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用于定量RNA轉(zhuǎn)錄物變體的方法和產(chǎn)物與流程

文檔序號(hào):12165789閱讀:來(lái)源:國(guó)知局

技術(shù)特征:

1.一種用于在一個(gè)或多個(gè)樣品中受控鑒定和/或定量轉(zhuǎn)錄物變體的方法,包括:

a)提供模擬轉(zhuǎn)錄物變體的人工核酸(NA)分子的參照集,該參照集包含

至少一個(gè)、優(yōu)選至少兩個(gè)、更優(yōu)選至少三個(gè)、特別是至少五個(gè)不同家族的NA分子,每個(gè)家族由至少兩種、優(yōu)選至少三種、更優(yōu)選至少四種、特別是至少五種不同NA分子組成,

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的所有NA分子是相同人工基因的參照轉(zhuǎn)錄物變體,和

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的NA分子共有長(zhǎng)度為至少80個(gè)核苷酸(nt)的序列,并且所述每個(gè)家族的至少兩種NA分子相差至少80nt長(zhǎng)度的至少另一個(gè)序列,和

其中所述NA分子中至少兩種、優(yōu)選每種以預(yù)設(shè)的摩爾量存在;和

b)將所述參照集作為外部對(duì)照添加到包含轉(zhuǎn)錄物變體的一個(gè)或多個(gè)樣品;和

c1)基于讀長(zhǎng)生成和分配進(jìn)行NA測(cè)序,其中使用參照集的讀長(zhǎng)產(chǎn)生參照讀長(zhǎng)分配,并且所述參照讀長(zhǎng)分配用于控制、驗(yàn)證或修飾一個(gè)或多個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄物變體的讀長(zhǎng)分配;或者

c2)對(duì)所述一個(gè)或多個(gè)樣品進(jìn)行NA檢測(cè)或定量方法,優(yōu)選微陣列分析或qPCR,

其中至少一個(gè)探針結(jié)合參照集的至少一個(gè)NA分子,并且基于從至少一個(gè)探針結(jié)合參照集的至少一個(gè)NA分子產(chǎn)生的信號(hào)的測(cè)量結(jié)果用于控制、驗(yàn)證或修飾基于在所述NA檢測(cè)或定量方法中一個(gè)或多個(gè)樣品的轉(zhuǎn)錄物變體結(jié)合探針產(chǎn)生的信號(hào)的測(cè)量結(jié)果。

2.一種用于評(píng)估NA測(cè)序方法或用于評(píng)估NA檢測(cè)或定量方法的方法,包括:

a)提供模擬轉(zhuǎn)錄物變體的人工NA分子的參照集,該參照集包含

至少一個(gè)、優(yōu)選至少兩個(gè)、更優(yōu)選至少三個(gè)、特別是至少五個(gè)不同家族的NA分子,每個(gè)家族由至少兩種、優(yōu)選至少三種、更優(yōu)選至少四個(gè)種、特別是至少五個(gè)不同NA分子組成,

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的所有NA分子是相同人工基因的參照轉(zhuǎn)錄物變體,和

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的NA分子共有長(zhǎng)度為至少80nt的序列,并且所述每個(gè)家族的至少兩種NA分子相差至少80nt長(zhǎng)度的至少另一個(gè)序列,和

其中所述NA分子中至少兩種、優(yōu)選每種以預(yù)設(shè)的摩爾量存在;和

b1)對(duì)于評(píng)估NA測(cè)序方法,基于讀長(zhǎng)生成和分配執(zhí)行NA測(cè)序,其中利用所述參照集的讀長(zhǎng)來(lái)生成參照讀長(zhǎng)分配;或者

b2)對(duì)于評(píng)估NA檢測(cè)或定量方法,對(duì)參照集執(zhí)行所述NA檢測(cè)或定量方法,

其中至少一種探針結(jié)合所述參照集的至少一個(gè)NA分子;和

c)將任意參照集的至少一種NA分子的步驟b)的輸出結(jié)果,特別是輸出摩爾量,輸出濃度,和/或,在評(píng)估NA測(cè)序方法的情況下,分配讀長(zhǎng)的數(shù)量,和/或所述參照集的至少兩種NA分子的上述結(jié)果的至少一個(gè)比率,與所述預(yù)設(shè)的摩爾量進(jìn)行比較和/或,在評(píng)估NA測(cè)序方法的情況下與分配讀長(zhǎng)的數(shù)量,和/或由此計(jì)算或預(yù)期的比率和/或輸出進(jìn)行比較。

3.根據(jù)權(quán)利要求1或2的方法,其中所述NA是RNA或DNA,特別是RNA。

4.一種產(chǎn)生模擬轉(zhuǎn)錄物變體的人工NA分子、優(yōu)選RNA或DNA分子的參照集的方法,包括:

A)從天然存在的真核生物基因、優(yōu)選動(dòng)物或植物基因、更優(yōu)選脊椎動(dòng)物基因、甚至更優(yōu)選哺乳動(dòng)物基因、特別是人類基因的組選擇至少一個(gè)、優(yōu)選至少兩個(gè)、更優(yōu)選至少三個(gè)、特別是至少五個(gè)基因;和

B)為每個(gè)選擇的基因選擇至少兩個(gè)、優(yōu)選至少三個(gè)、更優(yōu)選至少四個(gè)、特別是至少五個(gè)天然存在的mRNA轉(zhuǎn)錄物變體,其中每個(gè)轉(zhuǎn)錄物變體具有至少100nt的長(zhǎng)度,并且包含至少一個(gè)外顯子;和

C)提供每個(gè)所述選擇的包含至少一個(gè)外顯子的天然存在的mRNA轉(zhuǎn)錄物變體的序列,任選地其中所述序列被轉(zhuǎn)換為另一種NA類型,諸如DNA序列;和

D)通過(guò)以下步驟修飾步驟C)的每個(gè)序列:

將每個(gè)序列的每個(gè)外顯子的序列替換為大約相同長(zhǎng)度的序列,

其中所述大約相同長(zhǎng)度的序列選自:

病毒序列、噬菌體序列、其反向序列,任何其他反向的天然存在的序列,非天然存在的序列,及其組合,優(yōu)選所述大約相同長(zhǎng)度的序列選自:

病毒序列、噬菌體序列、其反向序列,非天然存在的序列,及其組合,優(yōu)選所述大約相同長(zhǎng)度的序列選自:

病毒序列、噬菌體序列、其反向序列,及其組合,

優(yōu)選其中大約相同長(zhǎng)度的序列通過(guò)任意其它二核苷酸,優(yōu)選通過(guò)GT、GC或AT替換至多10個(gè)、優(yōu)選至多5個(gè)、特別是至多2個(gè)或1個(gè)二核苷酸而相互獨(dú)立地修飾,和/或通過(guò)任意其它二核苷酸,優(yōu)選通過(guò)AG、AC或AT替換至多10個(gè)、優(yōu)選至多5個(gè)、特別是至多2個(gè)或1個(gè)二核苷酸而相互獨(dú)立地修飾,

從而獲得人工轉(zhuǎn)錄物序列集,

條件是從相同選擇的基因的所選擇的天然存在的mRNA轉(zhuǎn)錄物變體的序列所獲得的人工轉(zhuǎn)錄物序列共有長(zhǎng)度至少為80nt的序列,其優(yōu)選包含在單個(gè)外顯子序列中,和

優(yōu)選條件是當(dāng)步驟C)的序列的外顯子序列與步驟C)的序列的另一個(gè)外顯子序列相同時(shí),外顯子序列和另一外顯子序列被大約相同長(zhǎng)度的同一所述序列替換;和

E)任選地復(fù)制步驟D)的集中的至少一個(gè)人工轉(zhuǎn)錄物序列,并將所述復(fù)制的序列添加到所述集中,從而獲得包括用于步驟F)-J)中的一個(gè)或多個(gè)中的選擇性修飾的拷貝的集;

F)任選地將至少一個(gè)序列插入所述集中至少一個(gè)人工轉(zhuǎn)錄物序列,

其中所述至少一個(gè)插入的序列中的每一個(gè)與步驟D)中的任何人工轉(zhuǎn)錄物序列的相同長(zhǎng)度的有義或反義序列相同;

G)任選地從所述集中至少一個(gè)人工轉(zhuǎn)錄物序列中去除至少一個(gè)長(zhǎng)度范圍為1nt至10000nt的序列,

其中所述一個(gè)或多個(gè)人工轉(zhuǎn)錄物序列中的每一個(gè)保持在至少100nt的大小并且保持包含至少一個(gè)外顯子序列;

H)任選地通過(guò)5'截短序列直到5'末端是鳥苷,通過(guò)將第一堿基改變?yōu)轼B苷或通過(guò)在5'末端添加鳥苷,建立鳥苷為每個(gè)人工轉(zhuǎn)錄序列的第一核苷酸,優(yōu)選通過(guò)5'截短序列直到5'末端是鳥苷或通過(guò)將第一堿基改變?yōu)轼B苷,特別是通過(guò)5'截短序列直到5'末端是鳥苷;

I)任選地修飾所述集中的至少一個(gè)人工轉(zhuǎn)錄物序列,使得所述人工轉(zhuǎn)錄物序列集具有基本上隨機(jī)分布出現(xiàn)的5'起始三核苷酸,所述5'起始三核苷酸選自GAA、GAC、GAG、GAT、GCA、GCC、GCG、GCT、GGA、GGC、GGG、GGT、GTA、GTC、GTG、GTT,或者5'起始二核苷酸,所述5'起始二核苷酸選自AA、AC、AG、AT、CA、CC、CG、CT、GA、GC、GG、GT、TA、TC、TG、TT,和/或3’終止二核苷酸,所述3’終止二核苷酸選自AC、AG、AT、CC、CG、CT、GC、GG、GT、TC、TG、TT;

J)優(yōu)選將多聚A尾序列添加到該集中人工轉(zhuǎn)錄物序列中的一個(gè)或多個(gè)、優(yōu)選全部人工轉(zhuǎn)錄物序列,所述多聚A尾優(yōu)選由至少10個(gè)、特別是至少20個(gè)腺苷組成;

K)或優(yōu)選步驟E-J中的至少兩個(gè)的任何組合,優(yōu)選其中每個(gè)方法步驟僅進(jìn)行一次;和

L)對(duì)于所述集中的每個(gè)人工轉(zhuǎn)錄物序列:

物理合成包含完整人工轉(zhuǎn)錄物序列的NA分子;和

M)優(yōu)選地,如果步驟L)的NA分子是RNA分子,則向RNA分子物理添加5'帽結(jié)構(gòu);

從而物理地獲得模擬轉(zhuǎn)錄物變體的人工NA分子的參照集,優(yōu)選是RNA或DNA分子的參照集。

5.根據(jù)權(quán)利要求4所述的方法,其中

進(jìn)行步驟D)-G),優(yōu)選所有步驟,條件是人工NA分子的參照集應(yīng)當(dāng)模擬真核生物基因、優(yōu)選為動(dòng)物或植物基因、更優(yōu)選為脊椎動(dòng)物基因、甚至更優(yōu)選為哺乳動(dòng)物基因、特別是人類基因的天然存在的選擇性轉(zhuǎn)錄事件,并且所述事件優(yōu)選選自:

選擇性轉(zhuǎn)錄物起始位點(diǎn)(TSS)、選擇性轉(zhuǎn)錄物終止位點(diǎn)(TES)、反義轉(zhuǎn)錄物、重疊轉(zhuǎn)錄物,并且選擇性剪接事件選自跳讀的盒式外顯子(CE)、內(nèi)含子保留(IR)、相互排斥的外顯子(MXE)、選擇性3'剪接位點(diǎn)(A3SS)、選擇性5'剪接位點(diǎn)(A5SS)、選擇性第一個(gè)外顯子(AFE)、選擇性最后一個(gè)外顯子(ALE)和反式剪接;和/或

人工NA分子的參照集模擬選自以下的至少一種、優(yōu)選至少兩種、更優(yōu)選至少三種、甚至更優(yōu)選至少五種、特別是所有的選擇性轉(zhuǎn)錄事件:

選擇性轉(zhuǎn)錄物起始位點(diǎn)(TSS)、選擇性轉(zhuǎn)錄物終止位點(diǎn)(TES)、反義轉(zhuǎn)錄物、重疊轉(zhuǎn)錄物,并且選擇性剪接事件選自跳讀的盒式外顯子(CE)、內(nèi)含子保留(IR)、相互排斥的外顯子(MXE)、選擇性3'剪接位點(diǎn)(A3SS)、選擇性5'剪接位點(diǎn)(A5SS)、選擇性第一個(gè)外顯子(AFE)、選擇性最后一個(gè)外顯子(ALE)和反式剪接;和/或

其中所述人工NA分子的參照集的所有外顯子序列內(nèi)的所有內(nèi)含子起始二核苷酸的至少50%、優(yōu)選至少75%、特別是至少95%是GT,其中每個(gè)所述內(nèi)含子起始二核苷酸是在參照集的另一種人工NA分子中不存在并從而代表所述另一種人工NA分子的內(nèi)含子的序列的5'末端二核苷酸;和/或

其中所述人工NA分子的參照集的所有外顯子序列內(nèi)的所有內(nèi)含子末端二核苷酸的至少50%、優(yōu)選至少75%、特別是至少95%是AT,其中每個(gè)所述內(nèi)含子末端二核苷酸是在參照集的另一種人工NA分子中不存在并從而代表所述另一種人工NA分子的內(nèi)含子的序列的5'末端二核苷酸;和/或

其中所述人工NA分子的參照集具有500nt至2000nt、優(yōu)選750nt至1500nt、特別是1000nt至1400nt的平均序列長(zhǎng)度;并且優(yōu)選具有300nt至1200nt、優(yōu)選600nt至900nt、特別是700nt至800nt的標(biāo)準(zhǔn)偏差;其最小大小為至少100nt;并且優(yōu)選具有10000nt的最大大??;和/或

其中所述人工NA分子的參照集具有25%至55%的平均GC含量;和/或

其中所述人工NA分子的參照集具有基本上隨機(jī)分布出現(xiàn)的5'起始三核苷酸,所述5'起始三核苷酸選自GAA、GAC、GAG、GAT、GCA、GCC、GCG、GCT、GGA、GGC、GGG、GGT、GTA、GTC、GTG、GTT,或者5'起始二核苷酸,所述5'起始二核苷酸選自AA、AC、AG、AT、CA、CC、CG、CT、GA、GC、GG、GT、TA、TC、TG、TT,和/或3’終止二核苷酸,所述3’終止二核苷酸選自AC、AG、AT、CC、CG、CT、GC、GG、GT、TC、TG、TT;和/或

其中所述參照集的每個(gè)人工NA分子具有鳥苷作為5'起始核苷酸;和/或

其中所述參照集的人工NA分子中的至少一個(gè)、優(yōu)選每個(gè)人工NA分子如果是RNA分子,則具有5'帽結(jié)構(gòu)和/或具有至少10個(gè)、優(yōu)選至少20個(gè)腺苷的多聚A尾。

6.根據(jù)權(quán)利要求4或5所述的方法,還包括提供所述人工NA分子的參照集,其中所述參照集的至少兩種、優(yōu)選每種所述NA分子以預(yù)設(shè)的摩爾量存在,優(yōu)選在相同的容器中;和

優(yōu)選其中至少兩種NA分子的各自的摩爾量相差至少兩個(gè)量級(jí),優(yōu)選至少三個(gè)量級(jí),更優(yōu)選至少五個(gè)量級(jí),特別是至少六個(gè)量級(jí),并且特別是其中至少提供溶解于液體中或準(zhǔn)備溶解或稀釋于液體中的兩種NA分子,其中它們各自的濃度或最終濃度范圍介于0.01阿托摩爾/μl與100飛普托摩爾/μl之間或介于100仄普托摩爾/μl與1飛普托摩爾/μl之間。

7.根據(jù)權(quán)利要求4-6任一項(xiàng)所述的方法,其中人工NA分子的參照集的序列與其NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)登錄號(hào)在表3中列出的序列不具有相似性,優(yōu)選與在表3和表4任何一個(gè)序列不具有相似性,特別是優(yōu)選與2014年6月15日的NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)版本202的所有序列不具有相似性,具有統(tǒng)計(jì)顯著性閾值(期望閾值)小于10-1,優(yōu)選小于1,特別是小于10

其中所述相似性通過(guò)具有以下參數(shù)的BLASTn程序確定:字大小為28,過(guò)濾低復(fù)雜度區(qū)域,線性缺口成本和匹配/錯(cuò)配分?jǐn)?shù)為1,-2。

8.可通過(guò)權(quán)利要求4至7中任一項(xiàng)所述的方法獲得的模擬轉(zhuǎn)錄物變體的人工NA分子的參照集。

9.模擬轉(zhuǎn)錄物變體、優(yōu)選RNA分子或DNA分子、特別是RNA分子的人工NA分子的參照集,

A)包含

至少一個(gè)、優(yōu)選至少兩個(gè)、更優(yōu)選至少三個(gè)、特別是至少五個(gè)家族的NA分子,每個(gè)家族由至少兩種、優(yōu)選至少三種、更優(yōu)選至少四種、特別是至少五種不同的NA分子組成,

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的所有NA分子是相同人工基因的參照轉(zhuǎn)錄物變體,和

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的NA分子共有長(zhǎng)度為至少80nt的序列,并且所述每個(gè)家族的至少兩個(gè)NA分子相差至少80nt長(zhǎng)度的至少另一個(gè)序列;和

B)其中所述參照集:

-模擬選自以下的至少一種、優(yōu)選至少兩種、更優(yōu)選至少三種、甚至更優(yōu)選至少五種、特別是所有的選擇性轉(zhuǎn)錄事件:

選擇性轉(zhuǎn)錄物起始位點(diǎn)(TSS)、選擇性轉(zhuǎn)錄物終止位點(diǎn)(TES)、反義轉(zhuǎn)錄物、重疊轉(zhuǎn)錄物,并且選擇性剪接事件選自跳讀的盒式外顯子(CE)、內(nèi)含子保留(IR)、相互排斥的外顯子(MXE)、選擇性3'剪接位點(diǎn)(A3SS)、選擇性5'剪接位點(diǎn)(A5SS)、選擇性第一個(gè)外顯子(AFE)、選擇性最后一個(gè)外顯子(ALE)和反式剪接;和/或

-具有500nt至2000nt、優(yōu)選750nt至1500nt、特別是1000nt至1400nt的平均序列長(zhǎng)度;并且優(yōu)選具有300nt至1200nt、優(yōu)選600nt至900nt、特別是700nt至800nt的標(biāo)準(zhǔn)偏差;其最小大小為至少100nt;并且優(yōu)選具有10000nt的最大大??;和/或

-具有25%至55%的平均GC含量;和/或

-具有基本上隨機(jī)分布出現(xiàn)的5'起始三核苷酸,所述5'起始三核苷酸選自GAA、GAC、GAG、GAT、GCA、GCC、GCG、GCT、GGA、GGC、GGG、GGT、GTA、GTC、GTG、GTT,或者5'起始二核苷酸,所述5'起始二核苷酸選自AA、AC、AG、AT、CA、CC、CG、CT、GA、GC、GG、GT、TA、TC、TG、TT,和/或3’終止二核苷酸,所述3’終止二核苷酸選自AC、AG、AT、CC、CG、CT、GC、GG、GT、TC、TG、TT;和/或

其中所述參照集的每個(gè)人工NA分子具有鳥苷作為5'起始核苷酸;和/或

其中所述人工NA分子的參照集的所有外顯子序列內(nèi)的所有內(nèi)含子起始二核苷酸的至少50%、優(yōu)選至少75%、特別是至少95%是GT,其中每個(gè)所述內(nèi)含子起始二核苷酸是在參照集的另一種人工NA分子中不存在并從而代表所述另一種人工NA分子的內(nèi)含子的序列的5'末端二核苷酸;和/或

其中所述人工NA分子的參照集的所有外顯子序列內(nèi)的所有內(nèi)含子末端二核苷酸的至少50%、優(yōu)選至少75%、特別是至少95%是AT,其中每個(gè)所述內(nèi)含子末端二核苷酸是在參照集的另一種人工NA分子中不存在并從而代表所述另一種人工NA分子的內(nèi)含子的序列的5'末端二核苷酸;和/或

其中所述參照集的人工NA分子中的至少一個(gè)、優(yōu)選每個(gè)人工NA分子如果是RNA分子,則具有5'帽結(jié)構(gòu)和/或具有至少10個(gè)、優(yōu)選至少20個(gè)腺苷的多聚(A)尾;和

C)

其中所述參照集的序列與其NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)登錄號(hào)在表3中列出的序列不具有相似性,優(yōu)選與在表3和表4任何一個(gè)序列不具有相似性,特別是優(yōu)選與2014年6月15日的NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)版本202的所有序列不具有相似性,具有統(tǒng)計(jì)顯著性閾值(期望閾值)小于10-1,優(yōu)選小于1,特別是小于10

其中所述相似性通過(guò)具有以下參數(shù)的BLASTn程序確定:字大小為28,過(guò)濾低復(fù)雜度區(qū)域,線性缺口成本和匹配/錯(cuò)配分?jǐn)?shù)為1,-2。

10.NA分子、優(yōu)選DNA分子或RNA分子,其包含

A)

與選自SEQ ID NO:1-148的完整序列具有至少80%、優(yōu)選至少90%、更優(yōu)選至少95%、甚至更優(yōu)選至少98%、特別是100%同一性的序列;或者

B)

具有至少一個(gè)外顯子的序列,所述外顯子具有與選自SEQ ID NO:156-334的完整序列具有至少80%、優(yōu)選至少90%、更優(yōu)選至少95%、甚至更優(yōu)選至少98%、特別是100%同一性的序列。

11.NA分子、優(yōu)選DNA分子或RNA分子,其包含至少80個(gè)、優(yōu)選至少150個(gè)連續(xù)核苷酸的序列,所述序列是選自SEQ ID NO:1-148的序列的序列片段的至少80%、優(yōu)選至少90%、更優(yōu)選至少95%、甚至更優(yōu)選至少98%,所述序列的最小大小為80nt。

12.模擬轉(zhuǎn)錄物變體的人工NA分子的參照集,包含

至少一個(gè)、優(yōu)選至少兩個(gè)、更優(yōu)選至少三個(gè)、特別是至少五個(gè)NA分子家族,每個(gè)家族由至少兩種、優(yōu)選至少三種、更優(yōu)選至少四種、特別是至少五種不同的權(quán)利要求10或11的NA分子組成,

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的所有NA分子是相同人工基因的參照轉(zhuǎn)錄物變體,和

其中,獨(dú)立地對(duì)于每個(gè)家族,所述每個(gè)家族的NA分子共有長(zhǎng)度為至少80nt的序列,并且所述每個(gè)家族的至少兩種NA分子相差至少80nt長(zhǎng)度的至少另一個(gè)序列。

13.根據(jù)權(quán)利要求12所述的參照集,其中所述參照集

-模擬選自以下的至少一種、優(yōu)選至少兩種、更優(yōu)選至少三種、甚至更優(yōu)選至少五種、特別是所有的選擇性轉(zhuǎn)錄事件:

選擇性轉(zhuǎn)錄物起始位點(diǎn)(TSS)、選擇性轉(zhuǎn)錄物終止位點(diǎn)(TES)、反義轉(zhuǎn)錄物、重疊轉(zhuǎn)錄物,并且選擇性剪接事件選自跳讀的盒式外顯子(CE)、內(nèi)含子保留(IR)、相互排斥的外顯子(MXE)、選擇性3'剪接位點(diǎn)(A3SS)、選擇性5'剪接位點(diǎn)(A5SS)、選擇性第一個(gè)外顯子(AFE)、選擇性最后一個(gè)外顯子(ALE)和反式剪接;和/或

-具有500nt至2000nt、優(yōu)選750nt至1500nt、特別是1000nt至1400nt的平均序列長(zhǎng)度;并且優(yōu)選具有300nt至1200nt、優(yōu)選600nt至900nt、特別是700nt至800nt的標(biāo)準(zhǔn)偏差;其最小大小為至少100nt;并且優(yōu)選具有10000nt的最大大?。缓?或

-具有25%至55%的平均GC含量;和/或

-具有基本上隨機(jī)分布出現(xiàn)的5'起始三核苷酸,所述5'起始三核苷酸選自GAA、GAC、GAG、GAT、GCA、GCC、GCG、GCT、GGA、GGC、GGG、GGT、GTA、GTC、GTG、GTT,或者5'起始二核苷酸,所述5'起始二核苷酸選自AA、AC、AG、AT、CA、CC、CG、CT、GA、GC、GG、GT、TA、TC、TG、TT,和/或3’終止二核苷酸,所述3’終止二核苷酸選自AC、AG、AT、CC、CG、CT、GC、GG、GT、TC、TG、TT;和/或

其中所述參照集的每個(gè)人工NA分子具有鳥苷作為5'起始核苷酸;和/或

其中所述人工NA分子的參照集的所有外顯子序列內(nèi)的所有內(nèi)含子起始二核苷酸的至少50%、優(yōu)選至少75%、特別是至少95%是GT,其中每個(gè)所述內(nèi)含子起始二核苷酸是在參照集的另一種人工NA分子中不存在并從而代表所述另一種人工NA分子的內(nèi)含子的序列的5'末端二核苷酸;和/或

其中所述人工NA分子的參照集的所有外顯子序列內(nèi)的所有內(nèi)含子末端二核苷酸的至少50%、優(yōu)選至少75%、特別是至少95%是AT,其中每個(gè)所述內(nèi)含子末端二核苷酸是在參照集的另一種人工NA分子中不存在并從而代表所述另一種人工NA分子的內(nèi)含子的序列的5'末端二核苷酸;和/或

其中所述參照集的人工NA分子中的至少一個(gè)、優(yōu)選每個(gè)人工NA分子如果是RNA分子,則具有5'帽結(jié)構(gòu)和/或具有至少10個(gè)、優(yōu)選至少20個(gè)腺苷的多聚(A)尾;和

優(yōu)選地其中所述參照集的序列與其NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)登錄號(hào)在表3中列出的序列不具有相似性,優(yōu)選與在表3和表4任何一個(gè)序列不具有相似性,特別是優(yōu)選與2014年6月15日的NCBI GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)版本202的所有序列不具有相似性,具有統(tǒng)計(jì)顯著性閾值(期望閾值)小于10-1,優(yōu)選小于1,特別是小于10

其中所述相似性通過(guò)具有以下參數(shù)的BLASTn程序確定:字大小為28,過(guò)濾低復(fù)雜度區(qū)域,線性缺口成本和匹配/錯(cuò)配分?jǐn)?shù)為1,-2。

14.根據(jù)權(quán)利要求9或12或13所述的集,其中NA分子中至少兩種、優(yōu)選每種以預(yù)設(shè)的摩爾量存在,優(yōu)選在同一容器中;和

優(yōu)選其中至少兩種NA分子的各自的摩爾量相差至少兩個(gè)量級(jí),優(yōu)選至少三個(gè)量級(jí),更優(yōu)選至少五個(gè)量級(jí),特別是至少六個(gè)量級(jí),并且特別是其中至少提供溶解于液體中或準(zhǔn)備溶解或稀釋于液體中的兩種NA分子,其中它們各自的濃度或最終濃度范圍介于0.01阿托摩爾/μl與100飛普托摩爾/μl之間或介于100仄普托摩爾/μl與1飛普托摩爾/μl之間。

15.根據(jù)權(quán)利要求1-3任一項(xiàng)所述的方法,其中參照集是權(quán)利要求8或9或12或13、優(yōu)選12或13、特別是13的參照集,并且所述NA分子中至少兩種、優(yōu)選每種以預(yù)設(shè)的摩爾量存在。

16.根據(jù)權(quán)利要求1-3中任一項(xiàng)所述的方法,其中所述人工NA分子的參照集以干燥、優(yōu)選冷凍干燥狀態(tài)提供于容器中,優(yōu)選與穩(wěn)定劑一起。

17.根據(jù)權(quán)利要求16所述的方法,其中進(jìn)行用于在一個(gè)或多個(gè)樣品中的轉(zhuǎn)錄物變體的受控鑒定和/或定量的方法,其中通過(guò)將所述樣品加入到所述容器中來(lái)進(jìn)行步驟b),從而所述將干燥的參照集溶解于樣品中。

18.根據(jù)權(quán)利要求4-7中任一項(xiàng)所述的方法,還包括干燥、優(yōu)選冷凍干燥所述物理獲得的參照集的步驟,優(yōu)選在容器中干燥,優(yōu)選與穩(wěn)定劑一起干燥。

19.根據(jù)權(quán)利要求8、9和12-14中任一項(xiàng)所述的參照集,其中所述人工NA分子的參照集以干燥、優(yōu)選冷凍干燥狀態(tài)提供于容器中,優(yōu)選與穩(wěn)定劑一起。

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