狀況如急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或者后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像。本文所述的任何生物標(biāo)記可以用于胰腺癌的各種臨床指征，包括以下任何方面：檢測(cè)胰腺癌(例如在高風(fēng)險(xiǎn)個(gè)體或群體中)；表征胰腺癌(例如，確定胰腺癌類型、亞型或階段)，如通過(guò)區(qū)分胰腺癌(胰腺癌)與急性或慢性胰腺炎(或兩種)、胰腺梗阻、GERD、膽石或者后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像和/或區(qū)分腺癌與其他惡性細(xì)胞類型(或者以其他方式促進(jìn)組織病理學(xué))；確定胰腺團(tuán)塊是否為良性或惡性胰腺腫瘤；確定胰腺癌預(yù)后；監(jiān)測(cè)胰腺癌進(jìn)展或緩解；監(jiān)測(cè)胰腺癌復(fù)發(fā)；監(jiān)測(cè)轉(zhuǎn)移；治療選擇；監(jiān)測(cè)對(duì)治療劑或其他治療的應(yīng)答；對(duì)個(gè)體的內(nèi)鏡超聲(EUS)篩查分層(stratification)(例如，鑒定面臨較高胰腺癌風(fēng)險(xiǎn)從而最可能受益于放射學(xué)篩查的那些個(gè)體，因此增加EUS的陽(yáng)性預(yù)測(cè)值)；組合生物標(biāo)記測(cè)試與額外的生物醫(yī)學(xué)信息如吸煙或飲酒史等，或者CA19-9水平，指示胰腺癌的高風(fēng)險(xiǎn)的遺傳標(biāo)記的存在等，或者與團(tuán)塊大小，形態(tài)學(xué)，腹水的存在等(例如以提供與CA19-9測(cè)試或其他生物標(biāo)記測(cè)試或者與團(tuán)塊大小、形態(tài)學(xué)等相比具有增加的診斷性能的測(cè)定)；促進(jìn)腹部團(tuán)塊為惡性或良性的診斷；促進(jìn)一旦在CT、MRI、PET或EUS上觀察到腹部團(tuán)塊則作出臨床決定(例如，如果認(rèn)為腹部團(tuán)塊是低風(fēng)險(xiǎn)的，例如如果基于生物標(biāo)記的測(cè)試是陰性的，有或無(wú)團(tuán)塊大小的分類，則進(jìn)行重復(fù)放射掃描，或者如果認(rèn)為該團(tuán)塊是中高風(fēng)險(xiǎn)的，例如如果基于生物標(biāo)記的測(cè)試是陽(yáng)性的，有或無(wú)團(tuán)塊大小或組織侵襲程度的分類，則考慮活組織檢查)；或者促進(jìn)關(guān)于臨床隨訪的決定(例如，在成像上觀察到腹部團(tuán)塊后是否進(jìn)行重復(fù)放射成像掃描、細(xì)針活組織檢測(cè)或手術(shù))。生物標(biāo)記測(cè)試可以單獨(dú)提高高風(fēng)險(xiǎn)個(gè)體的EUS篩查的陽(yáng)性預(yù)測(cè)值(PPV)。除了聯(lián)合EUS篩查之外，本文所述的生物標(biāo)記還可以與用于與胰腺癌癌的任何其他成像方式如CT、MRI或PET掃描聯(lián)合使用。此外，所述生物標(biāo)記還可用于在通過(guò)成像方式或其他臨床相關(guān)性檢測(cè)胰腺癌指征之前或者在癥狀出現(xiàn)之前允許這些應(yīng)用的某一些。其還包括區(qū)分急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或者后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像與胰腺癌。本文所述的任何生物標(biāo)記可以用于診斷胰腺癌的示例性方式是：未知患有胰腺癌的個(gè)體中一個(gè)或多個(gè)所述生物標(biāo)記的差異表達(dá)可以表明該個(gè)體患有胰腺癌，從而使得可以在治療最有效的疾病早期檢測(cè)胰腺癌，也許在通過(guò)其他方式檢測(cè)胰腺癌之前或者在癥狀出現(xiàn)之前檢測(cè)胰腺癌。胰腺癌期間一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的過(guò)表達(dá)可以指示胰腺癌的進(jìn)展，如胰腺腫瘤生長(zhǎng)和/或轉(zhuǎn)移(并且因此表示不良預(yù)后)；而一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記差異表達(dá)程度的降低(即在隨后的生物標(biāo)記測(cè)試中，個(gè)體中的表達(dá)水平趨向或接近“正?！北磉_(dá)水平)可以指示胰腺癌的緩解，如胰腺腫瘤縮小(并且因此提示良好或較好的預(yù)后)。相似地，在胰腺癌治療期間一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記差異表達(dá)的程度增加(即在隨后的生物標(biāo)記測(cè)試中，個(gè)體中的表達(dá)水平進(jìn)一步遠(yuǎn)離“正?！北磉_(dá)水平)可以指示胰腺癌的進(jìn)展，并因此表示所述治療是無(wú)效的；而在胰腺癌治療期間一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的差異表達(dá)降低可以指示胰腺癌的緩解，并因此表示該治療是成功的。此外，在個(gè)體看起來(lái)已經(jīng)治愈胰腺癌之后一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的差異表達(dá)的增加或降低可指示胰腺癌的復(fù)發(fā)。在這種情況下，例如可以在早期對(duì)個(gè)體重新啟動(dòng)治療(或者如果個(gè)體維持治療，則修改治療方案以增加劑量和/或頻率)，否則直至晚期還未檢測(cè)到胰腺癌的復(fù)發(fā)。此外，個(gè)體中一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的差異表達(dá)水平可以預(yù)測(cè)個(gè)體對(duì)特定治療劑的應(yīng)答。在監(jiān)測(cè)胰腺癌復(fù)發(fā)或進(jìn)展中，生物標(biāo)記表達(dá)水平的改變可以指示需要重復(fù)成像(如重復(fù)EUS)，例如來(lái)確定胰腺癌活性或確定需要改變治療方案。本文所述的任何生物標(biāo)記的檢測(cè)可以特別地在胰腺癌治療后使用或者與胰腺癌治療聯(lián)合使用，如評(píng)價(jià)治療的成功或者監(jiān)測(cè)治療后胰腺癌的緩解、復(fù)發(fā)和/或進(jìn)展(包括轉(zhuǎn)移)。胰腺癌治療可以包括例如給予個(gè)體治療劑、進(jìn)行手術(shù)(如手術(shù)切除至少一部分胰腺腫瘤或者去除胰腺和周圍組織)、給予放療或本領(lǐng)域所用的任何其他類型的胰腺癌治療方法以及這些治療的任意組合。例如，任何生物標(biāo)記可以在治療后檢測(cè)至少一次，或者可以在治療后檢測(cè)多次(如定期檢測(cè))，或者可以在治療之前和之后檢測(cè)。個(gè)體中任何生物標(biāo)記隨時(shí)間的差異表達(dá)水平可以指示胰腺癌的進(jìn)展、緩解或復(fù)發(fā)，其實(shí)例包括以下方面：生物標(biāo)記的表達(dá)水平在治療后與治療前相比增加或降低；生物標(biāo)記的表達(dá)水平在治療后較晚時(shí)間點(diǎn)與治療后較早時(shí)間點(diǎn)相比增加或降低；以及生物標(biāo)記的表達(dá)水平在治療后的一個(gè)時(shí)間點(diǎn)與該生物標(biāo)記的正常水平相比不同。作為具體的實(shí)例，本文所述的任何生物標(biāo)記的生物標(biāo)記水平可以在手術(shù)前和手術(shù)后(例如手術(shù)后2-8周)的血清或血漿樣品中確定。手術(shù)后樣品與手術(shù)前樣品相比生物標(biāo)記表達(dá)水平的增加可以指示胰腺癌的進(jìn)展(如不成功的手術(shù))；而手術(shù)后樣品與手術(shù)前樣品相比生物標(biāo)記表達(dá)水平的降低可以指示胰腺癌的消退(如成功除去胰腺腫瘤的手術(shù))。生物標(biāo)記水平的相似分析可以在其他形式的治療之前和之后進(jìn)行，如在放療或者給予治療劑或癌癥疫苗之前和之后進(jìn)行。除了作為獨(dú)立運(yùn)行的診斷測(cè)試的生物標(biāo)記水平測(cè)試之外，生物標(biāo)記水平還可以聯(lián)合SNP或者指示疾病易感性風(fēng)險(xiǎn)增加的其他遺傳病變或變異性的確定來(lái)進(jìn)行。(參見(jiàn)，例如，Amosetal.，NatureGenetics40，616-622(2009))。除了作為獨(dú)立運(yùn)行的診斷測(cè)試的生物標(biāo)記水平測(cè)試之外，生物標(biāo)記水平還可以聯(lián)合放射篩查進(jìn)行。除了作為獨(dú)立運(yùn)行的診斷測(cè)試的生物標(biāo)記水平測(cè)試之外，生物標(biāo)記水平還可以聯(lián)合相關(guān)癥狀或遺傳測(cè)試進(jìn)行。本文所述的任何生物標(biāo)記的檢測(cè)可以在已通過(guò)成像觀察到胰腺團(tuán)塊之后用來(lái)輔助診斷胰腺癌并指導(dǎo)適當(dāng)?shù)膫€(gè)體臨床護(hù)理，包括由適當(dāng)?shù)耐饪茖＜一蛘咴诓豢汕谐幕颊咧型ㄟ^(guò)姑息療法來(lái)護(hù)理。除了聯(lián)合相關(guān)癥狀或風(fēng)險(xiǎn)因素測(cè)試生物標(biāo)記水平，關(guān)于生物標(biāo)記的信息還可以聯(lián)合其他類型的數(shù)據(jù)進(jìn)行評(píng)價(jià)，特別是指示個(gè)體的胰腺癌風(fēng)險(xiǎn)的數(shù)據(jù)(例如，患者臨床史、癥狀、胰腺癌家族史、吸煙或飲酒史、糖尿病的突然發(fā)生、黃疸、風(fēng)險(xiǎn)因素如存在遺傳標(biāo)記、和/或其他生物標(biāo)記的狀態(tài)等)。這些不同數(shù)據(jù)可以通過(guò)自動(dòng)化方法評(píng)價(jià)，如計(jì)算機(jī)程序/軟件，其可以在計(jì)算機(jī)或其他設(shè)備/裝置中實(shí)施。除了在高風(fēng)險(xiǎn)個(gè)體中聯(lián)合放射篩查測(cè)試生物標(biāo)記水平之外(如聯(lián)合在成像掃描上觀察到的胰腺團(tuán)塊的大小或其他特征評(píng)價(jià)生物標(biāo)記水平)，關(guān)于生物標(biāo)記的信息還可以聯(lián)合其他類型的數(shù)據(jù)進(jìn)行評(píng)價(jià)，特別是指示個(gè)體的胰腺癌風(fēng)險(xiǎn)的數(shù)據(jù)(例如，患者臨床史、癥狀、癌癥家族史、風(fēng)險(xiǎn)因素如個(gè)體是否是吸煙者、酗酒者和/或其他生物標(biāo)記的狀況等)。這些不同數(shù)據(jù)可以通過(guò)自動(dòng)化方法評(píng)價(jià)，如計(jì)算機(jī)程序/軟件，其可以在計(jì)算機(jī)或其他設(shè)備/裝置中實(shí)施。任何所述生物標(biāo)記還可以用于成像測(cè)試。例如，顯像劑可以與任何所述生物標(biāo)記偶聯(lián)，這可以用于輔助胰腺癌診斷、監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展/緩解或轉(zhuǎn)移、監(jiān)測(cè)疾病復(fù)發(fā)或者監(jiān)測(cè)對(duì)治療的應(yīng)答等。生物標(biāo)記和生物標(biāo)記值的檢測(cè)和確定本文所述的生物標(biāo)記的生物標(biāo)記值可以使用任何已知的分析方法來(lái)檢測(cè)。在一實(shí)施方案中，生物標(biāo)記值使用捕獲試劑(capturereagent)檢測(cè)。如本文所用，“捕獲劑(captureagent)”或“捕獲試劑”指能夠特異性結(jié)合生物標(biāo)記的分子。在許多實(shí)施方案中，捕獲試劑可以在溶液中暴露于生物標(biāo)記，或者可以暴露于生物標(biāo)記，同時(shí)該捕獲試劑固定在固體支持物上。在其他實(shí)施方案中，捕獲試劑含有與固體支持物上的第二特征反應(yīng)的特征。在這些實(shí)施方案中，捕獲試劑可以在溶液中暴露于生物標(biāo)記，然后該捕獲試劑上的特征可以聯(lián)合固體支持物上的第二特征來(lái)將所述生物標(biāo)記固定在固體支持物上。捕獲試劑基于進(jìn)行的分析類型加以選擇。捕獲試劑包括但不限于適配體、抗體、adnectin、錨蛋白、其他抗體模擬物(mimetic)及其他蛋白支架、自身抗體、嵌合物、小分子、F(ab′)2片段、單鏈抗體片段、Fv片段、單鏈Fv片段、核酸、凝集素、配體-結(jié)合受體、affybodies、納米抗體(nanobodies)、印跡聚合物(imprintedpolymer)、高親合性多聚體(avimer)、肽模擬物(peptidomimetic)、激素受體、細(xì)胞因子受體及合成受體以及這些物質(zhì)的修飾物和片段。在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)記值使用生物標(biāo)記/捕獲試劑復(fù)合物來(lái)檢測(cè)。在其他實(shí)施方案中，生物標(biāo)記值得自生物標(biāo)記/捕獲試劑復(fù)合物，并且例如作為生物標(biāo)記/捕獲試劑相互作用之后的反應(yīng)結(jié)果間接檢測(cè)，但是依賴于生物標(biāo)記/捕獲試劑復(fù)合物的形成。在一些實(shí)施方案中，生物標(biāo)記值從生物學(xué)樣品中的生物學(xué)標(biāo)記直接檢測(cè)。在一實(shí)施方案中，生物標(biāo)記使用多重形式檢測(cè)，這允許在生物學(xué)樣品中同時(shí)檢測(cè)兩個(gè)或更多個(gè)生物標(biāo)記。在多重形式的一實(shí)施方案中，捕獲試劑直接或間接、共價(jià)或非共價(jià)地固定在固體支持物上分散的位置。在另一實(shí)施方案中，多重形式使用分離的固體支持物，其中每個(gè)固體支持物具有與該固體支持物相關(guān)的獨(dú)特捕獲試劑，例如量子點(diǎn)。在另一實(shí)施方案中，單獨(dú)的裝置用于檢測(cè)生物學(xué)樣品中待檢測(cè)的多個(gè)生物標(biāo)記的每一個(gè)。可以配置單獨(dú)的裝置以允許同時(shí)處理生物學(xué)樣品中的每個(gè)生物標(biāo)記。例如，可以使用微量滴定板，由此該板中的每個(gè)孔用于獨(dú)特地分析生物學(xué)樣品中待檢測(cè)的多個(gè)生物標(biāo)記之一。在一個(gè)或多個(gè)前述實(shí)施方案中，可以使用熒光標(biāo)簽(tag)來(lái)標(biāo)記生物標(biāo)記/捕獲復(fù)合物的組分以允許檢測(cè)生物標(biāo)記值。在許多實(shí)施方案中，使用已知技術(shù)可以將熒光標(biāo)記(fluorescentlabel)與對(duì)本文所述的任何生物標(biāo)記特異性的捕獲試劑偶聯(lián)，然后該熒光標(biāo)記可以用于檢測(cè)相應(yīng)的生物標(biāo)記值。合適的熒光標(biāo)記包括稀土元素螯合物、熒光素及其衍生物、羅丹明及其衍生物、丹磺酰、別藻藍(lán)蛋白、PBXL-3、Qdot605、麗絲胺(Lissamine)、藻紅蛋白、德克薩斯紅及其他這樣的化合物。在一實(shí)施方案中，熒光標(biāo)記是熒光染料分子。在一些實(shí)施方案中，熒光染料分子包括至少一個(gè)取代的吲哚環(huán)(indoliumring)體系，其中吲哚環(huán)的3-碳上的取代基含有化學(xué)反應(yīng)性基團(tuán)或偶聯(lián)的物質(zhì)。在一些實(shí)施方案中，染料分子包括AlexFluor分子，例如AlexaFluor488、AlexaFluor532、AlexaFluor647、AlexaFluor680或AlexaFluor700。在其他實(shí)施方案中，染料分子包括第一類型和第二類型的染料分子，如兩種不同的AlexaFluor分子。在其他實(shí)施方案中，染料分子包括第一類型和第二類型的染料分子，并且兩種染料分子具有不同的發(fā)射光譜。熒光可以用與大范圍的測(cè)定形式相容的許多儀器測(cè)量。例如，已經(jīng)設(shè)計(jì)了分光熒光計(jì)來(lái)分析微量滴定板、顯微鏡載玻片、印刷陣列(printedarray)、小杯等。參見(jiàn)PrinciplesofFluorescenceSpectroscopy，byJ.R.Lakowicz，SpringerScience+BusinessMedia，Inc.，2004。參見(jiàn)Bioluminescence&Chemiluminescence：Progress&CurrentApplications；PhilipE.StanleyandLarryJ.Krickaeditors，WorldScientificPublishingCompany，January2002。在一個(gè)或多個(gè)前述實(shí)施方案中，化學(xué)發(fā)光標(biāo)簽可以任選地用于標(biāo)記生物標(biāo)記/捕獲復(fù)合物的組分以允許檢測(cè)生物標(biāo)記值。合適的化學(xué)發(fā)光材料包括任何草酰氯、Rodamin6G、Ru(bipy)32+、TMAE(四三(二甲基氨基)乙烯(tetrakis(dimethylamino)ethylene))、連苯三酚(1，2，3-三羥基苯(1，2，3-trihydroxibenzene))、光澤精、過(guò)氧草酸酯(peroxyoxalate)、芳基草酸酯、吖啶酯(acridiniumester)、二氧雜環(huán)丁烷(dioxetane)等。在其他實(shí)施方案中，檢測(cè)方法包括酶/底物組合，其產(chǎn)生對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記值的可檢測(cè)信號(hào)。通常，酶催化生色底物的化學(xué)改變，這種改變可以使用多種技術(shù)測(cè)量，包括分光光度法、熒光及化學(xué)發(fā)光。合適的酶包括例如螢光素酶、螢光素、蘋果酸脫氫酶、脲酶、辣根過(guò)氧化物酶(HRPO)、堿性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶及葡萄糖-6-磷酸脫氫酶、尿酸氧化酶、黃嘌呤氧化酶、乳過(guò)氧化物酶、微過(guò)氧化物酶等。在其他實(shí)施方案中，檢測(cè)方法可以是產(chǎn)生可測(cè)量信號(hào)的熒光、化學(xué)發(fā)光、放射性核素或酶/底物組合的組合。多種方式的信號(hào)在生物標(biāo)記測(cè)定形式中可以具有獨(dú)特且有利的特征。更特別地，本文所述的生物標(biāo)記的生物標(biāo)記值可以使用已知的分析方法來(lái)檢測(cè)，包括單重適配體測(cè)定、多重適配體測(cè)定、單重或多重免疫測(cè)定、mRNA表達(dá)譜、miRNA表達(dá)譜、質(zhì)譜分析、組織學(xué)/細(xì)胞學(xué)方法等，這在下文中詳細(xì)地描述。使用基于適配體的測(cè)定確定生物標(biāo)記值檢測(cè)和定量生物學(xué)樣品及其他樣品中生理學(xué)上有意義的分子的測(cè)定在科學(xué)研究和衛(wèi)生保健領(lǐng)域是重要的工具。一類這樣的測(cè)定包括使用包含固定在固體支持物上的一個(gè)或多個(gè)適配體的微陣列。所述適配體各自能夠以高特異性方式和非常高的親和力結(jié)合靶分子。參見(jiàn)例如題為“核酸配體”的美國(guó)專利第5,475,096號(hào)；還參見(jiàn)例如美國(guó)專利第6,242,246號(hào)、美國(guó)專利第6,458,543號(hào)和美國(guó)專利第6,503,715號(hào)，這些專利的題目均為“核酸配體診斷生物芯片”。一旦使微陣列與樣品接觸，則適配體結(jié)合所述樣品中存在的它們各自的靶分子，從而允許確定對(duì)應(yīng)于生物標(biāo)記的生物標(biāo)記值。如本文所用，“適配體”指對(duì)靶分子具有特異性結(jié)合親和力的核酸。應(yīng)當(dāng)了解到親和相互作用的問(wèn)題關(guān)鍵是程度；然而在本文中，適配體對(duì)其靶標(biāo)的“特異性結(jié)合親和力”指適配體通常以與其結(jié)合測(cè)試樣品中其他組分的親和力相比更高程度的親和力結(jié)合其靶標(biāo)?！斑m配體”是一種類型或物種的核酸分子的一系列拷貝，其具有特定的核苷酸序列。適配體可以包含任何合適數(shù)目的核苷酸，包括任何數(shù)目的化學(xué)修飾的核苷酸。“適配體”指多于一個(gè)的這種系列的分子。不同的適配體可以具有相同或不同數(shù)目的核苷酸。適配體可以是DNA或RNA或化學(xué)修飾的核酸，并且可以是單鏈、雙鏈的或者含有雙鏈區(qū)，以及可以包含高級(jí)結(jié)構(gòu)。適配體還可以是光適配體(photoaptamer)，其中該適配體中包含光反應(yīng)性或化學(xué)反應(yīng)性官能團(tuán)以允許其與其對(duì)應(yīng)靶標(biāo)共價(jià)連接。本文公開的任何適配體方法可以包括使用特異性結(jié)合相同靶分子的兩種或更多種適配體。如下文進(jìn)一步描述，適配體可以包含標(biāo)簽。如果適配體包含標(biāo)簽，則該適配體的所有拷貝不需要具有相同的標(biāo)簽。此外，如果不同的適配體各自包含標(biāo)簽，則這些不同的適配體可以具有相同的標(biāo)簽或者不同的標(biāo)簽。適配體可以使用任何已知方法鑒定，包括SELEX方法。一旦鑒定，則可以根據(jù)任何已知方法制備或合成適配體，這些已知方法包括化學(xué)合成方法和酶促合成方法。如本文所用，“SOMAmer”或低解離速率修飾的適配體指具有改善的解離速率特征的適配體。SOMAmer可以使用題為“產(chǎn)生具有改善的解離速率的適配體的方法”的美國(guó)公開第2009/0004667號(hào)所述的改進(jìn)的SELEX方法來(lái)產(chǎn)生。術(shù)語(yǔ)“SELEX”和“SELEX方法”在本文中可互換使用，通常指(1)與(2)的組合，其中(1)是選擇以期望的方式與靶分子相互作用的適配體，例如以高親和力結(jié)合蛋白，(2)是擴(kuò)增那些選擇的核酸。SELEX方法可以用于鑒定對(duì)特定靶標(biāo)或生物標(biāo)記具有高親和力的適配體。SELEX通常包括制備核酸的候選混合物；使所述候選混合物與期望的靶分子結(jié)合以形成親和復(fù)合物；分離所述親和復(fù)合物與未結(jié)合的候選核酸；使核酸與所述親和復(fù)合物分開并分離所述核酸；純化所述核酸；以及鑒定特異性適配體序列。所述方法可以包括多次循環(huán)以進(jìn)一步精制所選適配體的親和力。所述方法可以包括在該方法的一個(gè)或多個(gè)點(diǎn)的擴(kuò)增步驟。參見(jiàn)例如題為“核酸配體”的美國(guó)專利第5,475,096號(hào)。SELEX方法可以用于產(chǎn)生與適配體的靶標(biāo)共價(jià)結(jié)合的適配體，以及與適配體的靶標(biāo)非共價(jià)結(jié)合的適配體。參見(jiàn)例如題為“通過(guò)指數(shù)富集的核酸配體的系統(tǒng)進(jìn)化：Chemi-SELEX”的美國(guó)專利第5,705,337號(hào)。SELEX方法可以用于鑒定含有修飾的核苷酸的高親和力適配體，所述修飾的核苷酸賦予該適配體改善的特征，例如改善的體內(nèi)穩(wěn)定性或改善的遞送特征。此類修飾的實(shí)例包括核糖和/或磷酸和/或堿基位置的化學(xué)取代。通過(guò)SELEX方法鑒定的含有修飾的核苷酸的適配體描述于題為“含有修飾的核苷酸的高親和力核酸配體”的美國(guó)專利第5,660,985號(hào)，其描述了含有在嘧啶的5′-和2′-位置處經(jīng)化學(xué)修飾的核苷酸衍生物的寡核苷酸。見(jiàn)上文，美國(guó)專利第5,580,737號(hào)描述了高特異性適配體，其含有用2′-氨基(2′-NH2)、2′-氟(2′-F)和/或2′-O-甲基(2′-OMe)修飾的一個(gè)或多個(gè)核苷酸。還參見(jiàn)題為“SELEX和PHOTOSELEX”的美國(guó)專利申請(qǐng)公開20090098549，其描述了具有擴(kuò)展的物理和化學(xué)性質(zhì)的核酸文庫(kù)及其在SELEX和photoSELEX中的用途。SELEX還可以用于鑒定具有期望的解離速率特征的適配體。參見(jiàn)題為“產(chǎn)生具有改善的解離速率的適配體的方法”的美國(guó)專利申請(qǐng)公開20090004667，其描述了產(chǎn)生可以結(jié)合靶分子的適配體的改進(jìn)SELEX方法。描述了產(chǎn)生與各自的靶分子具有較慢解離速率的適配體和光適配體的方法。所述方法包括使候選混合物與靶分子接觸；允許形成核酸-靶標(biāo)復(fù)合物；以及進(jìn)行緩慢解離速率富集過(guò)程，其中具有快解離速率的核酸-靶標(biāo)復(fù)合物解離并不再形成，而具有慢解離速率的復(fù)合物會(huì)保持完整。此外，所述方法包括在產(chǎn)生候選核酸混合物中使用修飾的核苷酸，以產(chǎn)生具有改善的解離速率性能的適配體。這種測(cè)定的變化使用包含光反應(yīng)性官能團(tuán)的適配體，這允許適配體與其靶分子共價(jià)結(jié)合或“光交聯(lián)”。參見(jiàn)例如題為“核酸配體診斷生物芯片”的美國(guó)專利第6,544,776號(hào)。這些光反應(yīng)性適配體也稱作光適配體。參見(jiàn)例如美國(guó)專利第5,763,177號(hào)、美國(guó)專利第6,001,577號(hào)和美國(guó)專利第6,291,184號(hào)，所述專利的題目均是“通過(guò)指數(shù)富集的核酸配體的系統(tǒng)進(jìn)化：核酸配體的光選擇和溶液SELEX”；還參見(jiàn)例如題為“核酸配體的光選擇”的美國(guó)專利第6,458,539號(hào)。在使微陣列與樣品接觸并使光適配體具有結(jié)合其靶分子的機(jī)會(huì)之后，將該光適配體光激活并洗滌固體支持物以除去任何非特異性結(jié)合的分子?？梢允褂脟?yán)格洗滌條件，因?yàn)榻Y(jié)合光適配體的靶分子由于該光適配體上光激活的官能團(tuán)所產(chǎn)生的共價(jià)鍵而通常未被除去。在這種方式中，測(cè)定允許檢測(cè)對(duì)應(yīng)于測(cè)試樣品中的生物標(biāo)記的生物標(biāo)記值。在這兩種測(cè)定形式中，適配體在與樣品接觸之前固定在固體支持物上。然而，在某些情況下，在與樣品接觸之前固定適配體也許無(wú)法提供最佳的測(cè)定。例如，預(yù)固定適配體可能導(dǎo)致適配體與靶分子在固體支持物表面上的無(wú)效混合，這可能導(dǎo)致漫長(zhǎng)的反應(yīng)時(shí)間及因此延長(zhǎng)的溫育時(shí)間以允許適配體與其靶分子有效結(jié)合。此外，當(dāng)光適配體用于測(cè)定并且取決于用作固體支持物的材料時(shí)，該固體支持物可能趨于分散或吸收用于實(shí)現(xiàn)光適配體與其靶分子之間的共價(jià)鍵形成的光。此外，根據(jù)所用的方法，結(jié)合適配體的靶分子的檢測(cè)可能不準(zhǔn)確，因?yàn)楣腆w支持物的表面也可能暴露于且受所用的任何標(biāo)記劑的影響。最后，適配體固定在固體支持物上通常包括在適配體暴露于樣品之前的適配體制備步驟(即固定)，這個(gè)制備步驟可能影響適配體的活性或功能性。還描述了適配體測(cè)定，其允許適配體在溶液中捕獲其靶標(biāo)，然后在檢測(cè)之前使用設(shè)計(jì)為除去適配體-靶標(biāo)混合物中特定組分的分離步驟(參見(jiàn)題為“測(cè)試樣品的多重分析”的美國(guó)專利申請(qǐng)公開20090042206)。所述適配體測(cè)定方法允許檢測(cè)和定量測(cè)試樣品中的非核酸靶標(biāo)(如蛋白靶標(biāo))，這通過(guò)檢測(cè)和定量核酸(即適配體)進(jìn)行。所述方法產(chǎn)生核酸替代物(surrogate)(即適配體)以檢測(cè)和定量非核酸靶標(biāo)，由此允許包括擴(kuò)增在內(nèi)的許多核酸技術(shù)用于包括蛋白靶標(biāo)在內(nèi)的更大范圍的期望靶標(biāo)?？梢詷?gòu)建適配體以促進(jìn)從適配體生物標(biāo)記復(fù)合物(或光適配體生物標(biāo)記共價(jià)復(fù)合物)分離測(cè)定組分，以及允許分離適配體以進(jìn)行檢測(cè)和/或定量。在一實(shí)施方案中，這些構(gòu)建體可以包含適配體序列中可裂解或可釋放的元件。在其他實(shí)施方案中，可以在適配體中引入額外的官能性，例如標(biāo)記的或可檢測(cè)的組分、間隔組分或者特異性結(jié)合標(biāo)簽或固定元件。例如，適配體可以包含通過(guò)可裂解部分與適配體連接的標(biāo)簽、標(biāo)記、分隔標(biāo)記與可裂解部分的間隔組分。在一實(shí)施方案中，可裂解元件是光可裂解接頭(linker)。光可裂解接頭可以連接至生物素部分和間隔區(qū)段，可以包含NHS基團(tuán)以用于胺的衍生化，以及可以用于在適配體中引入生物素基團(tuán)，從而允許適配體在測(cè)定方法中較晚地釋放。用溶液中所有測(cè)定組分進(jìn)行的均質(zhì)測(cè)定在檢測(cè)信號(hào)之前不需要分離樣品與試劑。這些方法是快速且易于使用的。這些方法基于分子捕獲或與其特異性靶標(biāo)反應(yīng)的結(jié)合試劑產(chǎn)生信號(hào)。對(duì)于胰腺癌，分子捕獲試劑是適配體或抗體等，特異性靶標(biāo)是表1第2列的胰腺癌生物標(biāo)記。在一實(shí)施方案中，一種信號(hào)產(chǎn)生方法利用由于熒光團(tuán)-標(biāo)記的捕獲試劑與其特異性生物標(biāo)記靶標(biāo)的相互作用而導(dǎo)致的各向異性信號(hào)改變。當(dāng)標(biāo)記的捕獲劑與其靶標(biāo)反應(yīng)時(shí)，增加的分子量導(dǎo)致附著于該復(fù)合物的熒光團(tuán)的旋轉(zhuǎn)運(yùn)動(dòng)變得更慢，從而改變各向異性值。通過(guò)監(jiān)測(cè)各向異性改變，結(jié)合事件可以用于定量測(cè)量溶液中的生物標(biāo)記。其他方法包括熒光偏振測(cè)定、分子信標(biāo)方法、時(shí)間分辨熒光猝滅法、化學(xué)發(fā)光、熒光共振能量轉(zhuǎn)移等?？梢杂糜跈z測(cè)對(duì)應(yīng)于生物學(xué)樣品中生物標(biāo)記的生物標(biāo)記值的基于溶液的示例性適配體測(cè)定包括以下步驟：(a)通過(guò)使所述生物學(xué)樣品與適配體接觸來(lái)制備混合物，所述適配體包含第一標(biāo)簽并具有對(duì)所述生物標(biāo)記的特異性親和力，其中當(dāng)所述樣品中存在所述生物標(biāo)記時(shí)形成適配體親和復(fù)合物；(b)使所述混合物暴露于包含第一捕獲元件的第一固體支持物，并且允許所述第一標(biāo)簽與所述第一捕獲元件結(jié)合；(c)除去未與所述第一固體支持物結(jié)合的混合物的任何組分；(d)使第二標(biāo)簽附著于所述適配體親和復(fù)合物的生物標(biāo)記組分；(e)從所述第一固體支持物釋放所述適配體親和復(fù)合物；(f)使釋放的適配體親和復(fù)合物暴露于包含第二捕獲元件的第二固體支持物，并且允許所述第二標(biāo)簽與所述第二捕獲元件結(jié)合；(g)通過(guò)分離未復(fù)合的適配體與所述適配體親和復(fù)合物來(lái)從所述混合物除去任何未復(fù)合的適配體；(h)從固體支持物洗脫適配體；以及(i)通過(guò)檢測(cè)所述適配體親和復(fù)合物的適配體組分來(lái)檢測(cè)所述生物標(biāo)記。本領(lǐng)域已知的任何方法可以用于通過(guò)檢測(cè)適配體親和復(fù)合物的適配體組分來(lái)檢測(cè)生物標(biāo)記值。許多不同的檢測(cè)方法可以用于檢測(cè)親和復(fù)合物的適配體組分，例如，雜交測(cè)定、質(zhì)譜分析或QPCR。在一些實(shí)施方案中，核酸測(cè)序方法可以用于檢測(cè)適配體親和復(fù)合物的適配體組分，從而檢測(cè)生物標(biāo)記值。簡(jiǎn)單地說(shuō)，可以使測(cè)試樣品進(jìn)行任何種類的核酸測(cè)序方法以鑒定和定量測(cè)試樣品中存在的一種或多種適配體的序列或多個(gè)序列。在一些實(shí)施方案，序列包括整個(gè)適配體分子或者可以用來(lái)唯一地鑒定該分子的該分子的任何部分。在其他實(shí)施方案中，鑒定序列是添加至適配體的特定序列；這類序列常稱為“標(biāo)簽”、“條形碼”或“郵政編碼”。在一些實(shí)施方案中，測(cè)序方法包括酶促步驟以擴(kuò)增適配體序列，或者將任何種類的核酸(包括在任何位置包含化學(xué)修飾的RNA和DNA)轉(zhuǎn)化為適合測(cè)序的任何其他種類的核酸。在一些實(shí)施方案中，測(cè)序方法包括一個(gè)或多個(gè)克隆步驟。在其他實(shí)施方案中，測(cè)序方法包括沒(méi)有克隆的直接測(cè)序方法。在一些實(shí)施方案中，測(cè)序方法包括具有靶向測(cè)試樣品中的一種或多種適配體的特異性引物的直接方法。在其他實(shí)施方案中，測(cè)序方法包括靶向測(cè)試樣品中的所有適配體的鳥槍法。在一些實(shí)施方案中，測(cè)序方法包括酶促步驟以擴(kuò)增測(cè)序靶向的分子。在其他實(shí)施方案中，測(cè)序方法直接測(cè)序單一分子。可以用來(lái)檢測(cè)對(duì)應(yīng)于生物學(xué)樣品中的生物標(biāo)記的生物標(biāo)記值的示例性基于核酸測(cè)序的方法包括以下步驟：(a)通過(guò)酶促步驟將包含化學(xué)修飾的核苷酸轉(zhuǎn)化為未修飾的核酸；(b)用大規(guī)模平行測(cè)序平臺(tái)鳥槍測(cè)序所得的未修飾的核酸，例如454測(cè)序系統(tǒng)(454LifeSciences/Roche)、Illumina測(cè)序系統(tǒng)(Illumina)、ABISOLiD測(cè)序系統(tǒng)(AppliedBiosystems)、HeliScope單分子測(cè)序儀(HelicosBiosciences)、或PacificBiosciences實(shí)時(shí)單分子測(cè)序系統(tǒng)(PacificBioSciences)或PolonatorG測(cè)序系統(tǒng)(DoverSystems)；以及(c)通過(guò)特異性測(cè)序和測(cè)序計(jì)數(shù)來(lái)鑒定和定量混合物中存在的適配體。使用免疫測(cè)定確定生物標(biāo)記值免疫測(cè)定方法基于抗體與其對(duì)應(yīng)靶標(biāo)或分析物的反應(yīng)，并且根據(jù)特定測(cè)定形式可以檢測(cè)樣品中的分析物。為了改進(jìn)基于免疫反應(yīng)性的測(cè)定方法的特異性和靈敏性，通常由于單克隆抗體的特異性表位識(shí)別而使用單克隆抗體。多克隆抗體由于其與單克隆抗體相比增加的靶標(biāo)親和力而成功地用于各種免疫測(cè)定中。免疫測(cè)定已經(jīng)設(shè)計(jì)為用于大范圍生物學(xué)樣品基質(zhì)。免疫測(cè)定形式已經(jīng)設(shè)計(jì)為提供定性、半定量和定量結(jié)果。定量結(jié)果通過(guò)使用已知濃度的待檢測(cè)的特定分析物產(chǎn)生的標(biāo)準(zhǔn)曲線來(lái)產(chǎn)生。將來(lái)自未知樣品的應(yīng)答或信號(hào)在標(biāo)準(zhǔn)曲線上作圖，并確定該未知樣品中對(duì)應(yīng)于靶標(biāo)的量或值。已經(jīng)設(shè)計(jì)了許多免疫測(cè)定形式。ELISA或EIA可以定量檢測(cè)分析物。這種方法依賴于標(biāo)記對(duì)分析物或抗體的附著，并且標(biāo)記組分直接或間接包括酶。ELISA測(cè)試可以設(shè)計(jì)為直接、間接、競(jìng)爭(zhēng)性或者夾心檢測(cè)分析物。其他方法依賴于標(biāo)記，如放射性同位素(I125)或熒光。其他技術(shù)包括例如凝集反應(yīng)、濁度測(cè)定法、比濁法、蛋白印跡、免疫沉淀、免疫細(xì)胞化學(xué)、免疫組織化學(xué)、流式細(xì)胞術(shù)、Luminex測(cè)定等(參見(jiàn)ImmunoAssay：APracticalGuide，editedbyBrianLaw，publishedbyTaylor&Francis，Ltd.，2005edition)。示例性測(cè)定形式包括酶聯(lián)免疫吸附測(cè)定(ELISA)、放射性免疫測(cè)定、熒光、化學(xué)發(fā)光以及熒光共振能量轉(zhuǎn)移(FRET)或時(shí)間分辨的-FRET(TR-FRET)免疫測(cè)定。檢測(cè)生物標(biāo)記的方法的實(shí)例包括生物標(biāo)記免疫沉淀及隨后允許辨別大小和肽水平的定量方法，如凝膠電泳、毛細(xì)管電泳、平面電色譜等。檢測(cè)和/或定量可檢測(cè)標(biāo)記或信號(hào)產(chǎn)生材料的方法取決于所述標(biāo)記的性質(zhì)。由合適的酶催化的反應(yīng)產(chǎn)物(其中所述可檢測(cè)標(biāo)記是酶，見(jiàn)上文)可以是但不限于熒光、發(fā)光或放射性的，或者它們可以吸收可見(jiàn)光或紫外光。適合于檢測(cè)這樣的可檢測(cè)標(biāo)記的檢測(cè)儀的實(shí)例包括但不限于X光照片、放射性計(jì)數(shù)器、閃爍計(jì)數(shù)器、分光光度計(jì)、比色計(jì)、熒光計(jì)、發(fā)光計(jì)和光密度計(jì)?？梢酝ㄟ^(guò)允許適當(dāng)準(zhǔn)備、處理和分析反應(yīng)的任何方式來(lái)進(jìn)行任何檢測(cè)方法。這可以例如在多孔測(cè)定板(如96孔或384孔)中進(jìn)行，或者使用任何合適的陣列或微陣列進(jìn)行?？梢匀斯せ蜃詣?dòng)化制備各種試劑的儲(chǔ)液，使用能夠檢測(cè)可檢測(cè)標(biāo)記的可商購(gòu)的分析軟件、機(jī)器人技術(shù)和檢測(cè)儀器自動(dòng)化進(jìn)行所有隨后的移液、稀釋、混合、分配、洗滌、溫育、樣品讀取、數(shù)據(jù)收集和分析。使用基因表達(dá)譜確定生物標(biāo)記值測(cè)量生物學(xué)樣品中的mRNA可以用作檢測(cè)該生物學(xué)樣品中相應(yīng)的蛋白水平的替代。因此，本文所述的任何生物標(biāo)記或生物標(biāo)記的組還可以通過(guò)檢測(cè)適當(dāng)?shù)腞NA來(lái)檢測(cè)。mRNA表達(dá)水平通過(guò)逆轉(zhuǎn)錄定量聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(RT-PCR及隨后的qPCR)測(cè)量。RT-PCR用于從mRNA產(chǎn)生cDNA。cDNA可以用于qPCR測(cè)定以隨DNA擴(kuò)增過(guò)程的進(jìn)展而產(chǎn)生熒光。通過(guò)與標(biāo)準(zhǔn)曲線比較，qPCR可以產(chǎn)生絕對(duì)測(cè)量度，如每細(xì)胞的mRNA拷貝數(shù)。RNA印跡、微陣列、Invader測(cè)定以及與毛細(xì)管電泳組合的RT-PCR全部已經(jīng)用于測(cè)量樣品中mRNA的表達(dá)水平。參見(jiàn)GeneExpressionProfiling：MethodsandProtocols，RichardA.Shimkets，editor，HumanaPress，2004.miRNA分子是小RNA，其不編碼但是可以調(diào)節(jié)基因表達(dá)。適合測(cè)量mRNA表達(dá)水平的任何方法均可以用于相應(yīng)的miRNA。最近，許多實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)研究了miRNA作為疾病的生物標(biāo)記的用途。許多疾病涉及廣泛的轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)，并且毫不意外地發(fā)現(xiàn)miRNA可以作為生物標(biāo)記。miRNA濃度與疾病之間的關(guān)聯(lián)通常不如蛋白水平與疾病之間的關(guān)聯(lián)明確，但是miRNA生物標(biāo)記值可能是重要的。當(dāng)然，隨著疾病期間任何RNA的不同表達(dá)，開發(fā)體外診斷產(chǎn)品所面臨的問(wèn)題包括需要miRNA在患病細(xì)胞中存活及易于提取以進(jìn)行分析，或者miRNA被釋放進(jìn)入血液或其他基質(zhì)中，在此它們必須存活足夠長(zhǎng)的時(shí)間以進(jìn)行測(cè)量。蛋白生物標(biāo)記具有相似的要求，盡管許多潛在的蛋白生物標(biāo)記以旁分泌方式在疾病期間于病變和功能部位有意地分泌。許多潛在的蛋白生物標(biāo)記設(shè)計(jì)為在合成那些蛋白的細(xì)胞外起作用。使用體內(nèi)分子成像技術(shù)檢測(cè)分子標(biāo)記任何所述的生物標(biāo)記(見(jiàn)表1第2列)還可以用于分子成像測(cè)試。例如，顯像劑可以與任何所述生物標(biāo)記偶聯(lián)，這可以用于輔助胰腺癌診斷、監(jiān)測(cè)疾病進(jìn)展/緩解或轉(zhuǎn)移、監(jiān)測(cè)疾病復(fù)發(fā)或者監(jiān)測(cè)對(duì)治療的應(yīng)答等。體內(nèi)成像技術(shù)提供了用于確定個(gè)體體內(nèi)特定疾病狀態(tài)的非侵入性方法。例如，身體的所有部分或者甚至整個(gè)身體均可以作為三維圖像觀察，從而提供關(guān)于身體內(nèi)形態(tài)學(xué)和結(jié)構(gòu)的有價(jià)值的信息。這樣的技術(shù)可以與檢測(cè)本文所述的生物標(biāo)記組合以提供關(guān)于個(gè)體的癌癥狀態(tài)，特別是胰腺癌狀態(tài)的信息。體內(nèi)分子成像技術(shù)的應(yīng)用由于該技術(shù)的各種進(jìn)展而得以擴(kuò)展。這些進(jìn)展包括新造影劑或標(biāo)記的開發(fā)，如放射性標(biāo)記和/或熒光標(biāo)記，其可以在身體內(nèi)提供強(qiáng)信號(hào)；以及開發(fā)更強(qiáng)的新成像技術(shù)，其可以從身體外部檢測(cè)和分析這些信號(hào)，并且具有足夠的靈敏性和精確度以提供有用的信息。造影劑可以在適當(dāng)?shù)某上裣到y(tǒng)中觀察，從而提供所述造影劑所處位置的身體部分或多個(gè)部分的圖像。造影劑可以與捕獲試劑結(jié)合或締合，例如適配體或抗體，例如和/或結(jié)合或締合肽或蛋白，或寡核苷酸(例如為了檢測(cè)基因表達(dá))，或者復(fù)合物，所述復(fù)合物含有任何這些物質(zhì)及一種或多種大分子和/或其他顆粒形式。造影劑還是可用于成像的放射性原子的特征。對(duì)于閃爍照相研究，合適的放射性原子包括锝-99m或碘-123。其他易于檢測(cè)的部分包括例如磁共振成像(MRI)的自旋標(biāo)記物，如碘-123、碘-131、銦-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、釓、錳或鐵。這樣的標(biāo)記為本領(lǐng)域熟知，并且可以由本領(lǐng)域技術(shù)人員容易地選擇。標(biāo)準(zhǔn)成像技術(shù)包括但不限于磁共振成像、計(jì)算機(jī)斷層掃描、正電子發(fā)射斷層掃描(PET)、單光子發(fā)射計(jì)算機(jī)斷層掃描(SPECT)等。對(duì)于診斷性體內(nèi)成像，可用的檢測(cè)設(shè)備的類型是選擇指定造影劑的主要因素，如用于靶標(biāo)(蛋白、mRNA等)的指定放射性核素和特定生物標(biāo)記。所選的放射性核素通常具有通過(guò)指定類型設(shè)備可檢測(cè)的衰變類型。此外，當(dāng)選擇用于體內(nèi)診斷的放射性核素時(shí)，其半衰期應(yīng)當(dāng)足夠長(zhǎng)以允許在靶組織最大吸收時(shí)進(jìn)行檢測(cè)，但是也應(yīng)當(dāng)足夠短，以最小化宿主所受的有害輻射。示例性成像技術(shù)包括但不限于PET和SPECT，這是將放射性核素全身(synthetically)或局部地給予個(gè)體的成像技術(shù)。隨后，隨時(shí)間測(cè)量放射性示蹤劑的吸收，并用于獲得關(guān)于靶向的組織與生物標(biāo)記的信息。由于所用的特定同位素的高能(γ-射線)發(fā)射以及用于檢測(cè)它們的設(shè)備的靈敏性和完善(sophistication)，可以從身體外部推導(dǎo)出放射性的二維分布。PET中常用的正電子發(fā)射核素包括例如碳-11、氮-13、氧-15和氟-18。通過(guò)電子捕獲和/或γ-發(fā)射衰變的同位素用于SPECT中，并且包括例如碘-123和锝-99m。用锝-99m標(biāo)記氨基酸的示例性方法是在螯合前體的存在下還原高锝酸鹽離子以形成不穩(wěn)定的锝-99m-前體配合物，其又與雙官能修飾的趨化肽的金屬結(jié)合基團(tuán)反應(yīng)，形成锝-99m-趨化肽偶聯(lián)物。抗體常用于這樣的體內(nèi)成像診斷方法。用于體內(nèi)診斷的抗體的制備和用途為本領(lǐng)域熟知?？梢詫⑻禺愋越Y(jié)合表1第2列的任何生物標(biāo)記的標(biāo)記的抗體注入疑似患有某種類型癌癥(如胰腺癌)的個(gè)體，并且根據(jù)所用的特定生物標(biāo)記的可檢測(cè)性來(lái)診斷或評(píng)價(jià)所述個(gè)體的疾病狀態(tài)。如上文所述，使用的標(biāo)記根據(jù)所用的成像形式來(lái)選擇。標(biāo)記的定位允許確定癌癥的擴(kuò)散。器官或組織內(nèi)標(biāo)記的量還允許確定該器官或組織中癌癥的存在與否。相似地，適配體可以用于這樣的體內(nèi)成像診斷方法。例如，用于鑒定表1第2列所述的特定生物標(biāo)記的適配體(并且因此特異性結(jié)合該特定生物標(biāo)記)可以適當(dāng)?shù)剡M(jìn)行標(biāo)記并注入疑似患有胰腺癌的個(gè)體，并且根據(jù)該特定生物標(biāo)記的可檢測(cè)性來(lái)診斷或評(píng)價(jià)所述個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)。如上文所述，使用的標(biāo)記根據(jù)所用的成像形式來(lái)選擇。標(biāo)記的定位允許確定癌癥的擴(kuò)散。器官或組織內(nèi)標(biāo)記的量還允許確定該器官或組織中癌癥的存在與否。適配體定向的顯像劑與其他顯像劑相比可以具有關(guān)于組織滲透、組織分布、動(dòng)力學(xué)、消除、效力和選擇性方面獨(dú)特且有利的特征。這樣的技術(shù)還可以任選地用標(biāo)記的寡核苷酸進(jìn)行，例如通過(guò)用反義寡核苷酸成像檢測(cè)基因表達(dá)。這些方法用于原位雜交，例如用熒光分子或放射性核素作為標(biāo)記。檢測(cè)基因表達(dá)的其他方法包括例如檢測(cè)報(bào)道基因的活性。另一種常見(jiàn)類型的成像技術(shù)是光學(xué)成像，其中對(duì)象體內(nèi)的熒光信號(hào)通過(guò)所述對(duì)象體外的光學(xué)設(shè)備檢測(cè)。這些信號(hào)可以是由于實(shí)際的熒光和/或生物發(fā)光。光學(xué)檢測(cè)設(shè)備靈敏性的改進(jìn)增加了光學(xué)成像在體內(nèi)診斷測(cè)定中的應(yīng)用。體內(nèi)分子生物標(biāo)記成像的用途日益增加，包括臨床試驗(yàn)，例如在新癌癥療法的試驗(yàn)中更快速地測(cè)量臨床效力，和/或避免對(duì)諸如多發(fā)性硬化的那些疾病的長(zhǎng)期安慰劑治療，其中這樣的長(zhǎng)期治療可能被認(rèn)為是存在倫理問(wèn)題的。關(guān)于其他技術(shù)的綜述，參見(jiàn)N.Blow，NatureMethods，6，465-469，2009。使用組織學(xué)/細(xì)胞學(xué)方法確定生物標(biāo)記值對(duì)于胰腺癌的評(píng)價(jià)，許多組織樣品可用于組織學(xué)或細(xì)胞學(xué)方法。樣品選擇取決于原發(fā)腫瘤位置和轉(zhuǎn)移的部位。例如，在內(nèi)鏡逆行胰膽管造影(ERCP)或內(nèi)鏡超聲(EUS)指導(dǎo)的FNA時(shí)采集的組織樣品(鉗夾活檢、細(xì)針抽吸(FNA)和/或刷檢(brushcytology))可以用于組織學(xué)。腹水或腹腔灌洗液或胰液可以用于細(xì)胞學(xué)。本文鑒定的在胰腺癌個(gè)體中表現(xiàn)出上調(diào)的任何生物標(biāo)記(見(jiàn)表1第6列)可以用于染色組織學(xué)樣本作為疾病的指征。在一實(shí)施方案中，對(duì)于相應(yīng)的生物標(biāo)記是特異性的一種或多種捕獲試劑用于胰細(xì)胞樣品的細(xì)胞學(xué)評(píng)價(jià)，并且可以包括以下一個(gè)或多個(gè)方面：收集細(xì)胞樣品、固定細(xì)胞樣品、脫水、透明(clearing)、將細(xì)胞樣品固定在顯微鏡載玻片上、使細(xì)胞樣品透化、分析物檢索處理、染色、脫色、洗滌、封閉以及在緩沖溶液中與一種或多種捕獲試劑反應(yīng)。在另一實(shí)施方案中，細(xì)胞樣品從細(xì)胞塊(cellblock)中產(chǎn)生。在另一實(shí)施方案中，對(duì)于相應(yīng)的生物標(biāo)記是特異性的一種或多種捕獲試劑用于胰腺組織樣品的組織學(xué)評(píng)價(jià)，并且可以包括以下一個(gè)或多個(gè)方面：收集組織樣本、固定組織樣品、脫水、透明、將組織樣品固定在顯微鏡載玻片上、使組織樣品透化、分析物檢索處理、染色、脫色、洗滌、封閉、再水合以及在緩沖溶液中與一種或多種捕獲試劑反應(yīng)。在另一實(shí)施方案中，固定和脫水用冷凍代替。在另一實(shí)施方案中，使對(duì)于相應(yīng)的生物標(biāo)記是特異性的一種或多種適配體與組織學(xué)或細(xì)胞學(xué)樣品反應(yīng)，并且可以作為核酸擴(kuò)增方法中的核酸靶標(biāo)。合適的核酸擴(kuò)增方法包括例如PCR、q-β復(fù)制酶、滾環(huán)擴(kuò)增、鏈置換、解旋酶依賴性擴(kuò)增、環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增、連接酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)以及限制和環(huán)化輔助的滾環(huán)擴(kuò)增。在一實(shí)施方案中，將對(duì)于用于組織學(xué)或細(xì)胞學(xué)評(píng)價(jià)的相應(yīng)生物標(biāo)記是特異性的一種或多種捕獲試劑在緩沖溶液中混合，所述緩沖溶液可以包含任何以下成分：封閉材料、競(jìng)爭(zhēng)劑、去污劑、穩(wěn)定劑、載體核酸、聚陰離子材料等。“細(xì)胞學(xué)方案”通常包括樣品收集、樣品固定(fixation)、樣品固定(immobilization)和染色?！凹?xì)胞制備”可以包括樣品收集后的一些處理步驟，包括使用一種或多種慢解離速率的適配體來(lái)染色制備的細(xì)胞。樣品收集可以包括直接將樣品置于未處理的轉(zhuǎn)運(yùn)容器中，將樣品置于含有一些類型的介質(zhì)的轉(zhuǎn)運(yùn)容器中，或者將樣品直接置于玻片上(固定)而不進(jìn)行任何處理或固定。樣品固定可以通過(guò)將一部分收集的樣本涂在用聚賴氨酸、明膠或硅烷處理的載玻片上而改進(jìn)。玻片可以通過(guò)在玻片上涂有薄且均勻的細(xì)胞層而制備。通常采取小心操作以最小化機(jī)械扭轉(zhuǎn)和干燥假象。液體樣本可以通過(guò)細(xì)胞塊方法處理?；蛘?，液體樣本可以與固定溶液在室溫下1∶1混合約10分鐘。細(xì)胞塊可以從剩余的積液、痰、尿液沉淀、胃腸液、細(xì)胞刮取物或細(xì)針抽吸物中制備。通過(guò)離心或膜過(guò)濾濃縮或壓實(shí)細(xì)胞。已經(jīng)開發(fā)了許多細(xì)胞塊制備方法。代表性方法包括固定的沉淀、細(xì)菌瓊脂或膜過(guò)濾方法。在固定的沉淀方法中，將細(xì)胞沉淀與諸如鮑音液(Bouins)、苦味酸或緩沖的福爾馬林的固定劑混合，然后將混合物離心以沉淀固定的細(xì)胞。除去上清，盡可能完全地干燥細(xì)胞團(tuán)塊(pellet)。收集團(tuán)塊并包在鏡頭紙中，然后置于組織盒(tissuecassette)中。將組織盒置于包含其他固定劑的罐子中并作為組織樣品進(jìn)行處理。瓊脂方法與上述方法非常相似，只是取出團(tuán)塊并在紙巾上干燥，然后切成兩半。將切面置于載玻片上一滴熔化的瓊脂中，然后將該團(tuán)塊用瓊脂包被，保證瓊脂中無(wú)氣泡形成。使瓊脂變硬，然后除去任何過(guò)多的瓊脂。將其置于組織盒中，完成組織處理?；蛘?，可以將團(tuán)塊直接懸浮于在65℃的2％液體瓊脂中并離心樣品。使瓊脂細(xì)胞團(tuán)塊在4℃下固化1小時(shí)。可以從離心管中取出固體瓊脂并切成兩半。將瓊脂包在濾紙中，然后置于組織盒中。從這點(diǎn)開始的處理與上述方法相同。在任何這些方法中可以用膜過(guò)濾代替離心。任何這些方法均可以用于產(chǎn)生“細(xì)胞塊樣品”。細(xì)胞塊可以使用專門的樹脂制備，包括Lowicryl樹脂、LRWhite、LRGold、Unicryl和MonoStep。這些樹脂具有低粘度，并且可以在低溫下及用紫外(UV)光聚合。包埋方法依賴于在脫水期間逐漸冷卻樣品，將樣品轉(zhuǎn)移至樹脂以及于最終低溫下在合適的UV波長(zhǎng)處聚合細(xì)胞塊。細(xì)胞塊切片可以用蘇木精-伊紅染色以進(jìn)行細(xì)胞形態(tài)學(xué)檢查，而其他切片用于特異性標(biāo)記檢查。無(wú)論方法是細(xì)胞學(xué)方法或組織學(xué)方法，可以在進(jìn)一步處理之前將樣品固定以防止樣品降解。這種方法稱作“固定”，并且描述了可以互換使用的許多材料和方法?；诖龣z測(cè)的靶標(biāo)和待分析的特定細(xì)胞/組織類型，根據(jù)經(jīng)驗(yàn)最佳地選擇樣品固定方案和試劑。樣品固定依賴于試劑，如乙醇、聚乙二醇、甲醇、福爾馬林或異丙醇。樣品應(yīng)當(dāng)盡可能在收集及附著在玻片上后很快固定。然而，所選的固定劑可以在各種分子靶標(biāo)中引入結(jié)構(gòu)改變，這使得隨后更難以檢測(cè)。固定(fixation)和固定(immobilization)方法及其順序可以改變細(xì)胞的外觀，并且這些改變必須是由細(xì)胞學(xué)技術(shù)人員預(yù)期及認(rèn)可的。固定劑可以導(dǎo)致某些類型細(xì)胞收縮，并且導(dǎo)致細(xì)胞質(zhì)出現(xiàn)顆?；蚓W(wǎng)狀物。許多固定劑通過(guò)使細(xì)胞組分交聯(lián)而起作用。這可以破壞或改變特異性表位，產(chǎn)生新表位，導(dǎo)致分子締合以及降低膜通透性。福爾馬林固定是一種最常用的細(xì)胞學(xué)/組織學(xué)方法。福爾馬林在相鄰蛋白之間或在蛋白內(nèi)形成甲基橋。沉淀或凝固也用于固定，乙醇常用于這種類型的固定。交聯(lián)與沉淀的組合也可以用于固定。牢固的固定方法在保留形態(tài)學(xué)信息方面是最佳的，而較弱的固定方法對(duì)于保留分子靶標(biāo)方面是最佳的。代表性固定劑是50％無(wú)水乙醇、2mM聚乙二醇(PEG)、1.85％甲醛。這種制劑的變化包括乙醇(50％-95％)、甲醇(20％-50％)以及僅福爾馬林(甲醛)。另一種常用的固定劑是2％PEG1500、50％乙醇以及3％甲醇。將玻片在室溫下置于固定劑中約10-15分鐘，然后取出并干燥。一旦玻片被固定，可以用諸如PBS的緩沖溶液對(duì)其進(jìn)行漂洗。許多染料可以用于差異地突出和反差或“染色”細(xì)胞、亞細(xì)胞和組織特征或形態(tài)學(xué)結(jié)構(gòu)。蘇木精(hematoylin)用于將核染色為藍(lán)色或黑色。橘黃G-6和天青伊紅(EosinAzure)均將細(xì)胞質(zhì)染色。橘黃G將含有角蛋白和糖原的細(xì)胞染成黃色。伊紅Y用于將核仁、纖毛、紅細(xì)胞和表面上皮扁平細(xì)胞染色。羅曼諾夫斯基(Romanowsky)染色用于空氣干燥的玻片，并且可以用于增強(qiáng)復(fù)型及區(qū)分細(xì)胞外與細(xì)胞質(zhì)內(nèi)材料。染色方法可以包括增加細(xì)胞對(duì)染色的通透性的處理。用去污劑處理細(xì)胞可以用于增加通透性。為了增加細(xì)胞和組織通透性，可以將固定的樣品用溶劑、皂苷類或非離子型去污劑進(jìn)一步處理。酶促消化還可以改進(jìn)組織樣品中特異性靶標(biāo)的可接近性。染色后，使用漸增的醇濃度進(jìn)行連續(xù)醇漂洗將樣品脫水。最終的洗滌使用二甲苯或諸如柑桔萜的二甲苯取代物，其具有接近在載玻片上應(yīng)用的蓋玻片的折射率。這個(gè)最后的步驟稱作透明。一旦使樣品脫水及透明，應(yīng)用封固劑。所選的封固劑具有接近玻璃的折射率，并且能夠使蓋玻片與載玻片粘合。其還抑制細(xì)胞樣品另外的干燥、收縮或褪色。無(wú)論使用的染色或處理，對(duì)胰細(xì)胞學(xué)樣本的最后評(píng)價(jià)通過(guò)一些類型的顯微鏡檢查進(jìn)行以允許通過(guò)肉眼觀察形態(tài)學(xué)并確定標(biāo)記的存在與否。示例性顯微鏡檢查方法包括明視野顯微鏡、相差顯微鏡、熒光顯微鏡和微分干涉相差顯微鏡方法。如果在檢查后需要對(duì)樣品進(jìn)行次級(jí)測(cè)試，則可以除去蓋玻片并對(duì)載玻片進(jìn)行脫色。脫色包括使用用于染色該載玻片的最初未加入染料的原始溶劑系統(tǒng)，并以與原始染色程序相反順序進(jìn)行。脫色還可以通過(guò)將該載玻片浸泡在酸醇中直至細(xì)胞無(wú)色來(lái)完成。一旦無(wú)色，則將載玻片用水浴充分漂洗并進(jìn)行第二染色程序。此外，通過(guò)使用特異性分子試劑，如抗體或者核酸探針或適配體，可以將特異性分子區(qū)分與細(xì)胞形態(tài)學(xué)分析組合。這改進(jìn)了診斷細(xì)胞學(xué)的精確性。顯微切割可以用于分離細(xì)胞的子集以進(jìn)行另外的評(píng)價(jià)，特別是用于遺傳學(xué)評(píng)價(jià)異常染色體、基因表達(dá)或突變。制備用于組織學(xué)評(píng)價(jià)的組織樣品包括固定、脫水、浸潤(rùn)(infiltration)、包埋和切片。用于組織學(xué)的固定試劑與用于細(xì)胞學(xué)的固定試劑非常相似或相同，并且在以諸如個(gè)體蛋白的分子為代價(jià)的情況中具有相同的保持形態(tài)學(xué)特征的問(wèn)題。如果組織樣品不進(jìn)行固定和脫水而是代之以冷凍然后在冷凍時(shí)切片可以節(jié)省時(shí)間。這是更溫和的處理程序，并且可以保留更多的個(gè)體標(biāo)記。然而，冷凍對(duì)于組織樣品的長(zhǎng)期保存不可接受，因?yàn)橛捎诒w的引入引起亞細(xì)胞信息喪失。冷凍組織樣品中的冰也妨礙切片過(guò)程產(chǎn)生極薄的切片，并且因此可以喪失一些顯微鏡分辨力和亞細(xì)胞結(jié)構(gòu)的圖像。除了福爾馬林固定之外，四氧化鋨也用于固定和染色磷脂(膜)。組織的脫水是通過(guò)用漸增濃度的醇連續(xù)洗滌來(lái)完成。透明使用可以與醇和包埋材料混溶的材料，并且包括從50：50醇：澄清試劑開始至100％澄清試劑(二甲苯或二甲苯取代物)的逐步處理過(guò)程。浸潤(rùn)包括將組織與液體形式的包埋劑(溫?zé)岬南?，硝化纖維素溶液)一起溫育，首先是50：50包埋劑：澄清劑，隨后是100％包埋劑。包埋通過(guò)將組織置于模具或盒中并充填熔化的包埋劑如蠟、瓊脂或明膠來(lái)完成。使包埋劑硬化。然后將硬化的組織樣品切成薄切片以用于染色和隨后的檢查。在染色之前，將組織切片脫蠟并再水合。用二甲苯使切片脫蠟，可以更換一次或多次二甲苯，并且通過(guò)在遞減濃度的醇中連續(xù)洗滌來(lái)再水合。在脫蠟之前，可以將組織切片于約80℃下在載玻片上熱固定約20分鐘。激光捕獲顯微切割允許從組織切片分離細(xì)胞的子集以進(jìn)行進(jìn)一步分析。在細(xì)胞學(xué)中，為了增強(qiáng)顯微特征的觀察，可以將組織切片或薄片用各種染色方法染色。許多可商購(gòu)的染色方法可以用于增強(qiáng)或鑒定特定的特征。為了進(jìn)一步增加分子試劑與細(xì)胞學(xué)/組織學(xué)樣品的相互作用，已經(jīng)開發(fā)了許多“分析物檢索(analyteretrieval)”技術(shù)。第一種這樣的技術(shù)使用高溫加熱固定的樣品。這種方法也稱作熱誘導(dǎo)的表位檢索或HIER。已經(jīng)使用了許多加熱技術(shù)，包括蒸汽加熱、微波、高壓蒸汽、水浴以及加壓蒸煮或這些加熱方法的組合。分析物檢索溶液包括例如水、檸檬酸鹽和普通鹽水緩沖液。分析物檢索的關(guān)鍵是高溫的時(shí)間，但是較低溫度進(jìn)行較長(zhǎng)時(shí)間也已經(jīng)成功使用。分析物檢索的另一關(guān)鍵是加熱溶液的pH。據(jù)發(fā)現(xiàn)低pH提供最佳的免疫染色，但是也產(chǎn)生經(jīng)常需要使用第二組織切片作為陰性對(duì)照的背景。無(wú)論緩沖液組成，使用高pH溶液通常獲得最一致的益處(增加免疫染色而不增加背景)。對(duì)特異性靶標(biāo)的分析物檢索方法根據(jù)經(jīng)驗(yàn)對(duì)使用加熱的靶標(biāo)、時(shí)間、pH和緩沖液組成的變量加以優(yōu)化。使用微波分析物檢索方法允許用抗體試劑順序染色不同的靶標(biāo)。但是在染色步驟之間獲得抗體與酶復(fù)合物所需的時(shí)間也證實(shí)使細(xì)胞膜分析物降解。微波加熱方法也改進(jìn)原位雜交方法。為了開始分析物檢索過(guò)程，首先將切片脫蠟并水合。然后將玻片置于平皿或罐子中的10mM檸檬酸鈉緩沖液pH6.0中。代表性程序使用1100W微波，以100％功率對(duì)玻片微波處理2分鐘，隨后在確保玻片保留覆蓋于液體中之后使用20％功率對(duì)玻片微波處理18分鐘。然后使玻片在敞口容器中冷卻，隨后用蒸餾水漂洗。HIER可以與酶促消化組合使用以改進(jìn)靶標(biāo)對(duì)免疫化學(xué)試劑的反應(yīng)性。一種這樣的酶促消化方案使用蛋白酶K。20g/ml濃度的蛋白酶K在50mMTris堿、1mMEDTA、0.5％TritonX-100、pH8.0緩沖液中制備。該方法首先包括將切片在更換2次的二甲苯中脫蠟，每次5分鐘。然后將樣品在更換2次的100％乙醇中水合，每次3分鐘，在95％和80％乙醇中水合，每次1分鐘，然后在蒸餾水中漂洗。將切片用蛋白酶K工作溶液覆蓋，于37C下在加濕室中溫育10-20分鐘(最佳溫育時(shí)間可以根據(jù)組織類型和固定程度而變化)。將切片在室溫下冷卻10分鐘，然后在PBS吐溫(Tween)20中漂洗2次2分鐘。如果需要，可以將切片封閉以消除來(lái)自內(nèi)源化合物和酶的潛在干擾。然后將切片用在一抗稀釋緩沖液中適當(dāng)稀釋的一抗在室溫下溫育1小時(shí)或者在4C下溫育過(guò)夜。然后將該切片用PBS吐溫20漂洗2次2分鐘。如果需要特定的應(yīng)用，可以進(jìn)行另外的封閉，隨后用PBS吐溫20再漂洗3次2分鐘，然后最后完成免疫染色方案。在室溫下用1％SDS簡(jiǎn)單處理也已經(jīng)證實(shí)改進(jìn)了免疫組織化學(xué)染色。分析物檢索方法已經(jīng)應(yīng)用于玻片固定切片(slidemountedsection)以及自由浮動(dòng)切片(freefloatingsection)。另一處理選擇是將玻片置于pH6.0的含有檸檬酸和0.1諾納德(Nonident)P40的罐子中，并加熱至95℃。然后將該玻片用諸如PBS的緩沖溶液洗滌。對(duì)于組織的免疫學(xué)染色，可以通過(guò)將切片浸入諸如血清或脫脂奶粉的蛋白溶液中來(lái)封閉抗體與組織蛋白的非特異性結(jié)合。封閉反應(yīng)可以包括需要降低內(nèi)源生物素的水平；消除內(nèi)源電荷作用；失活內(nèi)源核酸酶；和/或失活內(nèi)源酶如過(guò)氧化物酶和堿性磷酸酶。內(nèi)源核酸酶可以通過(guò)以下方式失活：用蛋白酶K降解；熱處理；使用螯合劑，如EDTA或EGTA；引入載體DNA或RNA；用離液劑處理，如尿素、硫脲、鹽酸胍、硫氰酸胍、高氯酸鋰等或焦碳酸二乙酯。堿性磷酸酶可以通過(guò)用0.1NHCl在室溫下處理5分鐘或用1mM左旋咪唑處理來(lái)失活。過(guò)氧化物酶活性可以通過(guò)用0.03％過(guò)氧化氫處理來(lái)消除。內(nèi)源生物素可以通過(guò)將玻片或切片在室溫下浸入抗生物素蛋白(鏈霉抗生物素蛋白，可以取代中性鏈親和素(neutravidin))溶液中至少15分鐘來(lái)封閉。然后將玻片或切片在緩沖液中洗滌至少10分鐘。這個(gè)步驟可以重復(fù)至少3次。然后將玻片或切片浸入生物素溶液中10分鐘。這個(gè)步驟可以重復(fù)至少3次，每次使用新鮮的生物素溶液。重復(fù)緩沖液洗滌程序。應(yīng)當(dāng)減少封閉方案以防止破壞所關(guān)注的細(xì)胞或組織結(jié)構(gòu)或者靶標(biāo)或多個(gè)靶標(biāo)，但是可以組合一種或多種這樣的方案以“封閉”玻片或切片，然后與一種或多種慢解離速率適配體反應(yīng)。參見(jiàn)BasicMedicalHistology：theBiologyofCells，TissuesandOrgans，authoredbyRichardG.Kessel，OxfordUniversityPress，1998。使用質(zhì)譜方法確定生物標(biāo)記值許多質(zhì)譜儀的配制(configuration)可以用于檢測(cè)生物標(biāo)記值。一些類型的質(zhì)譜儀可以獲得或可以用各種配制生產(chǎn)。通常，質(zhì)譜儀具有以下主要部件：樣品入口、離子源、質(zhì)量分析儀、檢測(cè)儀、真空系統(tǒng)以及設(shè)備控制系統(tǒng)和數(shù)據(jù)系統(tǒng)。樣品入口、離子源和質(zhì)量分析儀的差異通常限定設(shè)備的類型及其能力。例如，入口可以是毛細(xì)管柱液體層析源，或者可以是直接探針或鏡臺(tái)(stage)如用于基質(zhì)輔助激光解吸電離中。常用的離子源是例如電噴射，包括納米噴射(nanospray)和微噴射(microspray)；或者基質(zhì)輔助激光解吸電離。常用的質(zhì)量分析儀包括四極濾質(zhì)器(quadrupolemassfilter)、離子阱質(zhì)量分析儀和飛行時(shí)間質(zhì)量分析儀。其他質(zhì)譜方法為本領(lǐng)域熟知(參見(jiàn)Burlingameetal.Anal.Chem.70：647R-716R(1998)；KinterandSherman，NewYork(2000))。蛋白生物標(biāo)記和生物標(biāo)記值可以通過(guò)任何以下方式檢測(cè)和測(cè)量：電噴射離子化質(zhì)譜(ESI-MS)、ESI-MS/MS、ESI-MS/(MS)n、基質(zhì)輔助激光解吸離子化飛行時(shí)間質(zhì)譜(MALDI-TOF-MS)、表面增強(qiáng)激光解吸/離子化飛行時(shí)間質(zhì)譜分析(SELDI-TOF-MS)、硅表面解吸/離子化(DIOS)、二次離子質(zhì)譜(SIMS)、四極飛行時(shí)間(Q-TOF)、稱作ultraflexIIITOF/TOF的串聯(lián)式飛行時(shí)間(TOF/TOF)技術(shù)、大氣壓化學(xué)離子化質(zhì)譜(APCI-MS)、APCI-MS/MS、APCI-(MS)N、大氣壓光電離質(zhì)譜(APPI-MS)、APPI-MS/MS和APPI-(MS)N、四極質(zhì)譜、傅里葉變換質(zhì)譜(FTMS)、定量質(zhì)譜以及離子阱質(zhì)譜。樣品制備策略用于在對(duì)蛋白生物標(biāo)記進(jìn)行質(zhì)譜表征及確定生物標(biāo)記值之前標(biāo)記和富集樣品。標(biāo)記方法包括但不限于用于相對(duì)和絕對(duì)定量的等量異位標(biāo)簽(iTRAQ)和在細(xì)胞培養(yǎng)中用氨基酸穩(wěn)定同位素標(biāo)記(SILAC)。在質(zhì)譜分析之前用于選擇性富集候選生物標(biāo)記蛋白樣品的捕獲試劑包括但不限于適配體、抗體、核酸探針、嵌合物、小分子、F(ab’)2片段、單鏈抗體片段、Fv片段、單鏈Fv片段、核酸、凝集素、配體-結(jié)合受體、affybodies、納米抗體、錨蛋白、結(jié)構(gòu)域抗體、可變抗體支架(例如雙抗體等)印刷的聚合物、高親合性多聚體、肽模擬物、擬肽、肽核酸、蘇糖核酸、激素受體、細(xì)胞因子受體及合成的受體以及這些物質(zhì)的修飾和片段。使用鄰位連接技術(shù)確定生物標(biāo)記值鄰位連接技術(shù)可以用來(lái)確定生物標(biāo)記值。簡(jiǎn)單地說(shuō)，使測(cè)試樣品與一對(duì)親和性探針接觸，所述一對(duì)親和性探針可以是一對(duì)抗體或一對(duì)適配體，這對(duì)的每個(gè)成員延伸出寡核苷酸。這對(duì)親和性探針的靶標(biāo)可以是一個(gè)蛋白上的兩個(gè)不同決定簇或者兩個(gè)不同蛋白中每一個(gè)上的一個(gè)決定簇，其可以作為同源或異源多聚復(fù)合物存在。當(dāng)探針結(jié)合靶決定簇時(shí)，寡核苷酸延伸的游離端足夠接近以雜交在一起。寡核苷酸延伸的雜交通過(guò)常見(jiàn)的連接寡核苷酸來(lái)促進(jìn)，所述連接寡核苷酸在位置足夠接近時(shí)用于將寡核苷酸延伸連接在一起。一旦探針的寡核苷酸延伸雜交，延伸的末端通過(guò)酶促DNA連接而連接在一起。每個(gè)寡核苷酸延伸包含用于PCR擴(kuò)增的引物位點(diǎn)。一旦寡核苷酸延伸連接在一起，寡核苷酸形成連續(xù)的DNA序列，通過(guò)PCR擴(kuò)增，其顯示關(guān)于靶蛋白的性質(zhì)和量的信息，以及當(dāng)靶決定簇在兩個(gè)不同蛋白上時(shí)關(guān)于蛋白-蛋白相互作用的信息。鄰位連接可以通過(guò)使用實(shí)時(shí)PCR提供實(shí)時(shí)蛋白濃度和相互作用信息的高度靈敏和特異性的測(cè)定。不結(jié)合所關(guān)注的決定簇的探針不具有鄰近的相應(yīng)的寡核苷酸延伸，并且不可以進(jìn)行連接或PCR擴(kuò)增，導(dǎo)致沒(méi)有信號(hào)產(chǎn)生。前述測(cè)定允許檢測(cè)可用于診斷胰腺癌的方法的生物標(biāo)記值，其中所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)至少N個(gè)生物標(biāo)記值，所述至少N個(gè)生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記，其中如下文詳述，利用生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體是否患有胰腺癌。盡管某些所述胰腺癌生物標(biāo)記可以單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷胰腺癌，但是本文所述的方法還用于分組胰腺癌生物標(biāo)記的多個(gè)子集，其各自可用作三個(gè)或更多個(gè)生物標(biāo)記的組。因此，本申請(qǐng)的各個(gè)實(shí)施方案提供了包含N個(gè)生物標(biāo)記的組合，其中N是至少三個(gè)生物標(biāo)記。在其他實(shí)施方案中，N選自2-65個(gè)生物標(biāo)記中的任意數(shù)。應(yīng)當(dāng)理解N可以選自任何上述范圍以及相似但更高級(jí)范圍中的任意數(shù)。根據(jù)本文所述的任何方法，可以單獨(dú)檢測(cè)和分類生物標(biāo)記值，或者可以共同檢測(cè)和分類生物標(biāo)記值，例如以多重測(cè)定形式。在另一方面，本發(fā)明提供了檢測(cè)胰腺癌不存在的方法，所述方法包括在來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品中檢測(cè)至少N個(gè)生物標(biāo)記值，所述至少N個(gè)生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記，其中如下文詳述，生物標(biāo)記值的分類指示所述個(gè)體中不存在胰腺癌。盡管某些所述胰腺癌生物標(biāo)記可以單獨(dú)用于檢測(cè)和診斷胰腺癌不存在，但是本文所述的方法還用于分組胰腺癌生物標(biāo)記的多個(gè)子集，其各自可用作三個(gè)或更多個(gè)生物標(biāo)記的組。因此，本申請(qǐng)的各個(gè)實(shí)施方案提供了包含N個(gè)生物標(biāo)記的組合，其中N是至少三個(gè)生物標(biāo)記。在其他實(shí)施方案中，N選自2-65個(gè)生物標(biāo)記中的任意數(shù)。應(yīng)當(dāng)理解N可以選自任何上述范圍以及相似但更高級(jí)范圍中的任意數(shù)。根據(jù)本文所述的任何方法，可以單獨(dú)檢測(cè)和分類生物標(biāo)記值，或者可以共同檢測(cè)和分類生物標(biāo)記值，例如以多重測(cè)定形式。生物標(biāo)記分類和疾病評(píng)分計(jì)算給定診斷測(cè)試的生物標(biāo)記“特征”含有標(biāo)記的集合，每個(gè)標(biāo)記在所關(guān)注群體中具有不同水平。在這方面，不同水平可以指針對(duì)兩個(gè)或更多個(gè)組中個(gè)體的標(biāo)記水平的不同平均值(mean)，或者兩個(gè)或更多個(gè)組中的不同的方差，或者這兩者的組合。對(duì)于最簡(jiǎn)單形式的診斷測(cè)試，這些標(biāo)記可以用于將來(lái)自個(gè)體的未知樣品分配到兩組中的一組中，疾病組或非疾病組。將樣品分配于兩個(gè)或更多個(gè)組中的一組稱為分類，用于實(shí)現(xiàn)這種分配的程序稱為分類器或分類方法。分類方法也可以稱為評(píng)分方法。有許多分類方法可以用于從生物標(biāo)記值的集合構(gòu)建診斷分類器。通常，分類方法最容易用監(jiān)督學(xué)習(xí)技術(shù)進(jìn)行，其中用獲得自希望區(qū)分的兩個(gè)(或更多個(gè)，對(duì)于多個(gè)分類狀態(tài))不同組內(nèi)的個(gè)體的樣品收集數(shù)據(jù)集合。因?yàn)槊總€(gè)樣品所屬的類別(組或群體)事先對(duì)于每個(gè)樣品均是已知的，所以可以訓(xùn)練分類方法以獲得期望的分類應(yīng)答。還可以使用無(wú)監(jiān)督學(xué)習(xí)技術(shù)來(lái)產(chǎn)生診斷分類器。開發(fā)診斷分類器的常用方法包括決策樹；bagging，boosting，forests和隨機(jī)forests；基于規(guī)則推論的學(xué)習(xí)(ruleinferencebasedlearning)；Parzen窗方法(ParzenWindows)；線性模型；邏輯；神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)方法；無(wú)監(jiān)督聚類；K-means；分級(jí)上升/下降(hierarchicalascending/descending)；半監(jiān)督學(xué)習(xí)；原型方法；近鄰取樣(nearestneighbor)；核密度估計(jì)(kerneldensityestimation)；支持向量機(jī)(supportvectormachine)；隱馬爾可夫模型(hiddenMarkovmodel)；玻爾茲曼學(xué)習(xí)(BoltzmannLearning)；并且分類器可以簡(jiǎn)單組合或者以最小化特定目標(biāo)函數(shù)的方式組合。綜述參見(jiàn)例如PatternClassification，R.O.Duda，etal.，editors，JohnWiley&Sons，2ndedition，2001；還參見(jiàn)TheElementsofStatisticalLearning-DataMining，Inference，andPrediction，T.Hastie，etal.，editors，SpringerScience+BusinessMedia，LLC，2ndedition，2009；它們均整體援引加入本文。為了用監(jiān)督學(xué)習(xí)技術(shù)產(chǎn)生分類器，獲得稱為訓(xùn)練數(shù)據(jù)的樣品集合。在診斷測(cè)試的情況下，訓(xùn)練數(shù)據(jù)包括來(lái)自未知樣品稍后會(huì)被分配的不同組(類別)的樣品。例如，收集自對(duì)照群體的個(gè)體和特定疾病群體的個(gè)體的樣品可以組成訓(xùn)練數(shù)據(jù)以開發(fā)可以分類未知樣品(或者，更特別地，樣品所來(lái)自的個(gè)體)為患有該疾病或無(wú)該疾病的分類器。從訓(xùn)練數(shù)據(jù)開發(fā)分類器已知為訓(xùn)練該分類器。分類器訓(xùn)練的具體細(xì)節(jié)取決于監(jiān)督學(xué)習(xí)技術(shù)的性質(zhì)。作為示例，訓(xùn)練樸素貝葉斯(Bayesian)分類器的實(shí)例在下文進(jìn)行描述(參見(jiàn)例如PatternClassification，R.O.Duda，etal.，editors，JohnWiley&Sons，2ndedition，2001；還參見(jiàn)TheElementsofStatisticalLearning-DataMining，Inference，andPrediction，T.Hastie，etal.，editors，SpringerScience+BusinessMedia，LLC，2ndedition，2009)。由于通常在訓(xùn)練集合中存在比樣品多得多的潛在生物標(biāo)記值，所以必須小心避免過(guò)擬合。當(dāng)統(tǒng)計(jì)學(xué)模型描述隨機(jī)誤差或噪聲而非潛在關(guān)系時(shí)發(fā)生過(guò)擬合。過(guò)擬合可以由各種方式避免，這包括例如限制開發(fā)分類器中使用的標(biāo)記數(shù)目，假設(shè)標(biāo)記應(yīng)答互相獨(dú)立，限制采用的潛在統(tǒng)計(jì)學(xué)模型的復(fù)雜性，以及保證潛在統(tǒng)計(jì)學(xué)模型符合數(shù)據(jù)。使用生物標(biāo)記的集合開發(fā)診斷測(cè)試的說(shuō)明性實(shí)例包括應(yīng)用樸素貝葉斯分類器，這是一種基于貝葉斯(Bayes)定理的簡(jiǎn)單或然性分類器，具有生物標(biāo)記的嚴(yán)格獨(dú)立處理。每個(gè)生物標(biāo)記由針對(duì)每種類別中測(cè)量的RFU值或logRFU(相對(duì)熒光單位)值的類別依賴性概率密度函數(shù)(pdf)描述。一個(gè)類別中的標(biāo)記的集合的共同pdf(jointpdf)假定為每個(gè)生物標(biāo)記的個(gè)體類別依賴性pdf的積。在這種情況下訓(xùn)練樸素貝葉斯分類器意味著分配參數(shù)(“參數(shù)化”)以表征類別依賴性pdf。類別依賴性pdf的任何潛在模型均可以使用，但是模型應(yīng)該通常符合在訓(xùn)練集合中觀察到的數(shù)據(jù)。具體地，測(cè)量疾病類別中生物標(biāo)記i的值xi的類別依賴性概率寫作p(xi|d)，并且觀察具有值的n個(gè)標(biāo)記的整體樸素貝葉斯概率寫作其中各個(gè)xi是以RFU或logRFU表示的測(cè)量的生物標(biāo)記水平。對(duì)于未知的分類分配通過(guò)以下方法來(lái)促進(jìn)：對(duì)于相同測(cè)量值，計(jì)算與不患病(對(duì)照)的概率相比的具有測(cè)量的的患病概率這些概率的比率通過(guò)應(yīng)用貝葉斯定理從類別依賴性pdf計(jì)算，即其中p(d)為適合測(cè)試的群體中疾病的發(fā)病率。對(duì)這一比率的兩邊取對(duì)數(shù)并從以上代入樸素貝葉斯類別依賴性概率，獲得這種形式已知為log似然比，并簡(jiǎn)單地表示不患有特定疾病比患有所述疾病的log似然性，并且主要由n個(gè)單獨(dú)生物標(biāo)記的單獨(dú)log似然比的總和組成。在其最簡(jiǎn)單的形式中，未知樣品(或者，更特別地，樣品所來(lái)自的個(gè)體)分類為不患有疾病，如果上述比率大于0；而分類為患有疾病，如果所述比率小于0。在一示例性實(shí)施方案中，類別依賴性生物標(biāo)記pdfp(xi|c)和p(xi|d)假定為在測(cè)量的RFU值xi中為正態(tài)分布或log正態(tài)分布，即并且對(duì)于具有相似表達(dá)。模型的參數(shù)化要求估計(jì)來(lái)自訓(xùn)練數(shù)據(jù)的每個(gè)類別依賴性pdf的兩個(gè)參數(shù)，平均值μ和方差δ2。這可以通過(guò)許多方式實(shí)現(xiàn)，包括例如最大似然估計(jì)、最小平方以及本領(lǐng)域技術(shù)人員已知的任何其他方法。將正態(tài)分布代入上文所定義的log-似然比，獲得以下表達(dá)式：一旦μ和δ2的集合已對(duì)來(lái)自訓(xùn)練數(shù)據(jù)的每個(gè)類別的每個(gè)pdf定義，并且確定群體中的疾病發(fā)病率，則貝葉斯分類器完全確定并且可以用于分類具有測(cè)量值的未知樣品。樸素貝葉斯分類器的性能取決于用于構(gòu)建和訓(xùn)練分類器的生物標(biāo)記的數(shù)目和質(zhì)量。如以下實(shí)施例3所定義，單個(gè)生物標(biāo)記根據(jù)其KS-距離(柯?tīng)柲陕宸?斯米洛夫(Kolmogorov-Smirnov))運(yùn)行。如果分類器性能度量(metric)定義為接受者操作特征曲線(AUC)下的面積，則完美分類器的評(píng)分為1，而隨機(jī)分類器的平均評(píng)分為0.5。大小為n和m的兩個(gè)集合A和B之間的KS-距離的定義為值Dn，m＝supx|FA，n(x)-FB，m(x)|，其為兩個(gè)基于經(jīng)驗(yàn)的累積分布函數(shù)(cdf)之間的最大差異。n個(gè)觀察Xi的集合A的基于經(jīng)驗(yàn)的cdf定義為其中為指示物函數(shù)，如果Xi＜x，其等于1，否則其等于0。通過(guò)定義，這個(gè)值介于0和1之間，其中1的KS-距離表示基于經(jīng)驗(yàn)的分布不重疊。具有良好KS距離(例如＞0.3)的后續(xù)標(biāo)記的加入通常會(huì)改善分類性能，如果后續(xù)加入的標(biāo)記獨(dú)立于第一標(biāo)記。使用靈敏性加特異性作為分類器評(píng)分，用貪婪算法的變體會(huì)直接產(chǎn)生許多高評(píng)分分類器。(貪婪算法是那些應(yīng)用了解決問(wèn)題的元啟發(fā)式(metaheuristic)算法，這些算法使得本地優(yōu)化選擇在每個(gè)階段都可以找到全方位的最優(yōu)化。)此處使用的算法在實(shí)施例4中詳細(xì)描述。簡(jiǎn)單地說(shuō)，從潛在生物標(biāo)記表中產(chǎn)生所有單分析物分類器并加入到列表中。接下來(lái)，向每個(gè)存儲(chǔ)的單分析物分類器進(jìn)行所有可能的第二分析物的加入，在一個(gè)新列表上儲(chǔ)存預(yù)定數(shù)目的最佳評(píng)分配對(duì)，例如一千個(gè)。用這個(gè)最佳二-標(biāo)記分類器的新列表開發(fā)所有可能的三標(biāo)記分類器，再次儲(chǔ)存其中最佳的一千個(gè)。繼續(xù)這個(gè)過(guò)程直至評(píng)分進(jìn)入平穩(wěn)狀態(tài)或開始隨著額外標(biāo)記的加入而變差?？梢栽u(píng)價(jià)那些在收斂后仍保留的高評(píng)分分類器對(duì)于目標(biāo)用途的期望性能。例如，在一種診斷應(yīng)用中，具有高靈敏性和中等特異性的分類器可以比中等靈敏性和高特異性是更期望的。在另一診斷應(yīng)用中，具有高特異性和中等靈敏性的分類器可以是更期望的。期望的性能水平通?；谠诩訇?yáng)性和假陰性數(shù)之間必須進(jìn)行的交換(trade-off)而選擇，所述假陽(yáng)性和假陰性可以針對(duì)特定診斷應(yīng)用而各自容忍。這種交換通常取決于假陽(yáng)性或假陰性誤差的醫(yī)學(xué)后果?，F(xiàn)有技術(shù)已知各種其他技術(shù)，并且可以用來(lái)使用樸素貝葉斯分類器從生物標(biāo)記列表產(chǎn)生許多潛在分類器。在一實(shí)施方案中，所謂的遺傳算法可以使用上文定義的適合度評(píng)分用于組合不同的標(biāo)記。遺傳算法特別適合開發(fā)潛在分類器的大且多樣的群體。在另一實(shí)施方案中，所謂的蟻群優(yōu)化(antcolonyoptimization)可以用于產(chǎn)生分類器的集合?，F(xiàn)有技術(shù)已知的其他策略也可以采用，包括例如其他進(jìn)化策略以及模擬退火和其他隨機(jī)檢索方法。還可以采用元啟發(fā)式方法如和聲搜索(harmonysearch)。示例性實(shí)施方案使用表1第2列所列的任意數(shù)目的胰腺癌生物標(biāo)記以各種組合來(lái)產(chǎn)生用于檢測(cè)胰腺癌的診斷測(cè)試(如何鑒定這些生物標(biāo)記的詳細(xì)描述見(jiàn)實(shí)施例2)。在一實(shí)施方案中，診斷胰腺癌的方法使用樸素貝葉斯分類方法聯(lián)合表1第2列所列的任意數(shù)目的胰腺癌生物標(biāo)記。在說(shuō)明性實(shí)例(實(shí)施例3)中，用于從GI和正常對(duì)照群體檢測(cè)胰腺癌的最簡(jiǎn)單的測(cè)試可以使用諸如CTSB的單生物標(biāo)記來(lái)構(gòu)建，CTSB在胰腺癌中差異表達(dá)，KS-距離為0.52。使用來(lái)自表16的針對(duì)CTSB的參數(shù)μc，i、σc，i、μd，i和μd，i以及上述log-似然性的等式，可以產(chǎn)生具有0.79的AUC的診斷測(cè)試，見(jiàn)表15。這個(gè)測(cè)試的ROC曲線示于圖2。例如，具有0.40的KS-距離的生物標(biāo)記C5a的添加將分類器性能顯著改善至0.85的AUC。注意，由兩個(gè)生物標(biāo)記構(gòu)建的分類器的評(píng)分不是KS-距離的簡(jiǎn)單加和；當(dāng)組合生物標(biāo)記時(shí)KS-距離不是加合性時(shí)，要使用許多較弱標(biāo)記來(lái)實(shí)現(xiàn)與強(qiáng)標(biāo)記相同的性能水平。例如，加入第三標(biāo)記C5將分類器性能增加至0.88的AUC。加入額外的生物標(biāo)記例如CCL18、CSF1R、KLK7、ETHE1、C5-C6、KLK8和VEGFA產(chǎn)生了一系列胰腺癌測(cè)試，總結(jié)在表15中，并在圖3中顯示為一系列ROC曲線。作為分類器構(gòu)建中使用的分析物數(shù)目的函數(shù)的分類器評(píng)分示于圖4。這種示例性10-標(biāo)記分類器的AUC為0.91。表1第2列所列的標(biāo)記可以許多方式組合以產(chǎn)生用于診斷胰腺癌的分類器。在一些實(shí)施方案中，根據(jù)所選的特定診斷性能標(biāo)準(zhǔn)，生物標(biāo)記的組由不同數(shù)目的分析物組成。例如，生物標(biāo)記的某些組合會(huì)產(chǎn)生比其他組合更靈敏(或更特異性)的測(cè)試。一旦組限定為包括來(lái)自表1第2列的生物標(biāo)記的特定集合，并且從訓(xùn)練數(shù)據(jù)集合構(gòu)建分類器，則診斷測(cè)試的定義完整。在一實(shí)施方案中，用于分類未知樣品的程序示于圖1A。在另一實(shí)施方案中，用于分類未知樣品的程序示于圖1B。將生物學(xué)樣品適當(dāng)稀釋，然后進(jìn)行一個(gè)或多個(gè)測(cè)定以產(chǎn)生用于分類的相關(guān)定量生物標(biāo)記水平。測(cè)量的生物標(biāo)記水平用作分類方法的輸入，該方法輸出所述樣品的分類和任選的評(píng)分，這反映了類別分配的置信度。表1鑒定了可用于診斷胰腺癌的65種生物標(biāo)記。當(dāng)與在生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)的嘗試中通常發(fā)現(xiàn)的相比時(shí)，這比預(yù)期令人驚訝地高，可能歸因于所述研究的規(guī)模，其涵蓋在幾百個(gè)個(gè)體樣品中測(cè)量的超過(guò)800種蛋白，在一些情況下濃度為低毫微微摩爾范圍。據(jù)推測(cè)，發(fā)現(xiàn)的大量生物標(biāo)記反映了在腫瘤生物學(xué)和身體對(duì)腫瘤存在的應(yīng)答中涉及的不同生物化學(xué)途徑；每種途徑和過(guò)程均涉及許多蛋白。結(jié)果顯示沒(méi)有一小組蛋白的單個(gè)蛋白對(duì)這樣復(fù)雜的過(guò)程獨(dú)特提供信息；相反，多種蛋白包括在相關(guān)過(guò)程中，如凋亡或細(xì)胞外基質(zhì)修復(fù)。鑒于在所述研究中鑒定的許多生物標(biāo)記，可以預(yù)期能夠衍生大量高性能分類器，它們可以用于各種診斷方法。為測(cè)試這個(gè)觀點(diǎn)，用表1的生物標(biāo)記評(píng)價(jià)了幾萬(wàn)個(gè)分類器。如實(shí)施例4所述，表1所示的生物標(biāo)記的許多子集可以組合以產(chǎn)生有用的分類器。例如，提供了用于檢測(cè)胰腺癌的包含1、2和3個(gè)生物標(biāo)記的分類器的描述。如實(shí)施例4所述，用表1的生物標(biāo)記構(gòu)建的所有分類器比用“非標(biāo)記”構(gòu)建的分類器明顯更好。還測(cè)試了通過(guò)隨機(jī)排除表1的一些標(biāo)記獲得的分類器的性能，隨機(jī)排除產(chǎn)生了較小的子集，從這些子集來(lái)構(gòu)建分類器。如實(shí)施例4部分3所述，從表1中標(biāo)記的隨機(jī)子集構(gòu)建的分類器的表現(xiàn)類似于用表1中標(biāo)記的完全列表構(gòu)建的最佳分類器。還測(cè)試了通過(guò)從10-標(biāo)記聚集中排除“最佳”單個(gè)標(biāo)記而獲得的10-標(biāo)記分類器的性能。如實(shí)施例4部分3所述，未用表1的“最佳”標(biāo)記構(gòu)建的分類器也表現(xiàn)良好。表1所列生物標(biāo)記的許多子集表現(xiàn)接近最佳，甚至在除去表中所列最好的15個(gè)標(biāo)記之后也如此。這暗示任何特定分類器的性能特征可能不是由于生物標(biāo)記的一些小核心組所致，并且疾病過(guò)程可能影響許多生物化學(xué)途徑，其改變?cè)S多蛋白的表達(dá)水平。實(shí)施例4的結(jié)果提示一些可能的結(jié)論：首先，大量生物標(biāo)記的鑒定允許它們聚集成巨大數(shù)目的分類器，其提供相似的高性能。第二，分類器可以這樣構(gòu)建：特定生物標(biāo)記可以以反映冗余的方式取代其他生物標(biāo)記，所述冗余無(wú)疑遍及潛在疾病過(guò)程的復(fù)雜性。也就是說(shuō)，由表1中鑒定的任何單個(gè)生物標(biāo)記貢獻(xiàn)的有關(guān)疾病的信息與由其他生物標(biāo)記貢獻(xiàn)的信息重疊，由此表1中特定生物標(biāo)記或生物標(biāo)記的小組無(wú)需包括在任何分類器中。示例性實(shí)施方案使用從表16的數(shù)據(jù)構(gòu)建的樸素貝葉斯分類器以分類未知樣品。圖1A和1B中示出了程序。在一實(shí)施方案中，將生物學(xué)樣品任選地稀釋并且進(jìn)行多重適配體測(cè)定。將來(lái)自所述測(cè)定的數(shù)據(jù)如實(shí)施例3所述正態(tài)化及校準(zhǔn)，將所得生物標(biāo)記水平用作貝葉斯分類方案的輸入。對(duì)于每個(gè)測(cè)量的生物標(biāo)記單獨(dú)計(jì)算log-似然比，然后求和以產(chǎn)生最終分類評(píng)分，其也稱為診斷評(píng)分。可以報(bào)道所得分配及總體分類評(píng)分。任選地，還可以報(bào)道對(duì)每個(gè)生物標(biāo)記水平計(jì)算的個(gè)體log-似然性風(fēng)險(xiǎn)因子。分類評(píng)分計(jì)算的細(xì)節(jié)示于實(shí)施例3。試劑盒表1第2列的生物標(biāo)記(以及額外的生物醫(yī)學(xué)信息)的任何組合可以通過(guò)使用合適的試劑盒檢測(cè)，如用于進(jìn)行本文公開的方法的試劑盒。此外，任何試劑盒可以含有本文所述的一種或多種可檢測(cè)標(biāo)記，如熒光部分等。如本文進(jìn)一步描述，在一實(shí)施方案中，試劑盒包含：(a)一種或多種捕獲試劑(如至少一種適配體或抗體)，以檢測(cè)生物學(xué)樣品中的一種或多種生物標(biāo)記，其中所述生物標(biāo)記包括表1第2列所列的任何生物標(biāo)記，及任選存在的(b)一種或多種軟件或計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品，以將從其中獲得所述生物學(xué)樣品的個(gè)體分類為患有或不患有胰腺癌，或者確定所述個(gè)體患有胰腺癌的似然性?；蛘?，除了一種或多種計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品之外，可以提供人工進(jìn)行上述步驟的一種或多種操作指南。固體支持物與相應(yīng)捕獲試劑及信號(hào)產(chǎn)生材料的組合在本文中稱作“檢測(cè)裝置”或“試劑盒”。試劑盒還可以包含使用該裝置和試劑、處理樣品以及分析數(shù)據(jù)的使用說(shuō)明書。此外，試劑盒可以與計(jì)算機(jī)系統(tǒng)或軟件一起使用以分析和報(bào)道生物學(xué)樣品的分析結(jié)果。試劑盒還可以含有一種或多種試劑(如增溶緩沖液、去污劑、洗滌劑或緩沖液)，以對(duì)生物學(xué)樣品進(jìn)行處理。本文所述的任何試劑盒還可以包含例如緩沖液、封閉劑、質(zhì)譜基質(zhì)材料、抗體捕獲劑、陽(yáng)性對(duì)照樣品、陰性對(duì)照樣品、軟件以及信息如方案、指導(dǎo)和參考數(shù)據(jù)。在一方面，本發(fā)明提供了分析胰腺癌狀態(tài)的試劑盒。試劑盒包含用于選自表1第2列的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的PCR引物。試劑盒還可以包含使用及生物標(biāo)記與胰腺癌相關(guān)性的指導(dǎo)。試劑盒還可以包含DNA陣列，其含有選自表1第2列的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記的補(bǔ)體、用于擴(kuò)增或分離樣品DNA的試劑和/或酶。試劑盒可以包含用于實(shí)時(shí)PCR的試劑，例如TaqMan探針和/或引物，以及酶。例如，試劑盒可以包含：(a)試劑，其至少包含用于定量測(cè)試樣品中的一種或多種生物標(biāo)記的捕獲試劑，其中所述生物標(biāo)記包括表1第2列所列的生物標(biāo)記或本文所述的任何其他生物標(biāo)記或生物標(biāo)記組；以及任選存在的(b)一種或多種算法或者計(jì)算機(jī)程序，以進(jìn)行以下步驟：比較所述測(cè)試樣品中定量的每個(gè)生物標(biāo)記的量與一個(gè)或多個(gè)預(yù)定截?cái)嘀?，基于所述比較分配定量的每個(gè)生物標(biāo)記評(píng)分，組合定量的每個(gè)生物標(biāo)記的分配評(píng)分以獲得總評(píng)分，比較該總評(píng)分與預(yù)定評(píng)分，以及使用所述比較確定個(gè)體是否患有胰腺癌。或者，除了一種或多種算法或計(jì)算機(jī)程序之外，可以提供人工進(jìn)行上述步驟的一種或多種操作指南。計(jì)算機(jī)方法和軟件一旦選擇生物標(biāo)記或生物標(biāo)記組，則診斷個(gè)體的方法可包括以下步驟：1)收集或以其他方式獲得生物學(xué)樣品；2)進(jìn)行分析方法以檢測(cè)和測(cè)量所述生物學(xué)樣品中的生物標(biāo)記或生物標(biāo)記組；3)進(jìn)行用于收集生物標(biāo)記值的方法所需的任何數(shù)據(jù)歸一化或標(biāo)準(zhǔn)化；4)計(jì)算標(biāo)記評(píng)分；5)組合所述標(biāo)記評(píng)分以獲得總診斷評(píng)分；以及6)報(bào)告所述個(gè)體的診斷評(píng)分。在這種方法中，診斷評(píng)分可以是從所有標(biāo)記計(jì)算的總和確定的單一數(shù)值，將該數(shù)值與指示疾病存在與否的預(yù)設(shè)閾值比較?；蛘?，診斷評(píng)分可以是一系列帶(bar)，其各自代表生物標(biāo)記值，并且可以將應(yīng)答模式與預(yù)設(shè)模式比較以確定疾病的存在與否。本文所述方法的至少一些實(shí)施方案可以使用計(jì)算機(jī)實(shí)施。計(jì)算機(jī)系統(tǒng)100的實(shí)例在圖6中示出。參考圖6，系統(tǒng)100示出包含通過(guò)總線108電耦合的硬件元件，包括處理器101、輸入設(shè)備102、輸出設(shè)備103、存儲(chǔ)設(shè)備104、計(jì)算機(jī)可讀取的存儲(chǔ)介質(zhì)讀取器105a、通訊系統(tǒng)106、處理加速(如DSP或特定用途處理器)107和存儲(chǔ)器109。計(jì)算機(jī)可讀取存儲(chǔ)介質(zhì)讀取器105a與計(jì)算機(jī)可讀取的存儲(chǔ)介質(zhì)105b進(jìn)一步耦合，該組合全面地代表遠(yuǎn)程、局域、固定和/或可移動(dòng)的存儲(chǔ)裝置加上存儲(chǔ)介質(zhì)、存儲(chǔ)器等，以暫時(shí)和/或更長(zhǎng)久地含有計(jì)算機(jī)可讀取的信息，這可以包括存儲(chǔ)設(shè)備104、存儲(chǔ)器109和/或任何其他這樣的可存儲(chǔ)系統(tǒng)100資源。系統(tǒng)100還包含軟件元件(顯示目前位于工作內(nèi)存191中)，包括操作系統(tǒng)192及其他編碼193，如程序、數(shù)據(jù)等。關(guān)于圖6，系統(tǒng)100具有廣泛的靈活性和可配置性。因此，例如單一計(jì)算機(jī)結(jié)構(gòu)(singlearchitecture)可以用于完成一個(gè)或多個(gè)服務(wù)器，其可以根據(jù)目前期望的方案、方案變化、擴(kuò)展等進(jìn)一步配置。然而，本領(lǐng)域技術(shù)人員應(yīng)當(dāng)了解可以根據(jù)更具體的應(yīng)用要求更好地利用實(shí)施方案。例如，一個(gè)或多個(gè)系統(tǒng)元件可以在系統(tǒng)100部件內(nèi)作為子元件執(zhí)行(如在通訊系統(tǒng)106內(nèi))。也可以使用定制的硬件和/或特定元件可以在硬件、軟件或者硬件和軟件中執(zhí)行。此外，雖然可以使用與其他計(jì)算設(shè)備如網(wǎng)絡(luò)輸入/輸出設(shè)備(未示出)連接，但是應(yīng)當(dāng)理解也可以利用有線、無(wú)線、調(diào)制解調(diào)器和/或與其他計(jì)算設(shè)備的其他連接或多個(gè)連接。在一方面，所述系統(tǒng)可以包含含有胰腺癌特征性生物標(biāo)記的特征的數(shù)據(jù)庫(kù)。生物標(biāo)記數(shù)據(jù)(或生物標(biāo)記信息)可以用作計(jì)算機(jī)的輸入以用作計(jì)算機(jī)執(zhí)行方法的一部分。所述生物標(biāo)記數(shù)據(jù)可以包括本文所述的數(shù)據(jù)。在一方面，所述系統(tǒng)還包含一個(gè)或多個(gè)裝置以將輸入數(shù)據(jù)提供給一個(gè)或多個(gè)處理器。所述系統(tǒng)還包含用于存儲(chǔ)分等級(jí)的數(shù)據(jù)元件的數(shù)據(jù)集合的存儲(chǔ)器。在另一方面，用于提供輸入數(shù)據(jù)的裝置包括檢測(cè)儀以檢測(cè)數(shù)據(jù)元件的特征，如質(zhì)譜儀或者基因芯片讀取器。所述系統(tǒng)還可以包含數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)。用戶請(qǐng)求或詢問(wèn)可以通過(guò)數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)理解的適當(dāng)語(yǔ)言格式化，該數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)處理所述詢問(wèn)以從訓(xùn)練集合的數(shù)據(jù)庫(kù)中提取相關(guān)信息。所述系統(tǒng)可以與網(wǎng)絡(luò)連接，所述網(wǎng)絡(luò)連接網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器以及一個(gè)或多個(gè)客戶端。網(wǎng)絡(luò)可以是本領(lǐng)域已知的局域網(wǎng)(LAN)或廣域網(wǎng)(WAN)。優(yōu)選地，服務(wù)器包括運(yùn)行計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品(如軟件)所需的硬件，以進(jìn)入數(shù)據(jù)庫(kù)數(shù)據(jù)來(lái)處理用戶請(qǐng)求。所述系統(tǒng)可以包含操作系統(tǒng)(如UNIX或Linux)，以執(zhí)行來(lái)自數(shù)據(jù)庫(kù)管理系統(tǒng)的命令。在一方面，操作系統(tǒng)可以在全球通訊網(wǎng)絡(luò)上運(yùn)行，如在國(guó)際互聯(lián)網(wǎng)上運(yùn)行，并且利用全球通訊網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器來(lái)連接這樣的網(wǎng)絡(luò)。所述系統(tǒng)可以包括這樣的一個(gè)或多個(gè)裝置，其包含圖形顯示界面，該界面包括界面元件如按鈕、下拉菜單、滾動(dòng)條、輸入文本的信息欄等，這些是本領(lǐng)域已知的圖形用戶界面的常見(jiàn)元件。用戶界面上登錄的請(qǐng)求可以傳給系統(tǒng)中的應(yīng)用程序以格式化從而在一個(gè)或多個(gè)系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫(kù)中搜尋相關(guān)信息。用戶登錄的請(qǐng)求或詢問(wèn)可以任何合適的數(shù)據(jù)庫(kù)語(yǔ)言建立。圖形用戶界面可以通過(guò)作為操作系統(tǒng)一部分的圖形用戶界面編碼產(chǎn)生，并且可以用于輸入數(shù)據(jù)和/或顯示輸入的數(shù)據(jù)。處理的數(shù)據(jù)的結(jié)果可以在界面上顯示，在與該系統(tǒng)通訊的打印機(jī)上打印，存儲(chǔ)在存儲(chǔ)裝置中，和/或上傳至網(wǎng)絡(luò)或者可以計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)的形式提供。所述系統(tǒng)可以與輸入裝置通訊，以將關(guān)于數(shù)據(jù)元件的數(shù)據(jù)提供給系統(tǒng)(如表達(dá)值)。在一方面，輸入裝置可以包括基因表達(dá)譜系統(tǒng)，包括如質(zhì)譜儀、基因芯片或陣列讀取器等。根據(jù)各個(gè)實(shí)施方案分析胰腺癌生物標(biāo)記信息的方法和設(shè)備可以通過(guò)任何合適的方式執(zhí)行，例如使用在計(jì)算機(jī)系統(tǒng)上運(yùn)行的計(jì)算機(jī)程序?？梢允褂贸Ｒ?guī)的計(jì)算機(jī)系統(tǒng)，其包含處理器和隨機(jī)存取存儲(chǔ)器，如可遠(yuǎn)程登錄的應(yīng)用服務(wù)器、網(wǎng)絡(luò)服務(wù)器、個(gè)人電腦或工作站。其他計(jì)算機(jī)系統(tǒng)部件可以包括存儲(chǔ)裝置或信息存儲(chǔ)系統(tǒng)，如大量存儲(chǔ)系統(tǒng)和用戶界面，例如常規(guī)的監(jiān)視器、鍵盤和跟蹤裝置。計(jì)算機(jī)系統(tǒng)可以是單機(jī)系統(tǒng)，或者是包含服務(wù)器以及一個(gè)或多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的計(jì)算機(jī)網(wǎng)絡(luò)的一部分。胰腺癌生物標(biāo)記分析系統(tǒng)可以提供完整數(shù)據(jù)分析的運(yùn)算(function)和運(yùn)行，如數(shù)據(jù)收集、處理、分析、報(bào)告和/或診斷。例如，在一實(shí)施方案中，計(jì)算機(jī)系統(tǒng)可以執(zhí)行計(jì)算機(jī)程序，該程序可以接收、儲(chǔ)存、搜尋、分析和報(bào)告關(guān)于胰腺癌生物標(biāo)記的信息。計(jì)算機(jī)程序可以包含進(jìn)行各種運(yùn)算或運(yùn)行的多個(gè)模塊，如處理原始數(shù)據(jù)和產(chǎn)生補(bǔ)充數(shù)據(jù)的處理模塊，以及分析原始數(shù)據(jù)和補(bǔ)充數(shù)據(jù)以產(chǎn)生胰腺癌狀態(tài)和/或診斷的分析模塊。診斷胰腺癌狀態(tài)可以包括產(chǎn)生或收集任何其他信息，包括額外的生物醫(yī)學(xué)信息、關(guān)于個(gè)體相對(duì)于疾病的狀況，鑒定是否需要進(jìn)一步檢測(cè)，或者另外評(píng)價(jià)個(gè)體的健康狀態(tài)。關(guān)于圖7，可以看出根據(jù)公開的實(shí)施方案的原理利用計(jì)算機(jī)的方法的一個(gè)實(shí)例。在圖7中，示出了流程圖3000。在模塊(block)3004中，可以檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息。所述生物標(biāo)記信息可以從計(jì)算機(jī)數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索，例如在測(cè)試個(gè)體的生物學(xué)樣品之后。生物標(biāo)記信息可以包含生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于選自由表1第2列提供的生物標(biāo)記組成的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中N＝2-65。在模塊3008中，計(jì)算機(jī)可以用于將每個(gè)生物標(biāo)記值分類。在模塊3012中，基于多個(gè)分類可以確定個(gè)體患有胰腺癌的似然性?？梢詫⒃撝甘据敵鲋溜@示器或其他顯示裝置，以供人觀察。因此，例如該指示可以在計(jì)算機(jī)的顯示器屏幕或其他輸出裝置上顯示?，F(xiàn)在關(guān)于圖8，通過(guò)流程圖3200舉例說(shuō)明了根據(jù)另一實(shí)施方案利用計(jì)算機(jī)的可選方法。在模塊3204中，可以利用計(jì)算機(jī)檢索個(gè)體的生物標(biāo)記信息。生物標(biāo)記信息包含生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記。在模塊3208中，可以用計(jì)算機(jī)將生物標(biāo)記值進(jìn)行分類。并且，在模塊3212中，基于所述分類可以對(duì)個(gè)體患有胰腺癌的似然性作出指示。可以將該指示輸出至顯示器或其他顯示裝置，以供人觀察。因此，例如該指示可以在計(jì)算機(jī)的顯示器屏幕或其他輸出裝置上顯示。本文所述的一些實(shí)施方案可以執(zhí)行以包含計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品可以包括具有包含于介質(zhì)中的計(jì)算機(jī)可讀取程序編碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，以使得應(yīng)用程序可以在具有數(shù)據(jù)庫(kù)的計(jì)算機(jī)上執(zhí)行。如本文所用，“計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品”指自然或程序設(shè)計(jì)語(yǔ)言語(yǔ)句形式的組織化的指令集合，其包含于任何性質(zhì)的物理介質(zhì)上(如書寫、電子、磁性、光學(xué)或其他性質(zhì))，并且可以與計(jì)算機(jī)或其他自動(dòng)化數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)一起使用。這樣的程序設(shè)計(jì)語(yǔ)言語(yǔ)句在由計(jì)算機(jī)或數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)執(zhí)行時(shí)，使得所述計(jì)算機(jī)或數(shù)據(jù)處理系統(tǒng)根據(jù)語(yǔ)句的特定內(nèi)容起作用。計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括但不限于：包含于計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)中的源代碼和目標(biāo)碼和/或測(cè)試或數(shù)據(jù)庫(kù)中的程序。此外，允許計(jì)算系統(tǒng)或數(shù)據(jù)處理設(shè)備以預(yù)選方式起作用的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品可以以多種形式提供，包括但不限于源代碼(originalsourcecode)、匯編碼(assemblycode)、目標(biāo)碼、機(jī)器語(yǔ)言、前述代碼的加密或壓縮形式以及任何和所有等價(jià)物。在一方面，本發(fā)明提供了一種指示胰腺癌的似然性的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值每個(gè)對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的至少N個(gè)生物標(biāo)記之一，其中N＝2-65；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。在另一方面，本發(fā)明提供了一種指示胰腺癌的似然性的計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品。所述計(jì)算機(jī)程序產(chǎn)品包括包含程序代碼的計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)，所述程序代碼可由計(jì)算裝置或系統(tǒng)的處理器執(zhí)行，所述程序代碼包括：檢索歸因于來(lái)自個(gè)體的生物學(xué)樣品的數(shù)據(jù)的代碼，其中所述數(shù)據(jù)包括生物標(biāo)記值，所述生物標(biāo)記值對(duì)應(yīng)于所述生物學(xué)樣品中選自表1第2列提供的生物標(biāo)記的組的生物標(biāo)記；以及執(zhí)行分類方法的代碼，所述分類方法將所述個(gè)體的胰腺癌狀態(tài)指示為所述生物標(biāo)記值的函數(shù)。雖然已經(jīng)描述了本發(fā)明的方法或設(shè)備的各種實(shí)施方案，但是應(yīng)當(dāng)理解所述實(shí)施方案可以通過(guò)與計(jì)算機(jī)耦合的代碼執(zhí)行，如在計(jì)算機(jī)上或可由計(jì)算機(jī)登錄的代碼。例如，軟件和數(shù)據(jù)庫(kù)可以用于執(zhí)行許多上述方法。因此，除了由硬件完成的實(shí)施方案之外，還應(yīng)當(dāng)注意到這些實(shí)施方案可以通過(guò)使用這樣的產(chǎn)品實(shí)現(xiàn)，所述產(chǎn)品包含具有在其中包含計(jì)算機(jī)可讀取程序代碼的計(jì)算機(jī)可用介質(zhì)，其允許行使本文公開的功能。因此，期望所述實(shí)施方案也可以被視為由本專利以其程序代碼方式等保護(hù)。此外，所述實(shí)施方案可以體現(xiàn)為存儲(chǔ)在實(shí)際上任何類型的計(jì)算機(jī)可讀取存儲(chǔ)器中的代碼，包括但不限于RAM、ROM、磁性介質(zhì)、光學(xué)介質(zhì)或磁-光學(xué)介質(zhì)。更通常地，所述實(shí)施方案可以在軟件或硬件或者它們的任何組合中實(shí)施，包括但不限于在通用處理器、微代碼、PLA或ASIC上運(yùn)行的軟件。還期望所述實(shí)施方案可以作為包含于載波中的計(jì)算機(jī)信號(hào)以及通過(guò)傳送介質(zhì)傳送的信號(hào)(如電信號(hào)和光信號(hào))實(shí)現(xiàn)。因此，上述各種類型的信息均可以在結(jié)構(gòu)中格式化，如數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)，并且作為電信號(hào)通過(guò)傳送介質(zhì)傳送，或者存儲(chǔ)在計(jì)算機(jī)可讀取介質(zhì)中。還應(yīng)當(dāng)注意，本文所列舉的許多結(jié)構(gòu)、材料和條文可以列舉為用于行使功能或行使功能的步驟的方式。因此，應(yīng)當(dāng)理解這樣的語(yǔ)言有權(quán)覆蓋本說(shuō)明書公開的所有的這些結(jié)構(gòu)、材料或條文以及它們的等價(jià)物，包括通過(guò)引用并入本文的內(nèi)容。關(guān)于胰腺癌，上文詳細(xì)描述了生物標(biāo)記鑒定過(guò)程、本文公開的生物標(biāo)記的利用以及確定生物標(biāo)記值的各種方法。然而，所述過(guò)程的應(yīng)用、鑒定的生物標(biāo)記的用途以及確定生物標(biāo)記值的方法完全可以應(yīng)用于其他特定類型的癌癥，一般的癌癥，任何其他疾病或醫(yī)學(xué)狀況，或者鑒定可能或可能不受益于輔助醫(yī)學(xué)治療的個(gè)體。除了當(dāng)從上下文清楚地看出指與胰腺癌相關(guān)的特定結(jié)果時(shí)，本文中提到胰腺癌可以理解為包括其他類型的癌癥、一般的癌癥或者任何其他疾病或醫(yī)學(xué)狀況。實(shí)施例下述實(shí)施例僅用于示例目的而不意圖限制所附權(quán)利要求限定的本申請(qǐng)的范圍。本文描述的所有實(shí)施例用本領(lǐng)域技術(shù)人員公知的常規(guī)標(biāo)準(zhǔn)技術(shù)進(jìn)行。下述實(shí)施例描述的常規(guī)分子生物學(xué)技術(shù)可以如標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)室手冊(cè)所述進(jìn)行，如Sambrooketal.，MolecularCloning：ALaboratoryManual，3rd.ed.，ColdSpringHarborLaboratoryPress，ColdSpringHarbor，N.Y.，(2001)。實(shí)施例1.樣品的多重適配體分析本實(shí)施例描述用于分析樣品和對(duì)照以鑒定表1第2列所列的生物標(biāo)記(見(jiàn)圖9)和鑒定表19所列的癌癥生物標(biāo)記的多重適配體測(cè)定。對(duì)于胰腺癌、肺癌和間皮瘤研究，多重分析使用823個(gè)適配體，每個(gè)對(duì)于特定靶標(biāo)是獨(dú)特的。在這個(gè)方法中，每次添加溶液均更換移液器尖頭。而且，除非另有說(shuō)明，大多數(shù)溶液轉(zhuǎn)移和洗滌添加使用BeckmanBiomekFxP的96孔頭(head)。除非另有說(shuō)明，手工移液的方法步驟使用12通道P200Pipetteman(RaininInstruments，LLC，Oakland，CA)。稱為SB17的定制緩沖液由內(nèi)部(in-house)制備，其包含40mMHEPES、100mMNaCl、5mMKCl、5mMMgCl2、1mMEDTA，pH7.5。稱為SB18的定制緩沖液由內(nèi)部制備，其包含40mMHEPES、100mMNaCl、5mMKCl、5mMMgCl2，pH7.5。除非另有說(shuō)明，所有步驟均在室溫下進(jìn)行。1.適配體儲(chǔ)液的制備對(duì)于不具有光可裂解生物素接頭的適配體，用合適的光可裂解生物素?；镌?xSB17，0.05％吐溫-20中以8x濃度制備用于10％、1％和0.03％血漿的定制適配體儲(chǔ)液，其中所得的引物濃度是相關(guān)適配體濃度的3倍。引物與全部或部分相應(yīng)適配體雜交。將3種8x適配體溶液的每一種分別以1∶4稀釋入1xSB17，0.05％吐溫-20(1500μL的8x儲(chǔ)液稀釋入4500μL的1xSB17，0.05％吐溫-20)以實(shí)現(xiàn)2x濃度。然后將每種稀釋的適配體主混合物(mastermix)分配到4個(gè)2mL螺旋蓋試管中，每個(gè)試管1500μL，并且加熱至95℃保持5分鐘，隨后在37℃下溫育15分鐘。溫育后，將對(duì)應(yīng)于特定適配體主混合物的4個(gè)2mL試管組合入試劑槽(trough)，將55μL的2x適配體混合物(對(duì)于所有三種混合物)手工移液入96孔Hybaid平板并用箔將平板密封。最終結(jié)果是3個(gè)96孔箔密封的Hybaid平板。各個(gè)適配體濃度為0.5nM。2.測(cè)定樣品制備將儲(chǔ)存在-80℃的100％血漿的冷凍等份置于25℃水浴中保持10分鐘。將融化的樣品置于冰上，溫和地渦漩(設(shè)為4)8秒鐘，然后再置于冰上。在4℃下，用50μL的8通道多通道移液器(spanningpipettor)將16μL樣品轉(zhuǎn)移至96孔Hybaid平板中以制備20％樣品溶液，每個(gè)孔含有64μL合適的樣品稀釋物(對(duì)于血漿，0.8xSB18、0.05％吐溫-20、2μMZ-block_2、0.6mMMgCl2)。將這個(gè)平板保存在冰上直至開始下一個(gè)樣品稀釋步驟。為了開始樣品和適配體平衡，將20％樣品平板短暫離心并置于BeckmanFX上，在此將其用96孔移液器上下移液來(lái)混合。然后通過(guò)將10μL的20％樣品稀釋至90μL的1xSB17，0.05％吐溫-20中來(lái)制備2％樣品。然后，將6μL所得的2％樣品稀釋至194μL的1xSB17，0.05％吐溫-20中以制備0.06％樣品平板。在BeckmanBiomekFxP上進(jìn)行稀釋。每次轉(zhuǎn)移后，通過(guò)上下移液來(lái)將溶液混合。然后，通過(guò)將55μL樣品加入到55μL合適的2x適配體混合物中，將3個(gè)樣品稀釋平板轉(zhuǎn)移至它們各自的適配體溶液。將樣品和適配體溶液通過(guò)上下移液在機(jī)器人(robot)上混合。3.樣品平衡結(jié)合將樣品/適配體平板用箔密封，并且置于37℃培養(yǎng)箱中保持3.5小時(shí)，然后進(jìn)行Catch1步驟。4.制備Catch2珠平板將5.5mL的MyOne(InvitrogenCorp.，Carlsbad，CA)鏈霉抗生物素蛋白C1珠等份(10mg/mL)用等體積的20mMNaOH洗滌2次(每次洗滌溫育5分鐘)，用等體積的1xSB17，0.05％吐溫-20洗滌3次，并且重懸浮于5.5mL的1xSB17，0.05％吐溫-20中。用12-通道(span)多通道移液器將50μL該溶液手工移液至96孔Hybaid平板的每個(gè)孔中。然后將平板用箔覆蓋，并保存在4℃用于測(cè)定。5.制備Catch1珠平板將3個(gè)0.45μm的MilliporeHV平板(Duraporemembrane，Cat#MAHVN4550)用100μL的1xSB17，0.05％吐溫-20平衡至少10分鐘。然后通過(guò)平板過(guò)濾平衡緩沖液，向每孔中加入133.3μL的7.5％鏈霉抗生物素蛋白-瓊脂糖珠漿液(于1xSB17，0.05％吐溫-20中)。為了在將鏈霉抗生物素蛋白-瓊脂糖珠轉(zhuǎn)移入濾板時(shí)保持它們懸浮，將珠溶液用200μL，12-通道移液器手工混合15次。在將珠分配于3個(gè)濾板中之后，施加真空以除去珠上清。最后，將珠在濾板中用200μL的1xSB17，0.05％吐溫-20洗滌，然后重懸于200μL的1xSB17，0.05％吐溫-20中。將濾板的底部吸干(blot)，并將平板儲(chǔ)存以用于測(cè)定。6.裝載Cytomat將cytomat用所有尖頭、平板、槽中的所有試劑(除了NHS-生物素試劑，其在即將加入到平板之前制備)、3個(gè)制備的Catch1濾板和1個(gè)制備的MyOne平板裝載。7.Catch13.5小時(shí)平衡時(shí)間之后，將樣品/適配體平板從培養(yǎng)箱中移出，離心約1分鐘，除去箔，置于BeckmanBiomekFxP平臺(tái)上。開始BeckmanBiomekFxP程序。除非另有說(shuō)明，Catch1中的所有后續(xù)步驟均由BeckmanBiomekFxP機(jī)器人完成。在該程序內(nèi)，向Catch1濾板施加真空以除去珠上清。將100微升10％、1％和0.03％平衡結(jié)合反應(yīng)的每一種加入到它們各自的Catch1濾板，每個(gè)板用即用(on-deck)軌道搖床(orbitalshaker)以800rpm混合10分鐘。通過(guò)真空過(guò)濾除去未結(jié)合的溶液。通過(guò)分配溶液并立即施加真空以使溶液通過(guò)平板過(guò)濾，將Catch1珠用190μL的1xSB17，0.05％吐溫-20中的100μM生物素洗滌，然后用190μL的1xSB17，0.05％吐溫-20洗滌。然后，將190μL的1xSB17，0.05％吐溫-20加入Catch1平板中。用即用吸干裝置(blotstation)將平板吸干以除去液滴，然后用軌道搖床在800rpm、25℃下溫育10分鐘。機(jī)器人通過(guò)真空過(guò)濾除去這個(gè)洗滌液，并且用即用吸干裝置吸干濾板底部以除去液滴。8.標(biāo)記(Tagging)將NHS-PEO4-生物素等份在37℃下融化6分鐘，然后用標(biāo)記緩沖液(pH＝7.25的SB170.05％吐溫-20)以1∶100稀釋。將NHS-PEO4-生物素試劑在無(wú)水DMSO中溶解為100mM的濃度，并且冷凍保存于-20℃。在機(jī)器人輔助下，將稀釋的NHS-PEO4-生物素試劑手工加入即用槽中，手工重新啟動(dòng)機(jī)器人程序以將100μL的NHS-PEO4-生物素分配到每個(gè)Catch1濾板的每個(gè)孔中。將這個(gè)溶液用Catch1珠在軌道搖床上以800rpm振蕩溫育5分鐘。9.動(dòng)力學(xué)攻擊(KineticChallenge)和光裂解通過(guò)向Catch1平板加入150μL的1xSB17，0.05％吐溫-20中的20mM甘氨酸來(lái)中止標(biāo)記反應(yīng)，同時(shí)仍含有NHS標(biāo)簽。然后將平板在軌道搖床上以800rpm溫育1分鐘。通過(guò)真空過(guò)濾除去NHS-標(biāo)簽/甘氨酸溶液。然后，將190μL的20mM甘氨酸(1xSB17，0.05％吐溫-20)加入到每個(gè)平板，并在軌道搖床上以800rpm溫育1分鐘，之后通過(guò)真空過(guò)濾除去。將190μL的1xSB17，0.05％吐溫-20加入到每個(gè)平板，并通過(guò)真空過(guò)濾除去。然后，通過(guò)加入190μL的1xSB17，0.05％吐溫-20，將平板置于軌道搖床上以800rpm保持1分鐘隨后真空過(guò)濾來(lái)將Catch1平板的孔洗滌3次。最后一次洗滌后，將平板置于1mL深孔平板的頂部并從平臺(tái)上移開。將Catch1平板在1000rpm下離心1分鐘以在洗脫之前從瓊脂糖珠上盡可能除去無(wú)關(guān)的體積。將平板放回BeckmanBiomekFxP上，并向?yàn)V板的每孔中加入85μL的1xSB17，0.05％吐溫-20中的10mMDxSO4。將濾板從平臺(tái)上移開，置于VariomagThermoshaker(ThermoFisherScientific，Inc.，Waltham，MA)上，在BlackRay(TedPella，Inc.，Redding，CA)光源下，以800rpm振蕩同時(shí)照射10分鐘。通過(guò)首先將10％Catch1濾板置于1mL深孔平板的頂部并以1000rpm離心1分鐘來(lái)將光裂解的溶液依次從每個(gè)Catch1平板洗脫入同一個(gè)深孔平板。然后，將1％和0.03％Catch1平板依次離心入相同的深孔平板。10.Catch2珠捕獲將含有合并的Catch1洗脫物的1mL深孔塊(block)置于用于Catch2的BeckmanBiomekFxP的平臺(tái)上。機(jī)器人將所有光裂解洗脫物從1mL深孔平板轉(zhuǎn)移至含有先前制備的Catch2MyOne磁珠的Hybaid平板上(通過(guò)磁性分離除去MyOne緩沖液后)。將溶液在VariomagThermoshaker(ThermoFisherScientific，Inc.，Waltham，MA)上于25℃以1350rpm振蕩溫育5分鐘。機(jī)器人將平板轉(zhuǎn)移至即用磁性分離器。將平板在磁體上溫育90秒，然后除去并棄去上清。11.37℃30％甘油洗滌將Catch2平板移到即用保溫?fù)u床上，并且將75μL的1xSB17，0.05％吐溫-20轉(zhuǎn)移到每孔中。將平板在37℃下以1350rpm混合1分鐘以重懸并加熱珠。在37℃下，向Catch2平板的每個(gè)孔中轉(zhuǎn)移75μL的60％甘油，并且將平板繼續(xù)在37℃下以1350rpm再混合1分鐘。機(jī)器人將平板轉(zhuǎn)移到37℃磁性分離器上，在此將其在磁體上溫育2分鐘，然后機(jī)器人除去并棄去上清。將這些洗滌再重復(fù)2次。將第三30％甘油洗滌液從Catch2珠除去后，將150μL的1xSB17，0.05％吐溫-20加入每孔中，并且在37℃下以1350rpm振蕩溫育1分鐘，然后在37℃磁體上通過(guò)磁性分離除去。將Catch2珠用150μL的1xSB19，0.05％吐溫-20在25℃下以1350rpm振蕩溫育1分鐘來(lái)進(jìn)行最后洗滌一次，然后進(jìn)行磁性分離。12.Catch2珠洗脫和中和通過(guò)向每孔加入105μL含1MNaCl，0.05％吐溫-20的100mMCAPSO來(lái)將適配體從Catch2珠洗脫。將珠用這種溶液以1350rpm振蕩溫育5分鐘。然后，將Catch2平板置于磁性分離器上保持90秒，然后將90μL洗脫物轉(zhuǎn)移至每孔含有10μL的500mMHCl、500mMHEPES、0.05％吐溫-20的新96孔平板中。轉(zhuǎn)移后，通過(guò)移液90μL上下5次來(lái)機(jī)器混合溶液。13.雜交BeckmanBiomekFxP轉(zhuǎn)移20μL中和的Catch2洗脫物至新鮮的Hybaid平板，向每孔加入5μL含有10x峰值(spike)雜交對(duì)照的10xAgilentBlock。然后，將25μL的2xAgilentHybridization緩沖液手工移液入含有中和的樣品和封閉緩沖液的平板的每孔中，并且通過(guò)手工緩慢移液25μL上下15次以避免大量泡沫形成而將溶液混合。將平板以1000rpm離心1分鐘。將gasketslide置于Agilent雜交室中，將40μL每種含有雜交和封閉溶液的樣品手工移液至每個(gè)gasket中。以減少氣泡形成的方式使用8-通道可調(diào)(variable)多通道移液器。然后將定制Agilent微陣列玻片(AgilentTechnologies，Inc.，SantaClara，CA)以條形碼朝上緩慢下降到gasketslide上(參見(jiàn)Agilent手冊(cè)的詳細(xì)描述)。將雜交室上部置于玻片/背襯(backing)夾心結(jié)構(gòu)上，將夾緊支架(clampingbracket)蓋在整個(gè)裝置上。通過(guò)旋緊螺旋來(lái)夾緊這些裝置。目視檢查每個(gè)玻片/背襯玻片夾心結(jié)構(gòu)以確保溶液氣泡可以在樣品內(nèi)自由活動(dòng)。如果氣泡不自由活動(dòng)，則輕拍雜交室裝置以釋放靠近墊片(gasket)的氣泡。將組裝的雜交室在Agilent雜交爐中在60℃下以20rpm旋轉(zhuǎn)溫育19小時(shí)。14.雜交后洗滌將約400mL的AgilentWashBuffer1置于兩個(gè)單獨(dú)的玻璃染色皿的每一個(gè)中。將一個(gè)染色皿置于磁力攪拌板上，將玻片架和攪拌棒置于緩沖液中。通過(guò)將攪拌棒置于空玻璃染色皿中來(lái)制備用于AgilentWash2的染色皿。將第四玻璃染色皿置于一旁以用于最終乙腈洗滌。分解6個(gè)雜交室中的每一個(gè)。逐個(gè)將玻片/背襯夾心結(jié)構(gòu)從其雜交室移開并浸入含有Wash1的染色皿中。用一對(duì)鑷子將玻片/背襯夾心結(jié)構(gòu)撬開，同時(shí)仍浸沒(méi)微陣列玻片。將玻片快速轉(zhuǎn)移至磁力攪拌板上的Wash1染色皿中的玻片架中。將玻片架緩慢上升和降低5次。將磁力攪拌器以低設(shè)定開啟，并且將玻片溫育5分鐘。當(dāng)Wash1剩余1分鐘時(shí)，將在培養(yǎng)箱中預(yù)熱至37℃的WashBuffer2加入第二制備的染色皿中。將玻片架快速轉(zhuǎn)移至WashBuffer2中，并且通過(guò)將其在染色皿頂部刮擦來(lái)除去玻片架底部的任何過(guò)量緩沖液。將玻片架緩慢上升和降低5次。將磁力攪拌器以低設(shè)定開啟，并且將玻片溫育5分鐘。將玻片架從Wash2中緩慢取出，將玻片從溶液中取出需要約15秒。當(dāng)在Wash2中剩余1分鐘時(shí)，將乙腈(ACN)加入第四染色皿中。將玻片架轉(zhuǎn)移至乙腈染色皿中。將玻片架緩慢上升和降低5次。將磁力攪拌器以低設(shè)定開啟，并且將玻片溫育5分鐘。將玻片架緩慢從ACN染色皿中取出并置于吸水紙上。將玻片底部邊緣快速干燥，并且將玻片置于干凈的玻片盒中。15.微陣列成像將微陣列玻片置于Agilent掃描儀玻片容器中，并根據(jù)廠商指導(dǎo)裝載至Agilent微陣列掃描儀中。將玻片在Cy3通道中以5μm分辨率在100％PMT設(shè)定及XRD選項(xiàng)為0.05的條件下成像。將所得的tiff圖像用Agilent特征抽取軟件版本10.5處理。實(shí)施例2.生物標(biāo)記鑒定進(jìn)行潛在的胰腺癌生物標(biāo)記的鑒定，用于診斷無(wú)癥狀的個(gè)體以及患有急性或慢性胰腺炎(或兩者)、胰腺梗阻、GERD、膽石或者后來(lái)發(fā)現(xiàn)為良性的異常成像的有癥狀的個(gè)體(統(tǒng)稱為GI和正常對(duì)照)中的胰腺癌。這個(gè)研究的招收標(biāo)準(zhǔn)是年齡18歲或更大，能夠簽署知情同意書，并且提供血漿樣品以及胰腺癌或良性發(fā)現(xiàn)的記錄診斷。對(duì)于病例，在治療或手術(shù)之前采集血液樣品，隨后診斷為胰腺癌。排除標(biāo)準(zhǔn)包括抽血的5年內(nèi)癌癥(除了皮膚的鱗狀細(xì)胞癌)的早期診斷或治療。血漿樣品采集自2個(gè)不同部位，并且包括143個(gè)胰腺癌樣品和115個(gè)對(duì)照組樣品。用實(shí)施例1所述的多重適配體親和測(cè)定測(cè)量和報(bào)道這些258個(gè)樣品中每一個(gè)的823個(gè)分析物的RFU值。因?yàn)檠獫{樣品在相似方案下獲得自2個(gè)獨(dú)立研究和部位，所以在生物標(biāo)記發(fā)現(xiàn)分析之前進(jìn)行位點(diǎn)差異的檢測(cè)。每個(gè)病例和對(duì)照群體分別通過(guò)產(chǎn)生823個(gè)分析物中每一個(gè)的類別依賴性累積分布函數(shù)(cdf)來(lái)比較。來(lái)自樣品的兩個(gè)集合的值之間的KS-距離(柯?tīng)柲陕宸?斯米洛夫統(tǒng)計(jì)量)是如下程度的非參數(shù)測(cè)量，即來(lái)自一個(gè)集合(集合A)的值的經(jīng)驗(yàn)分布與來(lái)自另一集合(集合B)的值的分布的差異程度。對(duì)于閾值T的任何值，來(lái)自集合A的某些比例的值小于T，并且來(lái)自集合B的某些比例的值小于T。KS-距離測(cè)量對(duì)于任何T選擇來(lái)自兩個(gè)集合的值的比例之間的最大(無(wú)符號(hào))差異。潛在生物標(biāo)記的這個(gè)集合可以用于構(gòu)建分類器，該分類器將樣品分配至對(duì)照或疾病組。事實(shí)上，許多這樣的分類器是從這些生物標(biāo)記的集合產(chǎn)生的，并且確定了任何生物標(biāo)記用于良好評(píng)分分類器的頻率。在頂級(jí)評(píng)分分類器中最常出現(xiàn)的那些生物標(biāo)記對(duì)于產(chǎn)生診斷測(cè)試是最有用的。在本實(shí)施例中，貝葉斯分類器用于開發(fā)分類空間，但是許多其他監(jiān)督學(xué)習(xí)技術(shù)可以為此目的而采用。任何單獨(dú)分類器的評(píng)分適合度使用貝葉斯表面分類器的接受者操作特征曲線下面積(ROC的AUC)而判斷，假定疾病發(fā)病率為0.5。這個(gè)評(píng)分度量從0到1變化，1是無(wú)誤差分類器。從生物標(biāo)記群體測(cè)量構(gòu)建貝葉斯分類器的細(xì)節(jié)如實(shí)施例3所述。使用表1中的65個(gè)分析物，發(fā)現(xiàn)總計(jì)973個(gè)10-分析物分類器具有診斷胰腺癌與對(duì)照組的0.90的AUC。從分類器的這個(gè)集合，發(fā)現(xiàn)總計(jì)11個(gè)生物標(biāo)記存在于30％或更多的高評(píng)分分類器中。表13提供這些潛在生物標(biāo)記的列表，并且圖10為鑒定的生物標(biāo)記的頻率圖。實(shí)施例3.胰腺癌的樸素貝葉斯分類從鑒定為可用于區(qū)分胰腺癌和對(duì)照的生物標(biāo)記列表，選擇一組10個(gè)生物標(biāo)記并構(gòu)建樸素貝葉斯分類器，見(jiàn)表16。將類別依賴性概率密度函數(shù)(pdf)p(xi|c)和p(xi|d)建模為log-正態(tài)分布函數(shù)，其中xi為生物標(biāo)記i的測(cè)量的RFU值的log，c和d指對(duì)照和疾病群體，該函數(shù)的特征在于平均值μ和方差σ2。10個(gè)生物標(biāo)記的pdf的參數(shù)列于表16，擬合為正態(tài)pdf的原始數(shù)據(jù)與模型的實(shí)例示于圖5。如圖5所示，潛在的假設(shè)看起來(lái)擬合數(shù)據(jù)非常好。這樣的模型的樸素貝葉斯分類在下述等式中給出，，其中P(d)為適合測(cè)試的群體中的疾病發(fā)病率，并且n＝10。求和中的每一項(xiàng)是單個(gè)標(biāo)記的log似然比，不患有所關(guān)注的疾病(即在這種情況下是胰腺癌)比患有該疾病的樣品的總log似然比是這些單獨(dú)項(xiàng)加上表示疾病發(fā)病率的項(xiàng)的簡(jiǎn)單加和。為簡(jiǎn)便起見(jiàn)，我們假設(shè)p(d)＝0.5，從而鑒于6.3、9.3、8.7、10.8、7.4、11.4、11.7、9.0、8.0、7.3的10個(gè)生物標(biāo)記中每一個(gè)的以log(RFU)計(jì)的未知樣品測(cè)量，分類的計(jì)算在表16中詳述。將包含疾病比對(duì)照類別的log似然比的單個(gè)組分制成表格，并且可以從表16中的參數(shù)和的值計(jì)算。個(gè)體log似然比的總和為-3.044，或者沒(méi)有疾病比患有疾病的個(gè)體的似然性為21，其中似然性e3.044＝21。前3個(gè)生物標(biāo)記值具有與疾病組更一致的似然性(log似然性＞0)，但是據(jù)發(fā)現(xiàn)剩余的7個(gè)生物標(biāo)記全部一致有利于對(duì)照組。將似然性相乘給出上述相同結(jié)果；未知樣品不患有疾病的似然性為21。事實(shí)上，這個(gè)樣品來(lái)自訓(xùn)練集合中的對(duì)照群體。實(shí)施例4.選擇用于分類器的生物標(biāo)記組的貪婪算法本實(shí)施例描述了從表1選擇生物標(biāo)記以形成可以在本文所述的任何方法中用作分類器的組。選擇表1的生物標(biāo)記的子集以構(gòu)建具有良好性能的分類器。這個(gè)方法還用于確定哪些潛在標(biāo)記包括為實(shí)施例2中的生物標(biāo)記。此處所用的分類器性能的測(cè)量是AUC；0.5的性能是隨機(jī)(拋硬幣(cointoss))分類器的基線預(yù)期值，比隨機(jī)差的分類器的評(píng)分在0.0至0.5之間，比隨機(jī)性能好的分類器的評(píng)分在0.5至1.0之間。無(wú)誤差的完美分類器具有1.0的靈敏性和1.0的特異性?？梢詫?shí)施例4的方法用于性能的其他常規(guī)測(cè)量，如F-測(cè)量、靈敏性和特異性之和或者靈敏性和特異性之積。特別地，可能想要用不同加權(quán)處理靈敏性和特異性，從而選擇具有較高特異性而損失一些靈敏性的那些分類器，或者選擇具有較高靈敏性而損失一些特異性的那些分類器。因?yàn)楸疚乃龅姆椒▋H涉及“性能”的一個(gè)測(cè)量，因此可以使用導(dǎo)致單個(gè)性能測(cè)量的任何加權(quán)方案。不同應(yīng)用對(duì)于真陽(yáng)性和真陰性發(fā)現(xiàn)會(huì)有不同益處，以及與假陽(yáng)性發(fā)現(xiàn)和假陰性發(fā)現(xiàn)相關(guān)的不同成本。例如，篩選無(wú)癥狀的高風(fēng)險(xiǎn)個(gè)體以及鑒別診斷胰腺癌與良性GI癥狀通常不具有相同的特異性與靈敏性之間的最佳平衡(trade-off)。兩種測(cè)試的不同需求通常需要對(duì)陽(yáng)性和陰性誤分類設(shè)定不同的加權(quán)，反映在性能測(cè)量中。改變性能測(cè)量通常會(huì)改變對(duì)于給定數(shù)據(jù)集合的選自表1第2列的確切標(biāo)記子集。對(duì)于實(shí)施例3所述的區(qū)分胰腺癌樣品與對(duì)照樣品的貝葉斯方法，通過(guò)生物標(biāo)記在疾病和良性訓(xùn)練樣品中的分布來(lái)將分類器完全參數(shù)化，并且生物標(biāo)記列表選自表1；即，給定訓(xùn)練數(shù)據(jù)集合，選擇包括的標(biāo)記子集以一對(duì)一的方式確定分類器。此處采用的貪婪方法用于從表1檢索最佳標(biāo)記子集。對(duì)于小數(shù)目標(biāo)記或具有較少標(biāo)記的分類器，列舉每個(gè)可能的標(biāo)記子集并評(píng)價(jià)用該特定標(biāo)記集合構(gòu)建的分類器的性能(見(jiàn)實(shí)施例4，部分2)。(這種方法在統(tǒng)計(jì)學(xué)領(lǐng)域公知為“最佳子集選擇”；參見(jiàn)例如Hastie等人)。但是，對(duì)于本文所述的分類器，多個(gè)標(biāo)記的組合的數(shù)目可能非常大，并且評(píng)價(jià)10個(gè)標(biāo)記的每個(gè)可能的集合是不可行的，因?yàn)榭梢詮膬H30個(gè)總分析物的列表產(chǎn)生30,045，015種可能的組合。因?yàn)橥ㄟ^(guò)每個(gè)標(biāo)記子集檢索不切實(shí)際，所以單個(gè)最佳子集可能不能發(fā)現(xiàn)；但是，通過(guò)使用這種方法，發(fā)現(xiàn)了許多優(yōu)異的子集，并且在許多情況下，任何這些子集可以代表最佳的子集。代替評(píng)價(jià)每個(gè)可能的標(biāo)記集合，可以進(jìn)行“貪婪”正向逐步方法(″greedy″forwardstepwiseapproach)(參見(jiàn)例如DabneyAR，StoreyJD(2007)OptimalityDrivenNearestCentroidClassificationfromGenomicData.PLoSONE2(10)：e1002.doi：10.1371/journal.pone.0001002)。使用這種方法，分類器以最佳的單個(gè)標(biāo)記(基于各個(gè)標(biāo)記的KS-距離)開始，并且在每步通過(guò)依次嘗試標(biāo)記列表中目前不是分類器中的標(biāo)記集合的成員的每個(gè)成員而成長(zhǎng)。將與現(xiàn)有分類器組合評(píng)分最佳的一個(gè)標(biāo)記加入到分類器中。重復(fù)直至不再實(shí)現(xiàn)性能的進(jìn)一步改善。不幸地，這種方法可能錯(cuò)過(guò)有價(jià)值的標(biāo)記組合，一些單獨(dú)的標(biāo)記在方法終止前沒(méi)有全部被選擇。此處使用的貪婪方法是前述正向逐步方法的加工，為了擴(kuò)大檢索，而不是在每個(gè)步驟中保持僅單個(gè)候選分類器(標(biāo)記子集)，保持候選分類器列表。該列表用每個(gè)單個(gè)標(biāo)記子集(使用表中每個(gè)標(biāo)記自身)播種。通過(guò)從目前在列表中的分類器衍生新的分類器(標(biāo)記子集)并將它們加入列表中來(lái)逐步擴(kuò)大列表。通過(guò)加入不是該分類器的部分的來(lái)自表1的任何標(biāo)記(其加入到子集不會(huì)復(fù)制現(xiàn)有子集)(這些稱為“允許標(biāo)記”)延伸目前在列表上的每個(gè)標(biāo)記子集。每個(gè)現(xiàn)有標(biāo)記子集通過(guò)來(lái)自列表的每個(gè)允許標(biāo)記延伸。很明顯，這種方法最終會(huì)產(chǎn)生每個(gè)可能的子集，并且該列表會(huì)用完空間。因此，所有產(chǎn)生的分類器僅保持到列表小于某些預(yù)定大小時(shí)(通常足以保持所有三個(gè)標(biāo)記子集)。一旦列表達(dá)到預(yù)定大小限制，其變成精英(elitist)；即，僅顯示一定水平性能的那些分類器保持在列表上，其他分類器跌落到列表末尾并被丟棄。這通過(guò)保持按照分類器性能順序分選的列表來(lái)實(shí)現(xiàn)；插入至少與目前列表上最差分類器一樣好的新的分類器，使得強(qiáng)制排除當(dāng)前末尾的后進(jìn)者。一種進(jìn)一步執(zhí)行細(xì)節(jié)是列表在每個(gè)產(chǎn)生步驟被完全置換；因此，列表上的每個(gè)分類器具有相同數(shù)目的標(biāo)記，在每個(gè)步驟每個(gè)分類器的標(biāo)記數(shù)目增加一個(gè)。由于這個(gè)方法使用不同標(biāo)記組合產(chǎn)生候選分類器列表，所以人們會(huì)詢問(wèn)是否可以組合分類器以避免可能由最佳單個(gè)分類器或由最佳分類器的少數(shù)組產(chǎn)生的誤差。這類“總體”和“專家委員會(huì)(committeeofexperts)”方法是統(tǒng)計(jì)學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)領(lǐng)域公知的，并且包括例如“Averaging”、“Voting”、“Stacking”、“Bagging”和“Boosting”(參見(jiàn)例如Hastie等人)。簡(jiǎn)單分類器的這些組合提供了通過(guò)包括一些不同分類器及因此來(lái)自生物標(biāo)記表的更大的標(biāo)記集合的信息來(lái)降低分類中由于任何特定標(biāo)記集合中的噪聲所導(dǎo)致的方差的方法，這有效地在分類器之間平均。這種方法的有用性的實(shí)例是其可以防止單個(gè)標(biāo)記中的異常值(outlier)負(fù)面影響單個(gè)樣品的分類。測(cè)量更大數(shù)目信號(hào)的需求在常規(guī)的“一次一個(gè)標(biāo)記”抗體測(cè)定中可能是不切實(shí)際的，但是對(duì)于完全多重適配體測(cè)定沒(méi)有下降趨勢(shì)(downside)。這些技術(shù)獲益于更廣泛的生物標(biāo)記表，并且使用有關(guān)疾病過(guò)程的多種信息來(lái)源以提供更穩(wěn)健的分類。表1中選擇的生物標(biāo)記給出的分類器表現(xiàn)好于用“非標(biāo)記”(即具有不滿足包括在表1中的標(biāo)準(zhǔn)的信號(hào)的蛋白(如實(shí)施例2所述))構(gòu)建的分類器。對(duì)于僅含有一個(gè)、兩個(gè)和三個(gè)標(biāo)記的分類器，用表1的生物標(biāo)記獲得的所有可能的分類器被列舉并檢查性能分布，與從隨機(jī)選擇的非標(biāo)記信號(hào)的相似表構(gòu)建的分類器進(jìn)行比較。在圖11中，AUC用作性能的測(cè)量；0.5的性能是隨機(jī)(拋硬幣)分類器的基線預(yù)期值。分類器性能的柱狀圖與來(lái)自從65個(gè)非標(biāo)記信號(hào)的“非標(biāo)記”表構(gòu)建的分類器的相似窮舉的性能的柱狀圖進(jìn)行比較；所述65個(gè)信號(hào)隨機(jī)選自未證實(shí)對(duì)照與疾病群體之間的差異信號(hào)的適配體。圖11顯示從表14的生物標(biāo)記參數(shù)構(gòu)建的所有可能的單標(biāo)記、二標(biāo)記和三標(biāo)記分類器對(duì)于可以區(qū)分對(duì)照組和胰腺癌的生物標(biāo)記的性能的柱狀圖，并且將這些分類器與用65個(gè)“非標(biāo)記”適配體RFU信號(hào)構(gòu)建的所有可能的單標(biāo)記、二標(biāo)記和三標(biāo)記分類器進(jìn)行比較。圖11A示出單標(biāo)記分類器性能的柱狀圖，圖11B示出二標(biāo)記分類器性能的柱狀圖，而圖11C示出三標(biāo)記分類器性能的柱狀圖。在圖11中，實(shí)線表示使用表14中GI和正常對(duì)照以及胰腺癌的生物標(biāo)記數(shù)據(jù)的所有單標(biāo)記、二標(biāo)記和三標(biāo)記分類器的分類器性能的柱狀圖。虛線是使用對(duì)照和胰腺癌的數(shù)據(jù)但是使用隨機(jī)非標(biāo)記信號(hào)集合的所有單標(biāo)記、二標(biāo)記和三標(biāo)記分類器的分類器性能的柱狀圖。從表1所列的標(biāo)記構(gòu)建的分類器形成了獨(dú)特的柱狀圖，對(duì)于所有單標(biāo)記、二標(biāo)記和三標(biāo)記比較，與用來(lái)自“非標(biāo)記”的信號(hào)構(gòu)建的分類器分離良好。從表1的生物標(biāo)記構(gòu)建的分類器的性能和AUC評(píng)分隨標(biāo)記數(shù)增加也比從非標(biāo)記構(gòu)建的分類器更快，隨著每個(gè)分類器標(biāo)記數(shù)增加，標(biāo)記和非標(biāo)記分類器之間的分離增加。用表14所列的生物標(biāo)記構(gòu)建的所有分類器比用“非標(biāo)記”構(gòu)建的分類器表現(xiàn)更好。分類器性能的分布顯示有許多可能的多標(biāo)記分類器可以來(lái)源于表1的分析物的集合。雖然如通過(guò)單一分析物的分類器評(píng)分的分布和AUC所證實(shí)的，一些生物標(biāo)記本身比其他生物標(biāo)記好，但是確定構(gòu)建高性能分類器是否需要這類生物標(biāo)記是可取的。為了進(jìn)行這種確定，通過(guò)去掉一定數(shù)量的最佳生物標(biāo)記來(lái)檢測(cè)分類器性能的行為。圖12比較了用表1的生物標(biāo)記的完整列表構(gòu)建的分類器的性能與用排除頂級(jí)標(biāo)記的來(lái)自表1的生物標(biāo)記的子集構(gòu)建的分類器的性能。圖12證實(shí)未用最佳標(biāo)記構(gòu)建的分類器表現(xiàn)良好，這暗示分類器的性能不是由一些小的核心組標(biāo)記所決定，并且與疾病相關(guān)的潛在過(guò)程中的變化反映在許多蛋白的活性中。表1中的許多生物標(biāo)記子集表現(xiàn)接近最佳，甚至在除去表1的65個(gè)標(biāo)記的最好的15個(gè)之后也是如此。從表1去掉15個(gè)頂級(jí)標(biāo)記(通過(guò)KS-距離評(píng)級(jí))后，分類器性能隨著選自該表的標(biāo)記的數(shù)目增加至達(dá)到幾乎0.87的AUC，與選自生物標(biāo)記的完整列表的0.91的最佳分類器評(píng)分的性能接近。最后，圖16示出根據(jù)實(shí)施例3從表14中的參數(shù)列表構(gòu)建的典型分類器的ROC性能。用CTSB、C5a、C5、CCL18和CSF1R構(gòu)建5分析物分類器。圖16A示出模型的性能，假設(shè)這些標(biāo)記的獨(dú)立性，如實(shí)施例3，并且圖16B示出從用于定義表14的參數(shù)的研究數(shù)據(jù)集合產(chǎn)生的經(jīng)驗(yàn)ROC曲線。如通過(guò)AUC證實(shí)的，可以看出給定數(shù)目的所選標(biāo)記的性能在定性上是一致的，并且定量一致性一般很好，雖然模型計(jì)算傾向于高估分類器性能。這與以下觀點(diǎn)一致，即有關(guān)疾病過(guò)程的任何特定生物標(biāo)記貢獻(xiàn)的信息與表1提供的其他生物標(biāo)記貢獻(xiàn)的信息是冗余的，而模型計(jì)算假設(shè)完全獨(dú)立性。因此圖16證實(shí)表1聯(lián)合實(shí)施例3所述的方法允許構(gòu)建和評(píng)價(jià)可用于區(qū)分胰腺癌與對(duì)照組的許多分類器。實(shí)施例5.并入CA19-9癌癥相關(guān)抗原19-9(CA19-9)是已知的胰腺癌的血清標(biāo)記。報(bào)道的CA19-9對(duì)胰腺癌的靈敏性和特異性分別為80-90％。然而，CA19-9鑒定患有小型手術(shù)可切除的癌癥的患者的準(zhǔn)確性有限。CA19-9的特異性也是有限的；CA19-9經(jīng)常在患有各種良性膽胰病癥的患者中升高。CA19-9在胰腺癌中升高的程度與長(zhǎng)期預(yù)后有關(guān)。此外，在看來(lái)患有潛在的可切除的疾病的患者中，CA19-9水平的數(shù)量級(jí)還可以有助于預(yù)測(cè)放射顯影隱匿性轉(zhuǎn)移性疾病的存在。CA19-9水平的系列監(jiān)測(cè)可用于隨訪潛在的根治性手術(shù)后的患者以及接受晚期疾病的化療的患者。升高的CA19-9水平通常在復(fù)發(fā)性疾病的放射顯影出現(xiàn)之前，但是疾病發(fā)展的證實(shí)應(yīng)當(dāng)通過(guò)成像研究和/或活組織檢查來(lái)進(jìn)行。生物標(biāo)記水平的檢測(cè)聯(lián)合CA19-9與單獨(dú)CA19-9相比，可以改善檢測(cè)胰腺癌(或其他胰腺癌相關(guān)用途)的靈敏性、特異性和/或AUC。升高的CA19-9水平據(jù)認(rèn)為是血清中35-40U/ml。我們收到了訓(xùn)練樣品的子集的臨床CA19-9測(cè)量。最初的100個(gè)病例和69個(gè)對(duì)照中，我們具有99個(gè)病例和52個(gè)對(duì)照的CA19-9測(cè)量。因此，我們利用表1中的SOMAmer的子集在樣品的這個(gè)子集上訓(xùn)練隨機(jī)森林模型的新集合。我們還訓(xùn)練新的分類器，其并入CA19-9測(cè)量與我們的SOMAmer組(合并的組)。三種不同方法(SOMAmer、CA19-9及合并的組)的分類器性能如圖13所示。SOMAmer組和CA19-9表現(xiàn)相似，然而當(dāng)這兩者合并入單個(gè)分類器時(shí)，性能顯著提高。對(duì)于100％的特異性，SOMAmer組和CA19-9具有正好低于50％的靈敏性，而合并的分類器具有約75％的靈敏性。進(jìn)一步分析顯示當(dāng)CA19-9包括在分類器中時(shí)，相同的相對(duì)性能所需的SOMAmer數(shù)目減少。圖14示出使用CA19-9以及一個(gè)或兩個(gè)額外的SOMAmer的隨機(jī)森林分類器的性能。左圖示出利用CA19-9和HAMP訓(xùn)練的模型的性能，而右圖示出CA19-9、HAMP和CTSB的性能。實(shí)施例6.臨床生物標(biāo)記組隨機(jī)森林分類器構(gòu)建自可能最適合用于臨床診斷測(cè)試的所選生物標(biāo)記的組。不像通過(guò)樸素貝葉斯貪婪正向算法選擇的模型，隨機(jī)森林分類器不假設(shè)生物標(biāo)記是隨機(jī)分布的。因此這個(gè)模型可以利用在樸素貝葉斯分類器中無(wú)效的來(lái)自表1的生物標(biāo)記。使用利用隨機(jī)森林分類器提供的基尼重要性度量的反向淘汰法選擇組。基尼重要性是生物標(biāo)記正確分類訓(xùn)練集合中的樣品的有效性的度量。生物標(biāo)記重要性的這種度量可以用來(lái)淘汰對(duì)于分類器的性能較不重要的標(biāo)記。反向淘汰法通過(guò)構(gòu)建包括表1中所有65個(gè)的隨機(jī)森林分類器開始。然后淘汰最不重要的生物標(biāo)記，并且用剩余的生物標(biāo)記構(gòu)建新模型。繼續(xù)這個(gè)過(guò)程直至僅剩單個(gè)生物標(biāo)記。所選的最終的組提供最大AUC與模型中標(biāo)記的最低數(shù)目之間的最佳平衡。滿足這些標(biāo)準(zhǔn)的10個(gè)生物標(biāo)記的組由以下分析物組成：APOA1、CTSB、C2、MMP7、HAMP、TFPI、C5、c5a、SFRP1和ETHE1。這個(gè)生物標(biāo)記組的ROC曲線的圖如圖15所示。該圖示出箭頭所示的兩種可能的決定截?cái)嘀担河邪Y狀的截?cái)嘀?，其?4％或更多的靈敏性可以與至少80％特異性一起獲得；以及無(wú)癥狀的截?cái)嘀?，其?7.5％的特異性可以與至少60％靈敏性一起獲得。實(shí)施例7.用于診斷癌癥的生物標(biāo)記鑒定用于癌癥的一般診斷的潛在生物標(biāo)記。評(píng)價(jià)來(lái)自3種不同類型的癌癥(胰腺癌、肺癌和間皮瘤)的病例和對(duì)照樣品。在采集部位中，包括標(biāo)準(zhǔn)是至少18歲，簽署知情同意書。病例和對(duì)照均排除除考慮的癌癥之外的已知惡性腫瘤。胰腺癌.病例和對(duì)照樣品如實(shí)施例2所述獲得。肺癌.病例和對(duì)照樣品獲得自3個(gè)學(xué)術(shù)癌癥中心生物數(shù)據(jù)庫(kù)(biorepositories)和一個(gè)商業(yè)生物數(shù)據(jù)庫(kù)以鑒定潛在的標(biāo)記，用于鑒別診斷非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)與高風(fēng)險(xiǎn)吸煙者的對(duì)照組和具有良性肺小結(jié)的個(gè)體。該研究由采集自吸煙者和具有良性小結(jié)的患者以及320個(gè)診斷患有NSCLC的個(gè)體的978個(gè)樣品組成。胸膜間皮瘤.病例和對(duì)照樣品獲得自學(xué)術(shù)癌癥中心數(shù)據(jù)庫(kù)以鑒定潛在的標(biāo)記，用于鑒別診斷惡性胸膜間皮瘤與具有石棉接觸史或良性肺疾病的患者，包括后來(lái)診斷為非惡性的可疑放射學(xué)發(fā)現(xiàn)。該研究由采集自接觸石棉的個(gè)體的30個(gè)樣品和采集自間皮瘤患者的41個(gè)樣品組成。癌癥生物標(biāo)記的最終列表通過(guò)組合3個(gè)不同癌癥研究中的每一個(gè)考慮的生物標(biāo)記的集合來(lái)鑒定。利用貪婪算法成功構(gòu)建了使用增加大小的生物標(biāo)記集合的貝葉斯分類器(如本實(shí)施例的7.2節(jié)更詳細(xì)地描述)。將可用于在所述癌癥類型中一般診斷癌癥的生物標(biāo)記的集合(或組)匯編為函數(shù)集合(或組)大小并分析它們的性能。這個(gè)分析導(dǎo)致表19所示的10個(gè)癌癥生物標(biāo)記的列表，其中每一個(gè)存在于這些連續(xù)標(biāo)記集合的至少一個(gè)中，所述連續(xù)標(biāo)記集合的大小為3-10個(gè)標(biāo)記。作為說(shuō)明性實(shí)例，我們描述如表32所示的由10個(gè)癌癥生物標(biāo)記組成的特定組的產(chǎn)生。7.1癌癥的樸素貝葉斯分類如本實(shí)施例的7.2節(jié)所述，從表1中生物標(biāo)記的列表，利用生物標(biāo)記選擇的貪婪算法選擇10個(gè)潛在癌癥生物標(biāo)記的組。給這3個(gè)中的每一個(gè)構(gòu)建不同的樸素貝葉斯分類器。將類別依賴性概率密度函數(shù)(pdf)、p(xi|c)和p(xi|d)建模為log-正態(tài)分布函數(shù)，其中xi為生物標(biāo)記i的測(cè)量的RFU值的log，c和d指對(duì)照和疾病群體，該函數(shù)的特征在于平均值μ和方差σ2。由10個(gè)潛在生物標(biāo)記組成的3個(gè)模型的pdf的參數(shù)如表31所列。這樣的模型的樸素貝葉斯分類在下述等式中給出，，其中P(d)為適合測(cè)試的群體中的疾病發(fā)病率，并且n＝10。求和中的每一項(xiàng)是單個(gè)標(biāo)記的log似然比，不患有所關(guān)注的疾病(即在這種情況下，來(lái)自3種不同癌癥類型的每種特定疾病)比患有該疾病的樣品的總log似然比是這些單獨(dú)項(xiàng)加上表示疾病發(fā)病率的項(xiàng)的簡(jiǎn)單加和。為簡(jiǎn)便起見(jiàn)，我們假設(shè)p(d)＝0.5，從而鑒于10.1、8.9、8.8、8.8、9.1、7.3、8.2、9.5、6.7、7.7的10個(gè)生物標(biāo)記中每一個(gè)的以log(RFU)計(jì)的未知樣品測(cè)量，分類的計(jì)算在表32中詳述。將包含疾病比對(duì)照類別的log似然比的單個(gè)組分制成表格，并且可以從表31中的參數(shù)和的值計(jì)算。個(gè)體log似然比的總和為-4.568，或者沒(méi)有疾病比患有疾病的個(gè)體的似然性為96，其中似然性e4.568＝96。僅1個(gè)生物標(biāo)記值具有與疾病組更一致的似然性(log似然性＞0)，但是據(jù)發(fā)現(xiàn)剩余的9個(gè)生物標(biāo)記全部一致有利于對(duì)照組。將似然性相乘給出上述相同結(jié)果；未知樣品不患有疾病的似然性為96。事實(shí)上，這個(gè)樣品來(lái)自NSCLC訓(xùn)練集合中的對(duì)照群體。7.2選擇用于分類器的癌癥生物標(biāo)記組的貪婪算法部分1選擇表1中生物標(biāo)記的子集以構(gòu)建潛在的分類器，其可以用來(lái)確定哪些可以用作一般癌癥生物標(biāo)記以檢測(cè)癌癥?？紤]到標(biāo)記的集合，為3個(gè)癌癥研究中的每一個(gè)訓(xùn)練不同的模型，所以需要性能的全面測(cè)量以選擇能夠同時(shí)分類許多不同類型的癌癥的生物標(biāo)記的集合。這里使用的分類器性能的測(cè)量是所有樸素貝葉斯分類器的ROC曲線下面積的平均值。ROC曲線單個(gè)分類器真陽(yáng)性率(靈敏性)對(duì)假陽(yáng)性率(1-特異性)的作圖。ROC曲線下面積(AUC)范圍為0-1.0，其中1.0的AUC對(duì)應(yīng)于完美分類，而0.5的AUC對(duì)應(yīng)于隨機(jī)(拋硬幣)分類器。可以應(yīng)用性能的其他常規(guī)測(cè)量如F-測(cè)量或者靈敏性和特異性之和或之積。特別地，可能想要用不同加權(quán)處理靈敏性和特異性，以便選擇具有較高特異性而損失一些靈敏性的那些分類器，或者選擇具有較高靈敏性而損失特異性的那些分類器。我們選擇使用AUC，因?yàn)樗趩我粶y(cè)量中涵蓋靈敏性和特異性的所有組合。不同應(yīng)用對(duì)于真陽(yáng)性和真陰性發(fā)現(xiàn)會(huì)有不同益處，并且會(huì)具有與假陽(yáng)性發(fā)現(xiàn)和假陰性發(fā)現(xiàn)相關(guān)的不同成本。改變性能測(cè)量可能改變選擇用于數(shù)據(jù)的給定集合的標(biāo)記的確切子集。對(duì)于本實(shí)施例7.1節(jié)所述的區(qū)分癌癥樣品與對(duì)照樣品的貝葉斯方法，通過(guò)生物標(biāo)記在3個(gè)癌癥研究中的每一個(gè)中的分布來(lái)將分類器完全參數(shù)化，并且生物標(biāo)記列表選自表19。即，給定訓(xùn)練數(shù)據(jù)集合，選擇包括的標(biāo)記子集以一對(duì)一的方式確定分類器。此處采用的貪婪方法用于從表1檢索最佳標(biāo)記子集。對(duì)于小數(shù)目標(biāo)記或具有較少標(biāo)記的分類器，列舉每個(gè)可能的標(biāo)記子集并評(píng)價(jià)用該特定標(biāo)記集合構(gòu)建的分類器的性能(見(jiàn)實(shí)施例4，部分2)。(這種方法在統(tǒng)計(jì)學(xué)領(lǐng)域公知為“最佳子集選擇”；參見(jiàn)例如Hastie等人)。但是，對(duì)于本文所述的分類器，多個(gè)標(biāo)記的組合的數(shù)目可能非常大，并且評(píng)價(jià)10個(gè)標(biāo)記的每個(gè)可能的集合是不可行的，因?yàn)榭梢詮膬H30個(gè)總分析物的列表產(chǎn)生30,045,015種可能的組合。因?yàn)橥ㄟ^(guò)每個(gè)標(biāo)記子集檢索不切實(shí)際，所以單個(gè)最佳子集可能不能發(fā)現(xiàn)；但是，通過(guò)使用這種方法，發(fā)現(xiàn)了許多優(yōu)異的子集，并且在許多情況下，任何這些子集可以代表最佳的子集。代替評(píng)價(jià)每個(gè)可能的標(biāo)記集合，可以進(jìn)行“貪婪”正向逐步方法(參見(jiàn)例如DabneyAR，StoreyJD(2007)OptimalityDrivenNearestCentroidClassificationfromGenomicData.PLoSONE2(10)：e1002.doi：10.1371/journal.pone.0001002)。使用這種方法，分類器以最佳的單個(gè)標(biāo)記(基于各個(gè)標(biāo)記的KS-距離)開始，并且在每步通過(guò)依次嘗試標(biāo)記列表中目前不是分類器中的標(biāo)記集合的成員的每個(gè)成員而成長(zhǎng)。將與現(xiàn)有分類器組合評(píng)分最佳的一個(gè)標(biāo)記加入到分類器中。重復(fù)直至不再實(shí)現(xiàn)性能的進(jìn)一步改善。不幸地，這種方法可能錯(cuò)過(guò)有價(jià)值的標(biāo)記組合，一些單獨(dú)的標(biāo)記在方法終止前沒(méi)有全部被選擇。此處使用的貪婪方法是前述正向逐步方法的加工，為了擴(kuò)大檢索，而不是在每個(gè)步驟中保持僅單個(gè)標(biāo)記子集，保持候選標(biāo)記集合的列表。該列表用單個(gè)標(biāo)記的列表播種。通過(guò)從目前在列表中的標(biāo)記子集衍生新的標(biāo)記子集并將它們加入列表中來(lái)逐步擴(kuò)大列表。通過(guò)加入不是該分類器的部分的來(lái)自表1的任何標(biāo)記(其加入到子集不會(huì)復(fù)制現(xiàn)有子集)(這些稱為“允許標(biāo)記”)延伸目前在列表上的每個(gè)標(biāo)記子集。每次定義標(biāo)記的新集合，利用這些標(biāo)記訓(xùn)練由每個(gè)癌癥研究各一個(gè)組成的分類器的集合，并且通過(guò)全部3個(gè)研究的平均AUC測(cè)量全面性能。為了避免潛在的過(guò)擬合，通過(guò)10倍交叉驗(yàn)證方法計(jì)算每個(gè)癌癥研究模型的AUC。每個(gè)現(xiàn)有標(biāo)記子集通過(guò)來(lái)自列表的每個(gè)允許標(biāo)記延伸。很明顯，這種方法最終會(huì)產(chǎn)生每個(gè)可能的子集，并且該列表會(huì)用完空間。因此，所有產(chǎn)生的標(biāo)記集合僅在列表小于某些預(yù)定大小時(shí)保持。一旦列表達(dá)到預(yù)定大小限制，其變成精英；即，僅顯示一定水平性能的那些分類器集合保持在列表上，其他分類器跌落到列表末尾并被丟棄。這通過(guò)保持按照分類器集合性能順序分選的列表來(lái)實(shí)現(xiàn)；插入其分類器整體上至少與目前列表上最差分類器一樣好的新標(biāo)記集合，使得強(qiáng)制排除當(dāng)前實(shí)現(xiàn)分類器集合下的末尾。一種進(jìn)一步執(zhí)行細(xì)節(jié)是列表在每個(gè)產(chǎn)生步驟被完全置換；因此，列表上的每個(gè)標(biāo)記集合具有相同數(shù)目的標(biāo)記，在每個(gè)步驟每個(gè)分類器的標(biāo)記數(shù)目增加一個(gè)。在一實(shí)施方案中，可用于構(gòu)建診斷一般癌癥與非癌癥的分類器的生物標(biāo)記的集合(或組)是基于用于分類方案的生物標(biāo)記的特定組合的平均AUC。我們鑒定了許多能夠有效分類不同癌癥樣品與對(duì)照的衍生自表19的標(biāo)記的生物標(biāo)記組合。代表性組如表22-29所示，其示出一系列3-10個(gè)生物標(biāo)記的100個(gè)不同的組，其具有所示的每組的驗(yàn)證(CV)AUC平均值。這些組的每個(gè)中每個(gè)標(biāo)記出現(xiàn)的總數(shù)目在每個(gè)表的底部示出。表19所選的生物標(biāo)記產(chǎn)生表現(xiàn)比用“非標(biāo)記”構(gòu)建的分類器更好的分類器。在圖17中，我們示出與其他可能的分類器相比的我們的10生物標(biāo)記分類器的性能。圖17A示出分類器的平均AUC分布，所述分類器構(gòu)建自10個(gè)“非標(biāo)記”的隨機(jī)采樣集合，其采自存在于所有3個(gè)研究中的10的整個(gè)集合，排除表19中的10個(gè)標(biāo)記。10個(gè)潛在的癌癥生物標(biāo)記的性能顯示為垂直虛線。這個(gè)圖清楚顯示這10個(gè)潛在的生物標(biāo)記的性能遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)其他標(biāo)記組合的分布。圖17B顯示與圖17A相似的分布，然而，隨機(jī)采樣集合限于通過(guò)10分析物分類器的貪婪生物標(biāo)記選擇方法未選擇的來(lái)自表1的55個(gè)生物標(biāo)記。這個(gè)圖證實(shí)通過(guò)貪婪算法選擇的10個(gè)標(biāo)記代表生物標(biāo)記的子集，其推廣至類型的癌癥，遠(yuǎn)優(yōu)于用剩余的55個(gè)生物標(biāo)記構(gòu)建的分類器。最后，圖18示出3個(gè)癌癥研究分類器中每一個(gè)的分類器ROC曲線。上述實(shí)施方案和實(shí)施例僅作為實(shí)例示出。沒(méi)有特定實(shí)施方案、實(shí)施例或者特定實(shí)施方案或?qū)嵤├囊乇徽J(rèn)為是任何權(quán)利要求關(guān)鍵的、需要的或必需的要素或特征。另外，本文描述的要素不是實(shí)施所附權(quán)利要求所需的，除非明確描述為“必需”或“關(guān)鍵的”?？梢詫?duì)所公開的實(shí)施方案進(jìn)行各種改變、修飾、取代和其他變化而不背離所附權(quán)利要求限定的本申請(qǐng)的范圍。包括附圖和實(shí)施例的說(shuō)明書是示例性而非限制性的，所有這樣的修飾和取代包括在本申請(qǐng)范圍內(nèi)。因此，本申請(qǐng)的范圍應(yīng)當(dāng)由所附的權(quán)利要求及其法律等價(jià)物限定而非由上述實(shí)施例限定。例如，任何方法或過(guò)程權(quán)利要求中列舉的步驟可以任何可行順序執(zhí)行而不限于任何實(shí)施方案、實(shí)施例或權(quán)利要求中的順序。另外，在任何上述方法中，表1或表19的一個(gè)或多個(gè)生物標(biāo)記可以作為單個(gè)生物標(biāo)記或作為來(lái)自任何組的生物標(biāo)記特別地排除。表1：癌癥生物標(biāo)記表1：續(xù)前頁(yè)表2：一種生物標(biāo)記的組表2：續(xù)前頁(yè)表3：二種生物標(biāo)記的組表3：續(xù)前頁(yè)表3：續(xù)前頁(yè)表4：三種生物標(biāo)記的組表4：續(xù)前頁(yè)表4：續(xù)前頁(yè)表5：四種生物標(biāo)記的組表5：續(xù)前頁(yè)表5：續(xù)前頁(yè)表6：五種生物標(biāo)記的組表6：續(xù)前頁(yè)表6：續(xù)前頁(yè)表7：六種生物標(biāo)記的組表7：續(xù)前頁(yè)表7：續(xù)前頁(yè)表7：續(xù)前頁(yè)表7：續(xù)前頁(yè)表8：七種生物標(biāo)記的組表8：續(xù)前頁(yè)表8：續(xù)前頁(yè)表8：續(xù)前頁(yè)表8：續(xù)前頁(yè)表9：八種生物標(biāo)記的組表9：續(xù)前頁(yè)表9：續(xù)前頁(yè)表9：續(xù)前頁(yè)表9：續(xù)前頁(yè)表10：九種生物標(biāo)記的組表10：續(xù)前頁(yè)表10：續(xù)前頁(yè)表10：續(xù)前頁(yè)表10：續(xù)前頁(yè)表11：十種生物標(biāo)記的組表11：續(xù)前頁(yè)表11：續(xù)前頁(yè)表11：續(xù)前頁(yè)表11：續(xù)前頁(yè)表12：生物標(biāo)記組中的標(biāo)記計(jì)數(shù)表12：續(xù)前頁(yè)表13：10標(biāo)記分類器中的分析物表14：源自樸素貝葉斯分類器訓(xùn)練組的參數(shù)表14：續(xù)前頁(yè)表15：生物標(biāo)記的示例性組合的AUC表16：源自樸素貝葉斯分類器訓(xùn)練組的計(jì)算表17：訓(xùn)練組的臨床特征表18：10生物標(biāo)記分類器蛋白質(zhì)表19：一般癌癥的生物標(biāo)記表20：一種生物標(biāo)記的組表21：二種生物標(biāo)記的組表21：續(xù)前頁(yè)表21：續(xù)前頁(yè)表22：三種生物標(biāo)記的組表22：續(xù)前頁(yè)表22：續(xù)前頁(yè)表23：四種生物標(biāo)記的組表23：續(xù)前頁(yè)表23：續(xù)前頁(yè)表24：五種生物標(biāo)記的組表24：續(xù)前頁(yè)表24：續(xù)前頁(yè)表25：六種生物標(biāo)記的組表25：續(xù)前頁(yè)表25：續(xù)前頁(yè)表25：續(xù)前頁(yè)表25：續(xù)前頁(yè)表26：七種生物標(biāo)記的組表26：續(xù)前頁(yè)表26：續(xù)前頁(yè)表26：續(xù)前頁(yè)表26：續(xù)前頁(yè)表27：八種生物標(biāo)記的組表27：續(xù)前頁(yè)表27：續(xù)前頁(yè)表27：續(xù)前頁(yè)表27：續(xù)前頁(yè)表28：九種生物標(biāo)記的組表28：續(xù)前頁(yè)表28：續(xù)前頁(yè)表28：續(xù)前頁(yè)表28：續(xù)前頁(yè)表29：十種生物標(biāo)記的組表29：續(xù)前頁(yè)表29：續(xù)前頁(yè)表29：續(xù)前頁(yè)表29：續(xù)前頁(yè)表30：生物標(biāo)記組中標(biāo)記的計(jì)數(shù)表31：源自樸素貝葉斯分類器癌癥數(shù)據(jù)組的參數(shù)表32：源自樸素貝葉斯分類器訓(xùn)練組的計(jì)算