發(fā)明領域本發(fā)明涉及為免疫療法的治療選擇癌癥患者的方法。發(fā)明背景在人中用免疫檢查點抑制劑進行的研究已經展現駕馭免疫系統(tǒng)在難以治療的適應癥中控制和根除腫瘤生長的希望，包括黑素瘤，腎細胞癌，肺癌，乳腺癌，卵巢癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，和膀胱癌。腫瘤源自正常細胞在應力條件下積累導致細胞增殖和存活不受控制的突變。在正常情況中，免疫系統(tǒng)主要經由細胞毒性cd8t細胞識別這些轉化細胞并防止侵入正常組織。在某些情況中，腫瘤細胞逃脫免疫控制并進展成疾病。腫瘤逃脫的機制可能是下面的機制中的一項或多項的產物：腫瘤細胞不能在i類mhc分子上呈遞新抗原，腫瘤細胞上的i類mhc分子下調，t細胞不能浸潤腫瘤，免疫阻抑性調節(jié)t細胞或髓樣阻抑細胞的存在升高，免疫檢查點抑制劑的表達增強，或th2和th17介導物升高。關于癌癥類型間這些各種免疫細胞子集的相對貢獻及它們對腫瘤進展，治療響應，和臨床結局的影響研究較少。因而，需要用于選擇有可能響應基于免疫的療法的患者及為癌癥治療開發(fā)備選策略的方法。發(fā)明概述在一個方面，本發(fā)明特征在于一種為免疫療法的治療選擇具有癌癥的患者的方法，該方法包括測定自該患者獲得的生物學樣品中免疫細胞基因簽名的表達水平，該免疫細胞基因簽名包含下面的基因中的一項或多項(例如下面的基因中的1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，或20或更多項)：cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1；foxp3；ms4a1或cd48；cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，或fcrl5；ncam1或nkp46；klrc3，klrk1，klrc2，或klrd1；itgam，itgax，cd1c，或clec4c；cd68，cd163，itgam，itgax，或cd14；laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，或fcgr3a；il17a或il17f；ccl2，il1b，il8，il6，或ptgs2；cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，或lck；ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1；ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，或tigit；cd276，pdl1，pdl2，或ido1；cd274，pdl2，ido1，或pvr；cx3cl1，cxcl9，cxcl10，cxcr3，ccl21，或ccl22；cd4，il2ra，或cd69；tapbp，tap1，tap2，psmb9，或psmb8；cd40，cd80，cd86，cd70，或gitrl；cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，或cd226；gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，或nkg7；或fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，或col8a1，其中該免疫細胞基因簽名中一種或多種基因的表達水平相對于中值水平的變化為免疫療法的治療鑒定患者。在一些實施方案中，該方法進一步包括告知該患者他們具有升高的可能性對該免疫療法是響應性的步驟。在一些實施方案中，該方法進一步包括對該患者提供特定免疫療法的推薦的步驟。在一些實施方案中，該方法進一步包括如果確定了該患者可能受益于該免疫療法的話對該患者施用免疫療法的步驟。在一些實施方案中，該免疫療法為激活性免疫療法或阻抑性免疫療法。在一些實施方案中，cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中t效應(teff)細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項的表達水平升高指示該患者很有可能受益于激活性免疫療法。在一些實施方案中，該激活性免疫療法包含cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑。在一些實施方案中，foxp3的表達水平與腫瘤微環(huán)境中t調節(jié)(treg)細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，foxp3的表達水平升高指示該患者很有可能受益于阻抑性免疫療法。在一些實施方案中，該阻抑性免疫療法包含ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑。在一些實施方案中，(a)ms3a1或cd48中的一項或多項和/或(b)cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，或fcrl5中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中b細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，(a)ncam1或nkp46和/或(b)klrc3，klrk1，klrc2，或klrd1中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中nk細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，itgam，itgax，cd1c，或clec4c中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中髓樣細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，cd68，cd163，itgam，itgax，或cd14中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中巨噬細胞細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，或fcgr3a中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中m2巨噬細胞細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，il17a或il17f中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中th17細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，ccl2，il1b，il8，il6，或ptgs2中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中炎性細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，(a)ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1中的一項或多項和/或(b)ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，或tigit中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中t細胞免疫阻斷劑的存在有關聯。在一些實施方案中，(a)cd276，pdl1，pdl2，或ido1中的一項或多項和/或(b)cd274，pdl2，ido1，或pvr中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中抗原呈遞細胞(apc)免疫阻斷劑的存在有關聯。在一些實施方案中，cx3cl1，cxcl9，cxcl10，cxcr3，ccl21，或ccl22中的一項或多項的表達水平與t細胞趨化性有關聯。在一些實施方案中，cd4，il2ra，或cd69中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中激活的cd4t細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，tapbp，tap1，tap2，psmb9，或psmb8中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中抗原加工的存在有關聯。在一些實施方案中，cd40，cd80，cd86，cd70，或gitrl中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中共刺激性配體的存在有關聯。在一些實施方案中，cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，或cd226中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中共刺激性受體的存在有關聯。在一些實施方案中，gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，或nkg7中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中溶胞性細胞的存在和/或溶胞性活性有關聯。在一些實施方案中，fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，或col8a1中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中有活性的成纖維細胞的存在有關聯。在一些實施方案中，cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，或lck中的一項或多項的表達水平與腫瘤微環(huán)境中t細胞的存在有關聯。在上述方法任一的其它實施方案中，測定cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，或6項)的表達水平。在一些實施方案中，測定foxp3的表達水平。在一些實施方案中，測定ms4a1或cd48中的一項或多項(例如1或2項)和/或cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，或fcrl5中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，6，或7項)的表達水平。在一些實施方案中，測定ncam1和nkp46中的一項或多項(例如1或2)和/或klrc3，klrk1，klrc2，或klrd1中的一項或多項(例如1，2，3，或4)的表達水平。在一些實施方案中，測定itgam，itgax，cd1c，或clec4c中的一項或多項(例如1，2，3，或4)的表達水平。在一些實施方案中，測定cd68，cd163，itgam，itgax，或cd14中的一項或多項(例如1，2，3，4，或5)的表達水平。在一些實施方案中，測定laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，或fcgr3a中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，11，12，13，或14)的表達水平。在一些實施方案中，測定il17a或il17b中的一項或多項(例如1或2)的表達水平。在一些實施方案中，測定cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，或lck中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，6，7，或8)的表達水平。在一些實施方案中，測定ccl2，il1b，il8，il6，或ptgs2中的一項或多項(例如1，2，3，4，或5)的表達水平。在一些實施方案中，測定ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1中的一項或多項(例如1，2，3，4，或5)和/或ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，或tigit中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，或6)的表達水平。在一些實施方案中，測定cd276，pdl1，pdl2，或ido1中的一項或多項(例如1，2，3，或4)和/或cd274，pdl2，ido1，或pvr中的一項或多項(例如1，2，3，或4)的表達水平。在一些實施方案中，測定cx3cl1，cxcl9，cxcl10，cxcr3，ccl21，或ccl22中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，或6)的表達水平。在一些實施方案中，測定cd4，il2ra，或cd69中的一項或多項(例如1，2，或3)的表達水平。在一些實施方案中，測定tapbp，tap1，tap2，psmb9，或psmb8中的一項或多項(例如1，2，3，4，或5)的表達水平。在一些實施方案中，測定cd40，cd80，cd86，cd70，或gitrl中的一項或多項(例如1，2，3，4，或5)的表達水平。在一些實施方案中，測定cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，或cd226中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，6，7，或8)的表達水平。在一些實施方案中，測定gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，或nkg7中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，6，或7)的表達水平。在一些實施方案中，測定fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，或col8a1中的一項或多項(例如1，2，3，4，5，6，7，8，9，10，或11)的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表2中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表3中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表4中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表5中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表6中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表7中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表8中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定表9中的基因中的一項或多項的表達水平。在上述方法任一的一些實施方案中，測定來自下面的基因簽名中每一項的基因中的一項或多項的表達水平：cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1；foxp3；ms4a1或cd48；cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，或fcrl5；ncam1或nkp46；klrc3，klrk1，klrc2，或klrd1；itgam，itgax，cd1c，或clec4c；cd68，cd163，itgam，itgax，或cd14；laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，或fcgr3a；il17a或il17f；ccl2，il1b，il8，il6，或ptgs2；cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，或lck；ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1；ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，或tigit；cd276，pdl1，pdl2，或ido1；cd274，pdl2，ido1，或pvr；cx3cl1，cxcl9，cxcl10，cxcr3，ccl21，或ccl22；cd4，il2ra，或cd69；tapbp，tap1，tap2，psmb9，或psmb8；cd40，cd80，cd86，cd70，或gitrl；cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，或cd226；gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，或nkg7；和fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，或col8a1。在上述方法任一的一些實施方案中，該方法進一步包括測定cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項的表達水平與foxp3的表達水平之比。在一些實施方案中，如果cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項的表達水平與foxp3的表達水平之比高的話，該患者很有可能會受益于激活性免疫療法。在一些實施方案中，如果cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項的表達水平與foxp3的表達水平之比低的話，該患者很有可能會受益于阻抑性免疫療法。在上述方法任一的一些實施方案中，該方法進一步包括測定teff與treg細胞之比。在一些實施方案中，如果teff與treg之比高的話，該患者很有可能會受益于激活性免疫療法。在一些實施方案中，如果teff與treg之比低的話，該患者很有可能會受益于阻抑性免疫療法。在一些實施方案中，該激活性免疫療法包含cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑。在一些實施方案中，該阻抑性免疫療法包含ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑。在上述方法任一的一些實施方案中，該方法是在施用免疫療法之前進行的，從而對患者提供關于響應的施用前預后。在上述方法任一的一些實施方案中，該癌癥為乳腺癌，黑素瘤，非小細胞肺癌(nsclc)，膀胱癌，腎細胞癌，結直腸癌，卵巢癌，胃癌，或肝癌。在一些實施方案中，該癌癥是原發(fā)性，高級，頑固性，或復發(fā)性的。在一些實施方案中，該乳腺癌為激素受體+(hr+)，her2+，或三重陰性(tn)乳腺癌。在一些實施方案中，該nsclc為非鱗狀nsclc或鱗狀nsclc。在上述方法任一的一些實施方案中，自該患者獲得的該生物學樣品中該免疫細胞基因簽名的表達是通過測量mrna檢測的。在上述方法任一的一些實施方案中，自該患者獲得的該生物學樣品中該免疫細胞基因簽名的表達是通過測量血漿蛋白質水平檢測的。附圖簡述圖1a是t細胞簽名基因的散射矩陣圖。圖1b是t效應簽名基因的散射矩陣圖。圖1c是激活的cd4t細胞簽名基因的散射矩陣圖。圖2a是b細胞簽名1，nk細胞簽名1，和il17簽名基因的散射矩陣圖。圖2b是b細胞簽名2基因的散射矩陣圖。圖2c是nk細胞簽名2基因的散射矩陣圖。圖3a是髓樣簽名基因的散射矩陣圖。圖3b是巨噬細胞簽名基因的散射矩陣圖。圖3c是m2巨噬細胞簽名基因的散射矩陣圖。圖4是炎性簽名基因的散射矩陣圖。圖5a是t細胞免疫阻斷劑(ibt細胞)簽名1基因的散射矩陣圖。圖5b是ibt細胞簽名2基因的散射矩陣圖。圖6a是apc免疫阻斷劑(ibapc)簽名1基因的散射矩陣圖。圖6b是ibapc簽名2基因的散射矩陣圖。圖7是抗原加工簽名基因的散射矩陣圖。圖8是共刺激性配體簽名基因的散射矩陣圖。圖9是共刺激性受體簽名基因的散射矩陣圖。圖10是溶胞性簽名基因的散射矩陣圖。圖11是有活性的成纖維細胞簽名基因的散射矩陣圖。圖12a-12c是癌癥適應癥間九個基因集的主成分分析的圖。圖13是適應癥間t效應簽名基因的基因表達水平的圖。圖14是適應癥間t調節(jié)簽名基因的基因表達水平的圖。圖15是適應癥間t效應與t調節(jié)簽名基因之間基因表達比的圖。圖16是適應癥間b細胞簽名基因的基因表達水平的圖。圖17是適應癥間nk細胞簽名基因的基因表達水平的圖。圖18是適應癥間髓樣簽名基因的基因表達水平的圖。圖19是適應癥間th17(il17)簽名基因的基因表達水平的圖。圖20顯示以適應癥分的il17a/il17f流行度的多幅圖。il17存在以原始ct<25來確定。鱗狀和非鱗狀肺折疊成一個組。由于樣本量小，沒有評估her2+乳腺。圖21是適應癥間炎性簽名基因的基因表達水平的圖。圖22是適應癥間t細胞上免疫阻斷劑的基因表達水平的圖。圖23是適應癥間apc上免疫阻斷劑的基因表達水平的圖。圖24是適應癥間apc上t效應與免疫阻斷劑的基因表達比的圖。圖25顯示適應癥間t效應與apc簽名基因上免疫阻斷劑中的特定基因的基因表達比的多幅圖。圖26是顯示適應癥間t細胞簽名基因上免疫阻斷劑中的特定基因的基因表達水平的圖。圖27是顯示適應癥間apc簽名基因上免疫阻斷劑中的特定基因的基因表達水平的圖。圖28是顯示適應癥間免疫基因簽名表達的分級聚簇的圖。在樣品間將基因對中值集中。使用歐幾里德距離和完全連鎖來生成樹狀圖。紅色和綠色分別指示比中值高和低的表達。黑色指示中值表達。圖29是cd8ihc以區(qū)域和cd8rna水平分的散射矩陣圖。實施log2換算以使分布標準化。圖30顯示cd8ihc以區(qū)域分和以適應癥分的散射圖。藍線是最小二乘回歸線。陰影區(qū)域表示95％置信區(qū)間。圖31是顯示cd8ihc以區(qū)域分的經驗分布函數(或經驗cdf，即一種與樣品的經驗測量有關的累積分布函數)的圖。y軸是≤x軸所表示的相關cd8ihc百分比的樣品的分數。圖32顯示與原發(fā)性較之轉移性狀態(tài)有關的基因集表達的箱線圖。圖33是與crc原發(fā)性較之轉移性狀態(tài)有關的免疫基因表達的火山圖。y軸是原始符號秩wicoxonp值，而x軸是原發(fā)性和轉移性樣品之間基于log2的倍數變化。所標注的基因具有bonferroni調整的p≤0.05：arg1，il17a，vtcn1，il17f，il1b，hla.e，havcr2，cd70，foxp3和ptgs2。圖34顯示與病因學有關的基因集表達的箱線圖。圖35顯示與病因學的相關性具有kruskalwallisp≤0.05的免疫基因的箱線圖。圖36是病因學差異具有p≤0.1的免疫基因的分級聚簇。在樣品間將基因對中值集中。使用歐幾里德距離和完全連鎖來生成樹狀圖。紅色和綠色分別指示比中值高和低的表達。黑色指示中值表達。下面的顏色區(qū)分病因學：黑色/酒精中毒史；紅色＝hbv+；綠色＝hcv+；藍色＝hbv+hcv+。發(fā)明詳述i.導言腫瘤免疫微環(huán)境由一大批容許腫瘤細胞牽制駐留t細胞及規(guī)避抗腫瘤免疫的免疫阻抑性因子組成。關于腫瘤基質中的或由腫瘤細胞分泌的阻止t細胞浸潤腫瘤的因子的一項研究提供了解如何將攻擊性腫瘤轉變成能夠響應免疫療法的免疫原性腫瘤的工具。在本發(fā)明中，使用基因表達來評估七種不同癌癥類型間代表免疫細胞子集的基因簽名的流行度。這項分析提供關于九種不同癌癥適應癥和各種腫瘤亞型的腫瘤免疫微環(huán)境的見解，從而鑒定腫瘤免疫生物學中規(guī)定對免疫療法的響應的驅動器。因而，本發(fā)明提供用于為免疫療法的治療選擇具有癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者的方法，其通過測定一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平，并將此表達水平與該一種或多種免疫細胞基因簽名的中值表達水平比較來進行。檢測到一種或多種免疫細胞基因簽名的表達相對于中值水平升高(即一種或多種免疫細胞基因簽名的表達相對于該癌癥類型中的中值水平更高)為免疫療法的治療鑒定該患者。本發(fā)明還提供用于治療可能受益于免疫療法的具有癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者的方法，其通過測定該患者中一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平，單獨地或與化療方案和/或其它抗癌療法方案組合地施用激活性免疫療法或阻抑性免疫療法來進行。ii.定義除非另有定義，本文中所使用的技術和科學術語與本發(fā)明所屬領域中的普通技術人員的通常理解具有相同意義。singleton等,dictionaryofmicrobiologyandmolecularbiology第2版,j.wiley&sons(newyork,n.y.1994),及march,advancedorganicchemistryreactions,mechanismsandstructure第4版,johnwiley&sons(newyork,n.y.1992)為本領域技術人員提供本申請中使用的許多術語的一般指導。為了解讀本說明書，以下定義會適用，并且只要合適，以單數使用的術語也會包括復數，且反之亦然。在下文所列出的任何定義與通過提及而收入本文中的任何文獻矛盾的情況中，應當以下文所列出的定義為準。術語“拮抗劑”以最廣義使用，而且包括或是通過降低編碼該天然多肽的核酸的轉錄或翻譯，或是通過抑制或阻斷天然多肽活性，或二者，部分或完全阻斷，抑制，干擾，或中和本文中公開的天然多肽(例如免疫細胞受體或配體，諸如ctla-4，pd-1，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226)的正常生物學活性的任何分子。本領域普通技術人員會理解，在一些情況中，拮抗劑可拮抗天然多肽的一種活性而不影響天然多肽的另一種活性。本領域普通技術人員還會理解，在一些情況中，拮抗劑可以是根據它與之結合，相互作用，或關聯的天然多肽而被認定為激活性或阻抑性免疫療法的治療劑。拮抗劑的例子包括但不限于反義多核苷酸，干擾rna，催化性rna，rna-dna嵌合物，天然多肽特異性適體，抗體，抗體的抗原結合片段，天然多肽結合小分子，天然多肽結合肽，和特異性結合天然多肽的其它肽(包括但不限于一種或多種天然多肽配體的天然多肽結合片段，任選地融合至一個或多個另外的域)，使得拮抗劑和天然多肽之間的相互作用導致天然多肽活性或表達降低或停止。類似的，術語“激動劑”以最廣義使用，而且包括通過提高編碼天然多肽的核酸的轉錄或翻譯，和/或通過抑制或阻斷抑制天然多肽的表達或活性的分子的活性，和/或通過增強正常天然多肽活性(包括但不限于增強天然多肽的穩(wěn)定性，或增強天然多肽對一種或多種靶配體的結合)，模擬，促進，刺激，或增強本文中公開的天然多肽(例如免疫細胞受體或配體，諸如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4)的正常生物學活性的任何分子。本領域普通技術人員會理解，在一些情況中，激動劑可激動天然多肽的一種活性而不影響該天然多肽的另一種活性。本領域普通技術人員還會理解，在一些情況中，激動劑可以是根據它與之結合，相互作用，或關聯的天然多肽而被認定為激活性或阻抑性免疫療法的治療劑。激動劑可選自抗體，抗原結合片段，適體，干擾rna，小分子，肽，反義分子，和另一種結合多肽。又例如，激動劑可以是選自適體，干擾rna，或干擾天然多肽抑制性分子的轉錄和/或翻譯的反義分子的多核苷酸。用于鑒定多肽的激動劑或拮抗劑的方法可包括使多肽接觸候選激動劑或拮抗劑分子并測量通常與該多肽有關的一種或多種生物學活性的可檢測變化。術語“激活性免疫療法”指使用誘導，增強，或促進免疫應答，包括例如t細胞應答的治療劑。術語“阻抑性免疫療法”指使用干擾，阻抑，或抑制免疫應答，包括例如t細胞應答的治療劑?！叭诵毎敝副磉_一種或多種fcr并行使效應器功能的白細胞。在某些實施方案中，該細胞至少表達fcγriii并行使adcc效應器功能。介導adcc的人白細胞的例子包括外周血單個核細胞(pbmc)，天然殺傷(nk)細胞，單核細胞，細胞毒性t細胞和嗜中性粒細胞。效應細胞可以從天然來源分離，例如血液?！罢{節(jié)t細胞(treg)”指在抑制自身反應性免疫應答中發(fā)揮作用且常常在慢性炎癥部位中，諸如在腫瘤組織中找到的輔助t細胞子集。在某些實施方案中，treg在表型上通過cd25，clta4，gitr，和神經氈蛋白-1的高細胞表面表達來定義且在轉錄因子foxp3控制下。在其它實施方案中，treg經由接觸依賴性機制和細胞因子生成對激活的t細胞實施它們的阻抑功能。在一些實施方案中，treg還通過與樹突細胞(dc)上的配體的直接相互作用來調控免疫應答，諸如例如ctla4與dc上b7分子的相互作用引發(fā)對吲哚胺2,3-加雙氧酶(ido)的誘導。本文中的術語“抗體”以最廣義使用，而且涵蓋各種抗體結構，包括但不限于單克隆抗體，多克隆抗體，多特異性抗體(例如雙特異性抗體)，和抗體片段，只要它們展現出期望的抗原結合活性。結合靶物的抗體指能夠以足夠親和力結合靶物，使得該抗體作為靶向靶物的診斷劑和/或治療劑的是有用的抗體。在一個實施方案中，根據例如通過放射免疫測定法(ria)或biacore測定法的測量，抗靶物抗體結合無關的，非靶物的蛋白質的程度小于該抗體對靶物的結合的約10％。在某些實施方案中，結合靶物的抗體具有≤1μm，≤100nm，≤10nm，≤1nm，≤0.1nm，≤0.01nm，或≤0.001nm(例如10-8m或更少，例如10-8m至10-13m，例如10-9m至10-13m)的解離常數(kd)。在某些實施方案中，抗靶物抗體結合靶物上在不同物種中保守的表位?！白钄嘈钥贵w”或“拮抗性抗體”是部分或完全阻斷、抑制、干擾、或中和其結合的抗原的正常生物學活性的抗體。例如，拮抗性抗體可阻斷經由免疫細胞受體(例如t細胞受體)的信號傳導，從而自針對抗原刺激的功能障礙性狀態(tài)恢復t細胞的功能性應答(例如增殖，細胞因子生成，靶細胞殺傷)“激動性抗體”或“活化性抗體”是模擬、促進、刺激、或增強-其結合的抗原的正常生物學活性的抗體。激動性抗體還能通過與其結合的抗原增強或啟動信號傳導。在一些實施方案中，激動性抗體在不存在天然配體的情況中引起或激活信號傳導。例如，激動性抗體可提高記憶t細胞增殖，提高記憶t細胞的細胞因子生成，抑制調節(jié)t細胞功能，和/或抑制效應t細胞功能(諸如效應t細胞增殖和/或細胞因子生成)的調節(jié)t細胞阻抑?！翱贵w片段”指與完整抗體不同的分子，其包含完整抗體中結合完整抗體所結合之抗原的一部分?？贵w片段的例子包括但不限于fv，fab，fab’，fab’-sh，f(ab’)2；雙抗體；線性抗體；單鏈抗體分子(例如scfv)；和由抗體片段形成的多特異性抗體。與參照抗體“結合相同表位的抗體”指在競爭測定法中將參照抗體對其抗原的結合阻斷50％或更多的抗體，且相反，參照抗體在競爭測定法中將該抗體對其抗原的結合阻斷50％或更多。術語“益處”以最廣義使用，而且指任何期望的效果，且明確包括本文中限定的臨床益處。可以通過評估各種終點來測量臨床益處，所述終點例如在一定程度上抑制疾病進展，包括延緩和完全阻滯；疾病事件和/或癥狀數目的減少；損傷大小的降低；抑制(即降低、減緩或完全阻止)疾病細胞滲入鄰近周圍器官和/或組織中；抑制(即降低、減緩或完全阻止)疾病擴散；降低自身免疫應答，其可以但不必導致疾病損傷的消退或消除；在一定程度上減輕一種或多種與病癥有關的癥狀；延長治療后無疾病呈現例如無進展存活的長度；增加的總體存活；較高的響應率；和/或在治療后給定時間點時降低的死亡率。如本文中使用的，術語“結合”，“特異性結合”或“對……特異性的”指可測量且可再現的相互作用，諸如靶物和抗體之間的結合，其確定在存在分子(包括生物學分子)的異質群體的情況中靶物的存在。例如，特異性結合靶物(其可以是表位)的抗體是以比其結合其它靶物更大的親和力，親合力，更容易，和/或以更大的持續(xù)時間結合此靶物的抗體。在一個實施方案中，抗體結合無關靶物的程度小于抗體結合靶物的約10％，如例如通過放射性免疫測定法(ria)測量的。在某些實施方案中，特異性結合靶物的抗體具有<1μm，<100nm，<10nm，<1nm，或<0.1nm的解離常數(kd)。在某些實施方案中，抗體特異性結合蛋白質上在來自不同物種的蛋白質間保守的表位。在另一個實施方案中，特異性結合可以包括但不需要排他結合。如本文中所使用的，術語“生物學樣品”或“樣品”包括但不限于血液，血清，血漿，痰，組織活檢，腫瘤組織，和鼻樣品(包括鼻拭子或鼻息肉)。術語“癌癥”和“癌性”指向或描述哺乳動物中特征通常為細胞生長不受調節(jié)的生理疾患。此定義中包括良性和惡性癌癥。癌癥的例子包括但不限于癌，淋巴瘤，母細胞瘤，肉瘤和白血病。此類癌癥的更具體例子包括但不限于鱗狀細胞癌，肺癌(包括小細胞肺癌，非小細胞肺癌，肺的腺癌，和肺的鱗癌)，腹膜癌，肝細胞癌，胃的癌或胃癌(包括胃腸癌)，胰腺癌，成膠質細胞瘤，宮頸癌，卵巢癌，肝癌，膀胱癌，肝瘤，乳腺癌，結腸癌，結直腸癌，子宮內膜癌或子宮癌，唾液腺癌，腎癌或腎的癌，肝癌，前列腺癌，外陰癌，甲狀腺癌，肝的癌和各種類型的頭和頸癌，以及b細胞淋巴瘤(包括低級/濾泡性非何杰金氏淋巴瘤(nhl)，小淋巴細胞性(sl)nhl，中級/濾泡性nhl，中級彌漫性nhl，高級成免疫細胞性nhl，高級成淋巴細胞性nhl，高級小無核裂細胞性nhl，貯積病(bulkydisease)nhl，套細胞淋巴瘤，aids相關淋巴瘤，和瓦爾登斯特倫(waldenstrom)氏巨球蛋白血癥)，慢性淋巴細胞性白血病(cll)，急性成淋巴細胞性白血病(all)，毛細胞性白血病，慢性成髓細胞性白血病，和移植后淋巴增殖性病癥(ptld)，以及與瘢痣病(phakomatoses)，水腫(諸如與腦瘤有關的)，和梅格斯(meigs)氏綜合征有關的異常血管增殖?！巴砥凇卑┌Y是已經通過局部侵入或轉移在起源的部位或器官外部擴散的癌癥?！邦B固性”癌癥是即使對癌癥患者施用抗腫瘤劑，諸如化療劑仍進展的癌癥。頑固性癌癥的一個例子是鉑不應性的癌癥?！皬桶l(fā)性”癌癥是在響應初始療法后在初始部位處或在遠端部位處已經再生長的癌癥。“鉑抗性”癌癥表示患者中的癌癥當患者正在接受基于鉑的化療或癌癥時有進展，或者患者中的癌癥在基于鉑的化療完成后例如12個月內(例如6個月內)有進展。此類癌癥可以說是具有或展現“鉑抗性”。“化療抗性”癌癥表示患者中的癌癥當患者正在接受化療方案時有進展，或者患者中的癌癥在化療方案完成后例如12個月內(例如6個月內)有進展。此類癌癥可以說是具有或展現“化療抗性”。術語“腫瘤”指所有贅生性(neoplastic)細胞生長和增殖，無論是惡性的還是良性的，及所有癌前(pre-cancerous)和癌性細胞和組織。術語“癌癥”，“癌性”，“細胞增殖性病癥”，“增殖性病癥”和“腫瘤”在本文中提到時并不互相排斥。如本文中使用的，“轉移”指癌自其原發(fā)部位傳播至身體中的其它位置。癌細胞能脫離原發(fā)性腫瘤，滲透入淋巴和血管，經由血流而循環(huán)，和在身體中其它地方的正常組織中的遠端病灶(轉移)中生長。轉移可以是當地的或遠端的。轉移是一個連續(xù)過程，視腫瘤細胞自原發(fā)性腫瘤脫落，經由血流而傳播，并在遠端部位停止而定。在新的部位，該細胞建立血供且能生長至形成危及生命的團塊。腫瘤細胞內的刺激性和抑制性分子途徑調節(jié)這種行為，而且腫瘤細胞與遠端部位中的宿主細胞之間的相互作用也是重要的。術語“嵌合”抗體指其中的重和/或輕鏈的一部分自特定的來源或物種衍生，而重和/或輕鏈的剩余部分自不同來源或物種衍生的抗體?？贵w的“類”指其重鏈擁有的恒定域或恒定區(qū)的類型。抗體有5大類：iga，igd，ige，igg，和igm，并且這些中的幾種可以進一步分成亞類(同種型)，例如，igg1，igg2，igg3，igg4，iga1，和iga2。與不同類免疫球蛋白對應的重鏈恒定域分別稱作α，δ，ε，γ，和μ。“化療劑”包括在治療癌癥中有用的化學化合物。化療劑的例子包括厄洛替尼(erlotinib)(genentech/osipharm.)，硼替佐米(bortezomib)(millenniumpharm.)，雙硫侖(disulfiram)，沒食子酸表沒食子兒茶精(epigallocatechingallate)，salinosporamidea，carfilzomib，17-aag(格爾德霉素(geldanamycin))，根赤殼菌素(radicicol)，乳酸脫氫酶a(ldh-a)，氟維司群(fulvestrant)(astrazeneca)，舒尼替尼(sunitib)(pfizer/sugen)，來曲唑(letrozole)(novartis)，甲磺酸伊馬替尼(imatinibmesylate)(novartis)，finasunate(novartis)，奧沙利鉑(oxaliplatin)(sanofi)，5-fu(5-氟尿嘧啶)，甲酰四氫葉酸(leucovorin)，雷帕霉素(rapamycin)(西羅莫司(sirolimus)，wyeth)，拉帕替尼(lapatinib)(gsk572016，glaxosmithkline)，lonafamib(sch66336)，索拉非尼(sorafenib)(bayerlabs)，吉非替尼(gefitinib)(astrazeneca)，ag1478，烷化劑類(alkylatingagents)，諸如塞替派(thiotepa)和環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)；磺酸烷基酯類(alkylsulfonates)，諸如白消安(busulfan)，英丙舒凡(improsulfan)和哌泊舒凡(piposulfan)；氮丙啶類(aziridines)，諸如苯佐替派(benzodopa)，卡波醌(carboquone)，美妥替派(meturedopa)，和烏瑞替派(uredopa)；乙撐亞胺類(ethylenimines)和甲基蜜胺類(methylamelamines)，包括六甲蜜胺(altretamine)，三乙撐蜜胺(triethylenemelamine)，三乙撐磷酰胺(triethylenephosphoramide)，三乙撐硫代磷酰胺(triethylenethiophosphoramide)和三羥甲蜜胺(trimethylomelamine)；番荔枝內酯類(acetogenins)(尤其是布拉他辛(bullatacin)和布拉他辛酮(bullatacinone))；喜樹堿(camptothecin)(包括托泊替康(topotecan)和伊立替康(irinotecan))；苔蘚抑素(bryostatin)；callystatin；cc-1065(包括其阿多來新(adozelesin)，卡折來新(carzelesin)和比折來新(bizelesin)合成類似物)；隱藻素類(cryptophycins)(特別是隱藻素1和隱藻素8)；腎上腺皮質類固醇類(adrenocorticosteroids)，包括潑尼松(prednisone)和潑尼松龍(prednisolone)；醋酸環(huán)丙孕酮(cyproteroneacetate)；5α-還原酶，包括非那雄胺(finasteride)和度他雄胺(dutasteride)；vorinostat,romidepsin,panobinostat,丙戊酸(valproicacid),mocetinostat多拉司他汀(dolastatin)；阿地白介素(aldesleukin),滑石(talc)duocarmycin(包括合成類似物，kw-2189和cb1-tm1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；pancratistatin；sarcodictyin；海綿抑素(spongistatin)；氮芥類(nitrogenmustards)，諸如苯丁酸氮芥(chlorambucil)，萘氮芥(chlomaphazine)，膽磷酰胺(chlorophosphamide)，雌莫司汀(estramustine)，異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)，雙氯乙基甲胺(mechlorethamine)，鹽酸氧氮芥(mechlorethamineoxidehydrochloride)，美法侖(melphalan)，新氮芥(novembichin)，苯芥膽甾醇(phenesterine)，潑尼莫司汀(prednimustine)，曲磷胺(trofosfamide)，尿嘧啶氮芥(uracilmustard)；亞硝脲類(nitrosoureas)，諸如卡莫司汀(carmustine)，氯脲菌素(chlorozotocin)，福莫司汀(fotemustine)，洛莫司汀(lomustine)，尼莫司汀(nimustine)，和雷莫司汀(ranimnustine)；抗生素類，諸如烯二炔類抗生素(例如加利車霉素(calicheamicin)，尤其是加利車霉素γ1i和加利車霉素ω1i(angewchem.intl.ed.engl.1994,33:183-186)；蒽環(huán)類抗生素(dynemicin)，包括dynemicina；二膦酸鹽類(bisphosphonates)，諸如氯膦酸鹽(clodronate)；埃斯波霉素(esperamicin)；以及新制癌素(neocarzinostatin)發(fā)色團和相關色蛋白烯二炔類抗生素發(fā)色團)，阿克拉霉素(aclacinomysins)，放線菌素(actinomycin)，氨茴霉素(authramycin)，偶氮絲氨酸(azaserine)，博來霉素(bleomycin)，放線菌素c(cactinomycin)，carabicin，洋紅霉素(caminomycin)，嗜癌霉素(carzinophilin)，色霉素(chromomycinis)，放線菌素d(dactinomycin)，柔紅霉素(daunorubicin)，地托比星(detorubicin)，6-二氮-5-氧-l-正亮氨酸，(多柔比星(doxorubicin))，嗎啉代多柔比星，氰基嗎啉代多柔比星，2-吡咯代多柔比星和脫氧多柔比星)，表柔比星(epirubicin)，依索比星(esorubicin)，伊達比星(idarubicin)，麻西羅霉素(marcellomycin)，絲裂霉素(mitomycin)諸如絲裂霉素c，霉酚酸(mycophenolicacid)，諾拉霉素(nogalamycin)，橄欖霉素(olivomycin)，培洛霉素(peplomycin)，泊非霉素(porfiromycin)，嘌呤霉素(puromycin)，三鐵阿霉素(quelamycin)，羅多比星(rodorubicin)，鏈黑菌素(streptonigrin)，鏈佐星(streptozocin)，殺結核菌素(tubercidin)，烏苯美司(ubenimex)，凈司他丁(zinostatin)，佐柔比星(zorubicin)；抗代謝物類，諸如甲氨蝶呤(methotrexate)和5-氟尿嘧啶(fluorouracil)(5-fu)；葉酸類似物，諸如二甲葉酸(denopterin)，甲氨蝶呤，蝶酰三谷氨酸(pteropterin)，三甲曲沙(trimetrexate)；嘌呤類似物，諸如氟達拉濱(fludarabine)，6-巰基嘌呤(mercaptopurine)，硫咪嘌呤(thiamiprine)，硫鳥嘌呤(thioguanine)；嘧啶類似物，諸如安西他濱(ancitabine)，阿扎胞苷(azacitidine)，6-氮尿苷，卡莫氟(carmofur)，阿糖胞苷(cytarabine)，雙脫氧尿苷(dideoxyuridine)，去氧氟尿苷(doxifluridine)，依諾他濱(enocitabine)，氟尿苷(floxuridine)；雄激素類，諸如卡魯睪酮(calusterone)，丙酸屈他雄酮(dromostanolonepropionate)，表硫雄醇(epitiostanol)，美雄烷(mepitiostane)，睪內酯(testolactone)；抗腎上腺類，諸如氨魯米特(aminoglutethimide)，米托坦(mitotane)，曲洛司坦(trilostane)；葉酸補充劑，諸如亞葉酸(frolinicacid)；醋葡醛內酯(aceglatone)；醛磷酰胺糖苷(aldophosphamideglycoside)；氨基乙酰丙酸(aminolevulinicacid)；恩尿嘧啶(eniluracil)；安吖啶(amsacrine)；bestrabucil；比生群(bisantrene)；依達曲沙(edatraxate)；地磷酰胺(defofamine)；地美可辛(demecolcine)；地吖醌(diaziquone)；elfomithine；依利醋銨(elliptiniumacetate)；epothilone；依托格魯(etoglucid)；硝酸鎵；羥脲(hydroxyurea)；香菇多糖(lentinan)；氯尼達明(lonidainine)；美登木素生物堿類(maytansinoids)，諸如美登素(maytansine)和安絲菌素(ansamitocin)；米托胍腙(mitoguazone)；米托蒽醌(mitoxantrone)；莫哌達醇(mopidamnol)；二胺硝吖啶(nitraerine)；噴司他丁(pentostatin)；蛋氨氮芥(phenamet)；吡柔比星(pirarubicin)；洛索蒽醌(losoxantrone)；鬼臼酸(podophyllinicacid)；2-乙基酰肼(ethylhydrazide)；丙卡巴肼(procarbazine)；多糖復合物(jhsnaturalproducts,eugene,oreg.)；雷佐生(razoxane)；根霉素(rhizoxin)；西索菲蘭(sizofuran)；螺旋鍺(spirogermanium)；細交鏈孢菌酮酸(tenuazonicacid)；三亞胺醌(triaziquone)；2,2',2”-三氯三乙胺；單端孢菌素類(trichothecenes)(尤其是t-2毒素，疣孢菌素(verracurin)a，桿孢菌素(roridin)a和蛇行菌素(anguidine))；烏拉坦(urethan)；長春地辛(vindesine)；達卡巴嗪(dacarbazine)；甘露醇氮芥(mannomustine)；二溴甘露醇(mitobronitol)；二溴衛(wèi)矛醇(mitolactol)；哌泊溴烷(pipobroman)；gacytosine；阿糖胞苷(arabinoside)(“ara-c”)；環(huán)磷酰胺(cyclophosphamide)；塞替派(thiotepa)；類紫杉醇(taxoids)，例如泰素(taxol)(帕利他賽(paclitaxel)；bristol-myerssquibboncology,princeton,n.j.)，(無克列莫佛(cremophor)的)，帕利他賽的清蛋白改造的納米顆粒劑型(americanpharmaceuticalpartners,schaumberg,ill.)和泰索帝(多西他賽(docetaxel，doxetaxel)；sanofi-aventis)；苯丁酸氮芥(chloranmbucil)；(吉西他濱(gemcitabine))；6-硫鳥嘌呤(thioguanine)；巰基嘌呤(mercaptopurine)；甲氨蝶呤(methotrexate)；鉑類似物，諸如順鉑(cisplatin)和卡鉑(carboplatin)；長春堿(vinblastine)；依托泊苷(etoposide)(vp-16)；異環(huán)磷酰胺(ifosfamide)；米托蒽醌(mitoxantrone)；長春新堿(vincristine)；(長春瑞濱(vinorelbine))；能滅瘤(novantrone)；替尼泊苷(teniposide)；依達曲沙(edatrexate)；道諾霉素(daunomycin)；氨基蝶呤(aminopterin)；卡培他濱(capecitabine)伊本膦酸鹽(ibandronate)；cpt-11；拓撲異構酶抑制劑rfs2000；二氟甲基鳥氨酸(dmfo)；類視黃酸(retinoids)，諸如視黃酸(retinoicacid)；及任何上述各項的藥學可接受鹽，酸和衍生物?；焺┻€包括(i)起調節(jié)或抑制激素對腫瘤作用的作用的抗激素劑，諸如抗雌激素類和選擇性雌激素受體調控物類(serm)，包括例如他莫昔芬(tamoxifen)(包括檸檬酸他莫昔芬)，雷洛昔芬(raloxifene)，屈洛昔芬(droloxifene)，iodoxyfene，4-羥基他莫昔芬，曲沃昔芬(trioxifene)，那洛昔芬(keoxifene)，ly117018，奧那司酮(onapristone)，和(檸檬酸托瑞米芬(toremifinecitrate))；(ii)抑制在腎上腺中調節(jié)雌激素生成的芳香酶的芳香酶抑制劑，諸如例如4(5)-咪唑，氨魯米特(aminoglutethimide)，(醋酸甲地孕酮(megestrolacetate))，(依西美坦(exemestane)；pfizer)，福美坦(formestanie)，法倔唑(fadrozole)，(伏羅唑(vorozole))，(來曲唑(letrozole)；novartis)，和(阿那曲唑(anastrozole)；astrazeneca)；(iii)抗雄激素類，諸如氟他米特(flutamide)，尼魯米特(nilutamide)，比卡米特(bicalutamide)，亮丙瑞林(leuprolide)和戈舍瑞林(goserelin)；布舍瑞林(buserelin)，曲普瑞林(tripterelin)，醋酸甲羥孕酮(medroxyprogesteroneacetate)，己烯雌酚(diethylstilbestrol)，倍美力(premarin)，氟甲睪酮(fluoxymesterone)，全反式視黃酸，芬維a胺(fenretinide)，以及曲沙他濱(troxacitabine)(1,3-二氧戊環(huán)核苷胞嘧啶類似物)；(iv)蛋白質激酶抑制劑；(v)脂質激酶抑制劑；(vi)反義寡核苷酸，特別是抑制牽涉異常細胞增殖的信號傳導途經中的基因表達的反義寡核苷酸，諸如例如pkc-α，ralf和h-ras；(vii)核酶，諸如vegf表達抑制劑(例如)和her2表達抑制劑；(viii)疫苗，諸如基因療法疫苗，例如和ril-2；拓撲異構酶1抑制劑，諸如rmrh；和(ix)及任何上述藥劑的藥學可接受鹽，酸和衍生物?；焺┻€包括抗體，諸如阿侖珠單抗(alemtuzumab)(campath)，貝伐珠單抗(bevacizumab)(genentech)，西妥昔單抗(cetuximab)(imclone)；帕尼單抗(panitumumab)(amgen)，利妥昔單抗(rituximab)(genentech/biogenidec)，帕妥珠單抗(pertuzumab)(2c4，genentech)，曲妥珠單抗(genentech)，托西莫單抗(tositumomab)(bexxar，corixia)，和抗體藥物綴合物，吉妥珠單抗奧佐米星(gemtuzumabozogamicin)(wyeth)。具有作為與本發(fā)明化合物組合的藥劑的治療潛力的別的人源化單克隆抗體包括：阿泊珠單抗(apolizumab)，阿塞珠單抗(aselizumab)，atlizumab，巴匹珠單抗(bapineuzumab)，bivatuzumabmertansine，莫坎妥珠單抗(cantuzumabmertansine)，西利珠單抗(cedelizumab)，培舍珠單抗(certolizumabpegol)，cidfusituzumab，cidtuzumab，達克珠單抗(daclizumab)，依庫珠單抗(eculizumab)，依法珠單抗(efalizumab)，依帕珠單抗(epratuzumab)，厄利珠單抗(erlizumab)，非維珠單抗(felvizumab)，芳妥珠單抗(fontolizumab)，吉妥珠單抗奧佐米星(gemtuzumabozogamicin)，英妥珠單抗奧佐米星(inotuzumabozogamicin)，伊匹木單抗(ipilimumab)，拉貝珠單抗(labetuzumab)，林妥珠單抗(lintuzumab)，馬妥珠單抗(matuzumab)，美泊利單抗(mepolizumab)，莫維珠單抗(motavizumab)，motovizumab，那他珠單抗(natalizumab)，尼妥珠單抗(nimotuzumab)，nolovizumab，numavizumab，ocrelizumab，奧馬珠單抗(omalizumab)，帕利珠單抗(palivizumab)，帕考珠單抗(pascolizumab)，pecfusituzumab，pectuzumab，培克珠單抗(pexelizumab)，ralivizumab，雷珠單抗(ranibizumab)，reslivizumab，瑞利珠單抗(reslizumab)，resyvizumab，羅維珠單抗(rovelizumab)，盧利珠單抗(ruplizumab)，西羅珠單抗(sibrotuzumab)，西利珠單抗(siplizumab)，索土珠單抗(sontuzumab)，tacatuzumabtetraxetan，tadocizumab，他利珠單抗(talizumab)，特非珠單抗(tefibazumab)，托珠單抗(tocilizumab)，托利珠單抗(toralizumab)，tucotuzumab西莫白介素(celmoleukin)，tucusituzumab，umavizumab，烏珠單抗(urtoxazumab)，優(yōu)特克單抗(ustekinumab)，維西珠單抗(visilizumab)，和抗白介素-12(abt-874/j695，wyethresearchandabbottlaboratories)，其為經遺傳修飾以識別白介素-12p40蛋白的重組專有人序列全長igg1λ抗體?；焺┻€包括“egfr抑制劑”，其指結合egfr或以其它方式直接與egfr相互作用并阻止或降低其信號傳導活性的化合物，其另外還稱作“egfr拮抗劑”。此類藥劑的例子包括結合egfr的抗體和小分子。結合egfr的抗體的例子包括mab579(atcccrlhb8506)，mab455(atcccrlhb8507)，mab225(atcccrl8508)，mab528(atcccrl8509)(參見美國專利no.4,943,533，mendelsohn等人)及其變體，諸如嵌合化的225(c225或西妥昔單抗；)和重構的人225(h225)(參見wo96/40210，imclonesystermsinc.)；imc-11f8，一種完全人的egfr靶向抗體(imclone)；結合ii型突變體egfr的抗體(美國專利no.5,212,290)；結合egfr的人源化和嵌合抗體，如美國專利no.5,891,996中所述；和結合egfr的人抗體，諸如abx-egf或帕尼單抗(panitumumab)(參見wo98/50433，abgenix/amgen)；emd55900(stragliottoetal.,eur.j.cancer32a:636-640(1996))；emd7200(matuzumab)，一種針對egfr且與egf和tgf-α二者競爭egfr結合的人源化egfr抗體(emd/merck)；人egfr抗體，humax-egfr(genmab)；稱作e1.1，e2.4，e2.5，e6.2，e6.4，e2.11，e6.3和e7.6.3且描述在us6,235,883中的完全人抗體；mdx-447(medarexinc)；和mab806或人源化mab806(johnsetal.,j.biol.chem.279(29):30375-30384(2004))?？筫gfr抗體可與細胞毒劑綴合，由此產生免疫綴合物(參見例如ep659,439a2，merckpatentgmbh)。egfr拮抗劑包括小分子，諸如美國專利no.5,616,582，5,457,105，5,475,001，5,654,307，5,679,683，6,084,095，6,265,410，6,455,534，6,521,620，6,596,726，6,713,484，5,770,599，6,140,332，5,866,572，6,399,602，6,344,459，6,602,863，6,391,874，6,344,455，5,760,041，6,002,008，和5,747,498，以及pct公開文本wo98/14451，wo98/50038，wo99/09016，和wo99/24037中描述的化合物。具體的小分子egfr拮抗劑包括osi-774(cp-358774，厄洛替尼(erlotinib)，genentech/osipharmaceuticals)；pd183805(ci1033，2-丙烯酰胺，n-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-7-[3-(4-嗎啉基)丙氧基]-6-喹唑啉基]-，二氫氯化物，pfizerinc.)；zd1839，吉非替尼(gefitinib)4-(3’-氯-4’-氟苯胺基)-7-甲氧基-6-(3-嗎啉代丙氧基)喹唑啉，astrazeneca)；zm105180((6-氨基-4-(3-甲基苯基-氨基)-喹唑啉，zeneca)；bibx-1382(n8-(3-氯-4-氟-苯基)-n2-(1-甲基-哌啶-4-基)-嘧啶并[5,4-d]嘧啶-2,8-二胺，boehringeringelheim)；pki-166((r)-4-[4-[(1-苯基乙基)氨基]-1h-吡咯并[2,3-d]嘧啶-6-基]-苯酚)；(r)-6-(4-羥基苯基)-4-[(1-苯基乙基)氨基]-7h-吡咯并[2,3-d]嘧啶)；cl-387785(n-[4-[(3-溴苯基)氨基]-6-喹唑啉基]-2-丁炔酰胺)；ekb-569(n-[4-[(3-氯-4-氟苯基)氨基]-3-氰基-7-乙氧基-6-喹啉基]-4-(二甲基氨基)-2-丁烯酰胺)(wyeth)；ag1478(pfizer)；ag1571(su5271；pfizer)；雙重egfr/her2酪氨酸激酶抑制劑，諸如拉帕替尼(lapatinib)(gsk572016或n-[3-氯4-[(3氟苯基)甲氧基]苯基]-6[5[[[2甲基磺?；?乙基]氨基]甲基]-2-呋喃基]-4-喹唑啉胺)?；焺┻€包括“酪氨酸激酶抑制劑”，包括前一段中提到的egfr靶向藥物；小分子her2酪氨酸激酶抑制劑，諸如可從takeda獲得的tak165；cp-724,714，一種口服erbb2受體酪氨酸激酶選擇性抑制劑(pfizer和osi)；優(yōu)先結合egfr但抑制her2和egfr過表達細胞二者的雙重her抑制劑，諸如ekb-569(可從wyeth獲得)；拉帕替尼(lapatinib)(gsk572016；可從glaxo-smithkline獲得)，一種口服her2和egfr酪氨酸激酶抑制劑；pki-166(可從novartis獲得)；泛her抑制劑，諸如卡奈替尼(canertinib)(ci-1033；pharmacia)；raf-1抑制劑，諸如可從isispharmaceuticals獲得的，抑制raf-1信號傳導的反義藥劑isis-5132；非her靶向tk抑制劑，諸如甲磺酸伊馬替尼(可得自glaxosmithkline)；多靶向酪氨酸激酶抑制劑，諸如舒尼替尼(sunitinib)(可從pfizer獲得)；vegf受體酪氨酸激酶抑制劑，諸如瓦他拉尼(vatalanib)(ptk787/zk222584，可從novartis/scheringag獲得)；mapk胞外調控激酶i抑制劑ci-1040(可從pharmacia獲得)；喹唑啉類，諸如pd153035，4-(3-氯苯胺基)喹唑啉；吡啶并嘧啶類；嘧啶并嘧啶類；吡咯并嘧啶類，諸如cgp59326，cgp60261和cgp62706；吡唑并嘧啶類，4-(苯基氨基)-7h-吡咯并[2,3-d]嘧啶類；姜黃素(二阿魏酰甲烷，4,5-雙(4-氟苯胺基)-酞酰亞胺)；含有硝基噻吩模塊的tyrphostine；pd-0183805(warner-lamber)；反義分子(例如那些與編碼her的核酸結合的反義分子)；喹喔啉類(美國專利no.5,804,396)；tryphostins(美國專利no.5,804,396)；zd6474(astrazeneca)；ptk-787(novartis/scheringag)；泛her抑制劑，諸如ci-1033(pfizer)；affinitac(isis3521；isis/lilly)；甲磺酸伊馬替尼pki166(novartis)；gw2016(glaxosmithkline)；ci-1033(pfizer)；ekb-569(wyeth)；semaxinib(pfizer)；zd6474(astrazeneca)；ptk-787(novartis/scheringag)；inc-1c11(imclone)，雷帕霉素(西羅莫司，)；或任何下列專利公開文本中描述的：美國專利no.5,804,396；wo1999/09016(americancyanamid)；wo1998/43960(americancyanamid)；wo1997/38983(warnerlambert)；wo1999/06378(warnerlambert)；wo1999/06396(warnerlambert)；wo1996/30347(pfizer,inc)；wo1996/33978(zeneca)；wo1996/3397(zeneca)和wo1996/33980(zeneca)。化療劑還包括地塞米松(dexamethasone)，干擾素，秋水仙素(colchicine)，氯苯氨啶(metoprine)，環(huán)孢霉素(cyclosporine)，兩性霉素(amphotericin)，甲硝唑(metronidazole)，阿侖單抗(alemtuzumab)，阿利維a酸(alitretinoin)，別嘌醇(allopurinol)，氨磷汀(amifostine)，三氧化二砷(arsenictrioxide)，天冬酰胺酶(asparaginase)，活的bcg，貝伐珠單抗(bevacuzimab)，貝沙羅汀(bexarotene)，克拉屈濱(cladribine)，里本靈(clofarabine)，darbepoetinalfa，地尼白介素(denileukin)，右雷佐生(dexrazoxane)，阿法依伯汀(epoetinalfa)，厄洛替尼(elotinib)，非格司亭(filgrastim)，醋酸組氨瑞林(histrelinacetate)，ibritumomab，干擾素α-2a，干擾素α-2b，lenalidomide，左旋咪唑(levamisole)，美司鈉(mesna)，甲氧沙林(methoxsalen)，諾龍(nandrolone)，奈拉濱(nelarabine)，諾非單抗(nofetumomab)，奧普瑞白介素(oprelvekin)，palifermin，帕米膦酸鹽(pamidronate)，培加酶(pegademase)，培門冬酶(pegaspargase)，peg非格司亭(pegfilgrastim)，培美曲塞二鈉(pemetrexeddisodium)，普卡霉素(plicamycin)，卟吩姆鈉(porfimersodium)，喹納克林(quinacrine)，拉布立酶(rasburicase)，沙格司亭(sargramostim)，替莫唑胺(temozolomide)，vm-26，6-tg，托瑞米芬(toremifene)，tretinoin，atra，戊柔比星(valrubicin)，唑來膦酸鹽(zoledronate)，和唑來膦酸(zoledronicacid)，及其藥學可接受鹽?！盎阢K的化療劑”或“鉑劑”指作為鉑的配位絡合物的抗腫瘤藥物。基于鉑的化療劑的例子包括卡鉑(carboplatin)，順鉑(cisplatin),satraplatin,picoplatin,nedaplatin,triplatin,lipoplatin,和奧沙利鉑(oxaliplatinum)?！盎阢K的化療”指使用一種或多種基于鉑的化療劑的療法，任選與一種或多種其它化療劑組合?！瓣P聯”或“聯系”意指以任何方式將第一分析或方案的性能和/或結果與第二分析或方案的性能和/或結果進行比較。例如，可以使用第一分析或方案的結果來確定第二方案的結局或結果?；蛘撸梢允褂玫谝环治龌蚍桨傅慕Y果來決定是否應當實施第二分析或方案。例如，就基因表達分析或方案的實施方案而言，可以使用基因表達分析或方案的結果來確定特定免疫細胞類型或子集是否存在。“效應器功能”指那些可歸于抗體fc區(qū)且隨抗體同種型而變化的生物學活性。抗體效應器功能的例子包括：c1q結合和補體依賴性細胞毒性(cdc)；fc受體結合；抗體依賴性細胞介導的細胞毒性(adcc)；吞噬作用；細胞表面受體(例如b細胞受體)下調；和b細胞活化。“增強t細胞功能”意指誘導，引起或刺激效應或記憶t細胞具有更新，持續(xù)或放大的生物學功能。增強t細胞功能的例子包括：相對于干預前的此類水平，升高的來自cd8效應t細胞的γ-干擾素分泌，升高的來自cd4+記憶和/或效應t細胞的γ-干擾素分泌，升高的cd4+效應和/或記憶t細胞的增殖，升高的cd8效應t細胞的增殖，升高的抗原響應性(例如清除)。在一個實施方案中，增強的水平是至少50％，或者60％，70％，80％，90％，100％，120％，150％，200％。測量此增強的方式是本領域普通技術人員已知的。以相對于中值表達水平(例如該類型的癌癥中(或癌癥類型中，其中“癌癥類型”意圖包括癌性細胞(例如腫瘤細胞，腫瘤組織)以及圍繞癌性/腫瘤環(huán)境的非癌性細胞(例如基質細胞，基質組織)該一種或多種免疫細胞基因簽名的中值表達水平)升高的表達水平“表達”一種或多種免疫細胞基因簽名的樣品，細胞，腫瘤，或癌癥是如下的樣品，細胞，腫瘤，或癌癥，其中一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平被技術人員認定為對于該類型的癌癥是“高免疫細胞基因簽名表達水平”。通常，此類水平會在相對于相同癌癥類型的一群樣品，細胞，腫瘤，或癌癥中的免疫細胞基因簽名水平的約50％至約100％或更多的范圍中(例如50％，55％，60％，65％，70％，75％，80％，85％，90％，95％，100％，或更多)。例如，用于獲得中值表達水平的群體可以是一般性的特定癌癥樣品(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)，或其亞群，諸如化療抗性癌癥，鉑抗性癌癥，以及高級，頑固性，或復發(fā)性癌癥樣品。提到特定生物標志物(例如一種或多種免疫細胞基因簽名)使用的“測定表達水平”表示癌癥相關生物學環(huán)境，腫瘤相關細胞(例如腫瘤相關基質細胞)中生物標志物(例如一種或多種免疫細胞基因簽名)的表達(例如腫瘤細胞中生物標志物的表達)，如使用診斷性測試，本文中描述的任何檢測方法，或類似方法測定的。本文中的術語“fc區(qū)”用于定義免疫球蛋白重鏈中至少含有恒定區(qū)一部分的c端區(qū)。該術語包括天然序列fc區(qū)和變體fc區(qū)。在一個實施方案中，人igg重鏈fc區(qū)自cys226，或自pro230延伸至重鏈的羧基端。然而，fc區(qū)的c端賴氨酸(lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有規(guī)定，fc區(qū)或恒定區(qū)中的氨基酸殘基的編號方式依照eu編號系統(tǒng)，也稱作eu索引，如記載于kabat等,sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第5版publichealthservice,nationalinstitutesofhealth,bethesda,md,1991?！翱蚣堋被颉癴r”指除高變區(qū)(hvr)殘基外的可變域殘基。一般地，可變域的fr由4個fr域組成：fr1，fr2，fr3，和fr4。因而，hvr和fr序列在vh(或vl)中一般以如下的順序出現：fr1-h1(l1)-fr2-h2(l2)-fr3-h3(l3)-fr4。術語“全長抗體”，“完整抗體”，和“全抗體”在本文中可互換使用，指與天然抗體結構具有實質性類似的結構或者具有含有如本文中所限定的fc區(qū)的重鏈的抗體?！叭丝贵w”指擁有與由人或人細胞生成的或利用人抗體全集或其它人抗體編碼序列自非人來源衍生的抗體的氨基酸序列對應的氨基酸序列的抗體。人抗體的此定義明確排除包含非人抗原結合殘基的人源化抗體?！叭斯灿锌蚣堋敝复砣嗣庖咔虻鞍譾l或vh框架序列選集中最常存在的氨基酸殘基的框架。通常，人免疫球蛋白vl或vh序列選集來自可變域序列亞組。通常，序列亞組是如kabat等，sequencesofproteinsofimmunologicalinterest,第五版,nihpublication91-3242,bethesdamd(1991),第1-3卷中的亞組。在一個實施方案中，對于vl，亞組是如kabat等，見上文中的亞組κi。在一個實施方案中，對于vh，亞組是如kabat等，見上文中的亞組iii。“人源化”抗體指包含來自非人hvr的氨基酸殘基和來自人fr的氨基酸殘基的嵌合抗體。在某些實施方案中，人源化抗體會包含至少一個，通常兩個基本上整個如下的可變域，其中所有或基本上所有hvr(例如cdr)對應于非人抗體的那些，且所有或基本上所有fr對應于人抗體的那些。任選地，人源化抗體可以至少包含自人抗體衍生的抗體恒定區(qū)的一部分?？贵w(例如非人抗體)的“人源化形式”指已經經歷人源化的抗體。如本文中使用的，術語“高變區(qū)”或“hvr”指抗體可變域中在序列上高變的和/或形成結構上限定的環(huán)(“高變環(huán)”)的每個區(qū)。一般地，天然的4鏈抗體包含6個hvr；三個在vh中(h1，h2，h3)，且三個在vl中(l1，l2，l3)。hvr一般包含來自高變環(huán)和/或來自“互補決定區(qū)”(cdr)的氨基酸殘基，后一種通常是最高序列變異性的和/或牽涉抗原識別。如本文中使用的，hvr區(qū)包含任意數目的位于位置24-36(對于hvrl1)，46-56(對于hvrl2)，89-97(對于hvrl3)，26-35b(對于hvrh1)，47-65(對于hvrh2)，和93-102(對于hvrh3)內的殘基?！澳[瘤免疫”指腫瘤逃避免疫識別和清除的過程。如此，作為治療概念，腫瘤免疫在此類逃避減弱時得到“治療”，并且腫瘤被免疫系統(tǒng)識別并攻擊。腫瘤識別的例子包括腫瘤結合，腫瘤收縮和腫瘤清除。“免疫原性”指特定物質引發(fā)免疫應答的能力。腫瘤是免疫原性的，并且增強腫瘤免疫原性有助于通過免疫應答清除腫瘤細胞。增強腫瘤免疫原性的例子包括但不限于用cd28、ox40、gitr、cd137、cd27、icos、hvem、nkg2d、mica、或2b4激動劑處理或用ctla-4、pd-1軸、tim-3、btla、vista、lag-3、b7h4、cd96、tigit、或cd226拮抗劑處理。“免疫綴合物”指與一種或多種異源分子，包括但不限于細胞毒劑綴合的抗體?！皞€體”或“受試者”是哺乳動物。哺乳動物包括但不限于馴養(yǎng)的動物(例如牛，綿羊，貓，犬，和馬)，靈長類(例如人和非人靈長類諸如猴)，家兔，和嚙齒類(例如小鼠和大鼠)。在某些實施方案中，個體或受試者是人?！胺蛛x的”抗體指已經與其天然環(huán)境的成分分開的抗體。在一些實施方案中，抗體純化至大于95％或99％的純度，如通過例如電泳(例如sds-page，等電聚焦(ief)，毛細管電泳)或層析(例如離子交換或反相hplc)測定的。關于用于評估抗體純度的方法的綜述，見例如flatman等,j.chromatogr.b848:79-87(2007)?！胺蛛x的”核酸指已經與其天然環(huán)境的成分分開的核酸分子。分離的核酸包括通常含有核酸分子的細胞中含有的核酸分子，但是核酸分子在染色體外或在與其天然染色體位置不同的染色體位置處存在。“編碼抗靶物抗體的分離的核酸”指編碼抗體重和輕鏈(或其片段)的一種或多種核酸分子，包括單一載體或不同載體中的此類核酸分子，和存在于宿主細胞中的一個或多個位置的此類核酸分子。“加載”劑量在本文中一般包含對患者施用的治療劑的初始劑量，并且接著是一個或多個其維持劑量。一般地，施用一個加載劑量，但是本文中涵蓋多個加載劑量。通常，施用的加載劑量的量超過施用的維持劑量的量和/或比維持劑量更頻繁施用加載劑量，從而比用維持劑量可以實現的治療劑的期望穩(wěn)態(tài)濃度更早地實現治療劑的期望穩(wěn)態(tài)濃度。如本文中使用的，術語“單克隆抗體”指從一群基本上同質的抗體獲得的抗體，即構成群體的各個抗體是相同的和/或結合相同表位，除了例如含有天然存在的突變或在單克隆抗體制備物的生成期間發(fā)生的可能的變體抗體外，此類變體一般以極小量存在。與通常包含針對不同決定簇(表位)的不同抗體的多克隆抗體制備物不同，單克隆抗體制備物的每個單克隆抗體針對抗原上的單一決定簇。如此，修飾語“單克隆”指示抗體自一群基本上同質的抗體獲得的特性，而不應解釋為要求通過任何特定方法來生成抗體。例如，可以通過多種技術來生成要依照本發(fā)明提供的方法使用的單克隆抗體，包括但不限于雜交瘤方法，重組dna方法，噬菌體展示方法，和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的轉基因動物的方法，本文中描述了用于生成單克隆抗體的此類方法和其它例示性方法?！奥憧贵w”指未與異源模塊(例如細胞毒性模塊)或放射性標記物綴合的抗體。裸抗體可以存在于藥物配制劑中?！疤烊豢贵w”指具有不同結構的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然igg抗體是約150,000道爾頓的異四聚糖蛋白，由二硫化物鍵合的兩條相同輕鏈和兩條相同重鏈構成。從n至c端，每條重鏈具有一個可變區(qū)(vh)，也稱作可變重域或重鏈可變域，接著是三個恒定域(ch1，ch2，和ch3)。類似地，從n至c端，每條輕鏈具有一個可變區(qū)(vl)，也稱作可變輕域或輕鏈可變域，接著是一個恒定輕(cl)域。根據其恒定域氨基酸序列，抗體輕鏈可歸入兩種型中的一種，稱作卡帕(κ)和拉姆達(λ)?！盎颊唔憫被颉绊憫?及其語法變化)可使用表明對患者有益處的任何終點來評估，包括但不限于：(1)一定程度地抑制疾病進展，包括減緩和完全阻滯；(2)減少疾病事件和/或癥狀的數目；(3)縮小損害尺寸；(4)抑制(即減輕、減緩或完全終止)疾病細胞浸潤入臨近周圍器官和/或組織；(5)抑制(即減輕、減緩或完全終止)疾病擴散；(6)降低自身免疫應答，其可以但不必導致疾病損傷的消退或消除；(7)一定程度地減輕與病癥有關的一種或多種癥狀；(8)治療后無疾病呈現的時間延長；和/或(9)治療后給定時間點的死亡率降低。“放射療法”或“放療”指使用定向伽馬射線或貝塔射線來誘發(fā)對細胞的足夠損傷，以限制細胞正常發(fā)揮功能的能力或全然破壞細胞。應當領會，本領域知道許多方式來確定治療的劑量和持續(xù)時間。典型的治療作為一次施用來給予，而典型的劑量范圍為每天10-200個單位(戈瑞(gray))。術語“小分子”指具有介于50道爾頓至2500道爾頓之間的分子量的有機分子。術語“免疫細胞基因簽名”和“免疫細胞簽名”指表1中列出的31種基因中的任意一種或組合或子組合。這31種基因的此類子組合有時稱作“基因集”，表2-8中列出了例示性的“基因集”?；颊咧忻庖呒毎蚝灻幕虮磉_樣式與免疫細胞亞型(例如t效應細胞，t調節(jié)細胞，b細胞，nk細胞，髓樣細胞，th17細胞，炎性細胞，t細胞免疫阻斷劑，和抗原呈遞細胞(apc)免疫阻斷劑)的存在有關。免疫細胞基因簽名的每一種個別基因或成員為“免疫細胞簽名基因”。這些基因包括但不限于cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，prf1，foxp3，ms4a1，cd48，ncam1，nkp46，itgam，itgax，cd1c，clec4c，il17a，il17f，ccl2，il1b，il8，il6，ptgs2，ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，cd276，pdl1，pdl2，和ido1。術語“pd1軸拮抗劑”指抑制pd-1軸結合配偶與其一種或多種結合配偶相互作用，從而去除pd-1信號傳導軸上的信號傳導所致的t細胞功能障礙(結果是恢復或增強t細胞功能，例如增殖，細胞因子生成，靶細胞殺傷))的分子。如本文中使用的，pd-1軸拮抗劑包括pd-1結合拮抗劑，pd-l1結合拮抗劑，和pd-l2結合拮抗劑。“存活”(survival)指患者保持活著，而且包括總體存活(overallsurvival)以及無進展存活(progressfreesurvival)?！翱傮w存活”指患者自診斷或治療時起一個時間段保持活著，諸如1年、5年、等。短語“無進展存活”在本發(fā)明的上下文中指治療期間和治療后，依照治療內科醫(yī)生或調查人員的評估，患者的疾病不變壞，即不進展的時間長度。如技術人員會領會的，若與類似情況的患者的對照組的平均或均值無進展存活時間相比，患者經歷更長的疾病不進展的時間長度，則患者的無進展存活得到改善或增強?！皹藴首o理”在本文中意指抗腫瘤/抗癌劑或例行用于治療特定形式癌癥的藥劑。術語“治療有效量”或“有效量”指在患者中有效治療癌癥的藥物量。有效量的藥物可以減少癌細胞的數目；縮小腫瘤的尺寸；抑制(即在一定程度上減緩和優(yōu)選阻止)癌細胞浸潤到周圍器官中；抑制(即在一定程度上減緩和優(yōu)選阻止)腫瘤轉移；在一定程度上抑制腫瘤生長；和/或在一定程度上減輕一種或多種與癌癥有關的癥狀。根據藥物可阻止現有癌細胞生長和/或殺死現有癌細胞的程度，它可以是細胞抑制性的和/或細胞毒性的。有效量可延長無進展存活(例如根據實體瘤的響應評估標準(responseevaluationcriteriaforsolidtumors,recist)或ca-125變化的測量)，導致客觀響應(包括部分響應，pr或完全響應，cr)，改善存活(包括總體存活和無進展存活)和/或改善癌癥的一種或多種癥狀(例如根據fosi的評估)。最優(yōu)選地，治療有效量的藥物有效改善無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)。如本文中使用的，“治療/處理”指試圖改變所治療/處理個體或細胞的自然進程的臨床干預，而且可以是為了預防或在臨床病理學的進程中實施。治療/處理的期望效果包括預防疾病的發(fā)生或復發(fā)，緩解癥狀，削弱疾病的任何直接或間接病理學后果，減緩疾病進展的速率，改善或減輕疾病狀態(tài)，及免除或改善預后。在一些實施方案中，本發(fā)明的方法和組合物對于試圖延遲疾病或病癥的發(fā)生是有用的。術語“可變區(qū)”或“可變域”指抗體重鏈或輕鏈中牽涉使抗體結合抗原的域。天然抗體的重鏈和輕鏈的可變域(分別為vh和vl)一般具有類似的結構，每個域包含4個保守的框架區(qū)(fr)和3個高變區(qū)(hvr)。參見例如kindt等,kubyimmunology,第6版,w.h.freemanandco.,第91頁(2007)。單個vh或vl域可能足以賦予抗原結合特異性。此外，可以分別使用來自結合抗原的抗體的vh或vl域篩選互補vl或vh域的文庫來分離結合特定抗原的抗體。參見例如，portolano等,j.immunol.150:880-887(1993)；clarkson等,nature352:624-628(1991)。iii.預后和檢測方法本發(fā)明涉及癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)中與免疫細胞亞型(例如t效應細胞，t調節(jié)細胞，b細胞，nk細胞，髓樣細胞，th17細胞，炎性細胞，t細胞免疫阻斷劑，抗原呈遞細胞(apc)免疫阻斷劑)有關的生物標志物的鑒定，選擇，和使用。在這點上，本發(fā)明涉及分析來自具有癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者的樣品中的表達概況，以鑒定與涉及腫瘤免疫的免疫細胞亞型(例如t效應細胞，t調節(jié)細胞，b細胞，nk細胞，髓樣細胞，th17細胞，炎性細胞，t細胞免疫阻斷劑，和抗原呈遞細胞(apc)免疫阻斷劑)有關的生物標志物，及這些生物標志物在為免疫療法的治療選擇患者中的用途。本文中列出了本發(fā)明的生物標志物，例如在表1中。表1：基因簽名集和免疫細胞基因簽名集成員所有未標記的基因簽名集均衍生自使用基于90基因pcr的fluidigmtm小組分析數據。*th17基因簽名集在本文中還描述為il17基因集，而且衍生自使用基于90基因pcr的fluidigmtm小組分析數據。th17基因集和il17基因集貫穿本申請可互換使用，而且指同一基因集。**衍生自尿道上皮膀胱癌(ubc)樣品中使用800基因定制nanostring小組(代替基于90基因pcr的fluidigmtm小組)分析數據的基因簽名集。#衍生自非小細胞肺癌(nsclc)樣品中使用800基因定制nanostring小組(代替基于90基因pcr的fluidigmtm小組)分析數據的基因簽名集。##衍生自ubc樣品中靶向rna-seqaccess的基因簽名集。本發(fā)明提供用于為免疫療法的治療選擇具有癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者的方法，其通過測定一種或多種免疫細胞基因簽名(例如表1中列出的基因中的一項或多項或其組合，例如如表2-8中列出的)的表達水平，并將該免疫細胞基因簽名的表達水平與該免疫細胞基因簽名的中值表達水平(例如該癌癥類型中該免疫細胞基因簽名的中值表達水平)比較，其中該免疫細胞基因簽名的表達水平的變化為免疫療法的治療鑒定患者。任選地，該方法包括基于一種或多種免疫細胞基因簽名(例如表1中列出的基因中的一項或多項或其組合，例如如表2-8中列出的)的表達水平，告知該患者他們具有升高的可能性對免疫療法是響應性的和/或對該患者提供特定免疫療法的推薦的步驟。在一些實施方案中，如果teff基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(即cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項)的表達水平有升高或treg基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平有降低的話，為激活性免疫療法的治療鑒定該患者或作為具有受益于激活性免疫療法方案的可能性選擇該患者。在其它實施方案中，如果treg基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(即foxp3)的表達水平有升高或teff基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(即cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項)的表達水平有降低的話，為阻抑性免疫療法的治療鑒定該患者或作為具有受益于阻抑性免疫療法的可能性選擇該患者。在其它實施方案中，在測定teff和/或treg基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平以外，可以測定表2-8中列出的基因集中任一項的組合的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平，從而為特定免疫療法方案(例如激活性免疫療法方案或阻抑性免疫療法方案)鑒定患者。任選地，在施用免疫療法方案之前進行這些方法，從而對該患者提供關于對免疫療法的響應的施用前預后。在某些實施方案中，測定任一特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，測定cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1；或foxp3；或ms4a1或cd48；或cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，或fcrl5；或ncam1或nkp46；或klrc3，klrk1，klrc2，或klrd1；或itgam，itgax，cd1c，或clec4c；或cd68，cd163，itgam，itgax，或cd14；或laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，或fcgr3a；或il17a或il17f；或ccl2，il1b，il8，il6，或ptgs2；或cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，或lck；或ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1；或ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，或tigit；或cd276，pdl1，pdl2，或ido1；或cd274，pdl2，ido1，或pvr；或cx3cl1，cxcl9，cxcl10，cxcr3，ccl21，或ccl22；或cd4，il2ra，或cd69；或tapbp，tap1，tap2，psmb9，或psmb8；或cd40，cd80，cd86，cd70，或gitrl；或cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，或cd226；或gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，或nkg7；或fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，或col8a1。在另一個實施方案中，測定兩個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項基因的表達水平。例如，下文表2中列出了兩個特定基因簽名集的組合。表2：兩個基因簽名集的組合在另一個實施方案中，測定三個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表3中列出了三個特定基因簽名集的組合。表3：三個基因簽名集的組合在另一個實施方案中，測定四個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表4中列出了四個特定基因簽名集的組合。表4：四個基因簽名集的組合在一些實施方案中，四個特定基因簽名集的組合包括如下的組合或由如下的組合組成，該組合包括下面的基因簽名集中的一項或多項：b細胞簽名2(cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，fcrl5)；nk細胞簽名2(klrc3，klrk1，klrc2，klrd1)；巨噬細胞(cd68，cd163，itgam，itgax，cd14)；m2巨噬細胞(laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，fcgr3a)；t細胞(cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，lck)；ibt細胞簽名2(ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，tigit)；ibapc簽名2(cd274，pdl2，ido1，pvr)；激活的cd4t細胞(cd4，il2ra，cd69)；抗原加工(tapbp，tap1，tap2，psmb9，psmb8)；共刺激性配體(cd40，cd80，cd86，cd70，gitrl)；共刺激性受體(cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，cd226)；溶胞性(gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，nkg7)；和/或有活性的成纖維細胞(fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1)。在另一個實施方案中，測定五個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表5中列出了五個特定基因簽名集的組合。表5：五個基因簽名集的組合在一些實施方案中，五個特定基因簽名集的組合包括如下的組合或由如下的組合組成，該組合包括下面的基因簽名集中的一項或多項：b細胞簽名2(cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，fcrl5)；nk細胞簽名2(klrc3，klrk1，klrc2，klrd1)；巨噬細胞(cd68，cd163，itgam，itgax，cd14)；m2巨噬細胞(laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，fcgr3a)；t細胞(cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，lck)；ibt細胞簽名2(ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，tigit)；ibapc簽名2(cd274，pdl2，ido1，pvr)；激活的cd4t細胞(cd4，il2ra，cd69)；抗原加工(tapbp，tap1，tap2，psmb9，psmb8)；共刺激性配體(cd40，cd80，cd86，cd70，gitrl)；共刺激性受體(cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，cd226)；溶胞性(gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，nkg7)；和/或有活性的成纖維細胞(fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1)。在另一個實施方案中，測定六個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表6中列出了六個特定基因簽名集的組合。表6：六個基因簽名集的組合在一些實施方案中，六個特定基因簽名集的組合包括如下的組合或由如下的組合組成，該組合包括下面的基因簽名集中的一項或多項：b細胞簽名2(cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，fcrl5)；nk細胞簽名2(klrc3，klrk1，klrc2，klrd1)；巨噬細胞(cd68，cd163，itgam，itgax，cd14)；m2巨噬細胞(laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，fcgr3a)；t細胞(cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，lck)；ibt細胞簽名2(ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，tigit)；ibapc簽名2(cd274，pdl2，ido1，pvr)；激活的cd4t細胞(cd4，il2ra，cd69)；抗原加工(tapbp，tap1，tap2，psmb9，psmb8)；共刺激性配體(cd40，cd80，cd86，cd70，gitrl)；共刺激性受體(cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，cd226)；溶胞性(gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，nkg7)；和/或有活性的成纖維細胞(fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1)。在另一個實施方案中，測定七個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表7中列出了七個特定基因簽名集的組合。表7：七個基因簽名集的組合在一些實施方案中，七個特定基因簽名集的組合包括如下的組合或由如下的組合組成，該組合包括下面的基因簽名集中的一項或多項：b細胞簽名2(cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，fcrl5)；nk細胞簽名2(klrc3，klrk1，klrc2，klrd1)；巨噬細胞(cd68，cd163，itgam，itgax，cd14)；m2巨噬細胞(laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，fcgr3a)；t細胞(cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，lck)；ibt細胞簽名2(ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，tigit)；ibapc簽名2(cd274，pdl2，ido1，pvr)；激活的cd4t細胞(cd4，il2ra，cd69)；抗原加工(tapbp，tap1，tap2，psmb9，psmb8)；共刺激性配體(cd40，cd80，cd86，cd70，gitrl)；共刺激性受體(cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，cd226)；溶胞性(gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，nkg7)；和/或有活性的成纖維細胞(fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1)。在另一個實施方案中，測定八個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表8中列出了八個特定基因簽名集的組合。表8：八個基因簽名集的組合在一些實施方案中，八個特定基因簽名集的組合包括如下的組合或由如下的組合組成，該組合包括下面的基因簽名集中的一項或多項：b細胞簽名2(cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，fcrl5)；nk細胞簽名2(klrc3，klrk1，klrc2，klrd1)；巨噬細胞(cd68，cd163，itgam，itgax，cd14)；m2巨噬細胞(laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，fcgr3a)；t細胞(cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，lck)；ibt細胞簽名2(ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，tigit)；ibapc簽名2(cd274，pdl2，ido1，pvr)；激活的cd4t細胞(cd4，il2ra，cd69)；抗原加工(tapbp，tap1，tap2，psmb9，psmb8)；共刺激性配體(cd40，cd80，cd86，cd70，gitrl)；共刺激性受體(cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，cd226)；溶胞性(gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，nkg7)；和/或有活性的成纖維細胞(fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1)。在一些實施方案中，測定九個基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，下文表9中列出了九個特定基因簽名集的組合。表9：九個基因簽名集的組合在一些實施方案中，九個特定基因簽名集的組合包括如下的組合或由如下的組合組成，該組合包括下面的基因簽名集中的一項或多項：b細胞簽名2(cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，fcrl5)；nk細胞簽名2(klrc3，klrk1，klrc2，klrd1)；巨噬細胞(cd68，cd163，itgam，itgax，cd14)；m2巨噬細胞(laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，fcgr3a)；t細胞(cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，lck)；ibt細胞簽名2(ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，tigit)；ibapc簽名2(cd274，pdl2，ido1，pvr)；激活的cd4t細胞(cd4，il2ra，cd69)；抗原加工(tapbp，tap1，tap2，psmb9，psmb8)；共刺激性配體(cd40，cd80，cd86，cd70，gitrl)；共刺激性受體(cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，cd226)；溶胞性(gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，nkg7)；和/或有活性的成纖維細胞(fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1)。在其它實施方案中，測定表1列出的任意10，11，12，13，14，15，16，17，18，19，20，21，或22個特定基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。在一些實施方案中，測定所有23個基因簽名集中的免疫細胞基因簽名中的基因中的一項或多項的表達水平。例如，測定cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1；foxp3；ms4a1或cd48；cd79a，ms4a1，cd19，stap1，kiaa0125，pou2af1，或fcrl5；ncam1或nkp46；klrc3，klrk1，klrc2，或klrd1；itgam，itgax，cd1c，或clec4c；cd68，cd163，itgam，itgax，或cd14；laptm5，lair1，cd4，csf1r，cd163，adap2，cd68，mrc1，cd45ro，sla，msr1，fpr3，fcgr2a，或fcgr3a；il17a或il17f；ccl2，il1b，il8，il6，或ptgs2；cd3d，cd3e，cd2，cd3g，cd6，trat1，cd28，或lck；ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1；ctla4，btla，lag3，havcr2，pdcd1，或tigit；cd276，pdl1，pdl2，或ido1；cd274，pdl2，ido1，或pvr；cx3cl1，cxcl9，cxcl10，cxcr3，ccl21，或ccl22；cd4，il2ra，或cd69；tapbp，tap1，tap2，psmb9，或psmb8；cd40，cd80，cd86，cd70，或gitrl；cd27，cd28，icos，tnfrsf4，tnfrsf14，tnfrsf18，tnfsf14，或cd226；gnly，klrk1，klrb1，gzmh，gzma，klrd1，或nkg7；和fap，fn1，mmp2，bgn，loxl2，pdpn，pdgfrb，col4a1，col4a2，col5a1，col8a1。在一些實施方案中，進一步包括表14中的基因中的一項或多項作為本文中描述的基因集之一中的免疫細胞簽名基因(例如teff，b細胞，nk細胞，treg，髓樣，t細胞趨化性，等)。在其它實施方案中，進一步包括表14中的基因中的一項或多項作為進一步鑒定的基因集中的免疫細胞簽名基因(例如th1，th2，肥大細胞，抗原呈遞細胞(apc)，等)。任選地，該方法包括測定基因集之間一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平之比以進一步鑒定接受免疫療法治療的癌癥患者或可能具有受益于特定免疫療法的可能性的癌癥患者。例如，可以將teff基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(例如cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項)的表達水平之比與treg基因集(例如foxp3)，ibapc基因簽名集(例如cd276，pdl1，pdl2，或ido1中的一項或多項)，和/或ibt細胞基因簽名集(例如ctla4，btla，lag3，havcr2，或pdcd1中的一項或多項)任一的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平比較以確定該患者是否應當用免疫療法治療或是否會具有受益于特定免疫療法的可能性。在其它實施方案中，該方法包括測定來自具有癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者的樣品中免疫細胞亞型的存在之比(例如teff與treg，teff與b細胞，teff與nk細胞，teff與ibt細胞，teff與ibapc，teff與炎性細胞)。免疫細胞基因簽名的表達水平可以通過本領域已知的適合于測定患者樣品中特定蛋白質水平的任何方法來評估，而且優(yōu)選通過采用對免疫細胞基因簽名特異性的抗體的免疫組織化學(“ihc”)方法來測定。此類方法是本領域公知的且例行執(zhí)行的，而且相應的商業(yè)性抗體和/或試劑盒是容易得到的。優(yōu)選地，本發(fā)明的標志物/指示劑蛋白質的表達水平使用抗體或試劑盒制造商的試劑和/或方案推薦來評估。技術人員還會知道用于通過ihc方法測定免疫細胞基因簽名的表達水平的其它手段。因此，本發(fā)明的標志物/指示劑中的一項或多項的表達水平可以由本領域技術人員例行地且可再現地測定，沒有過度負擔。然而，為了確保精確的且可再現的結果，本發(fā)明還涵蓋在能確保測試規(guī)程有效性的專業(yè)化實驗室中測試患者樣品。優(yōu)選地，免疫細胞基因簽名的表達水平是在含有或懷疑含有癌細胞的生物學樣品中評估的。該樣品可以是例如自罹患，懷疑罹患，或診斷有癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者獲得的組織切除，組織活檢，或轉移性損害。優(yōu)選地，該樣品是組織的樣品，腫瘤的切除或活檢，已知的或懷疑的轉移性癌癥損害或切片，或已知或懷疑包含循環(huán)癌細胞的血液樣品，例如外周血樣品。該樣品可以包含癌細胞，即腫瘤細胞，和非癌性細胞二者，而且，在某些實施方案中，包含癌性和非癌性細胞二者。在本發(fā)明包含測定基質成分中的基因表達的多個方面，該樣品包含二者癌癥/腫瘤細胞和例如與癌癥/腫瘤細胞相關的非癌性細胞(例如腫瘤相關成纖維細胞，內皮細胞，周細胞，細胞外基質，和/或各種類別的白細胞)。在其它方面，熟練技術人員(例如病理學家)能容易地辨別癌細胞與非癌性的(例如基質細胞，內皮細胞，等)。獲得生物學樣品(包括組織切除，活檢和體液，例如包含癌癥/腫瘤細胞的血液樣品)的方法是本領域公知的。在一些實施方案中，自患者獲得的樣品是在任何免疫療法或其它治療方案或療法(例如用于治療癌癥或管理或改善其癥狀的化療或放療)開始之前收集的。因此，在一些實施方案中，該樣品是在施用免疫治療劑或其它藥劑，或開始免疫療法或其它治療方案之前收集的。在上文描述的方法以外，本發(fā)明還涵蓋用于評估一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平的別的免疫組織化學方法，諸如通過western印跡和基于elisa的檢測。正如本領域理解的，本發(fā)明的標志物/指示劑蛋白質的表達水平還可以在mrna水平通過本領域已知的任何合適方法來評估，諸如northern印跡，實時pcr，和rtpcr?；诿庖呓M織化學和mrna的檢測方法和系統(tǒng)是本領域公知的，而且可以自標準教科書推導，諸如lottspeich(bioanalytik,spektrumakademisherverlag,1998)或sambrookandrussell(molecularcloning:alaboratorymanual,cshpress,coldspringharbor,n.y.,u.s.a.,2001)。所描述的方法特別用于相對于在診斷有高級階段的癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的群體中建立的對照水平測定一名患者或一組患者中免疫細胞基因簽名的表達水平。為了在本文中描述的檢測方法中使用，技術人員有能力標記本發(fā)明所涵蓋的多肽或寡核苷酸。正如本領域例行實踐的，可以依照本領域已知的標準方法來標記并顯現用于檢測mrna水平的雜交探針和/或用于ihc方法的抗體或抗體片段。常用系統(tǒng)的非限制性例子包括使用放射性標記物，酶標記物，熒光標簽，生物素-親合素復合物，化學發(fā)光，等等。免疫細胞基因簽名中的一項或多項的表達水平還可以在蛋白質水平上通過利用免疫凝集，免疫沉淀(例如免疫擴散，免疫電泳，免疫固定)，western印跡技術(例如原位免疫組織化學，原位免疫細胞化學，親和層析，酶免疫測定法)，等等來測定。經過純化的多肽的量還可以通過物理方法來測定，例如光度學。量化混合物中的特定多肽的方法通常依賴于特異性結合，例如抗體的。如上文提到的，依照本發(fā)明的標志物/指示劑蛋白質的表達水平還可以反映為編碼該免疫細胞基因簽名的相應基因的表達升高或降低。因此，可以實施對翻譯之前的基因產物(例如經過剪接的，未經剪接的或部分剪接的mrna)的定量評估，從而評估相應基因的表達。本領域技術人員知道要在此背景中使用的標準方法，或者可以自標準教科書(例如sambrook，2001)推導這些方法。例如，關于編碼本文中描述的免疫細胞基因簽名中的一項或多項的mrna的各自濃度/量的定量數據可以通過northern印跡，實時pcr，等等來獲得。iv.治療方法本發(fā)明進一步提供如果具有化療抗性，化療敏感性，頑固性，原發(fā)性，高級，或復發(fā)性癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)的患者確定具有該基因集任一中一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平的變化的話，對該患者施用激活性或阻抑性免疫療法的方法。在一個實施方案中，如果teff基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(即cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項)的表達水平有升高或treg基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平有降低的話，對該患者施用激活性免疫療法。在其它實施方案中，如果treg基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(即foxp3)的表達水平有升高或teff基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名(即cd8a，gzma，gzmb，ifnγ，eomes，或prf1中的一項或多項)的表達水平有降低的話，對該患者施用阻抑性免疫療法。在其它實施方案中，在測定teff和/或treg基因集中的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平以外，可以在對該患者施用特定免疫療法方案(例如激活性免疫療法方案或阻抑性免疫療法方案)之前測定表2-8中列出的基因集任一項的組合的一種或多種免疫細胞基因簽名的表達水平。在一些實施方案中，該激活性免疫療法包括cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑。在特定實施方案中，該激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)在具有癌癥的患者中提高，增強，或刺激免疫應答或功能。在一些實施方案中，該激動劑調控配體(例如t細胞受體配體)的表達和/或活性，和/或提高或刺激配體與其免疫受體的相互作用，和/或提高或刺激通過配體結合免疫受體介導的細胞內信號傳導。在其它實施方案中，該阻抑性免疫療法包括ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑。在特定實施方案中，該拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)是抑制和/或阻斷配體(例如t細胞受體配體)與其免疫受體的相互作用的藥劑或是配體和/或受體表達和/或活性的拮抗劑，或是阻斷通過配體(例如t細胞受體配體)結合其免疫受體介導的細胞內信號傳導的藥劑。在一些實施方案中，本發(fā)明的方法可進一步包括與別的療法一起施用激活性免疫療法(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或阻抑性免疫療法(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)。該別的療法可以是放射療法，手術，化學療法，基因療法，dna療法，病毒療法，rna療法，骨髓移植，納米療法(nanotherapy)，單克隆抗體療法，或前述療法的組合。該別的療法可以是輔助或新輔助療法的形式。在一些實施方案中，該別的療法是施用副作用限制劑(例如意圖減輕治療副作用的發(fā)生和/或嚴重性的藥劑，諸如抗惡心劑等)。在一些實施方案中，該別的療法是放射療法。在一些實施方案中，該別的療法是手術。在一些實施方案中，該別的療法可以是上文描述的化療劑中的一項或多項。例如，這些方法涉及與一種或多種下文進一步描述的別的化療劑(例如卡鉑和/或帕利他賽)一起共施用激活性免疫療法(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或阻抑性免疫療法(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)。免疫療法(任選地與一種或多種化療劑(例如卡鉑和/或帕利他賽)組合)優(yōu)選延長和/或改善存活，包括無進展存活(pfs)和/或總體存活(os)。在一個實施方案中，免疫療法將存活比通過施用對所治療的癌癥得到批準的抗腫瘤劑或護理標準所實現的存活延長多至少約20％。為了預防或治療癌癥(例如膀胱癌，乳腺癌，結直腸癌，胃癌，肝癌，黑素瘤，肺癌(例如非小細胞肺癌)，卵巢癌，或腎細胞癌)，激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)的劑量會取決于要治療的上文定義的癌癥的類型，癌癥的嚴重性和病程，施用抗體是預防還是治療目的，之前的療法，患者的臨床史和對藥物的響應，及主治醫(yī)師的斟酌。在一個實施方案中，施用固定劑量的激動劑或拮抗劑?？梢砸淮涡曰蛟谝幌盗兄委熇飳颊哌m當施用固定劑量。在施用固定劑量的情況中，優(yōu)選地，它在約20mg至約2000mg抑制劑的范圍中。例如，固定劑量可以是大約420mg，大約525mg，大約840mg，或大約1050mg激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)。在施用一系列劑量的情況中，這些可以例如大約每周，大約每2周，大約每3周，或大約每4周，但是優(yōu)選大約每3周施用。例如，可以繼續(xù)施用固定劑量，直至疾病進展，不利事件，或由內科醫(yī)生確定的其它時間。例如，可以施用自約2，3，或4直至約17或更多個固定劑量。在一個實施方案中，施用一個或多個加載劑量(loadingdose)的激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)，接著是一個或多個維持劑量(maintenancedose)。在另一個實施方案中，對患者施用多個相同的劑量。雖然激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)可以作為單一抗腫瘤劑施用，但是任選用激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)和一種或多種(別的)化療劑的組合治療患者。本文中的例示性化療劑包括：吉西他濱，卡鉑，奧沙利鉑，伊立替康，氟尿嘧啶(例如5-fu)，帕利他賽(例如nab-paclitaxel)，多西他賽，托泊替康，卡培他濱，替莫唑胺，干擾素-α，和/或脂質體多柔比星(例如peg化脂質體多柔比星)。組合施用包括使用分開的配制劑或單一的藥用配制劑的共施用或同時施用，及任一次序的連續(xù)施用，其中優(yōu)選有一段時間所有活性劑同時發(fā)揮其生物學活性。如此，可以在施用激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)之前，或之后施用化療劑。在這個實施方案中，化療劑的至少一次施用與激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)的至少一次施用間的時機優(yōu)選是大約1個月或更小(3周，2周，1周，6天，5天，4天，3天，2天，1天)?；蛘?，可以以單一的配制劑或分開的配制劑對患者并行施用化療劑和激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)。化療劑(例如卡鉑和/或帕利他賽)和激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)的組合治療可以對患者產生協同或大于疊加的治療益處。特別期望用于與激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)組合(例如用于卵巢癌的療法)的化療劑包括：化療劑，諸如鉑化合物(例如卡鉑)，紫杉醇，諸如帕利他賽或多西他賽，托泊替康，或脂質體多柔比星。特別期望用于與激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)組合(例如用于乳腺癌的療法)的化療劑包括：化療劑，諸如卡培他濱，和紫杉醇，諸如帕利他賽(例如nab-paclitaxel)或多西他賽。特別期望用于與激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)組合(例如用于結直腸癌的療法)的化療劑包括：化療劑，諸如氟尿嘧啶(例如5-fu)，帕利他賽，順鉑，托泊替康，伊立替康，氟尿嘧啶-奧沙利鉑，氟尿嘧啶-伊立替康，folfox4(5-fu，亞葉酸，奧沙利鉑)，和ifl(伊立替康，5-fu，亞葉酸)。特別期望用于與激動劑(例如acd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)組合(例如用于腎細胞癌的療法)的化療劑包括：化療劑，諸如干擾素-α2a。如果施用的話，化療劑通常以其已知劑量施用，或者任選由于藥物的聯合作用或者由于施用化療劑造成的不良副作用而降低?？梢勒罩圃焐痰恼f明書使用此類化療劑的制劑和劑量給藥時間表，或者由熟練從業(yè)人員憑經驗確定。若化療劑是帕利他賽，優(yōu)選的是，例如每三周一次在3小時里以約130mg/m2至200mg/m2之間(例如大約175mg/m2)的劑量給藥。若化療劑是卡鉑，優(yōu)選的是，通過使用基于患者現有腎功能或腎功能和期望的血小板最低值的calvert公式計算卡鉑劑量來進行施用。腎排泄是卡鉑消除的主要路徑。與基于體表面積的經驗劑量計算相比，使用這種劑量公式容許補償患者在治療前腎功能方面的差異，該差異在其它情況中可導致劑量過低(在具有平均以上腎功能的患者中)或劑量過高(在具有受損腎功能的患者中)。使用單一藥劑卡鉑的目標auc4-6mg/ml/min看來在先前接受過治療的患者中提供最適宜的劑量范圍。在激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)和化療劑之外，還可與之組合其它治療方案。例如，可施用第二(第三，第四，等)化療劑，其中第二化療劑或是抗代謝物化療劑，或是非抗代謝物的化療劑。例如，第二化療劑可以是紫杉烷(諸如帕利他賽或多西他賽)，卡培他濱，或基于鉑的化療劑(諸如卡鉑，順鉑，或奧沙利鉑)，蒽環(huán)類抗生素(諸如多柔比星，包括脂質體多柔比星)，托泊替康，培美曲塞，長春花生物堿類(諸如長春瑞濱)，和tlk286。可以施用不同化療劑的“雞尾酒”?？梢耘c激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)，和/或化療劑組合的其它治療劑包括下列任一項或多項：her抑制劑、her二聚化抑制劑(例如生長抑制性her2抗體，諸如曲妥珠單抗(trastuzumab)，或誘導her2過表達細胞凋亡的her2抗體，諸如7c2、7f3或其人源化變體)；針對不同腫瘤相關抗原(諸如egfr、her3、her4)的抗體；抗激素化合物，例如抗雌激素化合物，諸如他莫昔芬，或芳香酶抑制劑；保心藥(用于預防或減輕與療法有關的任何心肌功能障礙)；細胞因子；egfr靶向性藥物(諸如或西妥昔單抗)；酪氨酸激酶抑制劑；cox抑制劑(例如cox-1或cox-2抑制劑)；非類固醇消炎藥，塞來昔布(celecoxib)法呢基轉移酶抑制劑(例如可購自johnsonandjohnson的tipifarnib/r115777或可購自schering-plough的lonafarnibsch66336)；結合癌胚蛋白ca125的抗體，諸如oregovomab(moabb43.13)；her2疫苗(諸如來自pharmexia的her2autovac疫苗，或來自dendreon的apc8024蛋白質疫苗，或來自gsk/corixa的her2肽疫苗)；另一種her靶向療法(例如曲妥珠單抗、西妥昔單抗、abx-egf、emd7200、吉非替尼、厄洛替尼、cp724714、ci1033、gw572016、imc-11f8、tak165、等)；raf和/或ras抑制劑(見例如wo2003/86467)；鹽酸多柔比星脂質體注射液拓撲異構酶i抑制劑，諸如托泊替康(topotecan)；紫杉烷；her2和egfr雙重酪氨酸激酶抑制劑，諸如拉帕替尼/gw572016；tlk286emd-7200；治療惡心的藥物，諸如血清素拮抗劑、類固醇、或苯二氮雜卓(benzodiazepine)；預防或治療皮疹的藥物或標準痤瘡療法，包括表面或口服抗生素；治療或預防腹瀉的藥物；體溫降低藥物，諸如醋氨酚(acetaminophen)、苯海拉明(diphenhydramine)、或哌替啶(meperidine)；造血生長因子、等。任何上述共施用藥劑的合適劑量就是那些目前所使用的劑量，而且可以由于該藥劑與激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)的聯合作用(協同性)而降低。在上述治療方案之外，還可對患者進行手術去除腫瘤和/或癌細胞和/或放射療法。若激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)是抗體，優(yōu)選的是，所施用的抗體是裸抗體。所施用的激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)可以與細胞毒劑綴合。優(yōu)選的是，綴合物和/或其結合的抗原受到細胞的內在化，導致該綴合物殺傷其所結合的癌細胞的治療功效提高。在一個優(yōu)選的實施方案中，細胞毒劑靶向或干擾癌細胞中的核酸。此類細胞毒劑的例子包括美登木素生物堿類(maytansinoids)，加利車霉素(calicheamicin)，核糖核酸酶，和dna內切核酸酶?？梢酝ㄟ^基因療法施用激動劑(例如cd28，ox40，gitr，cd137，cd27，icos，hvem，nkg2d，mica，或2b4激動劑)或拮抗劑(例如ctla-4，pd-1軸，tim-3，btla，vista，lag-3，b7h4，cd96，tigit，或cd226拮抗劑)。見例如1996年3月14日公布的wo96/07321，其關注使用基因療法來生成胞內抗體。使核酸(任選地包含在載體中)進入患者的細胞中有兩種主要辦法，體內和離體。對于體內投遞，通常在需要抗體的部位處，將核酸直接注射入患者。對于離體治療，取出患者的細胞，將核酸導入這些分離的細胞中，并且將經修飾的細胞直接施用于患者或者例如在植入患者中的多孔膜內封裝(見例如美國專利no.4,892,538和5,283,187)。有多種技術可用于將核酸導入活細胞中。技術隨在體外入培養(yǎng)細胞中還是在體內入意圖宿主的細胞中轉移核酸而變化。適合于在體外將核酸轉移入哺乳動物細胞中的技術包括使用脂質體，電穿孔，顯微注射，細胞融合，deae-右旋糖苷，磷酸鈣沉淀方法，等。用于離體投遞基因的一種常用載體是逆轉錄病毒。目前優(yōu)選的體內核酸轉移技術包括用病毒載體(諸如腺病毒，單純皰疹i病毒，或腺伴隨病毒)和基于脂質的系統(tǒng)(例如，可用于脂質介導的基因轉移的脂質是dotma，dope和dc-chol)的轉染。在一些情況中，期望給核酸來源提供靶向靶細胞的藥劑，諸如對細胞表面膜蛋白或靶細胞特異性的抗體，靶細胞上的受體的配體，等。在采用脂質體的情況中，可以使用結合與胞吞有關的細胞表面膜蛋白的蛋白質進行靶向和/或促進攝取，例如對特定細胞類型向性的衣殼蛋白或其片段，針對在循環(huán)中經歷內在化的蛋白質的抗體，和靶向胞內定位并增強胞內半衰期的蛋白質。受體介導的胞吞的技術例如記載于wuetal.,j.biol.chem.262:4429-4432(1987)；及wagneretal.,proc.natl.acad.sci.usa87:3410-3414(1990)。關于目前已知的基因標記和基因療法方案的綜述，見andersonetal.,science256:808-813(1992)。還可見wo93/25673及其中引用的參考文獻。實施例材料和實驗方法統(tǒng)計學分析使用r統(tǒng)計學軟件實施統(tǒng)計學分析。使用持家基因辦法將fluidigmtm和nanostring數據標準化。具體而言，評估五種持家基因(sp2，gusb，tmem55b，vps33b，和sdha)的中值基因表達，并自每份樣品減去。基因集表達以成員基因的中值表達代表。為了評估每個基因簽名的適應癥間和適應癥內變異性，以適應癥作為隨機效應，使用線性混合效應模型。為每個基因簽名計算icc(類內相關性)，適應癥間方差與總方差之比。使用wilcoxon秩和檢驗進行臨床響應組之間的差異表達分析。沒有為多重相關性調整p值。使用wilcoxon符號秩檢驗評估原發(fā)性和轉移性crc對之間的差異表達，并使用bonferroni方法為多重測試誤差調整派生的p值。實施例1：對給定基因簽名集內的免疫細胞簽名基因觀察到高程度的相關性為了評估不同腫瘤的腫瘤微環(huán)境中免疫景觀的特征，采用基于pcr的基因表達簽名來分析七種癌癥類型間免疫細胞子集的分布，包括尿道上皮膀胱癌(ubc)，乳腺癌(bc)，非小細胞肺癌(nsclc)，黑素瘤，腎細胞癌(rcc)，卵巢癌(ovca)，胃癌，肝癌，和結直腸癌(crc)。表1描繪基于免疫細胞子集(包括效應cd8t細胞(teff)，調節(jié)t細胞(treg)，t細胞(所有)，激活的cd4t細胞，t細胞趨化性，髓樣細胞，巨噬細胞(所有)，m2巨噬細胞，b細胞，th17細胞，nk細胞，和先天性炎性簽名)中的基因的獨家表達生成的免疫基因簽名。還分析t細胞(ibt細胞)和抗原呈遞細胞或腫瘤細胞(ibapc/腫瘤)中存在的免疫阻斷劑的表達(表1)。表1還描繪抗原加工，共刺激性配體，共刺激性受體，溶胞性，血管發(fā)生，和有活性的成纖維細胞簽名的免疫基因簽名集。使用自存檔ffpe腫瘤標本提取的rna，使用90基因fluidigmtm小組或800基因定制nanostring小組分析基因簽名集，如表1中指示的。一般而言，通過methodology對給定基因集內的基因觀察到高程度的相關性(圖1-11)：teff，0.72；b細胞，0.8；髓樣，0.54；炎性，0.59；t細胞ib，0.49；ibapc/腫瘤，0.5。唯一的例外是il17簽名(r＝0.3)。應用主成分分析來分解九個基因簽名的變異。頭兩種主成分占據變異性的大部分(第一和第二成分分別為45％和14％；圖12a)。檢查第一成分的因子載荷揭示第一主成分涉及teff，b細胞，和ibapc/腫瘤簽名(圖12b和12c)。主成分分析進一步提示免疫景觀在腫瘤類型間變異。為了檢查這種適應癥間異質性是否支配總變異性，以適應癥作為隨機效應，使用線性混合效應模型來分解適應癥內和間變異性。為每個基因簽名計算類內相關性(icc)。作為適應癥間方差與總方差之比計算icc，其具有介于0和1之間的值。如表10中顯示的，icc的范圍為0.11至0.29，指示所考慮的所有基因簽名存在實質量的適應癥內異質性，盡管適應癥之間有清楚的均值差異。表10。實施例2：teff簽名基因代表cd8t細胞浸潤測定癌癥類型間teff基因集(見上文表1)內簽名基因的表達概況。對癌癥類型間teff簽名的調查顯示不僅有各癌癥之間的而且還有給定適應癥內各亞型之間的中值表達差異。雖然大多數適應癥展現相當的teff基因表達，但是nsclc，黑素瘤，rcc，和her2+或tnbc具有最高水平的teff，而crc和ovca具有最低的，接著是激素受體陽性(hr+)bc(圖13)。在癌癥類型內，觀察到廣泛的表達樣式，提示crc或ovca內的亞群可能具有與像黑素瘤或rcc等癌癥類型相似的teff表達水平。為了確定teff基因集是否代表cd8t細胞的存在，對cd8ihc進行數字病理學以枚舉腫瘤中心(cn)和侵入邊緣(im)中cd8t細胞的數目(圖30)。評估三個區(qū)域中的cd8ihc，即腫瘤外圍，侵入邊緣(im)和中心(cn)。使用散射矩陣圖(scattermatrixplot)評估im和cncd8ihc之間，以及cd8ihc和rna之間的相關性。cd8ihc讀數的原始值是右斜的；因此，實施log2換算以使分布標準化。對于log換算，為零的cd8ihc值輸入為最小非零值的一半。在適應癥間在cd8ihc和cd8rna轉錄物之間觀察到高程度的相關性(圖29)。在im和cncd8ihc讀數之間觀察到高程度的相關性，log2換算值的spearman相關系數等于0.76。發(fā)現cd8rna與中心/imcd8ihc陽性高度關聯，spearman相關系數大約0.66(來自相同患者的樣品沒有為這一節(jié)中的分析合并)。當以適應癥分解時，im和cncd8ihc陽性之間的高相關性繼續(xù)存在，spearman相關性的范圍為0.69至0.82。另外，在適應癥間在cd8t細胞的im和cn流行度之間觀察到顯著的相關性(圖30)。每種適應癥內按侵入邊緣(im)和腫瘤中心(cn)分的cd8陽性的匯總呈現于表11。在圖31中為im和cn二者對經驗累積分布繪圖以檢測這兩個區(qū)域之間和適應癥之間的分布差異。在五種適應癥中，黑素瘤腫瘤平均而言具有最高的cd8t細胞存在和最大的動態(tài)范圍。crc和膀胱腫瘤平均而言具有最低的cd8t細胞浸潤物和還有最小的動態(tài)范圍。這些結果與teff簽名的排序高度關聯。另外，對于黑素瘤和rcc腫瘤，cd8t細胞在侵入邊緣比在腫瘤中心顯著更加豐富。表11。含有cd8t細胞浸潤物的癌癥類型最有可能代表通過相對于激活的t細胞過表達免疫阻抑性細胞來阻止抗腫瘤免疫的腫瘤。雖然適應癥間teff簽名的普遍流行度反映腫瘤浸潤性淋巴細胞的豐度，teff簽名與treg之比以與最有可能響應免疫療法的癌癥類型相似的方式將癌癥類型排序。nsclc，rcc，和黑素瘤具有最高的teff:treg之比，其反映“免疫原性”腫瘤類型。已知對免疫療法具有較差響應的適應癥(像crc和ovca)是具有最低teff:treg之比的癌癥類型(圖15)。雖然tn和her2+乳腺癌展現更高的teff簽名中值表達，但是它們的腫瘤微環(huán)境還顯示出富含treg，而且這反映為較低的相對teff與treg簽名之比。如此，靶向t調節(jié)細胞的療法(諸如抗ox40(在treg中豐富表達))與檢查點抑制劑組合為觸發(fā)有效的抗腫瘤免疫應答提供有用的療法。實施例3：treg簽名基因在乳腺癌中是豐富的腫瘤募集免疫阻抑性細胞來抑制抗腫瘤teff應答。特征在于foxp3表達的調節(jié)t細胞(treg)拮抗teff作用。為了測試原位免疫阻抑的潛力，在腫瘤適應癥間評估foxp3的流行度。treg的存在在bc亞型(her2+與三重陰性(tn)相似，二者均比激素受體陽性(hr+)高)中最高，接著是nsclc，ubc，crc，ovca，rcc，和黑素瘤，計數顯著降低(圖14)。有效的treg依賴性免疫阻抑需要一定比例的teff:treg，因而評估teff與treg的比例。teff:treg比在黑素瘤中最高，接著是rcc，nsclc，和ubc(圖15)。盡管獨立的teff和treg值有差異，然而bc(hr+，her2+和tn)，crc，和卵巢具有相似降低的teff:treg比(圖15)。這些結果提示具有低teff:treg的腫瘤可能受益于靶向treg的療法。實施例4：b細胞，nk細胞，和髓樣細胞簽名基因在癌癥適應癥間變異在臨床前模型中，b細胞顯示出通過募集和賦能抗炎性巨噬細胞來促進腫瘤內免疫阻抑。另一方面，nk細胞顯示出識別由腫瘤表達的應力分子和直接腫瘤排斥。b細胞的存在在適應癥間遵循與teff相似的分布(圖16)，而nk細胞在ovca中最高，接著是所有其它適應癥(圖17)。涵蓋巨噬細胞和樹突細胞二者的髓樣簽名在適應癥間相似，除了crc和ovca中降低的水平(圖18)，很可能代表這些適應癥中的低免疫浸潤物。又一項區(qū)別在于髓樣基因集在非鱗狀nsclc中的中值表達與鱗狀nsclc相比要高。實施例5：th17簽名基因在每種腫瘤類型中是獨特的雖然腫瘤浸潤性淋巴細胞顯示出與數種癌癥適應癥中更好的預后有關，但是th17細胞的il-17a和il-17f生成與有數種腫瘤中更差的預后聯系，諸如crc，tnbc(couchad，20123scientificreports)，和卵巢癌。在一些案例中，il-17a和il-17f生成與諸如食道鱗狀癌等適應癥中更好的預后有關。適應癥間對il-17a和il-17f的分析顯示一種復雜的分布：表達單獨的il-17a，單獨的il-17f，il-17a+/il-17f+和il-17a-/il-17f-的腫瘤(圖20)。單一群體的存在產生0.3的基因簽名指數(圖2a)。結直腸癌是具有最高水平的il-17基因的適應癥，接著是鱗狀nsclc，膀胱和非鱗狀nsclc(圖19)。her2+bc，hr+bc，和ovca是具有最低il-17基因流行度的適應癥。當在每一種適應癥中評估il-17a和il-17f的流行度時，觀察到單一和雙重基因分布的異質性。例如，il-17a和il-17f主要在crc，鱗狀nsclc，和膀胱癌中共表達，而her2+bc展現沒有il-17a表達(圖20)。這些結果提示il-17生物學在每一種腫瘤類型中可能是獨特，而且針對這些細胞因子的靶向療法可能不得不考慮靶定組織的優(yōu)勢。例如，與所有其它腫瘤類型相比，il-17簽名特別在原發(fā)性crc中過度表現。已經知道th17細胞與結腸中微生物生態(tài)失調的有關。為了檢查th17簽名的高表達是否是原發(fā)性腫瘤獨有的或者它是否轉變?yōu)檫h程轉移，評估了匹配的原發(fā)性腫瘤和轉移il-17基因表達的一項分析。對匹配的原發(fā)性腫瘤和轉移的分析顯示th17簽名在crc中的流行度可能確實是由結腸免疫生物學而非該腫瘤的特征驅動的(圖32)。肝富含kuppfer細胞，即在清除細胞殘骸和腸衍生微生物產物中重要的固著巨噬細胞?？紤]到arg1和髓樣標志物在crc肝轉移中更高，這提示駐留器官微環(huán)境是促成免疫阻抑性微環(huán)境的一項同等重要的決定因素。實施例6：腫瘤微環(huán)境中的免疫應答在原發(fā)性和轉移性部位之間變化腫瘤微環(huán)境中的免疫景觀可能反映器官特征性的內源免疫應答或腫瘤細胞進行的特異性募集。如此，仍然有待確定腫瘤免疫微環(huán)境是否在腫瘤轉移時得到維持。為了檢驗這種可能性，在47對異步匹配的原發(fā)性和轉移性crc腫瘤之間比較免疫基因簽名。大多數轉移位于肝和肺中(分別為36和5)，其余在其它器官中。使用wilcoxon符號秩檢驗評估原發(fā)性和轉移性對之間基因集表達的差異，并且使用bonferroni辦法調整檢驗的多重性。表12顯示原發(fā)性較之轉移性樣品的log2倍數變化以及wilcoxon符號秩檢驗p值(即，表12顯示基因簽名的倍數變化，使用轉移作為分母)。正的倍數變化指示cr/pr組中與pd組相比更高的表達。與原發(fā)性轉移性狀態(tài)有關的基因集表達的箱線圖顯示于圖32。表12。簽名log2倍數變化原始pbonferroni修正pteff-0.360.131treg0.740.000280.00224炎性0.670.00850.068nk細胞0.50.0920.736b細胞-0.080.551髓樣-0.490.0250.2il1743.8e-073.04e-06teff/treg-0.915.4e-084.32e-07原發(fā)性crc腫瘤特征性的il-17基因簽名在crc轉移中引人注目地降低，不管在肝或肺中的定位(-4倍，p＝3.04x10^-6)。treg在轉移中也顯著降低(-0.76倍，p＝0.002272)。雖然teff在原發(fā)性和轉移之間沒有顯著差異，但是teff:treg比在轉移中顯著升高(+0.91倍，p＝4.344x10^-7)。最后，髓樣基因集趨于在轉移中升高，而炎性簽名降低(分別為+0.49和-67，p＝0.1992和0.068)。使用wilcoxon符號秩檢驗為96種免疫基因中的每一種評估原發(fā)性和轉移性對之間免疫基因表達的差異，并且使用bonferroni辦法調整檢驗的多重性。鑒定為在原發(fā)性和轉移性樣品之間顯著差異表達的基因(bonferroni修正p≤0.05)是arg1，il17a，vtcn1，il17f，il1b，hla.e，havcr2，cd70，foxp3和ptgs2。在各個基因水平，在肝細胞和抗炎性巨噬細胞中表達的arg1是在結腸原發(fā)性和肝轉移之間單一上調最高的基因(圖33)。總之，這些結果提示腫瘤微環(huán)境中的免疫應答在原發(fā)性和轉移性部位之間變化，反映器官的下層免疫景觀而非腫瘤細胞進行的特異性募集。實施例7：激素驅動的腫瘤展示降低的炎癥腫瘤相關炎癥可促進腫瘤生長，血管發(fā)生，和髓樣抑制細胞募集，繼而關閉t細胞介導的抗腫瘤應答。炎性體產物(il-1β和il-18)，趨化因子(ccl2，ccl22)和細胞因子(il-6，il-8)描述為不同適應癥中這個過程的一部分。通過使用炎性基因簽名，觀察到總體炎癥在適應癥間變異(圖21)。發(fā)炎最多的腫瘤是nsclc，ubc，和rcc，而發(fā)炎最少的適應癥是hr+bc，肝，her2+bc，和ovca。這些結果提示激素驅動的腫瘤展示降低的局部炎癥。實施例8：t細胞免疫阻斷劑的存在trails癌癥適應癥間的teff分布為了預防不受控制的teff激活，免疫細胞和/或腫瘤細胞上的抑制性受體(ib)在t細胞激活后上調。腫瘤逃脫的一種機制是誘導t細胞ib的配體，由此關閉有效的抗腫瘤應答。為了測定這些受體:配體相互作用的可能影響，分析ibt細胞簽名和ibapc/腫瘤簽名的流行度。t細胞免疫阻斷劑的存在trailed適應癥間的teff分布(圖22)。在所有適應癥中，ctla4呈現最低的ibt細胞流行度，而tim3(hvacr2)具有最高的(圖26)。pd-1和lag3在ibt細胞簽名中是第二豐富的。btla的表達或是在ovca和crc中降低或是在黑素瘤，rcc，ubc，bc，和nsclc中與pd1和lag3相似地表達。這些數據提示，不管腫瘤類型，浸潤性teff相似地配備有抑制性受體。腫瘤內抗原呈遞細胞(apc)和腫瘤表達ibt細胞的抑制性配體以及生成抑制t細胞激活的catabolyte的酶。為了分析ibapc/腫瘤的存在，在適應癥間生成并分析基因簽名。apc-ib簽名的流行度在適應癥間是相似的，除了hr+bc和crc中明顯的降低(圖23)。對基因進行粒度分析以評估癌癥類型間各個apc-ib基因的相對表達樣式(圖27)。cd276的表達最高且有別于其它基因。pd-l1，pd-l2，和ido1高度關聯(0.7)。在這些基因中，表達最高的是ido1(圖27)。另外，還在適應癥間測定teff基因簽名與apc-ib基因簽名的基因表達之比(圖24)。還在適應癥間測定teff基因簽名與apc-ib基因簽名中每一種各個基因的基因表達之比(圖25)。在這些中，ovca和hr+bc具有最低的teff/cd276和teff/pdl2比，而ovca獨自具有最低的teff/ido1比，提示ovca中的免疫療法可能需要阻斷數種免疫抑制劑來觸發(fā)治療應答。實施例9：在癌癥適應癥間免疫簽名基因集中存在高程度的異質性實施適應癥間免疫基因集的分級聚簇以分析腫瘤類型間的免疫景觀。在適應癥間在免疫基因集觀察到高程度的異質性，其中一些腫瘤顯示值得注意的免疫存在，而其它為“免疫沙漠”(圖28)。無監(jiān)督分析將三種類型的乳腺癌和兩種類型的肺腫瘤聚簇到一起，提示免疫學相似性可能源自腫瘤生長之處的組織。另一方面，crc和ovca顯示免疫沙漠簇，缺乏免疫基因簽名，il17和nk分別除外。總之，具有最高teff浸潤的腫瘤是黑素瘤，rcc，nsclc(sq)和her2+和tnbc。然而，后兩種癌癥(即her2+和tnbc)還展現高treg發(fā)生率，提示這些腫瘤中的腫瘤內免疫應答可能被treg的效果打消。發(fā)炎最多的腫瘤是nsclc-非鱗狀癌，接著是nsclc-鱗狀細胞癌，和ubc。具有最高ibapc/腫瘤發(fā)生率的腫瘤是nsclc，rcc，ubc，接著是黑素瘤，和tnbc。另一方面，crc，ovca，hr+，和her2+bc沒有炎癥的跡象?？紤]上文提到的因素，預測在適應癥間沒有單一因素促成對檢查點抑制的響應，而是腫瘤免疫微環(huán)境的復雜性規(guī)定對免疫療法的抗性或響應的驅動器。因此，分析來自多個基因集的一個或多個免疫細胞基因簽名中的差異很可能為對免疫療法的抗性或響應提供更加完整的預后。實施例10：基因集表達與肝細胞癌(hcc)病因學沒有顯著相關使用kruskalwallis檢驗評估hcc中的四個病因組之間基因集表達的差異，并使用bonferroni辦法調整檢驗的多重性。表13顯示每個病因組的中值表達以及kruskal-wallis檢驗p值。沒有發(fā)現哪個免疫子集與hcc病因學顯著相關，盡管teff子集在病毒雙重陽性組中數值上更高(圖34和35)。對于表14中顯示的96種免疫基因中的每一種，使用kruskal-wallis檢驗評估免疫基因表達的差異，沒有應用多重性修正。這些數據提示，盡管腫瘤病因學完全不同，然而肝腫瘤共享相似的免疫微環(huán)境。病因學差異具有p≤0:1的免疫基因的分級聚簇顯示于圖36。在樣品間將基因對中值集中。使用歐幾里德距離和完全連鎖來生成樹狀圖。紅色和綠色分別指示比中值高和低的表達。黑色指示中值表達。下面的顏色區(qū)分病因學：黑色/酒精中毒史；紅色/hbv+；綠色/hcv+；藍色/hbv+hcv+。hcc中存在高程度的類內異質性，大致一半的腫瘤具有高免疫基因，但是這種差異不能通過hcc病因亞型來解釋。表13。簽名酒精中毒hbv+hcv+hbv+hcv+原始pbonferroni修正pteff-2.22-1.8-2.33-1.360.141treg-1.36-1.6-1.64-1.680.8821炎性-0.16-0.04-1.46-0.080.2451nk細胞-3.18-2.23-2.69-1.70.1421b細胞-0.670.88-0.220.350.1511髓樣-2-1.02-1.96-1.530.1581il17-12.4-14.77-12.7-14.610.581teff/treg-0.56-0.1-0.320.410.2011表14。當前第1頁12