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測序方法與流程

文檔序號:12285391閱讀:來源:國知局

技術(shù)特征:

1.一種用于通過借助合成測序來對多核苷酸鏈進(jìn)行測序的方法,所述方法包括下列步驟:

a)在反應(yīng)中提供待測序的多核苷酸鏈、引物、和聚合酶;

b)以預(yù)定順序向反應(yīng)提供核苷酸,其中選擇所述預(yù)定順序以與所述多核苷酸鏈的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián);

c)監(jiān)測所述反應(yīng)以檢測核苷酸向合成的多核苷酸鏈中的摻入;

其中在檢測到核苷酸摻入的情況下,接下來以所述預(yù)定順序提供下一個核苷酸。

2.權(quán)利要求1所述的方法,其中,在未檢測到核苷酸摻入的情況下,修訂所述多核苷酸鏈的所述預(yù)測序列并且選擇核苷酸的新的預(yù)定順序,其中選擇所述新的預(yù)定順序以與所述修訂的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián)。

3.權(quán)利要求1所述的方法,其中,在未檢測到核苷酸摻入的情況下,選擇核苷酸的新的預(yù)定順序,其代表全部四種核苷酸的多個循環(huán)。

4.權(quán)利要求1所述的方法,其中,在未檢測到核苷酸摻入的情況下,停止所述反應(yīng)。

5.權(quán)利要求1或2所述的方法,其中核苷酸的順序匹配與所述預(yù)測多核苷酸序列互補(bǔ)的序列的順序。

6.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,其中基于先驗(yàn)信息預(yù)測所述預(yù)測的多核苷酸序列。

7.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,所述方法包括下列步驟:確定多個預(yù)測序列的最初相關(guān)可能性,和在所述多個預(yù)測序列中選擇最可能的最初預(yù)測序列。

8.權(quán)利要求7所述的方法,所述方法還包括下列步驟:當(dāng)修訂所述預(yù)測序列時,選擇所述多個預(yù)測序列中下一個最可能的作為所述修訂的預(yù)測序列。

9.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,其中所述預(yù)測序列基于已知的目標(biāo)序列。

10.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,其中監(jiān)測所述反應(yīng)以檢測核苷酸的摻入的步驟還包括,在檢測到摻入的情況下,將代表所述核苷酸的數(shù)據(jù)加入至代表所述待測序的多核苷酸的記錄的序列數(shù)據(jù)中。

11.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,其中監(jiān)測所述反應(yīng)以檢測核苷酸的摻入的步驟還包括,在未檢測到核苷酸摻入的情況下,將代表不存在所述核苷酸的數(shù)據(jù)加入至代表所述待測序的多核苷酸的記錄的序列數(shù)據(jù)中。

12.權(quán)利要求10或11所述的方法,其中修訂所述預(yù)測序列數(shù)據(jù)的步驟包括將所述記錄的序列數(shù)據(jù)與在數(shù)據(jù)庫中儲存的多核苷酸序列數(shù)據(jù)進(jìn)行比較,和從匹配所述記錄的序列數(shù)據(jù)的所述數(shù)據(jù)庫中選擇最可能的候選序列作為修訂的預(yù)測序列。

13.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,所述方法還包括在步驟(b)之前同時向所述反應(yīng)提供多種不同的核苷酸。

14.權(quán)利要求13所述的方法,其中所述多種不同的核苷酸缺少四種核苷酸A、G、C、T中的一種或兩種。

15.權(quán)利要求13或14所述的方法,其中使用提供多種不同的核苷酸多個輪次。

16.任一項(xiàng)前述權(quán)利要求所述的方法,其中選擇核苷酸的所述預(yù)定順序以與兩個以上待測序的不同多核苷酸的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián)。

17.權(quán)利要求16所述的方法,其中選擇核苷酸的順序以允許所述兩個以上不同的多核苷酸序列中的每一個的有效測序。

18.一種用于優(yōu)化借助合成反應(yīng)的測序中提供的核苷酸的順序的方法,所述方法包括下列步驟:

a)確定待測序的多核苷酸的預(yù)測序列;和

b)確定要提供至測序反應(yīng)的核苷酸的預(yù)定順序,其中選擇所述預(yù)定順序以與所述多核苷酸鏈的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián)。

19.權(quán)利要求18所述的方法,所述方法還包括下列步驟:

c)通過將核苷酸提供至包含所述待測序的多核苷酸的測序反應(yīng),確定所述多核苷酸鏈的實(shí)際序列;

d)將所述預(yù)測序列與所述實(shí)際序列進(jìn)行比較;和

e)在所述預(yù)測序列與所述實(shí)際序列不同的情況下,基于所述實(shí)際序列修訂所述多核苷酸鏈的所述預(yù)測序列并且選擇核苷酸的新的預(yù)定順序,其中選擇所述新的預(yù)定順序以與所述修訂的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián)。

20.權(quán)利要求18所述的方法,所述方法還包括下列步驟:

c)通過將核苷酸提供至包含所述待測序的多核苷酸的測序反應(yīng),確定所述多核苷酸鏈的實(shí)際序列;

d)將所述預(yù)測序列與所述實(shí)際序列進(jìn)行比較;和

e)在所述預(yù)測序列與所述實(shí)際序列不同的情況下,基于所述實(shí)際序列修訂所述多核苷酸鏈的所述預(yù)測序列并且選擇代表所有四種核苷酸的多個循環(huán)的核苷酸的新的預(yù)定順序。

21.一種用于通過借助合成測序來對多核苷酸鏈進(jìn)行測序的方法,所述方法包括下列步驟:

a)在反應(yīng)中提供待測序的多核苷酸鏈、引物、和聚合酶;

b)向所述反應(yīng)同時提供多種不同的核苷酸,其中所述多種不同的核苷酸缺少四種核苷酸A、C、G、T中的至少一種;

c)隨后以預(yù)定順序向反應(yīng)提供核苷酸,其中選擇所述預(yù)定順序以與所述多核苷酸鏈的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián);和

d)監(jiān)測所述反應(yīng)以檢測所述預(yù)定順序的所述核苷酸向合成的多核苷酸鏈中的摻入。

22.權(quán)利要求21所述的方法,所述還方法還包括下列步驟:

e)在檢測到核苷酸摻入的情況下,接下來以所述預(yù)定順序提供下一個核苷酸。

23.權(quán)利要求21或22所述的方法,所述方法還包括下列步驟:

f)在未檢測到核苷酸摻入的情況下,修訂所述多核苷酸鏈的所述預(yù)測序列并且選擇核苷酸的新的預(yù)定順序,其中選擇所述新的預(yù)定順序以與所述修訂的預(yù)測序列相關(guān)聯(lián)。

24.權(quán)利要求21或22所述的方法,所述方法還包括下列步驟:

f)在未檢測到核苷酸摻入的情況下,修訂所述多核苷酸鏈的所述預(yù)測序列并且選擇代表全部四種核苷酸的多個循環(huán)的核苷酸的新的預(yù)定順序。

25.權(quán)利要求21或22所述的方法,所述方法還包括下列步驟:

f)在未檢測到核苷酸摻入的情況下,停止所述反應(yīng)。

26.一種用于通過借助合成測序來對多個不同的多核苷酸鏈進(jìn)行測序的方法,所述方法包括下列步驟:

a)在反應(yīng)中提供多個不同的待測序的多核苷酸鏈、一個或多個引物、和聚合酶;

b)以預(yù)定順序向反應(yīng)提供核苷酸,其中選擇所述預(yù)定順序以與所述多個不同的多核苷酸鏈的預(yù)測序列相關(guān);和

c)監(jiān)測所述反應(yīng)以檢測所述預(yù)定順序的所述核苷酸向合成的多核苷酸鏈中的摻入;

其中選擇核苷酸的所述預(yù)定順序以允許所述多個不同的多核苷酸序列中的每一個的有效測序。

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