1.4號(hào)染色體上與水稻黑條矮縮病抗性QTL緊密連鎖的SSR標(biāo)記及其應(yīng)用,其特征在于:用分子標(biāo)記RM7396引物:SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2,或者用自行合成的分子標(biāo)記引物:SEQ ID NO.3/SEQ ID NO.4擴(kuò)增水稻抗黑條矮縮病鑒定材料,如果用分子標(biāo)記RM7396引物:SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2能夠擴(kuò)增出140bp的擴(kuò)增片段,或用自行合成的分子標(biāo)記引物:SEQ ID NO.3/SEQ ID NO.4能夠擴(kuò)增出92bp的擴(kuò)增片段,則標(biāo)志著水稻材料內(nèi)存在抗黑條矮縮病位點(diǎn)qRBSDV15。
2.根據(jù)權(quán)利要求1所述的4號(hào)染色體上與水稻黑條矮縮病抗性QTL緊密連鎖的SSR標(biāo)記及其應(yīng)用,其特征在于包含以下步驟:
(1)以水稻黑條矮縮病抗源浙粳5號(hào)為母本,水稻黑條矮縮病高感品種連粳3號(hào)為父本,配制雜種F1,構(gòu)建了包含241個(gè)單株的F2分離群體,F(xiàn)2單株自交獲得F2:3家系;
(2)對(duì)F2:3家系采用田間自然鑒定與改良灰飛虱排趨性鑒定組合的方法,進(jìn)行水稻黑條矮縮病抗病性鑒定;
(3)親本、F1及F2:3定位群體單株的DNA采用TPS 粗提法提??;
(4)用實(shí)驗(yàn)室已有的大體平均分布于水稻12條染色體的296對(duì)SSR引物(含54對(duì)自行合成引物),對(duì)親本、F1及F2:3定位群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增尋找兩兩之間同時(shí)具有穩(wěn)定多態(tài)性的引物,用篩選到的多態(tài)性分子標(biāo)記檢測(cè)F2:3家系;
(5)根據(jù)定位群體各單株分子標(biāo)記多態(tài)性檢測(cè)結(jié)果,并結(jié)合其抗性表型參數(shù),用 Mapmaker/Exp3.0軟件進(jìn)行基因和分子標(biāo)記位點(diǎn)的遺傳連鎖分析,利用Kosambi作圖函數(shù)將交換率轉(zhuǎn)換為遺傳距離(CM);
(6)采用基于復(fù)合區(qū)間作圖法軟件Windows QTL Cartographer V2.5檢測(cè)水稻黑條矮縮病的抗性QTL,LOD值的閾值定為2.0,按P=0.005概率值檢測(cè)抗性QTL的數(shù)目及其在染色體上的位置;
(7)獲得水稻黑條矮縮病抗性品種浙粳5號(hào)抗黑條矮縮病基因位點(diǎn)qRBSDV15,位于第4號(hào)染色體分子標(biāo)記RM7396與自行合成的分子標(biāo)記04-17之間,通過檢測(cè)第4號(hào)染色體上該兩個(gè)引物標(biāo)記的帶型數(shù)據(jù),可以預(yù)測(cè)該植株對(duì)水稻黑條矮縮病的抗性,大大提高抗黑條矮縮病水稻的選擇效率。
3.權(quán)利要求1所述的4號(hào)染色體上與水稻黑條矮縮病抗性QTL緊密連鎖的SSR標(biāo)記及其應(yīng)用,其特征在于所述的采用田間自然鑒定與改良灰飛虱排趨性鑒定組合的方法進(jìn)行水稻黑條矮縮病抗病性鑒定的具體方案為:
(1)待鑒定材料大田小區(qū)種植,采用水育手工移栽法,每品種單本移栽60-120株,秧田期和大田移栽早期均不防治灰飛虱,其他時(shí)間按當(dāng)?shù)厣a(chǎn)常規(guī)管理,水稻移栽活棵后調(diào)查基本苗,水稻分蘗高峰期調(diào)查每份材料水稻黑條矮縮病發(fā)病率A;
(2)將催芽后的水稻種子播于65cm×44cm×14cm的塑料周轉(zhuǎn)箱內(nèi),每份材料1行,每行10株,待幼苗長(zhǎng)至1.5-2.0葉,按每株10頭接入3-4齡的灰飛虱若蟲,每天上午8時(shí)、下午4時(shí)調(diào)查每個(gè)單株上的蟲數(shù),每次調(diào)查后進(jìn)行驅(qū)蟲,使其盡量均勻分布,環(huán)境溫度保持在26±2℃,自然光照,5天后計(jì)算每份材料每個(gè)單株上的平均蟲數(shù),作為排驅(qū)性測(cè)驗(yàn)值,進(jìn)一步按照每份材料單株平均蟲數(shù)/整個(gè)家系單株平均蟲數(shù)計(jì)算相對(duì)排趨性指數(shù)B;
(3)根據(jù)經(jīng)驗(yàn)計(jì)算公示計(jì)算每份材料水稻黑條矮縮病抗病指數(shù)C:C=1-A/√B,以抗病指數(shù)C作為定位群體的抗性表型參數(shù)。
4.權(quán)利要求1所述的4號(hào)染色體上與水稻黑條矮縮病抗性QTL緊密連鎖的SSR標(biāo)記及其應(yīng)用,其中所述的擴(kuò)增黑條矮縮病位點(diǎn)qRBSDV15的分子標(biāo)記引物選自分子標(biāo)記RM7396引物:SEQ ID NO.1/SEQ ID NO.2和自行合成的分子標(biāo)記引物:SEQ ID NO.3/SEQ ID NO.4。
5.權(quán)利要求2所述的4號(hào)染色體上與水稻黑條矮縮病抗性QTL緊密連鎖的SSR標(biāo)記及其應(yīng)用,其中所述的對(duì)親本、F1及F2:3定位群體進(jìn)行PCR擴(kuò)增的PCR反應(yīng)體系為:總體積為20μL,反應(yīng)液組成為10×PCR buffer(200mmol/L Tris-HCl pH8.4,500mmol/L KCl,15mmol/L MgCl2,stabilizers)2μL,10mmol/L dNTPs 1.2μL,引物各50ng,基因組DNA50ng,1.0U Taq DNA聚合酶,補(bǔ)水至20μL;PCR擴(kuò)增程序?yàn)椋?4℃預(yù)變性5min;94℃變性1min,55℃退火復(fù)性1min,72℃延伸50-90s,共35個(gè)循環(huán);最后72℃保溫10min;擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳(PAGE)銀染檢測(cè)。