本發(fā)明涉及生物技術(shù)領(lǐng)域，具體地，本發(fā)明涉及一種超級(jí)芯片及其制備方法和應(yīng)用。

背景技術(shù)：
全基因組測(cè)序是對(duì)已知基因組序列的物種進(jìn)行不同個(gè)體的基因組測(cè)序，并在此基礎(chǔ)上對(duì)個(gè)體或群體進(jìn)行差異性分析。一般來(lái)講，全基因組測(cè)序包括以下步驟：提取基因組DNA，隨機(jī)打斷，電泳回收所需長(zhǎng)度的DNA片段(0.2-5Kb)，加接頭,進(jìn)行基因簇制備或電子擴(kuò)增，對(duì)片段進(jìn)行測(cè)序，通過(guò)生物信息手段，分析不同個(gè)體基因組間的結(jié)構(gòu)差異，完成SNP或基因組結(jié)構(gòu)性變異查找和注釋。全基因組測(cè)序雖然在最近幾年內(nèi)的價(jià)格大幅下降，但其作為大規(guī)模的檢測(cè)變異的方法，價(jià)格仍然不菲。外顯子重測(cè)序漸漸成為一種檢驗(yàn)和疾病相關(guān)的基因的標(biāo)準(zhǔn)工具，但現(xiàn)有的芯片覆蓋的基因組的范圍較小，很多區(qū)域無(wú)法捕獲到，致使和疾病相關(guān)的一些基因無(wú)法通過(guò)外顯子測(cè)序研究。目前本領(lǐng)域內(nèi)尚缺乏能檢測(cè)多種疾病的芯片及其制備方法，因此嚴(yán)重阻礙了疾病的篩選和診斷。因此本領(lǐng)域迫切需要開(kāi)發(fā)針對(duì)多種疾病檢測(cè)和診斷的芯片及其制備方法。

技術(shù)實(shí)現(xiàn)要素：
本發(fā)明的目的是提供一種超級(jí)芯片及其應(yīng)用。本發(fā)明的另一目的是提供一種超級(jí)芯片的制備方法。在本發(fā)明的第一方面，提供了一種超級(jí)芯片，所述超級(jí)芯片包括核酸檢測(cè)區(qū)，各核酸檢測(cè)區(qū)包括多個(gè)檢測(cè)點(diǎn)，各檢測(cè)點(diǎn)固定有用于與待檢測(cè)核酸雜交的寡核苷酸探針，所述的檢測(cè)區(qū)包括：(a)外顯子檢測(cè)區(qū)；(b)Tag-SNP檢測(cè)區(qū)；和(c)白細(xì)胞抗原檢測(cè)區(qū)。在另一優(yōu)選例中，所述芯片具有固相載體，較佳地，所述的固相載體為基片或微球，更佳地，所述的固相載體為熒光微球，最佳地為聚苯乙烯微球。在另一優(yōu)選例中，所述芯片為：包括探針組合物的液相芯片。在另一優(yōu)選例中，所述檢測(cè)區(qū)還包括：(d)單基因病檢測(cè)區(qū)。在另一優(yōu)選例中，所述的單基因病選自下組：3β-羥類固醇脫氫酶缺陷癥；3-甲基巴豆酰輔酶A羧化酶缺乏癥；3-羥酰輔酶A脫氫酶缺乏癥；Alagille綜合癥(先天性膽道閉鎖綜合癥)；Alport綜合征(遺傳性腎炎)；Apert綜合征；Arts綜合征；Diamond-Blackfan貧血(先天性純紅細(xì)胞再生障礙性貧血)；Emery-Dreifuss型肌營(yíng)養(yǎng)不良；Friedreich共濟(jì)失調(diào)；Gilbert綜合癥；Jackson-Weiss顱縫早閉綜合征；Joubert綜合癥；Marshall綜合癥；Meckel綜合征；Pallister-Hall綜合征；QT間期延長(zhǎng)綜合征；Waardenburg綜合征；Weissenbacher-Zweymuller綜合征；Wolfram綜合征1型；X連鎖鐵粒幼細(xì)胞貧血；紅細(xì)胞生成性原卟啉癥；先天性角化不全癥；X連鎖型魚鱗病；X連鎖性視網(wǎng)膜色素變性3型；X連鎖隱性耳聾；X連鎖重癥聯(lián)合免疫缺陷；β地中海貧血；氨甲酰磷酸合成酶缺乏癥；巴特綜合征；半胱氨酸尿癥；半乳糖血癥；丙二酰輔酶A脫羧酶缺乏癥；丙酸血癥；丙酮酸羧化酶缺乏癥；丙酮酸脫氫酶復(fù)合物E3結(jié)合蛋白缺乏癥；丙酮酸脫氫酶磷酸酶缺乏癥；丙酮酸脫羧酶缺乏癥；長(zhǎng)鏈酰基輔酶A脫氫酶缺陷癥；常染色體顯性非綜合征型耳聾；常染色體顯性營(yíng)養(yǎng)不良性大皰性表皮松解；常染色體隱性多囊性腎??；常染色體隱性非綜合征型耳聾；成骨不全；丑胎(丑角樣魚鱗病)；板層性魚鱗?。粏渭冃匀穷^畸形；短鏈羥?；o酶A脫氫酶缺乏癥；短鏈?；o酶A脫氫酶缺乏癥；多巴反應(yīng)性肌張力障礙(張力障礙)；多發(fā)性內(nèi)分泌腺瘤?。欢喾N?；o酶A脫氫酶缺乏癥；苯丙酮尿癥；法布瑞氏癥；范可尼貧血；非酮癥性高甘氨酸血癥；腓骨肌萎縮癥；楓糖尿病(支鏈酮酸尿癥)；肝豆?fàn)詈俗冃?；高脯氨酸血癥II型；高脯氨酸血癥I型；高甲硫氨酸血癥；高鳥(niǎo)氨酸血癥；各型魚鱗?。还矟?jì)失調(diào)伴選擇性維生素E缺乏癥；共濟(jì)失調(diào)性毛細(xì)血管擴(kuò)張癥；骨硬化癥；瓜胺酸血癥；赫爾勒綜合征(粘多糖貯積病1H型)；黑斑息肉綜合征；活化蛋白C抵抗引起的易栓癥；肌-眼-腦??；極長(zhǎng)鏈酰基輔酶A脫氫酶缺乏癥；脊髓性肌萎縮(脊肌萎縮癥，SMA)；家族性腺瘤性息肉病；甲基丙二酸血癥；假性軟骨發(fā)育不全；漸凍人癥；交界型大皰性表皮松解癥,赫利茨型；角化癥掌跖病紋狀體；結(jié)節(jié)性硬化病；進(jìn)行性肌陣攣性癲癇；進(jìn)行性家族性肝內(nèi)膽汁瘀積；進(jìn)行性假肥大性肌營(yíng)養(yǎng)不良癥；精氨酸琥珀酸尿癥；精氨酸酶缺乏癥；脛骨肌營(yíng)養(yǎng)不良癥；局灶性節(jié)段性腎小球硬化癥；克拉伯?。焕野彼崃u化酶缺乏癥(Segawa綜合征)；酪氨酸血癥；硫解酶缺乏癥；馬凡綜合癥；囊性纖維化；尼曼-皮克病；尼曼-皮克病(磷脂貯積癥)；年齡相關(guān)性黃斑變性；胼胝體發(fā)育不全及周圍神經(jīng)病變；葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏癥；強(qiáng)直性肌營(yíng)養(yǎng)不良1型；肉毒堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶I缺乏癥；II缺乏癥；肉堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶Ⅱ缺乏癥；肉堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶I缺乏癥；沙勒沃伊-薩格奈常染色體隱性遺傳痙攣性共濟(jì)失調(diào)；神經(jīng)節(jié)苷脂貯積癥；神經(jīng)纖維瘤病；神經(jīng)元蠟樣質(zhì)脂褐質(zhì)沉積癥1型；腎病型胱胺酸癥；史蒂克勒氏綜合征；視網(wǎng)膜色素變性；舒-戴二氏綜合癥；雙氫嘧啶脫氫酶缺乏癥；糖原累積??；特雷徹-柯林斯綜合征；天冬氨酰葡萄糖胺尿癥；同型半胱氨酸尿癥；同型瓜氨酸尿癥綜合癥；透克氏癥；瓦登伯格綜合征；戊二酸血癥I型；先天性純巨核細(xì)胞再障血小板減少癥；先天性膽汁淤積；先天性耳聾伴甲狀腺腫大(Pendred綜合征)；先天性肌強(qiáng)直；先天性肌弛緩；先天性甲狀腺功能減退癥；先天性軟骨發(fā)育不全；先天性視網(wǎng)膜劈裂癥；先天性糖蛋白糖基化缺陷Ia型；顯性多發(fā)性骨骺發(fā)育異常(MED)；小兒異染性腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良；新生兒永久性糖尿?。恍律鷥褐旅能浌前l(fā)育不良；新生兒重癥腦病；血友??；牙本質(zhì)發(fā)育不全；延森氏綜合征；Mohr-Tranebjaerg綜合征；眼白化??；遺傳性X連鎖性痙攣性截癱；遺傳性多發(fā)性外生骨疣；軟骨肉瘤；遺傳性非息肉病性結(jié)直腸癌(Lynch綜合征)；遺傳性非息肉性結(jié)直腸癌2型；遺傳性共濟(jì)失調(diào)性多發(fā)性神經(jīng)炎樣病(Refsum綜合征)；遺傳性果糖不耐癥；遺傳性家族性顱面骨發(fā)育不全；遺傳性酪氨酸血癥1型；遺傳性乳腺癌；遺傳性顯性痙攣性截癱；遺傳性眼球萎縮??；遺傳性隱性痙攣性截癱；異戊酸血癥；隱性多發(fā)性骨骺發(fā)育異常(MED)；尤塞氏綜合癥；有汗型外胚層發(fā)育不良；幼嬰癲癇性腦??；原發(fā)性高草酸鹽尿癥2型；早年衰老綜合癥；擴(kuò)張型心肌病1A型；肢帶型肌營(yíng)養(yǎng)不良癥；粘多糖貯積癥Ⅱ型；掌跖角化病(掌跖硬化病)；肢帶型進(jìn)行性肌肉萎縮癥；中鏈?；o酶A脫氫酶缺乏癥；侏儒-面部毛細(xì)血管擴(kuò)張綜合征(布盧姆綜合征)；綜合征型耳聾；組氨酸血癥；家族性腺瘤樣息肉??；軟骨發(fā)育不良；家族性高膽固醇血癥；多指畸形；馬凡綜合癥；遺傳性舞蹈??；禿發(fā)；胱氨酸尿癥；遺傳性高度近視；抗D佝僂??；血友??；節(jié)性腦硬化綜合癥；杜氏肌營(yíng)養(yǎng)不良；進(jìn)行性肌營(yíng)養(yǎng)不良；多囊腎綜合癥；性別決定基因突變所致的性反轉(zhuǎn)，或其組合。在另一優(yōu)選例中，所述外顯子檢測(cè)區(qū)覆蓋20-100M大小的基因組區(qū)域。在另一優(yōu)選例中，所述外顯子檢測(cè)區(qū)覆蓋35M-70M大小的基因組區(qū)域，較佳地，覆蓋45M大小的基因組區(qū)域。在另一優(yōu)選例中，所述檢測(cè)區(qū)的探針特異性地針對(duì)人或非人哺乳動(dòng)物的核苷酸序列。在另一優(yōu)選例中，所述的Tag-SNP檢測(cè)區(qū)用于檢測(cè)在個(gè)人基因組中存在的SNP。在另一優(yōu)選例中，所述的用于檢測(cè)Tag-SNP的寡核苷酸探針是對(duì)泛基因組的SNP進(jìn)行聚類并挑選Tag-SNP而獲得的。在另一優(yōu)選例中，Tag-SNP的寡核苷酸探針包括序列如SEQIDNO.1-SEQIDNO.10任一所示的探針。在本發(fā)明的第二方面，提供了本發(fā)明第一方面所述超級(jí)芯片的用途，所述超級(jí)芯片用于獲取人基因組的核苷酸序列信息。在另一優(yōu)選例中，所述的核苷酸序列信息包括SNP信息。在本發(fā)明的第三方面，提供了一種超級(jí)芯片的制備方法，包括步驟：將寡核苷酸探針組成包括多個(gè)檢測(cè)點(diǎn)的檢測(cè)區(qū)，所述檢測(cè)區(qū)包括：(a1)外顯子檢測(cè)區(qū)；(b1)Tag-SNP檢測(cè)區(qū)；和(c1)白細(xì)胞抗原檢測(cè)區(qū)。在另一優(yōu)選例中，所述檢測(cè)區(qū)還包括：(d1)單基因病檢測(cè)區(qū)。在另一優(yōu)選例中，所述芯片具有固相載體，較佳地，所述固相載體為基片或微球，更佳地，所述固相載體為熒光微球，最佳地為聚苯乙烯微球。在另一優(yōu)選例中，所述芯片為：包括探針組合物的液相芯片。在另一優(yōu)選例中，所述方法還包括位于在點(diǎn)樣之前的以下步驟：(i)從數(shù)據(jù)庫(kù)中過(guò)濾篩選SNP，獲得初始SNP數(shù)據(jù)集；(ii)從初始SNP數(shù)據(jù)集中選擇標(biāo)簽SNP(Tag-SNP)；(iii)合成針對(duì)標(biāo)簽SNP的寡核苷酸。在另一優(yōu)選例中，步驟(i)中的初始SNP滿足下述條件：在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中多態(tài)性堿基型為二種的位點(diǎn)；在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中，數(shù)據(jù)缺失率<0.1的位點(diǎn)；等位基因堿基型出現(xiàn)次數(shù)大于一次的位點(diǎn)。在另一優(yōu)選例中，步驟(ii)中的Tag-SNP包括：標(biāo)準(zhǔn)的Tag-SNP部分；和Y染色體Tag-SNP部分。在另一優(yōu)選例中，標(biāo)準(zhǔn)的Tag-SNP是通過(guò)最優(yōu)聚類，根據(jù)連鎖不平衡數(shù)據(jù)，將群體多態(tài)位點(diǎn)聚類并挑選獲得的。在本發(fā)明的第四方面，提供了一種篩選標(biāo)簽SNP(Tag-SNP)的方法，包括步驟：(A)從數(shù)據(jù)庫(kù)中過(guò)濾篩選SNP，獲得初始SNP數(shù)據(jù)集；(B)從初始SNP數(shù)據(jù)集中，通過(guò)最優(yōu)聚類，根據(jù)連鎖不平衡數(shù)據(jù)，將群體多態(tài)位點(diǎn)聚類獲得，從而選出標(biāo)簽SNP。在本發(fā)明的第五方面，提供了一種試劑盒，包括一容器以及位于所述容器內(nèi)的本發(fā)明第一方面所述的超級(jí)芯片。在另一優(yōu)選例中，試劑盒還包括任選自下組的試劑：測(cè)序用引物；PCR反應(yīng)試劑及純化試劑；測(cè)序芯片；或其組合。應(yīng)理解，在本發(fā)明范圍內(nèi)中，本發(fā)明的上述各技術(shù)特征和在下文(如實(shí)施例)中具體描述的各技術(shù)特征之間都可以互相組合，從而構(gòu)成新的或優(yōu)選的技術(shù)方案。限于篇幅，在此不再一一累述。附圖說(shuō)明下列附圖用于說(shuō)明本發(fā)明的具體實(shí)施方案，而不用于限定由權(quán)利要求書所界定的本發(fā)明范圍。圖1顯示了群體多態(tài)SNP位點(diǎn)，各個(gè)點(diǎn)代表孤點(diǎn)。圖2顯示了孤點(diǎn)初始化結(jié)果，黑線代表的是連接數(shù)(此時(shí)R2閾值為0.99)，點(diǎn)1-3代表tag-SNP。圖3顯示了最優(yōu)聚類的結(jié)果，點(diǎn)1-3代表tag-SNP，孤點(diǎn)和孤點(diǎn)發(fā)生連接，直接聚集成一個(gè)新的簇，并挑選假定tag-SNP(圖3標(biāo)“a”處)；簇和孤點(diǎn)發(fā)生連接，如果可以產(chǎn)生符合條件的tag-SNP，則簇將孤點(diǎn)吞并，并更新tag-SNP，否則，不發(fā)生任何吞并(圖3標(biāo)“b”處)；簇和簇發(fā)生連接，如果可以產(chǎn)生符合條件的tag-SNP，則簇的合并，并更新tag-SNP，否則，不發(fā)生任何吞并(圖3標(biāo)“c”處)。圖4顯示了最終聚類結(jié)果，包括每個(gè)簇的組成、假定tag-SNP等信息，虛線段代表R2超過(guò)最低閾值，但是不滿足合并條件。圖5顯示了在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選例中，超級(jí)芯片(ALLINONE)的基本組成。圖6顯示了本發(fā)明超級(jí)芯片(ALLINONE)和對(duì)照組芯片(Asiom_GW_ASI)對(duì)基因組覆蓋程度檢測(cè)結(jié)果，結(jié)果表明，本發(fā)明的超級(jí)芯片對(duì)全基因組的覆蓋度會(huì)比對(duì)照(Asiom_GW_ASI)要高。圖7顯示了本發(fā)明的超級(jí)芯片(ALLINONE)和對(duì)照組芯片(Asiom_GW_ASI)的MAF分布的檢測(cè)結(jié)果，結(jié)果表明，超級(jí)芯片的MAF比對(duì)照組要低，特別在2.5%～10%這個(gè)區(qū)間尤為集中，表明超級(jí)芯片對(duì)流行病學(xué)的研究非常有利。圖8顯示了本發(fā)明的超級(jí)芯片(ALLINONE)和對(duì)照組芯片對(duì)tag-SNP覆蓋度的檢測(cè)結(jié)果。圖9顯示了超級(jí)芯片(ALLINONE)和對(duì)照組芯片對(duì)tag-SNP之間距離檢測(cè)結(jié)果，結(jié)果表明，超級(jí)芯片(ALLINONE)的tag-SNP之間的距離更接近1kb，探針距離分布比較接近SNP的自然發(fā)生距離，而且明顯比對(duì)照組Asiom_GW_ASI更密集。圖10顯示了tag-SNP單堿基深度分布圖。具體實(shí)施方式本發(fā)明人經(jīng)過(guò)廣泛而深入的研究，首次開(kāi)發(fā)了一種能夠篩選群體特異性和代表性位點(diǎn)的超級(jí)芯片(ALLINONE)，所述超級(jí)芯片至少包括外顯子檢測(cè)區(qū)，Tag-SNP檢測(cè)區(qū)，人類白細(xì)胞抗原(HLA)檢測(cè)區(qū)。所述超級(jí)芯片能夠在短時(shí)間內(nèi)檢測(cè)多種疾病，與現(xiàn)有芯片相比，疾病覆蓋率大，大大提高捕獲區(qū)域，并顯著降低了檢測(cè)成本。本發(fā)明還提供了所述芯片的制備方法和用途。在此基礎(chǔ)上完成了本發(fā)明。術(shù)語(yǔ)如本文所用，術(shù)語(yǔ)“含有”包括“具有(comprise)”、“基本上由…構(gòu)成”和“由…構(gòu)成”。如本文所用，術(shù)語(yǔ)“以上”和“以下”包括本數(shù)，例如“80%以上“指≥80%,“2%以下”指≤2%。單核苷酸多態(tài)性(SNP)SNP是指在基因組上單個(gè)核苷酸的變異，包括置換、顛換等情況。SNP形成的遺傳標(biāo)記數(shù)量很多，多態(tài)性豐富。轉(zhuǎn)換和顛換二者之比一般為2:1。SNP在CG序列上出現(xiàn)最為頻繁，而且多是C轉(zhuǎn)換為T，原因是CG中的C常為甲基化的，自發(fā)地脫氨后即成為胸腺嘧啶。它是人類可遺傳的變異中最常見(jiàn)的一種，占所有已知多態(tài)性的90%以上。正因?yàn)槿绱?，SNP成為第三代遺傳標(biāo)志，人體的許多表型差異，如對(duì)藥物或疾病的易感性等都可能與SNP有關(guān)。SNP檢測(cè)作為一個(gè)強(qiáng)有力的工具，可用于高危群體的發(fā)現(xiàn)、疾病相關(guān)基因的鑒定、藥物的設(shè)計(jì)和測(cè)試以及生物學(xué)的基礎(chǔ)研究等。大量存在的SNP位點(diǎn)，使人們有機(jī)會(huì)發(fā)現(xiàn)與各種疾病，包括腫瘤相關(guān)的基因組突變；從實(shí)驗(yàn)操作來(lái)看，通過(guò)SNP發(fā)現(xiàn)疾病相關(guān)基因突變要比通過(guò)家系來(lái)得容易；有些SNP并不直接導(dǎo)致疾病基因的表達(dá)，但由于它與某些疾病基因相鄰，而成為重要的標(biāo)記。SNP在基礎(chǔ)研究中也發(fā)揮了巨大的作用，近年來(lái)對(duì)Y染色體SNP的分析，使得在人類進(jìn)化、人類種群的演化和遷徙領(lǐng)域取得了一系列重要成果。SNP既有可能在基因序列內(nèi)，也有可能在基因以外的非編碼序列上，位于編碼區(qū)內(nèi)的SNP(codingSNP，cSNP)比較少，但它在遺傳性疾病研究中卻具有重要意義，因此cSNP的研究更受關(guān)注。SNP自身的特性決定了它非常適合于對(duì)復(fù)雜性狀與疾病的遺傳解剖以及基于群體的基因識(shí)別等方面的研究：1.SNP數(shù)量多，分布廣泛。據(jù)估計(jì)，人類基因組中每1000個(gè)核苷酸就有一個(gè)SNP，人類30億堿基中共有300萬(wàn)以上的SNPs；2.SNP適于規(guī)?；Y查，由于SNP的二態(tài)性，非此即彼，在基因組篩選中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的長(zhǎng)度，這就利于發(fā)展自動(dòng)化技術(shù)篩選或檢測(cè)SNPs；3.SNP等位基因頻率容易估計(jì)；4.易于基因分型等。單基因病如本文所用，“單基因病”一詞是指由一對(duì)等位基因控制的疾病或病理性狀，又稱孟德?tīng)栠z傳病，可以分為常染色體顯性遺傳病、常染色體隱性遺傳病、x伴性遺傳病、Y伴性遺傳病。常染色體顯性遺傳病致病基因定位于常染色體上，常見(jiàn)的亞型：完全顯性：正常純合子和雜合子的患者在表型上無(wú)差異；不完全顯性：雜合子表現(xiàn)介于顯性純合子患者和正常人之間，常表現(xiàn)為輕病型；不規(guī)則顯型：由于某種原因可使雜合子的顯性基因不表現(xiàn)出相應(yīng)的癥狀；共顯性：等位基因之間無(wú)顯性與隱性之分，在雜合體時(shí)都能表現(xiàn)兩種基因作用；延遲顯性：雜合子在生命早期顯性基因不表達(dá)，待一定年齡后才表達(dá)；從性顯性：雜合子的表達(dá)受性別的影響，在某一性別表達(dá)出相應(yīng)的表現(xiàn)型，在另一性別不表達(dá)相應(yīng)表現(xiàn)型。常染色體隱性遺傳病的常染色體上的致病基因在雜合狀態(tài)時(shí)不表現(xiàn)相應(yīng)的疾病，而只在純合子時(shí)才致病。定位于X染色體上的致病基因隨X染色體而遺傳疾病，包括X連鎖顯性遺傳和X連鎖隱性遺傳。定位于Y染色體上的致病基因隨Y染色體而遺傳疾病。適用于本發(fā)明超級(jí)芯片的單基因病包括但不限于：在另一優(yōu)選例中，所述的單基因病選自下組：3β-羥類固醇脫氫酶缺陷癥；3-甲基巴豆酰輔酶A羧化酶缺乏癥；3-羥酰輔酶A脫氫酶缺乏癥；Alagille綜合癥(先天性膽道閉鎖綜合癥)；Alport綜合征(遺傳性腎炎)；Apert綜合征；Arts綜合征；Diamond-Blackfan貧血(先天性純紅細(xì)胞再生障礙性貧血)；Emery-Dreifuss型肌營(yíng)養(yǎng)不良；Friedreich共濟(jì)失調(diào)；Gilbert綜合癥；Jackson-Weiss顱縫早閉綜合征；Joubert綜合癥；Marshall綜合癥；Meckel綜合征；Pallister-Hall綜合征；QT間期延長(zhǎng)綜合征；Waardenburg綜合征；Weissenbacher-Zweymuller綜合征；Wolfram綜合征1型；X連鎖鐵粒幼細(xì)胞貧血；紅細(xì)胞生成性原卟啉癥；先天性角化不全癥；X連鎖型魚鱗??；X連鎖性視網(wǎng)膜色素變性3型；X連鎖隱性耳聾；X連鎖重癥聯(lián)合免疫缺陷；β地中海貧血；氨甲酰磷酸合成酶缺乏癥；巴特綜合征；半胱氨酸尿癥；半乳糖血癥；丙二酰輔酶A脫羧酶缺乏癥；丙酸血癥；丙酮酸羧化酶缺乏癥；丙酮酸脫氫酶復(fù)合物E3結(jié)合蛋白缺乏癥；丙酮酸脫氫酶磷酸酶缺乏癥；丙酮酸脫羧酶缺乏癥；長(zhǎng)鏈?；o酶A脫氫酶缺陷癥；常染色體顯性非綜合征型耳聾；常染色體顯性營(yíng)養(yǎng)不良性大皰性表皮松解；常染色體隱性多囊性腎病；常染色體隱性非綜合征型耳聾；成骨不全；丑胎(丑角樣魚鱗病)；板層性魚鱗病；單純性三角頭畸形；短鏈羥?；o酶A脫氫酶缺乏癥；短鏈?；o酶A脫氫酶缺乏癥；多巴反應(yīng)性肌張力障礙(張力障礙)；多發(fā)性內(nèi)分泌腺瘤病；多種?；o酶A脫氫酶缺乏癥；苯丙酮尿癥；法布瑞氏癥；范可尼貧血；非酮癥性高甘氨酸血癥；腓骨肌萎縮癥；楓糖尿病(支鏈酮酸尿癥)；肝豆?fàn)詈俗冃?；高脯氨酸血癥II型；高脯氨酸血癥I型；高甲硫氨酸血癥；高鳥(niǎo)氨酸血癥；各型魚鱗病；共濟(jì)失調(diào)伴選擇性維生素E缺乏癥；共濟(jì)失調(diào)性毛細(xì)血管擴(kuò)張癥；骨硬化癥；瓜胺酸血癥；赫爾勒綜合征(粘多糖貯積病1H型)；黑斑息肉綜合征；活化蛋白C抵抗引起的易栓癥；肌-眼-腦病；極長(zhǎng)鏈酰基輔酶A脫氫酶缺乏癥；脊髓性肌萎縮(脊肌萎縮癥，SMA)；家族性腺瘤性息肉??；甲基丙二酸血癥；假性軟骨發(fā)育不全；漸凍人癥；交界型大皰性表皮松解癥,赫利茨型；角化癥掌跖病紋狀體；結(jié)節(jié)性硬化病；進(jìn)行性肌陣攣性癲癇；進(jìn)行性家族性肝內(nèi)膽汁瘀積；進(jìn)行性假肥大性肌營(yíng)養(yǎng)不良癥；精氨酸琥珀酸尿癥；精氨酸酶缺乏癥；脛骨肌營(yíng)養(yǎng)不良癥；局灶性節(jié)段性腎小球硬化癥；克拉伯?。焕野彼崃u化酶缺乏癥(Segawa綜合征)；酪氨酸血癥；硫解酶缺乏癥；馬凡綜合癥；囊性纖維化；尼曼-皮克??；尼曼-皮克病(磷脂貯積癥)；年齡相關(guān)性黃斑變性；胼胝體發(fā)育不全及周圍神經(jīng)病變；葡萄糖-6-磷酸脫氫酶缺乏癥；強(qiáng)直性肌營(yíng)養(yǎng)不良1型；肉毒堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶I缺乏癥；II缺乏癥；肉堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶Ⅱ缺乏癥；肉堿棕櫚酰轉(zhuǎn)移酶I缺乏癥；沙勒沃伊-薩格奈常染色體隱性遺傳痙攣性共濟(jì)失調(diào)；神經(jīng)節(jié)苷脂貯積癥；神經(jīng)纖維瘤??；神經(jīng)元蠟樣質(zhì)脂褐質(zhì)沉積癥1型；腎病型胱胺酸癥；史蒂克勒氏綜合征；視網(wǎng)膜色素變性；舒-戴二氏綜合癥；雙氫嘧啶脫氫酶缺乏癥；糖原累積??；特雷徹-柯林斯綜合征；天冬氨酰葡萄糖胺尿癥；同型半胱氨酸尿癥；同型瓜氨酸尿癥綜合癥；透克氏癥；瓦登伯格綜合征；戊二酸血癥I型；先天性純巨核細(xì)胞再障血小板減少癥；先天性膽汁淤積；先天性耳聾伴甲狀腺腫大(Pendred綜合征)；先天性肌強(qiáng)直；先天性肌弛緩；先天性甲狀腺功能減退癥；先天性軟骨發(fā)育不全；先天性視網(wǎng)膜劈裂癥；先天性糖蛋白糖基化缺陷Ia型；顯性多發(fā)性骨骺發(fā)育異常(MED)；小兒異染性腦白質(zhì)營(yíng)養(yǎng)不良；新生兒永久性糖尿病；新生兒致命的軟骨發(fā)育不良；新生兒重癥腦??；血友病；牙本質(zhì)發(fā)育不全；延森氏綜合征；Mohr-Tranebjaerg綜合征；眼白化病；遺傳性X連鎖性痙攣性截癱；遺傳性多發(fā)性外生骨疣；軟骨肉瘤；遺傳性非息肉病性結(jié)直腸癌(Lynch綜合征)；遺傳性非息肉性結(jié)直腸癌2型；遺傳性共濟(jì)失調(diào)性多發(fā)性神經(jīng)炎樣病(Refsum綜合征)；遺傳性果糖不耐癥；遺傳性家族性顱面骨發(fā)育不全；遺傳性酪氨酸血癥1型；遺傳性乳腺癌；遺傳性顯性痙攣性截癱；遺傳性眼球萎縮??；遺傳性隱性痙攣性截癱；異戊酸血癥；隱性多發(fā)性骨骺發(fā)育異常(MED)；尤塞氏綜合癥；有汗型外胚層發(fā)育不良；幼嬰癲癇性腦?。辉l(fā)性高草酸鹽尿癥2型；早年衰老綜合癥；擴(kuò)張型心肌病1A型；肢帶型肌營(yíng)養(yǎng)不良癥；粘多糖貯積癥Ⅱ型；掌跖角化病(掌跖硬化病)；肢帶型進(jìn)行性肌肉萎縮癥；中鏈?；o酶A脫氫酶缺乏癥；侏儒-面部毛細(xì)血管擴(kuò)張綜合征(布盧姆綜合征)；綜合征型耳聾；組氨酸血癥；家族性腺瘤樣息肉??；軟骨發(fā)育不良；家族性高膽固醇血癥；多指畸形；馬凡綜合癥；遺傳性舞蹈?。欢d發(fā)；胱氨酸尿癥；遺傳性高度近視；抗D佝僂??；血友??；節(jié)性腦硬化綜合癥；杜氏肌營(yíng)養(yǎng)不良；進(jìn)行性肌營(yíng)養(yǎng)不良；多囊腎綜合癥；性別決定基因突變所致的性反轉(zhuǎn)，或其組合。外顯子及外顯子組如本文所用，“外顯子”一詞是指在成熟mRNA中被保留下的部分，即成熟mRNA對(duì)應(yīng)于基因中的部分。內(nèi)含子是在mRNA加工過(guò)程中被剪切掉的部分，在成熟mRNA中不存在。外顯子和內(nèi)含子都是對(duì)于基因而言的，編碼的部分為外顯子，不編碼的為內(nèi)含子，內(nèi)含子沒(méi)有遺傳效應(yīng)。如本文所用，“外顯子組”一詞是指樣本在一定的時(shí)刻所有表達(dá)的外顯子的組合。人類白細(xì)胞抗原(HLA)人類白細(xì)胞抗原HLA是具有高度多態(tài)性的同種異體抗原，其化學(xué)本質(zhì)為一類糖蛋白，由一條α重鏈(被糖基化的)和一條β輕鏈非共價(jià)結(jié)合而成，其肽鏈的氨基端向外(約占整個(gè)分子的3/4)，羧基端穿入細(xì)胞質(zhì)，中間疏水部分在胞膜中。HLA按其分布和功能分為Ⅰ類抗原和Ⅱ類抗原。HLA的多態(tài)性極為突出。保守估計(jì)，至少存在1300個(gè)不同的單體型，相應(yīng)地約有17×107個(gè)基因型。這就是除同卵雙生子以外幾乎無(wú)HLA相同者的遺傳基礎(chǔ)，從而HLA可視作個(gè)體的“身份證”，作為疾病檢測(cè)的標(biāo)志。泛基因組(pan-genome)如本文所用，“泛基因組”一詞是某一物種全部基因的總稱，泛基因組包括核心基因組(coregenome)以及非必須基因組。核心基因組是在某一物種的群體中普遍存在的基因；非必須基因組是在部分群體中存在的基因。在實(shí)際研究中，泛基因組也可以分成核心基因組(在所有群體中都存在的基因)、非必須基因組(在2個(gè)以及2個(gè)以上的群體中存在的基因)，以及群體特有基因(strains-specificgene，即僅在某一個(gè)群體中存在的基因)。根據(jù)物種的泛基因組大小與群體數(shù)目的關(guān)系，將物種的泛基因組分為開(kāi)放型(open)泛基因組和閉合型(close)泛基因組。開(kāi)放型的泛基因組是指，隨著測(cè)序的基因組數(shù)目的增加，物種的泛基因組大小也不斷增加。閉合性的泛基因組是指，隨著測(cè)序的基因組數(shù)目增加，物種的泛基因組大小增加到一定的程度后收斂于某一值。本發(fā)明的超級(jí)芯片包括了通過(guò)pan-genome分析策略獲得的SNP數(shù)據(jù)，用于疾病檢測(cè)和篩選。芯片本發(fā)明提供了一種芯片及其制備方法。芯片包括核酸檢測(cè)區(qū)，各核酸檢測(cè)區(qū)包括多個(gè)檢測(cè)點(diǎn)，各檢測(cè)點(diǎn)固定有用于與待檢測(cè)核酸雜交的寡核苷酸探針，所述的檢測(cè)區(qū)包括：外顯子檢測(cè)區(qū)、Tag-SNP檢測(cè)區(qū)和白細(xì)胞抗原檢測(cè)區(qū)。在本發(fā)明另一優(yōu)選例中，所述芯片具有固相載體，較佳地，固相載體為基片或微球，更佳地，所述固相載體為熒光微球，最佳地為聚苯乙烯微球。在本發(fā)明的另一優(yōu)選例中，所述芯片為包括探針組合物的液相芯片。超級(jí)芯片(ALLINONE)本發(fā)明提供了一種超級(jí)芯片，所述芯片表面的探針?lè)N類可達(dá)上百萬(wàn)種，能一次對(duì)同一個(gè)待測(cè)樣品檢測(cè)多種疾病。該超級(jí)芯片能覆蓋人類的外顯子區(qū)域和多達(dá)幾百種疾病相關(guān)的基因，大約150M的基因區(qū)域。該超級(jí)芯片具有外顯子檢測(cè)區(qū)，Tag-SNP檢測(cè)區(qū)，人類白細(xì)胞抗原(HLA)檢測(cè)區(qū)，在一個(gè)優(yōu)選例中，還包括單基因病致病基因檢測(cè)區(qū)。本發(fā)明超級(jí)芯片的外顯子檢測(cè)區(qū)包括目前最新的約50M大小的基因組區(qū)域，提供功能基因相關(guān)變異信息；Tag-SNP檢測(cè)區(qū)涵蓋人種中的代表性信息，該部分通過(guò)對(duì)現(xiàn)有公共SNP數(shù)據(jù)以及泛基因組(pan-genome)分析策略獲得的數(shù)據(jù)進(jìn)行篩選得到，對(duì)挖掘研究樣品中群體特異性基因組信息有顯著價(jià)值；ALLINONE還整合了整個(gè)HLA區(qū)域的信息。由于該區(qū)域和疾病的發(fā)生以及免疫具有密切關(guān)系，因此該部分信息的涵蓋無(wú)論對(duì)人類疾病的機(jī)理研究還是藥物研發(fā)具有重要意義。在一個(gè)優(yōu)選例中，還可以把已經(jīng)確認(rèn)的致病基因，尤其是孟德?tīng)柤膊≈虏』蛭稽c(diǎn)設(shè)計(jì)到ALLINONE中，從而提供更豐富的數(shù)據(jù)。本發(fā)明還提供了一種超級(jí)芯片的制備方法，包括步驟：將寡核苷酸探針組成包括多個(gè)檢測(cè)點(diǎn)的檢測(cè)區(qū)，所述檢測(cè)區(qū)包括：(a1)外顯子檢測(cè)區(qū)；(b1)Tag-SNP檢測(cè)區(qū)；和(c1)白細(xì)胞抗原檢測(cè)區(qū)。在另一優(yōu)選例中，所述檢測(cè)區(qū)還包括：(d1)單基因病檢測(cè)區(qū)。在另一優(yōu)選例中，所述芯片具有固相載體，較佳地，固相載體包括基片或微球，更佳地，所述微球?yàn)闊晒馕⑶颍罴训貫榫郾揭蚁┪⑶?。在另一?yōu)選例中，所述芯片為包括探針組合物的液相芯片。外顯子數(shù)據(jù)來(lái)源基于ensembl，refgene，CCDS及genecode數(shù)據(jù)的庫(kù)整合。ensembl:ftp://ftp.ensembl.org/pub/current/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.61.gtf.gzrefgene:ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/database/refGene.txt.gzCCDS:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/pub/CCDS/current_human/CCDS.current.txtgenecode:ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub/gencode/exome/GENCODE_exome_design_target.gtf.gzHLA區(qū)域數(shù)據(jù)來(lái)源：http://www.ebi.ac.uk/imgt/hla/單基因病致病基因區(qū)域數(shù)據(jù)來(lái)源于孟德?tīng)栐诰€：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim，http://omim.org/這些外顯子、HLA區(qū)域以及單基因病致病基因區(qū)域的數(shù)據(jù)庫(kù)的信息可通過(guò)公開(kāi)途徑獲得。在一個(gè)優(yōu)選例中，所述方法還包括位于在點(diǎn)樣之前的以下步驟：i.從數(shù)據(jù)庫(kù)中過(guò)濾篩選SNP，獲得初始SNP數(shù)據(jù)集；ii.從初始SNP數(shù)據(jù)集中選擇標(biāo)簽SNP；iii.合成針對(duì)標(biāo)簽SNP的寡核苷酸。在步驟(i)中，初始SNP滿足下列三個(gè)條件：在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中多態(tài)性堿基型為二種的位點(diǎn)；在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中，數(shù)據(jù)缺失率<0.1的位點(diǎn)；等位基因堿基型出現(xiàn)次數(shù)大于一次的位點(diǎn)。在步驟(ii)中，Tag-SNP包括標(biāo)準(zhǔn)的Tag-SNP部分和Y染色體Tag-SNP部分。探針如本文所用，“探針”一詞是指能夠檢測(cè)互補(bǔ)核酸序列的簡(jiǎn)單DNA或RNA分子。探針必須是純凈的，而且不受其他不同序列核酸的影響。典型的探針是克隆的DNA序列或通過(guò)PCR擴(kuò)增獲得的DNA，人工合成的寡核苷酸或從體外轉(zhuǎn)錄克隆DNA序列后獲得的RNA，也可以作為探針。探針長(zhǎng)度可以從20-120mer，較佳地50-100mer，更佳地60-90mer。探針設(shè)計(jì)和合成方法為本領(lǐng)域技術(shù)人員所熟知，根據(jù)單基因病的已知的致病基因的外顯子及其前后兩端序列(較佳地前后200bp左右)，設(shè)計(jì)探針。在一個(gè)優(yōu)選例中，探針長(zhǎng)度50-80mer?？梢允褂萌斯せ瘜W(xué)合成法合成探針或使用市售探針。本發(fā)明的核酸探針根據(jù)Tag-SNP設(shè)計(jì)而來(lái)，如，Tag-SNP的寡核苷酸探針包括序列如SEQIDNO.1-SEQIDNO.10任一所示的探針。引物如本文所用，術(shù)語(yǔ)“引物”指的是能與模板互補(bǔ)配對(duì)，在DNA聚合酶的作用合成與模板互補(bǔ)的DNA鏈的寡聚核苷酸的總稱。引物可以是天然的RNA、DNA，也可以是任何形式的天然核苷酸，引物甚至可以是非天然的核苷酸如LNA或ZNA等。引物“大致上”(或“基本上”)與模板上一條鏈上的一個(gè)特殊的序列互補(bǔ)。引物必須與模板上的一條鏈充分互補(bǔ)才能開(kāi)始延伸，但引物的序列不必與模板的序列完全互補(bǔ)。比如，在一個(gè)3’端與模板互補(bǔ)的引物的5’端加上一段與模板不互補(bǔ)的序列，這樣的引物仍大致上與模板互補(bǔ)。只要有足夠長(zhǎng)的引物能與模板充分的結(jié)合，非完全互補(bǔ)的引物也可以與模板形成引物-模板復(fù)合物，從而進(jìn)行擴(kuò)增。高通量測(cè)序基因組的“再測(cè)序”使得人類能夠盡早地發(fā)現(xiàn)與疾病相關(guān)基因的異常變化，有助于對(duì)個(gè)體疾病的診斷和治療進(jìn)行深入的研究。本領(lǐng)域技術(shù)人員通?？梢圆捎萌N第二代測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行高通量測(cè)序：454FLX(Roche公司)、SolexaGenomeAnalyzer(Illumina公司)和AppliedBiosystems公司的SOLID等。這些平臺(tái)共同的特點(diǎn)是極高的測(cè)序通量，相對(duì)于傳統(tǒng)測(cè)序的96道毛細(xì)管測(cè)序，高通量測(cè)序一次實(shí)驗(yàn)可以讀取40萬(wàn)到400萬(wàn)條序列，根據(jù)平臺(tái)的不同，讀取長(zhǎng)度從25bp到450bp不等，因此不同的測(cè)序平臺(tái)在一次實(shí)驗(yàn)中，可以讀取1G到14G不等的堿基數(shù)。其中，Solexa高通量測(cè)序包括DNA簇形成和上機(jī)測(cè)序兩個(gè)步驟：PCR擴(kuò)增產(chǎn)物的混合物與固相載體上固定的測(cè)序探針進(jìn)行雜交，并進(jìn)行固相橋式PCR擴(kuò)增，形成測(cè)序簇；對(duì)所述測(cè)序簇用“邊合成-邊測(cè)序法”進(jìn)行測(cè)序，從而得到樣本中核酸分子的核苷酸序列。DNA簇的形成是使用表面連有一層單鏈引物(primer)的測(cè)序芯片(flowcell),單鏈狀態(tài)的DNA片段通過(guò)接頭序列與芯片表面的引物通過(guò)堿基互補(bǔ)配對(duì)的原理被固定在芯片的表面，通過(guò)擴(kuò)增反應(yīng)，固定的單鏈DNA變?yōu)殡p鏈DNA，雙鏈再次變性成為單鏈，其一端錨定在測(cè)序芯片上，另一端隨機(jī)和附近的另一個(gè)引物互補(bǔ)從而被錨定，形成“橋”；在測(cè)序芯片上同時(shí)有上千萬(wàn)個(gè)DNA單分子發(fā)生以上的反應(yīng)；形成的單鏈橋，以周圍的引物為擴(kuò)增引物，在擴(kuò)增芯片的表面再次擴(kuò)增，形成雙鏈，雙鏈經(jīng)變性成單鏈，再次成為橋，稱為下一輪擴(kuò)增的模板繼續(xù)擴(kuò)增；反復(fù)進(jìn)行了30輪擴(kuò)增后，每個(gè)單分子得到1000倍擴(kuò)增，稱為單克隆的DNA簇。DNA簇在Solexa測(cè)序儀上進(jìn)行邊合成邊測(cè)序，測(cè)序反應(yīng)中，四種堿基分別標(biāo)記不同的熒光，每個(gè)堿基末端被保護(hù)堿基封閉，單次反應(yīng)只能加入一個(gè)堿基，經(jīng)過(guò)掃描，讀取該次反應(yīng)的顏色后，該保護(hù)集團(tuán)被除去，下一個(gè)反應(yīng)可以繼續(xù)進(jìn)行，如此反復(fù)，即得到堿基的精確序列。在Solexa多重測(cè)序(MultiplexedSequencing)過(guò)程中會(huì)使用Index(標(biāo)簽)來(lái)區(qū)分樣品，并在常規(guī)測(cè)序完成后，針對(duì)Index部分額外進(jìn)行7個(gè)循環(huán)的測(cè)序，通過(guò)Index的識(shí)別，可以在1條測(cè)序甬道中區(qū)分12種不同的樣品。Tag-SNP的篩選方法此外，本發(fā)明還提供了一種Tag-SNP的篩選方法。在一個(gè)優(yōu)選例中，所述方法包括步驟：i.從數(shù)據(jù)庫(kù)中過(guò)濾篩選SNP，獲得初始SNP數(shù)據(jù)集；ii.從初始SNP數(shù)據(jù)集中，通過(guò)最優(yōu)聚類，根據(jù)連鎖不平衡數(shù)據(jù)，將群體多態(tài)位點(diǎn)聚類獲得，從而選出Tag-SNP。試劑盒本發(fā)明還提供了一種試劑盒，所述試劑盒包括：容器以及位于容器內(nèi)本發(fā)明的超級(jí)芯片。在本發(fā)明的一個(gè)優(yōu)選例中，試劑盒還包括任選自下組的試劑：測(cè)序用引物；PCR反應(yīng)試劑及純化試劑；測(cè)序芯片；或其組合。本發(fā)明的主要優(yōu)點(diǎn)1.本發(fā)明的超級(jí)芯片整合多種檢測(cè)區(qū)域，如外顯子檢測(cè)區(qū)，Tag-SNP檢測(cè)區(qū)，人類白細(xì)胞抗原(HLA)檢測(cè)區(qū)，以及單基因病檢測(cè)區(qū)等；2.該超級(jí)芯片疾病覆蓋率大，能夠在短時(shí)間內(nèi)檢測(cè)多達(dá)300種或更多種類的疾病。與現(xiàn)有芯片相比，大大提高捕獲區(qū)域，疾病覆蓋率大，檢測(cè)完全；3.與全基因測(cè)序相比，大大降低了檢測(cè)成本。下面結(jié)合具體實(shí)施例，進(jìn)一步闡述本發(fā)明。應(yīng)理解，這些實(shí)施例僅用于說(shuō)明本發(fā)明而不用于限制本發(fā)明的范圍。下列實(shí)施例中未注明具體條件的實(shí)驗(yàn)方法，通常按照常規(guī)條件如Sambrook等人，分子克?。簩?shí)驗(yàn)室手冊(cè)(NewYork:ColdSpringHarborLaboratoryPress,1989)中所述的條件，或按照制造廠商所建議的條件。實(shí)施例1原始數(shù)據(jù)準(zhǔn)備從千人SNP數(shù)據(jù)庫(kù)(http://www.1000genomes.org/，release/20100804)中挑選93個(gè)中國(guó)人(68個(gè)北方漢族人和25個(gè)南方漢族人)的SNP數(shù)據(jù)，并將挑選出的SNP數(shù)據(jù)集按以下三個(gè)條件過(guò)濾：在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中多態(tài)性堿基型為二種的位點(diǎn)；在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中，數(shù)據(jù)缺失率<0.1的位點(diǎn)；等位基因堿基型出現(xiàn)次數(shù)大于一次的位點(diǎn)。滿足以上3個(gè)條件的位點(diǎn)將構(gòu)成初始的SNP數(shù)據(jù)集。實(shí)施例2選取tag-SNP1.標(biāo)準(zhǔn)tag-SNP部分利用haploview軟件計(jì)算兩兩tag-snp位點(diǎn)之間的連鎖不平衡R2值。參數(shù)如下：java-jarhaploview.jar-n-memory25000-dprime-blockoutputALL-maxDistance100-minMAF0.01-pairwiseTagging通過(guò)最優(yōu)聚類，根據(jù)連鎖不平衡數(shù)據(jù)，將群體多態(tài)位點(diǎn)聚類，然后再?gòu)木垲惤Y(jié)果中挑選合適的位點(diǎn)充當(dāng)tag-SNP。最優(yōu)聚類過(guò)程為：將基因組中沒(méi)有個(gè)群體多態(tài)SNP位點(diǎn)理解為“孤點(diǎn)”(point)，當(dāng)兩個(gè)SNP之間的R2達(dá)到預(yù)定閾值后，則認(rèn)為此兩點(diǎn)之間有“關(guān)聯(lián)”(linkage)，可以用線段連接，然后通過(guò)特定條件“聚集”，形成“簇”(cluster)；當(dāng)R2閾值從大到小，一直遞減至預(yù)設(shè)值，簇之間無(wú)法再發(fā)生吞并，整個(gè)最優(yōu)聚類結(jié)束。所有能成功設(shè)置探針的標(biāo)準(zhǔn)tag-SNP在配套結(jié)果文件中，標(biāo)注為“Reason=R0”。詳細(xì)過(guò)程如下：a.讀入所有多態(tài)SNP位點(diǎn)的信息，包括位置、等位基因頻率和R2(只記錄大于或等于預(yù)定R2閾值的信息)，得到散在的孤點(diǎn)圖。圖1中黑點(diǎn)代表群體多態(tài)SNP位點(diǎn)。b.初始化：將所有兩兩R2大于或等于0.99的所有孤點(diǎn)連接(完全不考慮在基因組中的位置關(guān)系)，并默認(rèn)為最初的簇，在這個(gè)簇中挑選假定的tag-SNP(圖2)。圖2中黑線代表的是連接數(shù)(此時(shí)R2閾值為0.99)，點(diǎn)1-3代表tag-SNP。c.最優(yōu)聚類：降低一個(gè)步長(zhǎng)的R2閾值，從染色體起點(diǎn)到終點(diǎn)，將可能出現(xiàn)新的連接，出現(xiàn)的新的連接可以歸為下述三類：孤點(diǎn)和孤點(diǎn)發(fā)生連接，直接聚集成一個(gè)新的簇，并挑選假定tag-SNP；(圖3標(biāo)“a”處)；簇和孤點(diǎn)發(fā)生連接，如果可以產(chǎn)生符合條件的tag-SNP，則簇將孤點(diǎn)吞并，并更新tag-SNP，否則，不發(fā)生任何吞并(圖3標(biāo)“b”處)；簇和簇發(fā)生連接，如果可以產(chǎn)生符合條件的tag-SNP，則簇的合并，并更新tag-SNP，否則，不發(fā)生任何吞并(圖3標(biāo)“c”處)。循環(huán)直到在給定R2閾值內(nèi)沒(méi)有出現(xiàn)任何吞并現(xiàn)象；進(jìn)入下一個(gè)R2閾值。d.輸出最終聚類結(jié)果，包括每個(gè)簇的組成、假定tag-SNP等信息。圖4中虛線段代表R2超過(guò)最低閾值，但是不滿足合并條件。e.挑選tag-SNP不考慮所有無(wú)法合并到“簇”的孤點(diǎn)，直接選取假定的tag-SNP，或者根據(jù)聚類信息重新選取tag-SNP。2.挑選假定tag-SNP的標(biāo)準(zhǔn)挑選假定tag-SNP的標(biāo)準(zhǔn)，條件按優(yōu)先級(jí)從高到低排列：在本簇中，連接最多，而且代表率=(連接數(shù)+1)/本簇的孤點(diǎn)數(shù)，代表率＞預(yù)設(shè)值；次等位基因頻率(MAF)最接近0.1；對(duì)基因組的覆蓋度最大。3.相關(guān)參數(shù)R2下限：0.8；MAF最小值0.05；代表率最小值0.85。4.其他補(bǔ)全或者過(guò)濾部分由于除去外顯子區(qū)的標(biāo)準(zhǔn)tag-SNP(一些并不是隨機(jī)的自由組合，而是更加傾向于連在一起連鎖不平衡的位點(diǎn)形成的區(qū)域，這個(gè)區(qū)域中比較有代表性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn))，對(duì)基因組的覆蓋度有限，為了提供更好基因組覆蓋度，本發(fā)明人將所有剩余的孤點(diǎn)，按照其對(duì)全基因組的覆蓋率排序，取其前若干作為補(bǔ)充；結(jié)果文件中標(biāo)記為“Reason=R1”。在過(guò)濾外顯子區(qū)tag-SNP(一些并不是隨機(jī)的自由組合，而是更加傾向于連在一起連鎖不平衡的位點(diǎn)形成的區(qū)域，這個(gè)區(qū)域中比較有代表性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn))時(shí)，因?yàn)椴槐仡~外設(shè)計(jì)探針，會(huì)將部分位點(diǎn)刪除；結(jié)果文件中標(biāo)記為“Reason=R3”。在第一輪設(shè)計(jì)的時(shí)候，將tag-SNP(一些并不是隨機(jī)的自由組合，而是更加傾向于連在一起連鎖不平衡的位點(diǎn)形成的區(qū)域，這個(gè)區(qū)域中比較有代表性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn))集合與以往基于黃種人的GWAS(全基因組關(guān)聯(lián)分析)(全基因組關(guān)聯(lián)分析)結(jié)果進(jìn)行了比較，在覆蓋度達(dá)到99%以上的情況下，剩余的1%則沒(méi)有出現(xiàn)在7Mb多態(tài)位點(diǎn)中(可能MAF(次等位基因頻率)太低)；直接將這1%的位點(diǎn)補(bǔ)全到第二輪設(shè)計(jì)里面，在結(jié)果文件中標(biāo)記為“Reason=R4”。在第一輪設(shè)計(jì)后，將tag-SNP(一些并不是隨機(jī)的自由組合，而是更加傾向于連在一起連鎖不平衡的位點(diǎn)形成的區(qū)域，這個(gè)區(qū)域中比較有代表性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn))集合與基于此7Mb多態(tài)位點(diǎn)Haploview運(yùn)行結(jié)果中的tag-snp(一些并不是隨機(jī)的自由組合，而是更加傾向于連在一起連鎖不平衡的位點(diǎn)形成的區(qū)域，這個(gè)區(qū)域中比較有代表性的單核苷酸多態(tài)性位點(diǎn))結(jié)果進(jìn)行比較，在覆蓋度達(dá)到75%以上的情況下，剩余的部分補(bǔ)全到第二輪設(shè)計(jì)里面，在結(jié)果文件中標(biāo)記為“Reason=R5”。如果兩個(gè)SNP(單核苷酸多態(tài)性)之間的距離小于60-bp，則會(huì)去掉MAF(次等位基因頻率)比較小的那個(gè)；因?yàn)樵诓东@時(shí)也能正常被捕獲，故結(jié)果文件中未有標(biāo)注。Tag-SNP成簇歸類的例子cluster的格式>92472[block起點(diǎn)]94288[block終點(diǎn)]snp=3[SNP數(shù)目]M_rs6560827[建議tag]0.279569892473118[建議tag的MAF]M_rs6560827[SNP編號(hào)]10[染色體]93603[位置]2[能代表的SNP數(shù)]MAF=0.279569892473118[MAF]5.Y染色體部分直接引用了Hapmap3在Y染色體上的所有多態(tài)位點(diǎn)。實(shí)施例31.基本評(píng)估為了得到更加科學(xué)可觀的結(jié)果，本實(shí)施例的評(píng)估引用了Agilent公司(美國(guó))基于千人中亞洲人的數(shù)據(jù)研發(fā)的GWAS芯片Asiom_GW_ASI(598K)作為對(duì)照。2.芯片基本組成本實(shí)施例中芯片的基本組成見(jiàn)表1。圖5顯示了芯片的基本能組成結(jié)構(gòu)。表13.對(duì)基因組覆蓋程度檢測(cè)對(duì)基因組覆蓋程度檢測(cè)結(jié)果(圖6)表明，芯片對(duì)全基因組的覆蓋度比對(duì)照(Asiom_GW_ASI)要高，可能的原因在于：一方面基于的數(shù)據(jù)集以及設(shè)計(jì)選取tag-snp的方法不一樣，另一方面由于評(píng)價(jià)所用的tag-snp位點(diǎn)數(shù)的差異。4.MAF分布檢測(cè)對(duì)MAF分布的檢測(cè)結(jié)果(圖7)表明，總體而言，本發(fā)明芯片的MAF比對(duì)照組Agilent公司的Asiom_GW_ASI要低，特別在2.5%～10%這個(gè)區(qū)間尤為集中，對(duì)流行病學(xué)的研究非常有利。5.tag-SNP之間距離檢測(cè)圖8顯示了本發(fā)明的超級(jí)芯片(ALLINONE)和對(duì)照組芯片對(duì)tag-SNP覆蓋度的檢測(cè)結(jié)果。圖9顯示了超級(jí)芯片(ALLINONE)和對(duì)照組芯片對(duì)tag-SNP之間距離檢測(cè)結(jié)果，結(jié)果表明，超級(jí)芯片(ALLINONE)的tag-SNP之間的距離更接近1kb，探針距離分布比較接近SNP的自然發(fā)生距離，而且明顯比對(duì)照組Asiom_GW_ASI更密集。實(shí)施例4驗(yàn)證1.實(shí)驗(yàn)材料：1MtagSNP液相芯片(130M)參考序列基因組：人類hg19參考序列2.方法：從千人SNP數(shù)據(jù)庫(kù)中挑選93個(gè)中國(guó)人(68個(gè)北方漢族人和25個(gè)南方漢族人)的SNP數(shù)據(jù)，并將挑選出的SNP數(shù)據(jù)集按照以下三個(gè)條件過(guò)濾：在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中多態(tài)性堿基型為二種的位點(diǎn)；在數(shù)據(jù)庫(kù)所選人群中，數(shù)據(jù)缺失率<0.1的位點(diǎn)；等位基因堿基型出現(xiàn)次數(shù)大于一次的位點(diǎn)。3.挑選tag-SNP，得到1Mtag-SNP的液相芯片，本實(shí)施例的芯片可以捕獲大概130M的人類基因組區(qū)域。用此芯片捕獲YH(炎黃)樣本并分析得到如表2所述的信息數(shù)據(jù)。表2Tag-SNP單堿基深度分布如圖10所示。根據(jù)圖10及表2數(shù)據(jù)可以看出挑選的區(qū)域被覆蓋情況良好。因此本方法挑選出的位點(diǎn)設(shè)計(jì)而成的芯片捕獲區(qū)域大大提高，成本又大為降低。實(shí)施例5試劑盒本發(fā)明還提供了一種試劑盒，所述試劑盒包括：(1)第一容器以及位于容器內(nèi)的超級(jí)芯片；(2)第二容器以及位于容器內(nèi)的測(cè)序用引物；(3)第三容器以及位于容器內(nèi)的測(cè)序用接頭；(4)第四容器以及位于容器內(nèi)的測(cè)序芯片；(5)第五容器以及位于容器內(nèi)的PCR反應(yīng)試劑；(6)檢測(cè)說(shuō)明書。在本發(fā)明提及的所有文獻(xiàn)都在本申請(qǐng)中引用作為參考，就如同每一篇文獻(xiàn)被單獨(dú)引用作為參考那樣。此外應(yīng)理解，在閱讀了本發(fā)明的上述講授內(nèi)容之后，本領(lǐng)域技術(shù)人員可以對(duì)本發(fā)明作各種改動(dòng)或修改，這些等價(jià)形式同樣落于本申請(qǐng)所附權(quán)利要求書所限定的范圍。